税務訴訟資料第２６７号－９４（順号１３０４３）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（練馬東税務署長）
平成２９年８月２９日棄却・確定
判決
原告
株式会社Ｃ
同代表者代表取締役
甲
同訴訟代理人弁護士
本多芳樹
被告
国
同代表者法務大臣
上川陽子
処分行政庁
練馬東税務署長
伊藤絹代
被告指定代理人
尾江雅史
同
酒井武
同
寺本大介
同
種草省夫
同
鈴木彩
同
松隈日出海
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 処分行政庁が平成２７年１０月７日付けで原告に対してした平成２５年３月１日から平成２６年２月２８日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、欠損金額マイナス１億８７８３万２４１４円、還付所得税額２２１７円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
２ 処分行政庁が平成２７年１０月７日付けで原告に対してした平成２５年３月１日から平成２６年２月２８日までの課税事業年度の復興特別法人税の更正処分のうち、課税標準法人税額０円、還付復興特別所得税額４６円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
第２ 事案の概要
１ 本件は、原告が、東日本大震災の際に生じたＤ原子力発電所の事故（以下「本件原発事故」という。）によりＥ株式会社（当時。現商号は「Ｆ株式会社」である。以下「Ｅ」という。）から受領した損害賠償金について、平成２５年３月１日から平成２６年２月２８日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）の決算において特別利益として収益の額に計上するとともに、本件事業年度の法人税の申告においては所得金額から減算して確定申告をしたところ、処分行政庁が、当該賠償金の額は所得金額から減算できないなどとして、それぞれ平成２７年１０月７日付けで原告に対してした、①本件事業年度の法人税の更正処分（以下「本件更正処分１」という。）、②本件事業年度の過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分１」という。）、③平成２５年３月１日から平成２６年２月２８日までの課税事業年度（以下「本件課税事業年度」という。）の復興特別法人税の更正処分（以下「本件更正処分２」といい、本件更正処分１と併せて「本件各更正処分」という。）及び④本件課税事業年度の過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分２」といい、本件賦課決定処分１と併せて「本件各賦課決定処分」というほか、本件各更正処分と本件各賦課決定処分を併せて「本件各更正処分等」という。）の各取消しを求める事案である。
２ 関係法令の定め
関係法令は、別紙１「関係法令の定め」のとおりである（以下、法令の名称並びに用語の表記及び略称については、別紙１の定めに従う。）。
３ 前提事実（当事者間に争いがない。）
（１）当事者等
ア 原告は、昭和４９年に設立され、東京都練馬区に本店を置き、一般建築請負業等を目的とする、資本金の額が３０００万円の株式会社である。
イ 原告は、本件原発事故の発生当時、福島県双葉郡において、賃貸用の工場及び店舗を有していた。
（２）原告がＥから受領した賠償金
原告は、以下のとおり、原告とＥとの間の契約に基づき、Ｅから、本件原発事故により原告が被った損害に関する賠償金（以下「本件賠償金」という。）として、合計５億９３１０万０３１６円を受領した。
ア 原告は、原告とＥとの間の平成２５年３月２１日付け「合意書」（乙５）による合意に基づき、同月２８日、Ｅから９３２１万６０９０円を受領した。
イ 原告は、原告とＥとの間の平成２５年７月１６日付け「和解契約書（全部和解）」（乙８）による和解に基づき、同月２５日、Ｅから４億１５６３万８４５６円を受領した。
ウ 原告は、原告とＥとの間の平成２６年２月３日付け「和解契約書（全部和解）」（乙１０）による和解に基づき、同月１０日、Ｅから８４２４万５７７０円を受領した。
（３）原告代表者がした税務相談
原告代表者は、平成２６年２月７日及び同年４月１１日、それぞれ、練馬東税務署（以下「本件税務署」という。）において、本件賠償金の課税上の取扱いについての税務相談（以下「本件税務相談」という。）をした。
（４）原告がした法人税等の確定申告
ア 原告は、平成２６年４月１７日、本件事業年度分の法人税の確定申告（以下「本件法人税確定申告」という。）において、本件賠償金について、原発災害賠償金として５億９３１０万０３１６円を特別利益に計上した上で、原発災害賠償金認容額として同額を所得金額から減算し、別表Ａ表１の「確定申告」欄のとおり記載した上記申告に係る青色の確定申告書（以下「本件法人税確定申告書」という。乙１）を処分行政庁に提出した。
イ 原告は、平成２６年４月１７日、本件課税事業年度分の復興特別法人税の確定申告（以下「本件復興特別法人税確定申告」といい、本件法人税確定申告と併せて「本件各申告」という。）について、別表Ａ表２の「確定申告」欄のとおり記載した上記申告に係る青色の確定申告書（以下「本件復興特別法人税確定申告書」という。乙３）を処分行政庁に提出した。
（５）本件各更正処分等
ア 処分行政庁は、平成２７年１０月７日付けで、原告に対し、本件事業年度の法人税及び本件課税事業年度の復興特別法人税について、それぞれ、別表Ａの「更正等」欄のとおり本件各更正処分等をした。
イ 原告は、平成２７年１１月２５日、国税不服審判所長に対し、本件各更正処分等を不服として、通則法（平成２６年法律第６９号による改正前のもの）７５条４項１号の規定により審査請求をしたが、国税不服審判所長は、平成２８年８月２５日、当該審査請求を棄却する旨の裁決をした。
（６）本訴提起
原告は、平成２８年１１月１０日、本件訴えを提起した。（顕著な事実）
４ 被告の主張する本件各更正処分等の根拠
別紙２のとおりである。
第３ 争点
１ 本件賠償金の額は、原告の本件事業年度の法人税の所得金額の計算上、損金の額に算入されるべきか否か。（争点１）
２ 原告を復興財確法４２条に規定する復興特別法人税の納税義務者である「法人」から除くと解すべきか否か。（争点２）
３ 本件各申告が過少申告であったことについて通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があるか否か。（争点３）
第４ 争点についての当事者の主張
１ 本件賠償金の額は、原告の本件事業年度の法人税の所得金額の計算上、損金の額に算入されるべきか否か。（争点１）
（１）原告の主張
ア 本件原発事故により生じた損害についてＥから支払われる賠償金一般（以下「原発事故賠償金」という。）の性質等について
原発事故賠償金は、本件原発事故に起因して発生した放射能による環境汚染により避難を余儀なくされたり事業を行うことができなくなったりした被災者の生活再建や事業再生の賠償として、本件原発事故に責任があるＥから被災者に支払われるものである。被告は、これまで積極的に原子力行政を推し進めてきたのであるから、Ｅと同様に本件原発事故に責任の一端がある。Ｅは、被告が設置した原子力損害賠償支援機構からの支援金をもとに原発事故賠償金を被災者に支払っているのであり、同機構には国庫から多額の資金が流入している以上、原発事故賠償金の実質的負担者は被告といえる。国庫の財源が、国民から徴収した税金が主であることからすると、被災者が受領した原発事故賠償金に課税するのは、加害者に当該賠償金の一部を環流させるに等しく、被災者救済のために原子力損害の賠償に関する法律に基づき原子力損害賠償機構を設けた趣旨を没却する。また、今後数十年間にわたり続くという本件原発事故による放射能被害の性質上、被災者の生活再建や事業再生するためには、税引き後の原発事故賠償金の額のみでは極めて不十分である。
イ 口蹄疫免税臨特法を類推適用すべきであること
平成２２年４月に宮崎県で発生した口蹄疫については、議員立法により口蹄疫免税臨特法が制定され、法人が、口蹄疫手当金（別紙１の第４の２）の交付を受けた場合には、当該法人の当該口蹄疫手当金に係る利益の額に相当する金額は、当該口蹄疫手当金の交付を受けた日を含む事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入することを内容とする免税措置が執られている。この点、原発事故賠償金と口蹄疫手当金とでは、いずれも被災者の生活再建のための金銭であること、生活再建のためには免税措置が必要不可欠なものであることなどで共通しており、原発事故賠償金については、口蹄疫手当金と同一の取扱いをすることが租税法の根本原則である租税の公平性に資する。また、口蹄疫手当金の場合と異なり、本件原発事故の責任は被告にあるから、原発事故賠償金を受け取る被災者の方が、口蹄疫手当金を受け取る者よりも免税措置を講ずべき必要性は大きい。
以上によれば、本件賠償金については、「別段の定め」（法人税法２２条３項柱書き）である口蹄疫免税臨特法２条１項を類推適用してこれを損金に算入すべきである。
（２）被告の主張
ア 損金の意義等
法人税法上、内国法人に対して課する各事業年度の所得に対する法人税の課税標準は、各事業年度の所得の金額とされているところ（法人税法２１条）、内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とされ（同法２２条１項）、当該事業年度の損金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、①当該事業年度の収益に係る売上原価、完成工事原価その他これらに準ずる原価の額（同条３項１号）、②上記①に掲げるもののほか、当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用（償却費以外の費用で当該事業年度終了の日までに債務の確定しないものを除く。）の額（同条３項２号）、③当該事業年度の損失の額で資本等取引以外の取引に係るもの（同条３項３号）とするとされている（同条３項）。そして、法人税法２２条３項の「損金」とは、資本等取引以外の取引で純資産の減少の原因となる支出その他経済的価値の減少をいうものであることからすれば、これを意味するものといえないものは法人税法２２条３項各号に掲げる額に当たらず、別段の定めによらなければ損金の額には算入されないと解される。
イ 本件への当てはめ
本件賠償金の額は、本件原発事故に伴い、Ｅから原告が被った損害に関する賠償金として、原告がＥから受領したものであり、原告の純資産を増加させるものであるから、原告の純資産の減少の原因となる支出その他経済的価値の減少には当たらず、法人税法２２条３項各号に掲げる額のいずれにも該当しないことは明らかである。また、本件賠償金の額について、法人税法上損金の額に算入する旨を定めた別段の定めはなく、他の法令においても損金の額に算入することができるとする規定はない。
したがって、本件賠償金の額を損金の額に算入することはできない。
ウ 口蹄疫免税臨特法を類推適用すべきとの原告の主張に対する反論
（ア）租税公平主義を根拠とする原告の主張に理由がないこと
ａ 租税公平主義は、税負担は国民の間に担税力に即して公平に配分されなければならず、各種の租税法律関係において国民は平等に取り扱われなければならないという原則であり、担税力に即した課税のほか租税の公平ないし中立性を要請する。そして、公平ないし中立性の要請は、課税の上で、同様の状況にあるものは同様に、異なる状況にあるものは状況に応じて異なって取り扱われるべきことを要求する。
ｂ 口蹄疫免税臨特法は、口蹄疫対策特別措置法（平成２２年法律第４４号）が、平成２２年４月以降において発生が確認された口蹄疫に起因して生じた事態に対処するため、口蹄疫のまん延が牛、豚等の家畜の所有者に与える影響に配慮して、国及び地方公共団体において必要な税制上の措置を講ずるものと規定したことを受けて制定されたものである。そして、口蹄疫免税臨特法は、口蹄疫手当金について、同法２条１項に規定する法人税の特例を受けることができるものと規定している。その上で、口蹄疫免税臨特法は、法人が指定期間内に口蹄疫手当金の交付を受けた場合に限り、当該口蹄疫手当金に係る利益の額に相当する金額は、当該口蹄疫手当金の交付を受けた日を含む事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する旨規定している（同法１条１項、２条１項）。
ｃ これに対し、本件賠償金は、本件原発事故に伴い、原告が被った損害に関する賠償金として、原告がＥとの合意等に基づきＥから受領したものであるから、口蹄疫手当金に該当しないものであることは明らかである上、本件賠償金と口蹄疫手当金とはその支払われる場面が全く異なる状況にあるといえる。そうすると、本件賠償金が、口蹄疫手当金と異なる取扱いを受けたとしても、異なる状況にあるものは状況に応じて異なって取り扱われるべきことをその内容の一つとする、租税公平主義に反することにはならない。
（イ）原告の主張は租税法律主義の原則に反するものであること
ａ 租税法律主義は、法律の根拠に基づくことなしには、国家は租税を賦課・徴収することはできず、国民は租税の納付を要求されることはないという原則であり、その内容としては、①課税要件法定主義（課税要件及び租税の賦課・徴収の手続は法律によって規定されなければならないこと）、②課税要件明確主義（法律やその委任の下に政令や省令において課税要件及び租税の賦課・徴収の手続はなるべく一義的で明確でなければならないこと）、③合法性の原則（租税法は強行法であるから、課税要件が充足されている限り、課税庁には、租税の減免、租税不徴収の自由がなく、法律で定められたとおりの税額を徴収しなければならないこと）、④手続的保障原則（租税の賦課・徴収は、適正な手続で行われなければならず、それに対する争訟は公正な手続で解決されなければならないこと）が挙げられている。
ｂ しかるところ、内国法人の各事業年度の所得は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とされ（法人税法２２条１項）、当該事業年度の損金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、法人税法２２条３項各号に掲げる額とされており、根拠となる規定が明確に定められているのであるから、本件賠償金の額を損金の額に算入すべきか否かについては、本件賠償金の額が法人税法２２条３項各号に規定する額に該当するか否か、本件賠償金の額を損金の額に算入することを規定した別段の定めがあるか否かという、法人税法上の明文の規定に基づく判断をすべきである。
したがって、本件賠償金について、口蹄疫免税臨特法２条１項を類推適用すべきとの原告の主張は、法人税法上の明文の規定から離れた適用を求めるものであり、租税法律主義の原則に反し、理由がない。
（ウ）原告の主張は租税法の解釈として不合理であること
ａ 租税法は侵害規範であり、法的安定性の要請が強く働くから、その解釈は原則として文理解釈によるべきであり、みだりに拡張解釈や類推解釈を行うことは許されないとされており、文理解釈によって規定の意味内容を明らかにすることが困難な場合に、規定の趣旨目的に照らしてその意味内容を明らかにしなければならないものである。
ｂ しかるところ、本件賠償金の額を損金の額に算入すべきか否かは、法人税法上の明文の規定に基づいて判断すべきであり、口蹄疫免税臨特法は、同法２条１項の法人税の特例を受けることができる口蹄疫手当金の範囲を、同法１条１項及び同法２条１項において明確かつ具体的に規定しているのであるから、これらの規定を本件賠償金に対して類推適用する余地がないことは、文理上明らかである。
したがって、本件賠償金について、口蹄疫免税臨特法２条１項を類推適用すべきとの原告の主張は、租税法の解釈として理由がない。
（３）被告の主張に対する原告の反論
被告は、租税法の解釈は原則として文理解釈によるべきであり、みだりに拡張解釈や類推解釈をすることは許されないなどと主張するが、正当な理由がある場合にまで拡張解釈や類推適用することが禁じられるものではないところ、本件賠償金については、口蹄疫手当金の場合よりも被災者救済の必要性は大きいといえ、類推適用することについての正当な理由があり、租税法の解釈として不合理とはいえない。
２ 原告を復興財確法４２条に規定する復興特別法人税の納税義務者である「法人」から除くと解すべきか否か。（争点２）
（１）原告の主張
復興財確法の趣旨は、東日本大震災からの復興を図るために実施する施策に必要な財源を確保する特別措置を講じることにある。しかし、東日本大震災の被災者である法人から復興特別法人税という名目で課税して国庫に環流させると、上記１（１）アと同様に、被災者の事業再生を阻害し、東日本大震災からの復興をかえって阻害することになる。そうすると、Ｅより原発事故賠償金を受けた法人は、復興特別法人税の納税義務者である「法人」（復興財確法４２条）からは除かれると解すべきである。
したがって、Ｅから本件賠償金を受領した原告は、復興特別法人税の納税義務者である「法人」に当たらないから、この点に関する復興財確法の解釈を誤った本件更正処分２は違法であり、取り消されるべきである。
（２）被告の主張
ア 復興特別法人税の納税義務者について
復興特別法人税の納税義務者について、法人は、基準法人税額につき、復興特別法人税を納める義務があるとされており（復興財確法４２条）、法人の各課税事業年度の基準法人税額には、復興特別法人税を課するとされているところ（同法４３条）、各課税事業年度の基準法人税額とは、法人の指定期間内に最初に開始する事業年度開始の日から同日以後３年を経過する日までの期間内の日の属する当該法人の法人税の課税標準である各事業年度の所得の金額につき、法人税法その他の法人税の税額の計算に関する法令の規定により計算した法人税の額とされている。そして、各課税事業年度の復興特別法人税の額は、各課税事業年度の基準法人税額に基づき同法４７条の規定により計算した課税標準法人税額に１００分の１０の税率を乗じて計算した金額とされている（同法４８条）。
イ 本件への当てはめ
原告は、東京都練馬区に本店を置く株式会社であり、法人税法２条３号に規定する内国法人に該当するから、復興財確法４２条に定める「法人」に該当し、また、原告の本件課税事業年度における基準法人税額は、原告の指定期間内に最初に開始する事業年度開始の日から同日以後３年を経過する日までの期間内の日に属する本件事業年度の法人税額に基づき８３２８万９０００円と算定されるから（上記第２の４、別紙２の第１の２）、原告が復興特別法人税の納税義務を負うことは明らかである。
したがって、原告は、復興特別法人税の納税義務者に該当する。
ウ 原告の主張に対する反論
原告が復興財確法４２条に規定する復興特別法人税の納税義務を負う「法人」に該当することは、文理上明らかであるところ、租税法においては、文理解釈によって規定の意味内容を明らかにすることが困難な場合に限り、規定の趣旨目的に照らしてその意味内容を明らかにする余地が生じるというべきであるから、この点に関する原告の主張には理由がない。
（３）被告の主張に対する原告の反論
被告は、租税法の解釈は原則として文理解釈によるべきであり、みだりに拡張解釈や類推解釈を行うことは許されないなどと主張するが、正当な理由がある場合にまで文理解釈に拘泥すべきではなく、趣旨目的を考慮して縮小解釈をすることが禁止されるものではない。上記１（１）アに照らすと、復興財確法４２条の「法人」を縮小解釈し、Ｅから原発事故賠償金を受けている法人を除くと解することの正当な理由がある。
３ 本件各申告が過少申告であったことについて通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があるか否か。（争点３）
（１）原告の主張
ア 原告が日本弁護士連合会において作成した平成２５年７月１９日付け「Ｄ原子力発電所の事故によりＥ株式会社から支払われる損害賠償金の非課税立法に関する提言」（以下「本件日弁連提言」という。甲３）の内容について客観的に正しいと信じたこと原告は、本件日弁連提言の「原発事故賠償金は、その支払いを受ける内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入しない」とする非課税措置が講じられるべきであるとする旨の提言が客観的に正しいと信じており、本件日弁連提言の趣旨に従い、本件事業年度の法人税の確定申告を期限内に行った。本件日弁連提言は、社会的正義の実現という使命を負う弁護士の総意を代表する公益的側面を有しているといえ、このことからすると、原告が本件日弁連提言の上記内容を客観的に正しいと信じたことは、原告の責めに帰することのできない客観的な事情といえる。
イ 本件税務相談の際、本件税務署の職員が、原告代表者に対し過少申告加算税を賦課されないためのアドバイスをしなかったこと
原告代表者は、自らの顧問税理士である乙税理士（以下「本件税理士」という。）に対し、本件事業年度の法人税の申告について相談した。本件税理士からの回答は、本件日弁連提言の趣旨に従って申告した場合、その申告が税務署に受け付けてもらえるかどうか分からないということであった。そこで、原告代表者は、平成２６年２月７日と同年４月１１日の２回にわたり、本件税務署において本件税務相談をした上で、同月１７日、本件各申告をした。その際、原告代表者は、本件各申告が受け付けてもらえず、後日、多額の法人税やペナルティとして多額の延滞税が課されることを避けるため、処分行政庁の調査の結果示された税額については、供託したいとの希望を伝えていた。納税者から税務相談を受けた場合、税務署は、税のスペシャリストとして、納税者の不利益とならないように制度の説明、納税の方法等をアドバイスすべきであり、本件税務署の職員は、原告代表者に対し、後日更正処分がされた場合には過少申告加算税を賦課されること、過少申告加算税を賦課されないためには一旦本件賠償金を益金として確定申告をした上で法人税の更正の請求をするしかないこと等のアドバイスをすべきであったにもかかわらず、この点に関して何らのアドバイスをしなかった。
また、その後の同年７月２３日、原告に対し税務調査開始の通知があり、同年８月２５日、同年９月１０日及び同年１０月９日の税務調査、平成２７年４月２０日及び同年７月１４日の追加の資料提出を経て、同年１０月７日、ようやく本件各更正処分等がされた。原告は、処分行政庁に対し、調査を早く終了し本件各申告の是非を判断してほしい旨再三伝えていたが、処分行政庁は、国税局から回答が来ない、遅くとも平成２７年の正月明けには更正処分を出すなどと述べるにとどまり、結局約１年半もの間更正処分をせず、この間、原告は、合理的な理由なくいつ本件各申告が更正され多額の税金を課されるかも知れないという非常に不安定な立場に置かれていたものであり、このような処分行政庁の対応は極めて不誠実である。
したがって、原告に対し過少申告加算税を賦課するのは不当かつ酷であって、「正当な理由があると認められるものがある場合」に当たるから、本件各賦課決定処分はいずれも違法であり、取り消されるべきである。
（２）被告の主張
ア 通則法６５条４項の趣旨等
（ア）過少申告加算税は、初めから法により納付すべき税額を適正に申告し、これを納税した者とこれを怠った者との経済的負担を同一にすると、結果的に前者が後者より有利となることがなく、更正処分等が行われない限り後者が前者より有利になる不公平が生じるため、納税者が自主的に法により定められた適正な納税額を申告する妨げとなり、申告納税制度に対する信頼が失われ、適正な期限内申告の実現を期し難いことから、期限内申告によらず確定した本税については、一定の割合を乗じて計算した特別な経済的負担を課する過少申告加算税制度を設けることにより、その不公平を制度的に是正し、納税者をして自主的に適正な納税額を申告させる制度的な裏付けとして、これにより申告納税制度に対する信用を維持し、適正な期限内申告の実現を図ることを目的とするものである。
（イ）通則法６５条４項の「正当な理由があると認められる」場合とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、上記（ア）の過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお、納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうのであり、納税者側の主観的な事情や法の不知や解釈の誤りは含まれないと解すべきである。
そして、過少申告加算税が、納税者間の不公平を制度的に是正し、これにより申告納税制度に対する信用を維持し、適正な期限内申告の実現を図ることを目的として設けられた制度であることからすれば、その例外としての「正当な理由」を安易に拡張するような解釈は許されるべきではなく、同項にいう「正当な理由」があると認められるものがある場合とは、納税者において、申告時に過少申告とならない申告をする契機が客観的に与えられていなかったような場合に限られると解される。
イ 本件への当てはめ
本件においては、原告代表者は、繰り返し、本件税理士や本件税務署の職員から説明を受けるなどして、本件賠償金の額が法令上課税されることを十分認識していたにもかかわらず、本件賠償金の額を所得金額から減算した本件法人税確定申告書をあえて提出し、これを前提として本件復興特別法人税確定申告書を提出したにすぎないのであって、原告の責めに帰することのできない客観的な事情があるということはできない。
したがって、本件において、原告に通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があるとは認められない。
ウ 原告の主張に対する反論
（ア）本件日弁連提言について
本件日弁連提言においても、本件賠償金を損金の額に算入することができるなどとは記載されていない。それどころか、本件日弁連提言は、Ｅから支払われる原発事故賠償金が「法人税法上、益金となり、原則として課税がされる」ことや、「いずれも、現行法の規定の上では課税対象となるものばかりである」ことを示した上で、「課税規定の縮小解釈や非課税規定の拡大解釈などの解釈論によって対応できる問題ではない」として、「政策的に非課税とする立法措置を講じることが必要になる」と結論付けているのである。原告において、真に本件日弁連提言が客観的に正しいと信じた上で本件各申告をしたというのであれば、かえって原告が本件賠償金の額が課税されること（益金の額に算入すべきものであり、損金の額に算入することができないこと）を十分に認識した上でこれを損金の額に算入して本件各申告をしたというべきである。
したがって、本件日弁連提言を客観的に正しいと信じたことを根拠として「正当な理由」があるとする原告の主張には理由がない。
（イ）本件税務相談時の教示内容について
ａ 原告代表者は、平成２６年２月７日の本件税務相談の際、本件税務署の職員に対し、本件税理士から、本件賠償金の額を収入として本件事業年度の益金の額に算入して一旦申告し、別途更正の請求等の手段をとるしかないと教示を受けた旨述べたほか、上記職員も、「先生（本件税理士のこと）が社長（原告代表者のこと）にお話ししたように、申告・更正の請求・税務署の処分・不服申し立て（異議申し立て・審査請求）・訴訟という一連の方法は、制度として用意されています。」と回答している。したがって、原告は、遅くとも同日の時点において、本件賠償金の額を収入として本件事業年度の益金の額に算入して申告した後、更正の請求をする手段があることを十分認識していた。
ｂ また、確定申告は、納税者が自らの判断と責任においてその納税額を確定させる行為であるから、原告代表者が、本件税務相談の際、本件税務署の職員に対し、本件賠償金の課税上の取扱いについて相談したとしても、それは事実上のものにすぎないというべきであって、その際、仮に上記職員が原告代表者に対し特にアドバイスしなかったとしても、そのことをもって、原告が本件各申告を過少に申告したことについての「正当な理由」に当たるということはできない。
ｃ したがって、本件税務相談時の教示が不十分であることを根拠として「正当な理由」があるとする原告の主張には理由がない。
（ウ）本件各申告後、本件各更正処分等までに要した時間について
ａ 本件各申告後、処分行政庁が本件各更正処分等をするまでに約１年６か月の期間を要したのは、本件各更正処分等が原告に対する不利益処分となることから、その判断に慎重さが求められるところ、処分行政庁が、本件の調査において把握された問題点について事実確認を行い、本件各申告に係る申告書に記載された課税標準等の計算が、法人税法等の規定に従っているかどうかを慎重に検討したためである。
ｂ 通則法６５条４項の「正当な理由」があると認められる場合とは、納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうちにその修正申告又は更正前の税額の計算の基礎とされていなかったことについて正当な理由があると認められるものがある場合をいうから、本件各申告後の事情はこれに当たらないというべきであって、この点に関する原告の主張は、本件各更正処分後の事情をいうものであって失当である。
ｃ したがって、本件各申告後、本件各更正処分等までに要した時間を根拠として「正当な理由」があるとする原告の主張には理由がない。
（３）被告の主張に対する原告の反論
ア 本件日弁連提言について
原告が客観的に正しいと信じた本件日弁連提言の内容は、Ｅから支払われる原発事故賠償金については、非課税とすべきであるという結論そのものであり、そのために現行法の規定の解釈論で対応するのか、立法措置によって対応するのかというのは方法論にすぎない。したがって、原告が本件日弁連提言の内容を客観的に正しいと信じた上で本件各申告をしたことには、原告の責めに帰することのできない客観的な事情がある。
イ 本件税務相談時の教示内容について
（ア）原告代表者は、平成２６年２月７日の本件税務相談の際、本件税務署の職員から、本件賠償金の額を益金として算入した上で更正の請求をしないと結局更正処分を受け、多額の過少申告加算税が賦課されることは、何ら教示されていない。したがって、原告は、同日時点において、本件賠償金の額を収入として本件事業年度の益金の額に算入して申告した後、更正の請求をする手段があることを認識していたとはいえない。
（イ）本来納税者の判断と責任において確定申告をすべきことと、税務相談に訪れた納税者に適切なアドバイスをすべきこととは、全くの別問題である。国家公務員法９６条１項が「すべて職員は、国民全体の奉仕者として、公共の利益のために勤務し、且つ、職務の遂行に当つては、全力を挙げてこれに専念しなければならない。」と規定していることからすると、国家公務員である税務署職員は、税務相談に訪れた納税者に対し、職務遂行上適切なアドバイスをする義務があるというべきであり、過少申告加算税を賦課されるおそれがあることが納税者にとって重大なリスクであることからすると、少なくともそのリスクは指摘すべきである。
ウ 本件各申告後、本件各更正処分等までに要した時間について
（ア）たとえ原告の不利益処分となる判断に慎重性が求められるとしても、本件賠償金の額を損金に算入するという法律の規定がないというだけの理由で本件各更正処分等がされていることからすると、その検討のために約１年６か月の期間を要したとする被告の主張には信用性がなく、処分行政庁は、何ら合理的な理由なく長期間放置したというべきである。
（イ）法的安定性を確保し、納税者を不当な課税から守るという見地からは、申告行為後の事情であっても、行政庁の不当・不法な処分に該当する場合には、通則法６５条４項の「正当な理由」があると解すべきである。
第５ 当裁判所の判断
１ 争点１（本件賠償金の額は、原告の本件事業年度の法人税の所得金額の計算上、損金の額に算入されるべきか否か。）について
（１）損金に関する法人税法の定め等について
法人税法上、内国法人に対して課する各事業年度の所得に対する法人税の課税標準は、各事業年度の所得の金額とされているところ（法人税法２１条）、内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とされている（同法２２条１項）。そして、同条３項は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入すべき金額は、「別段の定め」があるものを除き、①当該事業年度の収益に係る売上原価、完成工事原価その他これらに準ずる原価の額（同項１号）、②上記①に掲げるもののほか、当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用（償却費以外の費用で当該事業年度終了の日までに債務の確定しないものを除く。）の額（同項２号）、③当該事業年度の損失の額で資本等取引以外の取引に係るもの（同項３号）とすると規定している。
（２）本件賠償金を損金の額に算入することができるかについて
この点、本件賠償金（原告がＥとの間の契約に基づきＥから受領した本件原発事故により原告が被った損害に関する賠償金である合計５億９３１０万０３１６円）は、上記（１）①ないし③（法人税法２２条３項各号）のいずれにも該当しないことは明らかである。そうすると、本件賠償金を本件事業年度の損金の額に算入することを規定した「別段の定め」がなければ、本件賠償金を本件事業年度の損金の額に算入することはできないところ、本件賠償金を損金の額に算入することを直截に定めた「別段の定め」は法人税法その他の法令において存在しないものといわざるを得ない。
したがって、本件賠償金の額を、原告の本件事業年度の法人税の所得金額の計算上、損金の額に算入することはできないというべきである。
（３）これに対し、原告は、口蹄疫免税臨特法２条１項の規定をもって、本件賠償金を本件事業年度の損金の額に算入する上での「別段の定め」として類推適用すべきである旨主張するので、以下、検討する。
ア 租税法規の解釈について
憲法は、国民は法律の定めるところにより納税の義務を負うことを定め（３０条）、新たに租税を課し又は現行の租税を変更するには、法律又は法律の定める条件によることを必要としており（８４条）、それゆえ、課税要件及び租税の賦課徴収の手続は、法律で明確に定めることが必要である（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同６０年３月２７日大法廷判決・民集３９巻２号２４７頁参照）。そして、このような租税法律主義の原則に照らすと、租税法規はみだりに規定の文言を離れて解釈すべきものではないというべきであり（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同４８年１１月１６日第二小法廷判決・民集２７巻１０号１３３３頁、最高裁平成●●年（○○）第●●号同２２年３月２日第三小法廷判決・民集６４巻２号４２０頁参照）、このことは、法人税法２２条３項の「別段の定め」に当たる規定の解釈においても同様である。
イ 口蹄疫免税臨特法の定め等について
口蹄疫免税臨特法は、口蹄疫対策特別措置法（平成２２年法律第４４号。同法附則２条により平成２４年３月３１日限り失効した。）が、平成２２年４月以降において発生が確認された口蹄疫に起因して生じた事態に対処するため、口蹄疫のまん延が牛、豚等の家畜の所有者に与える影響に配慮して、国及び地方公共団体において必要な税制上の措置を講ずるものと規定したことを受けて制定された。そして、口蹄疫免税臨特法は、口蹄疫手当金（すなわち、「家畜伝染病予防法（昭和２６年法律第１６６号）第５８条の規定による手当金（平成２２年４月以降において発生が確認された口蹄疫に起因して生じた事態に対処するためのもので当該手当金と併せて政令で定める要件を満たす補助金が交付されるものに限る。）、家畜伝染病予防法の一部を改正する法律（平成２３年法律第１６号）附則第１６条第４項の規定によりなお従前の例によることとされる同法附則第１５条の規定による改正前の口蹄疫対策特別措置法第６条第９項の規定による補填金その他これらに類するものとして政令で定める補助金又は給付金」のことである。）について、口蹄疫免税臨特法２条１項に規定する法人税の特例を受けることができると規定している。その上で、同法は、法人が指定期間（別紙１の第４の２参照）内に口蹄疫手当金の交付を受けた場合に限り、当該口蹄疫手当金に係る利益の額に相当する金額は、当該口蹄疫手当金の交付を受けた日を含む事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する旨規定している（同法１条１項、２条１項）。
ウ 上記イの口蹄疫免税臨特法の定めは、法人が指定期間内に口蹄疫手当金の交付を受けた場合についてだけ、当該口蹄疫手当金に係る利益の額に相当する金額を、所得の金額の計算上、損金の額に算入すべき旨を明確かつ具体的に定めているのであって、口蹄疫手当金と本件賠償金とは、災害等に関し被災者に交付される金員という意味では共通点があるとしても、災害等の内容、当該金員の性質等においては異なる状況にあるといわざるを得ず、上記アの見地からすれば、本件賠償金について口蹄疫手当金に関する上記イの口蹄疫免税臨特法の定めを類推適用し、これをもって法人税法２２条３項の「別段の定め」に当たると解することは、明らかに租税法規の規定の文言を離れた類推解釈であり許されないというべきである。また、本件原発事故の発生前、口蹄疫免税臨特法の立法例があったにもかかわらず、原発事故賠償金については、法人税法２２条３項の「別段の定め」に相当する立法がされていないことに鑑みれば、原告の主張する上記のような類推適用は、実質的にも許されないといわざるを得ない。
エ また、原告は、原発事故賠償金については、口蹄疫手当金と同一の取扱いをすることが租税法の根本原則である租税の公平性（租税公平主義）に資するなどとも主張するが、口蹄疫手当金と本件賠償金とでは、上記のとおり、災害等に関し被災者に交付される金員という意味では共通点があるとしても、災害等の内容、当該金員の性質等においては異なる状況にあるといわざるを得ないから、原発事故賠償金について口蹄疫手当金と同一の税法上の取扱いをしないことが租税の公平性に反するとはいえない。
オ なお、東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律（平成２３年法律第２９号）は、東日本大震災の被災者等の負担の軽減を図る等のため（１条）、法人税法等の特例として、震災損失の繰戻しによる法人税額の還付（１５、２３条）、被災代替資産等の特別償却（１８、２６条）、特定の資産の買換えの場合等の課税の特例（１９ないし２１、２７ないし２９条）等について定めることにより、東日本大震災により被災した企業が、滅失した店舗、工場等の事業用資産を再取得するなどして事業を継続する場合等における税制上の支援措置を設けているところである。
（４）争点１についてのまとめ
以上によれば、本件賠償金の額は、原告の本件事業年度の法人税の所得金額の計算上、損金の額に算入することはできないというべきである。
よって、争点１に関する原告の主張は、採用することができない。
２ 争点２（原告を復興財確法４２条に規定する復興特別法人税の納税義務者である「法人」から除くと解すべきか否か。）
（１）復興財確法の定め等
復興財確法４２条は、復興特別法人税の納税義務者に関し、「法人は、基準法人税額につき、この法律により、復興特別法人税を納める義務がある。」と定めており、同法４３条は、課税の対象に関し、「法人の各課税事業年度の基準法人税額には、この法律により、復興特別法人税を課する。」と定めているところ、同法４０条は、「内国法人」につき「法人税法第二条第三号に規定する内国法人をいう。」（１号）、「外国法人」につき「法人税法第二条第四号に規定する外国法人をいう。」（２号）とそれぞれ定めており、法人税法２条は、「内国法人」につき「国内に本店又は主たる事務所を有する法人をいう。」（３号）、「外国法人」につき「内国法人以外の法人をいう。」（４号）とそれぞれ定めている。そして、復興財確法その他の法令中に、復興特別法人税の納税義務者である「法人」（復興財確法４２条）について、一定の要件を満たす者を除外する旨定めた明文の規定は存在しない。
（２）原告が復興特別法人税の納税義務者であるかについて
これを本件についてみるに、原告は、東京都練馬区に本店を置く株式会社（法人。会社法３条参照）であり（前提事実（１））、復興財確法４０条１号及び法人税法２条３号に規定する「内国法人」に該当するから、復興財確法４２条に定める「法人」に該当する。したがって、原告が、復興特別法人税の納税義務者である「法人」に当たることは明らかである。
（３）原告の主張について
これに対し、原告は、東日本大震災の被災者である法人から復興特別法人税という名目で課税すると、東日本大震災からの復興を害し、復興財確法の趣旨に反するから、Ｅより原発事故賠償金を受けた法人は、「法人」（復興財確法４２条）から除かれると解すべきである旨主張する。
しかしながら、復興財確法４２条の「法人」の意味内容は、上記（１）のとおり、文理上明確であるところ、上記１（３）ア（租税法規の解釈について）で述べたとおり、租税法律主義の原則に照らすと、租税法規はみだりに規定の文言を離れて解釈すべきものではなく、このことは、租税法規の文言を納税者の有利に縮小解釈する場合においても同様というべきであるから、復興財確法４２条の「法人」について、原告の主張するように解することは、規定の文言を離れた解釈といわざるを得ず、許されないというべきである。
よって、この点に関する原告の主張は、採用することができない。
（４）争点２についてのまとめ
以上によれば、原告を本件課税事業年度の復興特別法人税の納税義務者である「法人」（復興財確法４２条）から除くと解することはできない。
よって、争点２に関する原告の主張は、採用することができない。
３ 争点３（本件各申告が過少申告であったことについて通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があるか否か。）
（１）通則法６５条４項に規定する「正当な理由」の意義等
過少申告加算税は、過少申告による納税義務違反の事実があれば、原則としてその違反者に対して課されるものであり、これによって、当初から適正に申告し納税した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに、過少申告による納税義務違反の発生を防止し、適正な申告納税の実現を図り、もって納税の実を挙げようとする行政上の措置である。この趣旨に照らせば、過少申告があっても例外的に過少申告加算税が課されない場合として国税通則法６５条４項が定めた「正当な理由があると認められる」場合とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、上記のような過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解するのが相当である（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１８年４月２０日第一小法廷判決・民集６０巻４号１６１１頁、最高裁平成●●年（○○）第●●号、第●●号同１８年４月２５日第三小法廷判決・民集６０巻４号１７２８頁参照）。
（２）認定事実
上記前提事実に各項に掲記した証拠及び弁論の全趣旨を総合すれば、次の各事実が認められる。
ア 平成２６年２月７日の本件税務相談について
原告代表者及び本件税理士は、平成２６年２月７日、本件税務署において、本件税務署の職員に対し、本件賠償金について、原子力発電所の事故という特殊性に鑑み非課税となるべきではないかとの質疑をした。その際、原告代表者は、上記職員に対し、本件原発事故の件について、何の措置もなくただ課税されると言われても納得がいかないことなどを述べた。他方、上記職員は、原告代表者に対し、本件賠償金については、非課税とする法令上の根拠がないため課税対象となること、法令上はともかく非課税措置を求めるということであれば、それは立法政策の問題である旨回答した。また、本件税理士は、本件賠償金について、「税理士会や他の先生に聞いても課税であるとの意見ではあるが、社長（原告代表者のこと）の心情も分かる」などと述べた。（前提事実（３）、乙１３、弁論の全趣旨）
イ 平成２６年４月１１日の本件税務相談について
原告代表者及び本件税理士は、平成２６年４月１１日、本件税務署において、本件税務署の職員に対し、本件賠償金の課税上の取扱いに関し、原告代表者が作成した「税務申告について」と題する書面（乙１５。以下「原告代表者作成書面」という。）を提出し、その検討を求めたところ、上記職員は、本件賠償金を非課税とする法的根拠がない旨回答した。これに対し、原告代表者は、「現行法令の取扱いは到底納得がいきません。したがって、供託はしても納税をするつもりはありません。」などと述べ、本件税理士は、本件賠償金を所得として申告しないことにより重加算税を賦課されることを危惧していること、自身は、本件各申告に関し訴訟段階くらいから関与を外れる可能性があることなどを述べた。
なお、原告代表者作成書面には、本件税理士の所属する会計事務所では現行の税法に従った申告書を作成されたが、これに納得できず、本件税理士に説明するなどして本件各申告に係る申告書の作成に至ったこと、本件各申告に対し、税務署から何らかの指摘があると思っているが、納得のいく説明がなければ、弁護士との打合せどおり、税金分を供託して本件日弁連提言とともに司法の場に一石を投じるつもりであることなどが記載されていた。（前提事実（３）、乙１４、１５、弁論の全趣旨）
ウ 本件各申告
原告は、平成２６年４月１７日、本件法人税確定申告において、本件賠償金について、５億９３１０万０３１６円を特別利益に計上した上で、同額を所得金額から減算し、本件法人税確定申告書を処分行政庁に提出するとともに、同日、本件復興特別法人税確定申告について、本件復興特別法人税確定申告書を処分行政庁に提出した。（前提事実（４））
エ 平成２６年８月２５日の税務調査について
原告代表者は、平成２６年８月２５日の税務調査の際、本件税務署の職員に対し、上記ア及びイの本件税務相談の際に本件賠償金が課税対象に当たるとの説明を受けたが納得できないこと、前例のない大災害から生じた原発事故賠償金に、従前の法律を当てはめて課税すること自体が間違っており、本件税理士に無理なお願いをして本件賠償金の額を所得金額から減額してもらったこと、是非を問うために訴訟を提起したいので早期に更正処分をしてもらいたいことなどを述べた。（乙１６、弁論の全趣旨）
（３）検討
ア 本件日弁連提言について
原告は、本件日弁連提言における、Ｅから支払われる原発事故賠償金を非課税とすべきであるという結論そのものが客観的に正しいと信じて本件各申告をしたものであるから、「正当な理由」がある旨主張する。
しかしながら、証拠（甲３）によれば、日本弁護士連合会は、平成２５年７月１９日、本件日弁連提言を公表し、本件原発事故につき、Ｅから、原子力損害の賠償に関する法律に基づき、被災者に支払われる原発事故賠償金は、現行の所得税、法人税法上、課税対象とされているが、原発事故賠償金は生活再建や事業再生に必要な資金であって、これに課税することは、被災者の経済的再起を阻害することとなるとして、「原発事故賠償金は、その支払を受ける内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入しない。」とする旨の非課税規定を設けることを提言したものであって、その提言の理由においても、Ｅから支払われる原発事故賠償金が「法人税法上、益金となり、原則として課税がされる」ことや、「いずれも、現行法の規定の上では課税対象となるものばかりである」ことを示した上で、「課税規定の縮小解釈や非課税規定の拡大解釈などの解釈論によって対応できる問題ではない」として、「政策的に非課税とする立法措置を講じることが必要になる」ことを述べていることが認められ、法人税法等の租税法規についての解釈論を述べたものではなく、新たな立法措置を講じるべきことを提言したものであることは、その文理上明らかである。
そうすると、原告は、本件日弁連提言の内容を、現行の法人税法等の租税法規の正当な解釈論と考えて本件各申告を行ったものといえるが、原告がそのように考えた根拠である本件日弁連提言が、新たな立法措置を講じることの提言にとどまる以上、原告が上記のように考えたことについての客観的な根拠に乏しいものといわざるを得ないから、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があるとは認められない。
よって、この点に関する原告の主張は、採用することができない。
イ 本件税務相談時の教示内容について
原告は、本件税務署の職員が、本件税務相談の際、原告代表者に対し、過少申告加算税を賦課されないためには、一旦本件賠償金を益金として確定申告をした上で法人税の更正の請求をするしかないこと等のアドバイスをしなかったことなどをもって、「正当な理由」がある旨主張する。
しかしながら、確定申告は、納税者が自らの判断と責任においてその納税額を確定させる行為であるから、原告が本件税務相談の際に本件賠償金の課税上の取扱いについて本件税務署の職員に相談した際、同職員から、「過少申告加算税を賦課されないためには、一旦本件賠償金を益金として確定申告をした上で法人税の更正の請求をするしかないこと」等について具体的なアドバイスを受けなかったとしても、そのことをもって直ちに、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があるとも、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合に当たるともいえないというべきである。
しかも、本件税務相談の際、原告の顧問税理士である本件税理士も同席していたのであって、原告代表者は、本件賠償金を減額して申告した場合に更正処分を受け、過少申告加算税を賦課される可能性があるという税務申告上の基本的な事柄について、本件税理士から助言を受けることができたはずであり（現に本件税理士は、平成２６年４月１１日の本件税務相談の際、重加算税を賦課されることに対する危惧すら表明している。）、このことからしても、原告に「正当な理由」があるとは認められない。
よって、この点に関する原告の主張は、採用することができない。
ウ 本件各申告後、本件各更正処分等までに要した時間について
原告は、処分行政庁が、約１年半もの間、更正処分をしなかったため、この間、原告は、合理的な理由なくいつ本件各申告が更正され多額の税金を課されるかも知れないという非常に不安定な立場に置かれていたものであり、このような処分行政庁の対応は極めて不誠実である旨主張する。
しかしながら、原告の主張によっても、処分行政庁が、本件申告から約１年半の間、原告に対し更正処分をしなかったことが、何故に、本件各申告が過少申告であったことについて、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情に当たり、又は納税者に過少申告加算税を賦課することが不当若しくは酷になる場合に当たるのかは、不明といわざるを得ないのであって、この点に関する原告の主張は失当といわざるを得ない。
よって、この点に関する原告の主張は、採用することができない。
（４）争点３についてのまとめ
以上によれば、本件各申告が過少申告であったことについて、通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があると認めることはできない。
よって、争点３に関する原告の主張は、採用することができない。
４ 結論
（１）上記１ないし３に証拠（甲１、２、乙２）及び弁論の全趣旨を総合すれば、①原告の本件事業年度の法人税に係る所得金額、納付すべき法人税額及び翌期へ繰り越す欠損金額（本件更正処分１関係）、②原告の本件課税事業年度の復興特別法人税に係る課税標準法人税額及び納付すべき復興特別法人税額（本件更正処分２関係）、③本件事業年度の法人税につき本件更正処分１に伴って原告に賦課されるべき過少申告加算税の額（本件賦課決定処分１関係）及び④本件課税事業年度の復興特別法人税につき本件更正処分２に伴って原告に賦課されるべき過少申告加算税の額（本件賦課決定処分２関係）を計算すると、それぞれ、上記第２の４（被告の主張する本件各更正処分等の根拠）のとおりとなることが認められ、本件各更正処分等における納付すべき税額、過少申告加算税の額等といずれも同額となる。
したがって、本件各更正処分等はいずれも適法である。
（２）よって、原告の請求は、いずれも理由がないから棄却することとし、訴訟費用の負担につき行政事件訴訟法７条、民訴法６１条を適用して、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３８部
裁判長裁判官谷口豊
裁判官工藤哲郎
裁判官細井直彰
別紙１
関係法令の定め
第１ 法人税法
１ ２１条は、各事業年度の所得に対する法人税の課税標準に関し、「内国法人に対して課する各事業年度の所得に対する法人税の課税標準は、各事業年度の所得の金額とする。」と定めている。
２ ２２条は、各事業年度の所得の金額の計算に関し、１項で、「内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とする。」と定めており、３項で、「内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、次に掲げる額とする。」（柱書き）、「当該事業年度の収益に係る売上原価、完成工事原価その他これらに準ずる原価の額」（１号）、「前号に掲げるもののほか、当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用（償却費以外の費用で当該事業年度終了の日までに債務の確定しないものを除く。）の額」（２号）及び「当該事業年度の損失の額で資本等取引以外の取引に係るもの」（３号）とそれぞれ定めている。
第２ 国税通則法（以下「通則法」という。）
６５条４項（平成２８年法律第１５号による改正前のもの。以下同じ）は、過少申告加算税に関し、「第一項又は第二項に規定する納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうちにその修正申告又は更正前の税額（還付金の額に相当する税額を含む。）の計算の基礎とされていなかったことについて正当な理由があると認められるものがある場合には、これらの項に規定する納付すべき税額からその正当な理由があると認められる事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額を控除して、これらの項の規定を適用する。」と定めている。
第３ 東日本大震災からの復興のための施策を実施するために必要な財源の確保に関する特別措置法（以下「復興財確法」という。）
１ ４２条は、復興特別法人税の納税義務者に関し、「法人は、基準法人税額につき、この法律により、復興特別法人税を納める義務がある。」と定めている。
２ ４３条は、課税の対象に関し、「法人の各課税事業年度の基準法人税額には、この法律により、復興特別法人税を課する。」と定めている。
第４ 平成二十二年四月以降において発生が確認された口蹄疫に起因して生じた事態に対処するための手当金等についての所得税及び法人税の臨時特例に関する法律（以下「口蹄疫免税臨特法」という。）
１ ２条１項は、法人税の特例に関し、「法人（人格のない社団等を含む。以下この項において同じ。）が、指定期間内に手当金等の交付を受けた場合には、当該法人の当該手当金等に係る利益の額に相当する金額は、当該手当金等の交付を受けた日を含む事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。」と定めている。
２ なお、上記の「指定期間」とは、「口蹄疫対策特別措置法（平成二十二年法律第四十四号）の施行の日から平成二十四年三月三十一日までの期間」をいい、上記の「手当金等」とは、「家畜伝染病予防法（昭和二十六年法律第百六十六号）第五十八条の規定による手当金（平成二十二年四月以降において発生が確認された口蹄疫に起因して生じた事態に対処するためのもので当該手当金と併せて政令で定める要件を満たす補助金が交付されるものに限る。）、家畜伝染病予防法の一部を改正する法律（平成二十三年法律第十六号）附則第十六条第四項の規定によりなお従前の例によることとされる同法附則第十五条の規定による改正前の口蹄疫対策特別措置法第六条第九項の規定による補填金その他これらに類するものとして政令で定める補助金又は給付金」をいう（以下、上記の手当金等を「口蹄疫手当金」という。）（１条１項）。
以上
別紙２
被告の主張する本件各更正処分等の根拠
所得金額の頭部に「△」を付したものは、当該金額が欠損金額であることを表し、税額の頭部に「△」を付したものは、当該金額が還付金額であることを表す。
第１ 本件各更正処分の根拠及び適法性
被告が本訴において主張する本件更正処分１に係る所得金額、納付すべき法人税額及び翌期へ繰り越す欠損金額並びに本件更正処分２に係る課税標準法人税額及び納付すべき復興特別法人税額は、次のとおりである。
１ 本件更正処分１の根拠及び適法性
（１）本件更正処分１の根拠
ア 所得金額（別表Ｂ１⑦欄）
３億２９９１万８８９３円
上記金額は、次の（ア）の金額に（イ）の金額を加算し、（ウ）及び（エ）の各金額を減算したものである。
（ア）確定申告における所得金額（別表Ｂ１①欄）
△１億８７８３万２４１４円
上記金額は、本件法人税確定申告書に記載された所得金額と同額である。
（イ）所得金額に加算される本件賠償金の額（別表Ｂ１②欄）
５億９３１０万０３１６円
上記金額は、原告が、本件賠償金の額として、本件事業年度の決算において特別利益に計上した上で、本件法人税確定申告書の所得金額の計算において、所得金額から減算していた金額であるが、本件賠償金の額は、資本等取引以外の取引で純資産の減少の原因となる支出その他経済的価値の減少といえるものではないため、原告の本件事業年度の所得金額の計算上、損金の額に算入すべき金額として、法人税法２２条３項各号が掲げるいずれの額にも該当せず、また、本件賠償金の額について、損金の額に算入することができる旨を定めた別段の定めもないことから、損金の額には算入されないものであり、本件事業年度の所得金額に加算される金額である。
（ウ）雑収入の過大計上額（別表Ｂ１④欄）
１０万円
上記金額は、原告が家賃収入の逸失利益に対しＥから受領した賠償金の額を雑収入として本件事業年度の益金の額に算入していた２９５万円と、本件事業年度においてＥから支払を受けるべきことが確定しその支払を受けた賠償金の額として益金の額に算入される額である２８５万円との差額であり、雑収入の過大計上額である。
（エ）繰越欠損金の損金算入額（別表Ｂ１⑤欄）
７５２４万９００９円
上記金額は、本件事業年度の繰越欠損金控除前の所得金額が増加したことにより、控除されることとなった繰越欠損金の額であり、処分行政庁が平成２７年１０月７日付けでした平成２４年３月１日から平成２５年２月２８日までの事業年度（以下「平成２５年２月期」という。）の法人税の更正処分（乙２）後における本件事業年度に繰り越す欠損金の額７５２４万９００９円と同額である。
イ 所得金額に対する法人税額（別表Ｂ１⑧欄）
８３２８万９０９０円
上記金額は、上記アの所得金額（通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）に、法人税法６６条１項及び２項（平成２７年法律第９号による改正前のもの）並びに租税特別措置法４２条の３の２（平成２７年法律第９号による改正前のもの）に規定する税率（所得金額のうち年８００万円以下の金額については１００分の１５、それを超える金額については１００分の２５．５）を乗じて計算した金額である。
ウ 法人税額から控除される所得税の額（別表Ｂ１⑨欄）
２２１７円
上記金額は、法人税法６８条１項の規定により法人税額から控除される所得税の金額であり、本件法人税確定申告書に記載された所得税の額と同額である。
エ 納付すべき法人税額（別表Ｂ１⑩欄）
８３２８万６８００円
上記金額は、上記イの金額から上記ウの金額を差し引いた金額（通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）である。
オ 既に納付の確定した法人税額（別表Ｂ１⑪欄）
△２２１７円
上記金額は、本件法人税確定申告書に記載された所得税額等の還付金額と同額である。
カ 差引納付すべき法人税額（別表Ｂ１⑫欄）
８３２８万９０００円
上記金額は、上記エの金額から上記オの金額を差し引いた金額（通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）であり、原告が新たに納付すべき法人税額である。
キ 翌期へ繰り越す欠損金額（別表Ｂ１⑬欄）
０円
原告は、本件法人税確定申告書において、翌期へ繰り越す欠損金額を、本件事業年度に繰り越された本件事業年度前に生じた欠損金額７４８４万９００９円のうち５１９２万１３４９円及び本件事業年度の欠損金額１億８７８３万２４１４円の合計金額である２億３９７５万３７６３円と記載しているが、上記ア（エ）のとおり、処分行政庁が平成２７年１０月７日付けでした平成２５年２月期の法人税の更正処分により、本件事業年度に繰り越す本件事業年度前に生じた欠損金額は７５２４万９００９円となるが、当該欠損金額は、本件事業年度の繰越欠損金控除前の所得金額が増加したことにより、本件事業年度の所得金額から全額控除され、また、上記アのとおり、本件事業年度の所得金額は３億２９９１万８８９３円であり、本件事業年度に生じた欠損金額はないから、翌期へ繰り越す欠損金額はない。
（２）本件更正処分１の適法性
被告が本訴において主張する原告の本件事業年度の法人税に係る所得金額、納付すべき法人税額及び翌期へ繰り越す欠損金額は、上記（１）のとおり、それぞれ３億２９９１万８８９３円（上記（１）ア）、８３２８万６８００円（上記（１）エ）及び０円（上記（１）キ）であるところ、これらの各金額は、いずれも本件更正処分１における所得金額、納付すべき法人税額及び翌期へ繰り越す欠損金額とそれぞれ同額であるから、本件更正処分１は適法である。
２ 本件更正処分２の根拠及び適法性
（１）本件更正処分２の根拠
ア 課税標準法人税額（別表Ｂ２③欄）
８３２８万９０００円
上記金額は、復興財確法４７条１項に規定する課税標準法人税額となる基準法人税額（同条２項）であり、次の（ア）の金額に（イ）の金額を加算した金額（それぞれ通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）である。
（ア）確定申告における課税標準法人税額（別表Ｂ２①欄）
０円
上記金額は、本件復興特別法人税確定申告書に課税標準法人税額として記載された額であり、当該確定申告における基準法人税額である。
（イ）課税標準法人税額に加算される金額（別表Ｂ２②欄）
８３２８万９０００円
上記金額は、上記１（１）カにより原告が新たに納付すべき法人税額８３２８万９０００円であり、本件課税事業年度の基準法人税額の増加額として、課税標準法人税額に加算される金額である。
イ 課税標準法人税額に対する復興特別法人税額（別表Ｂ２④欄）
８３２万８９００円
上記金額は、上記アの課税標準法人税額に復興財確法４８条に規定する税率（１００分の１０）を乗じて計算した金額である。
ウ 復興特別法人税額から控除される復興特別所得税の額（別表Ｂ２⑤欄）
４６円
上記金額は、復興財確法４９条１項の規定により、復興特別法人税額から控除される復興特別所得税の額であり、本件復興特別法人税確定申告書に記載された復興特別所得税の額と同額である。
エ 納付すべき復興特別法人税額（別表Ｂ２⑥欄）
８３２万８８００円
上記金額は、上記イの金額から上記ウの金額を控除した金額（通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）である。
オ 既に納付の確定した復興特別法人税額（別表Ｂ２⑦欄）
△４６円
上記金額は、本件復興特別法人税確定申告書に記載されたこの申告による還付金額と同額である。
カ 差引納付すべき復興特別法人税額（別表Ｂ２⑧欄）
８３２万８８００円
上記金額は、上記エの金額から上記オの金額を減算した金額（通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）であり、本件課税事業年度において原告が新たに納付すべき復興特別法人税額である。
（２）本件更正処分２の適法性
被告が本訴において主張する原告の本件課税事業年度の復興特別法人税に係る課税標準法人税額及び納付すべき復興特別法人税額は、上記（１）のとおり、それぞれ８３２８万９０００円（上記（１）ア）及び８３２万８８００円（上記（１）エ）であるところ、これらの各金額は、いずれも本件更正処分２における課税標準法人税額及び納付すべき復興特別法人税額とそれぞれ同額であるから、本件更正処分２は適法である。
第２ 本件各賦課決定処分の根拠及び適法性
１ 本件各賦課決定処分の根拠
上記第１のとおり、本件各更正処分は適法であるところ、原告が本件各更正処分により新たに納付すべき法人税額及び復興特別法人税額については、その計算の基礎となった事実について、原告がこれを計算の基礎としなかったことに、通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があるとは認められない。
したがって、本件各更正処分に伴って原告に賦課されるべき過少申告加算税の額は、次のとおりである。
（１）本件更正処分１に伴って原告に賦課されるべき過少申告加算税の額１２４６万７０００円上記金額は、本件更正処分１により原告が新たに納付すべきこととなった法人税額８３２８万円（通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に通則法６５条１項（平成２８年法律第１５号による改正前のもの。以下同じ）の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて計算した金額８３２万８０００円に、通則法６５条２項（平成２８年法律第１５号による改正前のもの。以下同じ）の規定に基づき、本件更正処分１により新たに納付すべきこととなった法人税額８３２８万９０００円のうち、同条３項（平成２６年法律第１０号による改正前のもの。以下同じ）に規定する期限内申告税額に相当する金額０円と５０万円とのいずれか多い金額である５０万円を超える部分の額８２７８万円（通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に１００分の５の割合を乗じて計算した金額４１３万９０００円を加算した金額である。
（２）本件更正処分２に伴って原告に賦課されるべき過少申告加算税の額
１２２万３０００円
上記金額は、本件更正処分２により原告が新たに納付すべきこととなった法人税額８３２万円（通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に通則法６５条１項の規定に基づき１００分の１０の割合を乗じて計算した金額８３万２０００円に、通則法６５条２項の規定に基づき、本件更正処分２により新たに納付すべきこととなった復興特別法人税額８３２万８８００円のうち、同条３項に規定する期限内申告税額に相当する金額０円と５０万円とのいずれか多い金額である５０万円を超える部分の額７８２万円（通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）に１００分の５の割合を乗じて計算した金額３９万１０００円を加算した金額である。
２ 本件各賦課決定処分の適法性
（１）本件賦課決定処分１の適法性
本件事業年度の法人税につき、本件更正処分１に伴って原告に賦課されるべき過少申告加算税の額は上記１（１）のとおり１２４６万７０００円であるところ、当該金額は、本件賦課決定処分１における過少申告加算税の額と同額であるから、本件賦課決定処分１は適法である。
（２）本件賦課決定処分２の適法性
本件課税事業年度の復興特別法人税につき、本件更正処分２に伴って原告に賦課されるべき過少申告加算税の額は上記１（２）のとおり１２２万３０００円であるところ、当該金額は、本件賦課決定処分２における過少申告加算税の額と同額であるから、本件賦課決定処分２は適法である。
以上
別表Ａ
本件各更正処分等の経緯
１ 本件更正処分１及び本件賦課決定処分１
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき法人税額翌期へ繰り越す
欠損金額
過少申告
加算税の額
確定申告平成26年4月17日
△187,832,414
△2,217
239,753,763
－
更正等
平成27年10月7日
329,918,893
83,286,800
12,467,000
審査請求平成27年11月25日
△187,832,414
△2,217
239,753,763
－
裁決
平成28年8月25日
棄却
（注）△を付した金額は、「所得金額」欄については欠損金額を意味し、「納付すべき法人税額」欄については還付金額を意味する。
２ 本件更正処分２及び本件賦課決定処分２
（単位：円）
区分
年月日
課税標準法人税額
納付すべき
復興特別法人税額
過少申告
加算税の額
確定申告平成26年4月17日
△46
－
更正等
平成27年10月7日
83,289,000
8,328,800
1,223,000
審査請求平成27年11月25日
△46
－
裁決
平成28年8月25日
棄却
（注）△を付した金額は、還付金額を意味する。
別表Ｂ１及び別表Ｂ２省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2017/pdf/13043.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。