税務訴訟資料第２６６号－１２３（順号１２９０１）
前橋地方裁判所平成●●年（○○）第●●号所得税並びに消費税及び地方消費税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（館林税務署長）
平成２８年９月１４日棄却・控訴
判決
原告
甲
同訴訟代理人弁護士
山田実
同
飯塚文子
山田実復代理人弁護士
作田憲護
被告
国
同代表者法務大臣
金田勝年
処分行政庁
館林税務署長
山根豊
被告指定代理人
田辺昌紀
同
益子浩志
同
増永寛仁
同
髙橋富士子
同
吉田修
同
中澤直人
同
岩村優興
同
坂井陽一
同
大平智子
同
佐々木浩二
同
板垣悟
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は、原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求の趣旨
１ 館林税務署長が、原告に対し、平成２５年３月５日付けでした原告の平成２３年分所得税の更正処分（ただし、平成２５年７月１日付け更正処分後のもの。）のうち、総所得金額４７８６万０９６８円、納付すべき税額７０２万４４００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分（ただし、同日付け加算税の変更決定処分後のもの。）を取り消す。
２ 館林税務署長が、原告に対し、平成２５年３月５日付けでした原告の平成２２年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分（ただし、平成２５年５月３１日付け異議決定により一部取り消された後のもの。）のうち、消費税につき還付すべき税額２３３万４２４２円を下回る部分及び地方消費税につき還付すべき譲渡割額５８万３５６０円を下回る部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
第２ 事案の概要
１ 本件は、動物病院及び不動産賃貸業を営む獣医師である原告が、平成２２年中に別紙１物件目録記載１ないし３の各土地（以下、別紙１物件目録記載１ないし３の各土地を併せて「本件土地」という。）及び同目録記載４の建物（以下「本件建物」といい、本件土地と併せて「本件土地建物」という。）を購入したところ、本件建物の取得価額を本件土地と本件建物の各不動産取得税の概算税額の比によって算定し、その価額に基づいて本件建物の減価償却費の額及び課税仕入れに係る支払対価の額を計算して、館林税務署長に対して、平成２３年分の所得税について、確定申告及び修正申告（以下「平成２３年分修正申告」という。）をし、また、平成２２年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間（以下「平成２２年課税期間」という。）の消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）について、確定申告、平成２３年４月１３日付け修正申告（以下「平成２２年課税期間分第１修正申告」という。）及び平成２４年１２月２６日付け修正申告（以下「平成２２年課税期間分第２修正申告」という。）をしたところ、館林税務署長が、本件建物の取得価額は平成２２年８月４日付けの売買契約書に記載された本件建物の売買代金額に、本件土地建物の取得に際し支出した金額を上記契約書の本件土地及び本件建物の価額の比によって按分した額を算入した額によるべきとして、①平成２３年の所得税については、平成２５年３月５日付けで更正処分（ただし、平成２５年７月１日付け減額更正処分後のもの。以下「本件所得税更正処分」という。）をし、②平成２２年課税期間の消費税等については、平成２５年３月５日付けで更正処分（ただし、平成２５年５月３１日付け異議決定により一部取り消された後のもの。以下「本件消費税等更正処分」といい、本件所得税更正処分と併せて「本件各更正処分」という。）をし、さらに、③本件所得税更正処分に係る過少申告加算税の賦課決定処分（ただし、平成２５年７月１日付け加算税の変更決定処分後のもの。以下「本件所得税賦課決定処分」という。）及び本件消費税等更正処分に係る過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件消費税等賦課決定処分」といい、本件所得税賦課決定処分と併せて「本件各賦課決定処分」という。）をしたため、原告が、上記契約書は便宜上作成したものにすぎず、その金額に基づいた処分は違法であるとして、①本件所得税更正処分のうち平成２３年分修正申告における修正申告額（総所得金額４７８６万０９６８円、納付すべき税額７０２万４４００円）を超える部分、②本件消費税等更正処分のうち平成２２年課税期間分第２修正申告に基づいて還付すべき税額（消費税につき２３３万４２４２円、地方消費税につき５８万３５６０円）を下回る部分及び③本件各賦課決定処分の取消しを求めた（以下「本件取消しの訴え」という。）事案である。
２ 本件に関連する法令等の規定
別紙２「関係法令の定め」に記載したとおりである。
３ 前提事実（証拠を掲げた部分以外は、当事者間に争いがない。）
（１）原告による本件土地建物の購入等
ア 原告は、平成２２年８月４日、株式会社Ａ（以下「Ａ」という。）から、本件土地建物を購入（以下「本件売買契約」という。）し、同日、引渡しを受けた。
イ 原告とＡは、本件売買契約を締結するに当たり、同日付けで、本件土地建物の売買代金を３億４４７５万円、うち本件土地の売買代金を２億６４６６万４５７５円、本件建物の売買代金を８００８万５４２５円及び建物消費税分を３８１万３５９１円と記載した不動産売買契約書（土地建物売買）（以下「本件第１契約書」という。甲１１。）を作成した。
ウ 原告は、同日、株式会社Ｂから、別紙１物件目録記載５の土地（以下、本件土地建物と併せて「本件不動産」という。）を３００万円で購入し、同日、引渡しを受けた。
エ 本件売買当時、本件土地建物には、いずれも以下のとおりの抵当権等の登記がされていた。
（ア）平成１９年７月２日設定の抵当権設定登記
登記さいたま地方法務局熊谷支局（以下、特に断らない限り同様。）同日受付第●●号
債権額３億８０００万円
債務者Ａ
抵当権者Ｃ株式会社（以下「Ｃ」という。）
（イ）仮差押登記
登記平成２０年８月８日受付第●●号
原因同月７日東京地方裁判所仮差押命令
債権者Ｃ
（ウ）差押登記
登記平成２０年１０月２８日受付第●●号
原因同月２７日神奈川県川崎県税事務所差押
債権者神奈川県
（エ）参加差押登記
登記平成２１年１月２２日受付第●●号
原因同月２０日新宿税務署参加差押
債権者財務省
（オ）平成２１年４月１０日設定の抵当権設定仮登記
登記同年７月２９日受付第●●号
債権額１億１５３０万円
債務者Ａ
権利者Ｄ株式会社
オ 原告は、平成２２年８月４日、Ａを賃貸人、株式会社Ｅ（以下「Ｅ」という。）を賃借人とする本件土地建物の賃貸人としての地位をＡから承継した。
カ 原告は、本件土地建物を購入するに際し、Ａに対し、財務省に対する参加差押登記の抹消費用２９９７万８５５７円、神奈川県に対する差押登記の抹消費用１８８万円、Ｄ株式会社に対する抵当権設定登記の抹消費用８０７万２０９９円、売主仲介手数料４００万円及び本件土地建物の平成２２年８月分の日割賃料３３１万９３４４円の合計４７２５万円（以下「その他差押登記等抹消費用等」という。）のほか、本件売買契約の仲介会社である株式会社Ｆ（以下「Ｆ」という。）に対する仲介手数料７００万円（以下「本件仲介手数料」という。）を支払った。
さらに、原告は、本件各不動産の登記手数料５１万５０２５円（以下「本件登記手数料」という。）を負担するとともに、本件第１契約書に貼付された収入印紙のうち４万円分（以下「本件収入印紙負担額」という。）を負担した。
（２）本件各更正処分及び本件各賦課決定処分等
ア 平成２３年分の所得税について
（ア）原告は、平成２４年３月８日、法定期限内に館林税務署長に対し、別表１の「確定申告」欄記載のとおり、青色の確定申告書を提出した。その際、原告は、本件各不動産の取得に際し支出した金額に、本件土地建物に係る不動産取得税の概算税額の合計額のうち、本件建物に係る不動産取得税額が占める割合（以下「不動産取得税額比」という。）を乗じた金額を本件建物の取得価額と算定した（乙５）。
（イ）原告は、平成２４年１２月２６日、館林税務署長に対し、別表１の「修正申告」欄記載のとおり、修正申告をした。
（ウ）館林税務署長は、平成２５年３月５日、原告に対し、別表１の「更正処分等」欄記載のとおり、更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分をした。
（エ）館林税務署長は、同年７月１日、原告に対し、別表１の「減額更正処分等」欄記載のとおり、減額更正処分（本件所得税更正処分）及び過少申告加算税の変更決定処分（本件所得税賦課決定処分）をした。
イ 平成２２年課税期間分の消費税等について
（ア）原告は、平成２２年課税期間分の消費税等について、平成２３年３月１０日、館林税務署長に対し、別表２の「確定申告」欄記載のとおり、確定申告をした。その際、原告は、不動産取得税額比で按分計算する方法により課税仕入れ額を算定した。
（イ）原告は、平成２２年課税期間分の消費税等について、平成２３年４月１３日、館林税務署長に対し、別表２の「第１修正申告」欄記載のとおり、平成２２年課税期間分第１修正申告をし、また、平成２４年１２月２６日、館林税務署長に対し、別表２の「第２修正申告」欄記載のとおり、平成２２年課税期間分第２修正申告をした。
（ウ）館林税務署長は、平成２５年３月５日、原告に対し、別表２の「更正処分等」欄記載のとおり、平成２２年課税期間分の消費税等について、更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分をした。
（エ）原告は、平成２５年４月３日、館林税務署長に対し、上記平成２２年課税期間分の消費税等についての同年３月５日付け更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分について異議申立てをしたところ、同署長は、同年５月３１日、別表２の「異議決定」欄記載のとおり、更正処分を一部取り消した（本件消費税等更正処分及び本件消費税等賦課決定処分）。
（３）審査請求、裁決及び訴えの提起
ア 原告は、国税不服審判所長に対し、同年４月３日、本件所得税更正処分及び本件所得税賦課決定処分について、同年６月１７日、本件消費税等更正処分及び本件消費税等賦課決定処分について、それぞれ審査請求をした。
イ 国税不服審判所長は、平成２６年３月２８日、原告の上記各審査請求をいずれも棄却する裁決をし、国税不服審判所審判官は、同年４月３日、原告に対し、裁決書謄本を送付した。
ウ 原告は、同年１０月２日、本件取消しの訴えを提起した。
４ 本件各更正処分及び本件各賦課決定処分の根拠及び適法性に関する被告の主張被告が主張する本件各更正処分及び本件各賦課決定処分の根拠及び適法性は、別紙３「本件各更正処分及び本件各賦課決定処分の根拠及び適法性」記載のとおりである。
５ 争点
（１）本件建物の取得価額の算定方法が適切か。
（２）本件課税仕入れ額の算定方法が適切か。
（３）平成２３年分の所得税及び平成２２年課税期間分の消費税等についての過少申告に国税通則法６５条４項の正当な理由があるか。
６ 争点に対する当事者の主張
（１）争点（１）（本件建物の取得価額の算定方法が適切か。）について
（被告の主張）
ア 本件建物の取得価額は、本件第１契約書に記載された建物の売買代金に基づいて算定すべきである。
（ア）事業所得を算定する際の減価償却資産の取得価額を構成する「購入の代価」（所得税法施行令１２６条１項１号イ）は、一般的には売買契約の当事者が合意し、購入者が実際にその資産の対価として支払うこととなった金額をいい、契約書において売買の当事者が合意した売買価額を明示している場合には、特段の事情がない限り、当該契約書に記載された金額をもって購入の代価とするのが相当である。
（イ）本件第１契約書は、契約当事者双方の記名又は署名及び押印がされたものであり、かつ、契約当事者のほか、原告の父である乙（以下「乙」という。）、Ｆの従業員丙（以下「丙」という。）及び金融機関の関係者らが同席する中で締結されたものであるから、正式な契約書であるというべきであり、当事者が合意した本件土地建物の売買価額が明示されているものといえる。
（ウ）したがって、館林税務署長が、本件建物の取得価額を本件第１契約書に記載された建物の売買代金に基づいて８００８万５４２５円と算定したことは適切である。
（エ）原告は、本件第１契約書は仮のものであり、本件土地建物の売買代金を３億９２００万円と記載した契約書（以下「本件第２契約書」という。甲１２。）が正しいと主張する。
しかし、原告は、本件第２契約書を税務調査時から本件取消しの訴えの提起に至るまで提出することはおろか、その存在すら明らかにしておらず、担当職員が税務調査に着手した平成２４年１１月７日から２年４か月を経過し、さらに本件取消しの訴えの提起から５か月を経過した平成２７年３月１６日に初めてその存在を明らかにしたが、それまで提出しなかった理由が判然とせず、長期間にわたって提出しなかったこと自体不可解というべきである。また、本件第２契約書には、本件土地建物の売買代金の合計として３億９２００万円との記載があるのみで、本件土地及び本件建物の各売買代金が記載されなかった経緯や理由の説明もない。さらに、原告は、本件第１契約書はＣのために作成した仮の契約書であり、本当の契約書は後日作成する予定であったとするＡの代表取締役である丁社長（以下「丁社長」という。）の陳述書（甲２６）を提出するが、丁社長は、上記陳述書の作成後に上記陳述書の記載は誤りで、本件第１契約書に記載された以外の支払金額は、業務委託契約書に記載されるものと認識していたこと、本件第２契約書を作成する必要はなく、余り深く考えずに記名・押印したものであると供述している。本件第２契約書は、買主である原告自身の署名・記名や押印がなく、形式面に照らしても、真正に成立した契約書でないことは明らかである。
以上のとおり、本件第２契約書は、当事者の合意を反映していると認めることは到底困難で、著しく信ぴょう性を欠き、その証拠価値は低い。
イ 仮に、本件第１契約書の本件建物の売買代金は当事者が合意した売買価額でないとしても、本件第１契約書に記載された本件土地と本件建物の価額の比率は、平成２２年度の本件土地建物の各固定資産税評価額の比率（以下「固定資産税評価額比」という。）と同じであるところ、土地と建物を一括譲渡した場合で、建物と土地の代金が区分されていない場合に、土地及び建物の売買代金の総額を固定資産税評価額比で按分して土地と建物の時価を算定する方法は、合理的な算定方法である。したがって、館林税務署長は、結果として、固定資産税評価額比で按分して算定した場合の金額と同一の価額で本件建物の取得価額を算定したのであるから、算定された本件建物取得価額は、何ら不合理な価額ではなく、適切である。
なお、本件土地が存在する埼玉県熊谷市が定める「熊谷市土地評価事務取扱要領」では、用途地域の区分、地積によって一定の基準に該当した場合には、所要の「面積補正」をするものとされており、固定資産税評価額の算定に当たっても広大な土地についての補正は行われる。
ウ 仮に、本件建物の取得価額を本件土地建物の各相続税評価額の比率（以下「相続税評価額比」という。）で按分計算する方法により算定するべきであるとしても、財産評価基本通達２４－４（以下「広大地通達」という。）によれば、その地域における標準的な宅地の地積に比して著しく地積が広大な宅地で、都市計画法４条１２項に規定する開発行為を行うとした場合に公共公益的施設用地の負担が必要と認められるもの（以下「広大地」という。）の評価は、広大地の面する路線の路線価に広大地補正率を乗じて計算した価額にその広大地の地積を乗じて計算する（以下「広大地補正」という。）ものとされているところ、大規模店舗の敷地として使用されている別紙１物件目録記載１及び３の土地は、その地域の標準的使用であり、かつ、現に有効利用され、新たに開発行為を行う必要は認められないから、開発行為を行うとした場合に公共公益的施設用地の負担が必要と認められるものとはいえず、広大地通達の適用はない。また、別紙１物件目録記載２の土地は、広大地通達が定める面積基準を満たさないから、広大地通達の適用はない。
したがって、本件土地については広大地通達の適用はないところ、相続税評価額比で案分計算する方法により本件建物の取得価額を算定すると、７４８４万４７４６円であり、被告の主張する本件建物の取得価額９２６８万２９６４円を下向るから、原告の主張には理由がない。
（原告の主張）
ア 以下の（ア）ないし（エ）の事情によれば、本件第１契約書は、売買代金の一部のみを記載して作成された仮の契約書に過ぎないから、本件建物の取得価額を本件第１契約書に記載された建物の売買代金に基づいて算定すべきではない。
（ア）本件土地建物には、Ｃの仮差押登記及び抵当権設定登記のほか、神奈川県の差押登記、財務省の参加差押登記及びＤ株式会社の抵当権設定仮登記がなされていたところ、Ｃとの間で本件土地建物の抵当権設定登記及び仮差押登記の抹消のための交渉を担当していた丙は、Ｃから３億１４７５万円を支払う代わりに上記抵当権設定登記及び仮差押登記の抹消することの同意を得たことから、原告とＡは、本件売買契約の売買代金を、①Ｃに対する抵当権設定登記及び仮差押登記の抹消費用３億１４７５万円、②Ａが本件土地建物の賃貸借契約に係る敷金を原告に対し承継するための費用３０００万円及び③その他差押登記等抹消費用等４７２５万円の合計額である３億９２００万円とすることを合意した。
丙と丁社長は、売買代金を３億９２００万円とする売買契約書を作成した場合、Ｃが、３億９２００万円全額を回収しようとする可能性があり、その他の差押登記等を抹消することができなくなるおそれがあるので、売買代金の一部のみを記載した仮の売買契約書を作成することとし、本件土地建物の売買代金を、Ｃに対する抵当権設定登記及び仮差押登記の抹消費用３億１４７５万円にＡが本件土地建物の賃貸借契約に係る敷金を原告に対し承継するための費用３０００万円を加えた３億４４７５万円とする本件第１契約書を作成した。乙は、本件第１契約書を作成するに当たって、丙から、本件第１契約書は、Ｃの都合で作成された仮の契約書であり、後できちんとした契約書を作る旨の説明を受けた。
（イ）原告が実際にＡに対して支払った金額は３億９２００万円であり、本件第１契約書の売買代金（３億４４７５万円）とは４７２５万円もの差があるから、本件第１契約書を真の契約書と認めることはできない。
（ウ）本件建物は、Ｅに対し、賃料月額３６７万５０００円、年額にして４４１０万円で賃貸されているところ、仮に、本件建物の売買代金額を本件第１契約書の記載に従って８００８万５４２５円とした場合、原告は、本件建物の売買代金相当額を２年以内にＥからの賃料収入で回収できることになり、不合理である。
（エ）原告は、丙から本件土地建物の売買代金を３億９２００万円と記載した本件第２契約書の交付を受けており、本件第２契約書には「本件売買契約書（売買価格３４４，７５０，０００円）は破棄（無効）とします。」との特約事項が付されている。
イ 土地と建物を一括譲渡した場合で、建物と土地の代金が区分されていない場合、本件建物の取得価額を固定資産税評価額比で按分計算する方法により算定することは相当でなく、本件建物の取得価額は、相続税評価額比で按分計算する方法により算定するべきである。
（ア）固定資産税評価額を算定する際に用いられる固定資産評価基準では、広大地補正は行われていないから、本件土地の取得価額を固定資産税評価額比で按分計算する方法により算定することは相当でない。
（イ）本件が所得税及び消費税に関する紛争であり、同じ国税である相続税で規定された評価方法により算定すべきであること、相続税評価額が毎年評価替えされるのに対し、固定資産税評価額は３年毎にしか評価替えされないため相続税評価額の方が時価に近いといえること、相続税評価額の算定に当たっては、広大地補正により、より時価を反映した算定が可能であることからすれば、本件建物の取得価額は、相続税評価額比で按分計算する方法により算定するべきである。
ウ 別紙１物件目録記載１及び３の土地は、戸建住宅が連たんする住宅街に存する大規模店舗の敷地として利用されている土地であって、その地域における標準的使用とはいえず、開発行為を行うとした場合に公共公益的施設用地の負担が必要と認められることから広大地に該当するところ、本件土地の相続税評価額は１億０７９７万円３３８０円であり、また、本件建物の相続税評価額は５７９９万２８２４円であるところ、上記の各相続税評価額比で案分計算により本件建物の取得価額を算定すると１億３９４１万６１３４円となる。
以上より、館林税務署長は、本件建物の取得価額を１億３９４１万６１３４円と算定すべきところ、その算定方法を誤って９２６８万２９６４円と算定したものである。
（２）争点（２）（本件課税仕入れ額の算定方法が適切か。）について
（被告の主張）
ア 消費税法は、原則としてあらゆる資産の譲渡、貸付け又は役務の提供を課税対象とし、事業者の各取引段階における売上げに対して課税を行い、①累積課税の排除及び②納税のための事務負担が特定の分野に偏ることのないよう配慮し、産業経済に対する中立性を確保する観点から、前段階税額控除方式（仕入税額控除制度）による多段階課税の制度を採用しており、申告、納付する税額は、その課税売上げに係る消費税額から課税仕入れ等に係る消費税額を控除したものとなる。
そして、仕入税額控除は、課税仕入れに係る支払対価の額等の事項が記載された、原則として、課税仕入れの相手方が作成又は確認した帳簿及び請求書等の保存を要件としており（消費税法３０条７項、９項２号括弧書き）、契約書や請求書等に記載された金額を基に算定されることが前提となっている。契約書や請求書等の金額によらず、取引の前段階で支払われていない税額を仕入税額控除することは、累積課税の排除を目的とする仕入税額控除制度において、中立性を確保する観点からしても、できる限り排除すべきである。
そうすると、消費税法の適用に当たり、消費税の課税の対象となる「課税資産の譲渡等の対価」（消費税法２８条１項）又は控除の対象となる「課税仕入れに係る支払対価の額」（同法３０条１項）は、当該課税資産の譲渡等の譲渡側と譲受側との関係において、当事者の意図した契約等の金額と同一になることを予定しているということができ、「時価」等を基本とする考え方になじまないものである。
課税資産の譲渡等に係る消費税の課税標準は、課税資産の譲渡等の対価の額であるが、消費税基本通達１０－１１も、一定の例外的な場合を除いて、その課税資産等の価額（時価）ではなく、その譲渡等に係る当事者間で授受することとした対価の額をいう旨を定めており、契約等に基づく当事者の合意した対価の額が消費税の課税標準となる。
イ 前記（１）における被告の主張のとおり、当事者の合意により作成されたものである本件第１契約書に本件建物の対価の額が明示されており、本件第１契約書以外に本件建物の対価の額に関する合意があった旨の特段の事情を認めることができない以上、本件第１契約書に記載された建物の売買代金を本件建物の対価の額とするのが相当である。
したがって、館林税務署長が、本件第１契約書に記載された建物の売買代金に基づいて、課税仕入れ額を９８５７万６６２５円と算定したことは適切である。
（原告の主張）
本件第１契約書は、Ｃの仮差押え等を解除するため、売買代金の一部のみを記載して作成された仮の契約書にすぎず、原告は、その旨の説明を受けて署名・押印したもので、本件第１契約書に記載された価額について合意したわけではない。本件第１契約書が仮のものであり、売買契約者の合意内容を反映していない以上、本件第１契約書記載の価額を基に本件建物の価額及び本件課税仕入れ額を算定して行われた本件消費税等更正処分及び本件消費税等賦課決定処分は違法である。
本件土地建物の対価が３億９２００万円とされ、本件建物の取得価額が明らかでない場合は、前記（１）における原告の主張のとおり、租税負担の公平及び実質主義の観点から合理的な相続税評価額比で按分計算する方法により算定するべきである。そして、別紙１物件目録記載１及び３の土地は広大地に該当するから、本件土地の相続税評価額は１億０７９７万３３８０円、本件建物の相続税評価額は５７９９万２８２４円であり、上記の各相続税評価額比で案分計算する方法により本件課税仕入れ額を算定すると１億４４４８万９８２１円となる。
以上より、館林税務署長は、本件課税仕入れ額を１億４４４８万９８２１円と算定すべきところ、その算定方法を誤って９８５７万６６２５円と算定したものである。
（３）争点（３）（平成２３年分の所得税及び平成２２年課税期間分の消費税等についての過少申告に正当な理由があるか。）について
（原告の主張）
原告が確定申告の際、不動産取得税比で案分計算する方法により本件建物の取得価額及び本件課税仕入れ額を算定したのは、乙が、館林税務署に対し、本件土地建物の価額の算定に関する相談を行った際に、同税務署の女性職員から、固定資産税評価額比や相続税評価額比による按分方法の説明を全くされず、埼玉県熊谷県税事務所事務所長から送付された平成２３年３月１日付け「不動産取得税・課税のお知らせ」（以下「本件お知らせ」という。）に記載された割合、すなわち、不動産取得税額比による按分で本件土地建物の価額を算定してもよい旨の誤った指導を受けたためであるから、原告には、平成２３年分の所得税及び平成２２年課税期間分の消費税等についての過少申告を行ったことについて「正当な理由」がある。（被告の主張）
乙が館林税務署に対し、本件土地建物の算定に関する相談をしに行った際の具体的な応答内容については不明である上、乙は、相談に際して、本件お知らせのみを持参したにすぎず、原告が、館林税務署の職員に対し、十分な資料の提出等をしたということもできないから、館林税務署の職員が、原告に対し、十分な資料の提出等があったにもかかわらず誤った指導をしたということはできないし、原告がその指導を信じたことについてやむを得ないと認められる事情があるということもできない。
したがって、原告が平成２３年分の所得税及び平成２２年課税期間分の消費税等についての過少申告を行ったことについて、真に納税者の責めに帰することができない客観的な事情ということはできないから、「正当な理由」は認められない。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点（１）（本件建物の取得価額の算定方法が適切か。）について
（１）前提事実のほか、証拠（甲１１、２４、２５、乙１、２、１４、証人乙）及び弁論の全趣旨によれば、以下の事実が認められる。
ア 本件第１契約書には、売主であるＡの記名・押印（実印によるもの）、買主である原告の署名・押印（実印によるもの）があるほか、宅地建物取引業者・宅地建物取引主任者の欄にはＦ代表者戊の記名・押印、株式会社Ｇ代表者Ｈの署名・押印及び宅地建物取引主任者Ｉの署名・押印があり、４万円の収入印紙が２枚貼付されている。
イ 原告が平成２２年８月４日、Ｊ銀行大泉支店で本件第１契約書を作成した際、丁社長、Ｃの担当者、財務省の担当者及び神奈川県の担当者は、原告とは別の部屋にいたものの、乙、丙、Ｋ信用金庫大泉支店のＬ支店長及びＪ銀行大泉支店のＭ支店長が、原告と同じ部屋におり、Ｊ銀行大泉支店の行員が本件第１契約書等を持って各部屋を行き来していた。
ウ 本件第１契約書の本件土地の売買代金の記載は「２４１，６３３，５７５」から「２６４，６６４、５７５」、本件建物の売買代金の記載は「６９，６８２，３１０」から「８０，０８５，４２５」、建物消費税分の記載は「３，４８４，１１５」から「３，８１３，５９１」にそれぞれ訂正されており、乙は、丙から上記各訂正部分について訂正印を押すように言われたため、訂正印を押した。
エ 訂正後の本件土地及び本件建物の売買代金の価額の本件土地建物の売買代金の合計金額に対する割合は、それぞれ７６．７７％（２６４，６４４，５７５÷３４４，７５０，０００＝０．７６７７）及び２３．２３％（８０，０８５，４２５÷３４４，７５０，０００＝０．２３２３）となる。平成２２年度の本件土地の固定資産税評価額は合計で２億７３７２万００５１円、本件建物の固定資産税評価額は８２８４万６８９２円、本件土地建物の固定資産税評価額は合計で３億５６５６万６９４３円であり、本件土地の固定資産税評価額と本件建物の固定資産税評価額の本件土地建物の固定資産税評価額に対する割合は、それぞれ約７６．７７％（２７３，７２０，０５１÷３５６，５６６，９４３＝０．７６７６）及び約２３．２３％（８２，８４６，８９２÷３５６，５６６，９４３＝０．２３２３４）となるところ、上記割合は、本件第１契約書に記載された本件土地及び本件建物の売買代金の価額の本件土地建物の売買代金の合計金額に対する割合とほぼ一致する。
オ 丙が本件売買契約締結の前日である平成２２年８月３日、原告に対し、ＦＡＸ送信した「支払内訳（最終版）」と題する書面には「売買代金の内訳（土地代・建物代・建物消費税）は、評価証明の割合で算定します。」との記載がある。
カ Ａは、土地と建物を一括購入した場合には、土地と建物の固定資産税評価額比で按分計算して土地と建物のそれぞれの価額を算定することとしており、本件売買契約の際にも同様の方法により本件土地と本件建物の売買代金を算定した。
（２）以上の事実によれば、本件第１契約書は、売主及び買主の署名及び実印による押印がある書面であり、本件売買契約が締結された当日に多数の利害関係人が同席する中で作成され、多数の関係者が押印するなどして作成されたものであり、収入印紙も貼付されていること、本件土地及び本件建物の価額はＡが土地と建物を一括購入した場合に通常行っている算定方法と同じ固定資産税評価額比で案分計算する方法により決定されているから、同価額は、一定の合理的な理由をもって決定されていること、乙及び原告は、上記算定方法について事前にＦＡＸ送信された文書及び当日の丙からの説明により認識・了解し、売買代金等を訂正し、訂正印を押した上で、本件第１契約書を作成したことが認められる。そうすると、本件第１契約書は、真正に成立した原告及びＡの合意を反映した正式な契約書であるというべきである。
（３）ア原告は、実際にＡに対して支払った金額は３億９２００万円であり、本件第１契約書の売買代金（３億４４７５万円）とは４７２５万円もの差があるから、本件第１契約書を真の契約書と認めることはできないと主張する。
しかし、上記差額４７２５万円は、その他差押登記等抹消費用等としての支払であると考えられるところ、本件第１契約書の売買代金とは別に、差押登記等を抹消するための業務委託契約に基づく業務委託料として授受されたと考えることも十分に可能であるから、原告とＡとの間で実際に授受された金額の総額と本件第１契約書の売買代金との間に差があるからといって、直ちに本件第１契約書が真の契約書でないということはできない。
イ また、原告は、仮に、本件建物の売買代金額を本件第１契約書記載に従って８００８万５４２５円とした場合、原告は、本件建物の売買代金相当額を２年以内にＥからの賃料収入で回収できることになり、不合理であると主張する。
しかし、同価額の建物であっても、建物が存在する場所が違えば賃料は大きく変動するように建物賃貸借における賃料は、当該建物の立地条件やその地域の家賃相場及び賃貸借契約の内容等の種々の要素により定まるものであり、賃料が高額であるからといって、当該賃借物の価額が高額であるとは限らないから、原告の主張する上記事情により、直ちに本件第１契約書が真の契約書でないということはできない。
ウ さらに、原告は、乙は、本件第１契約書を作成するに当たって、丙から、本件第１契約書は、Ｃの都合で作成された仮の契約書であり、後できちんとした契約書を作る旨の説明を受けており、本件土地建物の売買代金を３億９２００万円と記載された本件第２契約書が真の契約書であると主張し、乙も、証人尋問において、これに沿う証言をする。
しかし、証拠（甲１２、２４、２５）によれば、本件第２契約書には、売主であるＡの記名・押印（ただし、実印ではなく、契約印による。）のほか、宅地建物取引業者・宅地建物取引主任者の欄には、Ｆ代表者戊の記名・押印、丙の記名・押印、株式会社Ｇ代表者Ｈの記名及び宅地建物取引主任者Ｉの記名があることは認められるものの、買主である原告の署名・押印はない上、株式会社Ｇ代表者Ｈの押印及び宅地建物取引主任者Ｉの押印はなく、収入印紙も貼付されていないことが認められ、前述の本件第１契約書の体裁等と比較すると、本件第２契約書は契約書として不完全であり、かつ、不十分であるといわざるを得ない。また、乙は、証人尋問において、丙に対し、本件第２契約書の作成を依頼したのは、平成２４年１１月に館林税務署が税務調査に着手し、同年１２月に原告が所得税修正申告及び第２修正申告を行った後であり、丙から本件第２契約書を受け取った時期については、平成２５年３月頃であると供述するところ、乙が、丙から仮の契約書であるとの説明を受けていたにもかかわらず、平成２２年８月４日に本件第１契約書を作成した後、２年以上もの間、本件所得税等更正処分のころまで、本件第２契約書の作成について何らの依頼も行っていないのは不自然であるし、証拠（甲３３）によれば、原告が、館林税務署に対し、本件第２契約書を提出したのは本件審査請求の質問・検査が行われた平成２５年６月１１日であることが認められるところ、仮に、原告が、平成２５年３月には本件第２契約書を受け取っていたとすれば、原告は、その後３か月間も真の契約書であると主張する本件第２契約書を館林税務署に提出していないことになり不合理である（なお、乙はこれらの理由について何ら合理的な説明をしていない。）。さらに、証拠（乙１４、１８）によれば、Ｎ税理士は、平成２５年４月２３日、国税調査官の質問調査を受けた際に、本件第１契約書以外には契約を締結していない旨を述べており、本件第２契約書の存在について何ら言及していないこと、丁社長も平成２５年５月８日、国税調査官の質問調査を受けた際に本件第２契約書の存在について何ら言及していないことが認められ、いずれも平成２５年３月には本件第２契約書を受け取ったとの乙の証言と整合しない。
したがって、乙の証言は信用性を欠くといわざるを得ず、その他本件第２契約書が真の契約書であると認めるに足りる証拠はないから、原告の主張は採用できない。
以上により、館林税務署長が、本件第１契約書に記載された建物の売買代金に基づいて本件建物の取得価額を算定したことは適切である。
２ 争点（２）（本件課税仕入れ額の算定方法が適切か。）について
消費税法は、消費に対して課税する税で特定の非課税取引を除くあらゆる資産の譲渡、貸付け又は役務の提供を課税対象とし（消費税法４条、６条）、事業者の各取引段階（製造、卸、小売、サービスの提供等）における売上げに対して課税を行い、①累積課税を排除し、②納税のための事務負担が特定の分野に偏ることのないよう配慮し、産業経済に対する中立性を確保するため、前段階税額控除方式（仕入税額控除制度。消費税法３０条）による多段階課税の制度を採用しており、申告、納付する税額は、その課税売上げに係る消費税額から課税仕入れ等に係る消費税額を控除したものとなる。本件では、Ｅが原告に支払う賃料が課税売上げであり、これから課税仕入れ等に係る消費税額、すなわち、本件建物についてＡが納付すべき消費税額を控除することとなる。
そのため、仕入税額控除は、課税仕入れに係る支払対価の額等の事項が記載された、原則として、課税仕入れの相手方が作成又は確認した帳簿及び請求書等の保存を要件としており（消費税法３０条７項、９項２号括弧書き）、契約書や請求書等に記載された金額を基に算定されることが前提となっている。契約書や請求書等の金額によらず、取引の前段階で支払われていない税額を仕入税額控除することは、累積課税の排除を目的とする仕入税額控除制度において、中立性を確保する観点からしても、できる限り排除すべきものである。
そうすると、消費税法の適用に当たり、消費税の課税の対象となる「課税資産の譲渡等の対価」（消費税法２８条１項）又は控除の対象となる「課税仕入れに係る支払対価の額」（同法３０条１項）は、当該課税資産の譲渡等の譲渡側と譲受側との関係において、当事者の意図した契約等の金額と同一になることを予定しているというべきである。
証拠（乙１６）によれば、消費税基本通達１０－１－５においては、課税の対象となる建物等と非課税となる土地等を同一の者に対して同時に譲渡した場合のそれぞれの対価の額は、契約当事者が作成した契約書において区分している金額が合理的な基準によったものであれば、その区分した金額によるべきであり、その場合の合理的な基準は、通常所得税又は法人税と消費税との間で異なるものではないとされていることが認められ、その内容は合理的である。
そうすると、本件第１契約書は、原告及びＡの合意を反映した正式な契約書であるというべきであり、本件建物の価額の算出基準も合理的なものであることは既に判示したとおりであるから、本件第１契約書に記載された建物の売買代金を本件建物の対価の額とするのが相当である。
よって、館林税務署長が、課税仕入れ額を本件第１契約書に記載された建物の売買代金に基づいて９８５７万６６２５円と算定したことは適切である。
３ 争点（３）（平成２３年分の所得税及び平成２２年課税期間分の消費税等についての過少申告に正当な理由があるか。）について
（１）通則法６５条４項の趣旨は、当初から適法に申告し納税した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに、過少申告による納税義務違反の発生を防止し、適正な申告納税の実現を図り、もって納税の実を挙げようとする点にあるから、同項にいう「正当な理由」が認められる場合とは、真に納税者の責めに帰することができない客観的な事情があり、上記のような過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお、納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解するのが相当である（最高裁平成１８年４月２０日第一小法廷判決・民集６０巻４号１６１１頁参照）。
（２）原告は、不動産取得税比で案分計算する方法により本件建物の取得価額及び本件課税仕入れ額を算定したのは、乙が、館林税務署に対し、本件土地建物の価額の算定に関する相談を行った際に、同税務署の女性職員から、固定資産税評価額比や相続税評価額比による按分方法の説明を全くされず、埼玉県熊谷県税事務所事務所長から送付された本件お知らせに記載された割合、すなわち不動産取得税額比による按分で本件土地建物の価額を算定してもよい旨の誤った指導を受けたためであるから、原告には、平成２３年分の所得税及び平成２２年課税期間分の消費税等についての過少申告を行ったことについて「正当な理由」があると主張し、乙も、証人尋問においてこれに沿う証言をする。
しかし、証拠（乙１、証人乙）及び弁論の全趣旨によれば、埼玉県熊谷県税事務所事務所長が原告に対し送付した本件お知らせは、別紙１物件目録記載１の土地につき課税が予定されている不動産取得税が３８０万６８００円、同目録記載２の土地につき課税が予定されている不動産取得税が３２万２１００円、同目録記載４の建物につき課税が予定されている不動産取得税が３３１万３８００円であることを事前に通知する書面であること、乙は、館林税務署に対し、本件土地建物の価額の算定に関する相談を行った際に持参したのは、本件お知らせのみであることが認められる。一般に、土地と建物を一括譲渡した場合に土地及び建物の価額を算定するに当たっては、当該売買契約に関する契約書及びその他の資料を参照するのが通常であり、かつ、合理的であると考えられるが、乙は本件お知らせのみを持参し、本件第１契約書（実質的には固定資産税評価額比で按分された本件建物の価額が記載されている。）をはじめとした本件売買契約に関する資料を一切持参しなかったというのであるから、仮に、館林税務署の女性職員が、原告主張のとおりの指導をしたとしても、与えられた資料を前提とすれば不適切な指導とも誤った指導ともいうことはできない。そのような限定的な資料のみに基づく簡易的な相談における指導に安易に従ったことについて、真に乙及び原告の責めに帰することができない客観的な事情があるということはできず、その他原告が平成２３年分の所得税及び平成２２年課税期間分の消費税等についての過少申告を行ったことについて通則法６５条４項の「正当な理由」があることをうかがわせる事情はないから、原告の主張は採用できない。
４ 本件各更正処分の根拠及び適法性
本件各更正処分の根拠及び適法性に関して被告が主張する事実については、当事者間に争いがなく、本件建物の取得価額及び本件課税仕入れ額の算定方法が適切でないこと並びに原告の過少申告に正当な理由がある旨の原告の主張を採用することができないことは、前記１ないし３において述べたとおりであるから、原告の平成２３年分の所得税の納付すべき額及び同所得税に係る過少申告加算税の額並びに平成２２年課税期間分の消費税等の納付すべき額及び同消費税等に係る過少申告加算税の額は、別紙３のとおりであると認められる。したがって、本件各更正処分及び本件各賦課決定処分は、いずれも適法であるというべきである。
５ 結論
よって、原告の請求はいずれも理由がないから、いずれも棄却することとし、主文のとおり判決する。
前橋地方裁判所民事第１部
裁判長裁判官塩田直也
裁判官後藤英時郎
裁判官佐藤秀海
（別紙１）
物件目録
１ 所在熊谷市
地番●●
地目宅地
地積６０６５．６３平方メートル
２ 所在熊谷市
地番●●
地目宅地
地積４８２．３０平方メートル
３ 所在熊谷市
地番●●
地目宅地
地積５４．１４平方メートル
４ 所在熊谷市
地番●●
地目店舗
構造鉄骨造亜鉛メッキ鋼板葺平家建
地積２６４９．９１平方メートル
５ 所在熊谷市
地番●●
地目宅地
地積３７．５７平方メートル
以上
（別紙２）
関係法令の定め
１ 所得税法等の定め
（１）所得税法の定め
（課税標準）
２２条
１項居住者に対して課する所得税の課税標準は、総所得金額、退職所得金額及び山林所得金額とする。
２項総所得金額は、第２編第２章第２節（各種所得の金額の計算）の規定により計算した次に掲げる金額の合計額（７０条１項若しくは２項又は７１条１項の規定の適用がある場合には、その適用後の金額）とする。
１号利子所得の金額、配当所得の金額、不動産所得の金額、事業所得の金額、給与所得の金額、譲渡所得の金額（３３条３項１号に掲げる所得に係る部分の金額に限る。）及び雑所得の金額（これらの金額につき６９条の規定の適用がある場合には、その適用後の金額）の合計額
２号譲渡所得の金額（３３条３項２号に掲げる所得に係る部分の金額に限る。）及び一時所得の金額（これらの金額につき６９条の規定の適用がある場合には、その適用後の金額）の合計額の二分の一に相当する金額
（不動産所得）
２６条
１項不動産所得とは、不動産、不動産の上に存する権利、船舶又は航空機（以下「不動産等」という。）の貸付け（地上権又は永小作権の設定その他他人に不動産等を使用させることを含む。）による所得（事業所得又は譲渡所得に該当するものを除く。）をいう。
２項不動産所得の金額は、その年中の不動産所得に係る総収入金額から必要経費を控除した金額とする。
（必要経費）
３７条
１項その年分の不動産所得の金額、事業所得の金額又は雑所得の金額（事業所得の金額及び雑所得の金額のうち山林の伐採又は譲渡に係るもの並びに雑所得の金額のうち３５条３項に規定する公的年金等に係るものを除く。）の計算上必要経費に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、これらの所得の総収入金額に係る売上原価その他当該総収入金額を得るため直接に要した費用の額及びその年における販売費、一般管理費その他これらの所得を生ずべき業務について生じた費用（償却費以外の費用でその年において債務の確定しないものを除く。）の額とする。
（２項略）
（譲渡所得の金額の計算上控除する取得費）
３８条
１項譲渡所得の金額の計算上控除する資産の取得費は、別段の定めがあるものを除き、その資産の取得に要した金額並びに設備費及び改良費の額の合計額とする。
２項譲渡所得の基因となる資産が家屋その他使用又は期間の経過により減価する資産である場合には、前項に規定する資産の取得費は、同項に規定する合計額に相当する金額から、その取得の日から譲渡の日までの期間のうち次の各号に掲げる期間の区分に応じ当該各号に掲げる金額の合計額を控除した金額とする。
１号その資産が不動産所得、事業所得、山林所得又は雑所得を生ずべき業務の用に供されていた期間４９条１項（減価償却資産の償却費の計算及びその償却の
方法）の規定により当該期間内の日の属する各年分の不動産所得の金額、事業所得の金額、山林所得の金額又は雑所得の金額の計算上必要経費に算入されるその資産の償却費の額の累積額
２号前号に掲げる期間以外の期間４９条１項の規定に準じて政令で定めるところにより計算したその資産の当該期間に係る減価の額
（減価償却資産の償却費の計算及びその償却の方法）
４９条
１項居住者のその年１２月３１日において有する減価償却資産につきその償却費として３７条の規定によりその者の不動産所得の金額、事業所得の金額、山林所得の金額又は雑所得の金額の計算上必要経費に算入する金額は、その取得をした日及びその種類の区分に応じ、償却費が毎年同一となる償却の方法、償却費が毎年一定の割合で逓減する償却の方法その他の政令で定める償却の方法の中からその者が当該資産について選定した償却の方法（償却の方法を選定しなかつた場合には、償却の方法のうち政令で定める方法）に基づき政令で定めるところにより計算した金額とする。
２項前項の選定をすることができる償却の方法の特例、償却の方法の選定の手続、償却費の計算の基礎となる減価償却資産の取得価額、減価償却資産について支出する金額のうち使用可能期間を延長させる部分等に対応する金額を減価償却資産の取得価額とする特例その他減価償却資産の償却に関し必要な事項は、政令で定める。
（２）所得税法施行令の定め
１２０条の２
１項平成１９年４月１日以後に取得された減価償却資産（第６号に掲げる減価償却資産にあっては、当該減価償却資産についての所有権移転外リース取引に係る契約が平成２０年４月１日以後に締結されたもの）の償却費の額の計算上選定をすることができる法４９条１項に規定する政令で定める償却の方法は、次の各号に掲げる資産の区分に応じ当該各号に定める方法とする。
１号６条１号及び２号に掲げる減価償却資産（３号及び６号に掲げるものを除く。）
次に掲げる区分に応じそれぞれ次に定める方法
イ 平成２８年３月３１日以前に取得された減価償却資産（建物を除く。）次に掲げる方法（後略）
ロ イに掲げる減価償却資産以外の減価償却資産定額法
（２号以下略）
（減価償却資産の取得価額）
１２６条
１項減価償却資産の１２０条から１２２条までに規定する取得価額は、別段の定めがあるものを除き、次の各号に掲げる資産の区分に応じ当該各号に掲げる金額とする。１号購入した減価償却資産次に掲げる金額の合計額
イ 当該資産の購入の代価（引取運賃、荷役費、運送保険料、購入手数料、関税（関税法２条１項４号の２に規定する附帯税を除く。）その他当該資産の購入のために要した費用がある場合には、その費用の額を加算した金額）
ロ 当該資産を業務の用に供するために直接要した費用の額
（２号以下略）
２ 消費税法等の定め
（１）消費税法の定め
（課税標準）
２８条
１項課税資産の譲渡等に係る消費税の課税標準は、課税資産の譲渡等の対価の額（対価として収受し、又は収受すべき一切の金銭又は金銭以外の物若しくは権利その他経済的な利益の額とし、課税資産の譲渡等につき課されるべき消費税額及び当該消費税額を課税標準として課されるべき地方消費税額に相当する額を含まないものとする。以下この項及び３項において同じ。）とする。（後略）
（２項以下略）
（２）消費税法施行令の定め
（課税資産の譲渡等及び特定課税仕入れに係る消費税の課税標準の額）
４５条
１項法２８条１項及び２項に規定する金銭以外の物又は権利その他経済的な利益の額は、当該物若しくは権利を取得し、又は当該利益を享受する時における価額とする。２項次の各号に掲げる行為に該当するものの対価の額は、当該各号に定める金額とする。（後略）
３項事業者が課税資産の譲渡等（特定資産の譲渡等に該当するものを除く。以下この項において同じ。）に係る資産（以下この項において「課税資産」という。）と課税資産の譲渡等以外の資産の譲渡等に係る資産（以下この項において「非課税資産」という。）とを同一の者に対して同時に譲渡した場合において、これらの資産の譲渡の対価の額（法２８条１項に規定する対価の額をいう。以下この項において同じ。）が課税資産の譲渡の対価の額と非課税資産の譲渡の対価の額とに合理的に区分されていないときは、当該課税資産の譲渡等に係る消費税の課税標準は、これらの資産の譲渡の対価の額に、これらの資産の譲渡の時における当該課税資産の価額と当該非課税資産の価額との合計額のうちに当該課税資産の価額の占める割合を乗じて計算した金額とする。
３ 国税通則法の定め
（過少申告加算税）
６５条
１項期限内申告書（還付請求申告書を含む。３項において同じ。）が提出された場合（期限後申告書が提出された場合において、次条１項ただし書又は６項の規定の適用があるときを含む。）において、修正申告書の提出又は更正があったときは、当該納税者に対し、その修正申告又は更正に基づき３５条２項の規定により納付すべき税額に百分の十の割合を乗じて計算した金額に相当する過少申告加算税を課する。
２項前項の規定に該当する場合において、同項に規定する納付すべき税額（同項の修正申告又は更正前に当該修正申告又は更正に係る国税について修正申告書の提出又は更正があつたときは、その国税に係る累積増差税額を加算した金額）がその国税に係る期限内申告税額に相当する金額と５０万円とのいずれか多い金額を超えるときは、同項の過少申告加算税の額は、同項の規定にかかわらず、同項の規定により計算した金額に、当該超える部分に相当する税額（同項に規定する納付すべき税額が当該超える部分に相当する税額に満たないときは、当該納付すべき税額）に百分の五の割合を乗じて計算した金額を加算した金額とする。
（３項略）
４項１項又は２項に規定する納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうちにその修正申告又は更正前の税額（還付金の額に相当する税額を含む。）の計算の基礎とされていなかつたことについて正当な理由があると認められるものがある場合には、これらの項に規定する納付すべき税額からその正当な理由があると認められる事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額を控除して、これらの項の規定を適用する。
（５項略）
以上
（別紙３）
本件各更正処分及び本件各賦課決定処分の根拠及び適法性
第１ 本件各更正処分の根拠及び適法性
１ 本件所得税更正処分の根拠
被告が本訴において主張する原告の平成２３年分の所得税に係る納付すべき税額等は、次のとおりである。
（１）総所得金額
５４０３万２７６７円
上記金額は、次のアないしウの各金額の合計額である（所得税法２２条２項）。
ア 事業所得の金額
２１５３万３７３８円
上記金額は、原告が、平成２４年１２月２６日に館林税務署長に提出した平成２３年分の所得税の修正申告書（以下「平成２３年分修正申告書」という。乙９。）に記載された事業所得の金額と同額である。
イ 不動産所得の金額
３２３８万０８２９円
上記金額は、以下の（ア）の総収入金額から、同（イ）の必要経費の金額及び同（ウ）の青色申告特別控除額をそれぞれ差し引いた後の金額である。
（ア）総収入金額
９５７０万１９２３円
上記金額は、平成２３年分修正申告書に記載された不動産所得の総収入金額と同額である。
（イ）必要経費
６３２２万１０９４円
上記金額は、以下のａないしｍの各金額の合計額である。
ａ 租税公課
１６６０万７０１０円
上記金額は、平成２３年分所得税青色申告決算書（不動産所得用）（以下「平成２３年分決算書」という。乙６。）に記載された「租税公課」欄の金額と同額である。
ｂ 損害保険料
１万２５００円
上記金額は、平成２３年分修正申告において、原告自らが是正した損害保険料の未計上額である。
ｃ 修繕費
７０６万７８７５円
上記金額は、原告が平成２３年分決算書の「修繕費」欄に記載した金額８３０万９８８７円から、平成２３年分修正申告において、原告自らが是正した修繕費の過大計上額１２４万２０１２円を控除した後の金額である。
ｄ 減価償却費
１９２６万９９２８円
上記金額は、以下の（ａ）の金額から同（ｂ）の金額を控除した後の金額である。
（ａ）平成２３年分修正申告における減価償却費
２５４４万１７２７円
上記金額は、原告が平成２３年分決算書の「減価償却費」欄に記載した金額２６３３万８４８１円から、平成２３年分修正申告において、原告自らが是正した減価償却費の過大計上額８９万６７５４円を控除した後の金額である。
（ｂ）本件建物に係る減価償却費の減少額
６１７万１７９９円
上記金額は、原告が平成２３年分所得税の確定申告において計算した本件建物の減価償却費１６５５万２２９１円と被告が主張する本件建物の減価償却費１０３８万０４９２円との差額である。
なお、被告が主張する本件建物の減価償却費の額の具体的な計算根拠は、下記２において述べるとおりである。
ｅ 借入金利子
１４１０万８５１０円
上記金額は、平成２３年分決算書に記載された「借入金利子」欄の金額と同額である。
ｆ エレベーター保守費
４８万００００円
上記金額は、平成２３年分決算書に記載された「エレベータホッシュ」欄の金額と同額である。
ｇ ゴミ出し管理費
１２万００００円
上記金額は、平成２３年分決算書に記載された「ゴシ出シ管理」欄の金額と同額である。
ｈ リース料
２２２万１９７０円
上記金額は、平成２３年分決算書に記載された「リース」欄の金額と同額である。
ｉ 水道光熱費
１１０万７１０３円
上記金額は、平成２３年分決算書に記載された「水道光熱費」欄の金額と同額である。
ｊ 通信広告費
９４万２４２１円
上記金額は、平成２３年決算書に記載された「通信広告費」欄の金額と同額である。
ｋ 旅費交通費
１４万５７５０円
上記金額は、平成２３年決算書に記載された「旅費交通費」欄の金額と同額である。
ｌ 弁護士費用
１０万００００円
上記金額は、平成２３年分決算書に記載された「弁護士費用」欄の金額と同額である。
ｍ その他の経費
１０３万８０２７円
上記金額は、平成２３年分修正申告において、原告自らが是正したその他の経費の未計上額である。
（ウ）青色申告特別控除額
１０万００００円
上記金額は、平成２３年分決算書に記載された「青色申告特別控除額」欄の金額と同額である。
ウ 給与所得の金額
１１万８２００円
上記金額は、平成２３年分修正申告書に記載された「給与所得」欄の金額と同額である。
（２）所得控除の合計額
６１万１１６０円
上記金額は、平成２３年分修正申告書に記載された「所得から差し引かれる金額」欄記載の金額の合計額と同額である。
（３）課税総所得金額
５３４２万１０００円
上記金額は、上記（１）の総所得金額５４０３万２７６７円から同（２）の所得控除の合計額６１万１１６０円を控除した後の金額（ただし、国税通則法（以下「通則法」という。）１１８条１項の規定により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）である。
（４）納付すべき税額
９４９万３２００円
上記金額は、以下のアの課税総所得金額に対する税額から、同イの源泉徴収税額及び同ウの予定納税額をそれぞれ差し引いた後の金額（ただし、通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）である。
ア 課税総所得金額に対する税額
１８５７万２４００円
上記金額は、上記（３）の課税総所得金額５３４２万１０００円に所得税法８９条１項（平成２５年法律第５号による改正前のもの。以下について同じ。）の税率を乗じて算出した金額である。
イ 源泉徴収税額
２１万５７８０円
上記金額は、平成２３年分修正申告書に記載された「源泉徴収額」欄の金額と同額である。
ウ 予定納税額
８８６万３４００円
上記金額は、平成２３年分修正申告書に記載された「予定納税額（第１期分・第２期分）」欄の金額と同額である。
２ 本件建物の減価償却費の額及び計算根拠
本件建物に係る減価償却費の額は、下記（１）の取得価額９２６８万２９６４円に下記（２）の償却方法における下記（３）の耐用年数の償却率０．１１２（減価償却資産の耐用年数等に関する省令（以下「耐用年数省令」という。）別表第８）を乗じて算出した１０３８万０４９２円である。
（１）取得価額
９２６８万２９６４円
上記金額は、以下のアないしエの各金額の合計額である。
ア 本件第１契約書に記載の本件建物の売買代金
８００８万５４２５円
上記金額は、本件第１契約書に記載された本件建物の売買代金である。
イ その他差押登記等抹消費用等のうち本件建物に係る金額
１０９７万６１７５円
上記金額は、その他差押登記等抹消費用等４７２５万円に本件第１契約書に記載された本件土地建物の価額に占める本件建物の価額の割合を乗じて算出した金額である。
ウ 本件仲介手数料のうち本件建物に係る金額
１６１万２０７２円
上記金額は、本件仲介手数料７００万円に本件第１契約書に記載された本件土地建物の価格に占める本件建物の価額の割合を乗じて算出した金額である。
エ 本件収入印紙負担額のうち本件建物に係る金額
９２９２円
上記金額は、本件収入印紙負担額４万円に本件第１契約書に記載された本件土地建物の価額に占める本件建物の価額の割合を乗じて算出した金額である。
（２）償却方法
定額法
本件建物の償却方法は、原告が本件建物を取得したのが平成２２年８月４日であることから定額法となる（所得税法施行例１２０条の２第１項１号）。
（３）耐用年数
９年
本件建物の耐用年数は、耐用年数省令別表第１「機械及び装置以外の有形減価償却資産の耐用年数表」における「種類」が「建物」の「構造又は用途」が「金属造りのもの（骨格材の肉厚が４ミリメートルを超えるものに限る。）」（乙１５）、「細目」が「店舗用、住宅用、寄宿舎用、宿泊所用、学校用又は体育館用のもの」の年数「３４年」を基に、耐用年数省令３条１項２号ロの規定を適用して算出した９年である。
３ 本件所得税更正処分の適法性
上記１（４）で述べたとおり、被告が適正に計算した原告の平成２３年分の納付すべき所得税額は、９４９万３２００円であるところ、この金額は、本件所得税更正処分における納付すべき所得税額９４９万２８００円を上回るから、本件所得税更正処分は適法である。
第２ 本件消費税等更正処分の根拠及び適法性
１ 本件所得税等更正処分の根拠
被告が本訴において主張する原告の平成２２年課税期間分の消費税等の課税標準額及び納付すべき税額等は、それぞれ次のとおりである。
（１）課税標準額
１億３２７０万７０００円
上記金額は、原告が平成２４年１２月２６日に館林税務署長に提出した平成２２年課税期間分の消費税等の修正申告書（以下「平成２２年課税期間分第２修正申告書」という。乙１０。）に記載された課税標準額と同額である。
（２）課税標準額に対する消費税額
５３０万８２８０円
上記金額は、上記（１）の課税標準額に消費税法２９条（平成２４年法律第６８号による改正前のもの）の規定により１００分の４の税率を乗じた金額である。
（３）控除対象仕入税額
４８５万４３０２円
上記金額は、消費税法３０条２項の規定により、課税売上割合（同条６項）が１００分の９５に満たないときにおいて、以下のウの課税仕入れに係る消費税額に同アの課税売上割合を乗じて算出した金額である。
ア 課税売上割合
０．８５７７２２７１０４４
上記割合は、消費税法３０条６項に規定する割合で、以下の（ア）の金額を同（ア）及び（イ）の合計額で除した割合である。
（ア）課税資産の譲渡等の対価の額
１億３２７０万７２１２円
上記金額は、平成２２年課税期間分第２修正申告書の付表２「課税売上割合・控除対象仕入額等の計算表」の「課税資産の譲渡等の対価の額（①＋②＋③）」欄の金額と同額である。
（イ）非課税売上額
２２０１万３２０１円
上記金額は、平成２２年課税期間分第２修正申告書の付表２「課税売上割合・控除対象仕入額等の計算表」の「非課税売上額」欄の金額と同額である。
イ 課税仕入れに係る支払対価の額
１億４８５６万２４９９円
上記金額は、以下の（ア）の金額から同（イ）の金額を控除した後の金額である。
（ア）平成２２年課税期間分第２修正申告における課税仕入れに係る支払対価の額２億３３９０万０２２１円
上記金額は、原告が平成２３年４月１３日に館林税務署長に提出した平成２２年課税期間分の消費税等の修正申告書（以下「平成２２年課税期間分第１修正申告書」という。乙８。）の付表２「課税売上割合・控除対象仕入税額等の計算表」の「課税仕入れに係る支払対価の額（税込み）」欄記載の金額２億４８１３万１９３２円から、平成２２年課税期間分第２修正申告において、原告自らが是正した課税仕入れに係る支払対価の額の過大計上額１４２３万１７１１円を控除した後の金額である。なお、平成２２年課税期間分第２修正申告書の付表２「課税売上割合・控除対象仕入税額等の計算表」の「課税仕入れに係る支払対価の額（税込み）」欄記載の金額は、２億４７３０万０２２１円であるが、２億３３９０万０２２１円の記載誤りと思料される。
（イ）本件課税仕入れ額の減少額
８５３３万７７２２円
上記金額は、原告が平成２２年課税期間分第２修正申告において本件課税仕入れ額とした１億８３９１万４３４７円と被告が主張する本件課税仕入れ額９８５７万６６２５円との差額である。
なお、被告が主張する本件課税仕入れ額の具体的な計算根拠は、下記２において述べるとおりである。
ウ 課税仕入れに係る消費税額
５６５万９５２４円
上記金額は、上記イの課税仕入れに係る支払対価の額に１０５分の４を乗じた金額である。
（４）納付すべき消費税額
４５万３９００円
上記金額は、上記（２）の課税標準額に対する消費税額から、上記（３）の控除対象仕入税額を控除した金額（ただし、通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
（５）既に還付の確定した消費税額
２３３万４２４２円
上記金額は、平成２２年課税期間分第２修正申告書に記載された「控除不足還付税額」欄の金額と同額である。
（６）差引納付すべき消費税額
２７８万８１００円
上記金額は、上記（４）の納付すべき消費税額に同（５）の既に還付の確定した消費税額を加算した後の金額（ただし、通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）であり、本件消費税等更正処分により原告が新たに納付すべき消費税額である。
（７）地方消費税の課税標準額
４５万３９００円
上記金額は、上記（４）の納付すべき消費税額であり、地方税法７２条の７７第２号及び７２条の８２の規定に基づく地方消費税の課税標準額である。
（８）給付すべき譲渡割額
１１万３４００円
上記金額は、地方税法７２条の８３（平成２４年法律第６９号による改正前のもの）の規定に基づき、上記（７）の地方消費税の課税標準額に税率１００分の２５を乗じて算出した金額（ただし、地方税法制定附則９条の６第１項及び通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
（９）既に還付の確定した譲渡割額
５８万３５６０円
上記金額は、平成２２年課税期間分第２修正申告書に記載された「譲渡割額」欄の「還付額」欄の金額と同額である。
（10）差引納付すべき譲渡割額
６９万６９００円
上記金額は、上記（８）の納付すべき譲渡割額に同（９）の既に還付の確定した譲渡割額を加算した後の金額（ただし、地方税法制定附則９条の６第１項及び通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）であり、本件消費税等更正処分により原告が新たに納付すべき譲渡割額である。
（11）消費税及び地方消費税の合計納付税額
３４８万５０００円
上記金額は、上記（６）の差引納付すべき消費税額と上記（10）の差引納付すべき譲渡割額の合計額であり、本件消費税等更正処分により原告が新たに納付すべき消費税額と譲渡割額との合計額である。
２ 本件課税仕入れ額及び計算根拠
本件課仕入れ額は、９８５７万６６２５円であり、以下の（１）の本件建物の取得に係る支払対価の額９１０６万１６００円に同（２）の本件仲介手数料の額７００万円及び同（３）の本件登記手数料の額５１万５０２５円を加算した金額である。
（１）本件建物の取得に係る支払対価の額
９１０６万１６００円
上記金額は、本件第１契約書に記載の本件建物の売買代金８００８万５４２５円に、その他差押登記等抹消費用等４７２５万円に本件第１契約書に記載された本件土地建物の価額に占める本件建物の価額の割合を乗じて算出した金額１０９７万６１７５円を加算した金額である。
（２）本件仲介手数料の額
７００万００００円
上記金額は、本件仲介手数料の金額である。
（３）本件登記手数料の額
５１万５０２５円
上記金額は、本件登記手数料の金額である。
３ 本件消費税等更正処分の適法性
上記１（６）、（10）、（11）で述べたとおり、被告が適正に計算した原告の平成２２年課税期間分の納付すべき消費税額及び地方消費税の譲渡割額は、それぞれ２７８万８１００円及び６９万６９００円であるところ、この金額は、本件消費税等更正処分における納付すべき消費税額及び地方消費税の譲渡割額といずれも同額であるから、本件消費税等更正処分は適法である。
第３ 本件各賦課決定処分の根拠及び適法性
１ 本件各賦課決定処分の根拠
上記第１及び第２のとおり、本件各更正処分はいずれも適法であるところ、平成２３年分の所得税及び平成２２年課税期間分の消費税等について、原告は納付すべき税額を過少に申告したものであり、納付すべき税額を過少に申告したことについて、通則法６５条４項に規定する「正当な理由」は認められない。
したがって、本件各更正処分に伴って賦課される過少申告加算税の額は、通則法６５条の規定に基づき、次のとおり計算した金額である。
（１）本件所得税賦課決定処分
２４万６０００円
上記金額は、通則法６５条１項の規定に基づき、本件所得税更正処分により原告が新たに納付すべき所得税額２４６万円（ただし、同法１１８条３項の規定により１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に、１００分の１０を乗じて算出した金額である。
（２）本件消費税等賦課決定処分
５２万２０００円
上記金額は、通則法６５条１項の規定に基づき、本件消費税等更正処分により原告が新たに納付すべき消費税等の額３４８万円（ただし、同法１１８条３項の規定により１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。以下同じ。）に、１００分の１０を乗じて算出した金額３４万８０００円と、同法６５条２項の規定に基づき、上記新たに納付すべき消費税等の額３４８万円に１００分の５を乗じて算出した金額１７万４０００円との合計額である。
２ 本件各賦課決定処分の適法性
上記１（１）及び（２）で述べたとおり、被告が適正に計算した原告に課されるべき過少申告加算税の額は、それぞれ２４万６０００円及び５２万２０００円であるところ、これらの金額は、本件賦課決定処分における過少申告加算税の額といずれも同額であるから、本件各賦課決定処分はいずれも適法である。
以上
別表１
所得税の課税処分等の経緯
（単位：円）
確定申告
修正申告
賦課決定処分
更正処分等
審査請求
減額更正処分等
裁決
被告主張額
区分
順号
（期限内）
平成24年12月26日平成25年2月18日
平成25年3月5日
平成25年4月3日
平成25年7月1日
平成26年3月28日
総所得金額
①
42,284,918
47,860,968
54,042,155
54,031,726
54,032,767
事業所得の金額
②
17,030,115
21,533,738
21,533,738
21,533,738
21,533,738
不動産所得の金額
③
25,254,803
26,209,030
32,390,217
32,379,788
32,380,829
内訳
給与所得の金額
④
118,200
118,200
118,200
118,200
所得控除の合計額
⑤
611,160
611,160
611,160
611,160
611,160
課税総所得金額
⑥
41,673,000
47,249,000
53,430,000
53,420,000
53,421,000
課税総所得金額に対する税額
⑦
13,873,200
16,103,600
18,576,000
18,572,000
18,572,400
源泉徴収税額
⑧
215,780
215,780
215,780
215,780
申告納税額
⑨
13,873,200
15,887,800
18,360,200
18,356,200
18,356,600
予定納税額
⑩
8,863,400
8,863,400
8,863,400
8,863,400
8,863,400
納付すべき税額
⑪
5,009,800
7,024,400
9,496,800
9,492,800
9,493,200
過少申告加算税の額
⑫
201,000
247,000
全部取消し
246,000
棄却
246,000
別表２
消費税等の課税処分等の経緯
（単位：円）
確定申告
第１修正申告
第２修正申告
賦課決定処分
更正処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
裁決
区分
（期限内）
平成23年4月13日平成24年12月26日平成25年2月18日
平成25年3月5日
平成25年4月3日
平成25年5月31日
平成25年6月17日
平成26年3月28日
課税標準額
132,095,000
132,095,000
132,707,000
132,707,000
132,707,000
仕入税額
控除の額
8,144,736
8,127,572
7,642,522
4,851,128
4,854,302
納付すべき
消費税額
△2,860,936
△2,843,772
△2,334,242
457,100
453,900
納付すべき
地方消費税額
△715,234
△710,943
△583,560
114,200
113,400
過少申告
加算税の額
69,500
522,000
全部取消し
522,000
全部取消し
棄却
（注）「納付すべき消費税額」欄及び「納付すべき地方消費税額」欄の△印は、還付金の額に相当する税額を示す。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2016/pdf/12901.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。