税務訴訟資料第２６５号－７（順号１２５９０）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税及び消費税等更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（麹町税務署長）
平成２７年１月２２日却下・棄却・控訴
判決
原告公益社団法人Ａ
同代表者代表理事甲
同訴訟代理人弁護士錦織康高
細野敦
北村導人
松井博昭
同補佐人税理士高山温子
北島亜紀
小泉秀樹
中村慈美
被告国
同代表者法務大臣上川陽子
処分行政庁麹町税務署長
松田勉
指定代理人長谷川武久
小原弘行
齋藤誠密
東辻淳次
植山昌文
三浦一樹
主文
１ 本件訴えのうち、別紙１却下部分目録記載１ないし５の各訴えをいずれも却下する。
２ 原告のその余の訴えに係る請求をいずれも棄却する。
３ 訴訟費用はこれを７分し、その６を原告の負担とし、その余を被告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 処分行政庁が原告に対して平成２４年５月２５日付けでした平成２１年４月１日から同年１１月３０日までの事業年度の法人税の更正処分のうち欠損金額７億２３２６万５７０６円及び翌期に繰り越す欠損金額４億８４０６万０９５０円を超える部分並びに上記事業年度の過少申告加算税賦課決定処分をいずれも取り消す。
２ 処分行政庁が原告に対して平成２４年５月２５日付けでした平成２０年４月１日から平成２１年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき消費税額６６３２万３１００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額１６５８万０７００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分をいずれも取り消す。
３ 処分行政庁が原告に対して平成２４年５月２５日付けでした平成２１年４月１日から同年１１月３０日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき消費税額５３８５万０１００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額１３４６万２５００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分をいずれも取り消す。
４ 処分行政庁が原告に対して平成２４年５月２５日付けでした平成２１年１２月１日から平成２２年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき消費税額３３９５万９１００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額８４８万９７００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分をいずれも取り消す。
５ 処分行政庁が原告に対して平成２４年５月２５日付けでした平成２２年４月１日から平成２３年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき消費税額１億０９５９万９９００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額２７３９万９９００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、平成２１年１２月●日に社団法人から公益社団法人へ移行した原告が、同年４月１日から同年１１月３０日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）の法人税につき、その運営する施設に勤務する職員及び医師に対し同月以降に支給した賞与等の合計額２２億８１１８万９４０７円を損金の額に算入して確定申告をしたところ、処分行政庁が、上記賞与等の合計額を損金の額に算入することを否認するなどして、原告に対し、更正処分（以下「本件更正処分」という。）をするとともに、過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分」といい、本件更正処分と併せて「本件各処分」という。）をしたため、原告が、被告に対し、本件各処分の取消しを求める事案である。なお、原告は、本訴において、同請求のほか、処分行政庁が原告の平成２０年４月１日から平成２１年３月３１日まで、同年４月１日から同年１１月３０日まで、同年１２月１日から平成２２年３月３１日まで及び同年４月１日から平成２３年３月３１日までの各課税期間の消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）につき、上記各期間の消費税等の更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件消費税等関係処分」という。）をしたことについて、これらの処分の取消しを請求しているが、被告は、本訴係属中に本件消費税等関係処分に係る消費税等の課税標準額及び納付すべき消費税等の額を確定申告額と同額とする減額再更正処分及び過少申告加算税の額を０円と変更する決定処分をしている（請求の趣旨は本訴提起時のままである。）。
１ 法令の定め
（１）公益法人制度改革に関連する法令の定め
ア 一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（以下「整備法」という。）３８条の規定による改正前の民法（以下「改正前民法」という。）３４条の規定により設立された社団法人又は財団法人で、新たな法人制度の施行日（平成２０年１２月１日）に現に存するものは、一般社団法人又は一般財団法人として存続するものとされている（整備法４０条１項）。
改正前民法３４条により設立された法人であって新たな法人制度下での法人への移行の登記をしていないもの（以下「特例民法法人」という。整備法４２条１項、２項参照。）は、上記施行日から起算して５年を経過するまでの期間内に、行政庁の認定を受けて公益社団法人又は公益財団法人となるか、行政庁の認可を受けて通常の一般社団法人又は一般財団法人となることができる（整備法４４条、４５条）。そして、上記期間内に行政庁の認定又は認可を受けなかった特例民法法人は、移行期間の満了の際に解散したものとみなされることとされている（整備法４６条）。
イ 特例民法法人である間は、課税関係についても、平成２０年度の税制改正前の制度が維持されることとされている（平成２０年法律第２３号附則１０条１項、３項）。したがって、特例民法法人については、収益事業を行う場合に限り、法人税の納税義務が生ずるとともに、収益事業から生じた所得に対して２２％の税率により計算した法人税が課されることになる（平成２２年法律第６号による改正前の法人税法６６条３項）。
公益法人は収益事業を行う場合に限り法人税を納める義務があるところ（法人税法４条１項ただし書）、特例民法法人が行政庁の認定を受けて公益社団法人又は公益財団法人となった場合には、その行う公益目的事業は収益事業から除かれ、公益目的事業以外の収益事業から生じた所得に対して３０％（年８００万円以下の金額は２２％）の税率により計算した法人税が課されることになる（平成２２年法律第６号による改正前の法人税法６６条１項、２項）。そして、収益事業については政令で定めるものとされているところ、公益法人の行う医療保健業は収益事業とされていない。（法人税法２条１３号、法人税法施行令５条２項１号）
ウ 以上のとおり、特例民法法人が行政庁の認定を受けて公益社団法人又は公益財団法人に移行する場合には、課税所得の範囲や適用税率が変更になる。そのため、法人の財産及び損益の計算の単位となる期間である事業年度（法人税法１３条１項）については、特例民法法人が公益社団法人又は公益財団法人への移行の登記をした場合には、その登記をした日の前日を計算書類等の作成に当たって定めることとされている事業年度の末日とすることとされている（一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律施行規則（以下「整備法施行規則」という。）２条１項）。
（２）法人税法等の定め
ア 法人税法２２条（各事業年度の所得の金額の計算）１項は、内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とする旨定める。同条３項は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、同項１号ないし３号に掲げる額とする旨定めているが、このうち、同項１号は、当該事業年度の収益に係る売上原価等の額を掲げ、同項２号は、同項１号に掲げるもののほか、当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用（償却費以外の費用で当該事業年度終了の日までに債務の確定しないものを除く。）の額を掲げている。
イ 法人税法６５条は、同法２編１章１節２款から同節１０款まで（所得の金額の計算）に定めるもののほか、各事業年度の所得の金額の計算に関し必要な事項は、政令で定める旨定める。
ウ 平成２２年政令第５１号による改正前の法人税法施行令（以下、特に断りなく「法人税法施行令」という場合、同改正前のそれを指すものとする。）７２条の５（使用人賞与の損金算入時期）は、内国法人がその使用人に対して賞与を支給する場合には、当該賞与の額は、同条１号から３号に掲げる賞与の区分に応じ、当該各号に定める事業年度において支給されたものとして、その内国法人の各事業年度の所得の金額を計算する旨定める。
このうち、同条１号は、労働協約又は就業規則により定められる支給予定日が到来している賞与（使用人にその支給額の通知がされているもので、かつ、当該支給予定日又は当該通知をした日の属する事業年度においてその支給額につき損金経理をしているものに限る。）につき、当該支給予定日又は当該通知をした日のいずれか遅い日の属する事業年度に支給されたものとする旨を定める。
また、同条２号は、次の三つの要件をいずれも満たす賞与につき、使用人にその支給額の通知をした日の属する事業年度に支給されたものとする旨を定め、当該要件として、①その支給額を、各人別に、かつ、同時期に支給を受けるすべての使用人に対して通知していること、②同通知をした金額を当該通知をしたすべての使用人に対し当該通知をした日の属する事業年度終了の日の翌日から１月以内に支払っていること、及び③その支給額につき前記通知をした日の属する事業年度において損金経理をしていることを挙げる。
そして、同条３号は、同条１号及び２号に掲げる賞与以外の賞与については、それが支払われた日の属する事業年度に支給されたものとする旨を定めている。
エ 国税通則法（以下「通則法」という。）６５条（過少申告加算税）は、期限内申告書が提出された場合において、修正申告書の提出又は更正があったときは、当該納税者に対し、過少申告加算税を課する旨定め（１項）、同条１項又は２項に規定する納付すべき税額の基礎となった事実のうちにその修正申告又は更正前の税額の計算の基礎とされていなかったことについて正当な理由があると認められるものがある場合には、同項に規定する納付すべき税額からその正当な理由があると認められる事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額を控除して、同項の規定を適用する旨定めている（４項）。
２ 前提事実（顕著な事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
（１）原告の設立と公益社団法人への移行
ア 原告は、昭和６１年、●●の事業を行うことを目的とし、改正前民法３４条に基づく法人として設立された（甲１）。
イ 原告は、平成２０年１２月１８日、内閣総理大臣に対して公益社団法人への移行の認定を申請し、平成２１年１１月●日、内閣総理大臣から、整備法４４条に基づき、公益社団法人として認定された（甲６）。
ウ 原告は、平成２１年１２月●日、社団法人Ａから公益社団法人Ａへ名称変更し、移行したことにより設立登記をした（甲１）。これにより、平成２１年４月１日から同年１１月３０日までが本件事業年度となった。
（２）本件賞与等の支給（弁論の全趣旨）
ア 原告は、従来から収益事業である医療保健業を営んでおり、本件事業年度において、別表４記載の各病院等（以下「本件各施設」という。）を運営していた。
イ 原告は、平成２１年１２月１日以降に、本件各施設に勤務する職員のうち医師を除くもの（以下「本件各職員」という。）に対する定期賞与（以下「本件職員定期賞与」という。）及び本件各施設に勤務する医師の一部に対して支払われる年俸の一部等（以下「本件医師関係給付」といい、本件職員定期賞与と併せて「本件賞与等」という。）を支払った。
ウ 本件賞与等の合計額は２２億８１１８万９４０７円であり、本件各施設における支給額の内訳は、別表４記載のとおりである。
（３）本件更正処分等（法人税関係）（弁論の全趣旨）
ア 原告は、本件賞与等の合計額２２億８１１８万９４０７円を、本件事業年度の費用として損金の額に算入した上、別表３「確定申告」欄記載のとおり、所得金額マイナス７億２３２６万５７０６円、納付すべき法人税額マイナス５２７６万３５１９円、翌期へ繰り越す欠損金４億８４０６万０９５０円とする確定申告をした。
イ 原告が、平成２２年３月１日付けで、上記確定申告を前提として「欠損金の繰戻しによる還付請求書」を処分行政庁に提出したところ、同年４月に繰戻還付に係る税務調査がされ、同年５月２７日、繰戻還付金５２６２万４８６０円が原告の指定口座に入金された（甲８、９）。
ウ 処分行政庁は、平成２４年５月２５日、本件賞与等は本件事業年度の損金の額に算入されないなどとして、原告に対し、別表３「更正処分欄」記載のとおり、所得金額を１２億１９６９万７５０９円、納付すべき法人税額を３億２０７４万４８００円とする本件更正処分及び過少申告加算税を４８０８万６０００円とする本件賦課決定処分をした（甲２）。
なお、本件賞与等が本件事業年度の損金の額に算入されない場合、原告が公益社団法人に移行した後の事業年度においては、公益社団法人の行う医療保健業が収益事業とされていないため、本件賞与等を損金として算入することはできないこととなる。
エ 原告は、ウの本件各処分を不服として、平成２４年７月２４日、異議申立てをしたところ、異議審理庁は、同年１０月２３日、原告の異議申立てをいずれも棄却する旨の異議決定をした（甲４）。原告は、この異議決定を不服として、平成２４年１１月７日、国税不服審判所長に対する審査請求をした上（甲５の１）、平成２５年４月５日、本件訴えを提起した（顕著な事実）。
オ 処分行政庁は、原告が本件更正処分により納付すべき法人税額３億２０７４万４８００円のうち、５２６２万４８６０円については、処分行政庁が上記イのとおり還付した税額５２６２万４８６０円であり、同額が納付すべき税額の計算の基礎とされていなかったことについては、通則法６５条４項に定める「正当な理由があると認められるものがある場合」に該当すると認め、平成２５年１０月３０日、別表３「変更決定処分」欄のとおり、本件賦課決定処分に係る過少申告加算税の額を４８０８万６０００円から４０１９万１５００円へと変更する決定処分をした（乙１９）。
（４）本件消費税等関係処分等（弁論の全趣旨）
ア 処分行政庁は、原告の平成２０年から平成２３年にかけての各事業年度の消費税等につき、平成２４年５月２５日、納付すべき消費税等の額を増額するなどする更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分（本件消費税等関係処分）をした（甲３の１ないし４）。
イ 原告は、上記アの本件消費税等関係処分を不服として、平成２４年７月２４日、異議申立てをしたところ、異議審理庁は、同年１０月２３日、原告の異議申立てをいずれも棄却する旨の異議決定をした（甲４。上記（３）エと同じ決定である。）。
ウ 原告は、この異議決定を不服として、平成２４年１１月７日、国税不服審判所長に対する審査請求をした上（甲５の２）、平成２５年４月５日、本件訴えを提起していたところ、処分行政庁は、同年１０月３０日、原告に対し、本件消費税等関係処分に係る消費税等の課税標準額及び納付すべき消費税等の額を確定申告額と同額とする更正処分及び過少申告加算税の額を０円と変更する決定処分をした（乙２０の１ないし４）。
３ 被告の主張する本件各処分の根拠及び適法性
被告の主張する本件各処分の根拠及び適法性に関する主張は別紙２のとおりである。なお、後記４の争点以外は争いがないか、原告が争うことを明らかにしない。
４ 争点
（１）本件賦課決定処分の取消しの訴えの適法性（被告の本案前の主張）
（２）本件消費税等関係処分の取消しの訴えの適法性（被告の本案前の主張）
（３）本件更正処分の適否
（４）本件賦課決定処分の適否
５ 争点に対する当事者の主張の要旨
（１）争点（１）（本件賦課決定処分の取消しの訴えの適法性）について
処分行政庁は、原告に対し、平成２５年１０月３０日付けで、通則法３２条２項に基づき、本件賦課決定処分に係る過少申告加算税の額を４８０８万６０００円から４０１９万１５００円に変更する決定処分をしたから、本件賦課決定処分の取消しを求める訴えのうち、過少申告加算税の額４０１９万１５００円を超える部分の取消しを求める訴えは、訴えの利益を欠くこととなった。よって、同訴えは不適法なものとして却下されるべきである。
（２）争点（２）（本件消費税等関係処分の取消しの訴えの適法性）について
本件消費税等関係処分に関し、処分行政庁は、原告に対し、平成２５年１０月３０日付けで、通則法２６条に基づき消費税等の課税標準及び納付すべき消費税等の額を確定申告額と同額とする減額再更正処分をするとともに、通則法３２条２項に基づき過少申告加算税の額を０円と変更する決定処分をしたから、本件消費税等関係処分の取消しを求める各訴えは、いずれも訴えの利益を欠くこととなった。よって、同訴えは不適法なものとして却下されるべきである。
（３）争点（３）（本件更正処分の適否）について
ア 被告の主張の要旨
（ア）法人税法施行令７２条の５は、使用人賞与の損金算入時期を定めているところ、本件賞与等については、本件事業年度末において、支給予定日である平成２１年１２月が到来しておらず、使用人に対する支給額の通知もされていないこと、本件職員定期賞与は本件各施設の業績や本件各職員の人事考課等により支給割合が変更されることがあり得るため支給額が確定していない上、原告が本件事業年度末までに本件賞与等の支給を受けるすべての使用人に対してその支給額の通知をしたとは認められないことから、同条１号、２号には該当せず、同条３号に該当する賞与である。よって、本件賞与等は、実際に支給された日の属する事業年度の損金の額に算入することとなるところ、その支給日はいずれも平成２１年１２月以降であり、本件事業年度内に支給されたものではないから、本件賞与等を本件事業年度の損金の額に算入することはできず、これを前提になされた本件更正処分は適法である。
（イ）原告は、本件賞与等は本件事業年度の収益に対応するものであり、また、その額は本件事業年度末の時点で既に確定しているから、法人税法２２条３項及び４項所定の費用収益対応の原則及び債務確定基準のいずれに照らしても、本件事業年度の損金の額に算入されるべきであるなどと主張するが、本件賞与等に法人税法施行令７２条の５を適用すれば、いずれも本件事業年度の損金の額に算入されないことになる。法人税法施行令７２条の５を一律に適用することは、法人税法２２条３項２号の債務確定基準の趣旨に反するものではなく、課税の明確性、統一性を図る上で必要であり、法人税法施行令７２条の５の要件該当性にかかわらず、本件賞与等を本件事業年度の損金の額に算入すべきであるとする原告の主張は失当である。また、原告は、本件医師関係給付には、賞与ではないものが含まれているとも主張するが、賞与の定義に関する法人税法施行令７２条の５の文言に照らし、本件医師関係給付が同条に定める賞与に該当することは明らかである。
（ウ）原告は、公益社団法人へ移行したことにより、不可避的に事業年度が２つに分けられることとなった旨主張するが、原告は、平成２１年１１月●日に公益法人の認定を受けた後、２週間以内の任意の日である同年１２月●日を登記日として選択したものであるし、このような事業年度の分割は、整備法施行規則の規定が適用されることにより、原告のみならず、同項に該当する法人に対して等しく適用される制度上のものである。原告が収益事業としていた医療保健業は、本件事業年度後の事業年度においては課税の対象とされないので、本件賞与等を損金の額に算入することはできなくなるが、そのことと、本件賞与等をいつの事業年度の損金の額に算入するのかということは全く別の問題であり、このことを理由に本件賞与等を本件事業年度の損金の額に算入しなければならないということにはならない。
（エ）また、法人税法施行令７２条の５は、その制定経緯に照らしてみても、使用人賞与について一律にその損金算入時期を規律する趣旨のものであることは明らかである。
すなわち、従前、法人税法は、使用人賞与に充てるため各事業年度において賞与引当金勘定に繰り入れた金額のうち一定額以下の金額については損金の額に算入することを認めていたが、平成１０年の税制改正において、課税の明確性・統一性を図る観点から、原則として、実際に支給をした日の属する事業年度の損金の額に算入することとし、賞与引当金は廃止され、未払賞与については、その内容から実際に支払がされたものと同視し得るような状態にあるものに限って例外的に損金算入を認める旨の条項が法人税法施行令に設けられた。法人税法施行令７２条の５は、その後の改正で制定されたものであるが、上記取扱いを変更するものではなく、その規定振りも改正前の上記条項と同様のものである。このような法人税法施行令７２条の５の制定経緯及び趣旨に照らせば、同条にいう使用人賞与については、一律にその損金算入時期を規律する趣旨のものであることが明らかであり、仮に同条の適用を待つまでもなく、法人税法２２条３項及び４項により損金算入を認めることになれば、恣意的な判断がされるおそれも否定できない（大阪高等裁判所平成２１年１０月１６日判決・訟務月報５７巻２号３１８頁以下参照）。
（オ）さらに、原告は、本件では法人税法施行令７２条の５第２号イの支給額の通知をしたといえる旨主張するが、通知の一般的な意味に加え、賞与の支給の有無及び具体的な支給額の決定については当該法人の経営上、人事上の裁量が働くのが通例であるという我が国の実情や、上記の同条の趣旨に照らすと、支給額の通知といえるためには、最低限、法人において個々の使用人ごとの具体的な賞与の支給額を最終的、確定的に決定した上、これを使用人に表示することを要するというべきであり、本件において、これがあったと認めることはできない。
（カ）信義則等に関する原告の主張については、処分行政庁が「欠損金の繰戻しによる還付請求」に係る調査において、一旦は本件賞与等に係る原告の処理を是認し、税金を還付したことはあるものの、その後の調査により、本件賞与等は本件事業年度の損金の額に算入することができないと認められたことから、通則法２４条の規定に基づき本件更正処分をしたものであり、税務調査の結果還付に応じていることをもって、本件更正処分が信義則に反するということはできない。
また、原告は、公益法人制度改革の下で原告の事業年度が不可避的に２つに分けられたとの点についても、信義則を適用すべき特別の事情に該当する旨主張するが、本件賞与等を損金の額に算入できないのは、原告が任意に平成２１年１２月●日を登記日としたことに起因するものであり、上記事情があるとはいえない。
さらに、原告は、平成２３年度税制改正後の国税通則法７４条の１１第６項は、課税庁が調査を尽くした上で一旦結論を出した以上、事後に当該結論を覆すことは信義則上認められないことを明文化したものである旨主張するが、当該規定は、平成２５年１月１日以後に納税義務者に対してする質問検査等について適用されるものであり、本件更正処分に係る調査には適用されないし、同規定は信義則を明文化したものでもない。
イ 原告の主張の要旨
（ア）原告は、設立以来、本件事業年度を除き、３月末を事業年度としてきており、毎事業年度において２度支払われる賞与については何ら問題なく損金算入が認められてきたが、平成２０年１２月１日の公益法人制度改革関連３法の施行により、公益法人又は一般法人のいずれに移行するかの選択を余儀なくされ、このような状況の中、平成２１年４月１日から公益社団法人に移行できることを期待して、平成２０年１２月１８日に移行の認定申請をしたが、認定まで予想以上に時間がかかり、また、後に実施される認定時期の調整も当時は行われていなかったため、原告は、選択や恣意の余地なく、事業年度の途中である平成２１年１１月●日に移行認定を受け、法定の期限内である同年１２月●日に登記せざるを得なかったものである。その結果、原告の事業年度が本件事業年度と登記後事業年度の２つに分断することを余儀なくされ、本件賞与等を本件事業年度の損金に算入できるかという問題が生じ、本件更正処分に至ったのであるが、本件更正処分は、原告には回避し得ない国の施策や国の対応の不備を棚に上げた上で、何ら落ち度のない原告に本来負担すべきいわれのない税負担を押し付けるものにほかならず、到底許されるべきではない。
（イ）そもそも、法人税法上、費用の損金算入の可否及び損金算入時期については、同法２２条３項及び４項所定の費用収益対応の原則及び債務確定基準によって判断されるべきものであるところ、本件職員定期賞与及び本件医師関係給付はいずれも本件事業年度の期間に対応する費用であり、かつ、本件事業年度の末日である平成２１年１１月３０日までにその金額が確定し、債務として確定していたものであるから、費用収益対応の原則及び債務確定基準に照らして、当然に本件事業年度の損金の額に算入されるべきである。
被告は、本件職員定期賞与は本件各施設の業績や本件各職員の人事考課等により支給割合が変更されることがあり得るため支給額が確定していないなどと主張するが、原告においては、人事考課は定期賞与を含む賃金に反映させないこととしており、業績による支給割合の変更も、わずかな例外を除いてこれをしない運用としている。また、本件医師関係給付については、契約により医師ごとに異なるものの、年俸や手当の一部を定期賞与と同じ時期に支払ったに過ぎないものなど、賞与ではないものも含み、いずれにしても、平成２１年１１月末までの期間に対応し、かつ、金額が確定している。
被告は、課税の明確性及び統一性を根拠に、法人税法施行令７２条の５を杓子定規に適用すべきであるかのように主張するが、かかる主張は、単に法律を施行するための「技術的細目的事項」を定めたに過ぎない下位規範である政令を法律に優先して適用すべきであると主張するに等しく、失当である。すなわち、公益法人制度に係る制度改正後は、収益事業であっても国から公益目的事業と認定された事業に係る所得については、法人税が課税されないこととなったことから、原告の行う医療保険業について、制度改正後は法人税が課税されないこととなったため、本件事業年度において本件賞与等の損金算入が認められないことになれば、原告において本件賞与等を損金算入する機会は永遠に失われるのである。本件のように、原告には回避し得ない国の施策が行われ、国の対応の不備があるという特殊な事実関係の下では、租税法律主義（憲法８４条）の趣旨に照らして、同条ではなく、あくまで法人税法２２条３項及び４項に基づいて解釈がなされるべきであり、これを無視して杓子定規に法人税法施行令７２条の５のみを適用し、損金算入を認めないとすれば、本件賞与等の損金算入の機会は永久に剥奪され、納税者である原告の財産権（憲法２９条）は著しく侵害されることになる。
被告が引用する大阪高裁判決は、平成１８年政令第１２５号による改正前の法人税法施行令１３４条の２（その後の改正により法人税法施行令７２条の５となった。）と法人税法２２条３項との関係について判断を示したものであるところ、その説示中には、賞与の支給日より前の時点で法人税法２２条３項１号又は２号の定める基準を満たすような場合に当該賞与につき上記法人税法施行令１３４条の２を適用して支給日の属する事業年度に損金計上させることとしても、当該賞与の損金の額への算入が全くできないわけではなく、遅くとも実際の支給日の属する事業年度の損金の額に算入することができることを考慮すれば、同条によって実際の支給日より前の時点をもって損金の額に算入することができる場合を限定したからといって法人税法２２条３項に反するというのは相当でないとする趣旨の部分があり、本件では、分割後の事業年度において賞与を損金の額に算入することができないのであるから、上記裁判例の説示に従えば、法人税法施行令７２条の５によることなく、法人税法２２条３項１、２号の定めに基づき損金の額への算入をすべきである。
なお、被告は、原告が平成２１年１２月●日を公益社団法人としての登記日として任意に選択した旨主張するが、原告は、内閣総理大臣から同年１１月●日に公益法人への移行について認定されたため、同日から２週間以内に登記をすべき義務を負っていた（整備法１０６条）ところ、月の途中で事業年度を区切ることは会計処理や決算事務との関係上極めて困難であり、登記日について選択の余地はなかった。内閣府も、このような事情を考慮して、平成２３年度より認定日の調整を行うことを可能としているところであり、このように、国が認定時期の調整の措置を講じることが可能であり、実際に調整をした法人もある中で、原告が選択の余地なく認定日・登記日を設定させられたこと自体が、国の対応の不備にほかならず、かかる取扱いは、法の下の平等の原則（憲法１４条１項）に反する。
（ウ）仮に本件において法人税法施行令７２条の５が適用されるとしても、本件各施設の職員は、定期賞与として、職員に周知されている給与規程及び内規等による所定の計算式に従った金額が支給されることを本件事業年度末時点で了知しており、本件職員定期賞与その金額を自ら計算することが可能であったこと、本件医師関係給付についても、雇用契約において、原告と個々の医師は、平成２１年１１月３０日までに支払われるべき年俸の金額について合意をしていることから、同日の時点で同条２号所定の支給額の通知をしていたといえる。
（エ）処分行政庁は、本件賞与等が本件事業年度の損金の額に算入されることが認められることを前提とした原告の繰戻還付請求について平成２２年４月から税務調査をした上、未払賞与の損金算入については容認するしかないとの見解を示して還付に応じながら、その後新たな情報が得られたなどの事情もないのに、平成２４年５月、従前の見解とは全く正反対の立場を採り、本件賞与等が本件事業年度の損金の額に算入されないとして本件更正処分をしており、信義則に違反する。繰戻還付は行政処分と解されており、行政庁がしかるべき決済を経た上で採った解釈を納税者に対して明確に表示した以上、その解釈に対して当然に責任を負うべきであり、かかる見解を信頼して行動したことにつき何ら責められる点のない誠実、善良な納税者が、課税庁の矛盾した行為によって信頼を裏切られ、犠牲にされることは正義公平の理念に著しく反する。また、本件については、専ら国によって行われた公益法人制度改革の下における公益法人への移行認定により、不可避的に原告の旧事業年度が２つに分けられたことから損金算入時期が問題となったという特殊な事情があるのであって、かかる事情の下で、原告における本件賞与等の損金算入の機会が完全に失われることになれば、当然に「正義に反する」といわざるを得ず、これらの事情は、信義則を適用すべき特別の事情に該当する。
さらに、平成２４年２月の税務調査時には既に成立し、公布されていた平成２３年度税制改正後の国税通則法７４条の１１においても、課税庁は、実地の調査をした結果、更正決定等をすべきと認められないとする通知をした後は、新たに得られた情報に照らして非違があると認められる場合を除き、質問検査等を行うことはできないとされており、この規定は、信義則を明文化したものと解される。この理が憲法上の適正手続（憲法３１条）の観点からも妥当なものであることは、平成２３年度税制改正前後で変わりはなく、処分行政庁の上記行為は、信義則及び上記国税通則法の趣旨に反するものといわざるを得ない。
（オ）被告は、本件消費税等関係処分について、本件訴訟係属後も補充の税務調査を行い、結局本件消費税等関係処分が誤りであることを認めざるを得なかった。このように、不十分な調査に基づき違法な更正処分がされたのは、本件消費税等関係処分に限られたことではない。処分行政庁は、法人税についても、平成２２年の税務調査の後、一旦原告の税務申告を是認し、繰戻還付までしたにもかかわらず、平成２４年の税務調査により、合理的な説明もないまま正反対の結論を下し、更には、本件医師関係給付については、本件更正処分の際には認識すらしておらず、異議申立て後の補充調査において初めて認識するに至ったものである。このように不十分な調査に基づいてされた本件更正処分は、根拠なき違法なものといわざるを得ない。
（４）争点（４）（本件賦課決定処分の適否）について
ア 被告の主張の要旨
原告が損金の額に算入されない本件賞与等の金額を損金の額に算入して本件事業年度の法人税の確定申告をしたことについて、通則法６５条４項にいう「正当な理由があると認められるものがある場合」に該当する事実は認められないから、本件賦課決定処分（ただし、平成２５年１０月３０日付け変更決定処分により減額された後のもの。）は適法である。
原告は、本件の特別な事情の下、法人税法２２条３項及び４項所定の費用収益対応の原則又は債務確定基準に従い、本件賞与等が本件事業年度の損金の額に算入されるとの解釈を採ったことは正当なものである、処分行政庁において、税務調査の上、本件賞与等を登記前事業年度の損金の額に算入することを是認し、還付に応じたことや、国税庁が公表する事務運営指針に照らしても、正当な理由があると認められる場合に該当することは明らかであるなどと主張するが、原告の旧事業年度が２つの事業年度に分かれたことは、制度上当然のことであり、同制度の対象となるものには一律に生じることであるから、そのことをもって納税者間の客観的不公平を招くような特別な事情があるとはいえないし、本件賞与等を本件事業年度の損金の額に算入して本件法人税確定申告をしたのは原告自身の判断によるものであり、本件法人税確定申告に当たって上記事務運営指針にいう誤った指導がなされた事実は一切認められない。
「欠損金の繰戻しによる還付請求」に係る調査において、一旦は本件賞与等に係る原告の処理を認め、税金を還付したのは事実であるが、通則法６５条４項の正当な理由は、本件法人税確定申告時既に存在した事情でなければならないところ、本件法人税確定申告と同時にされた「欠損金の繰戻しによる還付請求」に応じて税金を還付したとの事情は、本件法人税確定申告後の事情であるから、これが直ちに正当な理由に当たる事情であるということはできない。
原告が、本件法人税確定申告において、本件賞与等に相当する額の過少申告を生じさせた理由は、単なる法令の不知ないし誤解という原告の主観的事情によるものであり、真に納税者である原告の責めに帰することのできない客観的な事情があったとはいえず、納税者である原告に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合に当たらない。
イ 原告の主張の要旨
本件更正処分は違法な処分として取り消されるべきであるから、これに基づく本件賦課決定処分も違法な処分として当然に取り消されなければならない。百歩譲って本件更正処分が適法であったとしても、本件は、通則法６５条４項の「正当な理由があると認められるものがある場合」に該当するから、本件賦課決定処分は違法な処分として取り消されるべきである。
すなわち、国により原告の事業年度が期中で分割されたという本件の特別な事情に鑑みると、法人税法２２条３項及び４項を根拠に本件事業年度において本件賞与等が損金算入されるとの解釈を採ったことは正当であり、かかる解釈を否定して損金算入を認めず、更に過少申告加算税を賦課したことは、上記特別な事情の存在を完全に無視した不当又は酷なものといわざるを得ない。また、処分行政庁が一旦採った解釈を行政処分によって納税者に対して明確に表示した以上、自らの解釈に責任を負うべきであるし、法令の解釈が分かれている状況において、通達が公表されるまでの間に、課税庁の職員が監修した刊行物に記載された見解を採用した場合に国税通則法６５条４項にいう正当な理由があるとされた最高裁判例も存在するところ、本件では、このような一般的な見解にとどまらず、処分行政庁が個別具体的な事情を把握した上で、繰戻還付という行政処分までしているのであるから、原告が処分行政庁の行政処分と同様の見解を採用した結果、過少申告が生じてしまったとしても、真に納税者の責めに帰することのできない客観的事情が存在することは明らかである。
また、国税庁が公表する「申告所得税の過少申告加算税及び無申告加算税の取扱いについて（事務運営指針）」は、「確定申告の納税相談等において、納税者から十分な資料の提出があったにも拘らず、税務職員等が納税者に対して誤った指導を行い、納税者がその指導に従ったことにより過少申告となった場合で、かつ、納税者がその指導を信じたことについてやむを得ない理由があると認められる事情がある」場合に「正当な理由があると認められるものがある場合」に該当する旨を明記している。この運用指針は直接的には所得税をその適用対象とするが、その解釈は法人税に係る事案にも当然に及ぶものであり、この事務運営指針に照らしても、本件は、「正当な理由があると認められるものがある場合」に当たる。
なお、被告は、本件法人税確定申告に当たって誤った指導がなされた事実は認められず、税金を還付したとの事情は、本件法人税確定申告後の事情であるなどと主張するが、処分行政庁は、平成２２年の税務調査の後に、特段修正申告を勧めることもなく、原告の欠損金の繰戻還付請求を是認する旨の誤った指導を行っているのであるから、失当である。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点（１）（本件賦課決定処分の取消しの訴えの適法性）及び争点（２）（本件消費税等関係処分の取消しの訴えの適法性）について
（１）行政事件訴訟法の定める処分の取消しの訴え（同法３条２項）は、その処分によって違法に自己の権利又は法律上保護されている利益の侵害を受けた者が、その処分の取消しによってその利益を回復することを目的とするものである。したがって、上記訴え提起後の事情変動により上記利益が回復されるなどして処分の取消しを求める利益が消滅した場合には、当該訴えは、訴えの利益を欠く不適法な訴えとして却下されるべきである。
（２）前提事実のとおり、処分行政庁は、原告に対し、①平成２５年１０月３０日付けで本件賦課決定処分に係る過少申告加算税の額を４８０８万６０００円から４０１９万１５００円に変更する決定処分をし、また、②同日付けで本件消費税等関係処分に係る消費税等の課税標準及び納付すべき消費税等の額を確定申告額と同額とする減額再更正処分及び過少申告加算税の額を０円と変更する決定処分をしている。
そうすると、本件賦課決定処分の取消しの訴えのうち過少申告加算税の額４０１９万１５００円を超える部分の取消しを求めるもの及び本件消費税等関係処分の取消しの訴えについては、いずれもその取消しを求める訴えの利益が消滅した不適法なものというべきである。
２ 争点（３）（本件更正処分の適否）について
（１）法令の定めとその趣旨について
本件更正処分の理由は、大要、本件賞与等は法人税法施行令７２条の５第１号又は２号の賞与には該当せず、同条３号に規定する賞与に該当し、その損金算入時期は当該賞与が支払われた日の属する事業年度となるというものであるところ（甲２）、その適否を判断する前提として、法人税法上の使用人賞与の損金算入に係る法令の定めについて検討する。
ア 各事業年度の所得の金額の計算について定める法人税法２２条は、１項において、内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とする旨定め、３項各号において、各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入すべき金額について定めている。そして、法人税法２２条３項２号は、当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用（償却費以外の費用で当該事業年度終了の日までに債務の確定しないものを除く。）について、これらは販売費等の債務の確定した時期の属する事業年度の損金の額に算入するといういわゆる債務確定基準を定めたものと解される。他方、同項１号は、当該事業年度の収益に係る売上原価等について、これらは収益の帰属する事業年度の損金の額に算入するといういわゆる収益対応基準を定めたものと解されるが、売上原価等についても、所得の金額の計算の明確及び課税の公平を確保するためには、近い将来これを支出することが相当程度の確実性をもって見込まれており、かつ、当該事業年度終了の現況によりその金額を適正に見積もることが可能である場合に限り、その見積金額を当該事業年度の損金の額に算入することができるものと解される。
イ ところで、使用人賞与は、多くの場合、夏期と年末の２回に分けて、会社の業績等を勘案して支給されるものであり、就業規則等において定められることが多いものの、明文の定めに基づかないで慣行によって支給されている場合もあり、労使の交渉又は使用者の決定により算定基準等が具体化するのが通常である。その額は、基本給にその時々の状況で決まる係数を乗じ、成績査定をも勘案して算定されるのが典型であって、支給日又は一定の基準日に在籍する者にのみ支給するとされることがほとんどであり、支給対象者に対して支給の有無及び支給する場合の金額の通知は実際の支給をもって行われているのが実情であるといえる。以上のような事情に照らすと、賞与は、支給対象期間の勤務に対応する賃金としての性格だけでなく、功労報償的性格、生活補填的性格及び将来の労働への意欲向上策としての性格をも兼ね備えているものと解されるところであって、かかる性格に照らすと、通常は、主として法人税法２２条３項２号に掲げる当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用に該当するものと考えられる。
先にも見たとおり、法人税法２２条３項２号は、販売費、一般管理費その他の費用について、債務の確定した時期の属する事業年度の損金の額に算入するといういわゆる債務確定基準を定めたものと解されるところ、使用人賞与については、上記のような支給実態に鑑みると、実際の支給日よりも前に債務として確定しているとはいえないのが通常と解されるが、賞与の在り方は様々であるから、事情によってはその判断に困難を来す場合がないとはいえない。また、仮に賞与の中に売上原価に該当すると評価し得る部分がある場合、これが損金計上される事業年度は法人税法２２条３項１号が定める収益対応基準により決定されるところではあるが、当該事業年度の収益に係る金額としての適正な見積もりができるか等を客観的に判断することには困難を伴うといわざるを得ない。
そうすると、賞与の損金計上時期について何ら基準を設けなかった場合、使用人賞与を支給する法人ごとに千差万別になることが予想される上、さらには恣意的な判断がされるおそれも否定できず、その結果、使用人賞与の損金算入時期は法人ごとに不統一になり、また、同一法人においても売上原価等に当たる使用人賞与と販売費等に当たる使用人賞与が異なる事業年度の損金の額に算入されるという事態も起こり得るところである。そこで、法人税法２２条３項１号、２号を実施する上で、所得の金額の計算の明確及び課税の公平を確保するため、必要な技術的細目的事項を定める必要があり、このような定めとして、法人税法施行令７２条の５が置かれたものと解される。
ウ そして、法人税法施行令７２条の５の具体的内容をみると、同条は、使用人賞与の損金算入時期について、各号の賞与の区分に応じて、①労働協約又は就業規則により定められる支給予定日が到来している賞与（使用人にその支給額の通知がされているもので、かつ、当該支給予定日又は当該通知をした日の属する事業年度においてその支給額につき損金経理をしているものに限る。）については当該支給予定日又は当該通知をした日のいずれか遅い日の属する事業年度とし（１号）、②その支給額を、各人別に、かつ、同時期に支給を受けるすべての使用人に対して通知し、同通知をした金額を当該通知をしたすべての使用人に対し当該通知をした日の属する事業年度終了の日の翌日から１月以内に支払っており、その支給額につき前記通知をした日の属する事業年度において損金経理をしていることという要件をいずれも満たす賞与については使用人にその支給額の通知をした日の属する事業年度とし（２号）、③上記以外の賞与については当該賞与が支払われた日の属する事業年度（３号）とそれぞれ定めている。
すなわち、法人税法施行令７２条の５は、賞与については実際にその支払がされた日の属する事業年度に損金算入を認めることを原則とした上で（３号）、未払賞与については、１号及び２号において、債務として確定しているといえる時期又は適正な見積りができるか若しくは支出されることが確実といえる時期にあると判断できる状態にあるものに限って、例外的に損金算入を認めることとしていると解される。
エ 以上の理解を踏まえて、本件賞与等のうち、まず、本件職員定期賞与について検討し、次いで本件医師関係給付について検討する。
（２）本件職員定期賞与の損金計上時期について
ア 本件各職員の給与等に関して定めた本件各施設の職員給与規程（以下「本件各給与規程」という。）は、職員の賞与の種類を「定期賞与」と「特別賞与」とに区分し、定期賞与は、基準日とされる６月１日及び１２月１日にそれぞれ在職する職員（又は基準日１か月内に退職し若しくは死亡した職員）に対し、それぞれ基準日の属する月に支給する旨定めている（甲１０の１、２７、弁論の全趣旨）。また、定期賞与の支給基準に関する内規は、支給割合について、基本的には在職期間と支給月に応じて決まるものとしているが、病院の業績等により変更される場合がある旨定めている（甲１０の２、２７、弁論の全趣旨）。原告は、平成２１年１２月１日以降に、本件各施設に勤務する本件各職員に対し本件職員定期賞与を支払い、本件各施設に勤務する医師に対し本件医師関係給付を支払ったが（弁論の全趣旨）、同年１１月末日までに、本件賞与等の支給対象者に対し、本件賞与に係る支給額を通知してはいない（乙６、８の２）。
以上の事実関係を前提として本件職員定期賞与について検討すると、本件職員定期賞与については、平成２１年１２月を支給予定日とするものであるから、「労働協約又は就業規則により定められる支給予定日が到来している賞与」とはいえず、法人税法施行令７２条の５第１号を根拠としてこれを本件事業年度の損金の額に算入することはできない。また、本件職員定期賞与については、原告は、平成２１年１１月末日までに、本件賞与等の支給対象者に対し、本件賞与等に係る支給額を通知していないから、「その支給額を、各人別に、かつ、同時期に支給を受けるすべての使用人に対して通知をしている」とはいえず、法人税法施行令７２条の５第２号を根拠としてこれを本件事業年度の損金の額に算入することもできない。よって、本件職員定期賞与は、法人税法施行令７２条の５第３号の賞与に該当することとなるところ、原告は、本件事業年度の後である平成２１年１２月１日以降に本件職員定期賞与を支払っていることから、結局、これを本件事業年度の損金の額に算入することはできないこととなる。
これについて、原告は、前記「争点に対する当事者の主張の要旨」において見たとおりの主張をして、本件職員定期賞与を含む本件賞与等は本件事業年度において損金として計上されるべきであるとするので、以下その主張について順に検討する。
イ 原告は、本件のように事業年度を強制的に分割した上で法人税法施行令７２条の５を機械的に適用し、原告に本件賞与等について損金計上の機会を失わせることは憲法１４条や２９条に違反するものであると主張する。
しかしながら、既に見たとおり、改正前民法３４条に基づき設立された法人が、行政庁の認定を受けて公益社団法人又は公益財団法人となった場合には、当該法人が行う公益目的事業は収益事業から除かれ、公益目的事業以外の収益事業から生じた所得に対して原則として３０パーセントの税率により計算した法人税が課されることになるなど、課税所得の範囲や適用税率が変更されることになることから、整備法施行規則２条１項により移行の登記日を基準として事業年度を分割したものであって、このような措置を講じることは必要かつ合理的なものである。
このような分割がされ、分割後の事業年度において課税の在り方が分割前と異なるものとなることによって、分割がなかったとすれば将来的に損金として計上できたであろう支出が分割後は損金として計上できなくなるという不利益が納税者側に生じることは否定できないところであるが、他方において、分割がなかったとすれば将来的に課税対象とされたであろう収益が分割後は課税対象から外れるといった利益が納税者側に生じる面もあるのであるから、事業年度を分割することが納税者にとって制度上一方的に不利益を与えるものともいえないところであり、収益については分割後の事業年度における取扱いに委ねつつ、支出についてのみ分割前の事業年度において損失として計上することが適切ともいい難い。
以上のような事情に照らすと、公益法人への移行に当たり事業年度を分割した上で法人税法施行令７２条の５を適用したことが、憲法２９条に違反するとはいえない。
なお、内閣府は特定の日に公益法人への移行登記を希望する法人のため公益財団法人又は公益社団法人への移行の認定日を調整する運用をしていることが認められるところ（甲７）、原告は、原告が公益社団法人に移行する際にはかかる運用がされていなかったため、選択の余地なく登記日を決めざるを得なかったのであり、上記のような調整ができた法人もある中で原告がかかる取扱いを受けたことは、国の対応の不備にほかならず、法の下の平等の原則（憲法１４条１項）に反するとも主張する。この点、本件では、本件賞与等の支給日直前の時点で事業年度の分割をやむなくされたため、本件賞与等を損金算入できるとの原告の期待が損なわれることになった面があることは否めず、上記のような運用がされることが納税者の利益保護の観点からは望ましかったともいえる。しかしながら、上記のとおり事業年度を分割すること自体は必要かつ合理的なものであり、制度上一方的に納税者に不利益を与えるものではないこと、また、運用に係る事柄であるとすれば原告において所管官庁との間でかかる調整をすることが当時においておよそ困難であったとみるべき事情もうかがわれないことなどにも照らすと、上記のような調整をする機会を与えなかったことが憲法１４条に違反するともいえない（なお、原告の財務部長が本件各施設の事務責任者等に対して本件事業年度に係る決算の作業について詳細な手順や期限を示して依頼した文書（乙５）の日付けは、原告が公益社団法人としての移行につき認定を受けた平成２１年１１月●日より前の同月２０日付けとなっており、このことからすると、上記認定前の時点で所管官庁から認定時期についての情報が事実上原告に提供されていたのではないかと考えられなくもないが、これらの所管官庁とのやりとりに関する事情は、証拠上判然としない。）。
ウ 原告は、平成１８年政令第１２５号による改正前の法人税法施行令１３４条の２（その後の改正により法人税法施行令７２条の５となった。）と法人税法２２条３項との関係について判断を示した大阪高裁の判決の説示中に、賞与の支給日より前の時点で法人税法２２条３項１号又は２号の定める基準を満たすような場合に当該賞与につき上記法人税法施行令１３４条の２を適用して支給日の属する事業年度に損金計上させることとしても、当該賞与の損金の額への算入が全くできないわけではなく、遅くとも実際の支給日の属する事業年度の損金の額に算入することができることを考慮すれば、同条によって実際の支給日より前の時点をもって損金の額に算入することができる場合を限定したからといって法人税法２２条３項に反するというのは相当でないとする趣旨の部分があることを指摘し、本件では、分割後の事業年度において賞与を損金の額に算入することができないのであるから、上記裁判例の説示に従えば、法人税法施行令７２条の５によることなく、法人税法２２条３項１、２号の定めに基づき損金の額への算入をすべきである旨主張する。
この点、大阪高裁の上記判決は、上記法人税法施行令１３４条の２の解釈を述べた裁判例の一つであって、他の裁判例がかかる説示をしているともうかがわれないところであるし、また、上記説示は、同判決が同条を法人税法２２条３項に反するものではないと述べた理由中の一節を成すに過ぎず、原告の主張するような結論を明示的に述べたものでもない。そして、上記説示は、賞与の支給日より前の時点で法人税法２２条３項１号又は２号の基準を満たすものであることを前提とするものであるところ、後記エのとおり、本件においてこの基準を満たすものとはいえないから、原告の上記主張は前提を欠くものというべきである。
エ 原告は、法人税法２２条３項２号の債務確定基準からみても、また同項１号の収益対応基準からみても、本件賞与等は本件事業年度における損金として計上すべきであると主張する。
しかしながら、先にも見たとおり、法人税法施行令７２条の５は、所得の金額の計算の明確及び課税の公平を確保するため、債務確定基準及び収益対応基準を定める法人税法２２条３項１号、２号を施行するについて必要な技術的細目的事項を定めたものと解されるから、使用人賞与を本件事業年度の損金の額に算入することができるか否かは、専ら法人税法施行令７２条の５の定める基準によって判断されるべきものというべきである。
なお、所論に鑑み、法人税法２２条３項によれば本件賞与等を本件事業年度における損金として計上できたかの点について、念のため検討する。先にも見たとおり、賞与は、その支給額算定方法や支給要件等に係る特殊な事情に鑑みると、功労報償、生活補填及び将来の労働への意欲向上策等も含む様々な性格を兼ね備えているものと解され、通常は、主として法人税法２２条３項２号に掲げる当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用に該当するものと考えられる。そして、本件職員定期賞与についてみても、基本給の額が同じであっても対象期間内の在職期間が長いほど支給割合が高くなり、支給対象者は基準日に在職する職員又は基準日前１か月以内の退職者若しくは死亡者に限られており、病院の業績等により支給割合を変更することがあるとされる（甲１０の１、２）など、通常の賃金と比べて支給額算定方法や支給要件が大きく異なっているのであって、一般的に見られる賞与の性格を相応に有しているものと解される。そうすると、本件職員定期賞与はまずもって販売費、一般管理費その他の費用に該当するものと考えられるところ、本件職員定期賞与について、賞与額の計上がされるのは１２月１１日とされていたこと（乙５）、病院の業績等により支給割合を変更することがあるとされていたこと、具体的な支給額について職員に対して通知がされてもいないことに照らすと、本件職員定期賞与の支給に係る債務が本件事業年度末の時点で確定していたとはいい難い。また、仮に本件職員定期賞与中に売上原価的な部分が含まれていたとしても、既に見た事情の下では、本件事業年度終了の現況によりその部分の金額を適正に見積もることが可能であったとはいい難い。
オ 原告は、法人税法施行令７２条の５が適用されるとしても、本件各施設の職員は定期賞与として職員に周知されている給与規程及び内規等による所定の計算式に従った金額が支給されることを本件事業年度末時点で了知しており、本件職員定期賞与その金額を自ら計算することが可能であったことから、本件事業年度末の平成２１年１１月３０日の時点で同条２号所定の支給額の通知をしていたといえる旨主張する。
しかし、上記のとおり、法人税法施行令７２条の５が、所得の金額の計算の明確及び課税の公平を確保するための規定として、原則として、実際にその支払がされた日の属する事業年度に損金算入を認めており、同条２号の未払賞与については、債務として確定しているといえる時期にあると判断できる状態にあるものに限って、例外的に損金算入を認めることとしていることに照らすと、同号イの支給額の通知といえるためには、法人において個々の使用人ごとの具体的な賞与の支給額を最終的、確定的に決定した上、これを使用人に表示することを要するというべきである。実際にも、本件職員定期賞与については、病院の業績等により支給割合が変更される余地が残されているのであるから、単に給与規程及び内規等による所定の計算式が存在することを知るだけでは、賞与の具体的支給額を知ることができるとはいえず、上記規程等が周知されただけで通知があったといえるという原告の主張は採用できない。
カ 原告は、処分行政庁が、本件賞与等が本件事業年度の損金の額に算入されることが認められることを前提とした原告の繰戻還付請求に応じながら、平成２４年５月に本件更正処分をしたことは、信義則に違反すると主張する。
この点、租税法規に適合する課税処分について、法の一般原理である信義則の法理の適用により、同課税処分を違法なものとして取り消すことができる場合があるとしても、法律による行政の原理なかんずく租税法律主義の原則が貫かれるべき租税法律関係においては、同法理の適用については慎重でなければならず、租税法規の適用における納税者間の平等、公平という要請を犠牲にしてもなお当該課税処分に係る課税を免れしめて納税者の信頼を保護しなければ正義に反するといえるような特別の事情が存する場合に、初めて同法理の適用の是非を考えるべきものであり、上記特別の事情が存するかどうかの判断に当たっては、少なくとも、税務官庁が納税者に対し信頼の対象となる公的見解を表示したことにより、納税者がその表示を信頼しその信頼に基づいて行動したところ、のちに同表示に反する課税処分が行われ、そのために納税者が経済的不利益を受けることになったものであるかどうか、また、納税者が税務官庁の同表示を信頼しその信頼に基づいて行動したことについて納税者の責めに帰すべき事由がないかどうかという点の考慮は不可欠のものであるといわなければならない（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同６２年１０月３０日第三小法廷判決・裁判集民事１５２号９３頁参照）。
証拠によれば、原告は、平成２２年３月１日、処分行政庁に対し、本件賞与等が本件事業年度の損金の額に算入されることが認められることを前提とした欠損金の繰戻還付請求をし（甲８、２７）、処分行政庁は、同年５月２７日、原告に対し、上記請求に基づき、５２６２万４８６０円に相当する税額を還付したこと（甲９、２７）が認められるものの、このように、原告の繰戻還付請求は本件法人税確定申告と同日にされたものであり、処分行政庁による繰戻還付もその後なされたものであって、税務官庁が納税者に対し信頼の対象となる公的見解を表示したことにより、納税者がその表示を信頼しその信頼に基づいて行動したところ、のちに同表示に反する課税処分が行われ、そのために納税者が経済的不利益を受けることになった場合と同様に解することはできない。
また、原告は、本件については、専ら国によって行われた公益法人制度改革の下における公益法人への移行認定により、不可避的に原告の旧事業年度が２つに分けられたことから損金算入時期が問題となったという特殊な事情があるのであって、かかる事情の下で、原告における本件賞与等の損金算入の機会が完全に失われることになれば、当然に「正義に反する」といわざるを得ず、これらの事情は、昭和６２年の上記判例にいう「特別の事情」に該当するなどと主張するが、前記イで検討したところに照らせば、これが正義に反するとか上記判例にいう特別の事情に該当するとはいえない。
なお、原告は、平成２３年度税制改正時に設けられた通則法７４条の１１の趣旨を踏まえれば、被告が新たな情報を得ないまま更正処分を行うことは信義則に反し許されない旨主張するが、同条項は質問検査等の実施に関するものであって更正処分につき定めているものではなく、既に述べたところに照らして、信義則に関する上記判断を左右するものではない。
（３）本件医師関係給付の損金計上時期について
ア 本件賞与等のうち、本件医師関係給付には、①年俸の一部として支給したもの、②県からの派遣医師に対して支払われたもの、③本来は毎月に支払うべき支援手当及び④特別賞与に相当するものの４種類があり、その支給額の内訳は、別表５記載のとおりである（乙７）。
原告は、本件医師関係給付は年俸や手当の一部を定期賞与と同じ時期に支払ったにすぎず、これらは賞与とはいえないものであるから、法人税法施行令７２条の５の適用はされないとした上、本件医師関係給付に係る支出は本件事業年度末までの期間の収益に対応するもので、その支払債務も本件事業年度末には確定していたから、本件事業年度の損金として計上されるべきであると主張する。これに対し、被告は、法人税法施行令７２条の５の文言に照らせば、本件医師関係給付も同条の適用対象となるのは明らかであると主張する。
イ 原告の上記主張は、法人税法施行令７２条の５の文言に該当するからといって、前記（１）イで見た賞与としての性格を有しない給付に対してまで同条を適用することは許されず、法人税法２２条３項１号又は２号により損金計上時期を判断すべきであるという趣旨のものと解されるところであるが、これにつき如何に解釈すべきかとの点を措くとしても、証拠上認められる事実関係の下では、本件医師関係給付に係る支出について、法人税法２２条３項１号又は２号により本件事業年度において損金計上すべきとはいえないものと解される。以下、その理由を述べる。
（ア）年俸の一部として支給したもの（上記ア①）について
原告は、本件各施設で勤務する医師に対し、その希望があれば、年俸を１６分割して、１６分の４に相当する額につき年２回に分けて本件職員定期賞与と同じ時期に支給していた（甲１１、２７、乙７、８の１、９、１６の１・２、弁論の全趣旨）。また、原告は、１名の医師に対し、年俸の他に、賞与相当額として６月、１２月各月に２００万円を支給していた（乙１５）。また、別表５において年俸の一部として支給したものとして挙げたものは、本件各施設で勤務する医師に対し、以上と同様に年俸の一部として支給したものと認められる（甲２７、乙７、８の１、１７の１・２、弁論の全趣旨）。
そうすると、以上のような形で支給された金銭は、前記（１）イで見た賞与の一般的な性格を有しないものということができる。しかしながら、このような形の支給を受ける医師の雇用契約書には、都合により雇用契約を解除しようとするときは、６０日前までに申し出ることとし、この場合においては、原告は年俸額の未払額の支払いは行わない旨の定めがあるが（甲１１、乙９、１５）、その趣旨は、医師が退職する時点で支払期限の到来していない年俸額は支払わないというものと解されるところであり（６０日前までの申出がされて退職した場合には未払額を支払わないが、かかる申出がされないまま退職した場合には未払額を支払う趣旨と理解するのは不合理である。）、支給されるまで業務に従事することによって初めて具体的な給付をすべき原因となる事実が発生すると解するのが相当である。そうすると、上記ア①の賞与の支給日は１２月とされているから、契約上、本件事業年度末の時点ではそれが医師に支払われるかどうかは未確定というほかなく、債務確定基準を満たすものとはいえない。また、医師に対して一年間を通じて支給される年俸全体のうち、売上原価に相当する部分や本件事業年度末までの収益に対応する部分の範囲は明らかでなく、本件事業年度終了の現況によりその金額を適正に見積もることが可能であったともいい難い。
（イ）県からの派遣医師に対して支払われたもの（上記ア②）について
平成２０年４月１日付け及び平成２１年４月１日付け「●●に関する協定書」（２通）は、原告とＢ県は、Ｂ県の各職員を原告へ派遣することに合意し、原告は、上記協定書に従って、各派遣職員との間で労働契約を締結するものとし、賞与に相当すると解される期末手当及び勤勉手当については、Ｂ県の関係規程に基づいて原告が支給する旨定めている（乙１１の１・２）。また、県からの派遣医師に対して支払われたものの支給基準日は、平成２１年１２月１日であり、Ｂ県は、同月２日、その内訳等（同月分の期末手当及び勤勉手当の額）が記載された「仮定給与等計算結果一覧表（給与）期末勤勉手当分」と題する書面を原告にファックス送信しているが、表題に「仮定」の文言が付されており、その額も被支給者によって様々である（甲２７、乙７、１２、弁論の全趣旨）。
以上のとおり、派遣される職員の賞与はＢ県の関係規定に基づいて定められるものであるところ、地方公務員の期末手当や勤勉手当は一般的な賞与としての性質を持つものと解されるから、これを既に検討した本件職員定期賞与の取扱いと異なるものとすべきとは解されない。また、これらの手当の額が確定したのも平成２１年１２月になってからと認められるから、いずれにしても、これを本件事業年度における損金として計上すべきものとは解されない。
（ウ）本来は毎月に支払うべき支援手当（上記ア③）について
原告は、本来は毎月に支払うべき支援手当は、平成２０年度下期における本件各施設で勤務する医師の外勤等の実績に基づき支給される報償であり、支給日は職員賞与支給日と同日と主張し、原告の事務局長は、陳述書（甲２７）において同趣旨を述べる。しかしながら、上記手当が支給されたと原告が主張する医師に対して平成２１年１２月に支払われた金銭の具体的根拠等は明らかになっておらず、その支給の外形をみる限り臨時的な給与である賞与とみるほかない。
（エ）特別賞与に相当するもの（上記ア④）について
原告は、特別賞与に相当するものは、本件各施設の一つである診療所から特別に同診療所所属医師に対して賞与を支給したい旨問い合わせがあり、その旨承認し、支給決定したものであり、支給時期については、年２回の賞与時（６月、１２月）に支給されるものであると主張し、原告の事務局長は、陳述書（甲２７）において同趣旨を述べる。そうすると、上記医師に対して平成２１年１２月に支払われた金銭は賞与として支給されたものと解されるが、その具体的算定根拠、支払方法、上記医師への通知の状況等は明らかになっておらず（乙１３、１４に特別手当に関する記載があるものの、いずれも平成１９年時点でのものであって、平成２１年時点でのものではない。）、判明している事情からする限り、一般的な賞与と異なる取扱いをすべきものとは解されない。
ウ なお、原告は、本件医師関係給付についても、本件職員定期賞与と同様の主張をしているが、これについては前記（２）で検討したとおりである。
（４）以上によれば、原告がその他主張するところを検討しても、本件更正処分が違法であると解すべき事情はない。
３ 争点（４）（本件賦課決定処分の適否）について
原告は、国により原告の事業年度が期中で分割されたという本件の特別な事情に鑑みると、法人税法２２条３項及び４項を根拠に本件事業年度において本件賞与等が損金算入されるとの解釈を採ったことは正当である、また、処分行政庁が一旦採った解釈を行政処分によって納税者に対して明確に表示した以上、自らの解釈に責任を負うべきであり、原告が処分行政庁の行政処分と同様の見解を採用した結果、過少申告が生じてしまったとしても、通則法６５条４項の定める「正当な理由があると認められるものがある場合」に該当する旨主張する。
そこで検討すると、申告納税方式による国税は、納税者の申告により確定することを原則としており、適正な申告がされることが重要な意義を有することになるため、過少申告加算税は、過少申告による納税義務違反の事実があれば、原則として当然にその違反者に対し課されるものであり、これによって当初から適法に申告し納税した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに、過少申告による納税義務違反の発生を防止し、適正な申告納税の実現を図り、もって納税の実を挙げようとする行政上の措置である。このような趣旨に照らせば、過少申告があっても例外的に過少申告加算税が課されない場合として通則法６５条４項が定めた「正当な理由があると認められる」場合とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解するのが相当である（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１８年４月２０日第一小法廷判決・民集６０巻４号１６１１頁、最高裁平成●●年（○○）第●●号、第●●号同１８年４月２５日第三小法廷判決・民集６０巻４号１７２８頁）。
そして、原告の公益社団法人への移行に伴う一連の経緯を踏まえても、法人税法２２条３項及び４項を根拠に本件事業年度において本件賞与等が損金算入されるとの解釈を採ることができないことは既に述べたとおりである。また、処分行政庁が一旦は原告のした繰戻還付請求に応じて繰戻還付をしてはいるものの、本件法人税確定申告前の段階で処分行政庁の担当職員が上記のような解釈を採り得る旨を原告の担当者に示し、原告がこれを信頼して本件法人税確定申告をしたといった事情があるとは認められない。使用人賞与の損金算入時期については法人税法施行令７２条の５の規定に定められている上、原告が本件法人税確定申告をした平成２２年３月１日当時、公益社団法人となる法人の使用人賞与の損金算入時期について、これと異なる取扱いをするという課税実務やこれを支持する見解が一般的であったなどの事情も窺われず、また、本件法人税確定申告に先立ち、処分行政庁による指導等がされた事実もない本件においては、原告が自らの見解に従い本件賞与等相当額を損金の額に算入し、本件更正処分前の税額の計算の基礎としなかったことにつき、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があるとはいえない。本件更正処分に至る経緯に鑑みると、過少申告加算税を課されることにつき原告において納得し難い面があるであろうとは思われるが、以上の諸事情に照らすと、通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるとまでいうことはできない。
よって、本件賦課決定処分（ただし、平成２５年１０月３０日付け変更決定処分により減額された後のもの。）は適法である。
４ 訴訟費用について
前記のとおり、原告の請求はいずれも不適法であるか又は理由がないものの、処分行政庁は、原告が本件訴えを提起した後、法人税関係の繰戻還付に相当する額に対応する過少申告加算税を減額する処分や、本件消費税等関係処分関係の課税標準額及び納付すべき消費税等の額を確定申告額と同額とする減額再更正処分及び過少申告加算税の額を０円と変更する決定処分をしているなどといった本件訴訟に関する事情からすれば、本件の訴訟費用の全部を敗訴者である原告の負担とするのは衡平を失するといえ、行政事件訴訟法７条によりその例によることとされる民事訴訟法６２条の規定により、本件の訴訟費用については、これを７分し、その６を原告の負担とし、その余を被告の負担とするのが相当である。
第４ 結論
以上によれば、本件各訴えのうち、別紙１却下部分目録記載１ないし５の各訴えはいずれも不適法であるからこれらを却下することとし、原告のその余の訴えに係る請求はいずれも理由がないからこれらを棄却することとし、訴訟費用の負担について、行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条、６２条を適用して、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第５１部
裁判長裁判官小林宏司
裁判官徳井真
裁判官堀内元城
（別紙１）
却下部分目録
１ 処分行政庁が原告に対して平成２４年５月２５日付けでした平成２１年４月１日から同年１１月３０日までの事業年度の法人税に係る過少申告加算税賦課決定処分の取消しを求める訴えのうち過少申告加算税の額４０１９万１５００円を超える部分の取消しを求める部分
２ 処分行政庁が原告に対して平成２４年５月２５日付けでした平成２０年４月１日から平成２１年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき消費税額６６３２万３１００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額１６５８万０７００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分の各取消しを求める部分
３ 処分行政庁が原告に対して平成２４年５月２５日付けでした平成２１年４月１日から同年１１月３０日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき消費税額５３８５万０１００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額１３４６万２５００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分の各取消しを求める部分
４ 処分行政庁が原告に対して平成２４年５月２５日付けでした平成２１年１２月１日から平成２２年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき消費税額３３９５万９１００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額８４８万９７００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分の各取消しを求める部分
５ 処分行政庁が原告に対して平成２４年５月２５日付けでした平成２２年４月１日から平成２３年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち納付すべき消費税額１億０９５９万９９００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額２７３９万９９００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分の各取消しを求める部分
（別紙２）
１ 本件更正処分の根拠
被告が本訴において主張する本件事業年度の法人税の所得金額及び納付すべき税額は、以下のとおりである。
（１）所得金額（別表１⑥欄）
１２億１９６９万７５０９円
上記金額は、次のアの金額にイの金額を加算し、ウの金額を減算した金額である。
ア 確定申告書における欠損金額（別表１①欄）
７億２３２６万５７０６円
上記金額は、本件事業年度の法人税の確定申告書（以下「本件法人税確定申告書」といい、本件法人税確定申告書による申告を「本件法人税確定申告」という。）に記載された欠損金額と同額である。
イ 所得の金額に加算すべき損金の額に算入されない賞与の額（別表１②欄）
２２億８１１８万９４０７円
上記金額は、原告が使用人に対する賞与として未払計上し、損金の額に算入した金額であるが、本件事業年度の損金の額に算入されない金額である。
ウ 所得金額から減算される金額（別表１⑤欄）
３億３８２２万６１９２円
上記金額は、次の（ア）及び（イ）の金額の合計額である。
（ア）損金の額に算入される管理費の額（別表１③欄）
３２３６万４９６７円
上記金額は、原告が本部負担金から支出した管理費のうち、収益事業の費用として配賦されるべき金額であり、本件事業年度の損金の額に算入される金額である。
（イ）寄附金の損金不算入額の過大額（別表１④欄）
３億０５８６万１２２５円
上記金額は、損金の額に算入されない使用人賞与の額を所得金額に加算し（上記イ）、損金の額に算入される管理費の額を所得金額から減算したこと（上記（ア））により、寄附金の損金算入限度額の計算の基礎となる寄附金支出前所得金額が本件法人税確定申告書に記載された額から２２億４８８２万４４４０円増加（別表２⑥欄）し、１５億２９３０万６１２６円（別表２⑦欄）となることから、法人税法３７条１項の規定により算出される損金不算入額６７９０万７５５７円（別表２⑬欄）と本件法人税確定申告書に記載された損金不算入額３億７３７６万８７８２円（別表２⑭欄）との差額３億０５８６万１２２５円であり、同金額は所得金額に過大に計上されていることから、所得金額から減算される金額である。
（２）所得金額に対する法人税額（別表１⑦欄）
２億６８１２万００２０円
上記金額は、次のアの金額にイの金額を加算した金額である。
ア 所得金額のうち年８００万円相当額以下の金額に対する法人税額
９５万９９４０円
上記金額は、法人税法６６条３項及び租税特別措置法４２条の３の２第１項、３項及び４項（平成２３年法律第１２号による改正前のもの。以下同じ。）の規定により、上記（１）の所得金額のうち、８００万円を１２で除し、これに本件事業年度の月数である８を乗じて計算した金額５３３万３０００円（通則法１１８条１項の規定及び法人税基本通達１６－４－１の定めに基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）に１００分の１８の税率を乗じて計算した金額である。
イ 所得金額のうち年８００万円相当額を超える金額に対する法人税額
２億６７１６万００８０円
上記金額は、法人税法６６条３項及び租税特別措置法４２条の３の２第１項の規定により、上記（１）の所得金額のうち、５３３万３０００円（所得金額のうち年８００万円相当額。上記ア）を超える金額１２億１４３６万４０００円（通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）に１００分の２２の税率を乗じて計算した金額である。
（３）控除所得税額（別表１⑧欄）
１３万８６５９円
上記金額は、法人税法６８条１項の規定により所得に対する法人税の額から控除される金額であり、本件法人税確定申告書の「所得税の額等」欄に記載された金額と同額である。
（４）差引所得に対する法人税額（別表１⑨欄）
２億６７９８万１３００円
上記金額は、上記（２）の金額から上記（３）の金額を控除した金額（通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）である。
（５）既に還付の確定した法人税額（別表１⑩欄）
５２７６万３５１９円
上記金額は、次のアの金額とイの金額を合計した金額である。
ア 所得税額等の還付金額
１３万８６５９円
上記金額は、本件法人税確定申告書に記載された金額と同額である。
イ 欠損金の繰戻しによる還付請求税額
５２６２万４８６０円
上記金額は、本件法人税確定申告書に記載された金額と同額である。
（６）差引納付すべき法人税額（別表１⑪欄）
３億２０７４万４８００円
上記金額は、上記（４）の金額に上記（５）の金額を加算した金額（通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）であり、本件更正処分により原告が新たに納付すべき法人税額である。
（７）翌期へ繰り越す欠損金の額（別表１⑫欄）
０円
原告は、本件法人税確定申告書に翌期へ繰り越す欠損金４億８４０６万０９５０円と記載しているが、上記（１）のとおり本件事業年度の所得金額は１２億１９６９万７５０９円であり、本件事業年度に繰り越されるべき本件事業年度前に生じた欠損金の額もないため、翌期へ繰り越す欠損金の額は発生しない。
２ 本件更正処分の適法性
被告が本訴において主張する本件事業年度の法人税に係る所得金額及び差引納付すべき法人税額は、それぞれ上記１（１）及び（６）のとおりであり、これらの金額は、本件更正処分における所得金額及び差引納付すべき法人税額（別表３「更正処分」欄）と同額であるから、本件更正処分は適法である。
３ 本件賦課決定処分の根拠及び適法性
上記２のとおり、本件更正処分は適法であるところ、原告が本件更正処分により納付すべき法人税額３億２０７４万４８００円のうち、５２６２万４８６０円については、処分行政庁が平成２２年３月１日付け「欠損金の繰戻しによる還付請求書」に基づいて還付した税額５２６２万４８６０円であり、同額が納付すべき税額の計算の基礎とされていなかったことについては、通則法６５条４項に定める「正当な理由があると認められるものがある場合」に該当すると認められる。
したがって、原告に課されるべき過少申告加算税の額は、差引納付すべき法人税額３億２０７４万４８００円（上記１（６））から通則法６５条４項の規定による「正当な理由があると認められる事実に基づく税額」５２６２万４８６０円を控除した金額２億６８１１万円（通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額２６８１万１０００円（通則法６５条１項）に、２億６８１１万９９４０円のうち５０万円を超える金額２億６７６１万円（通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）に１００分の５の割合を乗じて計算した金額１３３８万０５００円を加算した金額４０１９万１５００円（通則法６５条２項）となる。
上記金額は、本件賦課決定処分（ただし、平成２５年１０月３０日付け変更決定処分により減額された後のもの。）と同額であり、適法である。
別表１から別表５まで省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2015/pdf/12590.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。