税務訴訟資料第２６８号－４５（順号１３１５０）
福岡地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（延岡税務署長）
平成３０年４月２６日棄却・控訴
判決
原告
株式会社Ａ
同代表者代表取締役
甲
同訴訟代理人弁護士
山本洋一郎
同
菅野直樹
同訴訟復代理人弁護士
徳永慎一
被告
国
同代表者法務大臣
上川陽子
処分行政庁
延岡税務署長
副島裕司
同指定代理人
石井崇史
同
竹本英孝
同
鈴木章義
同
鶴田貴志
同
村上亜紀子
同
溝口英治
同
藤田正和
同
東川政治
同
松髙慶子
同
岩下良一
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は、原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 延岡税務署長が平成２６年４月１６日付けでした原告の平成２０年９月１日から平成２１年８月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額１４９４万９０９８円を超える部分、納付すべき税額３５１万４６００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
２ 延岡税務署長が平成２６年４月１６日付けでした原告の平成２１年９月１日から平成２２年８月３１日までの事業年度の法人税の重加算税の賦課決定処分を取り消す。
３ 延岡税務署長が平成２６年４月１６日付けでした原告の平成２１年９月１日から平成２２年８月３１日までの課税期間に係る消費税及び地方消費税の重加算税の賦課決定処分を取り消す。
４ 延岡税務署長が平成２６年４月１６日付けでした平成２１年９月１日から平成２２年８月３１日までの事業年度以後の法人税の青色申告の承認の取消処分を取り消す。
第２ 事案の概要等
１ 事案の概要
本件は、①原告が、原告所有地が土地収用法に基づき収用されたことによって支払われた補償金のうち、租税特別措置法（以下「措置法」という。）６４条１項所定の圧縮限度額を損金の額に算入して法人税の確定申告をしたところ、処分行政庁が、同補償金のうち建物移転料（以下「本件建物移転料」という。）は同項所定の圧縮限度額を計算する際の補償金（以下「対価補償金」という。）に当たらない等として、原告に対し、平成２６年４月１６日付けで、平成２１年８月期（平成２０年９月１日から平成２１年８月３１日までの事業年度。以下、同様に、原告の事業年度をその末月で表記する。）の法人税の更正処分並びに過少申告加算税及び重加算税の各賦課決定処分を行ったところ、原告が、同更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分の取消しを求め（請求第１項）、②処分行政庁が、原告の平成２２年８月期に売上の計上漏れ及び仕入れの過大計上があったとして、原告に対し、平成２６年４月１６日付けで、平成２２年８月期の法人税の更正処分及び重加算税の賦課決定処分並びに消費税及び地方消費税の更正処分及び重加算税の賦課決定処分を行ったところ、原告が、これら重加算税の各賦課決定処分の取消しを求め（請求第２項、第３項）、③処分行政庁が、平成２２年８月期以降の法人税の青色申告の承認取消処分をしたところ、原告が、この処分の取消しを求めた（請求第４項）事案である。
２ 関係法令の定め
別紙１のとおり。
３ 前提事実（争いがない事実並びに各項掲記の証拠及び弁論の全趣旨によって認められる事実）
（１）当事者等
原告は、家庭用電気製品販売等を目的とする株式会社である。
原告は、家庭用電気製品販売店として「Ａ延岡店」と「Ａ日向店」を経営し、その他リサイクルショップ等も経営している。なお、原告の代表者は、平成２３年８月２５日までは、現代表者の甲（以下「甲」という、）がこれを務め、同日から平成２９年４月２３日までは、甲の子である乙（以下「乙」という。）がこれを務めたが、同日から現在まで、再び甲がこれを務めている。
原告は、法人税の確定申告に当たり、平成元年８月期までの事業年度以後について、青色申告の承認を受けていた。
（乙１ないし３）
（２）原告が所有していた土地の収用に至る経緯
ア 原告は、国道●●号線に面した分筆前の日向市●●Ｂ番３（以下、分筆される前の同土地を「分筆前のＢ番３の土地」ということがある。）の土地及び同市●●Ｃ番３所在の土地（以下「Ｃ番３の土地」という。）を所有していた（以下、併せて「本件土地」という。）。
原告は、本件土地のうち、分筆前のＢ番３の土地の上にＡ日向店の建物（以下「本件建物」という。）を所有していた（本件土地の位置関係は別紙２記載のとおりである。）。なお、Ａ日向店は、平成１８年８月３１日で本件建物における営業を終了し、同年９月頃から、別の場所で営業を再開した。
（甲３ないし７、２７、乙３４）
イ 本件起業者は、国道●●号線の改築工事（以下「本件事業」という。）に伴い、本件事業を実施するために、本件土地のうちＢ番７の土地及びＣ番３の土地（以下「本件収用土地」という。）を収用の対象とし、平成１３年９月１４日から原告を相手に用地交渉を開始したが、補償額等に係る協議が不調に終わったため、本件起業者は、平成１９年１２月６日、宮崎県収用委員会に対して、土地収用法３９条１項に基づく裁決申請及び同法４７条の２第３項に基づく明渡裁決の申立てをした。
分筆前のＢ番３の土地から、平成２０年１月２５日、日向市●●Ｂ番７の土地が、また、同年２月５日、同所Ｂ番の８の各土地が、いずれも分筆された（以下、分筆後の各土地を「Ｂ番３の土地」等その地番で示す。）。
（甲３ないし５）
ウ 宮崎県収用委員会平成２０年９月２日付けの裁決では、原告に支払うべき本件土地に対する損失の補償額は３３０７万７７６９円、明渡しに関する損失の補償額は１億８３７３万８７００円とされた（以下、これらの補償金を併せて「本件補償金」という。）。
原告は、平成２０年１０月１０日、本件補償金２億１６８１万６４６９円を受領し、本件収用土地は、同年１１月１日、被告に収用された（以下「本件収用」という。）。原告は、本件補償金の額を争い訴訟を提起したが、その後、原告の請求を棄却する判決が確定した。
本件補償金の内訳は、①本件収用土地に対する損失の補償金２４５１万００５５円、②収用に伴い行う側溝設置工事のための土地の一時使用に係る損失の補償金３９６９円、③本件土地のうち収用されなかった残地に対する損失の補償金８５６万３７４５円、④本件建物を新たな移転先に移転するのに要する移転料（本件建物移転料）１億６７２５万１９００円、⑤フェンスや車止め等の工作物の移転に要する費用８６７万３０００円及び⑥通常受ける損失の補償金７８１万３８００円である。
（甲４、６、乙３１、３２、３４）
エ 原告は、平成２１年８月期の法人税の所得金額の計算において、本件補償金２億１６８１万６４６９円から本件収用土地の帳簿価額３１７４万４４６２円を差し引いた１億８０５７万２００７円を益金の額に算入するとともに、別紙３の「確定申告額」欄の「取得した補償金等の額」のとおり、対価補償金の額を、本件補償金のうち通常受ける損失の補償７８１万３８００円（前記⑥）を除いた残額２億０９００万２６６９円として、圧縮限度額を１億７７２３万４２６３円と算定し、この金額を損金の額に算入して平成２１年８月期の所得を計算し、確定申告をした。
（乙４）
オ 本件土地上にあったＡ日向店は、同年８月３１日で営業を終了しており、店舗として使用されていた建物は、Ａ日向店の店舗としては使用されていないものの、現在も取り壊されることなく残存している。
（甲２６、乙３４、３５）
（３）原告の平成２２年８月期の仕入れに係る帳簿書類の記載
ア 原告は、平成２２年８月期の総勘定元帳の仕入高科目に、①平成２２年７月１２日、株式会社Ｄ（代表者は、甲の弟である丙（以下「丙」という。）。以下「Ｄ」という。）から１０００万円の仕入れをした旨、②同月２０日、Ｄから２０００万円の仕入れをした旨、③同年８月３１日、Ｄから５２８万円で仕入れをした旨、④同日、Ｅ（Ｄが経営する店舗の名称）から２５２万円の仕入れをした旨をそれぞれ記載した（以下、総勘定元帳に記載されたこれらの仕入れを「本件各仕入れ」という。）。
本件各仕入れのうち、前記①に関し、平成２２年７月１２日の原告の現金出納帳には、Ｄからの仕入れのために１０００万円を出金した旨の記載があるが、「相手先名」欄には、「●」（甲の姓の一文字目）の文字を消しゴムで消した跡があり、消された後に「㈱Ｄ」と記載されており、同「備考」欄には、「借入金返済」の文字が消しゴムで消された跡がある。
また、前記②に関し、同月２０日の原告の現金出納帳には、Ｄからの仕入れのために２０００万円を出金した旨の記載があるが、「相手先名」欄には、「●」（甲の姓の一文字目）の文字を消しゴムで消した跡があり、消された後に「㈱Ｄ」と記載されており、同「備考」欄には、「借入金返済」の文字が消しゴムで消された跡がある。
さらに、前記③④に関して、同年８月３１日の原告の現金出納帳には、Ｄからの仕入れのために５２８万円を出金した旨の記載と、Ｅからの仕入れのために２５２万円を出金した旨の記載がある。
原告は、平成２２年８月期の法人税並びに消費税及び地方消費税について、本件各仕入れがあったことを前提に確定申告をしたが、実際には、本件各仕入れに関し商品の入荷はなく、代金も支払われなかった。
（乙３８、３９［枝番号を含む。以下、枝番号のあるものについて、特記ない限り同じ。］）
イ 平成２２年７月１２日、Ｆ銀行延岡支店の原告名義の普通預金口座（以下「原告口座」という。）から１０００万円が出金され、同日、１０００万円が甲名義の普通預金口座に入金された。この１０００万円は、同月２２日、甲名義で開設された定期預金３０００万円の原資の一部となった。
また、同月２０日及び同年８月３１日、それぞれ原告口座から２０００万円が出金され、それぞれ同日中に２０００万円が、甲の妻であり、原告の経理責任者である丁（以下「丁」という。）名義の口座に入金された。
（乙２６、４０、４１）
ウ 原告は、本件各仕入れに係る合計３６００万円（税抜額）を所得金額の計算上損金の額に算入して平成２２年８月期の法人税の確定申告をし、また、本件各仕入れ代金合計３７８０万円（税込額）を課税仕入れに係る支払対価の額に算入して、同期の消費税及び地方消費税の確定申告をした。
（乙６、７、３８）
エ 原告は、平成２２年９月１日付けで、平成２３年８月期の総勘定元帳の仕入科目の摘要欄に「短期借入金返済（前記訂正」、その貸方欄に「３７，８００，０００」と記載し、また、同期の総勘定元帳の短期借入金科目欄の摘要欄には、「甲返済（前記訂正」、「丁返済（前記訂正」、「丁返済（前記訂正」及び「丁返済（前記訂正」と記載し、それぞれ借方欄に「１０，０００，０００」、「２０，０００，０００」、「５，２８０，０００」及び「２，５２０，０００」と記載した。
（乙４２）
（４）原告の平成２２年８月期の売上げの計上漏れ
ア 原告は、平成２２年８月期において、原告が経営するＡ日向店の商品をＧ株式会社（以下「Ｇ」という。）が運営しているインターネットオークション（以下「Ｈ」という。）に出品していた。しかしながら、それらの商品が販売されたことでＧから支払われた決済代金合計２８５万７０２５円（税込額）は乙名義の口座に振り込まれ、また、Ａ日向店が仕入れたチケット等を複数の訴外の会社（以下「訴外会社ら」という、）に販売したことによる売上金３７６万９３９０円（税込額）は乙の実妹であるＡ日向店の店長である戊（以下「戊」という。）名義の口座に振り込まれていた。
（乙１４、４６、４７、５７、５８）
イ 原告は、平成２２年８月期の売上げのうち、前記アに係る売上げ（以下「本件売上げ」という。）を、総勘定元帳の売上勘定に記載していなかった。そして、原告は、本件売上げを同期の所得金額の計算上益金の額に算入せずに法人税の確定申告をし、また、本件売上げを課税標準に算入せずに消費税及び地方消費税の確定申告をした。
（乙６、７、３８）
（５）更正処分等に至る経緯
ア 処分行政庁は、平成２６年４月１６日付けで、原告に対し、以下の各処分及び平成２３年８月期の法人税更正処分等を行った。
（ア）ａ平成２１年８月期の事業年度の法人税の更正処分（以下「平成２１年８月期法人税更正処分」という。）
ｂ 前記ａの法人税の過少申告加算税の賦課決定処分（以下「平成２１年８月期過少申告加算税賦課決定処分」といい、平成２１年８月期法人税更正処分と併せて、「平成２１年８月期法人税更正処分等」という。）
ｃ 前記ａの法人税の重加算税の賦課決定処分
（イ）平成２１年８月期消費税及び地方消費税の更正処分
（ウ）ａ平成２２年８月期の事業年度の法人税の更正処分（以下「平成２２年８月期法人税更正処分」という。）
ｂ 前記ａの法人税の重加算税の賦課決定処分（以下「法人税の平成２２年８月期重加算税賦課決定処分」という。）
（エ）ａ平成２２年８月期の消費税及び地方消費税の更正処分（以下「平成２２年８月期消費税及び地方消費税更正処分」という。）
ｂ 前記ａの消費税及び地方消費税の重加算税の賦課決定処分（以下「消費税及び地方消費税の平成２２年８月期重加算税賦課決定処分」という。）
（オ）平成２２年８月期以後の法人税の青色申告の承認の取消処分
（乙１２ないし２０）
イ 原告は、平成２６年６月５日付け及び同月９日付けで、延岡税務署長に対して、前記（ア）、（ウ）ないし（オ）の処分に対する異議申立て（以下「本件異議申立て」という。）をしたが、同年９月８日、本件異議申立てはいずれも棄却された。
原告は、同年１０月８日付けで、前記処分のうち、（ア）ａ、ｂ（平成２１年８月期法人税更正処分等）、（ウ）ｂ（法人税の平成２２年８月期重加算税賦課決定処分）、（エ）（平成２２年８月期消費税及び地方消費税更正処分及び消費税及び地方消費税の平成２２年８月期重加算税賦課決定処分）及び（オ）（平成２２年８月期以後の法人税の青色申告の承認の取消処分）について、熊本国税不服審判所長に対し、審査請求をしたが（以下、原告の審査請求の対象となったこれらの処分を併せて「本件更正処分等」という。）、同審判所長は、平成２７年８月２８日付けで原告の審査請求を棄却し、原告は、同年９月１５日頃、裁決書を受領した。
原告は、平成２８年３月２日、本件訴えを提起した。
（乙２１ないし２７）
（６）本件更正処分等の概要
ア 平成２１年８月期法人税更正処分
処分行政庁は、本件補償金のうち、前記（２）ウの①ないし③及び⑤の合計額である４１７５万０７６９円に限って対価補償金に含まれ、本件建物移転料１億６７２５万１９００円（同④）は、対価補償金に該当しないとした上で、対価補償金の額を４１７５万０７６９円とし、別紙３「平成２１年８月期法人税更正処分」欄に記載のとおり、圧縮限度額を１０００万６３０７円と算定し、原告が算定した圧縮限度額である１億７７２３万４２６３円と１０００万６３０７円の差額である１億６７２２万７９５６円を平成２１年８月期の損金に算入しないこととした（なお、圧縮限度額は、代替資産の取得価格と対価補償金のいずれか低い金額を基礎として計算されるところ、処分行政庁は、原告が代替資産として取得した土地の価格を６５１４万５０００円とし、前記対価補償金４１７５万０７６９円はこの範囲内にあることから、前記対価補償金を基礎として圧縮限度額を計算している。）。
また、処分行政庁は、平成２１年８月期の事業年度おいて、Ａ日向店の売上高のうち３９万４０００円（税抜額）が益金の額に算入されていなかったとして、これを益金に算入した。加えて、処分行政庁は、Ｈのシステム利用料６万８４３０円及び雑損失２０円が損金として計上されていなかったことから、これらを損金に算入した。
以上を前提に、処分行政庁は、平成２１年８月期の原告の総所得金額を１億８２１７万７０５４円と算定した。また、処分行政庁は、これに法人税法６６条２項（平成２３年法律第１１４号による改正前のものであり、所得金額８００万円以下の部分に対する法人税率については、平成２１年法律第１３号による措置法４２条の３の２の規定による読み替え後の軽減税率（１８パーセント）による。以下同じ。）所定の法人税率（３０パーセント）を乗じて、法人税額を５３６９万３１００円と算定した。さらに、処分行政庁は、前記法人税額から、控除税額である１万００２２円を控除した金額である５３６８万３０００円（国税通則法（以下「通則法」という。）１１９条１項により百円未満切り捨て。）を原告が納付すべき税額であるとし、ここから、原告が既に納付していた税額である３４１万６８００円を控除した５０２６万６２００円が、原告が追加で納付すべき税額とした（以上につき、別紙４の「法人税」の表の「平成２１年８月期」の欄うち、「②更正処分及び賦課決定処分」の欄を参照）。
（乙１３）
イ 平成２１年８月期過少申告加算税賦課決定処分
処分行政庁は、前記アを前提に、原告が平成２１年８月期法人税更正処分により新たに納付することとなる追徴税額５０２６万６２００円を、過少申告加算税の対象となる追徴税額５０１６万８４００円と重加算税の対象となる追徴税額９万７８００円に区分し、その上で、前記５０１６万８４００円について、通則法６５条１項に基づき計算した金額である５０１万６０００円に、同条２項に基づき計算した金額である２３３万７０００円を加算した７３５万３０００円を原告が納めるべき過少申告加算税とした（以上につき、別紙４の「法人税」の表の「平成２１年８月期」の欄うち、「加算税の計算」の欄を参照）。
（乙１３）
ウ 法人税の平成２２年８月期重加算税賦課決定処分
処分行政庁は、原告の平成２２年８月期の法人税に関し、本件各仕入れに係る仕入高を損金不算入とし、本件売上げに係る売上高を益金に算入する等して、原告の所得金額を６０９９万２８２５円、原告が納付すべき税額を１７３３万４５００円とする旨の更正処分をした。
そして、処分行政庁は、これを前提に、通則法６８条１項に基づき、平成２２年８月法人税更正処分により新たに納付することになる７７７万円（但し、通則法１１８条３項により１万円未満切り捨て。）に１００分の３５の割合を乗じた金額である２７１万９５００円を原告が納めるべき重加算税と算定した（以上につき、別紙４の「法人税」の表の「平成２２年８月期」の欄を参照）。
（乙１４）
エ 消費税及び地方消費税の平成２２年８月期重加算税賦課決定処分
処分行政庁は、平成２２年８月期消費税及び地方消費税に関し、本件各仕入れに係る仕入高を課税仕入れに係る支払対価の額から控除し、本件売上げに係る売上高を課税標準額に算入する等して、原告の納付すべき消費税及び地方消費税の額を１７３０万８８００円とする旨の更正処分をした。
そして、処分行政庁は、これを前提に、通則法６８条１項に基づき、平成２２年８月期消費税及び地方消費税更正処分により新たに納付することとなった２０９万円（但し、通則法１１８条３項により１万円未満切り捨て。）に１００分の３５の割合を乗じて計算した金額である７３万１５００円を原告が納めるべき重加算税と算定した（以上につき、別紙４の「消費税等」の表を参照）。
（乙１６）
４ 争点及びこれに関する当事者の主張
（１）本件建物移転料に措置法６４条２項２号の適用があるか（平成２１年８月期法人税更正処分等の適法性）（争点１）。
（被告の主張）
ア（ア）措置法６４条１項は、資産の収用等の対価たる補償金（対価補償金）を基に算定された圧縮限度額を、損金の額に算入することを認めている。
そして、同項の適用について、同条２項２号は、土地等が土地収用法等の規定に基づいて収用されることに伴い、その土地の上にある資産につき取壊し又は除去しなければならなくなり、その損失に対する補償金を取得するときは、当該土地の上にある資産について収用等による譲渡があったとみなし、かつ、同補償金を対価補償金とみなす旨定めている。
これは、収用等をされる土地の上にある資産の収用又は取壊し若しくは除去が収用等と同じ性格のものであるとみて、これに準じて、収用等される土地の上にある資産に対する補償金も対価補償金とみなし、課税の特例を認めるものである。措置法６４条２項２号が制定される前は、土地等が収用され、その土地上にある資産が取壊し又は除去される場合であっても、当該資産について収用裁決がない限り、当該資産が収用等の対象に該当しないという理由から、何らの特例も設けられていなかったが、同号は、このような場合、その実質が、当該資産が収用等される場合と異ならないことから、収用等される場合と同様に扱うこととしたものである。
しかしながら、移転補償金については、これが益金の額に算入される一方で、法人が実際に支出した移転料が損金の額に算入されることから、政策上、課税を延期するための措置を講じる必要がない。
また、このような同号の文理、趣旨及び制定経緯に照らせば、同号にいうその土地の上にある資産とは、収用される土地自体の上にある資産を指すものと解される。そして、本件建物の敷地部分は、本件収用の対象とされておらず、本件建物は本件収用土地の上に存在していたわけではないから、本件建物は、同号にいうその土地の上にある資産に当たらない。
（イ）これに対し、原告は、本件収用の対象となったのは、分筆前のＢ番３の土地の一部であり、本件建物も同土地（分筆前のＢ番３の土地）の上に存在していたことから、同号にいうその土地の上にある資産に当たる旨主張する。
しかしながら、本件収用の対象となったのは、あくまで本件土地のうち、本件収用土地（Ｂ番７及びＣ番３の各土地）であり、本件建物は同土地（本件収用土地）の上にないから、本件建物が、収用された土地の上にある資産に当たることにならない。土地の収用は、通常、公共の用に供することを要する土地部分のみを対象として行うものであって、必ずしも土地の分筆を伴うものではないから、収用に伴い土地が分筆されたからといって、同号が適用される理由にはなり得ない。
（ウ）原告は、本件建物移転料が、本件建物を別の場所で再築することを前提としていることから、本件建物は、本件収用の対象となった土地の上にある資産に当たり、本件建物移転料は、対価補償金に含まれる旨主張する。
しかしながら、措置法６４条３項は、圧縮限度額の計算の基礎となる対価補償金を、名義がいずれであるかを問わず、資産の収用等の対価たるものをいうものとし、収用等に際して交付を受ける移転料その他当該資産の収用等の対価たる金額以外の金額を含まない旨定めており、本件建物移転料のような移転補償金は、原則として対価補償金に当たらない。
したがって、前記原告の主張は、本件建物移転料に措置法６４条２項２号を適用する理由とはならない。
イ 措置法６４条２項２号の文理、趣旨及び制定経緯に照らせば、「取壊し若しくは除去をしなければならなくなった場合」とは、収用される土地の上にある資産が、収用に当たり、実際に取壊し若しくは除去を余儀なくされる場合をいうと解すべきであって、実際に取壊しや除去がされることがない場合にまで、同号を適用して課税の特例を認めることは想定されていない。そして、本件建物は、現在も取り壊されることなく存在しているのであるから、本件建物は取壊し若しくは除去をしなければならなくなった場合に当たらない。
これに対し、原告は、本件建物を取り壊していない理由として、本件建物移転料の争訟に関連して、宮崎県収用委員会から本件建物を現状保存するよう指導があったことを挙げ、かかる事情を踏まえれば、本件建物につき、「取壊し若しくは除去をしなければならなくなった場合」の要件を満たす旨主張する。しかしながら、原告が主張するような指導があったかは明らかでないのみならず、仮に指導があったとしても、かかる指導に拘束力を認める根拠はない。また、仮に同委員会による指導に拘束力があったとしても、同委員会による裁決は、平成２０年９月２日になされているのであるから、原告が同裁決以降も当該指導に拘束されることはない。したがって、原告が本件建物を取り壊していない理由が、宮崎県収用委員会から本件建物を現状保存するよう指導があったからであるということはできない。
また、原告は、本件収用によって、本件建物が、店舗又は倉庫としての用を喪失したことを同号が適用されるべき理由として主張する。しかしながら、原告は、本件収用が完了し、本件建物移転料を受領した後も、法人税の確定申告において、引き続き本件建物に係る減価償却費を損金の額に算入し、また、本件建物を取り壊していないのであるから、原告は、本件収用後も引き続き本件建物を事業の用に供しているというべきであり、本件建物が店舗又は倉庫としての用を喪失したとはいえないから、前記原告の主張は前提を欠く。
ウ なお、措置法通達６４（２）－８は、土地等の収用に伴い、起業者から当該土地等の上にある建物又は構築物を曳家し、または、移築するために要する費用として交付を受ける補償金のうち、同通達の要件を満たすものは対価補償金に当たるものとして取り扱う旨定めているが、同通達も、あくまで収用される土地等の上にある建物又は構築物について適用されるものであり、また、補償金の交付を受ける者が実際に建物を取り壊した場合を要件としているところ、原告は本件建物を取り壊しておらず、同通達の要件を満たしていない。
（原告の主張）
ア（ア）措置法６４条のように国民の課税を軽減する規定については、厳格な文理解釈を行わなくても国民が不利益を受けることはないから、趣旨解釈を重視することが相当である。したがって、一見措置法の各条文の文理に反するような事案であっても、趣旨解釈をした結果、当該事案がその立法趣旨に合致するものであって、かつ、その結果を生じたのがやむを得ない事情によるものであれば、同法を適用すべきと解される。
措置法６４条は、行政の必要のために国民が財産を喪失したことに対する補償金は、損失補償として課税扱いしないという趣旨である。原告は、本件収用という行政の必要のため、Ａ日向店の店舗兼倉庫であった本件建物の使用に不可欠な顧客用駐車場及び商品運搬用車両の転回スペースを失い、店舗及び倉庫のいずれの用途も果たせなくなった対価として本件建物移転料を受領した。そして、このように、本件建物が残部の土地の上に存在しているのは、土地収用法に基づく手続というやむを得ない事由によるものである。したがって、同条２項２号の趣旨解釈として、本件建物は、同号にいうその土地の上にある資産に当たると解すべきである。
（イ）本件収用土地は、本件収用に係る裁決手続の一環として、やむを得ずＢ番３の土地から分筆されたものであり、それまでは、分筆前のＢ番３の土地の一部の上に本件建物があった。したがって、本件収用の対象となった土地とは、分筆前のＢ番３の土地の一部を指し、本件建物は、本件収用の対象となった分筆前のＢ番３の土地の一部の上にある資産と解すべきである。
（ウ）本件建物移転料は、本件建物自体を取り壊すことなく移動させる工法（曳家工法）による移転に要する補償金ではなく、当該建物を別の場所で新築する工法（構外再築工法）に要する補償金である。本件建物移転料を算定するに際して、このように構外再築工法が採用されたのは、本件収用土地が収用されることに伴って、本件建物が店舗ないし倉庫の用を喪失したため、現在の場所で存続させることができなくなり、取り壊さなければならなくなったからである。したがって、本件建物移転料は、本件建物が、本件収用の対象となった土地の上に存在することから支払われる対価補償金と解される。
イ 本件建物は、本件収用によって、前記のとおり店舗ないし倉庫としての用を喪失したということができ、同号の「取壊し若しくは除去をしなければならなくなった場合」に当たる。
被告は、本件建物が取り壊されていない旨主張する。しかしながら、同条２項は、取壊し若しくは除去をしなければならなくなった場合と定めているにすぎず、これを実際に取壊し若しくは除去をしたことと解することは、同項の文理に反する。収用等される土地の上にある資産の取壊し又は除去が土地の収用等と同じ性格のものであり、収用等に準じて課税の特例を認めることが相当であるという同項の趣旨に照らせば、前記取壊し若しくは除去をしなければならなくなった場合とは、実際に取り壊すに至っていなくても、それが収用等に伴って建物の用を喪失した場合等、取壊しと実質的に同視できる場合も含まれると解される。
なお、本件建物が現在でも取り壊されずに存在しているのは、本件建物移転料の金額等に関する争訟手続において、かかる争点の調査及び証拠収集のため、当該建物を現状保存し、その材質、サイズ、構造及び位置等を現況のまま維持するよう、宮崎県収用委員会から指導があり、裁判手続でも同様の配慮をせざるを得なかったからであり、このような事情に照らしても、本件建物が現在も存在しているからといって、「取壊し若しくは除去をしなければならなくなった場合」に当たらないということはできない。
（２）原告が本件各仕入れを仮装し、本件売上げを隠ぺいしたといえるか（法人税の平成２２年８月期重加算税賦課決定処分並びに消費税及び地方消費税の平成２２年８月期重加算税賦課決定処分（以下「本件各重加算税賦課決定処分」という。）の適法性）（争点２）（被告の主張）
ア 重加算税の賦課要件は、納税者において、架空名義の利用や資料の隠匿等の積極的な隠ぺい、仮装と評価すべき行為が存在すること又は納税者にそのような積極的な行為が存在しなくとも、納税者が、当初から所得を過少に申告することを意図し、その意図が外部からもうかがい得る特段の行動が存在すること及び過少申告行為がなされたことであると解される。したがって、積極的な隠ぺい、仮装と評価すべき行為が存在する本件においては、過少申告の意図を外部からもうかがい得る特段の行動は必要とされるものではなく、また、原告が故意に課税標準等に係る事実を隠ぺい又は仮装し、その隠ぺい又は仮装行為の結果として過少申告の事実が生じていれば足り、過少申告を行うことの認識を有していることまでは不要である。
イ 本件各仕入れについて
（ア）本件各仕入れに関しては、商品の入荷及び代金の支払の事実がなく、架空の取引である。
このことは、本件各仕入れが予定されていたことを裏付ける客観的な証拠が存在しないこと、仕入れを実際に行う前に見込みで仕入計上をするという会計処理は、通常とは大きくかけ離れた処理であり、簿記会計上も許されないおよそ不合理な処理であること、本件各仕入れに係る代金の準備として原告口座から引き出された金員が、いずれも甲や丁の個人口座に入金されていること及び現金出納帳に書換えの跡がみられることといった事情からすれば、原告は、甲及び丁に対する借入金の返済を本件各仕入れに仮装することにより、本件各仕入れを架空計上したといえる。
（イ）原告は、本件各仕入れについて、翌期に修正経理をしていることからすれば、本件各仕入れを仮装、隠ぺいする意図があったとはいえない旨主張する。しかしながら、修正経理は、原告が税理士事務所の職員から、本件各仕入れを裏付ける領収書等の提出を求められたが、それができなかったため、やむを得ず納品がなかったことを告げた結果修正されたにすぎず、原告が本件各仕入れを故意に隠ぺいしていたことを否定する事情とはならない。
ウ 本件売上げについて
原告は、本件売上げを原告の事業とは関係のない乙や戊ら個人名義の口座に敢えて入金し、隠ぺいした。
そして、乙ら個人名義の口座を利用していたのが、原告が主張するように、会社名義の口座を使うことによる手続上の煩雑さを避けるためといった便宜上の理由によるのであれば、取引の都度、利益の帰属主体である原告の会計帳簿に記載してしかるべきであるが、原告は、本件売上げに係る期間中、会計帳簿に同取引の事実を全く記載せず、決算時においても何ら是正措置をとっていない。また、乙は、原告に対して行われた税務調査（以下「本件調査」という。）の際に、本件売上げについて、当初個人の取引であると述べていたが、その後、会社の取引であることを認めるに至ったのであり、このような態度に照らしても、原告が本件売上げを隠ぺいしていたことは明らかである。
そもそも、法人が売上代金を銀行口座に入金させるに当たり、あえて個人の名義の口座を使用するのであれば、借名口座の利用による売上除外等として、脱税の疑いをかけられることがないようにするため、当該売上代金が当該法人の会計帳簿に適切に計上されるよう格別の注意を払うのが通常であるが、原告は、本件調査が行われるまでの４年もの間、漫然と本件売上げに係る代金を乙及び戊名義の口座に入金していた上、法人税の確定申告に当たり、申告書とともに提出する「預貯金等の内訳書」には、原告が取引に使用している口座として前記本件売上げに係る代金が入金されていた乙及び戊名義の口座を記載していなかった。
エ 以上のとおり、原告は、原告に係る売上を仮装し、また、仕入れを隠ぺいしていたのであるから、通則法６８条１項所定の重加算税の賦課要件を満たす。
（原告の主張）
ア 重加算税の賦課要件としては、隠ぺい、仮装と評価すべき積極的な行為の存在及び隠ぺい、仮装の確定的な意図ないし故意の存在が必要である。
イ 本件各仕入れについて
本件各仕入れは実際に予定されていたものであるが、仕入れ元が不明であったことから、仲介者であるＤ等と仮に記載して見込み計上をしたものであり、架空の取引ではない。
丁は、乙から本件各仕入れに係る代金を準備するように頼まれていたが、そのことを失念したまま、原告が甲及び丁に対して負っている借入金債務の返済に充てるために、原告口座から引き出した金員を甲及び丁個人の口座に入金した。その後、丁は、本件各仕入れに係る代金の準備のために原告口座から預金を引き出さなければならなかったことを思い返したことから、現金出納帳の相手先名欄及び備考欄の記載を消し、相手先名欄にＤと記載した。このような経緯に照らせば、原告口座から出金された金員が、甲及び丁の口座に入金されていることをもって、本件各仕入れが当初から予定されていない架空のものであったということはできない。
さらに、原告は、翌期の期首に修正経理を行うことで自ら誤りを修正しているところ、仮に本件各仕入れを仮装する確定的な意図ないし故意があったとすれば、このような修正経理を行うことはなく、かかる事実は、原告が本件各仕入れを隠ぺい又は仮装していたこととは整合しない。
以上によれば、原告は、本件各仕入れを確定的な意図ないし故意のもと仮装していたとはいえない。
ウ 本件売上げについて
本件売上げのうち、Ｈに係る売上げについては、会社名義で取引を行うと手続が煩雑であり、手数料も高くなるので、個人名義の口座を利用していたにすぎない。また、チケットの売上げについても、会社名義で取引をすると手続が煩雑で、同業者から買いたたかれることがあるので個人名義としたにすぎない。このとおり、個人名義の口座を利用していたのは、取引の便宜のためである。
また、乙は本件売上げに係る取引を原告の従業員であるＩ（以下「Ｉ」という。）に任せており、本件売上げに係る売上金が入金されていた乙の口座は、従前より丁が管理しており、戊の口座も戊自身が管理していたのであるから、本件売上げが前記個人口座に入金されていたのは、甲や乙の目が行き届いていなかっただけであって、意図しない不注意による計上漏れであったにすぎない。
したがって、本件売上げを申告していなかったのは、単なる計上漏れであり、確定的な意図ないし故意のもと隠ぺいしたものではない。
エ 以上のとおりであるから、通則法６８条１項の重加算税の賦課要件は満たされない。
（３）青色申告承認取消処分の適法性（争点３）
（被告の主張）
前記（２）の被告の主張のとおり、原告は、仕入れの事実がないにもかかわらず仕入れが行われたように仮装するため、平成２２年８月期の総勘定元帳に本件各仕入れを記載し、また、売上げの事実があったにもかかわらずこれを隠ぺいするため、法人の事業と関係のない個人口座を利用し、平成２２年８月期の総勘定元帳に本件売上げを記載しなかった。このような行為は、法人税法１２７条１項３号所定の青色申告承認の取消事由に当たる。（原告の主張）
争う。前記のとおり、原告が売上を隠ぺいしたり、仕入れを仮装したりしたことはない。
（４）本件調査等の手続に係る違法性の有無（争点４）
（原告の主張）
ア 国税庁は、税務調査の手続等に関して、「調査手続の実施に当たっての基本的な考え方等について（事務運営指針）」（以下「本件指針」という。）を定めている。そして、本件指針は、税務調査の過程において、非違が疑われる事項を把握した場合には、十分な説明を求め、その意見又は主張を十分聴取した上で、納税義務者及び税務代理人の説明内容等を整理し、必要な証拠の収集・保全を行った上で的確な事実認定を行うべきと定めている。
本件調査の担当職員は、平成２５年９月１３日の調査の際には、代替資産に該当しない資産の取得価格を前提に圧縮限度額を計算している旨の説明をして、原告の平成２１年８月期の確定申告について問題点を指摘したが、その後約半年間何らの調査も行わず、平成２６年４月２日になって、本件建物が取り壊されていないことが問題であると指摘し、同月１４日に税理士が本件調査の担当職員に対して詳細な説明を求めたにもかかわらず、同職員は、更正処分をする旨述べるのみで、詳細な説明を拒否した。
以上のとおり、このような本件調査の担当職員の説明は不十分といわざるを得ず、本件調査の手続は、本件指針に反しており、ひいては、通則法７４条の１１第２項に反する。
イ また、平成２５年９月１３日の調査当初の説明は、代替資産に該当しない資産について圧縮損の計上をしていることであったが、平成２６年４月２日の職員の説明では、本件建物の取り壊しがされていないことが理由とされていた。さらに、その後本件更正処分では、①措置法６４条２項２号の適用の可否に関して、（ａ）本件建物が収用土地の上にある建物に該当しないこと及び（ｂ）本件建物の取り壊しがされていないことが挙げられ、また、②代替資産として計上された土地は代替資産に該当しない等が記載されていたが、本件異議申立てに対する決定及びこれに対する審査請求における処分行政庁の主張では、前記１（ｂ）がはずされ、本件訴訟では、同主張が復活し、②の理由がはずされている。このように、被告の主張には一貫性がなく、処分理由の差替えが行われている。通則法７４条の１４第１項及び行政手続法８条に鑑みて、このような理由の差替えは許されない。（被告の主張）
本件調査を担当した職員は、調査結果の内容について具体的に説明しており、調査手続は適法である。
被告は、本件建物移転料が対価補償金に該当しないことを一貫して説明しており、税務調査の過程で説明内容を変遷させるようなことはしていない。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１（本件建物移転料に措置法６４条２項２号の適用があるか（平成２１年８月期法人税更正処分等の適法性））について
（１）被告は、本件建物移転料に、措置法６４条２項２号の適用がない旨主張する。そして、同号が、収用されることになった土地等の上にある資産について、その対価又はこれらの資産の損失に対する補償金を取得するときに適用される旨定められていることからすると、本件収用土地以外の土地の上にある本件建物の移転補償に係る本件建物移転料は、文理上、上記土地等の上にある資産について、その対価又はこれらの資産の損失に対する補償金に当たるということは困難である。
（２）措置法の関連規定の趣旨について検討する。同法６４条１項１号は、概要、法人の有する資産が土地収用法等の規定に基づいて収用され、補償金を取得する場合、当該補償金の全部又は一部に相当する金額をもって収用等のあった日を含む事業年度において代替資産の取得をし、当該代替資産につき、その取得価額に補償金の額から当該譲渡した資産の譲渡直前の帳簿価額を控除した残額の当該補償金の額に対する割合を乗じて計算した金額の範囲内で、その帳簿価額を損金経理により減額等したとき、その減額等した金額は当該事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する旨定める。
これは、法人の所有する資産について公共のため必要がある場合には、土地収用法その他の法令の規定に基づき、その必要とされる資産が強制的に収用され又は収用等を前提として買収されることがあるところ、このような強制的な手段による資産の収用も法人における資産の譲渡形態の一つであり、その収用等により交付された金員（補償金）等の合計額と譲渡した資産の帳簿価額との差額は、所得の金額の計算上その収用等のあった日を含む事業年度の益金の額又は損金の額に算入されることになるが、このような強制的な譲渡に生じた益金の額に課税することは、その譲渡が法人の自由な意思に反するものであること及びその課税により代替資産の取得という企業経営維持のための再投資を阻害する結果となり適当ではないことから、前記譲渡益に直ちに課税せず、法人が再投資によって取得した代替資産の取得価格をその譲渡益相当額だけ減額して記帳させることにより、その譲渡益に対する課税を延期する措置を講じることとしたものと解される。
そして、措置法６４条２項２号は、土地等（土地又は土地の上に存する権利。同条１項３号参照。以下同じ。）が、土地収用法等の規定に基づいて収用等されることとなったことに伴って、当該土地の上にある資産につき、土地収用法等の規定に基づく収用又は取壊し若しくは除去をしなければならなくなった場合で、前記資産の対価又はこれらの資産の損失に対する補償金を取得するときには、当該資産についても、収用等による譲渡があったものとみなし、当該資産の対価又はこれらの資産の損失に対する補償金をもって、同条１項に規定する補償金等（対価補償金）の額とみなす旨定める。
これは、収用の対象となる土地の上に建物等がある場合、当該建物等を買取り、取壊し又は除去等をしなければならなくなった場合は、実質的にみて、当該資産が収用等される場合と異なることはないことから、当該建物等の資産の対価又はその資産の損失に対する補償金を取得したときは、収用等による譲渡があったものとみなして、土地収用の場合と同様の課税の特例を認めるものと解される。
このように、措置法６４条１項及び同条２項２号の前記趣旨は、収用に伴う補償金が、所得の金額の計算上その収用等のあった日を含む事業年度の益金の額又は損金の額に算入され、直ちに課税されることを避けるため、課税を延期するための措置を定めるものである。しかしながら、収用される土地の上に建物があり、その建物について発生した移転費用は、会計上、費用又は損金の額に計上されると考えられるので、当該移転費用に係る補償金について、課税を延期するための措置をとる必要性があるとは考え難い。したがって、前記規定の趣旨からすると、本件建物移転料は、対価補償金に含まれないと解するのが自然である。
（３）もっとも、乙３０の１（６４５頁以下）及び弁論の全趣旨によれば、措置法通達６４（２）－８は、土地等の収用等に伴い、起業者から当該土地等の上にある建物等を曳家し又は移築するための費用として交付を受ける移転補償金については、その交付を受ける者が実際に当該建物等を取り壊したときは、当該補償金は、対価補償金に当たるものとして取り扱われるものとしているところ、これは、前記補償金は原則として移転補償金として収益計上をするにとどまるが、建物等を移転させて再度これを使用するということは事実上困難である場合があるから、法人がこれを取り壊す場合には、対価補償金として取り扱う趣旨であると説明されていることが認められる。
本件建物移転料は、曳家又は移築でなく、再築を前提とするものであるが、前記通達の存在を踏まえ、更に検討する。
ア 甲３２、乙３０の２（６４６頁）及び弁論の全趣旨によれば、公共用地の取得に伴う損失補償基準要綱では、収用等の対象となる土地等に建物等で取得しないもの等があるときは、当該建物等を通常妥当と認められる移転先に、通常妥当と認められる移転方法によって移転するものとされていることが認められる。このことからすると、同要綱においては、収用等の対象となる土地等にある建物等は、起業者が取得等し得るものであることが想定されていると考えられる。そして、このように、起業者が取得等し得るのは、原則として、収用の対象となる土地を敷地とする建物に限られると考えられる。このことと、措置法６４条２項２号が、収用の対象となる土地の上にある建物等を買取り、取壊し又は除去等をしなければならなくなった場合が、実質的にみて、当該資産が収用等される場合と異なることはないことを前提としていること及び同号の文理からすると、同項２号のその土地の上にある資産とは、当該土地を敷地とし、土地の収用等によって買取り、取壊し又は除去等をしなければならないこととなる資産を指すと解される。
これを本件についてみるに、本件収用の対象となったのは、前提事実のとおり、本件収用土地のみであって、本件建物が存在する土地自体は本件収用の対象になっていない。したがって、本件建物が同号にいうその土地の上にある資産に当たるとはいえない。
イ これに対し、原告は、本件収用土地のうちＢ番の７の土地が、本件収用手続の過程でＢ番３の土地から分筆された土地であることからすれば、本件収用の対象となった土地は、分筆前のＢ番３の土地と解するべきである旨主張する。
しかしながら、土地の収用は、特定の事業に必要な土地を対象に行われる手続であり、収用されなかった土地の上にある建物等を起業者が買い取り、又は、その所有者が当該建物を取り壊し又は除去しなければならないと解すべき根拠はない。したがって、収用の対象となった土地が、収用の際に分筆されたものであったとしても、このことから、収用されなかった分筆前の土地の残地の上にある建物が、収用された土地の上にあると解することはできない。
ウ また、原告は、本件建物移転料が、当該建物を別の場所で新築する工法（構外再築工法）を前提に算定されたのは、本件建物の敷地の一部が収用されることによって、駐車場や本件建物に出入りする商品運搬車両の転回スペースが確保できなくなり、本件建物が店舗及び倉庫の用を喪失し、本件建物を取り壊し、新築せざるを得なくなったからであり、このような事情を踏まえれば、本件建物は、同号のその土地の上にある資産に当たると解すべきである旨主張する。
そして、甲２６、乙３４、証人乙及び弁論の全趣旨によれば、本件建物移転料は、本件収用土地がＡ日向店（本件建物）の駐車場の一部であり、本件収用によって、本件建物に出入りする商品運搬車両の転回スペースが確保できなくなること、本件建物を曳家によって別の場所に移転することができないこと及び本件建物は全体の加重バランスを構造計算した上で建てられているため、本件建物の一部を改造することは、本件建物全体のバランスを崩すといったことを勘案の上、本件建物を新たな移転先に従前の建物と同種同等の建物を建築することを前提に算定された費用であることが認められる。
しかしながら、前記のとおり、本件建物について移転費用が発生した場合、それは費用又は損金として計上される。そして、本件全証拠によっても、本件建物の再築が困難である形跡はうかがわれない。したがって、本件建物移転料について、前記通達の趣旨が妥当するということはできない。また、仮に、本件収用の結果、本件建物に原告の期待していたような経済的効用がなくなったとしても、前記事実、甲２６、証人乙及び弁論の全趣旨によれば、本件建物は、現在でも取り壊されずに残存しており、Ａ日向店の造作、備品等を保管するために使用されていることが認められ、一定の経済的効用が残っており、本件収用に起因する経済的効用の減少による損失は、本件補償金のうち、残地補償金や通常受ける損失の補償金により補償されたと考えられる。したがって、原告が主張する事実を考慮してもなお、本件建物移転料について、課税の延期のための措置が相当であるということはできず、原告の前記主張は採用できない。
エ なお、原告は、措置法６４条２項２号において、建物が実際取り壊されたことが要件とされていない旨主張する。
しかしながら、前記のとおり、そもそも、建物について発生した移転費用は費用又は損失となるので、当該費用が発生する前に、課税を延期するための措置をとる必要があるとは考え難い。前記通達は、曳家又は移築のために交付された移転補償金を、一定の要件の下で、対価補償金に当たるものとして取り扱うものとしているが、前記のとおり、再築するための費用として交付された本件建物移転料にその趣旨は妥当しない。
また、原告は、本件建物が取り壊されずに残存しているのは、本件建物移転料の金額等に関する争訟手続において、証拠収集のために現状保存しておく必要があり、また、現状保存するように宮崎県収用委員会から指導があったからである旨主張する。
しかしながら、原告が主張するような事実を認めるに足りる的確な証拠はない。また、仮にそのような事情が認められたとしても、乙３１、３２及び弁論の全趣旨によれば、本件建物移転料に関する争訟は既に終了したことが認められるので、原告の前記主張に係る事実は前記認定判断を左右するに足りない。
（４）以上を前提に平成２１年８月期法人税更正処分及び平成２１年８月期過少申告加算税賦課決定処分の適法性を検討する。
ア 乙４によれば、原告は、平成２１年８月期の所得額として１４６２万３５４８円を申告したことが認められる。
しかしながら、Ａ日向店の売上高のうち３９万４０００円が益金の額に算入されていなかったこと及びＨのシステム手数料６万８４３０円と雑損２０円の合計６万８４５０円が損金に算入されていなかったことに争いはない。
さらに、これまでに説示したことを踏まえると、本件補償金２億１６８１万６４６９円のうち、対価補償金に含まれるのは、前提事実（２）ウのうち、①本件収用土地に対する損失の補償金２４５１万００５５円、③本件土地のうち収用されなかった残地に対する損失の補償金８５６万３７４５円及び⑤フェンスや車止めといった工作物の移転に要する費用として８６７万３０００円の合計４１７４万６８００円に限られる。そして、乙１３（６頁）及び弁論の全趣旨によれば、この４１７４万６８００円は、原告が取得した代替資産の取得価格（６５１４万５０００円）の範囲内にあると認められる。以上を前提に圧縮限度額を計算すると、１０００万２３３７円（４１７４万６８００円×０．２３９５９５３２２【差益割合（４１７４万６８００円－３１７４万４４６２円［本件土地の帳簿価格（乙４（５頁））］）÷４１７４万６８００円】）となるから、この金額と原告が同期の確定申告の際に圧縮限度額として申告した１億７７２３万４２６３円との差額である１億６７２３万１９２６円は、原告の損金の額に算入されない（なお、平成２１年８月期法人税更正処分では、別紙３「平成２１年８月期法人税更正処分」欄の「取得した補償金等の額」の内訳のうち、「①土地代金」の金額を２４５１万４０２４円と計算しているが、これは、対価補償金に含まれないことに争いがない収用に伴い行う側溝設置工事のための土地の一時使用に係る損失の補償金３９６９円を、対価補償金である本件収用土地に対する損失の補償金２４５１万００５５円に加算して計算したものと解される。）。そして、以上を前提に原告の平成２１年８月期の所得金額を計算すると、１億８２１８万１０２４円となり、通則税法１１８条１項により、百円未満切り捨てると、１億８２１８万１０００円となる。
この所得額を前提として、法人税法６６条２項に基づき原告の法人税額を計算すると５３６９万４３００円となり、ここから控除税額である１万００２２円（乙４）を控除した５３６８万４２００円（通則法１１９条１項により百円未満切り捨て。）が、原告が納めるべき税額となる。
平成２１年８月期法人税更正処分に係る法人税額５０２６万６２００円は、これを下回るので、同処分は適法である。
イ 次に、平成２１年８月期過少申告加算税賦課決定処分について検討するに、処分行政庁は、過少申告加算税の対象となる追徴税額について、別紙４の「平成２１年８月期欄」の「加算税の計算」中「過少申告加算税」の欄のとおり、原告申告額に前記アの圧縮限度額に係る損金不算入分を加算した金額をもとに、５０１６万８４００円と計算し、前提事実（６）イのとおり、通則法６５条１項及び２項に基づき過少申告加算税を７３５万３０００円とした。
そこで検討すると、過少申告加算税の計算の基礎となるべき税額は、前記原告が納めるべき税額である５３６８万４２００円から、既納付分３４１万６８００円を控除した５０２６万円（通則法１１８条３項により１万円未満切り捨て。）であり、通則法６５条１項に基づき過少申告加算税を計算すると、５０２６万７４００円の１０パーセントである５０２万６０００円が過少申告加算税となる。また、この金額は、期限内申告税額３４２万６８２２円（期限内申告書の提出に基づき原告が納付すべき税額である３４１万６８００円に所得税の控除税額である１万００２２円（乙４）を加算した金額。通則法６５条３項２号）を超えるから、通則法６５条２項が適用され、同項に基づき過少申告加算税を計算すると、前記追徴税額５０２６万７４００円から３４２万６８２２円を控除した４６８４万円（通則法１１８条３項により一万円未満切り捨て。）の５パーセントである２３４万２０００円が過少申告加算税となる（通則法１１９条４項により千円未満切り捨て。）。
そして、これらを合計すると７３６万８０００円となるから、これを下回る平成２１年８月期過少申告加算税賦課決定処分は適法である。
２ 争点２（原告が本件各仕入れを仮装し、本件売上げを隠ぺいしたといえるか（本件各重加算税賦課決定処分の適法性））について
（１）本件各重加算税賦課決定処分が、通則法６８条１項所定の重加算税の賦課要件を満たすかどうかを検討する。
（２）通則法６８条１項は、過少申告をした納税者が、その国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠ぺいし、又は仮装し、その隠ぺいし、又は仮装したところに基づき納税申告書を提出していたときは、その納税者に対して重加算税を課する旨定めている。これは、納税者が過少申告することについて隠ぺい、仮装という不正手段を用いていた場合に、過少申告加算税よりも重い行政上の制裁を科することによって、悪質な納税義務違反の発生を防止し、もって申告加算税制度による適正な徴税の実現を確保しようとするものであると解される。したがって、重加算税を課するためには、納税者のした過少申告行為そのものが隠ぺい、仮装に当たるというだけでは足りず、過少申告行為そのものとは別に、隠ぺい、仮装と評価すべき行為が存在し、これに合わせた過少申告がされたことを要するが、重加算税制度の同趣旨に鑑みると、架空名義の利用や資料の隠匿等の積極的な行為が存在したことまで必要とするのは相当でなく、納税者が当初から所得を過少に申告することを意図し、その意図を外部からもうかがい得る特段の行為をした上、その意図に基づく過少申告をしたような場合には、重加算税の賦課要件が満たされるものと解される（最高裁判所平成●●年（○○）第●●号同７年４月２８日第二小法廷判決・民集４９巻４号１１９３頁）。
（３）これを本件について検討する。
ア 被告は、本件各仕入れについて、商品の入荷及び代金の支払の事実がなく、架空の取引である旨主張する。
（ア）そして、前提事実（３）のとおり、原告の平成２２年７月１２日及び同月２０日の現金出納帳には、Ｄからの仕入れのために合計３０００万円（同月１２日は１０００万円、同月２０日は２０００万円）の出金をした旨の記載があり、同年８月３１日の現金出納帳には、Ｄからの仕入れのために５２８万円を出金した旨及びＥからの仕入れのために２５２万円を出金した旨の記載があるが、これらの仕入れについて、実際には商品の入荷がなく、代金は支払われておらず、かえって、原告口座からは、前記現金出納帳に本件各仕入れに係る記載がある同年７月１２日、同月２０日及び同年８月３１日に、それぞれ、１０００万円、２０００万円及び２０００万円が引き出されており、これらは、引き出されたその日のうちに甲又は丁個人の口座に入金されており、かつ、同年７月１２日に甲の口座に入金された１０００万円は、その後、甲名義で開設された定期預金の原資になっていることが認められる。
このことに加え、前記現金出納帳の平成２２年７月１２日及び同月２０日の出金の記載の「相手先」欄には、「㈱Ｄ」と書かれているものの、その記載の下には、甲や丁を表すと考えられる「●」（甲の姓の一文字目）の文字を消した跡があり、また、「備考」欄には「借入金返済」の文字を消した跡があることからすると、原告には、甲及び丁に対する借入金の返済のための出金を、本件各仕入れのための出金に仮装する意図があったと認めることができる。
（イ）これに対し、原告は、本件各仕入れは、Ｄから格安の値段で電化製品が手に入るとの情報を受けて見込みで計上したものであるが、丁が、本件各仕入れの代金を準備しなければならないことを一時的に失念して、出金した金員を、原告が甲及び丁に対して負っている借入金債務の返済に充てるために同人ら個人の口座に入金し、その後、Ｄの仕入先の業者が倒産したため、結局仕入れが実現しなかった旨主張し、甲２１、２３及び２４には、これに沿う記載がある。
しかしながら、原告が主張するように、発生していない費用を見込みで計上することが、会計上認められていると考えられる根拠は見当たらない。また、原告が主張するように、将来の取引に備えて、預金を下ろし、現金を準備する必要があったとしても、そのために、あえて費用を見込み計上する必要があると考えるべき根拠も見当たらない。これらの事情からすると、原告の主張を考慮しても、原告が本件各仕入れを計上したことは、所得を過少に申告することを意図し、その意図を外部からもうかがい得る行為に該当するということができる。
のみならず、仮に、原告の主張に即して検討しても、本件各仕入れが実際に予定されていたことを裏付ける客観的証拠はない（この点に関し、甲３１、乙５６及び弁論の全趣旨によれば、Ｄは、平成２１年６月１日にＪなる人物から５万円のエアコン及び６万円のエアコンをそれぞれ１５台ずつ仕入れたこと（代金支払日は同月３日）、また、原告の仕入先元帳には、同月５日にＤからエアコンを５万円で５台、６万円で５台仕入れた旨の記載があることが認められ、原告が、ＤがＪなる人物から仕入れた商品を仕入れたとも考えられるが、同取引に係る原告の仕入代金は、Ｄが取引先に代金を支払った日の後に計上されており、本件各仕入れのように見込みで計上されたわけではないので、同取引がされた事実から直ちに、本件各仕入れが予定されていたと認めることはできない。なお、原告は、本件各仕入れの相手先であるＤを信頼して本件各仕入れを計上した旨主張するが、この事実は、本件各仕入れの存否に関する前記認定を左右するものではない。）。
また、丁が本件各仕入れに係る金員を、同人らに対する借入金債務の返済と誤解して甲及び丁個人の口座に入金した旨の主張に関しても、その処理に関する証人Ｋの証言と、原告訴訟代理人弁護士が聴取して作成した同人の陳述書（甲２２）と大きく異なっていることや、乙は平成２２年８月上旬頃（証人乙（２４頁））、丁が本件各仕入れの支払に必要な現金の準備を失念していたことに気付いたが、その後、同月３１日付けの７８０万円の仕入れに相当する現金も準備しておらず、かえって、これを超える２０００万円が、同日原告口座から引き出され、丁の口座に入金されていること等に照らすと、原告の主張は採用できない。
（ウ）なお、原告は、原告がこのように本件各仕入れの計上が誤りであったことを自ら認めて翌期の期首に修正経理を行った旨主張し、前提事実（３）エのとおり、平成２２年９月１日付けで仕入高勘定から３７８０万円を減額し、短期借入金から、甲と丁からの短期借入金を３７８０万円減額する処理が行われたことが認められる。
しかしながら、このような処理が行われたとしても、原告の平成２２年８月期の損益は、実際には行われなかった本件各仕入れを費用として計上した上で算定されたことに変わりがないので、前記事実は、重加算税の賦課要件の充足に係る前記認定判断を左右するに足りない。
イ 被告は、原告が、本件売上げを原告の事業とは関係のない乙や戊ら個人名義の口座に敢えて入金し、隠ぺいした旨主張する。
（ア）そして、前提事実（４）、乙６、４６の３、証人乙（５７、５８頁）及び弁論の全趣旨によれば、本件売上げは、Ｈに乙の私物を出品するときと同一のＩＤを用いて原告の商品を出品したことにより発生したものであるが、本件売上げと乙の私物に係る売上げは区別されておらず、原告は、本件売上げを原告の会計帳簿に記載せず、平成２２年８月期の法人税の確定申告の際に、これに係る売上金が入金された乙又は戊個人の口座を「預貯金等の内訳書」に記載しなかったことが認められる。このような事情からすると、原告は、本件売上げを乙ら個人の口座に入金することによって、本件売上げを隠ぺいし、所得金額から除外したと考えられる。
（イ）これに対し、原告は、本件売上げには、インターネットオークションでの売上やチケット等の販売が含まれているところ、これらの取引における代金決済で会社名義の口座を用いると、手続が煩雑で手数料が高くなる上、チケット等の販売では、同業者から買いたたきを受けることがあるため、乙ら個人の口座を使用していたにすぎず、乙ら個人の口座を使用していたのは、取引上の便宜に供するためであり、また、本件売上げを申告していなかったは、単なる計上漏れである旨主張し、証人乙の証言にもこれに沿う部分がある。
しかしながら、仮に原告が主張するような事情があったとしても、乙１４、４６、４７、５７、５８、証人乙（２７、４８頁）及び弁論の全趣旨によれば、①平成２２年８月期のＨに係る売上げは、７４回の取引で合計２７２万０９７６円（税抜額）であり、訴外会社らに対するチケット販売に係る売上げは、７回の取引で合計３５８万９８９５円（税抜額）であったこと、②本件売上げに係る商品の仕入れは、原告の仕入れとして計上されていたこと、③乙の口座には、平成２１年７月ないし平成２５年４月までの間、Ｈの売上げに係る入金がされており、戊の口座にも、平成２２年１月から同年７月までの間、訴外会社らに対するチケット販売に係る売上げが入金されていること、④Ｈにおける乙の私物の取引は、全体の１割に満たなかったこと及び⑤Ｈに係る売上金が入金されていた口座の通帳は、丁が管理しており、訴外会社らに対するチケットの販売代金が入金されていた口座の通帳は戊が管理していたことが認められる。そして、このように長期間にわたって取引があり、Ｈに係る売上金が入金されていた通帳は経理担当者である丁やＡ日向店の店長である戊が管理していたにもかかわらず、原告の会計帳簿には、本件売上げに関する記載が一切ないことからすれば、本件売上げを申告しなかったことが単なる不注意であったとはいい難い。
（ウ）原告は、乙は本件売上げに係る取引を原告の従業員であるＩに任せており、本件売上げに係る売上金が入金されていた乙の口座は、従前より丁が管理しており、戊の口座は戊自身が管理していたのであるから、本件売上げが前記個人口座に入金されていたのは、甲や乙の目が行き届いていなかっただけにすぎない旨主張し、証人乙の証言（２８頁）にはこれに沿う部分がある。
しかしながら、乙４６の３及び弁論の全趣旨によれば、本件売上げに係る取引が行われていた時期に原告の取締役であった乙は、平成２５年７月１７日に行われた本件調査の担当調査官に対しては、Ｈに出品していた商品に関して、原告の商品のうち、売れずに滞留している商品を、乙がＩに指示してＨに出品させていたことが認められ、これを覆すに足りる証拠はないから、乙は、Ｈにおける取引を認識していたということができる。また、証人乙（３０頁）によれば、乙は、訴外会社らに対するチケットの販売に関しては、戊が同人の口座を使用していることを認識していたことが認められる。
このように、本件売上げに係る取引を、Ｉや戊が行っていたとしても、乙自身も本件売上げに係る取引を認識していたといえるのであるから、原告の前記主張は採用できない。
（エ）以上によれば、原告が、乙のＩＤを利用してインターネットオークションで取引をし、乙ら個人の口座を利用し、会計帳簿にも記載しないことによって本件売上げを隠ぺいしたことは、所得を過少に申告することを意図し、その意図を外部からもうかがい得る行為に該当するということができる。
（２）以上を前提に本件各重加算税賦課決定処分の適法性を検討する。
ア 法人税の平成２２年８月期重加算税賦課決定処分
前提事実（５）のとおり、処分行政庁は、原告の平成２２年８月期の法人税に関し、原告の所得金額を６０９９万２８２５円、原告が納付すべき税額を１７３３万４５００円とする旨の更正処分をしたところ、原告が、本件各仕入れを損金として計上していたこと及び本件売上げを益金として申告していなかったことからすると、かかる処分は適法ということができる。
これを前提に通則法６８条１項を適用して重加算税を計算すると、平成２２年８月期法人税更正処分により新たに納付することになる７７７万円（前提事実（６）ウ。但し、通則法１１８条３項により１万円未満切り捨て。）に１００分の３５の割合を乗じた金額である２７１万９５００円が、原告が納めるべき重加算税となる。
イ 消費税及び地方消費税の平成２２年８月期重加算税賦課決定処分
前提事実のとおり、処分行政庁は、原告の平成２２年８月期消費税及び地方消費税に関し、原告の納付すべき消費税等の額を１７３０万８０００円とする旨の更正処分をしたところ、原告が、本件各仕入れを損金として計上していたこと及び本件売上げを益金として申告していなかったことからすると、かかる処分は適法ということができる。
これを前提に通則法６８条１項を適用して重加算税額を計算すると、平成２２年８月期消費税及び地方消費税更正処分により新たに納付することとなった２０９万円（前提事実（６）エ。但し、通則法１１８条３項により１万円未満切り捨て。）に１００分の３５の割合を乗じた金額である７３万１５００円が、原告が納めるべき重加算税となる。
ウ これらと同額の本件各重加算税賦課決定処分は、適法である。
３ 争点３（青色申告承認取消処分の適法性）について
前記２で認定判断したとおり、原告は、本件各仕入れを仮装し、また、本件売上げを隠ぺいしたということができるから、本件では、法人税法１２７条１項３号所定の事由があるということができる。
したがって、平成２２年８月期以降の事業年度の法人税の青色申告の承認を取り消す処分は適法である。
４ 争点４（本件調査等の手続に係る違法性の有無）について
（１）通則法７４条の１１第２項は、国税に関する調査の結果、更正決定等をすべきと認める場合には、当該職員は、当該納税義務者に対し、その調査結果の内容（更正決定等をすべきと認めた額及びその理由を含む。）を説明するものとする旨定めている。そして、これを受けて国税庁長官が発出した平成２４年９月１２日付け「調査手続の実施に当たっての基本的な考え方等について（事務運営指針）」（本件指針。乙４８）は、調査時における手続に関して、調査の過程において、申告内容等に関して非違が疑われる事項を把握した場合には、納税義務者及び税務代理人にその事項について十分な説明を求め、その意見又は主張を十分聴取した上で、納税義務者及び税務代理人の説明内容等を整理し、必要な証拠の収集・保全を行った上で的確な事実認定を行い、法第７４条の１１第２項に基づく調査結果の内容の説明の対象となる更正決定等をすべきと認められる非違であるか否かについて適切に判断する旨定め（５頁）、また、調査終了の際の手続に関して、調査の結果、更正決定等をすべきと認められる非違がある場合には、法７４条の１１第２項に基づき、納税義務者に対し、当該非違の内容等（税目、課税期間、更正決定等をすべきと認める金額、その理由等）について原則として口頭により説明する。その際には、必要に応じ、非違の項目や金額を整理した資料など参考となる資料を示すなどして、納税義務者の理解が得られるよう十分な説明を行うとともに、納税義務者から質問等があった場合には分かり易く回答するよう努める旨定めている（６頁）。
原告は、本件調査の担当職員は、原告らに対して十分な説明をしておらず、本件指針に反する等と主張する。しかしながら、原告の主張によっても、本件調査のどの点が本件指針に反すると主張しているのか必ずしも明らかではないが、乙４９によれば、本件調査の担当職員は、平成２６年４月２日の午前１０時から午後０時１０分までの間、乙及び原告の関与税理士らに対して、本件建物移転料を対価補償金に含めている点や本件各仕入れの計上及び本件売上げの未計上が問題となる旨を指摘した上で、補償金の税務上の取扱いに関する資料を交付し、平成２１年８月期ないし平成２４年８月期における法人税並びに消費税及び地方消費税に係る指摘事項の理由、金額、重加算税の対象並びに本税額及び加算税額、さらには、青色申告承認の取消しに関することを説明し、これに対しては乙らから反論があったこと、原告の関与税理士が弁護士に相談したいので、同月９日に再度連絡する旨述べたため、本件調査の担当職員は、同日前記税理士に架電したところ、同税理士が、もう少し時間がほしい旨述べたため、同月１２日までに連絡するように指示したこと、そして、同月１４日、同税理士から本件建物移転料が対価補償金に含まれないこと等については承服できない旨の連絡があったことが認められる。
そして、前記のような本件調査の担当職員と乙及び原告の関与税理士とのやり取りを踏まえれば、本件調査が終了した際に行われた説明が不十分であったとはいえず、本件調査の過程で、本件指針に反するような事実があったと認めるに足りる証拠もない。
（２）原告は、措置法６４条２項２号の適用の可否に関して、本件更正処分等、本件異議申立てに対する決定、これに対する審査請求における処分行政庁の主張及び本件訴訟における被告の主張には、一貫性がなく、処分理由が差し替えられている旨主張する。
しかしながら、乙２５、２７、４９及び弁論の全趣旨によれば、処分行政庁等は、上記各手続を通じて、本件建物移転料が対価補償金に該当しないことから、本件では措置法６４条２項２号が適用されない旨指摘していることが認められるので、処分理由の差替えが行われている旨の原告の主張には理由がない。
（３）したがって、本件調査及び本件更正処分等に何らかの手続違反があったと認めることはできないから、争点４に関する原告の主張には理由がない。
第４ 結論
以上によれば、原告の請求は、いずれも理由がないから棄却することとして、主文のとおり判決する。
福岡地方裁判所第１民事部
裁判長裁判官倉澤守春
裁判官山下隼人
裁判官芥川希斗
別紙１関係法令の定め
１ 法人税法
（青色申告の承認の取消し）
第１２７条
１ 第１２１条第１項（青色申告）の承認を受けた内国法人につき次の各号のいずれかに該当する事実がある場合には、納税地の所轄税務署長は、当該各号に定める事業年度までさかのぼって、その承認を取り消すことができる。この場合において、その取消しがあったときは、当該事業年度開始の日以後その内国法人が提出したその承認に係る青色申告書（納付すべき義務が同日前に成立した法人税に係るものを除く。）は、青色申告書以外の申告書とみなす。
（３）その事業年度に係る帳簿書類に取引の全部又は一部を隠ぺいし又は仮装して記載し又は記録し、その他その記載又は記録をした事項の全体についてその真実性を疑うに足りる相当の理由があること当該事業年度
２ 税務署長は、前項の規定による取消しの処分をする場合には、同項の内国法人に対し、書面によりその旨を通知する。この場合において、その書面には、その取消しの処分の基因となった事実が同項各号のいずれに該当するかを付記しなければならない。
２ 租税特別措置法
（収用等に伴い代替資産を取得した場合の課税の特例）
第６４条
１ 法人（清算中の法人を除く。以下この条、次条、第６５条第３項及び第５項並びに第６５条の２において同じ。）の有する資産（棚卸資産を除く。以下この条、次条、第６５条第３項及び第６５条の２において同じ。）で次の各号に規定するものが当該各号に掲げる場合に該当することとなった場合（第６５条第１項の規定に該当する場合を除く。）において、当該法人が当該各号に規定する補償金、対価又は清算金の額（当該資産の譲渡（消滅及び価値の減少を含む。以下この款において同じ。）に要した経費がある場合には、当該補償金、対価又は清算金の額のうちから支出したものとして政令で定める金額を控除した金額。以下この条及び次条において同じ。）の全部又は一部に相当する金額をもつて当該各号に規定する収用、買取り、換地処分、権利変換、買収又は消滅（以下この款において「収用等」という。）のあった日を含む事業年度において当該収用等により譲渡した資産と同種の資産その他のこれに代わるべき資産として政令で定めるもの（以下第６５条までにおいて「代替資産」という。）の取得（所有権移転外リース取引による取得を除き、製作及び建設を含む。以下第６５条までにおいて同じ。）をし、当該代替資産につき、その取得価額（その額が当該補償金、対価又は清算金の額（既に代替資産の取得に充てられた額があるときは、その額を控除した額）を超える場合には、その超える金額を控除した金額。次条第９項において同じ。）に、補償金、対価若しくは清算金の額から当該譲渡した資産の譲渡直前の帳簿価額を控除した残額の当該補償金、対価若しくは清算金の額に対する割合（次条において「差益割合」という。）を乗じて計算した金額（以下この項及び第８項において「圧縮限度額」という。）の範囲内でその帳簿価額を損金経理により減額し、又はその帳簿価額を減額することに代えてその圧縮限度額以下の金額を当該事業年度の確定した決算において積立金として積み立てる方法（当該事業年度の決算の確定の日までに剰余金の処分により積立金として積み立てる方法を含む。）により経理したときは、その減額し、又は経理した金額に相当する金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
（１）資産が土地収用法等（第３３条第１項第１号に規定する土地収用法等をいう。以下この条及び第６５条において同じ。）の規定に基づいて収用され、補償金を取得する場合（政令で定める場合に該当する場合を除く。）
２ 法人の有する資産が次の各号に掲げる場合に該当することとなった場合には、前項の規定の適用については、第１号の場合にあっては同号に規定する土地等、第２号の場合にあっては同号に規定する土地の上にある資産（同号に規定する補償金が当該資産の価額の一部を補償するものである場合には、当該資産のうちその補償金に対応するものとして政令で定める部分）について、収用等による譲渡があったものとみなす。この場合においては、第１号又は第２号に規定する補償金又は対価の額をもつて、同項に規定する補償金、対価又は清算金の額とみなす。
（２）土地等が前項第１号から第３号の３まで、前号若しくは第６５条第１項第２号若しくは第３号の規定に該当することとなったことに伴い、その土地の上にある資産につき、土地収用法等の規定に基づく収用をし、若しくは取壊し若しくは除去をしなければならなくなった場合又は前項第８号に規定する法令の規定若しくは大深度地下の公共的使用に関する特別措置法第１１条の規定に基づき行う国若しくは地方公共団体の処分に伴い、その土地の上にある資産の取壊し若しくは除去をしなければならなくなった場合において、これらの資産の対価又はこれらの資産の損失に対する補償金で政令で定めるものを取得するとき（政令で定める場合に該当する場合を除く。）。
３ 第１項第１号、第５号、第７号又は第８号に規定する補償金の額は、名義がいずれであるかを問わず、資産の収用等の対価たるものをいうものとし、収用等に際して交付を受ける移転料その他当該資産の収用等の対価たる金額以外の金額を含まないものとする。
３ 租税特別措置法施行令
（収用等に伴い代替資産を取得した場合等の課税の特例）
第３９条
１ 法第６４条第１項の規定により補償金、対価又は清算金の額から控除する同項に規定する政令で定める金額は、同項に規定する収用等（以下この条において「収用等」という。）により譲渡（消滅及び価値の減少を含む。以下第３９条の３までにおいて同じ。）をした資産（以下この条において「譲渡資産」という。）の譲渡に要した経費の金額の合計額が、当該収用等に際し譲渡に要する経費に充てるべきものとして交付を受けた金額の合計額を超える場合におけるその超える金額のうち、当該譲渡資産に係るものとして財務省令で定めるところにより計算した金額とする。
２ 法第６４条第１項に規定する代替資産（以下この条において「代替資産」という。）は、同項各号の場合の区分に応じ、次に掲げる資産とする。
（１）法第６４条第１項第１号、第２号、第３号の２又は第３号の３の場合にあっては、譲渡資産が土地又は土地の上に存する権利、建物（その附属設備を含む。）又は建物に附属する財務省令で定める構築物、当該構築物以外の構築物、その他の資産の区分のいずれに属するかに応じ、それぞれこれらの区分に属する資産（譲渡資産がその他の資産の区分に属するものである場合には、当該資産と種類及び用途を同じくする資産）
17 法第６４条第２項第２号に規定する資産の対価又は資産の損失に対する補償金で政令で定めるものは、次の各号に掲げる場合の区分に応じ、当該各号に定める対価又は補償金とする。
（１）法第６４条第２項第２号に規定する土地の上にある資産について同号に規定する土地収用法等の規定に基づき収用の請求をしたときは収用されることとなる場合において、当該資産が買い取られ、対価を取得するとき当該資産の対価
（２）法第６４条第２項第２号に規定する土地の上にある資産について同号の取壊し又は除去をしなければならなくなった場合において、当該資産の損失に対する補償金を取得するとき当該資産の損失につき土地収用法第８８条…の規定により受けた補償金その他これに相当する補償金
18 法第６４条第２項第２号に規定する政令で定める場合は、次に掲げる場合とする。
（１）都市再開発法による市街地再開発事業（その施行者が再開発会社であるものに限る。）の施行に伴い、土地等が収用され、又は買い取られることとなったことにより、その土地の上にある当該再開発会社の株主又は社員（同法第７３条第１項第２号又は第１１８条の７第１項第２号に規定する者を除く。）の有する資産につき、収用をし、又は取壊し若しくは除去をしなければならなくなった場合において、当該資産の対価又は当該資産の損失につき補償金を取得するとき。
（２）土地区画整理法による土地区画整理事業（その施行者が区画整理会社であるものに限る。）の施行に伴い、土地等が買い取られることとなったことにより、その土地の上にある当該区画整理会社の株主又は社員（換地処分により土地等又は同法第９３条第４項若しくは第５項に規定する建築物の一部及びその建築物の存する土地の共有持分を取得する者を除く。）の有する資産につき、取壊し又は除去をしなければならなくなった場合において、当該資産の損失につき補償金を取得するとき。
（３）密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律による防災街区整備事業（その施行者が同法第１６５条第３項に規定する事業会社であるものに限る。）の施行に伴い、土地等が買い取られることとなったことにより、その土地の上にある当該事業会社の株主又は社員（同法第２０５条第１項第２号及び第７号に規定する者を除く。）の有する資産につき、取壊し又は除去をしなければならなくなった場合において、当該資産の損失につき補償金を取得するとき。
別紙２省略
別紙３
圧縮限度額の計算
欄
確定申告額
平成２１年８月期法人税更正処分
被告主張額
公共事業者の名称
（国土交通書）
国土交通省
国土交通省
収用換地等による譲渡
年月日
(平成20年11月1日)
平成20年11月1日
平成20年11月1日
譲渡資産の種類
(Ａ日向店の土地の一部)
Ａ日向店の土地の一部
Ａ日向店の土地の一部
譲渡資産の収用換地等
のあった部分の帳簿価
額
31,744,462円
31,744,462円
31,744,462円
209,002,669円
41,750,769円
41,746,800円
内訳
①土地代金 24,514,024円
内訳
①土地代金 24,514,024円
内訳
①土地代金 24,510,055円
②残地補償金 8,563,745円
②残地補償金 8,563,745円
②残地補償金 8,563,745円
③建物移転料 167,251,900円
③建物移転料 0円
③建物移転料 0円
取得した補償金等の額
④工作物移転料 8,673,000円
④工作物移転料 8,673,000円
④工作物移転料 8,673,000円
差引補償金等の額
209,002,669円
41,750,769円
41,746,800円
補償金等の額に対応す
る帳簿価額
31,744,462円
31,744,462円
31,744,462円
差益割合
（(17)－(18)）÷(17)
0.848
0.239667609
0.239595322
土地 278,578,719円
土地 65,145,000円
土地 65,145,000円
内訳①㈱Ｌ
131,368,719円内訳
－
内訳
－
②Ｍ
65,145,000円
②Ｍ
65,145,000円
②Ｍ
65,145,000円
③Ｎ
71,907,000円
－
－
取得した代替資産の種
類
④Ｏ
10,158,000円
－
－
代替資産の帳簿価額を
減額し、又は積立金と
して積み立てた金額
(177,234,263円)
177,234,263円
177,234,263円
代替資産取得のため
(17)又は(17)のうち特
別勘定残額に対応する
ものから支出した金額
209,002,669円
41,750,769円
41,746,800円
圧縮限度額
(22)×(19)
177,234,263円
10,006,307円
10,002,337円
圧縮限度超過額
(21)－(23)
(0円)
167,227,956円
167,231,926円
（注１）「欄」の番号は、法人税法施行規則別表十三（四）「収用換地等に伴い取得した資産の圧縮額等の損金算入明細書」に付された番号である。
（注２）「確定申告額」の括弧書きは、確定申告書（乙第４号証５枚目）において空欄となっていた部分である。別紙４
加算税の計算
法人税
加算税の計算
事業
年度
欄
項目
①確定申告額
②更正処分及
び賦課決定処
分
過少申告加算税
重加算税
確定申告額
14,623,548
14,623,548
14,623,548
14,623,548
売上高の益金算入額
394,000
394,000
収用に伴う圧縮損の損金不算入額
167,227,956
167,227,956
支払手数料の損金算入額
△68,430
△68,430
雑損の損金算入額
△20
△20
6 所得金額（1～6の計）
14,623,548
182,177,054
181,851,504
14,949,098
7 法人税額
3,426,900
53,693,100
53,595,300
3,524,700
8 控除税額
10,022
10,022
10,022
10,022
9 納付すべき税額（7-8）
3,416,800
53,683,000
53,585,200
3,514,600
追徴税額
50,266,200
50,168,400
97,800
平成
年
月期
過少申告加算税
①追徴税額50,160,000円（万円未満切捨て）×10％
②追徴税額50,168,400円－申告税額3,426,822円（①欄8+9）＝46,741,578円46,741,000（万円未満切捨て）×5％
重加算税追徴税額90,000円（万円未満切捨て）×35％
5,016,000
2,337,000
31,500
確定申告税
35,082,739
35,082,739
35,082,739
売上高の益金算入額
6,310,871
6,310,871
仕入高の損金不算入額
36,000,000
36,000,000
雑益の益金算入額
支払手数料の損金算入額
△315,745
△315,745
事業税の損金算入額
△16,085,100
所得金額（12～17の計）
35,082,739
60,992,825
77,077,925
⑦被告主張額が上限
19 法人税額
9,564,600
17,337,600
17,337,600
20 控除税額
3,091
3,091
3,091
21 納付すべき税額（19-20）
9,561,500
17,334,500
17,334,500
22 追徴税額
7,773,000
7,773,000
平成
年
月期
重加算税追徴税額7,770,000円（万円未満切捨て）×35％
2,719,500
消費税等
加算税の計算
事業
年度欄
項目
①確定申告額
⑦被告主張額
過少申告加算税
重加算税
課税標準額
1,324,820,000
1,331,131,000
1,331,131,000
消費税額
52,992,800
53,245,240
53,245,240
控除対象仕入税額
40,825,482
39,398,112
39,398,112
納付すべき消費税額
12,167,300
13,847,100
13,847,100
納付すべき譲渡割額（地方消費税額）
3,041,800
3,461,700
3,461,700
29 納付すべき消費税等（27+28）
15,209,100
17,308,800
17,308,800
30 追徴税額
2,099,700
2,099,700
平成
年
月期
重加算税追徴税額2,090,000円（万円未満切捨て）×35％
731,500
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2018/pdf/13150.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。