税務訴訟資料第２６５号－１１５（順号１２６９８）
東京高等裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分等取消請求控訴事件
国側当事者・国（下館税務署長）
平成２７年７月１６日棄却・上告受理申立て
（第一審・東京地方裁判所、平成●●年（○○）第●●号、平成２７年１月２７日判決、本資料２６５号－１１・順号１２５９４）
判決
控訴人株式会社Ｂ
（旧商号株式会社Ａ）
代表者代表取締役甲
訴訟代理人弁護士井上康一
同矢向孝子
被控訴人国
代表者法務大臣上川陽子
処分行政庁下館税務署長
神保正
指定代理人青木朝子
同齋藤誠密
同小原弘行
同杉山泰久
同村手康之
同長澤聡子
主文
１ 本件控訴をいずれも棄却する。
２ 控訴費用は控訴人の負担とする。
事実及び理由
第１ 控訴の趣旨
１ 原判決を取り消す。
２ 下館税務署長が平成２３年６月１５日付けで控訴人に対してした控訴人の平成１７年４月１日から平成１８年３月３１日までの事業年度の法人税に係る更正処分のうち所得金額４億９３８５万８８５３円、差引所得に対する法人税額１億２６００万４１００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分をいずれも取り消す。
３ 下館税務署長が平成２３年６月１５日付けで控訴人に対してした控訴人の平成１８年４月１日から平成１９年３月３１日までの事業年度の法人税に係る更正処分のうち所得金額９億６５３７万４３５９円、差引所得に対する法人税額２億８１３０万１２００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分をいずれも取り消す。
４ 下館税務署長が平成２３年６月１５日付けで控訴人に対してした控訴人の平成１９年４月１日から平成２０年３月３１日までの事業年度の法人税に係る更正処分のうち所得金額６億４５７７万３０１９円、差引所得に対する法人税額１億７４０２万３４００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分をいずれも取り消す。
５ 下館税務署長が平成２３年６月１５日付けで控訴人に対してした控訴人の平成２０年４月１日から平成２１年３月３１日までの事業年度の法人税に係る更正処分のうち所得金額１６万２８６４円、差引所得に対する法人税額０円を超える部分を取り消す。
６ 下館税務署長が平成２３年６月１５日付けで控訴人に対してした控訴人の平成２１年４月１日から平成２２年３月３１日までの事業年度の法人税についての更正処分のうち所得金額１億２４３９万２２１０円、差引所得に対する法人税額２５４８万８０００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分をいずれも取り消す。
７（第４項が認められない場合の予備的請求）
下館税務署長は、控訴人に対し、控訴人の平成１９年４月１日から平成２０年３月３１日までの事業年度の法人税について、所得金額６億４５７７万３０１９円、差引所得に対する法人税額を１億７４０２万３４００円とする更正処分をせよ。
８（第５項が認められない場合の予備的請求）
下館税務署長は、控訴人に対し、控訴人の平成２０年４月１日から平成２１年３月３１日までの事業年度の法人税について、所得金額１６万２８６４円、差引所得に対する法人税額を０円とする更正処分をせよ。
第２ 事案の概要等
１ 事案
本件は、下館税務署長が、平成２３年６月１５日、控訴人に対し、①控訴人が控訴人の創業者の配偶者である乙（以下「乙」という。）に対する給与として支払った金員（以下「本件金員」という。）は、法人税法３７条に規定する寄附金の額に該当するから、損金に算入される限度額を超える金額は損金の額に算入されない、②原判決別表１記載の固定資産税及び都市計画税（以下「本件固定資産税等」という。）は、その賦課決定通知書の交付を受けるまで確定するものではないから、同通知書の交付を受けた日の属する事業年度の損金の額に算入される、③控訴人が所有していた原判決別表２の各「銘柄」欄記載の株式を譲渡したこと（以下、この譲渡を「本件譲渡」といい、この譲渡に係る株式をまとめて「本件譲渡株式」という。）により生じた損失として損金の額に算入した本件譲渡株式の譲渡価額と譲渡時における適正価額（以下「時価」という。）との差額（以下「本件譲渡差額」という。）は寄附金に該当するから、損金に算入される限度額を超える金額は損金の額に算入されない、④株式会社Ｃ（以下「Ｃ」という。）から平成１９年９月２９日に１株当たり６６１円で譲り受けた株式会社Ｄ銀行（以下「Ｄ銀行」という。）の株式４２万２５００株（以下、同株式を「本件譲受株式」といい、同株式の譲受けを「本件譲受け」という。）の譲受価額と譲受け時における時価との差額（以下「本件譲受差額」という。）は、受贈益として益金の額に算入しなければならないなどとして、平成１７年４月１日から平成１８年３月３１日までの事業年度（以下「平成１８年３月期」という。）、同年４月１日から平成１９年３月３１日までの事業年度（以下「平成１９年３月期」という。）、同年４月１日から平成２０年３月３１日までの事業年度（以下「平成２０年３月期」という。）及び平成２１年４月１日から平成２２年３月３１日までの事業年度（以下「平成２２年３月期」という。）の各期についてそれぞれ増額更正処分及び過小申告加算税賦課決定処分並びに平成２０年４月１日から平成２１年３月３１日までの事業年度（以下「平成２１年３月期」という。）について減額更正処分（以下「平成２１年３月期減額更正処分」という。）を同時に行った（以下「連年同時更正」という。）ことから、控訴人が、これらを不服として、㋐上記の各更正処分（以下「本件各更正処分」という。）及び上記の各過少申告加算税賦課決定処分（以下、同処分を「本件各賦課決定処分」といい、同処分と本件各更正処分と併せて「本件各更正処分等」という。）の取消しを求め、㋑平成２０年３月期に係る増額更正処分（以下「平成２０年３月期増額更正処分」という。）及び平成２１年３月期減額更正処分のうち、各期の確定申告における申告所得及び申告税額を下回る部分について取消しが認められない場合の予備的請求として、確定申告における申告所得及び申告税額を下回る控訴人が主張する所得金額及び法人税額とする減額更正処分を行うことの義務付けを求めた事案である。
２ 原判決
原審における争点は、本案前のものとしては、①平成２０年３月期増額更正処分及び平成２１年３月期減額更正処分の各取消しを求める訴えのうち、各期の確定申告における申告所得及び申告税額を下回る部分の取消しを求める部分の訴えの適法性、②平成２０年３月期及び平成２１年３月期の各確定申告における申告所得及び申告税額を下回る控訴人が主張する所得金額及び法人税額とする減額更正処分をすることの義務付けを求める訴えの適法性であり、本案については、③平成１８年３月期、平成２０年３月期及び平成２１年３月期に係る乙へ支給した本件金員の寄附金該当性、④平成１９年３月期、平成２０年３月期、平成２１年３月期及び平成２２年３月期に係る本件固定資産税等の損金算入時期、⑤平成２０年３月期及び平成２１年３月期に係る本件譲渡差額の寄附金認定の適法性、⑥平成２０年３月期に係る本件譲受差額の受贈益課税の適法性、⑦本件譲渡及び本件譲受けに係る過少申告について平成２３年法律第１１４号による改正前の国税通則法（以下「通則法」という。）６５条４項にいう「正当な理由」の有無である。
原審は、平成２０年３月期増額更正処分のうち、確定申告における申告所得及び申告税額を超えない部分の取消しを求める部分の訴え及び平成２１年３月期減額更正処分の取消しを求める訴えにつき、申告納税方式及び更正の請求の制度の趣旨に照らせば、特段の事情がある場合を除き、申告に係る納付すべき税額を下回る部分については、更正の請求の手続を経ない限り、抗告訴訟において取消しを求めることはできないというべきところ、控訴人において、平成２０年３月期及び平成２１年３月期の各確定申告について通則法２３条による更正の請求が客観的に困難であったということはできないから、かかる更正の請求の手続を経ていない平成２０年３月期増額更正処分のうち平成２０年３月期の確定申告における申告所得及び申告税額を下回る部分について取消しを求める部分の訴え、並びに、かかる更正の請求の手続を経ておらず、かつ、減額する内容の更正処分がされていることから確定申告における申告所得及び申告税額を下回る部分のみの取消しを求める平成２１年３月期減額更正処分の取消しを求める訴えは、不適法であるとして、これらを却下し、平成２０年３月期及び平成２１年３月期の各確定申告の申告所得及び申告税額を下回る控訴人が主張する所得金額及び法人税額とする減額更正処分を行うことの義務付けを求める各予備的請求に係る訴えも、申告に係る納付すべき税額を下回る部分については、上記のとおり更正の請求の手続を経るべきものであるし、申告に係る納付すべき税額を超える部分については適法に取消訴訟が提起されているから、行政事件訴訟法３７条の２第１項の要件を欠き、不適法であるとして、これらを却下し、その余の本件各更正処分の取消請求は、いずれも適法であり、本件各賦課決定処分の取消請求も、本件譲渡及び本件譲受けに係る過少申告について通則法６５条４項にいう「正当な理由」は認められず、適法であるとして、これらを棄却した。
３ 控訴人は、原判決を不服として控訴したが、その控訴理由では、原審の判断中、上記２の争点①及び②のうち、平成２１年３月期減額更正処分に係る各訴えに関するもの（以下、争点①に関するものを「当審争点１」といい、争点②に関するものを「当審争点２」という。）、同争点③に関するもの（以下「当審争点３」という。）、同争点⑤のうち、本件譲渡株式のうちの原判決別表２－２のＤ銀行株式の譲渡（以下「本件Ｄ銀行株式譲渡」という。）に係る譲渡差額（以下「本件Ｄ銀行株式譲渡差額」という。）の寄附金認定の適法性に関するもの（以下「当審争点４」という。）並びに同争点⑥に関するもの（以下「当審争点５」という。）に限定して不服の対象としている。したがって、当審における審理の対象は、以上の当審争点１ないし５である。
４ 法令の定め
本件に関係する法令の定めは、原判決の「事実及び理由」中の「第２事案の概要」の「１法令の定め」（原判決４頁１９行目から７頁１７行目まで）に記載のとおりであるから、これを引用する。
５ 前提事実
次のとおり補正するほかは、原判決の「事実及び理由」中の「第２事案の概要」の「２前提事実」（原判決７頁１８行目から１０頁４行目まで）に記載のとおりであるから、これを引用する。
原判決１０頁１行目の「及び」を「、」と改め、同頁２行目の「根拠及び適法性」の次に「及び本判決別紙「平成２１年３月期法人税更正処分の根拠及び適法性」」を加える。
６ 当審争点１ないし５に関する当事者の主張の要旨
（１）以下のとおり原判決を補正し、下記（２）ないし（４）のとおり当審における当事者の主張を付加するほかは、原判決の「事実及び理由」中の「第２事案の概要」の「４争点に関する当事者の主張の要旨」の（１）ないし（３）（争点①ないし③に係る主張。原判決１０頁２３行目から１６頁８行目まで）、（５）及び（６）（争点⑤及び⑥に係る主張。原判決１７頁２６行目から２３頁２２行目まで）に記載のとおりであるから、これを引用する。
ア 原判決１５頁１５行目の「同人」を「乙」と、同頁２２行目の「同氏の在職中の」を「乙の控訴人在職中における」とそれぞれ改める。
イ 原判決１９頁１７行目の「困難であるからおよそ」を「困難であるから、当該移転価格は」と改める。
ウ 原判決２１頁２６行目の「同社」を「Ｉ」と改める。
エ 原判決２２頁８行目の「同株式の原告の保有株式数」を「控訴人のその保有株式数」と、同頁９行目の「同株式の」を「株式の」と、同頁１０行目の「価格が下落する」を「Ｄ銀行の株式価格が下落する」とそれぞれ改める。
（２）当審争点１及び２について
ア 控訴人の主張
（ア）控訴人が、平成２１年３月期減額更正処分のうち、平成２１年３月期の確定申告における申告所得及び申告税額を下回る額である所得金額１６万２８６４円、差引所得に対する法人税額０円を超える部分の取消し又はその内容の減額更正処分を行うことの義務付けを求めているのは、平成２１年３月期減額更正処分においては、連年同時更正に伴う平成２１年３月期より前の事業年度の減算項目として、減価償却費の償却限度超過額の損金算入額、事業税の損金算入額、本件譲受株式の取得価額のグロスアップに伴う有価証券売却損（以下、これらを「本件減算項目」という。）に係る損金算入額を減算しつつ、平成２１年３月期の寄附金等の損金算入を否認して（以下、これを「本件加算項目」という。）、これを益金に加算したことにより、本件減算項目に係る所得金額及び税額の減額が一部しかされなかったことから、本件加算項目について争い、本件減算項目に係る所得金額及び税額の減額を全部認めてもらうためである。
原審は、連年同時更正に伴う平成２１年３月期より前の事業年度の本件減算項目についても、加算・減算の発生の原因となる事実は確定申告時に存在していたから、控訴人において通則法２３条１項による更正の請求をすることが可能であったというが、本件減算項目は後発的事由に基づく更正の請求の特例である平成２３年法律第１１４号改正前の法人税法（以下「法人税法」という。）８０条の２による更正の請求の事由に該当すること、また、納税申告制度における課税標準、税額等の申告は、納税者たる私人のする行為であるが、納付すべき税額の確定という公法上の法律効果が付与されているから（通則法１６条１項１号）、ある事業年度の納税申告に当たっては、それより前の事業年度の申告により確定している課税標準、税額等が当該ある事業年度の課税標準等の計算の基礎となり、仮に当該それより前の事業年度の申告が誤っていたとしても、当該それより前の事業年度に係る更正が行われるまでは、当該ある事業年度については更正の請求の原因となる事実は生じていないというべきであることからすれば、本件減算項目は、平成２１年３月期の確定申告時には存在せず、平成２３年６月１５日に連年同時更正としてされた本件各更正処分により初めて存在することになったものであるから、控訴人が平成２１年３月期の確定申告について法定の期間内に通則法２３条１項による更正の請求をすることは不可能であった。
（イ）原審は、平成２１年３月期について、それより前の事業年度の更正の基礎となった事実に直接基因して法人税額が過大となった部分につき、税務署長が職権で更正を行っているから、控訴人が法人税法８０条の２に基づく更正の請求をする余地はないというが、上記（ア）のとおり、下館税務署長は、控訴人が同条に基づいて更正の請求をすることが可能な本件減算項目に係る所得金額及び税額の減額について、新たな加算項目を認定してそれに係る加算額と差し引きすることにより、本件減算項目に係る減算額の一部に当たる減額をした所得金額で平成２１年３月期減額更正処分をしているのである。しかし、控訴人は、本件加算項目を認めるものではないから、本件加算項目の認定は違法なものとして、本来減額すべき本件減算項目に係る減算額全部を減額した所得金額及び税額で減額更正をするように更正の請求を行うことができると解するべきである。しかるに、控訴人は本件減算項目の発生原因となる平成２０年３月期に係る本件譲受株式の受贈益課税を争っているから、控訴人が当該受贈益課税を前提として平成２１年３月期の法人税について法人税法８０条の２による更正の請求をすることは、事実上不可能であった。
（ウ）以上のとおり、控訴人は、平成２１年３月期の法人税に関し、連年同時更正に伴う本件減算項目について、通則法２３条１項による更正の請求を行うことは理論的に不可能であり、法人税法８０条の２に基づく更正の請求を行うことは事実上不可能であったから、平成２０年３月期増額更正処分のうち、本件譲受差額の受贈益課税が否定されることによる同更正処分の取消請求が認められなかった場合には、平成２１年３月期減額更正処分につき、申告に係る納付すべき税額を下回るものであっても、本件減算項目による減算額全部を減額した所得金額及び税額を超える部分の取消しが認められるべきであり、そうでなければ、本件減算項目による減算額全部を減額した所得金額及び税額とする減額更正処分を行うことの義務付けが認められるべきである。
イ 被控訴人
（ア）通則法２３条１項の更正請求の可能性について
法人税法８０条の２が通則法２３条１項による更正の請求ができる期間の経過後に発生する後発的事由に基づき特例的に認められるものであることと、本件において連年同時更正による加算・減算項目の発生の原因となる事実がどの時点から存在するかという問題とは、直接結びつくものではない。本件においては、加算・減算項目の原因となる事実そのものは、確定申告時に存在していたのであるから、控訴人が通則法２３条１項の更正の請求をすることが客観的に困難であったとはいえない。
控訴人が通則法２３条１項の更正の請求の手続を経ていない以上、平成２１年３月期の確定申告における申告所得及び申告税額を超えない所得金額及び税額とする内容の平成２１年３月期減額更正処分の取消し等を求める各訴えは不適法である。
（イ）法人税法８０条の２の適用可能性について
平成２１年３月期減額更正処分をするに当たり、下館税務署長が違法に減算項目に係る減算額を減額している事実はない。また、平成２１年３月期の確定申告における申告所得及び申告税額がそれより前の事業年度の更正の基礎となった事実に直接起因して過大となる部分については、平成２１年３月期減額更正処分において職権で減額しているから、平成２１年３月期の所得税について、法人税法８０条の２の適用の余地はなく、控訴人の主張は前提を欠くものである。
（３）当審争点３について
ア 控訴人
本件金員の乙への支払は、控訴人と乙との間に成立している支給合意に基づくものであり、乙の創業時の多大な貢献、退職前の労務・功績への対価と個別具体的な労務の提供に対するものとは別の乙が控訴人の象徴的存在・立場にあるという地位に対する顧問料的対価という複合的性格を有するものである。
乙に対する本件金員に関する聴き取り調査が行われた時の乙は、判断能力が不十分な状態であったから、その聴取結果（乙の発言内容）は、本件金員の性格判断をする資料とはなり得ない。
イ 被控訴人
控訴人の上記主張は、原審において控訴人が本件金員についてしていた、乙が控訴人の象徴である創業者丁の胸像や神社の手入れを行って従業員の求心力を高め、創業の地の近隣住民との良好な関係を維持するのに貢献しているなどの乙の顧問としての労務提供に対する支給であるとの主張と相容れないものである。本件金員の支給については、これを受けるに見合う対価性のある乙の行為も、経済取引上の合理的理由も認められない。
（４）当審争点４及び５について
ア 控訴人
法人税法６１条の２第１項１号に定める「譲渡に係る対価の額」、法人税法３７条８項に定める「当該資産のその譲渡の時における価額」がいずれも時価であり、また、本件譲受株式の譲受価格と時価との差額が益金の額に算入されるべきであるとしても、本件Ｄ銀行株式譲渡及び本件譲受け（以下、これらをまとめて「本件Ｄ銀行株式取引」という。）の各時点におけるＤ銀行の株式の時価は、いずれも当該取引が行われた日（同日が証券取引所の休場日であるときは、その前直近の同取引所の開場日。以下、単に「取引日」という。）のＨ証券取引所（以下「Ｈ」という。）の終値であるとした原審の判断は、以下の点からして誤りであるし、仮に、上場株式について、特段の事情がない限り、Ｈの終値をもって時価とする見解に立つとしても、本件においては特段の事情があるというべきである。
（ア）市場における大量取引による価格下落（流動性）リスク
本件Ｄ銀行株式取引の取引日におけるＤ銀行の株式の時価の根拠をＨの市場取引価額に求めるのであれば、Ｈにおいて、本件Ｄ銀行株式取引と同様の大量取引が行われた場合の価格下落（流動性）のリスクを考慮する必要がある。本件Ｄ銀行株式取引における取扱株式数は、取引日の市場出来高の１０パーセントをはるかに超えるものであり、かかる大量のＤ銀行の株式を市場で売り買いしようとすると、値崩れを招いたことは疑いがなく、取引日の終値で売買できたという想定は成り立たない。このことは、政府がＮＴＴ株式の売却方法を見直す基礎となった財政制度等審議会の国有財産分科会株式部会において、市場価格に影響を与えずに市場で売却できる株式数は出来高の１０パーセント程度であるとの試算が著明な証券会社からなされていることからも明らかである。
（イ）非関連の独立当事者間の株式の相対取引において成立する価額
株式の時価の認定に当たり、グループ会社内の相対取引であることを理由として、大量の株式取引による価格下落（流動性）リスクを考慮しないというのであれば、上場株式の非関連者間の相対取引において形成される価格が考慮されるべきである。一般に入手可能な情報に基づく上場株式の相対取引や、機関投資家による大口の立会外取引であるＮ取引の単一銘柄取引では、立会市場の直近取引価格の上下７パーセント以内の幅で取引が成立することが見込まれていることなどに照らすと、非関連の独立当事者間の株式の相対取引において本件Ｄ銀行株式取引と同様の大量取引を行った場合、その取引日のＨの終値で取引が行われたであろうという想定は全く成り立たない。
また、上場会社が主要株主や大株主との事前協議に基づいて市場価格を下回る価格での公開買付け（いわゆるディスカウントＴＯＢ）を行う場合のＴＯＢ価格は、主要株主や大株主と上場会社間の相対取引における時価として認められている。
そして、証券会社が大口投資家向けに独自に提供する取引執行サービスであるダークプールを利用すれば、電子取引の画面上で投資家同士が交渉し、株価変動の材料となる大口の注文情報を非公開としたまま、大口の上場株式売買を成立させることができ、立会市場の直近取引価格の上下７パーセント以内の幅であれば取引が成立することが見込まれている。平成２２年３月以降、ダークプールによる取引が私設取引システムの認可を取得しない限り、Ｎ市場での執行を義務付けられるようになって、大口取引を行う機関投資家が、立会取引からダークプールの利用による立会外取引へ移行する顕著な傾向があり、まさに一株二価の状況となっている。
（ウ）Ｄ銀行は、その平成２０年９月の中間決算及び平成２１年３月期決算が経常利益の減少により赤字決算となるなど業績が悪化し、株価が値下がりする傾向にあったことが明らかであったことからすれば、本件Ｄ銀行株式取引の各当時、本件Ｄ銀行譲渡株式及び本件譲受株式がその取引日のＨの終値で売買可能であるという想定はますます成り立たない。
イ 被控訴人
関連会社間の相対取引による上場株式の時価については、特段の事情がない限り、上場された証券取引所における当該株式の取引日の終値をもって、自由競争の原理によって形成された適正な価額と認めるのが相当であり、このことは、日本公認会計士協会が公表した「金融商品会計に関する実務指針」の定めや、法人税法施行令１１９条の１３の第１号の規定からも裏付けられる。そして、本件Ｄ銀行株式取引につき、上記特段の事情はない。
（ア）控訴人の主張（ア）について
控訴人及び控訴人グループ内法人においては、本件Ｄ銀行株式取引を行うについて、市場取引を選択することは想定されておらず、市場取引をする場合に生じる事態を引き合いに出して原判決を非難する主張は理由がない。
控訴人が主張する政府によるＮＴＴ株式の売却による価額形成等は、本件Ｄ銀行株式取引とは全く事案を異にするものであり、控訴人の主張を裏付けるものではない。
（イ）控訴人の主張（イ）について
公開買付けは、不特定かつ多数の者に対し、公告により株券等の買付け又は売付けの申込みの勧誘を行い、取引所金融商品市場外で株券等の買付け又は売付けを行うことをいうところ、発行会社による自己株式（上場株式等の場合）に対する公開買付けについては、金融商品取引法２７条の２２の２以下において規制が定められ、発行会社以外の者による公開買付けに関する同法２７条の２以下の規定が準用されて、取引の透明性の確保、適正な情報開示、公開買付けにおける均等な売却の機会などが図られている。このほか、公開買付けが利用される取引では、金融商品取引法や金融商品取引所の適時開示に関する規則のみならず、会社法、独占禁止法、対象者の事業を規制する各種の事業規制法、外為法等の様々な法令やルールが複雑に適用される。このような、取引の透明性の確保、適正な情報開示、均等な売却の機会が保障されているディスカウントＴＯＢと、グループ内の法人間の非公開の相対取引である本件Ｄ銀行株式取引とは明らかに事案を異にするものであり、同列に論じることはできない。
ダークプールによる取引は、第三者間の取引であり、自由競争原理が一定程度働くものと考えられるのに対し、本件Ｄ銀行株式取引のような関連会社間で行われる取引では取引価格が合理的な理由もなく恣意的に決定されることがあり得ることや、課税の公平の観点からすると、ダークプール取引での価格帯の存在をもって、市場取引の終値に一定の幅を持たせた金額を時価と認めるべきではない。また、日本の株式取引の８割は証券取引所の立会取引であり、ダークプール取引はその５ないし７パーセント程度にすぎないから、本件Ｄ銀行株式取引のような関連会社間の相対取引における上場株式の時価は、市場を通じた不特定多数の当事者間の自由な取引によって成立し、一般に時価として広く認識され利用されている証券取引所の取引日の終値とするのが合理的というべきである。
（ウ）控訴人の主張（ウ）について
Ｄ銀行の株式価格が下落傾向にあったことや、Ｄ銀行の赤字決算が見込まれていたことは、広く一般に知れ渡っていた情報であり、Ｄ銀行の株式取引における市場価格は、かかる情報を織り込んで形成されたものであるから、かかる事情は、本件Ｄ銀行株式取引が行われた取引日の市場価格（終値）を同株式の時価とみることを不当とする特段の事情に当たるものということはできない。
第３ 当裁判所の判断
１ 当審争点１及び２について
当裁判所も、平成２１年３月期減額更正処分の取消しを求める訴えは不適法であり、また、控訴人の主張額による減額更正処分の義務付けを求める訴えも不適法であると判断する。その理由は、以下において当審における控訴人の主張に対する判断を付加するほかは、原判決の「事実及び理由」中の「第３当裁判所の判断」の１の（２）及び（３）並びに同２（原判決２５頁９行目から２８頁１９行目まで。ただし、原判決２８頁１６行目の「抗告訴訟」を「義務付け訴訟」と改め、平成２０年３月期に関する部分を除く。）に記載のとおりであるから、これを引用する。
（１）当審争点１について
（ア）本判決別表記載のとおり、平成２１年３月期減額更正処分は、平成２１年３月期の所得金額及び法人税額を、控訴人が問題とする本件加算項目に係る所得金額を加算しても、確定申告における申告所得及び申告税額より下回るものにしたものである（順号①、⑫、⑰及び⑱参照）。そうすると、平成２１年３月期減額更正処分は、確定申告により確定した納付義務の一部を排除する効力を有する処分であるから、控訴人にとって有利な処分であり、この点において、控訴人にはその取消しを求める訴えの利益はないというべきである。
（イ）控訴人は、本件減算項目は平成２３年６月１５日の連年同時更正として行われた本件各更正処分によって後発的に生じたものであるから、平成２１年３月期の確定申告について本件減算項目に係る通則法２３条１項による更正の請求をすることは不可能であった旨主張する。
上記主張は、原審での主張と同じものであり、同主張が採用できないものであることは、引用に係る原判決の「事実及び理由」中の「第３当裁判所の判断」の１（２）イ（原判決２６頁３行目から同頁２６行目まで）に説示するとおりである。
（２）次に、控訴人は、平成２０年３月期増額更正処分における本件譲受株式の受贈益課税を争っているから、控訴人が当該受贈益課税を前提として平成２１年３月期の法人税について法人税法８０条の２に基づく更正の請求をすることは事実上不可能である旨主張する。
しかし、平成２０年３月期増額更正処分は、その公定力により、これが取り消されるまでは有効なものとして扱われ、また、更正の請求それ自体は確定申告のように税額を確定する効力を有するものではないから、控訴人において、平成２０年３月期増額更正処分を不服として争うとともに、平成２１年３月期減額更正処分について、平成２０年３月期増額更正処分を前提として、法人税法８０条の２による更正の請求をすることは、法的に制限されるものではない。もっとも、平成２０年３月期増額更正処分を不服として争うことと、同更正処分を前提として平成２１年３月期減額更正処分の更正の請求を行うことは、内容的に矛盾する主張を行うことになるから、控訴人においては両方を同時に行うことの困難性を感じるとしても、それはあくまで事実上のものであって、更正の請求をしなかった場合に更正の請求に代わる救済を認め得る根拠となるものではない。
（３）当審争点２について
当審争点２に係る控訴人の主張も、原審での主張と同じものであり、同主張が採用できないものであることは、引用に係る原判決（ただし、補正後のもの）の「事実及び理由」中の「第
３ 当裁判所の判断」の２（原判決２７頁２４行目から２８頁１９行目まで）に説示したとおりである。
２ 当審争点３について
（１）当裁判所も、本件金員は法人税法３７条にいう寄附金に該当すると判断する。その理由は、次のとおり原判決を補正し、次項のとおり当審における控訴人の主張についての判断を付加するほかは、原判決の「事実及び理由」中の「第３当裁判所の判断」の３（原判決２８頁２０行目から３１頁１７行目まで）記載のとおりであるから、これを引用する。
ア 原判決２８頁２４行目の「同人」を「乙」と改める。
イ 原判決３０頁６行目から７行目にかけての「そのいずれであれ労務提供の対価といえる点で」を「そのいずれであっても、労務提供の対価といえる性質を有する金員を意味するものと解されるから、」と改める。
ウ 原判決３１頁１行目の「上記支給」を「乙に対する本件金員の支給」と、同頁３行目の「判断」を「被控訴人の判断」と、同頁４行目及び６行目の各「同人」をいずれも「乙」とそれぞれ改め、同頁１０行目の「点はないこと、」の後に「調査官の乙に対する質問事項は複雑なものではなく、乙において理解できない内容のものとはいえず（乙９）、」を加え、同頁１１行目の「しっかりしていること」を「しっかりしているというものであること」と、同頁１２行目の「原告の給料について確認すると」を「本件金員について」とそれぞれ改める。
（２）控訴人は、本件金員は乙が控訴人の象徴的存在・立場にあるという地位に対する顧問料的対価という性質を有すると主張する。
しかし、本件の各事業年度当時、乙が控訴人の象徴的存在・立場にある地位にあるとしても、控訴人が乙の当該地位を控訴人の業務に関連づけて利用等していることを窺わせる証拠はなく、控訴人の業務と直接的な関係性があるものとは認められないものであるし、創業時の状況を知る従業員も少なくなった状況の下で、創業者本人ではなくその妻に対価性を有するほどの貢献を認め得る象徴としての存在性があるということは認め難く、間接的な関連性の観点からも、対価性を有するものとは解し難い。したがって、控訴人の上記主張は採用することができない。
３ 当審争点４及び５について
（１）当裁判所も、Ｈの上場株式について、低額譲渡ないし低額譲受けの判断の前提となる譲渡時ないし譲受け時における時価とは、特段の事情のない限り、Ｈの当該取引日の終値と解するのが相当であり、また、本件においては上記特段の事情はないと解する。その理由は、原判決を次のとおり補正し、下記（２）ないし（５）において当審における控訴人の主張に対する判断を付加するほかは、原判決の「事実及び理由」中の「第３当裁判所の判断」の５の（１）ないし（３）（原判決３３頁２６行目から４１頁１５行目まで。ただし、本件Ｄ銀行株式取引以外の株式に関する部分を除く。）及び同６の（１）ないし（３）（原判決４１頁１９行目から４２頁１５行目まで）に記載のとおりであるから、これを引用する。
ア 原判決３５頁１４行目の「同資産」を「当該資産」と改める。
イ 原判決３７頁７行目の「近時では取引所外取引」を「株式の取引につき、近時では証券取引所外取引」と、同頁１０行目の「同取引所」を「証券取引所」と、同頁２４行目の「する」を「している」とそれぞれ改める。
ウ 原判決４０頁４行目の「同条８項」を「同項」と、同頁１２行目の「明らかであり」を「明らかというべきであり」とそれぞれ改め、同頁１５行目の冒頭に「ウ」を加え、同頁２４行目の「ところであるが」を「ので」と改める。
エ 原判決４１頁２４行目、同頁２５行目、同頁２６行目から４２頁１行目にかけての各「譲受時」をいずれも「譲受け時」と改める。
オ 原判決４２頁４行目の「この場合に」から６行目末尾までを「この場合に益金の額に算入すべき収益の額は、当該資産の譲受けの対価の額と譲受け時における時価との差額になると解される。」と改める。
（２）控訴人は、Ｈにおける市場価格に時価の根拠を求めるのであれば、本件Ｄ銀行株式取引は、市場における出来高の１０パーセントをはるかに超える大量取引であるから、かかる大量取引が市場においてなされた場合の価格下落（流動性）リスクを考慮するべきであると主張する。
しかし、本件Ｄ銀行株式取引は、控訴人とそのグループ会社内の会社との間の非公開の相対取引の方法で行われたものあるから、それが一般に公になっていたものではなく、市場における取引価格に影響を与えるおそれを考慮する必要は考えにくいものである。現に、Ｄ銀行の株式のＨの終値をみると、本件譲受けが行われた平成１９年９月２９日（土曜日）の直前の開場日（同月２８日）のものが●円（甲２８）であるのに対し、直後の開場日（同年１０月１日）のものが●円（控訴理由書１２頁）であり、本件Ｄ銀行株式譲渡が行われた平成２１年２月１９日のものが●円（甲２１）であるのに対し、翌２０日のものが●円（甲２１）であることからしても、本件Ｄ銀行株式取引が行われた時のＤ銀行の株式の時価をその取引日におけるＨの終値とすることを不合理とする事情は認められない。
（３）また、控訴人は、本件取引は相対取引であることから、ディスカウントＴＯＢにおける取引価格や、ダークプールによるＮ取引市場における取引価格帯等が考慮されるべきであると主張する。
しかし、ディスカウントＴＯＢにおける株式取引や、ダークプールによるＮ取引市場における株式取引により成立する取引価格がその株式の時価と解することができるかどうかはともかく、本件Ｄ銀行株式取引は、いずれも控訴人とそのグループ会社内の会社との間の相対取引の方法で行われたものであり、それぞれの取引における譲渡価格又は譲受価格の決定過程は、一般に入手可能な情報に基づく上場株式の相対取引や機関投資家による大口の立会外取引であるディスカウントＴＯＢにおける取引価格の成立過程とも、ダークプールによるＮ取引市場における取引価格の成立過程とも異なるものであるから、それらの取引価格ないし価格帯等を比較ないし比準の対象とすることに合理性があるということはできない。そして、控訴人の代表者甲の陳述書（甲２６）によれば、本件株式譲受けは、Ｃの資金調達の必要によるもので、売り急ぎの事情があったというものの、かかる抽象的な説明しかなく、総額２億７９２７万２５００円もの取引であるにも関わらず、資金需要の具体的な内容は明らかにされておらず、取引価格の交渉経過も控訴人の担当部長であるＯ部長の死亡のため詳細は不明であるというのであり、本件Ｄ銀行株式譲渡についても、控訴人において売り急ぎの都合があったというものの、総額２億０９５０万１６００円もの取引であるにも関わらず、その具体的な事情は明らかでなく、取引価格の交渉経過についても、譲渡先である株式会社Ｇは、赤字決算が見込まれて流動性が低く下落傾向の株式は、価額を相当下げてもらわないと買い取れないとの強い姿勢を見せていた旨亡Ｏ部長から聞いているということ以上の詳細は不明であるというのであり、このような本件Ｄ銀行株式取引と、ディスカウントＴＯＢ及びダークプールによるＮ取引市場により成立する取引の価格とを同列に論じることはできないというべきである。
（４）さらに、控訴人は、本件Ｄ銀行株式取引の各当時、Ｄ銀行は経常利益の減少により赤字決算となるなど業績が悪化し、株価が下落する傾向にあったことが明らかであったから、本件Ｄ銀行譲渡株式及び本件譲受株式がその取引日のＨの終値で売買可能であったことは想定できない旨主張する。
しかし、控訴人が主張するようなＤ銀行の経営状態は、秘密のものではなく、一般に知り得る事情であるから、それは、取引市場におけるＤ銀行の株価の形成過程において織り込み済みの事情であるということができる。
（５）以上のとおり、本件Ｄ銀行株式取引時のＤ銀行の株式の時価について控訴人がるる主張する点は、証券取引所において不特定多数者の自由取引により形成され、時価として一般に広く認識利用され、公表された取引日の終値をもって時価とするべきではないとする特段の事情に当たるとはいえず、控訴人の主張は採用することができない。
４ 以上によれば、控訴人の平成２０年３月期増額更正処分のうち確定申告における申告所得及び申告税額を超えない部分の取消しを求める部分の訴え及び平成２１年３月期減額更正処分の取消しを求める訴え並びにこれらの取消しが認められない場合の減額更正処分の義務付けを求める各予備的請求に係る訴えをいずれも却下し、その余の請求をいずれも棄却した原判決は相当であり、控訴人の本件控訴はいずれも理由がないから、これらを棄却することとし、主文のとおり判決する。
東京高等裁判所第１６民事部
裁判長裁判官青野洋士
裁判官前田英子
裁判官藤澤孝彦
（別紙）
平成２１年３月期法人税更正処分の根拠及び適法性
１ 平成２１年３月期法人税更正処分の根拠
（１）所得金額（別表・順号⑫）
３４６２万３０１２円
上記金額は、下記アの金額にイないしエの金額を加算し、オないしケの金額を減算した金額である。
ア 申告所得金額（別表・順号①）
４６２２万７６９８円
上記金額は、控訴人が平成２１年６月３０日に下館税務署長に提出した平成２１年３月期の法人税の確定申告書（以下「平成２１年３月期法人税確定申告書」という。）に記載された所得金額と同額である。
イ 寄附金の損金不算入額（別表・順号②）
３６０１万２８９６円
上記金額は、①法人税法（平成２１年法律第１３号による改正前のもの。以下１において同じ。）３７条７項の寄附金に該当する下記（ア）の寄附金の額４５５７万５７６５円のうち、同条１項、３項及び４項の規定により計算した下記（イ）の金額４７５万３６３７円を超える部分の金額である４０８２万２１２８円（平成２１年３月期法人税更正処分後の寄附金の損金不算入額）から、②下記（ウ）の平成２１年３月期法人税確定申告書に記載された寄附金の損金不算入額４８０万９２３２円を控除した金額であり、平成２１年３月期法人税更正処分により増加した寄附金の損金不算入額であって、平成２１年３月期の損金の額に算入されない。
（ア）平成２１年３月期に支出した寄附金の額
４５５７万５７６５円
上記金額は、控訴人が平成２１年３月期において支出した下記ａないしｃの寄附金の額の合計額である。
ａ 指定寄附金等の金額（法人税法３７条３項）
５０００円
上記金額は、平成２１年３月期法人税確定申告書に記載された指定寄附金等の金額と同額である。
ｂ 特定公益増進法人等への寄附金額（法人税法３７条４項）
１００１万円
上記金額は、平成２１年３月期法人税確定申告書に記載された特定公益増進法人等に対する寄附金額と同額である。
ｃ その他の寄附金額（上記ａ及びｂ以外の寄附金額）
３５５６万０７６５円
上記金額は、下記（ａ）及び（ｂ）の金額の合計額である。
（ａ）平成２１年３月期法人税確定申告書に記載されたその他の寄附金額
０円
上記金額は、平成２１年３月期法人税確定申告書に記載されたその他の寄附金額と同額である。
（ｂ）寄附金の増加額
３５５６万０７６５円
上記金額は、次のⅠ及びⅡの金額の合計額である。
Ⅰ本件金員の額
１１９万６４００円
上記金額は、控訴人の平成２１年３月期における本件金員の額である。本件金員
は、控訴人から乙に対し、何らかの対価として支払われたものではなく、合理的な理由もなく支払われたものであるから、法人税法３７条の寄附金の額に該当する。Ⅱ本件譲渡差額
３４３６万４３６５円
上記金額は、控訴人の平成２１年３月期における本件譲渡差額である。当該金額
は、控訴人のＧ又はＣに対する寄附金の合計額に該当する。
（イ）寄附金の損金算入限度額
４７５万３６３７円
上記金額は、①下記ａの３３２万６６５３円及びｂの９４万７９９０円の合計額の２分の１に相当する金額２１３万７３２１円（法人税法３７条１項、同法施行令〔平成２１年政令第１０５号による改正前のもの。以下１において同じ。〕７３条１項１号）、②上記（ア）ａの指定寄附金等の金額５０００円（法人税法３７条３項）及び（ア）ｂの特定公益増進法人等への寄附金の損金算入限度額に相当する金額２６１万１３１６円（同法３７条４項）の合計額である。
ａ 資本金等の金額を基礎として計算した金額
３３２万６６５３円
上記金額は、原告の平成２１年３月期終了の時における資本金等の金額である１３億３０６６万１４９９円の１０００分の２．５に相当する金額であり（法人税法施行令７３条１項１号イ）、平成２１年３月期法人税確定申告書に記載された金額と同額である。
ｂ 所得の金額を基礎として計算した金額
９４万７９９０円
上記金額は、下記（ａ）及び（ｂ）の金額の合計額３７９１万９６０８円（法人税法施行令７３条１項１号ロに規定する平成２１年３月期の所得の金額）の１００分の２．５に相当する金額である（同施行令７３条１項１号ロ）。
（ａ）法人税法施行令７３条２項の規定により算出した金額
△７６５万６１５７円
上記金額は、①上記アの申告所得金額４６２２万７６９８円から下記（ウ）の平成２１年３月期法人税確定申告書に記載された寄附金の損金不算入額４８０万９２３２円を減算した後の金額に、②下記ウの２８３１万１７００円及びエの４２１万２９２０円をそれぞれ加算し、③下記オの２９０６万２５００円、カの２７８万５９５４円、キの８０万１９４８円、クの３５５万１８００円及びケの４３９４万円並びに下記（４）アの法人税額から控除される所得税額６５万５０９３円及び（４）イの税額控除の対象となる外国法人税の額等の損金不算入額８０万１９４８円をそれぞれ減算して算出した金額である。
（ｂ）平成２１年３月期に支出した寄附金の額
４５５７万５７６５円
上記金額は、上記（ア）の平成２１年３月期に支出した寄附金の額である（法人税法施行令７３条３項）。
（ウ）平成２１年３月期法人税確定申告書における寄附金の損金不算入額
４８０万９２３２円
上記金額は、平成２１年３月期法人税確定申告書に記載された寄附金の損金不算入額と同額である。
ウ 公租公課の損金不算入額（別表・順号③）
２８３１万１７００円
上記金額は、控訴人の平成２１年３月期の損金の額に算入された、控訴人が平成２２年３月期中に通知を受けた本件固定資産税等の金額である。当該固定資産税等は、平成２１年３月期において債務として確定していないことから、当該事業年度の損金の額に算入されない。
エ 機械装置の減価償却超過額（別表・順号④）
４２１万２９２０円
上記金額は、控訴人が自己の所有する機械装置を平成２１年３月３１日に除却したとして、当該事業年度の損金の額に算入した当該機械装置の帳簿価額相当額である。当該機械装置が除却された事実はなく、控訴人のＰ工場で使用されていることから、当該金額は、当該機械装置の減価償却費に係る償却限度超過額であり、当該事業年度の損金の額に算入されない。
オ 公租公課の損金算入額（別表・順号⑥）
２９０６万２５００円
上記金額は、控訴人が平成２１年３月期中に通知を受けた本件固定資産税等の金額であり、控訴人が平成２０年３月期の損金の額に算入した金額と同額である。当該固定資産税等は、平成２１年３月期において債務として確定したものであることから、当該事業年度の損金の額に算入される。
カ 減価償却費の償却限度超過額の損金算入額（別表・順号⑦）
２７８万５９５４円
上記金額は、特別償却の否認に伴う償却限度超過額のうち、平成２１年３月期における普通償却限度額（法人税法３１条１項）に相当する金額である。上記償却限度超過額は、平成１８年３月期において償却費として損金経理された金額であることから、法人税法３１条１項及び４項の規定により、上記普通償却限度額相当額が損金の額に算入される。
キ 外国法人税の額の損金不算入額の加算過大額（別表・順号⑧）
８０万１９４８円
上記金額は、控訴人が、平成２１年３月期法人税確定申告書において、法人税法４１条の規定に基づき、法人税額から控除する外国法人税の額（法人税法６８条）として、同確定申告書に添付した別表４「所得の金額の計算に関する明細書」の「税額控除の対象となる外国法人税等の額（２６）」欄に記載して所得金額に加算した金額と同額である。当該金額は、上記「税額控除の対象となる外国法人税等の額（２６）」欄だけでなく、同表の「損金の額に算入した附帯税、加算金、延滞金及び過怠税（６）」欄に記載された金額にも含まれており、所得金額に重複して加算されていたことから、当該事業年度の所得金額から減算される。
ク 事業税の損金算入額（別表・順号⑨）
３５５万１８００円
上記金額は、平成２０年３月期法人税更正処分により、地方税法７２条の２４の７の規定に基づき計算した、控訴人が納付することとなる事業税相当額の増加額である。
ケ 有価証券売却損の損金算入額（別表・順号⑩）
４３９４万円
上記金額は、Ｄ銀行株式の受贈益の計上漏れに伴い、同株式の取得価額が増加したことにより、平成２１年２月１９日付けの控訴人からＧに対する同株式の譲渡に係る損失として、当該事業年度の損金の額に算入される金額の増加額であり、当該増加した取得価額相当額と同額である。
（２）所得金額に対する法人税額（別表・順号⑬）
１０３８万６９００円
上記金額は、上記（１）の所得金額３４６２万３０１２円（ただし、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に１００分の３０の税率（法人税法６６条）を乗じた金額である。
（３）試験研究を行った場合の法人税額の特別控除額（別表・順号⑭）
２７７万３６２０円
上記金額は、措置法（平成２１年法律第１３号による改正前のもの）４２条の４の規定により控除される試験研究を行った場合の法人税額の特別控除額であり、平成２１年３月期法人税確定申告書に記載された金額と同額である。
（４）控除所得税額等（別表・順号⑯）
１４５万７０４１円
上記金額は、下記アの金額とイの金額の合計額である。
ア 所得税額の控除額
６５万５０９３円
上記金額は、法人税法６８条の規定により法人税額から控除される所得税額であり、平成２１年３月期法人税確定申告書の「所得税の額等（４２）」欄に記載された金額と同額である。
イ 外国税額の控除額
８０万１９４８円
上記金額は、法人税法６９条の規定により法人税額から控除される外国法人税の額であり、平成２１年３月期法人税確定申告書の「外国税額（４３）」欄に記載された金額と同額である。
（５）納付すべき法人税額（別表・順号⑰）
６１５万６２００円
上記金額は、上記（２）の金額から（３）の金額を控除した金額から、更に（４）の金額を減算した金額（ただし、通則法１１９条１項により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
（６）既に納付の確定した法人税額（別表・順号⑱）
９６３万７４００円
上記金額は、平成２１年３月期法人税確定申告書の「差引所得に対する法人税額（１３）」欄に記載された金額と同額である。
（７）差引納付すべき法人税額（別表・順号⑲）
△３４８万１２００円
上記金額は、上記（５）の金額から（６）の金額を差し引いた金額である。
２ 平成２１年３月期法人税更正処分の適法性
被控訴人が本訴において主張する控訴人の平成２１年３月期の法人税に係る所得金額及び納付すべき税額は、上記１のとおりであり、平成２１年３月期法人税更正処分における所得金額及び納付すべき税額は、いずれも上記１の金額と同額であるから、平成２１年３月期法人税更正処分は適法である。
（別表）
控訴人の法人税の所得金額及び納付すべき税額
（平成２１年３月期）
（単位：円）
区分
順号
平成２１年３月期
申告所得金額
①
46,227,698
加算
寄附金の損金不算入額
②
36,012,896
公租公課の損金不算入額
③
28,311,700
減価償却の償却超過額
④
4,212,920
加算計
（②＋③＋④）
⑤
68,537,516
減算
公租公課の損金算入額
⑥
29,062,500
減価償却超過額の損金算入額
⑦
2,785,954
外国法人税の額の損金
不算入の加算過大額
⑧
801,948
事業税の損金算入額
⑨
3,551,800
有価証券売却損の損金算入額
⑩
43,940,000
減算計
（⑥＋⑦＋⑧＋⑨＋⑩）
⑪
80,142,202
所得金額
（①＋⑤－⑪）
⑫
34,623,012
所得金額に対する法人税額
⑬
10,386,900
試験研究を行った場合の
法人税額の特別控除額
⑭
2,773,620
法人税額計
（⑬－⑭）
⑮
7,613,280
控除所得税額等
⑯
1,457,041
納付すべき法人税額（⑮－⑯）
⑰
6,156,200
既に納付の確定した法人税額
⑱
9,637,400
差引納付すべき法人税額（⑰－⑱）
⑲
△3,481,200
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2015/pdf/12698.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。