東京地判　平成27年1月27日

税務訴訟資料第２６５号－１１（順号１２５９４）

東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分等取消請求事件

国側当事者・国（下館税務署長）

平成２７年１月２７日却下・棄却・控訴

判決

原告旧商号株式会社Ａ

株式会社Ｂ

同代表者代表取締役甲

同訴訟代理人弁護士井上康一

同矢向孝子

被告国

同代表者法務大臣上川陽子

処分行政庁下館税務署長

野邊匡伸

指定代理人別紙１指定代理人目録のとおり

主文

１　本件訴えのうち、次の部分をいずれも却下する。

（１）下館税務署長が平成２３年６月１５日付けで原告に対してした原告の平成１９年４月１日から平成２０年３月３１日までの事業年度の法人税に係る更正処分のうち所得金額６億４９６１万８９６６円及び納付すべき税額１億８０４７万７５００円を超えない部分の取消しを求める部分

（２）下館税務署長が平成２３年６月１５日付けで原告に対してした原告の平成２０年４月１日から平成２１年３月３１日までの事業年度の法人税に係る更正処分のうち所得金額１６万２８６４円、差引所得に対する法人税額０円を超える部分の取消しを求める部分

（３）原告の平成１９年４月１日から平成２０年３月３１日までの事業年度の法人税について、所得金額６億４５７７万３０１９円、差引所得に対する法人税額を１億７４０２万３４００円とする更正処分の義務付けを求める部分

（４）原告の平成２０年４月１日から平成２１年３月３１日までの事業年度の法人税について、所得金額１６万２８６４円、差引所得に対する法人税額を０円とする更正処分の義務付けを求める部分

２　原告のその余の訴えに係る請求をいずれも棄却する。

３　訴訟費用は原告の負担とする。

事実及び理由

第１　請求

１　下館税務署長が平成２３年６月１５日付けで原告に対してした原告の平成１７年４月１日から平成１８年３月３１日までの事業年度の法人税に係る更正処分のうち所得金額４億９３８５万８８５３円、差引所得に対する法人税額１億２６００万４１００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分をいずれも取り消す。

２　下館税務署長が平成２３年６月１５日付けで原告に対してした原告の平成１８年４月１日から平成１９年３月３１日までの事業年度の法人税に係る更正処分のうち所得金額９億６５３７万４３５９円、差引所得に対する法人税額２億８１３０万１２００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分をいずれも取り消す。

３　下館税務署長が平成２３年６月１５日付けで原告に対してした原告の平成１９年４月１日から平成２０年３月３１日までの事業年度の法人税に係る更正処分のうち所得金額６億４５７７万３０１９円、差引所得に対する法人税額１億７４０２万３４００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分をいずれも取り消す。

４　下館税務署長が平成２３年６月１５日付けで原告に対してした原告の平成２０年４月１日から平成２１年３月３１日までの事業年度の法人税に係る更正処分のうち所得金額１６万２８６４円、差引所得に対する法人税額０円を超える部分を取り消す。

５　下館税務署長が平成２３年６月１５日付けで原告に対してした原告の平成２１年４月１日から平成２２年３月３１日までの事業年度の法人税に係る更正処分のうち所得金額１億２４３９万２２１０円、差引所得に対する法人税額２５４８万８０００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分をいずれも取り消す。

６（第３項が認められない場合の予備的請求）下館税務署長は、原告の平成１９年４月１日から平成２０年３月３１日までの事業年度の法人税について、所得金額６億４５７７万３０１９円、差引所得に対する法人税額を１億７４０２万３４００円とする更正処分をせよ。

７（第４項が認められない場合の予備的請求）下館税務署長は、原告の平成２０年４月１日から平成２１年３月３１日までの事業年度の法人税について、所得金額１６万２８６４円、差引所得に対する法人税額を０円とする更正処分をせよ。

第２　事案の概要

本件は、下館税務署長が、原告に対し、①原告が、原告の創業者の配偶者である乙（以下「乙」という。）に対する給与として支払った金員は、法人税法３７条に規定する「寄附金の額」に該当するから、損金に算入される限度額を超える金額は損金の額に算入されず、②別表１記載の固定資産税及び都市計画税（以下「本件固定資産税等」という。）は、その賦課決定通知書の交付を受けるまで確定するものではないから、同通知書の交付を受けた日の属する事業年度の損金の額に算入され、③原告が所有していた別表２「銘柄」欄記載の株式を譲渡（以下「本件譲渡」といい、当該譲渡に係る株式をまとめて「本件譲渡株式」という。）したことにより生じた損失として損金の額に算入した本件譲渡株式の譲渡価額と本件譲渡株式の譲渡時における適正価額（時価。以下「時価」という。）との差額（以下「本件譲渡差額」という。）は、寄附金に該当するから、損金に算入される限度額を超える金額は損金の額に算入されず、④株式会社Ｃ（以下「Ｃ」という。）から譲り受けた株式会社Ｄ銀行株式（以下「本件譲受株式」という。）について（以下「本件譲受け」という。）、その譲受価額と本件譲受株式の譲受時における時価との差額（以下「本件譲受差額」という。）は、受贈益として益金の額に算入しなければならないなどとして各更正処分及び過少申告加算税の各賦課決定処分を行ったことから、原告がこれらを不服として上記更正処分等の取消し等を求める事案である。

なお、前記「第１請求」の３項記載の更正処分取消請求は更正処分のうち確定申告額を下回る部分までの取消しを含むものであり、４項記載の更正処分取消請求は確定申告額を下回る額を納付すべき税額とした減額更正処分についてさらに当該税額を下回る部分までの取消しを求めるものであって、原告は、これらが認められない場合の予備的請求として６項及び７項記載の義務付けを求めている。

１　法令の定め

（１）更正の請求に関する定め

内国法人は、各事業年度終了の日の翌日から２月以内に、税務署長に対し、確定した決算に基づき、当該事業年度の課税標準である所得の金額等や法人税の額等を記載した申告書を提出しなければならないところ（法人税法７４条１項）、国税についての納付すべき税額の確定の手続について、申告納税方式による場合には、納付すべき税額が納税者のする申告により確定することを原則とし、その申告がない場合又はその申告に係る税額の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかった場合等に限り、税務署長又は税関長の処分により確定する（国税通則法（平成２３年法律第１１４号改正前のもの。以下「通則法」という。）１６条１項１号）。そして、納税申告書を提出した者は、当該申告書に記載した課税標準等若しくは税額等の計算が国税に関する法律に従っていなかったこと又は当該計算に誤りがあったことにより、当該申告書の提出により納付すべき税額（当該税額に関し更正があった場合には、当該更正後の税額）が過大であるときに該当する場合には、当該申告書に係る国税の法定申告期限から１年以内に限り、税務署長に対し、その申告に係る課税標準等又は税額等につき更正をすべき旨の請求をすることができる（同法２３条１項１号）。また、内国法人が、確定申告書の記載事項に掲げる金額につき、更正を受け、更正に伴い、更正決定に係る事業年度後に係る法人税の額に掲げる金額（当該金額につき更正があった場合には、更正後の金額）が過大となる場合に該当することとなるときは、当該内国法人は、その更正の通知を受けた日の翌日から２月以内に限り、税務署長に対し、その金額につき同法２３条１項（更正の請求）の規定による更正の請求をすることができる（法人税法８０条の２第１号（平成２３年法律第１１４号改正前のもの））。

（２）所得の金額の計算に関する定め

内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とされている（法人税法２２条１項）。そして、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額とされているところ（同条２項）、内国法人が有価証券の譲渡をした場合には、その譲渡に係る譲渡利益額又は譲渡損失額は、その譲渡に係る契約をした日の属する事業年度の所得の金額の計算上、益金の額又は損金の額に算入されるが、譲渡利益額は、その有価証券の譲渡に係る対価の額が譲渡に係る原価の額を超える場合におけるその超える部分の金額とされている（同法６１条の２第１項）。

また、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、当該事業年度の収益に係る売上原価、完成工事原価その他これらに準ずる原価の額（法人税法２２条３項１号）のほか、当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用（償却費以外の費用で当該事業年度終了の日までに債務の確定しないものを除く。）の額（同項２号）等とされている。

（３）寄附金に関する定め

内国法人が各事業年度において支出した寄附金の額の合計額のうち、その内国法人の当該事業年度終了の時の資本金等の額等を基礎として政令で定めるところにより計算した金額を超える部分の金額は、当該内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入されない（法人税法３７条１項）。そして、寄附金の額は、寄附金、拠出金、見舞金その他いずれの名義をもってするかを問わず、内国法人が金銭その他の資産又は経済的な利益の贈与又は無償の供与をした場合における当該金銭の額若しくは金銭以外の資産のその贈与の時における価額又は当該経済的な利益のその供与の時における価額によるものとされている（同条７項）ところ、内国法人が資産の譲渡又は経済的な利益の供与をした場合において、その譲渡又は供与の対価の額が当該資産のその譲渡の時における価額又は当該経済的な利益のその供与の時における価額に比して低いときは、当該対価の額と当該価額との差額のうち実質的に贈与又は無償の供与をしたと認められる金額は、上記寄附金の額に含まれる（同条８項）。

（４）固定資産税及び都市計画税（以下「固定資産税等」という。）の徴収に関する定め固定資産税は、固定資産の所有者に課され（地方税法３４３条１項）、都市計画税は、当該市町村の区域で都市計画法５条の規定により都市計画区域として指定されたもののうち同法７条１項に規定する市街化区域内に所在する土地及び家屋に対し、その価格を課税標準として、当該土地又は家屋の所有者に課することができる（同法７０２条１項）とされているところ、それらの賦課期日は、当該年度の初日の属する年の１月１日とされている（同法３５９条、７０２条の６）。

固定資産税の徴収については、普通徴収の方法によらなければならない（地方税法３６４条１項）ところ、普通徴収とは、徴税吏員が納税通知書を当該納税者に交付することによって地方税を徴収することとされ（同法１条１項７号）、地方団体の長は、固定資産税を徴収しようとするときは、納税者等に対し、文書により納付又は納入の告知をしなければならない（同法１３条１項）。また、市町村は、固定資産税を賦課し、及び徴収する場合においては、当該納税者に係る都市計画税をあわせて賦課し、及び徴収することができるところ（同法３６４条１０項）、都市計画税の賦課徴収は、固定資産税の賦課徴収の例によるものとし、特別の事情がある場合を除くほか、固定資産税の賦課徴収とあわせて行われる（同法７０２条の８第１項）。

２　前提事実（争いのない事実、顕著な事実及び掲記の証拠により容易に認められる事実）

（１）原告は、情報機器製品、家電製品、金属製品等の製造を営む法人であるところ、昭和１４年３月、東京都渋谷区においてＥとして創立され、昭和１８年２月、有限会社Ｋに改組、商号変更し、昭和２２年５月、株式会社Ｌに組織変更された後、平成２６年３月１日、株式会社Ｂに商号変更された。原告は、グループ法人の一つであるところ、そのうち、①Ｆ株式会社（以下「Ｆ」という。）は、平成１９年７月に原告の分割により設立された法人であり、原告がその発行済株式の１００パーセントを保有しており、②株式会社Ｇ（以下「Ｇ」という。）は、平成１９年３月まで原告の代表取締役を務め、かつ、原告の株主である丙（以下「丙会長」という。）が代表取締役を務め、丙会長及びその親族がＧの発行済株式の約６８パーセント以上を保有しており、③Ｃは、Ｇがその発行済株式の約９４パーセント以上を保有し、その余を丙会長が保有している。（乙３、１１～１７、顕著な事実）

（２）ア原告は、平成１９年９月２９日、Ｃから、本件譲受株式４２万２５００株を１株当たり６６１円、総額２億７９２７万２５００円で譲り受けた。なお、本件譲受株式は、Ｈ証券取引所（以下「Ｈ」という。）の上場株式であるところ、売買契約日である同月２９日は土曜日であり市場取引がなく、その前日である同月２８日における同株式の終値は●円であり、１株当たりの売買価格は終値よりも低額であった。（甲２８、顕著な事実）

イ　原告は、平成１９年１１月２１日、Ｆに対し、別表２－１（平成１９年１１月２１日譲渡分）に記載されているとおり、原告が所有する株式会社Ｉ（以下「Ｉ」という。）の株式（以下「本件Ｉ株式」という。）を同表の株数、売買金額で相対取引により譲渡した。また、原告は、Ｇに対し、平成２１年２月１９日、別表２－２（平成２１年２月１９日譲渡分）に記載されているとおり、原告が所有する株式会社Ｄ銀行（以下「Ｄ銀行」という。）の株式（以下「本件Ｄ銀行株式」という。）を、平成２１年３月１０日、別表２－３（平成２１年３月１０日譲渡分）に記載されているとおり、原告が所有する各銘柄の株式（以下「本件１１銘柄株式」という。）を、それぞれ同表の株数、売買金額で相対取引により譲渡した。なお、本件譲渡株式は、いずれもＨの上場株式であるところ、その譲渡日における１株当たりのＨの終値は、それぞれ同表の終値記載のとおりであり、１株当たりの売買価格は終値よりも低額であった。

（３）原告は、乙に対して、給与として毎月１０万円を支給し、そこから健康保険料や旅行会の積立費等が控除された額を支払ってきた（詳細については、第３当裁判所の判断参照）。また、原告は、原告が所有する固定資産について、別表１のとおり、同表の通知書記載年月日に固定資産税等の通知を受け、これを納付した。

（４）ア原告は、平成１７年４月１日から平成１８年３月３１日まで、平成１８年４月１日から平成１９年３月３１日まで、平成１９年４月１日から平成２０年３月３１日まで、平成２０年４月１日から平成２１年３月３１日まで及び平成２１年４月１日から平成２２年３月３１日までの各事業年度（以下「平成１８年３月期」などと略称し、各事業年度を併せて「本件各事業年度」という。）について、いずれも期限内に確定申告をした。

イ　下館税務署長は、平成２３年６月１５日、本件各事業年度に係る原告の法人税の各更正処分（平成２１年３月期については減額更正処分である。以下「本件各更正処分」という。）並びに平成１８年３月期、同１９年３月期、同２０年３月期及び同２２年３月期の各法人税について過少申告加算税の各賦課決定処分（以下「本件各賦課決定処分」といい、本件各更正処分と併せて「本件各更正処分等」という。）を行った。

（５）原告は、平成２３年７月１４日、国税不服審判所長に対し、本件各更正処分等の取消しを求める審査請求をした。同所長は、平成２４年６月１９日、平成２１年３月期の法人税の更正処分に対する審査請求を却下し、その余の本件各更正処分等の取消しを求める部分について、いずれも棄却する旨の裁決をし、同裁決に係る裁決書は平成２４年６月２５日、原告に送達された。

（６）原告は、平成２４年１２月１１日、本件訴えを提起した（顕著な事実）。

（７）本件各更正処分等の根拠及び適法性についての被告の主張は、別紙２「本件法人税各更正処分の根拠及び適法性」及び別紙３「本件法人税各賦課決定処分の根拠及び適法性」記載のとおりである。

原告は、後記３の争点に関する部分を除き、本件各更正処分等の根拠及び適法性を争っていない。

３　争点

（１）本案前の争点

ア　平成２０年３月期に係る確定申告の申告所得及び税額を下回る部分の更正処分取消請求並びに同２１年３月期に係る確定申告の申告所得及び税額を下回る部分の更正処分取消請求の適法性（争点①）

イ　平成２０年３月期及び同２１年３月期の法人税に係る減額更正処分の義務付け訴訟の適法性（争点②）

（２）本案の争点

ア　平成１８年３月期、同２０年３月期及び同２１年３月期に係る乙への支払金員（以下「本件金員」という。）の寄附金該当性（争点③）

イ　平成１９年３月期、同２０年３月期、同２１年３月期及び同２２年３月期に係る本件固定資産税等の損金算入時期の適法性（争点④）

ウ　平成２０年３月期及び同２１年３月期における本件譲渡差額の寄附金認定の適法性（争点⑤）

エ　平成２０年３月期における本件譲受差額の受贈益課税の適法性（争点⑥）

オ　過少申告加算税に係る「正当な理由」（通則法６５条４項）の有無（争点⑦）

４　争点に関する当事者の主張の要旨

（１）争点①（平成２０年３月期に係る確定申告の申告所得及び税額を下回る部分の更正処分取消請求並びに同２１年３月期に係る確定申告の申告所得及び税額を下回る部分の更正処分取消請求の適法性）について

（被告の主張の要旨）

ア　原告は、平成２０年３月期及び同２１年３月期の法人税について、確定申告を行い、その後、更正の請求をしていないから、原告が申告により自ら確定させた納付すべき税額を超えない部分の取消しを求める訴えは、訴えの利益を欠き不適法である。また、平成２１年３月期更正処分は、原告の納付すべき法人税額を減額する、いわゆる減額更正処分であり、原告に何らの不利益を課すものではないから、その取消しを求める訴えは、法律上の利益を欠き、不適法である。

イ　この点、原告は、訴えの利益の判断に当たり、税額算出過程である加算項目のみを取り出しているが、課税処分取消訴訟における訴訟物は処分の違法性一般であり、処分の同一性はそれによって確定された税額の同一性によって判断されるから（総額主義）、訴えの利益は専ら納付すべき税額の多寡を基準にして判断すべきであり、処分時に認定された個々の事実に不服があることを理由として訴えの利益を肯定すべきではないし、更正の請求の手続をとらなかった納税者は、更正処分が行われた段階で、取消訴訟により申告額を下回る部分の金額を争う利益は認められない。

また、原告は、平成２０年３月期及び同２１年３月期の法人税に関し、更正の請求を行うことができなかったと主張するが、減算項目の発生の原因となる事実は、それぞれ同１８年３月期ないし同２０年３月期において既に生じていたし、原告が、かかる事実を同２０年３月期及び同２１年３月期において正しく認識していれば、確定申告時に損金算入することもできたし、確定申告で損金算入されていなくても、それぞれの更正の請求の期限までに正しく認識していれば、更正の請求をすることもできたから、原告の主張は失当である。なお、法人税法８０条の２が適用される場合とは、修正申告又は更正若しくは決定の基礎となった事実に直接基因してその後の事業年度の法人税額が過大となる場合をいい、これに該当する例として、ある法人の特定の事業年度の法人税の増額更正に伴って、その翌事業年度の法人税が過大となり、税務署長が職権で減額更正をすべきところ、これを行っていないような場合が考えられるが、本件では、前事業年度以前の更正に伴い法人税額が過大となる部分の金額は、減額更正処分において既に減額しているから、同条の更正の請求が適用される余地はなく、また、そもそも、本件において、原告は更正の請求をしていないから、原告自らが申告により確定させた税額を下回る更正処分に訴えの利益がないことは明らかである。（原告の主張の要旨）

平成２０年３月期及び同２１年３月期の納付すべき法人税額が確定申告額を下回るのは、本件各更正処分が連年同時更正として行われ、前事業年度以前の事業年度に係る更正処分の反射的効果として、翌事業年度以降の事業年度において原告の所得金額から減算すべき金額が増加したからである。原告も申告書記載事項の過誤の是正については、原則として通則法２３条に基づく更正の請求の方法によるべきであることを争うものではないが、申告時の申告書記載事項の過誤により生じる減算項目ではなく、連年同時更正による減算項目によって、本来あるべき所得金額や納付すべき税額（すなわち、原処分庁による違法な加算項目の加算がされない場合の所得金額・納付すべき税額）が、確定申告額を下回る場合、連年同時更正による減算項目は本件各更正処分の前においては存しないため、原告は法定申告期限から１年以内にこれらの金額について同条１項の更正の請求を行うことはできない。また、このような場合には、理論的には、法人税法８０条の２による更正の請求が可能であるが、本件では、本件各更正処分が連年同時更正で行われているところ、この場合には、更正の請求の前提となる前事業年度以前の事業年度に係る更正処分を争いつつ、他方で更正処分が正しいことを前提として更正の請求を行わなければならないなどの事情から、原告が同条による更正の請求を行うことは事実上できず、同条による更正の請求以外の救済を認めないことは原告の利益を著しく害する。処分行政庁は、本件において、平成２０年３月期及び同２１年３月期の各更正処分において、連年同時更正による減算項目を減算しているのであり、加算項目について誤っていることが判明した場合には、誤った加算項目を除外した上で正しい所得金額及び納付すべき税額まで処分を取り消す義務があるとする合法性の原則による取消しの必要性もあるから、確定申告額を下回る所得金額及び納付すべき税額について更正処分の取消しも認められる。

（２）争点②（減額更正処分の義務付け訴訟の適法性）について

（原告の主張の要旨）

連年同時更正が行われた場合であっても、更正処分の取消請求において、確定申告額を下回る処分の取消しを求めることができないとすると、納税者はこのような前事業年度以前の事業年度に係る更正処分の反射として生じる所得金額や納付すべき税額の減少について争う機会がないから、処分行政庁は、合法性の原則の下で、正しい法人税額に基づいた課税をすべく、職権で減額更正処分を行う必要がある。前記（１）（原告の主張の要旨）のとおり、原告は、被告が更正処分を行った時点では、平成２０年３月期及び同２１年３月期に係る法人税について更正の請求を行うことは不可能であり、確定申告額を超える更正処分の取消しが認められないのであれば、原告がかかる損害を避けるためにとることのできる適当な方法は他になかったし、処分行政庁が職権による減額更正処分を行わなければ、原告は本来負担する必要のない２事業年度合計で２２２５万３２００円もの税負担を負うことになるところ、同額の利益を上げるためには１１億円を超える売上げを上げなければならず、かかる損害は原告にとって重大であるから、上記減額更正処分は、行政事件訴訟法（以下「行訴法」という。）３条６項１号に掲げる場合に該当し、同法３７条の２に基づいて義務付けの訴えが認められる。よって、原告は、平成２０年３月期及び同２１年３月期に係る各更正処分について取消請求が認められない場合の予備的請求として上記減額更正処分の義務付けを求めるものである。

（被告の主張の要旨）

法人税の課税標準等の決定については、事情に最も通じている納税義務者自身の申告に基づくものとしつつ、確定申告書の内容が過大であるという過誤は更正の請求によって是正するものとし、その更正の請求の期間を１年に限定することにより、租税法律関係を速やかに確定させ法的安定性を図ろうとした法人税法及び通則法の趣旨に照らせば、納税者が申告内容を自己に有利に是正するためには、更正の請求という法律が特に認めた手段によるべきであって、他の救済手続によることは許されないと解すべきところ、仮に、納税義務者が、更正の請求の期間が経過した後も非申請型の義務付けの訴えにより更正を求めることもできるとすれば、法が更正の請求の期間を１年に限定することにより、租税法律関係を速やかに確定させ法的安定性を図ろうとした趣旨を没却することになるため、更正の請求の期間が経過した後に非申請型の義務付けの訴えによって更正を求めることは許されない。また、非申請型の義務付けの訴えを提起することができるのは、法令上の申請権が認められていない者であることが前提であるところ、上記訴えは、法令上の申請権が認められている者で、その請求期間を徒過して法令上の申請権を行使することができなくなった者を救済する訴訟類型であるとは解されないことなどからすれば、原告が更正の請求の手続をとらなかった以上、その後争う機会がないとして、平成２０年３月期及び同２１年３月期の確定申告額を下回る部分について減額更正処分の義務付けを認めることは、租税法律関係を不安定にし、申告納税制度及び更正の請求制度の趣旨を没却することになるから許されない。

（３）争点③（本件金員の寄附金該当性）について

（被告の主張の要旨）

法人税法３７条の「寄附金」とは、金銭等の資産又は経済的利益の贈与又は無償の供与のことをいい、ここに「無償」とは、対価又はそれに相当する金銭等の流入を伴わないことを意味するものと解されるところ、原告は、乙に対する給与として、毎月、１０万円から社会保険料及び旅行会費を差し引いた金額である本件金員を支払っているが、原告が、乙から労務その他の役務の提供や本件金員に見合う見返りを受けた事実は認められないから、本件金員は、寄附金に該当する。よって、本件金員のうち、損金算入限度額を超える部分は、損金の額に算入されないものとしてされた本件各更正処分は適法である。

（原告の主張の要旨）

ア　乙は、原告創業者である丁（以下「丁」という。）の妻として原告の創業に多大に貢献し、昭和２０年代及び３０年代の原告の経営が最も困難な時期を支え、原告及び原告の従業員にとっては精神的拠り所となるとともに、近隣住民にとっても原告を象徴する存在となっていたこと、同人が昭和４０年代前半に原告を退職した後も、象徴的存在として、原告に対する従業員の求心力を高めたり、近隣住民との良好な関係を維持したりするのに貢献していることから、原告と乙との間の合意に基づき、乙への退職金的性格と顧問料的性格を有するものとして、４０年以上にわたって支給してきたものであり、必要経費に該当するところ、本件金員について適切な勘定科目が見当たらなかったため、元々乙が原告の従業員であったことや退職後も給与と同様に毎月払いの形で支払が継続したことから、同氏の在職中の事務処理を継続し、事務処理上給与勘定を用いて処理したにすぎないから、本件金員の対価性を否定しこれを贈与と認定して損金に算入しないことは明らかに違法である。なお、被告は、平成１９年３月期に係る更正処分についても、本件金員の損金算入性を否認して寄附金と認定したが、その金額が寄附金の損金算入限度額の範囲内であったため、同期に係る更正処分については、本件金員の損金算入性を争点としていない。

イ　乙は、平成２３年１月１２日、関東信越国税局の職員から本件金員に関する聴取を受け、その結果として聴取書（乙９）が作成されているが、同書に記載された内容は乙の真意に基づくものとは考えられないし、仮に乙がそのような発言をしたとしても、それは聴取時に乙が正常な判断能力を既に失っていたから、同書は本件金員が対価性ある支払であることを否定する根拠にはなりえない。

（４）争点④（本件固定資産税等の損金算入時期の適法性）について

（被告の主張の要旨）

本件固定資産税等は、法人税法２２条３項２号にいう「販売費、一般管理費その他の費用」に該当するところ、同号は、償却費以外の費用について、当該事業年度終了の日までに債務が確定しているといういわゆる債務確定基準を損金算入の要件としている。そして、同号にいう「債務の確定」とは、具体的、確実に債務として存在し、金額が確定していることを意味しているものと解されるのであり、近い将来に支出することが相当程度の確実性をもって見込まれており、かつ、当該事業年度終了の日の現況によりその金額を適正に見積もることが可能であるという程度では飽くまで見込みにすぎず、「債務の確定」があるとはいえない。そして、固定資産税等の納税義務は、市町村長が納税通知書を納税者に交付するという賦課決定処分により、初めて具体的に成立・確定するものであるから、法人税基本通達９－５－１は、賦課課税方式による固定資産税等は、原則として賦課決定のあった日又は実際に納付した日の属する事業年度において損金経理をした場合には、その事業年度において損金の額に算入する旨定めている。本件の場合、各通知書に記載されている年月日は、いずれも３月３１日よりも後の日付となっているから、本件固定資産税等は、３月３１日において確定していたとは認められず、本件固定資産税等に係る納税通知書が原告に交付された日の属する事業年度の損金の額に算入すべきものとしてされた本件各更正処分は適法である。

（原告の主張の要旨）

販売費等の費用の損金算入については債務確定基準が適用されるが、法人税法２２条３項２号の趣旨に反しない限り、「債務の確定」を緩やかに解することが認められるから、①費用支出の確実性（債務の発生の確実性）と②正確な見積可能性（金額の正確な確定性）を充足すれば足りる。すなわち、平成１６年１０月２９日第二小法廷判決（刑集５８巻７号６９７頁。以下「平成１６年最高裁判決」という。）は、売上原価の損金算入の可否の事案であり、同項１号について判断したものではあるが、同判決は、売上原価の計上時期の判断につき、厳格な基準ではなく、①当該費用を支出することが相当程度の確実性をもって見込まれており、かつ、②事業年度末日の現況によりその金額を適正に見積もることが可能であることを計上基準として示しているから、この計上基準は、同項２号の定める債務確定基準の具体的な意味を考える上で参酌されるべきである。そして、本件固定資産税等の額は、３月３１日までに原告においてその納税額を算定することが可能であり、原告において確実に支払わなければならない債務であるから、３月３１日において確定した債務として当該事業年度の損金の額に算入することを認めないことは違法である。

この点、被告は、本件固定資産税等はいずれも３月３１日において確定していたとは認められないと主張するが、固定資産税等は、納税通知書が送付される前の３月３１日において当該費用を支出することが確実に見込まれており、かつ、同日においてその金額を適正に見積もることが可能であるから、被告の主張は失当である。

（５）争点⑤（本件譲渡差額の寄附金認定の適法性）について

（被告の主張の要旨）

ア　有価証券の譲渡が行われた場合、法人税法２２条２項の「別段の定め」である同法６１条の２第１項の規定により、その譲渡利益額が「益金の額」に算入される。そして、資産の無償譲渡又は低額譲渡が行われた場合、一般的には、無償部分又は一部無償部分につき、貸方に譲渡収益を計上すれば、借方にも同額を計上して損金処理することになるところ、課税所得の金額の増加をもたらすのは、損金算入限度額のある寄附金等であると認定された場合である。

イ　法人税法６１条の２第１項１号にいう「譲渡に係る対価の額」については、同号と同法２２条２項の資産の譲渡に係る収益の額とで、収益の額の認識の仕方を異にするものではないし、仮に、同法６１条の２第１項１号の「譲渡に係る対価の額」を当事者間で合意した額と解すれば、有価証券について無償譲渡又は低額譲渡の場合における差額相当額について課税が行われず、他方で、役員給与や寄附金の損金不算入の規定も適用されないこととなり、租税負担の公平に反することになり妥当でない。また、「譲渡に係る対価の額」との用語は、法人税法６１条の２第１項１号だけではなく、同法６１条の１３第１項においても用いられているところ、後者の「譲渡に係る対価の額」とは、譲渡時における時価であると解されている。そうすると、前者の「譲渡に係る対価の額」については、時価をいうものと解するのが租税負担の公平及び法的安定性の観点から相当である。

ウ　関連会社間の相対取引による上場株式の時価については、その取引における価格が法人税の所得金額の算定につき適正なものか判断する基準となるから、特段の事情のない限り、上場された証券取引所における株価（譲渡日における当該証券取引所の終値）をもって、自由競争の原理によって形成された時価というべきである。本件譲渡株式はいずれもＨに上場された株式であり、本件譲渡株式の時価を譲渡日におけるＨの終値と解すべきでない特段の事情があるものとは認められない。

エ　原告は、取引日における立会内取引の終値のみを唯一無二の時価と捉えること自体誤りであり、立会市場の直近値から上下７パーセントの幅の価格帯が設けられているという取引形態もあると主張するが、本件のような関連会社間で行われる取引では、取引価額が合理的な理由もなく恣意的に決定される場合があり得ることからすると、上場された証券取引所における株価（譲渡日における当該証券取引所の終値）に一定の幅を持たせた金額の範囲内であれば時価になり得るとすることは、課税の公平の観点から、安易に認められるべきではない。加えて、時価とは、不特定多数の当事者間で自由な取引が行われる場合に通常成立すると認められる価額であるから、移転価格税制（租税特別措置法６６条の４）における独立企業間価格等とは異なるものである。

そして、本件譲渡株式が原告を含めたグループ会社が取引先との関係を維持するために保有しているから株式の処分に制約が課されているとしても、本件譲渡株式に係る終値又は安値の１０パーセント相当額の経済的な利益を対価なく移転することに、通常の経済取引として是認することができる合理的な理由が存在すると認めることは困難であるからおよそ適正に算定された金額とはいえない。平成１５年に原告のグループ会社間で取引所の終値をおおむね１０パーセント程度下回る価額で行われた株の相対取引（以下「平成１５年株式売買取引」という。）について課税処分を受けなかったとしても、それは、原告グループ内での株式の売買価額を終値をおおむね１０パーセント下回る価額とすることを正当なものとして是認するものではない。

オ　寄附金と認められるためには、法人税法３７条８項の「実質的に贈与（中略）をしたと認められる金額」と認められる必要があるが、これは当該取引に伴う経済的な効果が贈与と同視し得るものであれば足りる。より具体的にいえば、譲渡者が低額譲渡に伴って当該差額に対する反対給付を享受することなく、無償で相手方にその価値が移転していると認められれば足り、必ずしも譲渡者が贈与の意思を有していたことを必要としないから、時価との差額を認識していたことも必要としないと解するのが相当である。なお、資産又は経済的利益を対価なく他に移転する場合であっても、その行為について通常の経済取引として是認できる合理的理由が存在するものについては、寄附金に該当しないものと解すべきであるが、通常の経済取引として是認することができる合理的理由が存在することは原告が主張立証すべきである。本件では、原告が本件譲渡株式の対価として得たのは、譲渡価額相当額（本件譲渡株式の終値又は安値の９０パーセント相当額）のみであり、その差額に相当する経済的な利益が対価なく移転されているから、本件譲渡差額は寄附金に相当する。

（原告の主張の要旨）

ア　有価証券の譲渡利益額の計算方法について規定した法人税法６１条の２第１項１号に定める「譲渡に係る対価の額」とは、譲渡の対価として当事者間に合意された額をいうものと解すべきであり、「譲渡に係る対価の額」を時価と解した上で時価相当額の収益が原告に発生したことを前提としてされた平成２０年３月期及び同２１年３月期に係る各更正処分は違法である。

この点、被告は、法人税法６１条の２第１項１号所定の「譲渡に係る対価の額」とは時価を意味すると主張するが、文言を素直に読めば、譲渡対価額を意味するし、同法３７条８項は、譲渡対価額と譲渡時価額を使い分けていることを踏まえると、被告の主張どおりに同法６１条の２第１項１号を解釈すると、同じ法人税法の規定でありながら全く別異に解することになり、租税法律主義に反するから、「譲渡における対価の額」とは譲渡当事者間で合意された対価額をいうものと解すべきである。

イ　法人が時価よりも安い価格で資産を譲渡したときには、その差額のうち実質的に贈与をしたと認められる金額は、寄附金に含まれることになっているが、この場合の時価、すなわち公正な取引価格とは、譲渡株式がＨの上場株式の場合であっても、一定の時価の幅があることを肯定した上で、実際に当事者が合意し、収受した譲渡対価がその幅の中にあると認められるか否かを検討し、その幅をはみ出している場合には、その差額のうちに「実質的に贈与をしたと認められる金額」があるかどうかを吟味するべきである。すなわち、平成１０年１２月以降、証券取引所における立会内取引以外の取引が発展し、実際に立会市場の直近取引価格を踏まえた幅のある取引が行われている状況下では、取引日における立会内取引の終値のみを唯一無二の時価と捉えること自体誤りである。また、終値とは、その日の各取引時間中最後に取引された値段（株価）であるが、一日のうちに、同一銘柄の株式であっても、終値以外の価額での取引が行われているから、終値を客観的な交換価値として絶対視する合理性は全くない。さらに、関連会社間の相対取引においても、市場価格を下回る公開買付けが行われることも少なくない。その上、移転価格税制では、上場株式の時価が幅のある概念であることを認めているし、株価の大きな変動は、市場を混乱させ、投資家に予期せぬ損害を与える可能性があることから、このような事態を避け、投資家を保護するために、証券取引所ごとに株価が一日に動く範囲が制限されており、その範囲内であれば時価取引であるとみる余地が十分にある。

加えて、本件譲渡株式は、原告を含めたグループ会社が取引先との関係を維持するために保有しているものであるから、これらの株式は、原告を含めたグループ会社内での移動のみが可能であるところ、本件Ｉ株式に関しては、平成１９年７月の会社分割によりＦが原告からＩとの間のすべての取引を承継したため、同社との取引先であるＦに保有させることになったものであり、その余の本件譲渡株式については、保有株式を早急に現金化することを必要としていた原告の売り急ぎの都合によるものであったため、ＧないしＣとの交渉の結果、売却日におけるＨ終値を下回る価額を受け入れざるを得ず、結果として本件Ｄ銀行株式についてはおおむね１２．５パーセント、本件１１銘柄株式についてはおおむね１０パーセント程度それぞれ終値を下回る価額で譲渡することとなったし、本件Ｄ銀行株式の譲渡価額の交渉においては、同株式の原告の保有株式数は、Ｄ銀行の発行済株式総数の約１．７４パーセントを占めており、同株式の流動性リスクにより、価格が下落するおそれ等から取引所の価格では買い取れなかった。その上、平成１５年株式売買取引について、平成１７年に実施された税務調査において当該取引について寄附金の問題は取り上げられなかった。これらの事情に照らすと、譲渡価格を売却日におけるＨの終値をおおむね１０パーセント下回る価額は、時価の範囲内にある。

ウ　また、時価と譲渡の対価の差額が寄附金に当たるためにはそれが「実質的に贈与をしたと認められる金額」である必要がある以上（法人税法３７条８項）、寄附金に当たるといえるためには低額譲渡をした法人が贈与の意思を有していたことを裏付ける事情が必要であり、その主張立証責任は被告にあるが、被告は上記要件の存在について何らの主張立証をしていないから、本件譲渡株式に係る寄附金認定を正当化できる余地はない。

（６）争点⑥（本件譲受差額の受贈益課税の適法性）について

（被告の主張の要旨）

ア　法人税法２２条２項は、無償による資産の譲受けであっても、譲受時における資産の時価に相当する収益があると認識すべきことを明らかにしているところ、資産の低額譲受けにおいても、当該資産に時価に相当する経済的価値が認められることに変わりはないから、益金の額に算入すべき収益の額には、当該資産の譲受けの対価の額と当該資産の時価との差額が含まれるものと解すべきである。

このような法人税法２２条２項の規定によれば、資産の低額譲受けの場合に、当該資産の譲受けの対価の額と当該資産の時価との差額が益金の額に算入される要件としては、当該差額があること、すなわち当該差額相当額の経済的な利益の移転があることをもって足りると解するのが相当である。

イ　低額譲受けの場合における譲受資産の時価に係る解釈も低額譲渡の場合と同様であり、具体的には、前記（５）（被告の主張の要旨）ウで述べたとおりであって、関連会社間の相対取引による上場株式の時価については、特段の事情がない限り、上場された証券取引所における株価（譲受日における当該証券取引所の終値）をもって、自由競争の原理によって形成された時価と認めるのが相当である。

（原告の主張の要旨）

ア　前記（５）（原告の主張の要旨）は、本件譲受差額に係る受贈益課税の適法性にも該当するから、関連会社間の相対取引でも時価の幅を当然認めるべきである。

イ　仮に証券市場における終値を時価と捉える被告の立場に立ったとしても、本件譲受株式は、Ｄ銀行の株式であるから、前記（５）（原告の主張の要旨）イのとおり、同株式の流動性リスクにより、価格が下落するおそれ等から取引所の価格では譲り受けられなかったから、取引日の終値を１０パーセント程度下回る価格で取引したことに十分な合理性がある。

（７）争点⑦（過少申告加算税に係る「正当な理由」（通則法６５条４項）の有無）について（原告の主張の要旨）

平成１５年３月には、原告において、取引所の終値をおおむね１０パーセント程度下回る価額での平成１５年株式売買取引が実施されたが、そのことについて、平成１７年に実施された税務調査では課税処分を受けなかったし、上記税務調査を担当した調査官も上記のような取引を問題としないような対応をしていたから、本件は、通則法６５条４項に規定する「正当な理由があると認められるものがある場合」に当たるというべきであり、本件譲渡株式及び本件株式取得に係る過少申告加算税の賦課決定処分は取消しを免れない。

（被告の主張の要旨）

「正当な理由」の立証責任は原告が負っているところ、担当調査官が、当該株式の取引を問題として取り上げなかったことが、グループ会社内での株式の売買価額を取引所の終値をおおむね１０パーセント程度下回る価額とすることを正当なものとして是認するものではないし、原告に対し、上場株式の譲渡価額を、終値を１０パーセント下回る価額とする取引が法人税法上も是認され得るような指導をしたとも認められないから、原告の主張は失当である。

第３　当裁判所の判断

１　争点①（平成２０年３月期に係る確定申告の申告所得及び税額を下回る部分の更正処分取消請求並びに同２１年３月期に係る確定申告の申告所得及び税額を下回る部分の更正処分取消請求の適法性）について

（１）原告は、本件では平成１８年３月期から同２２年３月期までの各事業年度に係る法人税につき、いずれも平成２３年６月１５日に更正処分がされるという連年同時更正がされたため、例えば、平成１８年３月期更正処分及び同１９年３月期更正処分においてそれぞれ損金算入を否認された減価償却超過額の一部（この否認自体は原告も争っていない。）が、同２０年３月期の損金算入額として所得金額から減算されたり、同１９年３月期更正処分により同期に係る事業税が増加する反射的作用としてこれが同２０年３月期の所得金額から減算されたりすることとなり、その結果、原告の計算するところによれば、平成２０年３月期及び同２１年３月期の原告の各所得金額及び各納付すべき税額は、当該各期の確定申告において申告した額を下回ると主張する。そして、原告は、確定申告において申告した税額が本来納付すべきものより過大である場合には通則法２３条又は法人税法８０条の２の定める更正の請求をするのが通常であるとしつつも、本件では、連年同時更正によりかかる結果が生じるなどしたため、更正の請求をすることが困難であったから、このような場合には、確定申告に係る額を下回る部分についても更正処分の取消しが認められるべきであると主張する。以下、検討する。

（２）ア法人税のように納付すべき税額の確定の手続につき申告納税方式によるものとされている国税においては、納付すべき税額は、原則として納税者のする申告により確定し（通則法１５条、１６条１項１号、２項、法人税法７４条１項参照）、納税者が申告の内容を自己の利益に変更するためには、更正の請求の方法（通則法２３条、法人税法８０条の２等）によらなければならないものとされている。そして、申告納税制度が採られている国税において、確定申告書に記載された事項の過誤の是正につき更正の請求という特別の制度が設けられたのは、課税標準等の決定については、最もその間の事情に通じている納税義務者自身の申告に基づくものとし、その過誤の是正は法律が特に認めた場合に限るものとすることが、租税債務を可及的速やかに確定させるべき国家財政上の要請に応ずるものであり、納税者に対しても過当な不利益を強いるおそれがないと考えられるからであると解される。このような更正の請求の制度の趣旨に照らせば、申告に係る納付すべき税額等を更正する処分を受けた納税者は、申告の無効を主張することができるような特段の事情がある場合を除き、当該更正処分のうち申告に係る納付すべき税額又は還付金の額に相当する税額を下回る部分については、上記更正の請求の手続を経ない限り、抗告訴訟において取消しを求めることはできないものというべきである（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同３９年１０月２２日第一小法廷判決・民集１８巻８号１７６２頁参照）。

イ　この点、原告は、連年同時更正による減算項目によって、本来あるべき所得金額及び納付すべき税額が、確定申告における額を下回る場合、平成２３年にされた連年同時更正による減算項目は本件各更正処分の前においては存しないため、原告は平成２０年３月期及び同２１年３月期の各法定申告期限から１年以内にこれらの金額について通則法２３条１項の更正の請求を行うことはできないから、このような場合には確定申告における額を下回る部分についても取消訴訟が認められるべきであると主張する。

しかしながら、加算・減算項目の発生の原因となる事実は、連年同時更正によって発生するものではなく、確定申告時に存在していたものである。すなわち、先に挙げた減価償却超過額の否認を例に取ると、それは申告時において減価償却費に関する税務処理を誤った結果、更正処分において否認されたものであり、税務処理の誤りという事実は申告時において存在していたものである。また、前事業年度分の事業税については、課税実務上、事業年度終了の日までに、申告、更正又は決定がされていない場合であっても、当該事業年度の損金の額に算入することができるものとして取り扱われている（法人税基本通達９－５－２前段参照）から、本来であれば当該事業年度に係る確定申告において適切に申告できたものである。そうすると、原告が確定申告後一定期間内に通則法２３条に基づく更正の請求をしなかったのは、当該請求の前提となる事実が存在しなかったからではなく、連年同時更正がされるまで原告が自らの税務処理の誤りについて認識していなかったからにほかならないというべきであって、更正の請求が客観的に困難であったということはできない。したがって、当該困難の存在を理由として上記のような取消訴訟が認められるべきとする原告の主張は、採用できない。

ウ　以上のとおり、本件では通則法２３条による更正の請求が可能であったといえるから、その余の点について検討するまでもなく、当該請求の困難を理由とする原告の上記主張は採用できないというべきであるが、原告は法人税法８０条の２による更正の請求の事実上の困難性についても主張するので、念のため付言する。同条は、更正決定に伴い、その後の事業年度の法人税額が過大となる場合に、その更正の通知を受けた日の翌日から２月以内に限り更正の請求ができるとしているところ、これは、更正の基礎となった事実に直接基因してその後の事業年度の法人税額が過大となる場合のことであるから、その後、税務署長が職権でその過大となった税額について更正をした場合には、更正の請求ができないと解されるところである（乙３５）。本件において、原告の平成２０年３月期及び同２１年３月期については、それぞれより前の事業年度における更正の基礎となった事実に直接基因して法人税額が過大となる部分について、既に職権で減額されており、同条が適用される余地はないから、同条の適用可能性があることを前提としてその適用の事実上の困難をいう原告の主張は前提を欠くものである。

（３）以上によれば、その余の点について検討するまでもなく、平成２０年３月期及び同２１年３月期に係る各更正処分の取消しを求める訴えのうち、当該各事業年度における各確定申告の申告所得及び申告税額を下回る部分についての取消しを求める部分は、不適法である（平成２１年３月期については減額更正処分がされており、同更正処分の取消しを求める訴えは、その全体が確定申告の申告所得及び申告税額を下回る部分についての取消しを求めるものであるから、その全体が不適法となる。）。

２　争点②（減額更正処分の義務付け訴訟の適法性）について

原告は、平成２０年３月期及び同２１年３月期に係る各更正処分についての取消訴訟が認められない場合の予備的請求として、原告の主張内容に沿った減額更正処分の義務付けを求めている。原告が当該請求の根拠として主張するのは、処分行政庁は、合法性の原則の下で、正しい法人税額に基づいた課税をすべく、職権で減額更正処分を行う必要があるところ、原告が更正の請求を行うことは不可能であったから、かかる減額更正処分は、いわゆる非申請型の義務付け訴訟（行訴法３条６項１号）に該当し、同法３７条の２に基づいて義務付けの訴えが認められるというものである。

そこで検討すると、非申請型の義務付け訴訟（行訴法３条６項１号）は、「処分がされないことにより重大な損害を生ずるおそれがあり、かつ、その損害を避けるため他に適当な方法がないときに限り」訴えを提起することができる（同法３７条の２第１項）とされているところ、平成２０年３月期及び同２１年３月期に係る各更正処分についての取消訴訟のうち、当該各事業年度の確定申告における申告額を超える部分の取消しを求める部分については、適法に取消訴訟が提起されているのであるから、「損害を避けるため他に適切な方法がない」の要件を充足しない。また、上記申告額を下回る部分の取消しを求める部分については、前記１で見たとおり、更正の請求の手続を経るべきものである以上、それを経ないまま抗告訴訟によって救済を求めることはできないものというべきである。

よって、原告の主張は採用できず、上記減額更正処分の義務付けを求める訴えは不適法である。

３　争点③（本件金員の寄附金該当性）について

（１）本件金員につき、原告は、乙が、原告創業者の妻として原告の創業に多大に貢献し、昭和２０年代及び３０年代の原告の経営が最も困難な時期を支え、原告及び原告の従業員にとっては精神的拠り所となるとともに、近隣住民にとっても原告を象徴する存在となっていたこと、同人が昭和４０年代前半に原告を退職した後も、象徴的存在として、原告に対する従業員の求心力を高めたり、近隣住民との良好な関係を維持したりするのに貢献していることから、原告と乙との間の合意に基づき、乙への退職金的性格と顧問料的性格を有するものとして、４０年以上にわたって支給してきたものであり、必要経費に該当する旨主張する。

（２）前提事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨によれば、以下の事実が認められる。

乙は、大正●年●月●日に生まれ、原告の創業者である丁の妻であった者である。乙は、従前、東京都渋谷区●●に居住していたが、昭和５８年１２月、同区●●に転居し、平成２３年１月１７日からは、同区●●に所在する特別養護老人ホームに入居している。原告は、遅くとも昭和５２年から、乙に対して、給与として毎月１０万円を支給し、そこから健康保険料や旅行会の積立費等が控除された額を支払っていた。なお、賃金台帳には、乙の雇入年月日として昭和３４年７月２１日と記載されているが、原告と乙との間の雇用契約に係る書類等は残されていない。（甲５、９、２６、２７、乙４～６）

関東信越国税局の職員は、平成２３年１月１２日、上記渋谷区の自宅において、乙から本件金員に関する聴取を行った。乙は、同職員からの質問に対して、職業は無職であること、原告からの給与についていつ頃からもらうようになったのかはっきり覚えていないが、１０万円くれるというのでもらっているが、詳しいことは分からないこと、原告の仕事は全くやっていないことなどを回答した。乙は、同日、上記職員の作成に係る乙の聴取書を確認し、内容に誤りがないことを確認して、署名押印した。（乙９、２５）

（３）以上の事実関係を基に検討するに、法人税の課税標準としての法人の所得の計算に当たり、会社が従業員の給料を損金として算入することができるのは、給料が従業員の会社に対する労務提供の対価として会社の営業利益についての必要経費と認められるからであり、給料名義で支払われた金員であっても、それが従業員の会社に対する労務提供の対価とみられない場合は、その支払が雇用契約上会社の義務とされている等特段の事情がないかぎり、損金に算入することはできないものといわなければならない（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同４９年８月３０日第三小法廷判決・裁判集民事１１２号４４９頁参照）。原告は、本件金員につき、乙への退職金的性格と顧問料的性格を有するというのであるが、そのいずれであれ労務提供の対価といえる点で給与とその基本的性格が異なるものではないものというべきである。

以上の観点から、まず、退職金としての性格の点についてみると、原告の主張によれば、乙は、昭和４０年代前半に原告を退職したというのであるから、本件金員の損金性が問題となっている平成１８年３月期の開始時である平成１７年４月当時、退職後既に４０年ほど経過していたものであって、かかる長期間を経た時点での金員の支給が過去の労務に対する対価といえるかには疑問があるだけでなく、支払に関する合意書類は存在せず、退職金支給やその額算定の根拠となる乙の在職時の職務内容や給与ないし報酬の程度も一切明らかでないのであって、原告の主張を裏付ける事情が存在するとはいえない。また、顧問料としての性格の点についてみると、平成１７年４月当時、乙は●歳であって、原告の主張によっても、象徴的存在として原告に対する従業員の求心力を高めたり、近隣住民との良好な関係を維持したりするのに貢献しているというにすぎないのであって、顧問としての具体的活動を行っているとは認められない。そして、先にも見たとおり、乙は、１０万円くれるというのでもらっているが、詳しいことは分からない、原告の仕事は全くやっていないと話していることをも考慮すると、本件金員が、原告と乙との合意に基づき、乙の過去の労務提供に対する対価又は現在の労務提供に対する対価という義務的給付として支払われているものとはいえない。

そうすると、上記支給は、経済的にみて贈与と同視し得る金銭その他の資産の譲渡又は経済的な利益の供与に当たるということができるから、本件金員を寄附金と認定した判断は適法である。

なお、原告は、関東信越国税局の職員に対する乙の回答は、同人の真意に基づくものとは考えられないし、仮に乙がそのような発言をしたとしても、それは聴取時に乙が正常な判断能力を既に失っていたから、同人の聴取書は本件金員が対価性ある支払であることを否定する根拠にはなりえないと主張する。確かに、乙は聴取時●歳であり、聴取の５日後には特別養護老人ホームに入所しているが、調査官の調査時の状況（乙２５）に特段不自然な点はないこと、聴取から９か月後に実施された原告の従業員の評価でも、●歳という高齢なりの所作言動ではあるが、しっかりしていること、原告の給料について確認すると「昔のご縁で払ってもらっている」と発言していること（甲７）などに照らすと、乙の上記職員に対する回答が乙の真意に基づくものではないともいえないし、乙が正常な判断能力を既に失っていたものともいえない。

（４）以上によれば、原告の主張は採用できず、本件金員が寄附金に該当し、損金に算入されないとした被告の判断は適法である。

４　争点④（本件固定資産税等の損金算入時期の適法性）について

（１）原告は、本件固定資産税等の額は、３月３１日までに原告においてその納税額を算定することが可能であり、当該納税者において確実に支払わなければならない債務であるから、３月３１日において確定した債務として当該事業年度の損金の額に算入することを認めないことは違法である旨主張するので検討する。

固定資産税等は、法人税法２２条３項２号にいう「販売費、一般管理費その他の費用」に該当する。そこで、同号が定める損金算入時期について検討すると、同号は、各事業年度において当該事業年度終了の日までに債務の確定している販売費等を損金の額に算入すると定め、販売費等の損金算入時期について、販売費等の債務の確定した時期の属する事業年度の損金の額に算入するとの基準（債務確定基準）の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入すべき金額として、同項１号に掲げるもののほか、当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用（償却費以外の費用で当該事業年度終了の日までに債務の確定しないものを除く。）の額を掲げ、費用の帰属年度についてのいわゆる債務確定基準を定めている。このように、同項２号が債務確定基準を採用しているのは、債務として確定していない費用については、その発生の見込み及びその金額が明確ではなく、恣意性が入りやすいため、このような費用を損金の額に算入することを否定したものであり、所得の金額の計算が不明確となることから、課税の公平を確保するために、企業の恣意性の入り込みやすい費用の見越計上や引当金の設定を、法令に別段の定めがない限り認めないことにしたものと解されるところである。この点、原告は、平成１６年最高裁判決を参酌すれば、同号の趣旨に反しない限り、債務確定基準を緩やかに解することが認められる旨主張するが、同判決は、いわゆる費用収益対応原則が妥当する売上原価について、当該事業年度終了日までに当該費用に係る債務が確定しない場合、どの事業年度に帰属させるべきであるかが問題となった事例について、当該事業年度の損金の額に算入することができる基準を示したものであるから、債務確定基準を採用した同号につき、上記判決の示すところを参酌することは相当とはいえない。

（２）そして、固定資産税等は、賦課課税方式をとっているところ、その徴収は普通徴収の方法によるものとされ（地方税法３６４条１項、７０２条の８第１項）、固定資産税等について賦課決定があったときは、納税者に納税通知書が送付されることによって納付の告知がされ（同法１３条１項、１条１項７号）、これによって当該固定資産税等の税額が確定し、その租税債権が具体的に成立するものと解される。そうすると、固定資産税等の税額が確定するのは、納税通知書が送付され、納付の告知がされたときであるから、その時に債務が確定すると解するのが相当である。本件において、本件固定資産税等の各納税通知書の日付は、それぞれ別表１「通知書記載年月日」欄に記載された年月日以降であることは当事者間に争いがないから、本件固定資産税等はいずれも３月３１日において確定していたとは認められない。

この点、原告は、固定資産税等は、納税通知書が送付される前の３月３１日において当該費用を支出することが確実に見込まれており、かつ、同日においてその金額を適正に見積もることが可能であると主張する。しかしながら、債務確定基準の下では先に述べたとおり解されるところ、この点を措くとしても、固定資産税の課税標準となる土地又は家屋の価格が固定資産課税台帳に登録された後にもその修正の余地が制度上存在しているところであるし（地方税法４１７条等）、本件においても、適宜の修正（同法３４９条２、３項、同法附則１７条の２（平成１９年度及び平成２０年度については、平成２１年法律第９号による改正前のもの。平成２２年度については、平成２４年法律第１７号による改正前のもの））の要否の検討がされた上で本件各事業年度の本件固定資産税等に係る価格が固定資産課税台帳に登録されて閲覧に供されたのは、いずれも翌事業年度である４月１日以降であったと認められる（乙３７の１～３８の２）。そうすると、一般的にみても、また、本件の個別事情からみても、本件各事業年度の３月３１日において本件固定資産税等の金額を適正に見積もることが可能であったとはいい難いものというべきである。

（３）以上によれば、原告の主張は採用できないから、本件固定資産税等に係る納税の告知がされた日の属する事業年度の損金の額に算入した被告の判断は適法である。

５　争点⑤（本件譲渡差額の寄附金認定の適法性）について

（１）法人税法６１条の２第１項１号の解釈について

ア　原告は、有価証券の譲渡利益額の計算方法について規定した法人税法６１条の２第１項１号に定める「譲渡に係る対価の額」とは、譲渡の対価として当事者間に合意された額をいうものと解すべきであり、「譲渡に係る対価の額」を時価と解した上で時価相当額の収益が原告に発生したことを前提としてされた平成２０年３月期及び同２１年３月期に係る各更正処分は違法である旨主張するので、以下検討する。

イ　まず、資産の無償譲渡ないし低額譲渡に係る法人税法の定めについてみると、同法２２条は、内国法人の各事業年度の所得の金額は、益金の額から損金の額を控除した金額とする旨定めた上（１項）、「…益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受け…に係る当該事業年度の収益の額とする。」と定め（２項）、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、資産の無償譲渡も収益の発生原因となるものとしている。その趣旨は、法人が資産を他に譲渡する場合には、その譲渡が代金の受入れその他資産の増加を来すべき反対給付を伴わないものであっても、譲渡時における資産の適正な価額に相当する収益があると認識すべきものであることを明らかにしたものと解される。そして、譲渡時における適正な価額より低い対価をもってする資産の低額譲渡の場合にも、当該資産には譲渡時における適正な価額に相当する経済的価値が認められるところ、たまたま現実に収受した対価がそのうちの一部のみであるからといって適正な価額との差額部分の収益が認識され得ないものとすれば、無償譲渡の場合との間の公平を欠くことになるから、その趣旨からして、この場合に益金の額に算入すべき収益の額には、当該資産の譲渡の対価の額のほか、これと同資産の譲渡時における適正な価額との差額も含まれるものと解される（最高裁平成●●年（○○）第●●号同７年１２月１９日第三小法廷判決・民集４９巻１０号３１２１頁参照）。

他方、資産の低額譲渡の場合に上記の計算によって益金が計上されるとき、譲渡の対価の額と当該資産の譲渡の時における価額との差額のうち実質的に贈与をしたと認められる金額は損金計上の対象たる寄附金の額に含まれるのであるが（法人税法３７条８項）、寄附金の額について政令で定めるところにより計算した金額を超える部分の金額は、損金の額に算入されない（同条１項）。これは、法人が支出した寄附金の全額を無条件で損金に算入するとすれば、法人税の減収を招き、国の財政収入の確保を阻害するばかりでなく、寄附金の出捐による法人の負担が、法人税の減収を通じて国に転嫁され、課税の公平上適当ではない一方で、法人が支出する寄附金には、それが法人の収益を生み出すのに必要な費用としての側面を有するものもあり、これを客観的に判定することが困難であることから、統一的な損金算入制度を設けたものと解される。

以上のとおり、法人税法は、資産の低額譲渡がされた場合、当該資産の譲渡の対価の額のほか、同資産の譲渡時における適正な価額との差額も益金の額に含めるべきものとした上で、その場合に寄附金に該当する金額については所定の限度でしか損金に算入しないという態度を取っているものである。

ウ　上記のような法人税法の定めがある中、同法６１条の２第１項は、同法２２条２項の「別段の定め」として、平成１２年法律第１４号による法人税法６１条の２の新設により定められたものである（以下「平成１２年度改正」という。）。

法人税法６１条の２第１項が設けられた趣旨は、次のとおりである。すなわち、平成１２年度改正前は、有価証券の譲渡損益の額について、譲渡収入の額の合計額から譲渡原価の額を控除し、一事業年度分を一括して計算することを前提に、期末時の評価額の計算の規定が設けられていたが、この規定によると、譲渡収入及び譲渡原価はそれぞれ総額で認識されるとともに、低価法による評価損は、期末評価額の算定要素となることを通じて譲渡原価を構成することになり、独自に損益項目として計上されることはない仕組みとなっていた。しかしながら、現に行われている有価証券の譲渡損益の額の計算及び処理は、譲渡の取引ごとに正味の譲渡損益の額を計算してその合計額を利益又は損失として損益計算書に計上するとともに、低価法による評価損がある場合には、別途、評価損として損益計算書に計上するというものであったので、平成１２年度改正前は法人税法の規定と実際に行われている運用との間で相違が生じていたから、その相違を解消するために同条が設けられたものである（乙３４）。

以上のとおりであって、同項は、有価証券について資産の無償譲渡や低額譲渡に係る上記イで見た法人税法の定めと異なる取扱いを新たに行うとの趣旨で設けられたものではない。

エ　原告は、法人税法６１条の２第１項１号所定の「譲渡に係る対価の額」の文言は、素直に読めば、譲渡対価額を意味するし、同法３７条８項では、譲渡対価額と譲渡時価額とを使い分けていることをも踏まえると、「譲渡における対価の額」とは譲渡当事者間で合意された対価額をいうものと解すべきである旨主張する。

しかしながら、法人税法が資産の無償譲渡ないし低額譲渡につき前記イのような定めをしており、また、上記ウで見たとおり、同法６１条の２第１項もかかる定めと異なる取扱いをする趣旨で設けられたものとは解されないことに照らすと、同項１号の定めは、同法２２条２項や同法３７条８項と整合的に解釈されるべきである。また、同法６１条の２第１項１号が同法３７条８項の定める「譲渡（中略）の対価の額」とは異なる「譲渡に係る対価の額」という多少の評価が介在する余地のある文言を用いていることにも照らすと、同法６１条の２第１項１号と同法３７条８項がそれぞれ定める「対価」についての解釈は異なり得るものといえる。

以上のような観点からすれば、法人税法６１条の２第１項１号の定める「譲渡に係る対価の額」とは、譲渡時における適正な価額（時価）をいうものと解するのが相当である。

（２）時価について

ア　以上のとおり、法人税法６１条の２第１項１号の定める「譲渡に係る対価の額」とは譲渡時における適正な価額（時価）をいうものと解すべきところ、原告は、近時では取引所外取引を含めた多様な取引が行われるようになっているし、譲渡株式がＨの上場株式の場合であっても、取引時間中には同一銘柄の株式につき終値以外の価額での取引が行われている以上、同取引所における取引の終値を唯一無二の時価とすべきではなく、時価は幅を持ったものとして考えるべきであるから、終値をおおむね１０パーセント程度下回る価額でされた本件譲渡は、時価の範囲内でされたものであり、低額譲渡に該当せず、したがって寄附金にも該当しない旨主張する。

しかしながら、時価は、低額譲渡や寄附金該当性についての判断基準として用いられるものであるから、課税の明確性や公平を確保する観点からは、一定の客観的な基準によって認定された価額であることが要請されるものというべきである。そして、証券取引所に上場されている株式の公表されている価格は、市場を通じた不特定多数の当事者間の自由な取引によって成立した客観的なものであり、当該取引日の終値は、例えば、日本公認会計士協会作成の金融商品会計に関する実務指針が、株式に付すべき時価は市場価格とし、市場において公表されている取引価格を優先適用し、終値がなければ気配値を適用することや当日に終値も気配値も公表されていない場合には、同日前直近において公表された終値又は気配値とするとする（乙４０）など、一般に時価として広く認識され利用されているといえる。そうすると、特段の事情のない限り、証券取引所に上場されている株式につき取引日の終値をもって時価とするのは合理的なものというべきである。

イ　原告は、国外関連者との取引に係る課税の特例について定めた移転価格税制においては、上場株式の時価が幅のある概念であることを認めていると主張する。この点、租税特別措置法６６条の４第１項は、法人が出資関係等において所定の要件を満たす国外関連者との間で独立企業間価格と異なる対価で取引（国外関連取引）をした場合には、その取引は独立企業間価格で行われたものとみなして法人税関係法令を適用するものと定め、同条２項は、独立企業間価格とは、「国外関連取引が次の各号に掲げる取引のいずれに該当するかに応じ当該各号に定める方法のうち、当該国外関連取引の内容及び当該国外関連取引の当事者が果たす機能その他の事情を勘案して、当該国外関連取引が独立の事業者の間で通常の取引の条件に従って行われるとした場合に当該国外関連取引につき支払われるべき対価の額を算定するための最も適切な方法により算定した金額」とした上で、同項各号でいくつかの算定方法を定めているところである。上記条項が原告のいうような幅のある概念を認めているものかどうかは措くとしても、移転価格税制は、国際的経済活動の活発化に伴って、我が国の企業が、国外の関連企業（親会社、子会社等）に低価で資産の譲渡等を行い、又は国外の関連企業から高価で資産の譲渡等を受けることによって、所得が我が国から国外に移転し、その結果租税債務がゆがめられるという事態に対処するため、国外関連企業との間の取引（国外関連取引）における上記のような価格設定の結果、所得が国外に移転しているとみられる場合には、その取引を正常な状態に引き直して課税所得を算定することにより、租税債務のゆがみを取り除く制度として設けられたものであって、かかる目的と国外関連取引という特殊事情を踏まえて、独立企業間価格という概念を定め、その具体的算定方法を法定したものと解されるから、法人税法２２条や同法６１条の２の定めとは制度が異なるものというべきである。したがって、後者において問題となる時価の判断につき独立企業間価格におけると同様に幅のある算定を認めるべきという主張は採用できない。

ウ　原告は、本件譲渡株式は、原告を含めたグループ会社が取引先との関係を維持するために保有しているものであり、売り急ぐ必要があったことなどから、交渉の結果、Ｈ終値よりも低額で譲渡することになった旨主張するが、かかる事情はグループ会社内のいわば閉ざされた取引環境の中における特殊事情にとどまるものであって、不特定多数の当事者の自由な取引によって成立する客観的な価額としての時価の認定に際して考慮すべき特段の事情に当たるとはいえない。また、原告は、Ｄ銀行の株式に係る譲渡についてはその譲渡数が多数にわたり、値崩れを招くおそれがあったことなどから低額で譲渡されることになったなどとも主張するが、同株式の取引がグループ会社内の相対取引であることを踏まえると、かかる主張は採用し難い。いずれにせよ、本件において、Ｈ終値をもって時価とすべきでない特段の事情があるとはいえない。

（３）寄附金該当性について

ア　以上のとおり、証券取引所に上場された株式譲渡が低額譲渡に当たるかどうかについては、取引日における終値を時価とした上で判断されるべきところ、原告は、時価と譲渡の対価の差額が寄附金に当たるためにはそれが「実質的に贈与をしたと認められる金額」である必要がある以上（法人税法３７条８項）、寄附金に当たるといえるためには低額譲渡をした法人が贈与の意思を有していたことを裏付ける事情が必要であり、その主張立証責任は被告にある旨主張する。

この点、一定の金額を超える寄附金の額の損金不算入を定めた法人税法３７条の趣旨は、前記（１）イで見たとおりであり、これに加えて、同条７項が、寄附金の額とは、どのような名義をもってするかを問わず、法人が金銭その他の資産又は経済的な利益の贈与又は無償の供与をした場合における当該金銭の額若しくは金銭以外の資産のその贈与の時における価額又は経済的な利益のその供与の時における価額によるものとする旨を規定し、同条８項に規定する場合も上記寄附金に含まれるとしていることからすれば、同条８項に定める「実質的に贈与又は無償の供与をした」とは、金銭その他の資産又は経済的な利益を対価なく他に移転する場合であって、その行為について通常の経済取引として是認することができる合理的な理由が存在しないものを指すものと解するのが相当である。

イ　以上の観点から、本件についてみると、原告は、本件譲渡に係る対価を、当該譲渡日における譲渡対象株式の証券取引所における終値をおおむね１０パーセント下回るものにしたというのであり、終値に比してたまたま低額譲渡になったのでもないのであって、時価を踏まえた上で意識的にかかる低額の譲渡をしたことは明らかであり、この点について経済取引として是認することができる合理的な理由の存在をうかがわせる事情は認められない。

なお、前記（２）ウで見たとおり、原告は、本件譲渡株式は、原告を含めたグループ会社が取引先との関係を維持するために保有しているものであり、原告を含めたグループ会社内での移動のみが可能であり、本件Ｉ株式に関しては、会社分割により、Ｆが原告からＩとの間のすべての取引を承継したため、Ｆに保有させる必要があった、その余の本件譲渡株式に関しては、原告の売り急ぎの都合があったし、本件Ｄ銀行株式に関しては、株式の流動性リスクにより、価格が下落するおそれがあったことや、平成１５年株式売買取引について寄附金該当性が問題とならなかったことから、本件譲渡は時価の範囲内にある旨主張しているところであるが、念のため、これらの事情によれば本件譲渡株式に係る低額譲渡につき経済取引として是認することができる合理的な理由があるといえるかどうかにつき検討する。まず、グループ会社内での移動のみが可能であったという点については、それ自体としては低額譲渡を経済取引として是認することができる理由とはならない。また、本件１１銘柄株式については、原告の売り急ぎの都合があったため売却価格を引き下げざるを得なかったという事情を裏付ける客観的な証拠はないし、売り急ぐ必要がなかった本件Ｉ株式の譲渡に当たっても終値を１０パーセント下回っていたことに照らすと、売却価格を引き下げざるを得なかったとの理由も直ちには措信しがたい。そして、本件Ｄ銀行株式については、グループ会社内での相対取引であり、株式の流動性リスクにより、価格が下落するおそれを考慮する必要を考えにくいことからすれば、各種リスク等の考慮の下に形成される終値をさらに１２．５パーセント下回る額を譲渡対価として取引することに経済的合理性があるということはできない。平成１５年株式売買取引について寄附金該当性が問題とならなかったという事情も、以上のような取引の経済的合理性を裏付けるものとはいえない。

そうすると、上記事情があるからといって、低額譲渡につき上記の合理的な理由があるとはいえない。

（４）以上によれば、平成２０年３月期及び同２１年３月期における本件譲渡差額の寄附金認定は適法である。

６　争点⑥（本件譲受差額の受贈益課税の適法性）について

（１）原告は、本件譲受差額の受贈益を考えるに当たり、関連会社間の相対取引でも時価の幅がある旨主張するので、検討する。

（２）ア前記５（１）イのとおり、法人税法２２条２項は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、無償による資産の譲受けも収益の発生原因となるものとしているところ、その趣旨は、法人が資産を無償で譲り受ける場合には、譲受時における資産の時価に相当する収益があると認識すべきものであることを明らかにしたものと解される。そして、譲受時における時価より低い対価をもってする資産の低額譲受けの場合にも、当該資産には譲受渡時における時価に相当する経済的価値が認められるところ、たまたま現実に収受した対価がそのうちの一部のみであるからといって時価との差額部分の収益が認識され得ないものとすれば、無償譲受けの場合との間の公平を欠くことになるから、その趣旨からして、この場合に益金の額に算入すべき収益の額には、当該資産の譲受けの対価の額のほか、これと同資産の譲受時における時価との差額も含まれるものと解される。

イ　そして、時価は、前記５（２）のとおり、一定の客観的な基準によって認定された価額であることが要請されるから、証券取引所に上場されている株式につき取引日の終値をもって時価とするのは合理的なものというべきである。

（３）原告は、本件譲受株式は、Ｄ銀行の株式であるところ、同株式の流動性リスクにより、価格が下落するおそれ等から取引所の価格では譲り受けられなかったから、取引日の終値を１０パーセント程度下回る価格で取引したことに十分な合理性があると主張するが、上記主張が採用できないのは既に述べたとおりである。

（４）よって、本件譲受差額の受贈益課税は適法である。

７　争点⑦（過少申告加算税に係る「正当な理由」（通則法６５条４項）の有無）について（１）原告は、平成１５年３月に、取引所の終値をおおむね１０パーセント程度下回る価額での平成１５年株式売買取引が実施されたが、そのことについて、平成１７年に実施された税務調査では課税処分を受けなかったし、上記税務調査を担当した調査官も上記のような取引を問題としないような対応をしていたから、本件譲渡株式及び本件株式取得に係る過少申告加算税の賦課決定処分に関し、通則法６５条４項に規定する「正当な理由」がある旨主張する。

（２）申告納税方式による国税は、納税者の申告により確定することを原則とするため、適正な申告がされることが重要な意義を有することになる。そのため、過少申告加算税は、過少申告による納税義務違反の事実があれば、原則として当然にその違反者に対し課されるものであり、これによって当初から適法に申告し納税した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに、過少申告による納税義務違反の発生を防止し、適正な申告納税の実現を図り、もって納税の実を挙げようとする行政上の措置である。このような趣旨に照らせば、過少申告があっても例外的に過少申告加算税が課されない場合として通則法６５条４項が定めた「正当な理由があると認められる」場合とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお、なお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解するのが相当である（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１８年４月２０日第一小法廷判決・民集６０巻４号１６１１頁、最高裁平成●●年（○○）第●●号、第●●号同１８年４月２５日第三小法廷判決・民集６０巻４号１７２８頁）。

（３）これを本件についてみると、丙会長は、その陳述書（甲２７）において、かつてＪグループに属する会社で第三者割当増資を行った際に、上場株式について第三者割当増資を行う場合の発行価格は、証券取引所の平均終値のおおむね９０パーセント以上の価格であれば問題ないとされていることを知り、平成１７年に実施されたＡの税務調査に際して、平成１５年株式売買取引の価額決定方法を聞かれた際に、丙会長が、上記第三者割当増資の話を引き合いに出し、「終値を１０パーセントくらい下回っても問題ないだろう」と話したところ、担当の調査官がこれをそのまま受け入れ、平成１５年３月期についての課税処分がされた際に上記株式売買取引については問題とされなかったことから、その後も終値を１０パーセント程度下回る価格で取引をしたものであり、原告が本件譲渡株式の譲渡は低額譲渡に当たらず、本件譲受株式の譲受けが無償譲受けに該当しないとして申告をしたことについて正当な理由がある旨を述べる。

しかしながら、上記のような担当調査官とのやりとりがされたことを裏付けるだけの具体的、客観的証拠はないし、丙会長の陳述書で述べられる担当調査官の態度は明瞭でなく具体性を欠くものに留まっていることからすれば、仮に上記のとおりのやりとりがあったとしても、それが積極的に丙会長の見解を支持したと認め得るだけのものであるとはいえないのであって、同調査官がその問題を特段取り上げなかったことをもって丙会長がこれを自己に有利なように解釈したものと見る余地も多分にあるといわざるを得ない。また、平成１５年３月期についての課税処分がされた際に上記株式売買取引については問題とされなかったというのであるが、これを問題としなかったことのみをもって当該取引についての税務処理が正しいことを表明したとか、その後も同様の取扱いがされることを処分行政庁側において表明したものとかいえるものではない。そして、第三者割当増資の際の発行価格について原告主張のような取扱いがされているとしても、増資と株式の譲渡とは異なるものであるから、前者について原告のいうような取扱いがされているからといって、後者における低額譲渡の取扱いが当然に原告の主張するようなものになるとはいい難い。

以上検討してきたところによれば、仮に平成１５年３月期の課税処分において原告主張のような事実があったとしても、それをもって、本件譲渡が低額譲渡に当たらず、本件譲受けも低額譲受けに当たらないことを前提に原告が申告をしたことにつき、真に原告の責めに帰することのできない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお原告に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合とは認められない。

（４）よって、原告の本件譲渡株式及び本件株式取得に係る過少申告加算税の賦課決定処分に関し通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるとの主張には理由がない。

８　以上に述べたところによれば、本件各更正処分等は、別紙２「本件各更正処分の根拠及び適法性」及び別紙３「本件法人税各賦課決定処分の根拠及び適法性」のとおり、いずれも適法なものと認められる。

第４　結論

よって、本件訴えのうち、平成２０年３月期に係る更正処分のうち確定申告の申告所得及び申告税額を超えない部分、同２１年３月期に係る更正処分の所得金額及び税額を超えない部分について取消しを求めるもの並びに同２０年３月期及び同２１年３月期に係る減額更正処分の各義務付けを求めるものについては、いずれも訴えの利益がなく、不適法であるからこれらを却下し、原告のその余の訴えに係る請求は理由がないからこれらをいずれも棄却することとし、主文のとおり判決する。

東京地方裁判所民事第５１部

裁判長裁判官小林宏司

裁判官桃崎剛

裁判官中村仁子

（別紙１）

指定代理人目録

竹内京子、齋藤誠密、小原弘行、杉山泰久、村手康之、長澤聡子

以上

（別紙２）

本件各更正処分の根拠及び適法性

１　本件各更正処分の根拠

（１）平成１８年３月期法人税更正処分の根拠

ア　所得金額（別表４・順号⑭）

４億９４７０万７８２９円

上記金額は、下記（ア）の金額に（イ）ないし（エ）の金額を加算し、（オ）の金額を減算した金額である。

（ア）申告所得金額（別表４・順号①）

４億８１１５万８２４５円

上記金額は、原告が平成１８年６月３０日に下館税務署長に提出した平成１８年３月期の法人税の確定申告書（以下「平成１８年３月期法人税確定申告書」という。）に記載された所得金額と同額である。

（イ）寄附金の損金不算入額（別表４・順号②）

８４万８９７６円

上記金額は、①法人税法（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下（１）において同じ。）３７条７項の寄附金に該当する下記ａの寄附金の額１億３００５万６４００円のうち、同条１項、３項及び４項の規定により計算した下記ｂの金額１億１９４３万１７６６円を超える部分の金額である１０６２万４６３４円（平成１８年３月期法人税更正処分後の寄附金の損金不算入額）から、②下記ｃの平成１８年３月期法人税確定申告書に記載された寄附金の損金不算入額９７７万５６５８円を控除した金額であり、平成１８年３月期法人税更正処分により増加した寄附金の損金不算入額であって、平成１８年３月期の損金の額に算入されない。

ａ　平成１８年３月期に支出した寄附金の額

１億３００５万６４００円

上記金額は、原告が平成１８年３月期において支出した下記（ａ）ないし（ｃ）の寄附金の額の合計額である。

（ａ）指定寄附金等の金額（法人税法３７条４項）

１億００７６万円

上記金額は、平成１８年３月期法人税確定申告書に記載された指定寄附金等の金額と同額である。

（ｂ）特定公益増進法人等への寄附金額（法人税法３７条４項）

２８１０万円

上記金額は、平成１８年３月期法人税確定申告書に記載された特定公益増進法人等に対する寄附金額と同額である。

（ｃ）その他の寄附金額（上記（ａ）及び（ｂ）以外の寄附金額）１１９万６４００円上記金額は、下記Ⅰ及びⅡの金額の合計額である。

Ⅰ平成１８年３月期法人税確定申告書に記載されたその他の寄附金額

０円

上記金額は、平成１８年３月期法人税確定申告書に記載されたその他の寄附金額と同額である。

Ⅱ本件金員の額

１１９万６４００円

上記金額は、原告の平成１８年３月期における本件金員の額である。前記第２のとおり、本件金員は、原告から乙に対して、何らかの対価として支払われたものではなく、合理的な理由もなく支払われたものであるから、法人税法３７条の「寄附金の額」に該当する。

ｂ　寄附金の損金算入限度額

１億１９４３万１７６６円

上記金額は、①下記（ａ）の３３２万６６５３円及び（ｂ）の１５３４万５１１４円の合計額の２分の１に相当する金額９３３万５８８３円（法人税法３７条１項、同法施行令（平成１８年政令第１２５号による改正前のもの。以下（１）において同じ。）７３条１項１号）、②上記ａ（ａ）の指定寄附金等の金額１億００７６万円（法人税法３７条４項）及びａ（ｂ）の特定公益増進法人等への寄附金の損金算入限度額に相当する金額９３３万５８８３円（同項）の合計額である。

（ａ）資本金等の金額を基礎として計算した金額

３３２万６６５３円

上記金額は、原告の平成１８年３月期終了の時における資本金等の金額である１３億３０６６万１４９９円の１０００分の２．５に相当する金額であり（法人税法施行令７３条１項１号イ）、平成１８年３月期法人税確定申告書に記載された金額と同額である。

（ｂ）所得の金額を基礎として計算した金額

１５３４万５１１４円

上記金額は、下記Ⅰ及びⅡの金額の合計額６億１３８０万４５８４円（法人税法施行令７３条１項１号ロに規定する平成１８年３月期の所得の金額）の１００分の２．５に相当する金額である（同施行令７３条１項１号ロ）。

Ⅰ法人税法施行令７３条２項の規定により算出した金額

４億８３７４万８１８４円

上記金額は、①前記（ア）の申告所得金額４億８１１５万８２４５円から下記ｃの平成１８年３月期法人税確定申告書に記載された寄附金の損金不算入額９７７万５６５８円を減算した後の金額に、②下記（ウ）の２１５２万２６００円及び（エ）の１４９１万０３０８円をそれぞれ加算し、③下記（オ）の２３７３万２３００円、平成１８年３月期法人税確定申告書に記載された、法人税額から控除される所得税額に係る損金不算入額７万５２７０円及び税額控除の対象となる外国法人税の額等に係る損金不算入額２５万９７４１円をそれぞれ減算して算出した金額である。Ⅱ平成１８年３月期に支出した寄附金の額

１億３００５万６４００円

上記金額は、前記ａの平成１８年３月期に支出した寄附金の額である（法人税法施行令７３条３項）。

ｃ　平成１８年３月期法人税確定申告書における寄附金の損金不算入額

９７７万５６５８円

上記金額は、平成１８年３月期法人税確定申告書に記載された寄附金の損金不算入額と同額である。

（ウ）公租公課の損金不算入額（別表４・順号③）

２１５２万２６００円

上記金額は、原告の平成１８年３月期の損金の額に算入された、原告が平成１９年３月期中に通知を受けた固定資産税等の金額である（別表１参照）。当該固定資産税等は、平成１８年３月期において債務として確定していないことから、当該事業年度の損金の額に算入されない。

（エ）減価償却費の償却限度超過額（別表４・順号④）

１４９１万０３０８円

上記金額は下記ａ及びｂの金額の合計額である。

ａ　支払手数料の取得価額算入に伴う減価償却超過額

２５０万２６４３円

上記金額は、原告が支払手数料として、平成１８年３月期の損金の額に算入した設計料等の金額２５３万４０００円のうち、当該設計料等の金額が建物を取得するために要する費用として当該建物の取得価額に算入されることに伴って発生する当該建物の減額償却費に係る法人税法３１条１項所定の償却限度額（以下「普通償却限度額」という。）を超える部分の金額（以下「償却限度超過額」という。）であり、当該事業年度の損金の額に算入されない。

ｂ　特別償却の否認に伴う償却限度超過額

１２４０万７６６５円

上記金額は、原告が愛知県新城市に所在する原告の固定資産に係る減価償却費として平成１８年３月期の損金の額に算入した租税特別措置法（以下「措置法」という。平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下（１）において同じ。）４５条１項所定の普通償却額１９０４万７６９３円及び特別償却額１２４６万５２４０円の合計額３１５１万２９３３円のうち、当該固定資産の普通償却限度額１９１０万５２６８円を超える部分の金額（償却限度超過額）である。同所在地は、措置法４５条１項の表の２号の「地区又は地域」欄に掲げる地区又は地域に該当せず、同項の適用を受けることが認められないことから、当該償却超過額は損金の額に算入されない。

（オ）公租公課の損金算入額（別表４・順号⑦）

２３７３万２３００円

上記金額は、原告が平成１８年３月期中に通知を受けた固定資産税等の金額であり、原告が平成１７年３月期の損金の額に算入した金額と同額である（別表１参照）。当該固定資産税等は、平成１８年３月期において債務として確定したものであることから、当該事業年度の損金の額に算入される。

イ　所得金額に対する法人税額（別表４・順号⑮）

１億４８４１万２１００円

上記金額は、前記アの所得金額４億９４７０万７０００円（ただし、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に１００分の３０の税率（法人税法６６条１項及び平成１８年法律第１０号による廃止前の経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律１６条）を乗じた金額である。

ウ　試験研究を行った場合の法人税額の特別控除額（別表４・順号⑯）

２８８６万９４８０円

上記金額は、措置法４２条の４の規定により控除される試験研究を行った場合の法人税額の特別控除額であり、平成１８年３月期法人税確定申告書に記載された金額と同額である。

エ　課税対象留保金額に対する税額（別表４・順号⑱）

６９６万０６００円

上記金額は、下記（ウ）の課税留保金額５６４０万４０００円のうち、法人税法６７条１項の規定により、３０００万円については１００分の１０の税率を、残額の２６４０万４０００円については１００分の１５の税率をそれぞれ乗じて算出した金額の合計額である。

（ア）当期留保金額

２億２９６６万８９９５円

上記金額は、法人税法６７条２項の規定により、同項１号に掲げる平成１８年３月期に係る所得金額（前記アの所得金額）のうち留保した金額３億７９５４万４１４２円から、①前記イの所得金額に対する法人税額１億４８４１万２１００円から前記ウの試験研究を行った場合の法人税額の特別控除額２８８６万９４８０円及び下記オの控除所得税額等３３万５０１１円を控除した金額１億１９２０万７６０９円と、②法人税法施行令１４０条の規定により上記イの所得金額に対する法人税額１億４８４１万２１００円から下記オ（イ）の外国税額の控除額２５万９７４１円を控除した後の金額１億４８１５万２３５９円に１００分の２０．７を乗じて算出した金額３０６６万７５３８円との③合計額（①と②の合計額）１億４９８７万５１４７円を控除した後の金額である。

（イ）留保控除額

１億７３２６万４８８４円

上記金額は、法人税法６７条３項の規定により算出した留保控除額であり、同項１号の適用により、上記アの所得金額４億９４７０万７８２９円と平成１８年３月期法人税確定申告書に記載された受取配当等の益金不算入額３３万４６９８円との合計額に１００分の３５を乗じて算出した金額である。

（ウ）課税留保金額（別表４・順号⑰）

５６４０万４０００円

上記金額は、上記（ア）の金額から（イ）の金額を控除した金額（ただし、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。

オ　控除所得税額等（別表４・順号⑳）

３３万５０１１円

上記金額は、下記（ア）の金額と（イ）の金額の合計額である。

（ア）所得税額の控除額

７万５２７０円

上記金額は、法人税法６８条の規定により法人税額から控除される所得税額であり、平成１８年３月期法人税確定申告書の「所得税の額等（42）」欄に記載された金額と同額である。

（イ）外国税額の控除額

２５万９７４１円

上記金額は、法人税法６９条の規定により法人税額から控除される外国法人税額であり、平成１８年３月期法人税確定申告書の「外国税額（43）」欄に記載された金額と同額である。

カ　納付すべき法人税額（別表４・順号㉑）

１億２６１６万８２００円

上記金額は、前記イの金額からウの金額を控除した金額に、エの金額を加算し、オの金額を減算した金額（ただし、通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。

キ　既に納付の確定した法人税額（別表４・順号㉒）

１億２１６４万５５００円

上記金額は、平成１８年３月期法人税確定申告書の「差引所得に対する法人税額（13）」欄に記載された金額と同額である。

ク　差引納付すべき法人税額（別表４・順号㉓）

４５２万２７００円

上記金額は、前記カの金額からキの金額を差し引いた金額である。

（２）平成１９年３月期法人税更正処分の根拠

ア　所得金額（別表４・順号⑭）

９億６８２０万７４５９円

上記金額は、下記（ア）の金額に（イ）及び（ウ）の金額を加算し、（エ）ないし（キ）の金額を減算した金額である。

（ア）申告所得金額（別表４・順号①）

９億６２０５万９８４４円

上記金額は、原告が平成１９年６月２９日に下館税務署長に提出した平成１９年３月期の法人税の確定申告書（以下「平成１９年３月期法人税確定申告書」という。乙２０）に記載された所得金額と同額である。

（イ）公租公課の損金不算入額（別表４・順号③）

２４３５万５７００円

上記金額は、原告が平成２０年３月期中に通知を受けた固定資産税等の金額であり、原告が平成１９年３月期の損金の額に算入した金額と同額である（別表１参照）。

（ウ）特別償却の否認に伴う償却限度超過額（別表４・順号④）

７３１万５４４０円

上記金額は、原告が愛知県新城市に所在する原告の固定資産に係る減価償却費として平成１９年３月期の損金の額に算入した措置法（平成１９年３月法律第６号による改正前のもの。以下（２）において同じ。）４５条１項所定の特別償却額である。同所在地は、同項の表の２号の「地区又は地域内」欄に掲げる地区又は地域に該当せず、同項の適用を受けることが認められないことから、当該金額は損金の額に算入されない。

（エ）公租公課の損金算入額（別表４・順号⑦）

２１５２万２６００円

上記金額は、原告が平成１９年３月期中に通知を受けた固定資産税等の金額であり、原告が平成１８年３月期の損金の額に算入した金額と同額である（別表１参照）。

（オ）減価償却費の償却限度超過額の損金算入額（別表４・順号⑧）

２６８万８８３０円

上記金額は、前記（１）ア（エ）ｂの特別償却の否認に伴う償却限度超過額のうち、平成１９年３月期における普通償却限度額（法人税法（平成１９年法律第６号による改正前のもの。以下（２）において同じ。）３１条１項）に相当する金額である。上記償却限度超過額は、平成１８年３月期において償却費として損金経理された金額であることから、同条１項及び４項の規定により、上記普通償却限度額相当額が損金の額に算入される。

（カ）外国法人税の額の損金不算入額の加算過大額（別表４・順号⑨）

２７万１５９５円

上記金額は、原告が、平成１９年３月期法人税確定申告書において、法人税法４１条の規定に基づき、法人税額から控除する外国法人税の額（同法６８条）として、同確定申告書に添付した別表４「所得の金額の計算に関する明細書」の「税額控除の対象となる外国法人税等の額（26）」欄に記載して所得金額に加算した金額と同額である。当該金額は、上記「税額控除の対象となる外国法人税等の額（26）」欄だけでなく、同表の「損金の額に算入した附帯税、加算金、延滞金及び過怠税（６）」欄に記載された金額にも含まれており、所得金額に重複して加算されていたことから、当該事業年度の所得金額から減算される。

（キ）事業税の損金算入額（別表４・順号⑪）

１０４万０５００円

上記金額は、平成１８年３月期法人税更正処分により、地方税法７２条の２４の７の規定に基づき計算した、原告が納付することとなる事業税相当額の増加額である。

イ　所得金額に対する法人税額（別表４・順号⑮）

２億９０４６万２１００円

上記金額は、前記アの所得金額９億６８２０万７０００円（ただし、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に１００分の３０の税率（法人税法６６条及び平成１８年法律第１０号による廃止前の経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律１６条）を乗じた金額である。

ウ　試験研究を行った場合の法人税額の特別控除額（別表４・順号⑯）

３３７４万９５１０円

上記金額は、措置法４２条の４の規定により控除される試験研究を行った場合の法人税額の特別控除額であり、平成１９年３月期法人税確定申告書に記載された金額と同額である。

エ　課税対象留保金額に対する税額（別表４・順号⑱）

２５９３万４８００円

上記金額は、下記（ウ）の課税留保金額１億６２１７万４０００円のうち、法人税法６７条１項の規定により、３０００万円については１００分の１０の税率を、１億円を超える金額については１００分の２０の税率を、残額の７０００万円については１００分の１５の税率をそれぞれ乗じて算出した金額の合計額である。

（ア）当期留保金額

５億４９６７万７１３８円

上記金額は、法人税法６７条３項の規定により、同項１号に掲げる平成１９年３月期に係る所得金額（前記アの所得金額）のうち留保した金額８億６６０９万７７１７円から、①前記イの所得金額に対する法人税額２億９０４６万２１００円から上記ウの試験研究を行った場合の法人税額の特別控除額３３７４万９５１０円及び下記オの控除所得税額等３６万１４４５を控除した金額２億５６３５万１１４５円と、②法人税法施行令（平成１９年政令第８３号による改正前のもの）１３９条の１０の規定により前記イの所得金額に対する法人税額２億９０４６万２１００円から下記オ（イ）の外国税額の控除額２７万１５９５円を控除した後の金額２億９０１９万０５０５円に１００分の２０．７を乗じて算出した金額６００６万９４３４円との③合計額（①と②の合計額）３億１６４２万５７９円を控除した後の金額である。

（イ）留保控除額

３億８７５０万２９７２円

上記金額は、法人税法６７条５項の規定により算出した留保控除額であり、同項１号の適用により、前記アの所得金額９億６８２０万７４５９円と平成１９年３月期法人税確定申告書に記載された受取配当等の益金不算入額５４万９９７１円との合計額に１００分の４０を乗じて算出した金額である。

（ウ）課税留保金額（別表４・順号⑰）

１億６２１７万４０００円

上記金額は、前記（ア）の金額から（イ）の金額を控除した金額（ただし、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。

オ　控除所得税額等（別表４・順号⑳）

３６万１４４５円

上記金額は、下記（ア）の金額と（イ）の金額の合計額である。

（ア）所得税額の控除額

８万９８５０円

上記金額は、法人税法６８条の規定により法人税額から控除される所得税額であり、平成１９年３月期法人税確定申告書の「所得税の額等（42）」欄に記載された金額と同額である。

（イ）外国税額の控除額

２７万１５９５円

上記金額は、法人税法６９条の規定により法人税額から控除される外国法人税の額であり、平成１９年３月期法人税確定申告書の「外国税額（43）」欄に記載された金額と同額である。

カ　納付すべき法人税額（別表４・順号㉑）

２億８２２８万５９００円

上記金額は、前記イの金額からウの金額を控除した金額に、エの金額を加算し、オの金額を減算した金額（ただし、通則法１１９条１項により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。

キ　既に納付の確定した法人税額（別表４・順号㉒）

２億８００９万４７００円

上記金額は、平成１９年３月期法人税確定申告書の「差引所得に対する法人税額（13）」欄に記載された金額と同額である。

ク　差引納付すべき法人税額（別表４・順号㉓）

２１９万１２００円

上記金額は、前記カの金額からキの金額を差し引いた金額である。

（３）平成２０年３月期法人税更正処分の根拠

ア　所得金額（別表４・順号⑭）

６億９５８６万７６５５円

上記金額は、下記（ア）の金額に（イ）ないし（エ）の金額を加算し、（オ）ないし（ク）の金額を減算した金額である。

（ア）申告所得金額（別表４・順号①）

６億４９６１万８９６６円

上記金額は、原告が平成２０年６月３０日に下館税務署長に提出した平成２０年３月期の法人税の確定申告書（以下「平成２０年３月期法人税確定申告書」という。乙２１）に記載された所得金額と同額である。

（イ）寄附金の損金不算入額（別表４・順号②）

４２８万０５３６円

上記金額は、①法人税法（平成２０年法律第２３号による改正前のもの。以下（３）において同じ。）３７条７項の寄附金に該当する下記ａの寄附金の額８０５７万８２４５円のうち、同条１項、３項及び４項の規定により計算した下記ｂの金額２１２４万２４１４円を超える部分の金額である５９３３万５８３１円（平成２０年１２月期法人税更正処分後の寄附金の損金不算入額）から、②下記ｃの平成２０年１２月期法人税確定申告書に記載された寄附金の損金不算入額５５０５万５２９５円を控除した金額であり、平成２０年１２月期法人税更正処分により増加した寄附金の損金不算入額であって、平成２０年１２月期の損金の額に算入されない。

ａ　平成２０年３月期に支出した寄附金の額

８０５７万８２４５円

上記金額は、原告が平成２０年３月期において支出した下記（ａ）ないし（ｃ）の寄附金の額の合計額である。

（ａ）指定寄附金等の金額（法人税法３７条３項）

５０００円

上記金額は、平成２０年３月期法人税確定申告書に記載された指定寄附金等の金額と同額である。

（ｂ）特定公益増進法人等への寄附金額（法人税法３７条４項）７５１０万６８４５円上記金額は、平成２０年３月期法人税確定申告書に記載された特定公益増進法人等に対する寄附金額と同額である。

（ｃ）その他の寄附金額（上記（ａ）及び（ｂ）以外の寄附金額）５４６万６４００円上記金額は、下記Ⅰ及びⅡの金額の合計額である。

Ⅰ平成２０年３月期法人税確定申告書に記載されたその他の寄附金額

０円

上記金額は、平成２０年３月期法人税確定申告書に記載されたその他の寄附金額と同額である。

Ⅱ本件金員の額

５４６万６４００円

上記金額は、次のⅰ及びⅱの金額の合計額である。

ⅰ本件金員の額

１１９万６４００円

上記金額は、原告の平成２０年３月期における本件金員の額である。

ⅱ本件譲渡差額

４２７万円

上記金額は、原告の平成２０年３月期における本件譲渡差額である。

ｂ　寄附金の損金算入限度額

２１２４万２４１４円

上記金額は、①下記（ａ）の３３２万６６５３円及び（ｂ）の１７９１万０７６１円の合計額の２分の１に相当する金額１０６１万８７０７円（法人税法３７条１項、同法施行令（平成２０年政令第１５６号による改正前のもの。以下（３）において同じ。）７３条１項１号）、②上記ａ（ａ）の指定寄附金等の金額５０００円（法人税法３７条３項）及びａ（ｂ）の特定公益増進法人等への寄附金の損金算入限度額に相当する金額１０６１万８７０７円（同条４項）の合計額である。

（ａ）資本金等の金額を基礎として計算した金額

３３２万６６５３円

上記金額は、原告の平成２０年３月期終了の時における資本金等の金額である１３億３０６６万１４９９円の１０００分の２．５に相当する金額であり（法人税法施行令７３条１項１号イ）、平成２０年３月期法人税確定申告書に記載された金額と同額である。

（ｂ）所得の金額を基礎として計算した金額

１７９１万０７６１円

上記金額は、下記Ⅰ及びⅡの金額の合計額７億１６４３万０４４５円（法人税法施行令７３条１項１号ロに規定する平成２０年３月期の所得の金額）の１００分の２．５に相当する金額である（同施行令７３条１項１号ロ）。

Ⅰ法人税法施行令７３条２項の規定により算出した金額

６億３５８５万２２００円

上記金額は、①前記（ア）の申告所得金額６億４９６１万８９６６円から平成２０年３月期法人税確定申告書に記載された寄附金の損金不算入額５５０５万５２９５円、法人税額から控除される所得税額２１万５１０７円及び税額控除の対象となる外国法人税の額等の損金不算入額４６万４５１７円を減算した後の金額に、②下記（ウ）の２９０６万２５００円及び（エ）の４３９４万円をそれぞれ加算し、③下記（オ）の２４３５万５７００円、（カ）の３３７万３９４７円、（キ）の２８３万２７００円及び（ク）の４７万２０００円をそれぞれ減算して算出した金額である。

Ⅱ平成１９年３月期に支出した寄附金の額

８０５７万８２４５円

上記金額は、前記ａの平成１９年３月期に支出した寄附金の額である（法人税法施行令７３条３項）。

（ウ）公租公課の損金不算入額（別表４・順号③）

２９０６万２５００円

上記金額は、原告の平成２０年３月期の損金の額に算入された、原告が平成２１年３月期中に通知を受けた固定資産税等の金額である（別表１参照）。

（エ）受贈益の計上漏れ（別表４・順号⑤）

４３９４万円

上記金額は、原告が平成１９年９月２９日付の売買契約書に基づき、Ｃから購入したＤ銀行株式に係る本件譲受差額の金額である。

（オ）公租公課の損金算入額（別表４・順号⑦）

２４３５万５７００円

上記金額は、原告が平成２０年３月期中に通知を受けた本件固定資産税等の金額であり、原告が平成１９年３月期の損金の額に算入した金額と同額である（別表１参照）。

（カ）減価償却費の償却限度超過額の損金算入額（別表４・順号⑧）

３３７万３９４７円

上記金額は、前記（１）ア（エ）ｂの特別償却の否認に伴う償却限度超過額のうち、平成２０年３月期における普通償却限度額（法人税法３１条１項）に相当する金額である。上記償却限度超過額は、平成１８年３月期において償却費として損金経理された金額であることから、法人税法３１条１項及び４項の規定により、上記普通償却限度額相当額が損金の額に算入される。

（キ）還付法人税等の益金不算入額（別表４・順号⑩）

２８３万２７００円

上記金額は、原告の平成２０年３月期における益金の額に算入されない還付法人税等（法人税法２６条１項１号及び２号）の合計額４００７万８０００円と、原告が、同事業年度の益金の額に算入されない還付法人税等の金額として所得金額から減算した金額３７２４万５３００円との差額であり、上記各号の規定により益金の額に算入されないことから、同事業年度の所得金額から減算される。

（ク）事業税の損金算入額（別表４・順号⑪）

４７万２０００円

上記金額は、平成１９年３月期法人税更正処分により、地方税法７２条の２４の７の規定に基づき計算した、原告が納付することとなる事業税相当額の増加額である。

イ　所得金額に対する法人税額（別表４・順号⑮）

２億０８７６万０１００円

上記金額は、前記アの所得金額６億９５８６万７０００円（ただし、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に１００分の３０の税率（法人税法６６条）を乗じた金額である。

ウ　試験研究を行った場合の法人税額の特別控除額（別表４・順号⑯）

２１０２万５４６０円

上記金額は、措置法（平成２０年法律第２３号による改正前のもの。）４２条の４の規定により控除される試験研究を行った場合の法人税額の特別控除額であり、平成２０年３月期法人税確定申告書に記載された金額と同額である。

エ　課税対象留保金額に対する税額（別表４・順号⑱）

３０６万５４００円

上記金額は、下記（ウ）の課税留保金額３０４３万６０００円のうち、法人税法６７条１項の規定により、３０００万円については１００分の１０の税率を、残額の４３万６０００円については１００分の１５の税率をそれぞれ乗じて算出した金額の合計額である。

（ア）当期留保金額

３億９１３万９２４８円

上記金額は、法人税法６７条３項の規定により、同項１号に掲げる平成２０年３月期に係る所得金額（前記アの所得金額）のうち留保した金額５億３９３１万１４４９円から、①前記イの所得金額に対する法人税額２億０８７６万０１００円から前記ウの試験研究を行った場合の法人税額の特別控除額２１０２万５４６０円及び下記オの控除所得税額等６７万９６２４円を控除した金額１億８７０５万５０１６円と、②法人税法施行令１３９条の１０の規定により前記イの所得金額に対する法人税額２億０８７６万０１００円から下記オ（イ）の外国税額の控除額４６万４５１７円を控除した後の金額２億０８２９万５５８３円に１００分の２０．７を乗じて算出した金額４３１１万７１８５円との③合計額（①と②の合計額）２億３０１７万２２０１円を控除した後の金額である。

（イ）留保控除額

２億７８７０万２５２６円

上記金額は、法人税法６７条５項の規定により算出した留保控除額であり、同項１号の適用により、上記アの所得金額６億９５８６万７６５５円と平成２０年３月期法人税確定申告書に記載された受取配当等の益金不算入額８８万８６６０円との合計額に１００分の４０を乗じて算出した金額である。

（ウ）課税留保金額（別表４・順号⑰）

３０４３万６０００円

上記金額は、前記（ア）の金額から（イ）の金額を控除した金額（ただし、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。

オ　控除所得税額等（別表４・順号⑳）

６７万９６２４円

上記金額は、下記（ア）の金額と（イ）の金額の合計額である。

（ア）所得税額の控除額

２１万５１０７円

上記金額は、法人税法６８条の規定により法人税額から控除される所得税額であり、平成２０年３月期法人税確定申告書の「所得税の額等（42）」欄に記載された金額と同額である。

（イ）外国税額の控除額

４６万４５１７円

上記金額は、法人税法６９条の規定により法人税額から控除される外国法人税の額であり、平成２０年３月期法人税確定申告書の「外国税額（43）」欄に記載された金額と同額である。

カ　納付すべき法人税額（別表４・順号㉑）

１億９０１２万０４００円

上記金額は、前記イの金額からウの金額を控除した金額に、エの金額を加算し、オの金額を減算した金額（ただし、通則法１１９条１項により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。

キ　既に納付の確定した法人税額（別表４・順号㉒）

１億８０４７万７５００円

上記金額は、平成２０年３月期法人税確定申告書の「差引所得に対する法人税額（13）」欄に記載された金額と同額である。

ク　差引納付すべき法人税額（別表４・順号㉓）

９６４万２９００円

上記金額は、前記カの金額からキの金額を差し引いた金額である。

（４）平成２２年３月期法人税更正処分の根拠

ア　所得金額（別表４・順号⑭）

１億３９２６万６４１０円

上記金額は、下記（ア）の金額に（イ）の金額を加算し、（ウ）及び（エ）の金額を減算した金額である。

（ア）申告所得金額（別表４・順号①）

１億２２２５万３３３７円

上記金額は、原告が平成２２年６月３０日に下館税務署長に提出した平成２２年３月期の法人税の確定申告書（以下「平成２２年３月期法人税確定申告書」という。乙２２）に記載された所得金額と同額である。

（イ）公租公課の損金不算入額（別表４・順号③）

４８６１万０５３７円

上記金額は、次のａの金額とｂの金額の合計額である。

ａ　本件固定資産税等の損金不算入額

４３１８万５９００円

上記金額は、原告が平成２３年３月期中に通知を受けた固定資産税等の金額であり、原告が平成２２年３月期の損金の額に算入した金額と同額である（別表１参照）。

ｂ　未経過固定資産税等の清算金の損金不算入額

５４２万４６３７円

上記金額は原告が購入した土地及び建物につき原告が負担した未経過固定資産税等の額であり、原告が平成２２年３月期の損金の額に算入した金額である。当該金額は、当該土地及び建物の取得価額に算入すべきものであるから、当該事業年度の損金の額に算入されない。

（ウ）公租公課の損金算入額（別表４・順号⑦）

２８３１万１７００円

上記金額は、原告が平成２２年３月期中に通知を受けた固定資産税等の金額であり、原告が平成２１年３月期の損金の額に算入した金額と同額である（別表１参照）。

（エ）減価償却費の償却限度超過額の損金算入額（別表４・順号⑧）

３２８万５７６４円

上記金額は、前記（１）ア（エ）ｂの特別償却の否認に伴う償却限度超過額のうち、平成２２年３月期における普通償却限度額（法人税法（平成２２年法律第６号による改正前のもの。以下（４）において同じ。）３１条１項）に相当する金額である。上記償却限度超過額は、平成１８年３月期において償却費として損金経理された金額であることから、法人税法３１条１項及び４項の規定により、上記普通償却限度額相当額が損金の額に算入される。

イ　所得金額に対する法人税額（別表４・順号⑮）

４１７７万９８００円

上記金額は、前記アの所得金額１億３９２６万０６００円（ただし、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に１００分の３０（法人税法６６条）の税率を乗じた金額である。

ウ　試験研究を行った場合の法人税額の特別控除額（別表４・順号⑯）

１１００万２７７０円

上記金額は、措置法（平成２２年法律第６号による改正前のもの。以下（４）において同じ。）４２条の４及び同法４２条の４の２の規定により控除される試験研究を行った場合の法人税額の特別控除額であり、平成２２年３月期法人税確定申告書に記載された金額と同額である。

エ　課税対象留保金額に対する税額（別表４・順号⑱）

１２７万３５００円

上記金額は、法人税法６７条１項の規定により、下記（ウ）の課税留保金額１２７３万５０００円に１００分の１０の税率を乗じて算出した金額の合計額である。

（ア）当期留保金額

６８５４万７８４５円

上記金額は、法人税法６７条３項の規定により、同項１号に掲げる平成２２年３月期に係る所得金額（前記アの所得金額）のうち留保した金額１億０６０６万１９８４円から、①前記イの所得金額に対する法人税額４１７７万９８００円から前記ウの試験研究を行った場合の法人税額の特別控除額１１００万２７７０円及び下記オの控除所得税額等１７４万６４２３円を控除した金額２９０３万０６０７円と、②法人税法施行令（平成２２年政令第５１号による改正前のもの）１３９条の１０の規定により上記イの所得金額に対する法人税額４１７７万９８００円から下記オ（イ）の外国税額の控除額７９万６５４９円を控除した後の金額４０９８万３２５１円に１００分の２０．７を乗じて算出した金額８４８万３５３２円との③合計額（①と②の合計額）３７５１万４１３９円を控除した後の金額である。

（イ）留保控除額

５５８１万２８１４円

上記金額は、法人税法６７条５項の規定により算出した留保控除額であり、同項１号の適用により、前記アの所得金額１億３９２６万６４１０円と平成２２年３月期法人税確定申告書に記載された受取配当等の益金不算入額２６万５６２６円との合計額に１００分の４０を乗じて算出した金額である。

（ウ）課税留保金額（別表４・順号⑰）

１２７３万５０００円

上記金額は、前記（ア）の金額から同（イ）の金額を控除した金額（ただし、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。

オ　控除所得税額等（別表４・順号⑳）

１７４万６４２３円

上記金額は、下記（ア）の金額と（イ）の金額の合計額である。

（ア）所得税額の控除額

９４万９８７４円

上記金額は、法人税法６８条の規定により法人税額から控除される所得税額であり、平成２２年３月期法人税確定申告書の「所得税の額等（42）」欄に記載された金額と同額である。

（イ）外国税額控除の控除額

７９万６５４９円

上記金額は、法人税法６９条の規定により法人税額から控除される外国法人税の額であり、平成２２年３月期法人税確定申告書の「外国税額（43）」欄に記載された金額と同額である。

カ　納付すべき法人税額（別表４・順号㉑）

３０３０万４１００円

上記金額は、前記イの金額からウの金額を控除した金額に、エの金額を加算し、オの金額を減算した金額（ただし、通則法１１９条１項により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。

キ　既に納付の確定した法人税額（別表４・順号㉒）

２４７９万５４００円

上記金額は、平成２２年３月期法人税確定申告書の「差引所得に対する法人税額（13）」欄に記載された金額と同額である。

ク　差引納付すべき法人税額（別表４・順号㉓）

５５０万８７００円

上記金額は、前記カの金額からキの金額を差し引いた金額である。

２　本件各更正処分の適法性

被告が本訴において主張する原告の本件各事業年度の法人税に係る所得金額及び納付すべき税額は、前記１のとおりであり、本件各更正処分における所得金額及び納付すべき税額は、いずれも前記１の各金額と同額であるから、本件各更正処分はいずれも適法である。（別紙３）

本件各賦課決定処分の根拠及び適法性

１　本件各賦課決定処分の根拠

（１）平成１８年３月期の過少申告加算税の額（別表４・順号㉔）

４５万２０００円

上記金額は、通則法６５条１項の規定に基づき、平成１８年３月期法人税更正処分により原告が新たに納付すべき法人税額４５２万円（ただし、同法１１８条３項の規定により１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に、１００分の１０の割合を乗じて算出した金額である。

（２）平成１９年３月期の過少申告加算税の額（別表４・順号㉔）

２１万９０００円

上記金額は、通則法６５条１項の規定に基づき、平成１９年３月期法人税更正処分により原告が新たに納付すべき法人税額２１９万円（ただし、同法１１８条３項の規定により１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に、１００分の１０を乗じて算出した金額である。

（３）平成２０年３月期の過少申告加算税の額（別表４・順号㉔）

９６万４０００円

上記金額は、通則法６５条１項の規定に基づき、平成２０年３月期法人税更正処分により原告が新たに納付すべき法人税額９６４万円（ただし、同法１１８条３項の規定により１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に、１００分の１０を乗じて算出した金額である。

（４）平成２２年３月期の過少申告加算税の額（別表４・順号㉔）

５５万円

上記金額は、通則法６５条１項の規定に基づき、平成２２年３月期法人税更正処分により原告が新たに納付すべき法人税額５５０万円（ただし、同法１１８条３項の規定により１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に、１００分の１０を乗じて算出した金額である。

２　本件各賦課決定処分の適法性

被告が本訴において主張する原告の平成１８年３月期、平成１９年３月期、平成２０年３月期及び平成２２年３月期の法人税に係る過少申告加算税の額は上記１のとおりであり、本件各賦課決定処分における過少申告加算税の額は、いずれも前記１の各金額と同額であるから、本件各賦課決定処分はいずれも適法である。

別表１、別表２－１から別表２－３まで、別表３及び別表４省略

出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2015/pdf/12594.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。