税務訴訟資料第２６５号－１７０（順号１２７５３）
東京高等裁判所平成●●年（○○）第●●号青色取消処分取消等請求控訴事件
国側当事者・国（土浦税務署長）
平成２７年１１月１８日棄却・確定
（第一審・東京地方裁判所、平成●●年（○○）第●●号、平成２７年１月２７日判決、本資料２６５号－１０・順号１２５９３）
判決
控訴人（１審原告）株式会社Ａ
上記代表者代表取締役戊
上記訴訟代理人弁護士鳥飼重和
同石井亮
同西中間浩
同川久保皆実
上記訴訟復代理人弁護士伊東祐介
被控訴人（１審被告）国
上記代表者法務大臣岩城光英
処分行政庁土浦税務署長
鈴木秀也
上記指定代理人青木朝子
同齋藤誠密
同小原弘行
同前山静夫
同佐々木浩二
同大谷和志
主文
１ 本件控訴を棄却する。
２ 控訴費用は、控訴人の負担とする。
事実及び理由
第１ 控訴の趣旨
１ 原判決主文第２・３項を取り消す。
２ 土浦税務署長が平成２３年３月２５日付けで控訴人に対してした控訴人の平成１５年７月１日から平成１６年６月３０日までの事業年度以後の法人税の青色申告の承認の取消処分を取り消す。
３ 土浦税務署長が平成２３年３月２５日付けで控訴人に対してした控訴人の平成１７年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税に係る更正処分のうち納付すべき税額マイナス１１万３１８３円及び翌期へ繰り越す欠損金５２６７万５６２０円をそれぞれ下回る部分並びに過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
４ 土浦税務署長が平成２３年５月２７日付けで控訴人に対してした控訴人の平成１８年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税に係る再更正処分のうち納付すべき税額７９７７万７３００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分（裁決で取り消された後のもの）を取り消す。
５ 土浦税務署長が平成２３年５月２７日付けで控訴人に対してした控訴人の平成１９年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税に係る再更正処分のうち納付すべき税額９１２７万４９００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分（裁決で取り消された後のもの）を取り消す。
６ 土浦税務署長が平成２３年５月２７日付けで控訴人に対してした控訴人の平成２０年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税に係る再更正処分のうち納付すべき税額４８１７万９０００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分（裁決で取り消された後のもの）を取り消す。
第２ 事案の概要等
１ 事案の概要
本件は、青色申告の承認を受けていた控訴人が、被控訴人に対し、税務調査（以下「本件調査」という。）において、特定の事業年度の帳簿書類の提示を求められたにもかかわらずこれを提示しなかったことが法人税法１２７条１項１号に該当するとして当該事業年度以降の青色申告の承認を取り消す処分を受け（以下「本件青色申告承認取消処分」という。）、また、同処分に伴い、控訴人が控訴人のグループ会社に対して株式を譲渡したことにつき、その譲渡の対価の額とその譲渡の時における価額（時価。以下「時価」という。）との差額（以下「本件譲渡差額」という。）が寄附金に該当することなどを理由に、複数の事業年度について、法人税の各更正処分、各再更正処分及び各過少申告加算税賦課決定処分を受けたことから、本件青色申告承認取消処分並びに法人税の各更正処分、各再更正処分及び各過少申告加算税賦課決定処分がいずれも違法であるとして、その取消しを求めた事案である。
なお、控訴人は、処分行政庁である土浦税務署長に対して、本件青色申告承認取消処分、各更正処分及び各過少申告加算税賦課決定処分の各取消しを求めて異議を申し立て、その後、前記各更正処分及び前記各過少申告加算税賦課決定処分の一部について再更正処分等を受けたことから、同再更正処分等についてもその各取消しを求めて異議を申し立て、これに対し、土浦税務署長が前記の各異議申立てのうち本件訴えにおける請求に係る部分をいずれも棄却したので、国税不服審判所長に対し、審査請求を行い、これに対し、国税不服審判所長が前記審査請求のうち本件訴えにおける請求に係る部分について、各再更正処分の本税の額及び各賦課決定処分の過少申告加算税の額の各一部を取り消し、その余をいずれも棄却したところ、更にこれを不服として、本件訴えにおいて、①本件青色申告承認取消処分、②控訴人の平成１５年７月１日から平成１６年６月３０日までの事業年度の法人税に係る更正処分のうちの一部、③控訴人の平成１７年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税に係る更正処分のうちの一部及び過少申告加算税賦課決定処分、④控訴人の平成１８年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税に係る再更正処分のうちの一部及び過少申告加算税賦課決定処分（裁決で取り消された後のもの）、⑤控訴人の平成１９年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税に係る再更正処分のうちの一部及び過少申告加算税賦課決定処分（裁決で取り消された後のもの）、⑥控訴人の平成２０年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税に係る再更正処分のうちの一部及び過少申告加算税賦課決定処分（裁決で取り消された後のもの）の各取消しを請求したものある。
原判決は、本件訴えのうち、前記②の請求に係る部分について、当該更正処分が既に職権で取り消されていることから訴えの利益がないとして、これを却下し、その余の訴えに係る請求をいずれも棄却した。
そこで、控訴人は、原判決の請求棄却の敗訴部分（原判決主文第２・３項部分。ただし、主文第３項は訴訟費用負担部分。）を不服として、本件控訴を提起した（なお、本判決による原判決の引用については、当該不服の関係部分である。）。
２ 本件に関する法令の定め
本件に関する法令の定めは、原判決４頁１７行目に「所得の金額計算上」とあるのを「所得の金額の計算上」に改めるほか、原判決の「事実及び理由」中の「第２事案の概要」の「１法令の定め」記載のとおりであるから、これを引用する。
３ 前提事実
前提事実は、次の（１）から（７）までのとおり補正するほか、原判決の「事実及び理由」中の「第２事案の概要」の「２前提事実（争いのない事実、顕著な事実及び掲記の証拠により容易に認められる事実）（１）から（11）まで（原判決５頁１５行目から９頁２３行目まで）」記載のとおりであるから、これを引用する。
（１）原判決８頁２５行目に「各過少申告加算税の」とあるのを「過少申告加算税の各賦課決定処分の」に改める。
（２）原判決９頁３行目から５行目にかけて「、同２０年１２月期の法人税の再更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分並びに同２１年１２月期の法人税の再更正処分を行った。」とあるのを「並びに同２０年１２月期の法人税の再更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分を行った（乙１）。」に改める。
（３）原判決９頁８行目の「異議申し立てを行った」の後に「（乙１）」を加える。
（４）原判決９頁１０行目の「決定をした」の後に「（乙１）」を加える。
（５）原判決９頁１８行目に「取消しについてはいずれも棄却し、」とあるのを「取消しに係る審査請求はいずれも棄却し、」に改める。
（６）原判決９頁２０行目の「裁決をした」の後に「（乙１）」を加える。
（７）原判決９頁２３行目の「取り消した」の後に「（甲３）」を加える。
４ 更正処分等の根拠及び適法性
本件における法人税更正処分・各再更正処分の根拠及び適法性並びに各過少申告加算税賦課決定処分の根拠及び適法性についての被控訴人の主張は、原判決別紙２「本件法人税更正処分・各再更正処分の根拠及び適法性」及び別紙３「本件各過少申告加算税賦課決定処分の根拠及び適法性」記載のとおりであるから、これを引用する。
５ 争点
（１）本件青色申告承認取消処分の適法性（争点１。原判決の争点（２）と同旨）
ア 本件青色申告承認取消処分における処分行政庁の裁量権の逸脱又は濫用の有無（争点１ア）
イ 本件青色申告承認取消処分通知書における理由付記の不備の有無（争点１イ）
（２）本件譲渡差額の寄附金認定の適法性（争点２。原判決の争点（３）と同旨）
ア 法人税法６１条の２第１項１号の「有価証券の譲渡に係る対価の額」の意義（争点２ア）
イ 本件譲渡株式の時価の意義（争点２イ）
ウ 本件譲渡差額の寄附金該当性の有無（争点２ウ）
（３）過少申告加算税に係る「正当な理由」（通則法６５条４項）の有無（争点３。原判決の争点（４）と同旨）
６ 争点に対する当事者の主張の要旨
（１）争点に対する当事者の主張の要旨は、次の（２）及び（３）のとおり当審における当事者の主張を付加するほか、原判決の「事実及び理由」中の「第２事案の概要」の「４争点に関する当事者の主張の要旨」の（２）から（４）まで（原判決１１頁１１行目から１９頁６行目まで）記載のとおりであるから、これを引用する（ただし、原判決の争点（２）ないし（４）を、順次、争点１ないし３と読み替える。以下同じ。）。
（２）争点１（本件青色申告承認取消処分の適法性）についての当審における当事者の主張
ア 争点１ア（本件青色申告承認取消処分における処分行政庁の裁量権の逸脱又は濫用の有無）について
（被控訴人の主張）
本件青色申告承認取消処分については、以下の各事情があるので、処分行政庁に裁量権の逸脱ないし濫用はなく、同処分は適法である。
（ア）青色申告制度は、青色申告法人に対し、適式の帳簿書類の備付け、記録及び保存を義務付けるとともに、税務職員が必要と判断したときには、その帳簿書類を検査し、青色申告法人が上記義務に違反している事実が認められる場合には、青色申告の承認を取り消すことにより、上記義務の適正な履行を担保するものといえ、適式の帳簿書類の備付け、記録及び保存の義務（法人税法１２６条１項）は、青色申告制度において、最も基本的かつ重要な義務として位置づけられているというべきである。
また、総勘定元帳は、全ての取引を勘定科目の種類別に分類して整理計算する帳簿であり、その備付け、整理、保存及び所定の事項の記載が義務付けられているものであり（施行規則５４条、５５条２項、５９条１項１号）、企業の損益計算、財務状況の計算に必要な全ての勘定科目口座の発生状況を複式簿記により記録する主要帳簿である。
以上を前提にすると、控訴人は、青色申告制度において最も基本的かつ重要な義務に違反し、また、本件総勘定元帳を紛失したことは、主要帳簿である総勘定元帳についての備付け状況や記載内容等を調査する可能性を失わせるものであり、法令に反する程度が軽いとはいえない。
さらに、本件で問題となる平成１６年６月期に生じた欠損金額が適正なものであるかを判断するためには、固定資産売却損の金額及び内訳にとどまらず、当該事業年度の益金の額及び損金の額の内訳、内容及び計算過程等を確認する必要があり、そのためには控訴人が提示しなかった帳簿書類を確認しなければならないのであるから、控訴人の主張は失当である。
加えて、本件総勘定元帳を含む控訴人が提示をしなかった帳簿書類（以下「本件帳簿書類」という。）は、繰越欠損金の存否ないし適否の確認のために必要であるだけでなく、偽りのその他の不正の行為によりその全額若しくは一部の税額を免れた場合等の更正の調査のためにも用いることができるところ、処分行政庁は、本件調査の目的を前記の固定資産売却損の金額及び内訳を調べることに限定しておらず、本件帳簿書類の必要性を繰越欠損金の存否ないし適否の確認のための必要性に限定する控訴人の主張は失当である。
（イ）控訴人が、本件総勘定元帳を提出しなかった事業年度において、確立された帳簿を基礎として青色申告をする事務処理システムを確立させていたとは認められない。また、青色申告の承認取消しに当たり、前記のシステムを確立しているかは考慮すべきものではない。
（ウ）本件総勘定元帳の紛失等は、専ら控訴人における帳簿書類の管理の問題であって、控訴人の責めに帰し得ない特段の事情には当たらない。
（エ）税務署長が青色申告の承認を取り消そうとする場合に、予め何らかの指導等をすることを要すると解すべき法令上の根拠はなく、また、青色申告の承認の取消しができる場合を、青色申告承認事業者に悪質な行為があった場合に限定して解する法令上の根拠もないから、本件青色申告承認取消処分が比例原則に反するという控訴人の主張は認められない。（控訴人の主張）
控訴人の行為が形式的には法人税法１２７条１項各号に該当するとしても、法の目的及び趣旨に鑑みた場合、青色申告承認事業者としてふさわしくない悪質な行為があったとまではいえない事案についてまで、その青色申告承認取消処分がされた場合には、裁量権の逸脱ないし濫用の違法が生じる余地があるものというべきである。そして、本件においては、以下の各事情があるので、本件青色申告承認取消処分は、処分行政庁に裁量権の逸脱ないし濫用があるというべきであり、違法である。
（ア）本件総勘定元帳は、処分行政庁が職権で更正処分を取り消した事業年度（平成１６年６月期）又は更正処分を行わなかった事業年度（平成１６年１２月期）に係る帳簿書類であり、本件で争われている更正処分との関係では、本件総勘定元帳は繰越欠損金の存否ないし適否の確認のために必要となるものに過ぎず、この点については所轄税務署に対して青色申告書に添付して提出済みの貸借対照表等により判断が可能であったというべきである。
しかしながら、処分行政庁は、本件調査において、控訴人に対し、具体的な調査目的を示した上で代替資料の提出を求めることをせず、控訴人に説明の機会を与えなかった。
（イ）控訴人は、株式会社Ｇの財務会計システムを利用し、公認会計士・税理士の資格を持った者が代理人として決算報告書の作成を行っていたのであり、いずれの事業年度においても、確立された帳簿を基礎として青色申告をする事務処理システムを確立していたものである。
（ウ）控訴人は、本件調査において、本件総勘定元帳を提出していないが、これは本社移転の際におそらく紛失してしまったという事情に基づくものであり、当該帳簿を意図的に隠匿又は廃棄したものではなく、控訴人の過失に基づく紛失に過ぎない。
したがって、控訴人をもって、正確な確定申告を行う意思がなく、その態勢を現在も整えていない、真に青色申告にふさわしくない法人と評することはできない。
（エ）本件青色申告承認取消処分は、更正処分を取り消し、又は、更正処分をしていない事業年度に係る帳簿書類の未提出を理由として、同事業年度以降の控訴人の青色申告承認をすべて取り消すという重大な不利益を控訴人に課すものであり、処分行政庁としては、控訴人に対して助言指導を与えるなど行政指導を行えば足りたものであり、法の一般原則である比例原則に反する。
（オ）裁量に係る処分において、重視すべきでない考慮要素を重視するなど、考慮した事項に対する評価が明らかに合理性を欠いており、他方、当然考慮すべき事項を十分考慮せずに判断した結果、社会通念に照らし著しく妥当性を欠いた処分を行った場合には、当該処分は裁量権の逸脱又は濫用として違法となる。
本件青色申告承認取消処分において、処分行政庁は、控訴人が本件総勘定元帳を提示、提出できなかった１点のみを不当に重視し、控訴人が本件総勘定元帳を提出できなかった具体的な理由、税務調査への協力的な態度、調査を行う上での代替措置の有無、控訴人の青色申告承認事業者としてのこれまでの記帳状況、本件青色申告承認取消処分によって控訴人が被る不利益の大きさをほとんど考慮していない。
これらのことからすると、処分行政庁において、本件青色申告承認取消処分に際し考慮した事項の評価が明らかに合理性を欠いており、他方、当然考慮すべき事項を十分考慮せずに判断した結果、社会通念に照らし著しく妥当性を欠いた処分になっている。したがって、同処分には、裁量権の逸脱又は濫用が認められ、違法である。
イ 争点１イ（本件青色申告承認取消処分通知書における理由付記の不備の有無）について（被控訴人の主張）
法人税法１２７条２項は、青色申告の承認取消しを通知する書面に、その取消しの処分の基因となった事実が同条１項各号のいずれに該当するかを付記しなければならない旨規定し、その要求される付記の内容及び程度は、特段の理由のない限り、いかなる事実関係に基づきいかなる法規を適用して当該処分がされたのかを、処分の相手方においてその記載自体から了知し得るものでなければならないと解される。
本件青色申告承認取消処分通知書には、甲会長らに帳簿書類の提示を求めたが提示がなかったことが同法１２７条１項１号に該当する旨記載されているから、前記事実が同法１２７条１項１号に該当することが明記されている。また、同通知書の文面上も、いかなる事実関係に基づきいかなる法規を適用して当該処分がされたのかを、処分の相手方である控訴人においてその記載自体から了知し得るものといえるから、本件青色申告承認取消処分通知書の理由付記に不備はなく、同処分は適法である。
なお、控訴人は、前記の通知書には、承認取消処分の裁量判断の基礎となる具体的事実について記載をすべきである旨主張するが、本件においては、控訴人が本件総勘定元帳を紛失したものであり、「保存」に不備があったことは明らかである。
（控訴人の主張）
本件青色申告承認取消処分通知書において要求される理由の付記の内容及び程度は、いかなる事実関係に基づきいかなる法規を適用して当該処分がされたのかを、処分の相手方である控訴人においてその記載自体から了知し得るものでなければならない。本件においては、法人税法１２７条１項各号のうち、その事業年度に係る帳簿書類の「備付け」、「記録」又は「保存」のいずれに不備があったかが、その記載自体から当然に知り得なければならない。
しかるに、本件青色申告承認取消処分通知書では、控訴人において青色申告に係る帳簿書類の備付け、記録又は保存が法人税法第１２６条に定めるところに従って行われておらず、同法１２７条１項１号に該当する旨記されているのみである。控訴人は、この記載から、「備付け」、「記録」又は「保存」のいずれに不備があったかを了知することはできない。
また、仮に、同法１２７条１項１号に該当する事由があったとしても、現実に青色申告の承認を取り消すかどうかは、個々の場合の事情に応じ、処分行政庁が合理的裁量によって決すべきものであるところ、本件青色申告承認取消処分通知書には、これらを判断するに足りる事実についての記載もなく、控訴人は裁量権行使の適否を争う的確な手掛かりが得られない。
以上のとおり、本件青色申告承認取消処分通知書における付記の内容及び程度は、いかなる事実関係に基づきいかなる法規を適用して当該処分がされたかを処分の相手方である控訴人においてその記載自体から了知し得るものではないから、その理由付記に不備があり、本件青色申告承認取消処分は違法である。
（３）争点２（本件譲渡差額の寄附金認定の適法性）についての当審における当事者の主張
ア 争点２ア（法人税法６１条の２第１項１号の「有価証券の譲渡に係る対価の額」の意義）について
（被控訴人の主張）
有価証券の譲渡損益について規定する法人税法６１条の２第１項は、有価証券の譲渡対価の額から譲渡原価の額を差し引いた譲渡損益を同法２２条２項所定の「益金」又は同条３項所定の「損金」として算入する金額とする旨規定した「別段の定め」（同条２項、３項）であるが、同法６１条の２第１項１号所定の「有価証券の譲渡に係る対価の額」と同法２２条２項所定の資産の譲渡に係る収益の額で、それらの収益の額の認識の仕方を異にするものではないから、前者は譲渡時における時価をいうものと解するべきである。
（控訴人の主張）
法人税法６１条の２第１項１号が対価という文言を用いている以上、これは当事者間で合意された対価の額と解するべきであり、仮に、これを時価と解するならば、それは文言の通常の意義から離れた解釈であり、租税法律主義に反し、納税者の予測可能性を失わせるし、条文の構造にも反する。
他方、同条１項１号の「対価の額」を当事者間で合意された対価の額と解しても、同法の趣旨に反することはない。
イ 争点２イ（本件譲渡株式の時価の意義）について
（被控訴人の主張）
時価とは、ある時点における当該資産の客観的交換価値を指すものであり、それぞれの財産の状況に応じ、不特定多数の当事者間で自由な取引が行われる場合に通常成立すると認められる価額であって、いわゆる市場価格をいうものと解するのが相当である。
そして、課税の公平を確保する観点からは、一定の客観的な基準によって認定された価額であることが要請されるところ、証券取引所の終値は、市場を通じて不特定多数の当事者間の自由な取引によって成立した客観的なものであり、一般に時価として広く認識され、利用されているため、それを時価とするのが最も妥当である。
（控訴人の主張）
上場株式の時価については、問題となっている売買が行われた日を基準にして、その日において、不特定多数の当事者の自由な売買取引によって成立した客観的な価額と考えるべきであり、当該銘柄の取引日における安値は、客観的に明確な市場価格の一つであり、当該価格の成立の公正さを疑わせる特段の事情はないというべきであるから、課税上の処分の基準となる時価としては、同日の時価の幅の範囲内にある安値をもって当てることが相当である。
ウ 争点２ウ（本件譲渡差額の寄附金該当性の有無）について
（控訴人の主張）
法人税法３７条８項に定める「実質的に贈与又は無償の供与をした」とは、金銭その他の資産又は経済的な利益を対価なく他に移転する場合であって、その行為について通常の経済取引として是認することができる合理的な理由が存在しないものをいうと解される。
次の（ア）から（ケ）までの各事情に照らすと、本件譲渡においては、通常の経済取引として是認することができる合理的な理由が複数存在するのであるから、本件譲渡を実質的な贈与に該当すると評価することはできない。
なお、前記の合理的な理由の有無については、被控訴人がその不存在について主張立証責任を負うものである。
（ア）控訴人は本件譲渡時において新規機械装置の購入代金を支払うために多額の現預金が必要であり、他方、当時現預金の残高が減少しており、さらに、控訴人は流動資産を除いた手元流動性比率を最低でも１．０程度とする方針をとっていたが、当時は同比率が０．８５８であり、１．０を大きく下回っており、以上のとおり、控訴人は本件譲渡時点で資金需要を有していた。
（イ）本件譲渡株式は、控訴人の主要な取引先のグループに属する会社か、重要な取引先か、又は人的な親交のある会社の株式であることから、本件譲渡株式を控訴人のグループの外に譲渡することは事実上不可能であった。
かかる状況下で前記の控訴人の資金重要を満たすためにされた本件譲渡は、譲渡当事者間での経済的な意味合いとしては、控訴人のグループ間での資金の融通であったと評することができる。この点につき、手形の割引率として年１割程度の減額が通常の経済的取引において成立する割引率として通用していることを考えれば、本件譲渡における時価から１０パーセントの減額は、平均的な割引率として合理的な範囲に収まっているといえる。
（ウ）本件譲渡のように取引価格を市場における取引価格との比較において決定している場合には、非流動性ディスカウント（当該会社の株式に市場性がないことを理由とする減価）を行うべきである。最高裁判所平成２７年３月２６日第一小法廷決定（民集６９巻２号３６５頁）もこのことを前提にしていると解される。
したがって、本件株式は、経済的には譲渡制限のついた株式と近いものであり、その非流動性を考慮して、取引所の終値又は安値から１割程度の減額を行うことについて、通常の経済取引として是認することができる合理的な理由がないとはいえない。
（エ）本件譲渡株式の買主であるＣは、控訴人のグループ会社ではあるが、両者の代表者、取締役の半数は兼任しておらず、従業員や債権者も異なり、独自の利害関係人を抱えた別法人であった。このような両者が売買価格についての交渉を続け、控訴人は、不本意ながらＣの要求する価格での売買に応ずることとした結果として、本件譲渡が成立したものである。
（オ）本件譲渡の当事者である控訴人及びＣは、本件譲渡株式の株価が譲渡後確実に下落するであろうと予測しており、また、本件株式は、譲渡後も継続保有することが前提とされているので、価格の値下がりによる損失の拡大を防止するための売却ができない状況に陥ることが予想されており、これらのリスクを平準化するために取引所の終値又は安値から１割程度の減額した価格で売買したものであるから、これをもって、本件株式の買主に贈与ないし経済的利益を与えたものとはいえない。
（カ）控訴人は、上場株式の第三者増資においては、時価から１０パーセント減額して発行することが税務上問題なく扱われていることを考慮し、また、過去の税務調査における控訴人と担当官とのやりとり等を通じて、時価からの１０パーセント減額程度の取引であれば、法人税法上、寄附金が問題となることはないと判断したこともあって、本件譲渡を行ったものであり、非正常な経済取引を行うことを企図して価格設定をしたわけではない。
（キ）本件譲渡を決議した取締役会開催中に当日の終値が確定しないことについては、当日の終値を基準に一定の減額を行った金額で譲渡することを譲渡当事者間で合意した上で取締役会の決議を行ったものであり、このことは不合理ではない。
（ク）本件譲渡の値下げの幅が一定であることについては、控訴人は、第三者割当増資における慣行や従来の税務調査における是認等を勘案して、値下げの幅を１０パーセント程度としたのであり、値下げの幅が一定であるからといって、控訴人が控訴人主張の各事情を勘案しなかったことにはならない。
（ケ）企業法務実務において、株式譲渡の経緯等を取締役会議事録に記載する慣行が存在するわけではなく、控訴人の取締役会議事録にこれらの記載がないことから、譲渡に至る経緯について控訴人が主張する事情の存在を疑わしいと判断することは経験則に反する。（被控訴人の主張）
次の（ア）から（ケ）までの各事情に照らすと、本件譲渡につき通常の経済取引として是認することができる合理的な理由があるということはできず、本件譲渡差額を寄附金として認定することは適法である。
なお、前記の合理的な理由の有無については、控訴人がその存在について主張立証責任を負うものである。
（ア）控訴人に機械装置購入の計画や必要があったことを裏付ける客観的証拠はない。また、控訴人は平成２０年７月末及び同年１２月末に相当の資金残高を見込んでおり、さらに、平成２０年１２月期に約１４００万円で絵画等を、平成２１年２月に約２億円で株式を購入していることに加えて、控訴人の平成２０年１２月期末の手元流動性比率は、約１．４８１であることからすると、本件譲渡に当たり、控訴人に資金需要があったとは認められない。
（イ）本件譲渡株式を控訴人のグループの外に売却できないという控訴人の主張は、事実上、譲渡可能性がないことをいうにとどまり、本件株式譲渡に係る低額譲渡を通常の経済取引として是認することについての合理的な理由とはいえない。また、割引による譲渡が一般的な手形割引の割引率と株式譲渡における割引率を同一視することはできないから、これを同一視する控訴人の主張は失当である。
（ウ）控訴人が指摘する前記最高裁判所平成２７年３月２６日第一小法廷決定は、非上場株式についての判例であり、本件譲渡株式のような上場株式をグループ法人間で相対取引した場合の取引価格についての判示ではないから、控訴人の主張はその前提を欠いている。
（エ）控訴人が主張するようなＣとの交渉等については、控訴人取締役会議事録にその旨の記載はなく、しかも、Ｃとの交渉等については、これを裏付ける客観的証拠を欠いている。
（オ）市場価格は将来の根動きを織り込んで形成されるものであり、また、将来の株価の動きを予測することは困難であるから、本件譲渡株式の株価が譲渡後確実に下落するであろうと予測した旨の控訴人の主張は失当である。
（カ）第三者割当増資と本件株式譲渡は、その背景事情を全く異にすることなどからすると、第三者割当増資における基準を本件に当てはめる控訴人の主張は失当である。また、過去の税務調査において課税処分を受けなかったことも、本件株式譲渡に係る低額譲渡の合理性を裏付けるものではない。
（キ）控訴人の取締役会議事録（乙２１）には、本件譲渡株式のうちＨ株式会社等の株式の売買の決議に係る取締役会は、平成２０年７月９日の午前９時に開会し、同日９時３０分に閉会した旨記載されているが、同取締役会開催中は同日の終値は確定しないから、同日の終値を１０パーセント下回る金額とされている譲渡の対価は、議決時に決定したものとは認められない。
（ク）控訴人において、本件譲渡株式の譲渡の対価について、当該銘柄の値下がり等を考慮して決定したのであるなら、各対価はそれぞれ異なる額になるはずであるのに、一律に、その終値又は安値の１０パーセントを下回る額になっているのは不自然である。
（ケ）控訴人の取締役会議事録には、本件譲渡の経緯、交渉内容、譲渡理由及び譲渡価額の算定根拠等の記載が一切なく、控訴人がＣと交渉し、また、銘柄の株価の値下がり等を考慮して対価が定められたことの裏付けはない。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１（本件青色申告承認取消処分の適法性）について
（１）争点１ア（本件青色申告承認取消処分における処分行政庁の裁量権の逸脱又は濫用の有無）について
ア 本件青色申告承認取消処分における処分行政庁の裁量権の逸脱又は濫用の有無については、当裁判所も、本件青色申告承認取消処分において裁量権の逸脱及び濫用があったとはいえないと判断する。
その理由は、次のイのとおり、当審における当事者の主張に対する説示を付加するほか、原判決の「事実及び理由」中の「第３当裁判所の判断」の「２争点（２）（本件青色申告承認取消処分の適法性）について」の「（１）本件青色申告承認取消処分に係る権限濫用の有無について」
（原判決１９頁２１行目から２４頁１行目まで）記載のとおりであるから、
これを引用する。
イ 当審における当事者の主張に対する説示
前記説示のとおり、青色申告承認事業者に法人税法１２７条１項各号の事由が認められる場合において、所管税務署長は、青色申告承認を取り消すか否かについて裁量権を有するものと解される。
本件において、控訴人は、本件総勘定元帳を含む本件帳簿書類についてこれを紛失したという理由で本件調査担当係官に対して提出をしていないが、前記説示のとおり、青色申告承認事業者において適式の帳簿書類等の備付け等を行う義務は、青色申告制度の確実な定着と適切な運用にとって重要な意味を有する基本的義務というべきである。また、総勘定元帳は当該企業の財務状況の把握にとって主要なものというべきであることを併せ考慮すると、本件総勘定元帳を含む本件帳簿書類の備付け等の義務が履行されていなかったことは、その法令に反する程度が軽微であるとはいえず、青色申告承認取消処分をするか否かの判断において、重要な判断要素とされることはやむを得ないというべきである。
他方、繰越欠損金の存否ないし適否の判断のための資料という観点からすると、本件帳簿書類以外の資料を用いてある程度の事情を把握することが可能であると考えられるものの、弁論の全趣旨によれば、本件帳簿書類は、繰越欠損金の存否ないし適否の判断資料に尽きるものはないと認められる。また、控訴人において、青色申告のための事務処理システムを確立していた事実は、青色申告制度の適切な運用という点からすると望ましい事態ではあるが、青色申告承認取消処分の当否において有力な消極方向の判断材料になるとまではいえない。
そして、控訴人が本件帳簿書類を控訴人の本社機能の移転に伴い紛失したという主張については、その事実が認められる場合、故意に隠匿したような場合に比べ行為の悪質性が低いことは確かである。しかし、それでもなお、保管期間が定められた重要書類を紛失した点において、控訴人の落ち度が大きいことは否定できない。
なお、控訴人は、本件調査において本件調査担当係官は、控訴人に対し、調査目的を明らかにせず、また、代替資料の提供も求めない点が不当であるとの主張に加えて、更に同係官が控訴人に対して助言指導等の行政指導を行うべきであったのに、これを行わずに本件青色申告承認取消処分をしたことは不当であるという趣旨の主張をしている。しかし、前記前提事実に鑑みると、同係官において控訴人主張に係る義務をすべて負うものと解するのは相当ではないのみならず、前記引用に係る原判決の「（１）本件青色申告承認取消処分に係る権限濫用の有無について」の説示のとおり、本件調査に違法不当な点はないというべきである。
以上の各事情を総合考慮すると、本件帳簿書類の備付け等についての義務違反は、本件青色申告承認取消処分の判断において重要性を有する判断要素であるというべきである。してみると、本件青色申告承認取消処分が控訴人に及ぼす不利益の大きさを斟酌しても、なお、前記の義務違反の重大性を解消するには足りないといわざるを得ない。
そうすると、本件青色申告承認取消処分における処分行政庁の判断が、考慮すべき事項を十分に考慮しなかったとはいえず、また、その判断が社会通念に照らし著しく妥当性を欠いたものであるとも認められない。
したがって、同処分に裁量権の逸脱又は濫用があったとはいえず、さらに、比例原則に反すると断定することもできないから、本件青色申告承認取消処分は適法である。
（２）争点１イ（本件青色申告承認取消処分通知書における理由付記の不備の有無）について
ア 本件青色申告承認取消処分通知書における理由付記の不備の有無については、当裁判所も、同通知書に理由付記の不備はなく、本件青色申告承認取消処分は、適法であると判断する。
その理由は、次のイのとおり、当審における当事者の主張に対する説示を付加し、原判決２４頁１９行目に「処分の相手方において」とあるのを削除するほか、原判決の「事実及び理由」中の「第３当裁判所の判断」の「２争点（２）（本件青色申告承認取消処分の適法性）について」の「（２）本件青色申告承認取消処分に係る理由付記の不備の有無について」（原判決２４頁２行目から２１行目まで）記載のとおりであるから、これを引用する。
イ 当審における当事者の主張に対する説示
法人税法１２７条２項は、青色申告の承認取消しを通知する書面に、その取消しの処分の基因となった事実が同条１項各号のいずれに該当するかを付記しなければならない旨規定し、その要求される付記の内容及び程度については、前記説示のとおり、特段の理由のない限り、いかなる事実関係に基づきいかなる法規を適用して当該処分がされたのかを、処分の相手方においてその記載自体から了知し得るものでなければならないと解される。
前記前提事実のとおり、本件青色申告承認取消処分通知書においては控訴人が帳簿書類を提示しない行為が法人税法１２７条１項１号に該当する旨の記載がされているので、同条２項が定める同条１項各号該当性の記載はされているものと認められる。
なお、同条２項は、更に同条１項１号に該当するとされる事実が、同号のうちの「備付け」、「記録」又は「保管」のいずれに該当するかの記載までを要求しているものではないから、本件青色申告承認取消処分通知書においてこの点の記載がないことは、理由付記の不備をもたらすものではない。
次に、前記前提事実のとおり、本件青色申告承認取消処分通知書には、平成１６年６月期の法人税の調査の必要から本件調査担当係官が控訴人に対して帳簿書類の提示を求めたところ、控訴人がその提示をしなかったことが法人税法１２７条１項１号に該当する旨の記載がされている。そして、同記載内容からすると、控訴人は、本件総勘定元帳を含む本件帳簿書類の不提示について法人税法１２７条１項１号に該当すると判断され、本件青色申告承認取消処分がされたことを了知したか、少なくとも了知し得たと認められる。また、前記（１）イの説示のとおり、本件青色申告承認取消処分の裁量権行使にあたっての重要な判断要素は本件帳簿書類の不提示であったといえるのであるから、裁量における判断要素の記載についても十分な記載があるといえる。したがって、この点についても、本件青色申告承認取消処分通知書の理由付記に不備があるとはいえない。
以上のとおり、同通知書の理由付記に不備があるとはいえないから、本件青色申告承認取消処分は適法である。
２ 争点２（本件譲渡差額の寄附金認定の適法性）について
（１）争点２ア（法人税法６１条の２第１項１号の「有価証券の譲渡に係る対価の額」の意義）について
ア 法人税法６１条の２第１項１号の「有価証券の譲渡に係る対価の額」の意義は、控訴人の益金の計上において明らかにしておくべき事項であるから、この点について判断する。
同条１項１号の「有価証券の譲渡に係る対価の額」の意義については、当裁判所も、譲渡時における時価をいうものと解するのが相当であると判断する。
その理由は、次のイのとおり、当審における当事者の主張に対する説示を付加し、原判決２５頁４行目に「平成２０年１２月期法人税再更正処分」とあるのを「法人税再更正処分」に改めるほか、原判決の「事実及び理由」中の「第３当裁判所の判断」の「３争点（３）（本件譲渡差額の寄附金認定の適法性）について」の「（１）法人税法６１条の２第１項１号の解釈について」（原判決２４頁２５行目から２８頁１行目まで）記載のとおりであるから、これを引用する。
イ 当審における当事者の主張に対する説示
前記説示のとおり、法人税法６１条の２第１項の制定の経緯や、同条が法人税法２２条２項の特別であること等に照らすと、同法６１条の２第１項１号の「有価証券の譲渡に係る対価の額」は、譲渡時における時価をいうものと解すべきであり、かかる解釈は租税法定主義に反するとはいえないし、納税者の予測可能性失わせるともいえないというべきである。
（２）争点２イ（本件譲渡株式の時価の意義）について
ア 本件譲渡株式の時価の意義については、当裁判所も、特段の事情のない限り、上場株式については、取引日の終値をもって時価とするのが相当であると判断する。
その理由は、次のイのとおり、当審における当事者の主張に対する説示を付加し、原判決２８頁３行目から４行目にかけての「以上のとおり、法人税法６１条の２第１項１号の定める「譲渡に係る対価の額」とは譲渡時における時価をいうものと解すべきところ、」とあるのを削除するほか、原判決の「事実及び理由」中の「第３当裁判所の判断」の「３争点（３）（本件譲渡差額の寄附金認定の適法性）について「（２）時価について」（原判決２８頁２行目から３０頁８行目まで）記載のとおりであるから、これを引用する。
イ 当審における当事者の主張に対する説示
控訴人は、時価として取引日の安値をもって当てることが相当である旨主張する。確かに、安値も客観的に明確な市場価格の一つではあるが、課税の適正公平を図る観点からは、一般的に株価として広く認識され、高値と安値の間に位置することが多い終値をもって時価とすることが相当であり、控訴人の前記主張は採用できない。また、本件全証拠によっても、終値をもって時価とすべきではないとするような特段の事情は認められない。
（３）争点２ウ（本件譲渡差額の寄附金該当性の有無）について
ア 本件譲渡差額の寄附金該当性の有無については、当裁判所も、本件譲渡差額は寄附金に該当すると判断する。
その理由は、次のイのとおり、当審における当事者の主張に対する説示を付加するほか、原判決の「事実及び理由」中の「第３当裁判所の判断」の「３争点（３）（本件譲渡差額の寄附金認定の適法性）について」の「（３）寄附金該当性について」（原判決３０頁９行目から３１頁２１行目まで）記載のとおりであるから、これを引用する。
イ 当審における当事者の主張に対する説示
前記説示のとおり、法人税法３７条８項の「実質的に贈与又は無償の供与をした」と認められる場合とは、金銭その他の資産又は経済的な利益を対価なく他に移転する場合であって、その行為について通常の経済取引として是認することができる合理的な理由が存在しない場合をいうものと解するのが相当である。
そして、前記前提事実のとおり、控訴人は、Ｃに対し、本件譲渡株式を本件譲渡当日の終値からその１０パーセント又はそれ以上の金額を減額して譲渡しているのであるから、減額部分については対価なく資産移転をしたと認めるのが相当である。
そうすると、本件譲渡に通常の経済取引として是認することができる合理的な理由が存在しない限り、同部分は実質的に贈与したと認められ、寄附金の額に算入されることとなるから、本件においては、前記の合理的な理由の有無が問題となる。
法人税法は、行政的便宜並びに公平の維持の観点から統一的な損金算入限度額を設け、寄附金のうちその範囲内の金額は費用として損金算入を認め、それを超える部分の額は損金に算入しないこととしている。また、同法３７条７項は、無償で資産が譲渡され又は経済的利益が供与された場合であっても、それが広告宣伝費、見本費用、交際費、接待費、福利厚生費に当たるときはそれを寄附金とはしないこととしている。
以上の法の趣旨を踏まえ、本件譲渡における前記の合理的理由の有無につき、以下、検討する。
（ア）まず、控訴人は、本件譲渡に及んだ理由として、控訴人に資金需要があったことを主張する。
しかしながら、控訴人が主張する機械装置購入の計画又は必要については、これを認めるに足りる的確な証拠はない。他方、証拠（甲５９の４、６０、６１、乙１、４３）及び弁論の全趣旨によれば、控訴人は、平成２０年７月末及び同年１２月末に相当の資金残高を見込んでいたこと、平成２０年１２月期に約１４００万円で絵画等を、平成２１年２月に約２億円で株式を購入したことが認められる。
してみれば、本件譲渡に際し、控訴人に資金需要があったとは認められないというべきである。
（イ）次に、控訴人は、本件譲渡は実質的には資金融資と同様であるから、手形割引と同様に譲渡代金を減額したものであり、また、本件譲渡株式については控訴人のグループ会社の外に売却できないという事情があったことから、その非流動性を考慮して減額したという趣旨の主張をする。
しかしながら、仮に、本件譲渡が実質的に資金融資の趣旨であったとしても、本件譲渡は手形割引とはその性質が異なり、その価額の１０パーセント又はそれ以上の減額をする理由は明らかでないといわざるを得ない。
また、取引先との関係維持等の観点から、本件株式を控訴人のグループ会社の外部の者に対して売却することが事実上困難であったという事情があったとしても、弁論の全趣旨によれば、控訴人のグループ内では各会社間の意思疎通は十分に図られていたものと認められる。そうすると、本件譲渡において、前記の減額を行う理由は、なお明らかでないといわざるを得ない。
この点に関し、控訴人は、本件株式の非流動性を理由に減額をすることの正当性を根拠付けるために最高裁判所平成２７年３月２６日第一小法廷決定（民集６９巻２号３６５頁）を援用する。しかし、同決定は、非上場会社において会社法７８５条１項に基づく株式買取請求がされ、裁判所が収益還元法を用いて株式の買取価格を決定する場合に、非流動性ディスカウントを行うことはできないとした事例であり、本件とは前提を異にするので、これは妥当しないというべきである。
（ウ）さらに、控訴人は、Ｃとの交渉により本件譲渡において減額をすることに至った上に、将来の株価の下落見込みに加えて、第三者割当増資や過去の税務調査の経緯等を踏まえて前記減額を行ったことを主張する。
しかし、上記Ｃとの交渉経過等については、これを認めるに足りる確たる証拠がなく、また、仮に、その交渉の結果減額したのであれば、本件株式のうち３銘柄について減額率が終値の１０パーセントとなり、過不足がないのは、それ自体不自然であるといわざるを得ない。そして、株価の下落の見込みの点については、上場株式の株価は、これが織り込まれているのが一般的であるところ、織り込み済みの部分を超えて更に減額をすることが相当であるような事情を認めるに足りる証拠はない。さらに、第三者割当増資や過去の税務調査の経緯等を踏まえて減額をしたことについては、仮に、そのような事実があったとしても、減額分の譲渡が費用性を有するなどといった事情が認められない限り、その事実だけでは、本件譲渡の合理性を根拠付けることはできないというべきである。
（エ）以上を総合考慮すると、本件譲渡において、通常の経済取引として是認することができる合理的な理由が存するとは認められないというべきである。
したがって、本件譲渡差額は、実質的に贈与したものと認められるから、これを寄附金の額に算入することは適法である。
３ 争点３（過少申告加算税に係る「正当な理由」（通則法６５条４項）の有無）について過少申告加算税に係る通則法６５条４項の定める正当な理由の有無については、当裁判所も、同項の定める正当な理由があるとは認められないと判断する。
その理由は、原判決の「事実及び理由」中の「第３当裁判所の判断」の「４争点（４）（過少申告加算税に係る「正当な理由」（通則法６５条４項）の有無）について」（原判決３１頁２３行目から３４頁３行目まで）記載のとおりであるから、これを引用する。
４ 小括
前記１説示のとおり、本件青色申告承認取消処分は適法である。更に前記２及び３の説示に加えて弁論の全趣旨によれば、本件の法人税の各更正処分、各再更正処分及び各過少申告加算税賦課決定処分は、原判決別紙２「本件法人税更正処分・各再更正処分の根拠及び適法性」及び別紙３「本件各過少申告加算税賦課決定処分の根拠及び適法性」記載のとおり、いずれも適法であると認定するのが相当である。
その他、控訴人の主張に鑑み、本件訴訟記録を精査しても、前記認定判断を左右するに足りる的確な主張立証はない。
第４ 結論
よって、本件青色申告承認取消処分並びに法人税の更正処分、各再更正処分及び各過少申告加算税賦課決定処分は、いずれも適法であって、控訴人の請求は理由がないからいずれも棄却すべきところ、これと同旨の原判決は相当であって、本件控訴は理由がないからこれを棄却することとし、主文のとおり判決する。
東京高等裁判所第２２民事部
裁判長裁判官 河野清孝
裁判官 古谷恭一郎
裁判官 小林康彦
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2015/pdf/12753.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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