税務訴訟資料第２６４号－１０４（順号１２４８５）
新潟地方裁判所平成●●年（○○）第●●号更正処分取消等請求事件（以下「Ｔ事件」という。）、平成●●年（○○）第●●号更正処分取消等請求事件（以下「Ｕ事件」という。）
国側当事者・国（三条税務署長、新潟税務署長）
平成２６年６月１３日棄却・控訴
判決
Ｔ事件原告
株式会社Ａ
（以下「原告Ａ」という。）
同代表者代表取締役甲
Ｕ事件原告Ｂ株式会社
（以下「原告Ｂ」という。）
同代表者代表取締役甲
上記２名訴訟代理人弁護士風間士郎
同
三科俊
両事件被告
国
同代表者法務大臣
谷垣禎一
Ｔ事件処分行政庁
三条税務署長
Ｕ事件処分行政庁
新潟税務署長
被告指定代理人
右田直也
同
森本利佳
同
成田兼二
同
齊藤光男
同
斎藤博教
同
小池実
同
藤井志乃
同
長澤聡子
同
清水俊一
同
北原浩幸
同
板垣悟
主文
１ 原告らの請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告らの負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ Ｔ事件
(1) 三条税務署長が平成２３年２月１８日付けでした原告Ａの平成２０年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税についての更正のうち、納付すべき税額８万４７００円を超える部分及び重加算税賦課決定処分を取り消す。
(2) 三条税務署長が平成２３年２月１８日付けでした原告Ａの平成２１年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税についての更正のうち、納付すべき税額１２万０９００円を超える部分及び重加算税賦課決定処分を取り消す。
(3) 三条税務署長が平成２３年２月１８日付けでした原告Ａの平成２０年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の消費税及び地方消費税についての各更正のうち、消費税の納付すべき税額４１９万１３００円及び地方消費税の納付すべき譲渡割額１０４万７８００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分を取り消す。
(4) 三条税務署長が平成２３年２月１８日付けでした原告Ａの平成２１年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の消費税及び地方消費税についての各更正のうち、消費税の納付すべき税額４１９万１１００円及び地方消費税の納付すべき譲渡割額１０４万７７００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分を取り消す。
(5) 三条税務署長が平成２３年２月１８日付けでした原告Ａの平成２０年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度以降の法人税の青色申告承認取消処分を取り消す。
２ Ｕ事件
(1) 新潟税務署長が平成２３年９月２８日付けでした原告Ｂの平成１９年８月１日から平成２０年７月３１日までの事業年度の法人税についての更正のうち、還付すべき税額５８０６円を下回る部分及び重加算税賦課決定処分を取り消す。
(2) 新潟税務署長が平成２３年９月２８日付けでした原告Ｂの平成２０年８月１日から平成２１年７月３１日までの事業年度の法人税についての更正のうち、納付すべき税額６万０２００円を超える部分及び重加算税賦課決定処分を取り消す。
(3) 新潟税務署長が平成２３年９月２８日付けでした原告Ｂの平成２１年８月１日から平成２２年７月３１日までの事業年度の法人税についての更正のうち、納付すべき税額２０万３７００円を超える部分及び重加算税賦課決定処分を取り消す。
(4) 新潟税務署長が平成２３年９月２８日付けでした原告Ｂの平成１９年８月１日から平成２０年７月３１日までの事業年度の消費税及び地方消費税についての各更正のうち、消費税の納付すべき税額３６６万８１００円及び地方消費税の納付すべき譲渡割額９１万７０００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分を取り消す。
(5) 新潟税務署長が平成２３年９月２８日付けでした原告Ｂの平成２０年８月１日から平成２１年７月３１日までの事業年度の消費税及び地方消費税についての各更正のうち、消費税の納付すべき税額３６３万９２００円及び地方消費税の納付すべき譲渡割額９０万９８００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分を取り消す。
(6) 新潟税務署長が平成２３年９月２８日付けでした原告Ｂの平成２１年８月１日から平成２２年７月３１日までの事業年度の消費税及び地方消費税についての各更正のうち、消費税の納付すべき税額３１３万７５００円及び地方消費税の納付すべき譲渡割額７８万４３００円を超える部分並びに重加算税賦課決定処分を取り消す。
(7) 新潟税務署長が平成２３年９月２８日付けでした原告Ｂの平成１９年８月１日から平成２０年７月３１日までの事業年度以降の法人税の青色申告承認取消処分を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、法人である原告らが別の会社に外注した業務に係る経費及び別の会社から請け負った業務に係る売上に基づいて申告した法人税並びに消費税及び地方消費税について、各処分庁が上記経費及び売上が架空のものであることを理由に各更正処分及び各重加算税賦課処分並びに青色申告承認取消処分をしたところ、原告らが上記各処分の取消しを求めた事案である。
１ 前提事実（末尾に証拠等を掲げていないものは当事者間に争いがない。なお、特段の指示がない限り、証拠は枝番号を含む。）
(1) 当事者等
ア 原告Ａは、新潟県三条市を所在地とし、警備の請負及びその保障に関する事業等を目的とする株式会社であり、その事業年度は、１月１日から１２月３１日までである（甲Ａ２）。なお、平成２２年４月●日、新潟県五泉市に本店を置く同名の株式会社Ｖが設立された（乙Ｂ２、弁論の全趣旨。以下「Ｖ」という。）。
原告Ｂは、新潟市東区において、警備の請負及びその保障業務を目的とする株式会社であり、その事業年度は、８月１日から翌年７月３１日までである（乙Ｂ１４）。
原告らは、下記各処分に係る事業年度、課税期間において、いずれも乙（以下「乙社長」という。）が代表取締役及び筆頭株主となっていたグループ法人であり、平成１５年４月１８日から平成２０年４月２０日までは、乙社長が病気であったため、同社長の弟である丙が原告らの代表取締役を兼務していた。
イ 甲（以下「甲」という。）は、乙社長らから原告らの経営立て直しを依頼され、平成１８年４月、原告Ａの取締役に就任し、原告Ａの財務状況の管理等を行っていた。また、甲は、同年５月から原告Ｂの取締役にも就任し、平成２０年頃からは、丙から原告Ｂの財務状況の管理を任されるようになり、平成２４年６月●日、原告らの代表取締役に就任した（甲Ａ１、Ｂ１、弁論の全趣旨）。
ウ 三条税務署長はＴ事件の処分行政庁であり、新潟税務署長はＵ事件の処分行政庁である（弁論の全趣旨）。
(2) 原告Ａと原告Ｂとの取引及び原告ＢとＶとの取引
ア 原告Ａは、平成２０年８月１日から同年１２月２８日まで、平成２１年１月１日から同年１２月３１日まで、原告Ｂから、別紙１記載のとおりの請求書の送付を受けた（乙Ａ５、Ｂ５、弁論の全趣旨）。
また、原告Ａは、原告Ｂに対して、平成２０年３月３１日から同年１１月３０日まで、平成２１年１月３１日から同年８月３１日まで、別紙２記載のとおりの請求書を送付した（乙Ａ４、Ｂ６、弁論の全趣旨）。
イ 原告Ｂは、原告Ａから、平成２０年３月３１日から平成２２年６月３０日まで、別紙３記載のとおりの請求書の送付を受けた（乙Ａ４、Ｂ６、弁論の全趣旨）。また、原告Ｂは、同年７月３１日、Ｖから同別紙記載のとおりの請求書の送付を受けた（乙Ｂ１０、弁論の全趣旨）。
原告Ｂは、原告Ａに対して、平成２０年８月１日から平成２１年７月３１日まで、同年８月１日から平成２２年１月３１日まで、別紙４記載のとおりの請求書を送付した（乙Ａ５、Ｂ５、弁論の全趣旨）。
ウ 原告らは、上記各請求書に記載された外注費及び売上（以下「本件外注費及び本件売上」という。）を各事業年度及び課税期間における法人税等の計算上、損金等の額に計上した（弁論の全趣旨）。
エ 原告Ａと原告Ｂとの間においては、上記各請求書に記載された人材派遣の事実はなく、原告ＢとＶとの間においては、上記請求書に記載されたＨ購入の事実や研修を受けた事実はない。
(3) 原告Ａ・原告Ｂ間における業務提携契約書等
ア 原告らは、共同で新商品の開発を行う旨等が記載された平成１８年９月２０日付け業務提携契約書（以下「本件業務提携契約書」という。）を取り交わした（甲Ｂ７、乙Ａ７、弁論の全趣旨）。
同契約書においては、原告らが相互に業務の補完、支援を行う旨の定め（２条）、ソーシャルネットワークサイト（ＳＮＳ）システム記載実践業務及びマネジメントシステムによる両者の業務効率化システム構築を開発することを業務提携の本旨とする旨の定め（３条）がある。
イ また、原告Ａと株式会社Ｃ（以下「Ｃ」という。）は、共同でシステム開発を行う旨等が記載された平成１８年９月２５日付けソフトウェア開発基本契約書を取り交わした（甲Ａ１４、Ｂ１０、弁論の全趣旨）。
ウ Ｃは、自らが出願者として、「Ｄプログラム」、「Ｅ装置」、「Ｆプログラム」及び「Ｇプログラム」（以下「特許出願プログラム」という。）を特許出願した（甲Ａ１５ないし１８、弁論の全趣旨）。
(4) 本件訴訟に至る経緯等
ア 原告らに対する各処分の経緯等
原告らの法人税、消費税及び地方消費税に係る確定申告、原告らに対する各更正処分の経緯、各更正処分に対する異議申立て、審査請求及びそれらに対する異議決定、審査裁決の内容は別紙５－１ないし５－４のとおりであり、各青色申告承認取消処分の経緯、かかる処分に対する異議申立て、審査請求及びそれらに対する異議決定、審査裁決の内容は別紙６－１、６－２のとおりである（甲Ａ２ないし８、弁論の全趣旨。なお、原告Ａの平成２０年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度及び課税期間を「平成２０年１２月期」及び「平成２０年１２月課税期間」といい、他の事業年度及び課税期間についても同様に表記する。また、原告Ｂの平成１９年８月１日から平成２０年７月３１日までの事業年度及び課税期間を「平成２０年７月期」及び「平成２０年７月課税期間」といい、他の事業年度及び課税期間についても同様に表記する。）。
イ 原告Ａの異議申立時及び審査請求時における主張
(ア) 原告Ａは三条税務署長に対し、平成２３年３月９日、異議申立てを行い、要旨以下のとおりの理由を述べた。
ａ 三条税務署長が原告Ａと原告Ｂとの間で架空の請求書等を作成することにより実際の取引金額を水増ししていたと認定した取引は、実際の正当な契約に基づき計上されたものである。
ｂ 原告Ａと原告Ｂとの間において、「業務委託契約書」を締結済みであり、当該契約書は、一般商行為に基づく業務委託契約書であり、架空の請求書発行などではなく、委託受託者関係における両当事者の台帳に基づいた元請業務委託請求書の発行である。なお、費用科目は外注加工費として計上されており、「元請補完業務の外注加工費・元請補完に係る付帯費用外注加工費」として取り扱われるべきものである。したがって、原告Ａに帰属する売上も架空のものではなく、根拠ある台帳に基づいた売上である。
(イ) また、原告Ａは国税不服審判所長に対し、同年６月９日、審査請求を行い、要旨以下のとおりの理由を述べた。
ａ 原告Ａと原告Ｂは、共同で新規事業を立ち上げることを計画し、両者の間で業務提携契約書を交わし、共同で開発を行っていた。
ｂ 外注費は、形式的には警備請負の対価となっているが、実際には原告Ａが新規事業の開発費として支出した金額であり、当該事業に関する情報を内部及び外部に漏洩させることが絶対に許されないという必要性があったため、やむを得ず外注費として計上したものである。
ｃ 実体のない売上の金額は、原告Ｂの開発費の負担額である。最終的には原告Ａと原告Ｂが当該開発費を等分に負担するものであり、現時点では資金繰り上の理由から原告Ｂが多く支出しているにすぎず、差額については今後清算する予定である。これも業務提携契約書に基づき計上された適法なものである。
ウ 原告Ａは、平成２４年８月９日、原告Ｂは、同年１０月１６日、それぞれ本件訴訟を提起した（顕著な事実）。
２ 争点
本件各処分の適法性（本件外注費及び本件売上が開発費の実体を有しないものか。）
３ 争点に対する当事者の主張
（被告の主張）
ア 本件外注費及び本件売上は、原告らが相互に、取引実体がないにもかかわらず、請求書等を作成して作出した取引であると認められるから、以上を前提に原告らの各事業年度に係る所得金額及び納付すべき法人税額並びに各課税期間に係る消費税等の課税標準額及び納付すべき金額を計算すると、原告Ａにつき別紙７－１、７－２、原告Ｂにつき別紙８－１、８－２のとおりとなり、法人税等の納付すべき金額は各更正処分に係る金額と同額であるから、原告らに対する各更正処分はいずれも適法である。
なお、本件外注費及び本件売上は開発費の実体を有しない。本件業務提携契約書及び本件ソフトウェア開発基本契約書は、その内容に疑義があり、また、原告らは税務調査の段階から各契約書を提出することが可能であったにもかかわらず、審査請求段階になって提出していることからすると、上記各契約書は、原告らが自己の主張に沿う内容の契約が締結されていたかのように仮装するため、事後的に作成されたものと考えられ、原告ら主張の２社共同開発は存在しない。また、原告は、２社共同開発によるシステムがいずれも特許出願されていることを主張するが、特許出願に係る具体的な作業の存在を示す客観的資料はないし、また、特許出願の時期がプログラム・システムの完成時期より前であることから、上記特許出願に係るシステムを本件共同開発の成果物とみることはできない。原告が主張する開発は存在しない以上、同開発に係る経費も認めることができない。加えて、経費の算定も合理性を欠くものであって、この点からも、かかる経費が実態を伴うものとして存在しないことは明らかである。
イ 原告らは、各事業年度及び課税期間の法人税等について、納付すべき金額を過少に申告したものであり、納付すべき税額を過少に申告したことについて、国税通則法６５条４項にいう「正当な理由」は認められない。また、原告らは、各事業年度及び課税期間において、派遣の事実のない警備請負に係る請求書を作成する等して、取引実体のない本件各取引を実体があるかのごとく仮装し、架空の外注費及び売上を帳簿書類に計上した上で、法人税等の確定申告書を提出していたものと認められるから、原告らの行為は、同法６８条１項に該当し、それぞれ別紙７－１、７－２及び同８－１、８－２記載のとおり、重加算税が課されるところ、同各別紙記載の金額は、原告らに対する各賦課決定処分に係る金額と同額であるから、同処分はいずれも適法である。
ウ 原告らは、各事業年度において、派遣の事実のない警備請負に係る請求書を作成するなどして架空の外注費及び売上を計上していたのであるから、取引実体のない本件各取引を実体があるかのごとく仮装し、各事業年度に係る帳簿書類に本件売上及び本件外注費を計上したものであり、法人税法１２７条１項３号に該当することは明らかである。したがって、原告らに対する各青色申告承認取消処分は適法である。
（原告らの主張）
争う。
本件外注費及び本件売上は、システムの開発費等の実体を有するものであって、架空の費用及び売上ではない。原告Ａにおいては、甲が中心となって、新規システム（ソーシャルネットワーキングサービス（ＳＮＳ）システム及びＨ取引・Ｒ事業）の開発を検討し、平成１８年９月２０日、環境事業部門が新設された。同部門には、甲、従業員の丁、原告Ａのアドバイザーである戊が配属された。このような中で、原告ＡがＣと共同でシステム開発を行うことになり、原告Ｂは原告Ａとの間で締結した業務提携契約に基づき、相互に業務の補完や支援をすることになった（以下原告らが主張する原告ＡとＣとの共同システム開発を「２社共同開発」と、原告らにおける業務提携契約に基づく業務補完等を「本件開発」といい、両者を併せて「本件共同開発」という。）。本件共同開発によるプログラム・システムが特許出願プログラムであり、これらを用いてＨ取引システムが実際に運営されている。原告が主張する開発は、本件共同開発に含まれるものであり、以上からすれば実体がある。このようなプログラム・システム開発に要した経費が、原告Ａと原告Ｂとの間における各請求書記載の金額である。原告らにおいては、業務提携契約書に基づき、相互に経費を負担することになったことから、各請求書を発行し合っていた。原告らにおいては、プログラム・システム開発経費の算定単価を週２０万円と定めたが、これは、原告Ａの事業部門に在籍する従業員２名と原告Ａとアドバイザー契約を締結した戊の合計３名の単価である。なお、プログラム・システム開発は一括して開発していたのではなく、部分ごとに分けて研究開発していたため、毎月並行して行われるプログラム・システム開発について、完成した部分を完成した月の経費として計上していたから、長期間かかったものが完成した月はその経費の金額が高くなり、反対に短期間で完成した月の経費は相対的に低くなっている。以上のように、本件共同開発はいずれも実体を伴うものであり、その成果物も存在するから、本件外注費及び本件売上は開発費の実体を有するものである。
第３ 当裁判所の判断
１ 認定事実
前記前提事実に加え、証拠（甲Ａ１４ないし１８、Ｂ１０、乙Ａ１１、１３、１５、１８、Ｂ９、１９、２０）及び弁論の全趣旨によれば、次の事実が認められる。
(1) 平成１８年９月２５日付けの本件ソフトウェア開発基本契約書においては、Ｃの所在地及び法人名が「東京都千代田区株式会社Ｃ」と記載されている。しかし、当時、Ｃの本店の所在地は、「新潟県三条市」であり、法人名は「株式会社Ｉ」であった。Ｃが法人名を「株式会社Ｃ」に変更したのは、平成１８年１０月●日であり、本店所在を上記基本契約書に記載された住所地に移転したのは、平成２１年３月５日であった（ただし、Ｃの三条税務署長宛ての異動届出書には、平成２１年３月２３日に移転した旨の記載がある。）。
また、Ｃは、平成１８年１２月５日、所在地を新潟県三条市として、前提事実(3)記載の特許を出願した。
本件ソフトウェア開発基本契約書においては、「第４７条の規定に従った損害賠償の責を負う」（同契約書１０条）、「第４０条、及び第４７条にかかわらず、第三者ソフトに起因する不具合又は権利侵害について」（同契約書１８条）との記載があるものの、同契約書は２９条までしか存在しない。
(2) 特許出願プログラムに関しては、Ｃが出願者として、Ｊ、Ｋ、Ｌ、Ｍが発明者として公開特許公報に掲載されている。上記４名は原告Ａの従業員ではない。
(3) 本件業務提携契約書においては、原告Ｂの住所が「新潟市東区」と記載されているところ、同契約書作成時においては、新潟市に東区は存在しなかった。新潟市に東区が設置されたのは、平成１８年１２月１８日付け「新潟市区の設置並びに区の事務所の位置、名称及び所管区域を定める条例」に基づくものであり、同条例の施行日は平成１９年４月１日である。
(4) Ｖは、平成２２年７月３０日、Ｎ株式会社との間で、サーバ及びＲシステムを代表物件としてリース契約を締結し、原告らはＶの債務を連帯保証した。リース物件の中には「Ｈプロバイダシステム」、「Ｒシステム」及び「Ｓシステム」が存在するところ、これらはいずれもＣが使用権設定者となっていた。
２ 以上の事実が認められるところ、これらの事実のほか、前記前提事実記載の原告Ａの本件訴訟に至るまでの対応を併せしんしゃくすれば、他に特段の事情も認められない本件においては、本件共同開発は存在せず、本件外注費及び本件売上は開発費としての実体を有するものとはいえないものと認められる。なお、本件業務提携契約書は、前記のとおり、原告Ｂの所在地が同契約書作成時点で施行されていない区制に基づいて記載されているなど、上記契約書をもって本件開発の存在を認めることはできない。
この点に関し、原告らは、本件外注費及び本件売上は新規システムの開発に要した経費であって、開発に係る成果物も存在することから、開発費としての実体を有するなどと主張する。
しかしながら、前記認定事実によれば、本件ソフトウェア開発基本契約書においては、Ｃの名称及び所在地につき、同契約書作成日に存在しない名称及び所在地が記載されていたことが認められ、不自然である。また、契約書に存在しない条項を内容とする条文が定められていたことも認められるところ、原告らの主張によれば、同契約締結時、原告Ａにおいては新規システムを開発することが重要な目標であったというのであるから、無用の紛争等が発生することのないよう、契約書の文言等には慎重となるべきところ、上記契約書においては条文に不備が存在し、特にかかる不備が紛争発生防止、紛争処理に関する条文に存在する点で不合理である。したがって、上記契約書が存在することをもって、直ちに２社共同開発が存在するとは認めることができないし、かえって、かかる契約書が存在すること自体、不自然不合理であるといわざるを得ない。
また、原告らは、システム開発の過程等を図式化した資料（甲Ａ２３、２４、Ｂ１６、１７）を提出し、かかる資料に記載されたものを統合すると特許出願プログラムとなり、Ｈ取引システムとして実用化されると主張するが、かかる資料は、その多くがシステムの概略図にすぎず、作業の詳細を読み取ることはできないのであって、これによって、本件共同開発等原告らの主張する開発が存在したとすることはできない。さらに、甲が作成したシステムソフト開発草案（甲Ａ１１、Ｂ８）は、原告らが主張する開発に関係する記載も認められるものの、開発の内容や詳細等を記したものではなく、これをもって本件共同開発等原告主張の開発が存在したとすることはできない。加えて、上記資料については、原告Ａと原告Ｂとが同一のシステムを別々の時期に完成させたことを窺わせる記載が認められること（甲Ａ２３の４、２３の６、２３の７、２３の９、２４の２、２４の３、２４の４、２４の１３、Ｂ１６の２、１６の３、１６の４、１６の１３、１７の４、１７の６、１７の７、１７の９）に照らすと、本件業務提携契約書に基づく原告らの役割分担を考慮したとしても、上記資料によって原告主張の開発が存在したと認めるのは困難である。
原告らが提出したシステム開発の過程等を図式化した資料（甲Ａ２３、２４、Ｂ１６、１７）によれば、プログラム・システムの一部が初めて完成したのは平成２０年３月であるところ、証拠（甲Ａ１５）によれば、「Ｄプログラム」の特許出願日は平成１８年１２月５日であることが認められるから、特許出願時期と外注費の計上時期から推認されるプログラム・システムの完成時期は一致せず、特許出願プログラムは２社共同開発の成果物とはいえないし、また、前記認定事実によれば、特許出願プログラムについては、Ｃが出願者となっており、発明者の中に原告らの従業員は含まれていないことが認められるところ、原告らの主張によれば、原告ＡとＣとは共同でソフトウェア開発を行う関係にあり、新規システム開発が原告らにおいて重要な目標であったというのであるから、原告らとしては、かかる開発の成果物である特許出願プログラムについて発明者として出願する動機が存在し、また、発明者として名を連ねることも可能であったにもかかわらず、これを行っていないのであって、甲らが営業秘密の漏洩防止を重要視していたこと（甲Ａ９、原告ら代表者）を考慮しても、原告らの対応としては不合理であるといわざるを得ず、特許出願プログラムの存在から２社共同開発の存在を窺うことはできない。加えて、原告らが主張する開発の結果として存在するＨ取引システムが前記認定事実(4)記載の各システムであるとしても、同システムのプログラムプロダクトの著作権はいずれもＣに帰属することが認められるから、かかるプログラムプロダクトはＣにより開発されたことと認めることができる。そして、証拠（乙Ａ１８）によれば、ＶとＮ株式会社とのリース契約においては、上記各システムの使用権はＣに帰属する旨が定められていることは認められるものの、原告らに使用権が帰属する旨の定めはなく、かえって、Ｖが上記リース契約を締結し、原告らが連帯保証をしていることに照らせば、Ｃと行った共同開発の成果物が特許出願プログラムであるにもかかわらず、原告らは同プログラムに対してほとんど権利を有していないと認めることができるから、この点からも特許出願プログラムの存在をもって、２社共同開発等原告らが主張する開発が存在したと窺うことはできない。
以上の点に加え、本件業務提携契約書及び本件ソフトウェア開発基本契約書は、契約書に記載された作成日を前提にすれば、原告Ａに対する税務調査段階ではすでに存在していたのであり、また、証拠（甲Ａ１５ないし１７）によれば、特許出願プログラムの一部についても出願済みであったことが認められるから、原告Ａは、これらを提出し、本件外注費及び本件売上が新規システムの開発に要した経費である旨主張することが可能であったといえる。しかしながら、前記前提事実によれば、原告Ａは、三条税務署長に対する異議申立て段階に至っても、原告Ａと原告Ｂとの間の取引は、実際の正当な契約に基づいて計上された旨主張し、開発費には言及していなかったのであり、原告Ａの審査請求段階になって初めて開発費の存在を主張したことが認められ、いかにも不自然である。本件訴訟に至る経緯、特に原告Ａのかかる対応も併せ考えれば、本件共同開発等原告が主張する開発は存在しないものと認めるのが相当である。
なお、仮に原告らが主張する開発の存在が認められたとしても、証拠（原告ら代表者）によっても、開発経費の算定単価が週２０万円となることにつき、合理的根拠を見いだすことはできない。また、証拠（甲Ａ２３、２４、Ｂ１６、１７）及び弁論の全趣旨によれば、原告が主張する開発の総作業量は合計１１１２週となるところ、これは原告らにおいて作業を行っていた３名が同時に作業した場合でも、約２１年間分の作業量になることが認められるから、原告らにおいて開発に要した期間を遙かに超えることになる。原告らは、プログラム・システム開発を部分ごとに分け、複数の開発を並行して行っていたと主張し、原告ら代表者もこれに沿う供述をするが、本件においては、原告らの行っていたプログラム・システム開発が複数の部分に分けられて作業されていたことを窺わせるに足る証拠は存しないし、それを前提にして経費が計算されていたことを認めるに足る証拠も存在しない。かえって、前示のとおり、原告らが提出した資料（甲Ａ２３、２４、Ｂ１６、１７）は本件共同開発の存在自体について疑義を生じさせるものである。
よって、本件共同開発は認められず、本件外注費及び本件売上が開発費としての実体を有するものとはいえない。そして、弁論の全趣旨によれば、原告らの各事業年度における所得金額及び納付すべき法人税額並びに各課税期間における消費税等の課税標準及び納付すべき金額は、別紙７－１ないし８－２記載のとおりであると認められるところ、原告らにおける各更正処分決定に係る法人税等の納付すべき金額はこれと同額であるから、原告らに対する各更正処分はいずれも適法と認められる。
３ 前示のとおり、本件外注費及び本件売上については、人材派遣の事実並びにＨ購入の事実及び研修を受けた事実はなく、本件共同開発の実体もなく、原告らは、警備請負に係る請求書等を作成するなどして、各事業年度及び課税期間における法人税等の納付すべき金額を過少に申告したものと認められるところ、本件においては、かかる過少申告をしたことにつき、「正当な理由」（国税通則法６５条４項）も窺うことはできない。また、原告Ａと原告Ｂとの間の取引及び原告ＢとＶとの間の取引は取引実体がないにもかかわらず、これがあるかのように仮装し、架空の外注費及び売上を帳簿書類に計上した上で、法人税等の確定申告書を提出したことが認められるから、原告らに対しては重加算税が賦課される（同法６８条１項）。弁論の全趣旨によれば、原告らに対する重加算税額は、別紙７－１ないし８－２記載のとおりであると認められるところ、原告らに対する各重加算税賦課決定処分に係る金額と同額であるから、上記各処分はいずれも適法であると認められる。
４ そして、前示のとおり、本件外注費及び本件売上については、人材派遣の事実並びにＨ購入の事実及び研修を受けた事実はなく、本件共同開発の実体もなく、原告らは、警備請負に係る請求書等を作成するなどして、各事業年度に係る帳簿書類に架空の外注費等を計上していたのであるから、法人税法１２７条１項３号に該当する事実があると認められる。そうすると、三条税務署長及び新潟税務署長が原告らに対して行った各青色申告承認取消処分は、いずれも適法である。
第４ 結論
以上によれば、原告らの請求はいずれも理由がないから、これを棄却することとして、主文のとおり判決する。
新潟地方裁判所第一民事部
裁判長裁判官三浦隆志
裁判官清水光
裁判官大畑朋寛
別紙１から別紙４まで及び別紙７－１から別紙８－２まで省略
別紙５－１原告Ａの法人税の課税処分等の経緯
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき税額
重加算税の額
確定申
告期
限内
394,329
84,700
更正処分等平成23年2月18日
9,067,804
2,078,100
696,500
異議申立て平成2 3 年3 月9 日
全部取消し
異議決
定平成23年4月28日
(平成23年5月10日)
棄却
審査請
求平成2 3 年6 月9 日
全部取消し
平成
年
月期
審査裁
決平成24年5月29日
棄却
確定申
告期
限内
702,948
120,900
更正処分等平成23年2月18日
6,788,773
1,216,400
381,500
異議申立て平成2 3 年3 月9 日
全部取消し
異議決
定平成23年4月28日
(平成23年5月10日)
棄却
審査請
求平成2 3 年6 月9 日
全部取消し
平成
年
月期
審査裁
決平成24年5月29日
棄却
（注）１「更正処分等」とは、更正処分及び重加算税の賦課決定処分をいう。
２ 「異議決定」の「年月日」欄のかっこ書は、異議決定書謄本の送達年月日である。別紙５－２原告Ｂの法人税の課税処分等の経緯
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき税額
重加算税の額
確定申
告期
限内
△780,652
△5,806
更正処分等平成23年9月28日
22,715,448
6,168,600
2,159,500
異議申立て平成23年11月24日
全部取消し
異議決
定平成24年1月24日
棄却
審査請
求平成24年2月21日
全部取消し
平成
年
月期
審査裁
決平成24年8月28日
棄却
確定申
告期
限内
387,613
60,200
更正処分等平成23年9月28日
24,725,915
6,448,000
2,233,000
異議申立て平成23年11月24日
全部取消し
異議決
定平成24年1月24日
棄却
審査請
求平成24年2月21日
全部取消し
平成
年
月期
審査裁
決平成24年8月28日
棄却
確定申
告期
限内
1,210,603
203,700
更正処分等平成23年9月28日
6,847,268
1,218,400
353,500
異議申立て平成23年11月24日
全部取消し
異議決
定平成24年1月24日
棄却
審査請
求平成24年2月21日
全部取消し
平成
年
月期
審査裁
決平成24年8月28日
棄却
（注）１「更正処分等」とは、更正処分及び重加算税の賦課決定処分をいう。
２ 「所得金額」欄及び「納付すべき税額」欄の「△」印は、それぞれ欠損金額及び還付金額を示す。
別紙５－３原告Ａの消費税等の課税処分等の経緯
（単位：円）
区分
年月日
課税標準額
控除税額
納付すべき
消費税の額
納付すべき地
方消費税の額重加算税の額
確定申告期
限内
164,652,000
2,394,692
4,191,300
1,047,800
更正処分等平成2 3 年2 月1 8 日
129,358,000
636,012
4,538,300
1,134,500
150,500
異議申立て平成2 3 年3 月9 日
全部取消し
異議決定平成2 3 年4 月2 8 日
(平成23年5月10日)
棄却
審査請求平成2 3 年6 月9 日
全部取消し
平成
年
月課税期間
審査裁決平成2 4 年5 月2 9 日
棄却
確定申告期
限内
200,426,000
3,825,917
4,191,100
1,047,700
更正処分等平成2 3 年2 月1 8 日
130,884,000
777,817
4,457,500
1,114,300
115,500
異議申立て平成2 3 年3 月9 日
全部取消し
異議決定平成2 3 年4 月2 8 日
(平成23年5月10日)
棄却
審査請求平成2 3 年6 月9 日
全部取消し
平成
年
月課税期間
審査裁決平成2 4 年5 月2 9 日
棄却
（注）１「更正処分等」とは、更正処分及び重加算税の賦課決定処分をいう。
２ 「異議決定」の「年月日」欄のかっこ書は、異議決定書謄本の送達年月日である。別紙５－４原告Ｂの消費税等の課税処分等の経緯
（単位：円）
区分
年月日
課税標準額
控除税額
納付すべき
消費税の額
納付すべき地
方消費税の額重加算税の額
確定申告期
限内
138,398,000
1,867,782
3,668,100
917,000
更正処分等平成2 3 年9 月2 8 日
138,398,000
927,942
4,607,900
1,151,900
409,500
異議申立て平成23年11月24日
全部取消し
異議決定平成2 4 年1 月2 4 日
棄却
審査請求平成2 4 年2 月2 1 日
全部取消し
平成
年
月課税期間
審査裁決平成2 4 年8 月2 8 日
棄却
確定申告期
限内
187,360,000
3,855,189
3,639,200
909,800
更正処分等平成2 3 年9 月2 8 日
131,870,000
617,009
4,657,700
1,164,400
444,500
異議申立て平成23年11月24日
全部取消し
異議決定平成2 4 年1 月2 4 日
棄却
審査請求平成2 4 年2 月2 1 日
全部取消し
平成
年
月課税期間
審査裁決平成2 4 年8 月2 8 日
棄却
確定申告期
限内
169,573,000
3,645,387
3,137,500
784,300
更正処分等平成2 3 年9 月2 8 日
103,969,000
715,624
3,443,100
860,700
133,000
異議申立て平成23年11月24日
全部取消し
異議決定平成2 4 年1 月2 4 日
棄却
審査請求平成2 4 年2 月2 1 日
全部取消し
平成
年
月課税期間
審査裁決平成2 4 年8 月2 8 日
棄却
（注）「更正処分等」とは、更正処分及び重加算税の賦課決定処分をいう。
別紙６－１原告Ａの青色申告の承認の取消処分の経緯
区分
年月日
内容
青色申告承認
取消
処分平成23年2月18日平成20年１月１日から平成20年12月31日までの事業年度以後の法人税の青色申告の承認の取消処分
異議申立て平成2 3 年3 月9 日平成20年１月１日から平成20年12月31日までの事業年度以後の法人税の青色申告の承認の取消処分の取消し
異議
決定平成23年4月28日
(平成23年5月10日)
棄却
審査
請求平成2 3 年6 月9 日平成20年１月１日から平成20年12月31日までの事業年度以後の法人税の青色申告の承認の取消処分の取消し
審査
裁決平成24年5月29日
棄却
（注）「異議決定」の「年月日」欄のかっこ書は、異議決定書謄本の送達年月日である。別紙６－２原告Ｂの青色申告の承認の取消処分の経緯
区分
年月日
内容
青色申告承認
取消
処分平成23年9月28日平成19年８月１日から平成20年７月31日までの事業年度以後の法人税の青色申告の承認の取消処分
異議申立て平成23年11月24日平成19年８月１日から平成20年７月31日までの事業年度以後の法人税の青色申告の承認の取消処分の取消し
異議
決定平成24年1月24日
棄却
審査
請求平成24年2月21日平成19年８月１日から平成20年７月31日までの事業年度以後の法人税の青色申告の承認の取消処分の取消し
審査
裁決平成24年8月28日
棄却
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2014/pdf/12485.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。