税務訴訟資料第２６８号－６６（順号１３１７１）
富山地方裁判所平成●●年（○○）第●●号課税処分取消等請求事件（以下「甲事件」という。）、平成●●年（○○）第●●号損害賠償請求事件（以下「乙事件」という。）
国側当事者・国（魚津税務署長）
平成３０年７月１８日棄却・控訴
判決
原告
Ａ
被告
国
同代表者法務大臣
上川陽子
処分行政庁
魚津税務署長
新田真之
同指定代理人
岡部直樹
同
田中義人
同
山下祥子
同
橋本博文
同
奥野宏明
同
水元孝
同
瀬戸邦雄
同
神田幸範
同
田中英明
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 魚津税務署長が原告に対して平成２７年９月３０日付けでした、平成２５年分の所得税及び復興特別所得税の更正処分（以下「平成２５年分更正処分」という。）のうち、課税される所得金額０円及び所得税等の確定納税額マイナス１万８２２８円を超える部分を取り消す。
２ 魚津税務署長が原告に対して平成２７年９月３０日付けでした、平成２６年分の所得税及び復興特別所得税の更正処分（以下「平成２６年分更正処分」）のうち、課税される所得金額０円及び所得税等の確定納税額マイナス９万８３４９円を超える部分を取り消す。
３ 魚津税務署長が原告に対して平成２７年９月３０日付けでした平成２６年分の所得税及び復興特別所得税に係る過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件賦課処分」という。）を取り消す。
４ 魚津税務署長が原告に対して平成２８年６月１６日付けでした、平成２７年分の所得税及び復興特別所得税の更正処分（以下「平成２７年分更正処分」という。）のうち、所得税の確定納税額マイナス５万３１８２円を超える部分を取り消す。
５ 被告は、原告に対し、３０万円及びこれに対する平成２７年６月３０日から支払済みまで年５分の割合による金員を支払え。
第２ 事案の概要
１ 事案の要旨
本件は、原告が、その所有に係る新株予約権付社債につき生じた損失について租税特別措置法に基づき損益通算が可能であるとの見解に従い平成２５年分、平成２６年分及び平成２７年分（以下「本件各年分」という。）までの所得税及び復興特別所得税（以下、単に「所得税等」という。）の確定申告をしたところ、魚津税務署長が、損益通算を認めずに平成２５年分から平成２７年分の各更正処分及び平成２６年分の所得税等に係る過少申告加算税の賦課決定処分（以下、各更正処分及び賦課決定処分を併せて「本件各処分」という。）をしたことに対して、原告が本件各処分は違法であると主張して、その取消しを求める（甲事件）とともに、魚津税務署長による違法な本件各処分により精神的苦痛を受けたと主張して、国家賠償法１条１項に基づき、慰謝料３０万円及びこれに対する平成２７年６月３０日から支払済みまで民法所定の年５分の割合による遅延損害金の支払を求めた（乙事件）事案である。
２ 関係法令の定めは、別紙１のとおりである。
３ 前提事実（当事者間に争いがないか、後掲各証拠及び弁論の全趣旨により容易に認定することができる事実）
（１）当事者等
原告は、青色申告書を提出することにつき魚津税務署長の承認を受けていない、いわゆる白色申告者である。
（弁論の全趣旨）
（２）原告の社債保有等
ア 原告は、平成２４年当時、Ｂ株式会社（以下「Ｂ社」という。）が発行した転換社債型新株予約権付社債（以下「本件社債」という。）を保有していた。本件社債は、平成２４年２月●日、東京証券取引所において上場廃止となるまでの間、同取引所に上場されていた。
イ Ｂ社は、平成２４年８月２１日、東京地方裁判所に更生計画案（以下「本件計画案」という。）を提出し、同裁判所は、平成２５年２月●日、同計画案を認可する旨の決定（以下「本件更生計画認可決定」という。）をした。
ウ 本件社債は、本件更生計画認可決定により、１７．４パーセントの確定額弁済、追加弁済及び残額の免除が行われることとなった（以下、本件更生計画認可決定に伴い原告が被ることとなった損失を「本件損失」という。）。
（甲１、５（枝番含む。）、弁論の全趣旨）
（３）原告の確定申告等
ア 平成２５年分確定申告
原告は、平成２６年３月５日、魚津税務署長に対し、別表１「確定申告」欄記載の内容で平成２５年分の所得税等の確定申告書を提出した。
原告は、平成２５年分確定申告書に、平成２５年分の所得税の確定申告書付表、株式等に係る譲渡所得等の金額の計算明細書及び確定申告に係る関係資料を添付したが、確定申告書の第三表（分離課税用）は提出しなかった。
魚津税務署長は、原告の申告に従い、源泉所得税等を還付した。
（乙１の１～４、弁論の全趣旨）
イ 平成２６年分確定申告
原告は、平成２７年３月４日、魚津税務署長に対し、別表２「確定申告」欄記載の内容で平成２６年分の所得税等の確定申告書を提出した。
原告は、平成２６年分確定申告書に、確定申告に係る関係資料を添付したが、確定申告書の第三表（分離課税用）は提出しなかった。
（乙２の１、２）
ウ 平成２７年分確定申告
原告は、平成２８年３月１４日、魚津税務署長に対し、別表３「確定申告」欄記載の内容で平成２７年分の所得税等の確定申告書を提出した。
原告は、平成２７年分確定申告書に、確定申告に係る関係資料を添付した。
（乙９の１及び２）
（４）本件各処分
ア 魚津税務署長は、平成２７年９月３０日付けで、原告に対し、平成２５年分更正処分、平成２６年分更正処分及び本件賦課処分（以下「先行更正処分等」という。）をした。
平成２５年分更正処分の内容は別表１「更正処分」欄記載のとおりであり、平成２６年分更正処分及び本件賦課処分の内容は別表２「更正処分等」欄記載のとおりである。（乙４、５）
イ 魚津税務署長は、平成２８年６月１６日付けで、原告に対し、平成２７年分更正処分をした。平成２７年分更正処分の内容は、別表３「更正処分」欄記載のとおりである。（乙１１）
（５）訴訟に至る経緯
ア 先行更正処分等に対する不服申立て等
（ア）原告は、平成２７年１０月８日、国税不服審判所長に対し、先行更正処分等の取消しを求め、審査請求をした。
国税不服審判所長は、同年１１月１１日、同審査請求が適法な異議申立てを経ないでされたことを理由に同審査請求を却下する旨の裁決をした。
（甲２３、２６、乙６）
（イ）原告は、平成２７年１２月２日、魚津税務署長に対し、先行更正処分等に加えて、平成２６年分の所得税等に係る延滞税の取消しを求め、異議申立てをした。
魚津税務署長は、平成２８年２月２３日、同異議申立てのうち、先行更正処分等に係る部分を棄却し、その余の部分を却下する旨の決定をした。
（乙７、８）
（ウ）原告は、平成２８年３月２３日、国税不服審判所長に対し、先行更正処分等の取消しを求め、審査請求をした。
国税不服審判所長は、平成２８年１２月８日、同審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした。
（甲５３、乙１０）
イ 平成２７年分更正処分に関する不服申立て等
（ア）原告は、平成２８年７月８日、魚津税務署長に対し、平成２７年分更正処分の取消しを求め、再調査の請求をした。
魚津税務署長は、平成２８年１０月３日、上記請求を棄却する旨の決定をした。（乙１２、１３）
（イ）原告は、平成２８年１１月１日、国税不服審判所長に対し、平成２７年分更正処分の取消しを求め、審査請求をした。
国税不服審判所長は、平成２９年６月１５日、同審査請求を棄却する旨の裁決をした。（甲５７、乙１４）
ウ 処分取消訴訟の提起
原告は、先行更正処分等についての審査請求が棄却され、平成２７年分更正処分の審査請求から３か月を経過しても裁決がされなかったことから、平成２９年５月１日、甲事件の訴えを提起した。
第３ 本件各処分の根拠と適法性についての被告の主張
被告が本件訴訟において主張する、本件各年分における所得税等及び過少申告加算税の額は、別紙２「本件各処分の根拠及び適法性」のとおりである。
第４ 争点及び争点に関する当事者の主張
１ 争点
（１）原告が保有する新株予約権付社債（本件社債）に関して本件更生計画認可決定に伴い発生した損失（本件損失）について損益通算が可能であるか。具体的には、本件損失が、損益通算として控除される損失（所得税法６９条１項）のうち、平成２５年法律第５号による改正前の租税特別措置法（以下「旧措置法」という。）３７条の１２の２第１項等に規定する「上場株式等に係る譲渡損失」に当たるか。（争点１）
（２）魚津税務署長による本件各処分について国家賠償法１条１項の違法性が認められるか。（争点２）
２ 争点に関する当事者の主張
（１）本件損失についての損益通算の可否（争点１）
（被告の主張）
ア 改正法附則１条６号の規定により、平成２５年法律第５号による改正後の租税特別措置法（以下「新措置法」という。）のうち、本件各処分の取消請求に係る規定は、平成２８年１月１日から施行されるところ、本件では、本件各年分の確定申告が問題となっていることから、新措置法ではなく、旧措置法の規定について検討することになる。
原告の主張する根拠規定である新措置法３７条の１１の２は改正法附則１条６号により、新措置法３７条の１２の２は改正法附則４６条により、平成２８年１月１日から施行されるから、本件各年分の確定申告につき同条の適用はない。
イ 旧措置法３７条の１０第１項は、その前段において、居住者が、株式等の譲渡をした場合には、当該株式等の譲渡による事業取得、譲渡所得及び雑所得については、所得税法２２条及び８９条並びに１６５条の規定にかかわらず、他の所得と区分し、その年中の当該株式等の譲渡に係る事業所得の金額、譲渡所得の金額及び雑所得の金額として政令で定めるところにより計算した金額に対し、株式等に係る課税譲渡所得等の金額の１００分の１５に相当する金額に相当する所得税を課する旨、その後段において、この場合において、株式等に係る譲渡所得等の金額の計算上生じた損失の金額があるときは、同法その他所得税に係る法令の規定の適用については、当該損失の金額は生じなかったものとみなす旨規定している。
上記のとおり、旧措置法３７条の１０第１項の規定は、上場株式等を「譲渡」した場合の規定であるが、原告は、本件更生計画認可決定日前において、本件新株予約権付社債の社債権者であり、本件更生計画認可決定日以降においては、本件更生債権の債権者であるから、原告が本件新株予約権付社債を他に移転させたとは認められない。
したがって、本件損失は、「譲渡」によって生じた損失には該当しないことから、本件損失額を旧措置法３７条の１０第１項の計算に含めることはできない。
加えて、本件社債は株式に該当しないから、旧措置法３７条の１０の２第１項の規定が適用されることもない。
（原告の主張）
ア 原告は、平成２５年から平成２７年にかけての申告を租税特別措置法関係法令に基づいて行った。申告制度とは、納税者が、所得税法の適用か、租税特別措置法適用かを選択して申告するものである。原処分庁は、違法なる法令を適用して更正処分（所得税法の適用）をした。
租税は、租税法定（法律）主義の下、日本は成文法で制定されている。本件に適用される条文は、新措置法３７条の１０、同法３７条の１１の２である。すなわち、原告が本件更生計画認可決定により被った本件損失については、新措置法３７条の１１の２に基づき、上場株式等の譲渡により生じた損失とみなされる。そして、新措置法３７条の１２の２に基づき、本件損失を利子所得、配当所得及び株式等の譲渡所得と損益通算し、損益通算しきれなかった金額を、その損失が生じた平成２５年以降３年間にわたって控除することができる。
イ 新措置法３７条の１１の２第１項後文においては、「株式又は公社債としての価値を失つたことによる損失が生じた場合として次に掲げる事実が発生したときは、当該事実が発生したことは当該特定管理株式等、特定保有株式又は特定口座内公社債の譲渡をしたことと、当該損失の金額として政令で定める金額は第三十七条の十二の二第二項に規定する上場株式等の譲渡をしたことにより生じた損失の金額とそれぞれみなして、この条、前条及び第三十七条の十二の二の規定その他の所得税に関する法令の規定を適用する。」と定められている。被告は改正法附則により効力はないと主張するが、被告の主張する改正法附則１条６号は存在しない。
（２）本件各処分についての国家賠償法上の違法性（争点２）
（原告の主張）
原告は、魚津税務署長による違法な本件各処分により本来であれば不要な申請をすることとなって、精神的損害を受けた。原告の精神的苦痛を慰謝するのに相当な金額は３０万円を下らない。
（被告の主張）
処分行政庁が行った本件各処分はいずれも適法であり、職務上尽くすべき注意義務を尽くすことなく漫然と本件各処分を行ったと認め得るような事情は認められず、これをもって国家賠償法上違法といえないことは明らかである。
第５ 当裁判所の判断
１ 認定事実
後掲各証拠及び弁論の全趣旨によれば、次の事実が認められる。
（１）原告による本件社債の取得
原告は、株式会社Ｃ証券を通じ、Ｂ社１３０％コールオプション条項付第２回無担保転換社債型新株予約権付社債（期中償還請求権及び転換社債型新株予約権付社債間限定同順位特約付）２２００万円分、Ｂ社１３０％コールオプション条項付第３回無担保転換社債型新株予約権付社債（期中償還請求権及び転換社債型新株予約権付社債間限定同順位特約付）１７００万円分を取得した。
（甲１）
（２）Ｂ社の更生計画案の内容
前記前提事実（２）、イ記載のとおり、本件計画案は平成２５年２月●日に認可されたが、その内容はおおむね次のとおりである。
ア 本件社債の社債権者が平成２５年２月●日時点で保有している債権額を基準として、１７．４パーセントの確定額弁済及び追加弁済並びに残額の免除が行われる。
イ 平成２５年２月●日をもって本件社債は会社法上の社債から民法上の指名債権となる。（甲５の１及び２）
２ 争点１（本件損失についての損益通算の可否）について
（１）原告に対して適用される法令の定めについて
別紙１「関係法令の定め」の３、（４）、イ記載のとおり、平成２８年１月１日前に発生した事実に対しては旧措置法３７条の１０の２の規定が適用される。また、同３、（６）、ウ記載のとおり、平成２７年分以前の所得税については旧措置法３７条の１２の２の規定が適用される。
したがって、原告がした本件各年分の確定申告については旧措置法３７条１０の２及び旧措置法３７条の１２の２の規定が適用されるのであり、新措置法３７条の１１の２及び新措置法３７条１２の２が適用されるとの原告の主張は採用することができない。
（２）損益通算の可否について
本件損失が旧措置法３７条の１２の２第１項等に規定する「上場株式等に係る譲渡損失の金額」に当たるかについて、検討する。
別紙１「関係法令の定め」の３、（３）記載のとおり、旧措置法３７条の１０は、居住者が株式、新株予約権付社債等の譲渡をした場合に適用される規定である。
譲渡所得に対する課税は、資産の値上がりによりその資産の所有者に帰属する増加益を所得として、その資産が所有者の支配を離れて他に移転する際に、これを清算して課税する趣旨のものである。そして、所得税法上の譲渡とは、有償であると無償であるとを問わずその資産が所有者の支配を離れて他に移転することと解され（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同４３年１０月３１日第一小法廷判決・裁判集民事９２号７９７頁参照）、この理は、譲渡により損失が生じる場合も同様である。
これを本件についてみるに、本件社債は、前記認定事実（２）記載のとおり、本件更生計画認可決定により、その法的性質が会社法上の社債から民法上の指名債権となったにすぎず、旧措置法３７条の１２の２第１項等の文言上、これによって原告が本件社債に対して有する権利が他に「譲渡」されたものとみることはできない。
また、旧措置法３７条の１２の２第１項は、上場株式等のうち、特定管理株式又は特定保有株式が株式としての価値を失ったことによる損失が生じた場合に、これを譲渡損失とみなす旨の特例を定めるものであるところ、その文言上、当該特例は「株式」を対象とするものである。本件社債は、飽くまでも「社債」であって、旧措置法３７条の１０の２第１項が対象としている「株式」に該当しない。
したがって、新措置法３７条の１２の２の適用がない以上、本件損失について、旧措置法３７条の１０第１項並びに同法３７条の１２の２第１項及び第６項の規定が適用される余地はなく、本件損失が上場株式等の譲渡により生じた損失とみなされることもない。原告の主張は採用できない。
なお、原告は、本件損失を利子所得から控除すべき旨も主張するようであるが、そもそも本件損失が損益通算の対象とならないことに加え、旧措置法３７条の１２の２では損益通算の対象として利子所得は含まれておらず、この主張も採用できない。
３ 争点２（本件各処分についての国家賠償法上の違法性）について
以上の認定判断及び弁論の全趣旨によれば、本件各処分は、別紙２「本件各処分の根拠及び適法性」に記載のとおり、いずれも適法なものと認められ、原告の甲事件における主張は採用できない。
また、本件各処分について魚津税務署長が職務上尽くすべき注意義務を尽くさなかったことを認めるに足りる事情はなく（最高裁平成●●年（○○）第●●号、同第●●号、平成５年３月１１日第一小法廷判決・民集４７巻４号２８６３頁）、同税務署長による本件各処分が国家賠償法上違法である旨の原告の乙事件における主張も採用できない。
第６ 結論
よって、原告の請求にはいずれも理由がないから、これを棄却することとして、主文のとおり判決する。
富山地方裁判所民事部
裁判長裁判官和久田道雄
裁判官吉田祈代
裁判官尾嶋翔一
（別紙１）
関係法令の定め
１ 所得税法
（１）２２条（課税標準及び総所得金額）
ア 第１項
居住者に対して課する所得税の課税標準は、総所得金額、退職所得金及び山林所得金額とする。
イ 第２項
総所得金額は、各種所得の金額の計算の規定により計算した、利子所得の金額、配当所得の金額、不動産所得の金額、事業所得の金額、給与所得の金額、短期譲渡所得の金額及び雑所得の金額（これらの金額につき同法６９条（損益通算）の規定の適用がある場合には、その適用後の金額）の合計額並びに長期譲渡所得及び一時所得の金額（これらの金額につき同法６９条（損益通算）の規定の適用がある場合には、その適用後の金額）の合計額の２分の１に相当する金額の合計額とする。
（２）９２条１項（配当控除）
居住者が配当所得を有する場合には、その居住者のその年分の所得税額から、同項各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額を控除する。
（各号省略）
（３）１２０条１項（確定所得申告）
居住者は、その年分の総所得金額、退職所得金額及び山林所得金額の合計額が所得控除の規定による雑損控除その他の控除の額の合計額を超える場合において、当該総所得金額、退職所得金額又は山林所得金額からこれらの控除の額を同法８７条２項（所得控除の順序）の規定に準じて控除した後の金額をそれぞれ課税総所得金額、課税退職所得金額又は課税山林所得金額とみなして同法８９条（税率）の規定を適用して計算した場合の所得税の額の合計額が配当控除の額を超えるときは、同法１２３条１項（確定損失申告）の規定による申告書を提出する場合を除き、その年の翌年２月１６日から３月１５日までの期間において、税務署長に対し、同条各号に掲げる事項を記載した申告書を提出しなければならない。
２ 東日本大震災からの復興のための施策を実施するために必要な財源の確保に関する特別措置法（平成２３年法律第１１７号。以下「復興特別措置法」という。）
（１）１２条（個人に係る復興特別所得税の課税標準）
個人に対して課する復興特別所得税の課税標準は、その個人のその年分の基準所得税額とする。
（２）１３条（個人に係る復興特別所得税の税率）
個人に対して課する復興特別所得税の額は、その個人のその年分の基準所得税額に１００分の２．１の税率を乗じて計算した金額とする。
（３）２４条２項（課税標準の端数計算等）
復興特別所得税の確定金額の端数計算及び当該復興特別所得税の基準所得税額である所得税の確定金額の端数計算については、国税通則法第１１９条の規定にかかわらず、これらの確定金額の合計額によって行い、当該合計額に１００円未満の端数があるとき、又はその全額が１００円未満であるときは、その端数金額又はその全額を切り捨てる。
３ 旧措置法
（１）３条（利子所得の分離課税等）
ア 第１項
居住者が国内において支払を受けるべき利子所得については、所得税法２２条、８９条及び１６５条の規定にかかわらず、他の所得と区分し、その支払を受けるべき金額に対し１００分の１５の税率を適用して所得税を課する。
イ 所得税法等の一部を改正する法律（平成２５年法律第５号）附則（以下「改正法附則」という。）１９条
個人が平成２８年１月１日前に支払を受けるべき第３条第１項に規定する利子等については、なお従前の例による。
（２）８条の４（上場株式等に係る配当所得等の課税の特例）
ア 第１項
居住者が、上場株式等の配当等に係る配当所得につき、同項の適用を受けようとする旨の記載のある確定申告書を提出したときは、当該上場株式等の配当等に係る配当所得については、所得税法２２条、８９条及び１６５条の規定にかかわらず、他の所得と区分し、その年中の当該上場株式等の配当等に係る配当所得の金額に対し、上場株式等に係る課税配当所得の金額の１００分の１５に相当する金額に相当する所得税を課する。
この場合において、当該上場株式等の配当等に係る配当所得については、所得税法第９２条１項の規定は、適用しない。
なお、所得税法等の一部を改正する法律（平成２０年法律第２３号）附則３２条１項（ただし、平成２３年法律第８２号による改正後のもの）の規定により、平成２１年１月１日から平成２５年１２月３１日までの間に支払を受ける上場株式等の配当等については、旧措置法８条の４第１項に規定する割合は、１００分の７となる。
イ 第３項
第１項の適用がある場合、所得税法１２０条１項の総所得金額は、総所得金額及び上場株式等に係る配当所得の金額と読み替える（平成２５年政令第１６９号による改正前の租税特別措置法施行令４条の２第４項）。
ウ 改正法附則２６条
平成２８年１月１日前に支払いを受けるべき旧措置法８条の４第１項に規定する上場株式等の配当等については、従前の例による。
（３）旧措置法３７条の１０
ア 第１項
居住者が、株式等の譲渡をした場合は、当該株式等の譲渡による事業所得、譲渡所得及び雑所得については、所得税法２２条、８９条及び１６５条の規定にかかわらず、他の所得と区分し、その年中の当該株式等の譲渡に係る事業所得の金額、譲渡所得の金額及び雑所得の金額として政令で定めるところにより計算した金額に対し、株式等に係る課税譲渡所得等の金額の１００分の１５に相当する金額に相当する所得税を課する。
この場合において、株式等に係る譲渡所得等の金額の計算上生じた損失の金額があるときは、同法その他所得税に関する法令の規定の適用については、当該損失の金額は生じなかったものとみなす。
イ 第２項
第１項に規定する株式等とは、次に掲げるものをいう。
（ア）第１号
株式
（イ）第３号
新株予約権付社債
（他略）
ウ 所得税法等の一部を改正する法律（平成２０年法律第２３号）附則４３条２項（ただし、平成２３年法律第８２号による改正前のもの）
平成２１年１月１日から平成２５年１２月３１日までの間に上場株式等の譲渡をした場合には、当該譲渡による所得金額については、旧措置法３７条の１０第１項に規定する割合は、１００分の１５ではなく、１００分の７とする。
エ 改正法附則４２条
居住者が平成２８年１月１日前に行った旧措置法３７条の１０第１項に規定する株式等の譲渡については、従前の例による。
（４）旧措置法３７条の１０の２（特定管理株式等が価値を失った場合の株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）
ア 第１項
居住者が有する特定管理株式（居住者の開設する特定口座に係る特定口座内保管上場株式等（旧措置法３７条の１１の３第１項）が上場株式等に該当しないこととなった内国法人の株式につき、当該上場株式等に該当しないこととなった日以降引き続き当該特定口座を開設する金融商品取引業者等に開設される特定管理口座に係る振替口座簿に記載若しくは記録がされ、又は特定管理口座に保管の委託がされている当該内国法人の株式をいう。）又は特定保有株式（平成２１年１月４日において特定管理株式であった株式で同年１月５日に特定管理口座から払い出されたもののうち同日以降当該株式と同一銘柄の株式の取得及び譲渡をしていないものであることにつき証明がされたものをいう。）が株式としての価値を失ったことによる損失が生じた場合として同項各号に規定する事実が発生したときは、当該事実が発生したことは当該特定管理株式又は特定保有株式の譲渡をしたことと、当該損失の金額として政令で定める金額は当該特定管理株式又は特定保有株式の譲渡をしたことにより生じた損失の金額とそれぞれみなして、この条及び前条の規定その他の所得税に関する法令の規定を適用する。
イ 改正法附則４３条
新措置法３７条の１１の２の規定は、同条第１項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者の有する同項に規定する特定管理株式等、特定保有株式又は特定口座内公社債につき平成２８年１月１日以降に同項に規定する事実が発生する場合について適用し、旧措置法３７条の１０の２第１項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者の有する同項に規定する特定管理株式又は特定保有株式につき同日前に同項に規定する事実が発生した場合については、なお従前の例による。
ウ 新措置法３７条の１１の２第１項
居住者について、その有する特定管理株式等、特定保有株式又は特定口座内公社債が株式又は公社債としての価値を失ったことによる損失が生じた場合として次に掲げる事実が発生したときは、当該事実が発生したことは当該特定管理株式等、特定保有株式又は特定口座内公社債の譲渡をしたことと、当該損失の金額として政令で定める金額は第３７条の１２の２第２項に規定する上場株式等の譲渡をしたことにより生じた損失の金額とそれぞれみなして、この条、前条及び第３７条の１２の２の規定その他の所得税に関する法令の規定を適用する。
（５）旧措置法３７条の１１の３第１項（特定口座内保管上場株式等の譲渡等に係る所得計算等の特例）
居住者が、特定口座内保管上場株式等の譲渡をした場合には、政令で定めるところにより、当該特定口座内保管上場株式等の譲渡による事業所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額と当該特定口座内保管上場株式等以外の株式等の譲渡による事業所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額とを区分して、これらの金額を計算するものとする。
（６）旧措置法３７条の１２の２（上場株式等に係る譲渡損失の損益通算及び繰越控除）
ア 第１項
確定申告書を提出する居住者の平成２１年分以後の各年分の上場株式等に係る譲渡損失の金額がある場合には、第３７条の１０第１項後段の規定にかかわらず、当該上場株式等に係る譲渡損失の金額は、当該確定申告書に係る年分の第８条の４第１項に規定する上場株式等に係る配当所得の金額を限度として、当該年分の当該上場株式等に係る配当所得の金額の計算上控除する。
イ 第６項
確定申告書を提出する居住者が、その年の前年以前３年内の各年において生じた上場株式等に係る譲渡損失の金額を有する場合には、第３７条の１０第１項後段の規定にかかわらず、当該上場株式等に係る譲渡損失の金額に相当する金額は、政令で定めるところにより、当該確定申告書に係る年分の同項に規定する株式等に係る譲渡所得等の金額及び第８条の４第１項に規定する上場株式等に係る配当所得の金額を限度として、当該年分の当該株式等に係る譲渡所得等の金額及び上場株式等に係る配当所得の金額の計算上控除する。
ウ 改正法附則４６条
新措置法３７条の１２の２の規定は、平成２８年分以降の所得税について適用し、平成２７年分以前の所得税については、なお従前の例による。
エ 新措置法３７条の１２の２第１項
確定申告書を提出する居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者の平成２８年分以後の各年分の上場株式等に係る譲渡損失の金額がある場合には、第３７条の１１第１項後段の規定にかかわらず、当該上場株式等に係る譲渡損失の金額は、当該確定申告書に係る年分の第８条の４第１項に規定する上場株式等に係る配当所得等の金額を限度として、当該年分の当該上場株式等に係る配当所得等の金額の計算上控除する。
（別紙２）
本件各処分の根拠及び適法性
被告が本件訴訟において主張する原告の本件各係争年分における所得税の額等は、次のとおりである。
第１ 平成２５年分更正処分
１ 課税される所得金額
（１）配当所得の金額（総所得金額）
２５万５１００円
配当計算書（乙１の４・５、６頁）及び平成２５年分各照会回答書における配当金額（乙１５・３頁、乙１６・２頁、乙１７・２頁、乙１８・３頁）より、原告の配当所得の金額は２５万５１００円、源泉徴収税額は１万８２２７円となる。
（２）上場株式等に係る譲渡所得等の金額
９８万７７４０円
関係資料（乙１の４・１１、１３頁）より、原告の譲渡所得の合計金額である。
（３）所得控除額の合計額
４０万１０００円
基礎控除３８万円及び社会保険料控除２万１０００円の合計額である。
（４）課税総所得金額
０円
上記（１）から上記（３）を控除した後の金額である。
（５）上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額
８４万１０００円
上記（２）から上記（３）のうち上記（１）の金額によって控除しきれなかった金額を控除した後の金額である（国税通則法１１８条１項に基づき１０００円未満の端数は切り捨てた。）。
２ 課税される所得金額に対する税額
（１）上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額に対する税額
５万８８７０円
前記１、（５）の上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額に所得税法等の一部を改正する法律（平成２０年法律第２３号）附則４３条２項（別紙１「法令の定め」３、（３）、ウ）の規定を適用して算出した金額である。
（２）配当控除の金額
２万５５１０円
前記１、（１）の配当所得の金額に所得税法９２条１項１号イを適用して算出した金額である。
（３）差引所得税額
３万３３６０円
上記（１）から上記（２）を控除した後の金額である。
（４）復興特別所得税額
７００円
上記（３）に復興特別措置法１２条及び１３条の規定を適用して算出した金額である。
（５）源泉徴収税額
１万８２２７円
前記１、（１）記載の源泉徴収税額である。
（６）所得税等の確定納税額
１万５８００円
上記（３）に上記（４）を加算した金額から上記（５）を控除した後の金額である（復興特別措置法２４条２項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた。）。
第２ 平成２６年分更正処分
１ 課税される所得金額
（１）利子所得の金額
０円
関係資料（乙２の２・１２～１６、１８～３９頁）より、利子所得の金額は１０万５９４１円、利子所得に係る所得税等の源泉徴収税額１万６２１６円である。
もっとも、同利子所得は、旧措置法３条１項に基づき、一律源泉分離課税となるから、所得税法２２条２項に規定する総所得金額には含まれない。
（２）配当所得の金額
５１万５０００円
関係資料（乙２の２・８～１１頁）より、配当所得の金額は５１万５０００円、同所得に係る所得税等の源泉徴収税額は７万８８６８円である。
（３）総所得金額
５１万５０００円
上記（１）及び（２）の合計金額である。
（４）上場株式等に係る譲渡所得等
１２６万０７５８円
関係資料（乙２の２・４頁）より、上場株式等に係る譲渡所得等の金額である。
（５）所得控除後の合計額
４０万３８００円
原告の確定申告書記載の金額である。
（６）課税総所得金額
１１万１０００円
上記（３）から上記（５）を控除した後の金額である（国税通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた。）。
（７）上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額
１２６万円
上記（４）の金額について、国税通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てたものである。
２ 課税される所得金額に対する税額
（１）課税総所得金額に対する税額
５５５０円
前記１、（６）に所得税法８９条１項を適用して算出した金額である。
（２）上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額に対する税額
１８万９０００円
前記１、（７）に旧措置法３７条の１０第１項前段の規定を適用して算出した金額である。
（３）配当控除の金額
５万１５００円
前記１、（２）に所得税法９２条１項１号イの規定を適用して算出した金額である。
（４）差引所得税額
１４万３０５０円
上記（１）に上記（２）を加算した金額から上記（３）を控除した後の金額である。
（５）復興特別所得税額
３００４円
上記（４）に復興特別措置法１２条及び１３条の規定を適用して算出した金額である。
（６）源泉徴収税額
７万８８６８円
上記１、（１）記載の源泉徴収税額である。
（７）所得税等の確定納税額
６万７１００円
上記（４）に上記（５）を加算した金額から上記（６）を控除した後の金額である（復興特別措置法２４条２項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた。）。
第３ 平成２７年分更正処分
１ 課税される所得金額
（１）利子所得の金額
０円
関係資料（乙９の２・１２、１３～２８頁）より、利子所得は３０万９８５５円、同所得に係る源泉徴収税額は４万７４３１円である。
もっとも、同利子所得は、旧措置法３条１項に基づき、一律源泉分離課税となるから、所得税法２２条２項に規定する総所得金額には含まれない。
（２）配当所得
０円
関係資料（乙９の２・１１頁）より、配当所得は３万７５００円、同所得に係る所得税等の源泉徴収税額は５７４１円である。
もっとも、同譲渡所得は全て上場株式等に係る配当所得であり、原告は、平成２７年分の確定申告において、確定申告書の第三表（乙９の１・３頁）を提出して申告分離課税を選択していると認められることから、総所得金額計算上の配当所得の金額は０円である。
（３）総所得金額
０円
上記（１）及び（２）の合計額である。
（４）上場株式等に係る配当所得の金額
３万７５００円
上記（２）記載の金額である。
（５）上場株式等に係る譲渡所得等の金額
１万５１５４円
照会回答書（乙１９・４、５頁）より、上場株式等に係る配当所得の金額は１万５１５４円である。
（６）所得控除額の合計額
７８万７２５０円
基礎控除３８万円に、社会保険料控除４０万７２５０円（乙２０・２頁）を加えた金額である。
（７）課税総所得金額
０円
上記（３）の金額である。
（８）上場株式等に係る課税配当所得の金額
０円
上記（４）から上記（６）を控除した後の金額である。
（９）上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額
０円
上記カ（５）から上記（６）のうち上記（４）の金額によって控除しきれなかった金額を控除した後の金額である。
２ 課税される所得金額に対する税額
（１）差引所得税額
０円
前記１、（７）ないし（９）のとおり、課税される所得金額が０円であることから、差引所得税額は０円となる。
（２）源泉徴収税額
５７４１円
前記１、（２）記載の源泉徴収税額である。
（３）所得税等の確定納税額
マイナス５７４１円
上記（１）から（２）を控除した金額である。
第４ 本件賦課処分
原告は、本件各年分の確定申告書において、納付すべき税額を過小に又は還付されるべき税額を過大に申告していた。また、本件各更正処分により納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうちに、その更正前の税額の計算の基礎とされていなかったことについて国税通則法６５条４項に規定する正当な理由があると認められるものはない。
原告に課されるべき過少申告加算税は、平成２６年分更正処分により新たに納付すべきこととなる税額１６万円（ただし、国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後の金額。）に国税通則法６５条１項に基づき１００分の１０の割合を乗じて算出した金額１万６０００円となる。
別表１
○平成２５年分の所得税等の課税の経緯
（単位：円）
項目
確定申告
更正処分
異議申立て
異議決定
審査請求
裁決
年月日
平成26年3月5日平成27年9月30日平成27年12月2日平成28年2月23日平成28年3月22日平成28年12月8日配当所得の
金額
①－
255,100
総所得金額
（①）
②
255,100
上場株式等に係る
譲渡所得等の金額
③
987,740
社会保険料
控除
④
21,000
21,000
21,000
21,000
基礎控除
⑤
380,000
380,000
380,000
380,000
所得控除額の合計額
（④＋⑤）
⑥
401,000
401,000
401,000
401,000
課税総所得
金額
⑦
課税される
所得金額
（注１）
上場株式等に
係る課税譲渡
所得等の金額
⑧
841,000
課税総所得金額に対する
税額
⑨
上場株式等に係る課税譲渡
所得等の金額に対する税額
⑩
58,870
配当控除の金額
⑪
25,510
再差引所得税額
（⑨＋⑩－⑪）
⑫
33,350
復興特別所得税額
（⑫×税率2.1％）
⑬
源泉徴収税額
⑭
18,228
18,228
18,228
18,228
納付すべき
税額
（注２）
⑮
15,800
所得税及び復
興特別所得税
の確定納税額
(⑫＋⑬－⑭) 還付金の額に
相当する税額⑯
△18,228
△18,228
△18,228
更正により
納付すべき税額
（注２）
⑰
34,000
棄却
棄却
（注）１千円未満の端数を切り捨てた後の金額である。
２ 百円未満の端数を切り捨てた後の金額である。
別表２
○平成２６年分の所得税等の課税の経緯
（単位：円）
項目
確定申告
更正処分等
異議申立て
異議決定
審査請求
裁決
年月日
平成27年3月4日平成27年9月30日平成27年12月2日平成28年2月23日平成28年3月22日平成28年12月8日利子所得の
金額
①
110,941
110,941
110,941
配当所得の
金額
②
515,000
515,000
515,000
515,000
総合短期譲渡
所得の金額
③
1,260,758
1,260,758
1,260,758
総所得金額
（①＋②＋③）
④
1,886,699
515,000
1,886,699
1,886,699
上場株式等に係る
譲渡所得等の金額
⑤
1,260,758
社会保険料
控除
⑥
23,800
23,800
23,800
23,800
基礎控除
⑦
380,000
380,000
380,000
380,000
所得控除額の合計額
（⑥＋⑦）
⑧
403,800
403,800
403,800
403,800
課税総所得
金額
⑨
111,000
課税される
所得金額
（注１）
上場株式等に
係る課税譲渡
所得等の金額
⑩
1,260,000
課税総所得金額に対する
税額
⑪
5,550
上場株式等に係る課税譲渡
所得等の金額に対する税額
⑫
189,000
配当控除の金額
⑬
51,500
再差引所得税額
（⑪＋⑫－⑬）
⑭
143,050
復興特別所得税額
（⑭×税率2.1％）
⑮
3,004
源泉徴収税額
⑯
98,349
78,868
98,349
98,349
納付すべき
税額
（注２）
⑰
67,100
所得税及び復
興特別所得税
の確定納税額
(⑭＋⑮－⑯) 還付金の額に
相当する税額⑱
△98,349
△98,349
△98,349
更正により納付すべき税額
（注２）
⑲
165,400
過少申告加算税
（割合10％）
⑳
16,000
棄却・却下
棄却
（注）１千円未満の端数を切り捨てた後の金額である。
２ 百円未満の端数を切り捨てた後の金額である。
別表３
○平成２７年分の所得税等の課税の経緯
（単位：円）
項目
確定申告
更正処分
再調査の請求
再調査決定
審査請求
裁決
年月日
平成28年3月14日平成28年6月16日平成28年7月8日平成28年10月3日平成28年10月31日平成29年6月15日利子所得の
金額
①
309,855
309,855
309,855
配当所得の
金額
②
37,500
37,500
37,500
雑所得の金額③
総所得金額
（①＋②＋③）
④
347,355
347,355
347,355
上場株式等に係る
配当所得の金額
⑤
37,500
37,500
37,500
37,500
上場株式等に係る
譲渡所得等の金額
⑥
15,154
社会保険料
控除
⑦
407,250
基礎控除
⑧
380,000
380,000
380,000
380,000
所得控除額の合計額
（⑦＋⑧）
⑨
787,250
課税総所得
金額
⑩
上場株式等に
係る課税配当
所得の金額
⑪
課税される
所得金額
（注１）
上場株式等に
係る課税譲渡
所得等の金額
⑫
課税総所得金額に対する
税額
⑬
上場株式等に係る課税配当
所得の金額に対する税額
⑭
上場株式等に係る課税譲渡
所得等の金額に対する税額
⑮
再差引所得税額
⑯
源泉徴収税額
⑰
5,741
納付すべき
税額
（注２）
⑱
所得税及び復
興特別所得税
の確定納税額
（⑯－⑰）
還付金の額に
相当する税額⑲
△53,182
△5,741
△53,182
△53,182
更正により納付すべき税額
（注２）
⑳
47,400
棄却
棄却
（注）１千円未満の端数を切り捨てた後の金額である。
２ 百円未満の端数を切り捨てた後の金額である。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2018/pdf/13171.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。