税務訴訟資料第２６５号－８１（順号１２６６４）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号消費税更正処分取消等請求事件
国側当事者・国（相模原税務署長）
平成２７年５月１４日棄却・確定
判決
原告株式会社Ａ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士木戸伸一
同遠藤幸子
被告国
同代表者法務大臣上川陽子
処分行政庁相模原税務署長
大角良昭
指定代理人別紙１指定代理人目録のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 処分行政庁が原告に対して平成２３年４月１８日付けでした平成２０年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち、消費税差引税額の金６６５万９３００円を超える部分、地方消費税譲渡割額納付額の金１６６万４８００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
２ 処分行政庁が原告に対して平成２３年４月１８日付けでした平成２１年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち、消費税差引税額の金１０４１万０２００円を超える部分、地方消費税譲渡割額納付額の金２６０万２５００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
３ 処分行政庁が原告に対して平成２３年４月１８日付けでした自平成１８年１月１日至同年１２月３１日事業年度以後の法人税の青色申告の承認の取消処分を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、原告が、相模原税務署長から、①課税期間である平成２０年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下、年度に応じて「平成２０年１２月期」などという。）及び平成２１年１２月期（以下、平成２０年１２月期と併せて「本件２事業年度」という。）について、消費税法３０条７項に規定する帳簿及び請求書等の保存がないため、課税仕入れ等に係る消費税額の控除（以下「仕入税額控除」という。）を定める同条１項の規定の適用がないとして、消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）の各更正処分（以下「本件各更正処分」という。）並びに各過少申告加算税賦課決定処分（以下「本件各賦課決定処分」という。）を受けるとともに、②帳簿書類の備付け、記録又は保存が法人税法１２６条１項に定めるところに従って行われておらず、同法１２７条１項１号に規定する青色申告の承認の取消事由に該当するとして、平成１８年１２月期以後の法人税の青色申告の承認を取り消す旨の処分（以下「本件青色承認取消処分」という。）を受けたため、本件各更正処分、本件各賦課決定処分及び本件青色承認取消処分（以下、併せて「本件各処分」という。）に係る税務調査（以下「本件調査」という。）は質問検査権を濫用した違法なものであり、また、原告は上記帳簿及び請求書等並びに帳簿書類（以下、併せて「帳簿書類等」という。）を保存していたのであるから、本件各処分は違法であるなどと主張して、本件各処分の取消しを求める事案である。
１ 関係法令の定め
（１）消費税法の定め
ア 消費税法２条１２号は、課税仕入れとは、事業者が、事業として他の者から資産を譲り受け、若しくは借り受け、又は役務の提供を受けることをいう旨定めている。
イ（ア）消費税法３０条１項（平成２４年法律第６８号による改正前のもの。以下同じ。）は、事業者が、国内において行う課税仕入れについては、当該課税仕入れを行った日の属する課税期間の課税標準額に対する消費税額から、当該課税期間中に国内において行った課税仕入れに係る消費税額を控除する旨定めている。
（イ）消費税法３０条７項は、同条１項の規定は、事業者が当該課税期間の仕入税額控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合には、当該保存がない課税仕入れの税額については、適用しない旨定め、ただし、災害その他やむを得ない事情により、当該保存をすることができなかったことを当該事業者において証明した場合は、この限りでない旨定めている。
（ウ）消費税法３０条８項は、同条７項に規定する帳簿の意義について定め、同条９項は、同条７項に規定する請求書等の意義について定めている。
ウ 消費税法５８条は、事業者は、政令で定めるところにより、帳簿を備え付けてこれにその行った資産の譲渡等又は課税仕入れに関する事項を記録し、かつ、当該帳簿を保存しなければならない旨定めている。
エ 消費税法６２条１項（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの。以下同じ。）は、国税庁の当該職員又は事業者の納税地を所轄する税務署若しくは国税局の当該職員は、消費税に関する調査について必要があるときは、納税義務がある者等に質問し、又はその者の事業に関する帳簿書類（電磁的記録を含む。）その他の物件を検査することができる旨定めている。
（２）消費税法施行令の定め
消費税法施行令５０条１項は、消費税法３０条１項の規定の適用を受けようとする事業者は、同条７項に規定する帳簿及び請求書等を整理し、当該帳簿についてはその閉鎖の日の属する課税期間の末日の翌日、当該請求書等についてはその受領した日の属する課税期間の末日の翌日から２月を経過した日から７年間、これを納税地又はその取引に係る事務所、事業所その他これらに準ずるものの所在地に保存しなければならない旨定め、ただし、財務省令で定める場合に該当する同条７項に規定する帳簿又は請求書等については、同日から５年間を超えて保存することを要しない旨定めている。
（３）法人税法の定め
ア 法人税法１２１条（平成２２年法律第６号による改正前のもの。以下同じ。）は、内国法人は、納税地の所轄税務署長の承認を受けた場合には、中間申告書及び確定申告書等並びにこれらの申告書に係る修正申告書を青色の申告書により提出することができる旨定めている。
イ 法人税法１２６条１項は、１２１条１項（青色申告）の承認を受けている内国法人（以下「青色申告法人」という。）は、財務省令で定めるところにより、帳簿書類を備え付けてこれにその取引を記録し、かつ、当該帳簿書類を保存しなければならない旨定めている。
ウ 法人税法１２７条１項（平成２７年法律第９号による改正前のもの。以下同じ。）は、青色申告法人につき、その事業年度に係る帳簿書類の備付け、記録又は保存が同法１２６条１項に規定する財務省令で定めるところに従って行われていない等の事実がある場合には、納税地の所轄税務署長は、当該事業年度までさかのぼって、その承認を取り消すことができる旨定め、この場合において、その取消しがあったときは、当該事業年度開始の日以後その内国法人が提出したその承認に係る青色申告書は、青色申告書以外の申告書とみなす旨定めている。
エ 法人税法１５３条１項（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの。以下同じ。）は、国税庁の当該職員又は法人の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員は、法人税に関する調査について必要があるときは、法人に質問し、又はその帳簿書類（電磁的記録を含む。）その他の物件を検査することができる旨定めている。
オ 法人税法１５４条１項（平成２３年法律第８２号による改正前のもの。以下同じ。）は、国税庁の当該職員又は法人の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員は、法人税に関する調査について必要があるときは、法人に対し、金銭の支払若しくは物品の譲渡をする義務があると認められる者又は金銭の支払若しくは物品の譲渡を受ける権利があると認められる者に質問し、又はその事業に関する帳簿書類を検査することができる旨定めている。
（４）法人税法施行規則の定め
ア 法人税法施行規則５４条（平成２３年財務省令第３０号による改正前のもの。以下同じ。）は、青色申告法人は、全ての取引を借方及び貸方に仕訳する帳簿（同規則５５条において「仕訳帳」という。）、すべての取引を勘定科目の種類別に分類して整理計算する帳簿（同規則５５条において「総勘定元帳」という。）その他必要な帳簿を備え、取引に関する事項を記載しなければならない旨定めている。
イ 法人税法施行規則５５条１項は、青色申告法人は、仕訳帳には、取引の発生順に、取引の年月日、内容、勘定科目及び金額を記載しなければならない旨定め、同条２項は、青色申告法人は、総勘定元帳には、その勘定ごとに記載の年月日、相手方勘定科目及び金額を記載しなければならない旨定めている。
ウ 法人税法施行規則５９条１項（平成２３年財務省令第８６号による改正前のもの。以下同じ。）は、青色申告法人は、次に掲げる帳簿書類を整理し、７年間、これを納税地（３号に掲げる書類にあっては、当該納税地又は同号の取引に係る法人税法施行地内の事務所、事業所その他これらに準ずるものの所在地）に保存しなければならない旨定めている。１号法人税法施行規則５４条に規定する帳簿並びに当該青色申告法人の資産、負債及び資本に影響を及ぼす一切の取引に関して作成されたその他の帳簿
２号棚卸表、貸借対照表及び損益計算書並びに決算に関して作成されたその他の書類３号取引に関して、相手方から受け取った注文書、契約書、送り状、領収書、見積書その他これらに準ずる書類及び自己の作成したこれらの書類でその写しのあるものはその写し
２ 前提事実（争いのない事実、顕著な事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
（１）当事者等（乙３～５）
ア 原告は、昭和６３年１月●日に設立され、本店所在地を神奈川県相模原市中央区とし、目的を産業廃棄物及び一般廃棄物の収集、運搬、処理及び処分等とする株式会社である。
原告は、神奈川県愛甲郡に営業本部（以下「本件営業本部」という。）を置き、事業の本拠としている。
イ 原告の代表取締役は、甲（以下「甲代表」という。）である。
原告の取締役には、甲代表の妻である乙（以下「乙取締役」という。）が就任していたが、平成２３年５月６日に辞任した。
原告の本店所在地には、甲代表及び乙取締役が自宅として居住する建物（以下「本件本社」という。）がある。
（２）原告の青色申告の承認
原告は、昭和６３年３月３０日、相模原税務署長に対し、昭和６３年１２月期以後の法人税の確定申告書を青色の申告書により提出することについての申請をし、その承認を受けた（乙６）。
（３）原告の消費税等の確定申告
ア 原告は、平成２１年３月２日、相模原税務署長に対し、平成２０年１２月期の消費税等について、別表「本件各処分の経緯等」の「確定申告」欄記載のとおり、控除対象仕入税額を２６２９万６２２０円、納付すべき消費税額を６６５万９３００円、納付すべき譲渡割額を１６６万４８００円とする確定申告書を提出した（乙１）。
イ 原告は、平成２２年３月１日、相模原税務署長に対し、平成２１年１２月期の消費税等について、別表「本件各処分の経緯等」の「確定申告」欄記載のとおり、控除対象仕入税額を１６８７万７４９４円、納付すべき消費税額を１０４１万０２００円、納付すべき譲渡割額を２６０万２５００円とする確定申告書を提出した（乙２）。
（４）本件調査
東京国税局所属の職員及び相模原税務署所属の職員（以下、併せて「本件調査担当職員」という。）は、平成２２年７月から平成２３年４月まで、本件調査を行った（乙７）。
（５）本件各処分及びこれに対する不服申立手続
ア 相模原税務署長は、平成２３年４月１８日付けで、原告に対し、平成２０年１２月期の消費税等について、別表「本件各処分の経緯等」の「更正処分」欄記載のとおり、控除対象仕入税額を０円、納付すべき消費税額を３２９５万５５００円、納付すべき譲渡割額を８２３万８８００円とする更正処分をするとともに、過少申告加算税の額を４５１万４０００円とする過少申告加算税賦課決定処分をした（甲３）。
イ 相模原税務署長は、平成２３年４月１８日付けで、原告に対し、平成２１年１２月期の消費税等について、別表「本件各処分の経緯等」の「更正処分」欄記載のとおり、控除対象仕入税額を０円、納付すべき消費税額を２７２８万７７００円、納付すべき譲渡割額を６８２万１９００円とする更正処分をするとともに、過少申告加算税の額を２５１万３０００円とする過少申告加算税賦課決定処分をした（甲４）。
ウ 相模原税務署長は、平成２３年４月１８日付けで、原告に対し、帳簿書類の備付け、記録又は保存が法人税法１２６条１項に定めるところに従って行われておらず、同法１２７条１項１号に規定する青色申告の承認の取消事由に該当するとして、平成１８年１２月期以後の法人税の青色申告の承認を取り消す旨の本件青色承認取消処分をした（甲５）。
エ 原告は、平成２３年６月１７日、相模原税務署長に対し、本件各処分を不服とする異議申立てをした。これに対し、相模原税務署長は、平成２３年８月９日、上記異議申立てをいずれも棄却する旨の異議決定をした。（甲６）
オ 原告は、平成２３年９月９日、国税不服審判所長に対し、本件各処分を不服とする審査請求をした。これに対し、国税不服審判所長は、平成２４年６月２５日、上記審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした。（甲８）
（６）本件訴えの提起
原告は、平成２４年１２月２５日、本件訴えを提起した（顕著な事実）。
３ 被告の主張する本件各処分の根拠及び適法性
本件各更正処分及び本件各賦課決定処分の根拠及び適法性に関する被告の主張は、別紙２のとおりである。
なお、後記４（１）から（３）までの争点以外の点や、争点に関する被告の主張が認められた場合の税額算定過程等については、当事者間に争いがない。
４ 争点
本件の争点は本件各処分の適法性であるが、具体的には次の点が争われている。
（１）本件各処分の取消原因となるべき本件調査の違法の有無
（２）消費税法３０条７項該当性（帳簿及び請求書等の保存の有無並びにやむを得ない事情の有無）
（３）法人税法１２７条１項１号該当性（帳簿書類の保存の有無）
５ 争点に対する当事者の主張の要旨
（１）争点（１）（本件各処分の取消原因となるべき本件調査の違法の有無）について（原告の主張の要旨）
ア 質問検査権は、税務署職員のみに与えられた強力な権限であるから、社会通念上相当な限度において行使されるべきものである。
しかるに、本件調査担当職員は、平成２２年７月２７日、早朝から甲代表の自宅に押しかけ、甲代表及び乙取締役に対して身体検査を行い、タンス、金庫、バッグ及び財布を明けさせ、取引銀行等をチェックするなどし、本件営業本部においても、調査税目すら開示しなかった。甲代表は、このような税務調査により、体調を崩した。
本件調査担当職員は、平成２２年７月２８日、病院にまで来て甲代表が本当に診察を受けているのかを確認し、自宅に先回りして張り込み、炎天下の玄関先で数十分もの間、押し問答を繰り返した。また、本件調査担当職員は、甲代表に対し、「このままでは済まないからな」といった脅しを何度もした。しかも、本件調査担当職員が原告の取引先金融機関にいわゆる反面調査に入ったため、原告は予定していたボーナスの融資を受けられなくなった。
その後も、本件調査担当職員は、自宅に経理書類が何もないことを知りながら、頻繁に自宅を訪問し、自宅の張り込みや、頻繁な電話などを繰り返し、甲代表やその家族を精神的に追い詰め、その結果、甲代表の病状はますます悪化した。
このような事情から、原告は、思い余って、平成２２年９月２４日付けの書面によって相模原税務署長に抗議し、謝罪を求めたが、本件調査担当職員は、謝罪をするどころか、同年１１月、原告の複数の重要得意先に反面調査に入ったため、原告は、それらの会社から、好奇の目、疑惑の目で見られ、取引が激減することになった。また、本件調査担当職員は、平成２２年１２月頃から、連絡票を投入し、あたかも真摯に申入れをしたかのようなアリバイ作りをしていた。なお、本件調査の対象には、国税通則法７０条１項により更正処分等の対象とならない年度分のものも含まれていた。
イ 以上のとおり、本件調査は、強引、高圧的、威圧的で、令状もないのに、実態はまるで強制捜査のようで、非常識極まりないものであり、相当な限度を超えた質問検査権の濫用によるものであるから、違法というべきであり、かかる違法な本件調査に基づいてした本件各処分もまた違法である。
（被告の主張の要旨）
ア 質問検査の範囲、程度、時期、場所など実定法上特段の定めのない実施の細目については、質問検査の必要があり、かつ、これと相手方の私的利益との衡量において社会通念上相当な限度にとどまる限り、権限のある税務職員の合理的な選択に委ねられているものと解される。また、調査手続の単なる瑕疵は処分の適否には直接影響を及ぼさず、調査の手続が全く同意なく行われる等刑罰法規に触れ、あるいはこれとほぼ匹敵するような事情の存在が認められ、公序良俗に反し、又は社会通念上相当の限度を超えて濫用にわたる等重大な違法を帯びるような場合に限り、当該課税処分又は青色申告承認取消処分は違法となり、取消原因となると解するのが相当である。
イ 本件調査担当職員は、平成２２年７月２７日午前９時頃、本件本社及び本件営業本部に臨場した後、甲代表の了解を得て、同日午前１０時３０分頃から午後５時３０分頃までの間、本件営業本部において調査を行ったほか、同日午前１１時過ぎ頃、本件本社において、甲代表又は乙取締役に対し、ハンドバッグ、財布及び金庫に保管されている物の提示を求め、いずれもその都度、各人の了解の下、提示を受け、確認作業を行った。
本件調査担当職員は、平成２２年７月２８日午前９時２０分頃、本件営業本部に臨場したが、原告の営業統括を務めていた丙（以下「丙統括」という。）から、甲代表の体調不良及び不在等のため調査を受けられない旨の申出を受けたことから、本件営業本部での調査を差し控えた。また、本件調査担当職員は、同日午後５時５０分頃、本件本社に臨場し、甲代表に対し、本件調査への協力及び総勘定元帳の提示を求めたが、これに応じてもらえなかったことから、同日午後６時頃に退去した。
その後、本件調査担当職員は、甲代表の体調等に係る申出を踏まえ、丁税理士（以下「丁税理士」という。）を介して、原告に対し、本件本社等において調査ができない場合には先行して帳簿書類等を借用したい旨伝えたほか、平成２２年９月下旬までは、合計１１回にわたり、丁税理士を介し、事前に調査日時を調整したい旨申し入れた。
しかし、本件調査担当職員は、上記申入れをしても本件調査への協力が得られなかったことから、平成２２年９月下旬から同年１１月上旬にかけて、乙取締役及び丙統括に対し、２回の臨場及び４回の電話連絡によって、本件調査への協力及び総勘定元帳等の提示を求めた上、同年１２月中旬から平成２３年３月上旬にかけて、各連絡票を用いて、事前に調査予定日時を指定し、当該日時における原告の都合が悪い場合には連絡するよう求めた。
このように、原告に対する本件調査は、「まるで強制捜査」とのそしりを受けるようなものではないし、本件調査担当職員は、本件各処分が違法となるような行為を何らしていない。
ウ 本件調査担当職員は、原告が帳簿書類等を一切提示せず、本件調査に協力しなかったため、原告の取引金融機関及び取引先に対して質問し、又は帳簿書類等を検査するなどの調査を行った。そして、上記の事情に照らせば、本件調査担当職員がこのようないわゆる反面調査を行うとした判断に何ら合理性を欠く点は存しない。
エ 以上のとおり、本件調査担当職員は、質問検査権を適法に行使したものであり、本件調査は、その手続において何らの違法も存しない。
したがって、本件各処分は、その手続面からみても適法である。
（２）争点（２）（消費税法３０条７項該当性（帳簿及び請求書等の保存の有無並びにやむを得ない事情の有無））について
（原告の主張の要旨）
ア 消費税は付加価値税であるところ、仕入税額控除を行うことによって税負担の累積が防止されることから、仕入税額控除は消費税制度の根幹をなすものとして非常に重要な要素とされている。そして、税務調査の際に事業者が仕入税額控除に係る帳簿及び請求書等の提示を拒否したとしても、これをもって消費税法３０条７項の「保存しない場合」に該当すると解釈することは、租税法律主義の禁止する拡張解釈そのものであり、法解釈の限界を超えるものであるし、また、課税庁の判断が最終となり、国税不服審判所や裁判所が保存の有無を判断し得ないことになり、納税者の裁判を受ける権利を侵害することになるから、許されないというべきである。そのため、納税者が何らかの事情で税務調査の際に帳簿及び請求書等を提出しなかったとしても、申告当時から仕入税額控除に係る帳簿及び請求書等の保存をしていた場合には、消費税法３０条７項の「保存しない場合」には当たらないと解すべきである。
イ この点、原告は、本件調査の初日の時点で、本件営業本部において、本件２事業年度に係る帳簿及び請求書等、すなわち、仕入内容等を記載した帳簿、請求書、領収書、現金出納帳及び銀行取引表等を保存していた。また、本件２事業年度に係る総勘定元帳については、本件営業本部において、用紙としては打ち出されていなかったものの、事業所に準じる所在地、すなわち、原告が経理をアウトソースしている戊（以下「戊」という。）の下にデータとして保存していた。
そして、本件調査担当職員は、本件調査の初日に、本件営業本部において８時間を超える税務調査を行い、原告の経理資料を自由に、かつ、実質的な調査を行っており、帳簿及び請求書等が保存されていたことを認識していた。また、本件調査担当職員は、戊に対する反面調査の権限を有しており、戊の連絡先等も知っていたにもかかわらず、戊と真面目に接触しようとしていないのであって、いわば税務調査の手抜きがされたものである。
このように、原告は、本件２事業年度に係る帳簿及び請求書等を適時に提示することが可能なように態勢を整えて保存していた。
ウ また、仮に原告が消費税法３０条７項所定の帳簿及び請求書等を保存していなかったとしても、本件調査担当職員が、上記（１）の原告の主張の要旨のとおり、非常識極まりない税務調査をしたことや、甲代表が病気であったことに鑑みると、同項ただし書が規定する「やむを得ない事情」があるというべきである。
（被告の主張の要旨）
ア 事業者が、消費税法施行令５０条１項の定めるとおり、消費税法３０条７項に規定する帳簿及び請求書等を整理し、これらを所定の期間及び場所において、同法６２条に基づく税務職員による検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存していなかった場合は、同法３０条７項にいう帳簿及び請求書等を「保存しない場合」に当たり、事業者が災害その他やむを得ない事情により当該保存をすることができなかったことを証明しない限り（同項ただし書）、同条１項の規定は、当該保存がない課税仕入れに係る課税仕入れ等の税額については、適用されないものというべきである。
そして、帳簿及び請求書等を税務調査時ではなく事後に提示ないし提出するいわゆる「帳簿及び請求書等の後出し」がされたとしても、そのことをもって消費税法３０条７項にいう帳簿及び請求書等を「保存しない場合」に該当しないものとは認められないと解される。
イ 本件調査担当職員は、平成２２年７月２７日に本件調査を開始して以降、約３か月間にわたり、甲代表、乙取締役及び丙統括（以下「甲代表ら」という。）並びに丁税理士に対し、直接面接又は電話をすることにより、繰り返し本件調査への協力依頼をし、かつ、本件２事業年度の帳簿及び請求書等の提示を求めたが、甲代表らは、本件調査担当職員に当該帳簿及び請求書等を提示しなかった。
また、本件調査担当職員は、上記期間後には、本件本社等に臨場しても甲代表らと面接できなかったところ、甲代表らに対し、合計９通の各連絡票によって帳簿及び請求書等の提示を求めたが、甲代表らは、それらの各連絡票の内容を全て確認していたにもかかわらず、本件調査担当職員に連絡すらしなかった。さらに、甲代表らが本件調査担当職員からの帳簿及び請求書等の提示及び借用の求めに応じなかった理由をみても、甲代表らは、当初は、戊が当該帳簿及び請求書等を保管していること等を理由にこれに応じなかったが、その後、原告が戊から総勘定元帳のデータ（フロッピーディスク）を受け取った後もなお、これを提示しなかった。
このように、原告は、本件調査において、本件調査担当職員から、約７か月間、複数回にわたり、帳簿及び請求書等の提示を求められたが、その求めに応じ難いとする理由も格別なかったにもかかわらず、これを拒否し続けたものである。そのため、本件調査担当職員は、本件調査において、原告の帳簿及び請求書等を検査する必要があったのに、その検査をすることができなかった。
以上に照らせば、原告は、本件調査が行われた時点において所定の帳簿及び請求書等の全てを物理的にも保存していなかったと認められるが、仮に、原告が帳簿及び請求書等を保存していたとしても、本件調査担当職員の検査に当たって、適時に帳簿及び請求書等を提示することが可能なように態勢を整えて帳簿及び請求書等を保存していなかったものというべきである。
ウ また、上記（１）の被告の主張の要旨のとおり、本件調査において、何ら違法な質問及び検査は行われていないのであるから、原告が帳簿及び請求書等を提示しなかったことにつき、原告の責めに帰すことのできない状況にあったということはできず、消費税法３０条７項ただし書に定める「やむを得ない事情」があったとはいえない。
（３）争点（３）（法人税法１２７条１項１号該当性（帳簿書類の保存の有無））について（原告の主張の要旨）
ア 青色申告承認の取消処分は、承認を得ていた納税者の特典を剥奪する不利益処分であるところ、法人税法１２７条１項１号が、「帳簿書類の備付け、記録又は保存」が行われていないことを取消事由とし、「帳簿書類等を提示しなかったこと」を取消事由として規定しているものではないことに鑑みると、税務調査の全過程を通じて、課税庁が帳簿書類の備付け状況等を確認するために社会通念上当然に要求される程度の努力を行ったにもかかわらず、その確認を行うことが客観的に見てできなかったと考えられる場合に初めて、青色申告承認の取消事由の存在が肯定されるべきである。
イ この点、原告は、本件調査の初日の時点で、本件営業本部において、平成１８年１２月期以後の帳簿書類等、すなわち、平成１８年１２月期及び平成１９年１２月期の総勘定元帳、仕入内容等を記載した帳簿、請求書、領収書、現金出納帳及び銀行取引表等を保存していた。また、本件２事業年度に係る総勘定元帳については、本件営業本部において、用紙としては打ち出されていなかったものの、事業所に準じる所在地、すなわち、原告が経理をアウトソースしている戊の下にデータとして保存していた。このように、原告は、平成１８年１２月期以後の帳簿書類を適時に提示することが可能なように態勢を整えて帳簿書類を保存していたのであり、本件調査の初日には何の抵抗もなく調査に応じていた。
しかるに、本件調査担当職員が、あまりにも横暴な態度、強引なやり方によって本件調査をしたため、甲代表は体調を崩し、その後も病状が一向に改善しなかったのであり、本件調査が進行しなかったのはかかる事情によるものである。また、原告が本件調査担当職員に帳簿書類を見せなかったのは、平成２２年９月に内容証明郵便による抗議をしたのに、何らの謝罪もなく、逆に態度を硬化させ、高圧的となってくる本件調査担当職員に対抗する術として、そのような素朴な対応しか取れず、提出の機会を逸したからであり、被告の帰責性が大きい。このように、本件調査担当職員は、絶大な国家権力を背景として、抗議を無視し、本件調査を執拗に継続しており、社会通念上要求される努力をしたとはいえない。
ウ したがって、法人税法１２７条１項１号が規定する青色申告承認の取消事由はない。（被告の主張の要旨）
ア 青色申告法人が、税務職員による法人税法１５３条所定の検査に当たって、適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて帳簿書類を保存していなかった場合には、同法１２６条１項の規定に違反し、同法１２７条１項１号所定の青色申告の承認の取消事由に該当することとなる。
そして、法人税法１２６条１項の趣旨に照らせば、帳簿書類を税務調査時ではなく事後に提示ないし提出する、いわゆる「帳簿書類の後出し」がされたとしても、そのことをもって同項にいう帳簿書類の保存があったとは認められないものと解される。
イ 上記（２）の被告の主張の要旨のとおり、原告は、本件調査において、本件調査担当職員から、約７か月間、複数回にわたり、帳簿書類の提示を求められたが、その求めに応じ難いとする理由も格別なかったにもかかわらず、これを拒否し続けたものである。そのため、本件調査担当職員は、本件調査において、原告の帳簿書類を検査する必要があったのに、その検査をすることができなかった。
ゆえに、原告は、本件調査が行われた時点において所定の帳簿書類の全てを物理的にも保存していなかったと認められるが、仮に、原告が帳簿書類を保存していたとしても、本件調査担当職員の検査に当たって、適時に帳簿書類を提示することが可能なように態勢を整えて帳簿書類を保存していなかったものというべきである。
ウ したがって、原告については、法人税法１２７条１項１号に規定する青色申告の承認の取消事由に該当する。
第３ 当裁判所の判断
１ 認定事実
前記前提事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨によれば、次の事実を認めることができる。
（１）原告について
ア 原告の役員及び従業員
乙取締役は、本件調査の当時、原告の専務取締役として、経理事務を担当していた。
丙統括は、甲代表の長男であり、本件調査の当時、原告の営業統括を務め、原告の業務を取り仕切っていた。
Ｂは、甲代表の長女であり、本件調査の当時、原告の従業員として、経理事務を担当していた。
（以上につき、甲３２、３３、証人乙、証人Ｂ）
イ 原告は、産業廃棄物及び一般廃棄物の収集、運搬、処理及び処分等を業とする株式会社であり、産業廃棄物及び一般廃棄物を収集、運搬した後、産業廃棄物については、自ら一次処理し、廃棄物の種類によって、産業廃棄物処理事業者が運営する第二次中間処理場や最終処分場に運搬し、一般廃棄物については、地方自治体が運営する清掃工場に運搬している。原告の事業のうち、消費税法所定の課税仕入れの対価に該当するのは、主として、原告が産業廃棄物処理事業者や地方自治体に支払う処分費であり、同法所定の課税資産の譲渡等の対価に該当するのは、主として、産業廃棄物及び一般廃棄物の収集先から得る代金である。（甲３３）
（２）本件調査の経緯
本件調査の経緯は、以下のとおりである（乙７、９、１０、証人乙、証人Ｃ、証人Ｄのほか、掲記の各証拠）。なお、証人乙の証言のうち、下記認定に沿わない部分は、他の証拠に照らし、これを採用することはできない。
ア 平成２２年７月２７日の状況
（ア）本件調査担当職員は、二手に分かれ、午前９時頃、原告に対する事前通告をせずに、本件本社及び本件営業本部に臨場したが、いずれも、その時点では甲代表が不在であった。
（イ）本件営業本部に臨場した本件調査担当職員は、午前１０時３０分頃、甲代表が本件営業本部に到着したことから、法人税、消費税及び源泉所得税等の調査のために来た旨を説明し、甲代表の了解を得た上で、本件営業本部において、本件調査を開始した。
本件調査担当職員は、乙取締役から、平成１７年１２月期以前の事業年度の総勘定元帳のほか、タイムカード、業務日報及び得意先ファイル等の提示を受けた。他方、平成１８年１２月期から平成２１年１２月期までの４期分の事業年度（以下「本件４事業年度」という。）の総勘定元帳については提示がなかったことから、本件調査担当職員が乙取締役に対してその所在を確認した。これに対し、乙取締役は、本件４事業年度の総勘定元帳については、戊がデータをフロッピーディスクで保有しており、本件営業本部にはない旨述べた。そこで、本件調査担当職員が、電話で戊に確認をしたところ、戊から、総勘定元帳のデータは保有しているものの、帳票出力はしておらず、これから出力するとしても１年分を出力するには１日要する旨の回答があったため、戊及び乙取締役に対し、総勘定元帳を早期に出力して提示するよう依頼した。
（ウ）一方、本件本社に臨場した本件調査担当職員は、午前１１時頃、甲代表及び乙取締役が本件営業本部から本件本社に移動してきたことから、本件本社において本件調査を開始し、同人らに対し、原告に関係する物の有無を確認するためであるとして、その了解を得た上で、ハンドバッグ、財布、金庫の中身、通帳や印鑑の提示を受けるなどした。その後、本件調査担当職員、甲代表及び乙取締役は、本件営業本部に移動した。
（エ）本件調査担当職員は、午後も、本件営業本部において調査を行っていたところ、午後５時過ぎ頃、甲代表から、体調不良（高血圧）を理由に本日の調査はこのくらいにしてほしい旨の申出を受けたため、翌日午前９時過ぎに再度本件営業本部へ臨場し、未確認の書類等の調査を継続することについて了承を得て、午後５時３０分頃、その日の調査を終了した。
イ 平成２２年７月２７日からの反面調査の状況
本件調査担当職員は、調査初日の平成２２年７月２７日から同年８月中旬までの数日間、原告の取引先の信用組合に対する調査（いわゆる反面調査）を行った。原告は、取引先の信用組合に対し、夏季ボーナス資金の融資を申し入れていたが、平成２２年７月末ないし８月上旬頃、同信用組合から、国税調査が入っていることを理由に融資を断られた。（甲３１、３３、証人Ｂ）
ウ 平成２２年７月２８日の状況
（ア）本件調査担当職員は、午前９時２０分頃、本件営業本部に臨場したところ、敷地入口において、丙統括から、甲代表の血圧が高く調査に立ち会えないので、調査を受けることはできない旨の申入れを受け、本件調査への協力を繰り返し求めたもののこれを拒否されたことから、午前１０時頃、同所から退去した。その後、本件調査担当職員は、甲代表の意思を確認するため、本件本社に臨場したが、甲代表は不在であった。
（イ）本件調査担当職員は、午後５時５０分頃、本件本社を訪問し、玄関先において、甲代表に対し、本件営業本部にある書類の確認作業への協力や本件４事業年度の総勘定元帳の提示を求めた。これに対し、甲代表は、昨日から具合が悪い、法的手段を考えている、自分が立ち会えないから調査を受けるのは無理であるなどと述べ、本件本社の中へ入った。また、その頃、甲代表の次女は、本件調査担当職員に対し、警察を呼ぶ旨伝えた（甲３０）。
そのため、本件調査担当職員は、午後６時頃、その場を離れた。
エ 平成２２年７月２９日の状況
（ア）本件調査担当職員は、午前１１時頃、戊の事務所に臨場したが、事務所からの応答がなかったため、戊の留守番電話に折り返し連絡をして欲しい旨のメッセージを残し、夕方頃、再び戊の事務所に臨場したが、事務所からの応答はなかった。
（イ）本件調査担当職員は、午後９時頃、ファミリーレストランにおいて、丁税理士と面接し、同人に対し、本件調査への協力及び本件４事業年度の総勘定元帳等の提示を求めた（なお、丁税理士は、平成２１年１２月期から、原告の税務代理（税理士法２条１項１号）を務めている（乙２））。これに対し、丁税理士は、現在、甲代表や戊と連絡が取れない状態だが、協力は惜しまない、平成２２年８月３日以後で調査日を調整する旨述べた。
オ 平成２２年８月３日ないし同年９月１６日の状況
本件調査担当職員は、平成２２年８月３日から同年９月１６日までの間、丁税理士に対し、電話により、合計９回にわたって、本件調査の日程調整を求めたほか、本件４事業年度の総勘定元帳の出力状況を尋ね、その借用を求めた。これに対し、丁税理士は、甲代表とは連絡が取れず、原告の窓口となっている丙統括は調査を受けたくないと言っており、総勘定元帳の出力状況については確認していない旨述べた。
カ 平成２２年９月２１日の状況
本件調査担当職員は、午前９時３０分頃、本件営業本部に臨場し、丙統括に対し、本件調査への協力及び本件４事業年度の総勘定元帳等の提示を求めた。これに対し、丙統括は、甲代表が体調を崩しており、調査は甲代表の立会いがなければ受けられない、本件４事業年度の総勘定元帳のデータは戊が持っており、原告の下にはない旨述べ、同日の調査には応じなかった。
キ 平成２２年９月２４日の状況
（ア）本件調査担当職員は、午前９時３０分頃、戊の事務所に臨場したが、戊と面会することはできず、午後１時３０分頃、再び戊の事務所に臨場し、同事務所から出てきた男性に声をかけたところ、部屋を使わせてもらっているだけである旨述べたため、連絡先を記した名刺を交付し、至急連絡をして欲しい旨戊への伝言を依頼した。しかし、その後も戊からの連絡はなかった。
（イ）本件調査担当職員は、夕方頃、再びファミリーレストランにおいて丁税理士と面接し、本件調査への協力及び日程調整並びに本件４事業年度の総勘定元帳の提示を求めた。これに対し、丁税理士は、税理士事務所には本件４事業年度の総勘定元帳の保管がなく、本件調査への協力については、原告が説得に応じないため、自分にはどうすることもできない旨述べ、本件調査の日程調整も行わなかった。
その後、本件調査担当職員は、丁税理士とともにその事務所に移動し、丁税理士の了解の下、同事務所内のパソコンに保存されている戊とのメールのやり取りを確認した。
（ウ）原告は、平成２２年９月２４日付けで、相模原税務署長に対し、本件調査に対する抗議書を送付した。同抗議書には、本件調査について、威圧的な言動・態度を繰り返し、非常に不愉快極まりなく、人を人とも思わない言動・行動には到底納得がいかず、会社の存亡がかかっている中、精神的にも限界に来ている状態であり、抗議するとともに謝罪文による謝罪を要求する旨記載されていた。（甲１５）
ク 平成２２年１０月４日の状況
本件調査担当職員は、午後２時３０分頃、本件本社に臨場し、乙取締役に対し、本件調査への協力及び本件４事業年度の総勘定元帳等の提示を求め、これに応じない場合は、原告の取引先から話を聴かなくてはならず、法人税の青色申告の承認を取り消す場合がある旨説明した。
これに対し、乙取締役は、甲代表が不在で対応できない、総勘定元帳については知らない、本件本社には書類は全くない、説明については甲代表には伝える旨述べた。
ケ 平成２２年１０月１５日の状況
本件調査担当職員は、本件本社に電話をかけ、乙取締役に対し、甲代表との面接を求めた。これに対し、乙取締役は、甲代表は不在なので、甲代表から電話するよう伝える旨述べた。しかし、その後も甲代表からの連絡はなかった。
コ 平成２２年１１月１日からの反面調査の状況
本件調査担当職員は、平成２２年１１月１日から同月中旬までの数日間において、原告の取引先に対する調査（いわゆる反面調査）を行った。
サ 平成２２年１１月４日の状況
本件調査担当職員は、午前８時３０分頃、本件本社に臨場したが、甲代表の次女から、甲代表は入院中であり、乙取締役は就寝中である旨述べられたため、その場を離れた。
また、本件調査担当職員は、午前９時頃、本件本社に電話をかけ、乙取締役に対し、本件４事業年度の総勘定元帳の出力状況について尋ねた。これに対し、乙取締役は、総勘定元帳については戊からデータを受け取っているが、データの提出については自分の一存では答えられない旨述べたほか、取引先への反面調査について不満を述べた。
シ 平成２２年１１月５日の状況
丙統括は、午前９時過ぎ頃、本件調査担当職員に電話をかけ、原告の取引先に対する反面調査について不満を述べ、自分は甲代表から全てを一任されており、取引先等に対する調査を行うのであれば、本件調査への協力及び総勘定元帳の提示をするつもりはない旨述べた。
ス 平成２２年１１月１０日の状況
本件調査担当職員は、午後２時頃、乙取締役に電話をかけ、本件調査への協力をせず、本件４事業年度の総勘定元帳の提示がない状況が継続した場合について、青色申告の承認の取消しや、消費税等について仕入税額控除が認められないことになる旨を説明した。
セ 平成２２年１２月１３日の状況
本件調査担当職員は、午後１時１０分頃、本件本社に臨場したが、甲代表及び乙取締役が不在であったため、連絡票を封入した封筒を甲代表の自宅の家政婦（以下「本件家政婦」という。）に手交し、その封筒を甲代表に渡すよう依頼した。上記連絡票には、次回の本件本社への臨場日時を平成２２年１２月２０日午前１０時とする旨の記載に併せて、①当日は、帳票書類を提示して調査に応じてほしい旨、②当日都合がつかない場合は、連絡をお願いする旨、③帳簿書類の提示がない場合は、法人税の青色申告の承認が取り消されることになり、また、消費税の課税事業者に該当する場合は、仕入税額控除が認められないことになる旨等が記載されていた。
また、本件調査担当職員は、午後２時３０分頃、本件営業本部に臨場したが、甲代表らは不在であった。
ソ 平成２２年１２月２０日の状況
本件調査担当職員は、午前１０時頃、本件本社に臨場したが、甲代表及び乙取締役が不在であったため、連絡票を封入した封筒を本件家政婦に手交し、その封筒を甲代表に渡すよう依頼した。上記連絡票には、次回の本件本社への臨場日時を平成２３年１月１３日午前１０時とする旨、及び上記セの①ないし③と同じ内容等が記載されていた。
タ 平成２３年１月１３日の状況
本件調査担当職員は、午前１０時頃、本件本社に臨場した。このとき、本件本社の玄関には張り紙があり、そこには、赤ちゃんが熱を出して寝込んでいるのでインターフォンを鳴らさないでほしい旨のほか、用のある者は電話するようにとの記載があった。
そこで、本件調査担当職員は、本件本社に電話をしたが応答がなく、また、本件営業本部にも電話で確認をしたが、甲代表らは不在であり、その所在が判明しなかった。そのため、本件調査担当職員は、連絡票を封入した封筒を本件本社の郵便受けに投函した。上記連絡票には、次回の本件本社への臨場日時を平成２３年１月２４日午前１０時とする旨、及び上記セの①ないし③と同じ内容等が記載されていた。
チ 平成２３年１月２４日の状況
本件調査担当職員は、午前１０時頃、本件本社に臨場したが、甲代表及び乙取締役が不在であったため、連絡票を封入した封筒を本件家政婦に手交し、その封筒を甲代表に渡すよう依頼した。上記連絡票には、次回の本件本社への臨場日時を平成２３年１月３１日午前１０時とする旨、及び上記セの①ないし③と同じ内容等が記載されていた。
ツ 平成２３年１月３１日の状況
本件調査担当職員は、午前１０時頃、本件本社に臨場したが、甲代表及び乙取締役が不在であったため、連絡票を封入した封筒を本件家政婦に手交し、その封筒を甲代表に渡すよう依頼した。上記連絡票には、平成２３年２月４日までにＣ係官まで連絡をお願いしたい旨、及び上記セの①及び③と同じ内容等が記載されていた。
テ 平成２３年２月１８日の状況
本件調査担当職員は、原告からの連絡がなかったため、連絡票を、甲代表宛てに、配達証明郵便で送付した（平成２３年２月１９日送達）。上記連絡票には、次回の本件本社への臨場日時を同年３月１日午前１０時とする旨の記載に併せて、①当日都合がつかない場合は、同年２月２８日までに帳簿書類の提示をお願いする旨、②このまま調査に応じてもらえない場合は、帳簿書類の確認が行えないことから、帳簿書類の提示がないとして、法人税法１２７条１項１号により、青色申告の承認を取り消すことになり、また、消費税法３０条７項により、消費税の仕入税額控除が認められず、消費税等の更正処分等をすることになる旨等が記載されていた。
ト 平成２３年３月１日の状況
本件調査担当職員は、午前１０時頃、本件本社に臨場したが、甲代表及び乙取締役が不在であったため、連絡票を封入した封筒を本件家政婦に手交し、その封筒を甲代表に渡すよう依頼した。上記連絡票には、上記テの②と同じ内容等が記載されていた。
ナ 平成２３日３月３日の状況
本件調査担当職員は、連絡票を、甲代表宛てに、配達証明郵便で送付した（平成２３年３月４日送達）。上記連絡票には、次回の本件本社への臨場日時を平成２３年３月１０日午前１０時とする旨の記載に併せて、当日都合がつかない場合は、同月９日までに帳簿書類等の提示をお願いする旨、同月１０日に調査に応じてもらえない場合について、上記テの②と同じ内容等が記載されていた。
ニ 平成２３年３月１０日の状況
本件調査担当職員は、午前１０時頃、本件本社に臨場したが、甲代表及び乙取締役が不在であったため、連絡票を封入した封筒を本件家政婦に手交し、その封筒を甲代表に渡すよう依頼した。上記連絡票には、上記テの②と同じ内容等が記載されていた。
ヌ 本件各処分等
原告は、合計９通の連絡票の交付を受けたものの、本件調査担当職員に対し、連絡をせず、本件４事業年度の総勘定元帳の提示もしなかった（甲３１、３２）。
そして、相模原税務署長は、平成２３年４月１８日付けで、原告に対し、本件各処分をした。
２ 争点（１）（本件各処分の取消原因となるべき本件調査の違法の有無）について（１）原告は、本件調査は、強引、高圧的、威圧的で、令状もないのに、実態はまるで強制捜査のようで、非常識極まりないものであり、相当な限度を超えた質問検査権の濫用によるものであるから、違法というべきであり、かかる違法な本件調査に基づいてした本件各処分もまた違法である旨主張する。
そこで、以下、税務調査ないし質問検査権の性質や、税務調査の手続の瑕疵と個別の処分の取消事由との関係についてみた上で、本件調査に本件各処分の取消原因となるべき違法性があるか否かについて検討する。
（２）消費税及び法人税の終局的な賦課徴収に至る過程においては、更正、決定の場合のみでなく、申請等に対する許否の処分のほか、税務署その他の税務官署による一定の処分のされるべきことが法令上規定され、そのための事実認定と判断が要求される事項があり、これらの事項については、その認定判断に必要な範囲内で職権による調査が行われることは法の当然に許容するところと解すべきものであるところ、消費税法６２条１項及び法人税法１５３条の規定は、国税庁、国税局又は税務署の調査権限を有する職員において、当該調査の目的、調査すべき事項、申請、申告の体裁内容、帳簿等の記入保存状況、相手方の事業の形態等諸般の具体的事情に鑑み、客観的な必要性があると判断される場合には、前記職権調査の一方法として、所定の者に対し質問し又は帳簿書類等その他当該調査事項に関連性を有する物件の検査を行う権限を認めた趣旨であって、この場合の質問検査の範囲、程度、時期、場所等実定法上特段の定めのない実施の細目については、上記の質問検査の必要があり、かつ、これと相手方の私的利益との衡量において社会通念上相当な限度にとどまる限り、権限ある税務職員の合理的な選択に委ねられているものと解するのが相当である。そして、この場合、実施の日時場所の事前通知、調査の理由及び必要性の個別的、具体的な告知などは、質問検査を行う上の法律上一律の要件とされているものではない。（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同５８年７月１４日第一小法廷判決・訟務月報３０巻１号１５１頁、最高裁昭和●●年（○○）第●●号同４８年７月１０日第三小法廷決定・刑集２７巻７号１２０５頁参照）
また、このような税務調査の手続は、租税の公平かつ確実な賦課徴収のために課税庁が課税要件等の内容を構成する具体的事実の存否を調査する手段として認められた手続であって、その調査により課税標準等の存在が認められる限り課税庁としては課税処分等をしなければならないのであり、また、更正処分や青色申告承認の取消処分（以下「更正処分等」という。）の取消訴訟においては客観的な課税標準の有無や青色申告承認の取消事由の存否が争われ、これについて実体的な審査がされるのであるから、税務調査の手続の瑕疵は、原則として更正処分等の効力に影響を及ぼすものではなく、例外的に、税務調査の手続が刑罰法規に触れ、公序良俗に反し又は社会通念上相当の限度を超えて濫用にわたるなど重大な違法を帯び、何らの調査なしに更正処分をしたに等しいものとの評価を受ける場合に限り、更正処分等の取消事由となるものと解するのが相当である。
（３）原告の主張について
ア 原告は、本件調査担当職員が、平成２２年７月２７日、早朝から甲代表の自宅に押しかけ、甲代表及び乙取締役に対して身体検査を行い、タンス、金庫、バッグ及び財布を明けさせ、取引銀行等をチェックするなどし、本件営業本部においても、調査税目すら開示しなかった旨主張する。
そこで、まず、本件調査の時間及び場所についてみるに、前記認定事実のとおり、本件調査担当職員は、平成２２年７月２７日午前９時頃、本件調査のため、甲代表及び乙取締役の自宅がある本件本社に臨場しているが、本件本社は、原告の本店所在地とされているのであるから、原告に係る消費税及び法人税の納税地となる場所であり（消費税法２２条１号、法人税法１６条）、原告も、平成２０年１２月期及び平成２１年１２月期の消費税等の確定申告書において、本件本社を納税地として申告しているところである（乙１、乙２）。また、午前９時という時間が、税務調査に訪れる時間として、社会通念上相当でないとまではいえない。さらに、先に述べたとおり、日時場所の事前通知については、質問検査を行う上の法律上一律の要件とされているものではない。そのため、本件調査担当職員が事前通告のないまま午前９時に本件本社に臨場した点については、税務職員の合理的な選択の範囲内の調査であるといえる。
次に、身体検査についてみるに、甲代表及び乙取締役は、陳述書において、乙取締役が本件調査担当職員による身体検査を受けた旨供述する（甲３１、３２）。しかしながら、乙取締役は、証人尋問においては、自身が受けたという身体検査について、ポケットをぽんぽんと触られたくらいである旨抽象的に証言するにとどまり、他方で、証人Ｄが、乙取締役に対する身体検査は行われていない旨証言していることに鑑みると、身体検査を受けた旨の乙取締役の供述をそのまま採用することができない。また、甲代表に対する身体検査については、これを認めるに足りる証拠はない。
そして、本件調査担当職員が、ハンドバッグ、財布、金庫の中身、通帳や印を確認したという点については、前記認定事実のとおり、原告に関係する物の有無を確認するためであるとして、甲代表及び乙取締役の了承を得て行われたものであり、甲代表の陳述書（甲３１）や乙取締役の証言によっても、本件調査担当職員が、甲代表及び乙取締役の意向を無視し、強要にわたるような方法で調査を行ったものであると認めることはできない。
さらに、本件営業本部において調査税目すら開示しなかったという点についても、先に述べたとおり、そもそも、調査の理由及び必要性の個別的、具体的な告知などは、質問検査を行う上の法律上一律の要件とされているものではない上、前記認定事実のとおり、本件調査担当職員は、本件調査を先に着手した本件営業本部において、調査を開始する際に、法人税、消費税及び源泉所得税等の調査のために来た旨を説明している。なお、乙取締役は、本件調査担当職員から税務調査のために来た旨の説明があったか否かについて、「聞いたかもしれないけど、記憶にはありません。」と尋問において証言しており、明確な記憶を有していない。
イ 原告は、本件調査担当職員が、平成２２年７月２８日、病院にまで来て甲代表が本当に診察を受けているのかを確認し、自宅に先回りして張り込み、炎天下の玄関先で数十分もの間、押し問答を繰り返し、また、本件調査担当職員は、甲代表に対し、「このままでは済まないからな。」といった脅しを何度もした旨主張する。
しかしながら、本件調査担当職員が、甲代表の受診の有無を確認するために病院を訪れたとの事実や、甲代表に対して「このままでは済まないからな。」といった脅しを何度もしたとの事実を認めるに足りる証拠はないし、仮にかかる事実があったとしても、それだけで調査が違法と評価され得るものではない（本件調査担当職員が述べたという言葉は、このままだと調査が長びくことになる等の趣旨にも理解し得るものであり、直ちに脅迫に当たるとはいい難い。）。また、前記認定事実のとおり、平成２２年７月２８日午後５時５０分ころ、本件本社を訪問し、玄関先において、甲代表に対し、本件営業本部にある書類の確認作業への協力や本件４事業年度の総勘定元帳の提示を求めているところ、本件調査担当職員が、甲代表の帰宅より以前に本件本社に到着していたとしても、「自宅に先回りして張り込み」というのは、甲代表らがそのように感じたというものにすぎない。そして、税務調査を行うためには、相手方に協力を求めたり、これに応じない相手方を説得する必要があるのであるから、本件調査担当職員と甲代表との間で押し問答があったとしても、直ちに社会通念上相当な範囲を逸脱した行為であったとみることはできない。
ウ 原告は、本件調査担当職員が、原告の取引先金融機関に反面調査に入ったため、原告は予定していたボーナスの融資を受けられなくなった旨主張する。
この点、前記認定事実のとおり、本件調査担当職員は、調査初日の平成２２年７月２７日から同年８月中旬までの数日間、原告の取引先の信用組合に対する調査（いわゆる反面調査）を行っているが、原告の法人税及び消費税等について税務調査を行う必要があったと認められるから、取引金融機関に対する反面調査を行うこと自体が、社会通念上相当な範囲を逸脱するものであったとはいえず、税務職員の合理的な選択の範囲内の調査であるといえる。また、上記反面調査の結果、原告が、取引先の信用組合から、夏季ボーナス資金の融資を断られたとしても、本件調査担当職員がかかる事態が生じることを意図した上で殊更にこれを行ったような事情を認めるに足りる証拠はない以上、上記判断を左右するものではない。
エ 原告は、本件調査担当職員が、自宅に経理書類が何もないことを知りながら、頻繁に自宅を訪問し、自宅の張り込みや、頻繁な電話などを繰り返し、甲代表やその家族を精神的に追い詰め、その結果、甲代表の病状はますます悪化した旨主張する。
しかしながら、前記認定事実のとおり、原告は、平成２２年７月２７日に調査を受け入れた以外には、本件調査に一切協力せず、本件４事業年度の総勘定元帳を提示することもなかったのであるから、甲代表に対し、本件調査への協力や上記総勘定元帳の提示を求める必要があったといえる。そして、先に述べたとおり、本件本社は、原告の本店所在地とされており、原告に係る消費税及び法人税の納税地となる場所であるところ、法人税法施行規則５９条１項１号は、青色申告法人は、総勘定元帳を納税地に保存しなければならない旨定めている。また、本件本社は甲代表の自宅であるから、本件調査への協力を求めるために甲代表と連絡を取るのに適した場所であるといえる。さらに、本件本社への臨場や電話などが繰り返されたのは、原告が本件調査に協力せず、本件４事業年度の総勘定元帳を提示しなかったことに原因があるといえる。原告は、戊が総勘定元帳のデータを有していたというのであるが、本件調査担当職員からの問い合わせ等に対して戊からは何の反応もなかったし、そもそも総勘定元帳の保存義務を有するのは原告であるから、原告に対してその提出を求めることは何ら不適切なことではない。そのため、本件調査担当職員が、本件本社への臨場や電話などを繰り返したとしても、社会通念上相当な範囲を逸脱するものであったとはいえず、税務職員の合理的な選択の範囲内の調査であるといえる。
オ 原告は、平成２２年９月２４日付けの書面によって相模原税務署長に抗議し、謝罪を求めたが、本件調査担当職員が、謝罪をするどころか、同年１１月、原告の複数の重要得意先に反面調査に入ったため、それらの会社から、好奇の目、疑惑の目で見られ、取引が激減することになった旨主張する。
この点、前記認定事実のとおり、本件調査担当職員は、平成２２年１１月１日から同月中旬までの数日間において、原告の取引先に対する調査（いわゆる反面調査）を行っているが、当該反面調査に至る経緯に鑑みると、かかる反面調査が必要となったのも、原告が本件調査に協力せず、本件４事業年度の総勘定元帳を提示しなかったことに原因があるといえる。そのため、かかる反面調査が社会通念上相当な範囲を逸脱するものであったとはいえず、税務職員の合理的な選択の範囲内の調査であるといえる。そして、反面調査の必要が認められる以上、仮に上記反面調査によって、原告が得意先の会社から、好奇の目、疑惑の目で見られ、取引が激減することになったとしても、上記判断を左右するものではない。
カ 原告は、本件調査担当職員が、平成２２年１２月頃から、連絡票を投入し、あたかも真摯に申入れをしたかのようなアリバイ作りをしていたものであり、本件調査の対象には、国税通則法７０条１項により更正処分等の対象とならない年度分のものも含まれていた旨主張する。
しかしながら、前記認定事実のとおり、本件調査担当職員は、平成２２年７月２８日から同年１１月１０日までの間、本件本社及び本件営業本部に臨場し、本件本社に電話をかけるなどして、甲代表らに本件調査への協力や本件４事業年度の総勘定元帳の提示を求めたほか、原告の税務代理を務める丁税理士に協力を求め、原告の総勘定元帳のデータを保有しているという戊の事務所に臨場するなどしたが、原告から抗議書の送付を受けるなど、原告の協力を得ることはできなかった。そして、本件調査担当職員は、さらに甲代表に本件調査への協力や本件４事業年度の総勘定元帳の提示を求めるべく、平成２２年１２月１３日から平成２３年３月１０日までの間、本件本社に臨場し又は電話をかけ、帳簿書類の提示を求めることなどが記載された合計９通の連絡票を、本件本社において本件家政婦に手交し又は郵送するなどしたのであるが、これらは当時の状況に照らして相応の合理性のある働きかけというべきであり、これらをもって、あたかも真摯に申入れをしたかのようなアリバイ作りをしていたものとみることはできない。
また、上記連絡票の中には、平成１５年１２月期から平成２１年１２月期までの７期分の事業年度の法人税、消費税及び源泉所得税を調査の対象とし、帳票書類の提示を求める旨の記載がされているものがあるが（乙７）、国税の更正、決定等の期間制限を定める国税通則法７０条（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの。以下同じ。）は、その５項において、偽りその他不正の行為により税額を免れた国税に関し、その更正又は決定に係る国税の法定申告期限等から７年を経過する日まで更正、決定等をすることができる旨定めているのであるから、更正処分等の対象とならない年度分のものも含まれていた旨の原告の主張は失当である。
キ 原告は、上記アからカまでの原告の主張に係る事実を踏まえて、本件調査は、強引、高圧的、威圧的で、令状もないのに、実態はまるで強制捜査のようで、非常識極まりないものであり、相当な限度を超えた質問検査権の濫用によるものであるから、違法というべきである旨主張する。
しかしながら、以上にみたとおり、本件調査は、社会通念上相当な範囲を逸脱するものであったとはいえず、税務職員の合理的な選択の範囲内の調査であったといえるのであり、他に本件調査担当職員が強制調査であるかのような言動に出たことを認めるに足りる的確な証拠はないのであるから、この点に関する原告の主張を採用することはできない。
（４）以上より、本件調査に本件各処分の取消原因となるべき違法性があるとはいえない。
３ 争点（２）（消費税法３０条７項該当性（帳簿及び請求書等の保存の有無並びにやむを得ない事情の有無））について
（１）原告は、本件２事業年度について、消費税法３０条７項本文所定の帳簿及び請求書等を保存しており、仮に保存がないとしても同項ただし書所定の「やむを得ない事情」があるから、同条１項所定の仕入税額控除の適用がある旨主張する。
そこで、以下、消費税法３０条７項の解釈についてみた上で、同項本文所定の帳簿及び請求書等の保存の有無及び同項ただし書所定の「やむを得ない事情」の有無について検討する。
（２）消費税法３０条７項の解釈について
ア 消費税の納付すべき税額は、納税義務者である事業者が課税期間ごとにする「課税資産の譲渡等についての確定申告」により確定することが原則とされており（消費税法４５条１項、国税通則法１６条１項１号）、その申告がない場合又はその申告に係る税額の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかった場合その他当該税額が税務署長等の調査したところと異なる場合に限り、税務署長等の処分により確定する（国税通則法１６条１項１号、２４条及び２５条）。
このような申告納税方式の下では、納税義務者のする申告が事実に基づいて適正に行われることが肝要であり、必要に応じて税務署長等がこの点を確認することができなければならない。そこで、事業者は、帳簿を備え付けてこれにその行った資産の譲渡等に関する事項を記録した上、当該帳簿を保存することを義務付けられており（消費税法５８条）、国税庁、国税局又は税務署の職員（以下「税務職員」という。）は、必要があるときは、事業者の帳簿書類を検査して申告が適正に行われたかどうかを調査することができるものとされ（同法６２条）、税務職員の検査を拒み、妨げ、又は忌避した者に対しては罰則が定められていて（同法６５条４号（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの））、税務署長が適正に更正処分等を行うことができるようにされている。
イ 消費税法が事業者に対して上記のとおり帳簿の備付け、記録及び保存を義務付けているのは、その帳簿が税務職員による検査の対象となり得ることを前提にしていることが明らかである。そして、事業者が国内において課税仕入れを行った場合には、課税仕入れに関する事項も消費税法５８条により帳簿に記録することが義務付けられているから、税務職員は、上記の帳簿を検査して上記事頂が記録されているかどうかなどを調査することができる。
消費税法３０条７項は、同法５８条の場合と同様に、当該課税期間の仕入税額控除に係る帳簿及び請求書等が税務職員による検査の対象となり得ることを前提にしているものであり、事業者が、国内において行った課税仕入れに関し、同法３０条８項１号所定の事項が記載されている帳簿を保存している場合及び同条９項１号所定の書類で同号所定の事項が記載されている請求書等を保存している場合において、税務職員がこれらを検査することにより課税仕入れの事実を調査することが可能であるときに限り、同条１項を適用することができることを明らかにするものであると解される。同条１０項の委任を受けて同条７項に規定する帳簿及び請求書等の保存に関する事項を定める消費税法施行令５０条１項は、消費税法３０条１項の規定の適用を受けようとする事業者が、同条７項に規定する帳簿及び請求書等を整理し、所定の日から７年間、これを納税地又はその取引に係る事務所、事業所その他これらに準ずるものの所在地に保存しなければならないことを定めているが、これは、国税の更正、決定等の期間制限を定める国税通則法７０条が、その５項において、その更正又は決定に係る国税の法定申告期限等から７年を経過する日まで更正、決定等をすることができると定めているところと符合する。
消費税法３０条７項の規定の反面として、事業者が上記帳簿及び請求書等を保存していない場合には同条１項が適用されないことになるが、このような法的不利益が特に定められたのは、資産の譲渡等が連鎖的に行われる中で、広く、かつ、薄く資産の譲渡等に課税するという消費税により適正な税収を確保するには、上記帳簿及び請求書等という確実な資料を保存させることが必要不可欠であると判断されたためであると考えられる。
ウ 以上によれば、事業者が、消費税法施行令５０条１項の定めるとおり、消費税法３０条７項に規定する帳簿及び請求書等を整理し、これらを所定の期間及び場所において、同法６２条に基づく税務職員による検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存していなかった場合は、同法３０条７項にいう「事業者が当該課税期間の仕入税額控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に当たり、事業者が災害その他やむを得ない事情により当該保存をすることができなかったことを証明しない限り（同項ただし書）、同条１項の規定は、当該保存がない課税仕入れに係る課税仕入れ等の税額については、適用されないものというべきである（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１６年１２月１６日第一小法廷判決・民集５８巻９号２４５８頁参照）。
エ 消費税法３０条７項の解釈に関する原告の主張について
原告は、税務調査の際に事業者が仕入税額控除に係る帳簿及び請求書等の提示を拒否したとしても、これをもって消費税法３０条７項の「保存しない場合」に該当すると解釈することは、租税法律主義の禁止する拡張解釈そのものであり、法解釈の限界を超えるものであるし、また、課税庁の判断が最終となり、国税不服審判所や裁判所が保存の有無を判断し得ないことになり、納税者の裁判を受ける権利を侵害することになるから、許されないというべきである旨主張する。
しかしながら、消費税法３０条７項の解釈は先にみたとおりであるところ、この解釈は、同法に定める申告納税制度、帳簿及び請求書等の備付け、記録及び保存義務並びに税務職員による検査制度の仕組みや趣旨等を踏まえて、同項の規定の解釈として導かれるものであるから、租税法律主義に反するとはいえず、また、事業者が、不服申立手続や訴訟において、前記解釈に従った帳簿及び請求書等の保存についての課税庁の判断を争うことができなくなるわけでもないから、納税者の裁判を受ける権利を侵害するものということもできない。したがって、この点に関する原告の主張を採用することはできない。
また、原告は、納税者が何らかの事情で税務調査の際に帳簿及び請求書等を提出しなかったとしても、申告当時から仕入税額控除に係る帳簿及び請求書等の保存をしていた場合には、同項の「保存しない場合」には当たらないと解すべきである旨主張する。しかしながら、かかる主張が先にみた消費税法３０条７項の解釈と異なる趣旨をいうのであれば、採用することはできない。
（３）本件への当てはめ
前記認定事実によれば、本件調査担当職員は、平成２２年７月２７日、本件営業本部において、原告から、平成１７年１２月期以前の事業年度の総勘定元帳のほか、タイムカード、業務日報及び得意先ファイル等の提示を受けたが、本件４事業年度の総勘定元帳については提示がなく、未確認の書類等を残して、本件調査を翌日に継続することとしたのであり、仕入税額控除に係る本件２事業年度分の帳簿及び請求書等を確認することはできなかったものと認められる。
その後、本件調査担当職員は、平成２２年７月２８日から同年１１月１０日までの間、本件本社及び本件営業本部に臨場し、本件本社に電話をかけるなどして、甲代表らに本件調査への協力や本件４事業年度の総勘定元帳の提示を求めたほか、原告の税務代理を務める丁税理士に協力を求め、原告がその総勘定元帳のデータを保管させているという戊の事務所に臨場するなどしたが、原告から抗議書の送付を受けるなど、原告の協力を得ることはできなかった。そして、本件調査担当職員は、さらに甲代表に本件調査への協力や本件４事業年度の総勘定元帳の提示を求めるべく、平成２２年１２月１３日から平成２３年３月１０日までの間、本件本社に臨場し又は電話をかけ、帳簿書類の提示を求めることなどが記載された合計９通の連絡票を、本件本社において本件家政婦に手交し又は郵送するなどした。しかるに、結局、原告は、本件各処分がされた平成２３年４月１８日に至るまで、本件調査に一切応じず、本件４事業年度の総勘定元帳を提示することもなかったものである。
かかる事情に鑑みると、原告は、本件２事業年度の帳簿及び請求書等について、消費税法６２条に基づく本件調査担当職員による検査に当たって適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて保存していなかったというべきである。
（４）帳簿及び請求書等の保存の有無に関する原告の主張について
原告は、本件調査の初日の時点で、本件営業本部において、本件２事業年度に係る帳簿及び請求書等、すなわち、仕入内容等を記載した帳簿、請求書、領収書、現金出納帳及び銀行取引表等を保存しており、また、本件２事業年度に係る総勘定元帳については、事業所に準じる所在地、すなわち、原告が経理をアウトソースしている戊の下にデータとして保存していた旨主張するが、既にみた消費税法３０条７項の解釈によれば、かかる主張は、上記（３）の判断を左右するものではない。
なお、念のため付言すると、証人乙（乙取締役）は、平成１７年頃から平成２１年頃までの経理関係の書類が本件営業本部に存在した旨証言する一方で、本件２事業年度の総勘定元帳については戊のところだと思う旨証言し、また、証人Ｂも、平成１４年以降、請求書や領収書等を毎日ノートに貼って管理しており、本件２事業年度の総勘定元帳については、少なくとも、戊がデータとして保有していた旨証言するが、証人乙は、他方で、個々の請求書等をまとめた帳簿については、作っていたか否か分からない旨証言しているし、原告が、本訴において仕入税額控除に係る請求書として証拠提出した、乙取締役が代表取締役を務める株式会社Ｅの請求書（平成２０年１２月３１日から平成２１年１１月３０日までのもの。甲１８の１～１２）は、相模原市が政令指定都市となった平成２２年４月１日以降の郵便番号が記載されており、同日以後に作成されたものであると認められることからすると、原告の立証の真実性には疑問を呈さざるを得ない。そして、本件調査担当職員は、平成２２年７月２７日、仕入税額控除に係る本件２事業年度分の帳簿及び請求書等を確認することはできず、戊からも帳簿の提出はされなかったものであるところ、戊が総勘定元帳のデータを保有していたことを裏付ける的確な証拠もない。そうすると、帳簿及び請求書等の物理的保存状況についての原告の主張は、にわかに採用できないものというべきである。
（５）消費税法３０条７項ただし書の「やむを得ない事情」の有無について
原告は、仮に原告が消費税法３０条７項所定の帳簿及び請求書等を保存していなかったとしても、本件調査担当職員が、非常識極まりない税務調査をしたことや、甲代表が病気であったことに鑑みると、同項ただし書が規定する「やむを得ない事情」がある旨主張する。
しかしながら、先に検討したとおり、本件調査は、社会通念上相当な範囲を逸脱するものであったとはいえず、税務職員の合理的な選択の範囲内の調査であったといえる。また、甲代表が本件２事業年度の仕入税額控除に係る帳簿及び請求書等を提示できないほどの病状であったと認めるに足りる証拠はない。そして、他に、原告が本件２事業年度の仕入税額控除に係る帳簿及び請求書等を保存できなかったことにつき、消費税法３０条７項ただし書が規定する「災害その他のやむを得ない事情」があったと認めるに足りる証拠はない。
したがって、この点に関する原告の主張を採用することはできない。
（６）以上より、原告は、本件２事業年度について、消費税法３０条７項にいう「事業者が当該課税期間の仕入税額控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に当たり、災害その他やむを得ない事情により当該保存をすることができなかったことの証明（同項ただし書）もないから、同条１項の規定は、当該保存がない課税仕入れに係る課税仕入れ等の税額については、適用されないものというべきである。
４ 争点（３）（法人税法１２７条１項１号該当性（帳簿書類の保存の有無））について（１）原告は、本件４事業年度について、法人税法１２６条１項所定の帳簿書類を保存していたから、同法１２７条１項１号には該当しない旨主張する。
そこで、以下、法人税法１２６条１項及び同法１２７条１項の解釈についてみた上で、同法１２６条１項所定の帳簿書類の保存の有無及び同法１２７条１項１号の該当性について検討する。
（２）法人税法１２６条１項及び同法１２７条１項の解釈について
ア 法人税法が採用する申告納税制度が適正に機能するためには、納税義務者たる法人等が帳簿書類を備え付け、これに全ての取引を正確に記帳し、これを基礎として申告を行うことが必要である。そこで、法人税法は、法人等に対し、帳簿書類の備付け等を義務付け（同法１５０条の２第１項）、申告の正確性を担保する手段として、税務職員に対し、法人の帳簿書類を検査する権限を付与し（同法１５３条）、この検査を拒み、妨げ、若しくは忌避し、又はこの検査に関し偽りの記載をした帳簿書類を提示した者に対する罰則を定めている（同法１６２条２号及び３号（いずれも平成２３年法律第１１４号による改正前のもの））。そして、法人税法は、帳簿書類を基礎とした正確な申告を奨励する趣旨で、一定の帳簿書類を備え付けている者に限って、税務署長の承認を受けて青色申告をすることを認め、上記の者に対し課税手続や税額計算等に関する各種の特典を与えている。青色申告法人は、法人税法１５０条の２第１項とは別に、同法１２６条１項によって帳簿書類の備付け等が義務付けられているが、その帳簿書類が上記の検査の対象となることは当然のことである。
税務署長は、青色申告の承認を行うに当たって、青色申告の承認を申請した法人の帳簿書類の備付け、記録及び保存が財務省令で定めるところに従って行われていることを確認し（法人税法１２３条（平成２７年法律第９号による改正前のもの））、青色申告法人に対しても、帳簿書類について必要な指示をすることができ（同法１２６条２項）、この指示に従わなかった法人や、帳簿書類に取引の全部又は一部を隠ぺいし又は仮装して記載した法人に対しては、青色申告の承認を取り消すことができるとされている（同法１２７条１項２号及び３号）。また、税務署長は、青色申告に係る法人税の課税標準又は欠損金額の更正をする場合には、その法人の帳簿書類を調査し、その調査により当該課税標準又は欠損金額の計算に誤りがあると認められる場合に限り、更正をすることができるとされている（法人税法１３０条１項本文）。さらに、法人税法の委任を受けた法人税法施行規則５９条１項は、青色申告法人は、帳簿書類を７年間保存しなければならないと規定しているが、この保存期間は、国税通則法７０条５項所定の更正の制限期間に符合するものである。これらの各規定は、全て、税務職員が、青色申告法人の帳簿書類を適時に検査することができるように、その備付け、記録及び保存がされるべきことを当然の前提としているものということができ、そのようにして上記検査の円滑な実施が確保されることは、青色申告制度の維持に不可欠なものということができる。
イ そうすると、法人税法１２６条１項は、青色申告法人に対し、財務省令で定めるところにより、帳簿書類を備え付けてこれにその取引を記録すべきことはもとより、これらが行われていたとしても、さらに、税務職員が必要と判断したときにその帳簿書類を検査してその内容の真実性を確認することができるような態勢の下に、帳簿書類を保存しなければならないこととしているというべきであり、法人が税務職員の同法１５３条の規定に基づく検査に適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて当該帳簿書類を保存していなかった場合は、同法１２６条１項の規定に違反し、同法１２７条１項１号に該当するものというべきである（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１７年３月１０日第一小法廷判決・民集５９巻２号３７９頁参照）。
ウ 法人税法１２６条１項及び１２７条１項の解釈に関する原告の主張について原告は、青色申告承認の取消処分は、承認を得ていた納税者の特典を剥奪する不利益処分であるところ、法人税法１２７条１項１号が、「帳簿書類の備付け、記録又は保存」が行われていないことを取消事由とし、「帳簿書類等を提示しなかったこと」を取消事由として規定しているものではないことに鑑みると、税務調査の全過程を通じて、課税庁が帳簿書類の備付け状況等を確認するために社会通念上当然に要求される程度の努力を行ったにもかかわらず、その確認を行うことが客観的に見てできなかったと考えられる場合に初めて、青色申告承認の取消事由の存在が肯定されるべきである旨主張する。
しかしながら、かかる主張が先にみた法人税法１２６条１項及び１２７条１項の解釈と異なる趣旨をいうのであれば、採用することはできない。
（３）本件への当てはめ
前記認定事実によれば、上記３（２）において述べたところと同様に、本件調査担当職員は、平成２２年７月２７日、本件営業本部において、原告から、平成１７年１２月期以前の事業年度の総勘定元帳のほか、タイムカード、業務日報及び得意先ファイル等の提示を受けたが、本件４事業年度の総勘定元帳については提示がなく、未確認の書類等を残して、本件調査を翌日に継続することとしたのであり、本件４事業年度分の帳簿書類を確認することはできなかったものと認められる。そして、原告は、本件各処分がされた平成２３年４月１８日に至るまで、本件調査に一切応じず、本件４事業年度の総勘定元帳を提示することもなかったものである。
かかる事情に鑑みると、原告は、本件４事業年度の帳簿書類について、本件調査担当職員の法人税法１５３条の規定に基づく検査に適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて当該帳簿書類を保存していなかったというべきである。
（４）帳簿書類の保存の有無に関する原告の主張について
原告は、本件調査の初日の時点で、本件営業本部において、平成１８年１２月期以後の帳簿書類等、すなわち、平成１８年１２月期及び平成１９年１２月期の総勘定元帳、仕入内容等を記載した帳簿、請求書、領収書、現金出納帳及び銀行取引表等を保存しており、本件２事業年度に係る総勘定元帳については、事業所に準じる所在地、すなわち、原告が経理をアウトソースしている戊の下にデータとして保存していた旨主張するが、既にみた法人税法１２６条１項及び１２７条１項の解釈によれば、かかる主張は、上記（３）の判断を左右するものではない。
なお、念のため付言すると、証人Ｂは、平成１８年１２月期及び平成１９年１２月期の総勘定元帳については、本件調査当時、本件営業本部に存在していた旨証言するが、本件調査担当職員は、平成２２年７月２７日、本件４事業年度分の帳簿書類を確認することはできず、その後も原告からの提示がなかったのであるから、上記証言をそのまま採用することはできない。また、戊からも帳簿の提出はされなかったものであるところ、戊が総勘定元帳のデータを保有していたことを裏付ける的確な証拠もない。
（５）以上より、原告は、法人税法１２６条１項の規定に違反し、同法１２７条１項１号に該当するものというべきである。
５ 本件各処分の適法性
本件各処分の根拠及び適法性につき、以上の点を除けば当事者間に争いはないから、本件各処分はいずれも適法であるということができる。
第４ 結論
以上によれば、原告の請求はいずれも理由がないからこれらを棄却することとし、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第５１部
裁判長裁判官小林宏司
裁判官徳井真
裁判官堀内元城
（別紙１）
指定代理人目録
逸見佳代、齋藤誠密、久野綾、中嶋明伸、藁谷貴弘、吉田智晶
以上
（別紙２）
１ 本件各更正処分の根拠
被告が本訴において主張する原告の本件２事業年度の消費税等に係る課税標準額及び納付すべき税額は、それぞれ次に述べるとおりである。
（１）平成２０年１２月期
ア 課税標準額
８億２３８８万９０００円
上記金額は、原告が処分行政庁に提出した平成２０年１２月期分の消費税等の確定申告書の「課税標準額①」欄に記載された金額と同額である。
イ 課税標準額に対する消費税額
３２９５万５５６０円
上記金額は、前記アの課税標準額８億２３８８万９０００円に消費税の税率１００分の４を乗じて算出した金額である（消費税法２９条（平成２４年法律第６８号による改正前のもの。以下同じ。））。
ウ 控除対象仕入税額
０円
原告は、本件調査において、平成２０年１２月期に係る消費税に関する帳簿及び請求書等を一切提示しておらず、消費税法３０条７項に規定する「課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に当たるから、当該課税期間の同条１項所定の仕入税額控除は認められない。
エ 納付すべき消費税額
３２９５万５５００円
上記金額は、前記イの課税標準額に対する消費税額から前記ウの控除対象仕入税額を控除した残額（国税通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。以下同じ。）である。
オ 既に納付の確定した消費税額
６６５万９３００円
上記金額は、平成２０年１２月期分の消費税等の確定申告書の「差引税額⑨」欄に記載された金額と同額である。
カ 差引納付すべき消費税額
２６２９万６２００円
上記金額は、上記エの金額から上記オの金額を差し引いた金額であり、平成２０年１２月期の消費税等の更正処分により原告が新たに納付すべき消費税額である。
キ 地方消費税の課税標準となる消費税額
３２９５万５５００円
上記金額は、前記エの納付すべき消費税額と同額である（地方税法７２条の８２）。
ク 納付すべき譲渡割額
８２３万８８００円
上記金額は、前記キの課税標準額３２９５万５５００円に地方消費税の税率１００分の２５を乗じて算出した金額（地方税法２０条の４の２第３項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。以下同じ。）である（地方税法７２条の８３（平成２４年法律第６９号による改正前のもの。以下同じ。））。
ケ 既に納付の確定した譲渡割額
１６６万４８００円
上記金額は、平成２０年１２月期分の消費税等の確定申告書の「納税額⑳」欄に記載された金額と同額である。
コ 差引納付すべき譲渡割額
６５７万４０００円
上記金額は、上記クの金額から上記ケの金額を差し引いた金額であり、平成２０年１２月期の消費税等の更正処分により原告が新たに納付すべき譲渡割額である。
サ 差引納付すべき消費税等の合計額
３２８７万０２００円
上記金額は、前記カの納付すべき消費税額と前記コの納付すべき譲渡割額との合計額である。
（２）平成２１年１２月期
ア 課税標準額
６億８２１９万４０００円
上記金額は、原告が処分行政庁に提出した平成２１年１２月期分の消費税等の確定申告書の「課税標準額①」欄に記載された金額と同額である。
イ 課税標準額に対する消費税額
２７２８万７７６０円
上記金額は、前記アの課税標準額６億８２１９万４０００円に消費税の税率１００分の４を乗じて算出した金額である（消費税法２９条）。
ウ 控除対象仕入税額
０円
原告は、本件調査において、平成２１年１２月期に係る消費税に関する帳簿及び請求書等を一切提示しておらず、消費税法３０条７項に規定する「課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に当たるから、当該課税期間の同条１項所定の仕入税額控除は認められない。
エ 納付すべき消費税額
２７２８万７７００円
上記金額は、前記イの課税標準額に対する消費税額から前記ウの控除対象仕入税額を控除した残額である。
オ 既に納付の確定した消費税額
１０４１万０２００円
上記金額は、平成２１年１２月期分の消費税等の確定申告書の「差引税額⑨」欄に記載された金額と同額である。
カ 差引納付すべき消費税額
１６８７万７５００円
上記金額は、上記エの金額から上記オの金額を差し引いた金額であり、平成２１年１２月期の消費税等の更正処分により原告が新たに納付すべき消費税額である。
キ 地方消費税の課税標準となる消費税額
２７２８万７７００円
上記金額は、前記エの納付すべき消費税額と同額である（地方税法７２条の８２）。
ク 納付すべき譲渡割額
６８２万１９００円
上記金額は、前記キの課税標準額２７２８万７７００円に地方消費税の税率１００分の２５を乗じて算出した金額である（地方税法７２条の８３）。
ケ 既に納付の確定した譲渡割額
２６０万２５００円
上記金額は、平成２１年１２月期分の消費税等の確定申告書の「納税額⑳」欄に記載された金額と同額である。
コ 差引納付すべき譲渡割額
４２１万９４００円
上記金額は、上記クの金額から上記ケの金額を差し引いた金額であり、平成２１年１２月期の消費税等の更正処分により原告が新たに納付すべき譲渡割額である。
サ 差引納付すべき消費税等の合計額
２１０９万６９００円
上記金額は、前記カの納付すべき消費税額と前記コの納付すべき譲渡割額との合計額である。
２ 本件各更正処分の適法性
被告が本訴において主張する原告の本件２事業年度の納付すべき消費税等の金額は、それぞれ前記１のとおりであるところ、これらの金額は本件各更正処分における上記各課税期間の納付すべき消費税等の合計額といずれも同額であるから、本件各更正処分はいずれも適法である。
３ 本件各賦課決定処分の根拠
本件各更正処分に伴って賦課される過少申告加算税の各金額は、それぞれ次に述べるとおりである。
（１）平成２０年１２月期
前記２のとおり、本件各更正処分は適法であるところ、原告は、本件調査において、本件調査担当職員から帳簿及び請求書等の提示を求められたにもかかわらず、これを拒み続けたものであり、消費税法３０条７項に規定する「課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に該当することから、同条１項の適用を受けることはできない。そして、同項の適用を受けることができないことは国税通則法６５条４項に規定する「正当な理由」に該当せず、また、他に「正当な理由」に該当すると認められる事実も見当たらない。
したがって、原告に課されるべき過少申告加算税の額は、国税通則法６５条１項により、平成２０年１２月期の消費税等の更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額３２８７万円（同法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額３２８万７０００円と、同法６５条２項により、原告が新たに納付すべきこととなった税額３２８７万０２００円のうち期限内申告税額相当額８３２万４１００円を超える部分の税額２４５４万円（国税通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に１００分の５の割合を乗じて計算した金額１２２万７０００円との合計額４５１万４０００円となる。
（２）平成２１年１２月期
前記２のとおり、本件各更正処分は適法であるところ、原告は、本件調査において、本件調査担当職員から帳簿及び請求書等の提示を求められたにもかかわらず、これを拒み続けたものであり、消費税法３０条７項に規定する「課税仕入れ等の税額の控除に係る帳簿及び請求書等を保存しない場合」に該当することから、同条１項の適用を受けることはできない。そして、同項の適用を受けることができないことは国税通則法６５条４項に規定する「正当な理由」に該当せず、また、他に「正当な理由」に該当すると認められる事実も見当たらない。
したがって、原告に課されるべき過少申告加算税の額は、国税通則法６５条１項により、平成２１年１２月期の消費税等の更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額２１０９万円（同法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額２１０万９０００円と、同法６５条２項により、原告が新たに納付すべきこととなった税額２１０９万６９００円のうち期限内申告税額相当額１３０１万２７００円を超える部分の税額８０８万円（国税通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に１００分の５の割合を乗じて計算した金額４０万４０００円との合計額２５１万３０００円となる。
４ 本件各賦課決定処分の適法性
被告が本訴において主張する原告の本件２事業年度の消費税等の過少申告加算税の額は、それぞれ前記３のとおりであるところ、これらの金額は本件各賦課決定処分における過少申告加算税の額といずれも同額であるから、本件各賦課決定処分はいずれも適法である。
以上
別表
本件各処分の経緯等（単位：円）
確定申告
取消処分
更正処分
異議申立て
異議決定
審査請求
裁決
期限内
23.4.18
23.6.17
23.8.9
23.9.9
24.6.25
平成
年
月期
法人税
所得金額
94,336,309
本件青色承
認取消処分
左記処分
の取消し
棄却
左記処分
の取消し
棄却
納付すべき法人税額
27,660,800
過少申告加算税
－平成
年
月課税期間
消費税
課税標準額
823,889,000
823,889,000
823,889,000
棄却
823,889,000
棄却
課税標準額に対する
消費税額
32,955,560
32,955,560
32,955,560
32,955,560
控除対象仕入税額
26,296,220
26,296,220
26,296,220
納付すべき消費税額
6,659,300
32,955,500
6,659,300
6,659,300
既に納付の確定した
消費税額
－
6,659,300
－－
差引納付すべき
消費税額
－
26,296,200
－－地方消費税
地方消費税の
課税標準となる
消費税額
6,659,300
32,955,500
6,659,300
6,659,300
納付すべき譲渡割額
1,664,800
8,238,800
1,664,800
1,664,800
既に納付の確定した
譲渡割額
－
1,664,800
－－
差引納付すべき
譲渡割額
－
6,574,000
－－
差引納付すべき
消費税額等の合計額
－
32,870,200
－－
過少申告加算税
－
4,514,000
平成
年
月課税期間
消費税
課税標準額
682,194,000
682,194,000
682,194,000
棄却
682,194,000
棄却
課税標準額に対する
消費税額
27,287,760
27,287,760
27,287,760
27,287,760
控除対象仕入税額
16,877,494
16,877,494
16,877,494
納付すべき消費税額
10,410,200
27,287,700
10,410,200
10,410,200
既に納付の確定した
消費税額
－
10,410,200
－－
差引納付すべき
消費税額
－
16,877,500
－－地方消費税
地方消費税の
課税標準となる
消費税額
10,410,200
27,287,700
10,410,200
10,410,200
納付すべき譲渡割額
2,602,500
6,821,900
2,602,500
2,602,500
既に納付の確定した
譲渡割額
－
2,602,500
－－
差引納付すべき
譲渡割額
－
4,219,400
－－
差引納付すべき
消費税等の合計額
－
21,096,900
－－
過少申告加算税
－
2,513,000
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2015/pdf/12664.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。