税務訴訟資料第２６８号－３４（順号１３１３９）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号所得税更正及び加算税賦課決定一部取消等請求事件
国側当事者・国（三島税務署長）
平成３０年４月１２日一部認容・棄却・控訴
判決
原告
Ｇ
被告
国
同代表者法務大臣
上川陽子
処分行政庁
三島税務署長
笠井寿士
指定代理人
別紙１指定代理人目録のとおり
主文
１ 三島税務署長が平成２６年３月１４日付けで原告に対してした原告の平成２２年分の所得税に係る更正処分のうち総所得金額３５０９万１１１２円及び納付すべき所得税の額８３７万７３００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分のうち６６万９５００円を超える部分をいずれも取り消す。
２ 三島税務署長が平成２６年３月１４日付けで原告に対してした原告の平成２３年分の所得税に係る更正処分のうち総所得金額２８９７万８６５８円及び納付すべき所得税の額５２６万７７００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分のうち５３万８０００円を超える部分（ただし、いずれも平成２７年１１月４日付け裁決により一部取り消された後のもの）をいずれも取り消す。
３ 原告のその余の請求をいずれも棄却する。
４ 訴訟費用はこれを６分し、その５を原告の負担とし、その余を被告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 三島税務署長が平成２６年３月１１日付けで原告に対してした原告の平成２２年分から平成２４年分までの各年分の所得税に係る過少申告加算税各賦課決定処分をいずれも取り消す。２（１）三島税務署長が平成２６年３月１４日付けで原告に対してした原告の平成２２年分の所得税に係る更正処分のうち総所得金額２２８７万４９９１円及び納付すべき税額５１８万６９００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分のうち３万２０００円を超える部分をいずれも取り消す。
（２）三島税務署長が平成２６年３月１４日付けで原告に対してした原告の平成２３年分の所得税に係る更正処分のうち総所得金額１７４７万４３２４円及び納付すべき税額３１８万１６００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分（ただし、いずれも平成２７年１１月４日付け裁決により一部取り消された後のもの）をいずれも取り消す。
（３）三島税務署長が平成２６年３月１４日付けで原告に対してした原告の平成２４年分の所得税の更正処分のうち総所得金額２１７９万４８３９円及び納付すべき税額４６４万８３００円を超える部分並びに過少申告加算税賦課決定処分（ただし、いずれも平成２７年１１月４日付け裁決により一部取り消された後のもの）をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
不動産貸付業を営む原告は、平成２２年分から平成２４年分までの各年分（以下「本件各係争年分」という。）の所得税について、各確定申告（以下「本件各確定申告」という。）及び各修正申告（以下「本件各修正申告」という。）をしたところ、三島税務署長から、（ア）本件各修正申告に基づく過少申告加算税の各賦課決定処分（以下「本件各賦課決定処分１」という。）を受けるとともに、（イ）本件各係争年分に係る原告の不動産所得につき、①必要経費に算入することができない修繕費や修繕積立金等を必要経費に算入したこと、②不動産の減価償却費を過大に必要経費に算入したこと、③総収入金額に算入すべき敷金を算入していないことなどから、本件各修正申告後の申告額が過少であることを理由に、各更正処分（以下「本件各更正処分」という。）及びこれらの更正処分に基づく過少申告加算税の各賦課決定処分（以下「本件各賦課決定処分２」といい、本件各更正処分と併せて「本件各更正処分等」ということがある。）を受けた。
本件は、原告が、（ア）本件各更正処分は、その根拠とされている上記①～③がいずれも誤りであるから違法である（したがって、これらの更正処分に基づく本件各賦課決定処分２も違法である。）、（イ）本件各賦課決定処分１及び本件各更正処分等は、理由附記の不備があるから違法である、（ウ）本件各修正申告に係る修正申告書の提出は「更正があるべきことを予知してされたものでないとき」（国税通則法６５条５項）に行われたものであって、本件各修正申告には同条１項の規定は適用されないから、これに反してされた本件各賦課決定処分１は違法である、（エ）本件各更正処分に基づく税額計算の基礎となった事実につき更正前の税額計算の基礎とされなかったことについて「正当な理由」（同条４項）があるから、同項を適用せずにされた本件各賦課決定処分２は違法であると主張して、本件各更正処分並びに本件各賦課決定処分１及び２（ただし、平成２３年分及び平成２４年分については平成２７年１１月４日付け裁決により一部取り消された後のものに限り、かつ、課税の計算の基礎となる金額及び計算方法に争いのない部分を除く。）の取消しを求める事案である。
１ 関係法令等の定め
関係法令等の定めは別紙２－１～１１に記載したとおりである（別２－１の国税通則法〔平成２８年法律第１５号による改正前のもの〕については以下「通則法」といい、別紙２－２の所得税法〔平成２７年法律第９号による改正前のもの〕については以下「所得税法」といい、別紙２－５の減価償却資産の耐用年数等に関する省令については「耐用年数省令」という。また、別紙２－６の調査関係通達とは国税通則法第７章の２〔国税の調査〕関係通達〔平成２４年９月１２日付け課総５－９ほか国税庁長官通達〕を、別紙２－９の措置法関係通達とは租税特別措置法〔山林所得・譲渡所得関係〕の取扱いについて〔昭和４６年８月２６日直資４－５（例規）ほか国税庁長官通達〕を、別紙２－１０の耐用年数通達とは耐用年数の適用等に関する取扱通達〔昭和４５年５月２５日付け直法４－２５（例規）ほか国税庁長官通達〕を、それぞれいう。以下同じ。）。
２ 前提事実（争いのない事実、顕著な事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
（１）原告等
ア 原告は、別表Ｂ２（別表は別紙の後ろにつづっている。）記載のとおり東京都内又は千葉県内に不動産（いずれも土地及びその土地上の建物であり、建物は区分所有の対象となるものを含む。以下、これらを総称して「本件各物件」という。また、各物件の略称は別表Ｂ２「名称」欄の括弧書きの記載に従い、「本件Ｈ物件」などという。なお、同別表の順号７の物件は、後記ウのとおり３段階にわたって区分所有権が取得されており、それぞれの取得時ごとに、本件Ｉ・Ａ物件、本件Ｉ・Ｂ物件及び本件Ｉ・Ｃ物件とされているが、これらの物件を総称するときは「本件Ｉ物件」という。）を所有し、その賃貸業を営んでいる。
なお、原告の現在の住所地は千葉市若葉区内であるが、本件各確定申告当時の原告の納税地（住所地又は所在地）は、静岡県伊豆市内であった。
イ 株式会社Ｊ（以下「本件会社」という。）は、原告の住所地を本店の所在地とし、不動産賃貸、不動産管理及び不動産リフォーム業務等を目的として平成１９年１０月●日に設立された、公開会社（会社法２条５号）に該当しない株式会社である。本件会社の取締役には、原告（同日に代表取締役に就任し、同年１１月１４日に辞任した。）及び原告の妻（原告の辞任と同日に代表取締役に就任した。）が就任している。（甲２０、２１）
ウ Ｉ管理組合（以下「本件管理組合」という。）は、平成１５年７月１６日、本件Ｉ物件の敷地及び共用部分の管理等の業務を行うことを目的として同物件に係る区分所有者（建物の区分所有等に関する法律〔以下「区分所有法」という。〕２条２項の区分所有者をいう。以下同じ。）の全員を構成員として設立された区分所有者の団体である。原告は、別表Ｂ２記載のとおり、平成１６年８月に本件Ｉ・Ａ物件を、平成１８年９月に本件Ｉ・Ｂ物件を、平成１９年７月に本件Ｉ・Ｃ物件をそれぞれ取得し、これらをもって本件Ｉ物件に係る全ての区分所有権を取得するに至ったため、これ以降の本件管理組合の構成員は原告のみとなった。
（２）本件各物件について
本件各物件に係る土地及び建物の所在、建物の構造及び建築年月、原告の取得年月、売買契約の契約書における売買代金額及びその内訳等については、別表Ｂ２に記載のとおりである。
（３）本件会社が本件各物件に関し原告又は本件管理組合との間で締結した契約について
ア 管理委託契約
（ア）原告は、平成２０年１月１日、本件会社との間で、本件各物件の事務管理、清掃及び設備管理の業務（本件Ｉ物件については一部を除く。）を委託する旨の契約（以下、「本件管理委託契約１」といい、同契約の内容が記載された文書を「本件管理委託契約書１」という。）を締結した。本件管理委託契約書１には、次のような定めが置かれている（甲２４の１）。
ａ 本件管理委託契約書１の３条は、本件各物件の管理に関する業務のうち、原告が本件会社に委託する業務（本件Ｉ物件については、本件会社と本件管理組合との間の後記オ（イ）の管理委託契約に係る委託業務の内容とされているものを除く。）を、「事務管理業務」、「清掃業務」及び「設備管理業務」とし、その詳細を同契約書別表において定めるとしている。なお、同条においても、同表においても、本件各物件の「設備の修繕」を委託業務に含むものとする旨の記載はない。
ｂ 本件管理委託契約書１の６条１項は、原告は本件会社が委託業務を行うために必要とする一切の費用を負担する旨を定めている。
ｃ 本件管理委託契約書１の６条２項は、原告は本件会社に対し、同条１項の費用（上記ｂ）のうち「その負担方法が定額で且つ基本的に清算を伴わない費用」（以下「定額管理費」という。）について、毎月次のとおり支払う旨を定めている。
（ａ）委託管理費及びその他修繕費用の額月額１０７万４３９９円とする（１号）。
（ｂ）支払期日当月分を翌月末日までに支払う（２号）。
そして、本件管理委託契約書１別紙２は、上記（ａ）の費用の内訳について記載しているところ、そこには、①「修繕積立金」として月額３１万０３００円（なお、本件Ｈ物件、本件Ｋ物件及び本件Ｉ物件に係るものを除いた月額は２８万円）、②「設備の修繕費」として月額１３万円と記載されている。
ｄ 本件管理委託契約書１の６条３項本文は、本件会社は、同条１項の費用（上記ｂ）のうち修繕費（同条３項８号）についても、原告からの定額管理費をもってその支払を行う旨を定めている。
ｅ 本件管理委託契約書１の６条４項は、本件会社は、同条３項８号の修繕費について、原告の指示に基づき、修繕積立金又は設備の修繕費から支払を行う旨を定めている。
ｆ 本件管理委託契約書１の６条６項は、本件会社は、修繕積立金について、原告からの預り金として、本件会社の会計処理とは切り離して資金を積み立てるものとし、修繕積立金の取崩しについては、書面をもって原告の了解を得て着手する旨を定めている。
（イ）ａ原告は、平成２３年１０月１日、本件会社との間で、本件各物件の事務管理、清掃、設備管理及び設備修繕の業務（本件Ｉ物件については一部を除く。）を委託する旨の契約（以下、「本件管理委託契約２」といい、同契約の内容が記載された文書を「本件管理委託契約書２」という。また、本件管理委託契約１及び２を併せて「本件各管理委託契約」という。）を締結した（甲２４の２）。
ｂ 本件管理委託契約書２においては、本件管理委託契約書１の内容が、大要、次のとおり変更されている（甲２４の２）。
（ａ）本件管理委託契約書２の３条は、本件各物件の管理に関する業務のうち、原告が本件会社に委託する業務（本件Ｉ物件については、本件会社と本件管理組合と
の間の後記ウ（イ）の管理委託契約に係る委託業務の内容とされているものを除
く。）を、「事務管理業務」、「清掃業務」、「設備管理業務」及び「設備の修繕業務」としている。設備の修繕業務は、本件管理委託契約書２において追加された
業務である（変更前については上記（ア）ａ参照）。
（ｂ）本件管理委託契約書２の６条４項は、本件会社は、同条３項８号の修繕費については、設備の修繕費から支払い、修繕が大規模修繕に該当する等の場合には、
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出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2018/pdf/13139.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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