税務訴訟資料第２６５号－１５７（順号１２７４０）
東京高等裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税及び消費税等更正処分等取消請求控訴事件
国側当事者・国（麹町税務署長）
平成２７年１０月１５日棄却・上告・上告受理申立て
（第一審・東京地方裁判所、平成●●年（○○）第●●号、平成２７年１月２２日判決、本資料２６５号－７・順号１２５９０）
判決
控訴人公益社団法人Ａ
同代表者代表理事甲
同訴訟代理人弁護士錦織康高
細野敦
北村導人
松井博昭
天白達也
同補佐人税理士高山温子
北島亜紀
小泉秀樹
中村慈美
被控訴人国
同代表者法務大臣岩城光英
処分行政庁麹町税務署長
中山吉明
指定代理人長谷川武久
小原弘行
齋藤誠密
時任英俊
埀野里美
野本寛之
青木雄弥
主文
１ 本件控訴を棄却する。
２ 控訴費用は控訴人の負担とする。
事実及び理由
第１ 控訴の趣旨
１ 原判決のうち、控訴人の請求を棄却した部分を取り消す。
２ 処分行政庁が控訴人に対して平成２４年５月２５日付けでした平成２１年４月１日から同年１１月３０日までの事業年度の法人税の更正処分のうち欠損金額７億２３２６万５７０６円及び翌期に繰り越す欠損金額４億８４０６万０９５０円を超える部分並びに上記事業年度の過少申告加算税賦課決定処分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
１ 控訴人は、平成２１年１２月●日に社団法人から公益社団法人へ移行し、同年４月１日から同年１１月３０日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）の法人税につき、その運営する施設に勤務する職員及び医師に対し同月以降に支給した賞与等の合計額２２億８１１８万９４０７円を損金の額に算入して確定申告をしたところ、処分行政庁が、上記賞与等の合計額を損金の額に算入することを否認するなどして、控訴人に対し、更正処分（以下「本件更正処分」という。）をするとともに、過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分」といい、本件更正処分と併せて「本件各処分」という。）をした。また、処分行政庁は、処分行政庁が控訴人の平成２０年４月１日から平成２１年３月３１日まで、同年４月１日から同年１１月３０日まで、同年１２月１日から平成２２年３月３１日まで及び同年４月１日から平成２３年３月３１日までの各課税期間の消費税及び地方消費税につき、上記各期間の消費税等の更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件消費税等関係処分」という。）をした。
本件は、控訴人が、被控訴人に対し本件各処分及び本件消費税等関係処分の取消しを求めた事案である。
原判決は、控訴人の請求のうち、①本件賦課決定処分について過少申告加算税の額４０１９万１５００円を超える部分の取消しを求める部分、及び②本件消費税等関係処分の取消しを求める部分について、本件訴えの提起後に、処分行政庁がこれらの部分の取消しに相当する変更決定処分をしたことを理由として却下し、その余の請求をいずれも棄却したところ、控訴人が当該棄却部分を不服として控訴した。
２ 本件に関連する法令の定め、前提事実、被控訴人の主張する本件各処分の根拠及び適法性、争点並びに争点に対する当事者の主張の要旨は、後記３のとおり当審における控訴人の主張の要旨を付加するほかは、原判決「事実及び理由」欄の「第２事案の概要」の１ないし５記載のとおり（ただし、上記却下部分に関する原判決９頁２１行目から１０頁９行目、同頁１５行目及び１６行目並びに同頁２０行目から２１頁８行目を除く。）であるので、これを引用する。なお、略称については原判決の例による。
３ 当審における控訴人の主張の要旨
（１）本件職員定期賞与の損金算入について
ア 法人税法施行令７２条の５の適用
法人税法２２条３項及び４項の定める費用収益対応の原則及び債務確定基準を満たす場合には、同条３項の「別段の定め」がない限り損金算入が認められるべきであるところ、仮に法人法施行令７２条の５が法人税法６５条の委任規定を介して「別段の定め」に該当するとすれば、税額に直結する事項について、政令をもって法人税法２２条３項と異なる取扱いをすることを認めることとなり、法律の規定に反する課税を政令で自由になし得ることを認めるに等しく、租税法律主義に反する。
大阪高等裁判所平成２１年１０月１６日判決（訟務月報５７巻２号３１８頁。以下「大阪高裁判決」という。）も判示するとおり、法人税法施行令７２条の５は「別段の定め」に当たらず、法の施行のために必要な技術的細目的規定に過ぎないものと解すべきである。
大阪高裁判決は、上記判示を前提として、法人税法施行令７２条の５の適用によっても、損金への算入が全くできないわけではなく、いずれかの事業年度（当該事案においては実際の支給日の属する事業年度）の損金に算入できることを根拠として、同条の有効性を認めたものであるところ、本件においては、公益法人への移行により、他の事業年度における損金算入は不可能であり、同条の有効性を認める余地はない。原判決は、大阪高裁判決の上記判示を不当に軽視している。
イ 債務確定基準の充足について
（ア）原判決は、本件職員定期賞与の計上日や支給額についての通知の欠如を挙げて、本件職員定期賞与の額が本件事業年度末の時点で確定していたとはいい難い旨を判示するが、当該判示はそもそも法人税法施行令７２条の５の要件自体を債務確定基準に係る判断の要素として用いている点で誤っている。
法人税法上の債務確定基準の判断要素は①当該事業年度終了の日までに当該費用に係る債務が成立していること、②当該事業年度終了の日までに当該債務に基づいて具体的な給付をすべき原因となる事実が発生していること及び③当該事業年度終了の日までにその金額を合理的に算定することができることであり、法人税基本通達２－２－１２も同様の基準を示している。
この点、本件職員定期賞与の支給額は、「基礎額」に「支給割合」を乗じて算定することとされており、「支給割合」は基準日以前６か月以内の在職期間に応じて自動的に定まるから、①その金額は本件事業年度終了の日において自動的・機械的に算定され確定し、②具体的な給付をすべき原因となる事実が発生している。また、上記算定方法は給与規定上明確に定められ、各職員は自らに対する支給額を容易に計算できるから、③当該事業年度終了の日までにその金額を合理的に算定することができる。
（イ）原判決は、給与規定上、病院の業績等により支給割合を変更することがある旨の規定（甲１０の１、内規１項）の存在を指摘する。
しかし、債務確定基準の趣旨は、対外的に債務確定に至らない費用の見越計上や引当金の設定を除外する趣旨であり、債務の存在自体は確定しているものの詳細な金額までは確定しない費用を除外する趣旨ではない。本件職員定期賞与については、その存在自体は遅くとも平成２１年１１月３０日には確定している以上、支給額が評価可能な状態となっていれば、本件事業年度に損金計上を行うことは認められるべきである。
また、控訴人は、本件職員定期賞与につき、人事考課の結果を当該賞与の金額に反映させないことを明確にしている上、昭和６１年の控訴人の設立以降、割合変更規定の適用例はわずか４例であり、控訴人の運営する施設数（平成２０年末時点で４２箇所）に照らして極めて例外的であり、支給額の変動も１％未満に留まる。
ウ 費用収益対応の原則の充足
原判決は、本件職員定期賞与に係る費用収益対応の原則の充足の有無を殊更に無視しており不当である。
（ア）法人税法、売上原価については債務の確定がなくとも、支出の確実性や金額の見積可能性があれば、当該事業年度の収益に対応する費用として損金算入が認められており、最高裁判例においても、見積金額でしかない工事負担金の売上原価としての計上を認めている。
（イ）法人税法２２条３項１号の「売上原価」とは、ある特定の収益を生み出すために直接必要であった費用を指すところ、控訴人の営む病院等の医療保険業は、患者に対する役務の提供により対価を得るサービス業である。本件職員定期賞与の対象者は病院等の施設の現場で働く者であって控訴人本部所属の職員は含まれず、また、対象者のほとんどは患者に対する役務を直接に提供する職員であるから、売上原価に該当する。
また、前記イのとおり、本件職員定期賞与は機械的・自動的に算定されるものであり、賃金の後払いとしての性格を有する。このような、「通常賞与として支給される金額に相当する金額」は、製造等に係る棚卸資産との関係では製造原価への算入が義務づけられており、サービス業における役務提供との関係でも、売上原価としての性格を有するというべきである。
原判決３０頁は、一般的に賞与が功労報償等の性格を有すること等を理由に販管費に該当するとするが、本件職員定期賞与の支給割合が基準日以前６月以内の在職期間に比例して定められる点は通常の賃金と同様であり、前記イのとおり、現実の支給割合の変更がほとんどなく、恣意性が入り込む余地がない状況にあることを看過している。
（ウ）前記イのとおり、本件職員定期賞与については支出の確実性や金額の見積可能性が認められる。
エ 法人税法施行令７２条の５の「通知」の充足
前記イ（ア）のとおり、本件職員定期賞与については、職員自らこれを算定することが可能であり、このような状態は法人税法施行令７２条の５の「通知」があったものと評価すべきである。
オ 原判決の誤りについて
原判決２７頁は、事業年度の分割により、控訴人において、分割後の収益が課税対象から外れる利益を得た旨を判示するが、この点は公益社団法人への移行認定に伴う当然の結果に過ぎず、控訴人の利益と評価されるべきではないし、損金算入ができなくなることに伴う不利益を正当化するものではない。
また、原判決２８頁は所管官庁からの認定時期の情報提供に関する憶測を述べるが、控訴人は、平成２１年１１月６日に、内閣府から控訴人の申請が同月１３日の公益認定等委員会に諮問される旨を、同日に諮問された旨の連絡を受けたが、この時点では認定時期に関する説明はなく、同月２０日に、同日の答申について事実上の連絡を受け、同月２５日に来庁を指示されて認定書の交付を受けたものであり、上記憶測は事実に基づかず、原審裁判所の結論ありきの姿勢を示すものである。
（２）本件医師関係給付について
ア 本件医師関係給付には賞与に該当しない部分が含まれ、原判決３４頁も年俸の一部として支給された部分について「賞与の一般的な性格を有しない」ことを認めているから、賞与に関する規定である法人税法施行令７２条の５が適用されないことは明らかである。ところが、原判決は、同条に代わる根拠を示すことなく本件更正処分を放置している。
イ また、支援手当については、毎月支給額が確定し、本来これに基づき毎月支給すべき手当を期末に支払ったものに過ぎないところ、原判決は、十分な根拠なくこれを「賞与」と断じている。
ウ 本件医師関係給付についても、前記（１）と同様に、損金算入の基準は費用収益対応の原則及び債務確定基準によるべきである。この点、①年俸の一部として支給した分については、各医師の年俸の分割方法につき事前に各医師の意向を確認し、これにより支給額が確定していること、②期末手当・勤勉手当に相当する部分については、Ｂ県の条例により計算方法が指定されていること、③支援手当の未払分については、各月に対応する支援手当の未払分であること、④特別賞与については常務理事会の事前の決定により対象者・支給金額等が定まり、各医師に対する通知もされていたことから、いずれも平成２１年１１月３０日までに金額が確定しており、費用収益対応の原則及び債務確定基準のいずれも充足するものである。
（３）信義則違反・憲法違反
ア 控訴人は、従前と同一の事業年度の維持を望んでいたが、後に設けられた認定時期の調整の制度がなかったこと等から、その意向に反して年度途中に公益社団法人の認定を受け、その結果、従前当然認められてきた損金算入を否定されたものである。
被控訴人が認定時期を調整することが現実的に可能であり、実際に調整を受けた法人もある中で、控訴人は被控訴人の一方的な認定により選択の余地なく登記日を設定させられ、その結果損金算入につき著しい不利益を受けたものであり、本件更正処分は憲法１４条に違反する。
なお、原判決は、本件において、認定時期の調整が困難とみるべき事情が窺われない旨を判示するが、前記（１）オのとおり憶測に基づく不当な判示である。
イ 被控訴人は、本件について、本件賞与等を損金事業年度の損金に算入できることを前提とした欠損金の繰戻還付請求につき、税務調査の結果、処分行政庁自身が、控訴人の見解を妥当と認めた上で還付に応じていたにもかかわらず、２年後の税務調査において、再検討の理由も示さず、従前と正反対の見解を採るに至ったものである。
このような処分行政庁の行動は、課税庁の示した見解を信頼して行動した納税者の信頼を裏切り、信義則に違反するほか、国税通則法７４条の１１の趣旨に反する（なお、同条は平成２３年法律第１１４号により新設されたが、従前の運用上の取扱いを明文化したものである。）。原判決は、同条は更正処分に関する規定でない旨判示するが、当該更正処分は、同条に反する税務調査を前提とするものである以上、手続的瑕疵を帯び違法であるし、同条の趣旨に照らせば、これに反する行為が信義則上問題とされるべきことも当然である。
さらに、本件更正処分と同時にされた本件賦課決定処分の一部及び本件消費税等関係処分については、本件訴訟の係属後にその違法性が明らかになり、これが取り消されたものであり、本件更正処分は、ずさんな調査に基づき場当たり的にされたことが明らかであって、適正手続を保障した憲法３１条に違反する。
（４）本件賦課決定処分について
控訴人が本件賞与等を本件事業年度の損金に算入したことは、従前の税務上の処理に従い、費用収益対応の原則及び債務確定基準に基づく適法な処理と解しうることに加え、被控訴人自らが、税務調査の上、繰越還付に応じたことの事情を踏まえれば、真に納税者の責めに帰することのできない客観的事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお、その賦課が不当又は酷になる場合として、国税通則法６５条４項の「正当な理由」があるというべきである。
原判決は、被控訴人の担当職員による指導等がないことや、課税実務や見解の不存在等を指摘するが、本件賞与等に係る確定申告は公益社団法人制度の開始直後にされ、税務上の取扱いに関する検討は全く進んでいなかったものであり、当該指摘は的を射ない。このような運用初期の段階で、処分行政庁自身が控訴人の処理を是認し、控訴人と同じ判断を行ったこと自体が、当時、本件賞与を本件事業年度の損金に算入できると判断してもやむを得ない状況であったことの証左である。
第３ 当裁判所の判断
１ 当裁判所も、本件更正処分及び本件賦課決定処分（ただし、平成２５年１０月３０日付け変更決定処分による変更後のもの）の取消請求はいずれも理由がないものと判断する。その理由は、後記２のとおり補正し、後記３のとおり当審における控訴人の主張に対する判断を付加するほかは、原判決「事実及び理由」欄の「第３当裁判所の判断」の２及び３に記載のとおりであるので、これを引用する。
２ 原判決の補正
（１）原判決２３頁２０行目から２５頁２行目を以下のとおり改める。
「イところで、使用人賞与は、多くの場合、夏期と年末の２回に分けて、人事評価及び法人の業績等を勘案して支給されるものであり、就業規則等において定められることが多いものの、明文の定めに基づかないで慣行によって支給されている場合もあり、かつ、支給の有無及び支給額は、支給対象者の勤務実績や当該法人の経営実績により左右され、これらの事項に対する法人自身の経営上・人事上の判断を経て具体化するのが通常である。その額は、基本給にその時々の状況で決まる係数を乗じ、成績査定等を勘案して算定されるのが典型であって、支給日又は一定の基準日に在籍する者にのみ支給するとされることがほとんどであり、支給対象者に対して支給の有無及び支給する場合の金額の通知は実際の支給をもって行われているのが実情であるといえる。
このような賞与の支給実態に鑑みれば、賞与については、①販売費等に該当するものについて、実際の支給日よりも前に債務として確定しているか否か、②売上原価等に該当するものについて、当該事業年度の収益にかかる金額として適正な見積りができるか否か、又は支出されることが確実といえるか否かを客観的に判断することは困難であり、仮にそのような判断が可能であるとしても、当該判断は法人自身の内部における判断事項に関わるものである。そうすると、賞与の損金計上時期について法人税法２２条３項１号、２号以外に何らの基準を設けなかった場合、使用人賞与を支給する法人ごとに千差万別になることが予想される上、さらには恣意的な判断がされるおそれも否定できず、その結果、使用人賞与の損金算入時期は法人ごとに不統一になり、また、同一法人においても売上原価等に当たる使用人賞与と販売費等に当たる使用人賞与が異なる事業年度の損金の額に算入されるという事態も起こり得るところである。したがって、法人税法２２条３項１号、２号の定めのみでは計算の明確及び課税の公平を確保することは困難であり、技術的細目的事項として、賞与の損金算入時期について明確かつ客観的な基準を定める必要があることから、このような定めとして、法人税法施行令７２条の５が置かれたものと解される。」
（２）原判決２７頁１６行目から２５行目を以下のとおり改める。
「このような分割の結果、分割がなければ当該事業年度に損金として計上できた支出を計上できなくなる不利益が納税者側に生じ得ることは否定できないものの、この点は、課税のあり方自体が分割前後で異なり、分割後は控訴人の医療保健業が公益事業として課税対象から外れること（これ自体は控訴人にとって有利な制度改正である）の反射的効果というほかなく、法人税法施行令７２条の５の適用自体が当該不利益をもたらすものではない。
控訴人の主張は、年の途中で事業年度を分割する場合には、分割された各事業年度について、法人税法２２条３項の趣旨に適う政令の規定を別途設けるべきであり、これをせずに法人税法施行令７２条の５を適用することは、上記憲法の各規定に違反するという趣旨のものと解される。しかし、法人税法施行令７２条の５の規定の趣旨は上記補正後の原判決説示のとおりであって、法人税法２２条３項の規定の趣旨に反するところのない合理的なものといえるところ、その規定する要件の内容に鑑みれば、本件の制度改正に伴う事業年度の分割の場合においても、分割により生じた前半及び後半の各事業年度について、いずれも従前と同じ取扱いをするという立法政策を採用することには合理性があるといえ、このことは控訴人のように分割の前後で課税対象事業の範囲に異動がある場合にも変わりはなく、これらの場合を通じて法人税法施行令７２条の５を適用するものとしても、上記憲法の各規定に違反することはないというべきである。また、法人税法施行令７２条の５の規定内容に鑑みれば、この場合に同条を適用することが法人税法２２条３項の趣旨に反するということもできない。
上記（原判決引用）のとおり、事業年度の分割は、必要かつ合理的なものであり、この分割により生じた前半部分の事業年度（公益社団法人等への移行の登記の前日までの事業年度）についても独立の事業年度として法人税法施行令７２条の５が適用されるという簡明なものであるから、関係法人はこれを前提にしかるべく対処すれば足りたものであり、控訴人においても、以下に述べる事情に照らして、本件賞与等について、本件事業年度の損金として計上することが不可能であったとはいえない。
すなわち、証拠（乙５）及び控訴人の主張によれば、控訴人は、①平成２１年１１月６日に、公益社団法人の認定に係る控訴人の申請が同月１３日の公益認定等委員会に諮問される旨の連絡を受け、②同月２０日に、同日の答申について連絡を受けた上で、直ちに、③各施設に対し、事業年度を「平成２１年４月～１１月期」と明示し、事業年度の短縮に伴う収益及び費用の計上に関する留意事項を示した上で本件事業年度の決算に係る準備作業を指示したが、この際に、賞与の計上については、１２月支給の賞与と同額であるため、賞与引当金ではなく賞与そのものを計上するとした上で、同年１２月１１日までの回答を指示したものと認められる。
以上の経過に照らせば、控訴人は、公益社団法人の認定が同年１１月中にされることにつき、前記①の連絡の時点でその可能性を認識し、前記②の連絡の時点で確定的に認識したものであり、この間に、本件事業年度の終期を同月末とすることを前提として、決算に係る準備事項や、事業年度の分割に伴う留意事項を予め検討した上で、前記②の連絡後、直ちに前記③の指示を行ったものと認められる。
法人税法施行令７２条の５の要件は納税者の行為規範として一義的に明確なものであり、控訴人としては、前記検討の段階で当該要件の問題を認識していれば、その充足のため最大限の努力を払ったはずである。具体的には、同月６日から２０日までの間に本件賞与等の計算等に係る準備作業を前倒しで開始するなどして、同月中に本件賞与等の支給額を決定し、同条第２号イの支給額の通知をすることは、困難な作業とはいえ、不可能とはいえない。また、仮にこれが不可能と判断した場合にも、控訴人は、公益社団法人の設立登記の時期について、公益法人認定の所管官庁（内閣府）に対し、認定の時期の後倒しを要請したり、これが困難な場合にも、設立の登記について、認定後２週間の期間（整備法１０６条）を遵守できない事情がある旨を説明する等の方策を検討することが可能であったものと考えられる。
にもかかわらず、前記③の指示においては、本件賞与等について、同月末を事業年度末とすることに伴う名目の問題が検討されたのみで、法人税法施行令７２条の５の要件の問題が検討された形跡はなく、その他、控訴人において、税務相談等によりこれを検討した形跡も皆無であって、控訴人は、前記の準備事項及び留意事項の検討に当たり、そもそも当該問題の存在自体を看過していたものと推認するほかない。このような看過自体が、公益法人への移行に関し、短期間に多岐にわたる検討や作業を余儀なくされた結果であると窺われることを考慮しても、控訴人主張の不利益は、控訴人自身に起因するものというほかない。
なお、証拠（乙６）には、本件更正処分に先立つ税務調査に対する乙税理士の回答として、本件賞与につき１１月の決算賞与にしようと思ったが、同月末までに通知する余裕がなかった旨を述べる部分があるが、上記回答に照らせば、前記決算の準備についての税理士の関与が窺われる一方で、税理士が法人税法施行令７２条の５の問題を認識しながら何らの方策も検討しないものとは考えられないことに照らせば、前記の回答内容はにわかに措信し難い。」
（３）原判決２８頁９行目「この点、」から２６行目末尾までを以下のとおり改める。「しかしながら、上記のとおり事業年度を分割すること自体は必要かつ合理的であり、制度上一方的に納税者に不利益を与えるものではない。
また、前記のとおり、控訴人において、平成２１年１１月の時点で法人税法施行令７２条の５の問題を認識していれば、本件賞与等について、同条の要件を充足するための方策を検討することが可能であったと考えられることに照らせば、前記のような調整をする機会を与えなかったことが憲法１４条に違反するともいえない。」
（４）原判決３０頁８行目「なお、」から２６行目「いい難い。」までを以下のとおり改める。「なお、所論にかんがみ、法人税法２２条３項によれば本件賞与等を本件事業年度における損金として計上できたのかについて、念のため検討する。前記のとおり、賞与の支給の有無及び支給額は、支給対象者の勤務実績や当該法人の経営実績により左右され、これらの事項に対する法人自身の経営上・人事上の判断を経て具体化するのが通常であって、法人ごとに恣意的な判断がされるおそれがあるものである。この点、本件職員定期賞与（甲１０の１、２）についても、基本給の額が同じであっても対象期間内の在職期間が長いほど支給割合が高くなり、支給対象者は基準日に在職する職員又は基準日前１か月以内の退職者若しくは志望者に限られるなど、一般的に見られる賞与の性格を有しており、特に、病院の業績等による支給割合が変更されることがある旨を規定していることは、業績の状況に関する控訴人の判断を支給額に反映させるものである点で、賞与としての一般的な性格を顕著に示すものというべきである（なお、控訴人は、上記規定の適用例が極めて稀である旨を主張するが、仮にそうであるとしても、業績に関する控訴人の裁量的判断が留保されていること自体が重要であり、適用例の多寡は、控訴人における経営及び労使関係の結果にすぎない。）。
本件職員定期賞与については、賞与額の計上がされる期限は１２月１１日とされており（乙５）、同日までの間に、上記の判断を経て初めて支給額が確定すること、一方で、具体的な支給額について職員に対する通知がされておらず、その支払額が外形的に表示されているものとはいえないことを考慮すれば、本件職員定期賞与について、本件事業年度末の時点で、その債務が確定していたとも、その現況によりその額を適正に見積もることが可能であったともいい難い。」
３ 当審における控訴人の主張について
（１）法人税法施行令７２条の５の適用について
ア 控訴人は、法人税法施行令７２条の５が法人税法６５条の委任に基づき技術的細目的事項を定めるものに過ぎず、同法２２条３項の「別段の定め」には該当しないとの解釈を前提として、本件賞与等が費用収益対応の原則及び債務確定基準を満たす場合に法人税法施行令７２条の５を適用することは、租税法律主義に違反する旨を主張する。
イ この点、法人税法施行令７２条の５の趣旨は、前記２（１）のとおり、賞与の支給の実情等に照らして、賞与について法人税法２２条３項１号及び２号の規定を補完する必要があることから、技術的細目的事項として、賞与の損金算入時期について明確かつ客観的な基準を定める趣旨と解される。
次に、法人税法施行令７２条の５の制定経緯をみるに、同条は、平成１０年法律第２４号による法人税法の改正（以下「平成１０年改正」という。）により、改正前の同法５４条が削除されたことに伴い制定された法人税法施行令１３４条の２と同旨を規定するものである。平成１０年改正前の法人税法５４条は、使用人に対して支給する賞与に充てるため、各事業年度において損金経理により、賞与引当金勘定に繰り入れた金額のうち、一定の方法により計算した繰入限度額以下の金額について、当該事業年度の損金に算入すること（賞与引当金制度）を認めていたところ、前記法人税法の改正により、これを廃止したものであって、その趣旨は、前記１（１）のような賞与の支給の実態等に照らして、課税の明確性・統一性を図る必要があることから、賞与引当金制度を廃止し、賞与自体を損金として算入することとしたものと解され、この点に照らせば、平成１０年改正は、賞与の損金算入時期についても、現実の賞与の支給を基準とすることにより、債務確定基準を徹底する趣旨と解するのが相当である。
これを前提とすると、法人税法施行令７２条の５（制定当時の１３４条の２）は、全体として、上記のような平成１０年改正の趣旨を踏まえて、賞与の損金算入時期について、賞与の現実の支給のほか、その支払額が通知により外形的に表示され、現実の支給と同視しうる時点を、労働協約・就業規則上の支給日とともに基準としたものと解されるのであって、この意味で、平成１０年改正に係る立法者の意思を、法人税法６５条の委任に基づき、技術的細目的事項として明らかにするものというべきである。
そうすると、法人税法施行令７２条の５は、法人税法６５条の委任に基づくものとして有効であるから、これが法人税法２２条３項の「別段の定め」に当たるか否かを検討するまでもなく、租税法律主義違反をいう控訴人の主張は理由がない。
ウ 控訴人は、前記アの主張を前提として、大阪高裁判決は、法人税法７２条の５の適用によっても、損金への算入が全くできないわけではなく、いずれかの事業年度（当該事案においては実際の支給日の属する事業年度）の損金に算入できることを根拠として、法人税法施行令７２条の５の有効性を認めたものであり、公益法人への移行により、他の事業年度における損金算入が不可能な本件においては、同条の有効性を認める余地はない旨を主張する。
しかしながら、前記イのとおり、法人税法施行令７２条の５は、賞与の損金算入時期についての平成１０年改正の趣旨を、法６５条の委任に基づいて、技術的細目的事項として明らかにするものであり、租税法律主義に違反するものではないと解する以上、結果として損金算入の機会が失われるか否かは、その適用の可否に関する判断を左右するものとはいえない。
なお、大阪高裁判決の趣旨に即して考えても、前記２（２）のとおり、控訴人主張の不利益は、課税のあり方自体が分割前後で異なり、分割後は控訴人の医療保健業が公益事業として課税対象から外れることの反射的効果というほかなく、法人税法施行令７２条の５の適用の可否の問題とはいえないものであり、控訴人の主張は理由がない。
（２）債務確定基準及び費用収益対応原則の充足について
ア 控訴人は、本件職員賞与について、法人税法施行令７２条の５の適用が排除されることを前提として、債務確定基準及び費用収益対応原則を充足する旨を主張する。
イ しかしながら、前記（１）のとおり、法人税法施行令７２条の５が租税法律主義に反するものではないことを前提とすれば、控訴人の主張は、そもそも前提を欠く。
また、仮に、本件職員賞与につき債務確定基準及び費用収益対応原則の充足を検討するとしても、その判断に当たっては、平成１０年改正の趣旨を踏まえる必要があると考えられるのであって、この点に照らせば、前記２（４）のとおり、本件職員定期賞与については、その支払額が通知により外形的に表示され、現実の支給と同視しうるものとはいえず、本件事業年度末の時点で、その債務が確定していたとも、その現況によりその額を適正に見積もることが可能であったともいい難い。控訴人の主張は理由がない。
（３）法人税法施行令７２条の５の充足について
控訴人は、本件職員定期賞与について、法人税法施行令７２条の５が適用されるとしても、職員自らこれを算定することが可能であり、このような状態は同条２号イの通知と評価すべきである旨を主張するが、原判決（１３頁１７行目から２４行目）が判示するところに照らして採用できない。
（４）本件医師関係給付について
控訴人は、本件医師関係給付について、その支給の実態等に照らして賞与に該当せず、法人税法施行令７２条の５が適用されない旨を主張し、これを前提として、債務確定基準及び費用収益対応原則を充足する旨を主張する。
しかしながら、法人税法施行令７２条の５は、賞与の定義につき「臨時的な給与（中略）のうち、退職給与、他に定期の給与を受けていない者に対し継続して毎年所定の時期に定額を支給する旨の定めに基づいて支給されるもの（中略）以外のものをいい」と定めているところ、本件医師関係給付は、いずれも、他に定期の給与を受けている者に対する給付であることが明らかであり、同条の賞与に該当する。そして、上記の賞与の定義は、平成１０年改正前の法人税法５４条が引用する同法３５条４項と同旨の内容である。
前記２（１）のとおり、賞与の支給実態は法人ごとに多様であり、恣意的な判断がされるおそれもあることに照らせば、賞与の損金算入時期を定めるに当たっては、賞与の定義について、臨時的な給与全般をその対象としなければ、課税の公平性・明確性を図り得ないことは明らかであって、平成１０年改正前の賞与の定義に関する法人税法の規定も、このような考え方に基づくものと解するのが相当である。
そうすると、前記（１）のとおり、法人税法施行令７２条の５が租税法律主義に反するものではないと解する以上、上記定義についても同様に解するのが相当である。控訴人の前記主張は理由がない。
（５）信義則違反・憲法違反の主張について
ア 控訴人は、後に設けられた認定時期の調整の制度がなかったこと等から、その意向に反して、被控訴人の一方的な認定により年度途中に公益社団法人の認定を受け、その結果、従前当然認められてきた損金算入を否定されたものであるとして、認定時期の調整を受けた他の法人との関係で本件更正処分が憲法１４条に違反する旨を主張するが、前記２（２）で述べたところに照らして採用できない。
イ 控訴人は、本件更正処分につき、税務調査の結果行われた繰戻還付処分につき、再検討の理由も示さず税務調査を行った結果覆したものであることを理由として、信義則及び国税通則法７４条の１１の趣旨に反する旨を主張する。
しかしながら、信義則違反の主張に関しては、原判決（３２頁１行目から３３頁１１行目）が指摘するとおり、本件更正処分については、本件法人税確定申告及び繰戻還付請求に先立って、税務官庁が信頼の対象となる公的見解を表示したものと認めるべき事情はないし、また、前記２（２）のとおり、控訴人主張の不利益は控訴人自身に起因するものといわざるを得ないことに照らして採用できない。
また、国税通則法７４条の１１に関しては、原判決（３３頁１２行目から１６行目）が指摘するところに加え、以下の事情を指摘できる。
すなわち、法人税法施行令７２条の５は税務官庁にとっても一義的に明確な行為規範であるところ、同条に照らせば、本件賞与等を本件事業年度の損金に算入できないことは明白であり、これを適用せずに行った控訴人に対する繰戻還付は、法令の規定の適用を誤ったものであることは明白である。これを前提とすれば、本件更正処分に先立つ税務調査は、これを基礎づける事実の収集ではなく、法令適用に係る過誤の是正を前提とした控訴人のための手続保障として行われたものと解するのが相当である。
これに加えて、国税通則法７４条の１１の規定は、平成２５年１月１日以降に行われる質問検査等に適用されるものである。仮に、同条の規定が従前からの運用上の取扱いに基づくものであるとしても、これのみをもって、税務官庁の行為規範として明確なものであったとはいい難いことに照らせば、本件更正処分に先立つ税務調査を理由として、本件更正処分が信義則に違反するものとも、適正手続原則に違反するものともいえない。控訴人の前記主張は採用できない。
ウ その他、控訴人は、本件法人税確定申告に関する被控訴人の対応全般について、①当初繰戻還付に応じたにもかかわらず、その後本件更正処分、本件賦課決定処分を行い、②さらに、本件訴訟の提起後に、本件賦課決定処分の一部及び本件消費税関係処分を取り消す旨の変更決定処分をしているものであって、このようなずさんな対応全体が憲法３１条に違反する旨を主張する。
この点、被控訴人の対応は、法人税法施行令７２条の５を適用せずに繰戻還付に応じたことに端を発して、前記①及び②のとおり二転三転したものというほかなく、控訴人が費やす費用及び労力（本件訴訟に関するものを含む。）を考慮すれば、税務官庁に対する納税者の信頼を損なうものであることは否定できない。
しかしながら、これまでに述べたところに照らせば、本件更正処分自体は適法であり、控訴人以外の納税者全体の観点から見れば、課税の公平を確保するために必要な処分というほかない。上記の対応の変遷をもって憲法３１条に違反するものとはいえず、控訴人の主張は採用できない。
（６）本件賦課決定処分について
控訴人は、本件賞与等を本件事業年度の損金に算入したことについて、国税通則法６５条４項の「正当な理由」がある旨を主張するが、原判決（３７頁１５行目から３８頁２１行目）の指摘するところに照らして採用できない。
なお、控訴人は、前記主張の前提として、控訴人の損金算入は、費用収益対応の原則及び債務確定基準に基づく適法な処理と解しうる旨を主張するが、既に判示したとおり、法人税法施行令７２条の５の規定は、行為規範として、控訴人にとっても、処分行政庁にとっても一義的に明確なものであることに照らして採用できない。
また、控訴人は、本件賞与等に係る確定申告は公益社団法人制度の開始直後にされ、税務上の取扱いに関する検討は全く進んでいなかったことに照らし、控訴人が繰戻還付に応じたことを「正当な理由」と評価すべきである旨を主張するが、本件においては、控訴人に対する公益法人認定の結果、事業年度の終期が賞与の支給時期と近接したものに過ぎず、法人税法施行令７２条の５の適用の有無について、公益社団法人特有の問題が生じたものではないから、控訴人の主張は理由がない。
第４ 結論
以上によれば、本件控訴は理由がないからこれを棄却することとして、主文のとおり判決する。東京高等裁判所第２４民事部
裁判長裁判官 髙野伸
裁判官 河本晶子
裁判官 前澤達朗
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2015/pdf/12740.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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