税務訴訟資料第２６４号－１２９（順号１２５１０）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分取消等請求事件
国側当事者・国（日本橋税務署長）
平成２６年７月１８日棄却・控訴
判決
原告
Ｃ株式会社
同代表者代表取締役
甲
原告訴訟代理人弁護士山下清兵衛
同
山下功一郎
同
田代浩誠
被告
国
同代表者法務大臣
谷垣禎一
処分行政庁
日本橋税務署長
小棹ふみ子
被告指定代理人
田原昭彦
同
吉本健太
同
齋藤誠密
同
古川丹生
同
糸賀定雄
同
三浦一樹
同
酒井武
同
田中敏法
同
岩下善範
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 日本橋税務署長が原告に対し平成２３年６月２９日付けでした、原告の平成２０年４月１日から平成２１年３月３１日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）の法人税の更正の処分（以下「本件更正処分」という。）のうち、所得の金額１億４５６０万４５３６円及び納付すべき税額３９９８万０４００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定の処分（以下「本件賦課決定処分２」といい、本件更正処分と併せて「本件更正処分等」という。）を取り消す。
２ 被告は、原告に対し、１５９１万８８００円を支払え。
第２ 事案の概要等
本件は、内国法人である原告が、本件事業年度にその役員に対して支給した給与が法人税法３４条１項２号に規定する給与に当たるとして、原告の本件事業年度の所得の金額の計算上その額を損金の額に算入して、本件事業年度の法人税の確定申告をしたところ、日本橋税務署長から、当該給与は同号に規定する給与には当たらないとして、本件更正処分等を受けたことについて、日本橋税務署の調査担当職員ら（以下「本件調査担当職員ら」という。）が行政指導にとどめる旨を述べていたにもかかわらずされた本件更正処分等は、信義則ないし禁反言の法理に反し違法であるなどと主張して、その取消しを求めるとともに、本件更正処分等及びこれに続く債権の差押えによって原告の信用が毀損されるなどの損害が生じたなどと主張して、国家賠償法（以下「国賠法」という。）１条１項の規定に基づき、その賠償を求める事案である。
１ 関係法令等の定め
別紙１「関係法令等の定め」に記載したとおりである（同別紙で定める略称は、以下においても用いる。）。
２ 前提事実
証拠（各認定事実の後に掲げる。証拠を掲げない事実は、当事者間に争いがない。）及び弁論の全趣旨によれば、以下の各事実（以下「前提事実」という。）が認められる。
(1) 当事者等
ア 原告は、建物の管理及び保守請負業務等を目的とする株式会社であり、本件事業年度において、法人税法２条３号の「内国法人」及び同条１０号の「同族会社」に該当していた（甲１、乙４、弁論の全趣旨）。
イ 本件事業年度において、乙（以下「乙」という。）、甲（以下「甲」という。）、丙及び丁（以下「丁」という。）は原告の代表取締役であり、戊（以下「戊」という。）は原告の取締役であり、いずれも法人税法２条１５条の「役員」に該当していた（弁論の全趣旨）。
(2) 本件更正処分等に関する経緯
ア 原告は、平成２０年６月２５日に開催した取締役会の決議により、別表２「事前確定届出給与等の状況」の「役員」欄記載の各役員（以下「本件役員ら」という。）の各職務につき、同別表の「事前確定届出給与」欄の「支給時期」欄記載の各時期に、同別表の「事前確定届出給与」欄の「届出額」欄記載の各金額（以下「本件各届出額」という。）の給与を支給する旨の法人税法３４条１項２号の定め（以下「本件定め」という。）をし、同年７月４日、日本橋税務署長に対し、「事前確定届出給与に関する届出書」（乙２。以下「本件届出書１」という。）をもって、本件定めの内容に関する届出をした。本件届出書１の１枚目の「①事前確定届出給与に係る株主総会等の決議をした日及びその決議をした機関等」欄には、「決議をした日」として「平成２０年６月２５日」と、「決議をした機関等」として「取締役会」と記載され、その２枚目から７枚目までの「付表１（事前確定届出給与等の状況）」の「事前確定届出給与に係る職務の執行を開始する日（職務執行期間）」欄には、「平成２０年６月２５日（平成２０年６月２５日～平成２１年６月２５日）」とそれぞれ記載されていた（甲５、乙２、弁論の全趣旨）。
なお、上記取締役会においては、本件事業年度に本件役員らに対して同別表の「定期同額給与（月額）」欄記載の各金額の給与を各月に支給する旨の決議もされていた（乙２、弁論の全趣旨）。
イ 原告は、別表２「事前確定届出給与等の状況」の「事前確定届出給与」欄の「支給時期」欄記載の各時期に、本件役員らに対し、同別表の「事前確定届出給与」欄の「支給額」欄記載の各金額（以下「本件各支給額」という。）の給与（以下「本件役員給与」という。）を支給した（乙１、弁論の全趣旨）。
ウ 原告は、法定申告期限である平成２１年６月１日、日本橋税務署長に対し、原告の本件事業年度の法人税について、本件役員給与の合計額である３７７０万円を損金の額に算入するなどして所得の金額を計算した上で、青色の申告書により、別表１「本件事業年度の法人税に係る経緯」の「確定申告」欄記載のとおり確定申告（以下「本件確定申告」という。）をした（甲１、弁論の全趣旨）。
エ 本件調査担当職員らは、平成２２年９月７日から同月１０日までの間、原告の本店において、法人税に関する調査を行った上で、同月下旬、原告に対し、平成１９年４月１日から平成２０年３月３１日まで、同年４月１日から平成２１年３月３１日まで（本件事業年度）及び同年４月１日から平成２２年３月３１日までの各事業年度（以下「本件各事業年度」という。）の所得の金額の計算上、損金の額に算入されない交際費等の額に誤りがあったことが明らかになった旨などを指摘して、本件各事業年度の法人税の修正申告をしょうようした（甲５、７、９、乙１６、弁論の全趣旨）。
オ 原告は、前記エの本件調査担当職員らのしょうように応じて、平成２２年１１月２４日、日本橋税務署長に対し、原告の本件事業年度の法人税について別表１「本件事業年度の法人税に係る経緯」の「修正申告」欄記載のとおり修正申告（以下「本件修正申告」という。）をするとともに、本件各事業年度のうちその余の事業年度の法人税についても修正申告をした（甲２、７、９、乙１６、弁論の全趣旨）。
カ ところで、原告は、平成２１年６月２３日に開催した取締役会の決議により、本件役員らのうち乙、甲、丁及び戊並びに同日に原告の監査役に就任したＤの各職務につき、法人税法３４条１項２号の定めをし、同年７月７日、日本橋税務署長に対し、「事前確定届出給与に関する届出書」（甲３の１。以下「本件届出書２」という。）をもって、同定めの内容に関する届出をしていたところ、本件届出書２に添付された「付表１（事前確定届出給与等の状況）」（甲３の１・２枚目から６枚目まで。以下「本件付表Ａ」という。）には、平成２０年７月８日及び同年１２月１０日に乙、甲、丁及び戊に支給された給与に係る届出額及び支給額として、それぞれ別表２「事前確定届出給与等の状況」の「事前確定届出給与」欄の「届出額」欄及び「支給額」欄記載の各金額が記載されていた（甲３の１、弁論の全趣旨）。
キ 本件調査担当職員らは、本件修正申告がされた後、本件付表Ａに記載されている平成２０年１２月１０日に乙、甲、丁及び戊に支給された給与に係る届出額と支給額とがいずれも相違していることに気付いたことから、平成２２年１２月上旬、その事実関係を確認するために原告に電話をかけたところ、本件役員給与のうち平成２０年１２月１０日に支給されたものの額は、本件各支給額のうち支給時期を同日とするもののとおりであって、いずれも本件各届出額のうち支給時期を同日とするものを上回っている旨の回答を得た（甲５、７、９、乙１６、弁論の全趣旨）。
ク 本件調査担当職員らは、平成２２年１２月１０日、日本橋税務署を訪れた丁等に対し、本件役員給与のうち平成２０年１２月１０日に支給されたものの額がいずれも本件各届出額のうち支給時期を同日とするものとは異なる以上、原告の本件事業年度の所得の金額の計算上、本件役員給与の全額が損金の額に算入されないこととなるが、今回は、この点に係る更正の処分はせずに行政指導にとどめる旨の発言（以下「本件発言」という。）をした上で、本件付表Ａについて、平成２０年１２月１０日に乙、甲、丁及び戊に支給された給与に係る支給額を届出額と同額に修正したものに差し替えるよう求めたところ、原告は、同日、そのとおり本件付表Ａを修正したもの（甲３の２・２枚目から６枚目まで。以下「本件付表Ｂ」という。）を提出した（甲３の１、３の２、５、７、９、乙１６、弁論の全趣旨）。本件付表Ｂには、平成２０年１２月１０日に乙、甲、丁及び戊に支給された給与に係る届出額及び支給額として、いずれも別表２「事前確定届出給与等の状況」の「事前確定届出給与」欄の「届出額」欄記載の各金額が記載されていた（甲３の２）。
ケ 日本橋税務署長は、平成２２年１２月２４日付けで、別表１「本件事業年度の法人税に係る経緯」の「賦課決定」欄記載のとおり前記オの本件修正申告に係る原告の本件事業年度の法人税の過少申告加算税の賦課決定の処分をするとともに、本件各事業年度のうちその余の事業年度の修正申告に係る法人税についても過少申告加算税の賦課決定の処分（以下「本件賦課決定処分１」という。）をした（甲７、乙５、弁論の全趣旨）。
コ 本件調査担当職員らは、平成２３年４月１９日、求めに応じて日本橋税務署を訪れた丁等に対し、日本橋税務署として改めて検討した結果、本件役員給与のうち平成２０年１２月１０日に支給されたものの額がいずれも本件各届出額のうち支給時期を同日とするものとは異なる以上、原告の本件事業年度の所得の金額の計算上、本件役員給与の全額が損金の額に算入されないことは法人税法上明らかであり、この点を行政指導にとどめることはできない旨を説明した上で、これに係る本件事業年度の法人税の修正申告をしょうようした（甲５、７、９、乙１６、弁論の全趣旨）。
サ 丁等は、平成２３年６月３日、原告の本店を訪れた本件調査担当職員らに対し、前記コのしょうように関して、本件役員給与のうち平成２０年１２月１０日に支給されたものの額がいずれも本件各届出額のうち支給時期を同日とするものとは異なること（以下「本件相違」という。）については、既に本件調査担当職員らから行政指導にとどめる旨の本件発言がされたものである上、本件調査担当職員らからの求めに応じて本件付表Ｂを提出していることから、修正申告をする意思はない旨を回答した（甲５、７、９、乙１６、弁論の全趣旨）。
そこで、本件調査担当職員らは、原告に対し、修正申告がされない場合には、平成２３年６月末までに更正の処分をする旨を伝えた（甲５、７、９、乙１６、弁論の全趣旨）。
シ その後、原告から修正申告がされなかったことから、日本橋税務署長は、平成２３年６月２９日付けで、別表１「本件事業年度の法人税に係る経緯」の「更正処分」欄記載のとおり本件更正処分等をした（甲４、弁論の全趣旨）。
ス 原告は、平成２３年７月７日、本件更正処分等に不服があるとして、別表１「本件事業年度の法人税に係る経緯」の「審査請求」欄記載のとおり国税不服審判所長に対して審査請求をした（甲５、弁論の全趣旨）。
セ 日本橋税務署長は、平成２３年８月２９日、原告に対し、通則法３７条１項の規定に基づき、本件更正処分等により原告が納付すべき国税（以下「本件滞納国税」という。）について、督促状によりその納付を督促した（乙６、弁論の全趣旨）。
ソ 日本橋税務署の徴収職員ら（以下「本件徴収担当職員ら」という。）は、平成２３年９月２０日、原告の本店において、原告に対し、本件滞納国税を納付するよう催告をしたものの、原告は、本件更正処分等について前記スのとおり審査請求をして争っているとして、本件滞納国税を納付する意思を示さなかったことから、いわゆる差押予告をした（甲７、９、弁論の全趣旨）。
タ さらに、本件徴収担当職員らは、平成２３年９月２２日、日本橋税務署を訪れた丁等が、本件滞納国税を納付する意思のないことを申し述べたことから、同人らに対し、差押処分を行う旨を伝えた（甲７、９、弁論の全趣旨）。
チ 本件徴収担当職員らは、平成２３年９月２７日、本件滞納国税を徴収するため、国税徴収法（以下「徴収法」という。）４７条１項及び６２条の規定に基づき、原告がＥ銀行日本橋営業部に対して有する普通預金の払戻請求権（以下「本件預金債権」という。）の差押えの処分（以下「本件差押処分」という。）をし、同日、Ｅ銀行日本橋営業部に対して債権差押通知書を送達した（乙７、弁論の全趣旨）。そして、本件徴収担当職員らは、同日、同条３項及び同法６７条１項の規定に基づき、本件預金債権を取り立てた（弁論の全趣旨）。
ツ 国税不服審判長は、平成２４年３月１５日、前記スの審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした（甲５）。
(3) 本件訴えの提起
原告は、平成２４年８月１０日、本件訴えを提起した（顕著な事実）。
３ 本件更正処分等の根拠及び適法性に関する被告の主張
本件更正処分等の根拠及び適法性に関する被告の主張は、後記４において引用する別紙２「争点に関する当事者の主張の要旨」に掲げるほか、別紙３「本件更正処分等の根拠及び適法性に関する被告の主張」記載のとおりである（これらの別紙で定める略称は、以下においても用いる。）。
４ 争点及びこれに関する当事者の主張の要旨
本件の争点は、以下の各点であり、これらに関する当事者の主張の要旨は、別紙２「争点に関する当事者の主張の要旨」記載のとおりである。
(1) 本件更正処分等の適法性
ア 本件役員給与が事前確定届出給与に該当するか否か（争点１）
イ 原告と日本橋税務署長との間の和解ないし公法上の合意の成否（争点２）
ウ 通則法７４条の１１第６項の規定の適用の有無（争点３）
エ 過少申告加算税を免除すべき正当な理由の有無（争点４）
オ 本件更正処分等が信義則ないし禁反言の法理に反し違法であるか否か（争点５）
(2) 国家賠償請求の成否（争点６）
第３ 当裁判所の判断
１ 本件更正処分等の適法性について
(1) 争点１（本件役員給与が事前確定届出給与に該当するか否か）について
ア 事前確定届出給与の損金算入の趣旨について
(ア) 法人税法２１条は、内国法人に対して課する各事業年度の所得に対する法人税の課税標準は、各事業年度の所得の金額とする旨を定め、同法２２条１項は、内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とする旨を定めているところ、同条３項は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、①当該事業年度の収益に係る売上原価、完成工事原価その他これらに準ずる原価の額（同項１号）、②同項１号に掲げるもののほか、当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用（償却費以外の費用で当該事業年度の終了の日までに債務の確定しないものを除く。）の額（同項２号）及び③当該事業年度の損失の額で資本等取引以外の取引に係るもの（同項３号）とする旨を定め、同条４項は、同条３項各号に掲げる額は、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算されるものとする旨を定めている。
そして、役員給与は、企業会計上は費用として処理されるものであるが（甲１５、乙１２）、法人税法上は、同法２２条３項の規定における別段の定めである同法３４条１項の規定により、役員給与のうち、①定期同額給与（同項１号）、②その役員の職務につき所定の時期に確定額を支給する旨の定めに基づいて支給する給与のうち事前確定届出給与を含む一定のもの（同項２号）又は③利益連動給与のうち一定のもの（同項３号）のいずれにも該当しないものの額は、その内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しないものとされている。
このように、役員給与のうち上記の定期同額給与等のいずれにも該当しないものの額が損金の額に算入されないこととされたのは、法人と役員との関係に鑑みると、役員給与の額を無制限に損金の額に算入することとすれば、その支給額をほしいままに決定し、法人の所得の金額を殊更に少なくすることにより、法人税の課税を回避するなどの弊害が生ずるおそれがあり、課税の公平を害することとなるためであると解される。
他方、事前確定届出給与の額が損金の額に算入されることとされたのは、事前確定届出給与が、支給時期及び支給額が株主総会等により事前に確定的に定められ、その事前の定めに基づいて支給する給与であり、政令で定めるところにより納税地の所轄税務署長に事前の定めの内容に関する届出がされたものであることからすれば、その支給については上記のような役員給与の支給の恣意性が排除されており、その額を損金の額に算入することにしても、課税の公平を害することはないと判断されたためであると解される。
(イ) 以上に対し、原告は、役員給与は、役員の職務の対価であり、その内国法人の収益に直接的に貢献する費用なのであるから、各事業年度の所得の金額の計算上、その全額が損金の額に算入されるべきであるところ、その額が損金の額に算入される役員給与を一定の類型のものに限定する法人税法３４条１項の規定は、当該内国法人の財産権を侵害し、違憲無効である旨を主張する。
租税は、国家が、その課税権に基づき、特別の給付に対する反対給付としてではなく、その経費に充てるための資金を調達する目的をもって、一定の要件に該当する全ての者に課する金銭給付であるところ、およそ民主主義国家にあっては、国家の維持及び活動に必要な経費は、主権者たる国民が共同の費用として代表者を通じて定めるところにより自ら負担すべきものであり、我が国の憲法も、こうした見地の下に、国民がその総意を反映する租税立法に基づいて納税の義務を負うことを定め（憲法３０条）、新たに租税を課し又は現行の租税を変更するには、法律又は法律の定める条件によることを必要としている（憲法８４条）。それゆえ、課税要件及び租税の賦課徴収の手続は、法律で明確に定めることが必要であるが、憲法自体は、その内容について特に定めることをせず、これを法律の定めるところに委ねている。そして、租税は、今日では、国家の財政需要を充足するという本来の機能に加え、所得の再分配、資源の適正配分、景気の調整等の諸機能をも有しており、国民の租税負担を定めるについて、財政・経済・社会政策等の国政全般からの総合的な政策判断を必要とするばかりでなく、課税要件等を定めるについて、極めて専門技術的な判断を必要とすることも明らかである。したがって、租税法の定立については、国家財政、社会経済、国民所得、国民生活等の実態についての正確な資料を基礎とする立法府の政策的、技術的な判断に委ねるほかはなく、その租税法の立法目的が正当なものであり、かつ、当該立法において具体的に採用された課税要件等の定めが同目的との関連で著しく不合理であることが明らかでない限り、その合理性を否定することができず、これを憲法に違反するものということはできないものと解するのが相当である（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同６０年３月２７日大法廷判決・民集３９巻２号２４７頁参照）。
これを法人税法３４条１項の規定についてみると、その立法目的及び課税要件等の定めは前記(ア)で述べたとおりであって、その立法目的は正当なものというべきであるし、また、後に述べるようにその課税要件等の定めが当該立法目的との関連で著しく不合理であることが明らかであるとも認められないから、同項の規定は憲法に違反するものではないというべきである。
したがって、原告の上記主張は採用することができない。
イ 支給済みの役員給与が事前確定届出給与に該当するといえるための要件について
(ア) 法人税法３４条１項２号は、役員給与のうち、その役員の職務につき所定の時期に確定額を支給する旨の定めに基づいて支給するものであって、定期同額給与及び利益連動給与に該当せず、同族会社に該当しない内国法人が定期給与を支給しない役員に対して支給する給与以外のものの額について、それをその内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入するためには、当該役員給与について、その役員の職務につき所定の時期に確定額を支給する旨の事前の定めがされており、それに基づいて支給するものであることと、政令で定めるところにより納税地の所轄税務署長にその事前の定めの内容に関する届出がされていることとを要する旨を規定しているところ、この規定の文理に加え、同規定の委任に基づき定められた法人税法施行令６９条３項が既に上記の届出をしている内国法人が当該届出に係る事前の定めの内容を変更する場合の当該変更後の定めの内容に関する届出について規定していることに照らすと、実際に支給された役員給与がこれらの要件を満たすものであるというためには、当該役員給与の支給が所轄税務署長に対する届出に係る事前の定めのとおりにされたものであることを要するというべきである。
そうすると、事前確定届出給与に該当するとして所轄税務署長に届出がされた役員給与が当該届出に係る事前の定めにおける確定額を超えて支給された場合において、当該事前の定めの内容の変更に係る所定の届出がされていないときは、当該役員給与の支給が所轄税務署長に対する届出に係る事前の定めのとおりにされたということはできず、それは当該事前の定めに基づいて支給されたものであるということはできないから、当該役員給与の額について、それの損金の額への算入に係る同法３４条１項２号の規定を適用することはできないというべきである。これを実質的にみても、このような場合に、当該役員給与の額を損金の額に算入することとすれば、その支給額をほしいままに決定し、法人の所得の金額を殊更に少なくすることにより、法人税の課税を回避するなどの弊害が生ずるおそれがあり、課税の公平を害することとなるのは明らかである。
(イ) 以上と異なる原告の主張は、これまで述べたところに照らし、採用することができない。
なお、原告は、国税庁が平成１８年１２月に公表した「役員給与に関する質疑応答事例」（甲１０。以下、「質疑応答事例」という。）において、定期同額給与については、事業年度の中途の増額改定が行われた場合に、従前からの定期同額給与とは別個の定期給与が上乗せされて支給されたものと同視し得るときには、上乗せ支給された部分のみが損金不算入となる旨の説明がされていることを挙げて、前記(ア)で述べた事前確定届出給与に該当するための要件が不合理である旨を主張するが、そもそも法人税法３４条１項は、その額が損金の額に算入される役員給与について、定期同額給与（同項１号）と事前確定届出給与（同項２号）とで異なる要件を定めているのであるから、定期同額給与における例をもって事前確定届出給与に該当するための要件の当否を論ずることは、失当というべきである。
また、原告は、同号の規定によれば、同族会社に該当しない内国法人が定期給与を支給しない役員に対して所定の時期に確定額を支給する旨の定めに基づいて支給する給与については、所轄税務署長にその定めの内容に関する届出をすることが求められていないから、当該役員給与が事前の定めにおける確定額を超えて支給されたとしても、その支給額の全額を損金の額に算入して所得の金額の計算をすることが妨げられないことを挙げて、前記(ア)で述べた事前確定届出給与に該当するための要件が不合理である旨を主張するが、そもそも同号は、その額が損金の額に算入される役員給与について、同族会社に該当しない内国法人が定期給与を支給しない役員に対して支給する上記の役員給与とそれ以外の役員給与とで異なる要件を定めているのであるから、同族会社に該当しない内国法人が定期給与を支給しない役員に対して支給する上記の役員給与の例をもって事前確定届出給与に該当するための要件の当否を論ずることは、失当というべきである。
ウ １つの定めにおいて複数回にわたる支給について定められた場合について
(ア) 内国法人がその役員に対してその役員の職務につき所定の時期に確定額を支給する旨の事前の定めに基づいて支給する役員給与のうち、定期同額給与及び利益連動給与に該当せず、同族会社に該当しない内国法人が定期給与を支給しない役員に対して支給する給与以外のものについて、当該事前の定めにおいて当該所定の時期をどのように定めるかは、その回数を含め、当該内国法人の株主総会等の決議における判断に委ねられているものと解されるところ、既に述べた当該事前の定めの変更に係る規定が別に定められていることに照らすと、特定の内国法人がその役員に対してその役員の職務につき所定の時期に確定額を支給する旨の所轄税務署長に対する届出に係る事前の定めに基づいて支給する給与は、当該届出に係る事前の定めにおいて複数回にわたる支給をするものと定められた場合であっても、当該届出に係る事前の定めにおける各所定の時期を通じ当該役員の職務の執行の対価として一体的に定められたものであると解するのが相当である。そうすると、事前確定届出給与に該当するとして所轄税務署長に対してされた届出に係る事前の定めにおいて複数の所定の時期及び確定額が定められていた場合には、それに対応する全ての支給が当該届出に係る事前の定めのとおりにされたものであるときに限り、当該役員給与の支給は当該事前の定めのとおりそれに基づいてされたこととなり、それらの支給中に１回でも事前の定めのとおりにされたものではないものがあるときには、当該役員給与の支給は、全体として事前の定めに基づくものではなかったこととなると解するのが相当である。
(イ) 以上と異なる原告の主張は、これまで述べたところに照らし、採用することができない。
なお、原告は、質疑応答事例（甲１０）において、所轄税務署長に対する届出に係る事前の合意における役員給与の支給に係る複数の所定の時期が異なる事業年度に属する事例に関し、当初事業年度に所轄税務署長に対する届出に係る事前の定めのとおりの支給をし、翌事業年度に上記の事前の定めと異なる支給をした場合であっても、当初事業年度の課税所得に影響を与えるようなものではないときには、翌事業年度に支給された役員給与の額についてのみ損金不算入と取り扱っても差し支えない旨の説明がされていることを挙げて、前記(ア)で述べたところは不合理である旨を主張する。しかし、質疑応答事例における上記説明は、前記(ア)で述べたところと同様の立場に立った上で、当初事業年度に所轄税務署長に対する届出に係る事前の定めのとおりの支給をし、翌事業年度に上記の事前の定めと異なる支給をした場合という具体的な事案について、当初事業年度が終了した時点においては当該役員給与の支給は事前の定めのとおりにされており、翌事業年度にされた役員給与の支給が事前の定めと異なることは当初事業年度の課税所得に影響を与えるものではなく、翌事業年度中に生起する事実を待たなければ当初事業年度の課税所得が確定しないとすることは不合理であることから、納税者に有利な取扱いを認め、翌事業年度に支給された役員給与のみを損金不算入とし、当初事業年度に支給された役員給与は損金算入を許しても差し支えないこととしたものであると理解することができるのであって、前記(ア)で述べたところと直ちに矛盾するものであるということはできず、いずれにせよ上記の質疑問答事例の事案は本件とは事案を異にすることが明らかである。
また、原告は、法人税法３４条１項１号が定期同額給与については事業年度を単位とする旨を定めていることを挙げて、前記(ア)で述べたところがそれと矛盾している旨を主張するが、そもそも法人税法３４条１項は、その額が損金の額に算入される役員給与について、前記イ(イ)で述べたとおり、定期同額給与（同項１号）と事前確定届出給与（同項２号）とで異なる要件を定めているのであるから、定期同額給与における例をもって事前確定届出給与に該当するための要件の当否を論ずることは、失当というべきである。
エ 本件役員給与についての法人税法３４条１項２号の規定の適用の有無について前記イ及びウで述べたところを本件についてみると、原告は、平成２０年６月２５日に開催した取締役会の決議により、本件役員らの各職務につき、平成２０年７月８日及び同年１２月１０日に本件各届出額（別表２「事前確定届出給与等の状況」の「事前確定届出給与」欄の「届出額」欄記載の各金額）の給与を支給する旨の本件定めをし、同年７月４日、日本橋税務署長に対し、本件届出書１をもって、本件定めの内容に関する届出をしていたところ（前提事実(2)ア）、同年７月８日及び同年１２月１０日に、本件役員らに対し、本件各支給額（同別表の「事前確定届出給与」欄の「支給額」欄記載の各金額）の本件役員給与を支給したものであって（前提事実(2)イ）、本件役員給与のうち同年１２月１０日に支給されたものの額はいずれも本件各届出額のうち支給時期を同日とするものとは異なっていたのであるから、本件役員給与の支給は全体として本件定めに基づくものではなかったこととなると解するのが相当である。
したがって、本件役員給与に関しては、その全額について、法人税法３４条１項２号の規定の適用があるとはいえず、原告の本件事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入されないものというべきである。
(2) 争点２（原告と日本橋税務署長との間の和解ないし公法上の合意の成否）について
ア 原告は、本件調査担当職員らが、平成２２年９月下旬、原告に対し、本件各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入されない交際費等の額に誤りがあったことが明らかになった旨などを指摘して、本件各事業年度の法人税の修正申告をしょうようし、原告が、これに応じて、同年１１月２４日、日本橋税務署長に対し、原告の本件各事業年度の法人税について本件修正申告をしたことをもって、原告と日本橋税務署長との間に、本件事業年度の法人税について日本橋税務署長が更に修正申告をしょうようしたり、更正の処分をしたりしない旨の和解が成立し、それに基づいて、本件相違（本件役員給与のうち平成２０年１２月１０日に支給されたものの額がいずれも本件各届出額のうち支給時期を同日とするものとは異なること）を行政指導にとどめる旨の公法上の合意が成立したところ、日本橋税務署長がこれらの和解ないし合意を一方的に破棄することは許されないから、これらの和解ないし合意に反してされた本件更正処分等は違法である旨を主張するものと解される。
イ しかし、納税義務の内容や徴収の方法等については、専ら法律がこれを定めるものであるから、課税庁は、課税要件が充足されている限り、法律の根拠に基づくことなしに租税を減免したり、その徴収を猶予したりすることは許されず、仮に納税者との間で納税義務の内容や徴収の方法等について法律の定めるところとは異なる内容の和解ないし合意をしたとしても、上記に述べたところが左右されるものではないと解するのが相当である（前掲最高裁昭和４９年９月２日第一小法廷判決参照）。
ウ これを本件についてみると、前記１で述べたとおり、本件役員給与については、法人税法の規定に従えば、その支給額の全額が、原告の本件事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入されないものというべきなのであるから、日本橋税務署長が、原告との間で、この点を不問に付すような和解ないし合意をしたとしても、そのことによって上記に述べたところが左右されるものではないというほかない。
したがって、前記アの原告の主張は、原告と日本橋税務署長との間に原告の主張するとおりの和解ないし合意がされたかどうかを検討するまでもなく、失当というべきである。
(3) 争点３（通則法７４条の１１第６項の規定の適用の有無）について
ア 通則法７４条の１１第６項は、同条１項の通知をした後又は同条２項の調査の結果につき納税義務者から修正申告書若しくは期限後申告書の提出若しくは源泉徴収による所得税の納付があった後若しくは更正決定等をした後においても、当該職員は、新たに得られた情報に照らし非違があると認めるときは、同法７４条の２から７４条の６までの規定に基づき、当該通知を受け、又は修正申告書若しくは期限後申告書の提出若しくは源泉徴収による所得税の納付をし、若しくは更正決定等を受けた納税義務者に対し、質問検査等を行うことができる旨を定めているところ、原告は、後に述べる信義則ないし禁反言の法理とは別に、本件相違については、新たに得られた情報に照らし非違があると認めたものではないから、同法７４条の１１第６項の規定又はその趣旨により、これに係る更正の処分をすることは許されないとして、本件更正処分等が違法である旨を主張するものとも解される。
イ しかし、通則法７４条の１１第６項の規定が適用されるのは、平成２５年１月１日以後に行われる質問検査等についてであるから（平成２３年改正法附則３９条３項）、同日より前に行われた本件更正処分等に係る調査に通則法７４条の１１第６項の規定が適用される余地はそもそもないというべきであるし、他に本件相違に係る更正の処分を妨げるような法令の規定も見当たらない。
したがって、上記アの原告の主張は、失当である。
(4) 争点４（過少申告加算税を免除すべき正当な理由の有無）について
ア 原告は、本件調査担当職員らが、平成２２年１２月１０日、本件相違については更正の処分はせずに行政指導にとどめる旨の本件発言をしていたこと、原告が、同日、本件調査担当職員らの求めに応じて本件付表Ｂを提出していたこと、日本橋税務署長が、同月２４日、原告に対し本件賦課決定処分１をしていたことを挙げた上で、これらの事情があるにもかかわらず、日本橋税務署長が原告に対して更に本件賦課決定処分２をしたことは、原告を著しく不利益な状況に追い込むものであるから、原告には通則法６５条４項の「正当な理由」があり、本件賦課決定処分２は違法である旨を主張するものと解される。
イ 通則法６５条４項は、更正等に基づき納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうちにその更正等の前の税額の計算の基礎とされていなかったことについて正当な理由があると認められるものがある場合には、納付すべき税額からその正当な理由があると認められる事実に基づく税額として計算した金額を控除して、過少申告加算税の金額を計算する旨を定めているところ、同項の「正当な理由があると認められる」場合とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、当初から適法に申告し納税した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに、過少申告による納税義務違反の発生を防止し、適正な申告納税の実現を図り、もって納税の実を挙げようとする行政上の措置である過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお、納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解するのが相当である（前掲最高裁平成１８年４月２０日第一小法廷判決、前掲最高裁平成１８年４月２５日第三小法廷判決参照）。
ウ これを本件についてみると、本件更正処分がされたのは、前記(1)で述べたとおり、本件役員給与については、その全額が、原告の本件事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入されないものであるにもかかわらず、原告が、平成２１年６月１日、日本橋税務署長に対し、原告の本件事業年度の法人税について、本件役員給与の合計額である３７７０万円を損金の額に算入するなどして所得の金額を計算した上で、本件確定申告をし（前提事実(2)ウ）、平成２２年１１月２４日にした本件修正申告においても、この点を修正しなかった（前提事実(2)オ）ためであるというべきところ、原告が本件役員給与の額を損金の額に算入して所得の金額を計算したことについては、原告が挙げる前記アの各事情はおよそ無関係であり、他に本件全証拠によっても、前記イに述べた意味における「正当な理由があると認められる」場合に当たるというべき事情があったことを認めるには足りない。
したがって、前記アの原告の主張は、採用することができない。
(5) 争点５（本件更正処分等が信義則ないし禁反言の法理に反し違法であるか否か）について
ア 原告は、本件調査担当職員らが、平成２２年１２月１０日、本件相違（本件役員給与のうち平成２０年１２月１０日に支給されたものの額がいずれも本件各届出額のうち支給時期を同日とするものとは異なること）については更正の処分はせずに行政指導にとどめる旨の本件発言をした上で、本件届出書２に添付された本件付表Ａを差し替えるよう求めたことから、本件発言を信頼し、その信頼に基づき、本件付表Ｂを提出したものであるところ、それにもかかわらずされた本件更正処分等は、信義則ないし禁反言の法理に反し、違法である旨を主張するものと解される。
イ 租税法規に適合する課税処分について、法の一般原理である信義則の法理の適用により、当該課税処分を違法なものとして取り消すことができる場合があるとしても、法律による行政の原理なかんずく租税法律主義の原則が貫かれるべき租税法律関係においては、同法理の適用については慎重でなければならず、租税法規の適用における納税者間の平等、公平という要請を犠牲にしてもなお当該課税処分に係る課税を免れしめて納税者の信頼を保護しなければ正義に反するといえるような特別の事情が存する場合に、初めて同法理の適用の是非を考えるべきものである。そして、上記の特別の事情が存するかどうかの判断に当たっては、少なくとも、税務官庁が納税者に対し信頼の対象となる公的見解を表示したことにより、納税者がその表示を信頼しその信頼に基づいて行動したところ、後に当該表示に反する課税処分が行われ、そのために納税者が経済的不利益を受けることになったものであるかどうか、また、納税者が税務官庁の当該表示を信頼しその信頼に基づいて行動したことについて納税者の責めに帰すべき事由がないかどうかという点の考慮は不可欠のものであるといわなければならない（前掲最高裁昭和６２年１０月３０日第三小法廷判決）。
そして、上記のとおり信義則の法理の適用について慎重であるべき租税法律関係の特質を考慮すれば、様々な状況下で行われる税務職員の見解の表示の全てが信頼の対象となる公的見解の表示となるものでないことはいうまでもなく、修正申告をするかどうかも含めて最終的にどのような申告をすべきであるかは納税者の判断と責任に任されていることを考慮すれば、信頼の対象となる公的見解の表示であるというためには、税務署長その他の責任ある立場にある者の正式の見解の表示であることを要するというべきである。
ウ これを本件についてみると、前提事実、証拠（各認定事実の後に掲げる。）及び弁論の全趣旨によれば、本件発言に関する経緯について、以下の各事実が認められる。
(ア) 本件調査担当職員らは、平成２２年１１月２４日に本件修正申告がされた後、日本橋税務署審理専門官から、本件届出書２に添付された本件付表Ａに記載されている平成２０年１２月１０日に乙、甲、丁及び戊に支給された給与に係る届出額と支給額とがいずれも相違していることを指摘されたことから、平成２２年１２月上旬、原告に電話をかけてその事実関係を確認したところ、本件相違を知らされた（前提事実(2)オからキまで、甲７、９、乙１５、１６）。
(イ) 本件調査担当職員らは、日本橋税務署審理専門官に対し、「確かに当該指摘はあるものの、過去の申告事績及び納税意識も良であることから、当該指摘については、今後同様の誤りを生じさせない様厳しく指導することとし、併せて会社側の反省の受け今後の適正申告に期待する。」旨などを記載したメモ（乙１４）をもって、本件相違について行政指導にとどめることが相当である旨を具申した（乙１４から１６まで、弁論の全趣旨）。
(ウ) 本件調査担当職員らは、平成２２年１２月１０日、日本橋税務署を訪れた丁等に対し、本件役員給与のうち平成２０年１２月１０日に支給されたものの額がいずれも本件各届出額のうち支給時期を同日とするものとは異なる以上、原告の本件事業年度の所得の金額の計算上、本件役員給与の全額が損金の額に算入されないこととなるが、今回は、この点に係る更正の処分はせずに行政指導にとどめる旨の本件発言をした上で、本件付表Ａについて、平成２０年１２月１０日に乙、甲、丁及び戊に支給された給与に係る支給額を届出額と同額に修正したものに差し替えるよう求めたところ、原告は、同日、そのとおり本件付表Ａを修正した本件付表Ｂを提出した（前提事実(2)ク）。
(エ) 本件調査担当職員らは、平成２２年１２月１５日、日本橋税務署副署長から、本件相違については法的に原告に誤りがあるのであるから、原告に説明し、修正申告をしてもらうべく行動するよう指示を受けた（乙１４から１６まで、弁論の全趣旨）。
(オ) 本件調査担当職員らは、平成２３年４月１９日、丁等に対し、本件届出書２の写しが会計検査院に送付されていたことを見落としていたと説明した上で、日本橋税務署として改めて検討した結果、本件役員給与のうち平成２０年１２月１０日に支給されたものの額がいずれも本件各届出額のうち支給時期を同日とするものとは異なる以上、原告の本件事業年度の所得の金額の計算上、本件役員給与の全額が損金の額に算入されないことは法人税法上明らかであり、この点を行政指導にとどめることはできないとして、これに係る本件事業年度の法人税の修正申告をしょうようした（前提事実(2)コ、甲７、９、乙１６）。
(カ) 丁等は、平成２３年６月３日、前記(オ)のしょうように対して、本件相違については、既に本件調査担当職員らから行政指導にとどめる旨の本件発言がされたものである上、本件調査担当職員らからの求めに応じて本件付表Ｂを提出していることから、修正申告をする意思はない旨を回答した（前提事実(2)サ）。
(キ) その後、原告から修正申告がされなかったことから、日本橋税務署長は、平成２３年６月２９日付けで本件更正処分等をした（前提事実(2)シ）。
エ 前記ウで認定したところによれば、本件調査担当職員らがした本件発言及びそれに引き続く本件付表Ａの差し替えの要請は、本件調査担当職員らが、調査の過程において、本件相違について、税務官庁の一担当者としての見解ないし処理方針を示したものにすぎないというべきであって、日本橋税務署長その他の責任ある立場にある者の正式の見解の表示であると認めるに足りる証拠ないし事情は見当たらない。そうすると、本件発言及びそれに引き続く本件付表Ａの差し替えの要請は、前記イで述べた公的見解の表示には当たらないというべきである。また、原告らが提出した本件付表Ｂが受理されたことは、それをもって何らかの見解が表示されたものということはできない。
そして、本件更正処分等について、他に租税法規の適用における納税者間の平等、公平という要請を犠牲にしてもなお当該課税処分に係る課税を免れしめて納税者の信頼を保護しなければ正義に反するといえるような特別の事情が存すると認めるに足りる証拠ないし事情は見当たらないから、これらに法の一般原理である信義則ないし禁反言の法理の適用を肯定すべき事由があるとはいえない。
したがって、前記アの原告の主張は、その余の点について検討するまでもなく、採用することができない。
(6) 小括
これまで判示してきたところ及び弁論の全趣旨によれば、原告が納付すべき本件事業年度の法人税の額及びこれに係る過少申告加算税の額は、別紙３「本件更正処分等の根拠及び適法性に関する被告の主張」のとおりであり、本件更正処分等におけるそれらと同額と認められるから、本件更正処分等は、いずれも適法である。
２ 国家賠償請求の成否（争点６）について
(1) 原告は、本件更正処分等は違法であり、それを前提とする本件差押処分も違法であるとした上で、原告にはこれらの処分によって原告が納付義務を負うことになった税額に相当する損害が生じた旨を主張して、被告に対し、国賠法１条１項に基づき、その損害の賠償を求めているものと解される。
(2) 公務員による公権力の行使に国賠法１条１項にいう違法があるというためには、公務員が、当該行為によって損害を被ったと主張する者に対して負う職務上の法的義務に違反したと認められることが必要である（前掲最高裁昭和６０年１１月２１日第一小法廷判決、最高裁昭和●●年(○○)第●●号平成元年１１月２４日第二小法廷判決・民集４３巻１０号１１６９頁、前掲最高裁平成１７年９月１４日大法廷判決、最高裁平成●●年（○○）第●●号同２０年４月１５日第三小法廷判決・民集６２巻５号１００５頁等参照）。
これを本件についてみると、本件更正処分等がいずれも適法であることは、前記１(6)で述べたとおりであるし、また、これまで判示してきたところ及び弁論の全趣旨によれば、本件差押処分に違法があったとは認められないから、本件更正処分等及び本件差押処分について国賠法１条１項にいう違法があったということはできないというべきである。
(3) なお、原告が、本件調査担当職員らがした本件発言のために本件相違に係る本件事業年度の法人税の修正申告の機会を逸し、延滞税を余分に負担する結果となった旨を主張するものであるとしても、本件事業年度の法人税についての法定申告期限である平成２１年６月１日（法人税法７４条１項、通則法１０条２項）から１年を経過する日の翌日から日本橋税務署長が本件更正処分をした平成２３年６月２９日までの期間は、そもそも本件事業年度の法人税に係る延滞税の額の計算の基礎となる期間から控除されるのであるから（通則法６１条１項１号）、平成２２年１２月１０日に本件調査担当職員らがした本件発言のために上記の期間が左右されるものではなく、原告の上記主張は失当である。
(4) 以上によれば、原告の被告に対する国賠法１条１項に基づく請求は、その余の点について判断するまでもなく、理由がないというべきである。
第４ 結論
よって、原告らの請求はいずれも理由がないから、これらを棄却することとし、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官八木一洋
裁判官川嶋知正
裁判官田中一彦は、転補のため、署名押印をすることができない。
裁判長裁判官八木一洋
別紙１
関係法令等の定め
１ 法人税法、法人税法施行令、法人税法施行規則及び法人税基本通達の定め
(1) 役員給与の損金不算入
法人税法３４条１項のいわゆる柱書きは、内国法人がその役員に対して支給する給与（退職給与及び同法５４条１項に規定する新株予約権によるもの並びにこれら以外のもので使用人としての職務を有する役員に対して支給する当該職務に対するもの並びに同法３４条３項の規定の適用があるものを除く。以下「役員給与」という。）のうち同条１項各号に掲げる給与のいずれにも該当しないものの額は、その内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない旨を定めている。
そして、同項２号は、その役員の職務につき所定の時期に確定額を支給する旨の定めに基づいて支給する給与（その支給時期が１月以下の一定の期間ごとである給与（以下「定期給与」という。）で当該事業年度の各支給時期における支給額が同額であるものその他これに準ずるものとして政令で定める給与（以下「定期同額給与」という。同項１号）及び利益に関する指標を基礎として算定される給与（以下「利益連動給与」という。なお、同項３号参照）を除くものとし、定期給与を支給しない役員に対して支給する給与（同族会社に該当しない内国法人が支給するものに限る。）以外の給与にあっては政令で定めるところにより納税地の所轄税務署長にその定めの内容に関する届出をしている場合における当該給与（以下「事前確定届出給与」という。）に限る。）を掲げている。
(2) 事前確定届出給与の届出
法人税法施行令６９条２項１号は、法人税法３４条１項２号に規定する届出は、株主総会、社員総会又はこれらに準ずるものの決議により同号の役員の職務につき同号の定めをした場合における当該決議をした日（同日がその職務の執行を開始する日後である場合にあっては、当該開始する日）から１月を経過する日（同日が当該事業年度開始の日の属する会計期間開始の日から４月を経過する日後である場合には当該４月を経過する日）までに財務省令で定める事項を記載した書類をもってしなければならない旨などを定めている。
(3) 確定額による役員給与の届出書の記載事項
法人税法施行規則２２条の３第１項は、法人税法施行令６９条２項に規定する財務省令で定める事項として、事前確定届出給与の支給の対象となる者（同項１号）、事前確定届出給与の支給時期及び各支給時期における支給金額（同項２号）などを定めている。
(4) 事前確定届出給与の意義
法人税基本通達（昭和４４年５月１日付け直審（法）２５国税庁長官通達）９－２－１４は、法人税法３４条１項２号に規定する給与は、所定の時期に確定額を支給する旨の定めに基づいて支給される給与をいうのであるから、同号の規定に基づき納税地の所轄税務署長へ届け出た支給額と実際の支給額が異なる場合にはこれに該当しないこととなり、原則として、その支給額の全額が損金不算入となることに留意する旨を定めている（乙３）。
２ 国税通則法（以下「通則法」という。）の定め
(1) 過少申告加算税
通則法６５条４項は、同条１項又は２項に規定する納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうちにその修正申告又は更正前の税額（還付金の額に相当する税額を含む。）の計算の基礎とされていなかったことについて正当な理由があると認められるものがある場合には、これらの項に規定する納付すべき税額からその正当な理由があると認められる事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額を控除して、これらの項の規定を適用する旨を定めている。
(2) 調査の終了の際の手続
ア 通則法７４条の１１第１項は、税務署長等は、国税に関する実地の調査を行った結果、更正決定等（同法３６条１項に規定する納税の告知（同項２号に係るものに限る。）を含む。以下同じ。）をすべきと認められない場合には、納税義務者（同法７４条の９第３項１号に掲げる納税義務者をいう。以下同じ。）であって当該調査において質問検査等の相手方となった者に対し、その時点において更正決定等をすべきと認められない旨を書面により通知するものとする旨を定めている。
イ 通則法７４条の１１第２項は、国税に関する調査の結果、更正決定等をすべきと認める場合には、当該職員は、当該納税義務者に対し、その調査結果の内容（更正決定等をすべきと認めた額及びその理由を含む。）を説明するものとする旨を定めている。
ウ 通則法７４条の１１第６項は、同条１項の通知をした後又は同条２項の調査の結果につき納税義務者から修正申告書若しくは期限後申告書の提出若しくは源泉徴収による所得税の納付があった後若しくは更正決定等をした後においても、当該職員は、新たに得られた情報に照らし非違があると認めるときは、同法７４条の２から７４条の６までの規定に基づき、当該通知を受け、又は修正申告書若しくは期限後申告書の提出若しくは源泉徴収による所得税の納付をし、若しくは更正決定等を受けた納税義務者に対し、質問検査等を行うことができる旨を定めている。
エ 経済社会の構造の変化に対応した税制の構築を図るための所得税法等の一部を改正する法律（平成２３年法律第１１４号。以下「平成２３年改正法」という。）附則３９条３項は、国税通則法７４条の９から７４条の１１までの規定は、平成２５年１月１日以後に同法７４条の９第３項１号に規定する納税義務者に対して行う同条１項に規定する質問検査等（平成２３年改正法附則３９条１項の経過措置調査等に係るものを除く。）について適用する旨を定めている。
以上
別紙２
争点に関する当事者の主張の要旨
第１ 争点１（本件役員給与が事前確定届出給与に該当するか否か）について
１ 原告の主張の要旨
(1) 役員給与の支給額が損金に算入されるのは、法人税法３４条１項各号の場合に限られないこと
ア 役員賞与は、職務の対価である。利益に連動した役員報酬もまた、役員の業績に連動したものであるから、職務対価性がある。平成１８年の会社法改正により、役員給与は全て費用であることが確認された。ところが、法人税法３４条１項は、会社法改正を機縁として改正されたにもかかわらず、定期同額給与、事前確定届出給与及び利益連動届出給与の３つの場合にのみ損金算入を認める内容とされた。同項は、会社法が役員給与を原則として費用とするルールを定めたことを否定し、かつ、課税要件である所得概念、すなわち収益から費用を控除したものが所得であるという概念を否定したもので、立法裁量の枠を逸脱した天下の悪法と言われている。
イ もっとも、立法関係者は、法人税法３４条２項は、会社法が定める「役員給与費用原則」を否定していないと証言している。有力な税法研究者は、この証言を受けて、課税の弊害のない法定外役員給与についても損金計上を認めるべきであるとしている。
同条１項が定める３つの場合以外の法定外役員給与を損金として認めないことは、「役員給与費用原則」を否定するものであり、許されない。法定外給与についても、職務対価性のある役員給与であれば、損金扱いするべきである。
ウ そもそも、租税法の適用は、私法取引を所与のものとして行われる後続問題であって、既存の私法取引を破壊できない。これは、私的自治の原則（憲法２９条）から当然に根拠付けられることである。役員給与は、法人の収益に直接的に貢献する費用なのであるから、課税の弊害のあるその額の変更ではないのに、その控除を合理的理由なく否定する租税法の条項は、財産権を侵害するものであって、違憲無効である。
(2) 役員給与の支給額が損金に算入されるのが法人税３４条１項各号の場合に限られるとしても、届出額までは損金算入が認められるべきであること
ア 法人税法３４条１項２号が事前確定届出給与の損金算入を認めた趣旨は、役員給与の額が事前に確定されていれば、法人が役員給与の支給額をほしいままに決定して法人の所得の金額を殊更に少なくするという弊害を回避することができる点にある。このような趣旨からすれば、事前確定届出給与の届出額を超過して役員給与が支払われた場合であっても、届出額の金額までは事前に確定されていたとおりに支払われたのであるから、届出額までの金額については、法人が役員給与の支給額をほしいままに決定して法人の所得の金額を殊更に少なくしたことにはならない。届出額と超過額とは明確に区分でき、届出額は事前に決められていて恣意性はないのであるから、少なくとも届出額の限度では損金算入が認められるべきである。
すなわち、役員給与の支給額を増額する場合、支給総額は量的な概念であるから、増額後の支給総額と届出額とは、常に「大は小を兼ねる」という関係に立つといえる。そのため、支給額を増額する決定には、事前に決定した届出額を支給するという意思表示も含まれているということができる（甲１４、１５）。その論理的帰結として、届出額より増額して役員給与が支給されたとしても、届出額と超過額とを区分して捉えれば、届出願の限度では事前の定めどおりに支給されたものと理解することができるのであって、超過額のみを損金不算入とすることによって役員給与の支給に係る恣意性を排除することはできるのである。それにもかかわらず、支給された役員給与の全額を損金不算入とすることは、懲罰的規制といわざるを得ない（甲１６）。
そもそも同号は、届出額より増額して役員給与が支給された場合に、支給額の全額が損金算入できないなどとは一切規定していない。法人税基本通達９－２－１４は、支給額全額が損金不算入になることに留意するなどというような誤った法令解釈を説明しているのである。
イ また、国税庁は、定期同額給与について、事業年度の中途で定期給与の額が改定されて増額された場合に、定期給与の額を超えて支給された部分のみが損金不算入となるとしている（甲１０）。定期同額給与と事前確定届出給与とは、役員給与の支給方法の相違にすぎず、事業年度の中途で役員給与を増額して支払った場合に、事前確定届出給与についてだけ支給額の全部が損金不算入となるという納税者に著しく不利益な解釈をする理由はない（甲１１）。
ウ さらに、法人税法３４条１項２号によれば、同族会社以外の法人が、定期給与の支給をせずに、「役員の職務につき所定の時期に確定額を支給する旨の定めに基づいて支給する給与」のみを支給する場合には、当該金額を事前に届け出る義務はない。そのため、同族会社以外の法人が、役員給与の支給額を変更してこれを増額して支給した場合でも、届出額とのそごは問題にならないから、増額支給の全額の損金算入が認められることになる。このような同族会社以外の法人における柔軟な取扱いと事前確定届出給与の厳格な取扱いとの不整合性は、余りにも不合理である（甲１１）。
(3) 役員給与の支給が事前の定めのとおりにされたか否かは個々の支給ごとに判定すべきであること
ア 被告は、一般的に、役員給与は定時株主総会から次の定時株主総会までの間の職務執行の対価であると解されることから、その支給が複数回にわたる場合であっても、定めどおりに支給されたかどうかは当該職務執行の期間を１つの単位として判定すべきであり、複数回の支給がある場合には、原則として、その職務執行期間に係る支給について、その全てが定めどおりに行われたかどうかにより、事前確定届出給与に該当するかどうかを判定すべきである旨を主張する。
しかし、被告の述べる「職務執行期間」とは、会社法や法人税法に規定された概念ではなく、不明確な概念である。被告は、役員給与は一般的に定時株主総会から次の定時株主総会までの間の職務執行の対価である旨を述べるが、職務執行の期間は各法人の裁量に委ねられており、これとは異なる職務執行期間を定めることも当然想定される。実務においては、６か月を１つの単位として夏季と冬季に分け、その期間の営業成績によって賞与額が決定されているのは公知の事実である。
また、法人税法３４条１項２号は、「その役員の職務につき所定の時期に確定額を支給する旨の定めに基づいて支給する給与」と規定しているにすぎず、その文理からは、職務執行期間において支給された全ての役員給与が事前に届け出た金額と一致しなければならないと解釈することはできない。同号の文理からは、むしろ届出どおりに支給されたかどうかは支給時期ごとに判定すべきであると解釈すべきである（甲１１）。法人税法施行規則２２条の３第１項２号が、役員給与の届出事項について、「事前確定届出給与の支給時期及び各支給時期における支給金額」と規定して、支給時期の特定をさせておきながら、定時株主総会から次の定時株主総会までの１年間の支給の全てについて一体的に事前の定めのとおりに支給されたかどうかを判定するというのは、同号の文言にも反し、論理的とはいえない（甲１２、１４）。
さらに、国税庁は、職務執行期間に係る当該事業年度及び翌事業年度における役員給与の支給がある場合に、翌事業年度における支給のみが届出どおりにされかった場合でも、当該事業年度の届出どおりにされた役員給与の支給については損金算入することを認めている（甲１０）。この国税庁の解釈によれば、届出額とは異なる役員給与の支給があった場合には、その役員給与の支給が当該事業年度に行われたものであるか、翌事業年度に行われたものであるかによって、当該事業年度の届出どおりにされた役員給与の支給の損金算入が認められるかが左右されることになる。被告は、定めどおりに支給されたかどうかは当該職務執行期間を１つの単位として判定すべきであると主張しておきながら、翌事業年度における支給のみが届出どおりにされかった場合には何ら合理的な理由なく個々の支給ごとに判定することを認めており、その主張には論理的な一貫性は全く認められない（甲１１）。
加えて、法人税法３４条１項１号は、定期同額給与について、「その支給時期が１月以下の一定の期間ごとである給与で当該事業年度の各支給時期における支給額が同額であるもの」と定めており、職務執行期間を問題とはしていない。定期同額給与と事前確定届出給与とは、役員給与の支給方法の相違にすぎないのに、定期同額給与は当該事業年度を単位とすることが法定されているにもかかわらず、事前確定届出給与は職務執行期間で判定するというのは、論理的に矛盾しているといえる（甲１１）。
そもそも同項２号が事前確定届出給与について損金算入を認める趣旨は、恣意的な増額支給による損金算入を排除することにあるところ、個々の支給ごとに事前の定めのとおりにされたか否かを判断することによっても恣意的な増額支給を排除することは可能であるから、職務執行期間内の全ての役員給与が事前の定めどおりに支給されなければ事前確定届出給与には該当しないという解釈をしなければならないというものではない。
したがって、役員給与の支給が事前の定めのとおりにされたか否かは、個々の支給ごとに判定すべきである。
イ これを本件についてみると、本件役員給与のうち平成２０年７月８日に支給されたものの額は、本件各届出額のうち支給時期を同日とするものと一致しており、本件役員給与のうち同年１２月１０日に支給されたものの額は、本件各届出額のうち支給時期を同日とするものと比べて１５０万円ほど超過していた。
個々の支給ごとに判定すると、超過部分である１５０万円の損金算入が否定されるようにようにも思われるが、原告が日本橋税務署の強い要請を受けて本件付表Ａの差替えを行い、本件役員給与のうち同年１２月１０日に支給されたものの額が本件各届出額のうち支給時期を同日とするものと一致する結果になったのであるから、本件役員給与の全額の損金算入が認められることになる。
２ 被告の主張の要旨
(1) 法人税法３４条１項各号に定める給与の支給額のみが損金の額に算入されること
ア 法人税法２１条は、内国法人に対して課する各事業年度の所得に対する法人税の課税標準は、各事業年度の所得の金額とする旨を定め、同法２２条１項は、内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とする旨を定めている。同条３項は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、同項１号から３号までに掲げる額とする旨を定め、同項１号には、当該事業年度の収益に係る売上原価、完成工事原価その他これらに準ずる原価の額を、同項２号には、同項１号に掲げるもののほか、当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用（償却費以外の費用で当該事業年度終了の日までに債務の確定しないものを除く。）の額を、同項３号には、当該事業年度の損失の額で資本等取引以外の取引に係るものをそれぞれ定め、同条４号は、これらの額は一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算されるものとする旨を定めている。
したがって、企業会計上の費用は、同条３項に規定する「別段の定め」があるものを除き、同法上も損金の額に算入されることとなるが、同法３４条は、上記「別段の定め」に当たるから、損金の額に算入できる役員給与の範囲は、同条の規定により定まることとなる。
イ 法人税法３４条が役員給与の損金算入を制限した趣旨、すなわち役員給与のうち定期同額給与等のいずれにも該当しないものの額は損金の額に算入しないこととした趣旨は、法人と役員との関係に鑑みると、役員給与の額を無制限に損金の額に算入することとすれば、その支給額をほしいままに決定し、法人の所得の金額を殊更に少なくすることにより、法人税の課税を回避するなどの弊害が生ずるおそれがあり、課税の公平を害することとなるためであると解される。
このように、企業会計上の費用である役員給与であっても、法人税法は、役員給与の支給の恣意性を排除するために、別段の定めを設けて、損金に算入できる範囲を制限し、同法３４条１項各号に規定する役員給与の支給額のみが損金の額に算入されることにしたのである。
(2) 本件役員給与が事前確定届出給与に該当しないこと
ア 事前確定届出給与の額が損金の領に算入されることとされたのは、事前確定届出給与が、支給時期及び支給額が株主総会等により事前に確定的に定められ、その事前の定めに基づいて支給されるものであり、政令で定めるところにより納税地の所轄税務署長に事前の定めの内容に関する届出がされたものであることからすれば、その支給については役員給与の支給の恣意性が排除されており、その額を損金の額に算入することとしても課税の公平を害することはないと判断されたからであると解される。
そして、法人税法３４条１項２号の規定によれば、内国法人がその役員に対して支給する給与が事前確定届出給与に該当し、その額がその内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入されるためには、その役員給与がその役員の職務につき所定の時期に確定額を支給する旨の事前の定めに基づいて支給する給与であることと、政令で定めるところにより納税地の所轄税務署長にその事前の定めの内容に関する届出がされていることとを要するところ、その規定の文言の合理的解釈として、役員給与がこれらの要件を満たすためには、当該役員給与の支給が実際に所轄税務署長に届出がされた事前の定めのとおりにされることを要するのであって、役員給与の支給が所轄税務署長に届出がされた事前の定めに係る確定額を超えてされた場合には、それにもかかわらず当該役員給与の額を損金の額に算入することとすれば、その支給額をほしいままに決定し、法人の所得の金額を殊更に少なくすることにより、法人税の課税を回避するなどの弊害が生ずるおそれがあり、課税の公平を害することとなるのであり、当該役員給与の支給は所轄税務署長に届出がされた事前の定めのとおりにされたということができないことは明らかである。
したがって、役員給与の支給が所轄税務署長に届出がされた事前の定めに係る確定額を超えてされた場合には、その支給額の全額を損金の額に算入できないのはもとよりであるが、届出がされた事前の定めに係る確定額の範囲内の金額の限度で損金の額に算入することもできないというべきである。なぜなら、これを認めることとした場合には、事前の定めに係る確定額を高額に定めていわば枠取りをしておき、その後、その支給額を減額して損金の額をほしいままに決定し、法人の所得の金額を殊更に少なくすることにより、法人税の課税を回避し、課税の公平を害する事態を生じ得るからである。
イ 原告は、平成２０年６月２５日の取締役会において、本件事業年度における事前確定届出給与の金額を本件各届出額（別表２「事前確定届出給与等の状況」の「事前確定届出給与」欄の「届出額」欄記載の各金額）とすること（本件定め）等を決議し、同決議に基づき、同年７月４日、日本橋税務署長に対し、本件届出書１を提出し、同月８日及び同年１２月１０日、本件役員らに対して、本件各支給額（同別表の「事前確定届出給与」欄の「支給額」欄記載の各金額）の本件役員給与を支給したものである。
そうすると、本件役員給与は、本件定めのとおりに支給されていないことから、事前確定届出給与に当たらないことは明らかであり、本件各届出額の限度で損金の額に算入することもできないというべきである。
(3) 定期同額給与と事前確定届出給与とにおいて損金不算入となる範囲が異なるとしても、不合理であるとはいえないこと
ア 原告は、国税庁が、定期同額給与について、事業年度の中途で定期給与の額を改定して増額された場合に、定期給与の額を超えて支給された部分のみが損金不算入となるとしているところ、定期同額給与と事前確定届出給与とは、役員給与の支給方法の相違にすぎないから、事業年度の中途で役員給与を増額して支払った場合に、事前確定届出給与についてだけ支給額の全部が損金不算入となるという納税者に不利益な解釈をする理由はない旨を主張する。
イ 法人税法３４条１項は、内国法人がその役員に対して支給する同項各号に掲げる給与を損金の額に算入する旨を定めており、同項１号において定期同額給与について、同項２号において事前確定届出給与について、それぞれ損金の額に算入する要件を定めている。
同条の規定は、平成１８年度税制改正において大幅に改正されているところ、同改正前においては、役員給与が職務執行の対価として相当な範囲内であるか否かを個々の事例に応じて実質的に判定することが困難であることを踏まえ、この区別を専ら役員給与の外形的な支給形態によって行うこととし、具体的には、定期に定額支給するものを「報酬」、それ以外のものを「賞与」と区別して、役員賞与に該当するものについては、損金の額に算入しないこととしてきたが、同改正において、会社法制や会計制度などの周辺的な制度が大きく変わる機会を捉えて、従来の役員報酬に相当するものだけでなく、事前の定めにより役員給与の支給時期及び支給額に対する恣意性が排除されているものについて損金算入を認めることとしたものである（乙１２・３２３頁）。
そして、定期同額給与は、改正前の「役員報酬」に相当するものであるところ（乙１２・３２４頁）、これは、支給時期が１月以下の一定の期間ごとである給与であり、当該事業年度の各支給時期における支給額が同額であるものは、恣意的な支給は排除されるものとして、その要件が定められたものと解される。他方、事前確定届出給与は、職務執行の対価として支給される役員給与についてその定めをいつ行ったのかによって損金算入の可否を区別することとしたことから、この事実を確認するために、原則として株主総会等の決議から１月を経過する日までに税務署長に対してその定めの内容を届け出ることとし、届出により恣意的な支給を排除することとしたものである（乙１２・３２５頁、１７・３３１頁）。
このように、定期同額給与と事前確定届出給与とは、いずれも役員給与であるものの、恣意性の排除の方法の点において大きく異なっているのである。
ウ そして、定期同額給与に関して、事業年度の中途で増額改定が行われた場合の損金不算入額について、増額後の各支給時期における支給額も同額であるようなときなどは、従前からの定期同額給与とは別個の定期給与が上乗せされて支給されたものと同視し得ることから、上乗せされた定期給与とみられる部分のみが損金不算入になるとされている（甲１０・２頁）のは、増額改定前の定期同額給与については、前記イで述べたとおり、その支給につき恣意性が排除されるから、増額改定前と同額である部分に限っては、損金不算入としない趣旨であると解される。
他方、事前確定届出給与については、前記(2)アで述べたとおり、役員給与が事前の定めのとおりに支給されていなければ、役員給与の支給に係る恣意性は排除されないから、その支給額の全額が損金の額に算入されないことになる。
したがって、定期同額給与と事前確定届出給与とにおいて損金不算入となる範囲が異なるとしても、何ら不合理ではないのであって、前記アの原告の主張は失当である。
(4) 同族会社に該当しない法人が定期給与を支給しない役員に対して支給する給与と事前確定届出給与とにおいて届出の要否が異なるとしても、不合理であるとはいえないこと
ア 原告は、同族会社に該当しない法人が定期給与を支給しない役員に対して支給する給与については、その定めの内容に関する事前の届出は不要とされているから、その支給額を変更してこれを増額して支給した場合でも、届出額とのそごは問題にならず、全額の損金算入が認められることになるところ、同族会社以外の法人における柔軟な取扱いと事前確定届出給与の厳格な取扱いとの不整合性は余りにも不合理である旨を主張する。
イ 法人税法３４条１項２号が同族会社に該当しない法人が定期給与を支給しない役員に対して支給する給与についてはその定めの内容に関する届出が不要としているのは、同族会社に該当しない法人は、少数株主に支配されている同族会社である法人に比して、不特定多数の株主による牽制機能が働くことにより、利益調整等の恣意的な操作のおそれが相対的に低いと考えられるからである（乙１７・３３３頁）。
このように、同族会社に該当しない法人が定期給与を支給しない役員に対して支給する給与と事前確定届出給与とでは、同じ法人税法３４条１項２号に規定する役員給与であっても、利益調整等の恣意的な操作のおそれの点で違いがあるのであるから、前者の給与についてその定めの内容に関する事前の届出が不要とされていることをもって、後者の給与については所轄税務署長に届出がされた事前の定めのとおりに支給されることを要するとされることを不合理と評価すべき根拠とは到底なり得ない。
したがって、前記アの原告の主張は失当である。
(5) 役員給与の支給が事前の定めのとおりにされたか否かは個々の支給ごとに判定すべきものではないこと
ア 原告は、役員給与が複数回にわたって支給された場合には、それが事前の定めのとおりにされたか否かは、個々の支給ごとに判定すべきである旨を主張する。
イ しかし、一般的に、役員給与は定時株主総会から次の定時株主総会までの間の職務執行の対価であると解されることから、その支給が複数回にわたる場合であっても、定めどおりに支給されたかどうかは当該職務執行の期間を１つの単位として判定すべきであり、複数回の支給がある場合には、原則として、その職務執行期間に係る支給について、その全てが定めどおりに行われたかどうかにより、事前確定届出給与に該当するかどうかを判定すべきである（乙３・７８９頁）。
また、仮に、１つの職務執行期間中に複数回にわたる支給がされた場合に、原告が主張するように、個々の支給ごとに事前確定届出給与に該当するかどうかを判定するとしたときには、事前の定めに複数回にわたる支給を定めておき、その後、個々の支給を事前の定めのとおりにするか否かを選択して損金の額をほしいままに決定し、法人の所得の金額を殊更に少なくすることにより、法人税の課税を回避するなどの弊害が生ずるおそれがないということはできず、課税の公平を害することとなる。
したがって、前記アの原告の主張は失当である。
ウ これに対し、原告は、会社法及び法人税法において「職務執行期間」の概念が不明確であるから、役員給与の支給が事前の定めのとおりにされたか否かは個々の支給ごとに判定すべきである旨を主張する。
確かに、会社法及び法人税法には、職務執行期間の定義を定めた規定は存在しないが、定時株主総会は、毎事業年度の終了後一定の時期に招集しなければならないところ（会社法２９６条１項）、役員の選任やその職務執行の対価の決定が株主総会の決議により行われ（同法３２９条１項、３３２条１項及び３６１条１項）、取締役は計算書類を定時株主総会に提出しその承認を受けなければならない（同法４３８条）などと定められていることからすれば、一般的には、役員給与は定時株主総会から次の定時株主総会までの間の職務執行の対価であると解される（乙１８・７９１頁及び７９２頁）。したがって、役員の職務執行期間は、一般的には、定時株主総会から次の定時株主総会までの１年間であると解され（甲１０・８頁、乙３・７８８頁及び７８９頁）、課税実務上もそのように取り扱われていることから、職務執行期間が不明確な概念であるとは到底評価できない。
ちなみに、原告自身も、本件届出書１に添付された付表１「事前確定届出給与等の状況」（乙２・２枚目から７枚目まで）において、事前確定届出給与に係る職務の執行を開始する日及び職務執行期間について「平成２０年６月２５日（平成２０年６月２５日～平成２１年６月２５日）」と記載して、職務執行期間について上記と同様の解釈をしている。
したがって、原告の上記主張は失当である。
エ また、原告は、被告は、定めどおりに支給されたかどうかは当該職務執行の期間を１つの単位として判定すべきであると主張しておきながら、翌事業年度における支給のみが届出どおりにされかった場合には何ら合理的な理由なく個々の支給ごとに判定することを認めており、被告の主張には全く論理的な一貫性は見られない旨を主張する。
しかし、１つの職務執行期間中に複数回にわたる支給がされ、それらの支給がその職務執行期間に係る当該事業年度及び翌事業年度にわたって行われた場合について、翌事業年度において定めどおりに支給されなかったときには、その支給しなかったことにより直前の事業年度の課税所得に影響を与えるようなものではないことから、翌事業年度に支給した給与の額のみについて損金不算入と取り扱っても差し支えないものと考えられる旨の説明がされている（甲１０・７頁及び８頁）のであって、当該役員給与の支給が事前の定めのとおりにされたか否かを、個々の支給ごとではなく、当該職務執行期間の全期間を１個の単位として判定するということと、当初事業年度に所轄税務署長に届出がされた事前の定めのとおり支給をし、翌事業年度に事前の定めのとおり支給をしなかった場合であっても、その支給をしなかったことにより当初事業年度の課税所得に影響を与えるようなものでないときは、翌事業年度に支給された役員給与のみを損金不算入とする取扱いをすることとは、何ら矛盾するものではない。
したがって、原告の上記主張は失当である。
オ さらに、原告は、定期同額給与と事前確定届出給与とは、役員給与の支給方法の相違にすぎないのに、定期同額給与は当該事業年度を単位とすることが法定されているにもかかわらず、事前確定届出給与は職務執行期間で判定するというのは、論理的に矛盾している旨を主張する。
しかし、事業年度の中途において定期給与の改定が行われた場合の取扱いについては、会社法においては、取締役の報酬、賞与その他の職務執行の対価として会社から受ける財産上の利益については、定款又は株主総会の決議によって定めることと規定されており、会社が支給する役員給与もこの規定の適用を受けることになるため、一般的には、定時株主総会において、その開催日から開始する新たな職務執行期間に係る給与の額を定めることになり、これを前提として法人税法の規定が置かれていると考えられる旨の説明がされている（乙１９・１５頁）のであって、法人税法は、定期同額給与の判定に際しても、職務執行期間を考慮しているのである。
したがって、原告の上記主張は、その前提を欠くものであり、失当である。
第２ 争点２（原告と日本橋税務署長との間の和解ないし公法上の合意の成否）について
１ 原告の主張の要旨
(1) 日本橋税務署は、平成２２年９月下旬、原告に対し、本件各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入されない交際費等の額に誤りがあったことが明らかになった旨などを指摘した。
これに対し、原告は、税務調査を終結させるために、争いのある事項についても争わずに修正申告に応じることにした。すなわち、原告は、自己の主張について妥協した上で、本件調査担当職員らとの間で協議して合意した内容で本件修正申告を行ったのであって、事実上の和解を行っていたといえる。
日本橋税務署が、本件相違（本件役員給与のうち平成２０年１２月１０日に支給されたものの額がいずれも本件各届出額のうち支給時期を同日とするものとは異なること）については指導事項にとどめることとし、原告に本件付表Ａを本件付表Ｂに差し替えることを依頼したのは、原告と日本橋税務署との間で和解が成立していたためである。原告は、日本橋税務署の依頼に応じて本件付表Ａの差し替えを行い、本件相違が指導事項となったことから、その後の処分はされないものと理解していた。
(2) ところが、日本橋税務署は、原告に対して、本件届出書２の写しを会計検査院に送付していることに気付き、本件付表Ａを差し替えたことを日本橋税務署限りにとどめておくことが難しいことが判明したと説明した（甲７）。その上で、本件調査担当職員らは、日本橋税務署内で検討した結果、本件相違をそのままにしておくと会計検査院から指摘を受けることは免れないという結論に至ったとして、日本橋税務署が会計検査院から指摘を受ける前に、原告が自主的に本件相違について修正申告をするようにしょうようしてきた。
これは、本件相違を指導事項にとどめるという原告と日本橋税務署との間の公法上の合意を日本橋税務署が一方的に破棄することを意味する。
(3) 公法上の合意も契約である以上、何ら帰責性がないにもかかわらず、一方的に破棄することは許されない。本件届出書２の写しを会計検査院に送付していたため、本件付表Ａを差し替えたことを日本橋税務署限りにとどめておくことが難しいと判明したなどということは、原告には全く帰責性のないものであり、このような理由で日本橋税務署が原告との公法上の合意を一方的に破棄することは許されないというべきである。
２ 被告の主張の要旨
(1) 原告は、本件調査担当職員らとの間で協議して合意した内容で本件修正申告を行ったことで、原告と日本橋税務署との間に和解が成立し、日本橋税務署が更に修正申告を求めたり更正処分を行ったりしないことが合意されたところ、それに基づいてされた本件相違を指導事項にとどめるという公法上の合意は契約であるから、日本橋税務署が一方的に破棄することは許されない旨を主張する。
(2) そもそも、原告のいう「和解」、「公法上の合意」及び「契約」の趣旨が必ずしも判然としないものの、原告の主張が、納税義務の内容等が課税庁と納税者との間の合意に基づき定まるという趣旨であるとすれば、それは失当というほかない。
すなわち、納税義務は、私法上の金銭債務とは異なる特色を持ち、私法上の債務の内容が、通常、両当事者の合意によって定まるのに対し、納税義務の内容は、専ら法律の規定によって定まる。また、租税法は強行法であるため、当事者の意思によって納税義務の内容及び履行方法を左右することは許されない。結局、法律上の根拠なしに、納税義務の全部又は一部を免除し、あるいは納税義務の範囲や履行方法について和解をすることは、認められないと解されるのである（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同４９年９月２日第一小法廷判決・民集２８巻６号１０３３頁）。
ましてや、本件役員給与の全額が本件事業年度の損金の額に算入されないことは法人税法上明らかであるから、租税法律主義の下において、本件役員給与の額を本件事業年度の損金の額に算入しないことについての合意が有効に成立することなどということは、あり得ない。
したがって、原告と日本橋税務署長との間に原告の主張するような合意が成立したとする前記(1)の原告の主張は、納税義務の本質を正解しないものであって、失当である。
第３ 争点３（通則法７４条の１１第６項の規定の適用の有無）について
１ 原告の主張の要旨
通則法７４条の１１第６項は、税務調査後の是認通知をした後は、新たな証拠により非違を発見した場合にのみ、再調査（蒸し返し）をすることができる旨を定めているところ、日本橋税務署は、税務調査後に新たに非違を発見したのではなく、本件相違をよく知った上で、これを不問とする旨の本件発言（是認通知）をしたものである。
同項は、信義則や禁反言の法理の具体的な内容を定めるもので、平成２３年１２月の制定以前に存在した公正基準を確認した立法であるから、本件においてもいかされるべきである。
したがって、日本橋税務署は、本件相違について蒸し返しをすることは、許されなかったのである。
２ 被告の主張の要旨
(1) 原告は、通則法７４条の１１第６項は、信義則や禁反言の法理の具体的な内容を定めるもので、平成２３年１２月の制定以前に存在した公正基準を確認した立法であるから、本件においてもいかされるべきである旨を主張する。
(2) しかし、そもそも通則法７４条の１１の規定は、平成２５年１月１日以後に納税義務者に対して行う質問検査等について適用されるものとされているところ（平成２３年改正法附則３９条３項）、本件更正処分等に係る調査は、平成２５年１月１日よりも前の平成２３年４月１９日以降行われたものであるから、通則法７４条の１１第６項の規定が当該調査時に適用される余地はない。この点からして、前記(1)の原告の主張は既に失当である。
(3) また、通則法７４条の１１第６項の規定は、同法２４条の規定を念頭に、その前提となる再調査の在り方について、それまでの運用上の取扱いを踏まえ、納税者の負担の軽減を図りつつ、適正公平な課税の確保を図る観点から、一旦ある納税者に対して調査が行われ、その後、更正決定等をすべきと認められない旨の通知や修正申告書等の提出等があった後、更正決定等をした後においては、税務職員は、新たに得られた情報に照らし非違があると認める場合に再び質問検査等を行うことができることとされたもの（乙１３・２３８頁）であって、原告が主張するように信義則や禁反言原則の具体的な内容を定めるものではない。
これをおくとしても、本件のように課税要件が充足されている限り、合法性の原則が支配し、法律の根拠に基づくことなしに租税を減免することは許されないから、原告の主張する平成２３年１２月の制定以前に存在した公正基準なるものが何を指すのか判然としないものの、当該基準により、本件更正処分等を行うことが制限されると解することは到底できない。
したがって、いずれにしても、前記(1)の原告の主張は失当である。
第４ 争点４（過少申告加算税を免除すべき正当な理由の有無）について
１ 原告の主張の要旨
本件調査担当職員らは、平成２２年１２月１０日、原告に対し、本件相違を調査指導事項にとどめる旨の公的見解を表示して、本件付表Ａの差し替えを要請し、原告は、その要請に応じている。また、日本橋税務署長は、同年１２月２４日付けで、原告に対し、本件賦課決定処分１をして、税務調査終了後の最終的な処分を行っている。それにもかかわらず、日本橋税務署長が平成２３年６月２９日に再度の過少申告加算税の賦課決定の処分である本件賦課決定処分２をしたのは、調査終了後にされた事後的な処分に関して加算税を課すものであり、納税者である原告を著しく不利益な状況に追い込むものである。
以上の事情からすれば、真に原告の責めに帰することのできない客観的事情があり、原告に過少申告加算税を賦課することは不当かつ酷であるといえるから、通則法６４条４項の「正当な理由」があるというべきである。
したがって、本件賦課決定処分２は、違法である。
２ 被告の主張の要旨
(1) 過少申告加算税は、過少申告による納税義務違反の事実があれば、原則としてその違反者に対し課されるものであり、これによって、当初から適法に申告し納税した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに、過少申告による納税義務違反の発生を防止し、適正な申告納税の実現を図り、もって納税の実を挙げようとする行政上の措置である。
通則法６５条４項は、修正申告書の提出又は更正に基づき納付すべき税額に対して課される過少申告加算税につき、その納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうちにその修正申告又は更正前の税額の計算の基礎とされていなかったことについて正当な理由があると認められるものがある場合には、その事実に対応する部分についてはこれを課さないこととしているが、過少申告加算税の上記の趣旨に照らせば、同項にいう「正当な理由があると認められる」場合とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、上記のような過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお、納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解するのが相当である（最高裁平成●●年（○）第●●号同１８年４月２０日第一小法廷判決・民集６０巻４号１１６１頁、最高裁平成●●年（○○）第●●号同１８年４月２５日第三小法廷判決・民集６０巻４号１７２８頁参照）。
(2) 本件調査担当職員らは、飽くまで、原告から本件確定申告がされた後に、課税標準等又は税額等の計算が国税に関する法律の規定に従っているかなど、その当否に係る調査を担当したものであって、本件役員給与の全額が本件更正処分の前の税額の計算の基礎とされていなかったということは、本件調査担当職員ら上記調査を行う前の事実であって、その計算の基礎とされていなかったことにつき誤った行政指導がされた事実は一切認められない。原告は、単なる法令の不知ないし誤解により、自らの判断で、本件役員給与の全額を損金の額に算入して、本件事業年度の法人税の確定申告をしたにすぎないのである。
以上のことからすれば、原告が、本件事業年度の法人税の確定申告において、本件支給額に相当する額の過少申告を生じさせた理由は、単なる法令の不知ないし誤解という原告の主観的事情によるものであり、真に納税者である原告の責めに帰することのできない客観的な事情があったとは到底いえず、また、前記(1)で述べた過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお、納税者である原告に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合に当たらないことは明らかである。
したがって、本件が通則法６５条４項に規定する「正当な理由があると認められるものがある場合」に当たらないことは明らかである。
第５ 争点５（本件更正処分等が信義則ないし禁反言の法理に反し違法であるか否か）について
１ 原告の主張の要旨
(1) 本件更正処分等が信義則に反する処分であり、禁反言の法理に鑑みても許されないこと
ア 租税法規に適合する課税処分について、法の一般原理である信義則の法理の適用により、当該課税処分を違法なものとして取り消し得る場合がある。
イ 本件調査担当職員らは、公的見解の表示として、本件相違（本件役員給与のうち平成２０年１２月１０日に支給されたものの額がいずれも本件各届出額のうち支給時期を同日とするものとは異なること）に係る更正の処分はせずに調査指導事項とする旨の本件発言をしたものであり、原告は、その公的見解の表示を信頼し、その信頼に基づき、本件付表Ｂを提出したものである。そもそも、日本橋税務署長が平成２２年１２月２４日付けで本件賦課決定処分１をしたことは、事実上の調査の終了であった。
それにもかかわらず、その後に本件更正処分等を行うことは、信義則に反し、かつ、禁反言の法理に反するといわざるを得ない。
ウ 私法の法律関係においてさえ、信義則や禁反言の法理は厳しく適用されている（最高裁昭和●●年(○○)第●●号同４１年４月２０日大法廷判決・民集２０巻４号７０２頁参照）。税務職員は、国家公務員法上の倫理遵守義務があり、その公的見解の表示に対しては、私人よりも重い遵守責任を負っているというべきである。行政庁に対しては、民間におけるよりも厳しく禁反言の法理を適用するべきなのである。
(2) 本件発言を日本橋税務署による公的見解の表示と評価することができること被告は、本件発言は、その調査の一過程における本件調査担当職員らの個人的見解として述べられたものにすぎない旨を主張する。
しかし、仮に本件調査担当職員らが独断で原告に本件付表Ａを差し替えさせたのであれば、それは税務調査に関する上司の指示を無視したことになり、国家公務員法８２条１項２号所定の懲戒事由に該当する。それにもかかわらず、被告が本件調査担当職員らに対してした懲戒処分の内容を明らかにしないのは、本件調査担当職員らに対する懲戒処分を行わなかったからである。本件調査担当職員らの独断によってではなく、日本橋税務署が公的見解の表示として本件発言をして、原告に本件付表Ａを差し替えさせたのである。
そもそも本件調査担当職員らは、原告に対して本件相違に係る本件各事業年度の法人税の修正申告をしょうようした際に、日本橋税務署として改めて検討した結果として本件相違を指導にとどめることはできない旨の説明をしているところ、この説明は、日本橋税務署が本件相違について一旦は指導にとどめる旨を決定したことを当然の前提とするものである。
したがって、本件発言、本件付表Ａの差し替えの要請及び本件付表Ｂの受理は、いずれも日本橋税務署による公的見解の表示なのである。
(3) 原告は日本橋税務署が表示した公的見解を信頼し、その信頼に基づいて行動したこと被告は、原告が本件相違に係る本件各事業年度の法人税の修正申告のしょうようを受けた平成２３年４月１９日以降は、本件発言に対する信頼はその基礎が失われたにもかかわらず、原告は、本件発言に固執し、自らの判断に基づいて修正申告をしないという選択をしたものというべきであって、原告が本件発言に係る見解を信頼し、その信頼に基づいて行動したとは評価できない旨を主張する。
しかし、日本橋税務署の公的見解の表示としての本件発言は、日本橋税務署と原告との間の和解契約に基づいた当然の帰結であるから、日本橋税務署が一方的にこれを撤回することができないことは明らかであり、原告は、平成２３年４月１９日以降も、本件相違は指導事項にとどまるものと信頼し、その信頼に基づいて行動していたのである。
(4) 原告に経済的不利益が生じていること
被告は、原告は、本件更正処分等により、租税法規に従えば本来負担すべき税額を負担したにすぎず、何ら経済的不利益を受けていない旨を主張する。
しかし、本件役員給与は、役員の職務執行の対価であり、法人税法２２条３項２号の費用であるから、同法３４条の場合に限られずに全額が損金に算入されるべきものである。したがって、日本橋税務署がその損金算入を認めずにした本件更正処分等により原告が負担するものとされた差引納付すべき法人税額１１１８万８５００円、過少申告加算税額１１１万８０００円及び延滞税額６１万２３００円は、原告の被った経済的不利益というべきである。また、本件差押処分による信用低下のために原告が被った経済的不利益は、３００万円を下らないというべきである。
２ 被告の主張の要旨
(1) 租税利法律関係における信義則及び禁反言の法理の適用について
ア 信義則及び禁反言の法理は、私法と公法を通ずる法の一般原理（条理）であって、租税法律関係にも適用されるものであるが、租税法律主義の下に公平な課税を実現しなければならない租税法律関係において、その法理の適用は、民法その他の私法の場合とは大きく事情を異にする。
そもそも租税法は強行法規であるから、課税要件が充足されている限り、合法性の原則が支配し、法律の根拠に基づくことなしに租税を課することも減免することも許されない。それにもかかわらず、課税庁の違法な活動を信頼して行動した私人を保護する見地から、租税法律関係において信義則を広く適用し、適法な課税処分を取り消したり、法定の納税義務を軽減させたりしてしまうと、租税法に違反する事態が現出し、租税法の平等な適用の要請に背くこととなる。
この点について、最高裁判所昭和●●年（○○）第●●号同６２年１０月３０日第三小法廷判決・裁判集民事１５２号９３頁（乙８）は、「租税法規に適合する課税処分について、法の一般原理である信義則の法理の適用により、右課税処分を違法なものとして取り消すことができる場合があるとしても、法律による行政の原理なかんずく租税法律主義の原則が貫かれるべき租税法律関係においては、右法理の適用については慎重でなければならず、租税法規の適用における納税者間の平等、公平という要請を犠牲にしてもなお当該課税処分に係る課税を免れしめて納税者の信頼を保護しなければ正義に反するといえるような特別の事情が存する場合に、初めて右法理の適用の是非を考えるべきものである」とした上で、「右特別の事情が存するかどうかの判断に当たっては、少なくとも、税務官庁が納税者に対し信頼の対象となる公的見解を表示したことにより、納税者がその表示を信頼しその信頼に基づいて行動したところ、のちに右表示に反する課税処分が行われ、そのために納税者が経済的不利益を受けることになったものであるかどうか、また、納税者が税務官庁の右表示を信頼しその信頼に基づいて行動したことについて納税者の責めに帰すべき事由がないかどうかという点の考慮は不可欠のものであるといわなければならない」と判示している。
前掲最高裁昭和６２年１０月３０日第三小法廷判決の判示によれば、信義則が適用されるためには、①税務官庁が納税者に対し信頼の対象となる公的見解を表示したこと、②納税者がその表示を信頼しその信頼に基づいて行動したこと、③その後にその表示に反する課税処分が行われたこと、④そのために納税者が経済的不利益を受けたこと、⑤納税者が税務官庁の表示を信頼しその信頼に基づいて行動したことについて納税者の責めに帰すべき事由がないことがその要件とされており、同判決が「少なくとも」、「不可欠のもの」と判示していることからすれば、これらの①から⑤までの要件を充足することは、同判決のいう「特別の事情」の必要要件であって、十分要件ではないというべきである。
イ また、前掲最高裁昭和６２年１０月３０日第三小法廷判決が判示するように、信義則の適用について慎重であるべき租税法律主義の特質を考慮すれば、様々な状況下で行われる税務職員の見解の表示の全てが信頼の対象となる公的見解の表示となるものでないことはいうまでもなく、納税者はもともと自己の責任と判断の下に行動すべきものであることからすれば、信頼の対象となる公的見解の表示であるというためには、少なくとも、税務署長その他の責任ある立場にある者の正式の見解の表示であることが必要であるというべきである（名古屋地裁昭和●●年（○○）第●●号同●●年（○○）第●●号同平成２年５月１８日判決・訟務月報３７巻１号１６０頁（乙９）参照）。
(2) 本件調査担当職員らの発言を日本橋税務署長による「公的見解」の表示と評価することはできないこと
ア 本件においては、本件役員給与の全額が本件事業年度の損金の額に算入されないにもかかわらず、原告自身の判断により、本件役員給与の全額を損金の額に算入して、誤った内容の本件確定申告及び本件修正申告をしたものであり、本件調査担当職員らは、飽くまで、原告からこうした誤った内容の本件確定申告がされた後に、その課税標準等又は税額の計算が国税に関する法律の規定に従っているかなど、その当否に係る調査を担当したものにすぎず、本件発言は、その調査の一過程における本件調査担当職員らの個人的見解として述べられたものにすぎない。
すなわち、本件調査担当職員らは、本件修正申告の処理に係る決裁を了する前の過程において、本件相違を指導事項にしたいと考え（乙１４、１５）、平成２２年１２月１０日、原告に対し、本件発言を行った。その後の同月１５日、本件調査担当職員らは、日本橋税務署副署長から、本件に係る問題点については、法的に納税者側に誤りがあるのであるから、相手側に説明し最終的には修正申告書を提出してもらうべく行動してもらいたい旨の指示を受けたことから、本件調査担当職員らは、同署副署長の指示に基づき、原告に対し、本件相違に係る修正申告のしょうようを行った。しかし、原告が本件相違に係る修正申告書を提出しなかったことから、処分行政庁は本件更正処分等を行ったものである（乙１４から１６まで）。このような経緯からも明らかなように、本件発言は、調査の一過程において本件調査担当職員らの個人的見解として述べられたものであり、日本橋税務署長の公的見解の表示には当たらない。
そもそも、本件のように課税要件が充足されている限り、合法性の原則が支配し、法律の根拠に基づくことなしに租税を減免することは許されないところ、本件役員給与の全額が本件事業年度の損金の額に算入されないことは、法人税法３４条の規定上明らかであって、その解釈や実務上の取扱いが確立していない等の事情も存在しない。そうすると、日本橋税務署長は、本件確定申告が過少申告であり、適法な申告ではないことが明らかである以上、本件更正処分等を行わないことにより、原告の租税を減免することは許されないから、日本橋税務署長による「公的見解」として本件発言がされることは、およそ考えられない。
イ なお、原告は、本件発言のほか、本件付表Ａの差し替えの要請及び本件付表Ｂの受理も日本橋税務署による公的見解の表示である旨を主張するが、本件調査担当職員らは、本件相違を指導事項にとどめる前提として、原告に対し本件付表Ｂの提出を求めたのであるから、本件調査担当職員らが本件付表Ａの差し替えを求めたこと及び本件付表Ｂを受け取ったことは、本件発言と切り離して評価されるべき行為ではなく、本件発言と併せて一体として評価すべき一連の行為であるところ、本件発言が公的見解の表示に当たらない以上、上記一連の行為が公的見解の表示に当たると評価することは到底できない。
ウ したがって、本件発言を処分行政庁による「公的見解」の表示であるということはできないから、原告の主張は理由がない。
(3) 原告が表示された見解を信頼し、その信頼に基づいて行動したとはいえないこと前記(2)のとおり、本件発言は日本橋税務署長による「公的見解」の表示ではなく、本件調査担当職員らの個人的見解が表示されたものにすぎないが、この点をおくとしても、原告がその見解を信頼し、その信頼に基づいて行動したものともいえない。
すなわち、本件は、本件発言に基づいて誤った内容の確定申告や修正申告が行われたものでないことはもとより、原告は、本件発言に対して本件付表Ｂを提出した後、平成２３年４月１９日以降、本件調査担当職員らから、法人税法上、本件支給額の全額が本件事業年度の損金の額に算入されないことは明らかであり、これを指導にとどめることはできない旨の説明を受けるとともに、修正申告書の提出のしょうようを受け、さらに、本件相違に係る修正申告書が提出されない場合には同年６月末までに更正処分をする旨を告げられたにもかかわらず、本件相違に係る修正申告書を提出することを拒否し続け、その結果として、同年６月２９日に本件更正処分等を受けるに至ったものである。
このような経過に鑑みれば、原告が修正申告書の提出のしょうようを受けた同年４月１９日以降、本件発言に対する信頼はその基礎が失われたにもかかわらず、原告は、本件発言に固執し、自らの判断に基づいて修正申告をしないという選択をしたものというべきであって、原告がその見解を信頼し、その信頼に基づいて行動したとは到底評価できず、信義則及び禁反言の法理を適用すべき前提を欠いているものというほかない。
(4) 原告に経済的不利益は生じていないこと
原告は、本件更正処分等により、本件更正処分等に伴う税額を負担することになったが、それは、本来原告が負担すべき正当な税額である。原告は、本件更正処分等により、租税法規に従えば本来負担すべき税額を負担したにすぎず、何ら経済的不利益を受けていない。
第６ 争点６（国家賠償請求の成否）について
１ 原告の主張の要旨
(1) 国賠法上の違法
ア 本件更正処分等は違法であるから、公務員が個別の国民に対して負担する職務上の法的義務に違背したことは明らかであり、本件更正処分等には国賠法１条１項の違法が存在する。
イ 原告は、平成２３年９月２２日、本件徴収担当職員らに対し、本件更正処分等について審査請求をして争っているので、これが終わるまで本件滞納国税の徴収を待ってもらいたい旨を申し入れるなどしたにもかかわらず、本件徴収担当職員らは、原告の申入れを一切聞き入れることなく、同月２７日、本件預金債権を差し押さえて、本件差押処分をしたものである（甲７）。本件更正処分等が違法である以上、本件差押処分を行うことは許されないにもかかわらず、本件徴収担当職員らは、本件差押処分を強行したものであるから、公務員が個別の国民に対して負担する職務上の法的義務に違背したことは明らかであり、本件差押処分には国賠法１条１項の違法が存在する。
(2) 損害
本件更正処分等は違法であるから、本件更正処分等により原告が負担することになった差引納付すべき法人税額１１１８万８５００円、過少申告加算税額１１１万８０００円及び延滞税額６１万２３００円は、原告に生じた損害である。
取り分け、本件発言後の期間に係る延滞税を請求するのは、正義に反する。原告は、本件発言がなければ、直ちに本税を支払っていたはずである。
また、日本橋税務署は、原告の取引銀行であるＥ銀行日本橋営業部の原告名義の銀行口座に対して本件差押処分を行っており、これによりＥ銀行の原告に対する信用は大きく低下した。原告が被った損害は計り知れず、これを金銭評価することは困難であるが、Ｅ銀行が原告の主要な取引銀行であることを考慮すれば、上記信用低下による原告の損害は３００万円を下らないことは明らかである。
(3) 小括
よって、原告は、被告に対し、国賠法第１条１項に基づき、１５９１万８８００円の支払を求める。
２ 被告の主張の要旨
原告の主張は争う。
(1) 本件更正処分等が違法であることを理由とする国家賠償請求は失当であること更正処分等の違法を原因とする国賠法１条１項に基づく損害賠償請求については、その請求の原因となる更正処分等が適法である場合、その請求には理由がないと解される（名古屋地裁昭和●●年（○○）第●●号同５６年１月３０日判決・税務訴訟資料１１６号７９頁（乙１０の１）、名古屋高裁昭和●●年（○）第●●号同５９年９月２７日判決・税務訴訟資料１３９号６４２頁、最高裁昭和●●年（○○）第●●号同６１年１０月２４日第二小法廷判決・税務訴訟資料１５４号１１６頁（乙１０の３）参照）。
これを本件についてみると、本件更正処分等は適法であるから、本件更正処分等が違法であることを理由として、差引納付すべき法人税額１１１８万８５００円、過少申告加算税額１１１万８０００円及び延滞税額６１万２３００円に相当する額の国家賠償を求める請求は、その前提を欠くものであり、そもそも失当というべきである。
この点をおいても、以下に述べるとおり、本件更正処分等が違法であることを理由とする国家賠償請求は、国賠法１条１項に基づく責任を基礎付ける要件事実を充足していないものであるし、本件差押処分が違法であることを理由とする国家賠償請求もまた、同項に基づく責任を基礎付ける要件事実を充足していない。
(2) 国賠法１条１項の違法は認められないこと
ア 国賠法１条１項にいう「違法」とは、国又は公共団体の公権力の行使にあたる公務員が個別の国民に対して負担する職務上の法的義務に違背することをいう（最高裁昭和●●年(○○)第●●号同６０年１１月２１日第一小法廷判決・民集３９巻７号１５１２頁、最高裁平成●●年（○○）第●●号同１７年９月１４日大法廷判決・民集５９巻７号２０８７頁等参照）。
イ 本件においては、本件更正処分等が適法である以上、これについて「公務員が個別の国民に対して負担する職務上の法的義務に違背した」との事実はなく、本件更正処分等に国賠法上の違法が存在しないことは明らかである。
ウ また、本件差押処分は、徴収法及び通則法の規定に従って行われた適法な処分であって、本件差押処分に国賠法上の違法が存在しないことも明らかである。
これに対し、原告は、本件更正処分等について審査請求をして争っているので、これが終わるまで本件滞納国税の徴収を待ってもらいたい旨を申し入れた旨を主張するが、そもそも、原告からそのような申出はなかったものであるし、仮にそのような申出があったとしても、当該申出があったことをもって差押えが禁止される規定はないのであるから、当該申出があったことは本件差押処分が適法であることを左右するものではない。
(3) 原告には本件更正処分等により損害が発生していないこと
ア 以下に述べるとおり、原告には、本件更正処分等によるいかなる損害も生じていない。
なお、原告は、信用毀損による損害も主張しているが、権利、利益を侵害されたとする者が法人である場合は、一般的に自然人のような精神的苦痛はあり得ず、ただ権利、利益の侵害がひいては法人に対する社会的評価を低下させるに至ったときにのみ、民事的救済の対象になるものと解されているところである。しかし、本件差押処分を契機として原告の社会的評価を低下させるに至ったと認めるべき具体的事情について、原告は主張をしていないから、この点に関する原告の主張は失当である。
イ 本件更正処分等は適法であるから、本件更正処分等により差引納付すべき法人税額は、原告が法人税法の規定に従って本件事業年度の法人税の確定申告をしていれば、当然に負担すべきものである。また、過少申告加算税は、過少申告による納税義務違反の事実があれば、原則としてその違反者に対し課されるものであるから、本件更正処分等により納付すべき過少申告加算税の額も、原告が当然に負担すべきものである。
ウ 納税者は、更正により納付すべき国税があるときは延滞税を納付しなければならないところ（通則法６０条１項２号）、延滞税は、国税の全部又は一部を法定納期限内に納付しない場合に、未納税額を課税標準として課される附帯税であり、私法上の債務関係における遅延利息に相当し、納付遅延に対する民事罰の性質を持つものと解される。
そして、本件更正処分は適法であるところ、原告は、本件更正処分により差引納付すべき法人税額の全部を法定納期限までに納付しておらず、そのために延滞税が課されたのであるから、延滞税の額に相当する金額が損害に当たらないことは明らかである。
仮に、原告が、本件更正処分の時期が本件修正申告に後れたことで、延滞税を余分に負担する結果となった旨を主張するものであると解しても、平成２２年６月２日から日本橋税務署長が本件更正処分を行った平成２３年６月２９日までは、そもそも延滞税額の計算の基礎となる期間から控除されていることから（通則法６１条１項１号）、本件更正処分の時期が後れたことで原告が延滞税を余分に負担する結果とはなっていない。
以上
別紙３
本件更正処分等の根拠及び適法性に関する被告の主張
１ 本件更正処分の根拠
(1) 所得の金額
１億８２８９万９９１８円
上記金額は、次のアの金額にイの金額を加算し、ウの金額を減算した金額である。
ア 修正申告に係る所得の金額
１億４５６０万４５３６円
上記金額は、原告が本件修正申告に係る修正申告書（甲２。以下「本件修正申告書」という。）に記載した所得の金額と同額である。
イ 役員給与の損金不算入額
３７７０万００００円
上記金額は、本件役員給与の合計額である。
ウ 寄附金の損金不算入額の過大額
４０万４６１８円
上記金額は、原告が本件修正申告書に記載した寄附金の損金不算入額と同額である（その算出に係る計算は、別表３「寄附金の損金不算入額の過大額の計算」記載のとおりであり、前記アの所得の金額に前記イの役員給与の損金不算入額である３７７０万円を加算したことにより、寄附金の損金算入限度額の計算の基礎となる寄附金支出前所得金額（同別表の⑦欄）が同額だけ増加し、寄附金の損金不算入額が０円となることから（同別表の⑳欄）、法人税法３７条１項の規定により、損金の額に算入される。）。
(2) 所得の金額に対する法人税額
５４８６万９７００円
上記金額は、前記(1)の所得の金額（ただし、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数金額を切り捨てたもの）に、法人税法６６条１項（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの）に定める税率である１００分の３０を乗じて計算した金額である。
(3) 使途秘匿金に対する税額
５０万４０００円
上記金額は、原告が、租税特別措置法６２条１項に規定する使途秘匿金に対する税額として、本件修正申告書に記載した金額と同額である。
(4) 法人税の合計額
５５３７万３７００円
上記金額は、上記(2)の金額に上記(3)の金額を加算した金額である。
(5) 控除される所得税の額等
４２０万４７８６円
上記金額は、原告が本件修正申告書に記載した所得税の額等の控除税額と同額である。
(6) 差引所得に対する法人税の額
５１１６万８９００円
上記金額は、上記(4)の金額から上記(5)の金額を控除した金額（ただし、通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数金額を切り捨てたもの）である。
(7) 既に納付の確定した法人税の額
３９９８万０４００円
上記金額は、原告が、本件修正申告書に記載した差引所得に対する法人税の額と同額である。
(8) 差引納付すべき法人税の額
１１１８万８５００円
上記金額は、上記(6)の金額から上記(7)の金額を差し引いた金額であり、本件更正処分により原告が新たに納付すべき法人税の額である。
２ 本件更正処分の適法性
原告の本件事業年度の所得の金額及び差引納付すべき法人税の額は、それぞれ前記１のとおりであるところ、本件更正処分における本件事業年度の所得の金額及び差引納付すべき法人税の額は、これらと同額であるから、本件更正処分は適法である。
３ 本件賦課決定処分２の根拠及び適法性
前記２のとおり本件更正処分は適法であるところ、これにより原告が新たに納付すべき法人税の額の計算の基礎となった事実のうちに本件更正処分より前における税額の計算の基礎とされていなかったことについて通則法６５条４項に規定する正当な理由があるとは認められるものはないから、原告に課されるべき過少申告加算税の額は、通則法６５条１項の規定により、差引納付すべき法人税の額（前記１(8)）である１１１８万円（通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数金額を切り捨てたもの）に同法６５条１項に規定する１００分の１０の割合を乗じて計算した金額である１１１万８０００円となるところ、これは、本件賦課決定処分２における過少申告加算税の額と同額であるから、本件賦課決定処分２は適法である。
以上
別表１本件事業年度の法人税に係る経緯
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき
法人税額
過少申告
加算税の額
確定申告
21・６・１
140,427,749
38,427,360
－
修正申告
22・11・24
145,604,536
39,980,400
－
賦課決定
22・12・24
－－
155,000
更正処分
23・６・29
182,899,918
51,168,900
1,118,000
異議申立
－決定－
（直接審査請求）
審査請求
23・７・７
145,604,536
39,980,400
155,000
裁決
24・３・15
（棄却）
別表２事前確定届出給与等の状況
（単位：円）
事前確定届出給与
役員
定期同額給与
（月額）
支給時期
届出額
支給額
平成20年7月8日
4,300,000
4,300,000
乙
1,350,000
平成20年12月10日
4,300,000
5,000,000
平成20年7月8日
3,700,000
3,700,000
甲
950,000
平成20年12月10日
3,700,000
4,000,000
平成20年7月8日
3,400,000
3,400,000
丙
1,000,000
平成20年12月10日
3,400,000
3,600,000
平成20年7月8日
3,400,000
3,400,000
丁
1,000,000
平成20年12月10日
3,400,000
3,600,000
平成20年7月8日
3,300,000
3,300,000
戊
1,000,000
平成20年12月10日
3,300,000
3,400,000
合計
36,200,000
37,700,000
別表３省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2014/pdf/12510.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。