税務訴訟資料第２６７号－９８（順号１３０４７）
大津地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（大津税務署長）
平成２９年８月３１日却下・棄却・控訴
判決
原告
有限会社Ａ
上記代表者取締役
甲
上記訴訟代理人弁護士
西村隆志
被告
国
上記代表者法務大臣
上川陽子
処分行政庁
大津税務署長松並智敏
被告指定代理人
萩野卓巳
同
長西研太
同
足立昌隆
同
益本吉啓
同
中村直樹
同
前田義明
同
寺田曜一
同
松帆芳和
同
髙橋祐介
主文
１ 本件訴えのうち、処分行政庁が平成２７年１月２７日付けで原告に対してした、平成２５年２月１日から平成２６年１月３１日までの事業年度の法人税の更正処分の取消しを求める請求に係る訴えを却下する。
２ 原告のその余の請求をいずれも棄却する。
３ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 処分行政庁が原告に対し平成２７年１月２７日付けでした、平成２４年２月１日から平成２５年１月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち確定申告額である１３４万３６００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分並びに平成２５年２月１日から平成２６年１月３１日までの事業年度の法人税の更正処分をいずれも取り消す。
２ 処分行政庁が原告に対し平成２７年１月２７日付けでした、平成２６年１月２２日付け及び平成２６年３月３１日付け提出の特定の資産の買換えの場合における特別勘定の設定期間延長の各承認申請に対する各却下処分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
１ 本件は、公衆浴場業等を営む有限会社である原告が、処分行政庁に対し、平成２４年２月１日から平成２５年１月３１日までの事業年度（以下「平成２５年１月期」という。）の法人税の確定申告書において、租税特別措置法（平成２６年法律第１０号による改正前のもの。以下「措置法」という。）６５条の８第１項に規定する特定の資産の譲渡に伴う特別勘定（以下「本件特別勘定」という。）の設定をして申告し、さらに本件特別勘定の設定期間延長の申請書を２回にわたって提出した（以下「本件各延長申請」という。）ところ、処分行政庁から①平成２５年１月期の申告法人税に対する更正処分（以下「平成２５年１月期更正処分」という。）、②同期過少申告加算税賦課決定処分（以下「平成２５年１月期過少申告加算税賦課決定処分」という。）、③本件各延長申請の各却下処分（以下「本件各却下処分」という。）並びに④平成２５年２月１日から平成２６年１月３１日までの事業年度（以下「平成２６年１月期」という。）の申告法人税に対する更正処分（以下「平成２６年１月期更正処分」という。）を受けたことから、被告に対し、①平成２５年１月期更正処分のうち確定申告額を超える部分、②同期過少申告加算税賦課決定処分、③本件各却下処分及び④平成２６年１月期更正処分の各取消しを求める事案である。
２ 関係法令等の定め
（１）措置法６５条の７（特定の資産の買換えの場合の課税の特例。以下「買換え特例」という。）第１項は、法人が、昭和４５年４月１日から平成２６年３月３１日までの期間内に、その有する資産で首都圏整備法２条３項に規定する既成市街地、近畿圏整備法２条３項に規定する既成都市区域又はその他これらの区域に類するものとして政令で定める区域（以下「既成市街地等」という。）内にある事務所等又はその敷地の用に供されている土地等（土地又は土地の上に存する権利をいう。以下同じ。）で、当該法人により取得された日から引き続き所有されていたこれらの資産のうち所有期間（その取得がされた日の翌日からこれらの資産の譲渡がされた日の属する年の１月１日までの所有期間とする。）が１０年を超えるもの（以下「譲渡資産」という。）の譲渡をした場合であって、当該譲渡の日を含む事業年度において、既成市街地等以外の地域内（国内に限る。）にある土地等（農業及び林業以外の事業の用に供されるものにあっては都市計画法７条１項の市街化区域と定められた区域のうち同項ただし書の規定により区域区分を定めるものとされている区域（以下「特定区域」という。）内にあるものに限る。）若しくは建物、構築物又は機械及び装置（農業及び林業以外の事業の用に供されるものにあっては特定区域内にあるものに限る。）の資産（以下「買換資産」という。）の取得をし、かつ、当該取得の日から１年以内に、当該買換資産を当該買換資産の存する地域内（国内に限る。）にある当該法人の事業の用に供したとき又は供する見込みであるときは、当該買換資産につき、その圧縮基礎取得価額（措置法６５条の７第１５項３号）に差益割合（同項４号）を乗じて計算した金額の１００分の８０に相当する金額（以下「圧縮限度額」という。）の範囲内でその帳簿価額を損金経理により減額し、又はその帳簿価額を減額することに代えてその圧縮限度額以下の金額を当該事業年度の確定した決算において積立金として積み立てる方法（当該事業年度の決算の確定の日までに剰余金の処分により積立金として積み立てる方法を含む。）により経理したときに限り、その減額し、又は経理した金額に相当する金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する旨規定している。
（２）措置法６５条の８（特定の資産の譲渡に伴い特別勘定を設けた場合の課税の特例。以下「特別勘定による課税の特例」という。）第１項は、法人が、昭和４５年４月１日から平成２６年３月３１日までの期間内に、その有する譲渡資産の譲渡をした場合において、当該譲渡をした日を含む事業年度終了の日の翌日から１年を経過する日までの期間（前条３項に規定する政令で定めるやむを得ない事情があるため、当該期間内に買換資産の取得をすることが困難である場合において、政令で定めるところにより納税地の所轄税務署長の承認を受けたときは、当該資産の取得をすることができるものとして、同日後２年以内において当該税務署長が認定した日までの期間。以下「取得指定期間」という。）内に買換資産の取得をする見込みであり、かつ、当該取得の日から１年以内に当該取得をした買換資産を当該買換資産の存する地域内にある当該法人の事業の用に供する見込みであるときは、当該譲渡資産の譲渡に係る対価の額のうち買換資産の取得に充てようとする額に差益割合を乗じて計算した金額の１００分の８０に相当する金額を当該譲渡の日を含む事業年度の確定した決算において特別勘定を設ける方法（当該事業年度の決算の確定の日までに剰余金の処分により積立金として積み立てる方法を含む。）により経理した場合に限り、その経理した金額に相当する金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する旨規定している。
（３）措置法施行令３９条の７第２８項は、措置法６５条の８第１項の税務署長の承認を受けようとする法人は、同項に規定する譲渡をした日を含む事業年度終了の日の翌日から２月（その日から２月を経過した日以後に同項に規定するやむを得ない事情が生じたため、同項に規定する取得指定期間内に買換資産の取得をすることが困難であることとなった場合には、当該事情の生じた日から２月）以内に、申請書を納税地の所轄税務署長に提出しなければならない旨規定している。
（４）都市計画法７条１項ただし書１号ロは、近畿圏整備法２条３項に規定する既成都市区域又は同条４項に規定する近郊整備区域の全部又は一部を含む都市計画区域については、区域区分を定めるものとする旨規定し、近畿圏整備法２条１項は、「近畿圏」とは、福井県、三重県、滋賀県、京都府、大阪府、兵庫県、奈良県及び和歌山県の区域（政令で定める区域を除く。）を一体とした広域をいう旨規定する。
そして、同条３項は、「既成都市区域」とは、大阪市、神戸市及び京都市の区域並びにこれらと連接する都市の区域のうち、産業及び人口の過度の集中を防止し、かつ、都市の機能の維持及び増進を図る必要がある市街地の区域で、政令で定めるものをいう旨規定する。
また、同条４項は、「近郊整備区域」とは、既成都市区域の近郊で、同法１１条１項の規定により指定された区域をいう旨規定しているところ、同条１項及び３項は、国土交通大臣が、既成都市区域の近郊で、当該既成都市区域の市街地の無秩序な拡大を防止するため、計画的に市街地として整備する必要がある区域を近郊整備区域として指定することができ、その指定は、国土交通省令の定めるところにより告示する旨規定する。
（５）既成都市区域について、近畿圏整備法施行令１条は、近畿圏整備法２条３項の政令で定める市街地の区域として、大阪市、京都市、守口市、布施市（同施行令制定当時。現在の東大阪市の一部。）、堺市、神戸市、尼崎市、西宮市及び芦屋市の全部又は一部を掲げている。
（６）近郊整備区域について、平成２１年７月２８日国土交通省告示第８０５号は、京都地区、大阪地区、兵庫地区及び奈良地区の所定の区域のうち近畿圏整備法施行令１条に定める既成都市区域内の区域及び保全区域内の区域を除く区域とする旨規定する。
３ 前提事実（当事者間に争いがないか、証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
（１）原告は、昭和６２年７月●日に設立された公衆浴場業等を目的とする大津市に本店を置く特例有限会社である。原告の取締役は、甲、乙及び丙の３名である。（甲１）
（２）原告は、丁（以下「丁」という。）との間で、平成１９年５月１日付け建物賃貸借契約書（以下「本件賃貸借契約書」という。）をもって、丁が所有する大阪市中央区の建物（以下「本件建物」という。）について建物賃貸借契約（以下「本件賃貸借契約」という。）を締結した。（乙１、２）
（３）原告は、本件建物において、公衆浴場を営んでいた。
（４）原告と丁は、平成２４年３月１日、①同月２５日をもって本件賃貸借契約を合意解除した上で、原告が本件建物を明け渡し、②丁が、原告に対し、同年７月３１日までに立退料４０００万円（以下「本件立退料」という。）を支払うとともに、保証金１０００万円を返還する旨合意した。（乙４）
（５）原告は、平成２５年１月期の法人税の確定申告において、確定申告書別表１３（５）「特定の資産の買換えにより取得した資産の圧縮額等の損金算入に関する明細書」（乙５号証の２枚目。以下「本件平成２５年１月期別表明細書」という。）の「譲渡資産の明細」欄中の「譲渡した資産の種類」欄に「賃借権等」と記載し（以下、同記載において原告が主張する賃借権等を「本件賃借権等」という。）、「譲渡資産の明細」欄中の「対価の額」欄に４０００万円と記載することにより、本件立退料相当額４０００万円が本件賃借権等の譲渡の対価であるとするとともに、本件賃借権等が、買換え特例にいう譲渡資産すなわちその譲渡につき買換え特例の適用を受ける土地等（土地の上に存する権利）に該当するとの前提で、特別勘定による課税の特例に基づき、確定した決算において特別勘定を設ける方法により経理した金額３０８３万０７５４円（買換資産の取得に充てようとする額に差益割合を乗じて計算した金額の１００分の８０に相当する金額である。）を損金の額に算入することで、本件特別勘定相当額に係る課税が翌期以降に繰り延べされる内容の確定申告をした。（乙５）
なお、原告は、同期の法人税の確定申告において、本件平成２５年１月期別表明細書の付表「特定の資産の譲渡に伴う特別勘定を設けた場合の取得予定資産の明細書」（乙５号証の３枚目。以下「本件平成２５年１月期別表明細書付表」という。）の各「措置法第６５条の７第１項の表の該当号」欄にそれぞれ「措置法第１号該当」と記載し、「取得予定資産の明細」欄の「種類」欄に「土地」及び「建物」と記載し、各「所在地」欄にそれぞれ「滋賀県草津市」と記載した。（乙５）
（６）原告は、平成２５年４月８日に草津市の土地（以下「本件買換土地」という。）を購入したものの、平成２６年１月期中に本件買換土地上に建物（本件買換土地及び同土地上の建物を併せて、以下「本件買換資産」という。なお、原告が、本件平成２５年１月期明細書付表の「取得予定資産の明細」欄に記載した資産と同一のものである。）を新築することが困難であるとして、平成２６年１月２２日及び同年３月３１日、措置法６５条の８第１項及び措置法施行令３９条の７第２８項の規定に基づき、処分行政庁に対し、本件各延長申請をした。（乙６、７、８）
（７）原告は、本件買換土地を１０００万円で購入したことから、平成２６年１月期の法人税の確定申告において、確定申告書別表１３（５）「特定の資産の買換により取得した資産の圧縮等の損金算入に関する明細書」（乙９号証の２枚目）の「取得資産の明細」欄にその旨記載し、確定した決算において、①本件買換土地に係る圧縮限度額として算出した金額７７０万７６８８円を本件特別勘定から取り崩し、②平成２６年４月３０日までに本件買換土地上に建築予定の建物の予定価額に係る圧縮限度額として算出した金額１２７１万７６８５円を平成２６年１月期の期末特別勘定残額として引き続き計上した上で、本件特別勘定の残額のうち１０４０万５３８１円を取り崩し、同額を益金の額に算入して確定申告をした。（乙９）
（８）処分行政庁は、平成２７年１月２７日付けで、本件賃借権等は「土地の上に存する権利」に当たらないところ、本件立退料の授受に関して特別勘定による課税の特例が適用できないことなどを理由に、平成２５年１月期更正処分及び同期過少申告加算税賦課決定処分、平成２６年１月期更正処分並びに本件各却下処分を行った（以下、これらの各処分を併せて「本件更正処分等」という。）。（甲２ないし４、乙１０）
なお、平成２６年１月期更正処分は、所得の金額を「△９６３万８２２３円」（△は欠損金額を表す。以下同じ。）から「△２２９８万８２０４円」に減額し、欠損金額及び繰越欠損金額を増額するもの（減額更正処分）であった。（甲３）
（９）原告は、本件更正処分等を不服として、平成２７年２月４日、処分行政庁に対し、本件更正処分等の取消しを求める異議申立てをしたところ、処分行政庁は、同年４月２７日、原告の異議申立てに対し、平成２６年１月期更正処分に対する異議申立てを却下し、その余の各処分に対する異議申立てを棄却する異議決定をした。（乙１１、１２）
（10）原告は、前記（９）の異議決定について、平成２７年５月２０日、国税不服審判所長に対し、本件更正処分等の取消しを求める審査請求をしたところ、国税不服審判所長は、平成２８年４月１２日、原告の審査請求に対し、平成２６年１月期更正処分に対する審査請求を却下し、その余の各処分に対する審査請求を棄却する裁決をした。（甲５、乙１３）
（11）本件買換資産の所在地は滋賀県草津市にあるところ、同市は、近畿圏整備法所定の既成都市区域及び近郊整備区域のいずれにも該当しないから、都市計画法７条１項ただし書の規定により区域区分を定めるものとされている区域（特定区域）に該当しない。（争いのない事実、乙２０）
４ 争点
（１）平成２６年１月期更正処分の取消請求に係る訴えの利益の有無
（２）特別勘定による課税の特例の適用の有無（本件賃借権等が買換え特例における譲渡資産に当たるか）
５ 当事者の主張
（１）争点（１）（平成２６年１月期更正処分の取消請求に係る訴えの利益の有無）について【被告の主張】
平成２６年１月期更正処分は、所得金額を減額し、欠損金額及び繰越欠損金額を増額する減額更正処分であり、原告に有利な効果をもたらすものであって、原告には、同処分について救済を求める利益が存しない。
したがって、本件訴えのうち、平成２６年１月期更正処分の取消を求める部分は、その取消を求める訴えの利益が存せず、不適法なものである。
【原告の主張】
争う。
（２）争点（２）（特別勘定による課税の特例の適用の有無（本件賃借権等が買換え特例における譲渡資産に当たるか））について
【原告の主張】
措置法６５条の７第１項に規定する「土地の上に存する権利」とは、地上権、永小作権、地役権又は土地の賃借権をいい、土地に係る賃借権を有しているといえるためには、当該土地に係る賃貸借契約が締結されていることが前提となるところ、原告は、丁と本件建物の敷地（以下「本件土地」という。）に係る賃貸借契約を締結しており、本件土地に係る賃借権を有していた。
というのも、原告は、昭和６２年７月７日から本件物を賃借していたところ、平成７年の阪神淡路大震災の際、本件建物も被災したため、その修繕工事のために事業資金を支出しており、これにより、当時の賃貸人であった訴外戊との関係で本件土地に係る賃借権を取得したのである。
そして、本件土地及び本件建物について、同人から丁への相続が発生したため、改めて本件賃貸借契約が締結されたのであるが、これは、訴外戊との本件建物及び本件土地についての賃貸借契約をいずれも承継するとの趣旨でなされたものであるから、原告は、丁との間で、本件土地についても賃貸借契約を締結しているといえる。
また、原告が丁と本件賃貸借契約を締結した際、当時の本件建物及び本件土地の所有者はいずれも丁であったから、本件建物についての本件賃貸借契約は、当然に、本件土地に係る賃借権をも含むものといえる。
なお、本件賃貸借契約書（乙１）を形式的に見れば、本件建物のみを対象としているようにも思われるが、合意書（乙４）によれば、賃貸借契約の対象が建物に限定されているわけではないし、本件賃借権の対価が４０００万円という高額なものであることに照らせば、本件建物のみを対象とする賃借権の対価というわけでなく、本件土地を対象とする賃借権の対価としての性質をも含むことは明らかなのであって、本件賃貸借契約は、本件建物のみでなく、本件土地をも対象とするものであったといえる。
更にいえば、処分行政庁は、原告の立退料収入について、消費税に関する課税処理を行っていないが、これは、原告が土地の上に存する権利を譲渡したと認めたからにほかならない。【被告の主張】
原告は、阪神淡路大震災の際に、本件建物の修繕工事のために事業資金を支出したことにより、本件土地に係る賃借権を取得した旨主張するが、本件建物の修繕のために費用を支出したことにより、何故に本件土地に係る賃借権を取得するのか、その法的根拠が不明である。
また、原告は、本件建物及び本件土地の所有者が丁であることをもって、本件賃貸借契約を締結した場合、当然に本件土地に係る賃貸借契約も含まれる旨主張するが、その法的根拠が不明である。
さらに、原告は、処分行政庁が原告の立退料収入について、消費税を課する課税処理を行っていないことをもって、処分行政庁が、当該立退料を土地の上に存する権利の譲渡の対価と認めたものと主張するが、消費税法の解釈適用に関し、「建物等の賃借人が賃貸借の目的とされている建物等の契約の解除に伴い賃貸人から収受する立退料は、賃貸借の権利が消滅することに対する補償、営業上の損失又は移転等に要する実費補償などに伴い授受されるものであり、資産の譲渡等の対価に該当しない」旨の通達が存在しており、処分行政庁は、この通達に従い、本件立退料は、資産の譲渡等の対価に該当せず、不課税売上げに該当すると判断したにすぎない。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点（１）（平成２６年１月期更正処分の取消請求に係る訴えの利益の有無）について（１）前記前提事実（８）のとおり、平成２６年１月期更正処分は、所得金額を減額し、欠損金額及び繰越欠損金額を増額する減額更正処分であり、当初の原告の確定申告の内容よりも原告にとって有利なものであることは明らかである。
そうすると、平成２６年１月期更正処分は、原告の当初の申告における所得の金額を減額し、欠損金額及び繰越欠損金額を増額するという納税者に有利な効果をもたらす処分であり、原告が同処分について救済を求める訴えの利益はないといわざるを得ない（最高裁判所昭和５６年４月２４日第二小法廷判決・民集３５巻３号６７２頁参照）。
（２）なお、平成２６年１月期更正処分がされた理由は、原告が平成２５年１月期の法人税の確定申告の前提としている特別勘定による課税の特例の適用が認められなかった結果、本件特別勘定の計上自体が認められず、平成２６年１月期の法人税の確定申告に際して、本件特別勘定を取り崩して益金に算入したとの処理が認められなかったことによるものではある。
しかしながら、平成２６年１月期更正処分は、平成２５年１月期更正処分及び同期過少申告加算税賦課決定処分並びに本件各却下処分とは別個のものである上、仮に平成２５年１月期更正処分及び同期過少申告加算税賦課決定処分並びに本件各却下処分が取り消されると、これに対応して平成２６年１月期の法人税の所得の金額等を増加させる増額再更正処分などの新たな不利益処分がされる余地があり得るとしても、それに不服がある場合にはその新たな処分について争えば足りることから、このような余地があることをもって、現時点においてあえて確定申告の内容よりも有利な内容となっている平成２６年１月期更正処分の取消しを求めるべき根拠とはなし得ないものと解される。
したがって、この点は上記の結論を左右しない。
２ 争点（２）（特別勘定による課税の特例の適用の有無（本件賃借権等が買換え特例における譲渡資産に当たるか））について
（１）原告の請求は、平成２５年１月期の法人税の確定申告に際して、特別勘定による課税の特例の適用を受けることができることを前提とするものであるが、前記関係法令等の定めによれば、特別勘定による課税の特例の適用を受けるためには、措置法６５条の７第１項に規定する買換え特例の適用を受ける買換資産を取得することが要件となっている。これによれば、公衆浴場業を営む原告が特別勘定による課税の特例を受けるためには、既成市街地等以外の地域内にあり、かつ特定区域内にある土地等の資産を取得する必要がある。
（２）この点、原告が買換え特例における買換資産に該当するものとして取得した本件買換資産の所在地は滋賀県草津市であるが、原告も自認しているとおり、同市は特定区域に該当しない（前提事実（１１））。
そうすると、原告が取得した本件買換資産は、措置法６５条の７第１項に規定する買換え特例の適用を受ける買換資産には該当しないのであるから、本件においては、争点（２）に係る当事者の主張の当否について判断するまでもなく、原告が平成２５年１月期の法人税の確定申告において特別勘定による課税の特例の適用を受けることができないことは明らかである。
３ 以上によれば、特別勘定による課税の特例の適用を受けられることを前提とする原告の主張を採用することはできない。
４ その他、本件に顕れた一切の事情を考慮しても、平成２５年１月期更正処分のうち確定申告額を超える部分、過少申告加算税賦課決定処分、本件各却下処分は、いずれも適法であり、原告の請求は、いずれも理由がない。
第４ 結論
以上の次第で、原告の本件訴えのうち平成２６年１月期更正処分の取消しを求める部分は不適法であるから却下し、その余の請求はいずれも理由がないからこれらを棄却することとして、主文のとおり判決する。
大津地方裁判所民事部
裁判長裁判官 西岡繁靖
裁判官 小川紀代子
裁判官 進藤諭
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2017/pdf/13047.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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