税務訴訟資料第２６８号－４（順号１３１０９）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号更正処分取消請求事件
国側当事者・国（渋谷税務署長）
平成３０年１月１６日却下・棄却・控訴
判決
原告
Ａ株式会社
同代表者代表取締役
甲
同訴訟代理人弁護士
山下清兵衛
田代浩誠
同補佐人税理士
松嶋洋
被告
国
同代表者法務大臣
上川陽子
処分行政庁
渋谷税務署長
笠原瑞弘
同指定代理人
別紙１指定代理人目録記載のとおり
主文
１ 本件訴えのうち、渋谷税務署長が平成２４年１２月２５日付けでした原告の平成１９年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度に係る法人税の更正処分（国税不服審判所の平成２６年６月１３日付け裁決により一部取り消された後のもの）のうち所得金額３４億４５９４万５３６９円を超えない部分及び納付すべき税額１０億３８１１万８０００円を超えない部分の取消しを求める部分を却下する。
２ 原告のその余の請求を棄却する。
３ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
渋谷税務署長が平成２４年１２月２５日付けでした原告の平成１９年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度に係る法人税の更正処分のうち所得金額３３億５４１７万５６２９円、納付すべき税額１０億１５２３万２７００円を超える部分（ただし、いずれも国税不服審判所の平成２６年６月１３日付け裁決により一部取り消された後のもの）を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、パチンコ店の経営等を行う株式会社である原告が、平成１９年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）において、法定の留保控除額を超える４億５８５９万８０００円の留保金が生じたことを前提として、処分行政庁から、特定同族会社の留保金課税制度を適用する内容の更正処分（ただし、特に断りのない限り、国税不服審判所の平成２６年６月１３日付け裁決により一部取り消された後のもの。以下「本件更正処分」という。）をされたところ、本件更正処分が違法である旨主張して、本件更正処分のうち第１に掲記した部分の取消しを求める事案である。
１ 関係法令等の定め
（１）法人税法（平成１９年法律第６号による改正前のもの。以下同じ。）６７条１項は、内国法人である特定同族会社（被支配会社で、被支配会社であることについての判定の基礎となった株主のうちに被支配会社でない法人がある場合には、当該法人をその判定の基礎となる株主から除外して判定するものとした場合においても被支配会社となるものをいう。）の各事業年度の留保金額（後記（３）及び（４））が留保控除額（後記（５））を超える場合には、その特定同族会社に対して課する各事業年度の所得に対する法人税の額は、同法６６条１項又は２項の規定にかかわらず、これらの規定により計算した法人税の額に、その超える部分の留保金額（以下「課税留保金額」という。）を次のアからウまでに掲げる金額に区分して、それぞれの金額にアからウまでに定める割合を乗じて計算した金額の合計額を加算した金額とする旨規定している（以下、同法６７条の規定に基づく課税を「留保金課税」という。）。
ア 年３０００万円以下の金額：１００分の１０（１号）
イ 年３０００万円を超え、年１億円以下の金額：１００分の１５（２号）
ウ 年１億円を超える金額：１００分の２０（３号）
（２）法人税法６７条１項に規定する「被支配会社」
法人税法６７条２項は、同条１項に規定する被支配会社とは、会社の株主の１人並びにこれと政令で定める特殊の関係のある個人及び法人がその会社の発行済株式又は出資の総数又は総額の１００分の５０を超える数の株式を有する場合その他政令で定める場合におけるその会社をいう旨規定し、法人税法施行令（平成１９年政令第８３号による改正前のもの。以下同じ。）１３９条の７は、「特殊の関係のある個人」について、「株主等の親族」を掲げている（同条１項１号）。
（３）法人税法６７条１項に規定する「留保金額」
ア 法人税法６７条３項は、同条１項に規定する留保金額とは、次の（ア）から（エ）までに掲げる金額の合計額（以下「所得等の金額」という。）のうち留保した金額（以下「留保所得金額」という。）から、当該事業年度の所得の金額につき同法６６条１項又は２項の規定により計算した法人税の額（同法６８条から７０条の２までの規定により控除する金額がある場合には、当該金額を控除した金額。以下「控除法人税額」という。）並びに当該法人税の額に係る地方税法の規定による道府県民税及び市町村民税（都民税を含む。）の額として政令で定めるところにより計算した金額（以下「控除住民税額」という。）の合計額を控除した金額をいう旨規定している。
（ア）当該事業年度の所得の金額（１号）
（イ）法人税法２３条の規定により当該事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入されなかった金額（２号）
（ウ）法人税法２６条１項に規定する還付を受け又は充当される金額、同条２項に規定する減額された部分として政令で定める金額、その受け取る附帯税の負担額及び附帯税の負担額の減少額並びに同条５項に規定する還付を受ける金額（３号）
（エ）法人税法５７条、５８条又は５９条の規定により当該事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入された金額（４号）
イ 法人税法施行令１３９条の１０は、上記の控除住民税額として、法人税法６６条１項又は２項の規定により計算した法人税の額（一定の税額控除額がある場合には、当該税額控除額を控除した金額）に１００分の２０．７を乗じて計算した金額とする旨規定している。
（４）留保金額の計算における剰余金の配当等の帰属事業年度
法人税法６７条４項は、特定同族会社の同条３項に規定する留保した金額の計算については、当該特定同族会社による剰余金の配当又は利益の配当（その支払に係る決議の日がその支払に係る基準日の属する事業年度終了の日の翌日から当該基準日の属する事業年度に係る決算の確定の日までの期間内にあるものに限る。）の額は、当該基準日の属する事業年度に支払われたものとする旨規定している。
（５）法人税法６７条１項に規定する「留保控除額」
ア 法人税法６７条５項は、同条１項に規定する留保控除額とは、次の（ア）から（エ）までに掲げる金額のうち最も多い金額をいう旨規定している。
（ア）当該事業年度の所得等の金額の１００分の４０（当該事業年度終了の時における資本金の額が１億円以下である特定同族会社については、１００分の５０）に相当する金額（１号、以下「所得基準額」という。）
（イ）年２０００万円（２号、以下「定額基準額」という。）
（ウ）当該事業年度終了の時における利益積立金額（当該事業年度の所得等の金額に係る部分の金額を除く。）がその時における資本金の額の１００分の２５に相当する金額に満たない場合におけるその満たない部分の金額に相当する金額（３号、以下「積立金基準額」という。）
（エ）当該事業年度の前事業年度終了の時における総資産の額として政令で定める金額に対する当該前事業年度終了の時における自己資本の額として政令で定める金額の割合が１００分の３０に満たない場合におけるその満たない部分の金額として政令で定めるところにより計算した金額（４号、以下「自己資本基準額」という。）
イ 法人税法施行令１４０条１項は、前記ア（エ）の総資産の額として政令で定める金額として、前事業年度の確定した決算に基づく貸借対照表に計上されている総資産の帳簿価額（以下「前年度総資産額」という。）とする旨規定し、同条２項は、前記ア（エ）の自己資本の額として政令で定める金額として、前事業年度終了の時における資本金等の額及び利益積立金額の合計額（以下「前年度自己資本額」という。）とする旨規定し、同条６項は、前記ア（エ）の政令で定めるところにより計算した金額として、①前年度総資産額から前年度自己資本額を減算した金額の７分の３に相当する金額から②前年度自己資本額に相当する金額を減算した金額とする旨規定している。
２ 前提事実（証拠の引用のない事実は当事者間に争いがない。）
（１）ア原告は、昭和４８年１月●日に設立された、パチンコ・スロットマシン等の遊技場の経営等を目的とする株式会社である。本件事業年度の終了時点における原告の資本金の額は１億円である（甲１、甲３）。
イ 本件事業年度の終了時点において、原告の株式は、Ｂ有限会社により全て保有され、同社の株式は、原告の代表取締役である甲とその親族である乙及び丙の３名により保有されている。
（２）原告が経営する遊技場において行っている貯玉に係る会計処理について
ア 原告の経営する遊技場においては、顧客が遊技の結果、その得たパチンコ玉等を景品交換せず店舗に貯玉として寄託し、次回以降の遊技の際に貯玉を引き出して再び遊技に使用すること（以下「貯玉再プレー」といい、原告のパチンコ店等で行われた貯玉再プレーを「本件再プレー」という。）が行われていた。
なお、パチンコ・スロットマシン等の遊技場においては、顧客との間で概略以下のような取引が一般的に行われている。
（ア）顧客は、遊技場に対し、玉などの数量に応じて算出される金額（以下「貸玉料」という。）を支払う。
（イ）遊技場は、顧客に対し、貸玉料に応じた玉などを貸与する（以下、貸与する玉等を「貸玉」という。）。
（ウ）顧客は遊技を行い、その結果残った玉など（以下「勝玉」という。）があれば、遊技当日に景品と交換する。
（エ）貯玉制度を導入した遊技場においては、顧客は、勝玉の一部又は全部を貯玉として遊技場に寄託し、後日、遊技場から引き出して景品交換や遊技の際に使用することができる。
イ 原告は、本件事業年度における消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）の経理処理について、いわゆる税抜経理方式を適用していた。
税抜経理方式とは、消費税等の額と当該消費税等に係る取引の対価の額とを区分して経理する方式であり、課税売上げに係る消費税等相当額は負債勘定（いわゆる仮受消費税等）に計上し、課税仕入れに係る消費税等相当額は資産勘定（いわゆる仮払消費税等）に計上し、仮受消費税等の合計額が仮払消費税等の合計額より大きい場合の差額が、消費税等の納付すべき税額となり、逆に仮払消費税等の合計額が仮受消費税等の合計額より大きい場合の差額が、還付されるべき税額となる。
ウ（ア）原告は、本件再プレーに関し、顧客が引き出した貯玉数を一定の方法で換算した金額を総勘定元帳の「貯玉未実現」勘定（売上原価）の借方に記載（売上原価計上）し、同額の１０５分の１００に相当する金額を「Ｐ店売上」勘定（売上高）の貸方に記載（売上計上）し、１０５分の５に相当する金額を「仮受消費税」勘定（負債）の貸方に記載（負債計上）する経理処理をしていた。
（イ）原告は、本件再プレーに関し、総勘定元帳の「貯玉未実現」勘定（売上原価）の借方累計として３７億６８２９万８９０８円を記載し、下記エの額と合わせた「貯玉未実現」勘定（売上原価）の本件事業年度末日における残高３７億４７０１万６７４３円を、本件事業年度の損益計算書の「当期商品仕入高」７２６億０９８７万７１４８円の一部として計上し、「Ｐ店売上」勘定（売上高）の本件事業年度末日における残高８１５億１９８６万６０２０円を、本件事業年度の損益計算書の「遊技場売上高」８３７億１８３２万円の一部として計上している。
エ 原告は、貯玉に関し、本件事業年度の各月末において、貯玉残数量を一定の換算方法で金額に換算して、総勘定元帳の「貯玉未実現」勘定（売上原価）の借方に記載するとともに、「貯玉未払金」勘定（負債）の貸方に記載する経理処理をし、これら計上した金額については、翌月末において、いわゆる洗替えの経理処理をしていた。
これに伴い、本件事業年度の総勘定元帳の「貯玉未実現」勘定（売上原価）において、平成１９年１月に貸方に１億４１２９万８７４６円を記載（売上原価を減算）し、同年１２月に借方に１億２００１万６５８１円を記載（売上原価を計上）していた。
（３）原告は、平成２０年３月２８日、本件事業年度に係る確定申告書（以下「本件確定申告書」といい、本件確定申告書による確定申告を「本件確定申告」という。）を提出した。
（４）本件修正申告に係る経緯等について
ア 原告は、本件再プレーに係る仮受消費税を計上することは誤りであったとして、平成２０年１２月１２日付けで、新宿税務署長に対し、平成１５年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間（以下「平成１５年１２月課税期間」といい、他の課税期間についても、その終期に応じて同様に表記する。）、平成１６年１２月課税期間、平成１７年１２月課税期間及び平成１８年１２月課税期間の消費税等の各申告に係る減額更正の職権発動を求める「嘆願書」と題する書面を提出するとともに、平成１９年１２月課税期間の消費税等の申告に係る「消費税及び地方消費税の更正の請求書」を提出し、更正をすべき旨の請求をした。（甲２の１及び２の２）
イ 原告は、平成２１年１月２７日付けで、新宿税務署長に対し、修正申告のしょうように応じて、本件事業年度の法人税の修正申告書（以下「本件修正申告書」といい、本件修正申告書による修正申告を「本件修正申告」という。）を提出し、平成１５年１２月期から平成１８年１２月期までの法人税の修正申告書を提出した。
ウ 新宿税務署長は、平成２１年１月２９日付けで、原告に対し、平成１５年１２月課税期間から平成１９年１２月課税期間までの消費税等の更正処分を行った。平成１９年１２月課税期間の消費税等の更正処分により減額され、還付された消費税等（以下「本件還付消費税等」という。）は１億７９４４万３２００円であり（乙１２の５）、原告が本件修正申告書の別表（四）において所得金額に加算した１億７９４４万３２００円と同額である。
エ 渋谷税務署長は、平成２４年１２月２５日付けで、原告に対し、本件更正処分をした（ただし、国税不服審判所の平成２６年６月１３日付け裁決により一部取り消されている。）。本件更正処分の経緯等は別紙２のとおりである。
なお、原告は、平成２４年９月１日付けで、本店所在地を新宿区から渋谷区へ移転している。
（５）原告は、平成２６年１２月１６日、本件訴えを提起した。（当裁判所に顕著な事実）
第３ 本件更正処分の根拠と適法性についての被告の主張
被告の主張する本件事業年度の原告の所得金額及び納付すべき税額並びに本件更正処分等の適法性は、別紙３「被告の主張する本件更正処分等の根拠と適法性」記載のとおりである。
他方で、被告は、原告が主張する所得金額（後記第４の２（２）（原告の主張）ア）については争うが、原告が主張する所得金額によれば、課税留保金額及び税額やこれを前提とした本件事業年度に係る法人税額が原告の主張する計算結果（同）になることは争わない。
第４ 争点及び争点に関する当事者の主張
１ 争点
（１）本案前の争点（修正申告における所得金額及び納付すべき法人税額を超えない部分の取消しを求める訴えの利益の有無）
（２）本件更正処分の適法性。具体的には、原告に対して法人税法６７条の適用があるか否か（なお、本件更正処分は法人税法３５条に基づく役員給与の損金不算入額４７０万円があることも理由にされているが、原告は、この点については争っていない。）
２ 争点に関する当事者の主張
（１）本案前の争点について
（原告の主張）
本件修正申告は、新宿税務署長が、法人税の修正申告のしょうように応じなければ「嘆願書」による消費税の還付を認めないという強迫をしたことによりされたものであるから、公序に反し無効である。
したがって、本件修正申告における所得金額及び納付すべき税額と、原告が本訴において主張する所得金額及び納付すべき税額の差額部分の取消しを求める訴えは適法である。（被告の主張）
ア 原告は、本件更正処分のうち、所得金額３３億５４１７万５６２９円、納付すべき税額１０億１５２３万２７００円を超える部分の取消しを求めているところ、本件更正処分のうち、所得金額３４億４５９４万５３６９円を下回る部分の取消しを求める訴えは、本件修正申告により確定している所得金額を下回る部分の取消しを求めるものである。
納税者側が自ら提出した納税申告書の内容の過誤を主張する場合は、その法定の手続である更正の請求を通じて行うべきであり、その手続を経ていない場合は、納税申告書の記載方法の過誤が、客観的に明白かつ重大であって、国税関係諸法所定の方法以外にその是正を許さないとすれば、納税者の利益を著しく害すると認められるような特段の事情がある場合でなければ当該申告の取消しは許されないと解するのが相当である。そして、本件において、本件修正申告の記載内容の過誤が、客観的に明白かつ重大であって、更正の請求以外にその是正を許さなければ、原告の利益を著しく害すると認められるような特段の事情はうかがわれない。
したがって、本件更正処分の取消しを求める原告の請求のうち、本件修正申告に係る所得金額（ただし、平成２６年６月１３日付け裁決により取り消された後のもの）を下回る金額の取消しを求める部分は、訴えの利益を欠き、不適法である。
イ 納付すべき法人税額１０億３８１１万８０００円を下回る部分の取消しを求める訴えは、本件修正申告により既に確定している納付すべき税額を下回る部分の取消しを求めるものであり、アと同様の理由により、訴えの利益を欠き、不適法である。
ウ 新宿税務署長又は新宿税務署の係官が、本件修正申告について原告を強迫した事実はない。
（２）本件更正処分の適法性について
（被告の主張）
ア 次に述べるとおり、原告には法人税法６７条が適用される。
（ア）原告の発行済株式は、本件事業年度終了の時において、Ｂ有限会社がその全部を有していることから、原告は法人税法６７条２項に規定する被支配会社に該当し、また、Ｂ有限会社の発行済株式は、原告の代表取締役である甲と、その親族である乙及び丙の３名がその全部を有していることから、同社も同項に規定する被支配会社に該当する。したがって、原告は、同条１項に規定する特定同族会社に該当する。
（イ）留保金額の計算
ａ 留保所得金額
原告は、本件修正申告書の特定同族会社の留保金額に対する税額の計算において、法人税法６７条３項の規定による留保所得金額を３４億４９８５万８２２４円としている。しかし、別紙３の１（１）ウのとおり、原告が売上原価を過少に計上していた金額２１２８万２１６５円は、本件事業年度の所得金額及び留保所得金額から減算される。したがって、同項の規定による留保所得金額は３４億２８５７万６０５９円となる（別表２⑦「留保」欄、別表３①欄）。
ｂ 控除法人税額及び控除住民税額
原告は、本件事業年度の特定同族会社の留保金額に対する税額の計算において、法人税法６７条３項の規定による所得等の金額のうち留保した金額から控除すべき控除法人税額を１０億３８１１万８０７７円、控除住民税額を２億１４８９万０４４６円としている。
しかしながら、別紙３の１（１）イ及びウのとおり、役員給与の損金不算入額として４７０万円が所得金額に加算され、売上原価過少額相当額２１２８万２１６５円が所得金額から減算される。そのため、同法６６条１項及び２項の規定により計算される法人税額が減少し、その結果、同法６７条３項の規定による控除法人税額は１０億３３１４万３４７７円、控除住民税額は２億１３８６万０７０４円となる（別表３④及び⑥欄）。
ｃ 当期の留保金額
上記ａ、ｂ及び法人税法６７条３項の規定により同条１項に規定する留保金額を計算すると、本件事業年度の留保金額は２１億８１５７万１８７８円になる（別表３⑦欄）。
（ウ）留保控除額の計算
ａ 所得基準額
原告は、本件事業年度の特定同族会社の留保金額に対する税額の計算において、法人税法６７条５項１号の規定による所得基準額を１７億３１２６万３９６４円としている。
しかしながら、別紙３の１（１）イ及びウのとおり、役員給与の損金不算入額として４７０万円が所得金額に加算され、売上原価過少額相当額２１２８万２１６５円が所得金額から減算される。その結果、同号の規定による所得基準額は１７億２２９７万２８８２円となる（別表３⑱欄）。
ｂ 自己資本基準額
原告は、本件事業年度の特定同族会社の留保金額に対する税額の計算において、法人税法６７条５項４号に規定する前期末の自己資本の額を１８億９２２９万６９６６円とし、同号の規定による自己資本基準額を３９億４０９１万０８６５円としている。
しかし、同号に規定する前期末の自己資本の額を法人税法施行令１４０条２項の規定に基づき計算すると、前期末の自己資本の額は３６億８７１９万３２０９円となり、その結果、同号の規定による自己資本基準額は１３億７６７７万３３７５円となる（別表３㉑欄）。
ｃ 留保控除額
上記ａの所得基準額１７億２２９７万２８８２円、定額基準額２０００万円（別表３⑬欄）、積立金基準額０円（別表３⑫欄）及び上記ｂの自己資本基準額１３億７６７７万３３７５円のうち最も多い金額は、所得基準額１７億２２９７万２８８２円であるから、同額が法人税法６７条１項に規定する「留保控除額」に該当する（別表３㉒欄）。
（エ）特定同族会社の留保金額に対する法人税額の増加額
上記（イ）及び（ウ）並びに法人税法６７条１項に基づき、本件事業年度の特定同族会社の留保金額に対する法人税額を計算すると、本件事業年度の留保金額２１億８１５７万１８７８円から留保控除額１７億２２９７万２８８２円を控除した差引課税留保金額４億５８５９万８０００円に同項各号に定める割合を乗じた８５２１万９６００円となる（別表１⑦欄）。
したがって、当該金額と本件修正申告書において特定同族会社の留保金額に対する法人税額とした金額０円との差額である８５２１万９６００円は、特定同族会社の留保金額に対する法人税額の増加額となる。
イ 被告が本訴において主張する原告の所得金額について
（ア）原告は、貯玉が本件再プレーに供されたことに対し、「Ｐ店売上」勘定の貸方に計上することにより売上高を計上しているものの、これに伴う現金の授受はなく、原告に収益その他の経済的利益が生じるとする事情もうかがわれない。また、本件再プレーにおいて、顧客は、単に、原告の店舗に寄託した貯玉を後に引き出して再び遊技の用に供するものであるところ、原告は、本件再プレーに当たって、当初の貸玉に係る売上取引に追加して、新たに貯玉の引出しに係る売上取引を行うものではないから、原告の純資産の増加となるべき事実もない。したがって、本件再プレーに関して収益の額は発生しないから、原告が本件再プレーに伴い売上に計上した金額は、本件事業年度における原告の所得の金額の計算上、益金の額に算入すべき金額とは認められない。
また、原告は、本件再プレーに伴い、引き出された貯玉数を一定の方法で換算した金額を「貯玉未実現」勘定の借方に計上することにより、本件事業年度末において３７億６８２９万８９０８円を売上原価として計上しているところ、同金額は、本件再プレーに係る売上に計上した金額３５億８８８５万６１０３円と仮受消費税等に計上した金額１億７９４４万２８０５円の合計額に相当する金額である。すなわち、本件再プレーに伴って原告が計上した売上原価は、本来発生しない収益（売上）に対応する費用として見合いで計上されたものにすぎず、本件事業年度における原告の所得の金額の計算上、当該収益に係る売上原価として損金の額に算入することは認められない。
（イ）本件再プレーに係る所得金額の計算誤りについて
上記（ア）で述べたとおり、本件再プレーに係る原告の経理処理には、益金の額に算入されない金額を売上に計上する一方、損金の額に算入されない金額を売上原価に計上するという誤りがあり、本件確定申告書はそれに基づくものであるところ、次のａとｂの金額の合計額からｃの金額を差し引いた金額である１億７９４４万３２００円が本件確定申告における所得金額に加算すべき金額となる。同金額は、原告が本件修正申告書の別表四において「０７年度消費税還付金」として所得金額に加算した金額１億７９４４万３２００円と一致する。
ａ 売上原価の過大計上額
３７億６８２９万８９０８円
上記金額は、原告が、本件再プレーに関し、本件事業年度の売上原価として計上した金額であり、本件確定申告書において加算されていない。
ｂ 雑収入計上漏れ額
３９５円
上記金額は、平成１９年１２月課税期間の消費税等に係る更正処分に伴い、仮払消費税等の金額と仮受消費税等の金額との差額と実際の消費税等の還付額に差額が生じたことによる、雑収入計上漏れ額である。
ｃ 売上の過大計上額
３５億８８８５万６１０３円
上記金額は、原告が、本件再プレーに関し、本件事業年度の売上として計上した金額であり、本件確定申告書において減算されていない。
（ウ）小括
以上のとおり、原告は、本件再プレーに関し売上高及び売上原価を過大に計上していたところ、別紙３の１（１）のとおり、被告が本訴において主張する所得金額３４億４５９４万５７６４円は正当であり、本件更正処分の所得金額は同額を下回るから、本件更正処分は適法である。
ウ 原告の主張に対する反論
（ア）原告は、本件還付消費税等が原告の益金に算入されると主張した上で、本件事業年度における損金の遡及修正で対応するのではなく、還付を受けた事業年度において、新たな益金（前期損益修正益）として処理すべきであると主張する。
しかし、原告が本件事業年度の消費税等の経理処理として選択し適用した税抜経理方式は、納付すべき消費税等の額を費用として損金の額に算入するとともに還付を受ける消費税等の額を益金の額に算入する税込経理方式とは異なり、納付すべき又は還付を受ける消費税等の額を損金又は益金の額に算入するものではないところ、税抜経理方式においては、消費税等相当額として計上された仮受消費税等及び仮払消費税等が一種の通過勘定として両建てになるものであって、その精算差額である納付すべき又は還付を受ける消費税等の額は、原告の各事業年度の所得金額に影響を与えるものではないから、原告の上記主張は、その前提を誤るものである。
そして、原告の主張を前提にしても、本件還付消費税等が益金の額に算入される根拠が示されていない。
なお、原告が引用する最高裁平成●●年（○○）第●●号同４年１０月２９日第一小法廷判決・裁判集民事１６６号５２５頁（以下「最高裁平成４年判決」という。）は、本件と事実関係を異にするものであり、同判決の射程は本件には及ばない。
（イ）原告は、本件事業年度において、課税留保金額に相当する４億５８５９万８０００円を配当すれば留保金課税はされなかったが、当該金額は、国庫に過誤納されていたため、本件事業年度において原告の手元にはなく、配当をすることができなかったとした上で、その当時において、配当することができなかったものに対して留保金課税をすることは法人税法６７条の趣旨にそぐわない旨主張する。
しかし、租税法の解釈については、租税法律主義の見地から原則として文理解釈によるべきであり、文理解釈によって規定の意味内容を明らかにすることが困難な場合に初めて、規定の趣旨目的に照らしてその意味内容を明らかにすべきである。この点、法人税法６７条１項は、特定同族会社の留保金額が留保控除額を超える場合には、その特定同族会社に対して課する各事業年度の所得に対する法人税の額は、同法６６条１項又は２項の規定により計算した法人税の額に一定の方法で計算した金額の合計額を加算した金額とする旨規定するところ、同法６７条の文言からすると、同条は、特定同族会社の一定額を超える留保金額について、これに相当する金員の全額が現実に当該特定同族会社の現預金として保有されているか否かを問うことなく、一律に所定の金額に応じた税率を課す旨規定されているものである。
そうすると、法人税法６７条は、特定同族会社が配当の資金とし得る金員を現実に保有しているか否かというような事情は一切考慮せず、一定の客観的な課税要件があれば課税するとの規定であると解すべきである。
（ウ）原告は、本件再プレーに係る経理処理の誤りに起因して増加した本件事業年度の所得金額は、本件の経緯に鑑みれば、本件事業年度において、相当程度の蓋然性をもって認識し得たとはいえない所得であるから、留保金課税の趣旨に照らし、法人税法６７条３項の「留保した金額」に含まれないと解するべきである旨主張する。
しかし、留保金課税の規定の趣旨は、会社の支配者が少数のものに占められている同族会社においては、配当を行うかどうかは当該法人の意のままであり、配当が行われないと、個人株主の受ける配当等について累進税率による所得税の課税がなし得ないことになるから、その代替的課税として、同族会社の留保金額に対して課税することであり、また、同族会社においては、利益を内部に留保して、株主の所得税を回避する傾向があることから、個人企業と同族会社との間の負担の公平を図るため、特定同族会社に対して、通常の法人税のほかその利益の内部留保に対して特別の法人税を課すことにある。このような税負担の公平という留保金課税の規定の趣旨からすれば、確定申告額より増加する所得金額が法人税法６７条３項の「留保した金額」に含まれる否かについては、客観的に判断すべきであり、原告が主張するような、所得の増加原因に着目し、その所得が増加する事業年度当時において、相当程度の蓋然性をもって所得の発生を認識し得たか否かという観点で判断することは、留保金課税の適用の有無を「相当程度の蓋然性」というそれ自体不明確な要件にかからしめることになることから相当ではない。
また、（イ）で述べたとおり、租税法規は原則として文理解釈によるべきところ、法人税法６７条３項に規定する「留保した金額」を文言どおりに解釈すれば、「留保した金額」とは法人の内部に留まっている金額のことであり、同項に規定する所得等の金額から①配当その他その事業年度の利益又は剰余金の処分として法人が支出する金額で当該所得等に係るもの及び②法人が当該事業年度の費用として支出した金額で当該事業年度の所得の金額に含まれたものの合計額を控除した金額のことをいうものと解すべきである。そして、原告が本件修正申告において所得金額に加算した金額は、原告が本件再プレーに関し売上高及び売上原価を過大に計上したため生じたものであり、確定的に外部に流出したものではないから、上記①又は②に該当せず、法人税法６７条の「留保した金額」に含まれる。
（原告の主張）
ア 原告が主張する本件事業年度における留保所得金額は、本件確定申告において申告した留保所得金額３３億４９４７万５６２９円に役員給与の損金不算入額４７０万円を加算した３３億５４１７万５６２９円である。
また、上記を前提とした当期留保金額は２１億２３０３万１６６０円であり、留保控除額は２０億４８８９万６５１８円（自己資本基準額）であるから、課税留保金額は７４１３万５０００円（２１億２３０３万１６６０円－２０億４８８９万６５１８円。１０００円未満切捨て）であり、これに対する税額は９６２万０２５０円である。
以上を前提にした、原告が主張する本件事業年度に係る法人税額は１０億１５２３万２７００円である。
イ 企業会計上の収益や費用・損失に誤りがあった場合、企業会計上は前期損益修正、すなわち、過去の利益計算に修正の必要が生じた場合に過去の財務諸表を修正することなく、要修正額をいわゆる前期損益修正として当期の特別損益項目に計上する方法で処理される。ただし、法人税法が公平な所得計算、適正公平な税収の確保を企図していることや、修正申告や更正の制度を有していることから、課税実務、判例は一貫して、企業会計上の前期損益修正全てを法人税法上の前期損益修正と取り扱うのではなく、法人税基本通達２－２－１６に記載された事由に該当する場合及び無効が原因となって収益や費用・損失を修正しなければならない場合、並びにこれらに準じた場合に限って、法人税法上の前期損益修正、すなわち、遡及修正するのではなく、当期で修正する方法として取り扱うこととされている。
この点について、最高裁平成４年判決は、担税力の適正な評価又は公正な課税の観点から、租税の過大な支払につき、①正当な支払であると認識していたこと、②両当事者が過大払いの事実を発見できなかったこと、③①及び②の期間が長期にわたっていることとの事由の全てが認められた場合には、法人税法上、損金の遡及修正をすべきでないとしている。
本件において、原告は、平成１０年に貯玉再プレー制度を導入したところ、課税庁は、原告に対する平成１２年及び平成１３年の税務調査並びにこれらの税務調査を前提にされた平成１３年の消費税及び法人税の更正処分において、原告に対し、貯玉再プレーという本来課税売上として認識すべきでないものを課税売上として認識するよう誤った指導を行うとともに、かかる誤った指導内容を前提にして、この貯玉再プレーに係る仮受消費税の見合いの反対科目について売上原価として計上するよう指導を行った。そのため、原告は、かかる経理処理を正当なものであると認識していた。
また、原告は、上記の経緯で貯玉再プレーに係る仮受消費税相当額の売上原価計上を行っていたため、これを過大計上と認識することは不可能であった。他方で、課税庁においても、上記の経理処理が過大計上であるとの事実を発見することは不可能であった。
さらに、貯玉再プレーに係る仮受消費税相当額の見合いの売上原価の過大計上という事象は、平成２０年１２月に消費税の更正の請求を行うまで約８年間という極めて長期にわたって行われたものである。
したがって、本件においては、最高裁平成４年判決が指摘した上記①から③までの事由の全てが認められるから、貯玉再プレーに係る仮受消費税相当額分につき売上原価の過大計上が起きていたことについて、法人税法上損金の遡及修正をすべきではなく、本件還付消費税等と同額の前期損益修正益を計上し、これを新たな益金として処理すべきである。ウ（ア）仮に、損金の遡及修正を否定すべきであるという原告の上記主張が採用されないとしても、留保金課税の制度趣旨は、同族会社において利益を内部に留保して配当に対する株主の所得税を回避することを防止するため、特定同族会社に対して、通常の所得税のほかその利益の内部留保に対して特別の法人税を課すものであり、納付すべき税額の恣意的なコントロールによって、租税回避行為が行われることを抑止するというものである。
本件のように、課税当局の過誤を原因として、納税者において、過年度分の所得が増加させられ、その結果として同族会社の留保金課税というペナルティが課せられるという状況は、制度の予定するところではない。
原告は、本件事業年度における８５２１万９６００円の留保金課税を避けようとすれば、４億５８５９万８０００円の課税留保金相当額を配当すればよかったのであるが、当該４億５８５９万８０００円は本件事業年度において国庫に過誤納されていたため、手元になかったものであり、配当することはできなかった。それにもかかわらず、自らがコントロールし得ない状況下で生じた原因によって、何らかのペナルティが科されるという状況は、適正手続の保障に反し、近代的法制度が通有する意思主義の原則に反するものである。
（イ）また、「留保」という文言自体の持つ意味、及び配当の促進という留保金課税の趣旨からすれば、当該事業年度当時に相当程度の蓋然性をもって認識し得たとはいえない所得は法人税法６７条３項の「留保した金額」に該当しないというべきである。
すなわち、法人税法６７条３項にいう「留保金額」とは、所得等の金額のうち留保した金額から、控除法人税額及び控除住民税額を控除した金額を指すものである。したがって、ある事業年度について、法人の所得が増加する事態が生じたとしても、その増加所得について「留保した」といえる事情がなければ、当該事態により留保金額が増加したということはできない。そして、当該事業年度当時に相当程度の蓋然性をもって認識することができなかった所得については、これを留保することは観念し得ず、留保金課税はできないというべきである。また、そのことは、相当程度の蓋然性をもって認識し得たとはいえない所得については、当該事業年度での配当をすることはできず、この所得に留保金課税を行っても、留保金課税の趣旨である当該所得についての配当促進効果を有しないことからも裏付けられる。
本件は、上記のとおり、事業年度後に課税当局の誤指導が判明したことによって、消費税の還付という事態が発生し、当該事態に伴って法人の所得が増加した事案である。したがって、本件事業年度の時点において、原告が、上記増加所得について、相当程度の蓋然性をもって認識することは不可能であった。それ故、上記増加所得につき、「留保した」ということはできないため、上記増加所得分を留保金額に加算した本件更正処分は、留保金額の計算を誤った違法な処分である。
第５ 当裁判所の判断
１ 争点１（修正申告における所得金額及び納付すべき法人税額を超えない部分の取消しを求める訴えの利益の有無）について
（１）ア法人税のように納付すべき税額の確定の手続につき申告納税方式によるものとされている国税においては、納付すべき税額は、原則として納税者のする申告により確定し（国税通則法１５条、１６条１項１号、２項、法人税法７４条１項参照）、納税者が申告の内容を自己の利益に変更するためには、更正の請求の方法（国税通則法２３条等）によらなければならないものとされている。そして、申告納税制度が採られている国税において、確定申告書に記載された事項の過誤の是正につき更正の請求という特別の制度が設けられたのは、課税標準等の決定については、最もその間の事情に通じている納税義務者自身の申告に基づくものとし、その過誤の是正は法律が特に認めた場合に限るものとすることが、租税債務を可及的速やかに確定させるべき国家財政上の要請に応ずるものであり、納税者に対しても過度の不利益を強いるおそれがないと考えられるからであると解される。このような更正の請求の制度の趣旨に照らせば、申告に係る納付すべき税額等を更正する処分を受けた納税者は、申告の無効を主張することができるような特段の事情がある場合を除き、当該更正処分のうち申告に係る納付すべき税額又は還付金の額に相当する税額を超えない部分については、上記更正の請求の手続を経ない限り、抗告訴訟において取消しを求めることはできないものというべきである（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同３９年１０月２２日第一小法廷判決・民集１８巻８号１７６２頁参照）。
イ これを本件についてみるに、原告は、本件更正処分に関し、所得金額につき、本件修正申告に係る所得金額３４億４５９４万５３６９円（ただし、平成２６年６月１３日付け裁決により一部取り消された後の所得金額である。）及び納付すべき金額１０億３８１１万８０００円を超えない部分の取消しを求めるところ、原告は、本件修正申告をした後、本件事業年度の法人税について更正の請求を行っておらず、また、そのことについてアに述べた特段の事情があるとも認められない。したがって、本件訴えのうち、本件修正申告により既に確定している上記部分の取消しを求める部分は訴えの利益を欠き、不適法なものとして却下せざるを得ない。
（２）これに対し、原告は、本件修正申告は、新宿税務署長又は新宿税務署の職員の強迫によりされたものであるから、公序に反し、無効であるなどと主張する。しかし、原告の代表取締役会長及び元担当者の陳述書（甲８、甲４５）の内容を前提にしても、新宿税務署長の職員が、原告に対し、消費税等の減額更正の職権発動を求める嘆願書を提出する前に本件事業年度に係る法人税の修正申告をするよう求めたことが強迫に当たり、もって本件修正申告が公序良俗に違反し、無効であると評価することはできず、他にこのような評価をするに足りる事実も認められない。したがって、原告の主張を採用することはできないというべきである。
２ 争点２（本件更正処分の適法性。具体的には、原告に対して法人税法６７条の適用があるか否か）について
（１）ア同族会社に対する留保金課税の制度の概要は、第２の１で述べたとおりであるところ、同制度の趣旨は、会社の支配者が少数の者に占められている同族会社においては、利益を内部に留保して、株主の所得税を回避する傾向にあることを踏まえ、個人企業と同族会社との間の負担の公平を図るため、同族会社に対し、通常の法人税に加え、その利益の内部留保に対して特別の法人税を課すというものであると解されるところ、この趣旨は、当該同族会社が利益を得るに至った経緯や、そのような利益を得ることについての認識の有無を問わず、等しく妥当するものといえる。
また、留保金額の計算方法を定めた法人税法６７条３項は、「当該事業年度の所得の金額」の意義につき、当該同族会社が有する現金又は預貯金に限るといった限定を付していないし、「当該事業年度の所得の金額」の算定に当たり、当該同族会社が所得を得るに至った経緯や、所得を得ることに係る認識の有無、あるいは認識する蓋然性の有無の事情を問題にし、一定の事情が認められる場合に上記「当該事業年度の所得の金額」から除外する旨を定めていない。
以上に述べた留保金課税の趣旨や、留保金額の算定方法を定めた法人税法６７条３項の文言に照らすと、本件のように、修正申告により所得が増加した場合において、増加した所得金額が同項の留保した金額に当たるか否かは客観的に判断すべきものであり、増加した所得金額に相当する現金又は預貯金を当該同族会社が現実に保有しているか否かや、所得が増加した経緯、当該同族会社が相当程度の蓋然性をもって当該所得の発生を認識し得たか否かを考慮する余地はないというべきである。これと異なる趣旨をいう原告の主張は採用することはできない。
イ 以上を前提に、原告に対して法人税法６７条の適用があるか否かや、適用がある場合における留保金額に対する法人税額について検討する。
（ア）原告の発行済株式は、本件事業年度終了の時点において、Ｂ有限会社がその全部を有していることから、原告は法人税法６７条２項に規定する被支配会社に該当し、また、Ｂ有限会社の発行済株式は、原告の代表取締役である甲と、その親族である乙及び丙の３名がその全部を有していることから、同社も同項に規定する被支配会社に該当する。したがって、原告は、同条１項に規定する特定同族会社に該当するものと認められる。
（イ）留保金額の計算
証拠（甲３、甲６、乙２）及び弁論の全趣旨によれば、①別表２のとおり、本件事業年度における原告の所得金額が３４億４５９４万５７６４円であり、法人税法６７条３項の規定による留保所得金額が３４億２８５７万６０５９円となること、②平成１８年１２月期に係る利益配当の額及び本件事業年度に係る利益配当の額がそれぞれ１０８９万円であること、③法人税額から控除される所得税額等が２３円であることがそれぞれ認められ、これらの事実を前提とすると、別表３順号⑦のとおり、本件事業年度の留保金額は２１億８１５７万１８７８円になる。
（ウ）留保控除額の計算
（イ）に説示したところに加え、証拠（甲１、甲３、乙２）及び弁論の全趣旨によれば、別表３のとおり、本件事業年度における法人税法６７条５項１号に規定する額（所得基準額）が１７億２２９７万２８８２円（別表３⑱欄）、同項３号に規定する額（積立金基準額）が０円、同項４号に規定する額（自己資本基準額）が１３億７６７７万３３７５円（別表３㉑欄）になるものと認められ、そうすると、上記所得基準額１７億２２９７万２８８２円が同項に規定する「留保控除額」に該当する。
（エ）特定同族会社の留保金額に対する法人税額の増加額
上記（イ）及び（ウ）並びに法人税法６７条１項に基づき、本件事業年度の特定同族会社の留保金額に対する法人税額を計算すると、本件事業年度の留保金額２１億８１５７万１８７８円から留保控除額１７億２２９７万２８８２円を控除した差引課税留保金額４億５８５９万８０００円に同項各号に定める割合を乗じた８５２１万９６００円となる（別表１⑦欄）。
したがって、当該金額と本件修正申告書において特定同族会社の留保金額に対する法人税額とした金額０円との差額である８５２１万９６００円は、特定同族会社の留保金額に対する法人税額の増加額となる。
（２）アこれに対し、原告は、本件事業年度において、本件再プレーに係る借受消費税相当額について売上原価を過大に計上していたことについて、損金の遡及修正をすべきではなく、本件還付消費税等と同額の前期損益修正益を計上し、これを新たな益金として処理すべきであると主張した上で、損金の遡及修正をすることを前提にする本件更正処分が違法であると主張する。
イ しかし、前記第２の２（２）イのとおり、原告は、本件事業年度における消費税等について税抜経理方式を適用しているところ、課税仕入れや課税仕入れに係る消費税等相当額の経理処理方法のうち税抜経理方式を採用した場合には、このような経理処理の結果として算定された納付すべき消費税等の額（売上に係る消費税等相当額から仕入れに係る消費税等総額を控除した金額）については損金として計上されないのであるから、仮に、当該納付すべき消費税等の全部又は一部に相当する金額が還付されたとしても、これを益金に算入すべき根拠はないというべきである。したがって、原告の主張はその前提を欠くというべきである。
また、上記に述べたところを措くとしても、原告は、本件事業年度において、本件再プレーに関し、顧客が引き出した貯玉数を一定の方法で換算した金額を「貯玉未実現」として売上原価に計上する一方で、同額の１００分の５に相当する金額を「Ｐ店売上」として売上高に計上するとともに、１００分の５に相当する金額を「仮受消費税」として負債計上していたところ、本件再プレーにより原告に費用及び収益が発生することはなく、上記の経理処理が相当でないこと自体は原告も認めるところである。そして、そのような経理処理により、本件事業年度における所得金額があるべき金額と比較して減少したというのであるから、法人税の税額計算に当たっては、修正申告又は増額更正により、本件事業年度における所得金額をあるべき金額に是正する処理をすべきものであり、本件事業年度より後の事業年度における益金として計上することは相当でないというべきである。そして、この理は、原告が、課税庁の指導に沿って本件再プレーにつき上記の経理処理をしていたとしても異なることはないというべきである。
この点に関連して、原告は、最高裁平成４年判決を指摘した上で、本件再プレーに係る仮受消費税相当額について売上原価を過大計上していたことについて、本件還付消費税等と同額の前期損益修正益を益金として計上する処理をすべきであると主張する。しかし、同判決は、株式会社が、約１２年間にわたり電力会社から電気料金等を過大に徴収されていたところ、その事実が判明した後に、過大に徴収された電気料金等の返戻額について当該株式会社と電力会社との間で合意がされたという事実関係の下で、当該返戻による収益が、当該返戻に係る合意が成立した日が属する事業年度に帰属すると判断された事案であり、事実関係を異にする本件に妥当するものとはいい難い。
したがって、原告の上記主張を採用することはできないというべきである。
３ 本件更正処分の適法性について
以上を前提にすると、本件事業年度における原告の所得金額及び納付すべき法人税額は別紙３のとおりと認められるところ、本件更正処分における所得金額は別紙３の１（１）の金額を下回り、納付すべき法人税額は別紙３の１（６）の金額と同額であるから、本件更正処分は適法である。
第６ 結論
以上によれば、本件訴えのうち、本件更正処分のうち本件修正申告における申告所得（３４億４５９４万５３６９円）及び申告税額（１０億３８１１万８０００円）を超えない部分の取消しを求めるものについては、訴えの利益がなく、不適法であるからこれを却下し、原告のその余の訴えに係る請求は理由がないからこれを棄却することとし、主文のとおり判決する。東京地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官林俊之
裁判官衣斐瑞穂
裁判官池田好英
（別紙１）
指定代理人目録
尾江雅史、山下栄子、吉留伸吾、久恵茂樹、中山尚宏、剱地雅
（別紙２）
本件更正処分の経緯等
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき法人税額
過少申告加算税の額
確定申告
20・３・28
3,349,475,629
1,004,202,400
－
修正申告
21・１・27
3,462,527,929
1,038,118,000
－
更正処分
24・12・25
3,467,227,929
1,125,334,600
－
異議申立
25・２・22
3,467,227,929
1,049,148,200
－
同上決定
25・５・21
棄却
－
審査請求
25・６・21
3,354,175,629
1,015,232,700
－
裁決
26・６・13
3,445,945,369
1,118,363,000
－
（別紙３）
被告の主張する本件更正処分等の根拠と適法性
１ 本件更正処分の根拠
被告が本訴において主張する原告の本件事業年度の所得金額及び納付すべき法人税額は、それぞれ次のとおりである。
（１）所得金額（別表１④欄）
３４億４５９４万５７６４円
上記金額は、次のアの金額にイの金額を加算し、ウの金額を減算した金額である。
ア 修正申告における所得金額（別表１①欄）
３４億６２５２万７９２９円
上記金額は、本件修正申告書別表一（一）の「所得金額又は欠損金額」欄に記載された金額と同額である。
イ 役員給与の損金不算入額（別表１②欄）
４７０万円
上記金額は、法人税法３５条１項に規定する特殊支配同族会社に該当する原告が、本件事業年度において原告の代表取締役であり同項に規定する業務主宰役員である甲に対して支給する給与の額６０００万円について、同条及び法人税法施行令７２条の２の各規定に基づき算出される金額であり、法人税法３５条の規定に基づき損金の額に算入されない金額である。
ウ 売上原価の過少計上額（別表１③欄）
２１２８万２１６５円
上記金額は、次の（ア）の金額から（イ）の金額を差し引いた金額であり、本件事業年度の売上原価が過少に計上されていることから、本件事業年度の所得金額から減算される金額である。
（ア）売上原価から減算されない金額
１億４１２９万８７４６円
上記金額は、原告の経営するパチンコ店等で遊技をした顧客が、遊技後、パチンコ玉等を景品に交換せず同店に寄託したことに関し、原告が、本件事業年度の前事業年度（平成１８年１２月期）末に、貯玉の残数量に基づき見積計上した売上原価相当額であり、本件事業年度の初め（平成１９年１月末）において同額を売上原価から減算（いわゆる洗替えの経理処理）しているところ、平成１８年１２月期末に見積計上した売上原価の額は、適正に見積もられているとはいえず、法人税法２２条３項１号の「売上原価の額」として損金の額に算入することは認められないため、本件事業年度の初めにおいても売上原価から減算する必要がない金額である。
（イ）売上原価に計上されない金額
１億２００１万６５８１円
上記金額は、原告が、本件事業年度末に、貯玉の残数量に基づき見積計上した売上原価の額であり、適正に見積もられているとはいえないため、法人税法２２条３項１号の「売上原価の額」として損金の額に算入することは認められない金額である。
（２）所得金額に対する法人税額（別表１⑤欄）
１０億３３１４万３５００円
上記金額は、前記（１）の所得金額（ただし、国税通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）に、法人税法６６条１項及び２項に規定する税率（所得金額のうち年８００万円以下の金額については１００分の２２、それを超える金額については１００分の３０）を乗じて計算した金額である。
（３）課税留保金額（別表１⑥欄）
４億５８５９万８０００円
上記金額は、次のアの金額からイの金額を控除した金額（ただし、国税通則法１１８条１項の規定に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）である。
ア 留保金額（別表３⑦欄）
２１億８１５７万１８７８円
上記金額は、次の（ア）の金額に（イ）の金額を加算し、（ウ）から（オ）までの金額を控除した金額である。
（ア）留保所得金額（別表２⑦「留保」欄、別表３①欄）
３４億２８５７万６０５９円
上記金額は、本件修正申告書別表三（一）の「留保所得金額」欄に記載された金額３４億４９８５万８２２４円から前記（１）ウの金額を減算した金額である。
（イ）前期末配当等の額（別表３②欄）
１０８９万円
上記金額は、平成１８年１２月期に係る利益の配当の額である。
（ウ）当期末配当等の額（別表３③欄）
１０８９万円
上記金額は、本件事業年度に係る利益の配当の額である。
（エ）法人税額（別表３④欄）
１０億３３１４万３４７７円
上記金額は、前記（２）の金額から後記（５）の金額を控除した金額である。
（オ）住民税額（別表３⑥欄）
２億１３８６万０７０４円
上記金額は、法人税法施行令１３９条の１０の規定に基づき、前記（２）の金額に１００分の２０．７を乗じて計算した金額である。
イ 留保控除額（別表３㉒欄）
１７億２２９７万２８８２円
上記金額は、次の（ア）から（エ）までの金額のうち最も多い金額（（ア））である。
（ア）所得基準額（別表３⑱欄）
１７億２２９７万２８８２円
上記金額は、法人税法６７条５項１号に規定する金額であり、本件修正申告書別表三（一）の「所得金額総計」欄に記載された金額３４億６２５２万７９２９円に、前記（１）イの金額を加算し、同ウの金額を減算した金額の１００分の５０に相当する金額である。
（イ）定額基準額（別表３⑬欄）
２０００万円
上記金額は、法人税法６７条５項２号に規定する金額である。
（ウ）積立金基準額（別表３⑫欄）
０円
上記金額は、法人税法６７条５項３号に規定する金額であり、次のａの金額の１００分の２５に相当する金額から、次のｃの金額を控除した金額である。
ａ 期末資本金の額（別表３⑧欄）
１億円
上記金額は、本件修正申告書別表三（一）の「期末資本金の額又は出資金の額」に記載された金額と同額である。
ｂ 期首利益積立金額（別表３⑩欄）
４０億８４７７万２１１７円
上記金額は、本件修正申告書別表三（一）の「期首利益積立金額」欄に記載された金額４０億７３８８万２１１７円から、次の（ａ）の金額を減算し、次の（ｂ）の金額を加算した金額である。
（ａ）利益準備金過大計上額
１０８万９０００円
上記金額は、本件修正申告書別表五（一）の「期首現在利益積立金額」のうち「利益準備金」として計上された金額２１７万８０００円と、原告が本件事業年度において作成した株主資本等変動計算書において「利益準備金」の「前期末残高」として計上した金額１０８万９０００円の差額であり、法人税法２条１８号に規定する利益積立金額が過大に計上されているものである。
（ｂ）繰越損益金計上漏れ額
１１９７万９０００円
上記金額は、本件修正申告書別表五（一）の「期首現在利益積立金額」のうち「繰越損益金」として計上された金額１７億７０３２万８９６６円と、原告が本件事業年度において作成した株主資本等変動計算書において「繰越利益剰余金」の「前期末残高」として計上した金額１７億８２３０万７９６６円の差額であり、法人税法２条１８号に規定する利益積立金額が過少に計上されているものである。
ｃ 期末利益積立金額（別表３⑪欄）
４０億８４７７万２１１７円
上記金額は、前記ｂの金額と同額である。
（エ）自己資本基準額（別表３㉑欄）
１３億７６７７万３３７５円
上記金額は、法人税法６７条５項４号に規定する金額であり、次のａの金額から次のｂの金額を減算した金額の７分の３に相当する金額から、次のｂの金額に相当する金額を減算した金額である（法人税法施行令１４０条６項）。
ａ 前期末の総資産の額（前年度総資産額）（別表３⑲欄）１５５億０３１１万５２４０円上記金額は、法人税法施行令１４０条１項に規定する金額であり、本件確定申告書別表三（一）及び本件修正申告書別表三（一）の「前期末の総資産の額」に記載された金額と同額である。
ｂ 前期末の自己資本の額（前年度自己資本額）（別表３⑳欄）
３６億８７１９万３２０９円
上記金額は、法人税法施行令１４０条２項に規定する金額であり、本件確定申告書別表五（一）及び本件修正申告書別表五（一）の「Ⅱ資本金等の額の計算に関する明細書」の「期首現在資本金等の額」の「差引合計額」に記載された金額「△３億９７５７万８９０８円」及び前記（ウ）ｂの金額の合計額である。
（４）課税留保金額に対する税額（別表１⑦欄）
８５２１万９６００円
上記金額は、前記（３）の課税留保金額に、法人税法６７条１項に規定する税率（課税留保金額のうち年３０００万円以下の金額については１００分の１０、年３０００万円を超え、年１億円以下の金額については１００分の１５、年１億円を超える金額については１００分の２０）を乗じて計算した金額である。
（５）法人税額から控除される所得税額等（別表１⑧欄）
２３円
上記金額は、法人税法６８条１項の規定により法人税の額から控除される金額であり、本件修正申告書別表一（一）の「控除税額の計算」の「所得税の額等」欄に記載された金額と同額である。
（６）納付すべき法人税額（別表１⑨欄）
１１億１８３６万３０００円
上記金額は、上記（２）の金額に上記（４）の金額を加算し、上記（５）の金額を差し引いた金額（ただし、国税通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）である。
（７）既に納付の確定した法人税額（別表１⑩欄）
１０億３８１１万８０００円
上記金額は、本件修正申告書別表一（一）の「差引所得に対する法人税額」欄に記載された金額と同額である。
（８）差引納付すべき法人税額（別表１⑪欄）
８０２４万５０００円
上記金額は、上記（６）の金額から上記（７）の金額を差し引いた金額であり、本件更正処分により原告が新たに納付すべき法人税額である。
２ 本件更正処分の適法性
被告が本訴において主張する原告の本件事業年度の所得金額及び納付すべき法人税額は前記１で述べたとおりであるところ、本件更正処分における所得金額は前記１（１）の金額を下回り、納付すべき法人税額は前記１（６）の金額と同額であるから、本件更正処分は適法である。（別表１）
本件事業年度の法人税に係る所得金額及び納付すべき税額
（単位：円）
区分
順号
金額
本件修正申告に係る所得金額
①
3,462,527,929
加算額
役員給与の損金不算入額
②
4,700,000
減算額
売上原価の過少計上額
③
21,282,165
所得金額
所得金額
（①＋②－③）
④
3,445,945,764
２ 所得金額に対する法人税額
⑤
1,033,143,500
課税留保金額
⑥
458,598,000
留保金
課税留保金額に対する税額
⑦
85,219,600
４ 控除所得税額等
⑧
５ 納付すべき法人税額
（⑤＋⑦－⑧ 100円未満の端数切捨て）
⑨
1,118,363,000
６ 既に納付の確定した本税額
⑩
1,038,118,000
７ 差引納付すべき法人税額
（⑨－⑩）
⑪
80,245,000
（別表２）
本件事業年度の所得金額の明細
（単位：円）
処分
区分
順号
総額
留保
社外流出
本件修正申告に係る所得金額
①
3,462,527,929
3,449,858,224
12,669,705
役員給与の損金不算入額
②
4,700,000
4,700,000
加算金額
加算計
③
4,700,000
4,700,000
売上原価の過少計上額
④
21,282,165
21,282,165
減算金額
減算計
⑤
21,282,165
21,282,165
仮計（③－⑤）
⑥
△16,582,165
△21,282,165
4,700,000
課税所得金額
（①＋⑥）
⑦
3,445,945,764
3,428,576,059
17,369,705
（注）「△」は、マイナスの金額を表す。
（別表３）
本件事業年度の課税留保金額の明細
（単位：円）
区分
順号
金額
留保所得金額（別表２順号⑦「留保」欄）
①
3,428,576,059
前期末配当等の額
②
10,890,000
当期末配当等の額
③
10,890,000
控除法人税額
④
1,033,143,477
住民税額の計算の基礎となる法人税額
⑤
1,033,143,500
控除住民税額（⑤×20.7％）
⑥
213,860,704
当期留保金額
留保金額（①＋②－③－④－⑥）
⑦
2,181,571,878
期末資本金の額
⑧
100,000,000
同上の25％相当額
⑨
25,000,000
期首利益積立金額
⑩
4,084,772,117
期末利益積立金額
期末利益積立金額
⑪
4,084,772,117
積立金基準額
差引積立金基準額
（⑨－⑪（マイナスの場合は０円））
⑫
定額
基準額2000万円×12/12相当額
⑬
20,000,000
所得金額総計（繰越欠損金控除前所得金額）
⑭
3,445,945,764
受取配当等の益金不算入額
⑮
法人税額の還付金等
⑯
所得等の金額（⑭＋⑮＋⑯）
⑰
3,445,945,764
所得基準額
所得基準額（⑰×50％）
⑱
1,722,972,882
前期末の総資産の額
⑲
15,503,115,240
前期末の自己資本の額
⑳
3,687,193,209
自己資本基準額
自己資本基準額（（⑲－⑳）×3/7－⑳）
㉑
1,376,773,375
留保控除額（⑫、⑬、⑱又は㉑のうち最も多い金額）
㉒
1,722,972,882
課税留保金額
課税留保金額（⑦－㉒）（1000円未満切捨て）
㉓
458,598,000
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2018/pdf/13109.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。