税務訴訟資料第２６５号－１０（順号１２５９３）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号青色取消処分取消等請求事件
国側当事者・国（土浦税務署長）
平成２７年１月２７日却下・棄却・控訴
判決
原告株式会社Ａ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士山田二郎
同小池信行
同井上康一
同澤井裕
被告国
同代表者法務大臣上川陽子
処分行政庁土浦税務署長
飛田一美
指定代理人別紙１指定代理人目録のとおり
主文
１ 本件訴えのうち、土浦税務署長が平成２３年３月２５日付けで原告に対してした平成１５年７月１日から平成１６年６月３０日までの事業年度の法人税に係る更正処分の取消しを求める部分を却下する。
２ 原告のその余の訴えに係る請求をいずれも棄却する。
３ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 土浦税務署長が平成２３年３月２５日付けで原告に対してした平成１５年７月１日から平成１６年６月３０日までの事業年度以後の法人税の青色申告の承認の取消処分を取り消す。
２ 土浦税務署長が平成２３年３月２５日付けで原告に対してした原告の平成１５年７月１日から平成１６年６月３０日までの事業年度の法人税に係る更正処分のうち翌期に繰り越すべき欠損金額７億２６００万４３７２円を下回る部分を取り消す。
３ 土浦税務署長が平成２３年３月２５日付けで原告に対してした原告の平成１７年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税に係る更正処分のうち納付すべき税額マイナス１１万３１８３円及び翌期へ繰り越す欠損金５２６７万５６２０円をそれぞれ下回る部分並びに過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
４ 土浦税務署長が平成２３年５月２７日付けで原告に対してした原告の平成１８年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税に係る再更正処分のうち納付すべき税額７９７７万７３００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分（裁決で取り消された後のもの）を取り消す。
５ 土浦税務署長が平成２３年５月２７日付けで原告に対してした原告の平成１９年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税に係る再更正処分のうち納付すべき税額９１２７万４９００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分（裁決で取り消された後のもの）を取り消す。
６ 土浦税務署長が平成２３年５月２７日付けで原告に対してした原告の平成２０年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税に係る再更正処分のうち納付すべき税額４８１７万９０００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分（裁決で取り消された後のもの）を取り消す。
（なお、訴状においては、以上のうち２～６項の請求について各事業年度に係る確定申告額を超える部分の取消しを求めることは明示されておらず、また、５項について裁決で取り消された後のものについて取消しを求めることも明示されていないが、答弁書において請求内容が上記２～６項の趣旨のものであると理解した上で棄却答弁がされ、これに原告が異議を述べていないことを踏まえ、上記のとおりの請求と理解したものである。）
第２ 事案の概要
本件は、青色申告の承認を受けていた原告が、税務調査（以下「本件調査」という。）において、帳簿書類の提示を求められたのに提示しなかったとして青色申告承認の取消処分（以下「本件青色申告承認取消処分」という。）を受けたことや、原告がグループ会社との間で行った株式の譲渡についてその譲渡の対価の額とその譲渡の時における価額（時価。以下「時価」という。）との差額（以下「本件譲渡差額」という。）は寄附金に該当するなどとして、法人税の各更正処分、各再更正処分及び各過少申告加算税賦課決定処分が行われたことに対し、原告が、本件青色申告承認取消処分や法人税の各更正処分、各再更正処分及び各過少申告加算税賦課決定処分はいずれも違法であるとして、それらの取消しを求める事案である。
１ 法令の定め
本件に関する法令の定めは、次のとおりである。
（１）青色申告に関する定め
青色申告の承認を受けている内国法人（以下「青色申告法人」という。）は、財務省令で定めるところにより、帳簿書類を備え付けてこれにその取引を記録し、かつ、当該帳簿書類を保存（以下「帳簿書類の備付け等」という。）しなければならない（法人税法１２６条１項）。青色申告法人は、全ての取引を借方及び貸方に仕訳する帳簿並びに全ての取引を勘定科目の種類別に分類して整理計算する帳簿（以下「総勘定元帳」という。）のほか、当該青色申告法人の資産、負債及び資本に影響を及ぼす一切の取引に関して作成されたその他の帳簿等を整理し、起算日から７年間、納税地に保存しなければならない（法人税法施行規則（以下「施行規則」という。）５９条１項）ところ、起算日とは、帳簿についてはその閉鎖の日の属する事業年度終了の日の翌日から２月を経過した日をいい、書類についてはその作成又は受領の日の属する事業年度終了の日の翌日から２月を経過した日をいう（同条２項）。
青色申告法人が、その事業年度に係る帳簿書類の備付け等が財務省令で定めるところに従って行われていない事実がある場合には、納税地の所轄税務署長は、当該事業年度までさかのぼって青色申告の承認を取り消すことができる（法人税法１２７条１項１号）。そして、税務署長は、上記取消しの処分をする場合には、青色申告法人に対し、書面によりその旨通知するところ、その書面には、その取消しの処分の基因となった事実が法人税法１２７条１項各号のいずれに該当するかを付記しなければならない（同条２項）。なお、青色申告の承認の取消しがあったときは、当該事業年度開始の日以後その青色申告法人が提出したその承認に係る青色申告書は、青色申告書以外の申告書とみなされる（同条１項柱書き）。
（２）所得の金額の計算に関する定め
内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とされている（法人税法２２条１項）。そして、内国法人の各事業年度の所得の金額計算上当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額とされているところ（同条２項）、内国法人が有価証券の譲渡をした場合には、その譲渡に係る譲渡利益額又は譲渡損失額は、その譲渡に係る契約をした日の属する事業年度の所得の金額の計算上、益金の額又は損金の額に算入されるが、譲渡利益額は、その有価証券の譲渡に係る対価の額が譲渡に係る原価の額を超える場合におけるその超える部分の金額とされている（同法６１条の２第１項）。
（３）寄附金に関する定め
内国法人が各事業年度において支出した寄附金の額の合計額のうち、その内国法人の当該事業年度終了の時の資本金等の額等を基礎として政令で定めるところにより計算した金額を超える部分の金額は、当該内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入されない（法人税法３７条１項）。そして、寄附金の額は、寄附金、拠出金、見舞金その他いずれの名義をもってするかを問わず、内国法人が金銭その他の資産又は経済的な利益の贈与又は無償の供与をした場合における当該金銭の額若しくは金銭以外の資産のその贈与の時における価額又は当該経済的な利益のその供与の時における価額によるものとされている（同条７項）ところ、内国法人が資産の譲渡又は経済的な利益の供与をした場合において、その譲渡又は供与の対価の額が当該資産のその譲渡の時における価額又は当該経済的な利益のその供与の時における価額に比して低いときは、当該対価の額と当該価額との差額のうち実質的に贈与又は無償の供与をしたと認められる金額は、上記寄附金の額に含まれる（同条８項）。
２ 前提事実（争いのない事実、顕著な事実及び掲記の証拠により容易に認められる事実）
（１）原告は、昭和３８年３月●日、茨城県下館市（現筑西市）に設立された金属製品の製作加工等を営む青色申告の承認を受けていた法人であり、同社の代表取締役は、甲（以下「甲会長」という。）及び乙である。原告は、平成２１年７月、同県つくば市に本店を移転した（履歴事項全部証明書による。なお、後記のとおり、原告側は、平成１８年に本社ないし本社機能の全部をつくば市に移転した旨述べている。）。原告は、製造部門、流通開発サービス部門、教育・健康部門から構成されている複合企業体であるＢグループの製造部門に属している。（甲１、１６、１８）
（２）原告は、平成２０年７月９日及び同年１２月２４日、株式会社Ｃ（以下「Ｃ」という。）に対し、別表１本件譲渡株式の内訳に記載されているとおり、原告が所有する同表の銘柄の株式を同表の株数、売買金額で相対取引により譲渡した（以下、両日に行われた各株式の譲渡を合わせて「本件譲渡」という。また、本件譲渡により譲渡された各株式を合わせて「本件譲渡株式」という。）。なお、本件譲渡株式は、いずれもＦ証券取引所（以下「Ｆ」という。）の上場株式であるところ、その譲渡日における１株当たりのＦの終値は、それぞれ同表の終値記載のとおりであり、いずれの売買金額も終値に株数を掛けた金額より低額であった。
（３）ア関東信越国税局係官（以下、本件調査を担当した係官を「本件調査担当係官」という。）は、平成２２年１０月５日よりつくば市内所在の原告の本社事務所（以下「本社事務所」という。）等にて本件調査を行った（乙２）。
イ 本件調査担当係官は、平成２２年１０月６日、本社事務所を訪問し、本件調査で確認したい書類を書面に記載し、原告の取締役総務部長である丙（以下「丙」という。）に渡したが、同書面で確認対象とされたものの中には、平成１５年７月１日から平成１６年６月３０日までの事業年度（以下「平成１６年６月期」という。）及び平成１６年７月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成１６年１２月期」という。）の総勘定元帳（以下、上記２期の総勘定元帳を合わせて「本件総勘定元帳」という。）も含まれていた（乙３）。
ウ 本件調査担当係官は、平成２２年１０月７日、本社事務所を訪問し、丙に昨日依頼した帳簿書類の他に追加の資料の提出を求めるとともに、未提出の帳簿書類については用意ができ次第提出するよう伝えた（乙４）。
エ 本件調査担当係官は、平成２２年１０月２２日、本社事務所を訪問し、本件総勘定元帳や平成１６年６月期及び同１２月期の売上・売掛金元帳等の提出が未了であるため、早急に用意するよう伝えたところ、甲会長は、帳簿がなかなか見つからず、原告の本店を筑西市からつくば市に移転した際に紛失したかもしれないと述べた。本件調査担当係官は、甲会長に対し、紛失した場合には、青色申告承認の取消処分の可能性があるので、再度よく探して提出するよう伝えた。（乙６）
オ 本件調査担当係官は、平成２２年１２月６日、本社事務所を訪問し、平成１６年１２月期以前の帳簿書類の所在について確認をしたが、甲会長は、見つからないものは見つからない旨回答した（乙７）。
カ 本件調査担当係官は、平成２２年１２月７日、本社事務所を訪問し、平成１６年６月期及び同１２月期の帳簿書類の提出を依頼したが、丙は、本件総勘定元帳は平成１８年１０月頃の本社引越しの際に紛失したようである旨回答した（乙８）。
キ 本件調査担当係官は、平成２２年１２月１６日、原告の税理士に対し、平成１６年６月期及び同１２月期の帳簿書類は平成１８年１０月頃の本店移転の際に紛失したことで間違いないか確認した上で、青色申告の承認取消しの問題が生じる可能性が高いことを伝えた（乙９）。
ク 本件調査担当係官は、平成２３年１月１１日、原告の税理士及び丙に対し、平成２２年１２月１６日に話した帳簿書類を移転の際に紛失したことで間違いないか確認した上で、青色申告の承認取消しをする場合があることを伝えた（乙１０）。
ケ 本件調査担当係官は、平成２３年１月２０日、甲会長に対し、本件総勘定元帳が調査のために必要であること及び青色申告承認についても問題があることを話し、再度本社移転時に紛失して見つからないのか確認をしたところ、同人は、無い旨回答した（乙１１）。
（４）ア土浦税務署長は、平成２３年３月２５日、原告に対し、平成１６年６月期以後の法人税の青色申告の承認を取り消す本件青色申告承認取消処分を行った。上記処分の通知書（以下「本件青色申告承認取消処分通知書」という。）には、取消処分の基因となった事実として「自平成１５年７月１日至平成１６年６月３０日事業年度分の法人税の調査に関し必要がありましたので、関東信越国税局の調査担当職員が貴社のつくば市の本社事務所において、代表取締役会長甲及び取締役総務部長丙に帳簿書類の提示を求めたところ、その提示がありませんでした。このことは、青色申告に係る帳簿書類の備付け、記録又は保存が法人税法第１２６条の定めるところに従って行われていないことになります。したがって、法人税法第１２７条第１項第１号に該当しますので、青色申告の承認を取り消します。」と記載されていた。（甲２）
イ 土浦税務署長は、平成２３年３月２５日、平成１６年６月期法人税更正処分、平成１７年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成１７年１２月期」という。）の法人税更正処分及びこれに係る過少申告加算税賦課決定処分、平成１８年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成１８年１２月期」という。）の法人税更正処分及びこれに係る過少申告加算税賦課決定処分、平成１９年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成１９年１２月期」という。）の法人税更正処分及びこれに係る過少申告加算税賦課決定処分、平成２０年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成２０年１２月期」といい、原告の平成１７年１２月期ないし平成２０年１２月期までを合わせて以下「本件各事業年度」という。）の法人税各更正処分及びこれに係る各過少申告加算税賦課決定処分を行った（なお、その際、平成２１年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成２１年１２月期」という。）の法人税更正処分も行っているが、本訴の対象外なので以下では触れない。）（乙１）。
（５）原告は、平成２３年４月２２日、土浦税務署長に対し、上記（４）の本件青色申告承認取消処分並びに法人税の各更正処分及び各過少申告加算税の異議申立てをした（乙１）。
（６）土浦税務署長は、平成２３年５月２７日、原告に対し、平成１８年１２月期の法人税の再更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分、同１９年１２月期の法人税の再更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分、同２０年１２月期の法人税の再更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分並びに同２１年１２月期の法人税の再更正処分を行った。
（７）原告は、平成２３年６月６日、平成１８年１２月期、同１９年１２月期及び同２０年１２月期の法人税の各再更正処分及び各過少申告加算税賦課決定処分に対する異議申し立てを行った。
（８）土浦税務署長は、平成２３年７月２１日、原告の（５）及び（７）の異議申立てをいずれも棄却する旨の決定をした。
（９）原告は、平成２３年８月２２日、国税不服審判所長に対し、本件青色申告承認取消処分、平成１６年６月期の法人税の更正処分、同１７年１２月期の法人税の更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分、同１８年１２月期、同１９年１２月期及び同２０年１２月期の各再更正処分及び各過少申告加算税賦課決定処分の取消し等を求める審査請求をした。同所長は、平成２４年６月１９日、本件青色申告承認取消処分の取消し、同１６年６月期の法人税の更正処分の取消し並びに同１７年１２月期の法人税の更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分の取消しについてはいずれも棄却し、同１８年１２月期、同１９年１２月期及び同２０年１２月期の各再更正処分及び各過少申告加算税賦課決定処分については、いずれもその一部を取り消す旨の裁決をした。
（10）原告は、平成２４年１１月２日、本件訴えを提起した（顕著な事実）。
（11）土浦税務署長は、平成２５年２月５日、平成１６年６月期の法人税更正処分を取り消した。
（12）本件における法人税更正処分・各再更正処分の根拠及び適法性並びに各過少申告加算税賦課決定処分の根拠及び適法性についての被告の主張は、別紙２「本件法人税更正処分・各再更正処分の根拠及び適法性」及び別紙３「本件各過少申告加算税賦課決定処分の根拠及び適法性」記載のとおりである。
（13）なお、本件青色申告承認取消処分、法人税各更正、各再更正処分及び各過少申告加算税賦課決定処分は、いずれも関東信越国税局の職員の調査に基づいてされたことが通知されているという事情があるところ、国税通則法（以下「通則法」という。）７５条２項及び９３条１項は、税務署長がした処分で、その処分に係る事項に関する調査が国税局の当該職員によってされた旨の記載がある書面により通知されたものについては、国税局長が処分をしたものとみなして、その異議申立て及び審査請求に係る手続（不服申立手続）において、当該不服申立手続における原処分庁は、当該国税局長となると規定しているところ、通則法１１４条は、「国税に関する法律に基づく処分に関する訴訟については、この節及び他の国税に関する法律に別段の定めがあるものを除き、行政事件訴訟法（昭和３７年法律第１３９号）その他の一般の行政事件訴訟に関する法律の定めるところによる。」と規定しており、通則法７５条２項及び９３条１項は、「第８章不服審査及び訴訟第１節不服審査」に定められており、通則法１１４条が規定する「この節」である「第８章不服審査及び訴訟第２節訴訟」に定められているものではないから、通則法７５条２項等の条文は訴訟に適用されないものというべきであり、本件における処分行政庁は土浦税務署長であると解される（この点、原告は、処分行政庁は関東信越国税局であると主張していたが、第８回期日において処分行政庁は土浦税務署長とすることに異議はない旨述べた。）。
３ 争点
（１）平成１６年６月期法人税更正処分の取消請求の適法性
（２）本件青色申告承認取消処分の適法性
（３）本件譲渡差額の寄附金認定の適法性
（４）過少申告加算税に係る「正当な理由」（通則法６５条４項）の有無
４ 争点に関する当事者の主張の要旨
（１）争点（１）（平成１６年６月期法人税更正処分の取消請求の適法性）について（被告の主張の要旨）
土浦税務署長は、平成２５年２月５日、職権により、平成１６年６月期法人税更正処分を取り消したから、原告が取消しを求める平成１６年６月期法人税更正処分は存在しないので、同処分の取消しを求める訴えは不適法である。
（原告の主張の要旨）
被告の主張は争う。青色申告処分の取消処分は更正処分をするための手段であり、両処分は一体の関連性を持つので、職権による平成１６年６月期法人税更正処分の取消しは、本件青色申告承認取消処分の効力に影響がある。
（２）争点（２）（本件青色申告承認取消処分の適法性）について
（被告の主張の要旨）
ア 法人税法１２６条１項は、青色申告法人に対し、帳簿書類の備付け等をするよう定めているが、これは、税務職員が必要と判断したときにその帳簿書類を検査してその内容の真実性を確認することができるような態勢の下に帳簿書類を保存しなければならないことも含んでいるから、法人が、税務職員の検査に適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて当該帳簿書類を保存していなかった場合は、同項の規定に違反し、同法１２７条１項１号に該当するものと解される。
本件において、原告は、本件総勘定元帳を提示しなかったものであるが、総勘定元帳は、法人の帳簿の根幹をなすものであり、青色申告法人の帳簿書類は、起算日から７年間、納税地に保存しなければならないことが要求されているから（施行規則５９条１項、２項）、６年以上前の帳簿書類であっても、保存期間内である以上、原告において保存しなければならないことは当然である。また、本件調査担当係官は、原告に対し、再三再四、本件総勘定元帳の提示を求め、原告に対応する時間を十分与えていたものである。さらに、本件総勘定元帳の保存がない理由も、平成１８年１０月頃の本社の引越しに際して紛失したというものであり、かかる事情は、法人の責に帰し得ない特段の事由に当たらない。
イ この点、原告は、原告において法令に従った帳簿書類を基礎として青色申告を行う事務処理のシステムが確立しているなどとして、本件青色申告承認取消処分は裁量権の行使を濫用したものである旨主張するが、本件調査において、本件総勘定元帳の提示をしなかったことは事実であるし、原告が本件総勘定元帳を提示しなかった事情は、原告における帳簿書類の管理の問題であり、原告の責めに帰し得ない特段の事由には当たらないし、他の事情によって平成１６年６月期における繰越欠損金の存否及び適否が確認できたとしても、そのことをもって、同法１２７条１項１号に該当しないことにはならないから、原告の主張は失当である。
また、原告は、本件青色申告承認取消処分通知書には理由付記の不備があるため違法であると主張するが、本件青色申告承認取消処分通知書には、取消しをする事実の該当条文や本件青色申告承認取消処分の基因となった事実が記載されており、いかなる事実関係に基づきいかなる法規を適用して当該処分がされたのかを原告が了知し得る程度に具体的に特定した摘示がされているから、原告の主張は失当である。
さらに、原告は、平成１６年６月期法人税更正処分の取消しがされていることに照らして、本件青色申告承認取消処分が違法である旨主張するが、本件青色申告承認取消処分は、平成１６年６月期以後の各事業年度について青色申告の承認を取り消すものであって、同期の青色申告の承認のみを取り消すものではないから、原告の主張は失当である。（原告の主張の要旨）
ア 原告においては、長年にわたって、法令に従った帳簿書類を基礎として青色申告を行う事務処理のシステムが確立していること、原告は本件調査の際に本件総勘定元帳の提出を拒否したものではないし、通常の業務遂行において、これを故意に破棄したり、過失により紛失してしまったりしたものではなく、大規模な移転の過程で帳簿書類等の運搬・保管状態に混乱が生じたため、探索したが発見することができなかったものであること、国税庁長官が平成１２年７月３日に発出した「法人の青色申告の承認の取消しについて（事務運営指針）」（乙２０。以下「本件事務運営指針」という。）によれば、取消処分は記帳状況等を総合勘案の上、真に青色申告書を提出するにふさわしくない場合に限って行うものであるとされていること、平成１６年６月期及び同年１２月期における繰越欠損金の存否又は適否については、他の方法によって判断することができることなどを総合考慮すると、本件青色申告承認取消処分は取消権の行使の濫用である。
イ 青色申告承認の取消処分には理由付記が必要とされているところ、本件は、原告の本社が平成１８年６月から同年１２月にかけて大規模な移転をしたため、税務調査の過程で突然に帳簿書類の提出を要求されてもこれに応じ難かったという特殊事情があった事案であり、原告はこのことを何度も本件調査担当係官に説明していたのであるから、このことについても取消処分の理由付記において具体的に判断すべきであったのに、帳簿書類の提示がなかったことが、同号の帳簿書類の備付け等が法令の定めに従っていないことに当たるのかを具体的に知り得る程度に適示していないから、違法である。
ウ 土浦税務署長は、平成２５年２月５日、平成１６年６月期法人税更正処分の取消しを行っているが、青色申告承認の取消処分は飽くまで平成１６年６月期法人税更正処分をするための手段に過ぎないから、職権で同期法人税更正処分の取り消しがされている以上、本件青色申告承認取消処分は目的を欠くから、違法なものである。
（３）争点（３）（本件譲渡差額の寄附金認定の適法性）について
（被告の主張の要旨）
ア 有価証券の譲渡が行われた場合、法人税法２２条２項の「別段の定め」である同法６１条の２第１項の規定により、その譲渡利益額が「益金の額」に算入される。そして、資産の無償譲渡又は低額譲渡が行われた場合、一般的には、無償部分又は一部無償部分につき、貸方に譲渡収益を計上すれば、借方にも同額を計上して損金処理することになるところ、課税所得の金額の増加をもたらすのは、損金処理として損金算入限度額のある寄附金等であると認定された場合である。
イ 法人税法６１条の２第１項１号にいう「譲渡に係る対価の額」については、同号と同法２２条２項所定の資産の譲渡に係る収益の額とで、収益の額の認識の仕方を異にするものではないし、仮に、同法６１条の２第１項１号所定の「譲渡に係る対価の額」を当事者間で合意した額と解すれば、有価証券について無償譲渡又は低額譲渡の場合における差額相当額について課税が行われず、他方で、役員給与や寄附金の損金不算入の規定も適用されないこととなり、租税負担の公平に反することになり妥当でない。また、「譲渡に係る対価の額」との用語は、法人税法６１条の２第１項１号だけではなく、同法６１条の１３第１項においても用いられているところ、後者の「譲渡に係る対価の額」とは、時価であると解されている。そうすると、前者の「譲渡に係る対価の額」については、その譲渡時における時価をいうものと解するのが租税負担の公平及び法的安定性の観点から相当である。
ウ 関連会社間の相対取引による上場株式の時価については、その取引における価格が法人税の所得金額の算定につき適正なものか判断する基準となるから、特段の事情のない限り、上場された証券取引所における株価（譲渡日における当該証券取引所の終値）をもって、自由競争の原理によって形成された時価というべきである。本件譲渡株式はいずれもＦに上場された株式であり、本件譲渡株式の時価を譲渡日におけるＦの終値と解すべきでない特段の事情があるものとは認められない。
エ 原告は、取引日における立会内取引の終値のみを唯一無二の時価と捉えること自体誤りであり、立会市場の直近値から上下７パーセントの幅の価格帯が設けられているという取引形態もあると主張するが、本件のような関連会社間で行われる取引では、取引価額が合理的な理由もなく恣意的に決定される場合があり得ることからすると、上場された証券取引所における株価（譲渡日における当該証券取引所の終値）に一定の幅を持たせた金額の範囲内であれば時価になり得るとすることは、課税の公平の観点から、安易に認められるべきではない。加えて、時価とは、不特定多数の当事者間で自由な取引が行われる場合に通常成立すると認められる価額であるから、移転価格税制（租税特別措置法６６条の４）における独立企業間価格等とは異なるものである。
そして、本件譲渡株式が原告を含めたグループ会社が取引先との関係を維持するために保有しているから株式の処分に制約が課されているとしても、本件譲渡株式に係る終値又は安値の１０パーセント相当額の経済的な利益を対価なく移転することに、通常の経済取引として是認することができる合理的な理由が存在すると認めることは困難であるからおよそ適正に算定された金額とはいえない。平成１５年に原告のグループ会社間で取引所の終値をおおむね１０パーセント程度下回る価額で行われた株の相対取引（以下「平成１５年株式売買取引」という。）について課税処分を受けなかったとしても、それは、原告グループ内での株式の売買価額が終値をおおむね１０パーセント下回る価額とすることを正当なものとして是認するものではない。
オ 寄附金と認められるためには、法人税法３７条８項の「実質的に贈与（中略）をしたと認められる金額」と認められる必要があるが、これは当該取引に伴う経済的な効果が贈与と同視し得るものであれば足りる。より具体的にいえば、譲渡者が低額譲渡に伴って当該差額に対する反対給付を享受することなく、無償で相手方にその価値が移転していると認められれば足り、必ずしも譲渡者が贈与の意思を有していたことを必要としないから、時価との差額を認識していたことも必要としないと解するのが相当である。なお、資産又は経済的利益を対価なく他に移転する場合であっても、その行為について通常の経済取引として是認できる合理的理由が存在するものについては、寄附金に該当しないものと解すべきであるが、通常の経済取引として是認することができる合理的理由が存在することは原告が主張立証すべきである。本件では、原告が本件譲渡株式の対価として得たのは、譲渡価額相当額（本件譲渡株式の終値又は安値の９０パーセント相当額）のみであり、その差額に相当する経済的な利益が対価なく移転されているから、本件譲渡差額は寄附金に相当する。（原告の主張の要旨）
ア 有価証券の譲渡利益額の計算方法について規定した法人税法６１条の２第１項１号に定める「譲渡に係る対価の額」とは、譲渡の対価として当事者間に合意された額をいうものと解すべきであり、「譲渡に係る対価の額」を時価と解した上で時価相当額の収益が原告に発生したことを前提としてされた平成２０年３月期及び同２１年３月期に係る各更正処分は違法である。
この点、被告は、法人税法６１条の２第１項１号所定の「譲渡に係る対価の額」とは時価を意味すると主張するが、文言を素直に読めば、譲渡対価額を意味するし、同法３７条８項は譲渡対価額と譲渡時価額とを使い分けていることを踏まえると、被告の主張どおりに同法６１条の２第１項１号を解釈すると、同じ法人税法の規定でありながら全く別異に解することになり、租税法律主義に反するから、「譲渡における対価の額」とは譲渡当事者間で合意された対価額をいうものと解すべきである。
イ 法人が時価よりも安い価格で資産を譲渡したときには、その差額のうち実質的に贈与をしたと認められる金額は、寄附金に含まれることになっているが、この場合の時価、すなわち公正な取引価格とは、譲渡株式がＦの上場株式の場合であっても、一定の時価の幅があることを肯定した上で、実際に当事者が合意し、収受した譲渡対価がその幅の中にあると認められるか否かを検討し、その幅をはみ出している場合には、その差額のうちに「実質的に贈与をしたと認められる金額」があるかどうかを吟味するべきである。すなわち、平成１０年１２月以降、証券取引所における立会内取引以外の取引が発展し、実際に立会市場の直近取引価格を踏まえた幅のある取引が行われている状況下では、取引日における立会内取引の終値のみを唯一無二の時価と捉えること自体誤りである。また、終値とは、その日の各取引時間中最後に取引された値段（株価）であるが、一日のうちに、同一銘柄の株式であっても、終値以外の価額での取引が行われているから、終値を客観的な交換価値として絶対視する合理性は全くない。さらに、関連会社間の相対取引においても、市場価格を下回る公開買付けが行われることも少なくない。その上、移転価格税制では、上場株式の時価が幅のある概念であることを認めているし、株価の大きな変動は、市場を混乱させ、投資家に予期せぬ損害を与える可能性があることから、このような事態を避け、投資家を保護するために、証券取引所ごとに株価が一日に動く範囲が制限されており、その範囲内であれば「時価」取引であるとみる余地が十分にある。
加えて、本件譲渡株式は、原告を含めたグループ会社が取引先との関係を維持するために保有しているものであるから、これらの株式は、原告を含めたグループ会社内での移動のみが可能であるところ、財務状況等から本件譲渡株式の売却を必要としていた原告から、資金的な余裕があったＣに対し、数度にわたる株式購入の打診をした後、交渉の上、原告の資金需要を考慮し、実際の取引価格が決定されたものであるし、平成１５年株式売買取引について、平成１７年に実施された税務調査において当該取引について寄附金の問題は取り上げられなかった。これらの事情に照らすと、譲渡価格を売却日におけるＦの終値をおおむね１０パーセント下回る価額は、時価の範囲内にある。
ウ また、時価と譲渡の対価の差額が寄附金に当たるためにはそれが「実質的に贈与をしたと認められる金額」である必要がある以上（法人税法３７条８項）、寄附金に当たるといえるためには低額譲渡をした法人が贈与の意思を有していたことを裏付ける事情が必要であり、その主張立証責任は被告にあるが、被告は上記要件の存在について何らの主張立証をしていないから、本件譲渡株式に係る寄附金認定を正当化できる余地はない。
（４）争点（４）（過少申告加算税に係る「正当な理由」（通則法６５条４項）の有無）について（原告の主張の要旨）
平成１５年３月には、原告のグループ会社である株式会社Ｄ（以下「Ｄ」という。）において、取引所の終値をおおむね１０パーセント程度下回る価額での平成１５年株式売買取引が実施されたが、そのことについて、平成１７年に実施された税務調査では課税処分を受けなかったし、上記税務調査を担当した調査官も上記のような取引を問題としないような対応をしていたから、本件は、通則法６５条４項に規定する「正当な理由があると認められるものがある場合」に当たるというべきであり、本件譲渡株式に係る寄附金の認定に関する過少申告加算税の賦課決定処分は取消しを免れない。
（被告の主張の要旨）
「正当な理由」の立証責任は原告が負っているところ、担当調査官が、当該株式の取引を問題として取り上げなかったことが、原告グループ内での株式の売買価額を取引所の終値をおおむね１０パーセント程度下回る価額とすることを正当なものとして是認するものではないし、原告に対し、上場株式の譲渡価額を、終値を１０パーセント下回る価額とする取引が法人税法上も是認され得るような指導をしたとも認められないから、「正当な理由」があるとの原告の主張は失当である。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点（１）（平成１６年６月期法人税更正処分の取消請求の適法性）について前記前提事実（11）のとおり、平成１６年６月期法人税更正処分は、既に職権で取り消されている以上、当該処分については訴えの利益が消滅しているというべきである。よって、平成１６年６月期法人税更正処分の取消請求を求める部分は不適法である。
なお、原告は、青色申告処分の取消処分は更正処分をするための手段であり、両処分は一体の関連性を持つので、上記職権取消は本件青色申告承認取消処分の効力に影響があると主張するが、更正処分の職権取消がされた場合にそれが青色申告承認の取消処分の効力に直ちに影響するものとはいえないし、青色申告承認取消処分が争われていることが職権取消のされた更正処分について訴えの利益があることを基礎付けるものともいえないから、上記判断は左右されない。
２ 争点（２）（本件青色申告承認取消処分の適法性）について
（１）本件青色申告承認取消処分に係る権限濫用の有無について
ア 法人税法１２７条１項１号は、青色申告法人につき、その事業年度に係る帳簿書類の備付け等が同法１２６条１項に規定する財務省令で定めるところに従って行われていないことに該当する事実がある場合には、納税地の所轄税務署長は、当該事業年度までさかのぼって、その承認を取り消すことができる旨を定めており、施行規則５９条１項は、総勘定元帳等を、起算日から７年間、保存すべきものとしている。
本件では、前記前提事実（３）のとおり、本件総勘定元帳が紛失との理由により提示されなかったのであるから、その保存があったとはいえず、原告には青色申告承認の取消事由があったものであるところ、原告は、本件青色申告承認取消処分は、処分行政庁がその権限を濫用したもので違法であると主張する。この点、法人税法１２７条１項は、同項所定の事由がある場合に青色申告の承認を取り消すことができる旨を定めており、当該取消処分をするか否かにつき所轄税務署長は裁量権を有するものと解されるので、以下、本件青色申告承認取消処分につき、処分行政庁による裁量権の範囲の逸脱又はその濫用があったといえるかどうかにつき検討する。
イ 法人税法が採用する申告納税制度が適正に機能するためには、納税義務者である法人等が帳簿書類を備え付け、これに全ての取引を正確に記帳し、これを基礎として申告を行うことが必要である。そこで、同法は、法人等に対し、帳簿書類の備付け等を義務付け（同法１５０条の２第１項）、申告の正確性を担保する手段として、税務職員に対し、法人の帳簿書類を検査する権限を付与し（平成２３年法律第１１４号による改正前の法人税法１５３条。なお、通則法７４条の２参照）、この検査を拒み、妨げ、若しくは忌避し、又はこの検査に関し偽りの記載をした帳簿書類を提示した者に対する罰則を定める（平成２３年法律第１１４号による改正前の法人税法１６２条２号及び３号。なお、通則法１２７条２号及び３号参照）とともに、帳簿書類を基礎とした正確な申告を奨励する趣旨で、一定の帳簿書類を備え付けている者に限って、税務署長の承認を受けて青色申告をすることを認め、上記の者に対し課税手続や税額計算等に関する各種の特典を与えることとしている。青色申告法人は、同法１５０条の２第１項とは別に、同法１２６条１項によって帳簿書類の備付け等が義務付けられているが、上記のような同法の基本的な構造や青色申告の制度の趣旨に照らすと、その帳簿書類が上記の検査の対象となることは当然のことである。
そして、①税務署長は、青色申告の承認をするに当たって、青色申告の承認を申請した法人の帳簿書類の備付け等が財務省令で定めるところに従って行われていることを確認し（法人税法１２３条１号）、青色申告法人に対しても、帳簿書類について必要な指示をすることができ（同法１２６条２項）、この指示に従わなかった青色申告法人に対しては、青色申告の承認を取り消すことができるとされている（同法１２７条１項）こと、②税務署長は、青色申告に係る法人税の課税標準又は欠損金額の更正をする場合には、その法人の帳簿書類を調査し、その調査により当該課税標準又は欠損金額の計算に誤りがあると認められる場合に限り、更正をすることができるとされている（同法１３０条１項本文）こと、③同法の委任を受けた施行規則５９条１項は、青色申告法人は、帳簿書類を７年間保存しなければならないと規定しているが、この保存期間は、通則法７０条５項（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの）所定の更正をすることができる期間に符合するものであること等からすれば、法人税法におけるいわゆる青色申告制度は、税務職員が青色申告の承認を受けた法人の帳簿書類を適時に検査することができるように、その備付け等がされるべきことを当然の前提としているものということができ、そのようにして上記の検査の円滑な実施が確保されることは、青色申告制度の維持に不可欠なものということができる。
そうすると、法人税法１２６条１項は、青色申告の承認を受けた法人に対し、財務省令で定めるところにより、帳簿書類を備え付けてこれにその取引を記録すべきことはもとより、これらが行われていたとしても、さらに、税務職員が必要と判断した場合にその帳簿書類を検査してその内容の真実性を確認することができるような態勢の下に、帳簿書類を保存しなければならないこととしているというべきである。かかる事情から、法人が当該帳簿書類を物理的に保存していなかった場合だけではなく、税務職員の平成２３年法律第１１４号による改正前の法人税法１５３条の規定に基づく検査に適時にこれを提示することが可能なように態勢を整えて当該帳簿書類を保存していなかったときは、法人税法１２６条１項の規定に違反し、同法１２７条１項１号に該当するものとされているところである（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１７年３月１０日第一小法廷判決・民集５９巻２号３７９頁参照）。
ウ これを本件についてみるに、前記前提事実（３）のとおり、本件調査担当係官は、平成２２年１０月５日より本件調査を行い、同月６日以降から本件総勘定元帳を含む帳簿の提示を再三求めたが、原告の担当者は、それらの帳簿は、平成１８年１０月頃に本店がつくば市に移転した際に紛失した旨申し立て、提示をしなかったことが認められる。かかる申立てによれば、原告は、適時に提示することが可能なように態勢を整えた形で本件総勘定元帳を保存していなかったというにとどまらず、本件総勘定元帳を紛失したというのであって、これを調査する可能性を失わせるものであるから、法令に違反する程度が軽いものとはいえない。上記イで見たとおり、青色申告法人に保存が義務付けられている帳簿書類は税務調査のための基本的書類というべきであるし、実際にも、処分行政庁側としては、本件総勘定元帳は多額の欠損が発生した事情について調査を行うために必要との認識であったと認められる（乙９）から、それが保存されていないことによる支障が名目的なものであったとはいえない。
この点、原告は、原告において長年にわたって、法令に従った帳簿書類を基礎として青色申告を行う事務処理のシステムが確立していること、原告が本件総勘定元帳の提出ができなかったのは本店機能の大規模な移転の過程で帳簿書類等の運搬・保管状態に混乱が生じたためであること、本件事務運営指針によれば取消処分は記帳状況等を総合勘案の上、真に青色申告書を提出するにふさわしくない場合に限って行うものであるとされていること、平成１６年６月期及び同年１２月期における繰越欠損金の存否又は適否については、他の方法によって判断することができることなどを総合考慮すると、本件青色申告承認取消処分は裁量権の行使を濫用したものである旨主張する。
しかしながら、青色申告法人において青色申告を行う事務処理のシステムが確立しているというのは法令上当然に求められることであって、かかる事情を青色申告の承認の取消しに当たり殊更に考慮すべきものであるとはいえないし、仮に原告のいうとおり本店等の移転の過程で本件総勘定元帳を紛失したのだとしても、それは法令に基づき保存が義務付けられている重要書類を適切に管理していなかったということにほかならず、原告の責任に帰すべきものであるから、原告が挙げるような事情は上記判断を左右するものではない。また、本件事務運営指針（乙２０）では、青色申告の承認の取消しは、青色申告制度の趣旨から真に青色申告書を提出するにふさわしくないと認められる場合に行うものであるとした上で、青色申告の承認の取消しを行う場合として、帳簿書類を提示しない場合を掲げ、法人税法１２７条１項１号に規定する帳簿書類の備付け等とは、単に物理的に帳簿書類が存在することのみを意味するにとどまらず、これを税務職員に提示することを含むものであるから、税務調査に当たり帳簿書類の提示を求めたにもかかわらず調査対象者である法人がその提示を拒否した場合には、当該拒否は同号に規定する青色申告の承認の取消事由に該当することになり、その提示がされなかった事業年度のうち最も古い事業年度以後の事業年度についてその承認を取り消すとしているのであるから、同指針に係る原告の主張は同指針の内容の一部のみを取り上げて当該主張の裏付けとしようとするものであり、採用できない。
エ 以上検討したところによれば、本件青色承認取消処分をしたことにつき、処分行政庁に裁量権の範囲の逸脱又はその濫用があったとはいえない。
（２）本件青色申告承認取消処分に係る理由付記の不備の有無について
原告は、本件青色申告承認取消処分通知書には理由付記の不備があるため違法である旨主張する。
そこで検討すると、法人税法１２７条２項は、同条１項の規定による青色申告の承認の取消しの処分をする場合には、青色申告法人に対し、書面によりその旨を通知し、この場合において、その書面には、その取消しの処分の基因となった事実が同項各号のいずれに該当するかを付記しなければならない旨を定めているところ、この場合に要求される付記の内容及び程度は、特段の理由のない限り、いかなる事実関係に基づきいかなる法規を適用して当該処分がされたかを処分の相手方においてその記載自体から了知し得るものであることを要すると解される（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同４９年４月２５日第一小法廷判決・民集２８巻３号４０５頁参照）。そして、前記前提事実（４）アによれば、本件青色申告承認取消処分通知書には、本件青色申告承認取消処分の基因となった事実として、平成１６年６月期の法人税の調査に関して甲会長及び丙に帳簿書類の提示を求めたが、提示がなかった旨が記載され、また、同項１号を適用して本件青色申告承認取消処分をする旨が記載されており、原告においていかなる事実関係に基づきいかなる法規を適用して当該処分がされたかを処分の相手方においてその記載自体から了知し得るといえるから、本件青色申告承認取消処分は、同条２項の規定する理由付記を欠いたものとはいえない。
（３）以上によれば、原告のその余の主張を考慮しても、本件青色申告承認取消処分は、適法なものと認められる。
３ 争点（３）（本件譲渡差額の寄附金認定の適法性）について
（１）法人税法６１条の２第１項１号の解釈について
ア 原告は、有価証券の譲渡利益額の計算方法について規定した法人税法６１条の２第１項１号に定める「譲渡に係る対価の額」とは、譲渡の対価として当事者間に合意された額をいうものと解すべきであり、「譲渡に係る対価の額」を時価と解した上で時価相当額の収益が原告に発生したことを前提としてされた平成２０年１２月期法人税再更正処分は違法である旨主張するので、以下検討する。
イ まず、資産の無償譲渡ないし低額譲渡に係る法人税法の定めについてみると、同法２２条は、内国法人の各事業年度の所得の金額は、益金の額から損金の額を控除した金額とする旨定めた上（１項）、「…益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受け…に係る当該事業年度の収益の額とする。」と定め（２項）、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、資産の無償譲渡も収益の発生原因となるものとしている。その趣旨は、法人が資産を他に譲渡する場合には、その譲渡が代金の受入れその他資産の増加を来すべき反対給付を伴わないものであっても、譲渡時における資産の適正な価額に相当する収益があると認識すべきものであることを明らかにしたものと解される。そして、譲渡時における適正な価額より低い対価をもってする資産の低額譲渡の場合にも、当該資産には譲渡時における適正な価額に相当する経済的価値が認められるところ、たまたま現実に収受した対価がそのうちの一部のみであるからといって適正な価額との差額部分の収益が認識され得ないものとすれば、無償譲渡の場合との間の公平を欠くことになるから、その趣旨からして、この場合に益金の額に算入すべき収益の額には、当該資産の譲渡の対価の額のほか、これと同資産の譲渡時における適正な価額との差額も含まれるものと解される（最高裁平成●●年（○○）第●●号同７年１２月１９日第三小法廷判決・民集４９巻１０号３１２１頁参照）。
他方、資産の低額譲渡の場合に上記の計算によって益金が計上されるとき、譲渡の対価の額と当該資産の譲渡の時における価額との差額のうち実質的に贈与をしたと認められる金額は損金計上の対象たる寄附金の額に含まれるのであるが（法人税法３７条８項）、寄附金の額について政令で定めるところにより計算した金額を超える部分の金額は、損金の額に算入されない（同条１項）。これは、法人が支出した寄附金の全額を無条件で損金に算入するとすれば、法人税の減収を招き、国の財政収入の確保を阻害するばかりでなく、寄附金の出捐による法人の負担が、法人税の減収を通じて国に転嫁され、課税の公平上適当ではない一方で、法人が支出する寄附金には、それが法人の収益を生み出すのに必要な費用としての側面を有するものもあり、これを客観的に判定することが困難であることから、統一的な損金算入制度を設けたものと解される。
以上のとおり、法人税法は、資産の低額譲渡がされた場合、当該資産の譲渡の対価の額のほか、同資産の譲渡時における時価との差額も益金の額に含めるべきものとした上で、その場合に寄附金に該当する金額については所定の限度でしか損金に算入しないという態度を取っているものである。
ウ 上記のような法人税法の定めがある中、同法６１条の２第１項は、同法２２条２項の「別段の定め」として、平成１２年法律第１４号による法人税法６１条の２新設により定められたものである（以下「平成１２年度改正」という。）。
法人税法６１条の２第１項が設けられた趣旨は、次のとおりである。すなわち、平成１２年度改正前は、有価証券の譲渡損益の額について、譲渡収入の額の合計額から譲渡原価の額を控除し、一事業年度分を一括して計算することを前提に、期末時の評価額の計算の規定が設けられていたが、この規定によると、譲渡収入及び譲渡原価はそれぞれ総額で認識されるとともに、低価法による評価損は、期末評価額の算定要素となることを通じて譲渡原価を構成することになり、独自に損益項目として計上されることはない仕組みとなっていた。しかしながら、現に行われている有価証券の譲渡損益の額の計算及び処理は、譲渡の取引ごとに正味の譲渡損益の額を計算してその合計額を利益又は損失として損益計算書に計上するとともに、低価法による評価損がある場合には、別途、評価損として損益計算書に計上するというものであったので、平成１２年度改正前は法人税法の規定と実際に行われている運用との間で相違が生じていたから、その相違を解消するために同条が設けられたものである（乙３７）。
以上のとおりであって、同項は、有価証券について資産の無償譲渡や低額譲渡に係る上記イで見た法人税法の定めと異なる取扱いを新たに行うとの趣旨で設けられたものではない。
エ 原告は、法人税法６１条の２第１項１号所定の「譲渡に係る対価の額」の文言は、素直に読めば、譲渡対価額を意味するし、同法３７条８項では、譲渡対価額と譲渡時価額とを使い分けていることをも踏まえると、「譲渡に係る対価の額」とは譲渡当事者間で合意された対価額をいうものと解すべきである旨主張する。
しかしながら、法人税法が資産の無償譲渡ないし低額譲渡につき前記イのような定めをしており、また、上記ウで見たとおり、同法６１条の２第１項もかかる定めと異なる取扱いをする趣旨で設けられたものとは解されないことに照らすと、同項１号の定めは、同法２２条２項や同法３７条８項と整合的に解釈されるべきである。また、同法６１条の２第１項１号が同法３７条８項の定める「譲渡（中略）の対価の額」とは異なる「譲渡に係る対価の額」という多少の評価が介在する余地のある文言を用いていることにも照らすと、同法６１条の２第１項１号と同法３７条８項がそれぞれ定める「対価」についての解釈は異なり得るものといえる。
以上のような観点からすれば、法人税法６１条の２第１項１号の定める「譲渡に係る対価の額」とは、譲渡時における時価をいうものと解するのが相当である。
（２）時価について
ア 以上のとおり、法人税法６１条の２第１項１号の定める「譲渡に係る対価の額」とは譲渡時における時価をいうものと解すべきところ、原告は、近時では取引所外取引を含めた多様な取引が行われるようになっているし、譲渡株式がＦの上場株式の場合であっても、取引時間中には同一銘柄の株式につき終値以外の価額での取引が行われている以上、同取引所における取引の終値を唯一無二の時価とすべきではなく、時価は幅を持ったものとして考えるべきであるから、終値をおおむね１０パーセント程度下回る価額でされた本件譲渡は、時価の範囲内でされたものであり、低額譲渡に該当せず、したがって寄附金にも該当しない旨主張する。
しかしながら、時価は、低額譲渡や寄附金該当性についての判断基準として用いられるものであるから、課税の明確性や公平を確保する観点からは、一定の客観的な基準によって認定された価額であることが要請されるものというべきである。そして、証券取引所に上場されている株式の公表されている価格は、市場を通じた不特定多数の当事者間の自由な取引によって成立した客観的なものであり、当該取引日の終値は、例えば、日本公認会計士協会作成の金融商品会計に関する実務指針が、株式に付すべき時価は市場価格とし、市場において公表されている取引価格を優先適用し、終値がなければ気配値を適用することや当日に終値も気配値も公表されていない場合には、同日前直近において公表された終値又は気配値とするとする（乙３９）など、一般に時価として広く認識され利用されているといえる。そうすると、特段の事情のない限り、証券取引所に上場されている株式につき取引日の終値をもって時価とするのは合理的なものというべきである。
イ 原告は、国外関連者との取引に係る課税の特例について定めた移転価格税制においては、上場株式の時価が幅のある概念であることを認めていると主張する。この点、租税特別措置法６６条の４第１項は、法人が出資関係等において所定の要件を満たす国外関連者との間で独立企業間価格と異なる対価で取引（国外関連取引）をした場合には、その取引は独立企業間価格で行われたものとみなして法人税関係法令を適用するものと定め、同条２項は、独立企業間価格とは、「国外関連取引が次の各号に掲げる取引のいずれに該当するかに応じ当該各号に定める方法のうち、当該国外関連取引の内容及び当該国外関連取引の当事者が果たす機能その他の事情を勘案して、当該国外関連取引が独立の事業者の間で通常の取引の条件に従って行われるとした場合に当該国外関連取引につき支払われるべき対価の額を算定するための最も適切な方法により算定した金額」とした上で、同項各号でいくつかの算定方法を定めているところである。上記条項が原告のいうような幅のある概念を認めているものかどうかは措くとしても、移転価格税制は、国際的経済活動の活発化に伴って、我が国の企業が、国外の関連企業（親会社、子会社等）に低価で資産の譲渡等を行い、又は国外の関連企業から高価で資産の譲渡等を受けることによって、所得が我が国から国外に移転し、その結果租税債務がゆがめられるという事態に対処するため、国外関連企業との間の取引（国外関連取引）における上記のような価格設定の結果、所得が国外に移転しているとみられる場合には、その取引を正常な状態に引き直して課税所得を算定することにより、租税債務のゆがみを取り除く制度として設けられたものであって、かかる目的と国外関連取引という特殊事情を踏まえて、独立企業間価格という概念を定め、その具体的算定方法を法定したものと解されるから、法人税法２２条や同法６１条の２の定めとは制度が異なるものというべきである。したがって、後者において問題となる時価の判断につき独立企業間価格におけると同様に幅のある算定を認めるべきという主張は採用できない。
ウ 原告は、本件譲渡株式は、原告を含めたグループ会社が取引先との関係を維持するために保有しているものであり、交渉の結果、Ｆの終値よりも低額で譲渡することになったなどと主張するが、かかる事情はグループ会社内のいわば閉ざされた取引環境の中における特殊事情にとどまるものであって、不特定多数の当事者の自由な取引によって成立する客観的な価額としての時価の認定に際して考慮すべき特段の事情に当たるとはいえない。本件において、Ｆの終値をもって時価とすべきでない特段の事情があるとはいえない。
（３）寄附金該当性について
ア 以上のとおり、証券取引所に上場された株式譲渡が低額譲渡に当たるかどうかについては、取引日における終値を時価とした上で判断されるべきところ、原告は、時価と譲渡の対価の差額が寄附金に当たるためにはそれが「実質的に贈与をしたと認められる金額」である必要がある以上（法人税法３７条８項）、寄附金に当たるといえるためには低額譲渡をした法人が贈与の意思を有していたことを裏付ける事情が必要であり、その主張立証責任は被告にある旨主張する。
この点、一定の金額を超える寄附金の額の損金不算入を定めた法人税法３７条の趣旨は、前記（１）イで見たとおりであり、これに加えて、同条７項が、寄附金の額とは、どのような名義をもってするかを問わず、法人が金銭その他の資産又は経済的な利益の贈与又は無償の供与をした場合における当該金銭の額若しくは金銭以外の資産のその贈与の時における価額又は経済的な利益のその供与の時における価額によるものとする旨を規定し、同条８項に規定する場合も上記寄附金に含まれるとしていることからすれば、同条８項に定める「実質的に贈与又は無償の供与をした」とは、金銭その他の資産又は経済的な利益を対価なく他に移転する場合であって、その行為について通常の経済取引として是認することができる合理的な理由が存在しないものを指すものと解するのが相当である。
イ 以上の観点から、本件についてみると、原告は、本件譲渡に係る対価を、当該譲渡日における譲渡対象株式の証券取引所における終値をおおむね１０パーセント下回るものにしたというのであり、終値に比してたまたま低額譲渡になったのでもないのであって、時価を踏まえた上で意識的にかかる低額の譲渡をしたことは明らかであり、この点について経済取引として是認することができる合理的な理由の存在をうかがわせる事情は認められない。
なお、前記（２）ウで見たとおり、原告は、本件譲渡株式は、原告を含めたグループ会社が取引先との関係を維持するために保有しているものであり、原告を含めたグループ会社内での移動のみが可能であったし、平成１５年株式売買取引について寄附金該当性が問題とならなかったから、本件譲渡は時価の範囲内にある旨主張しているところであるが、念のため、これらの事情によれば本件譲渡株式に係る低額譲渡につき経済取引として是認することができる合理的な理由があるといえるかどうかにつき検討すると、前者の事情については、仮にグループ会社内での移動のみが可能であったとしても、そのことから終値をおおむね１０パーセント下回る額を譲渡対価として取引することに経済的合理性があるということはできないし、後者の事情も、かかる取引の経済的合理性を裏付けるものとはいえない。
そうすると、上記事情があるからといって、低額譲渡につき上記の合理的な理由があるとはいえない。
（４）以上によれば、本件譲渡差額が寄附金として認定されたことは適法である。
４ 争点（４）（過少申告加算税に係る「正当な理由」（通則法６５条４項）の有無）について（１）原告は、平成１５年３月に、取引所の終値をおおむね１０パーセント程度下回る価額での平成１５年株式売買取引が実施されたが、そのことについて、平成１７年に実施された税務調査では課税処分を受けなかったし、上記税務調査を担当した調査官も上記のような取引を問題としないような対応をしていたから、過少申告加算税の賦課決定処分に関し、通則法６５条４項に規定する「正当な理由」がある旨主張する。
（２）申告納税方式による国税は、納税者の申告により確定することを原則とするため、適正な申告がされることが重要な意義を有することになる。そのため、過少申告加算税は、過少申告による納税義務違反の事実があれば、原則として当然にその違反者に対し課されるものであり、これによって当初から適法に申告し納税した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに、過少申告による納税義務違反の発生を防止し、適正な申告納税の実現を図り、もって納税の実を挙げようとする行政上の措置である。このような趣旨に照らせば、過少申告があっても例外的に過少申告加算税が課されない場合として通則法６５条４項が定めた「正当な理由があると認められる」場合とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお、なお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解するのが相当である（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１８年４月２０日第一小法廷判決・民集６０巻４号１６１１頁、最高裁平成●●年（○○）第●●号、第●●号同１８年４月２５日第三小法廷判決・民集６０巻４号１７２８頁）。
（３）これを本件についてみると、甲会長は、その陳述書（甲１８）において、かつてＢグループに属する会社で第三者割当増資を行った際に、上場株式について第三者割当増資を行う場合の発行価格は、証券取引所の平均終値のおおむね９０パーセント以上の価格であれば問題ないとされていることを知り、平成１７年に実施されたＤの税務調査に際して、平成１５年株式売買取引の価額決定方法を聞かれた際に、甲会長が、上記第三者割当増資の話を引き合いに出し、「終値を１０パーセントくらい下回っても問題ないだろう」と話したところ、担当の調査官がこれをそのまま受け入れ、平成１５年３月期についての課税処分がされた際に上記株式売買取引については問題とされなかったことから、その後も終値を１０パーセント程度下回る価格で取引をしたものであり、原告が本件譲渡は低額譲渡に当たらないものとして申告をしたことについて正当な理由がある旨を述べる。
しかしながら、上記のような担当調査官とのやりとりがされたことを裏付けるだけの具体的、客観的証拠はないし、甲会長の陳述書で述べられる担当調査官の態度は明瞭でなく具体性を欠くものにとどまっていることからすれば、仮に上記のとおりのやりとりがあったとしても、それが積極的に甲会長の見解を支持したと認め得るだけのものであるとはいえないのであって、同調査官がその問題を特段取り上げなかったことをもって甲会長がこれを自己に有利なように解釈したものと見る余地も多分にあるといわざるを得ない。また、平成１５年３月期についての課税処分がされた際に上記株式売買取引については問題とされなかったというのであるが、これを問題としなかったことのみをもって当該取引についての税務処理が正しいことを表明したとか、その後も同様の取扱いがされることを処分行政庁側において表明したものとかいえるものではない。そして、第三者割当増資の際の発行価格について原告主張のような取扱いがされているとしても、増資と株式の譲渡とは異なるものであるから、前者について原告のいうような取扱いがされているからといって、後者における低額譲渡の取扱いが当然に原告の主張するようなものになるとはいい難い。
以上検討してきたところによれば、仮に平成１５年３月期の課税処分において原告主張のような事実があったとしても、それをもって、本件譲渡が低額譲渡に当たらないことを前提に原告が申告をしたことにつき、真に原告の責めに帰することのできない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお原告に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合とは認められない。
（４）よって、原告の本件譲渡株式に係る過少申告加算税の賦課決定処分に関し通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるとの主張には理由がない。
５ 以上のほか、前記２のとおり、本件青色申告承認取消処分は適法なものであるから、原告は、平成１６年６月期以後の各事業年度において生じた欠損金額に相当する金額をそれ以後の各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入することはできないこととなる（法人税法５７条参照）。そして、以上に述べたところ及び弁論の全趣旨によれば、本件における法人税の更正処分、各再更正処分及び各過少申告加算税賦課決定処分は、別紙２「本件法人税更正処分・各再更正処分の根拠及び適法性」及び別紙３「本件各過少申告加算税賦課決定処分の根拠及び適法性」のとおり、いずれも適法なものと認められる。
第４ 結論
よって、本件訴えのうち、職権で取り消された平成１６年６月期の法人税更正処分の取消しを求める部分は、訴えの利益がなく、不適法であるからこれを却下し、原告のその余の訴えに係る請求は理由がないからこれらをいずれも棄却することとし、主文のとおり判決する。東京地方裁判所民事第５１部
裁判長裁判官小林宏司
裁判官桃崎剛
裁判官中村仁子
（別紙１）
指定代理人目録
竹内京子、齋藤誠密、小原弘行、前山静夫、村手康之、泉絢也
以上
（別紙２）
本件法人税更正処分・各再更正処分の根拠及び適法性
１ 本件法人税更正処分・各再更正処分の根拠
（１）平成１７年１２月期法人税更正処分の根拠
ア 所得金額（別表２・順号⑮）
２億９８５９万２８２１円
上記金額は、下記（ア）の金額に（イ）の金額及び（ウ）の金額を加算し、下記（エ）の金額を減算した金額である。
（ア）申告所得金額（別表２・順号①）
０円
上記金額は、原告が平成１８年３月３１日に下館税務署長に提出した平成１７年１２月期の法人税の確定申告書（以下「平成１７年１２月期法人税確定申告書」という。乙２４の１～３）に記載された所得金額と同額である。
（イ）減価償却費の償却超過額（別表２・順号②）
５０８０万４８０２円
上記金額は、原告が、平成１７年１２月期の損金の額に算入した、租税特別措置法（平成１７年法律第２１号による改正前のもの。（１）において同じ。）４２条の６第１項に規定する機械等の特別償却の金額（別表３－１の順号①から⑨までの「特別償却費」欄の金額）及び同法４２条の１１第１項に規定する特別償却の金額（同表の順号⑩から⑫までの「特別償却費」欄の金額）の合計額である（以下、原告が本件各事業年度において同法の規定を適用して損金の額に算入した特別償却費の金額を「本件特別償却費」という。）。租税特別措置法４２条の６及び同法４２条の１１の各規定の適用は青色申告書を提出することが要件となるところ、本件青色申告承認取消処分を受けたことにより、平成１７年１２月期法人税確定申告書は、青色申告書以外の申告書となり、租税特別措置法４２条の６及び同法４２条の１１の各規定の適用要件を満たさなくなったことから、償却限度超過額として損金の額に算入されないこととなる金額である。
（ウ）欠損金の損金算入額の過大額（別表２・順号④）
２億４８７０万６４３３円
上記金額は、原告が、平成１７年１２月期法人税確定申告書において、平成１６年６月期の欠損金額のうち法人税法（平成１７年法律第２１号による改正前のもの。以下（１）において同じ。）５７条１項の規定により損金の額に算入された金額であるところ（乙２４の２、３）、本件青色申告承認取消処分を受けたことにより、平成１６年６月期の法人税の確定申告書は、青色申告書以外の申告書となり、同条１１項に規定する「第１項の規定は、同項の内国法人が欠損金額（括弧内省略）の生じた事業年度について青色申告書である確定申告書を提出し」との要件に該当しなくなったため、同条１項の規定は適用されず、同金額は当事業年度の損金の額に算入されない。
（エ）寄附金の損金不算入額の減少額（別表２・順号⑫）
９１万８４１４円
上記金額は、平成１７年１２月期法人税確定申告書の所得金額の算出において寄附金の損金不算入額９１万８４１４円として加算した金額であるところ、所得金額の増加に伴い法人税法３７条３項及び４項の規定に基づき寄附金の損金算入限度額を再計算した結果、下記ａの平成１７年１２月期に支出した寄附金の額１億１０１４万円が同ｂの寄附金の損金算入限度額１億１０４９万１７０６円の範囲内となったことから、同ｃの寄附金の損金不算入額９１万８４１４円は損金の額に算入されることとなる。
ａ 平成１７年１２月期に支出した寄附金の額
１億１０１４万円
上記金額は、原告が平成１７年１２月期において支出した下記（ａ）ないし（ｃ）の寄附金の額の合計額である。
（ａ）指定寄附金等の金額（法人税法３７条４項２号）
１億０００４万円
上記金額は、平成１７年１２月期法人税確定申告書に記載された指定寄附金等の金額である。
（ｂ）特定公益増進法人への寄附金額（法人税法３７条４項３号）
１０００万円
上記金額は、平成１７年１２月期法人税確定申告書に記載された特定公益増進法人への寄附金額である。
（ｃ）その他の寄附金額（上記（ａ）及び（ｂ）以外の寄附金額）
１０万円
上記金額は、平成１７年１２月期法人税確定申告書に記載されたその他の寄附金額である。
ｂ 寄附金の損金算入限度額
１億１０４９万１７０６円
上記金額は、①下記（ａ）の２４万円及び同（ｂ）の１０２１万１７０７円の合計額の２分の１に相当する金額５２２万５８５３円（法人税法３７条３項、同法施行令（平成１７年政令第９９号改正前のもの。以下（１）において同じ。）７３条１項１号）、②前記ａ（ａ）の指定寄附金等の金額１億０００４万円及び同ａ（ｂ）の特定公益増進法人への寄附金の損金算入限度額に相当する金額５２２万５８５３円（法人税法３７条４項３号括弧書き）の合計額である。
（ａ）資本金等の金額を基礎として計算した金額
２４万円
上記金額は、原告の平成１７年１２月期終了の時における資本金等の金額である９６００万円の１０００分の２．５に相当する金額であり（法人税法施行令７３条１項１号イ）、平成１７年１２月期法人税確定申告書に記載された金額である。
（ｂ）所得の金額を基礎として計算した金額
１０２１万１７０７円
上記金額は、①前記（ア）の平成１７年１２月期法人税確定申告書における申告所得金額０円から下記ｃの同確定申告書における寄附金の損金不算入額９１万８４１４円を減算し、②同金額に、前記（イ）の５０８０万４８０２円及び前記（ウ）の２億４８７０万６４３３円をそれぞれ加算し、③さらに、平成１７年１２月期法人税確定申告書の別表４に記載された、法人税額から控除する所得税額に係る損金不算入額１１万３１８３円及び法人税額から控除する外国法人税額に係る損金不算入額１５万１３４６円をそれぞれ減算（法人税法施行令７３条２項）して２億９８３２万８２９２円を算出し、④同金額に、同施行令７３条３項の規定に基づき前記ａの平成１７年１２月期に支出した寄附金の額１億１０１４万円を加算し、⑤その結果算出される４億０８４６万８２９２円（同施行令７３条１項１号ロに規定する平成１７年１２月期の所得の金額）の１００分の２．５に相当する金額である（同施行令７３条１項１号ロ）。
ｃ 平成１７年１２月期法人税確定申告書における寄附金の損金不算入額
９１万８４１４円
上記金額は、平成１７年１２月期法人税確定申告書に記載された寄附金の損金不算入額である。
イ 所得金額に対する法人税額（別表２・順号⑯）
８８９３万７６００円
上記金額は、前記アの所得金額２億９８５９万２８２１円（ただし、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）のうち、法人税法６６条及び平成１８年法律第１０号による廃止前の経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律１６条の各規定により、８００万円については１００分の２２の税率を、残額の２億９０５９万２０００円については１００分の３０の税率をそれぞれ乗じて計算した金額の合計額である。
ウ 控除所得税額等（別表２・順号⑳）
２６万４５２９円
上記金額は、下記（ア）の金額と同（イ）の金額の合計額である。
（ア）所得税額の控除額
１１万３１８３円
上記金額は、法人税法６８条の規定により、平成１７年１２月期法人税確定申告書に記載された所得税額の控除額である。
（イ）外国税額控除の控除額
１５万１３４６円
上記金額は、法人税法６９条の規定により、法人税額から控除する外国法人税額の対象として平成１７年１２月期法人税確定申告書に記載された外国税額の控除額である（乙２４の２）。
エ 納付すべき法人税額（別表２・順号㉑）
８８６７万３０００円
上記金額は、前記イの金額からウの金額を差し引いた金額（ただし、通則法１１９条１項により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
オ 既に納付の確定した法人税額（別表２・順号㉒）
△１１万３１８３円
上記金額は、平成１７年１２月期法人税確定申告書の「所得税額等の還付金額」欄に記載された金額と同額である。
カ 差引納付すべき法人税額（別表２・順号㉓）
８８７８万６１００円
上記金額は、前記エの金額からオの金額を差し引いた金額（ただし、通則法１１９条１項により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
（２）平成１８年１２月期法人税再更正処分の根拠
ア 所得金額（別表２・順号⑮）
３億２９４６万４６８８円
上記金額は、下記（ア）の金額に（イ）の金額、（ウ）の金額及び（エ）の金額を加算し、（オ）の金額、（カ）の金額及び（キ）の金額を減算した金額である。
（ア）申告所得金額（別表２・順号①）
２億７１４６万２５３３円
上記金額は、原告が平成１９年３月３０日に下館税務署長に提出した平成１８年１２月期の法人税の確定申告書（以下「平成１８年１２月期法人税確定申告書」という。乙２５の１～３）に記載された所得金額と同額である。
（イ）減価償却費の償却超過額（別表２・順号②）
４０４０万２９２０円
上記金額は、原告が、平成１８年１２月期法人税確定申告書において損金の額に算入した、租税特別措置法（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下（２）において同じ。）４２条の６第１項に規定する機械等の特別償却の金額（別表３－２の順号①から⑦までの「特別償却費」欄の金額）及び同法４２条の１１第１項に規定する特別償却の金額（同表の順号⑧及び⑨の「特別償却費」欄の金額）の合計額である。租税特別措置法４２条の６及び同法４２条の１１の各規定の適用は青色申告書を提出することが要件となるところ、本件青色申告承認取消処分を受けたこと（法人税法（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下（２）において同じ。）１２７条１項の規定）により、平成１８年１２月期法人税確定申告書は、青色申告書以外の申告書となり、租税特別措置法４２条の６及び同法４２条の１１の各規定の適用要件を満たさなくなったことから、原告が特別償却費として損金の額に算入した金額は償却限度超過額として損金の額に算入されないこととなる金額である。
（ウ）減価償却費の償却超過額（別表２・順号③）
２５２万９７２７円
上記金額は、原告が、平成１８年１２月期において損金の額に算入した本件少額減価償却資産の取得価額相当額（別表４－１の「取得価額」欄の合計金額）のうち、平成１８年１２月期について、法人税法３１条の規定に基づき計算した償却限度額（以下「普通償却限度額」という。同表の「償却限度額」欄の合計金額）を超えた金額（同表の「償却超過額」欄の合計金額）である。原告は、平成１８年１２月期法人税確定申告書において、租税特別措置法６７条の５の規定に基づき、上記取得価額相当額を損金の額に算入していたが、同条の適用は青色申告書を提出することが要件となるところ、本件青色申告承認取消処分を受けたことにより、平成１８年１２月期法人税確定申告書は、青色申告書以外の申告書となり、同条の適用要件を満たさなくなったことから、原告が損金の額に算入した金額のうち普通償却限度額を超えた金額は、償却限度超過額として損金の額に算入されないこととなる。
（エ）欠損金の損金算入額の過大額（別表２・順号④）
５２６７万５６２０円
上記金額は、原告が、平成１８年１２月期法人税確定申告書において、平成１６年６月期の欠損金額のうち法人税法５７条１項の規定により損金の額に算入した金額であるところ（乙２５の２、３）、本件青色申告承認取消処分を受けたことにより、平成１６年６月期の確定申告書は、青色申告書以外の申告書となり、同条１０項に規定する「第１項の規定は、同項の内国法人が欠損金額（括弧内省略）の生じた事業年度について青色申告書である確定申告書を提出し」との要件に該当しなくなったため、同条１項の規定は適用されず、同金額は当事業年度の損金の額に算入されない。
（オ）減価償却費の償却超過額の損金算入額（別表２・順号⑨）
９０８万０７３４円
上記金額は、前記（１）ア（イ）の本件特別償却費に係る償却限度超過額のうち、平成１８年１２月期の普通償却限度額（別表５－１の「償却限度額」欄の合計金額）として計算された金額である。当該金額は、平成１７年１２月期法人税確定申告書において償却費として損金経理された金額であることから、法人税法３１条１項の規定により、平成１８年１２月期の損金の額に算入される。
（カ）寄附金の損金不算入額の減少額（別表２・順号⑫）
１３万６５７８円
上記金額は、①下記ｃの平成１８年１２月期法人税確定申告書に記載された寄附金の損金不算入額３８８万７９９２円から、②同ａの寄附金の額１億１５０３万円のうち、法人税法３７条３項及び４項の規定に基づき寄附金の損金算入限度額を再計算した同ｂの金額１億１１２７万８５８６円を超える部分の金額である３７５万１４１４円（平成１８年１２月期法人税再更正処分における寄附金の損金不算入額）を差し引いた金額であり、平成１８年１２月期法人税再更正処分により減少した寄附金の損金不算入額であって、平成１８年１２月期の損金の額に算入される。
ａ 平成１８年１２月期に支出した寄附金の額
１億１５０３万円
上記金額は、原告が平成１８年１２月期において支出した下記（ａ）及び（ｂ）の寄附金の額の合計額である。
（ａ）指定寄附金等の金額（法人税法３７条４項２号）
１億０００３万円
上記金額は、平成１８年１２月期法人税確定申告書に記載された指定寄附金等の金額である。
（ｂ）特定公益増進法人への寄附金額（法人税法３７条４項３号）
１５００万円
上記金額は、平成１８年１２月期法人税確定申告書に記載された特定公益増進法人への寄附金額である。
ｂ 寄附金の損金算入限度額
１億１１２７万８５８６円
上記金額は、①下記（ａ）の２４万円及び同（ｂ）の１１００万８５８６円の合計額の２分の１に相当する金額５６２万４２９３円（法人税法３７条３項、同法施行令７３条１項１号）、②前記ａ（ａ）の指定寄附金等の金額１億０００３万円及び同ａ（ｂ）の特定公益増進法人への寄附金の損金算入限度額に相当する金額５６２万４２９３円（法人税法３７条４項３号括弧書き）の合計額である。
（ａ）資本金等の金額を基礎として計算した金額
２４万円
上記金額は、原告の平成１８年１２月期終了の時における資本金等の金額である９６００万円の１０００分の２．５に相当する金額であり（法人税法施行令（平成１８年政令第１２５号による改正前のもの。以下（２）において同じ。）７３条１項１号イ）、平成１８年１２月期法人税確定申告書に記載された金額である。
（ｂ）所得の金額を基礎として計算した金額
１１００万８５８６円
上記金額は、①前記（ア）の平成１８年１２月期法人税確定申告書における申告所得金額２億７１４６万２５３３円から下記ｃの同確定申告書における寄附金の損金不算入額３８８万７９９２円を減算し、②同金額に、前記（イ）の４０４０万２９２０円、前記（ウ）の２５２万９７２７円及び前記（エ）の５２６７万５６２０円をそれぞれ加算し、③同金額から、前記（オ）の９０８万０７３４円及び下記（キ）の２８３８万８８００円をそれぞれ減算し、④さらに、平成１８年１２月期法人税確定申告書に記載された、法人税額から控除する所得税額に係る損金不算入額１２万７６２６円及び法人税額から控除する外国法人税額に係る損金不算入額２７万２１９１円をそれぞれ減算（法人税法施行令７３条２項）して３億２５３１万３４５７円を算出し、⑤同金額に、同施行令７３条３項の規定に基づき前記ａの平成１８年１２月期に支出した寄附金の額１億１５０３万円を加算し、⑥その結果算出される４億４０３４万３４５７円（同施行令７３条１項１号ロに規定する平成１８年１２月期の所得の金額）の１００分の２．５に相当する金額である（同施行令７３条１項１号ロ）。
ｃ 平成１８年１２月期法人税確定申告書における寄附金の損金不算入額
３８８万７９９２円
上記金額は、平成１８年１２月期法人税確定申告書に記載された寄附金の損金不算入額である。
（キ）事業税相当額の損金算入額（別表２・順号⑬）
２８３８万８８００円
上記金額は、平成１７年１２月期法人税更正処分により、地方税法７２条の２４の７の規定に基づき計算した、原告が納付することとなる事業税相当額の増加額である。
イ 所得金額に対する法人税額（別表２・順号⑯）
９８１９万９２００円
上記金額は、前記アの所得金額３億２９４６万４６８８円（ただし、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）のうち、法人税法６６条及び平成１８年法律第１０号による廃止前の経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律１６条の各規定により、８００万円については１００分の２２の税率を、残額の３億２１４６万４０００円については、１００分の３０の税率をそれぞれ乗じて計算した金額の合計額である。
ウ 控除所得税額等（別表２・順号⑳）
３９万９８１７円
上記金額は、下記（ア）の金額と同（イ）の金額の合計額である。
（ア）所得税額の控除額
１２万７６２６円
上記金額は、法人税法６８条の規定により、平成１８年１２月期法人税確定申告書に記載された所得税額の控除額である。
（イ）外国税額控除の控除額
２７万２１９１円
上記金額は、法人税法６９条の規定により、平成１８年１２月期法人税確定申告書に記載された外国税額の控除額４２万３５３７円から、前記（１）ウ（イ）の平成１７年１２月期において控除した外国法人税額１５万１３４６円を差し引いた金額である。
エ 納付すべき法人税額（別表２・順号㉑）
９７７９万９３００円
上記金額は、前記イの金額からウの金額を差し引いた金額（ただし、通則法１１９条１項により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
オ 既に納付の確定した法人税額（別表２・順号㉒）
７９７７万７３００円
上記金額は、平成１８年１２月期法人税確定申告書の「差引所得に対する法人税額」欄に記載された金額と同額である。
カ 差引納付すべき法人税額（別表２・順号㉓）
１８０２万２０００円
上記金額は、前記エの金額からオの金額を差し引いた金額（ただし、通則法１１９条１項により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
（３）平成１９年１２月期法人税再更正処分の根拠
ア 所得金額（別表２・順号⑮）
４億１５５７万２１５５円
上記金額は、下記（ア）の金額に（イ）の金額及び（ウ）の金額を加算し、（エ）の金額、（オ）の金額、（カ）の金額及び（キ）の金額を減算した金額である。
（ア）申告所得金額（別表２・順号①）
３億８４８８万９１２３円
上記金額は、原告が平成２０年３月３１日に下館税務署長に提出した平成１９年１２月期の法人税の確定申告書（以下「平成１９年１２月期法人税確定申告書」という。乙２６の１～３）に記載された所得金額と同額である。
（イ）減価償却費の償却超過額（別表２・順号②）
５０４８万３４００円
上記金額は、原告が、平成１９年１２月期法人税確定申告書において損金の額に算入した、租税特別措置法（平成１９年法律第６号による改正前のもの。以下（３）において同じ。）４２条の６第１項に規定する機械等の特別償却の金額（別表３－３の順号①から⑪までの「特別償却費」欄の金額）である。同条の適用は青色申告書を提出することが要件となるところ、本件青色申告承認取消処分を受けたことにより、平成１９年１２月期法人税確定申告書は、青色申告書以外の申告書となり、同条の適用要件を満たさなくなったことから、原告が特別償却費として損金の額に算入した金額は償却限度超過額として損金の額に算入されないこととなる金額である。
（ウ）減価償却費の償却超過額（別表２・順号③）
２４５万９４５３円
上記金額は、原告が、平成１９年１２月期において損金の額に算入した本件少額減価償却資産の取得価額相当額（別表４－２の「取得価額」欄の合計金額）のうち、平成１９年１２月期の普通償却限度額（同表の「償却限度額」欄の合計金額）を超えた金額（同表の「償却超過額」欄の合計金額）である。原告は、平成１９年１２月期法人税確定申告書において、租税特別措置法６７条の５の規定に基づき、上記取得価額相当額を損金の額に算入していたが、同条の適用は青色申告書を提出することが要件となるところ、本件青色申告承認取消処分を受けたことにより、平成１９年１２月期法人税確定申告書は、青色申告書以外の申告書となり、同条の適用要件を満たさなくなったことから、原告が損金の額に算入した金額のうち普通償却限度額を超えた金額は、償却限度超過額として損金の額に算入されないこととなる。
（エ）減価償却費の償却超過額の損金算入額（別表２・順号⑨）
１５０９万４７３２円
上記金額は、前記（１）ア（イ）及び同（２）ア（イ）の本件特別償却費に係る減価償却費の償却超過額のうち、平成１９年１２月期の普通償却費の償却限度額（別表５－２の「償却限度額」欄の合計金額）として計算された金額である。当該金額は、平成１７年１２月期法人税確定申告書及び平成１８年１２月期法人税確定申告書において償却費として損金経理された金額であることから、法人税法（平成１９年法律第６号による改正前のもの。以下（３）において同じ。）３１条１項の規定により、損金の額に算入される。
（オ）減価償却費の償却超過額の損金算入額（別表２・順号⑩）
８１万０１４５円
上記金額は、前記（２）ア（ウ）の本件少額減価償却資産に係る償却限度超過額のうち、平成１９年１２月期の普通償却限度額（別表６－１の「償却限度額」欄の合計金額）として計算された金額である。当該金額は、平成１８年１２月期法人税確定申告書において償却費として損金経理された金額であることから、法人税法３１条１項の規定により、損金の額に算入される。
（カ）寄附金の損金不算入額の減少額（別表２・順号⑫）
７８万６７４４円
上記金額は、①下記ｃの平成１９年１２月期法人税確定申告書に記載された寄附金の損金不算入額１９９１万９０３２円から、②同ａの寄附金の額３０２５万５０００円のうち、法人税法３７条１項、３項及び４項の規定により計算した同ｂの金額１１１２万２７１２円を超える部分の金額である１９１３万２２８８円（平成１９年１２月期法人税再更正処分における寄附金の損金不算入額）を差し引いた金額であり、平成１９年１２月期法人税再更正処分により減少した寄附金の損金不算入額であって、平成１９年１２月期の損金の額に算入される金額である。
ａ 平成１９年１２月期に支出した寄附金の額
３０２５万５０００円
上記金額は、原告が平成１９年１２月期において支出した下記（ａ）ないし（ｃ）の寄附金の額の合計額である。
（ａ）指定寄附金等の金額（法人税法３７条３項２号）
２３万円
上記金額は、平成１９年１２月期法人税確定申告書に記載された指定寄附金等の金額である。
（ｂ）特定公益増進法人への寄附金額（法人税法３７条４項）
３０００万円
上記金額は、平成１９年１２月期法人税確定申告書に記載された特定公益増進法人への寄附金額である。
（ｃ）その他の寄附金額（上記（ａ）及び（ｂ）以外の寄附金額）
２万５０００円
上記金額は、平成１９年１２月期法人税確定申告書に記載されたその他の寄附金額である。
ｂ 寄附金の損金算入限度額
１１１２万２７１２円
上記金額は、①下記（ａ）の２４万円及び同（ｂ）の１０６５万２７１２円の合計額の２分の１に相当する金額５４４万６３５６円（法人税法３７条１項、法人税法施行令（平成１９年政令第８３号による改正前のもの。以下（３）において同じ。）７３条１項１号）、②前記ａ（ａ）の指定寄附金等の金額２３万円及び同ａ（ｂ）の特定公益増進法人への寄附金の損金算入限度額に相当する金額５４４万６３５６円（法人税法３７条４項）の合計額である。
（ａ）資本金等の金額を基礎として計算した金額
２４万円
上記金額は、原告の平成１９年１２月期終了の時における資本金等の金額である９６００万円の１０００分の２．５に相当する金額であり（法人税法施行令７３条１項１号イ）、平成１９年１２月期法人税確定申告書に記載された金額である。
（ｂ）所得の金額を基礎として計算した金額
１０６５万２７１２円
上記金額は、①前記（ア）の平成１９年１２月期法人税確定申告書における申告所得金額３億８４８８万９１２３円から下記ｃの同確定申告書における寄附金の損金不算入額１９９１万９０３２円を減算し、②同金額に、前記（イ）の５０４８万３４００円及び前記（ウ）の２４５万９４５３円をそれぞれ加算し、③同金額から、前記（エ）の１５０９万４７３２円、前記（オ）の８１万０１４５円及び下記（キ）の５５６万８２００円をそれぞれ減算し、④さらに、平成１９年１２月期法人税確定申告書に記載された、法人税額から控除する所得税額に係る損金不算入額３０万９４８７円及び法人税額から控除する外国法人税額に係る損金不算入額２７万６８７６円をそれぞれ減算（法人税法施行令７３条２項）して３億９５８５万３５０４円を算出し、⑤同金額に、同施行令７３条３項の規定に基づき前記ａの平成１９年１２月期に支出した寄附金の額３０２５万５０００円を加算し、⑥その結果算出される４億２６１０万８５０４円（同施行令７３条１項１号ロに規定する平成１９年１２月期の所得の金額）の１００分の２．５に相当する金額である（同施行令７３条１項１号ロ）。
ｃ 平成１９年１２月期法人税確定申告書における寄附金の損金不算入額
１９９１万９０３２円
上記金額は、平成１９年１２月期法人税確定申告書に記載された寄附金の損金不算入額である。
（キ）事業税相当額の損金算入額（別表２・順号⑬）
５５６万８２００円
上記金額は、平成１８年１２月期法人税再更正処分により、地方税法７２条の２４の７の規定に基づき計算した、原告が納付することとなる事業税相当額の増加額である。
イ 所得金額に対する法人税額（別表２・順号⑯）
１億２４０３万１６００円
上記金額は、前記アの所得金額４億１５５７万２１５５円（ただし、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）のうち、８００万円については法人税法６６条２項の規定により１００分の２２の税率を、残額の４億０７５７万２０００円については、同条１項の規定により１００分の３０の税率をそれぞれ乗じて計算した金額の合計額である。
ウ 課税対象留保金額に対する税額（別表２・順号⑱）
４０６万５０００円
上記金額は、法人税法６７条所定の課税対象留保金額に対する税額である。
原告は、平成１９年１２月期において、法人税法６７条１項に規定する特定同族会社に該当する（平成１９年１２月期法人税確定申告書別表２。乙２６の２）ところ、当該決算期について、原告は、租税特別措置法６８条の２〈経営革新計画を実施する中小企業者に対する特定同族会社の特別税率の不適用〉の規定を適用し、法人税法６７条〈特定同族会社の特別税率〉の規定を適用していなかった。しかしながら、租税特別措置法６８条の２の規定は青色申告書を提出することが適用要件となるところ、本件青色申告承認取消処分を受けたことにより、平成１９年１２月期法人税確定申告書は、青色申告書以外の申告書となり、同条の適用要件を満たさなくなったことから、原告が適用しなかった法人税法６７条の特別税率が適用されることとなる。
法人税法６７条所定の課税対象留保金額に対する税額の計算過程は、次のとおりである。
（ア）当期留保金額
２億４５２１万７１３８円
上記金額は、法人税法６７条３項の規定により、同項１号に掲げる平成１９年１２月期に係る所得金額（前記アの所得金額）のうち留保した金額３億９４２７万９６０２円から、①前記イの所得金額に対する法人税額１億２４０３万１６００円から下記エの控除所得税額５８万６３６３円を控除した金額１億２３４４万５２３７円と、②法人税法施行令１３９条の１０の規定により前記イの所得金額に対する法人税額から下記エ（イ）の控除外国税額２７万６８７６円を控除した金額１億２３７５万４７２４円に１００分の２０．７を乗じて算出した金額２５６１万７２２７円との合計額１億４９０６万２４６４円を控除した後の金額である。
（イ）留保控除額
２億０８１１万６９９６円
上記金額は、法人税法６７条５項の規定により算出した留保控除額であり、同項１号の適用により、前記アの所得金額４億１５５７万２１５５円と平成１９年１２月期法人税確定申告書に記載された受取配当等の益金不算入額６６万１８３７円との合計額に１００分の５０を乗じて算出した金額である。
（ウ）課税留保金額（別表２・順号⑰）
３７１０万円
上記金額は、前記（ア）の金額から同（イ）の金額を控除した金額（ただし、通則法１１８条１項の規定により、１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）である。
（エ）課税留保金額に対する税額（別表２・順号⑱）
４０６万５０００円
上記金額は、上記（ウ）の課税留保金額３７１０万円のうち、法人税法６７条１項の規定により、３０００万円については１００分の１０の税率を、残額の７１０万円については１００分の１５の税率をそれぞれ乗じて計算した金額の合計額である。
エ 控除所得税額等（別表２・順号⑳）
５８万６３６３円
上記金額は、下記（ア）の金額と同（イ）の金額の合計額である。
（ア）所得税額の控除額
３０万９４８７円
上記金額は、法人税法６８条の規定により、平成１９年１２月期法人税確定申告書に記載された所得税額の控除額である。
（イ）外国税額控除の控除額
２７万６８７６円
上記金額は、法人税法６９条の規定により、平成１９年１２月期法人税確定申告書に記載された外国税額の控除額である。
オ 納付すべき法人税額（別表２・順号㉑）
１億２７５１万０２００円
上記金額は、前記イの金額に同ウの金額を加算し、同エの金額を減算した金額（ただし、通則法１１９条１項により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
カ 既に納付の確定した法人税額（別表２・順号㉒）
９１２７万４９００円
上記金額は、平成１９年１２月期法人税確定申告書の「差引所得に対する法人税額」欄に記載された金額と同額である。
キ 差引納付すべき法人税額（別表２・順号㉓）
３６２３万５３００円
上記金額は、前記オの金額からカの金額を差し引いた金額である。
（４）平成２０年１２月期法人税再更正処分の根拠
ア 所得金額（別表２・順号⑮）
２億８２４２万４７１１円
上記金額は、下記（ア）の金額に（イ）の金額、（ウ）の金額、（エ）の金額、（オ）の金額及び（カ）の金額を加算し、（キ）の金額、（ク）の金額、（ケ）の金額及び（コ）の金額を減算した金額である。
（ア）申告所得金額（別表２・順号①）
１億７９４５万３１６４円
上記金額は、原告が平成２１年３月３１日に下館税務署長に提出した平成２０年１２月期の法人税の確定申告書（以下「平成２０年１２月期法人税確定申告書」という。乙２７の１、２）に記載された所得金額と同額である。
（イ）減価償却費の償却超過額（別表２・順号②）
１億２３２８万１７６０円
上記金額は、原告が、平成２０年１２月期法人税確定申告書において損金の額に算入した、租税特別措置法（平成２０年法律第２３号による改正前のもの。以下（４）において同じ。）４２条の６第１項に規定する機械等の特別償却の金額（別表３－４の順号①から⑳までの「特別償却費」欄の金額）である。租税特別措置法４２条の６の規定の適用は青色申告書を提出することが要件となるところ、本件青色申告承認取消処分を受けたことにより、平成１９年１２月期法人税確定申告書は、青色申告書以外の申告書となり、同条の適用要件を満たさなくなったことから、原告が特別償却費として損金の額に算入した金額は償却限度超過額として損金の額に算入されないこととなる金額である。
（ウ）減価償却費の償却超過額（別表２・順号③）
２２５万８９１７円
上記金額は、原告が、平成２０年１２月期において損金の額に算入した本件少額減価償却資産の取得価額相当額（別表４－３の「取得価額」欄の合計金額）のうち、平成２０年１２月期の普通償却限度額（同表の「償却限度額」欄の合計金額）を超えた金額（別表４－３の「償却超過額」欄の合計金額）である。原告は、平成２０年１２月期法人税確定申告書において、租税特別措置法６７条の５の規定に基づき、上記取得価額相当額を損金の額に算入していたが、同条の適用は青色申告書を提出することが要件となるところ、本件青色申告承認取消処分を受けたことにより、平成２０年１２月期法人税確定申告書は、青色申告書以外の申告書となり、同条の適用要件を満たさなくなったことから、原告が損金の額に算入した金額のうち普通償却限度額を超えた金額は、償却限度超過額として損金の額に算入されないこととなる。
（エ）福利厚生費の否認額（別表２・順号⑤）
３８０万円
上記金額は、東京都新宿区に所在する有限会社Ｅが原告に対して請求した健康管理契約金及び年間健康管理料（乙２８の１、２。以下「本件健康管理料等」という。）であり、原告が福利厚生費として損金の額に算入した金額である（乙２９）。本件健康管理料等は、甲会長及びＤの専務取締役である丁の健康管理のための費用であり（乙３０の１、２）、特定の者のみを対象とした費用であることから、当該各人の個人的費用に当たると認められ、原告が負担すべき費用ではないため、原告の損金の額に算入されない。
なお、この点について、甲会長は、本件健康管理料等が個人的費用であることを認めた上で、当該費用に係る支払額（３９９万円（当該費用に係る消費税及び地方消費税の額を含んだ金額）。乙２８の１、２）を原告から借り入れ、返還する内容の金銭消費貸借契約書（乙３１）を原告に提出しており、原告、被告間で争いはない。
（オ）受取利息の計上漏れ額（別表２・順号⑥）
５万３２００円
上記金額は、上記（エ）の金銭消費貸借契約書に記載されている利率に基づき算定された利息相当額である。
当該利息相当額５万３２００円（上記（エ）の福利厚生費の否認額３８０万円に当該費用に係る消費税等相当額１９万円を加算した金額に年２パーセントの貸付利息相当額を当該事業年度の貸付期間の月数で計算した金額）は、平成２０年１２月期の収益に計上すべきところ、原告が収益に計上していなかったことから、当該事業年度の益金の額に算入される。
（カ）寄附金の損金不算入額の増加額（別表２・順号⑦）
１３０万９００３円
上記金額は、①法人税法（平成２０年法律第２３号による改正前のもの。以下（４）において同じ。）３７条７項及び８項の寄附金に該当する下記ａの寄附金の額２４１５万４４９９円のうち、同条１項、３項及び４項の規定により計算した同ｂの金額７４６万８３２０円を超える部分の金額である１６６８万６１７９円（平成２０年１２月期法人税再更正処分における寄附金の損金不算入額）から、②同ｃの平成２０年１２月期法人税確定申告書に記載された寄附金の損金不算入額１５３７万７１７６円を控除した金額であり、平成２０年１２月期法人税再更正処分により増加した寄附金の損金不算入額であって、平成２０年１２月期の損金の額に算入されない。
ａ 平成２０年１２月期に支出した寄附金の額
２４１５万４４９９円
上記金額は、原告が平成２０年１２月期において支出した下記（ａ）ないし（ｃ）の寄附金の額の合計額である。
（ａ）指定寄附金等の金額（法人税法３７条３項２号）
１万円
上記金額は、平成２０年１２月期法人税確定申告書に記載された指定寄附金等の金額である。
（ｂ）特定公益増進法人への寄附金額（法人税法３７条４項）
２０１７万０２００円
上記金額は、平成２０年１２月期法人税確定申告書に記載された特定公益増進法人への寄附金額である。
（ｃ）その他の寄附金額（上記（ａ）及び（ｂ）以外の寄附金額）３９７万４２９９円上記金額は、下記Ⅰ及びⅡの金額の合計額である。
Ⅰ平成２０年１２月期法人税確定申告書に記載されたその他の寄附金額
２万５０００円
上記金額は、平成２０年１２月期法人税確定申告書に記載されたその他の寄附金額である。
Ⅱ本件譲渡差額
３９４万９２９９円
本件譲渡差額３９４万９２９９円は、原告がＣに対して贈与した金額と認められることから、Ｃに対する寄附金（法人税法３７条８項）の支出に該当する。
ｂ 寄附金の損金算入限度額
７４６万８３２０円
上記金額は、①下記（ａ）の２４万円及び同（ｂ）の７２１万８３２０円の合計額の２分の１に相当する金額３７２万９１６０円（法人税法３７条１項、法人税法施行令（平成２０年政令第１５６号による改正前のもの。以下（４）において同じ。）７３条１項１号）、②上記ａ（ａ）の指定寄附金等の金額１万円（法人税法３７条３項）及び同ａ（ｂ）の特定公益増進法人への寄附金の損金算入限度額に相当する金額３７２万９１６０円（同条４項）の合計額である。
（ａ）資本金等の金額を基礎として計算した金額
２４万円
上記金額は、原告の平成２０年１２月期終了の時における資本金等の金額である９６００万円の１０００分の２．５に相当する金額であり（法人税法施行令７３条１項１号イ）、平成２０年１２月期法人税確定申告書に記載された金額である。
（ｂ）所得の金額を基礎として計算した金額
７２１万８３２０円
上記金額は、①前記（ア）の平成２０年１２月期法人税確定申告書における申告所得金額１億７９４５万３１６４円から下記ｃの同確定申告書における寄附金の損金不算入額１５３７万７１７６円を減算し、②同金額に、前記（イ）の１億２３２８万１７６０円、（ウ）の２２５万８９１７円、（エ）の３８０万円及び上記（オ）の５万３２００円をそれぞれ加算し、③同金額から、下記（キ）の２２７７万４０２５円、下記（ク）の１４４万９２０８円、下記（ケ）の５６万２５００円及び下記（コ）の２９４万５６００円をそれぞれ減算し、④さらに、平成２０年１２月期法人税確定申告書に記載された、法人税額から控除する所得税額に係る損金不算入額３６万８１２７円及び法人税額から控除する外国法人税額に係る損金不算入額７９万２０９０円をそれぞれ減算（法人税法施行令７３条２項）して２億６４５７万８３１５円を算出し、⑤同金額に、同施行令７３条３項の規定に基づき上記ａの平成２０年１２月期に支出した寄附金の額２４１５万４４９９円を加算し、⑥その結果算出される２億８８７３万２８１４円（同施行令７３条１項１号ロに規定する平成２０年１２月期の所得の金額）の１００分の２．５に相当する金額である（同施行令７３条１項１号ロ）。
ｃ 平成２０年１２月期法人税確定申告書における寄附金の損金不算入額
１５３７万７１７６円
上記金額は、平成２０年１２月期法人税確定申告書に記載された寄附金の損金不算入額である。
（キ）減価償却費の償却超過額の損金算入額（別表２・順号⑨）
２２７７万４０２５円
上記金額は、前記（１）ア（イ）、同（２）ア（イ）及び同（３）ア（イ）の本件特別償却費に係る償却限度超過額のうち、平成２０年１２月期の普通償却限度額（別表５－３の「償却限度額」欄の合計金額）として計算された金額である。当該金額は、平成１７年１２月期法人税確定申告書、平成１８年１２月期法人税確定申告書及び平成１９年１２月期法人税確定申告書において償却費として損金経理された金額であることから、法人税法３１条１項の規定により、平成２０年１２月期の損金の額に算入される。
（ク）減価償却費の償却超過額の損金算入額（別表２・順号⑩）
１４４万９２０８円
上記金額は、前記（２）ア（ウ）及び同（３）ア（ウ）の本件少額減価償却資産に係る償却限度超過額のうち、平成２０年１２月期の普通償却限度額（別表６－２の「償却限度額」欄の合計金額）として計算された金額である。当該金額は、平成１８年１２月期法人税確定申告書及び平成１９年１２月期法人税確定申告書において償却費として損金経理された金額であることから、法人税法３１条１項の規定により、平成２０年１２月期の損金の額に算入される。
（ケ）固定資産除却損の損金算入額（別表２・順号⑪）
５６万２５００円
上記金額は、前記（３）ア（イ）の特別償却費に係る償却超過額のうち、原告が平成２０年１２月期において除却等した機械装置（別表３－３の順号③の機械装置）に係る償却超過額であり、平成２０年１２月期の損金の額に算入される金額である。
（コ）事業税相当額の損金算入額（別表２・順号⑬）
２９４万５６００円
上記金額は、平成１９年１２月期法人税再更正処分により、地方税法７２条の２４の７の規定に基づき計算した、原告が納付することとなる事業税相当額の増加額である。
イ 所得金額に対する法人税額（別表２・順号⑯）
８４０８万７２００円
上記金額は、前記アの所得金額２億８２４２万４７１１円（ただし、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）のうち、８００万円については法人税法６６条２項の規定により１００分の２２の税率を、残額の２億７４４２万４０００円については、同条１項の規定により１００分の３０の税率をそれぞれ乗じて計算した金額の合計額である。
ウ 控除所得税額等（別表２・順号⑳）
１１６万０２１７円
上記金額は、下記（ア）の金額と同（イ）の金額の合計額である。
（ア）所得税額の控除額
３６万８１２７円
上記金額は、法人税法６８条の規定により、平成２０年１２月期法人税確定申告書に記載された所得税額の控除額である。
（イ）外国税額控除の控除額
７９万２０９０円
上記金額は、法人税法６９条の規定により、平成２０年１２月期法人税確定申告書に記載された外国税額の控除額である。
エ 納付すべき法人税額（別表２・順号㉑）
８２９２万６９００円
上記金額は、前記イの金額からウの金額を差し引いた金額（ただし、通則法１１９条１項により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
オ 既に納付の確定した法人税額（別表２・順号㉒）
４８１７万９０００円
上記金額は、平成２０年１２月期法人税確定申告書の「差引所得に対する法人税額」欄に記載された金額と同額である。
カ 差引納付すべき法人税額（別表２・順号㉓）
３４７４万７９００円
上記金額は、前記エの金額からオの金額を差し引いた金額（ただし、通則法１１９条１項により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
２ 本件法人税更正処分・再更正処分の適法性
被告が本訴において主張する原告の本件各事業年度における差引納付すべき法人税額は、前記１（１）カ、（２）カ、（３）キ及び（４）カのとおり、平成１７年１２月期は８８７８万６１００円、平成１８年１２月期は１８０２万２０００円、平成１９年１２月期は３６２３万５３００円、平成２０年１２月期は３４７４万７９００円である。これに対して、本件法人税更正処分・再更正処分における差引納付すべき法人税額は、平成１７年１２月期は８８６８万３８００円、平成１８年１２月期は１７９４万９４００円、平成１９年１２月期は３６１６万９０００円、平成２０年１２月期は３４６９万７５００円である。
したがって、被告が本訴において主張する原告の本件各事業年度における差引納付すべき法人税額は、いずれも本件法人税更正処分・再更正処分における差引納付すべき法人税額を上回っているから、本件法人税更正処分・再更正処分はいずれも適法である。
（別紙３）
本件各過少申告加算税賦課決定処分の根拠及び適法性
１ 本件各過少申告加算税賦課決定処分の根拠
（１）平成１７年１２月期の過少申告加算税の額
１３２７万７０００円
上記金額は、①通則法６５条（平成１８年法律第１０号による改正前のもの。以下（１）において同じ。）１項の規定に基づき、平成１７年１２月期法人税更正処分により原告が新たに納付すべき法人税額８８６８万円に、１００分の１０の割合を乗じて算出した金額８８６万８０００円と、②同条２項の規定に基づき、上記新たに納付すべき税額８８６８万３８００円のうち期限内申告税額に相当する金額マイナス１１万３１８３円と５０万円とのいずれか多い金額である５０万円を超える部分に相当する税額８８１８万円（ただし、同法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に１００分の５の割合を乗じて算出した金額４４０万９０００円との合計額である。
（２）平成１８年１２月期の過少申告加算税の額
ア 平成１８年１２月期法人税賦課決定処分
１７２万円
上記金額は、通則法６５条１項の規定に基づき、平成１８年１２月期法人税更正処分により原告が新たに納付すべき法人税額１７２０万円に、１００分の１０を乗じて算出した金額である。
イ 平成１８年１２月期法人税再賦課決定処分
７万４０００円
上記金額は、通則法６５条１項の規定に基づき、平成１８年１２月期法人税再更正処分により原告が新たに納付すべき法人税額７４万円に、１００分の１０を乗じて算出した金額である。
（３）平成１９年１２月期の過少申告加算税の額
ア 平成１９年１２月期法人税賦課決定処分
３５７万３０００円
上記金額は、通則法６５条１項の規定に基づき、平成１９年１２月期法人税更正処分により原告が新たに納付すべき法人税額３５７３万円に、１００分の１０を乗じて算出した金額である。
イ 平成１９年１２月期法人税再賦課決定処分
４万３０００円
上記金額は、通則法６５条１項の規定に基づき、平成１９年１２月期法人税再更正処分により原告が新たに納付すべき法人税額４３万円に、１００分の１０を乗じて算出した金額である。
（４）平成２０年１２月期の過少申告加算税の額
ア 平成２０年１２月期法人税賦課決定処分
３３０万２０００円
上記金額は、通則法６５条１項の規定に基づき、平成２０年１２月期法人税更正処分により原告が新たに納付すべき法人税額３３０２万円に、１００分の１０を乗じて算出した金額である。
イ 平成２０年１２月期法人税再賦課決定処分
１６万７０００円
上記金額は、通則法６５条１項の規定に基づき、平成２０年１２月期法人税再更正処分により原告が新たに納付すべき法人税額１６７万円に、１００分の１０を乗じて算出した金額である。
２ 本件各過少申告加算税賦課決定処分の適法性
被告が本訴において主張する原告の本件各事業年度の法人税に係る過少申告加算税の額は、上記１のとおりであり、本件各過少申告加算税賦課決定処分における過少申告加算税の額は、いずれも上記１の各金額と同額であるから、本件各過少申告加算税賦課決定処分はいずれも適法である。
別表１、別表２、別表３－１から別表３－４まで、別表４－１から別表４－３まで、別表５－１から別表５－３まで、別表６－１及び別表６－２省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2015/pdf/12593.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。