税務訴訟資料第２６９号－２４（順号１３２４７）
福岡高等裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分取消請求控訴事件
国側当事者・国（甘木税務署長）
平成３１年２月２８日棄却・上告・上告受理申立て
（第一審・福岡地方裁判所、平成●●年（○○）第●●号、平成３０年７月１０日判決、本資料２６８号－６０・順号１３１６５）
判決
当事者の表示別紙当事者目録記載のとおり
主文
１ 本件控訴を棄却する。
２ 控訴費用は控訴人の負担とする。
事実及び理由
第１ 控訴の趣旨
１ 原判決を次のとおり変更する。
２ 甘木税務署長が控訴人に対して平成２６年７月８日付けでした控訴人の平成２１年１０月１日から平成２２年９月３０日までの事業年度に係る法人税の更正処分のうち所得金額４０１２万１９２４円及び法人税額１１０７万６３００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分のうち１３万６５００円を超える部分はこれを取り消す。
３ 甘木税務署長が控訴人に対して平成２６年７月８日付けでした控訴人の平成２２年１０月１日から平成２３年９月３０日までの事業年度に係る法人税の更正処分のうち所得金額２６５７万８１７０円及び法人税額７０１万３４００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分はこれを全て取り消す。
４ 甘木税務署長が控訴人に対して平成２６年７月８日付けでした控訴人の平成２３年１０月１日から平成２４年９月３０日までの事業年度に係る法人税の更正処分のうち所得金額８９４７万５３１９円及び法人税額２５８８万２５００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分のうち６４万５０００円を超える部分はこれを取り消す。
第２ 事案の概要（以下、特に断らない限り、略語は原判決の例による。）
１ 本件は、はちみつ製品の製造販売業を営む株式会社である控訴人が、平成２０年１０月１日から平成２１年９月３０日まで、同年１０月１日から平成２２年９月３０日まで、同年１０月１日から平成２３年９月３０日まで及び同年１０月１日から平成２４年９月３０日までの各事業年度（平成２１年９月期ないし平成２４年９月期）に係る各法人税の確定申告並びに同年１０月１日から平成２５年９月３０日までの事業年度（平成２５年９月期）に係る法人税及び復興特別法人税の確定申告に当たり、原材料のはちみつを、日本国内で採蜜された原材料（本件国内産原材料）と日本国内以外で採蜜された原材料（本件外国産原材料）の二種類に区別して、期末棚卸資産の評価額を計算したところ、甘木税務署長が、本件国内産原材料については採蜜源の花別に、本件外国産原材料については採蜜国及び脱臭はちみつ（採蜜国等）別に、それぞれ区別して（本件被告種類等区別）期末棚卸資産の評価額を計算した上で、平成２１年９月期ないし平成２５年９月期の各事業年度（本件各事業年度）の法人税の各更正処分、平成２５年９月期の復興特別法人税の更正処分及び平成２２年９月期ないし平成２４年９月期の過少申告加算税の各賦課決定処分（本件各更正処分等）をしたため、控訴人が、被控訴人を相手に、本件各更正処分等の取消し（平成２２年９月期ないし平成２４年９月期の各更正処分並びに平成２２年９月期及び平成２４年９月期の各賦課決定処分については控訴人が主張する金額を超える部分）を求めた事案である。
原判決は、控訴人の訴えのうち、①平成２１年９月期及び平成２５年９月期の法人税の各更正処分並びに平成２５年９月期の復興特別法人税の更正処分の取消しを求める部分について、訴えの利益がないとして、いずれも却下し、②平成２３年９月期の法人税の更正処分のうち、申告額（所得金額２７０１万４７７０円及び納付すべき税額７１１万５７００円）を超えない部分について、控訴人が更正処分の取消しを求めることは許されず不適法であるとして、その取消しを求める部分を却下し、③控訴人のその余の請求について、甘木税務署長がした本件被告種類等区別による期末棚卸資産の評価額の計算は適法であるとして、いずれも棄却したため、控訴人が、上記②の却下及び③の棄却に係る部分を不服として控訴をした。したがって、原判決のうち上記①の却下に係る部分については、当審の審判の対象ではない。
２ 前提事実、争点及び争点に関する当事者の主張は、以下のとおり原判決を補正し、後記３のとおり当審における補充主張を付加するほかは、原判決「事実及び理由」欄の「第２事案の概要」の２から５まで（原判決４頁３行目から２０頁２０行目まで。なお、引用する別表を含む。）に記載のとおりであるから、これを引用する。
（原判決の補正）
（１）原判決４頁９行目の「採蜜源の花」を「蜜源となる植物の花（以下「採蜜源の花」という。）」と、同頁１４行目の「蜜源となる植物の花（以下「採蜜源の花」という。）」を「採蜜源の花」と、それぞれ改める。
（２）原判決５頁１５行目の「平成１９年」から１６、１７行目の「「平成２０年９月期」という。）」までを「平成１８年１０月１日から平成１９年９月３０日までの事業年度（以下「平成１９年９月期」という。）」と改める。
（３）原判決９頁２５行目冒頭の「方」を削除する。
（４）原判決１０頁３行目、同頁９行目、同頁２２行目の各「前記第１の１、３、５及び６の訴えにつき」を「第１の３の訴えにつき」と改め、同頁２２行目の「いずれも」を削除する。
（５）原判決１０頁２５行目から１１頁５行目までを削除する。
（６）原判決１８頁１５行目の「国産原材料」を「国内産原材料」と改める。
（７）原判決２０頁１６行目の「平成２０年９月期」を「平成１９年１０月１日から平成２０年９月３０日までの事業年度（以下「平成２０年９月期」という。）」と改める。
３ 当審における当事者の補充主張
（１）平成２３年９月期の法人税の更正処分のうち申告額を超えない部分の取消しを求める訴えの適法性について
（控訴人の主張）
平成２３年９月期の当初申告金額及び法人税額が減少することになるのは、税務調査の結果、平成２２年９月期で期末棚卸金額以外の修繕費等の否認により発生した事業税を、平成２３年９月期で損金処理することによるものである。平成２３年９月期の法人税の確定申告（法定申告期限は平成２３年１１月３０日）に係る更正の請求の請求期限は平成２４年１１月３０日であるところ、控訴人は、同請求期限までに上記税務調査を受けておらず、法人税額が当初申告税額より減少するとは考えていなかったため、当該減少部分について請求期限までに更正の請求をすることは不可能である。したがって、更正の請求をしなかったことを理由として、平成２３年９月期の法人税の更正処分のうち申告額を超えない部分の取消しを求める部分は不適法であるとした原判決は、法令の解釈を誤っている。（被控訴人の主張）
更正処分の取消しの訴えの訴訟物は、当該更正処分で決定された税額の全体に及ぶものの、その税額のうち申告税額を超えない部分については、納税者が自ら納税義務を確定させているのであるから、その部分について訴訟で争う訴えの利益はない。
（２）平成２２年９月期ないし平成２４年９月期の法人税の各更正処分及び過少申告加算税の各賦課決定処分について
（控訴人の主張）
ア 次の事情に照らせば、控訴人において、本件国内産原材料と本件外国産原材料の二種類に区別して最終仕入原価法を適用することは、適法である。
（ア）一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算されるものとする法人税法２２条４項は、税法や商法等の白地部分の全体を覆っているものと考えるべきであり、法人税法の「別段の定め」をもってしてもなお解釈上明確でない会計的な事項については、上記会計処理の基準が適用されるから、法人税法によって最終仕入原価法を適用する際の具体的な種類、品質及び型（種類等）の区別については、法人税法２２条４項並びに棚卸資産の評価に関する会計基準（以下「棚卸会計基準」という。）６－２及び６－３が適用される。
そして、期末棚卸資産につき評価方法を適用する場合の評価単位は、法人税法及び企業会計基準委員会の会計基準のいずれにおいても、売上原価が売上収益との直接対応関係によって当該事業年度に費用化されるものであるから、売上収益との直接対応関係によって、棚卸資産の種類、品質及び型並びに棚卸資産の性質及びその使用方法等を考慮してその適否が検討されなければならない。法人税法施行令２８条１項１号ホにいう種類等の区別は、棚卸資産に係る納税義務者の物理的な管理態様や取得価額が恒常的に異なるかを基準とするものではなく、消費者に対する表示や内部における管理表の存否とも異なる。
（イ）控訴人では、①百花蜜については、複数の採蜜源の花の原材料を混ぜて製品としていること、②採蜜源の花の種類別の製品においても、自社採蜜分国内産原材料と他社仕入分国内産原材料が常に混じり合っていること、③採蜜源の花の種類別の原材料と百花蜜を混ぜて製品にすることもあることから、売上収益をもたらすはちみつ製品と原材料との対応関係において、本件国内産原材料は一体として製品化されている。また、控訴人においては、はちみつに採蜜源の花別の名称を付すには純度が７０％以上であることを要するものとしているため、本件国内産原材料は、製造過程において初めて採蜜源の花別のはちみつとして使用できるはちみつなのか、採蜜源の花別以外の百花蜜として使用されるはちみつなのかが明らかとなるのであり、原材料として保管されているはちみつについて、採蜜源の花別用であるか百花蜜用であるかを明らかにすることができない。したがって、原材料の段階では、本件国内産原材料については、自社採蜜分国内産原材料であるか他社仕入分国内産原材料であるかにかかわらず、これを１つの評価単位とすることが相当である。
（ウ）控訴人は、本件外国産原材料について、採蜜国ごとに、採蜜源の花別の原材料を使用して製品化し、採蜜国及び採蜜源の花の名称を冠して販売しているほか、採蜜国が複数にわたる商品を販売しており、売上収益をもたらすはちみつ製品と原材料との対応関係において、本件外国産原材料は一体として製品化されているから、これを１つの評価単位とすることが相当である。
イ 原判決には、次のとおり誤りがある。
（ア）原判決は、控訴人の自社採蜜分国内産原材料に係る取得価額を算定することができないと判断した。しかし、これを全く算定することができないことはあり得ない。処分行政庁は、控訴人がこれまで継続適用してきた評価方法を否定して財産権の侵害行為を行う以上、租税法律主義の下で、自社採蜜分国内産原材料の取得価額（製造原価）を適正に計算した上で更正処分を行うべきである。
（イ）他社仕入分国内産原材料であるレンゲ蜜の取得価額（最終仕入原価）は、自社採蜜分国内産原材料であるレンゲ蜜の取得価額（製造原価）の５倍から１０倍の金額で評価され、他社仕入分国内産原材料であるアカシア蜜の取得価額（最終仕入原価）は、自社採蜜分国内産原材料アカシア蜜の取得価額（製造原価）の５倍以上の金額で評価されている。この開差は、原判決が単価が恒常的に異なることが明らかであると認めた本件外国産原材料における採蜜国別の単価の開差よりも大きく、その取得価額は恒常的に異なることが明らかなものといえるから、これらを同じものとして扱った原判決には誤りがある。
（ウ）控訴人では、国内産原材料の期末棚卸数量のうち自社採蜜分国内産原材料が半分以上を占めていることから、製造原価をもって取得価額とすべき自社採蜜分原材料を他社仕入分国内産原材料の取得価額を適用して評価するならば、売上収益との直接対応関係を保つことができない。
（被控訴人の主張）
ア 棚卸資産の売上原価等の計算及びその評価の方法に関する規定である法人税法２９条と、同条の委任規定である法人税法施行令２８条は、法人税法２２条３項にいう「別段の定め」に当たり、当該事業年度の収益の額及び損金の額を一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算するものとする同条４項は適用されない。また、棚卸会計基準６－２及び６－３の趣旨及び目的は、法人税法において達成されており、棚卸資産の評価方法には同基準は適用されない上、棚卸会計基準６－２には最終仕入原価法が挙げられていない。棚卸会計基準６－３は、同基準６－２で定める棚卸資産の評価方法を選択する場面で適用されるものであり、法人税法におけるいずれかの棚卸資産の評価方法を選択（適用）した後の具体的な種類等の区別をどうすべきかの場面には適用されない。したがって、法人税法施行令２８条１項１号ホの種類等区別の適法性を判断するに際し、法人税法２２条４項にいう「一般に公正妥当と認められる会計処理の基準」及び棚卸会計基準を考慮することは相当ではない。
イ 本件被告種類等区別が違法であるとの控訴人主張は失当である。
第３ 当裁判所の判断
１ 当裁判所も、控訴人の訴えのうち、①平成２３年９月期の法人税の更正処分のうち申告額（所得金額２７０１万４７７０円及び納付すべき税額７１１万５７００円）を超えない部分の取消しを求める部分は不適法であり、②控訴人のその余の請求は、平成２２年９月期ないし平成２４年９月期の法人税の各更正処分及び過少申告加算税の各賦課決定処分がいずれも適法であるから、いずれも理由がないものと判断する。その理由は、以下のとおり原判決を補正し、後記２のとおり当審における補充主張に対する判断を付加するほかは、原判決「事実及び理由」欄の「第３当裁判所の判断」（原判決２０頁２２行目から４５頁７行目まで。なお、引用する別表を含む。）に記載のとおりであるから、これを引用する。
（原判決の補正）
（１）原判決２０頁２２行目の「前記第１の１、３、５及び６の訴えにつき」を「第１の３の訴えにつき」と改め、同頁２３行目から２１頁２３行目までを削除する。
（２）原判決２４頁８行目の「平成２５年９期」を「平成２５年９月期」と改める。
（３）原判決２７頁８行目の「容器又包装」を「容器又は包装」と改める。
（４）原判決２９頁２４行目の「脱臭はちみつ」の次に「の」を加える。
（５）原判決３４頁１１行目、同頁１９行目、４１頁８行目及び同頁１６行目の各「他社採蜜分国内産原材料」を、いずれも「他社仕入分国内産原材料」と改める。
（６）原判決３５頁１１行目及び同頁１６行目の各「他社仕入原材料」を、いずれも「他社仕入分国内産原材料」と改める。
（７）原判決３７頁１６行目の「採蜜国等の花別」を「採蜜源の花別」と改める。
（８）原判決３９頁４行目、同頁２６行目及び４０頁１行目の各「実地棚卸」を、いずれも「実地棚卸し」と改める。
（９）原判決３９頁９行目の「採蜜源の花別」を「採蜜源の花」と改める。
２ 当審における当事者の補充主張に対する判断
（１）平成２３年９月期の法人税の更正処分のうち申告額を超えない部分の取消しを求める訴えの適法性について
控訴人は、平成２３年９月期の法人税について、確定申告書を提出した後、これに関する更正の請求をすることなく、申告額に係る納税義務を自ら確定させたものであるから、平成２３年９月期の更正処分のうち、その申告額（所得金額２７０１万４７７０円及び納付すべき税額７１１万５７００円）を超えない部分について取消しを求める訴えの利益を有せず、同部分の取消しを求める訴えは不適法であるというべきである。
控訴人は、平成２３年９月期の法人税の減少分については、更正請求の期限後に行われた税務調査により判明したものであり、これについて法定の期間内に更正の請求をすることが不可能であったとして、申告額を超えない部分についても取消しを求めることができると主張する。
しかしながら、更正請求の期限後に行われた税務調査により法人税の減少分が判明したことによる対応は、本件訴訟の結論にかかわらず別途考慮されるべきことであり、上記の判断を左右するものとはいえない（なお、原判決が上記法人税の減少分について期限内に更正の請求をすべきである旨を述べるものでないことは、その説示の全体から明らかである。）
この点についての控訴人の主張は採用することができない。
（２）平成２２年９月期ないし平成２４年９月期の法人税の各更正処分及び過少申告加算税の各賦課決定処分について
ア 控訴人は、法人税法によって最終仕入原価法を適用する際の具体的な種類等の区別については、法人税法２２条４項並びに棚卸会計基準６－２及び６－３が適用されると主張する。
しかしながら、法人税法２２条３項柱書きは、当該事業年度の損金の額に算入すべき金額は「別段の定め」があるものを除き、同項１号ないし３号までの額である旨を規定している。最終仕入原価法は、棚卸資産の売上原価等の計算及びその評価の方法に関する規定である法人税法２９条１項の委任規定である法人税法施行令２８条１項１号ホで定められているところ、法人税法２９条と法人税法施行令２８条は、法人税法２２条３項にいう「別段の定め」に当たるから、同項各号に掲げる額について定める同条４項は、最終仕入原価法における種類等の区別には適用されないと解するのが相当である。また、棚卸会計基準６－２は、棚卸資産の評価方法を定めているものの、法人税法施行令２８条１項が、棚卸資産の評価額の計算上選定することができる原価法による評価の方法を定めていることから、棚卸資産の売上原価等の計算及びその評価の方法については、棚卸会計基準６－２は適用されないと解するのが相当であり、同基準６－２を受けた同基準６－３も、同様にこれに適用されないと解するのが相当である。
そして、法人税法施行令２８条１項１号ホに定める最終仕入原価法が求める種類等の区別については、取得価額が恒常的に異なることが明らかなものを同じものとして扱うことは原則として許されないこと、種類等が異なるごとに、どの程度細分化して区別すべきであるかは、これに加えて、当該棚卸資産の品質や型の違い、納税義務者における当該棚卸資産の取扱い、当該棚卸資産同士に代替性があるかどうか、当該種類等を異なるものとして区別をした場合に種類ごとに期末棚卸資産を評価することが可能かどうか等の諸事情を考慮して判断されるべきであると解するのが相当であることは、引用した原判決（第３の２（２）イ）が説示するとおりである。
これに対し、控訴人は、上記種類等の区別は、取得価額が恒常的に異なるかどうかを基準とするものではないと主張する。しかしながら、期末棚卸資産の評価額の計算において、取得価額が恒常的に異なることが明らかなものを同じものとして、そのいずれかの取得価額で評価額を計算するならば、売上原価が収益に対応しなくなることは明らかであり、取得価額が恒常的に異なることが明らかなものを種類等が同じものとして扱うことは、法人税法２２条３項に反し原則として許されないから、上記種類等の区別は、取得価額が恒常的に異なることが明らかなものを同じものとして扱うことは原則として許されないことを考慮して判断されなければならないというべきである。控訴人の上記主張は採用することができない。
イ（ア）控訴人は、①本件国内産原材料は一体として製品化されており、製造過程において初めて採蜜源の花別のはちみつとして使用できるはちみつなのか、百花蜜として使用されるはちみつなのかが明らかになることから、本件国内産原材料を１つの評価単位とすることが相当であり、また、②本件外国産原材料は一体として製品化されているから、これを１つの評価単位とすることが相当であるとして、本件国内産原材料と本件外国産原材料の二種類に区別して最終仕入原価法を適用することは適法であると主張する。
（イ）しかしながら、控訴人は、国産はちみつの製品として、採蜜源の花別の名称を冠した製品を販売しており、本件国内産原材料は百花蜜として販売するためだけに使用されるものではない（引用した原判決第３の２（１）ク）から、控訴人において、原材料であるはちみつの純度が低いために、これを採蜜源の花別用としてではなく百花蜜用として使用することがあるとしても、そのことから直ちに本件国内産原材料が一体として製品化されているということはできない。また、原材料として保管されているはちみつについて製造過程に至る前に採蜜源の花別用であるか百花蜜用であるかを明らかにすることができないとしても、それが全て百花蜜として販売するために使用されるものではないことは明らかであるから、上記判断を左右するものではない。
また、控訴人は、輸入はちみつの製品として、採蜜国と採蜜源の花とを組み合わせた名称を冠した製品を販売しており、本件外国産原材料は複数の採蜜国からなる商品として販売するためだけに使用されるものではない（引用した原判決第３の２（１）ク）から、本件外国産原材料が一体として製品化されているということもできない。
（ウ）かえって、本件国内産原材料は、他社仕入分国内産原材料か自社採蜜分国内産原材料かにかかわらず、採蜜源の花ごとに品質や取得価額が異なるものと推認できること、控訴人も、本件国内産原材料について、自社採蜜分国内産原材料と他社仕入分国内産原材料とを区別せず、採蜜源の花の種類ごとに区別して取り扱っていると認められること、自社採蜜分国内産原材料と他社仕入分国内産原材料とを区別するなどして、採蜜源の花ごとに区別することに加えてさらに細分化した区別をすれば、本件国内産原材料の期末棚卸資産を評価することはできないことからするならば、本件国内産原材料は、採蜜源の花別に区別するのが最も合理的な区別であるということができる（引用した原判決第３の２（２）ウ）。
また、本件外国産原材料は、採蜜国等別にその取得価額が恒常的に異なることが明らかであること、控訴人も、本件外国産原材料を、採蜜国等ごとに異なる種類として取り扱っていると認められること、本件製品等には、原材料の採蜜国を表示しなければならず、特定の採蜜国の原材料を別の採蜜国の原材料で代替することはできないから採蜜国が異なれば代替性がないこと、採蜜国等別よりも更に細分化した区別をしようとすれば本件各事業年度における期末棚卸資産を評価することができないことになることからするならば、本件外国産原材料は、採蜜国等別に区別するのが最も合理的な区別であるということができる（引用した原判決第３の２（２）エ）。
これに対し、控訴人は、処分行政庁は、自社採蜜分国内産原材料の取得価額を適正に計算した上で更正処分を行うべきであると主張する。しかしながら、当審における控訴人の主張によっても、採蜜現場で控訴人が自社採蜜活動に使用する費用とそれ以外の活動（仕入・販売等）に使用する費用を配賦することはできず、自社採蜜分国内産原材料の製造原価を算定することは極めて困難なのであり（控訴理由書２２、２３頁）、同製造原価を算定することができることを認めるに足る証拠はないから、控訴人の上記主張は、その前提を欠くものというべきである。
また、控訴人は、他社仕入分国内産原材料であるレンゲ蜜及びアカシア蜜の各取得価額（最終仕入原価）と自社採蜜分国内産原材料であるレンゲ蜜及びアカシア蜜の各取得価額（製造原価）とは、恒常的に異なることが明らかであり、また、控訴人では、国内産原材料の期末棚卸数量のうち自社採蜜分国内産原材料が半分以上を占めていることから、自社採蜜分国内産原材料と他社仕入分国内産原材料とを区別しなければ売上収益との直接対応関係を保つことができなくなると主張する。しかしながら、既に述べたとおり、自社採蜜分国内産原材料の製造原価を算定することができないのであるから、これを他社仕入分国内産原材料の単価と比較することができず、本件事実関係の下においては、更に細分化した区別が可能であるということもできないのであり、控訴人の上記主張はいずれも採用することができない。
（エ）したがって、本件各事業年度においては、本件国内産原材料については採蜜源の花別に、本件外国産原材料については採蜜国等別に区別することが合理的であり、これと異なる控訴人の主張は採用することができない。
ウ 以上によれば、平成２２年９月期ないし平成２４年９月期の法人税の各更正処分及び過少申告加算税の各賦課決定処分は、いずれも適法である。
３ そうすると、控訴人の訴えのうち、①平成２３年９月期の法人税の更正処分のうち申告額（所得金額２７０１万４７７０円及び納付すべき税額７１１万５７００円）を超えない部分の取消しを求める部分を却下し、②控訴人のその余の請求をいずれも棄却した原判決は相当であって、本件控訴は理由がないからこれを棄却することとして、主文のとおり判決する。福岡高等裁判所第３民事部
裁判長裁判官 阿部正幸
裁判官 横井健太郎
裁判官 富張邦夫
（別紙）
当事者目録
控訴人株式会社Ａ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士黒木和彰
同内田敬子
同染谷翼
同久間孝平
同補佐人税理士稲葉武彦
同音政次
同小川康彦
被控訴人国
同代表者法務大臣山下貴司
処分行政庁甘木税務署長
田中水朗
被控訴人指定代理人堀田佳輝
同西田健太
同村上亜紀子
同平田宏幸
同石津武志
同神川和久
同福田雅代
同岩本竜一
同黨秀幸
同黒田哲弘
以上
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2019/pdf/13247.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。