税務訴訟資料第２６６号－５７（順号１２８３５）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税決定処分等取消請求事件
国側当事者・国（園部税務署長事務承継者一関税務署長事務承継者今津税務署長）
平成２８年３月２９日棄却・控訴
判決
原告
Ａ
同代表者理事
甲
同訴訟代理人弁護士
前野修一郎
柊善太
同補佐人税理士
鳴海佑亮
玉村洋平
被告
国
同代表者法務大臣
岩城光英
園部税務署長事務承継者一関税務署長事務承継者
処分行政庁
今津税務署長
江羅直介
同指定代理人
安實涼子
酒井武
青木典一
福本一法
中山雅司
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 園部税務署長が原告に対して平成２３年６月２７日付けでした次の各処分をいずれも取り消す。
（１）平成１９年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度に係る法人税決定処分のうち所得金額４８６万５０９２円及び納付すべき税額１０７万０３００円を超える部分並びに無申告加算税賦課決定処分のうち１８万９０００円を超える部分
（２）平成２０年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度に係る法人税決定処分及び無申告加算税賦課決定処分
（３）平成２１年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度に係る法人税決定処分及び無申告加算税賦課決定処分
２ 園部税務署長が原告に対して平成２３年６月２７日付けでした次の各処分をいずれも取り消す。
（１）平成２０年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間に係る消費税及び地方消費税の決定処分のうち、消費税の納付すべき税額５１万８４００円を超える部分及び地方消費税の納付すべき税額１２万９６００円を超える部分並びに無申告加算税賦課決定処分のうち１０万３０００円を超える部分
（２）平成２１年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間に係る消費税及び地方消費税の決定処分のうち、消費税の納付すべき税額７９万７８００円を超える部分及び地方消費税の納付すべき税額１９万９４００円を超える部分並びに無申告加算税賦課決定処分のうち１７万３０００円を超える部分
第２ 事案の概要
本件は、特定非営利活動促進法２条２項に規定する特定非営利活動法人（以下「特定非営利活動法人」という。）である原告が、園部税務署長から、平成１９年１月１日から同年１２月３１日まで、平成２０年１月１日から同年１２月３１日まで及び平成２１年１月１日から同年１２月３１日までの各事業年度（以下、併せて「本件各事業年度」といい、各年度を特定する場合には、「平成１９事業年度」などという。）に係る法人税の各決定処分（以下「本件法人税各決定処分」という。）及び本件各事業年度の法人税に係る無申告加算税の各賦課決定処分（以下「本件法人税各賦課決定処分」という。）並びに平成２０年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間（以下「平成２０課税期間」という。）及び平成２１年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間（以下「平成２１課税期間」といい、平成２０課税期間と併せて「本件各課税期間」という。）に係る消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）の各決定処分（以下「本件消費税等各決定処分」といい、本件法人税各決定処分と併せて「本件各決定処分」という。）並びに本件各課税期間の消費税に係る無申告加算税の各賦課決定処分（以下「本件消費税等賦課決定処分」といい、本件各決定処分及び本件法人税各賦課決定処分と併せて、「本件各決定処分等」という。）を受けたことに対し、①原告がホームレス及びそれに準じる者（以下、併せて「ホームレス等」という。）に対して建物の居室を居住用として貸し付ける事業（以下「本件建物貸付業」という。）は、法人税法２条１３号の定める収益事業に該当しない、②原告が、淡水魚であるホンモロコを養殖し、放流又は販売する事業（以下「本件ホンモロコ事業」という。）は、収益事業に該当し、その経費等を所得金額の計算において損金として算入すべきである、③原告が岡山県倉敷市内の生活情報等を掲載した地域情報誌である「Ｂ」を作成して無料で配布する事業（以下「本件Ｂ事業」という。）は、収益事業に該当し、その経費等を所得金額の計算において損金として算入すべきである、④原告が株式会社Ｃ（以下「Ｃ」という。）及び株式会社Ｄ（以下「Ｄ」といい、Ｃと併せて「本件各関連法人」という。）に対するものとして平成２０・２１事業年度に計上した業務委託管理費（以下「本件業務委託管理費」という。）を、所得金額の計算において損金として算入するとともに、課税仕入れとしてその消費税額を控除すべきであると主張して、本件各決定処分等の一部（原告主張の所得金額及び税額を超える部分）の取消しを求めている事案である。
１ 本件に関係する法令等の定め
（１）公益法人等の収益事業から生じた所得に対する法人税について
ア（ア）法人税法（平成１９事業年度及び平成２０事業年度においては平成２０年法律第２３号による改正前のもの。平成２１事業年度においては平成２２年法律第６号による改正前のもの。特に断らない限り以下同じ。）は、公益法人等と同種の事業を行う他の内国法人との競争条件の平等を図り、課税の公平を確保するとの観点から、「内国法人は、この法律により、法人税を納める義務がある。ただし、公益法人等又は人格のない社団等については、収益事業を行う場合［中略］に限る。」（同法４条１項）、「内国法人である公益法人等又は人格のない社団等の各事業年度の所得のうち収益事業から生じた所得以外の所得及び清算所得については、第５条（内国法人の課税所得の範囲）の規定にかかわらず、それぞれ各事業年度の所得に対する法人税及び清算所得に対する法人税を課さない。」（同法７条）とそれぞれ規定している。
（イ）特定非営利活動法人は、法人税法その他法人税に関する法令の規定の適用については、同法２条６号に規定する公益法人等とみなされる（特定非営利活動促進法〔平成２３年法律第７０号による改正前のもの。以下同じ。〕４６条１項）。
イ（ア）法人税法２条１３号は、収益事業とは、販売業、製造業その他の政令で定める事業で、継続して事業場を設けて行われるもの（営まれるもの）をいう旨を規定している。
（イ）法人税法施行令（平成１９事業年度においては平成１９年政令第８３号による改正前のもの。平成２０事業年度においては平成２０年政令第１５６号による改正前のもの。平成２１事業年度においては平成２２年政令第５１号による改正前のもの。特に断らない限り以下同じ。）５条１項は、法人税法２条１３号に規定する政令で定める事業として、物品販売業、不動産販売業等の３４事業（平成２０年政令第１５６号による改正前においては３３事業。その性質上その事業に付随して行われる行為を含む。以下「特掲事業」という。）を定めている。なお、農林業、漁業及び水産養殖業（以下「農林業等」という。）は、特掲事業に含まれておらず、収益事業には該当しない。ウ（ア）法人税法施行令５条１項は、特掲事業として「物品販売業」を掲げているところ（同項１号）、法人税基本通達（昭和４４年５月１日付け直審（法）２５国税庁長官通達。以下「基本通達」という。）１５－１－９（平成２４年課法２－１７による改正前のもの。以下同じ。）は、物品販売業には、自己の栽培、採取、捕獲、飼育、繁殖、養殖その他これらに類する行為により取得した農産物、畜産物、林産物又は水産物（以下「農産物等」という。）をそのまま又は出荷のために最小限必要とされる簡易な加工を加えた上で直接不特定又は多数の者に販売する行為が含まれるが、農産物等（出荷のために最小限必要とされる簡易な加工を加えたものを含む。）を特定の集荷業者などに売り渡す行為（農林業等）は、物品販売業に該当しない旨を定めている。
（イ）法人税法施行令５条１項は、特掲事業として「不動産貸付業」を掲げており（同項５号）、同号イないしルに定める不動産貸付業（以下「課税対象外不動産貸付業」という。）以外の不動産貸付業で、継続して事業場を設けて行われるものは収益事業に該当することとされている。
（ウ）法人税法施行令５条１項は、特掲事業として「請負業」を掲げているところ（同項１０号）、基本通達１５－１－２９は、請負業と請負業以外の特掲事業との関係について、公益法人等の行う事業が請負又は事務処理の受託としての性質を有するものである場合においても、その事業がその性格からみて同項各号に掲げる特掲事業のうち同項１０号以外の号に掲げるもの（請負業以外の他の特掲事業）に該当するかどうかにより収益事業の判定をなすべきものであるとき又は他の特掲事業と一体不可分のものとして課税すべきものであると認められるときは、その事業は請負業には該当しないものとする旨を定めている。
（エ）法人税法施行令５条１項は、特掲事業として「出版業」を掲げているところ（同項１２号）、基本通達１５－１－３１は、出版業とは、書籍や雑誌、新聞などを制作して出版する事業のほか、各種の名簿や統計数値、企業財務に関する情報等を印刷物等として刷成し、これを販売する事業を含む旨を定めている。
（オ）法人税法施行令５条１項は、特掲事業として、「旅館業」（同項１５号）、「料理店業その他飲食店業」（同項１６号）及び「駐車場業」（同項３１号）を掲げている。
エ 法人税法２条１３号及び法人税法施行令５条は、公益法人等の本来の目的たる事業が収益事業に含まれない旨を規定しておらず、基本通達１５－１－１（平成１９事業年度及び平成２０事業年度においては平成２０年課法２－５による改正前のもの。特に断らない限り以下同じ。）は、公益法人等が特掲事業のいずれかに該当する事業を行う場合には、たとえその行う事業がその公益法人等の本来の目的たる事業であるときであっても、当該事業から生ずる所得については法人税が課税されることに留意する旨を定めている。
（２）収益事業に係る各事業年度の所得の算出方法について
ア 法人税法上、内国法人に対して課される各事業年度の所得に対する法人税の課税標準は、各事業年度の益金の額から損金の額を控除した所得の金額とされているところ（同法２２条１項）、同条２項は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額とし、同条３項は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、当該事業年度の収益に係る売上原価、完成工事原価その他これらに準ずる原価、当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用（償却費以外の費用で当該事業年度終了の日までに債務の確定しないものを除く。）及び当該事業年度の損失の額で資本等取引以外の取引に係るもの（以下「原価・費用等」という。）の額とする旨規定している。
イ 公益法人等の収益事業に係る各事業年度の所得の金額は、収益事業に係る収益の額から収益事業に係る原価・費用等の額を控除して算出することとなるため、公益法人等は、収益事業から生ずる所得に関する経理と収益事業以外の事業から生ずる所得に関する経理とを区分して行わなければならないこととされている（法人税法施行令６条）。
（３）資産の譲渡等に対する消費税について
ア 消費税法（平成２７年法律第９号による改正前のもの。）４条１項は、国内において事業者が行った「資産の譲渡等」には、消費税が課される旨を定めており、同法５条１項は、事業者は、国内において行った「課税資産の譲渡等」につき、消費税を納める義務がある旨を定めている。また、同法２条１項９号は、「課税資産の譲渡等」とは、「資産の譲渡等」のうち、同法６条１項の規定により消費税を課さないこととされる同法別表第１に掲げるもの以外のものをいうことと規定しており、同法２条１項８号は、「資産の譲渡等」とは、事業として対価を得て行われる資産の譲渡及び貸付け並びに役務の提供をいうことと規定している。
（長文のため、ここでは本文の冒頭のみを掲載しています。全文はこのページの表示後に読み込まれます。原本は原本PDFをご覧ください。）
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2016/pdf/12835.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。