税務訴訟資料第２６４号－１３０（順号１２５１１）
神戸地方裁判所平成●●年（○○）第●●号消費税及び地方消費税更正処分一部取消請求事件
国側当事者・国（豊岡税務署長）
平成２６年７月２９日棄却・確定
判決
原告
甲
同訴訟代理人弁護士
大搗幸男
同補佐人税理士
因幡賢
被告
国
同代表者法務大臣
谷垣禎一
処分行政庁
豊岡税務署長
西尾靖史
同指定代理人
田原慎士
同
吉田崇
同
徳山健一
同
吉水伸
同
黒田武志
同
熊谷武
同
猪俣知也
同
松本淳
同
中山雅司
同
一橋直美
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
処分行政庁が、平成２３年２月２３日付けで原告に対してした、原告の平成１９年～２１年の各課税期間（各年１月１日～１２月３１日。以下、各年ごとに「平成１９年課税期間」のようにいい、「本件各課税期間」と総称する。）の消費税及び地方消費税（以下「消費税等」と総称する。）に係る各更正処分（以下、各年ごとに「平成１９年更正処分」のようにいい、「本件各更正処分」と総称する。）並びに各過少申告加算税賦課決定処分（以下、各年ごとに「平成１９年賦課決定」のようにいい、「本件各賦課決定」と総称する。）のうち、次の各部分をいずれも取り消す。
１ 平成１９年更正処分のうち、納付すべき消費税の額１４２万６７００円及び納付すべき地方消費税の額３５万６６００円をそれぞれ超える部分並びに平成１９年賦課決定のうち８万８０００円を超える部分
２ 平成２０年更正処分のうち、納付すべき消費税の額９５万８９００円及び納付すべき地方消費税の額２３万９８００円をそれぞれ超える部分並びに平成２０年賦課決定のうち６万５０００円を超える部分
３ 平成２１年更正処分のうち、納付すべき消費税の額８６万４５００円及び納付すべき地方消費税の額２１万６１００円をそれぞれ超える部分並びに平成２１年賦課決定のうち９万５５００円を超える部分
第２ 事案の概要
１ 本件は、「Ａ」の屋号で新聞販売業を営む原告が、本件各課税期間に係る消費税等につき、別表１中「確定申告」欄記載のとおり確定申告をしたところ、豊岡税務署長から同別表１中「更正処分等」欄記載のとおり本件各更正処分及び本件各賦課決定（以下「本件各処分」と総称する。）を受けたため、本件各更正処分は消費税法３０条１項所定の仕入税額控除を認めていない点で違法であり、別表２～４中各「ｃ請求の趣旨」欄の各「控除対象仕入税額」欄（④欄）記載の仕入税額控除をすべきであると主張して、本件各更正処分のうち、消費税について同各表の各「納付税額（⑨－⑩）」欄（⑪欄）記載の各金額、地方消費税について同各表の各「納付譲渡割額（⑳－㉑）」欄（㉒欄）記載の各金額を、本件各賦課決定のうち同各表の各「加算税」欄（㉕欄）記載の各金額を、それぞれ超える部分の各取消しを求める事案である。
２ 関係法令の定め（以下、本件各処分当時適用されていた平成２３年法律第３９号による改正前の消費税法を「法」、同年政令第８８号による改正前の同法施行令を「令」、同年財務省令第３４号による改正前の同法施行規則を「規則」と、それぞれいう。なお、消費税は、保税地域から引き取られる外国貨物に対しても課されるが〔法４条２項〕、本件とは関連しないため、以下ではこれに関する定めは省略する。）
(1) 消費税の概要
ア 課税の対象
国内において事業者（個人事業者〔事業を行う個人をいう。法２条１項３号〕及び法人をいう。以下同じ。法２条１項４号）が行った資産の譲渡等には、法により、消費税を課する（法４条１項）。
「資産の譲渡等」とは、事業として対価を得て行われる資産の譲渡及び貸付け並びに役務の提供（代物弁済による資産の譲渡その他対価を得て行われる資産の譲渡若しくは貸付け又は役務の提供に類する行為として政令で定めるものを含む。）をいい（法２条１項８号、令２条１項）、このうち、法６条１項の規定により消費税を課さないこととされるもの以外のものを「課税資産の譲渡等」という（法２条１項９号）。
イ 納税義務者
事業者は、国内において行った課税資産の譲渡等について、消費税を納める義務がある（法５条１項）。ただし、その課税期間に係る基準期間（法２条１項１４号）における課税売上高が１０００万円以下の事業者は、法に別段の定めがある場合を除き、納税義務が免除される（法９条１項。以下「免税事業者」という。）。
ウ 課税標準
課税資産の譲渡等に係る消費税の課税標準は、課税資産の譲渡等の対価の額（対価として収受し、又は収受すべき一切の金銭又は金銭以外の物若しくは権利その他経済的な利益の額とし、課税資産の譲渡等につき課されるべき消費税等の額に相当する額を含まない。）である（法２８条１項）。
エ 税率
消費税の税率は、４％である（法２９条）。
(2) 申告納付
ア 消費税の課税期間は、個人事業者については、１月１日から１２月３１日までの期間である（法１９条１項１号）。
イ 事業者（免税事業者を除く。）は、課税期間ごとに、当該課税期間の末日の翌日から２月以内に、①各課税期間中に国内において行った課税資産の譲渡等に係る課税標準である金額の合計額（以下「課税標準額」という。）、②課税標準額に対する消費税額、③上記②から控除されるべき所定の消費税額の合計額、④上記②から上記③を控除した残額に相当する相当する消費税額（以下「納付すべき消費税額」という。）その他所定の事項を記載した申告書を税務署長に提出しなければならない（法４５条１項。ただし、個人事業者の場合、その年の１２月３１日の属する課税期間に係る申告及び納付の期限は、翌年３月３１日とされる〔租税特別措置法８６条の４第１項〕。）。
ウ 法４５条１項の規定による申告書を提出した者は、当該申告書に記載した納付すべき消費税額があるときは、当該申告書の提出期限までに、当該消費税額に相当する消費税を国に納付しなければならない（法４９条）。
(3) 仕入税額控除
ア 「課税仕入れ」とは、事業者が、事業として他の者から資産を譲り受け、若しくは借り受け、又は役務の提供（所得税法２８条１項〔給与所得〕に規定する給与等を対価とする役務の提供を除く。）を受けることであって、当該他の者が事業として当該資産を譲り渡し、若しくは貸し付け、又は当該役務の提供をしたとした場合に課税資産の譲渡等に該当するもの及び法律又は条約の規定により消費税が免除されるもの以外のものをいう（法２条１項１２号）。
イ 事業者（免税事業者を除く。）が、国内において行う課税仕入れについては、当該課税仕入れを行った日の属する課税期間の課税標準額に対する消費税額から、当該課税期間中に国内において行った課税仕入れに係る消費税額（当該課税仕入れに係る支払対価の額に１０５分の４を乗じて算出した金額）を控除する（法３０条１項。以下、これを「仕入税額控除」という。）。
ウ 上記仕入税額控除の規定は、事業者が当該課税期間の課税仕入れの税額の控除に係る帳簿及び請求書等（法３０条１項に規定する課税仕入れに係る支払対価の額の合計額が少額である場合その他の政令で定める場合における当該課税仕入れの税額については、帳簿）を保存しない場合には、当該保存がない課税仕入れの税額については、適用しない（法３０条７項。なお、同項は、平成６年法律第１０９号による改正〔以下「平成６年改正」という。〕前は、「帳簿又は請求書等（…）を保存しない場合」と定めていたが、同改正において、「帳簿及び請求書等（…）を保存しない場合」と改められた。）。
エ 法３０条７項に規定する「帳簿」とは、課税仕入れに係る消費税額については、①課税仕入れの相手方の氏名又は名称、②課税仕入れを行った年月日、③課税仕入れに係る資産又は役務の内容、④法３０条１項に規定する課税仕入れに係る支払対価の額が記載されている帳簿（以下「法定帳簿」という。）をいう（法３０条８項１号）。
オ 法３０条７項に規定する「請求書等」とは、次に掲げる書類（以下「法定請求書等」という。）をいう（法３０条９項１、２号）。
(ア) 事業者に対し課税資産の譲渡等（法律又は条約の規定により消費税が免除されるものを除く。）を行う他の事業者が、当該課税資産の譲渡等につき当該事業者に交付する請求書、納品書その他これらに類する書類で次に掲げる事頃（当該課税資産の譲渡等が小売業その他の政令で定める事業に係るものである場合には、ａ～ｄに掲げる事項）が記載されているもの
ａ 書類の作成者の氏名又は名称
ｂ 課税資産の譲渡等を行った年月日（課税期間の範囲内で一定の期間内に行った課税資産の譲渡等につきまとめて当該書類を作成する場合には、当該一定の期間）
ｃ 課税資産の譲渡等に係る資産又は役務の内容
ｄ 課税資産の譲渡等の対価の額（当該課税資産の譲渡等に係る消費税額及び地方消費税額に相当する額がある場合には、当該相当する額を含む。）
ｅ 書類の交付を受ける当該事業者の氏名又は名称
(イ) 事業者がその行った課税仕入れにつき作成する仕入明細書、仕入計算書その他これらに類する書類で次に掲げる事項が記載されているもの（当該書類に記載されている事項につき、当該課税仕入れの相手方の確認を受けたものに限る。）
ａ 書類の作成者の氏名又は名称
ｂ 課税仕入れの相手方の氏名又は名称
ｃ 課税仕入れを行った年月日（課税期間の範囲内で一定の期間内に行った課税仕入れにつきまとめて当該書類を作成する場合には、当該一定の期間）
ｄ 課税仕入れに係る資産又は役務の内容
ｅ 法３０条１項に規定する課税仕入れに係る支払対価の額
カ 法３０条１項の規定の適用を受けようとする事業者は、同条第７項に規定する帳簿及び請求書等を整理し、当該帳簿についてはその閉鎖の日の属する課税期間の末日の翌日、当該請求書等についてはその受領した日の属する課税期間の末日の翌日から２月（清算中の法人について残余財産が確定した場合には１月）を経過した日から７年間、これを納税地又はその取引に係る事務所、事業所その他これらに準ずるものの所在地に保存しなければならない（令５０条１項本文）。ただし、法３０条７項に規定する帳簿にあっては、当該帳簿に記載された事項に係る同項に規定する請求書等を令５０条１項本文の規定に基づいて保存する場合、法３０条７項に規定する請求書等にあっては、当該請求書等に記載された事項に係る帳簿を令５０条１項本文の規定に基づいて保存する場合には、同日から５年間を超えて保存することを要しない（令５０条１項ただし書、規則１５条の３）
(4) 簡易課税制度
事業者（免税事業者を除く。）が、その納税地を所轄する税務署長に基準期間（法２条１項１４号）における課税売上高（法９条１項）が５０００万円以下である課税期間について届出書を提出した場合には、当該届出書を提出した日の属する課税期間の翌課税期間以後の課税期間（その基準期間における課税売上高が５０００万円を超える課税期間を除く。）については、課税標準額に対する消費税額から控除することができる課税仕入れの税額の合計額は、当該事業者の当該課説期間の課税標準額に対する消費税額から当該課税期間における法３８条１項に規定する売上げに係る対価の返還等の金額に係る消費税額の合計額を控除した残額の１００分の６０に相当する金額とする。この場合において、当該金額は、当該課税期間における仕入れに係る消費税額とみなす（簡易課税制度。法３７条）。
(5) 帳簿の備付け等
事業者（免税事業者を除く。）は、帳簿を備え付けて、これにその行った資産の譲渡等又は課税仕入れ（法律又は条約の規定により消費税が免除されるものを除く。）に関する規則に定める事項を整然と、かつ、明りょうに記録し、当該帳簿を整理し、これをその帳簿の閉鎖の日の属する課税期間の末日の翌日から２月（清算中の法人について残余財産が確定した場合は１月）を経過した日から７年間、当該事業者の納税地又はその事業に係る事務所、事業所その他これらに準ずるものの所在地に保存しなければならない（法５８条、令７１条、規則２７条）。
(6) 質問検査権
国税庁の職員又は事業者の納税地を所轄する税務署若しくは国税局の職員は、消費税に関する調査について必要があるときは、納税義務がある者及び納税義務があると認められる者等に質問し、又はその者の事業に関する帳簿書類（その作成又は保存に代えて電磁的記録の作成又は保存がされている場合における当該電磁的記録を含む。）その他の物件を検査することができる（法６２条１項）。
(7) 地方消費税に関する地方税法の定め（ただし、本件各処分当時適用されていた平成２３年法律第１３号等による改正前のもの。）
ア 国内に住所を有する個人事業者の課税資産の譲渡等に対しては、法４５条１項４号の消費税額を課税標準として、その住所地の道府県が、譲渡割の地方消費税を課する（地方税法７２条の７７第１、２号、同条の７８第１項、２項１号）。地方消費税の税率は２５％であり（同条の８３）、これは消費税の課税標準に対して１％に相当するため、消費税と地方消費税の譲渡割を併せた消費税の課税標準に対する税率は５％となる。
イ 譲渡割の地方消費税の徴収は、道府県知事に対する申告納付の方法によるが（同条の８６、同条の８８）、当分の間、国が、消費税の賦課徴収の例により消費税の賦課徴収と併せて行うものとされ（同法附則９条の４第１項）、その申告は、消費税の申告の例により、消費税の申告と併せて税務署長にしなければならず（同条の５）、その納付は、消費税の納付の例により消費税の納付と併せて国にしなければならない（同条の６）。
３ 前提となる事実（争いがない事実以外は、括弧内に認定の証拠を示す。）
(1) 原告は、肩書住所地所在の自宅兼営業所（以下「本件営業所」という。）において、「Ａ」の屋号で、株式会社Ｂ（以下「Ｂ」という。）が発行する「Ｃ」の販売業（以下「本件事業」という。）を営んでいる。
(2) 原告は、別表１の「確定申告」欄記載のとおり、同欄中「年月日」欄記載の日に、本件各課税期間に係る消費税等について、乙税理士（以下「乙税理士」という。）に依頼して、それぞれ確定申告をした（以下「本件各確定申告」という。）。（甲１１）
(3) 豊岡税務署（以下「豊岡署」という。）職員である丙（以下「丙」という。）及び丁（以下、両者を「丙ら」と総称する。）は、平成２２年１０月５日、同月１８日、同年１１月８日、同月１１日、同年１２月６日、同月１７日、平成２３年２月２日及び同月２２日、本件営業所又は乙税理士の事務所において、原告、原告の妻戊（以下「戊」という。）及び乙税理士に対し、本件各確定申告に関する税務調査を行った（以下「本件税務調査」という。）。（弁論の全趣旨）
原告は、本件税務調査の際、丙らに対し、少なくとも、Ｂからの新聞の仕入れに関して発行を受けた本件各課税期間に対応する月別請求書（以下「本件請求書」という。）を提示した。本件請求書は、法３０条９項の要件を満たす法定請求書等であった。
(4) 処分行政庁は、平成２３年２月２３日、本件税務調査の結果を踏まえ、本件各課税期間に係る消費税等について、別表１の「更正処分等」欄記載のとおり、本件各更正処分及び本件各賦課決定を行った。
本件各課税期間における原告のＢからのＣの仕入金額は、平成１９年課税期間につき３５０３万３８７０円、平成２０年課税期間につき３８８４万４８８０円、平成２１年課税期間につき４０４９万９５８６円であり（以下「本件課税仕入れ」という。）、処分行政庁は、本件課税仕入れの金額から本件各課税期間における課税標準額を推計したが、同別表同欄中各「控除対象仕入税額」欄記載のとおり、本件各更正処分において、上記仕入れに係る消費税額（以下「本件仕入税額」という。）の仕入税額控除をしなかった。原告が仕入税額控除をすべきであったと主張する別表２～４中各「ｃ請求の趣旨」欄の各「控除対象仕入税額」欄（④欄）記載の金額は、上記本件課税仕入れの金額に１０５分の４を乗じた金額である。
(5) 本件訴訟に至る経緯
原告は、平成２３年４月１日、処分行政庁に対し、本件各処分について異議を申し立てたが（以下「本件異議申立て」という。）、同年５月３０日付けでいずれも棄却された。
原告は、同年６月２４日、国税不服審判所長に対し、審査請求をしたが（以下「本件審査請求」という。）、平成２４年６月４日付けでいずれも棄卸された。
原告は、同年１１月１日、本件各処分の取消しを求めて本件訴訟を提起した。（当裁判所に顕著な事実）
４ 争点
(1) 法３０条７項にいう「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等（…）を保存しない場合」に当たるか否か（争点１）
(2) 本件仕入税額に係る仕入税額控除の可否（争点２）
５ 争点に対する当事者の主張
(1) 争点１・法３０条７項にいう「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等（…）を保存しない場合」に当たるか否か
【被告の主張】
ア 法３０条７項が、仕入税額控除の要件として法定帳簿の保存を要求しているのは、当該事業者自身がその営む事業に係る日々の取引を整理して記録した文書である帳簿が、類型的に、当該事業者の課税仕入れに係る取引の内容を迅速かつ正確に把握するために最も適切な資料であり、同項の趣旨である多量の課税仕入れの存否及びそれに関する消費税額の迅速かつ正確な把握に資するからである。この趣旨及び帳簿の保存が要求される理由に加え、一般的な帳簿の語義に照らすと、法定帳簿に該当するためには、法３０条８項に規定された事項が記載されていることのほか、少なくとも、当該事業者の取引関係を継続的にかつ連続して体系的に記録したものであって、当該事業者の課税仕入れの内容を適正に確認できるものであることを要するというべきであり、単なる断片的なメモや覚書は、帳簿に該当しない。
また、法３０条７項にいう「保存しない場合」とは、事業者が、令５０条１項の定めるとおり、法３０条７項に規定する帳簿及び請求書等を整理し、これらを所定の期間及び場所において、法６２条に基づく税務職員による検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように体制を整えて保存していなかった場合をいい、事業者が、災害その他やむを得ない事情により当該保存をすることができなかったことを証明しない限り（法３０条７項ただし書）、同条１項の規定は当該保存がない課税仕入れに係る課税仕入れ等の税額については適用されない（最高裁平成１６年１２月１６日第一小法廷判決・民集５８巻９号２４５８頁〔以下「最高裁平成１６年判決」という。〕参照。）。
そして、上記法３０条７項の趣旨や、帳簿の備付け等に関する法５８条の委任を受けた令７１条２項が、事業者が一定の期間、当該事業者の納税地又はその事業に係る事務所、事業所その他これらに準ずるものの所在地に帳簿を保存しなければならない旨規定しており、事業者が、税務職員による検査に当たって適時に提示することが可能であるように帳簿を保存すべき場所を限定していることからすれば、事業者自らが法３０条７項の帳簿及び請求書等を保存しておらず、事業者以外の第三者が帳簿及び請求書等を保存していた場合に、同項の保存に該当するといえるためには、当該事業者と当該第三者との関係、当該第三者が帳簿及び請求書等を保存するに至った経緯、当該経緯に関する当該事業者の認識等の諸般の事情に照らし、当該事業者自らが帳簿及び請求書等を保存していたと同視できる状況が認められる必要があるというべきである。
なお、租税法律主義のもと、課税要件の全てと租税の賦課・徴収の手続は法定されなければならず（課税要件法定主義）、その定めはなるべく一義的で明確でなければならない（課税要件明確主義）。そして、平成６年改正を受けて帳簿及び請求書等の両方の保存が必要と規定されたのであるから、課税要件明確主義の観点からしても、平成６年改正の経過に照らしても、請求書等のみの保存で足りるとする解釈は採り得ない。
イ 本件税務調査の際、原告は、平成２２年１０月５日及び同月１８日の調査においては、何ら書面を提示せず、同年１１月１１日の調査において、①平成１９年分～平成２１年分の経費に係る領収書、②平成２２年９月分の新聞小売の領収書控え、③「読者台帳（現読者）」及び④「読者台帳（休止読者）」と題する各資料及び⑤折込広告の内容を記載したノート１冊をそれぞれ提示した。
また、乙税理士は、同年１１月８日の調査において、平成１９年分～平成２１年分の所得税及び本件各課税期間の消費税等の申告に際し原告から提出された資料等が綴られたファイル（以下「本件ファイル」という。甲１１）を提示したが、いずれかの書類が法定帳簿に該当するとして提示したものではなかった。
原告ないし乙税理士が丙らに提示した上記各書類は、法定帳簿に該当しない。また、原告は、本件税務調査において、本件事業に係る帳簿は作成していない旨を述べ、乙税理士は、原告からは帳簿を作成していない旨を聞いており、一度も帳簿を見たことがない旨を述べており、原告は、本件仕入税額に係る法定帳簿を保存していたとは認められない。
ウ 原告は、①本件請求書（甲１３の１～１２、乙４の１～３）、②「振替伝票」（平成１９年課税期間につき甲１１・１６～２７頁、平成２０年課税期間につき同４５～５６頁、平成２１年課税期間につき同７３～８６頁。以下「本件振替伝票」という。）、③決算集計表（平成１９年課税期間につき乙４の１・１４～１６頁、甲１１・１３～１５頁、平成２０年課税期間につき乙４の２・１４～１６頁、平成２１年課税期間につき乙４の３・１４頁、甲１１・８８頁。以下「本件決算集計表」という。）、④戊作成に係る「新聞社本社支払い」と題する書面（甲１１・４３頁。以下「本件支払集計表」という。）、⑤Ｄ信用金庫浜坂支店普通預金口座通帳（甲１６の１～５。以下「本件預金通帳」といい、以上の①～⑤の各書類を「原告指摘書類」という。）が、それぞれ法定帳簿に該当し、原告がこれらを保存していたと主張するが、次のとおり理由がない。
(ア) 本件請求書
本件請求書は「請求書等」であって、一定期間分ファイルに綴られていても、法定帳簿に代替されるものではない。
平成６年改正は、事業者自身が作成した帳簿のみによって仕入税額控除が行われうることについて、制度の信頼性の面から疑問が提起されていたことなどを踏まえ、帳簿に加え、取引の相手方が作成した書類（請求書、領収書、納品書等）の保存を合わせて必要とすることにより、帳簿に記載された課税仕入れに係る取引の内容の客観性を担保し、制度の信頼性を高めることを目的としたものである。法３０条７項は、あえて「帳簿及び請求書等」と規定して、同条８、９項でそれぞれの記載要件を区別し、それぞれ保存することを規定しており、帳簿及び請求書等の保存がない場合には、災害その他やむを得ない事情によりその保存ができなかったことの証明があるとき（法３０条７項ただし書）を除いては、仕入税額控除を認めない。課税実務上、平成６年改正に伴う法定帳簿の記載の程度に関し、事業者の事務負担を極力増加させないことが基本方針であったとの見解が示されていたが（甲１９）、これは、請求書等の保存を理由として、法３０条８項の記載事項を欠く資料が法定帳簿に該当するとの取扱いを示したものではなく、社会通念上帳簿の体裁を備えていない資料を法定帳簿と取り扱うことを示したものでもない。なお、課税実務上、伝票の綴りが法定帳簿に該当すると取り扱われるためには、伝票会計を採用していることが前提となるところ、原告は伝票会計を採用していない。
(イ) 本件振替伝票
本件振替伝票は、乙税理士が、本件各確定申告に際して作成していたワークシートであり、年１回、申告期限直前の３月に入ってから、原告又は戊が請求書をまとめて持参した際、乙税理士の事務所で１年分を一時に作成したものであり、乙税理士は、本件振替伝票を作成していることを原告に知らせたことはなく、原告は審査請求に至るまでその存在を知らなかったのであって、原告の依頼で作成されたものではなく、原告は、その内容の確認すらしていない。よって、本件振替伝票は、取引を継続的に、かつ、連続して体系的に記載したものとはいえず、乙税理士が作成した手控えあるいはメモにすぎない。
また、本件振替伝票の借方科目欄には「仕入高」と記載されているだけで、課税仕入れに係る資産又は役務の内容（法３０条８項１号ハ）が記載されているとはいえない。なお、伝票会計を採用している事業者が、取引ごとに作成している伝票を勘定科目別に綴じ合わせた物を帳簿に代えている場合には、事業者が自ら課税仕入れの事実を記録したものであることに着目し、課税実務上、当該伝票を勘定科目別、日付別に整理し、これに日計表、月計表等を賦課した伝票綴りは、法定帳簿に該当するものとして取り扱われるが、原告は、伝票会計を採用しておらず、本件振替伝票を綴じ合わせたものを仕入先元帳等の帳簿に代えて使用していた事実はないし、本件振替伝票の記載内容も伝票会計制度において作成される振替伝票とは大きく異なる。
さらに、丙らは、本件税務調査の際、乙税理士から本件ファイルの提示を受け、本件請求書及び本件事業に係る申告額の検証のために必要と思料される書類を選別し、その写しを作成したが、その中に本件振替伝票は含まれておらず、乙税理士が本件振替伝票を提示したとは認められない。仮に、本件振替伝票が本件ファイルに含まれていたとしても、上記のような本件振替伝票の作成経緯、保管状況、原告が本件振替伝票の存在を知らなかったことなどに照らせば、原告が、本件税務調査に当たり、本件振替伝票を提示することはおよそ期待できない状況にあったのであり、乙税理士が本件振替伝票を保存していたことについて、原告自らが保存していたと同視できる状況はない。
(ウ) 本件決算集計表
本件決算集計表は、本件振替伝票と同様、乙税理士が、原告から、１年分の資料をまとめて提供を受け、一時に作成するという方法により作成したものであり、乙税理士は、原告から帳簿の提出を受けず、売上げについては、本件請求書によって判明する仕入部数から、原告より聞き取った売れ残り分及び配達人に支払った手数料を控除するなどの方法により、仕入れ及び経費については、原告が持参する領収書、請求書などの原始帳票を各科目に振り分ける方法により、人件費については、各地区の配達人や集金人の手数料をまとめた簡単なペーパーの提出を受ける方法により、それぞれ算定していたため、その記載は、客観的な根拠が不十分な記載を多く含むものとなっている。仕入れに関する記載のみに着目しても、仕入れに関する事項が継続的に、かつ、連続して体系的に記録されたものとはいえない。
また、本件決算集計表は、平成１９年及び平成２０年課税期間については、それぞれ各課税期間に行われた仕入れの合計額が記載されているが、毎月の課税仕入れに係る支払対価の額が記載されていない。原告は、仕入れ単価及び部数が記載されており、これらを乗じれば仕入れに係る支払対価の額は明白である旨主張するが、新聞の仕入部数や単価が記載された欄の金額と「仕入」と記載された欄の金額に関連性は認められないから、毎月の課税仕入れに係る支払対価の額が記載されているとはいえない。平成２１年課税期間については、「現金仕入」及び「現金以外の仕入」として、月々の仕入れの合計額が記載されているが、個別の課税仕入れの相手方の氏名又は名称、課税仕入れに係る役務の内容がいずれも記載されていない。課税仕入れに係る支払額の対価については、「現金仕入」欄に新聞代が記載されている可能性があるが、その記載が新聞代であると判断することができる記載はないから、十分な記載がない。原告は、本件決算集計表について、「買掛金管理集計表」として、通常の帳簿といえる程度に整理・集計の上編てつしていれば、帳簿として取り扱われるかのように主張するが、買掛金管理集計表が帳簿として扱われるためには、法３０条８項１号の各記載事項が記載されていることが必要であるから、原告の主張は、その前提を欠く。
さらに、本件決算集計表は、本件振替伝票と同様、本件税務調査に当たり提示することがおよそ期待できない状況にあったのであり、乙税理士が本件決算集計表を保存していたことについて、原告自らが保存していたと同視できる状況は認められない
(エ) 本件支払集計表
本件支払集計表は、１年の各月の支払額を一覧表にしたものであり、その記載内容に照らすと、１年分をまとめて一時に作成したものであることがうかがわれるから、取引関係を継続的に、かつ、連続して体系的に記録したものとはいえない。
また、本件支払集計表には、課税仕入れの相手方の氏名又は名称、課税仕入れを行った年月日（各月の記載はあるが、何年分かの記載はない。）がいずれも記載されておらず、課税仕入れに係る資産または役務の内容に係る記載として、同集計表の「支払い」との記載では不十分であるから、同集計表には、課税仕入れに係る資産又は役務の内容が記載されていない。また、同集計表に記載された金額は、原告が各月にＢに支払った金額であるが、原告が同社から仕入れた新聞に係る支払対価の金額ではない。例えば、本件支払集計表（甲１１・４３頁）のうち、１月欄の「２，７１２，６４０」という数字は、平成２０年１月の請求書（乙４の２・２枚目）に記載された「新聞代」２７８万６７４０円ではなく、「当月ご請求額」（補正前のもの）を記載したものであるから、同集計表によっては、新聞に係る支払対価の額を特定することができないから、課税仕入れに係る支払対価の額が記載されているとはいえない。
(オ) 本件預金通帳
預金通帳は、預金口座の預金の流れを示す預金勘定の原始書類にすぎず、法定帳簿に該当しないことが明らかである。
また、本件預金通帳の記載内容を見ても、「お支払金額」欄の金額は、原告がＢから仕入れた新聞に係る支払対価の金額ではない。例えば、平成１９年１月３１日に原告の普通預金口座から「Ｃ」宛てに送金された２７０万０８３０円（甲１６の１・３枚目）は、平成１９年１月分のＢからの請求書（甲１３の１）に記載された「新聞代」２７７万２４００円ではなく、同額に「Ｆ会費」等の金額を加算し、「社員委託紙」などの金額を減算した後の「当月ご請求額」であるから、原告がＢから仕入れた新聞に係る支払対価の額ではなく、課税仕入れに係る支払対価の額が記載されていない。
なお、本件預金通帳は、本件税務調査の際には提示されず、本件異議申立て段階の調査において初めて提示されたものであり、原告が本件預金通帳を法６２条に基づく税務職員による検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように体制を整えて保存していたとはいえない。
エ 原告は、日本税理士会連合会作成の文書（甲１７、１９）で示された見解を引用し、原告指摘書類を総合すれば法定帳簿に該当する旨主張する。しかし、上記見解を参考にしても、①総合する対象となる資料は商業帳簿に該当するものであること、②各資料の間に関連付けがなされていること、③取引の同一性が担保できる状態であること、④各資料を総合すると、法３０条８項１号の各記載事項を網羅していることを満たす必要があり、上記のとおり、本件請求書、本件振替伝票、本件支払集計表、本件決算集計表、本件預金通帳はいずれも商業帳簿に該当するものではないし（①）、相互の記載内容がどのように対応しているのか判断することは困難であって、各資料間の関連付けがなされているとはいえず（②）、また、取引の同一性が担保されているともいえない（③）。
【原告の主張】
ア 消費税において仕入税額控除制度は、本質であり、生命である。平成６年改正は、インボイス方式に切り換えるためのものであり、信頼性において劣る帳簿より客観的な資料である請求書等の保存を仕入税額控除の要件とすることによって仕入税額控除制度の信頼性を維持しようとした同改正の目的・趣旨などからすれば、法定帳簿の要件についても、その種類、様式、記載事項のいずれについても租税法律主義の趣旨に則り、納税者に有利に、かつ、柔軟に解釈すべきである。そして、法３０条７項、８項に定める法定帳簿については、帳簿そのものの定義規定はなく、常識的に取引関係を継続的に連続して体系的に記録したものが帳簿であるとされているにすぎず、帳簿の作成者、記帳方法、帳簿の記載時期について何も定義されておらず、法３０条８項が記載事項を規定しているのみであり、それ以上に何ら規定されていないから、その作成者、記帳方法、帳簿の記載時期などにかかわらず、法３０条８項が定める各記載事項が記載されていれば法定帳簿として認めるべきであるし、また、その記載の程度も、仕入取引が実際に行われたことを証明する程度に記載されていればよく、法３０条８項１号の個々の記載が一部欠けているかどうかまでは問題とならない。
イ 原告は、本件課税仕入れに係る「帳簿」（法３０条７項本文）として、原告指摘書類を保存しており、本件税務調査又は本件異議申立て段階の調査の際、これらを提示したから、本件課税仕入税額の控除に係る帳簿を保存していたといえる。
(ア) 本件請求書
本件請求書は、法３０条８項１号に定める記載事項を全て記載しているから、本件仕入税額に係る法定帳簿といえる。
本件請求書は、項目の仕分け内容（請求項目と補助項目が区分され、本件事業の課税仕入れ分である新聞代については請求項目において他の会費、基金等の費目と区分し「新聞代」として振り分けられ、単価、数量とともに金額が記載されている。）からしても、いわば仕入先元帳に代わる伝票の様式を整えており、文献（乙１０・２７６頁）によっても、伝票を勘定科目別、日付順に整理し、日計表・月計表などをつけた伝票綴りは、帳簿として認められるところ、本件請求書は、個別の仕入れに関する仕入伝票であり、それらの綴りは帳簿に当たるから、法定帳簿である。そして、原告は、本件税務調査の際、これを丙らに対して提示している。
(イ) 本件振替伝票
本件振替伝票は、各摘要欄に手書きで「Ｃ」と仕入れの相手方が明示され、仕入れを行った年月日については、各振替伝票の左上部分に振替年月が明記されている。仕入れに係る資産又は役務の内容も各振替伝票借方科目に「仕入高」と明記されており、原告はＢから仕入れたＣの専売所であるから、「摘要」欄に「Ｃ」と表示されていれば、Ｂへの「新聞代」であることは明らかある。仕入れに係る支払対価の額については「金額」欄に明示されている。よって、法３０条８項１号の各記載事項を全て記載している。
被告は、本件振替伝票の作成状況について主張するが、上記アのとおり、「帳簿」に該当するか否かは、法３０条８項１号の記載事項が記載されているか否かだけが問題であり、乙税理士の作成意図や、原告が本件振替伝票の作成を知らされていなかったことによって、本件振替伝票の法定帳簿該当性が否定されるものではないし、原告の税務代理人である乙税理士の事務所で税務調査において適時に提示できるよう本件振替伝票が保存されていれば、原告において法定帳簿を保存していたといえる。
被告は、本件振替伝票が年１回１２か月分をまとめて作成したような資料は、社会通念上、原告の取引に関する事項を継続的にかつ連続して体系的に記録したものとはいえないから、帳簿には当たらないと主張するが、本件振替伝票の取引の内容（新聞紙の購入）は、月１回の取引であり、本件振替伝票記載の取引事実は保存されているＢからの請求書にすべて記載されているのであり、年間合計１２回の取引を毎月ごとに記録する意味はほとんどなく、納税者の事務負担を極力増加させないという趣旨からも、年にわずか１２回の同種取引を年１回に取りまとめて本件振替伝票に記録しても、毎年取引関係を継続的に、連続して体系的に記録してあれば、その取引の真実性は十分担保されているのであり、本件振替伝票は社会通念上、原告の取引に関する事項を、継続的に、かつ、連続して体系的に記録したものといえる。
(ウ) 本件決算集計表
本件決算集計表は、「Ｈ１９甲」、「Ｈ１９年甲」（乙４の１・１４～１６頁）、「Ｈ２０甲」、「Ｈ２０年甲」（乙４の２・１４～１６頁）においては、「Ｂ請求分」、「新聞（部数）」との各記載があり、原告はＢから仕入れたＣの専売所であるから、「Ｂ請求分」がＢに対する支払であることは明らかであり、相手方の氏名は特定されている。また、「平成２１年分所得税の決算準備表」（乙４の３・１４頁）においては、租税公課等諸々の経費費目に区分して「現金仕入」欄が設けられ、原告はＢから仕入れたＣの専売所であるから、「現金仕入」の相手方がＢであることは明らかである。仕入れを行った年月日は、本件決算集計表の各左上には「Ｈ１９年」、「Ｈ２０年」、「平成２１年分」の記載があるし、各「月」欄の各月の記載で課税仕入れの年月は明らかである。仕入れに係る資産又は役務の内容は、「Ｂ請求分」、「新聞（部数）」（乙４の１・１４頁、４の２・１４頁）、「現金仕入」（乙４の３・１４頁）との記載からして、原告はＢから仕入れたＣの専売所であるから、仕入れに係る資産又は役務の内容がＢへの新聞代であることは明らかであるし、仕入れに係る支払対価も、新聞代の単価及び部数（平成１９年課税期間については、部数の下段に単価１１９５円〔乙４の１・１４枚目〕、平成２０年課税期間については、４月まで単価１１９５円、５月以降単価１３９１円〔乙４の２・１４枚目〕との記載参照。平成２１年課税期間については、各月の金額が記載されている〔乙４の３・１４枚目〕。）がそれぞれ記載されており、これらの記載によりそれぞれ支払対価の額が明示されているといえる。よって、本件決算集計表は、法３０条８項１号の各記載事項を全て記載している。
日本税理士会連合会の見解（甲１９）によれば、売上帳及び仕入帳に代えて売掛金・買掛金管理集計表を作成していた場合でも、買掛金管理集計表が法３０条８項の各記載事項を満たすものであるときは、これを通常の帳簿といえる程度に整理・集計の上編てつしていれば、当該綴りは法３０条８項の規定を満たす帳簿として取り扱われるとされており、売上額に係る記載がなくても買掛金管理集計表は法定帳簿となり得るのであって、本件決算集計表は、上記の買掛金管理集計表と同じく仕入経費の管理集計表という様式を備えた法定帳簿である。
(エ) 本件支払集計表
本件支払集計表は、「新聞社本社支払い」との記載があり、原告はＢから仕入れたＣの専売所であるから、相手方の氏名は特定されているといえる。仕入れを行った年月日については、左上欄に「Ｈ２０年」との記載があり、さらに、各「月」欄の各月の記載で課税仕入れの年月は明らかである。仕入れに係る資産又は役務の内容についても、原告はＢから仕入れたＣの専売所であるから、Ｂへの新聞代の支払いであることは明らかである。仕入れに係る支払対価の額については、「支払額」欄に支払対価の額が明示されている。よって、本件支払集計表は法定帳簿に該当する。
(オ) 本件預金通帳
本件預金通帳には、Ｂへの各支払時の「お預り金額」に送金先として「Ｃ」と記載されており、課税仕入れの相手方の氏名は明示されている。仕入れを行った年月日も、Ｂへの各支払時である送金日が「年月日」欄に明記されている。仕入れに係る資産又は役務の内容は、Ｂへの各支払時の「摘要」欄に「送金」とあり、原告はＢから仕入れたＣの専売所であるから、Ｂへの「新聞代」であることは明らかである。仕入れに係る支払対価の額については、「お支払金額」欄に支払対価の額が明示されている。よって、本件預金通帳は法３０条８項１号の各記載事項を全て記載している。そして、預金通帳が帳簿であることは税理士間では公知の事実であり（甲２１）、税務調査においても、本件預金通帳のような営業に関する預金通帳などは帳簿として取り扱われているから、本件預金通帳は、預金勘定の原始書類であるからといって、法定帳簿該当性が否定されるものではない。
原告は、本件税務調査の際、本件預金通帳を保存していたが、丙らから帳簿の提示を求められ、いわゆる複式簿記の仕訳帳と総勘定元帳のことだと思い込み、本件預金通帳が法定帳簿であるとは考えず、預金通帳の提示を求められなかったので、丙らに対して本件預金通帳を提示しなかったにすぎず、法定帳簿を保存していなかったとはいえない。さらに、丙らは、本件税務調査中に、本件預金通帳の記帳者であるＤ信用金庫に対する反面調査により、本件預金通帳の内容を確認したから、原告が保存していた本件預金通帳の提示を受けたといえ、原告は本件税務調査の際に本件預金通帳を保存していたといえる。
ウ 法３０条８項１号の各記載事項は、複数の帳簿にわたって記載していてもよい。すなわち、日本税理士会連合会の見解（甲１７、１９）によれば、取引の同一性が担保できる状態であれば、記載する帳簿が複数になっても問題はないとされており、本件請求書、本件振替伝票、本件支払集計表、本件預金通帳、本件決算集計表の各単独の帳簿において、それぞれ個別に法３０条８項１号の各記載事項の一部が記載されていなくとも、原告はＢから仕入れたＣの専売所であるから、課税仕入れは一つしかなく、取引の同一性が担保できる状態にあるといえるから、上記各帳簿を総合して法定帳簿を保存していたといえる。
(2) 争点２・本件仕入税額に係る仕入税額控除の可否
【原告の主張】
ア 仕入税額控除の実体要件は飽くまで課税仕入れの存在であり、課税仕入れの存否が明らかな場合は法３０条７項の適用はなく、課税仕入れが存在するともしないとも決することができない部分について初めて法３０条７項の適用があるというべきである。
すなわち、日本の消費税の性格は付加価値税であり、税の累積を排除する工夫として仕入税額控除が導入されたのであって、付加価値税たる基本構造に反しないよう仕入税額控除の否認は飽くまで例外的事態として解釈すべきであり、法３０条７項は、課税仕入れの取引実体を証明できなければ控除を受けられないという当然の手続的制約を確認する規定、あるいは、所定の帳簿・請求書等を全く保存しておらず、他に当該納税者の課税仕入額を合理的に推認する手段が全く存在しないような場合に限っての規定であると解すべきである。それゆえ、課税仕入れの存在が帳簿・請求書等によっては明らかでなくとも、納税者、関係者及び取引先等の説明、補助資料その他の補足的手段によって課税仕入れの存在の明らかな場合は、同項の適用はない。本件では、原告はＢから仕入れたＣの専売所であるから、Ｂからの課税仕入れの存在が明らかであり、帳簿の存否、さらには帳簿について法３０条８項１号の要件を問うことなく、当然に仕入税額控除が認められるべきである。
イ 処分行政庁は、本件課税仕入税額に係るＢからの新聞の仕入れについて、原告に対してした所得税の更正処分では認定しているのに、消費税に係る本件各更正処分では、これを否認しているが、処分行政庁は、所得税法１５６条、法人税法１３１条のような推計を認める規定が消費税法にはないにもかかわらず、本件各課税期間に係る課税売上高を推計により算出して、課税標準額を算出しているのであるから、消費税が付加価値税であることも考慮して、課税仕入れについても推計を認め、本件課税仕入税額を控除すべきである。
最高裁は、所得税法に推計の根拠が規定される以前から、必要に応じて推計は可能であるとの立場を採っており（最高裁昭和３９年１１月１３日第二小法廷判決・裁判集民事７６号８５頁）、下級審の裁判例でも同旨のものが複数あるから、税法上の推計規定は、創設規定ではなく確認規定と解すべきであって、法に推計規定がないからといって課税仕入れ高の推計を禁止する趣旨まではない。法３０条１項は、実額計算を前提としており、同条項の適用を排除することは実額計算による仕入税額控除を排除するにすぎず、推計による仕入税額控除を禁止する趣旨まで含むと解すべきではない。
日本の消費税は付加価値税であり、仕入税額控除は「恩典」ではありえず、課税売上げがある以上、当然に課税仕入れがあって、これを控除しなければ付加価値税たりえないのであるから、これは控除されなければならない。これが認められないとすれば、中小企業においては消費税の転嫁が事実上できていないという現実や、今後の消費税率の増加を前提とすると、仕入税額控除の否認という懲罰的消費税課税により営業継続もできなくなる。また、消費税の計算方法については、簡易課税制度（法３７条）が定められており、みなし仕入率（例えば、第２種事業サービス業では８０％）によって課税売上高に対する税額の一定割合を課税仕入れに係る税額として控除するものであり、一種の推計を認めている。本件でも、これによって、課税売上高に対する税額の一定割合を推計によって仕入税額控除すべきである。
ウ 所得税の更正処分では本件課税仕入税額に係る課税仕入れを認定し、付加価値税である消費税の更正処分では、Ｂからの仕入れを否認するのは背理であり、原告は、本件税務調査の際に、本件各課税期間のＢからの仕入れに係る消費税額等が記載された、いわゆるインボイス方式の請求書を丙らに提示しているから、行政手続上の信義誠実の原則によって、本件仕入税額を控除すべきである。
エ 原告の業務状況は、午前１時に起床し、午前５時頃まで新聞配達業務に従事し、その後午前１１時頃まで仮眠を取るというものであったところ、丙らは、事前調査によってこれを把握していながら、平成２２年１０月５日、原告らが仮眠中の午前９時頃から午前１１時頃までの間、事前の通知もなく突然３回断続的に本件営業所を訪れ、その都度呼鈴を鳴らしたり敷地内に無断で侵入したりした。平成１３年３月２７日国税庁長官通達「税務調査の際の事前通知について（事務運営方針）」は、税務調査に際し、納税者に対し調査日時をあらかじめ通知すると定め、現行の国税通則法７４条の９及び１０も税務調査の際には原則として事前通知を行う旨規定しており、上記のような本件税務調査は、これらに違反する。
丙は、本件事業が現金で行われることが多く、領収証等の原始記録や帳簿などをそのままの状態で把握する必要があったため、事前通知なしで本件税務調査に及んだと供述したが、本件事業で現金を扱うことはほとんどなく、平成２２年１０月５日も本件営業所に人の出入りはなく、現金の取引もなかった。また、本件税務調査を実際に担当したのは査察部での勤務経験が長い丙一人であり、本件各処分は実質的には丙の判断でなされているところ、本件課税仕入れの存在については何ら争いがなかったが、上記のとおり事前通知なしで行われた違法な本件税務調査に対して、原告が激しく抗議し、これが調査終了時まで続いたことが、査察気質、資質を併せ持つ丙の個人的心証を害し、本件各処分は、その結果としてなされた違法な処分である。
【被告の主張】
ア 法３０条７項の文言上、同項の適用がある場面が限定されることをうかがわせる文言は存在せず、最高裁平成１６年判決は、法「３０条７項の規定の反面として、事業者が上記帳簿又は請求書等を保存していない場合には同条１項が適用されないことになるが、このような法的不利益が特に定められたのは、資産の譲渡等が連鎖的に行われる中で、広く、かつ、薄く資産の譲渡等に課税するという消費税により適正な税収を確保するには、上記帳簿又は請求書等という確実な資料を保存させることが必要不可欠であると判断されたためであると考えられる。」と判示し、仕入税額控除の適用を受けるためには、法３０条７項の要件を満たす必要があることを当然の前提としており、帳簿及び請求書等が保存されていなくとも仕入税額控除の適用を受けることができると解する余地はない。
イ 法３０条７項本文が仕入税額控除に帳簿及び請求書等の保存を要求したのは、資産の譲渡等が連鎖的に行われる中で、広く、かつ、薄く資産の譲渡等に課税するという消費税において、適正な税収を確保するには、帳簿及び請求書等という確実な資料を保存させることが必要不可欠であることによるものであるところ、このような仕入税額控除における帳簿及び請求書等の意義を踏まえ、最高裁平成１６年判決は、事業者が法定帳簿を所定の期間及び場所において、法６２条に基づく税務職員による検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように体制を整えて保存していた場合に限り、法３０条１項の仕入税額控除の適用を認めている。そうすると、法３０条７項本文が規定する法定帳簿の保存の有無にかかわらず、仕入税額控除が認められると解する余地はないから、原告の主張は法的根拠に基づかない独自の見解といわざるを得ない。
また、原告は、簡易課税制度において認められているとおり仕入率８０％として仕入税額を推計して控除すべきである旨主張するが、法３７条１項が規定する簡易課税制度は、一定の要件を満たした事業者に限って適用されるものであり、一般的に推計による仕入税額控除を認めるものではないし、法が、仕入税額控除について、法３０条７項で帳簿及び請求書等の保存を求め、一方で簡易課税制度を定めていることからすれば、簡易課税制度の適用による場合以外については、帳簿及び請求書等の保存がなされている場合に限って仕入税額控除を認め、仕入税額を推計して控除することは予定されていないと解される。本件では、原告に簡易課税制度の適用はないから、帳簿の保存がないにもかかわらず、簡易課税制度と同率の仕入率により推計した仕入税額を控除する余地はない。
第３ 当裁判所の判断
１ 認定事実
前記前提となる事実、証拠（以下に掲記のもの）及び弁論の全趣旨によれば、次の事実が認められる（以下では、証人丙を「証人丙」、証人戊を「証人戊」、証人乙を「証人乙」とそれぞれ表記する。）。
(1) 原告指摘書類の作成経緯等
ア 原告は、本件各課税期間の１０年くらい前から、乙税理士に依頼して所得税及び消費税等の申告を行っており、乙税理士に提出するため、戊に指示して、毎年１回次の各書面を作成していたが、原告又は戊（以下「原告ら」と総称する。）は、本件事業に関し、自ら帳簿を作成する必要があるとの知識がなく、簿記会計で一般に用いられているような会計帳簿を作成することはしなかった。（前記前提となる事実(2)、甲２５・８頁、証人戊８～１０頁、１６、１７頁、乙７・２頁、証人乙２１頁）
(ア) Ｂに対する支払額一覧表（このうち、平成２０年分に関するものが本件支払集計表〔甲１１・４３頁〕である。）
(イ) 新聞折込に係る収入の一覧表（甲１１・９、４０、７０頁、乙４の１・１７頁、乙４の２・１７頁、乙４の３・１５頁）
(ウ) 人件費の一覧表（甲１１・１０、４１、７１頁、乙４の１・１９頁、乙４の２・１８頁、乙４の３・１６頁）
(エ) リース費用等の一覧表（甲１１・１１、４４、７２頁）
イ 原告は、毎年２月又は３月頃、乙税理士の下に、上記ア(ア)～(エ)の各一覧表、本件請求書等の請求書及び領収書等の原始帳票を持参していた。（甲２５・８頁、証人戊１５頁、乙７・２、３頁、証人乙２１頁）
乙税理士は、これら原告から持ち込まれた書類を基にして、本件振替伝票等の振替伝票を作成し、それらの記載内容を転記するなどして本件決算集計表を作成して、これらを基に消費税等の確定申告書を作成していたが、原告らが、乙税理士に対し、簿記会計において一般に用いられている会計帳簿を示したことは一度もなく、原始帳票についても、仕入れ及び経費については示されたものの、売上げについて示されたことは一度もなかった。（乙７・３頁、乙１１・２頁、証人乙２９、３０頁）
本件振替伝票及び本件決算集計表は、乙税理士が原告の本件事業に係る所得税及び消費税等の確定申告書を作成するために作成したものであり、本件営業所に備え置いたり、第三者に対して提示したりすることは念頭に置いていなかった。（乙１１・２頁、証人乙２７頁）
乙税理士は、確定申告書の作成業務が完了した後、原告に対し、原告が持参した上記ア(ア)～(エ)の各資料を返却していたが、本件振替伝票及び本件決算集計表については、確定申告後も原告に交付されることはなかったし、原告らは、少なくとも本件審査請求の頃まで本件振替伝票及び本件決算集計表の存在を知らなかった。（甲２５・８頁、乙７・３頁、証人戊１６、２１～２４頁、証人乙２１、２７、３１頁）
ウ なお、乙税理士は、事業者から、確定申告書の作成業務のほか、帳簿書類の記帳業務についても委任されることがあり、帳簿書類の記帳業務も受任した場合には、確定申告書の作成業務のみを受任した場合よりも高額の報酬を受け取ることとしていた。（証人乙２０、３９、４０頁）
しかし、乙税理士は、原告からは、所得税及び消費税等に係る確定申告書の作成を委任されていただけであり、帳簿書類の記帳業務は委任されていなかった。（証人乙２０頁、証人戊１６、１７、１９頁）
(2) 本件税務調査の経緯（甲１２、２５、乙４の１～３、乙６、８、９、１７の１、証人戊、同丙、同乙）
ア 丙らは、平成２２年１０月５日午前９時３０分頃、原告の平成１９年分ないし平成２１年分の所得税及び本件各課税期間の消費税等の各確定申告に関する税務調査のため、事前の予告なく本件営業所に臨場し、本件営業所の玄関の呼鈴を数回鳴らしたが応答がなく、同日午前１０時１０分頃、再度呼鈴を数回鳴らしたが応答はなかった。
丙らは、本件営業所の付近で待機した後、同日午前１１時１０分頃、再度本件営業所の呼鈴を鳴らしたところ、原告らが応答した。丙らは、原告らに対し、来訪の趣旨を伝え、本件税務調査への協力を要請したところ、原告らは、新聞代の集金に行く準備をする必要があること、税金の申告は乙税理士を通じて行っているため、申告の内容については乙税理士に確認して欲しい旨を述べた。また、戊は、本件各確定申告に際して、乙税理士に預けていた領収証等の書類は、本件各確定申告後に乙税理士から返却を受けたが、既に破棄した旨述べた。
イ 丙らは、平成２２年１０月１８日午後１時頃、本件営業所に臨場した。原告は、同日午後２時頃から従業員が本件営業所で機械を動かすこと及び帳簿書類を保存していないことなどを理由として、乙税理士の事務所で調査を行うよう申し立て、丙らは、原告らと同道して乙税理士の事務所に移動し、同日午後１時１５分頃から、同事務所において調査を行った。原告ら及び乙税理士は、同日、丙らに対し、本件事業に係る売上げ、仕入れ、経費及び人件費に関する過年分の資料は既に破棄しており、本件事業に係る帳簿は存在しない旨を述べた。丙らは、同日、乙税理士に対し、本件各確定申告の基礎となった資料の保存の有無を確認することを含めて、今後の調査に協力するよう要請した。
ウ 丙は、平成２２年１１月８日、乙税理士の事務所に臨場して調査を行った。乙税理士は、丙に対し、平成１９年分ないし平成２１年分の所得税及び本件各課税期間の消費税等の申告に際し原告から提出された資料等が綴られた本件ファイル（甲１１）を提示した。丙は、本件ファイルに綴られた資料のうち、本件請求書及び本件事業に係る申告額の検証のために必要であると思料される書類を選別して、本件請求書、本件決算集計表並びに本件各課税期間における折込広告関係集計表及び人件費関係集計表の写しを作成し、それらを各課税期間ごとに仕分け、それぞれ原本と写しの間に相違がない旨の乙税理士の確認を得た。（乙４の１～３）
エ 丙らは、平成２２年１１月１１日、本件営業所に臨場し、原告ら及び乙税理士立会いの下、調査を行った。原告は、その際、仕入れ及び経費に関する原始帳票書類は３年分保存しているが、帳簿は作成していない旨述べ、平成１９年分から平成２１年分までの経費に係る領収書が入った封筒、平成２２年９月分の新聞小売りの領収書控え、「読者台帳（現読者）」と題する資料（乙１）、「読者台帳（休止読者）」と題する資料（乙２）及び折り込み広告の内容を記載したノート１冊（乙５）をそれぞれ提示した。丙は、同日、上記ノート１冊についてはその写しの交付を受け、その余は原本を預かった。（甲１２）
なお、原告らは、平成２２年１０月５日及び同月１８日の調査の際には過去の資料は破棄した旨を述べていたが（前記ア及びイ）、それは捨てた記憶があり、残していたという記憶がなかったからであり、その後、家中を探した結果、小屋裏から３年分の資料が発見されたものであった。（甲２５・４～５頁、証人戊２５～２６頁）
オ 丙は、平成２２年１２月６日、本件営業所に臨場し、原告ら及び乙税理士立会いの下、調査を行った。丙は、その際、原告に対し、改めて平成１９年分ないし平成２１年分の所得税及び本件各課税期間に係る消費税等の本件各確定申告の元となった事業の帳簿の作成の有無及び保存の有無について確認したが、原告らは、本件事業に関し帳簿を作成したことはなく、売上げ、仕入れ又は経費等をノートに記載したこともない旨述べた。また、乙税理士は、原告から、本件事業の帳簿を作成したことを聞いたことはなく、その提出を受けたこともない旨述べた。（乙６）
カ 丙は、平成２２年１２月１７日、豊岡署職員Ｅとともに、乙税理士の事務所に臨場し、調査を行った。丙は、乙税理士に対し、改めて原告の申告書類の作成状況や帳簿の作成の有無等について質問したところ、乙税理士は、「甲さんの実父が同様に新聞小売を営んでいるときから、税理士として実父の申告の関与をしていましたので、甲さんの関与はかれこれ１０年ほどになります。」、「お尋ねの申告書等の作成状況についてですが、申告書の作成に当たっては、毎年のことですが、年が明けて所得税の確定申告期限間際に、経費の領収証ということでしょうか、あらゆる領収証を持って当事務所に来られます。普通であれば、領収証のみでは収支内訳書は、作成できませんから、売上、仕入や経費などを記載した帳簿の有無を甲さんに確認するのですが、『作成していない。』と申し立てがあるだけで、これまで一度も帳簿は見たことがありません。さらに、売上については、帳簿はおろか原始帳票さえ確認したことがありません。」などと述べた。（乙７・２枚目）
また、乙税理士は、売上げの算定方法について、「Ｂからの請求書から仕入部数が判明しますので、その仕入部数と本人からの聞き取りで分かった残紙、残紙とは新聞社から販売部数以上に届けられ売れ残った新聞のことですが、それと配達人に支払った手数料などから売上を算定します。」、「折込広告の売上もあり、内訳は広告代理店からの振込売上と近所の小売店などが直接持ち込むものがあるのですが、それらをまとめたペーパー１枚の提出があるのみで、そのペーパーに記載された金額の基となる原始帳票も帳簿も確認したことはありません。」と述べた。（乙７・２～３枚目）
さらに、乙税理士は、仕入れ及び経費の算定方法について、「仕入と経費についてですが、帳簿は見たことはありませんが、領収証や請求書などの原始帳票を当事務所に持ってこられますから、それらを各科目に振り分け集計表を作成し、何とか仕入れや各経費の金額を算定しています。」と述べ、申告書の作成方法については、「売上、仕入、経費の金額を算定した上で、収支内訳書を作成し、またその収支内訳書に基づいて、所得税の確定申告書と消費税の確定申告書を作成し、甲さんに確認のうえ各書類を税務署に提出しています。」と述べた。（乙７・３枚目）
キ 丙は、平成２３年２月２日、本件営業所に臨場し、原告ら及び乙税理士立会いの下、調査を行った。丙は、その際、原告らに対し、同日までの反面調査を含む調査内容を説明した上、同業者の申告内容等を踏まえて算定される平成１９年分から平成２１年分までの各所得税の額並びに本件各課税期間の消費税等額及びこれに関して仕入税額控除が認められないことなどを伝え、修正申告をするか確認したが、原告らは、修正申告には応じない旨述べた。（乙８）
ク 丙は、平成２３年２月２２日、本件営業所で、原告ら及び乙税理士立会いの下、調査を行った。丙は、その際、原告らに対し、同業者の申告内容等を踏まえて、平成１９年分ないし平成２１年分までの各所得税額を算定したこと及びその額、消費税については帳簿の保存がないことから仕入税額控除が認められないこと及びその結果算定された額並びにそれぞれの加算税額の額を伝え、修正申告をしないのであれば更正処分をすることとなる旨伝えたが、原告らは、修正申告には応じない旨述べた。（乙９）
(3) 本件各処分
処分行政庁は、同月２３日、本件各処分を行った。（前記前提となる事実(4)）
２ 争点１・法３０条７項にいう「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等（…）を保存しない場合」に当たるか否かについて
(1) 法３０条７項について
ア 消費税に採用されているような申告納税方式の下では、納税義務者のする申告が事実に基づいて適正に行われることが肝要であり、必要に応じて税務署長等がこの点を確認することができなければならない。そこで、事業者は、帳簿を備え付けてこれにその行った資産の譲渡等に関する事項を記録した上、当該帳簿を保存することを義務付けられており（法５８条）、税務職員は、必要があるときは、事業者の帳簿書類を検査して申告が適正に行われたかどうかを調査することができるものとされ（法６２条）、税務職員の検査を拒み、妨げ、又は忌避した者に対しては罰則が定められていて（法６８条１号）、税務署長が適正に更正処分等を行うことができるようにされている。
法が事業者に対して上記のとおり帳簿の備付け、記録及び保存を義務付けているのは、その帳簿が税務職員による検査の対象となり得ることを前提にしていることが明らかである。そして、事業者が国内において課税仕入れを行った場合には、課税仕入れに関する事項も法５８条により帳簿に記録することが義務付けられているから、税務職員は、上記の帳簿を検査して上記事頂が記録されているかどうかなどを調査することができる。
法３０条７項は、法５８条の場合と同様に、当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等が税務職員による検査の対象となり得ることを前提にしているものであり、事業者が、国内において行った課税仕入れに関し、法３０条８項１号所定の事項が記載されている帳簿を保存している場合及び同条９項１号所定の書類で同号所定の事項が記載されている請求書等を保存している場合において、税務職員がそれらを検査することにより課税仕入れの事実を調査することが可能であるときに限り、同条１項を適用することができることを明らかにするものであると解される。同条１０項の委任を受けて同条７項に規定する帳簿又は請求書等の保存に関する事項を定める令５０条１項は、法３０条１項の規定の適用を受けようとする事業者が、同条７項に規定する帳簿及び請求書等を整理し、所定の日から７年間、これを納税地又はその取引に係る事務所、事業所その他これらに準ずるものの所在地に保存しなければならないことを定めているが、これは、国税の更正、決定等の期間制限を定める国税通則法７０条が、その４項において、その更正又は決定に係る国税の法定申告期限等から７年を経過する日まで更正、決定等をすることができると定めているところと符合する。
法３０条７項の規定の反面として、事業者が上記帳簿及び請求書等を保存していない場合には同条１項が適用されないことになるが、このような法的不利益が特に定められたのは、資産の譲渡等が連鎖的に行われる中で、広く、かつ、薄く資産の譲渡等に課税するという消費税により適正な税収を確保するには、上記帳簿及び請求書等という確実な資料を保存させることが必要不可欠であると判断されたためであると考えられる（以上につき、最高裁平成１６年判決参照）。
イ 平成６年改正は、同改正前の消費税法が、上記確実な資料として、帳簿又は請求書等の保存を要求することにより、事業者の自己記帳に基づく帳簿の保存だけでも仕入税額控除を認めていたのに対し、制度の信頼性や課税・非課税判定等の利便性、正確性の観点から、取引の事態を踏まえつつ、請求書、納品書、領収書その他取引の事実を称する書類（インボイス）のいずれかを保存することをその要件に加えることが適当である旨の税制調査会の答申を受け、法定帳簿のほかに法定請求書等を保存することを求めたものであり（甲１９、乙３、１０）、「又は」を「及び」に改めた文言上も、法が、上記確実な資料として、事業者の自己記帳に基づく帳簿及び取引の相手方が作成した請求書等の双方の保存を要求することとしたことは明らかである。
もっとも、原告が主張するように、法には、法３０条８項の記載要件の規定はあるが、「帳簿」という概念自体の定義規定は置かれていない。被告は、「帳簿」とは、取引関係を継続的にかつ連続して体系的に記録したものである旨主張し、そのような記録は、一般に「帳簿」に当たるものではあろうが、仕入税額控除制度は、広く、かつ、薄く資産の譲渡等に課税する消費税の計算の基本をなすものであり、「帳簿」該当性が否定されると、この基本の計算が排除される法的不利益が生じることに照らせば、「帳簿」該当性の判断は、個別具体的な書面について、法５８条が帳簿の備付け等を定め、法３０条７項が帳簿及び請求書等の保存を求めた上記趣旨を踏まえて行う必要があると解され、法に概念定義もないのに、予め「帳簿」の厳格な概念定義を一義的に定め、これに当たるか否かによって、「帳簿」該当性を判断することは相当でない。一方、原告は、法に「帳簿」に関する概念定義がないことから、法３０条８項の記載があれば、いかなる書類であっても「帳簿」に当たるかのように主張するが、同条７項は、法５８条と同様、飽くまで「帳簿」という文言を用いているのであって、その概念定義がないとしても、社会通念に照らして「帳簿」に当たるとは認められない書面についてまで、同条８項の記載さえあれば「帳簿」に含める趣旨であるとも解されない。
以上のところを総合すると、結局、ある書面が法３０条７項に定める「帳簿」に該当するか否かは、同条８項所定の記載要件の有無のほか、法５８条が帳簿の備付け等を定め、法３０条７項が帳簿及び請求書等の保存を求めた上記趣旨を踏まえ、社会通念に照らして判断するよりほかはないというべきである。
ウ そして、上記アで説示したところによれば、事業者が、令５０条１項の定めるとおり、法３０条７項に規定する帳簿及び請求書等を整理し、これらを所定の期間及び場所において、法６２条に基づく税務職員による検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存していなかった場合は、法３０条７項にいう「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に当たり、事業者が災害その他やむを得ない事情により当該保存をすることができなかったことを証明しない限り（同項ただし書）、同条１項の規定は、当該保存がない課税仕入れに係る課税仕入れ等の税額については、適用されないものというべきである（最高裁平成１６年判決、同平成１６年１２月２０日第二小法廷判決・裁判集民事２１５号１００５頁参照。）。
(2) 原告指摘書類について
原告は、原告指摘書類、すなわち、本件請求書、本件振替伝票、本件決算集計表、本件支払集計表、本件預金通帳を法定帳簿として保存していたと主張するので、以下、判断する。
ア 本件請求書について
本件請求書は、Ｂが作成した請求書であって、法定請求書等には当たる（前記前提となる事実(3)）が、記帳義務を負う事業者である原告が作成したものではない。前記説示のとおり、平成６年改正は、事業者の自己記帳による帳簿及び取引の相手方が作成した書類の双方の保存を要求することによって、仕入税額控除制度の信頼性を高めるなどの趣旨に基づくものであり、法３０条７項が帳簿及び請求書等の保存を求めた趣旨からすれば、法定請求書等がそのまま法定帳簿を兼ねることは、法が予定するところではないと解される。
原告は、本件請求書は、その内容からして、仕入先元帳に代わる伝票の様式を整えており、文献（乙１０・２７６頁）によっても、伝票綴りは帳簿として認められるから、本件請求書は、個別の仕入れに関する仕入伝票であり、それらの綴りは帳簿に当たるから、法定帳簿である旨主張する。しかし、上記文献において帳簿と認められるとされている伝票綴りは、取引の相手方が作成した請求書を単に綴ったものではなく、事業者が伝票を作成し、勘定科目別、日付順に整理し、日計表・月計表などをつけて綴ったものとされている。法３０条７項が帳簿及び請求書等の保存を求めた趣旨を踏まえ、社会通念に照らしてみた場合、このような伝票綴りを事業者が自己記帳した帳簿と同視することには合理的な理由がある。これに対して、本件請求書は、取引の相手方であるＢが作成・送付したものにすぎず、その内容に事業者である原告自身の会計的判断は全く含まれていない上、前記認定事実のとおり、原告自身、本件税務調査の当初の段階では、破棄されずに残っていると思っていなかったものであって、原告に、これを本件事業に関する会計記録として用いる意思があったものとも認め難い。そして、このようなものを事業者たる原告の「帳簿」と認めることは、社会通念に照らしても困難である。
したがって、本件請求書は、同項所定の「帳簿」に該当するとは認められない。
イ 本件振替伝票及び本件決算集計表について
本件振替伝票及び本件決算集計表は、乙税理士が、原告から持ち込まれた書類を基にして、本件各確定申告に係る申告書を作成するために作成したものであったこと、乙税理士は、税理士として、確定申告書の作成業務のほか、帳簿書類の記帳業務の委任を受けることもあったが、原告からは、所得税及び消費税等に係る確定申告書の作成のみを委任されていたこと、乙税理士は、本件振替伝票及び本件決算集計表を、本件営業所に備え置いたり、第三者に対して提示したりすることを念頭に置いておらず、本件各確定申告に係る申告書の作成業務が完了した後、原告に対し、原告が持参した上記の各資料は返却したが、本件振替伝票及び本件決算集計表については、確定申告後も原告に交付しなかったこと、原告らは、少なくとも本件審査請求の時まで本件振替伝票及び本件決算集計表の存在を知らず、本件税務調査の当初から、本件振替伝票及び本件決算集計表が乙税理士の下にあるとは述べていなかったこと、乙税理士も、本件税務調査の当初の段階から、その存在を述べていたものでなかったこと、以上の事実は、前記認定事実のとおりである。
原告は、本件振替伝票及び本件決算集計表が法３０条８項１号所定の記載事項を記載しているといえるから、法定帳簿に該当すると主張する。
しかし、上記認定事実によれば、本件振替伝票及び本件決算集計表は、申告書の作成を依頼された税理士が、専ら自己の業務遂行のために、依頼者である事業者が利用することを予定することなく作成した手控えないしメモの類と認めるのが相当であって、事業者である原告が本件事業に関する帳簿の作成義務（法５８条）に基づいて作成したとは認めることはできないし、原告の意思に基づいて作成されたものであるとも認められない。そして、このような手控えないしメモが、確定申告書を作成した税理士の手元に残っていたからといって、これを法３０条７項の帳簿と認めることは、帳簿及び請求書等の保存を要求した同項の趣旨に適うこととは言い難く、また、社会通念に照らし、上記のような税理士の手控えないしメモを「帳簿」と認めることも困難である
加えて、前記認定事実によれば、原告は、当該書類の作成を乙税理士に依頼したことも、その存在を認識していたこともなく、原告ら及び乙税理士は、本件税務調査の当初から、丙らに対して、乙税理士が本件振替伝票及び本件決算集計表を保管していたことを告げるなどしなかったのであるから、原告は、本件振替伝票及び本件決算集計表について、令５０条１項の定めるとおり整理し、これらを所定の期間及び場所において、法６２条に基づく税務職員による検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存していなかったものと認められる。
以上によれば、乙税理士が本件振替伝票及び本件決算集計表を作成し、本件税務調査において提示したとしても、原告が法３０条７項所定の「帳簿」を「保存」していたと認めることはできない。
ウ 本件支払集計表について
前記認定事実のとおり、本件支払集計表（甲１１・４３頁）は、戊が乙税理士に提出するため、原告の指示に基づいて年１回作成していた書面であり、その体裁は、Ａ４版の１枚紙に「新聞社本社支払い」という表題の「月」欄及び「支払額」欄から成る表が記載され、「月」欄に「１月」～「１２月」及び「合計」という文字が記載され、「支払額」欄に各月及び合計に対応した額が記載され、用紙の左肩に「Ｈ２０年」という手書きの書き込みがされているというものである。そして、証拠（甲１１・４３頁、１３の１～１２、乙４の１～３）によれば、Ｂは、本件請求書において、各月、原告に対し、本件課税仕入れに係る新聞代のほか、Ｆ会費、傷害保険、スポーツ基金及び福祉基金等の請求項目を併せた合計金額から、社員委託紙、逓送補助、労務対策費等、Ｂが原告に補助していることがうかがわれる金額を控除した残額（以下「実際請求額」という。）を請求しているところ、本件支払集計表に記載された金額は、実際請求額であることが認められる。
原告は、原告がＢから仕入れたＣの専売所であるから、本件支払集計表の記載によっても法３０条８項１号の記載事項は明らかであり、本件支払集計表は、法定帳簿に当たると主張する。
しかし、少なくとも、本件支払集計表に記載された金額が、実際請求額であって、法３０条８項１号所定の「課税仕入れに係る支払対価の額」でないことは、上記認定のとおりである。また、このことと上記説示した本件支払集計表の体裁、表題及び作成経緯とを総合すると、本件支払集計表は、原告のＢに対する支払総額を明らかにするために作成された書面と認めるのが相当であり、本件課税仕入れについて作成されたものであるとは認め難い。さらに、これらのことに加え、本件支払集計表が、乙税理士の保持する本件ファイル内にあり（甲１１）、原告らが、本件税務調査の当初の段階で、過年分の資料は破棄していると述べていたこと（前記認定事実(2)ア及びイ）をも総合すると、本件支払集計表は、原告が専ら乙税理士に対する説明のために作成した資料と認めるのが相当であって、原告自身、これを本件事業に関する会計記録として用いる意思があったものとは認め難い。そして、このような説明資料が申告書を作成した税理士の手元に残っていたからといって、これを法３０条７項の帳簿と認めることは、帳簿及び請求書等の保存を要求した同項の趣旨に適うこととは言い難く、また、社会通念に照らし、このような説明資料を「帳簿」と認めることも困難である。
加えて、前記認定事実によれば、原告は、本件支払集計表を、令５０条１項の定めるとおり整理し、これらを所定の期間及び場所において、法６２条に基づく税務職員による検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存していなかったこともまた明らかである。
そうすると、本件支払集計表をもって、原告が「帳簿」を「保存」していたと認めることも困難である。
エ 本件預金通帳について
本件預金通帳（甲１６の１～１６の５）は、預金勘定の原始書類であって、社会通念に照らして、原告が課税仕入れに係る取引の内容を記録した「帳簿」と認められるものではない。
原告は、原告がＢから仕入れたＣの専売所であることを根拠に、本件預金通帳に記載された送金がＢへの「新聞代」の支払であることは明らかであると主張するが、証拠（甲１３の１～１２、１６の１～５、乙４の１～３）によれば、本件預金通帳に記帳されたＢへの支払額も、実際請求額であって、法３０条８項１号所定の「課税仕入れに係る支払対価の額」ではなく、本件預金通帳には、同号所定の課税仕入れに係る資産又は役務の内容及び課税仕入れに係る支払対価の額とはかかわりなく、実際の出金が記載されているにすぎず、このようなものを「帳簿」と認めることが、帳簿及び請求書等の保存を要求した法３０条７項の趣旨に反することは明らかである。
オ 原告指摘書類全体について
原告は、日本税理士会連合会の見解（甲１７、１９）を引用し、原告指摘書類を総合して法定帳簿を保存していたといえる旨主張する。
しかし、原告が引用する見解は、「商業帳簿には、営業日誌（作業日報）、仕訳帳、仕訳伝票、補助簿、補助元帳（現金出納帳、預金出納帳、仕入帳、売上帳、経費帳等）、総勘定元帳等があるが、一つの帳簿では記載事項のすべてを満たしていないが、これらの各帳簿の間に関連付けがなされており、これらを総合すると、すべての記載事項を網羅している場合には、帳簿の記載要件を満たすことになる。」ということを前提とするものであるところ（甲１９・９５８～９５９頁等）、原告指摘書類は、そのいずれもが、法３０条７項が帳簿及び請求書等の保存を要求した趣旨を踏まえ、社会通念に照らして、「帳簿」を「保存」したとは認め難いものであることは、これまで認定・説示してきたとおりであり、かつ、各書類の間の関連付けが原告によってなされていたと認めるような事情もないから、上記見解に基づく原告の主張は理由がない。そして、上記のような原告指摘書類を全体として総合しても、原告が、法３０条７項所定の「帳簿」を「保存」したといえないことは明らかである。
(3) 本件における法３０条７項の適用について
本件税務調査において、原告が、帳簿を作成したことがないことを自認していたことは、前記認定事実のとおりである。また、原告が法定帳簿として保存していたと主張するのは、原告指摘書類のみであり、これらについて、いずれも法３０条７項所定の「帳簿」を「保存」したといえないことは、上記(2)で認定・説示したとおりである。そうすると、原告は、本件課税仕入れに係る法定帳簿を、法６２条に基づく税務職員による上記帳簿及び請求書等の検査に当たり、適時に提示することが可能なように態勢を整えてこれらを保存していたということはできないから、法３０条７項にいう「事業者が当該課税期間の課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等（…）を保存しない場合」に当たると認められ、他に同認定を左右する証拠はない。
３ 争点２・本件仕入税額に係る仕入税額控除の可否について
(1) 課税仕入れの存在が明らかな場合は法３０条７項の適用がない旨の主張について原告は、要旨、付加価値税という消費税の基本構造から、法３０条７項は、課税仕入れの取引実体を証明できない場合や、所定の帳簿・請求書等を全く保存しておらず、他に当該納税者の課税仕入額を合理的に推認する手段が全く存在しないような場合に限って適用される規定であると主張する。
しかし、法３０条７項が、事業者が帳簿及び請求書等を保存していない場合に法３０条１項が適用されないという法的不利益を特に定めたことは、上記２(1)アのとおりであり、同条７項ただし書を除くほか、その適用が限定される場合があることをうかがわせる規定はない。同イで説示したとおり、仕入税額控除は、消費税の計算の基本を成すものではあるが、法３０条７項が帳簿及び請求書等の保存を要求し、事業者が帳簿及び請求書等を保存していない場合に同条１項が適用されないという不利益を特に定めている以上、その趣旨を踏まえ社会通念に照らして判断した場合に「帳簿」と認められる記録の保存がされていない事業者について、仕入税額控除の適用が否定されることはやむを得ないことというべきである。よって、原告の上記主張は採用できない。
(2) 推計ないし信義則により仕入税額控除をすべきである旨の主張について原告は、本件課税仕入れが、原告の所得税については仕入れとして認められていること等を挙げ、要旨、消費税の付加価値税たる性質に鑑み、処分行政庁は、課税仕入れについても推計を認め、あるいは信義則によって、本件課税仕入税額を控除すべきである旨主張する。
しかし、所得税と消費税とは異なる法律によって課される租税である。そして、消費税法の適用においては、法３０条７項に当たる場合、同条１項は適用されないこととなるのであって、同条１項の適用を前提とする仕入税額控除の推計を問題とする余地はない。原告は、推計による仕入税額控除の根拠として、簡易課税制度（法３７）を挙げるが、同制度は、一定の要件を満たした事業者が選択した場合に初めて適用されるものであり、同制度の存在から、法３０条７項に当たる場合に推計による仕入税額控除ができると解することはできない。また、仕入税額控除が消費税の計算の基本であることは、前記説示のとおりであるが、消費税法上、事業者には、記帳義務が課せられており（法５８条）、法３０条７項が帳簿及び請求書等の保存を要求した趣旨を踏まえ、社会通念に照らして、帳簿と認められる記録を作成することは必ずしも困難なこととは思われず、本件において、原告が、その保存を欠くこととなったのは、自ら帳簿を作成する必要があるとの知識がなかったこと（前記認定事実(1)ア）に起因すると認められることからすると、原告との関係で、法定帳簿の保存がないとして仕入税額控除を認めなかった本件各更正処分について、信義に反する事情があるともいえない。
(3) 税務調査の違法に関する主張について
原告は、丙らが、本件税務調査の際に事前通知をしなかったことや、事前通知なしで行われた違法な税務調査に対して、原告らが激しく抗議し、これが調査終了時まで続いたことが、査察気質、資質を併せ持つ丙の個人的心証を害し、本件各処分は、その結果としてなされた違法な処分であるなどと主張するが、原告が、本件課税仕入れについて、法３０条７項所定の「帳簿」を「保存」していなかったことは、これまで認定・説示したとおりであって、本件各処分が、これとは異なる原因によって行われたと認めるに足りる証拠はない。
(4) まとめ
以上のほか、前記２のとおり、原告が、本件課税仕入れについて、法３０条７項所定の「帳簿」を「保存」していなかったにもかかわらず、同条１項を適用し得ると解する根拠となるような事情は見当たらない。
４ 本件各処分の適法性について
本件各処分に当たり、処分行政庁が認定した原告が納付すべき消費税の課税標準額は、本件各課税期間中の各課税期間について、それぞれ別表１中「更正処分等」欄の各「課税標準額」欄記載のとおりであるところ、別表２～４中各「ｃ請求の趣旨」欄の各「課税標準額」欄記載のとおり、原告は、上記各課税標準額を争わない。そして、上記各課税標準額に税率４％を乗じた消費税額（国税通則法１１９条１項により１００円未満の端数を切り捨てた金額）は、別表１中「更正処分等」欄の各「納付すべき消費税額」欄記載の金額となるところ、本件課税仕入税額に法３０条１項所定の仕入税額控除を適用することはできないことは、これまで説示したとおりであり、他にこれを適用すべき課税仕入れは主張されていないから、本件各課税期間において、原告が納付すべき消費税額は、それぞれ同欄記載の金額となる。
また、上記納付すべき消費税額に税率２５％を乗じた譲渡割の地方消費税の金額（同前）は、同欄の各「納付すべき地方消費税額」欄記載の金額となる。
以上の消費税及び地方消費税の合計額は、同欄の各「消費税及び地方消費税の合計額」欄記載の金額となるところ、これから同表「確定申告」欄の各「消費税及び地方消費税の合計額」欄記載の本件各確定申告における消費税等の金額を控除した金額（国税通則法１１８条３項により１万円未満の端数を切り捨てた金額）は、平成１９年課税期間について２５５万円、平成２０年課税期間について２５０万円、平成２１年課税期間について２８０万円となり、その各金額に国税通則法６５条１、２項の規定を適用して算定した過少申告加算税額は、本件各課税期間について、それぞれ同表「更正処分等」欄の「過少申告加算税の額」欄記載の金額となる。
そうすると、本件各処分は適法であり、その各一部の取消しを求める原告の請求はいずれも理由がない。
第４ 結論
よって、原告の請求をいずれも棄却することとして、主文のとおり判決する。
神戸地方裁判所第２民事部
裁判長裁判官東亜由美
裁判官吉田祈代
裁判官塚本晴久
別表１
訴訟に至る経緯（消費税）
（単位：円）
課税期間
区分
項目
確定申告
更正処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
裁決
年月日
平成20年3月17日平成23年2月23日平成23年4月1日平成23年5月30日平成23年6月24日平成24年6月4日課税標準額
53,416,000
69,034,000
消費税額
2,136,640
2,761,360
控除対象
仕入税額
1,415,830
消費税
納付すべき消費
税額
720,800
2,761,300
課税標準となる
消費税額
720,800
2,761,300
地方消費税
納付すべき
地方消費税額
180,200
690,300
消費税及び地方
消費税の合計額
901,000
3,451,600
平成
年課税期間
過少申告加算税の額
337,000
全部取消し
棄却
全部取消し
棄却
年月日
平成21年3月16日平成23年2月23日平成23年4月1日平成23年5月30日平成23年6月24日平成24年6月4日課税標準額
59,734,000
69,977,000
消費税額
2,389,360
2,799,080
控除対象
仕入税額
1,597,757
消費税
納付すべき
消費税額
791,600
2,799,000
課税標準となる
消費税額
791,600
2,799,000
地方消費税
納付すべき
地方消費税額
197,900
699,700
消費税及び地方
消費税の合計額
989,500
3,498,700
平成
年課税期間
過少申告加算税の額
325,500
全部取消し
棄却
全部取消し
棄却
年月日
平成22年3月15日平成23年2月23日平成23年4月1日平成23年5月30日平成23年6月24日平成24年6月4日課税標準額
58,170,000
70,078,000
消費税額
2,326,800
2,803,120
控除対象
仕入税額
1,765,202
消費税
納付すべき
消費税額
561,500
2,803,100
課税標準となる
消費税額
561,500
2,803,100
地方消費税
納付すべき
地方消費税額
140,300
700,700
消費税及び地方
消費税の合計額
701,800
3,503,800
平成
年課税期間
過少申告加算税の額
385,000
全部取消し
棄却
全部取消し
棄却
別表２
平成１９年分消費税額等計算表
事業期間 H19.1.1～H19.12.31消費税の税額の計算
Ａ既確定額
（申告）
Ｂ調査額
（更正）
ｃ請求の趣旨
課税標準額
①
53,416,000
69,034,000
69,034,000
消費税額
②
2,136,640
2,761,360
2,761,360
控除過大調整税額
③
控除対象仕入税額
④
1,415,830
1,334,624
返還等対価に係る税額
⑤
貸倒れに係る税額
⑥
控除税額小計（④＋⑤＋⑥）
⑦
1,415,830
1,334,624
控除不足還付税額（⑦－②－③）
⑧
差引税額（付表３③）（②＋③－⑦）
⑨
720,800
2,761,300
1,426,700
中間納付税額
⑩
納付税額（⑨－⑩）
⑪
720,800
2,761,300
1,426,700
中間納付還付税額（⑩－⑨）
⑫
この申告書による地方消費税の税額の計算
控除不足還付税額（⑧）
⑰
差引税額（⑨）
⑱
720,800
2,761,300
1,426,700
譲渡割額還付額（⑰×25％）
⑲
納税額（⑱×25％）
⑳
180,200
690,300
356,600
中間納付譲渡割額
㉑
納付譲渡割額（⑳－㉑）
㉒
180,200
690,300
356,600
中間納付還付譲渡割額（㉑－⑳）
㉓
消費税及び地方消費税の合計税額
㉔
901,000
3,451,600
1,783,300
加算税
㉕
337,000
88,000
別表３
平成２０年分消費税額等計算表
事業期間 H20.1.1～H20.12.31消費税の税額の計算
Ａ既確定額
（申告）
Ｂ調査額
（更正）
ｃ請求の趣旨
課税標準額
①
59,734,000
69,977,000
69,977,000
消費税額
②
2,389,360
2,799,080
2,799,080
控除過大調整税額
③
控除対象仕入税額
④
1,597,757
1,479,805
返還等対価に係る税額
⑤
貸倒れに係る税額
⑥
控除税額小計（④＋⑤＋⑥）
⑦
1,597,757
1,479,805
控除不足還付税額（⑦－②－③）
⑧
差引税額（付表３③）（②＋③－⑦）
⑨
791,600
2,799,000
1,319,200
中間納付税額
⑩
360,300
360,300
360,300
納付税額（⑨－⑩）
⑪
431,300
2,438,700
958,900
中間納付還付税額（⑩－⑨）
⑫
この申告書による地方消費税の税額の計算
控除不足還付税額（⑧）
⑰
差引税額（⑨）
⑱
791,600
2,799,000
1,319,200
譲渡割額還付額（⑰×25％）
⑲
納税額（⑱×25％）
⑳
197,900
699,700
329,800
中間納付譲渡割額
㉑
90,000
90,000
90,000
納付譲渡割額（⑳－㉑）
㉒
107,900
609,700
239,800
中間納付還付譲渡割額（㉑－⑳）
㉓
消費税及び地方消費税の合計税額
㉔
539,200
3,048,400
1,198,700
加算税
㉕
325,500
65,000
別表４
平成２１年分消費税額等計算表
事業期間 H21.1.1～H21.12.31消費税の税額の計算
Ａ既確定額
（申告）
Ｂ調査額
（更正）
ｃ請求の趣旨
課税標準額
①
58,170,000
70,078,000
70,078,000
消費税額
②
2,326,800
2,803,120
2,803,120
控除過大調整税額
③
控除対象仕入税額
④
1,766,202
1,542,842
返還等対価に係る税額
⑤
貸倒れに係る税額
⑥
控除税額小計（④＋⑤＋⑥）
⑦
1,766,202
1,542,842
控除不足還付税額（⑦－②－③）
⑧
差引税額（付表３③）（②＋③－⑦）
⑨
561,598
2,803,100
1,260,200
中間納付税額
⑩
395,700
395,700
395,700
納付税額（⑨－⑩）
⑪
165,800
2,407,400
864,500
中間納付還付税額（⑩－⑨）
⑫
この申告書による地方消費税の税額の計算
控除不足還付税額（⑧）
⑰
差引税額（⑨）
⑱
561,500
2,803,100
1,260,200
譲渡割額還付額（⑰×25％）
⑲
納税額（⑱×25％）
⑳
140,300
700,700
315,000
中間納付譲渡割額
㉑
98,900
98,900
98,900
納付譲渡割額（⑳－㉑）
㉒
41,400
601,800
216,100
中間納付還付譲渡割額（㉑－⑳）
㉓
消費税及び地方消費税の合計税額
㉔
207,200
3,009,200
1,080,600
加算税
㉕
385,000
95,500
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2014/pdf/12511.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。