税務訴訟資料第２６７号－１００（順号１３０４９）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号所得税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（江戸川南税務署長）
平成２９年９月１日棄却・控訴
判決
原告
甲
被告
国
同代表者法務大臣
上川陽子
処分行政庁
江戸川南税務署長
村瀬隆夫
同指定代理人
飯塚晴久
羽鳥裕士
寺本大介
加藤千博
谷尚嗣
鶴広大
主文
１ 原告の請求を棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
江戸川南税務署長が原告に対して平成２６年４月３０日付けでした、原告の平成２３年分の所得税に係る更正処分のうち総所得金額１１１０万５００７円、分離課税の長期譲渡所得金額０円及び納付すべき税額２９万１９００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、原告が、亡父から共同相続した不動産を平成２３年に姉と共に第三者に譲渡し（以下「平成２３年譲渡」という。）、同不動産の原告共有持分の譲渡価額は取得価額よりも低いとして、同年分の所得税について分離課税の長期譲渡所得金額を０円とする確定申告をしたところ、管轄税務署長である処分行政庁が、原告に対し、原告の亡父は、同不動産を、昭和６２年法律第９６号による改正前の租税特別措置法（以下「措置法」といい、同改正前の措置法をいうときは「旧措置法」という。）３６条の２の規定する居住用財産の買換えの場合の長期譲渡所得の課税の繰延べの特例（以下「本件特例」という。）上の「買換資産」として取得することを前提に、昭和６０年にした買換え前の居住用不動産の譲渡（以下「昭和６０年譲渡」という。）について本件特例の適用を受けており、平成２３年譲渡に係る不動産の共有持分について生じた原告の譲渡所得の計算上、その取得価額は、措置法３６条の４第３号の規定するところにより、昭和６０年譲渡に係る「譲渡資産」の取得価額等を引き継いだ価額となるとして、その更正処分及び過少申告加算税賦課決定をしたため、原告が、処分行政庁の所属する被告国に対し、原告の亡父が本件特例の適用を受けたことを証する証拠はないなどとして、同更正処分のうち確定申告額を上回る部分及び過少申告加算税賦課決定の取消しを求める事案である。
１ 関係法令等の定め
（１）譲渡所得
ア 譲渡所得とは、資産の譲渡による所得をいう（所得税法３３条１項）。
イ ただし、個人が他の者と土地を共有している場合において、その共有に係る一の土地についてその持分に応ずる現物分割があったときには、その分割による土地の譲渡はなかったものとして取り扱う（所得税基本通達３３－１の６）。
（２）長期譲渡所得の分離課税
ア 個人が、その有する土地又は建物で、その年１月１日においてその取得をした日の翌日から引き続き所有していた期間（限定承認に係るものを除く相続により取得した土地又は建物については、当該個人が、当該相続に係る被相続人が当該土地又は建物の取得をした日にその取得をし、その日の翌日から引き続き所有していたものとみなす（措置法３１条２項、同法施行令２０条２項、３項２号、３号、所得税法６０条１項１号）。以下「所有期間」という。）が５年を超えるものの譲渡をした場合には、当該譲渡による譲渡所得については、他の所得と区分し、その年中の当該譲渡に係る譲渡所得の金額（長期譲渡所得の金額）に対し、課税長期譲渡所得金額の１００分の１５に相当する金額に相当する所得税を課する（措置法３１条１項前段。旧措置法３１条１項、２項も、課税長期譲渡所得金額の区分を設けた上で税率を異にしている点を除き、所有期間が１０年を超える土地又は建物について、同旨である。）。
イ 個人が、その有する土地につき土地区画整理法による土地区画整理事業が施行された場合において、当該土地に係る換地処分により土地を取得したときは、措置法３１条の規定の適用については、換地処分により譲渡した土地の譲渡がなかったものとみなす（措置法３３条の３第１項）。
（３）本件特例
昭和６１年分以前の所得税については、個人が、その有する家屋又は土地で、その年１月１日において所有期間が１０年を超えるもののうち、当該個人がその居住の用に供している家屋及び当該家屋の敷地の用に供されている土地（譲渡資産）の譲渡をした場合、当該譲渡をした日の属する年の翌年中に、当該個人の居住の用に供する家屋又は当該家屋の敷地の用に供する土地（買換資産）の取得をする見込みであり、かつ、当該取得の日の属する年の翌年１２月３１日までに当該取得をした買換資産を当該個人の居住の用に供する見込みである場合において、大蔵省令で定めるところにより納税地の所轄税務署長の承認を受けたときは、当該個人がその年における資産の譲渡につき居住用財産の譲渡所得の特別控除に係る旧措置法３５条１項の規定の適用を受けている場合を除き、当該譲渡資産の譲渡による収入金額が当該買換資産の取得価額以下である場合にあっては当該譲渡資産の譲渡がなかったものとし、当該収入金額が当該取得価額を超える場合にあっては当該譲渡資産のうちその超える金額に相当するものとして政令で定める部分の譲渡があったものとして、旧措置法３１条の規定を適用する（旧措置法３６条の２第２項、１項１号、３号、昭和６２年法律第９６号附則３９条、昭和６３年法律第４号附則８条３項。乙３）。
（４）本件特例の適用を受けた買換資産の譲渡の場合の取得価額の計算
本件特例の適用を受けた者の買換資産について、当該買換資産の取得の日以後その相続があった場合において、譲渡所得の金額を計算するときは、政令で定めるところにより、当該買換資産の取得価額は、譲渡資産の譲渡による収入金額が買換資産の取得価額に満たない場合にあっては、当該譲渡をした譲渡資産の取得価額等（譲渡資産の取得価額並びに設備費及び改良費の額の合計額をいう。措置法３３条の６第１項参照）にその満たない額を加算した金額に相当する金額（譲渡資産の譲渡に要した費用があるときは、政令で定めるところにより計算した当該費用の金額を加算した金額）とする（措置法３６条の４第３号。旧措置法当時から同旨である。）。
２ 前提事実
（１）乙による居住用不動産の譲渡（昭和６０年譲渡）
原告の父乙（以下「乙」という。）は、昭和２８年４月３日、東京都台東区●●（後に昭和３９年１０月１日の住居表示実施により●●）の宅地の払下げを受け、昭和６０年当時、同宅地（地積１０１．６８平方メートル）上の居宅倉庫建物（総床面積８９．２２平方メートル）とともにこれを所有していたが、同年４月２４日にこれらの宅地建物（以下「昭和６０年譲渡物件」と総称する。）を第三者に売却したとする旨の所有権移転登記がされている（乙６の１・２）。
（２）乙による居住用不動産の取得
乙は、昭和６１年１月６日に、当時土地区画整理法に基づく換地手続中であった東京都江戸川区の田の持分６万７４９８分の１万２９００を同土地の持分権者の一部から購入したとして、同月１７日にその旨の所有権移転登記を受けた。そして、乙は、同年５月２４日に同土地と換地処分された同区●●の土地から同年９月８日に分筆された同所●●の宅地（地積１２９．００平方メートル。以下「本件土地」という。）の所有権全部を、同年１０月４日、共有物分割により取得して同月１３日にその旨の登記を受けた。（乙７ないし９）
また、乙は、同年６月１９日、本件土地上に鉄骨造陸屋根３階建ての居宅（総床面積１６５．７８平方メートル。以下「本件建物」といい、本件土地と合わせて「本件土地建物」という。）を新築したとして、同年１１月２１日にその所有権保存登記を受けた（乙１０）。
（３）昭和６０年譲渡についての本件特例の適用に関する資料
ア 昭和６２年３月３０日に「江戸川税務署」の「丙」が作成したとされている「取得価額引継整理票」と題する書面（以下「本件整理票」という。）が存在する。本件整理票には、①乙は、昭和６０年譲渡物件を譲渡資産とし、本件土地建物を買換資産等として、旧措置法３６条の２の特例（本件特例）の適用を受けたことにより、本件土地建物は昭和６０年譲渡物件の取得価額を引き継ぐ旨、②譲渡資産である昭和６０年譲渡物件について、譲渡日が同年２月１９日、譲渡価額が７０００万円、譲渡費用が１４６万円である旨、③買換資産等である本件土地建物について、「実際の取得価額等」が本件土地につき３９７２万３９００円、本件建物につき３０４７万９６８０円、取得時期が本件土地につき昭和６１年１月１７日、本件建物につき同年６月１９日である旨、④買換資産等である本件土地建物が昭和６０年譲渡物件から「引き継いだ取得価額」が本件土地につき９８万０９２７円、本件建物につき７５万２６５３円である旨の各記載がある。（乙１の１・２、乙２）
イ 昭和６０年譲渡に関する譲渡所得に係る所得税の確定申告書及びその添付書類や、本件整理票を作成する際に確認調査がされたこと及びその内容を直接示す資料は、現存しない（弁論の全趣旨）。
ウ なお、平成７年７月１０日、江戸川区全域を管轄していた江戸川税務署は、江戸川南税務署と江戸川北税務署に分割改組され、●●地区は江戸川南税務署が管轄するところとなり、本件整理票は、平成２４年当時、江戸川南税務署において保管されていた（弁論の全趣旨）。
（４）本件土地建物の譲渡（平成２３年譲渡）に至る経緯
ア 乙は、平成２年１月３１日、本件土地の持分１２９分の４５を原告の母である丁（以下「丁」という。）に贈与したが、丁は同年２月●日に死亡し、同持分は原告の姉である戊（以下「戊」という。）が相続した（乙７）。
イ 乙は平成５年７月●日に死亡し、同人に残存していた本件土地持分１２９分の８４及び本件建物は、原告の兄であるＡ（以下「Ａ」という。）、戊及び原告がそれぞれ３分の１ずつ（本件土地については全体に対する持分１２９分の２８ずつ）を共同相続した（乙７、１０）。
ウ Ａは平成１８年１月●日に死亡し、同人の本件建物持分３分の１及び本件土地持分のうち１２９分の１３を戊が、本件土地持分のうち残余の１２９分の１５を原告がそれぞれ相続したことにより、本件土地建物はいずれも戊が３分の２、原告が３分の１の持分割合で共有するところとなった（乙７、１０）。
エ 戊及び原告は、平成２３年１２月２６日、本件土地を３９００万円、本件建物を６３０万円の代金合計４５３０万円で第三者に売却した（平成２３年譲渡）。
（５）平成２３年譲渡に対する課税
ア 原告は、平成２４年３月１４日、平成２３年譲渡に係る分離課税の長期譲渡所得金額は０円であり、原告の納付すべき税額は、不動産所得及び給与所得の合計である総所得金額１１１０万５００７円に対する所得税額１５４万６８６０円から納付済みの源泉徴収税額１２５万４９００円を控除した２９万１９００円（国税通則法１１９条１項により百円未満切捨て）であるとする内容の平成２３年分の所得税の確定申告書を、原告住所地を管轄する江戸川南税務署長に提出した（以下「本件確定申告」という。）。
本件確定申告において、平成２３年譲渡に係る分離課税の長期譲渡所得金額が０円とされた根拠は、本件確定申告に付属して提出された譲渡所得の内訳書上、本件土地の取得価額等が購入代金額３９０２万円に登録免許税及び不動産取得税額を加えた３９５８万４３００円、本件建物の取得価額等が建築代金額３５００万円にガス水道設備費並びに登録免許税及び不動産取得税額を加えた３６６９万２００４円であって、これらの合計から本件建物建築後の経過年数に相当する償却費相当額１６５１万１４０１円を控除した５９７６万４９０３円のうち原告持分３分の１相当額が、平成２３年譲渡に係る上記（４）エの譲渡収入額４５３０万円のうち同持分相当額を超えることに基づくものであり、同内訳書には、上記各金額の裏付け資料として、本件土地に関する昭和６０年１１月１９日付け土地売買契約書（以下「本件土地買受契約書」という。甲１の２３丁）、本件建物に関する同年１１月３０日付け注文請書（以下「本件建物注文請書」という。甲１の２５丁）等が添付されていた。（ア全体につき、甲１）
イ 江戸川南税務署長（処分行政庁）は、原告に対し、平成２６年４月３０日付けで、原告の平成２３年分の所得税について、総所得金額及びこれに対する所得税額は本件確定申告額のままとしつつ、乙は昭和６０年譲渡に係る長期譲渡所得の申告において本件特例を適用し、本件土地建物を買換資産として申告しているため、本件土地建物の取得価額は昭和６０年譲渡物件の取得価額を引き継ぐこととなるところ、その取得価額からその建物の償却費相当額を控除した取得費８８０万４０００円のうち原告持分３分の１相当額は２９３万４６６６円であるとして、本件土地建物の譲渡収入のうち同持分相当額１５１０万円に係る分離課税の長期譲渡所得金額を（本件確定申告に係る譲渡費用５０００円をも控除して）再計算した結果は１２１６万０３３４円であり、これに対する税額は１８２万４０００円（納付すべき税額は、本件確定申告に係る納付すべき税額との合計２１１万５９００円）であるとする内容の更正をし（以下「本件更正処分」という。）、本件更正処分により新たに納付すべき税額１８２万４０００円に対する過少申告加算税１９万５５００円を賦課する決定（以下、本件更正処分と合わせて「本件更正処分等」という。）をした（甲２。別表１と同旨）。
なお、本件更正処分上、上記の本件土地建物が引き継いだ取得価額の計算過程で必要となる本件土地建物に係る実際の取得価額としては、本件整理票に記載された金額ではなく、本件確定申告の譲渡所得の内訳書に記載された金額が用いられている（別表３及び４と同旨）。
（６）本件訴えに至る経緯
原告は、本件更正処分等について、適法に異議申立て及び国税不服審判所長に対する審査請求をしたがいずれも棄却され、行政事件訴訟法１４条３項本文所定の出訴期間内に本訴を提起した（甲３、５、６、顕著な事実）。
３ 本件更正処分等の根拠及び適法性に関する被告の主張
被告が本訴において主張する原告の平成２３年分所得税の総所得金額、分離長期譲渡所得の金額及び納付すべき税額は、別表１の①、④及び⑯欄のとおりで、いずれも本件更正処分における額と同額であるから、本件更正処分は適法であり、過少申告加算税の額も、本件更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額１８２万４０００円について、国税通則法１１８条３項による端数処理後、同法６５条１項、２項に基づき算出した金額と同額であるから、その賦課決定処分も適法である。
４ 主な争点とこれに関する当事者の主張
本件の主な争点は、（１）乙が昭和６０年分の所得税の申告において昭和６０年譲渡に係る長期譲渡所得につき本件特例の適用を受けたか、及び（２）戊に対し本件更正処分等と同様の更正処分等がされていないことをもって本件更正処分等の違法原因となるかであり、これらに関する当事者の主張は、以下のとおりである。
（１）乙が昭和６０年分の所得税の申告において昭和６０年譲渡に係る長期譲渡所得につき本件特例の適用を受けたか（争点１）
（被告の主張）
ア 本件整理票の作成等について
（ア）税務署の資産課税部門において処理する事務についての具体的な事務処理手順や様式等は、資産税事務提要に定められており、本件特例のような課税の繰延べの特例の規定を適用して取得価額の引継ぎが行われる事案については、その取得価額の引継ぎ事績を明らかにし、じ後における譲渡所得等の計算の資料とするために、取得価額引継整理票を作成することとされている。本件特例の適用を受けるについて、確定申告時点において、いまだ買換資産を取得していない場合など買換えが未了のものについては、事後的に買換資産の取得やその使用の事実を確認する確認調査の結果、本件特例の適用が認められることが確認できた場合に取得価額引継整理票が作成されることとなる。
（イ）本件整理票は、昭和６２年３月３０日、江戸川税務署において、相続税、贈与税、所得税のうち譲渡所得を担当する部署に在籍していた丙（現在の氏名はＢ。以下「丙」という。）によって、当時の資産税事務提要に基づき作成された。丙は、乙から、買換資産を取得したことを確認するための登記簿謄本や居住していることを確認するための住民票の写し等の提出を受けるなど、本件特例の全ての適用要件を満たしているか否かを確認するための確認調査を行い、同調査の事績を記録した確認調査書を作成し、同調査書を基に本件整理票を作成した（なお、取得価額引継整理票は永年保管とされているが、これを作成する際の原資料である、特例の適用を受ける旨が記載された申告書及びその添付資料、確認調査書等については、行政文書としての保存期間が７年間であり、乙が提出した本件特例の適用を受ける旨が記載された昭和６０年分所得税の申告書及びその添付資料のほか、本件整理票の作成の基となった簿書である昭和６０年分確認調査書については、平成２４年３月２３日時点で既に廃棄されていた。）。
イ 乙が本件特例の適用を受けたこと
（ア）本件整理票の譲渡資産に関する記載内容は、昭和６０年譲渡物件に係る各閉鎖登記簿謄本に記載されている資産の種類、所在地番、地積又は床面積、譲渡年及び譲渡者名といずれも一致しており、また、買換資産である本件土地建物に関する記載内容は、①本件土地については、その取得に係る本件土地買受契約書に記載された買主名（乙）や、閉鎖登記簿謄本及び全部事項証明書に記載された所在地番、地目、地積及び所有権移転登記の受付年月日と一致し、②本件建物についても、その建築に係る本件建物注文請書に記載された宛先名（乙）及び工事場所（江戸川区）や、全部事項証明書における所在地番、床面積及び登記の日付とも一致していて、乙が行った昭和６０年譲渡物件の譲渡や本件土地建物の取得に関する内容が適切に記載されている。
そうすると、乙は、本件整理票に記載されたとおり、昭和６０年分所得税の申告における譲渡所得の計算上、本件土地建物を買換資産として本件特例の適用を受けたものと認められる。
（イ）上記ア（ア）のとおり、そもそも、取得価額引継整理票は、納税者から課税の繰延べの特例の適用を受ける旨の申告があり、その特例の適用要件を満たし、法令などで定められた添付書類の提出があることを確認した上で、その特例の適用を認めたものについて作成しており、単に納税者から特例の適用を受ける旨の申告があっただけで作成されるものではなく、ましてや、納税者から特例の適用を受ける旨の申告がない場合に作成されるものでもない。
昭和６２年３月３０日に本件整理票が作成され、乙及びＡの死亡に伴う共同相続開始により、必要に応じて共同相続人用の写しが作成されてこれらが江戸川税務署又は江戸川南税務署で保管されていたことからすれば、本件整理票の原本及び写しが存在すること自体から、乙が昭和６０年分所得税の申告において本件特例の適用を受ける旨の申告をし、実際にその適用を受けたことは明らかであるといえる。
また、税務署長による承認が得られなければ本件特例の適用を受けることができず、本件整理票が作成されることもなかったのであるから、乙が本件特例の適用を受ける前提として同承認を受けていたことは明らかである。
ウ 原告の主張について
（ア）原告は、乙が昭和６０年分所得税の申告において本件特例を適用していたことを示す資料が一切提示されていないと主張するが、乙が昭和６０年分所得税の申告において本件特例を適用していたことを示す資料として、以上のとおり、本件整理票が存在しているから、原告の主張には理由がない。
（イ）また、原告は、本件整理票記載の本件土地建物の取得価額と実際の取得価額とが相違していることなどから、本件整理票は乙の昭和６０年分所得税の申告に基づいて作成されたものとはいえないため、乙が同申告において本件特例を適用していたとは認められないと主張するところ、本件整理票に記載された買換資産等の実際の取得価額等と、本件土地につき本件土地買受契約書に記載された売買代金に登録免許税及び不動産取得税を加えた合計金額（別表４の①欄の金額）、並びに本件建物につき本件建物注文請書に記載された工事代金にガス水道設備費、登録免許税及び不動産取得税を加えた合計金額（別表４の⑤欄の金額）に相違があることは、原告が指摘するとおりである。
しかしながら、昭和６２年３月３０日に本件整理票が作成されるに先立ち行われた丙の確認調査の際に、乙が丙に対して、いかなる資料を示したものであるのかは不明であり、本件整理票に記載された金額と原告が本件訴訟に提出している資料に記載された金額とが異なっていたからといって、直ちに本件整理票の記載内容全部が信用できないということにはならないというべきである。
したがって、本件整理票の記載全部が信用できないかのようにいう原告の主張には理由がない。
（ウ）原告は、処分行政庁が原告の本件確定申告の譲渡所得における取得価額に基づき本件更正処分をしたことは、本件整理票に記載されている取得価額について誤りがあったと認めることになると主張する。
しかしながら、本件特例の適用を受けた買換資産を譲渡等した場合の取得価額の計算は、買換資産を譲渡等した年分において適用のある措置法３６条の４に基づきするものであるところ、当然のことながら、その計算は課税の時点における資料に基づいてされることになる。取得価額引継整理票は、買換資産につき特例の適用がされたこと、及び特例の適用がされた時点において計算された買換資産の取得価額を正確に認定することができるものであるが、買換資産の譲渡等による課税の時点においては、特例が適用された時点では収集されていなかった資料が収集される場合もあり、このような場合には、その課税の時点における資料に基づき、買換資産の取得価額を計算することとなるから、原告の上記の主張は、買換資産の引き継いだ取得価額の計算方法等について誤解した失当なものであるというほかない。
（エ）なお、原告は、本件整理票の記載内容に信用性がないとする理由として、本件整理票が納税者からの提出書類のみに基づいて記載されているものではないこと、乙から戊に相続された持分についての記載がないことをも挙げるが、いずれも本件整理票の記載の信用性とは無関係であり、原告の主張に理由がないことは明らかである。
（原告の主張）
ア 根拠資料の不存在
処分行政庁は、乙が昭和６０年譲渡につき本件特例を適用して申告をしたことを示す資料を一切提示しないところ、これらを一切提示できないことは、ひとえに乙が本件特例を適用して申告をしていないことを示す証左である。
イ 本件整理票が乙の申告に基づいて作成されたものではないこと
被告は、乙が昭和６０年譲渡につき本件特例を適用して申告をした根拠として、本件整理票を挙げる。
しかし、本件整理票に記載された本件土地建物の価格は、本件土地が３９７２万３９００円、本件建物が３０４７万９６８０円であるのに対し、実際の取得価格に付随費用を加えた金額は、少なくとも本件土地が３９５８万４３００円、本件建物が３６６９万２００４円であり、その金額は、いずれも大きく乖離している。実際の価格が客観的に明確であるにもかかわらず、その内容について齟齬が生じることは通常あり得ないから、本件整理票は乙の本件特例の適用に関する申告に基づいて作成されたものとは到底いえない。
本件整理票のその他の記載内容は、乙から買換資産に関する資料の提出がなくても、処分行政庁に提出された他の資料から知り得る事実である（本件整理票の本件土地建物の「引き継いだ取得時期」欄には、登記記録に記載された日付が記載されているが、本件土地買受契約書、本件建物注文請書等を確認していれば、別の日が記載されたはずである。）。さらに、原告がＡから相続により取得した持分について原告は相続税の申告書等を提出していないにもかかわらず、本件整理票にはこれに関する記載が加えられていることからすれば、本件整理票は納税者からの提出書類のみに基づいて記載されているものではない。加えて、乙から戊に相続された持分については本件整理票に何らの記載がないことからすれば、本件整理票がその記載された作成日よりも後に原告のみに更正処分等をする目的で作成されたものではないかとの疑念も払拭することができない。
したがって、本件整理票は、乙の本件特例の適用に関する申告に基づいて作成されたものとはいえず、乙が昭和６０年譲渡につき本件特例を適用して申告をした根拠資料にはならない。
処分行政庁が、本件確定申告における本件土地建物の取得価額に基づいて「引き継いだ取得価額」を新たに再計算して本件更正処分をしたのも、本件整理票に記載されている取得価額について誤りがあったと認めたものである。
ウ 帰結
以上のとおり、乙は昭和６０年譲渡につき本件特例を適用して長期譲渡所得の申告をしていないから、これがあることを前提に行われた本件更正処分等は違法である。
（２）戊に対し本件更正処分等と同様の更正処分等がされていないことをもって本件更正処分等の違法原因となるか（争点２）
（原告の主張）
仮に、乙が昭和６０年譲渡につき本件特例を適用して申告をしていたとしても、戊も、原告と同様に、平成２３年譲渡につき分離課税の長期譲渡所得金額を０円とする平成２３年分の所得税の確定申告を行ったところ、戊については、乙が昭和６０年譲渡につき本件特例を適用して申告したことを前提とする更正処分等がされておらず、管轄税務署が異なるだけで、その他の利益状況が全て同一である原告のみに対して本件更正処分等がされることは著しく不公平であるから、本件更正処分等は平等原則に反し、違法である。
（被告の主張）
課税の平等とは、課税の根拠となる法を適用すべき者に対しては等しく適用すべしとすることであって、仮に法の適用を免れる者が生じたとしても、そのことを理由に他の者に対して法を正しく適用することができなくなるわけではなく、また、法を正しく適用することが課税の平等に反することにならないことも明らかである。
したがって、そもそも、戊に対する課税処分の有無は、本件更正処分等の適法性に何ら影響を及ぼすものではないから、上記の原告の主張は失当である。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１（乙が昭和６０年分の所得税の申告において昭和６０年譲渡に係る長期譲渡所得につき本件特例の適用を受けたか）について
（１）認定事実
ア 取得価額引継整理票一般について
証拠によれば、取得価額引継整理票一般について、以下のように取り扱われていたことが認められる（（ア）ないし（ウ）につき乙４の別添２、（エ）及び（オ）につき同別添１）。
（ア）取得価額引継整理票は、国税庁長官の国税局長等宛て通達により国税当局に整備されている資産税事務提要に基づき、措置法又は所得税法に規定する課税繰延べの特例の規定の適用を受け譲渡資産の取得価額を引き継いだ事案について、その取得価額の引継ぎ事績を明らかにし、じ後における譲渡所得等の計算の資料とするために使用するものとして作成され、買換資産等の所在地の所轄署において、所在地番順に整理して保管されるものである。
（イ）昭和５８年９月１４日当時の取得価額引継整理票の様式は、表面冒頭に「非事業用」「事業用」又は「併用」の別を選択すべき欄を設けた上、「譲渡者（特例適用者）」欄及び「低額譲受者」欄にこれらの「住所」及び「氏名」を記入すべきようにし、「取得価額を引き継いだ資産（買換資産等）」欄に「所在地番」「種類」「数量（㎡）」「買換資産等の実際の取得価額等（円）」「引き継いだ取得時期（年月日）」「引き継いだ取得価額（円）」及び「引き継いだ取得価額の計算根拠」を、「取得価額が引き継がれた資産（譲渡資産）」欄に「所在地番」「種類」「数量（㎡）」「譲渡年月日（年月日）」及び「譲渡価額（円）」を記入できるようにし、「特例適用条文」欄に所得税法又は措置法の別を選択して条番号を記入すべきようにし、さらに「所得税部門へ写しを回付した年月日」欄及び「所得税部門受領印」欄を設けるとともに、「申告等のあった税務署」欄に局署を、「整理票作成年月日」欄に年月日を、それぞれ記入するようにした上、「作成の基となった簿書名」欄には、年分を記入するとともに「申告審理」若しくは「事後処理」「事績書」又は「実地」若しくは「確認」「調査書」から簿書を選択して「編てつ番号」を記入するようにし、「作成者」欄に押印すべき体裁のものとされている。
また、裏面は、全体にわたって「買換資産等の譲渡」欄とされ、「登記年月日（年月日）」「所在地番」「種目」「数量（㎡）」及び「譲渡価額（円）」を記入できるほか、「摘要」を記入できる体裁のものとされている。
表面欄外末尾には「（資６－３４－Ａ５統一）」との固定文字が印刷されている。
（ウ）昭和５８年９月１４日当時の資産税事務提要による取得価額引継整理票の「記載要領等」において、
ａ 「取得価額を引き継いだ資産（買換資産等）」欄は、買換資産等の取得及び用途の確認を了した事案に係る譲渡所得納税相談・申告審理事績書、譲渡所得実地調査書又は譲渡所得確認調査・事後処理事績書に基づき、おおむね次により記載すべきものとされている。
（ａ）「買換資産等の実際の取得価額等」欄には、買換資産等の実際の取得価額を記載する。
（ｂ）「引き継いだ取得時期」欄には、譲渡資産の取得時期を記載する。ただし、措置法３６条の２等の適用を受けて取得した買換資産等については、実際の取得時期を記載する。
（ｃ）「引き継いだ取得価額」欄には、買換資産等の取得費又は減価償却費の計算の根拠となる金額として、当該買換資産等に付すべき取得価額を記載する。
（ｄ）「引き継いだ取得価額の計算根拠」欄には、上記（ｃ）により記載すべき金額の計算根拠を記載する。
ｂ 「特例適用条文」欄には、整理票の作成の基因となった措置法又は所得税法の課税の特例に関する条項を記載すべきものとされている。
ｃ 「買換資産等の譲渡」欄には、譲渡所得資料との照合の結果、取得価額を引き継いだ買換資産等の一部が譲渡された事実を把握した場合に、その譲渡に関する必要事項を記載すべきものとされている。
（エ）平成６年６月２４日付け国税庁長官通達による改正前の資産税事務提要において、取得価額引継整理票は、以下のとおり、作成、保管すべきものとされていた。
ａ 取得価額引継整理票（６－３４）は、申告審理による処理区分を「省略」とすることについて決裁を了した事案のうち、譲渡所得に関する課税の特例の適用を受けているもので取得価額の引継ぎが行われる買換資産等があるもの、及び確認調査において課税繰延べの特例に係る買換資産等の取得又はその使用の事実を確認し当該特例の適用を認めた事案（既に取得価額引継整理票（６－３４）が作成されており、かつ、これらの調査によりその内容に異動が生じないものを除く。）について作成し、買換資産等が減価償却資産以外の資産、建物又は構築物でその所在地が他署管内にあるものについては、当該取得価額引継整理票（６－３４）を速やかに当該他署に送付する。
なお、処理区分を「省略」とした納税相談事績書については、決裁を了した後、課税年分ごとに編てつするのが原則であるが、確認調査の対象とすべき事案については、買換資産等の取得期限の到来順に整理し、確認調査実施時まで一括して別途保管するものとされていた。
ｂ 取得価額引継整理票（６－３４）は、買換資産等が減価償却資産以外の資産、建物又は構築物であるものは、当該買換資産等の所在地番順に整理して保管し、うちその作成後１０年を経過したものは、除却した上廃棄する。
（オ）平成６年６月２４日付け国税庁長官通達による改正時、上記（エ）ａ及びｂの資産税事務提要中の「取得価額引継整理票（６－３４）」との記載は、単に「取得価額引継整理票」と改められた。
イ 本件整理票について
また、前提事実（３）ア及び後掲各証拠によれば、本件整理票原本は、表面欄外末尾の「（資６－３４－Ａ５統一）」との記載を含めて、おおむね上記ア（イ）の取得価額引継整理票の様式に準じたＡ５判大と見られるものであり、その写しを含め、以下の内容が記載等されている。
（ア）本件整理票原本表面には黒色の筆記具で以下の内容が記載されている（乙２）。
ａ 冒頭で「非事業用」が選択されている。
ｂ 「譲渡者（特例適用者）」欄の「住所」として「江戸川区●●」と、「氏名」として「乙」（傍点は当裁判所による。）と記入されている。「低額譲受者」欄の記入はない。
ｃ 「取得価額を引き継いだ資産（買換資産等）」欄の「所在地番」「種類」「数量」「買換資産等の実際の取得価額等」「引き継いだ取得時期」及び「引き継いだ取得価額」として、順に、左欄に「●●」「宅地」「１２９．００（㎡）」「３９，７２３，９００（円）」「６１（年）１（月）１７（日）」及び「９８０，９２７（円）」と、右欄に「●●」「建物」「１６５．７８（㎡）」「３０，４７９，６８０（円）」「６１（年）６（月）１９（日）」及び「７５２，６５３（円）」と記入されている。
ｄ 「取得価額を引き継いだ資産（買換資産等）」欄の「引き継いだ取得価額の計算根拠」の項は上下２段に分けられ、上段は左右両欄を貫く形で「（７０，２０３，５８０－７０，０００，０００）＋７０，０００，０００×０．００１＋１，４６０，０００＝１，７３３，５８０」と記入され、下段は左欄に「１，７３３，５８０×３９，７２３，９００／７０，２０３，５８０」、右欄に「１，７３３，５８０×３０，４７９，６８０／７０，２０３，５８０」と記入されている。
ｅ 「取得価額が引き継がれた資産（譲渡資産）」欄の「所在地番」「種類」「数量」及び「譲渡年月日」として、順に、左欄に「台東区●●」「土地」「１０１．６８（㎡）」及び「６０（年）２（月）１９（日）」と、右欄に「同左」「建物」「８９．２２（㎡）」及び「６０（年）２（月）１９（日）」と記入され、「譲渡価額」は左右両欄を一括りにして「７０，０００，０００（円）」と記入されている。
ｆ 「特例適用条文」欄においては、措置法が選択され「３６の２（条）」と記入されている。
ｇ 「所得税部門へ写しを回付した年月日」欄及び「所得税部門受領印」欄には、記入しないことを示す斜線が引かれている。
ｈ 「申告等のあった税務署」欄には「東京（局）江戸川（署）」と、「整理票作成年月日」欄には「６２・３・３０」と記入され、「作成の基となった簿書名」欄においては、「６０（年分）」と記入された上で確認調査書が選択されているが、「編てつ番号」の記入はない。
（イ）本件整理票原本表面の「作成者」欄には「丙」名の朱色の印が押され、「取得価額を引き継いだ資産（買換資産等）」欄の「所在地番」の左欄にも一部の削字上に同じ「丙」名の訂正用の小さな朱色の印が押されている（乙２）。
（ウ）本件整理票原本裏面の「買換資産等の譲渡」欄には、各項目の記入に代え、「摘要」欄の全面に、前提事実（４）ア及びイと同内容を示す本件土地の登記全部事項証明書の一部抜粋と見られる印刷物の写しが貼付され、「１０．８．３１」の赤色のゴム印と「Ｃ」名の朱色の印が押されるとともに、同印刷物の写しの「平成２年１月３１日贈与」「丁」「平成２年２月●日相続」「平成５年７月●日相続」の項目に桃色のラインマーカーが付されている（乙２）。
（エ）ａ本件整理票原本表面においては、赤色の筆記具で、表面の「譲渡者（特例適用者）」欄の上記（ア）ｂの記入内容が二本線で削除され、上部欄外に「Ｈ５．７．●相続●●Ａ（２８／１２９）」と記載されている（乙２）。
ｂ また、上記（ア）及び（イ）の本件整理票原本表面を複写機でコピーしたと思われる、同（イ）の内容が黒色となった写しにおいても、赤色の筆記具で、表面の「譲渡者（特例適用者）」欄の上記（ア）ｂの記入内容が二本線で削除され、上部欄外に「Ｈ５．７．●相続江戸川区●●甲宅地（２８／１２９）建物（１
／３）」と記載されている（乙１の１。以下、この写しを「本件整理票写し１」という。）。
（オ）ａ本件整理票原本表面においては、さらに、赤色の筆記具で、上記（エ）ａの欄外の記載内容が一本線で削除され、上部欄外の別の部分に「Ｈ１８．１．●相続同住所戊○
宅１３／１２９○
建１／３」と記載されている（乙２）。
ｂ また、上記（ア）及び（イ）並びに（エ）ａの本件整理票原本表面を複写機でコピーしたと思われる、同（エ）ａの内容が黒色となった同（エ）ｂの写しとは別の写しにおいても、朱鉛筆とみられる筆記具で、上記（エ）ａの欄外の記載内容が一本線で削除され、上記（ア）ｃの右欄に斜線が引かれるとともに、赤色の筆記具で、「譲渡者（特例適用者）」欄の余白に「住所」として「●●」と、「氏名」として「甲」と記入され、その右欄外に「１８．１．●相続開始（持分１５／１２９）」と記載されている（乙１の２。以下、この写しを「本件整理票写し２」といい、本件整理票写し１と合わせて「本件整理票各写し」という。また、本件整理票原本と本件整理票各写しを合わせて「本件整理票原本等」という。）。
ウ 丙の供述
丙は、自身の担当職務並びに本件整理票の作成への関与及びその内容について、平成２８年６月２０日、要旨、以下の旨を供述し、その内容が誤りがないことを確認し、署名押印していることが認められる（乙１６。以下、各事実の末尾に、関係する同書証の問答番号を項番として記す。）。
（ア）丙は東京国税局管内の江戸川税務署に昭和６１年７月から平成元年７月まで勤務し、相続税や贈与税、所得税のうちの譲渡所得を担当する部署において調査事務を担当しており、同月、仙台国税局管内の十和田税務署に異動した。平成２年４月に結婚するまでは「丙」姓であった。（２～５項）
（イ）上記イ（イ）の押印は自身の印影であり、同（ア）の各欄の文字や数字も自身の筆跡であるから、本件整理票原本は「整理票作成年月日」欄に記載された昭和６２年３月３０日に丙が作成したものに間違いない。（６項・８項・２６項）
（ウ）本件整理票原本の上記イ（ウ）の裏面の内容は、丙が貼り付けたり記載したりしたものではないし、同（エ）ａの表面赤色部分についても、上部欄外の記載内容からすると、平成５年７月●日以降に、本件整理票原本が保管されていた税務署の職員が乙の相続が開始してＡが買換資産を相続した事実を把握したために、二本線を引いたのだと思う。（８～９項）
（エ）当時は、いわゆるバブル経済で地価が上がっていた時代で、不動産の譲渡所得について買換えの特例の申告をする納税者がとても多かったと記憶しており、昭和６１年７月に江戸川税務署に異動してから、本件整理票原本を作成した昭和６２年３月までの間に、取得価額引継整理票を恐らく１０件くらいは作成していたと思う。（１０項）
（オ）取得価額引継整理票に関する事務処理手順や様式は、資産税事務提要というものに定められており、上記アの内容は、本件整理票原本を作成した当時の資産税事務提要と同じだと思う。（１２～１３項）
（カ）上記イ（ア）の各欄は、確定申告書に添付されていた「譲渡内容についてのお尋ね」又は「譲渡所得計算明細書」や、これらの書類に添付されていた登記簿謄本、売買契約書の写しや領収書の写しなどの書類のほか、その後の確認のための調査などにおいて、納税者から提出されるなど、調査で収集した書類を基に作成していた。「譲渡内容についてのお尋ね」や「譲渡所得計算明細書」は、いずれも確定申告書とともに譲渡所得の計算の内訳を明らかにするために提出してもらう書類であり、具体的には、所在地、種類、用途など譲渡した資産の内容や、売買契約日、引き渡した日、売却先、譲渡価額など譲渡の内容、取得費や譲渡費用となる費用項目の内訳などを記載する書類である。（１４～１６項）
（キ）本件特例は、申告の時点までに買換資産を取得していなかったり、買換資産を居住用に使用していなかったとしても、居住用財産の譲渡をした年の翌年の年末までに買換資産を取得し、その取得した日の翌年の年末までに買換資産を居住用に使用する見込みであれば、「買換え承認申請書」や譲渡資産に係る登記簿謄本などの必要書類とともに、特例を適用する旨の記載した申告書を提出することにより、居住用財産を譲渡した年分の所得税の申告において特例を適用することができた。「買換え承認申請書」は、税務署長の承認を受けるために提出する書類で、確か、買換資産の取得予定年月日やその見積額など、取得予定の買換資産の明細や特例適用条文などを記載していた。承認申請書を提出しても、必ず本件特例が受けられるわけではなく、居住用ではない物件を譲渡したなど、本件特例の要件を満たしていなければ、修正申告書を提出してもらっていた。また、税務署長の承認を得られたとしても、譲渡資産を譲渡した年の翌年中に買換資産を取得しているかということや、その取得した年の翌年中に居住用に使用しているかなどを確認するための調査（確認調査）を行い、本件特例の適用要件を満たしていることが確認できない場合にも修正申告書を提出してもらっていた。（１７～２０項）
（ク）課税の繰延べの特例の適用を受けていない者について、取得価額引継整理票を作成するようなことはなかった。取得価額引継整理票は、納税者から課税の繰延べの特例を適用する旨の申告があり、その特例の適用要件を満たし、法令などで決められた添付書類の提出があることを確認した上で、その特例の適用を認めた場合に作成するもので、本件特例の場合、申告時点までに買換資産を取得していなかった場合には、提出された「買換え承認申請書」に基づいて買換資産の取得予定日後に確認調査を行い、本件特例の適用要件を満たしていることを確認できた時点で取得価額引継整理票を作成していた。（２１～２２項）
（ケ）一般的に、本件特例について確認調査を行う場合には、まず、本件特例を受ける旨の申告をした納税者から、契約書の写しや登記簿謄本など買換資産を取得したことを確認するための書類や、居住していることを確認するための書類として住民票の写しを提出してもらい、譲渡資産も含めた本件特例の全ての適用要件を満たしているかどうか確認していた。買換資産の実際の取得価額を確認する書類としても、買換資産の購入代金の支払明細を記載した「譲渡内容についてのお尋ね」の別紙や、取得価額の分かる契約書及び領収書の写しを提出又は提示してもらい、それらの書類に記載された金額の中から、買換資産の実際の取得価額に該当するものを確認していた。本件整理票に係る事案についても、具体的なことは覚えていないが、そのようにしたと思う。（７項・２４～２５項・３０項）
（コ）本件整理票の「引き継いだ取得価額の計算根拠」の項の「７０，０００，０００×０．００１」は譲渡資産の取得費の金額を表している。当時、東京国税局においては、課税の繰延べの特例の適用を受けた買換資産の引継取得価額の計算をする場合、譲渡資産の取得費の実額が不明であれば、譲渡資産の譲渡収入金額の０．１パーセントに相当する金額を譲渡資産の取得費として計算するよう取り扱われていた。また、同項の「１，４６０，０００」は譲渡資産の譲渡に要した費用（資産を譲渡するために直接かつ通常支出する費用）を表す金額であり、一般的には、仲介手数料、登記費用や売買契約書に貼付した印紙代などが含まれる。（２７～２９項）
（サ）本件整理票の「買換資産等の実際の取得価額等」の項に記載された金額が乙の相続人である原告が主張する本件土地建物の取得価額と異なるとすれば、丙が確認調査の際に乙から提示や提出を受けた買換資産の取得に関する契約書や領収書などの資料と原告が主張する金額の根拠となる資料とが異なっているのではないかと思う。（３１項）
（シ）本件整理票においては、譲渡資産である昭和６０年譲渡物件の「譲渡年月日」欄に昭和６０年２月１９日と記載され、同物件の閉鎖登記簿謄本に同年４月２４日売買を原因とする所有権移転登記がされているのは、前者は、覚えているわけではないが、譲渡の際の契約書や「譲渡内容についてのお尋ね」等を確認して、恐らく売買契約日を記載したのに対し、後者は、不動産取引の慣行からすれば、恐らく最終的な残代金の決済を行い引き渡した日ではないかと思う。なお、仮に後者が譲渡年月日だとしても、前者と同じ年分の譲渡であるから、本件特例が受けられなくなるということはない。（３２項）
（ス）本件整理票原本作成当時、取得価額引継整理票を作成した場合には、記載内容に誤りがあるといけないので、必ず、確認調査事績書などの事案処理の決裁のための書類に取得価額引継整理票を挟んで、決裁を仰いでいた。取得価額引継整理票を挟んでいたのは、作成した取得価額引継整理票に、記載金額などの根拠となった契約書や領収書などの資料を添付していたので、決裁権者である上司に、事案処理の内容確認とともに、取得価額引継整理票の記載内容の確認を行ってもらうためである。（３３～３４項）
（セ）決裁後の取得価額引継整理票は、特例の適用を受けた買換資産が譲渡されるまで保管・管理する必要があるので、当時は、同票だけを保管するキャビネットの中に買換資産の所在地番順に整理するなどして管理していたと思う。資産税事務提要において、取得価額引継整理票の作成後１０年を経過したものは、除却した上廃棄するとある（上記ア（エ）ｂ）が、取得価額引継整理票は、引き継がれた取得価額を明らかにするため、課税の繰延べの適用を受けた買換資産を譲渡するまで保管する必要があるので、東京国税局管内においては、買換資産が譲渡されるまで永年で保管・管理されていた。本件整理票は、記載された買換資産である本件土地建物が譲渡されていなかったため、現在の江戸川南税務署に保管されていたのだと思う。（３５～３８項）
エ 本件確定申告の調査担当者の供述
江戸川南税務署において本件確定申告の実地調査を担当した上席国税調査官であったＤ（以下「Ｄ」という。）は、本件整理票等の保管について、要点、以下の旨を供述し、その内容が誤りがないことを確認し、署名押印していることが認められる（乙１８。以下、各事実の末尾に、関係する同書証の問答番号を項番として記す。）。
（ア）取得価額引継整理票は、課税の繰延べの特例の適用を受けた場合、譲渡資産の取得価額が買換資産に引き継がれ、過去に特例の適用を受けていたという事績を残しておく必要があるために、資産税事務提要において作成することとされているので、乙が本件特例の適用を受けていなければ本件整理票原本は作成されず、これが保管されているということから、乙が本件特例の適用を受けていたといえる。本件整理票原本が作成された後、本件特例の適用ができなくなったとして修正申告が行われた場合には、本件整理票原本は、専用キャビネットに保管された取得価額引継整理票つづりから引き抜かれて、当該修正申告に係る調査書類として取得価額引継整理票つづりとは別の調査書類つづりにつづって保管管理するので、それ以降は当該専用キャビネットで保管管理することはない。（９～１０項）
（イ）乙が本件特例の適用を受ける旨を記載した昭和６０年分の申告書やその関係書類は、７年間の保存年限が経過してしまい、調査の時点では廃棄されていた。（１１～１２項）
（ウ）平成１０年ないし平成１４年頃、各税務署に国税総合管理システム（以下「ＫＳＫシステム」という。）が順次導入され、取得価額引継整理票について、整理票そのものによる管理のほか、ＫＳＫシステム導入以前に作成されたものも含め、特例適用者ごとに、取得価額引継整理票が保管されている旨をＫＳＫシステムに入力してデータによる管理を行うこととなった。ＫＳＫシステムから出力された譲渡所得納税相談・申告審理事績書の左上に「継続／取」と表示されていれば、同事績書に氏名が表示された譲渡者に係る取得価額引継整理票がその税務署で保管管理されていることがわかるので、その整理票を確認することにより、譲渡者が譲渡した物件が課税の繰延べの特例の適用を受けた買換資産かどうかがわかる。（１６～１８項）
（エ）Ｄが本件確定申告の実地調査を引き継いだときには、既に原告の平成２３年分の譲渡所得納税相談・申告審理事績書に本件整理票原本等が添付されていたが、同事績書の「継続／取」の「取」の字を○で囲って「同一物件」と手書きで記載していることから、前担当者が本件整理票原本等を確認して、譲渡者が譲渡した本件土地建物が本件特例の適用を受けた買換資産であることを把握し、取得価額引継整理票がつづられた専用バインダーから本件整理票原本等を引き抜いて同事績書に添付したのだと思う。本件土地建物が全部譲渡され、本件特例の適用により繰り延べられた譲渡資産の譲渡益が精算されることになり、本件整理票原本等は、保管する必要がなくなるから、同事績書に添付したまま保管することになり、当該専用バインダーに戻すことはない。（１８～２０項）
（オ）現在、取得価額引継整理票は、課税の繰延べの特例の適用を受けた買換資産が譲渡されるまでの間は保管する必要があるので、実務上、買換資産が譲渡されるまで保管することになっている。（２１項）
（２）本件整理票原本の作成者及び作成時期
ア 上記（１）の認定事実によれば、本件整理票原本は当時の通達により定められた様式に則って作成され、しかも、「整理票作成年月日」とされている昭和６２年３月３０日当時、「申告等のあった税務署」とされている江戸川税務署の譲渡所得担当部門には、その「作成者」欄に押印されているのと同じ「丙」姓の職員が実際に在籍していて、同職員がこれに記載された筆跡及び押印された印影を自ら確認の上、これを作成した事実を自認していることが認められる。
これによれば、本件整理票原本は、昭和６２年３月３０日に江戸川税務署において丙が作成したものであると認められる。
イ これに対し、原告は、本件整理票原本等には乙から戊に相続された持分について何らの記載がないことから、本件整理票原本等は上記作成日よりも後に原告のみに更正処分等をする目的で作出されたものではないかとの疑念を払拭することができない旨主張する。
（ア）この点、平成１０年ないし平成１４年頃のＫＳＫシステム導入と前後して、取得価額引継整理票が、買換資産の所在地でなく、特例適用者ごとに管理されるようになり（上記（１）エ（ウ））、共同相続等に伴い特例適用者が複数存在することになった場合には、当初作成された取得価額引継整理票が複写されて写しが作成され、それに必要事項を付記したものが特例適用者ごとに管理されるようになったことがうかがわれるところ、本件整理票について、①上記（１）イ（ウ）及び（エ）に認定した本件整理票原本及び本件整理票写し１の記載内容からは、平成５年７月●日の相続（乙を被相続人とするもの）の事実が平成１０年８月３１日に至って確認されて、本件整理票原本にＡが相続した持分が赤字で書き加えられるとともに、原告のために管理する本件整理票写し１が作成されてそこに原告が相続した持分が赤字で記載されたこと、②同（オ）に認定した本件整理票原本及び本件整理票写し２の記載内容からは、平成１８年１月●日の相続（Ａを被相続人とするもの）に伴い、上記①の処理後はＡ用に管理されていたことがうかがえる本件整理票原本に戊が相続した持分が赤字で書き加えられるとともに、原告のために管理する本件整理票写し２が作成されてそこに原告が相続した持分が赤字で記載されたことが、それぞれ推認される。そうすると、これらの本件整理票原本等に乙から戊に相続された持分についての記載がないことは、何ら不自然ではない。
他方、本件訴訟においては、上記①の相続に伴い戊が相続した持分について戊のために作成されるであろう本件整理票の写しが提出されていないが、被告としては、専ら原告に対する本件更正処分等の適法性を立証しようとする観点から、原告のための本件整理票各写しを提出するとともに、その基となったものとして本件整理票原本をも提出したにすぎないとも考えられ、いずれにしても、上記①の相続について戊のために作成されるであろう本件整理票の写しが提出されないからといって、本件整理票原本自体がその記載された作成日に作成されたとの上記アの認定を覆すに足りる事情とはいえず、原告に対する本件更正処分等の適法性を基礎付ける立証資料としてそれが不可欠であるとはいえない。
（イ）また、上記（１）のア（エ）、（オ）及びイの認定事実のとおり、本件整理票原本は、平成６年６月２４日付け国税庁長官通達により廃止されたと考えられる前の（資６－３４－Ａ５統一）用紙を使用して作成されていることが認められる。
そして、上記（１）イ及びウ（ア）の認定事実によれば、同イ（エ）による訂正前の本件整理票原本等の「譲渡者（特例適用者）」欄に「氏名」に訂正印による訂正のされていない誤記があるほか、「取得価額を引き継いだ資産（買換資産等）」欄の「所在地番」には丙の訂正印により削字された誤記があり、その丙は、平成元年７月には江戸川税務署から遠方の十和田税務署に異動で転出するとともに、平成２年４月には結婚して姓を改めている。さらに、その「引き継いだ取得価額」及び「引き継いだ取得価額の計算根拠」に記入された内容は、本件更正処分におけるのと同じ別表３の計算内容とは異なっており、一旦は原告に対して、本件整理票原本等に記載された計算根拠のうち譲渡資産の取得費の計算部分を除いて、これに基づき修正申告するよう慫慂された形跡が認められる（甲４）。
さらに、その本件整理票原本等の「引き継いだ取得価額の計算根拠」における譲渡資産の取得費の計算は、昭和６２年当時、その取得に要した実額により算定すべきものと解されていたが（乙１３）、東京国税局においては、取得に要した実額が不明である場合には、譲渡収入金額の０．１パーセントに相当する金額をもって取得に要した金額として扱うこととしていた運用をしており（乙１４、弁論の全趣旨）、これに従った内容の記載がされているものと認められる。
以上のように、本件整理票原本については、仮にこれが昭和６２年３月３０日当時に作成されたのでなく事後的に作出されたのだとすれば、当時の担当者や運用等とその記述内容を整合させることを容易にはなし得ないと考えられる事情が多々存在することや、事後的に文書が偽造されたとすれば不自然といえる誤記の存在も認められること、本件整理票原本等の記載内容も、本件更正処分の内容と整合するものにはなっていないことに照らせば、本件整理票原本等が本件更正処分をするために事後的に作出されたものであるとは認めることができない。
（ウ）したがって、原告の上記主張は採用することができない。
（３）本件整理票原本が乙の申告に基づいて作成されたものか否か
ア ①取得価額引継整理票が作成されるのは、課税の繰延べの特例の適用要件の全てを充足していることが確認されて、その適用が認められた時点であることについて、丙及びＤの供述は一致し（上記（１）ウ（ク）及びエ（ア））、資産税事務提要の内容もこれに沿うものということができ（同ア（エ）ａ）、この点を覆すに足りる証拠はないこと、②本件整理票原本が作成されたのは、乙が昭和６０年譲渡物件を第三者に譲渡してその譲渡所得に係る昭和６０年分の所得税の確定申告をしたと考えられる昭和６１年３月頃ではなく、その翌年の昭和６２年３月３０日になってからであることからすると、本件整理票原本は、乙が旧措置法３６条の２第２項による本件特例の適用を申告し、所轄税務署長の承認を受けた後に、買換資産である本件土地建物をその居住の用に供したことの確認調査を受け、これが確認された段階で作成されたものと認められる。
イ 原告は、乙が本件特例の適用を申告していたとすれば、本件土地建物を取得した客観的な取引価格が異なるにもかかわらず、本件整理票原本に記載されたような買換資産の取得価額となるはずがなく、また、本件整理票原本のその他の記載内容も、申告がなくても記載できる内容で、むしろ本件土地買受契約書、本件建物注文請書等が確認されていれば異なる内容が記載されたはずであるなどとして、本件整理票原本は、乙の本件特例の適用の申告に基づいて作成されたものとはいえない旨主張する。
この点、原告が本件確定申告に際して提出した本件土地建物の取得に係る本件土地買受契約書及び本件建物注文請書等の内容と、本件整理票原本における記載内容とが整合しない理由は定かではないものの、乙が本件特例の適用要件を満たしていることの確認を受けるため、本件土地買受契約書及び本件建物注文請書に代わる何らかの資料の提出をするにとどめた可能性を排斥することはできない。すなわち、本件土地建物の取得価額についていえば、譲渡資産である昭和６０年譲渡物件の譲渡による収入金額７０００万円が買換資産である本件土地建物の取得価額以下でありさえすれば、本件特例の適用を受けることにより、昭和６０年譲渡物件の長期譲渡所得の分離課税上その譲渡がなかったものとして扱われることができたのである（旧措置法３６条の２第１項）から、本件土地建物の取得価額が７０００万円を超えることを証するに足りる資料の提出をすることで、その最低限の要請は満たすことができたと考えられ、本件整理票原本記載の本件土地の取得価額３９７２万３９００円及び本件建物の取得価額３０４７万９６８０円は、このような最低限の要請を満たす本件土地買受契約書及び本件建物注文請書以外の何らかの資料に基づいて記入されたものである可能性を否定することはできないというべきである。したがって、本件整理票原本における記載内容が、本件土地買受契約書及び本件建物注文請書等の内容と整合しないことの一事をもって、本件整理票原本が乙の申告に基づいて作成されたことを覆すに足りるとはいえない。
他方、本件特例は、そもそも、本来的には対象資産の譲渡が実現した年分において発生した譲渡所得について、課税の繰延べの特例を認めるものであって、基本的に納税義務者から適正に納税を受けることを是とした行動原理をとると考えられる国税当局の職員において、納税者からの申告もないままに、また、その適用要件が満たされないままに、あえて課税の繰延べを認める方向で取得価額引継整理票を作成するといったことは、経験則上、通常考え難いといわざるを得ない。
以上の点に照らすと、本件整理票原本が乙の申告に基づいて作成されたものではない旨の原告の主張は、採用することができない。
ウ 原告は、処分行政庁が、本件更正処分に際し、昭和６０年譲渡物件から引き継がれるべき取得価額を、本件確定申告時に原告が提出した資料に依拠した本件土地建物の取得価額に基づいて再計算している点をもって、本件整理票の誤りを認めたものであると指摘するが、もともと乙がした昭和６０年分の所得税に関する本件特例の適用の申告及び確認調査時の提出資料に、上記イにおいてその可能性に言及したような、本件確定申告時に原告が提出した資料と比した不備があったとすれば、本件更正処分において上記の原告が指摘するような計算をしたことも、殊更論難すべきこととはいえず、この点も、以上に認定した本件整理票原本作成の経緯を左右する事実とはいえない。
エ 原告は、税務署が乙に対して確認調査をするのには相当時間がかかったであろうことなどを考慮すると、昭和６２年３月３０日という早い時期に確認調査が完了するはずはない旨主張するが、その主張は的確な裏付けを伴うものではない上、上記（１）ウ（ケ）の丙の供述内容によれば、確認調査は、必ずしも税務官から積極的に行動するのでなく、乙から追加資料の提出を受けることによって完了し得たものと解されるから、原告の上記主張は前提に欠けるというべきであって、採用の限りでない。
（４）小括
以上によれば、乙は、昭和６０年譲渡につき長期譲渡所得に係る本件特例の適用を申告し、その適用が認められて本件整理票原本が作成されたものと認められるから、その申告の事実について資料がない旨の原告の主張は採用することができず、乙がその申告をしていないとして本件更正処分等が違法である旨をいう原告の主張も、理由がない。
２ 争点２（戊に対し本件更正処分等と同様の更正処分等がされていないことをもって本件更正処分等の違法原因となるか）について
原告は、仮に、乙が昭和６０年譲渡につき本件特例を適用して申告していたとしても、戊について、そのことを前提とする更正処分等がされていないところ、利益状況が全て同一であるのに、原告に対してのみ本件更正処分等がされることは著しく不公平であるから、本件更正処分等は平等原則に反し、違法である旨主張する。
しかしながら、課税の平等とは、課税の根拠となる法を適用すべき者に対しては等しく適用すべしとすることであって、法の適用を免れる者が生じたが故に、他の者に対して法を適用することが平等に反することにならない（最高裁平成１０年４月１０日第二小法廷判決・税務訴訟資料２３１号５０８頁参照）。
また、戊については、平成２３年譲渡が、居住の用に供していた家屋及びその敷地の用に供されていた土地を譲渡するものとしているなど、原告とは異なる課税上の取扱いを受ける事情があった可能性もうかがわれ、戊と原告の利益状況が同一であることを直ちに臆断することもできない。
いずれにしても、戊に対する課税状況との関係において本件更正処分等の違法をいう原告の主張は失当である。
３ 結論
以上のとおり、本件更正処分等の違法をいう原告の主張は理由がないところ、前記第２の３のとおり被告が主張する別表１（及び同表以下に順次引かれた別表２ないし４）における本件更正処分の計算過程並びに過少申告加算税の計算過程にも誤りは認められない。
よって、原告の請求を棄却することとし、訴訟費用の負担につき行政事件訴訟法７条、民事訴訟法６１条を適用して、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３８部
裁判長裁判官谷口豊
裁判官平山馨
裁判官馬場潤
別表１納付すべき税額等の計算
（単位：円）
区分
金額
総所得金額
（②＋③）
①
11,105,007
不動産所得の金額
②
835,007
内訳
給与所得の金額
③
10,270,000
分離長期譲渡所得の金額
（⑤－（⑥＋⑦））
④
12,160,334
譲渡価額
⑤
15,100,000
取得費
⑥
2,934,666
内訳
譲渡費用
⑦
5,000
所得控除の額の合計額
⑧
1,762,464
①対応分
（①－⑧）
⑨
9,342,000
課税される
所得金額
④対応分
⑩
12,160,000
⑨に対する税額
⑪
1,546,860
⑩に対する税額
⑫
1,824,000
算出税額
小計
（⑪＋⑫）
⑬
3,370,860
源泉徴収税額
⑭
1,254,900
申告納税額
（⑬－⑭）
⑮
2,115,900
納付すべき税額
⑯
2,115,900
過少申告加算税の額
⑰
195,500
（注）１⑥欄の金額は別表２⑧欄の「本件土地」及び「本件建物」の金額の合計額である。
２ ⑨欄及び⑩欄の各金額は、1000円未満の端数金額を切り捨てた後の金額である。
３ ⑮欄の金額は、100円未満の端数金額を切り捨てた後の金額である。
別表２本件土地建物の取得費の計算明細表
（単位：円）
区分
本件土地
本件建物
引き継いだ取得価額
①
5,831,185
5,405,119
取得年月日
（引き渡しの日）
②
昭和61年7月8日
譲渡年月日
（譲渡契約締結日）
③
平成23年12月26日
経過年数
④
25年
償却率
⑤
0.020
償却費相当額の計算
償却費相当額
（①×0.9×⑤×④）
⑥
2,432,303
償却費相当額控除後の取得価額
（①－⑥）
⑦
5,831,185
2,972,816
原告の共有持分に応じた取得価額
（⑦×１／３）
⑧
1,943,728
990,938
（注）１「本件土地」の①欄の金額は、別表３⑨欄の金額である。
２ 「本件建物」の①欄の金額は、別表３⑩欄の金額である。
３ ④欄の経過年数は、所得税法施行令85条２項２号の規定に基づき、②欄「取得年月日」から③欄「譲渡年月日」までの期間（25年５か月）のうち、６か月未満の月数を切り捨てた年数である。
４ ⑤欄の減価償却率は、本件建物の耐用年数34年（減価償却資産の耐用年数等に関する省令・別表第１「建物」の「金属造のもの（骨格材の肉厚が４ミリメートルを超えるものに限る。）」の「住宅用」の年数）に、所得税法施行令85条１項の規定に基づき1.5を乗じた後の年数51年の旧定額法の償却率（減価償却資産の耐用年数等に関する省令・別表第７）である。別表３本件土地建物に係る引き継いだ取得価額の計算明細表
（単位：円）
区分
金額
昭和６０年譲渡物件（譲渡資産）の譲渡価額
①
70,000,000
譲渡資産の取得価額
（①×５／１００）
②
3,500,000
本件土地建物（買換資産）の実際の取得価額の総額
（④＋⑤）
③
76,276,304
本件土地に係る実際の取得価額
④
39,584,300
内訳
本件建物に係る実際の取得価額
⑤
36,692,004
買換資産の実際の取得価額－譲渡資産の譲渡価額
（③－①）
⑥
6,276,304
譲渡資産の譲渡に要した費用の額
⑦
1,460,000
引き継いだ取得価額の総額
（②＋⑥＋⑦）
⑧
11,236,304
本件土地に係る引き継いだ取得価額
（⑧×④／③）
⑨
5,831,185
本件建物に係る引き継いだ取得価額
（⑧×⑤／③）
⑩
5,405,119
（注）１①欄の金額は、本件整理票原本の「取得価額が引き継がれた資産（譲渡資産）」の「譲渡価額」欄に記載の金額である（乙２号証）。
２ ②欄の金額は、措置法通達33の６－１の定めに準じて、措置法31条の４第１項の規定により計算した金額である。
３ ④欄の金額は、別表４①欄の金額である。
４ ⑤欄の金額は、別表４⑤欄の金額である。
５ ⑦欄の金額は、本件整理票原本の「取得価額を引き継いだ資産（買換資産等）」の「引き継いだ取得価額の計算根拠」欄に記載されている金額である（乙第２号証）。別表４本件土地建物に係る実際の取得価額
（単位：円）
区分
金額
本件土地に係る実際の取得価額
（②＋③＋④）
①
39,584,300
本件土地の取得価額
②
39,020,000
登録免許税
③
308,900
内訳
不動産取得税
④
255,400
本件建物に係る実際の取得価額
（⑥＋⑦＋⑧＋⑨）
⑤
36,692,004
本件建物の建築価額
⑥
35,000,000
ガス水道設備
⑦
1,106,704
登録免許税
⑧
80,500
内訳
不動産取得税
⑨
504,800
（注）上記各金額は，本件確定申告書に添付された「譲渡所得の内訳書」３面の「購入・建築代金又は譲渡価額の５％」欄に記載された金額である（甲第１号証１５枚目）。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2017/pdf/13049.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。