税務訴訟資料第２６５号－８６（順号１２６６９）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号、同第●●号、同第●●号所得税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（目黒税務署長）
平成２７年５月２６日棄却・控訴
判決
原告甲
同訴訟代理人弁護士駒場豊
被告国
同代表者法務大臣上川陽子
処分行政庁目黒税務署長
中林英夫
指定代理人別紙指定代理人目録のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 目黒税務署長が平成２４年２月２８日付けで原告に対してした平成２０年分の所得税の更正処分のうち納付すべき税額２８９万５５００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定を取り消す。
２ 目黒税務署長が平成２４年２月２８日付けで原告に対してした平成２１年分の所得税の更正処分のうちマイナス（還付金の額に相当する税額）７８８万５４９８円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定を取り消す。
３ 目黒税務署長が平成２４年２月２８日付けで原告に対してした平成２２年分の所得税の更正処分（ただし、平成２４年５月１０日付け減額再更正により一部取り消された後のもの）のうち納付すべき税額４７２万１９００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、医療法人社団Ａ（以下「Ａ」という。）の理事長を務める原告が、平成２０年分ないし平成２２年分（以下「本件各年分」という。）の各所得税の確定申告をしたところ、処分行政庁が、Ａに係る法人税の調査に基づき、原告がＡから借り入れた金員（以下「本件借入金」といい、債権者であるＡにおいては「本件貸付金」という。）に係る支払利息について、本件借入金に対し通常支払うべき利息の額（以下「本件利息相当額」という。）とＡが決算において収入に計上した利息の額（以下「本件受取利息額」という。）との差額相当額が原告に対する経済的利益（以下「本件経済的利益」という。）の供与と認められるとして、本件各年分の所得税について、本件経済的利益の額を原告の給与所得に加算して各更正処分（以下「本件各更正処分」という。）及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件各賦課決定処分」といい、本件各更正処分と併せて「本件各更正処分等」という。）を行ったことから、原告が、本件各更正処分等（ただし、平成２２年分の更正処分については、平成２４年５月１０日付けで行われた減額更正処分後のもの。）の取消しを求めている事案である。
１ 関係法令等の定め
（１）給与所得とは、俸給、給料、賃金、歳費及び賞与並びにこれらの性質を有する給与（これらを併せて「給与等」という。）に係る所得をいう（所得税法（平成２３年法律第８２号による改正前のもの。以下同じ。）２８条１項）。
（２）その年分の各種所得の金額の計算上収入金額とすべき金額又は総収入金額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、その年において収入すべき金額（金銭以外の物又は権利その他経済的な利益をもって収入する場合には、その金銭以外の物又は権利その他経済的な利益の価額）とし（所得税法３６条１項）、当該経済的な利益の価額は、当該利益を享受する時における価額とする（同条２項）。
（３）所得税法３６条１項に規定する「金銭以外の物又は権利その他経済的な利益」には、金銭の貸付け又は提供を無利息又は通常の利率よりも低い利率で受けた場合における通常の利率により計算した利息の額又はその通常の利率により計算した利息の額と実際に支払う利息の額との差額に相当する利益が含まれる（所得税基本通達（平成２３年課法９－９、課個２－３３、課審４－４６による改正前のもの。以下「基本通達」という。）３６－１５）。
（４）使用者が役員又は使用人に対し金銭を無利息又は後記の基本通達３６－４９により評価した利息相当額に満たない利息で貸し付けたことにより、その貸付けを受けた役員又は使用人が受ける経済的利益であっても、役員又は使用人に貸し付けた金額につき、使用者における借入金の平均調達金利など合理的と認められる貸付利率を定め、これにより利息を徴している場合に生じる経済的利益については、課税しなくて差し支えない（基本通達３６－２８）。
（５）所得税法３６条２項に規定する経済的な利益の享受の時における価額に関して、使用者が役員又は使用人に貸し付けた金銭の利息相当額については、当該金銭が使用者において他から借り入れて貸し付けたものであることが明らかな場合には、その借入金の利率により、その他の場合には、貸付けを行った日の属する年の前年の１１月３０日を経過する時における日本銀行法１５条１項１号の規定により定められる商業手形の基準割引率に年４パーセントの利率を加算した利率（その利率に０．１パーセント未満の端数があるときは、これを切り捨てる。）により評価する（基本通達３６－４９）。
２ 前提事実（争いのない事実、顕著な事実及び掲記の証拠により容易に認められる事実）
（１）当事者
原告は、平成５年７月●日に成立したＡにおいて、成立時から本件各更正処分時まで継続して理事長の地位にあり、Ａから支払を受ける給与等に係る給与所得のほかに、事業所得、不動産所得、株式等の譲渡所得及び配当所得（以下「本件各所得」という。）などを有するとして、本件各年分の所得税の確定申告をしていた。Ａの事業年度は、毎年、７月１日から翌年の６月３０日までである。
（２）本件貸付金
Ａの総勘定元帳等に基づき整理すると、平成１８年１月１日以後のＡの原告に対する本件貸付金の各月末残高は、その発生時期ごとに、別表１の各「残高」欄のとおりである。
本件貸付金に係る受取利息は、平成１７年７月から平成２０年６月までの期間については年０．０１パーセントの利率、平成２０年７月から平成２２年６月までの期間については年２．０パーセントの利率で計算されており、Ａは、受取利息として、平成１８年６月３０日に１０万４１６５円、平成１９年６月３０日及び平成２０年６月３０日にそれぞれ１１万７３１２円、平成２１年６月３０日に１０２７万４４６６円、平成２２年６月３０日に８３７万６４３５円を収益に計上している（別表２参照）。ただし、これらの金額は、いずれも計上日において、未収入金として経理処理されている。
なお、Ａは、平成１７年７月１日から平成１８年６月３０日までの事業年度（以下「平成１８年６月期」といい、他の事業年度も同様に表記する。）以後の各事業年度の末日において、借入金債務を有していない。
（３）他の債権債務関係等
原告が、本件貸付金の額に影響を及ぼすものとして主張する他の債権債務関係等に係る事情は次のとおりである。
ア 有価証券
別表３の順号１ないし８の各有価証券（以下「本件各有価証券」という。）は、Ｂ証券株式会社自由が丘支店（以下「Ｂ証券自由が丘支店」という。）に開設された原告名義の証券口座（以下「原告名義証券口座」という。）において、同表の「約定日」欄の各約定日に取得されたものである。
イ 原告に対する給与
Ａは、帳簿上、原告に対する給与として、平成１８年６月３０日付けで１７１０万円、平成１９年６月３０日付けで２１６０万円、平成２０年６月３０日付けで１２００万円を「医師給与」勘定に計上し、平成２０年７月から平成２１年６月までは毎月１００万円、平成２１年７月から同年１２月までは毎月４００万円を「役員報酬」勘定に計上し、それぞれ計上した日の属する事業年度の損金の額に算入したが、これらの金額は、いずれも計上した日時点において原告に支払われず、未払金として経理処理されている（以下、上記医師給与及び役員報酬を併せて「本件未払給与」という。）。なお、Ａは、平成２２年１月から６月までの期間に係る原告に対する給与に関する経理処理をしていない。
ウ 原告に対する賃借料
Ａは、原告に対するＣクリニックの建物の賃借料として、平成１９年６月３０日付けで６００万円、平成２０年６月３０日付けで６００万円、平成２１年６月３０日付けで１２００万円を計上し、平成２１年７月から平成２２年６月までは毎月５０万円を計上し、それぞれ計上した日の属する事業年度の損金の額に算入したが、これらの金額は、いずれも計上した日時点において原告に支払われず、未払金として経理処理されている（以下、上記賃借料を併せて「本件未払賃借料」という。）。
（４）本件各更正処分等に至る経緯
本件更正処分等の経緯等は、別表４－１ないし３のとおりであり、その具体的な経緯は以下のとおりである。
ア 処分行政庁は、平成２３年７月８日付けで、Ａに対する税務調査に基づき、本件経済的利益の額を原告に支払う給与に加算して源泉徴収に係る所得税（以下「源泉所得税」という。）の額を再計算し、既に納付済みの源泉所得税の額との差額について、Ａに対して納税告知処分を行った。
イ 原告に対する税務調査を担当した目黒税務署所属の職員（以下「本件所得税調査担当者」という。）は、本件経済的利益の額に係る原告の給与所得について、原告の申告内容等と照合及び検討した上で、原告の顧問税理士に対し、原告の本件各年分の所得税の申告について是正が必要である旨を連絡した。
これに対し、顧問税理士が修正申告に応じるかどうかを原告と相談の上、書面で回答するとしていたところ、原告は、「甲個人の確定申告の修正申告につきましては、現在、法人税の更正決定にかかる東京国税不服審判所にて審査中（括弧内省略）のため、回答できません。」と記載した平成２３年１２月１９日付けの書面を提出した。
そこで、本件所得税調査担当者は、原告から修正申告書が提出される見込みがないものと判断し、平成２３年１２月２２日、本件各年分の所得税について更正の手続を進める旨を顧問税理士に連絡し、原告にその旨伝えるよう依頼した。
ウ 処分行政庁は、原告の給与所得の金額及び源泉徴収税額に誤りがあるとして、本件各更正処分等を行った。これは、本件利息相当額と本件受取利息額との差額が本件経済的利益の額に当たるとして、これを原告の給与所得に加算することを前提とする処分である。
エ 原告は、平成２４年４月１１日、国税通則法（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの。以下「通則法」という。）７５条４項１号に基づき、本件各更正処分等の取消しを求める審査請求をした。
オ 目黒税務署長は、平成２４年５月１０日付けで、原告に対し、原告の平成２２年分の所得税について、総所得金額６８，２４４，１８２円（給与所得の金額４５，８８０，１３７円）、納付すべき税額６，８５４，１００円とする減額再更正をした。
カ 国税不服審判所長は、平成２５年３月１３日付けで、原告の審査請求を棄却する旨の裁決をした。
キ 原告は、平成２５年９月１３日、本件各更正処分等の取消しを求めて本件訴えを提起した（顕著な事実）。
３ 税額等に関する当事者の主張
被告が本件訴訟において主張する本件各更正処分等の根拠及び計算は別紙課税の根拠及び計算記載のとおりであるところ、原告は、後記４の争点に関する部分を除き、その計算の基礎となる金額及び計算方法を明らかに争わない。
４ 争点
（１）本件各更正処分等は処分行政庁の調査に基づいて行われたものか否か（以下「争点（１）」という。）。
（２）本件各有価証券は、原告に帰属するものか否か（以下「争点（２）」という。）。
（３）本件借入金の額は、原告に対してＡが有する未払給与及び未払家賃を減額した額とすべきか否か（以下「争点（３）」という。）。
（４）本件利息相当額の算定は、所得税基本通達３６－４９後段に定める利率によるべきか否か（以下「争点（４）」という。）。
（５）本件経済的利益の額に相当する金額は、原告の所得金額の計算上、必要経費に算入すべきか否か（以下「争点（５）」という。）。
５ 争点に関する当事者の主張の要旨
（１）争点（１）について
（原告の主張の要旨）
処分行政庁は、Ａに対して調査を行ったが、原告に対しては一度も調査が行われなかった。原告は、Ａの原告に対する貸付金により、資産運用、不動産購入等を行っているにもかかわらず、不動産所得、事業所得と無関係であるとして、これらに関して一切の調査をすることなく、給与所得に関する調査のみによって更正処分をすることは違法である。
（被告の主張の要旨）
通則法２４条にいう「調査」とは、課税標準等又は税額等を認定するに至る一連の判断過程の一切を意味する極めて包括的な概念であり、調査の方法、時期などその具体的な手続については、課税庁に広範な裁量権が認められている。そこで、課税庁は、その必要とする範囲及び程度において調査し、それをもって足りると解すべきであって、納税義務者に対し直接質問調査をしなければならないものではなく、また、課税庁が既に収集した資料を基礎として内部において調査し、正当な課税標準を認定することも、同条にいう「調査」に含まれると解すべきである。
本件所得税調査担当者は、Ａに対する税務調査の担当者（以下「本件法人税調査担当者」という。）がＡの調査において収集した資料等を基礎として、原告の申告内容等と照合するなどして検討し、原告の本件各年分の所得税の申告について是正が必要である旨を顧問税理士を通じて原告に連絡した上、原告からＡの更正処分について審査請求中であるため修正申告に応じるか否か回答できないとの連絡を経て、本件各更正処分を行ったものである。
したがって、本件所得税調査担当者は、合理的な裁量権の範囲内で通則法２４条の「調査」を行ったものと認められ、適法に行われた当該調査に基づき本件各更正処分が行われたのであるから、原告の上記主張は失当である。
（２）争点（２）について
（原告の主張の要旨）
Ａでは、設立当初より余裕資金の運用として証券等を取得したいと考えていたが、Ａの設立当初、医療法人は、一般的に投資有価証券を保有することができないと解されていたことから、やむを得ずＡから原告が余裕資金を借り入れ、原告名義で証券等の購入を行っていた。本件各有価証券は、原告名義となっているが、そのうち別表３の順号２ないし４及び８（４については２分の１の持分に限る。）の各有価証券（以下「原告主張各有価証券」という。）は、実質的にはＡの所有する有価証券であり、これらの有価証券の購入時に購入価格と同額の短期貸付金の返済があったものとすべきである。平成１６年８月１９日に至り、厚生労働省医政局長から各都道府県知事宛に通達が発せられ、医療法人も長期保有目的の債券を含む各種証券等を保有することができることが明らかとなったものの、それまでの証券会社との取引の経緯から、引き続き、実質的にＡの有価証券購入も原告名義で行われていた。平成１９年以降は、原告個人の投資とＡの投資とが存在するが、原告はハイリスク・ハイリターンの投資を、Ａはより安全性の高いと認められるものに限定して投資を行っており、両者の区別は可能である。この点に関し、処分行政庁の担当者は、原告の上記主張を認めていた。
（被告の主張の要旨）
本件各有価証券の帰属を判断するためには、実質に即した検討をすべきところ、本件各有価証券は、原告名義証券口座で取得、保有されており、本件各有価証券の権利者として表示されている者は原告である。また、Ａは、原告に対し、本件各有価証券の取得について、購入資金を拠出したり、依頼をしたりしていない。さらに、本件各有価証券は原告が占有・管理している。その上、Ａに帰属するとする有価証券に係る原告の主張が変遷している。以上によれば、本件各有価証券は原告に帰属するものである。
（３）争点（３）について
（原告の主張の要旨）
原告に対する給与、家賃について、Ａ事務局長であった丙の在職当時は（平成１３年７月まで）、現実に支払われるかＡの原告に対する貸付金と相殺する扱いがなされ、未払給与、未払家賃の計上はなされておらず、原告の認識としては、平成１３年７月以降も、給与、家賃については現実に支払われなかった場合には貸付金と相殺をする意思を有していた。丙の入院、死亡後、事務局長が不在となり、帳簿上、上記の処理がなされないままとなっていたものであるから、原告に対してＡが有する未払給与及び未払家賃（以下、両者を併せて「本件未払給与等債務額」という。）は本件貸付金と相殺されるべきである。
（被告の主張の要旨）
Ａは、原告に対する本件貸付金に係る受取利息の計算に当たって、本件未払給与等債務額と本件貸付金との相殺の経理処理を行っていない場合は、本件未払給与等債務額があるとしても、相殺前の帳簿上の短期貸付金勘定残高を利息計算の基礎としており、他方、実際に相殺の経理処理をした場合は、相殺後の短期貸付金勘定残高をもって利息計算を行っている。加えて、Ａは、原告に対する未払給与に係る源泉所得税について、相殺の経理処理をした平成２０年７月１日以後の同月４日及び平成２１年１月２０日にそれぞれ納付しているのであるから、当該相殺の経理処理をもって、原告に対する未払給与債務の減少を認識したと認められる。そうすると、本件未払給与等債務額と本件貸付金とは、実際に相殺等の経理処理が行われるまでの間は、原告とＡとの間の債権債務として別個独立して存在するものとみるべきである。
（４）争点（４）について
（原告の主張の要旨）
法人の貸付金について、その利息を認定するという法令上の規定はなく、認定利息に適用する利率についても何らの法律上の根拠はない。基本通達３６－４９は、延滞税の利率を考慮して定められたものと考えられるが、延滞税については、期限内における適正な実現を担保すること、期限内に適正に国税を履行した者との権衡を図ることを目的とするところ、Ａの原告に対する貸付金については、早期に弁済を求められていた事実はなく、履行遅滞があったわけでもないから、本件については、延滞税と同様の利率が適用される前提がない。
（被告の主張の要旨）
基本通達３６－４９は、使用者が役員等に貸し付けた金銭が、使用者において他から借り入れて貸し付けたものであることが明らかでない場合に、通達を定めずに利息相当額を個別に評価することとすると、貸主と借主の関係、担保の有無とその種類、貸付期間など種々の要素により異なった評価額が生じることとなり、納税者の予測可能性を害する上、課税事務の統一的な執行が困難になるおそれを生じさせるから、客観性を有する利子税の利率（特例基準割合）によって画一的に評価することとしたものであり、この定めは、納税者の予測可能性の向上、納税者間の公平、納税者の便宜及び徴税費用の節減という見地から見て合理的なものといえる。これを本件に当てはめると、Ａには、他からの借入金はなく、また、Ａが本件貸付金に付した利率は、０．０１ないし２．０パーセントとされているところ、これらの利率は、借入金の平均調達金利等合理的と認められる利率とは認められないから、基本通達３６－２８（２）の「課税しなくて差し支えない」との取扱いを採用することはできない。したがって、本件貸付金の利息相当額の評価に当たり適用される利率は、貸付けを行った日の属する年の前年の１１月３０日を経過する時における日本銀行法１５条１項１号の規定により定められる商業手形の基準割引率（乙３３）に年４パーセントを加算した４．１パーセントないし４．５パーセント（別表１「適用利率」参照）によることが妥当というべきである。
（５）争点（５）について
（原告の主張の要旨）
Ａからの借入金については、原告の各所得を稼得するために投入したものであり、この点は、原告の平成２２年分の確定申告書からも明らかであるから、本件において経済的利益とされた利息相当額は、本件各所得の必要経費等として認められるべきである。
（被告の主張の要旨）
本件において、本件経済的利益とされた利息相当額が本件各所得の計算上必要経費等として控除されるためには、当該利息相当額が、株式その他配当所得を生ずべき元本を取得するために要した負債の利子であること、譲渡所得の基因となった資産を取得するために要した負債の利子であること、あるいは不動産所得又は事業所得を生ずべき業務について生じた費用であることが必要である。しかしながら、原告は、本件借入金が、いずれの所得を稼得するためにいくら投入されているのかなど、その使途について具体的な主張立証をしていない。また、原告ないしＡが作成した申告書や帳簿書類によっても、本件借入金と本件各所得を生ずべき業務、本件各所得の基因となる資産又はその購入費用との間に関連性を認めることはできないから、本件経済的利益とされた利息相当額は、本件各所得の必要経費等であるとは認められない。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点（１）について
原告は、処分行政庁が必要な調査を行わず行った本件各更正処分は違法である旨主張する。
しかしながら、更正処分の適否は、その認定された課税標準又は税額等が実際の所得に相応しているか否かによるものであって、特段の事情がない限り、その調査手続の適否それ自体が同処分の適法性に影響を与えることはないものというべきである。
また、通則法２４条にいう「調査」とは、課税標準等又は税額等を認定するに至る一連の判断過程の一切を意味し、課税庁の証拠資料の収集、証拠の評価あるいは経験則を通じての要件事実の認定、租税法その他の法令の解釈を経て更正処分に至るまでの思考、判断を含む極めて包括的な概念であり、調査の方法、時期などその具体的な手続については、何ら規定されていないから、課税庁に広範な裁量権が認められている。したがって、課税庁は、必要とする範囲及び程度において調査をすれば足りるのであり、納税義務者に対して直接質問調査をしなければならない義務を当然に負うものではないし、課税庁が内部において既に収集した資料を検討して正当な課税標準を認定することも、その裁量権の範囲内であり、同条にいう「調査」に含まれるものというべきである。なお、本件各更正処分は、原告の給与所得に関して行われたものであるから、同処分をするに際して、原告の不動産所得及び事業所得に関する帳簿書類の調査が求められたわけでもない（所得税法１５５条１項）。
本件所得税調査担当者は、前提事実（４）アないしウのとおり、本件法人税調査担当者がＡの調査において収集した資料等を基礎として、原告の申告内容等と照合するなどして検討し、原告の本件各年分の所得税の申告について是正が必要である旨を顧問税理士を通じて原告に連絡した上、原告からＡの更正処分について審査請求中であるため修正申告に応じるか否か回答できないとの連絡を経て、本件各更正処分を行ったものである。したがって、本件所得税調査担当者は、合理的な裁量権の範囲内で通則法２４条の「調査」を行ったものと認められ、適法に行われた当該調査に基づき本件各更正処分が行われたものというべきであり、この点に関する原告の主張は採用できない。
２ 争点（２）について
原告は、原告主張各有価証券は、原告がＡから資金を借り入れて原告名義で購入していたものであるものの、実質的にはＡの所有に係るものであるから、その購入時に購入価格と同額の短期貸付金の返済があったものとすべきである旨主張する。
そこで検討すると、所得税法１２条は、資産又は事業から生ずる収益の法律上帰属するとみられる者が単なる名義人であって、その収益を享受せず、その者以外の者がその収益を享受する場合には、その収益は、これを享受する者に帰属するものとして、所得税法の規定を適用する旨規定しているところ、その趣旨は、課税物件の法律上（私法上）の帰属につき、その形式と実質が相違している場合には、実質に即して帰属を判定すべきと規定したものと解される。したがって、原告主張各有価証券の帰属を判断するに際しても、実質に即した検討をすべきであり、具体的には、有価証券の購入資金の出捐者及び取得の状況、その後の有価証券の占有・管理状況等、配当金の受領等の株主の権利の行使状況、あえて他人名義とすることの合理的な理由の有無等を総合してその帰属を判断するのが相当である。
そこで、まず、有価証券の取引・管理状況についてみると、前提事実（３）アで見たとおり、原告主張各有価証券を含む本件各有価証券は、Ｂ証券自由が丘支店に開設された原告名義証券口座において取得されたものであるところ、争いのない事実によれば、本件各有価証券の取得日前後において原告に対する短期貸付金の増加はなく、Ａがこれらの各有価証券の取得のために原告に対して資金を拠出した事実があるとはうかがわれない（別表７参照）。そして、Ｂ証券自由が丘支店が平成２３年４月２５日付けで発行した原告名義証券口座の残高証明書によると、本件各有価証券は、平成２２年６月３０日時点においても同口座で保有されていたものであり、他に原告でなくＡがその収益を享受していたと認めるに足りる事情があるともうかがわれない。そうすると、原告主張各有価証券を含む本件各有価証券は、原告に帰属するものと認められる。
付言すると、Ａは、本件各有価証券の帰属に係る本件法人税調査担当者と原告とのやりとりをきっかけとして、平成２１年６月期において、別表３の「経理処理日」欄の各日付で、本件各有価証券のうち順号１ないし７に掲げるものをＡに帰属するとして経理処理し、同表の「資産計上額」欄の各金額で投資有価証券勘定に計上するとともに、当該各金額を短期貸付金勘定から減額する経理処理をしたが、その後、平成２２年６月３０日付けで、別表３の順号１の有価証券については、「資産計上額」欄の８３６３万円を投資有価証券勘定から減額するとともに、短期貸付金勘定を同額増額する経理処理を行い、別表３の順号８の有価証券については、「資産計上額」欄の１億２２３０万円を投資有価証券勘定に計上するとともに、短期貸付金勘定を同額減額する経理処理をしている（すなわち、投資有価証券として資産計上していた別表３の順号１の有価証券を、別表３の順号８の有価証券に差し替えている。）。このような変動が生じていることは、原告主張各有価証券がＡに帰属するという原告の主張について疑問を差し挟むべき事情といえるところ、かかる取扱いがされたことについて合理的な説明はされていないことにも照らすと、上記主張はそもそも根拠のあいまいなものといわざるを得ない。
また、原告は、平成１６年８月１９日に厚生労働省医政局長から各都道府県知事宛に通達が発せられる前には、医療法人は、一般的に投資有価証券を保有することができないため、やむを得ず原告がＡから余裕資金を借り入れ、原告名義等で証券等の購入を行っていた旨主張しているが、証拠（乙３４、３５）によれば、平成１６年８月１９日付けで厚生労働省医政局長が各都道府県知事宛に発した通達（医政発第０８１９００１号、「病院会計準則の改正について」）が発せられる前の病院会計準則（昭和５８年８月２２日付け医発第８２４号、厚生省医務局長通知）においては、資産の貸借対照表価額について、「有価証券については、原則として購入代価に手数料等の付随費用を加算し、これに平均原価法等の方法を適用して算定した取得原価をもって貸借対照表価額とする。」と定められるなどしており、上記通達による改正後もその規定内容に大きな違いは認められない（乙３４の６頁）。そうすると、平成１６年の通達による状況の変化という原告の主張に裏付けがあるとはいえない。
以上検討したところに照らすと、原告主張各有価証券がＡに帰属することを前提とする原告の主張は採用できない。
３ 争点（３）について
原告は、本件未払給与等債務額と本件貸付金とが相殺されるべきである旨主張する。
そこで検討すると、前提事実（３）イ、ウ及び争いのない事実によれば、Ａは、平成２０年７月１日付けで、平成１８年ないし平成２０年に生じた原告に対する未払給与の額からこれらに係る源泉所得税の額を控除した額３９６５万０４００円を短期貸付金勘定と相殺する経理処理をし、平成１８年及び平成１９年に生じた未払給与の支払（相殺）に係る源泉所得税については平成２０年７月４日に、平成２０年に生じた未払給与の支払（相殺）に係る源泉所得税については平成２１年１月２０日に、それぞれ国に納付しているのに対して、本件未払給与等債務額については、いずれも未払金として経理処理し、相殺の経理処理を行っていないことが認められる。以上によれば、本件未払給与等債務額と本件貸付金については、実際に相殺等の経理処理が行われるまでの間は、原告とＡとの間の債権債務として別個独立して存在するものとみるのが相当であるし、原告は、本件未払給与等債務額と本件貸付金に関する原告とＡとの間の事前の相殺合意についても何ら主張立証をしていないから、原告の上記主張は採用できない。
４ 争点（４）について
原告は、本件利息相当額の算定について、基本通達３６－４９後段の定める利率によることの不当を主張する。
そこで検討すると、使用者が役員又は使用人に貸し付けた金銭の利息相当額の評価について、基本通達３６－４９は「当該金銭が使用者において他から借り入れて貸し付けたものであることが明らかな場合には、その借入金の利率により、その他の場合には、貸付けを行った日の属する年の前年の１１月３０日を経過する時における日本銀行法第１５条第１項第１号の規定により定められる商業手形の基準割引率に年４％の利率を加算した利率（括弧内省略）により評価する。」と定めている。本件において、前提事実（２）のとおり、Ａが本件貸付金に付した利率は、０．０１ないし２．０パーセントとされているところ、これらの利率が、Ａにおける借入金の平均調達金利など合理的と認められる貸付利率の定めによったものと認められるような事情はうかがわれないから、基本通達３６－２８（２）の「課税しなくて差し支えない」との取扱いを採用することはできず、本件貸付金の利息相当額の評価に当たり適用される利率は、商業手形の基準割引率（乙３３）に年４パーセントを加算した４．１パーセントないし４．５パーセント（別表１参照）を採用するのが妥当である。
これに対して、原告は、基本通達３６－４９は、延滞税の利率を考慮して定められたものと考えられるところ、本件貸付金については、早期に弁済を求められていた事実はなく、履行遅滞があったわけでもないから、延滞税と同様の利率が適用される前提がない旨主張する。
しかしながら、まず、原告が、本件貸付金が早期に弁済を求められていたものではないという個別事情を主張する点についてみると、使用者が役員等に貸し付けた金銭が、使用者において他から借り入れて貸し付けたものであることが明らかでない場合に、利息相当額を個別に評価することとすると、貸主と借主の関係、担保の有無とその種類、貸付期間など種々の要素により異なった評価額が生じることとなり、納税者の予測可能性を害する上、課税事務の統一的な執行が困難になるおそれを生じさせるから、客観性を有する基準によって画一的に評価するという基本通達３６－４９の定めは、納税者の予測可能性の向上、納税者間の公平、納税者の便宜及び徴税費用の節減という見地から見て合理的なものというべきである。仮に、本件における個別事情に即して検討するとなれば、無担保で返還日も定めずにその額も巨額に及んでいる本件貸付金は、それが通常の貸付融資契約によってされた場合、むしろ高利率の利息を徴収されても仕方がないなどの様々な見方もあり得るのであって、かかる事情のいかんにかかわらず利息相当額を画一的に評価することには合理性があるといえる。したがって、個別事情を考慮すべきであるという原告の主張は採用できない。
また、原告が、延滞税の利率によることの不当を主張する点についてみると、原告は延滞税（通則法６０条。利率は年１４．６％）を挙げるが、これは利子税（所得税法１３１条３項等。租税特別措置法（平成２４年法律第１６号による改正前のもの。）９３条１項により、その利率は所定の場合に特例基準割合によるとされる。）をいう趣旨と解される。そして、基本通達３６－４９は、利息相当額を評価する利率として、利子税における特例基準割合を採用したものであるが、利子税の割合は税法上の基準金利（国から延納税金に相当する金銭を借り入れた場合の約定利率に相当するもの）と考えられ、客観性を有することに加え、特例基準割合が、国民にとって最も分かりやすい基準割引率（日本銀行法１５条１項１号）を基準とし、かつ、変動要素を持った利率であることに照らすと、特例基準割合を採用したことには合理性があるものというべきである。したがって、特例基準割合によることが不当であるという原告の主張も採用できない。
５ 争点（５）について
原告は、本件経済的利益の額に相当する金額は、原告の所得金額の計算上、必要経費に算入すべきである旨主張する。
しかしながら、本件経済的利益とされた利息相当額が本件各所得の計算上必要経費等として控除されるためには、当該利息相当額が、株式その他配当所得を生ずべき元本を取得するために要した負債の利子であること、譲渡所得の基因となった資産を取得するために要した負債の利子であること、あるいは不動産所得又は事業所得を生ずべき業務について生じた費用であることが必要であるところ、原告は、本件借入金が、いずれの所得を稼得するためにいくら投入されているのかなど、その使途について具体的な主張立証をしていないから、本件経済的利益とされた利息相当額は、本件各所得の必要経費等であるとは認められない。
６ 本件各更正処分等の適法性について
以上を前提として、本件各更正処分等についてみると、被告が本訴において主張する別紙課税の根拠及び計算記載の根拠はいずれも相当であり、かつ、その根拠に基づいて算定した原告の本件各年分の納付すべき税額は、同別紙の記載のとおりであると認められ、別表５記載の本件各更正処分等における納付すべき税額と一致するから、本件各更正処分等は、適法というべきである。
第４ 結論
よって、原告の請求はいずれも理由がないからこれらを棄却することとして、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第５１部
裁判長裁判官小林宏司
裁判官桃崎剛
裁判官中村仁子は転補のため署名押印をすることができない。
裁判長裁判官小林宏司
（別紙）
指定代理人目録
田原昭彦、長倉哲也、髙橋富士子、時任英俊、殖栗健一、野本寛之、小西雄貴
以上
別表１から別表３まで省略
別表４－１
課税の経緯等
平成２０年分
（単位：円）
項目
Ａ確定申告
Ｂ更正処分
Ｃ異義申立てＤ異議決定
Ｅ審査請求
Ｆ審査裁決
年月日
平成21年３月16日
平成24年２月28日
直接審査請求
平成24年４月11日
平成25年３月13日
総所得金額
①
26,423,687
67,443,708
不明
棄却
内訳
事業所得の金額
②
△6,073,474
△6,073,474
不動産所得の金額
③
22,744,094
22,744,094
給与所得の金額
④
9,753,067
50,773,088
株式等に係る譲渡
所得等の金額
⑤
(△660,351)
(△660,351)
所得控除の額の合計額
⑥
3,190,075
3,190,075
課税総所得金額
⑦
23,233,000
64,253,000
課税総所得金額に対する税額
⑧
6,497,200
22,905,200
源泉徴収税額
⑨
3,601,673
16,701,296
6,884,850
予定納税額
⑩
333,200
333,200
333,200
納付すべき税額
⑪
2,562,300
5,870,700
3,437,900
過少申告加算税
⑫－
330,000
－
翌年へ繰り越す株式等に係る
譲渡損失の金額
⑬
660,351
660,351
－
注②欄の｢△」は損失金額を表す。
⑤欄の金額は、他の所得と損益通算できない(租税特別措置法37条の10の６項４号、所得税法69条1項）ことから「株式等に係る譲渡所得等の金額」欄は零円となる。
なお、株式等に係る譲渡所得等の金額に係る損失の金額は、租税特別措置法37条の12の2の1項及び2項の規定により、翌年以降に繰り越されることとなる(⑬欄)。
別表４－２
課税の経緯等
平成２１年分
（単位：円）
項目
Ａ確定申告
Ｂ更正処分
Ｃ異議申立てＤ異議決定
Ｅ審査請求
Ｆ審査裁決
年月日
平成22年３月15日
平成24年２月28日
直接審査請求
平成24年４月11日
平成25年３月13日
総所得金額
①
14,286,680
51,361,839
不明
棄却
内訳
事業所得の金額
②
△22,197,276
△22,197,276
不動産所得の金額
③
9,630,889
9,630,889
給与所得の金額
④
26,853,067
63,928,226
株式等に係る譲渡
所得等の金額
⑤
（△22,905,076)
（△22,905,076)
所得控除の額の合計額
⑥
2,339,420
2,339,420
課税総所得金額
⑦
11,947,000
49,022,000
課税総所得金額に対する税額
⑧
2,406,510
16,812,800
源泉徴収税額
⑨
10,292,008
22,053,688
13,832,218
予定納税額
⑩
1,930,200
1,930,200
1,930,200
納付すべき税額
⑪
△9,815,698
△7,171,088
△9,815,698
過少申告加算税
⑫－
264,000
－
翌年へ繰り越す株式等に係る
譲渡損失の金額
⑬
23,565,427
23,565,427
－
注②欄の｢△｣は損失金額を表し、⑪欄の｢△｣は還付金の額に相当する税額を表す。⑤欄の金額は当該年分の上場株式等の配当所得の金額(1,290,500円)と株式等に係る譲渡所得等に係る損失の金額（24,195,576円）を損益通算した後の金額であり(租税特別措置法37条の12の２の1項）
他の所得と損益通算できない(租税特別措置法37条の10の6項4号、所得税法69条1項)ことから、｢株式等に係る譲渡所得等の金額｣欄は、零円となる。なお、株式等に係る譲渡所得等の金額に係る損失の金額は、租税特別措置法37条12の２の1項及び2項の規定により、翌年以降に繰り越されることとなる(⑬欄)。
⑬欄の金額は、平成20年分の翌年へ繰り越す株式等に係る譲渡損失の金額(660,351円)に本年分の翌年へ繰り越す株式等に係る譲渡損失の金額(22,905,076円)を加算した金額である。
別表４－３
課税の経緯等
平成２２年分
（単位：円）
項目
Ａ確定申告
Ｂ更正処分
Ｃ異議申立てＤ異議決定
Ｅ審査請求
Ｆ減額更正処分
Ｇ審査裁決
年月日
平成23年３月15日平成24年２月28日
直接審査請求
平成24年４月11日平成24年５月10日平成25年３月13日
総所得金額
①
49,164,045
68,244,182
不明
68,244,182
棄却
内訳
事業所得の金額
②
△29,882,622
△29,882,622
△29,882,622
不動産所得の金額
③
33,110,348
33,110,348
33,110,348
給与所得の金額
④
26,800,000
45,880,137
45,880,137
総合譲渡・一時所得
の金額
⑤
19,136,319
19,136,319
19,136,319
分離長期譲渡所得
の金額
⑥
1,707,069
1,707,069
1,707,069
株式等に係る譲渡
所得等の金額
⑦
(920,715)
(△920,715)
(△920,715)
所得控除の額の合計額
⑧
2,589,420
2,589,420
2,589,420
課税総所得金額
⑨
46,574,000
65,654,000
65,654,000
課税分離長期譲渡所得の金額⑩
1,707,000
1,707,000
1,707,000
算出税額
⑨に対する税額
⑪
15,833,600
23,465,600
23,465,600
⑩に対する税額
⑫
256,050
256,050
256,050
合計
⑬
16,089,650
23,721,650
23,721,650
源泉徴収税額
⑭
11,367,688
16,865,548
13,188,424
16,867,548
納付すべき税額
⑮
4,721,900
6,856,100
4,722,000
6,854,100
過少申告加算税
⑯－
213,000
－－
翌年へ繰り越す株式等に係る
譲渡損失の金額
⑰
24,486,142
24,486,142
－
24,486,142
注②欄の｢△」は損失金額を表す。
⑦欄の全額は、当該年分の上場株式等の配当所得の金額(16,827,002円)と株式等に係る譲渡所得等に係る損失の金額(17,747,717円)とを損益通算した後の金額であり(租税特別措置法37条の12の２の1項)、他の所得と損益通算できない(租税特別措置法37条の10の6項4号、所得税法69条1項)ことから、｢株式等に係る譲渡所得等の金額｣欄は、零円となる。なお、株式等に係る譲渡所得等の金額に係る損失の金額は租税特別措置法37条の12の２の１項及び２項の規定により、翌年以降に繰り越されることとなる(欄)。⑰欄の金額は、平成20年分の翌年へ繰り越す株式等に係る譲渡損失の金額(660,351円)及び平成21年分の翌年へ繰り越す株式等に係る譲渡損失の金額(22,905,076円)に、本年分の翌年へ繰り越す株式等に係る譲渡損失の金額(920,715円)を加算した金額である。（別紙）
課税の根拠及び計算
１ 本件各更正処分の根拠
被告が本訴において主張する本件各年分の所得税に係る総所得金額等及び納付すべき税額は、以下のとおりである（別表５参照）。
なお、以下において、「△」を付して表示する金額は、損失の金額又は還付される税額を表す。
（１）平成２０年分
ア 総所得金額（別表５平成２０年分①欄）
６７４４万３７０８円
上記金額は、次の（ア）ないし（ウ）の各金額の合計額である。
（ア）事業所得の金額（別表５平成２０年分②欄）
△６０７万３４７４円
上記金額は、原告が平成２０年分の所得税の確定申告書に記載した金額と同額である。
（イ）不動産所得の金額（別表５平成２０年分③欄）
２２７４万４０９４円
上記金額は、原告が平成２０年分の所得税の確定申告書に記載した金額と同額である。
（ウ）給与所得の金額（別表５平成２０年分④欄）
５０７７万３０８８円
上記金額は、次のａの金額からｂの金額を控除した残額である。
ａ 給与等の収入金額
５５２３万４８３０円
上記金額は、次の（ａ）及び（ｂ）の各金額の合計額である。
（ａ）確定申告における給与等の収入金額
１２０５万５８６０円
上記金額は、原告が平成２０年分の所得税の確定申告書に記載した金額と同額である。
（ｂ）本件経済的利益の額（別表６平成２０年分計⑤欄）
４３１７万８９７０円
原告は、Ａから通常の利率よりも低い利率により金銭の借入れを行っていたと認められるところ、上記金額は、本件利息相当額と本件受取利息額との差額（本件経済的利益の額）であり、原告がＡから受けた経済的な利益の価額として所得税法２８条１項に規定する給与等に該当することから、給与等の収入金額に加算すべき金額である。
ｂ 給与所得控除額
４４６万１７４２円
上記金額は、平成２０年中の給与等の収入金額から控除される給与所得控除額であり、所得税法２８条３項の規定に基づき算出される金額である。
イ 株式等に係る譲渡所得等の金額（別表５平成２０年分⑦欄）
零円
（△６６万０３５１円）
上記括弧内の金額は、原告が平成２０年分の所得税の確定申告書付表（上場株式等に係る譲渡損失の繰越用）に記載した金額と同額である。
なお、株式等に係る譲渡所得等の金額の計算上生じた損失の金額については、租税特別措置法３７条の１０第１項後段の規定により生じなかったものとみなされることから、上記金額は零円となる。
ウ 所得控除の額の合計額（別表５平成２０年分⑧欄）
３１９万００７５円
上記金額は、原告が平成２０年分の所得税の確定申告書に記載した金額と同額である。
エ 課税総所得金額（別表５平成２０年分⑨欄）
６４２５万３０００円
上記金額は、上記アの総所得金額６７４４万３７０８円から上記ウの所得控除の額の合計額（別紙）
３１９万００７５円を控除した後の金額（ただし、通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額。以下同じ。）である。
オ 株式等に係る課税譲渡所得等の金額
零円
上記金額は、上記イのとおり、株式等に係る譲渡所得等の金額が零円となることから、課税譲渡所得等の金額も零円となる。
カ 納付すべき税額（別表５平成２０年分⑯欄）
５８７万０７００円
上記金額は、次の（ア）及び（イ）の各金額の合計額から次の（ウ）及び（エ）の各金額を控除した後の金額（ただし、通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額。以下同じ。）である。
（ア）課税総所得金額に対する税額（別表５平成２０年分⑪欄）２２９０万５２００円上記金額は、上記エの金額に所得税法８９条１項に規定する税率を乗じて計算した金額である。
（イ）株式等に係る課税譲渡所得等の金額に対する税額
零円
（ウ）源泉徴収税額（別表５平成２０年分⑭欄）
１６７０万１２９６円
上記金額は、次のａないしｃの各金額の合計額である。
ａ Ｄ大学による源泉徴収税額
１６７３円
上記金額は、原告が平成２０年分の所得税の確定申告書に記載したＤ大学からの給与所得に係る源泉徴収税額と同額である。
ｂ Ａによる源泉徴収税額
３６０万円
上記金額は、原告が平成２０年分の所得税の確定申告書に記載したＡからの給与所得に係る源泉徴収税額と同額である。
ｃ 本件経済的利益の額に係る源泉徴収税額（別表６平成２０年分計⑨欄）
１３０９万９６２３円
上記金額は、Ａが原告に対し本件経済的利益の供与をした際、所得税法１８３条１項及び２１６条の規定により、本件経済的利益の額に係る所得税を徴収し、これを国に納付しなければならない金額である。
（エ）予定納税額（別表５平成２０年分⑮欄）
３３万３２００円
上記金額は、原告が平成２０年分の所得税の確定申告書に記載した金額と同額である。
キ 翌期へ繰り越す株式等に係る譲渡損失の金額（別表５平成２０年分⑱欄）
６６万０３５１円
上記金額は、原告が平成２０年分の所得税の確定申告書に記載した金額と同額である。
（２）平成２１年分
ア 総所得全額（別表５平成２１年分①欄）
５１３６万１８３９円
上記金額は、次の（ア）ないし（ウ）の各金額の合計額である。
（ア）事業所得の金額（別表５平成２１年分②欄）
△２２１９万７２７６円
上記金額は、原告が平成２１年分の所得税の確定申告書に記載した金額と同額である。
（イ）不動産所得の金額（別表５平成２１年分③欄）
９６３万０８８９円
上記金額は、原告が平成２１年分の所得税の確定申告書に記載した金額と同額である。
（ウ）給与所得の金額（別表５平成２１年分④欄）
６３９２万８２２６円
（別紙）
上記金額は、次のａの金額からｂの金額を控除した残額である。
ａ 給与等の収入金額
６９０８万２３４４円
上記金額は、次の（ａ）及び（ｂ）の各金額の合計額である。
（ａ）確定申告における給与等の収入金額
３００５万５８６０円
上記金額は、原告が平成２１年分の所得税の確定申告書に記載した金額と同額である。
（ｂ）本件経済的利益の額（別表６平成２１年分計⑤欄）
３９０２万６４８４円
後記第５で述べるとおり、原告は、Ａから通常の利率よりも低い利率により金銭の借入れを行っていたと認められるところ、上記金額は、本件利息相当額と本件受取利息額との差額（本件経済的利益の額）であり、原告がＡから受けた経済的な利益の価額として所得税法２８条１項に規定する給与等に該当することから、給与等の収入金額に加算すべき金額である。
ｂ 給与所得控除額
５１５万４１１８円
上記金額は、平成２１年中の給与等の収入金額から控除される給与所得控除額であり、所得税法２８条３項の規定に基づき算出される金額である。
イ 株式等に係る譲渡所得等の金額（別表５平成２１年分⑦欄）
零円
（△２２９０万５０７６円）
上記括弧内の金額は、原告が平成２１年分の所得税の確定申告書付表（特定投資株式に係る譲渡損失の繰越控除用）に記載した金額と同額である。
なお、株式等に係る譲渡所得等の金額の計算上生じた損失の金額については、租税特別措置法３７条の１０第１項後段の規定により生じなかったものとみなされることから、上記金額は零円となる。
ウ 所得控除の額の合計額（別表５平成２１年分⑧欄）
２３３万９４２０円
上記金額は、原告が平成２１年分の所得税の確定申告書に記載した金額と同額である。
エ 課税総所得金額（別表５平成２１年分⑨欄）
４９０２万２０００円
上記金額は、上記アの総所得金額５１３６万１８３９円から上記ウの所得控除の額の合計額２３３万９４２０円を控除した後の金額である。
オ 株式等に係る課税譲渡所得等の金額
零円
上記金額は、上記イのとおり、株式等に係る譲渡所得等の金額が零円となることから、課税譲渡所得等の金額も零円となる。
カ 納付すべき税額（別表５平成２１年分⑯欄）
△７１７万１０８８円
上記金額は、次の（ア）及び（イ）の金額の合計額から次の（ウ）及び（エ）の各金額を控除した後の金額である。
（ア）課税総所得金額に対する税額（別表５平成２１年分⑪欄）１６８１万２８００円上記金額は、上記エの金額に所得税法８９条１項に規定する税率を乗じて計算した金額である。
（イ）株式等に係る課税譲渡所得等の金額に対する税額
零円
（ウ）源泉徴収税額（別表５平成２１年分⑭欄）
２２０５万３６８８円
上記金額は、次のａないしｄの各金額の合計額である。
（別紙）
ａ Ｄ大学による源泉徴収税額
１６７３円
上記金額は、原告が平成２１年分の所得税の確定申告書に記載したＤ大学からの給与所得に係る源泉徴収税額と同額である。
ｂ Ａによる源泉徴収税額
１０２０万円
上記金額は、原告が平成２１年分の所得税の確定申告書に記載したＡからの給与所得に係る源泉徴収税額と同額である。
ｃ 上場株式等の配当所得に係る源泉徴収税額
９万０３３５円
上記金額は、原告が平成２１年分の所得税の確定申告書に記載した上場株式等の配当所得に係る源泉徴収税額と同額である。
ｄ 本件経済的利益の額に係る源泉徴収税額（別表６平成２１年分計⑨欄）
１１７６万１６８０円
上記金額は、Ａが原告に対し本件経済的利益の供与をした際、所得税法１８３条１項及び２１６条の規定により、本件経済的利益の額に係る所得税を徴収し、これを国に納付しなければならない金額である。
（エ）予定納税額（別表５平成２１年分⑮欄）
１９３万０２００円
上記金額は、原告が平成２１年分の所得税の確定申告書に記載した金額と同額である。
キ 翌期へ繰り越す株式等に係る譲渡損失の金額（別表５平成２１年分⑱欄）
２３５６万５４２７円
上記金額は、原告が平成２１年分の所得税の確定申告書に記載した金額と同額である。
（３）平成２２年分
ア 総所得金額（別表５平成２２年分①欄）
６８２４万４１８２円
上記金額は、次の（ア）ないし（エ）の各金額の合計額である。
（ア）事業所得の金額（別表５平成２２年分②欄）
△２９８８万２６２２円
上記金額は、原告が平成２２年分の所得税の確定申告書に記載した金額と同額である。
（イ）不動産所得の金額（別表５平成２２年分③欄）
３３１１万０３４８円
上記金額は、原告が平成２２年分の所得税の確定申告書に記載した金額と同額である。
（ウ）給与所得の金額（別表５平成２２年分④欄）
４５８８万０１３７円
上記金額は、次のａの金額からｂの金額を控除した残額である。
ａ 給与等の収入金額
５００８万４３５５円
上記金額は、次の（ａ）及び（ｂ）の各金額の合計額である。
（ａ）確定申告における給与等の収入金額
３０００万円
上記金額は、原告が平成２２年分の所得税の確定申告書に記載した金額と同額である。
（ｂ）本件経済的利益の額（別表６平成２２年分計⑤欄）
２００８万４３５５円
後記第５で述べるとおり、原告は、Ａから通常の利率よりも低い利率により金銭の借入れを行っていたと認められるところ、上記金額は、本件利息相当額と本件受取利息額との差額（本件経済的利益の額）であり、原告がＡから受けた経済的な利益の価額として所得税法２８条１項に規定する給与等に該当することから、給与等の収入金額に加算すべき金額である。
（別紙）
ｂ 給与所得控除額
４２０万４２１８円
上記金額は、平成２２年中の給与等の収入金額から控除される給与所得控除額であり、所得税法２８条３項の規定に基づき算出される金額である。
（エ）総合譲渡・一時所得の金額（別表５平成２２年分⑤欄）
１９１３万６３１９円
上記金額は、原告が平成２２年分の所得税の確定申告書に記載した金額と同額である。
イ 分離長期譲渡所得の金額（別表５平成２２年分⑥欄）
１７０万７０６９円
上記金額は、原告が平成２２年分の所得税の確定申告書に記載した金額と同額である。
ウ 株式等に係る譲渡所得等の金額（別表５平成２２年分⑦欄）
零円
（△９２万０７１５円）
上記括弧内の金額は、原告が平成２２年分の所得税の確定申告書付表（特定投資株式に係る譲渡損失の繰越控除用）に記載した金額と同額である。
なお、株式等に係る譲渡所得等の金額の計算上生じた損失の金額については、租税特別措置法３７条の１０第１項後段の規定により生じなかったものとみなされることから、上記金額は零円となる。
エ 所得控除の額の合計額（別表５平成２２年分⑧欄）
２５８万９４２０円
上記金額は、原告が平成２２年分の所得税の確定申告書に記載した金額と同額である。
オ 課税総所得全額（別表５平成２２年分⑨欄）
６５６５万４０００円
上記金額は、上記アの総所得金額６８２４万４１８２円から上記エの所得控除の額の合計額２５８万９４２０円を控除した後の金額である。
カ 課税分離長期譲渡所得の金額（別表５平成２２年分⑩欄）
１７０万７０００円
上記金額は、上記イの分離長期譲渡所得の金額（ただし、通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）である。
キ 株式等に係る課税譲渡所得等の金額
零円
上記金額は、上記ウのとおり、株式等に係る譲渡所得等の金額が零円となることから、課税譲渡所得等の金額も零円となる。
ク 納付すべき税額（別表５平成２２年分⑯欄）
６８５万４１００円
上記金額は、次の（ア）ないし（ウ）の各金額の合計額から次の（エ）の金額を控除した後の金額である。
（ア）課税総所得金額に対する税額（別表５平成２２年分⑪欄）２３４６万５６００円上記金額は、上記オの金額に所得税法８９条１項に規定する税率を乗じて計算した金額である。
（イ）課税分離長期譲渡所得に対する税額（別表５平成２２年分⑫欄）
２５万６０５０円
上記金額は、上記カの金額に租税特別措置法３１条１項に規定する税率を乗じて計算した金額である。
（ウ）株式等に係る課税譲渡所得等の金額に対する税額
零円
（エ）源泉徴収税額（別表５平成２２年分⑭欄）
１６８６万７５４８円
上記金額は、次のａないしｃの各金額の合計額である。
ａ Ａによる源泉徴収税額
１０２０万円
（別紙）
上記金額は、原告が平成２２年分の所得税の確定申告書に記載したＡからの給与所得に係る源泉徴収税額と同額である。
ｂ 上場株式等の配当所得に係る源泉徴収税額
１１６万９６８８円
上記金額は、次の（ａ）及び（ｂ）の各金額の合計額である。
（ａ）上場株式等の配当所得に係る源泉徴収税額
１１６万７６８８円
上記金額は、原告が平成２２年分の所得税の確定申告書に記載した上場株式等の配当所得に係る源泉徴収税額と同額である。
（ｂ）上場株式等の配当所得に係る源泉徴収税額計算誤り
２０００円
上記金額は、原告が、平成２２年分の所得税の確定申告書に、銘柄名「Ｅ」の配当収入２０８万４６１６円に係る源泉徴収税額として記載した１４万３９２３円と、正当な源泉徴収税額である１４万５９２３円（２０８万４６１６円×７パーセント）との差額であり、上場株式等の配当所得に係る源泉徴収税額とされる金額である。
ｃ 本件経済的利益の額に係る源泉徴収税額（別表６平成２２年分計⑨欄）
５４９万７８６０円
上記金額は、Ａが原告に対し本件経済的利益の供与をした際、所得税法１８３条１項及び２１６条の規定により、本件経済的利益の額に係る所得税を徴収し、これを国に納付しなければならない金額である。
ケ 翌期へ繰り越す株式等に係る譲渡損失の全額（別表５平成２２年分⑱欄）
２４４８万６１４２円
上記金額は、原告が平成２２年分の所得税の確定申告書に記載した金額と同額である。
２ 本件各更正処分の適法性
被告が本訴において主張する原告の本件各年分の所得税に係る総所得金額等、納付すべき税額及び翌期へ繰り越す株式等に係る譲渡損失の金額は、それぞれ上記１（１）ア、カ及びキ、同（２）ア、カ及びキ、同（３）ア、イ、ク及びケのとおりであり、これらの金額は、本件各更正処分における総所得金額等、納付すべき税額及び翌期へ繰り越す株式等に係る譲渡損失の金額といずれも同額であるから、本件各更正処分は適法である。
３ 本件各賦課決定処分の根拠及び適法性
上記２のとおり、本件各更正処分はいずれも適法であるところ、本件各更正処分により原告が新たに納付すべき税額については、その計算の基礎となった事実について、原告がこれをその計算の基礎としなかったことに、通則法６５条４項所定の「正当な理由」があるとは認められない。
したがって、原告に課されるべき過少申告加算税の額は、本件各更正処分により原告が新たに納付すべきこととなる税額を基礎として、次の（１）ないし（３）のとおり計算した金額となり、これらの金額は、本件各賦課決定処分の額といずれも同額であるから、本件各賦課決定処分は適法である。
（１）平成２０年分（別表５平成２０年分⑰欄）
３３万円
上記金額は、平成２０年分の所得税の更正処分により原告が新たに納付すべきこととなる税額３３０万円（ただし、通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後の金額。以下同じ。）を基礎として、これに通則法６５条１項の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて計算した金額である。
（別紙）
（２）平成２１年分（別表５平成２１年分⑰欄）
２６万４０００円
上記金額は、平成２１年分の所得税の更正処分により原告が新たに納付すべきこととなる税額２６４万円を基礎として、これに通則法６５条１項の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて計算した金額である。
（３）平成２２年分（別表５平成２２年分⑰欄）
２１万３０００円
上記金額は、平成２２年分の所得税の更正処分により原告が新たに納付すべきこととなる税額２１３万円を基礎として、これに通則法６５条１項の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて計算した金額である。
別表５被告主張の総所得金額、納付すべき税額及び過少申告加算税等
（単位：円）
年分
平成20年分
平成21年分
平成22年分
総所得金額
①
67,443,708
51,361,839
68,244,182
内訳
事業所得の金額
②
△ 6,073,474
△ 22,197,276
△ 29,882,622
不動産所得の金額
③
22,744,094
9,630,889
33,110,348
給与所得の金額
④
50,773,088
63,928,226
45,880,137
総合譲渡・一時
所得の金額
⑤－－
19,136,319
分離長期譲渡所得の金額
⑥－－
1,707,069
株式等に係る譲渡所得等
の金額
⑦
（△660,351）
（△22,905,076）
（△920,715）
所得控除の額の合計額
⑧
3,190,075
2,339,420
2,589,420
課税総所得金額
⑨
64,253,000
49,022,000
65,654,000
課税分離長期
譲渡所得の金額
⑩－－
1,707,000
算出税額
⑨に対する税額
⑪
22,905,200
16,812,800
23,465,600
⑩に対する税額
⑫－－
256,050
合計
⑬
22,905,200
16,812,800
23,721,650
源泉徴収税額
⑭
16,701,296
22,053,688
16,867,548
予定納税額
⑮
333,200
1,930,200
－
納付すべき税額
⑯
5,870,700
△7,171,088
6,854,100
過少申告加算税
⑰
330,000
264,000
213,000
翌年へ繰り越す株式等に
係る譲渡損失の金額
⑱
660,351
23,565,427
24,486,142
（注）「②」欄の「△」は損失金額を表し、「⑯」欄の「△」は還付金額を表す。別表６及び別表７省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2015/pdf/12669.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。