税務訴訟資料第２６５号－１４０（順号１２７２３）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号通知処分取消請求事件
国側当事者・国（相馬税務署長）
平成２７年９月１８日棄却・控訴
判決
原告甲
同訴訟代理人弁護士大森浩司
同補佐人税理士青木喜三郎
被告国
同代表者法務大臣上川陽子
処分行政庁相馬税務署長
藤田義明
被告指定代理人前田佳行
ほか別紙１指定代理人目録記載のとおり
主文
１ 原告の請求を棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
相馬税務署長が平成２４年１１月２日付けで原告に対してした平成１５年１月１日から平成１５年１２月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税に係る原告の平成２４年７月１１日付け更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分（以下「本件通知処分」という。）を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、原告が、平成１５年分及び平成１６年分の所得税の確定申告に係る各更正処分の取消等を求める訴え（東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号所得税更正処分取消等請求事件）についての平成２４年５月●日に確定した判決（以下「別件判決」という。）が国税通則法２３条２項１号に規定する「判決」に該当するとして、確定申告をしていた平成１５年分の消費税及び地方消費税（以下、消費税と地方消費税を総称して「消費税等」という。）に係る課税標準等又は税額等につき、平成２４年７月１２日に更正をすべき旨の請求（以下「本件更正の請求」という。）をしたところ、処分行政庁から更正をすべき理由がない旨の通知（本件通知処分）を受けたことから、本件通知処分が違法であるとしてその取消しを求める事案である。
１ 関係法令等の定め
別紙２「関係法令等の定め」に記載したとおりである（同別紙２で定める略称等は、以下においても用いることとする。）。
２ 前提事実（証拠等の掲記のない事実は、当事者間に争いがないか、当事者において争うことを明らかにしない事実である。）
（１）ア原告は、昭和４４年頃以降、平成２３年３月１１日に発生した東日本大震災の影響により所有していた全ての肉用牛を処分するまで、肉用牛の肥育を行い、畜産業を営むなどしていた者である。
イ 原告は、平成７年２月●日に設立された有限会社Ａ（その商号は、同年１０月には「農業生産法人有限会社Ｂ」に、平成１０年１月には「有限会社Ｂ」に、平成１２年８月には「有限会社Ａ」に、それぞれ変更されている。以下、その時期を問わず「Ａ」という。）から、肉用牛を取得して、平成１５年中及び平成１６年中に売却した（なお、売却した肉用牛の取得の時期については争いがある。）。
（２）原告は、平成１６年３月１１日、平成１５年分の所得税について、平成１５年中の肉用牛の売却により生じた事業所得につき租特法２５条１項に規定する課税の特例（別件免除特例）が適用されることを前提として、確定申告をした。
（３）原告は、平成１６年３月１２日、平成１５年分の消費税等について、Ａとの間の平成１５年１月１４日付け契約書（以下「１５年契約書①」という。）及び同年１２月２５日付け契約書（以下「１５年契約書③」という。）に基づき、上記各同日にＡから肉用牛を仕入れたとして消費税等の額を計算し、別紙３の「確定申告」欄記載のとおり、確定申告をした（以下「本件確定申告」という。）。
（４）原告は、平成１７年３月１０日、平成１６年分の所得税について、平成１６年中の肉用牛の売却により生じた事業所得につき租特法２５条１項に規定する課税の特例（別件免除特例）が適用されることを前提として、確定申告をした。
（５）原告は、平成１９年２月１４日、処分行政庁から、平成１５年分及び平成１６年分の所得税について、各更正処分をされ（以下「別件各所得税更正処分」という。）、審査請求及びこれを棄却する裁決を経て、東京地方裁判所において、平成２０年９月２６日、別件各所得税更正処分の取消等を求める訴えを提起したところ、被告は、上記各更正処分の根拠として、前記（２）の肉用牛４０１頭のうち、１３２頭については、租特法２５条１項の規定の要件を満たすが、残りの２６９頭（以下「１５年分係争肉用牛」という。）及び前記（４）の肉用牛８２８頭（以下「１６年分係争肉用牛」といい、平成１５年分係争肉用牛と併せて「別件係争肉用牛」という。）については租特法２５条１項の規定の要件を満たさないと主張した（甲１）。
（６）東京地方裁判所は、平成２４年４月●日、前記（５）の訴え提起に係る事件について、大要、以下のとおり判断し、処分行政庁が原告に対してした別件各所得税更正処分の「原告の平成１５年分の所得税に係る更正処分のうち総所得金額１３６９万９０９７円、納付すべき税額１８８万３６００円を超える部分」、「原告の平成１６年分の所得税に係る更正処分のうち総所得金額１２２１万２４９４円、納付すべき税額１５６万１４００円を超える部分」等を取り消す旨の原告の請求を全部認容する判決（別件判決）をし、同判決は、平成２４年５月●日の経過により確定した。
別件判決は、①別件免税特例が適用される肉用牛の範囲を別件通達等が定めるように２か月以上飼育要件を満たすものに限定することの適否、②２か月以上飼育要件の意義、③別件係争肉用牛が別件免税特例の適用される肉用牛に該当するか否か等を争点とし、上記③の争点につき、原告は、Ａとの間で平成１４年７月３１日に公証人に嘱託して作成させた「素牛の導入等に関する債務確認並びに代物弁済契約公正証書」（以下「１４年公正証書」という。）に基づき、平成１５年５月６日から同年６月２７日の間に売却した肉用牛の一部である１５年分係争肉用牛については、遅くとも平成１４年１２月２８日までに所有権を取得し、また、１６年分係争肉用牛については、原告が飼育を終了し売却した日よりも２か月以上前に所有権を取得するとともに、その飼育を開始したものと認められるから、別件係争肉用牛が２か月以上飼育要件を満たすとして、上記①、②等の争点について判断するまでもなく、別件係争肉用牛には別件免税特例が適用されるとした（甲１）。
（７）原告は、平成２４年７月１１日、処分行政庁に対し、平成１５年分の消費税等について、課税標準額、仕入税額控除の金額、納付すべき消費税額及び納付すべき地方消費税額を別紙３の「更正の請求」欄記載のとおりに更正をすべき旨の請求（本件更正の請求）をした（弁論の全趣旨）。
（８）処分行政庁は、平成２４年１１月２日、本件更正の請求について更正をすべき理由がない旨を通知する処分（本件通知処分）をした。
（９）原告は、平成２４年１２月２８日、処分行政庁に対し、本件通知処分について異議申立てをしたが、処分行政庁は、平成２５年３月２６日、同異議申立てを棄却する旨の決定をした。
（10）原告は、平成２５年４月２５日、国税不服審判所長に対し、本件通知処分について審査請求をしたが、国税不服審判所長は、平成２６年２月２６日、審査請求を棄却する旨の裁決をし、同年３月４日、原告に対し、同裁決書の謄本を発送した（甲３４の２）。
（11）原告は、平成２６年９月１日、本件通知処分の取消しを求める本件訴えを提起した（顕著な事実）。
３ 争点
（１）別件判決の通則法２３条２項１号に規定する「判決」該当性
（２）原告の平成１５年分の消費税等の額
４ 争点に関する当事者の主張
（１）争点（１）（別件判決の通則法２３条２項１号に規定する「判決」該当性）について（原告の主張の要点）
別件判決は、以下のとおり、通則法２３条２項１号に規定する「判決」に該当し、原告は別件判決の確定した日の翌日から２月以内に本件更正の請求をしており、更正の請求をできる場合に当たる。
ア 「判決」該当性
（ア）原告が、事業としてＡから資産を譲り受ける取引は、「課税仕入れ」（消費税法２条１項１２号）に該当し、国内において行う「課税仕入れ」については、当該課税仕入れを行った日の属する課税期間の課税標準額に対する消費税額から、当該課税期間中に国内において行った課税仕入れに係る消費税額の合計額を控除することとされている（消費税法３０条１項）から、「いつ、いかなる事実をもって、原告が、事業としてＡから資産を譲り受けたのか」は、通則法２３条２項１号にいう「申告に係る課税標準等又は税額等の計算の基礎となった事実」に該当する。
別件判決は、「いつ、いかなる事実をもって、原告が、事業としてＡから資産を譲り受けたのか」に関する訴えについての判決であり、通則法２３条２項１号の「計算の基礎となった事実に関する訴えについての判決」に該当する。
そして、原告は、本件確定申告において、Ａからの課税仕入れについて、１５年契約書①及び１５年契約書③に基づく売買を計算の基礎としていたところ、別件判決は、１４年公正証書に基づく代物弁済により原告がＡから資産を譲り受けたと認定判断したのであるから、通則法２３条２項１号の「その事実が当該計算の基礎としたところと異なることが確定したとき」に該当する。
（イ）ａ被告は、別件判決により、別件係争肉用牛が租特法２５条１項の肉用牛に該当すると判断されたからといって、直ちに消費税等の課税標準の計算に連動するものではないと主張する。
しかし、「いつ、いかなる事実に基づいて、Ａから原告に所有権が移転するとともに、原告が飼育を開始したものであるか」という事実は、所得税に係る２か月以上飼育要件を判断するために必要な事実であるとともに、消費税に係る課税仕入れの要件を判断するために必要な事実でもあり、「民法上の所有権取得時期」と「税法上の課税仕入れの発生時期」は異なる法的概念であるとしても、基礎事実としては同一かつ共通の客観的事実によって定まるものであり、社会的事実としての当該事実が複数存在するなどということはあり得ない。
ｂ また、被告は、別件判決は、別件係争肉用牛が租特法２５条１項の適用を受けることができる肉用牛に該当するか否かの点について判断したものであり、別件係争肉用牛その他のＡから譲り受けた資産の権利関係の帰属について争われたものではないと主張する。
しかし、別件係争肉用牛が租特法２５条１項の適用を受けることができる肉用牛に該当するか否かは、事実を２か月以上飼育要件に当てはめた法律効果の部分であるのに対し、通則法２３条２項１号の「判決」の要件は、事実が当該計算の基礎としたところと異なることが確定したことであり、事実を法規に当てはめた結果である法律効果の部分ではない。
イ 「やむを得ない事情」の要否
（ア）通則法２３条２項１号においては、「やむを得ない事情」は要件とされておらず、明文なき主観的要件を要求して更正の請求を否定することは、租税手続の明確性を要求する租税法律主義（憲法８４条）に反し、許されない。
仮に「やむを得ない事情」が更正の請求の要件であるとしても、裁判所の関与した「判決」等により事実が異なることが確定した場合には、そのこと自体をもって「やむを得ない事情」が認められるといえるのであり、「やむを得ない事情」は通則法２３条２項１号の消極要件として位置付けられ、被告において、その不存在について証明責任を負担すべきである。
（イ）そして、被告は、「やむを得ない事情」の有無は、申告時又はその後の通則法２３条１項所定の期間内について検討すべきであると主張するところ、本件で原告は、所得税及び消費税等の申告に係る事実であるＡからの資産譲受の原因たる権利関係について、平成１９年２月１４日に別件各所得税更正処分がされてから、１５年契約書①、１５年契約書③等によるものではないと認識するに至ったのであり、この時点で通則法２３条１項所定の期間は経過していた。
被告は、原告が１４年公正証書の作成に関与しており、本件確定申告においても、それに基づく申告をすることができたから、１４年公正証書に基づいた適切な主張ができなかったことについてやむを得ない事情があるとはいえないと主張するが、本件確定申告時には、確定申告の基礎となった帳簿の内容が真実と異なるものとなっており、原告において正確な判断はできなかったところ、事実誤認に基づく違法な別件各所得税更正処分を端緒として、別件判決により客観的かつ公平たるべき税負担の前提事実が正しく確定されたのであるから、同一かつ共通の事実に基づく課税関係について、正しい課税法律関係への是正がされるべきである。
このように、本件は、本件確定申告時において、税額計算の基礎となった権利関係が明確になっていなかった事案で、その後の別件判決の結果、権利関係が明確となり、本件確定申告時に前提とした権利関係と異なった権利関係が納税義務の成立当時に遡って確定した場合であり、上記相違は、原告による意図的な事実作出行為に基づくものではなく、通謀虚偽表示に類するような特段の事情も全く認められないから、通則法２３条２項１号に基づく更正の請求が制限される理由はない。
（被告の主張の要点）
通則法２３条２項は、法定申告期限から１年を経過した後であっても、例外的に更正の請求ができる場合があることを規定しているところ、その趣旨は、後発的に課税要件事実に変動が生じた場合に、確定済みの租税法律関係を変動した状況に適合させるために認められた救済手続を定めるものであって、納税者において、申告時には予知し得なかった事態その他やむを得ない事由が後発的に生じたことにより、遡って税額の減額等をすべきこととなった場合に、これを税務官庁の一方的な更正の処分に委ねることなく、納税者の側からもその更正を請求し得ることとして、納税者の権利救済のみちを更に拡充したものであると解されている。
そうすると、通則法２３条２項１号に規定する判決とは、納税者において、申告時又はその後の同条１項所定の期間内に適切に権利の主張ができなかったことにやむを得ない事情があると評価できるものでなければならず、結局、申告時において、申告に係る税額計算の基礎となった権利関係の帰属が明確となっていなかったような場合に、その後の訴訟による判決の結果、権利関係が明確になり、申告時の前提とした権利関係と異なった権利関係が納税義務の成立時に遡って確定したといった場合の判決に限られると解すべきである。
別件判決は、以下のとおり、通則法２３条２項１号に規定する判決に該当するとはいえず、原告は、更正の請求をすることができない。
ア 「判決」該当性
別件判決は、別件係争肉用牛が租特法２５条１項の所得税の課税の特例（別件免除特例）の適用を受けることができる肉用牛に該当するか否かという点について判断したものであり、係争肉用牛その他のＡから譲り受けた資産の権利関係の帰属について争われたものではない。そして、別件判決により、別件係争肉用牛が同項の肉用牛に該当すると判断されたからといって、直ちに消費税等の課税標準額の計算に連動するものではないのであるから、別件判決が、本件確定申告に係る計算の基礎となった事実に関する訴えについての判決に該当するとはいえない。
そして、通則法２３条２項１号に係る「判決により、その事実が当該計算の基礎としたところと異なることが確定したとき」とは、その申告に係る課税標準等又は税額等の計算の基礎となった事実と異なる事実を前提とする法律関係が判決の主文で確定されたとき又はこれと同視できるような場合をいうものと解するのが相当であると解されるところ、別件判決の主文からすれば、本件については、本件確定申告に係る「計算の基礎となった事実と異なる事実を前提とする法律関係が判決の主文で確定されたとき」に当たらないことは明らかである。また、別件判決は、租特法２５条１項の要件該当性を判断するために、原告がいつ別件係争肉用牛を取得したかという点について、多数の書証及び証言等を総合勘案して、別件係争肉用牛の取得時期について判示したものであり、１４年公正証書はその書証のうちの一つにすぎず、原告とＡとの１４年公正証書に係る契約の履行をめぐる争いでもなければ、１４年公正証書３条に記載された所有権移転をめぐる争いでもなく、本件確定申告に係る課税標準等又は税額等の計算の基礎となった事実と異なる事実を前提とする法律関係が判決の中で確定されたものとは認められないのであるから、申告に係る課税標準等又は税額等の計算の基礎となった事実と異なる事実を前提とする法律関係が判決の主文で確定されたときと同視できるような場合に当たらないことは明らかである。
イ 「やむを得ない事情」の要否
また、通則法２３条２項１号の「判決」は、申告時又はその後の同条１項所定の期間内に適切に権利主張ができなかったことにやむを得ない事情があると評価できるものでなければならない。このような解釈は、通則法２３条２項２号が、課税庁による更正・決定という納税者にとってはやむを得ない事由に基づくものであり、同項３号が、「前２号に類する政令で定めるやむを得ない理由があるとき」としていること等からも裏付けられる。
しかるに、原告は、本件確定申告において、Ａから取得した肉用牛については、１５年契約書①及び１５年契約書③に係る各契約に基づき、平成１５年１月１４日及び同年１２月２５日に肉用牛を仕入れたとして課税仕入れに係る消費税額を計算している一方、別件判決は、１４年公正証書に基づき確定的に別件係争肉用牛の所有権を取得したとの原告の主張どおりに認定されている。原告は、１４年公正証書の作成に関与しており、本件確定申告の時においても、当然その存在を把握しており、それに基づく申告をすることができたのであるから、別件係争肉用牛の取得時期に関して、本件確定申告時において、１４年公正証書に基づいた適切な権利の主張ができなかったことにやむを得ない事情があるということはできない。
（２）争点（２）（原告の平成１５年分の消費税等の額）について
（原告の主張の要点）
ア 別件判決においては、申告に係る課税標準等又は税額等の計算の基礎となった事実として、Ａからの資産譲受の原因たる法律関係について、１５年契約書①等に基づく売買契約ではなく、１４年公正証書に基づく代物弁済契約であったことが確定されたのであるから、その事実に基づき、平成１５年分の消費税等の税額計算を行わなければならない。
イ 平成１５年分の課税仕入れと認められるかどうかは、私法上の契約成立時期に関する問題ではなく、私法上の契約成立時期を前提に、税法上の課税仕入れの認識時期をいつと見るかという問題であるところ、「課税仕入れを行った日」（消費税法３０条１項１号）の意義は、消費税法基本通達によれば、①「当該資産の種類及び性質、その販売に係る契約の内容等に応じてその引渡しの日として合理的であると認められる日」のうち、②「事業者が継続して資産の譲渡を行ったこととしている日」をいう。
本件においては、①１４年公正証書による代物弁済契約締結後も、Ａに立替金支払のための時間的猶予を与えるため、同公正証書５条に基づく契約解除の余地が残されているということ等からすると、Ａにおいて、１４年公正証書５条に基づく所有権回復が不可能となった日である平成１５年５月１日こそ「その引渡しの日として」合理的であると認められる。また、②契約農家が飼育を委託されている肉用牛やその飼育施設等を委託者から譲り受けるという場合、飼育対象肉用牛やその飼育施設等の所有権を確定的に取得した日の属する課税事業年度の課税仕入れとして受入処理するのが通常であり、本件においては、平成１５年５月１日が「事業者が継続して資産の譲渡を行ったこととしている日」と認められる。
したがって、Ａからの資産の譲受につき、これを課税仕入れとしで認識すべき時期は、平成１５年５月１日である。
ウ 以上を前提に、原告の平成１５年分の消費税等の額を計算すると、別紙４消費税等の額に関する原告の主張のとおりとなる。
（被告の主張の要点）
ア 仮に別件判決が、通則法２３条２項１号の判決に当たるとしても、原告の平成１５年分の消費税等の額（還付税額）が本件確定申告における還付税額を下回ることはなく、更正の請求をすることはできないから、本件通知処分は適法である。
イ 別件判決においては、原告がＡから肉用牛の所有権を取得した時期について、１４年公正証書に基づき、原則として、平成１４年３月２９日時点で存した肉用牛は、同日時点で原告が所有権を取得し、それ以降にＡが取得した肉用牛については、同取得の時点で原告が所有権を取得すると判断された。
原告は、課税仕入れとして認識すべき時期は平成１５年５月１日であると主張するが、別件判決が通則法２３条２項１号の判決に該当し、更正の請求をすることができるとするのであれば、別件判決の認定に基づき課税仕入れの時期を判断すべきであって、上記のとおりの別件判決の内容からすれば、課税仕入れの時期を平成１５年５月１日とすることは、別件判決の認定と矛盾するというべきである。
また、消費税法基本通達の観点からしても、１４年公正証書の内容からすれば、平成１４年３月２９日に引渡しを受けていると解されるのであり、解除権があることをもって、確定的な所有権の取得が否定されるものではない。
ウ 前記イのとおりの別件判決の認定に従い、原告の平成１５年分の消費税等を試算すると、別紙５消費税等の額に関する被告の主張のとおり、課税仕入れに係る支払対価の額は、７億９８４２万０５２６円となり、納付すべき消費税等の額は２３８万５３００円となるところ、原告は、本件確定申告において７３６万５７３１円の還付税額を受けているから、原告は更正の請求をすることはできない。
第３ 争点に対する判断
１ 争点（１）（別件判決の通則法２３条２項１号に規定する「判決」該当性）について（１）通則法２３条２項１号の意義
通則法２３条１項は、原則として、法定申告期限から１年以内に限り更正の請求をすることができる旨を定め、同条２項は、その例外として、同項各号に定める期間において更正の請求をすることができる場合を定め、同項１号は、「その申告、更正又は決定に係る課税標準等又は税額等の計算の基礎となった事実に関する訴えについての判決（判決と同一の効力を有する和解その他の行為を含む。）により、その事実が当該計算の基礎としたところと異なることが確定したとき。」を掲げ、その確定した日の翌日から２か月以内において更正の請求をすることができる旨を定めているところ、同条２項の趣旨は、納税者において、申告時には予測し得なかった事態その他のやむを得ない事由が後発的に生じ、権利関係に変更が生じたことにより課税標準等又は税額等の計算の基礎に変更を来し、遡って税額の減額等をすべきこととなった場合に、納税者からの更正の請求を認めて、納税者の保護を拡充しようとしたものと解される。そして、このことからすれば、同項１号に規定する「判決」は、少なくとも、申告に係る課税標準等又は税額等の計算の基礎となった事実を審判の対象とする訴訟の判決であることを要し、「その事実が当該計算の基礎としたところと異なることが確定したとき」とは、上記判決の主文によって当該当事者間の権利関係に変動が生じたといえる場合であることを要するというべきである。
（２）原告は、別件判決は、「いつ、いかなる事実をもって、原告が、事業としてＡから資産を譲り受けたのか」に関する訴えについての判決であり、１４年公正証書に基づく代物弁済により原告がＡから資産を譲り受けたと認定判断したことをもって、通則法２３条２項１号に規定する「判決」により、「その事実が当該計算の基礎としたところと異なることが確定したとき」に該当すると主張する。
前提事実によれば、別件判決は、別件係争肉用牛に別件免除特例が適用されないことを前提にされた原告に対する平成１５年分及び平成１６年分の総所得金額に対する課税処分である別件各所得税更正処分について、課税の違法一般を訴訟物として審理されたものであるところ、別件免税特例が適用される肉用牛の範囲を別件通達等が定めるように２か月以上飼育要件を満たすものに限定することの適否や、２か月以上飼育要件の意義等については判断せず、原告が、Ａから、１４年公正証書に基づき別件係争肉用牛の所有権を取得するとともに、その飼育を開始したものと認められるから、別件係争肉用牛が２か月以上飼育要件を満たし、別件係争肉用牛には別件免除特例が適用されるとして、別件各所得税更正処分の取消しを求める原告の請求を認容したものであることが認められる。
このように、別件判決は、原告に対する平成１５年分及び平成１６年分の総所得金額に対する課税処分の違法一般を訴訟物として審理判断したものであって、原告のＡに対する１４年公正証書に基づく係争肉用牛の引渡請求権等、１４年公正証書から生ずる権利関係を訴訟物ないし審判の対象として審理判断したものではないから、「課税標準等又は税額等の計算の基礎となった事実に関する訴え」ということはできないし、別件判決の主文によって確定されるのは、原告が別件判決の主文のとおりに求めた限度で、別件免税特例が適用されないとしてされた別件各所得税更正処分が違法であるということにとどまるのであって、原告がＡから１４年公正証書に基づき係争肉用牛の所有権を取得したという事実が別件判決に係る訴訟の当事者間において確定されたとはいえず、又はこれと同視することができるような場合に当たるともいえない。
（３）この点について、原告は、別件係争肉用牛に別件免除特例が適用されるか否かは、事実を２か月以上飼育要件に当てはめた法律効果の部分であるのに対し、通則法２３条２項１号の規定する「判決」の要件は、事実が当該計算の基礎としたところと異なることが確定したことであり、法律効果の部分ではないし、別件判決は、「確定された申告に係る課税標準等又は税額等の計算の基礎となった事実」として、Ａからの資産譲受の原因たる法律関係について、１４年公正証書に基づく代物弁済により原告がＡから資産を譲り受けたと認定判断しているから、同号の「その事実が当該計算の基礎としたところと異なることが確定したとき」に該当すると主張する。
別件判決（甲１）は、上記に述べたとおり、訴訟物である課税処分の違法一般を審理判断したものであって、争点の一つである別件係争肉用牛に別件免除特例が適用されるか否かを判断するに当たり、被告の主張を排斥するために、Ａから原告に対し、１４年公正証書に基づき別件係争肉用牛の所有権が移転したと認定したとしても、このこと自体を審判の対象とし、当事者間においてかかる事実関係を「確定」したものということはできないのであるから、原告の上記主張は採用することができない。
（４）以上に述べたところによれば、別件判決は、通則法２３条２項１号に規定する「判決」に該当するとはいうことはできない。
２ 以上によれば、その余の争点について判断するまでもなく原告の請求は理由がないから、これを棄却することとして、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官舘内比佐志
裁判官荒谷謙介
裁判官宮端謙一
別紙１
指定代理人目録
長倉哲也、今井努、岩渕実、結城美枝、宮田康宏
以上
別紙２
関係法令等の定め
１ 国税通則法（以下「通則法」という。）
（１）通則法２３条１項（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの。以下同じ。）は、納税申告書を提出した者は、同項各号所定の事由に該当する場合には、当該申告書に係る国税の法定申告期限から１年以内に限り、税務署長に対し、その申告に係る課税標準等又は税額等につき更正をすべき旨の請求をすることができる旨を定める。
（２）通則法２３条２項は、納税申告書を提出した者は、以下の各号のいずれかに該当する場合には、同条１項の規定にかかわらず、当該各号に定める期間において、その該当することを理由として同項の規定による更正の請求をすることができる旨を定める。
１号その申告又は更正に係る課税標準等又は税額等の計算の基礎となった事実に関する訴えについての判決（判決と同一の効力を有する和解その他の行為を含む。）により、その事実が当該計算の基礎としたところと異なることが確定したとき。
その確定した日の翌日から起算して２月以内
２号及び３号省略
２ 租税特別措置法（以下「租特法」という。）
租特法２５条１項（平成１７年法律第２１号による改正前のもの。以下同じ。）は、農業（所得税法２条１項３５号に規定する事業をいう。）を営む個人が、昭和５６年から平成１７年までの各年において、租特法２５条１項各号に掲げる売却の方法により当該各号に定める肉用牛を売却した場合において、その売却した肉用牛が全て免税対象飼育牛（家畜改良増殖法３２条の２第１項の規定による農林水産大臣の承認を受けた同項に規定する登録規程に基づく政令で定める登録がされている肉用牛又はその売却価額が１００万円未満である肉用牛に該当するものをいう。）であるときは、当該個人のその売却をした日の属する年分のその売却により生じた事業所得に対する所得税を免除する旨を定めている（以下、同項に規定する課税の特例を「別件免税特例」という。）。
３ 通達の定め（甲１）
昭和５６年８月６日付け直所５－６・直法２－１０国税庁長官通達「租税特別措置法第２５条及び第６７条の３に規定する肉用牛の売却に係る所得の課税の特例に関する所得税及び法人税の取扱いについて」（以下「別件通達」という。）の定め
上記通達は、租特法２５条等に規定する課税の特例の取扱いについて、「免税対象肉用牛の範囲」として、「免税措置の対象となる肉用牛は、種雄牛及び子牛の生産の用に供された乳牛の雌以外の牛であって、売却価額が１００万円未満のもの又は政令で定める登録がなされているもの」とした上で、「肉用牛の飼養期間が極端に短かく、単なる肉用牛の移動を主体とした売却により生じた所得までを本措置の対象とする必要はないので、対象を一定期間以上飼養した肉用牛に限定して差支えないが、その期間は２ヶ月以上とすることとする。」などとしている（以下、上記通達に定める飼育期間を２か月以上とする旨の要件を「２か月以上飼育要件」という。）。以上
別紙３
審査請求に至る経緯
（単位：円）
区分
項目
確定申告
更正の請求
通知処分
異議申立て
異議決定
年月日等
法定申告期限内平成24年７月11日平成24年11月２日平成24年12月28日平成25年３月26日課税標準額
808,108,000
808,108,000
更正をすべき
理由がない旨
の通知処分
全部の取消し
棄却
仕入税額控除の額
38,216,905
75,919,164
納付すべき消費税額
△5,892,585
△43,594,844
納付すべき地方消費税額
△1,473,146
△10,898,711
（注）「納付すべき消費税額」欄及び「納付すべき地方消費税額」欄の△印は、還付金の額に相当する税額を示す。別紙４
消費税等の額に関する原告の主張
１ １４年公正証書の代物弁済契約に基づき消滅したＡの債務
１１億１２０３万４８８３円（税込価格）
１４年公正証書においては、２条４項において、Ａが原告名義をもって素牛及び飼料を購入しているうちは、Ａの原告に対する債務が増えるため、本契約は、平成１４年３月２９日以降においてもその効力が継続するとされており、平成１４年９月３０日付け債務残高確認書では、同日時点の債務残高は、７億０７５４万０２１９円に上っている。
また、原告が１４年公正証書を実行した平成１５年５月１日当時、上記債務残高確認書に含まれていない牧場用の重機リース代等は４億２６４５万円であり、さらに原告は、平成１５年４月３０日までに、上記債務残高確認書に含まれていない立替金３１８９万７３１０円が存在していた。
他方、原告は、Ａに対する債務として、Ａ未払金残が３４４８万７９００円、Ａ勘定（債務）が１９３６万４７４６円に上っていた。
したがって、１４年公正証書の代物弁済契約の実行によって消滅するＡの債務は以下のとおり１１億１２０３万４８８３円であった。
７億０７５４万０２１９円＋４億２６４５万円＋３１８９万７３１０円
－（３４４８万７９００円＋１９３６万４７４６円）
２ １４年公正証書の代物弁済契約の譲渡対象資産
（１）建物
３億３６８０万７７００円（税込価格）
（２）土地
６１１７万４３３７円（非課税）
（３）牛
７億１４０５万２８４６円（税込価格）
前記１の合計額から、前記（１）、（２）の合計額を控除した金額
３ 修正仕訳
（１）和牛仕入代
別件判決により、１５年契約書①（税抜価格２億１９０４万７６１９円）及び１５年契約書③（税抜価格４１０４万１８００円）に基づく代金額は、「課税仕入れに係る支払対価の額」から控除される一方、１４年公正証書に基づく前記２（３）の牛の価額（税抜価格６億８００５万０３２９円）は、「課税仕入れに係る支払対価の額」となるため、４億１９９６万０９１０円が修正仕訳の合計額となる。
（２）飼料仕入高
「9/30 -161,097,665 Ｂ分振替」及び「12/25 -38,665,261 Ｂ分振替」は、代物弁済によって消滅するものとして、「課税仕入れに係る支払対価の額」となり、その合計額は１億９９７６万２９２６円である。
（３）敷料仕入高
「9/30 -2,065,200 Ｂ分振替」は、代物弁済によって消滅するものとして、「課税仕入れに係る支払対価の額」となり、その額は２０６万５２００円である。
（４）建物
前記２（１）の建物（税抜価格３億２０７６万９２３８円）の評価額が、「課税仕入れに係る支払対価の額」となる。
なお、土地の譲受は非課税取引であるため、前記２（２）の評価額は課税仕入れにならない。
４ 課税仕入れに係る支払対価の額及び還付税額
前記３の修正仕訳の結果、「課税仕入れに係る支払対価の額」（税抜価格）は、総額９億４２５５万８２７５円増額となる。
４億１９９６万０９１０円＋１億９９７６万２９２６円＋
２０６万５２００円＋３億２０７６万９２３８円
これに消費税率４％を乗じた金額である３７７０万２３３１円が、本件更正の請求前の控除対象仕入税額３８２１万６９０５円に加算されるから、本件更正の請求における控除対象仕入税額は７５９１万９２３６円であり、控除不足還付税額は４３５９万４９１６円となる（更正の請求前の額は５８９万２５８５円）。
また、地方消費税の還付額は、上記控除不足還付税額４３５９万４９１６円の２５％に相当する額である１０８９万８７２９円となる（更正の請求前の額は１４７万３１４６円）。以上
別紙５
消費税等の額に関する被告の主張
１ 課税仕入れに係る支払対価の額
（１）課税仕入れに係る支払対価の額から減算すべき金額
原告は、本件確定申告において、Ａから取得した肉用牛について、１５年契約書①及び１５年契約書③に基づき、それぞれ平成１５年１月１４日及び同年１２月２５日に取得したものとして平成１５年課税期間分の消費税の課税仕入れとしていたところ、別件判決の判断に従えば、１５年契約書①により取得したとされる肉用牛のうち２１８５頭については平成１４年中に取得したものであり、また、１５年契約書③により取得したとされる２１０頭については、全て平成１４年中に取得したものと認められる。
したがって、本件確定申告における課税仕入れに係る支払対価の額から減算される金額は、次のとおりとなる。
ア １５年契約書①に記載された金額のうち、平成１５年分の課税仕入れに係る支払対価の額から減算すべき金額
１５年契約書①に記載された金額２億３０００万円（消費税等込み）のうち２１８５頭分は平成１４年中に取得したものであることから、減算すべき金額は２億２９４７万４８８６円（２億３０００万円÷２１９０頭×２１８５頭）となる。
イ １５年契約書③に記載された金額のうち、平成１５年分の課税仕入れに係る支払対価の額から減算すべき金額
１５年契約書③に記載された金額４３０９万３８９０円の全額
ウ 平成１５年分の課税仕入れに係る支払対価の額から減算すべき金額
前記ア、イの合計２億７２５６万８７７６円となる。
（２）本件確定申告の課税仕入れに係る支払対価の額に加算すべき金額
原告は、Ａから取得した肉用牛について、平成１６年３月３１日付け契約書（以下「１６年契約書①」という。）、同年５月３１日付け契約書（以下「１６年契約書②」という。）及び同年８月３０日付け契約書（以下「１６年契約書③」という。）に基づいて、それぞれ各同日に取得したものとして１６年分消費税の課税仕入れとしていたところ、別件判決の判断に従えば、１６年契約書①により取得したとされる肉用牛３７０頭のうち５５頭が、１６年契約書②により取得したとされる肉用牛３８９頭全て及び１６年契約書③により取得したとされる肉用牛２７８頭全てが、平成１５年中に取得したものとなる。
したがって、本件確定申告における課税仕入れに係る支払対価の額に加算すべき金額は、次のとおりとなる。
ア １６年契約書①に記載された金額のうち、平成１５年分の課税仕入れに係る支払対価の額に加算すべき金額
１６年契約書①に記載された金額３９２９万４５２９円（消費税等込み）のうち５５頭分は平成１５年中に取得したものであることから、加算すべき金額は５８４万１０７９円（３９２９万４５２９円÷３７０頭×５５頭）となる。
イ １６年契約書②及び１６年契約書③に記載された金額のうち、平成１５年分の課税仕入れに係る支払対価の額に加算すべき金額
１６年契約書②に記載された金額３８９５万０７５９円の全額
１６年契約書③に記載された金額２３００万３７０３円の全額
ウ 平成１５年分の課税仕入れに係る支払対価の額に加算すべき金額
前記ア、イの合計６７７９万５５４１円となる。
（３）課税仕入れに係る支払対価の額
本件確定申告の申告書に記載された「課税仕入れに係る支払対価の額（税込）」１０億０３１９万３７６１円から、前記（１）ウの金額２億７２５６万８７７６円を控除し、前記（２）ウの金額６７７９万５５４１円を加えると、別件判決の判断を前提にした本件確定申告の課税仕入れに係る支払対価の額は、７億９８４２万０５２６円となる。
２ １５年分の消費税等の試算額
（１）課税標準額
８億０８１０万８０００円
本件確定申告の申告書に記載された課税標準額
（２）課税標準額に対する消費税額
３２３２万４３２０円
前記（１）の金額に消費税法（平成２４年法律第６８号による改正前のもの）２９条に規定する税率１００分の４を乗じて算出した額
（３）控除対象仕入税額
３０４１万６０２０円
前記１（３）の７億９８４２万０５２６円に１０５分の４を乗じて算出した金額
（４）納付すべき消費税額
１９０万８３００円
前記（２）の金額から前記（３）の金額を控除した金額
（５）地方消費税課税標準額
１９０万８３００円
地方税法７２条の７７第２項及び７２条の８２の規定による金額
（６）譲渡割額（納付額）
４７万７０００円
地方税法７２条の８３（平成２４年法律第６９号による改正前のもの）の規定に基づき、前記（５）の金額に１００分の２５を乗じて算出した金額
（７）納付すべき消費税等の額
２３８万５３００円
前記（４）の金額に前記（６）の金額を加算した金額
以上
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2015/pdf/12723.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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