税務訴訟資料第２６８号－６０（順号１３１６５）
福岡地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分取消請求事件
国側当事者・国（甘木税務署長）
平成３０年７月１０日却下・棄却・控訴
判決
原告
株式会社Ａ
同代表者代表取締役
甲
同訴訟代理人弁護士
黒木和彰
内田敬子
染谷翼
同訴訟復代理人弁護士
久間孝平
同補佐人税理士
稲葉武彦
音政次
小川康彦
被告
国
同代表者法務大臣
上川陽子
処分行政庁
甘木税務署長
園田信雄
同指定代理人
堀田佳輝
竹本英孝
村上亜紀子
大坪啓文
古賀山章
石津武志
福田雅代
田中一樹
楠瀬聖史
黒田哲弘
主文
１ 本件訴えのうち、以下の部分をいずれも却下する。
（１）甘木税務署長が原告に対して平成２６年７月８日付けでした原告の平成２０年１０月１日から平成２１年９月３０日までの事業年度に係る法人税の更正処分の取消しを求める部分（２）甘木税務署長が原告に対して平成２６年７月８日付けでした原告の平成２２年１０月１日から平成２３年９月３０日までの事業年度に係る法人税の更正処分のうち、所得金額２７０１万４７７０円及び納付すべき税額７１１万５７００円を超えない部分の取消しを求める部分（３）甘木税務署長が原告に対して平成２６年７月８日付けでした原告の平成２４年１０月１日から平成２５年９月３０日までの事業年度に係る法人税の更正処分の取消しを求める部分（４）甘木税務署長が原告に対して平成２６年７月８日付けでした原告の平成２４年１０月１日から平成２５年９月３０日までの事業年度に係る復興特別法人税の更正処分の取消しを求める部分
２ 原告のその余の請求をいずれも棄却する。
３ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 甘木税務署長が原告に対して平成２６年７月８日付けでした原告の平成２０年１０月１日から平成２１年９月３０日までの事業年度に係る法人税の更正処分はこれを全て取り消す。
２ 甘木税務署長が原告に対して平成２６年７月８日付けでした原告の平成２１年１０月１日から平成２２年９月３０日までの事業年度に係る法人税の更正処分のうち所得金額４０１２万１９２４円及び法人税額１１０７万６３００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分のうち１３万６５００円を超える部分はこれを取り消す。
３ 甘木税務署長が原告に対して平成２６年７月８日付けでした原告の平成２２年１０月１日から平成２３年９月３０日までの事業年度に係る法人税の更正処分のうち所得金額２６５７万８１７０円及び法人税額７０１万３４００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分はこれを全て取り消す。
４ 甘木税務署長が原告に対して平成２６年７月８日付けでした原告の平成２３年１０月１日から平成２４年９月３０日までの事業年度に係る法人税の更正処分のうち所得金額８９４７万５３１９円及び法人税額２５８８万２５００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分のうち６４万５０００円を超える部分はこれを取り消す。
５ 甘木税務署長が原告に対して平成２６年７月８日付けでした原告の平成２４年１０月１日から平成２５年９月３０日までの事業年度に係る法人税の更正処分はこれを全て取り消す。
６ 甘木税務署長が原告に対して平成２６年７月８日付けでした原告の平成２４年１０月１日から平成２５年９月３０日までの事業年度に係る復興特別法人税の更正処分はこれを全て取り消す。
第２ 事案の概要
１ 本件は、はちみつ製品の製造販売業を営む株式会社である原告が、原材料のはちみつを、日本国内で採蜜された原材料と日本国外で採蜜された原材料の二種類に区別して、原材料、製品等の期末棚卸資産の評価額を計算し、法人税等の申告をしたところ、甘木税務署長が、原告の期末棚卸資産の評価額の計算方法は適法とはいえないとして、日本国内で採蜜された原材料は採蜜源の花別に、日本国外で採蜜された原材料は採蜜国等別に、それぞれ区別して計算した期末棚卸資産の評価額に基づき、法人税の更正処分等の決定処分をしたのに対し、原告が、甘木税務署長による期末棚卸資産の評価額の計算は違法であるとして、同処分の全部または一部の取消しを求める事案である。
２ 前提事実（争いがない事実並びに証拠及び弁論の全趣旨により容易に認定することのできる事実。証拠により認定した事実はその証拠を付記する。）
（１）当事者等
ア 原告は、はちみつを原料としたはちみつ製品の製造・販売等を行う株式会社である。
イ 原告は、自社で採取したはちみつ及び国内の同業者から仕入れたはちみつ並びに国外から仕入れたはちみつを原料として、採蜜源の花別及び採蜜国別のはちみつ並びにこれらをブレンドしたはちみつ製品を製造する他、はちみつを利用した製品の製造や販売を行っている。
（２）はちみつ製品の概要等
ア 原告が製造販売するはちみつ製品の原材料となるはちみつは、ミツバチが蜜源となる植物の花（以下「採蜜源の花」という。）から採取した「花蜜」を巣房で加工し、貯蔵したものを人が採取したものである。
はちみつは、採蜜源の花によって臭い（香り）、味、色等が異なることから、採蜜源の花の名を冠した名前で呼ばれ、採蜜源の花が一種類のものは単価蜜、採蜜源の花が複数あるものは百花蜜などと呼ばれる。
イ 原告は、原材料となるはちみつを、原告の従業員等が採蜜源の花の開花時期に合わせて、養蜂するミツバチとともに日本国内を移動しながら採蜜する方法（以下「自社採蜜」といい、国内の自社採蜜によって調達した原材料を「自社採蜜分国内産原材料」という。）により調達しているほか、国内の他社から仕入れる方法（以下、国内の他社から仕入れる方法により調達した原材料を「他社仕入分国内産原材料」という。）や外国から商社を経由して輸入する方法により調達している。
ウ 原告は、原材料の品質検査を行い、原材料をろ過して不純物（巣片、花粉等）を除去した後、原材料のブレンド（単一の原材料のみで製造する場合もある。）を行い、その後、瓶等に詰めてキャップをし、瓶にラベルを貼付して段ボールに箱詰めするなどして、はちみつ製品を製造している。
（乙１８の１２）
エ 原告は、はちみつを瓶等に詰めてキャップをしたものを半製品（以下「本件半製品」という。）、本件半製品にラベルを貼付して段ボールに箱詰めしたものを製品（以下「本件製品」といい、本件半製品と併せて「本件製品等」という。）として取り扱っている。（乙１２の１ないし４、乙１８の１２、弁論の全趣旨）
（３）税務調査に関する事実経過等
ア 原告は、昭和６１年８月１３日、甘木税務署長に対し、本件製品、本件半製品、原材料及びその他の棚卸資産の評価方法をいずれも最終仕入原価法とする旨を記載した「たな卸資産の評価方法の届出書」を提出した。
（乙４、１７）
イ 原告は、平成２０年１月から同年３月にかけて、平成１９年１０月１日から平成２０年９月３０日までの事業年度（以下「平成２０年９月期」という。）に関して税務調査を受け（以下「前回調査」という。）、その際、前記「たな卸資産の評価方法の届出書」に反して、最終仕入原価法による評価を行っていなかったことから、調査担当者から、今後は最終仕入原価法により評価するよう指導を受けた。
ウ その後、原告は、最終仕入原価法により期末棚卸資産の評価額を計算することとし、はちみつの原材料の種類等の区別（以下「本件種類等区別」という。）を、日本国内で採蜜された原材料（以下「本件国内産原材料」という。）と日本国内以外で採蜜された原材料（以下「本件外国産原材料」という。）の二種類に区別して（以下「本件原告種類等区別」ということがある。）、甘木税務署長に対し、別表１の「確定申告」欄のとおり、青色の確定申告書に記載して法定申告期限内に提出した（以下、平成２０年１０月１日から平成２１年９月３０日までの事業年度を「平成２１年９月期」、平成２１年１０月１日から平成２２年９月３０日までの事業年度を「平成２２年９月期」、平成２２年１０月１日から平成２３年９月３０日までの事業年度を「平成２３年９月期」、平成２３年１０月１日から平成２４年９月３０日までの事業年度を「平成２４年９月期」、平成２４年１０月１日から平成２５年９月３０日までの事業年度を「平成２５年９月期」といい、平成２１年９月期から平成２５年９月期までの各事業年度を併せて「本件各事業年度」という。）（甲１ないし６、甲９ないし１３（いずれも枝番を含む。））
エ 原告が、本件各事業年度の法人税の確定申告書に添付した損益計算書における売上原価の表示形式は、「期首棚卸高」に「当期商品仕入高」及び「当期製品製造原価」を加え「期末棚卸高」（期末棚卸資産の評価額）を控除した金額を「売上原価」とするものであり、当該各金額は、別表２の「確定申告」欄に記載された金額である。また、別表２に掲げる原告の「期末棚卸高」の内訳（棚卸資産の区分ごとの期末棚卸資産の評価額）の各金額は、別表３の「確定申告」欄に記載された金額である。
（甲９の１ないし４、甲１０の１ないし４、甲１１の１ないし４、甲１２の１ないし４、甲１３の１ないし４、甲２３、甲２８ないし３２、弁論の全趣旨）
オ 原告は、平成２６年１月から同年７月までの間、本件各事業年度に関して税務調査を受けた（以下「本件税務調査」という。）。
（４）甘木税務署長による処分
ア 甘木税務署長は、平成２６年７月８日付けで、原告に対し、本件国内産原材料については採蜜源の花別に、本件外国産原材料については採蜜国及び脱臭はちみつ（以下「採蜜国等」という。）の別にそれぞれ区別して期末棚卸資産の評価額を計算し（以下「本件被告種類等区別」ということがある。なお、「脱臭はちみつ」とは、「はちみつ類の表示に関する公正競争規約」において「精製はちみつ」といわれるものであり、採蜜時の水分濃度が高く糖の含有量が少ないため加熱精製により水分を蒸発させて糖の濃度を上げたものである。これらは加熱精製に伴って水分だけではなく採蜜源の花に由来する臭い（香り）も取り除かれることから、「脱臭はちみつ」と呼ばれる。）、別表１の「更正処分等」欄のとおり、次の処分をした（以下、（ア）と（イ）の処分を併せて「本件各更正処分等」という。）。
（ア）平成２１年９月期及び平成２５年９月期の法人税の各更正処分並びに平成２５年９月期の復興特別法人税の更正処分（以下「本件各減額更正処分」という。）
（イ）平成２２年９月期ないし平成２４年９月期の法人税の各更正処分（以下「本件各増額更正処分」という。）及び過少申告加算税の各賦課決定処分（以下「本件各賦課決定処分」という。）
イ 甘木税務署長が、本件各更正処分等において認定した「期首棚卸高」、「当期商品仕入高」、「当期製品製造原価」、「期末棚卸高」及び「売上原価」の各金額は、別表２の「更正処分」欄のとおりの額であり、別表２に掲げる甘木税務署長が認定した「期末棚卸高」の内訳（棚卸資産の区分ごとの期末棚卸資産の評価額）の各金額は、別表３の「更正処分」欄の金額である。
（甲１ないし５、甲９の１ないし４、甲１０の１ないし４、甲１１の１ないし４、甲１２の１ないし４、甲１３の１ないし４、甲２３、甲２８ないし３２、弁論の全趣旨）
（５）審査請求
原告は、平成２６年９月４日、本件各更正処分等を不服として、国税不服審判所長に対し、審査請求（以下「本件審査請求」という。）をした。
（６）国税不服審判所長による裁決
国税不服審判所長は、平成２７年９月１日、本件審査請求のうち、本件各減額更正処分の取消しを求める審査請求をいずれも却下し、本件各増額更正処分及び本件各賦課決定処分の取消しを求める審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした。
（７）原告による訴訟の提起
原告は、平成２７年１２月２８日、本件各更正処分等の全部または一部の取消しを求めて、本件の訴訟を提起した。
３ 関係法令等の定め
（１）法人税法２条２０号は、棚卸資産とは、商品、製品、半製品、仕掛品、原材料その他の資産で棚卸しをすべきものとして政令で定めるものをいう旨規定する。
（２）法人税法２２条３項は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、①当該事業年度の収益にかかる売上原価、完成工事原価その他これらに準ずる原価の額、②当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用（償却費以外の費用で当該事業年度終了の日までに債務の確定しないものを除く。）の額、③当該事業年度の損失の額で資本等取引以外の取引に係るものとする旨規定し、同条４項は、同条３項各号に掲げる額は、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算されるものとする旨規定する。
（３）法人税法２９条１項は、内国法人の棚卸資産につき、同法２２条３項の規定により各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入する金額を算定する場合におけるその算定の基礎となる当該事業年度終了の時において有する棚卸資産（以下「期末棚卸資産」という。）の価額は、政令で定める評価の方法のうちからその内国法人が当該期末棚卸資産について選定した評価の方法により評価した金額とする旨規定する。
（４）法人税法施行令２８条１項１号は、法人税法２９条１項の規定による期末棚卸資産の評価額の計算上選定することができる原価法による評価の方法は、法人税法施行令２８条１項１号イからヘまでに掲げる方法とする旨規定し、同号ホでは、最終仕入原価法（期末棚卸資産をその種類等の異なるごとに区別し、その種類等の同じものについて、当該事業年度終了の時から最も近い時において取得をしたものの１単位当たりの取得価額をその１単位当たりの取得価額とする方法をいう。）を掲げている。
法人税法施行令２８条１項１号ホにいう「種類等」とは、同号ロにおいて、「種類、品質及び型」を指すものとして定義されている（以下、同号ロの定める「種類、品質及び型」を「種類等」という。）。
（５）法人税法施行令３２条１項は、法人税法２８条１項（棚卸資産の評価の方法）又は２８条の２第１項（棚卸資産の特別な評価の方法）の規定による棚卸資産の評価額の計算の基礎となる棚卸資産の取得価額は、別段の定めがあるものを除き、法人税法施行令３２条１項各号に掲げる資産の区分に応じ当該各号に定める金額と規定し、同項１号は、購入した棚卸資産は、①当該資産の購入の代価（引取運賃、荷役費、運送保険料、購入手数料、関税その他当該資産の購入のために要した費用がある場合には、その費用の額を加算した金額）、②当該資産を消費し又は販売の用に供するために直接要した費用の額の合計額とする旨、同項２号は、自己の製造、採掘、採取、栽培、養殖その他これらに準ずる行為（以下「製造等」という。）に係る棚卸資産は、①当該資産の製造等のために要した原材料費、労務費及び経費の額、②当該資産を消費し又は販売の用に供するために直接要した費用の額の合計額とする旨規定する。
（６）法人税法施行令２９条１項は、同令２８条１項に規定する棚卸資産の評価方の方法は、内国法人の行う事業の種類ごとに、かつ、商品又は製品、半製品、仕掛品、主要原材料及び補助原材料その他の棚卸資産の区分ごとに選定しなければならない旨を規定する。
４ 争点
（１）前記第１の１、３、５及び６の訴えにつき、訴えの利益があるか（本案前の争点）
（２）本件原告種類等区別による期末棚卸資産の評価額の計算方法が違法であり、本件被告種類等区別による期末棚卸資産の評価額の計算方法が適法であるか（本案の争点）
５ 争点に関する当事者の主張
（１）争点１（前記第１の１、３、５及び６の訴えにつき、訴えの利益があるか）（原告の主張）
申告又は更正に係る課税標準の一部又は全部の取消しと新たな課税標準の認定に伴う課税標準の加算とが複合的に行われ、その結果として課税標準の中身が入れ替わる場合は、課税標準のうち新たに認定された課税要件事実に対応する部分に関する限りは納税者に不利益な処分であるから、その取消しを求める訴えの利益がある。
本件において、期末棚卸資産の評価額がそのまま次年度の期首棚卸資産の評価額となるため、課税標準の計算は全て連続しているといえる。そうすると、本件においては、原告の申告に係る課税標準の一部又は全部の取消しと新たな課税標準の認定に伴う課税標準の加算とが複合的に行われた結果、課税標準の中身が入れ替わったといえるから、課税標準のうち新たに認定された課税要件事実に対応する部分に関して、納税者に不利益な処分である。よって、前記第１の１、３、５及び６の訴えにつき、いずれも訴えの利益が認められる。（被告の主張）
ア 前記第１の１、５及び６の訴えについて
本件各減額更正処分は、納付すべき税額を減額するものであり、原告に対して税額の一部取消しという有利な効果をもたらす処分であるから、原告には、本件各減額更正処分の取消しを求める訴えの利益はない。
したがって、本件各減額更正処分の取消しを求める訴えはいずれも不適法であり、却下されるべきである。
イ 前記第１の３の訴えについて
更正処分取消しの訴えの訴訟物は、当該更正処分で決定された税額の全体に及ぶことになるが、その税額のうち、申告税額を超えない部分については、納税者が自ら納税義務を確定させているのであるから、その部分について訴訟で争う訴えの利益はない。
本件において、原告は、平成２３年１１月２９日付けで、平成２３年９月期の法人税について、所得金額２７０１万４７７０円、納付すべき税額（差引所得に対する法人税額）７１１万５７００円と記載した確定申告書を提出している。
したがって、平成２３年９月期の法人税に係る更正処分の取消しを求める訴えのうち、原告が自らの申告によって確定させた上記所得金額２７０１万４７７０円及び納付すべき税額７１１万５７００円を超えない部分の取消しを求める部分については、原告にはその取消しを求める訴えの利益がないから、その部分の訴えは不適法であり、却下されるべきである。
（２）争点２（本件原告種類等区別による期末棚卸資産の評価額の計算方法が違法であり、本件被告種類等区別による期末棚卸資産の評価額の計算方法が適法であるか）
（被告の主張）
ア 本件原告種類等区別が違法であること
（ア）最終仕入原価法を適用して期末棚卸資産を評価するに当たっては、可能な限り取得価額が恒常的に近似するものを一つの単位とすることが求められており、恒常的にその取得価額が異なる期末棚卸資産を同じ区分として評価することは、法人税法施行令２８条１項１号ホの規定する「種類等の異なるごとに区別」しないものであって違法である。
原告は、他社仕入分国内産原材料について採蜜源の花が異なるものの間に明らかな価格の開差が恒常的に認められるのに、本件各事業年度において、本件国内産原材料に係る原告の区別の中で最もあるいは２番目に安い百花蜜の最終仕入単価を、全ての本件国内産原材料に適用して計算した。
また、原告は、本件外国産原材料について採蜜国等が異なるものの間に明らかな価格の開差が恒常的に認められるのに、平成２１年９月期及び平成２２年９月期はミャンマー産はちみつの最終仕入単価を、平成２３年９月期から平成２５年９月期までは脱臭はちみつの最終仕入単価を、全ての本件外国産原材料に適用することで、最もあるいはこれに準じる程度に安いものの最終仕入単価を適用して計算した。
以上によれば、本件原告種類等区別は、可能な限り取得価額が恒常的に近似するものを一つの単位として区別したとはいえず、法人税法施行令２８条１項１号ホの規定する「種類等の異なるごとに区別」したものとはいえないから違法である。
（イ）本件種類等区別が合理的であるかは、同じ種類等として区別されたもの同士が代替性を有するか否かも考慮する必要がある。
本件国内産原材料に関して、原告は、本件製品等の製造にあたって、採蜜源の花さえ同一であれば、自社採蜜分国内産原材料であるか他社仕入分国内産原材料であるか、他社仕入分国内産原材料であれば仕入れ先がどこであるかを問うことなく、本件国内産原材料を混ぜ、販売可能数量を把握し、営業担当者に原価を指示している。このことからすれば、原告も、原告の取引先も、本件国内産原材料について、採蜜源の花が同一であれば、自社採蜜分国内産原材料であるか他社仕入分国内産原材料であるか、他社仕入分国内産原材料の仕入れ先がどこかといった事情を問わないといえる。一方で、原告において、単価蜜は、アカシア蜜、リンゴ蜜等それぞれの花に区別されなければその花のはちみつとしての価値を有しなくなるのであり、他の花のはちみつが混じると百花蜜となる。そうすると、本件国内産原材料は、採蜜源の花が同一であれば代替性があり、採蜜源の花が異なれば代替性はないといえる。よって、本件国内産原材料については、採蜜源の花別に区別することが合理的である。
本件外国産原材料については、採蜜国等が異なれば相当程度の価格差があることに加えて、原告は、本件製品等の容器又は包装に採蜜国を表示することを義務付けられているため、本件外国産原材料を採蜜国別に厳格に管理する必要がある。そうすると、本件外国産原材料は採蜜国等が同一であれば代替性があり、採蜜国等が異なれば代替性はないといえる。よって、本件外国産原材料については、採蜜国等別に区別することが合理的である。
本件原告種類等区別は、本件国内産原材料について、採蜜源の花別に、本件外国産原材料について、採蜜国等別に区別していないため、同じ種類等として区別されたもの同士に代替性がないものを同一の種類に含めている。したがって、本件原告種類等区別は不合理であって違法である。
（ウ）原告は、前回税務調査の際、調査担当者から、原材料であるはちみつの期末棚卸資産を本件国内産原材料と本件外国産原材料に区分して評価しても構わないとの口頭指導を受けたと主張するが、このような口頭指導はなされていない。また、仮に、原告が、前回調査の際、調査担当者から、原材料であるはちみつに係る期末棚卸資産を、本件国内産原材料と本件外国産原材料の二種類に区別して評価しても構わないとの口頭指導を受けていたとしても、このような口頭指導は、税務署長その他の責任ある者の正式な見解の表示ではないため、税務官庁の納税者に対する公的見解には該当しない。よって、信義則の法理によっても本件原告種類等区別が適法となるものではない。
イ 本件被告種類等区別が適法であること
（ア）本件種類等区別は、細分化すればするほど売上原価の額が収益に直接かつ個別的に対応したものになるところ、原告の保存している帳簿書類等から把握することができる事業年度末の在庫数量のうち、最も細分化された区別は、本件国内産原材料については採蜜源の花別であり、本件外国産原材料については採蜜国等別である。
本件被告種類等区別は、期末棚卸資産の評価額の計算が可能な区別のうち、最も細分化された区別であり、売上原価の額が収益に最も直接かつ個別的に対応したものであるといえるから、合理的な区別であり適法である。
（イ）本件種類等区別の合理性は、同じ種類等として区別されたもの同士が代替性を有するか否かも考慮すべきであるところ、本件国内産原材料は採蜜源の花が同一であるか否かにより、本件外国産原材料は採蜜国等が同一であるか否かにより、代替性の有無が判断される。
本件被告種類等区別は、本件国内産原材料については採蜜源の花別に、本件外国産原材料については採蜜国等別に、それぞれ区別するものであって、同じ種類等として区別されたもの同士の代替性に沿った種類等区別であるから合理的であり適法である。
（ウ）原告は、自社採蜜分国内産原材料について、採蜜源の花が異なっても製造原価は異ならないから、自社採蜜分国内産原材料は、採蜜源の花が異なっても同一の種類等とすべきである旨を主張する。しかしながら、採蜜源の花ごとに製造原価は異なるから、採蜜源の花別に区別して自社採蜜分国内産原材料の期末棚卸資産の評価をすることは違法ではない。
（エ）原告は、本件被告種類等区別によって期末棚卸資産を評価した場合、売上総利益率が大きく変動することになるから、本件被告種類等区別では期末棚卸資産を適正に評価することができないと主張する。しかしながら、売上総利益率が変動する要因は様々であり、売上総利益率が変動するからといって、期末棚卸資産を適正に評価できていないわけではない。
ウ 甘木税務署長がした自社採蜜分国内産原材料及び本件製品等に係る期末棚卸資産の評価額の計算に違法はないこと
（ア）自社採蜜分国内産原材料及び本件製品等の製造は、自己の製造、採掘、採取、栽培、養殖その他これらに準ずる行為に該当するから、自社採蜜分国内産原材料及び本件製品等の取得価額は、製造原価の額と販売等費用の額とを合計して算出すべきである。
（イ）しかしながら、原告は、製造原価の計算に必要な資料を作成又は保存しておらず、また、製造原価の計算に関する原告の理解が得られなかったため、本件税務調査の調査担当者は、製造原価の計算を断念せざるを得なかった。さらに、製造原価の計算に必要な資料は、原材料の使用状況や人件費の配賦計算などを行うためのものであり、いずれも極めて部内的なものであったため、反面調査などによって入手することができないものであった。
このような状況を踏まえれば、甘木税務署長が行った自社採蜜分原材料及び本件製品等に係る期末棚卸資産の評価額の計算は、次のとおり、いずれも相当なものである。
自社採蜜分国内産原材料について、本来であれば、採蜜源の花別に製造原価を計算して取得価額を計算すべきであるが、原告の保存している帳簿書類から、採蜜源の花別に製造原価を計算することは不可能であった。もっとも、何らかの合理的な計算方法で取得価額を算定しなければ、自社採蜜分国内産原材料の期末棚卸資産を評価することができず、結果として売上原価を計算することができないのであるから、甘木税務署長が、原告の自社採蜜分国内産原材料に係る期末棚卸資産の評価額の計算過程のうち明らかに誤っている部分を是正し、自社採蜜分国内産原材料について、採蜜源の花別に、他社仕入分国内産原材料の単価を基礎に期末棚卸資産を評価したことは違法ではない。
本件製品等について、本来であれば、製造原価を計算して取得価額を計算すべきであるが、原告の保存している帳簿書類から、本件製品等の製造原価の計算を行うことは不可能であった。もっとも、何らかの合理的な計算方法で取得価額を算定しなければ、本件製品等の期末棚卸資産を評価することができず、結果として売上原価を計算することができないのであるから、甘木税務署長が、原告の本件製品等に係る期末棚卸資産の評価額の計算過程のうち、明らかに誤っている部分を是正し、原材料について、本件国内産原材料については採蜜源の花別に、本件外国産原材料については採蜜国等別に区別した単価を用いて本件製品等の期末棚卸資産を評価したことに違法はない。
本件製品等に係る期末棚卸資産には、本件各更正処分等の対象となっていないものが混在しているが、これは、税務調査の過程で収集し得た証拠に係る部分についてのみ、本件各更正処分等を行ったからである。仮に、全ての本件製品等に係る期末棚卸資産の評価を行えなければ更正処分を一切行えないとすると、その評価に必要な資料を入手できないことにつき、原告の責めに帰すべき事由があっても、本件製品等に係る期末棚卸資産の評価に必要な証拠をすべて入手できた場合と一部でも入手できなかった場合とで更正処分がなされるか否かが分かれることになり、著しく不合理である。よって、本件各更正処分等がその全ての期末棚卸資産を対象とすることができなかったとしても、その更正した部分の内容が適正である限りにおいて、その処分に違法はない。
（原告の主張）
ア 本件原告種類等区別が適法であること
（ア）憲法が定める租税法律主義の趣旨によれば、政令その他の下位法令に委任されている技術的細目事項を除いて、租税の金額を確定するために判断が必要な事項があれば、その判断は、一定の範囲で納税者に委ねられている。本件種類等区別について、どの程度細分化すべきかについて、法令上、特段の規定がないから、納税義務者は、事業内容、商品の製造過程、棚卸資産の性質・種類、物的移動の実情、納税者の事業規模、従来の評価方法との継続性、将来における継続可能性等を考慮にいれて、その裁量により、その区別の方法を決めることができる。
したがって、原告が、その裁量により、原材料を本件国内産原材料と本件外国産原材料の二種類に区別して、期末棚卸資産を評価したことは適法である。
（イ）原告は、採蜜の現場において、自社採蜜のみを行っているわけではなく、並行してはちみつ、ミツバチ、餌、器具等の仕入れや販売等も行っているから、原告自身も、現場の帳簿書類から、原告の自社採蜜分国内産原材料の製造原価を算定することはできない。このような場合には、原告がその裁量により本件国内産原材料を一種類として算定する方が妥当である。
（ウ）原告は、前回調査の際、調査担当者から、原材料を本件国内産原材料と本件外国産原材料の二種類に区別して期末棚卸資産を評価しても構わないとの口頭指導を受けたと認識したことから、平成２１年９月期以降、本件国内産原材料と本件外国産原材料の二種類に区別して、原材料の期末棚卸資産を評価したものであり、本件原告種類等区別は適法である。
イ 本件被告種類等区別が不合理であり違法であること
（ア）原告は、本件国内産原材料を、採蜜源の花別、採蜜場所、採蜜時期、仕入れ業者ごとに区別して保管し、本件外国産原材料を、採蜜国、採蜜地域、採蜜源の花、完熟か否か、濃縮か否かごとに区別して保管している。そして、本件税務調査における調査担当者が、実地棚卸しを行えば、それぞれの数量を把握することが可能であったから、本件被告種類等区別は、期末棚卸資産の評価額の計算が可能な区分方法のうち、最も細分化した区別であるとはいえない。
したがって、本件被告種類等区別は不合理であって違法である。
（イ）本件国内産原材料及び本件外国産原材料の代替性に関する被告の主張は否認又は争う。
原告は、本件国内産原材料を、自社採蜜分国内産原材料と他社仕入分国内産原材料とに区別して管理している。また、採蜜、はちみつ製品の製造、販売など様々な工程がある中で、その一部分である製造過程のみを取り出して代替性の有無を検討することに意味はない。さらに、原告は、百花蜜として販売する製品を製造する際にも国内産単花蜜をブレンドしているから、国産原材料については、採蜜源の花が同一であるか否かによって代替性の有無が決まるわけではない。
原告は、本件外国産原材料を、在庫数量、各地の天候、価格、市場の動向等を考慮して仕入れている。また、外国産原材料については、各国別のはちみつだけが市場で売買されているわけではなく、複数国で採蜜されたはちみつがブレンドされたはちみつも売買されているところ、原告は、このような複数国で採蜜されたはちみつがブレンドされた原材料を仕入れることもある。したがって、本件外国産原材料の代替性は採蜜国等が同一であるかによって決まるわけではない。
（ウ）営業状態が大きく変わらない場合には、売上総利益率は、大きく変動することはない。ところが、本件被告種類等区別によった場合には、本件各事業年度において、原告に売上総利益率を大きく変動させる事情がないにもかかわらず、売上総利益率が大きく変動することになる。
よって、本件被告種類等区別は期末棚卸資産を適正に評価することができないから違法である。
ウ 甘木税務署長がした自社採蜜分国内産原材料及び本件製品等に係る期末棚卸資産の評価額の計算方法が違法であること
（ア）自社採蜜分国内産原材料は、採蜜源の花が異なっても製造原価は異ならないから、採蜜源の花別に取得価額が異なるものとして、期末棚卸資産の評価額を計算することは違法である。また、自社採蜜分国内産原材料と他社仕入分国内産原材料を比較した場合には、他社仕入分国内産原材料の単価の方が高い。そのため、自社採蜜分国内産原材料を他社仕入分国内産原材料の単価を基礎として評価した場合には、本来の単価よりも高く評価されることになり、費用収益対応の原則に反することになる。したがって、自社採蜜分国内産原材料を他社仕入分国内産原材料の単価を基礎として評価することは違法である。
自社採蜜分国内産原材料は百花蜜とそれ以外の蜜との間で製造原価に違いがないこと、種類等を具体的にどの程度細分化すべきかについて、法令上特段の規定がないこと、期末棚卸資産の評価方法の決定には原告に裁量があること、他社仕入分国内産原材料の百花蜜の仕入単価は自社採蜜分国内産原材料の製造原価に最も近い単価であることからすると、自社採蜜分国内産原材料について、全て百花蜜の単価を用いて評価する方法は妥当である。したがって、甘木税務署長が、自社採蜜分国内産原材料について、採蜜源の花別に他社仕入分国内産原材料の単価を適用し、期末棚卸資産を評価したことは違法である。
（イ）本来、自社採蜜分国内産原材料及び本件製品等について製造原価を計算できる場合には、その製造原価から導かれた単価を用いて期末棚卸資産の評価額を計算すべきであり、それができない場合にはその理由を示す必要がある。
しかしながら、本件各更正処分等においては、自社採蜜分国内産原材料及び本件製品等の製造原価が計算されていないが、被告は、製造原価を計算できない理由を示すことができていない。よって甘木税務署長のした自社採蜜分国内産原材料及び本件製品等の評価は違法である。
（ウ）原告が事業年度終了時において有する期末棚卸資産は、その評価額が当該事業年度の損金算定の基礎になることから、原告は事業年度終了時に有する期末棚卸資産の全てを評価することが必要となる。したがって、本件各更正処分等が適法といえるためには、本件各更正処分等の評価方法によって原告の有する期末棚卸資産の全てを評価できることが必要となる。にもかかわらず、本件各更正処分等は、他社からの仕入れがなく自社採蜜のみである原材料、製品等については対象としていない。したがって、本件各更正処分等は、原告の有する棚卸資産の全てを評価するものではなく違法である。
また、本件各更正処分等のうち、平成２１年９月期の期首棚卸金額は、平成２０年９月期の期末棚卸資産の評価額と同額であるところ、平成２０年９月期において、外国産原材料の種類等区別は、国別、かつ採蜜源の花別で算定されている。そうすると、本件各更正処分等は一連のものであるにもかかわらず、その一部に異なる種類等の区別が存在することになるから、本件各更正処分等は矛盾するものであって違法である。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１（前記第１の１、３、５及び６の訴えにつき、訴えの利益があるか）
（１）前記第１の１、５及び６の訴えについて
ア 減額更正処分は、それにより減少した税額に係る部分についてのみ法的効果を及ぼすものであり（国税通則法２９条２項）、納税者に対して税額の一部取消しという有利な効果をもたらす処分であるから、納税者に減額更正処分の取消しを求める訴えの利益はないと解するのが相当である（最高裁判所昭和●●年（○○）第●●号同５６年４月２４日第二小法廷判決・民集３５巻３号６７２頁参照）。
これを本件についてみるに、前記第１の１、５及び６の各訴えは、原告が本件各減額更正処分の取消しを求めるものであるところ、本件各減額更正処分は、原告の確定申告に係る納付すべき法人税額又は復興特別法人税額を減額する減額更正処分であるから、いずれも、原告に有利な効果をもたらす処分である。
よって、原告は、本件各減額更正処分の取消しを求める訴えの利益を有しない。
イ これに対し、原告は、本件は、課税標準の一部の取消しと共に、新たな課税要件事実の認定に伴う課税標準の加算がされ、結果として減額する旨の更正がされたものであり、課税標準の加算がされた部分は、納税者に不利益な処分であるから、訴えの利益は認められる旨主張する。
しかしながら、課税処分の取消訴訟における審判の対象は、当該課税処分によって示された税額総額の適否であるから（最高裁判所平成●●年（○○）第●●号同４年２月１８日第三小法廷判決・民集４６巻２号７７頁参照）、その処分の取消しを求める訴えの利益があるか否かについては、当該課税処分による総額としての税額を取り消すことにつき納税者に利益があるか否かで決すべきであり、当該処分の税額の算出過程が判断の対象となるのではない。
したがって、原告の主張は採用できない。
（２）前記第１の３の訴えについて
申告納税制度を採用する法人税の納税義務者が自らの申告に係る税額が過大であるとしてこれを是正するためには、法定の期間内に法定の手続である更正の請求（国税通則法２３条）をすることが必要とされており、本来、納税義務者による自らの申告に係る税額の是正は専ら更正の請求によって図られるべきであるから、更正の請求という税法の定めた特別の手続を経ることなしに申告に係る税額を超えない部分についてまで更正処分の取消しを求めることは、申告内容の錯誤が客観的に明白かつ重大であって税法の定めた方法以外にその是正を許さないならば納税義務者の利益を著しく害すると認められるというような特段の事情がない限り、許されないものというべきである（最高裁判所昭和●●年（○○）第●●号同３９年１０月２２日第一小法廷判決・民集１８巻８号１７６２頁参照）。
これを本件についてみるに、原告は、平成２３年１１月２９日付けで、平成２３年９月期の法人税について、所得金額２７０１万４７７０円、納付すべき税額（差引所得に対する法人税額）７１１万５７００円（法人税額７１４万４２００円から控除所得税額２万８４８１円を控除した金額７１１万５７１９円につき、国税通則法１１９条１項に基づき、１００円未満の端数を切り捨てた後の金額）と記載した確定申告書を提出しているところ、原告は、これに関する更正の請求をしていないと認められる（甲１１の１、弁論の全趣旨）。
そうすると、前記第１の３の訴えのうち、所得金額２７０１万４７７０円、納付すべき税額７１１万５７００円を超えない部分の取消しを求める部分については、確定申告額を下回るものであるところ、上記のとおり、原告はこれに関する更正の請求をしておらず、また、この点につき、上記特段の事情が認められないから、前記第１の３の訴えのうち、上記部分の取消しを求める部分は不適法である。
２ 争点２（本件原告種類等区別による期末棚卸資産の評価額の計算方法が違法であり、本件被告種類等区別による期末棚卸資産の評価額の計算方法が適法であるか）
（１）認定事実
前記前提事実に加えて、証拠（各項末尾に記載のもの。ただし、各項の認定に反する部分は除く。書証は、特記しない限り、枝番を省略する。）及び弁論の全趣旨によれば、次の事実が認められる。
ア 原告は、調達した自社採蜜分国内産原材料を、一斗缶（はちみつを入れた場合の重量は約２４ｋｇ）に入れて、本社に運搬し、各一斗缶ごとに、採蜜源の花、採蜜時期、採蜜場所を記載して本社倉庫内で保管している。
（甲４２、４３、４６の１ないし３、甲５７、８１、８２、原告代表者本人）
イ 原告は、自社採蜜分国内産原材料を調達するほか、他社から一斗缶に入れられた他社仕入分国内産原材料を仕入れている。他社仕入分国内産原材料は、採蜜源の花別に価格が異なっており、平成２２年９月期においては一缶当たり１万円から５万円まで、平成２３年９月期においては一缶当たり９５２３円から５万２３８０円まで、平成２４年９月期においては一缶当たり５７１４円から５万２３８０円まで、採蜜源の花別に価格に開きがある。
原告は、仕入れた他社仕入分国内産原材料を、一斗缶ごとに採蜜源の花、採蜜時期、採蜜場所、仕入先を記載し、本社倉庫内の自社採蜜分国内産原材料と同じ場所において保管している。
（甲２ないし４、４３、４６の１ないし３、甲５７、８１、８２、原告代表者本人）
ウ 原告は、本件国内産原材料のほか、商社を経由して本件外国産原材料を輸入している。本件外国産原材料は、採蜜国等別に価格が異なっており、平成２２年９月期においては１ｋｇ当たり１４８円から６７１円まで、平成２３年９月期においては１ｋｇ当たり１３０円から７１４円まで、平成２４年９月期においては１ｋｇ当たり１１０円から７１０円まで、採蜜国等の種類別に価格に開きがある。また、本件外国産原材料は、同じ国で採蜜されたはちみつであっても、採蜜源の花の種類ごとに単価が異なる。
本件外国産原材料は、一斗缶ではなくドラム缶に入れられた状態で納入されており、原告は、納入された本件外国産原材料を、採蜜国、採蜜地域、採蜜源の花、完熟か否か、濃縮か否かを区別できるようにして、本社倉庫内及び倉庫外の本社敷地内に保管している。（甲２ないし４、４５の２、甲４６の１ないし３、甲８１、８２、原告代表者本人）
エ 原告は、平成２１年９月期から平成２５年９期までの間、本件国内産原材料を、①百花、②レンゲ、③アカシア、④リンゴ、⑤ミカン、⑥マロニエ、⑦シナ、⑧ソバ、⑨野バラ、⑩栗の１０種類の花に区別して在庫数量を管理していた。
また、原告は、平成２３年９月期以降、自社採蜜分国内産原材料、他社仕入分国内産原材料、採蜜場所及び採蜜時期ごとに在庫数量を確認できる書類を作成しているが、平成２２年９月期以前には、このような書類は存在しない。
（甲５２ないし５４、８２、乙１３の１ないし４、乙１６）
オ 原告は、本件外国産原材料について、平成２１年９月期には、①中国、②ニュージーランド、③カナダ、④ミャンマー、⑤メキシコ、⑥アルゼンチン、⑦スペイン、⑧ブラジル、⑨オーストラリアの９種類の国に、平成２２年９月期及び平成２３年９月期には、上記９種類にブルガリアと脱臭を加えた１１種類の国等に、平成２４年９月期及び平成２５年９月期にはこれに更にハンガリーを加えた１２種類の国等に区分して、在庫数量を管理していた。
原告は、本件外国産原材料を、採蜜国、採蜜地域、採蜜源の花、完熟か否か、濃縮か否かに区別してそれぞれの在庫数量を確認できる「原材料蜂蜜在庫表」を作成してＵＳＢメモリに保存していたが、平成２５年５月頃、当該ＵＳＢメモリ内のデータを消失した。そのため、本件税務調査の際には、上記「原材料蜂蜜在庫表」は、平成２５年３月から５月までの分を除いて存在しなかった。
また、原告は、平成２０年９月期には、本件外国産原材料を採蜜国等別、かつ、採蜜源の花別に在庫数量を管理する書類を作成し、採蜜国等別、かつ採蜜源の花別に区別して期末棚卸資産を評価していたが、平成２１年９月期以降は、このような管理は行っていない。（甲１７ないし１９、８１、乙１４の１ないし４）
カ はちみつの原材料は、一斗缶・ドラム缶ごとに、色、味及び臭いが異なる。原告は、一つの一斗缶・ドラム缶の原材料を用いて、目指している色、味、臭いの製品ができるようであれば、一つの原材料のみを使用してはちみつ製品を製造するが、一つの一斗缶・ドラム缶の原材料のみでは目指している色、味、臭いにならないようであれば、製品の品質を均一にするため、複数の原材料をブレンドして製造する。
原告は、本件国内産原材料をブレンドするに当たって、自社採蜜分国内産原材料であるか、他社仕入分国内産原材料であるかを区別しておらず、また、自社採蜜分国内産原材料と他社仕入分国内産原材料をどのような比率でブレンドしたかを記録していない。（甲４５、８１、乙１６、乙１８の８・１１・１２、原告代表者本人）
キ 原告は、自社採蜜の現場（以下「採蜜現場」という。）において、自社採蜜分国内産原材料を調達するだけではなく、はちみつ、ミツバチ、餌、器具等の仕入れや販売等も行っている。
原告は、自社採蜜の際、「現場」と題する帳簿（以下「現場帳簿」という。）を作成しており、現場帳簿には、駐車場代など自社採蜜を行うにあたって、採蜜現場において支出した経費の額等が記載されるが、採蜜現場の作業状況は記載されず、また、原告は、作業日報等を作成していないため、本件税務調査の時点において、採蜜現場における作業内容を確認する書類は存在しなかった。
また、原告は、採蜜現場における決算報告書を作成しており、当該決算報告書には、採蜜現場における労務費の額等を記載した製造原価報告書が添付されているが、製造原価報告書の記載において、自社採蜜分国内産原材料の調達とそれ以外の作業を明確に区別することは困難である。
（甲４４、４７の１ないし７、甲８１、８７、乙１８の１３、原告代表者本人）
ク 原告は、国産はちみつの製品として、「レンゲ」「アカシア」というように花別の名称を冠した製品を販売しており、これら国産はちみつの製品は、それぞれに風味や価格が異なる。また、原告は、輸入はちみつの製品として、「ニュージーランド産クローバー」、「ブルガリア産アカシア」のように、採蜜国と採蜜源の花を組み合わせた名称を冠したはちみつ製品を販売している。
（甲４３、８１、原告代表者本人）
ケ 加工食品品質表示基準（平成１２年３月３１日農林水産省告示第５１３号、以下「品質表示基準」という。）は、加工食品（品質表示基準２条及び同別表１の１７により、はちみつを含む。）の品質に関し、製造業者、加工包装業者、輸入業者又は販売業者に対し、輸入品について、その容器又は包装に原産国名を表示することを義務付けている（品質表示基準３条１項及び６項）。
また、はちみつ類を製造して販売する事業者等が構成する社団法人Ｃ協議会（以下「Ｃ協議会」という。）は、不当景品類及び不当表示防止法３１条１項に基づき、「はちみつ類の表示に関する公正競争規約」（以下「公正競争規約」という。）を定めて、はちみつ製品の容器又は包装に、採蜜国を表示することを義務付けており（公正競争規約３条（２））、公正競争規約施行規則は、採蜜国の表示方法として、採蜜国が複数にわたる場合は原材料に占める重量の割合の多いものから順に表示する旨規定している（公正競争規約施行規則２条（２）ウ（イ））。事業者が、はちみつ製品の容器又は包装に採蜜国を表示しなかった場合には、Ｃ協議会が警告を発することができ、事業者が警告に従わなかった場合には、５０万円以下の違約金が課されるなどの措置が講じられる（公正競争規約１０条１項及び２項）。
原告は、品質表示基準及び公正競争規約に従い、本件製品の容器又包装に採蜜国を表示して販売している。
（乙２８、２９）
コ 平成２２年９月期から平成２４年９月期までの本件国内産原材料及び本件外国産原材料の期末棚卸資産の評価額の計算に当たり、原告が確定申告において適用した単価は、それぞれ別表４及び別表５の「確定申告」の「単価」欄のとおりであり、当該単価を適用して計算した期末棚卸資産の評価額は、それぞれ別表４及び別表５の「確定申告」の「期末棚卸高」欄のとおりである。
原告は、本件種類等区別について、本件国内産原材料と本件外国産原材料の二種類に区別して、本件国内産原材料については、本件各事業年度において最後に仕入れた百花蜜の単価を適用し、本件外国産原材料について、平成２２年９月期にはスペイン産はちみつの単価を（被告はミャンマー産はちみつの単価と主張するが、証拠によればスペイン産はちみつの単価であると認められる。）、平成２３年９月期及び平成２４年９月期には、最後に仕入れた脱臭はちみつの単価を適用して期末棚卸資産を評価した。
（甲２ないし４、８１、原告代表者本人）
サ 平成２２年９月期から平成２４年９月期までの製品及び半製品の期末棚卸資産の評価額の確定申告額は、別表６の「①製品」及び「②半製品」の「確定申告」欄のとおりであり、平成２２年９月期から平成２４年９月期までの製品及び半製品の期末棚卸資産の評価額の計算に当たり、原告が確定申告において適用した単価は、別表７の「単価」の「確定申告」欄のとおりである。
原告は、本件製品及び半製品を、品名・容器・容器の容量が異なるごとに、異なる種類として区別した上で、事業年度終了時点における種類ごとの在庫数量を把握し、それらの在庫数量に、原告において作成した棚卸原価表（以下「原告棚卸原価表」という。）の単価を適用して、本件製品及び半製品の棚卸資産を評価した。
原告棚卸原価表の各単価は、①原材料となったはちみつの国内産、外国産の別、②完成品、半製品の別、③容器の容量別、④容器の種類別に区分した上で算定されているが、原材料であるはちみつに係る部分は、本件国内産原材料については最後に仕入れた他社仕入分国内産原材料の百花蜜の単価を、本件外国産原材料については、平成２２年９月期においてはスペイン産はちみつの単価を、平成２３年９月期及び平成２４年９月期においては最後に仕入れた脱臭はちみつの単価を基礎とするものである。
（甲２ないし４、乙１２の１ないし４、乙１８の４）
シ 平成２６年１月から、原告に対し、本件税務調査が行われ、その際、調査担当者は、原告に対し、自社採蜜分国内産原材料に係る製造原価を計算するよう依頼したが、原告は、同年３月２４日、自社採蜜分国内産原材料について製造原価を計算することはできない旨を回答し、製造原価を計算しなかった。
そこで、本件税務調査の調査担当者は、原告が保管する帳簿書類等をもとに、自社採蜜分国内産原材料の製造原価を自ら試算し、原告にその内容の確認を依頼したが、原告は、平成２６年４月２日、自社採蜜分国内産原材料については製造原価の計算を行う必要がないと回答して、これを拒んだ。そのため、甘木税務署長は、自社採蜜分国内産原材料の製造原価を計算できないことを前提として、平成２６年７月８日付けで、本件各更正処分等を行った。
（甲１ないし６、２１、２２、乙１５、１６、１８の１ないし１４）
ス 平成２２年９月期から平成２４年９月期までの本件国内産原材料及び本件外国産原材料の期末棚卸資産に係る本件被告種類等区別は、別表４及び別表５の「本件種類等区別」の「原処分庁」欄のとおりである。
甘木税務署長は、本件調査において収集した各年度の「国産はちみつ月別使用」と題する書面（平成２１年９月期ないし平成２４年９月期の本件国内産原材料である百花はちみつ、レンゲはちみつ、アカシアはちみつ、リンゴはちみつ、ミカンはちみつ、マロニエはちみつ、シナはちみつ、ソバはちみつ、野バラはちみつ及び栗はちみつのそれぞれの入荷、使用及び在庫の数量が記載された書類）の記載内容に基づき、本件国内産原材料を採蜜源の花別に区分した。
また、甘木税務署長が本件税務調査において収集した書類等の中に、本件各事業年度において本件外国産原材料について、採蜜源の花別に、それぞれの期末棚卸資産の数量、単価及び最終取得時（当該事業年度終了の時から最も近い時に取得した時の年月日、以下同じ）を確認できる書類がなかったことから、本件税務調査において収集した資料（平成２１年９月期から平成２４年９月期までの本件外国産原材料である中国産はちみつ、ニュージーランド産はちみつ、カナダ産はちみつ、ミャンマー産はちみつ、メキシコ産はちみつ、アルゼンチン産はちみつ、スペイン産はちみつ、ブラジル産はちみつ、オーストラリア産はちみつ、ブルガリア産はちみつ、ハンガリー産はちみつ及び脱臭はちみつそれぞれの入荷、使用及び在庫の数量が記載された書類）の記載内容に基づき、本件外国産原材料を採蜜国等別に区分した。
（甲１ないし５、乙１３の１ないし４、乙１４の１ないし４）
セ 期末棚卸資産の評価額の計算に当たり、甘木税務署長が本件各増額更正処分において適用した本件被告種類等区別による単価は、別表４及び別表５の「更正処分」の「単価」欄のとおりである。被告が本件国内産原材料に適用した単価は、いずれも他社仕入分国内産原材料の最終取得時の単価である。
本件被告種類等区別における最終取得時の年月日は、別表４及び別表５の「最終取得時」欄のとおりである。
（甲２ないし４）
ソ 平成２２年９月期から平成２４年９月期までの製品及び半製品の期末棚卸資産の評価額の更正処分額は、別表６の「①製品」及び「②半製品」の「更正処分」欄のとおりであり、平成２２年９月期から平成２４年９月期までの製品及び半製品の期末棚卸資産の評価額の計算に当たり、甘木税務署長が本件各増額更正処分において適用した単価は、別表７の「単価」の「更正処分」欄のとおりである。
なお、別表７に掲げる単価は、本件国内産原材料及び本件外国産原材料の期末棚卸資産の評価額の計算に当たり適用した別表４及び別表５に掲げる単価（別表４に掲げる単価は１缶２４ｋｇ当たりの単価であるため、これを２４で除し、１ｋｇ当たりに換算した単価）と同額であり、当該別表７に掲げる単価には、製品及び半製品の製造のために要した労務費（人件費）等に係る期末棚卸資産の評価額に相当する額は含まれていない。（甲２ないし４）
（２）法人税法施行令２８条１項１号ホに定める「期末棚卸資産をその種類等の異なるごとに区別」することについて
ア 前記認定事実によれば、本件種類等区別に関し、原告は、本件国内産原材料と本件外国産原材料の二種類に区別して期末棚卸資産を評価したが、これに対して、被告は、本件国内産原材料については採蜜源の花別に、本件外国産原材料については採蜜国等別に区別して、期末棚卸資産を評価すべきであるとして、本件各更正処分等を行った。
イ 前記第２の３（４）のとおり、法人税法施行令２８条１項１号ホに定める最終仕入原価法は「期末棚卸資産をその種類等の異なるごとに区別」することを求めており、ここにいう種類等は、同号ロの「種類、品質及び型」を指すものと規定されているところ、これをどの程度細分化すべきかに関する法律上の定めはない。
この点につき、法人税法２２条３項１号は、期間損益を正確に把握するため、収益とそれを生み出すために要した費用とは、同一の会計年度に計上されなければならないとの原則（費用収益対応の原則）を明示したものと解されるから、同号に規定する「当該事業年度の収益に係る売上原価の額」は、販売した個々の棚卸資産の売上原価を直接確認することにより算定するのが、同原則に従った正確な所得計算となる。
しかしながら、多種・大量の棚卸資産の購入と販売を継続的に行う企業において、販売した個々の棚卸資産の売上原価を直接確認することは困難であるから、法人税法２９条１項は、これに代わるものとして期末に在庫する棚卸資産（期末棚卸資産）の数量や取得価額を確認・把握し、評価することによって間接的に期中の売上原価を把握する方法をとることを規定している。この方法による売上原価の額は、期首棚卸資産の価額（前記の期末棚卸資産の評価額と同額）と期中仕入高・製造原価の合計額から期末棚卸資産の評価額を控除した金額として示される。
このような計算により間接的に期中の売上原価を算定する方法が採用される前提として、期末棚卸資産の評価額の計算は、当該期末棚卸資産の取得価額を適正に把握するため、当該期末棚卸資産につき、その全部について個々の取得価額をその取得価額として評価額を計算するか、それが困難であるとしても、可能な限りにおいて、取得価額が恒常的に近似するものを一つの単位として評価額を計算する必要がある。そうすると、法人税法２９条１項の委任規定である法人税法施行令２８条１項１号ホの「期末棚卸資産をその種類等の異なるごとに区別」することについては、上記と整合的に解すべきであり、複数の期末棚卸資産について、その取得価額が恒常的に異なることが明らかなものについて、それらを同じものとして、そのいずれかの取得価額で評価額を計算すれば売上原価は収益に対応しないことは明らかであるから、取得価額が恒常的に異なることが明らかなものを種類等が同じものとして扱うことは、法人税法２２条３項に反し原則として許されないものといえる。
また、複数の期末棚卸資産について、その種類等が異なるごとに細分化して区別すればするほど売上原価の額が収益に直接かつ個別的に対応したものとなり、上記費用収益対応の原則にも合致することになることからすると、社会通念上、種類等が異なるものや、納税義務者が、異なる種類等として扱っているものについては、できる限り種類等が異なるものとして区別し、合理的な範囲において細分化した区別がなされるのが相当である。
もっとも、当該区別を行った上で最終的には期末棚卸資産を評価することが必要となるものであるから、当該区別を行った場合に、ある種類等について棚卸資産を評価することができないことになる程度にまで細分化することは求められていないというべきである。
以上によれば、法人税法施行令２８条１項１号ホに定める「期末棚卸資産をその種類等の異なるごとに区別」することについては、取得価額が恒常的に異なることが明らかなものを同じものとして扱うことは原則として許されないが、種類等が異なるごとに、どの程度細分化して区別すべきであるかは、取得価額が恒常的に異なるかといった点に加えて、当該棚卸資産の品質や型の違い、納税義務者における当該棚卸資産の取扱い、当該棚卸資産同士に代替性があるかどうか、当該種類等を異なるものとして区別をした場合に種類ごとに期末棚卸資産を評価することが可能かどうか等の諸事情を考慮して判断されるべきである。
ウ これを本件国内産原材料について検討すると、認定事実によれば、以下の事実関係等を指摘できる。すなわち、本件国内産原材料のうち、他社仕入分国内産原材料の最終取得時の単価は、採蜜源の花が異なるものの間に、平成２２年９月期については一缶当たり１万円から５万円まで、平成２３年９月期については一缶当たり９５２３円から５万２３８０円まで、平成２４年９月期については一缶当たり５７１４円から５万２３８０円までの開差があり、採蜜源の花別に、その単価が恒常的に異なることが明らかである。
一方、自社採蜜分国内産原材料は、製造等に係る棚卸資産であり、前記第２の３（５）のとおり、その取得価額は、①当該資産の製造等のために要した原材料費、労務費及び経費の額（以下「製造原価」ということがある。）と②当該資産を消費し又は販売の用に供するために直接要した費用の額の合計額となる。
しかしながら、前記認定事実によれば、原告の従業員は、採蜜現場において、自社採蜜分国内産原材料を調達しているだけではなく、はちみつ、ミツバチ、餌、器具等の仕入れや販売等も行っているところ、原告は、経費の額等を記載した現場帳簿を作成しているが、自社採蜜の際の作業内容に関して作業日報等の資料を作成しておらず、また、採蜜現場の決算報告書（甲４７の１ないし７）を作成し、当該決算報告書に製造原価報告書を作成して添付しているが、製造原価報告書の記載において、自社採蜜分国内産原材料の調達とそれ以外の作業を明確に区別することは困難であり、上記製造原価報告書の製造原価から、自社採蜜分国内産原材料に限った製造原価を算定することもできない。さらに、本件税務調査の際に、調査担当者が、自社採蜜分国内産原材料の製造原価を計算しようと試みたが、原告から内容の確認が得られなかったため、結局、その製造原価を計算することができなかった。そのため、本件税務調査の時点において、原告の保管・管理していた資料から、自社採蜜分国内産原材料の取得価額を算定することは極めて困難であったと認められる。そして、原告も、自社採蜜分国内産原材料の製造原価は計算できないとしており、本件各事業年度の確定申告において、他社仕入分国内産原材料の百花蜜の最終取得時の単価を用いて本件国内産原材料を評価している。
そうすると、結局、本件全証拠を精査しても、本件各事業年度の自社採蜜分国内産原材料の製造原価は判然としないといわざるを得ないから、自社採蜜分国内産原材料と他社採蜜分国内産原材料を区別した場合には、自社採蜜分国内産原材料の取得価額を算定できないこととなる。
もっとも、前記認定事実によれば、本件国内産原材料を使用したはちみつ製品は、採蜜源の花の種類別に区別され、花の名前を冠した商品として販売されており、それぞれに風味や価格が異なっている。そして、本件製品等の製造工程においては、原告は、一つの原材料を用いて製品を製造できれば、一つの原材料のみを使用し、それができない場合には、複数の原材料をブレンドするが、ブレンドするにあたっては、自社採蜜分国内産原材料か他社採蜜分国内産原材料かを区別せず、同じ採蜜源の花の原材料をブレンドするのであり、本件製品の製造工程は、原材料の採蜜源の花が異なるという点を除き、製品ごとに違いがあるわけではない（百花蜜については、複数の花の蜜が混じった種類であることから、複数の花の原材料を混ぜることはあり得るが、百花蜜以外の蜜、例えば、国内産のアカシアはちみつを製造するにあたっては、自社採蜜分国内産原材料か他社仕入分国内産原材料かを区別することなく、アカシアの原材料を混ぜている。）。
そうすると、本件国内産原材料を用いたはちみつ製品が採蜜源の花の種類に応じて風味や価格が異なることからすれば、他社仕入分国内産原材料のみならず、自社採蜜分国内産原材料も含めた本件国内産原材料は、採蜜源の花の種類ごとに、その品質や取得価額が異なっていると推認できる。
また、前記認定事実のとおり、原告は、自社採蜜分国内産原材料と他社仕入分国内産原材料を原告本社倉庫内の同じ場所に保管した上で、本件各事業年度において、自社採蜜分国内産原材料と他社仕入分国内産原材料を区別することなく、採蜜源の花別に在庫数量を管理している。そして、上記のとおり、本件製品等の製造工程において、他社仕入分国内産原材料か自社採蜜分国内産原材料かは区別されていない。
そうすると、原告において、本件国内産原材料は、自社採蜜分国内産原材料と他社仕入原材料とを区別せず、採蜜源の花の種類ごとに区別して取り扱っているものといえる。
以上のとおり、本件国内産原材料は、他社仕入分国内産原材料か自社採蜜分国内産原材料かにかかわらず、採蜜源の花ごとに品質や取得価額が異なるものと推認できること、原告も、本件国内産原材料について、自社採蜜分国内産原材料と他社仕入原材料とを区別せず、採蜜源の花の種類ごとに区別して取り扱っていると認められることに加えて、自社採蜜分国内産原材料と他社仕入分国内産原材料とを区別するなどして、採蜜源の花ごとに区別することに加えて更に細分化した区別をすれば、本件国内産原材料の期末棚卸資産を評価することはできないことに鑑みれば、本件事実関係の下においては、法人税法施行令２８条１項１号ホに定める「期末棚卸資産をその種類等の異なるごとに区別」することについて、本件国内産原材料は、採蜜源の花別に区別するのが最も合理的な区別であるということができる。
エ 次に、本件外国産原材料について検討すると、本件外国産原材料の単価は、採蜜国等が異なるものの間に、平成２２年９月期においては１ｋｇ当たり１４８円から６７１円まで、平成２３年９月期においては１ｋｇ当たり１３０円から７１４円まで、平成２４年９月期においては１ｋｇ当たり１１０円から７１０円までの開差があり、採蜜国等別に、その単価が恒常的に異なることが明らかである。
また、原告は、本件外国産原材料についても、採蜜国等ごとに在庫数量を管理しているのであるから、本件外国産原材料を採蜜国等が異なれば種類が異なるものとして扱っているものといえる。
さらに、品質表示基準及び公正競争規約により、はちみつ製品の容器又は包装には、採蜜国を表示することが義務付けられ（品質表示基準３条１項及び６項、公正競争規約３条（２））、採蜜国の表示方法として採蜜国が複数にわたる場合は原材料に占める重量の割合の多いものから順に表示するものとされており（同施行規則２条（２）ウ（イ））、これに反した場合には違約金等の措置が講じられるのであるから（公正競争規約１０条１項及び２項）、特定の採蜜国の原材料を別の採蜜国の原材料で代替することはできない。
これに加えて、前記認定事実によれば、同じ採蜜国で採蜜されたはちみつであっても、採蜜源の花の種類ごとに単価が異なることや、原告が、平成２０年９月期においては、本件外国産原材料を採蜜国等別、かつ、採蜜源の花別に在庫数量を管理して、採蜜国等別、かつ採蜜源の花別に区別して期末棚卸資産を評価していたこと、採蜜国と採蜜源の花を組み合わせた名称を冠したはちみつ製品を販売していることなどに照らせば、本来であれば、本件外国産原材料については、採蜜国等別、かつ採蜜源の花別に区別することが望ましいといえる。しかしながら、原告は、平成２５年５月頃、本件外国産原材料を、採蜜地域別、採蜜源の花別、完熟か否か、濃縮か否かを区別して在庫数量を確認したデータを消失させたため、本件税務調査の時点においては、上記区別により在庫数量を確認したデータは、平成２５年３月から同年５月までの分を除いて存在しなかった。そうすると、本件外国産原材料を、採蜜源の花別に区別するなどして、採蜜国等別に区別するよりも更に細分化して区別すれば、それぞれの在庫数量が分からないために、本件各事業年度における本件外国産原材料の期末棚卸資産を評価することができないことになる。
以上のとおり、本件外国産原材料は、採蜜国等別にその取得価額が恒常的に異なることが明らかであること、原告も、本件外国産原材料を、採蜜国等ごとに異なる種類として取り扱っていると認められること、本件製品等には、原材料の採蜜国を表示しなければならず、特定の採蜜国の原材料を別の採蜜国の原材料で代替することはできないから採蜜国が異なれば代替性がないことに加えて、採蜜国等別よりも更に細分化した区別をしようとすれば、当該区別ごとの在庫数量が分からないために、期末棚卸資産を評価できないことに鑑みれば、本件事実関係の下においては、本件外国産原材料は、採蜜国等別に区別するのが最も合理的な区別であるということができる。
オ 以上によれば、本件各事業年度において、本件国内産原材料については採蜜国等の花別に、本件外国産原材料については採蜜国等別に区別することが合理的であるから、本件国内産原材料と本件外国産原材料の二種類に区別する本件原告種類等区別は、法人税法施行令２８条１項１号ホに定める「期末棚卸資産をその種類等の異なるごとに区別」したとはいえず違法であり、他方、本件国内産原材料と本件外国産原材料に区別した上で、本件国内産原材料については採蜜源の花別に、本件外国産原材料については採蜜国等別に区別をした本件被告種類等区別は適法であるといえる。
カ（ア）これに対し、原告は、租税法律主義の趣旨によれば、政令その他の下位法令に委任されている技術的細目事項以外で、租税の金額を確定するために判断が必要な事項があれば、その判断は、一定の範囲で納税者に委ねられているから、原告が、その裁量により、はちみつの原材料を本件国内産原材料と本件外国産原材料の二種類に区別して、期末棚卸資産を評価したことは適法である旨主張する。
しかしながら、前記イのとおり、法人税法施行令２８条１項１号ホに定める最終仕入原価法における「期末棚卸資産をその種類等の異なるごとに区別」するに当たっては、恒常的に取得価額が明らかに異なるものを同じ種類として区別することは原則として許されず、合理的な範囲で細分化した区別をするのが相当であるから、合理的な範囲で更に細分化した区別があるのに、これを区別することなく同じ種類とすることは許容されないものと解される。そうすると、前記のとおり、本件事実関係の下においては、本件国内産原材料と本件外国産原材料の二種類に区別するだけでは、恒常的に取得価額が異なるものが同じ種類として区別されることになり、また、本件国内産原材料については採蜜源の花別に、本件外国産原材料については採蜜国等別に区別することが合理的であるから、原告の上記主張は採用できない。
（イ）また、原告は、前回調査の際、調査担当者から、はちみつの原材料を本件国内産原材料と本件外国産原材料の二種類に区別して期末棚卸資産を評価してよいとの口頭指導を受けたと認識したことから、平成２１年９月期以降、本件国内産原材料と本件外国産原材料の二種類に区別して、はちみつの原材料の期末棚卸資産の評価を行ったものであり、本件原告種類等区別は適法であると主張する。
しかしながら、前回調査において、調査担当者が、原告に対し、前回調査後の期末棚卸資産について、本件国内産原材料と本件外国産原材料の二種類に区別してよい旨指導したとの事実を認めるに足りる証拠はないから、原告の上記主張は採用できない。
（ウ）さらに、原告は、本件国内産原材料を、採蜜源の花別、採蜜場所、採蜜時期、仕入れ業者が分かるように区別して保管し、本件外国産原材料を、採蜜国、採蜜地域、採蜜源の花、完熟か否か、濃縮か否かが分かるように区別して保管していること、本件外国産原材料については採蜜源の花別に単価が異なり、現に平成２０年９月期には採蜜国等別、かつ採蜜源の花別に区別して評価していたこと、調査担当者が、実地棚卸を行えば、それぞれの在庫数量を把握することが可能であったことから、本件被告種類等区別は、最も細分化された区別であるとはいえないと主張する。
この点につき、確かに、認定事実によれば、原告は、本件国内産原材料を、採蜜源の花別、採蜜場所、採蜜時期、仕入れ業者が分かるように一斗缶に記載するなどして、本社の倉庫内において保管していること、本件外国産原材料を、採蜜国、採蜜地域、採蜜源の花、完熟か否か、濃縮か否かが分かるようにドラム缶に記載するなどして本社の倉庫及び倉庫外の本社敷地内において保管していること、本件外国産原材料について、平成２０年９月期には、採蜜国等別、かつ採蜜源の花別に区別して管理し、期末棚卸資産を評価していたことが、それぞれ認められる。
しかしながら、前記ウのとおり、本件国内産原材料については、本件税務調査の時点において、自社採蜜分国内産原材料の取得価額が算出できないから、採蜜源の花別に加えて、採蜜場所、採蜜時期、仕入れ業者ごとに区分した場合には、その期末棚卸資産の一部を評価できなくなる。また、社会通念上も、採蜜場所、採蜜時期、仕入れ業者ごとに区分する必要があるとは解されない。
本件外国産原材料についても、前記エのとおり、原告は、平成２１年９月期以降は、採蜜地域、採蜜源の花、完熟か否か、濃縮か否かの別に在庫数量を把握できる資料が、平成２５年３月から同年５月の分を除いて存在しなかったから、更に細分化した区別が可能であるとはいえない。
そして、仮に、本件税務調査の際に、調査担当者が、実地棚卸を行ったとしても、このような実地棚卸によって把握することができるのは、あくまで本件税務調査時点における在庫数量であり、本件各事業年度の在庫数量を確認できるわけではない。
よって、本件事実関係の下においては、更に細分化した区別が可能であるとはいえず、原告の主張は採用できない。
（エ）なお、原告は、被告が、自社採蜜分国内産原材料の製造原価が計算できなかった理由を示すことができていない旨も主張するが、自社採蜜分国内産原材料の製造原価が計算できないことは前記ウのとおりであり、原告自身が自社採蜜分国内産原材料の製造原価は計算できないとしているのであるから、原告の主張は採用できない。
（オ）以上のほか、原告は、本件被告種類等区別によって期末棚卸資産を評価した場合、売上総利益率が大きく変動することになるなど、るる主張をするが、いずれも上記認定・判断を左右するものではなく採用できない。
（３）本件種類等区別による期末棚卸資産の評価額の計算方法について
ア 前記認定事実によれば、甘木税務署長は、本件国内産原材料については別表４の「更正処分」の「単価」欄のとおり採蜜源の花別に区別して他社仕入分国内産原材料の最終仕入単価を適用して期末棚卸資産を評価し、本件外国産原材料については別表５の「更正処分」の「単価」欄のとおり採蜜国等別に区別して各最終取得時の取得価額を適用して期末棚卸資産を評価した。また、本件製品等については、本件国内産原材料を採蜜源の花別に、本件外国産原材料を採蜜国等別に区別することを前提に計算したはちみつの原材料の単価を適用して、期末棚卸資産を評価した。
イ 前記第２の３（４）のとおり、原告の採用する最終仕入原価法においては、法人税法施行令２８条１項１号ホの規定によりその種類等の同じものについて、当該事業年度終了の時から最も近い時において取得をしたものの１単位当たりの取得価額を基礎として期末棚卸資産を評価することが求められているところ、本件国内産原材料については、採蜜源の花別に種類等が異なるものとして区別するのが合理的であるから、採蜜源の花の同じものについて、当該事業年度終了の時から最も近い時において取得をしたものの１単位当たりの取得価額を基礎として期末棚卸資産を評価すべきこととなる。
もっとも、認定事実によれば、本件においては、採蜜源の花の同じものについて、自社採蜜分国内産原材料と他社採蜜分国内産原材料の両方が存在するところ、「当該事業年度終了の時から最も近い時において取得をしたものの１単位当たりの取得価額」を自社採蜜分国内産原材料の取得価額とすると、前記（２）ウのとおり、本件税務調査の時点で、自社採蜜分国内産原材料の取得価額を計算できないから、期末棚卸資産を評価できないこととなる。しかしながら、棚卸資産を評価するためには、何らかの合理的な算定方法により、「当該事業年度終了の時から最も近い時において取得をしたものの１単位当たりの取得価額」を計算する必要があるから、同じ採蜜源の花の種類の中に、自社採蜜分国内産原材料と他社採蜜分国内産原材料の両方が存在するとしても、「当該事業年度終了の時から最も近い時において取得をしたものの１単位当たりの取得価額」を自社採蜜分国内産原材料の取得価額とし、期末棚卸資産を計算できないとすることは相当ではない。
そうすると、最終仕入原価法において、法人税法施行令２８条１項１号ホの規定によりその種類等を合理的に区別した場合において、その取得価額を算定することができないものが含まれる場合には、その種類等が同じものについて、取得価額が算定できるものの中から、事業年度終了の時から最も近いときに取得したものの１単位当たりの取得価額を選択して評価することも許容されているものというべきである。
これを本件について検討すると、前記（２）ウのとおり、自社採蜜分国内産原材料については、その取得価額を算定することができないというのであり、一方で、他社仕入分国内産原材料についての最終取得時の取得価額は別表４の「更正処分」の「単価」欄のとおりであるから、自社採蜜分国内産原材料も含めた本件国内産原材料については、他社仕入分国内産原材料の事業年度終了の時から最も近い時において取得したものの１単位あたりの取得価額である別表４の「更正処分」の「単価」欄の額を基礎として期末棚卸資産を評価することも許容されるというべきである。
よって、甘木税務署長が、本件国内産原材料を採蜜源の花別に区別して、当該事業年度終了の時から最も近い時において取得した他社仕入分国内産原材料の単価をもとに期末棚卸資産を評価したことは相当であって、適法である。
ウ 本件外国産原材料については、前記（２）エのとおり、採蜜国等別に種類等が異なるものとして区別するのが、本件において最も合理的な区別であるといえるから、採蜜国等が同じものについて、当該事業年度終了の時から最も近い時において取得した本件外国産原材料の単価である別表５の「更正処分」の「単価」欄記載の単価を基礎として、本件外国産原材料の期末棚卸資産を評価したことは適法である。
エ 次に、本件製品等について検討すると、本件製品等は、法人税法施行令３２条１項２号の定める製造等に係る棚卸資産であるから、本件製品等の取得価額は、①当該資産の製造等のために要した原材料費、労務費及び経費の額（製造原価）並びに②当該資産を消費し又は販売の用に供するために直接要した費用の額の合計額により算定される。
しかしながら、前記（２）ウのとおり、本件税務調査においては、自社採蜜分国内産原材料の取得価額を計算できないから、本件製品等についても、その製造原価を算定することはできないこととなる。もっとも、正確な取得価額の計算を行うことができないとしても、原告の期末棚卸資産の評価方法に不合理であると認められる部分があれば、当該部分を是正するために更正処分を行うことは適法であるものといえる。
前記（２）のとおり、原告は、原材料について、本件国内産原材料は採蜜源の花別に、本件外国産原材料については採蜜国等別に区別すべきであるのに、本件国内産原材料を採蜜源の花別に区別することなく、全て百花蜜の単価で評価し、本件外国産原材料は全て脱臭又はスペイン産はちみつの単価で評価していたのであり、本件において、原告の確定申告書の本件製品等の評価方法には不合理な点があったといえる。そこで、甘木税務署長は、このような不合理な点を是正することとし、本件製品等については、本件国内産原材料を採蜜源の花別に区別し、本件外国産原材料を採蜜国等別に区別することを前提に計算したはちみつの原材料の単価を適用して、期末棚卸資産を評価したのであって、甘木税務署長による本件製品等の棚卸資産の評価の計算は適法であるというべきである。
オ（ア）これに対し、原告は、自社採蜜分国内産原材料は、採蜜源の花別に製造原価が異ならず、また、自社採蜜分国内産原材料と他社仕入分国内産原材料を比較した場合には、他社仕入分国内産原材料の単価の方が高いから、自社採蜜分国内産原材料を採蜜源の花別に区別した上で、採蜜源の花の種類ごとに他社仕入分国内産原材料の単価を適用して評価することは違法であると主張する。
しかしながら、原告の自社採蜜分国内産原材料の製造原価は、これを算定することができず、他社仕入分国内産原材料の単価と比較すること自体ができないから、原告の上記主張は採用できない。
（イ）また、原告は、自社採蜜分国内産原材料の製造原価は、他社仕入分国内産原材料の百花蜜の仕入単価に近いことからすれば、自社採蜜分国内産原材料は、全て百花蜜の単価を用いて評価するのが合理的であると主張し、原告代表者本人もその旨供述する。
しかしながら、原告は、経験的に他社仕入分国内産原材料の百花蜜の仕入単価と自社採蜜分国内産原材料の製造原価の間に大きな解離が生じることが少ないと主張し、原告代表者本人も、同旨の供述をするのみで何ら具体的な根拠を示していない上、原告自身が、自社採蜜分国内産原材料の製造原価は計算できないとしている。そうすると、自社採蜜分国内産原材料の製造原価が、他社仕入分国内産原材料の百花蜜の単価に近いと認めるに足りないから、原告の上記主張は採用できない。
（ウ）さらに、原告は、本件各更正処分等は、本件国内産原材料のうち他社仕入れがなく自社採蜜のみである原材料、製品等については対象としておらず、原告の有する期末棚卸資産の全てを評価するものではないから違法である旨主張する。
しかしながら、収集することができた証拠により課税要件が充足されている場合に、当該充足されている部分について原告の計算した期末棚卸資産の評価額の不合理な点を是正することができるが、他方で、課税要件を充足する証拠が収集できなかった場合に、課税要件を充足しない部分を対象としないことは不合理ではなく、恣意的な処分であるともいえないから、原告の上記主張は採用できない。
（エ）その他、原告は、るる主張をするが、いずれも上記認定・判断を左右するものではなく、採用できない。
（４）本件各増額更正処分について
以上のとおり、本件被告種類等区別による期末棚卸資産の評価額の計算は適法であり、証拠（甲２ないし４）及び弁論の全趣旨によれば、平成２２年９月期ないし平成２４年９月期の差引納付すべき法人税額は、本件各増額更正処分の差引納付すべき法人税額と同額となるから、原告がその他主張するところを検討しても、本件各増額更正処分はいずれも適法である。
（５）本件各賦課決定処分について
前記（４）のとおり、本件各増額更正処分はいずれも適法であるところ、本件各増額更正処分により納付すべき税額の計算の基礎となった事実が本件各増額更正処分前の税額の計算の基礎とされていなかったことについて、国税通則法６５条４項に規定する正当な理由があるとは認められないから、甘木税務署長が同条１項及び２項に基づいてした本件各賦課決定処分も、いずれも適法である。
第４ 結論
よって、原告の訴えのうち、甘木税務署長が原告に対して平成２６年７月８日付けでした①原告の平成２０年１０月１日から平成２１年９月３０日までの事業年度に係る法人税の更正処分の取消しを求める部分、②原告の平成２２年１０月１日から平成２３年９月３０日までの事業年度に係る法人税の更正処分のうち、所得金額２７０１万４７７０円、納付すべき税額７１１万５７００円を超えない部分の取消しを求める部分、③原告の平成２４年１０月１日から平成２５年９月３０日までの事業年度に係る法人税の更正処分の取消しを求める部分、④原告の平成２４年１０月１日から平成２５年９月３０日までの事業年度に係る復興特別法人税の更正処分の取消しを求める部分はいずれも不適法であるから、これらを却下し、原告のその余の請求はいずれも理由がないからこれらを棄却することとし、主文のとおり判決する。福岡地方裁判所第３民事部
裁判長裁判官波多江真史
裁判官石川千咲
裁判官札本智広
別表１審査請求に至る経緯等
区分
項目
確定申告
更正処分等
年月日等
法定申告期限内
平成26年７月８日
所得金額
円
19,974,704
円
△1,891,883
納付すべき税額
4,967,800
平成21年
９月期
翌期へ繰り越すべき欠損金額
－
1,891,883
年月日等
法定申告期限内
平成26年７月８日
所得金額
円
35,571,924
円
217,213,980
納付すべき税額
9,683,700
64,176,300
繰越欠損金の当期控除額
－
1,891,883
平成22年
９月期
過少申告加算税の額
7,688,000
年月日等
法定申告期限内
平成26年７月８日
所得金額
円
27,014,770
円
43,501,791
納付すべき税額
7,115,700
12,061,800
平成23年
９月期
過少申告加算税の額
494,000
年月日等
法定申告期限内
平成26年７月８日
所得金額
円
67,975,319
円
192,195,827
納付すべき税額
19,409,300
56,675,300
平成24年
９月期
過少申告加算税の額
4,617,500
年月日等
法定申告期限内
平成26年７月８日
所得金額
円
71,875,840
円
20,723,890
法人税
平成25年
９月期
納付すべき税額
17,465,200
4,421,500
年月日等
法定申告期限内
平成26年７月８日
課税標準法人税額
円
17,488,000
円
4,444,000
復興特別
法人税
平成25年９月
課税事業年度
納付すべき税額
1,748,300
443,900
（注）「所得金額」欄の△印は、欠損金額を示す。
別表２平成21年９月期ないし平成25年９月期の売上原価
事業年度
売上原価の表示
確定申告
更正処分
円円
期首棚卸高（①）
239,053,337
389,406,746
当期商品仕入高（②）
499,481,893
499,481,893
当期製品製造原価（③）
902,960,090
902,960,090
期末棚卸高（④）
231,765,424
360,252,246
平成21年
９月期
売上原価（①＋②＋③－④）
1,409,729,896
1,431,596,483
期首棚卸高（①）
231,765,424
360,252,246
当期商品仕入高（②）
497,236,551
497,236,551
当期製品製造原価（③）
1,006,732,222
1,006,732,222
期末棚卸高（④）
250,106,655
557,577,416
平成22年
９月期
売上原価（①＋②＋③－④）
1,485,627,542
1,306,643,603
期首棚卸高（①）
250,106,655
557,577,416
当期商品仕入高（②）
394,962,225
394,962,225
当期製品製造原価（③）
841,415,564
841,415,564
期末棚卸高（④）
240,376,148
581,758,830
平成23年
９月期
売上原価（①＋②＋③－④）
1,246,108,296
1,212,196,375
期首棚卸高（①）
240,376,148
581,758,830
当期商品仕入高（②）
406,198,290
406,198,290
当期製品製造原価（③）
857,358,114
857,358,114
期末棚卸高（④）
184,839,594
630,524,284
平成24年
９月期
売上原価（①＋②＋③－④）
1,319,092,958
1,214,790,950
期首棚卸高（①）
184,839,594
630,524,284
当期商品仕入高（②）
329,547,333
329,547,333
当期製品製造原価（③）
894,629,274
894,629,274
期末棚卸高（④）
202,938,121
615,831,261
平成25年
９月期
売上原価（①＋②＋③－④）
1,206,078,080
1,238,869,630
別表３から別表７まで省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2018/pdf/13165.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。