税務訴訟資料第２６４号－８６（順号１２４６７）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号更正請求事件
国側当事者・国（柏税務署長）
平成２６年４月２５日棄却・控訴
判決
原告
甲
被告
国
同代表者法務大臣
谷垣禎一
処分行政庁
柏税務署長
對馬清貴
同指定代理人
木村智博
ほか別紙１指定代理人目録記載のとおり
主文
１ 原告の請求を棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
柏税務署長が平成２４年４月９日付けで原告に対してした、原告の平成２２年分所得税に係る更正処分のうち譲渡所得税額２０６万０９４１円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、原告が、平成２２年分の所得税について、土地の譲渡に係る譲渡所得の金額の計算に当たり、建物の取得価格、その償却費、取壊費用などを控除すべきであるなどとして、柏税務署長に対して更正の請求（以下「本件更正請求」という。）をしたところ、柏税務署長が、平成２４年４月９日付けで本件更正請求について更正をすべき理由がない旨の通知処分（以下「本件通知処分」という。）をし、併せて、土地の譲渡に係る譲渡所得の金額に誤りがあるとして、同日付けで所得税の更正処分（以下「本件更正処分」という。）及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分」といい、本件更正処分と併せて「本件更正処分等」という。）をしたことから、原告が本件更正処分等の取消しを求める事案である。なお、原告は、当初、本件通知処分の取消しを求める訴えを併合提起していたが、後に同訴えを取り下げた。
１ 関係法令等の定め
(1) 所得税法の規定
ア 所得税法３３条（譲渡所得）
所得税法３３条１項は、譲渡所得とは資産の譲渡による所得をいう旨規定し、同条３項は譲渡所得の金額は、その年中の当該所得に係る総収入金額から当該所得の基因となった資産の取得費及びその資産の譲渡に要した費用の額の合計額を控除し、その残額の合計額から譲渡所得の特別控除額を控除した金額とする旨規定している。
イ 所得税法３６条（収入金額）
所得税法３６条１項は、その年分の各種所得の金額の計算上収入金額とすべき金額又は総収入金額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、その年において収入すべき金額とする旨規定している。
ウ 所得税法３８条（譲渡所得の金額の計算上控除する取得費）
所得税法３８条１項は、譲渡所得の金額の計算上控除する資産の取得費は、別段の定めがあるものを除き、その資産の取得に要した金額並びに設備費及び改良費の額の合計額とする旨規定している。
また、同条２項は、譲渡所得の基因となる資産が家屋その他使用又は期間の経過により減価する資産である場合には、同条１項に規定する資産の取得費は、同項に規定する合計額に相当する金額から、その取得の日から譲渡の日までの期間のうち次の(ア)及び(イ)の期間の区分に応じて次の(ア)及び(イ)に掲げる金額の合計額を控除した金額とする旨規定している。
(ア) その資産が、不動産所得、事業所得、山林所得又は雑所得を生ずべき業務の用に供されていた期間
所得税法４９条１項の規定により当該期間内の日の属する各年分の不動産所得の金額、事業所得の金額、山林所得の金額又は雑所得の金額の計算上必要経費に算入されるその資産の償却費の額の累積額
(イ) 上記(ア)に掲げる期間以外の期間
所得税法４９条１項の規定に準じて政令で定めるところにより計算したその資産の当該期間に係る減価の額
(2) 租税特別措置法（平成２３年法律第７号による改正前のもの。以下「措置法」という。）の規定
ア 措置法３１条（長期譲渡所得の課税の特例）
措置法３１条１項は、個人が、その有する土地若しくは土地の上に存する権利又は建物及びその附属設備若しくは構築物で、その年１月１日において所有期間が５年を超えるものの譲渡をした場合には、当該譲渡による譲渡所得については、所得税法２２条及び８９条並びに１６５条の規定にかかわらず、他の所得と区分し、その年中の当該譲渡に係る譲渡所得の金額（同法３３条３項に規定する譲渡所得の特別控除額の控除をしないで計算した金額）の１００分の１５に相当する金額に相当する所得税を課す旨規定している。
イ 措置法３１条の４（長期譲渡所得の概算取得費控除）
措置法３１条の４第１項は、個人が昭和２７年１２月３１日以前から引き続き所有していた土地等又は建物等を譲渡した場合における長期譲渡所得の金額の計算上、収入金額から控除する取得費は、所得税法３８条等の規定にかかわらず、当該収入金額の１００分の５に相当する金額とする旨、ただし、当該金額が次の(ア)又は(イ)に掲げる金額に満たないことが証明された場合には、次の(ア)又は(イ)に掲げる金額とする旨を規定している。
(ア) その土地等の取得に要した金額と改良費の額との合計額
(イ) その建物等の取得に要した金額と設備費及び改良費の額との合計額につき所得税法３８条２項の規定を適用した場合に同項の規定により取得費とされる金額
(3) 租税特別措置法通達（以下「措置法通達」という。）の定め
措置法通達３１の４－１（昭和２８年以後に取得した資産についての適用）は、措置法３１条の４第１項の規定は昭和２７年１２月３１日以前から引き続き所有していた土地建物等の譲渡所得の金額の計算に当たり適用されるものであるところ、昭和２８年１月１日以後に取得した土地建物等の取得費についても、同項の規定に準じて計算して差し支えない旨定めている。
２ 前提事実（争いのない事実、後掲各証拠及び弁論の全趣旨により容易に認定できる事実等）
(1) 本件土地及び本件建物の取得
原告は、昭和３９年１２月２８日、売買により、東京都東大和市の土地（２４３．５７平方メートル。以下「本件土地」という。）を取得した（乙６）。また、原告は、本件土地上の建物（以下「本件建物」という。）を取得し、昭和４０年３月●日に所有権保存登記をした（乙７）
(2) 本件建物の取り壊し
原告は、平成１５年１０月２１日、本件建物を取り壊し（乙７）、その取壊費用として１２０万７５００円をＡ株式会社に支払った（乙１３）。
(3) 本件土地の譲渡
原告は、平成２０年１０月３日、Ｃ株式会社との間で、本件土地の売買に係る専任媒介契約を締結した（乙１４）が、売買契約の締結には至らなかった。
原告は、平成２１年１１月５日、Ｄ株式会社の媒介により、株式会社Ｆとの間で本件土地を４８００万円で譲渡する不動産売買契約を締結し（乙８）、平成２２年１月●日、同日売買を原因として、所有者を原告から株式会社Ｆとする所有権移転登記手続がされた（以下「本件譲渡」という。乙６）。
(4) 本件譲渡に際して支払った費用
原告は、本件譲渡に際し、①本件譲渡に係る不動産売買契約書に貼付した収入印紙代として１万５０００円（乙８・２枚目）、②平成２２年１月４日に有限会社Ｇに対して測量費等として４２万５０００円（乙９、１１）、③同日、測量費等を支払う際の振込手数料として４２０円（乙１１）、④平成２２年１月１２日にＤ株式会社に対し仲介手数料として１５７万５０００円（乙１２）をそれぞれ支払った。
(5) 課税処分等の経緯
原告の平成２２年分所得税に係る課税処分等の経緯は、別表１のとおりである。
ア 確定申告
原告は、平成２３年２月２日、柏税務署長に対し、平成２２年分所得税の確定申告書を提出した（乙１５）。当該申告書上、原告は、本件譲渡に係る譲渡所得（以下「本件譲渡所得」という。）の金額について、譲渡価額４８００万円、取得費３６８３万３１４５円、譲渡費用３２３万５１００円、特別控除額５０万円として、当該譲渡所得の金額を７４３万１７５５円と計算した（乙１５・５枚目づ及び乙１６・２枚目「４」の「Ｅ譲渡所得金額」）。
イ 修正申告
原告は、平成２３年１２月２０日に平成２２年分の所得税の修正申告書（以下「本件修正申告書」といい、本件修正申告書に係る修正申告を「本件修正申告」という。）第３表及び第５表を、同月２６日に本件修正申告書第１表を、柏税務署長に対してそれぞれ提出した（乙５）。本件修正申告において、原告は、本件譲渡所得の金額について、譲渡価額４８００万円、取得費１９２７万６４４９円（措置法３１条の４第１項及び措置法通達３１の４－１の定めによる譲渡収入金額の１００分の５に相当する概算取得費２４０万円を含む。）、譲渡費用３２３万５１００円として、当該譲渡所得の金額を２５４８万５４５１円と計算した（乙５・２枚目づ及び乙１０・３枚目「４」の「Ｅ譲渡所得金額」）。
ウ 更正請求
原告は、平成２３年１２月２８日、柏税務署長に対し、本件譲渡所得の金額を計算するに当たり、総収入金額から貨幣価値の上昇分の金額を控除すべきこと等を理由にして、平成２２年分所得税の更正の請求（本件更正請求）をした（乙１）。なお、本件更正請求の内容は、原告が平成２４年２月２４日に柏税務署長に提出した「平成２２年分所得税の更正の請求書の補正書」と題する書面によって補正されている（乙３）。
エ 本件修正申告に係る過少申告加算税の賦課決定処分
柏税務署長は、平成２４年３月９日付けで、原告に対し、本件修正申告に係る過少申告加算税の賦課決定処分をした（乙１７）。
オ 本件通知処分及び本件更正処分等
柏税務署長は、本件更正請求について更正をすべき理由がないとして、平成２４年４月９日付けで本件通知処分をした（乙２）。また、柏税務署長は、本件譲渡所得の金額は、収入金額４８００万円から取得費２４０万円及び譲渡費用２０２万７６００円を控除した４３５７万２４００円となるとして、本件更正処分等をした（乙４）。
カ 異議申立て
原告は、平成２４年４月２８日、柏税務署長に対し、本件通知処分及び本件更正処分等について異議申立てを行ったところ、柏税務署長は、同年６月２７日付けでこれを棄却する旨の決定をした（乙１８）。
キ 審査請求
原告は、これを不服として、平成２４年７月２０日、国税不服審判所長に対し審査請求を行ったが、同所長は、平成２５年１月２１日付けで、これを棄却する旨の裁決をした（乙１９）。
ク 訴訟提起
原告は、平成２５年２月２６日、本件訴えを提起した（顕著な事実）。
３ 被告の主張する本件更正処分等の根拠及び適法性
別紙２「被告の主張する本件更正処分等の根拠及び適法性」のとおり。
なお、原告は、本件訴訟において、後記４の争点に関する部分のほかに、各処分の根拠及び適法性を争っていない。
４ 争点
(1) 本件譲渡所得の金額の計算をするに当たり、原告が主張するような計算方法が認められるか
(2) 本件譲渡所得の金額の計算上、原告主張の各項目に係る金額を控除できるか
(3) 本件更正請求から４か月経過後にされた本件通知処分が無効であるか
５ 争点についての当事者の主張
(1) 争点(1)（本件譲渡所得の金額の計算方法）及び争点(2)（原告主張の各項目に係る金額の控除の可否）について
（原告の主張）
ア 本件譲渡所得の計算方法
本件譲渡所得の金額の計算は、純資産増加説に基づく財産法による販売時点における時点損益計算によるべきであり、「譲渡時の資産の額」から「譲渡時の負債の額」及び「取得時の資産の額」を控除して算出すべきである。
イ 「譲渡時の負債の額」
本件譲渡所得の金額の計算に当たり控除すべき「譲渡時の負債の額」の内訳及び金額は、次のとおりである（合計１０００万０７４２円）。
① 宅地の販売手数料１５８万７６００円
② 宅地の計測図の代金４２万５０００円
③ 建物取壊し費用１２０万７５００円
④ 東大和市固定資産税２５０万９５５０円
⑤ 建物の償却額２８８万円
⑥ 建物の改修費１３９万１０９２円
ウ 「取得時の資産の額」
本件譲渡所得の金額の計算に当たり控除すべき「取得時の資産の額」の内訳及び金額は、次のとおりである（合計１５６５万円）。
① 宅地の取得価格２４０万円
② 建物の取得価格（設計料を含む）１０２５万円
③ 下水導入負担金２２５万円
④ プロパン集中方式化負担金７５万円
（被告の主張）
ア 原告の主張する計算方法について
所得税法３３条３項は、譲渡所得の金額は、その年中の当該所得に係る総収入金額から当該所得の基因となった資産の取得費及びその資産の譲渡に要した費用の額の合計額を控除し、その残額の合計額から譲渡所得の特別控除額を控除した金額とする旨規定しているから、原告が主張する譲渡所得の金額の計算方法は、所得税法の規定を逸脱したものであることは明らかである。原告の主張は、所得税法の規定を度外視した独自の見解にすぎず、失当である。
イ 原告が主張する各控除項目の位置付け
原告は、「譲渡時の負債の額」が本件譲渡所得の金額の計算において控除する譲渡費用に該当し、「取得時の資産の額」が本件譲渡所得の金額の計算において控除する取得費に該当すると主張しているものと解される。
ウ 原告主張の取得費は、本件譲渡所得の金額の計算において控除できないこと
(ア) 本件建物の取得価格について
ａ 原告は、本件建物の取得時期や取得価格を立証する証拠資料を提出しておらず、本件建物の取得価格を本件譲渡所得の金額の計算において控除する取得費と認めることはできない。
また、この点をおくとしても、本件譲渡は、本件土地を対象としたものであって、本件建物を譲渡したものではないから、本件建物の取得価格を本件譲渡所得の金額の計算上、取得費として控除することはできない。
ｂ 仮に、原告が、本件建物の除却（取壊し）が、本件譲渡のために行われたものであるとして、除却に係る損失を本件譲渡所得の金額の計算上、譲渡費用として控除すべきであると主張しているとしても、本件建物の取壊しは、本件譲渡を実現するために行われたものとはいえず、本件建物に係る除却損は、原告の平成１５年分所得税の不動産所得の必要経費に算入されるべきものであるから、本件譲渡所得の金額の計算において譲渡費用として控除することはできない。
すなわち、原告が初めて不動産業者と本件土地の譲渡に関する専任媒介契約を締結したのは平成２０年１０月３日であり、原告の供述によっても、原告が本件土地の譲渡のために何らかの行動を起こしたのは平成１８年１１月以降であるから（乙２７・２枚目(5)）、平成１５年１０月に行われた本件建物の取壊しが本件譲渡を実現するために行われたことが明らかであるとはいえず、本件建物の除却損を、本件譲渡を実現するための支出であると認めることはできない。
かえって、本件建物の取壊しは、原告とＨ株式会社との賃貸借契約が平成１５年５月３１日に終了したのに伴い（乙２８・２枚目７(2)）、賃貸の用に供さなくなった業務用資産を取り壊したものとみるべきであるから、本件建物に係る除却損は、所得税法５１条４項により、原告の平成１５年分所得税の不動産所得の必要経費に計上すべきものである。
したがって、本件建物の除却損を、本件譲渡所得の金額の計算において譲渡費用として控除することはできない。
(イ) 下水導入負担金について
ａ 原告は、下水導入負担金２２５万円が、本件譲渡所得の金額の計算において控除する取得費に該当する旨を主張する。
しかし、原告は、下水導入負担金の支払時期や費用内容の詳細について具体的な主張をしておらず、これを本件譲渡所得の金額の計算において控除する取得費と認めることはできない。
なお、原告から提出された東大和市の尾崎保夫市長が作成した「甲様」から始まる書面（甲５）によれば、下水道事業受益者負担金は、所有する土地の面積１平方メートル当りに負担金額３００円を乗じて得た額とされている。原告の主張する下水導入負担金が、この下水道事業受益者負担金を指すものとすると、原告の下水道事業受益者負担金は７万３０７１円（２４３．５７平方メートル×３００円）となるから、仮に下水導入負担金の存在が認められるとしても、７万３０７１円を超える２１７万６９２９円部分については、何ら立証がされていない。
ｂ また、仮に、原告が、下水導入負担金は本件土地に係る改良費に該当すると主張しているとしても、原告が、措置法３１の４第１項の規定及び措置法通達３１の４－１の定めにより、本件譲渡による譲渡収入金額の１００分の５に相当する金額（概算取得費）である２４０万円を取得費として計上している以上、それを下回る金額である２２５万円を本件土地の実際の取得額（改良費の額）として本件譲渡所得の収入金額から控除することはできない。
(ウ) プロパン集中方式化負担金について
ａ 原告は、プロパン集中方式化負担金７５万円が、本件譲渡所得の金額の計算において控除する取得費に該当する旨を主張する。
しかし、原告は、プロパン集中方式化負担金の支出を立証する証拠資料を提出しないばかりか、この費用の支払時期や費用内容の詳細について具体的な主張をしていないのであるから、これを本件譲渡所得の金額の計算において控除する取得費と認めることはできない。
ｂ 仮に、原告が、プロパン集中方式化負担金を本件土地に係る改良費であるとして、本件土地の取得費を構成するものであると主張しているとしても、本件譲渡所得の金額の計算においては、概算取得費（２４０万円）を取得費として計上しているのであるから、それを下回る本件土地の実際の取得費を本件譲渡所得の収入金額から控除することはできない。
なお、原告主張のプロパン集中方式化負担金（７５万円）及び下水導入負担金（２２５万円）の合計額（３００万円）は、概算取得費（２４０万円）を超えることになるが、仮に両費用が本件土地の取得費に該当すると解したとしても、原告が立証している下水道事業受益者負担金及びプロパン集中方式化負担金の額は概算取得費（２４０万円）を超えないから、本件譲渡所得の金額の計算において上記両費用を取得費として控除することはできない。
ｃ また、仮にプロパン集中方式化負担金が、本件建物に係る設備費又は改良費として、本件建物の取得費を構成するものであると原告が主張していると解したとしても、本件譲渡は本件土地を対象としたものであって、本件建物を譲渡したものではないから、本件建物の取得費を構成するプロパン集中方式化負担金を本件譲渡所得の金額の計算において取得費として控除することはできない。
エ 原告主張の譲渡費用は、本件譲渡所得の金額の計算において控除できないこと
(ア) 本件土地の販売手数料について
原告は、本件土地の販売手数料として支払った１５８万７６００円が本件譲渡所得の金額の計算において控除する譲渡費用に該当する旨を主張する。
しかし、原告が支払ったＤ株式会社への販売手数料は１５７万５０００円である（乙１２）から、本件譲渡所得の金額の計算において控除できる本件土地の販売手数料は１５７万５０００円である。
(イ) 本件建物の取壊し費用について
原告は、本件建物の取壊し費用１２０万７５００円が本件譲渡所得の金額の計算において控除する譲渡費用に該当する旨を主張する。
しかし、譲渡費用は、譲渡を実現するために直接必要な支出であると解されるところ、本件建物の取壊し費用を、本件譲渡を実現するための支出であると認めることはできず、かえって、本件建物の取壊し費用は、所得税法３７条１項（必要経費）の規定により、原告の平成１５年分の所得税における不動産所得の必要経費に計上すべきものである。
したがって、本件建物の取壊し費用は、本件譲渡所得の金額の計算において控除する譲渡費用とは認められない。
(ウ) 東大和市固定資産税等について
原告は、東大和市に固定資産税及び都市計画税（以下、これらを併せて「固定資産税等」という。）として支払った２５０万９５５０円が本件譲渡所得の金額の計算において控除する譲渡費用に該当する旨を主張する。
しかし、譲渡費用は、譲渡を実現するために直接必要な支出であると解されるところ、固定資産税等は、資産の保有期間中に支出した資産の維持管理に要した費用であり、譲渡を実現するための費用であるとは認められないから、譲渡所得の金額の計算において控除する譲渡費用には該当しない。
また、資産の保有期間中に支出した維持管理費である固定資産税等が、譲渡所得の金額の計算において控除する取得費に該当しないことは明らかである。
なお、原告が主張する固定資産税等は、その一部しか支払事実が立証されていない（甲５）。
(エ) 本件建物の償却額について
ａ 原告は、本件建物の償却額（本件建物の減価償却費）として２８８万円が本件譲渡所得の金額の計算において控除する譲渡費用に該当する旨を主張する。
しかし、原告は、本件建物の償却額が２８８万円になることの計算根拠を明らかにしておらず、これを本件譲渡所得の金額の計算において控除する譲渡費用と認めることはできない。
ｂ この点をおくとしても、本件譲渡は本件土地を対象としたものであって、本件建物を譲渡したものではないから、本件建物に関する減価償却費を本件譲渡所得の金額の計算において控除する譲渡費用と認めることはできないし、そもそも、減価償却費が、本件譲渡を実現するために直接必要な支出であるとはいえないから、譲渡費用には当たらないことも明らかである。
また、仮に、原告が、本件建物の償却額は譲渡費用ではなく、本件譲渡所得の金額の計算において控除する取得費であると主張するとしても、本件譲渡は本件建物を譲渡したものではないから、本件建物に関する減価償却費を本件譲渡所得の金額の計算において控除する取得費と認めることもできない。
(オ) 本件建物の改修費について
ａ 原告は、本件建物の改修費として１３９万１０９２円が本件譲渡所得の金額の計算において控除する譲渡費用に該当する旨を主張する。
しかし、本件譲渡は本件土地を対象としたものであって、本件建物を譲渡したものではないから、本件建物に関する改修費を本件譲渡所得の金額の計算において控除する譲渡費用と認めることはできない。
ｂ また、原告が本件建物の改修費を支払ったのは、平成５年１０月頃と推認されるところ（甲６）、当該改修費の支払をした当時、原告は本件建物を社宅として賃貸していたから（乙１・２枚目２３及び２４行目）、当該改修費は、平成５年分の原告の所得税における不動産所得の必要経費に計上されるべきものである。
さらに、当該改修費の支払が平成５年１０月頃であることからすれば、当該改修費が平成２２年に行われた本件譲渡を実現するために直接必要な支出であるとも認められず、したがって、本件建物の改修費を本件譲渡所得の金額の計算において控除する譲渡費用に該当するとの原告の主張には理由がない。
(2) 争点(3)（本件更正請求から４か月経過後にされた本件通知処分の効力）について（原告の主張）
柏税務署長は、原告が平成２３年１２月２８日にした本件更正請求に対し、平成２４年４月９日まで本件通知処分をしなかったが、相続税法上の遺産分割確定に伴う更正の請求期限が４か月となっていることからみれば、本件通知処分は無効である。
（被告の主張）
原告の主張は、相続税法（平成２３年法律第７４号による改正前のもの。以下同じ。）３２条の規定を根拠とするものであると解されるところ、同条に規定する更正の請求とは、通則法２３条に規定する通常の更正の請求とは別に、相続税法３２条各号に掲げる相続税特有の事由が後発的に生じた場合に、同号に規定する事由が生じたことを知った日の翌日から４か月以内に限り更正の請求ができることを特則として定めたものであり、「４か月以内」という期限は、納税者が更正の請求をすることができる期限を定めたものであって、税務署長が当該更正の請求に対して処分をしなければならない期限を定めたものではない。
また、通常の更正の請求について規定する通則法２３条においても、「税務署長は、更正の請求があった場合には、その請求に係る課税標準等又は税額等について調査し、更正をし、又は更正をすべき理由がない旨をその請求をした者に通知する」（同条４項）と規定するのみで、税務署長が更正又は更正すべき理由がない旨の通知をする期間について、同条は何ら規定するものではない。
したがって、原告の主張は、通則法２３条及び相続税法３２条の誤った理解を前提とするものであるから、前提において失当である。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点(1)（本件譲渡所得の金額の計算方法）について
原告は、本件譲渡所得の金額の計算について、純資産増加説に基づく財産法による販売時点における時点損益計算によるべきであり、「譲渡時の資産の額」から「譲渡時の負債の額」及び「取得時の資産の額」を控除して算出すべきである旨主張する。
しかし、所得税法３３条３項は、譲渡所得の金額は、その年中の当該所得に係る総収入金額から当該所得の基因となった資産の取得費及びその資産の譲渡に要した費用の額の合計額を控除し、その残額の合計額から譲渡所得の特別控除額を控除した金額とする旨規定している。原告の上記主張が、所得税法所定の計算方法と異なる計算方法により譲渡所得の金額を算定すべきであるというものであれば、そのような主張は、立法論としてはともかく、所得税法の規定の解釈として導くことが困難な独自の見解にすぎないといわざるを得ず、採用することができない。
そこで、原告が主張する各項目については、本件譲渡所得の金額の計算上、取得費又は譲渡費用として控除することができるか否かという観点から、以下検討することとする。
２ 争点(2)（原告主張の各項目に係る金額の控除の可否）について
(1) 取得費及び譲渡費用の意義について
譲渡所得の金額について、所得税法は、総収入金額から資産の取得費及びその資産の譲渡に要した費用の額の合計額を控除するものとし（３３条３項）、資産の取得費は、別段の定めがあるものを除き、当該資産の取得に要した金額並びに設備費及び改良費の額の合計額としている（３８条１項）。上記の「資産の取得に要した金額」の意義について考えると、譲渡所得に対する課税は、資産の値上りによりその資産の所有者に帰属する増加益を所得として、その資産が所有者の支配を離れて他に移転するのを機会にこれを清算して課税する趣旨のものであるところ（最高裁昭和４７年１２月２６日第三小法廷判決・民集２６巻１０号２０８３頁、最高裁昭和５０年５月２７日第三小法廷判決・民集２９巻５号６４１頁参照）、上記のとおり、同法３３条３項が総収入金額から控除し得るものとして、当該資産の客観的価格を構成すべき金額のみに限定せず、取得費と並んで譲渡に要した費用をも掲げていることに徴すると、「資産の取得に要した金額」には、当該資産の客観的価格を構成すべき取得代金の額のほか、登録免許税、仲介手数料等当該資産を取得するための付随費用の額も含まれるが、他方、当該資産の維持管理に要する費用等居住者の日常的な生活費ないし家事費に属するものはこれに含まれないと解するのが相当である（最高裁平成４年７月１４日第三小法廷判決・民集４６巻５号４９２頁）。
また、譲渡所得の金額の計算上総収入金額から控除される「その資産の譲渡に要した費用」（譲渡費用）は、譲渡を実現するために直接必要な支出であると解される（最高裁昭和３６年１０月１３日第二小法廷判決・民集１５巻９号２３３２頁）。
(2) 原告が「譲渡時の負債の額」として挙げる項目について
ア 本件土地の販売手数料
原告は、本件土地の販売手数料として１５８万７６００円を本件譲渡所得の金額の計算において控除すべきである旨主張する。
しかし、前提事実(3)及び(4)のとおり、原告が本件譲渡の媒介業者であるＤ株式会社に対して支払った仲介手数料は１５７万５０００円であると認められ、原告がこれを超える仲介手数料を支払った事実を認めるべき証拠はない。したがって、原告の上記主張のうち１５７万５０００円を超える金額を控除すべきであるとする部分は理由がなく、上記金額に限り、譲渡費用として控除されるべきものと解すべきである。
イ 建物取壊し費用
原告は、本件建物の取壊し費用１２０万７５００円を本件譲渡所得の金額の計算において控除すべきである旨主張する。また、原告は、本件譲渡は、住宅の建設が義務付けられた宅地の譲渡であって更地の譲渡ではなく、譲渡所得の計算に当たっては、そのような土地を譲渡したことにより得た資産譲渡益から、売却のために住宅を取り壊したことに係る損失を控除して、資産譲渡益を計上すべきである旨主張する。
前提事実(2)及び(3)並びに証拠（乙２４）によれば、原告が本件建物を取り壊したのは、平成１５年１０月２１日であり、原告が本件土地を譲渡するために初めて不動産業者と本件土地の売買に係る専任媒介契約を締結したのは平成２０年１０月３日であると認められる。なお、原告は、柏税務署資産課税第２部門財務事務官作成の調査報告書（乙２４）に、原告が本件土地についてＤ株式会社及びＣ株式会社以外にその売買を申し込んだことがない旨を回答したとの記載があることに関して、それが事実に基づかないものである旨主張し、甲２７（枝番を含む。）を提出するが、原告は、上記の調査報告書（乙２４）の記載内容がいかなる点で事実に反するかについて明らかにしていないし、原告が提出する甲２７も、原告が平成２０年１０月３日よりも前に不動産業者との間で本件土地の売買に係る媒介契約を締結した事実を推認させるものではなく、他にこのような事実を認めるべき証拠もない。
そうすると、本件建物の取壊しから本件土地の売買に係る専任媒介契約の締結まで、約５年の期間が経過していたこととなるから、本件建物の取壊しが、本件土地の譲渡のために行われたものであると認めることはできない。したがって、本件建物の取壊し費用を含む本件建物の除却（取壊し）に係る損失を、本件譲渡を実現するために直接必要な支出であると認めることはできず、本件譲渡所得の金額の計算において控除する譲渡費用に当たるものとは認められない。
また、本件譲渡は、本件建物ではなく、本件土地を対象とするものであるから、本件建物の取壊し費用を含む本件建物の除却（取壊し）に係る損失は、譲渡対象物の客観的価値を構成するものとはいえないし、譲渡対象物を取得するための付随費用と評価することもできないから、譲渡所得の金額の計算上控除する取得費に当たらないことは明らかである。
なお、原告は、本件譲渡が、住宅の建設が義務付けられた宅地の譲渡であって更地の譲渡ではないと主張するが、原告が株式会社Ｆとの間で締結した不動産売買契約書（乙８）によれば、本件譲渡に住宅の建設を義務付ける合意が含まれていないことは明らかである。また、仮に、原告が本件土地を取得した際、同土地上に住宅の建設が義務付けられていたことがあったとしても、そのことは、本件建物の取壊し費用を含む本件建物の除却（取壊し）に係る損失が、本件土地の譲渡に関する譲渡費用にも取得費にも当たらないとする上記の判断を左右するものではないし、資産が所有者の支配を離れて他に移転する機会において当該資産の値上りによりその資産の所有者に帰属する増加益があればこれを所得して課税するという譲渡所得の趣旨に照らしても、控除すべき金額に当たるものとはいい難い。したがって、原告の上記主張は採用することができない。
以上によれば、本件建物の取壊し費用を本件譲渡所得の金額の計算上控除することはできない。
ウ 東大和市固定資産税等
原告は、東大和市に固定資産税等として支払った２５０万９５５０円を本件譲渡所得の金額の計算において控除すべきである旨主張する。
しかし、固定資産税は、固定資産（土地・家屋及び償却資産）を課税物件とし、固定資産の価格を課税標準として課される地方税であり、都市計画税は、都市計画事業又は土地区画整理事業に要する費用に充てるため、市町村が、都市計画区域内の一定の土地及び家屋に対して課す目的税である地方税である。これらは、資産の保有期間中に支出されるものであり、資産の維持管理に要する費用としての性格を有することからすると、譲渡を実現するために直接必要な支出ではないから、譲渡費用に当たらない。また、これらが取得費に当たらないことは明らかである。
したがって、東大和市固定資産税等を本件譲渡所得の金額の計算上控除することはできない。
エ 本件建物の償却額
原告は、本件建物の償却額２８８万円を本件譲渡所得の金額の計算において控除すべきである旨を主張する。
原告が主張する本件建物の償却額とは、本件建物の減価償却費を指すものと解されるところ、そもそも、本件譲渡は本件土地を対象としたものであって、本件建物を譲渡したものではない。また、減価償却費は、本件譲渡を実現するために直接必要な支出であるともいえない。したがって、本件建物に関する減価償却費を本件譲渡所得の金額の計算において控除する譲渡費用と認めることはできない。
また、本件譲渡は本件建物を譲渡したものではないから、建物に関する減価償却費を本件譲渡所得の金額の計算において控除する取得費と認めることもできない。
したがって、本件建物の償却額（本件建物の減価償却費）を本件譲渡所得の金額の計算上控除することはできない。
オ 本件建物の改修費
原告は、本件建物の改修費１３９万１０９２円を本件譲渡所得の金額の計算において控除すべきである旨主張する。
しかし、本件譲渡は本件土地を対象としたものであって、本件建物を譲渡したものではない。また、原告が本件建物の改修費を支払ったのは、平成５年１０月頃と推認されること（甲６）からすると、当該改修費が平成２２年に行われた本件譲渡を実現するために直接必要な支出であるとは認められない。したがって、本件建物の改修費を本件譲渡所得の金額の計算において控除する譲渡費用と認めることはできない。
また、本件建物の改修費が、本件譲渡所得の金額の計算上控除する取得費に当たらないことは明らかである。
したがって、本件建物の改修費を本件譲渡所得の金額の計算上控除することはできない。
(3) 原告が「取得時の資産の額」として挙げる項目について
ア 本件建物の取得価格
原告は、本件建物の取得価格１０２５万円を本件譲渡所得の金額の計算において控除すべきである旨主張する。
しかし、本件建物の取得価格が上記の金額であることを認めるに足りる的確な証拠はない。また、本件譲渡は、本件土地を対象としたものであって、本件建物を譲渡したものではないから、本件建物の取得価格を本件譲渡所得の金額の計算上、取得費として控除することはできない。
なお、仮に、原告が、本件建物の取得価格につき、本件建物の除却（取壊し）に係る損失に相当するものとして、本件譲渡所得の金額の計算上、取得費又は譲渡費用として控除すべきであると主張していると解したとしても、この主張に理由がないことは、前記(2)イで判示したとおりである。
したがって、本件建物の取得価格を本件譲渡所得の金額の計算において控除することはできない。
イ 下水導入負担金
原告は、下水導入負担金２２５万円を本件譲渡所得の金額の計算において控除すべきである旨を主張する。
しかし、原告が上記の金額の下水導入負担金を支払ったことを認めるに足りる的確な証拠はない。原告は、本件土地の購入に当たり、東大和市から宅地１㎡当たり１０００円の下水導入負担金を課せられたと主張しているが、東大和市長が作成した「甲様」から始まる書面（甲５）によれば、原告の主張する下水導入負担金に相当する下水道事業受益者負担金は、所有する土地の面積１㎡当りに負担金額３００円を乗じて得た額とされており、原告の下水道事業受益者負担金は７万３０７１円（２４３．５７平方メートル×３００円）にすぎないものと認められる。
また、所得税法３８条１項は、譲渡所得の金額の計算上控除する資産の取得費は、別段の定めがあるものを除き、その資産の取得に要した金額並びに設備費及び改良費の額の合計額とする旨規定しており、原告は、下水導入負担金が本件土地の改良費に該当すると主張していると解されるところであるが、前提事実(5)イのとおり、原告は、措置法３１の４第１項及び措置法通達３１の４－１の定めにより、本件譲渡による譲渡収入金額の１００分の５に相当する金額（概算取得費）である２４０万円を取得費として計上しているのであるから、それを下回る金額を本件土地の実際の取得費（改良費）の額として本件譲渡所得の収入金額から控除することはできない。
他方、下水導入負担金が、本件譲渡を実現するために直接必要な支出であるとは認められず、本件譲渡所得の金額の計算において控除する譲渡費用に当たるとは認められない。
したがって、下水導入負担金を本件譲渡所得の金額の計算において控除することはできない。
ウ プロパン集中方式化負担金
原告は、プロパン集中方式化負担金７５万円を、本件譲渡所得の金額の計算において控除すべきである旨主張する。
しかし、原告は、上記負担金の支払時期や費用内容の詳細について具体的な主張をしておらず、原告がプロパン集中方式化負担金を支出したことを認めるに足りる的確な証拠もない。
仮に、原告が、プロパン集中方式化負担金を本件土地に係る改良費であるとして、本件土地の取得費を構成するものであると主張しているとしても、上記イのとおり、原告が、本件譲渡所得の金額の計算において、概算取得費（２４０万円）を取得費として計上している以上、それを下回る本件土地の実際の取得費を本件譲渡所得の収入金額から控除することはできない。また、仮にプロパン集中方式化負担金が、本件建物に係る設備費又は改良費として、本件建物の取得費を構成するものであると原告が主張していると解したとしても、本件譲渡は本件土地を対象としたものであって、本件建物を譲渡したものではないから、本件建物の取得費を構成するプロパン集中方式化負担金を本件譲渡所得の金額の計算において取得費として控除することはできない。
さらに、プロパン集中方式化負担金が、本件譲渡を実現するために直接必要な支出であるとは認められず、本件譲渡所得の金額の計算において控除する譲渡費用に当たるとは認められない。
したがって、プロパン集中方式化負担金を本件譲渡所得の金額の計算において控除することはできない。
３ 争点(3)（本件更正請求から４か月経過後にされた本件通知処分の効力）について原告は、柏税務署長の本件通知処分が本件更正請求から４か月以上経過した後になされたことをもって、本件通知処分が無効である旨主張する。
しかし、通則法２３条４項は、税務署長は、更正の請求があった場合には、その請求に係る課税標準等又は税額等について調査し、更正をし、又は更正をすべき理由がない旨をその請求をした者に通知する旨規定しているが、更正の請求を受けた税務署長において更正又は更正すべき理由がない旨の通知を一定の期間内にしなければならないとする法令の規定や、当該期間を徒過した場合に処分が無効である旨を定めた法令の規定は見当たらない。
したがって、本件通知処分が本件更正請求から４か月以上経過後にされたことを理由として本件通知処分が無効であるとする原告の主張は理由がない。
４ 本件各更正処分等の適法性について
(1) 本件更正処分の適法性
原告は、本件訴訟において、争点に関する部分のほかに本件更正処分の根拠及び適法性を争っていないところ、平成２２年分所得税について原告の納付すべき税額は、別紙２の１(5)のとおり６２９万１６００円であると認められ、本件更正処分における原告の納付すべき税額６２８万９６００円は、上記金額の範囲内であるから、本件更正処分は適法である。
(2) 本件賦課決定処分の根拠及び適法性
上記(1)のとおり、本件更正処分は適法であるところ、本件更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額に基づいて計算した過少申告加算税の額は、別表５の⑮欄のとおり４０万６５００円であると認められ、本件賦課決定処分における過少申告加算税の金額４０万０５００円はこれを下回ることから、本件賦課決定処分は適法である。
第４ 結論
よって、原告の請求は理由がないから棄却することとし、訴訟費用の負担につき、行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条を適用して、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３８部
裁判長裁判官谷口豊
裁判官下和弘
裁判官中丸隆は、転補のため署名押印することができない。
裁判長裁判官谷口豊
（別紙１）
指定代理人目録
中澤直人佐藤繁吉田正小西加津奈
以上
（別紙２）
被告の主張する本件更正処分等の根拠及び適法性
１ 本件更正処分の根拠
被告が、本訴において主張する原告の平成２２年分所得税に係る課税標準等及び税額等は別表２ないし４のとおりであり、その根拠は次のとおりである。
(1) 総所得金額（別表２の①欄）
△２１６万９０４３円
上記金額は、次のア及びイの各金額の合計額である。
ア 事業所得の金額（別表３の①欄）
△４５６万２３６９円
上記金額は、本件修正申告書第一表の①欄に記載された金額と同額である（乙５）。
イ 雑所得の金額（別表３の②欄）
２３９万３３２６円
上記金額は、本件修正申告書第一表の⑦欄に記載された金額と同額である（乙５）。
(2) 分離長期譲渡所得の金額（別表２の②欄）
４３５８万４５８０円
上記金額は、所得税法３３条及び措置法３１条の各規定に基づき計算した、本件土地の譲渡に係る分離長期譲渡所得の金額であり、次のアの金額からイ及びウの各金額を控除した後の金額である。
ア 総収入金額（別表４の①欄）
４８００万円
上記金額は、平成２２年に譲渡した本件土地の譲渡価額であり（乙８）、収入金額として原告が本件修正申告書第三表に記載した金額と同額である（乙５・２枚目セ欄）。
イ 取得費の額（別表４の②欄）
２４０万円
上記金額は、措置法３１条の４第１項の規定及び措置法通達３１の４－１《昭和２８年以後に取得した資産についての適用》の定め（以下、これらにより算出した取得費を「概算取得費」という。）により、上記アの金額（４８００万円）に１００分の５の割合を乗じて算出した金額であり、本件修正申告書とともに提出された「譲渡所得の内訳書（確定申告書付表兼計算明細書）【土地・建物用】」において、土地の購入代金として原告が記載した金額（乙１０・３枚目最上段）と同額である。
ウ 譲渡費用の額（別表４の③欄）
２０１万５４２０円
上記金額は、原告が本件土地を譲渡した際に負担した収入印紙代１万５０００円（乙８・２枚目）、本件測量費等４２万５０００円（乙９）及びその振込手数料４２０円（乙１１）並びに仲介手数料１５７万５０００円（乙８・２枚目及び乙１２）の合計額である。
(3) 所得控除の金額の合計額（別表２の③欄）
１３６万１４７０円
上記金額は、医療費控除の額５万４１７０円、社会保険料控除の額４万７３００円、障害者控除の額４０万円、配偶者控除の額４８万円及び基礎控除の額３８万円の合計額であり、原告が本件修正申告書に記載した金額（乙５・第一表㉕欄）と同額である。
(4) 課税分離長期譲渡所得の金額（別表２の④欄）
４２２２万３０００円
上記金額は、上記(2)の分離長期譲渡所得の金額４３５８万４５８０円から上記(3)の所得控除の金額の合計額１３６万１４７０円を控除した後の金額（ただし、国税通則法（以下「通則法」という。）１１８条１項の規定により、１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
(5) 納付すべき税額（別表２の⑦欄）
６２９万１６００円
上記金額は、次のアの金額からイの金額を控除した後の金額（ただし、通則法１１９条１項の規定により、１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
ア 課税分離長期譲渡所得に対する税額（別表２の⑤欄）
６３３万３４５０円
上記金額は、上記(4)の課税分離長期譲渡所得の金額４２２２万３０００円に、措置法３１条１項に規定する税率１００分の１５を乗じて計算した金額である。
イ 源泉徴収税額（別表２の⑥欄）
４万１８１９円
上記金額は、原告が本件修正申告書に記載した源泉徴収税額（乙５・第一表㊷欄）と同額である。
２ 本件更正処分の適法性
被告が本訴において主張する原告の平成２２年分所得税の納付すべき税額は、上記１(5)のとおり６２９万１６００円であるところ、本件更正処分における原告の納付すべき税額は６２８万９６００円であり（乙４・２枚目の「Ｂ更正後の額」の㊱欄）、上記被告主張額の範囲内であるから、本件更正処分は適法である。
３ 本件賦課決定処分の根拠及び適法性
上記２のとおり、本件更正処分は適法であるところ、原告は平成２２年分所得税を過少に申告していたものであり、原告に対しては、本件更正処分により新たに納付すべきこととなった税額を基礎として、通則法６５条１項及び２項に基づき過少申告加算税が賦課されることになる。
原告に対して課される過少申告加算税の額は、別表５の⑮欄のとおり４０万６５００円であるところ、本件賦課決定処分における過少申告加算税の金額４０万０５００円（乙４・１枚目の「過少申告加算税」の欄）はこれを下回ることから、本件賦課決定処分は適法である。以上
別表１原告甲に係る課税処分等の経緯
（単位：円）
確定申告
修正申告
更正の請求
賦課決定処分
通知処分
更正処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
裁決
区分
平成23年2月2日
平成23年12月20日
平成23年12月26日
平成23年12月28日
平成24年3月9日
平成24年4月9日
平成24年4月9日
平成24年4月28日
平成24年6月27日
平成24年7月20日
平成25年1月21日
総所得金額（②＋③
）①
△1,821,493
△2,169,043
△2,169,043
△2,169,043
△2,169,043
△2,169,043
△2,169,043
事業所得の金額
②
△4,562,369
△4,562,369
△4,562,369
△4,562,369
△4,562,369
△4,562,369
△4,562,369
内訳
雑所得の金額③
2,740,876
2,393,326
2,393,326
2,393,326
2,393,326
2,393,326
2,393,326
分離長期譲渡所得の金額
④
7,431,755
25,485,451
7,368,105
25,485,451
43,572,400
7,368,105
7,368,105
所得控除の金額の合計額
⑤
1,383,270
1,361,470
1,361,470
1,361,470
1,361,470
1,361,470
1,361,470
課税総所得金額（①－⑤）⑥
課税分離長期譲渡所得の金額（注１）
（④－⑤）⑦
7,431,000
24,123,000
6,006,000
24,123,000
42,210,000
6,006,000
6,006,000
課税総所得金額に対する税額
⑧
課税分離長期譲渡所得
に対する税額⑨
1,147,632
3,618,400
900,900
3,618,400
6,331,500
900,900
900,900
算出所得税額（⑧＋⑨）⑩
1,147,632
3,618,400
900,900
3,618,400
6,331,500
900,900
900,900
源泉徴収税額⑪
41,819
41,819
41,819
41,819
41,819
41,819
41,819
申告納税額（⑩－⑪
）⑫
1,105,813
3,576,581
859,000
3,576,581
6,289,600
859,000
859,000
納付すべき税額（注２）⑬
1,105,800
3,576,500
859,000
3,576,500
6,289,600
859,000
859,000
過少申告加算税の額⑭
-
-
-
319,000
-
400,500
-
棄却
-
棄却
（注１）⑦欄の金額は、1000円未満の端数を切り捨てた後の金額である。
（注２）⑬欄の金額は、100円未満の端数を切り捨てた後の金額である。
別表２から別表５まで省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2014/pdf/12467.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。