税務訴訟資料第２６９号－２８（順号１３２５１）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号消費税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（博多税務署長）
平成３１年３月１４日棄却・控訴
判決
原告株式会社Ａ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士松井淑子
同泉本和重
同補佐人税理士叶温
同萱谷有香
被告国
同代表者法務大臣山下貴司
処分行政庁博多税務署長
坂田圭介
同指定代理人別紙１指定代理人目録のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 処分行政庁が原告に対して平成２７年５月２９日付けでした平成２５年１１月●日から同月３０日までの課税期間分の消費税及び地方消費税の更正処分（平成２９年６月２７日付け消費税及び地方消費税の更正による変更後のもの）のうち消費税の納付すべき税額につきマイナス３０４２万３５２３円を超える部分及び地方消費税の納付すべき税額につきマイナス７６０万５８８０円を超える部分をいずれも取り消す。
２ 処分行政庁が原告に対して平成２７年７月２８日付けでした平成２５年１１月●日から同月３０日までの課税期間分の消費税及び地方消費税の過少申告加算税の賦課決定処分（平成２９年６月２７日付け消費税及び地方消費税の加算税の賦課決定による変更後のもの）を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、不動産賃貸業等を営む原告が、建物の取得に係る支払対価の額及び司法書士報酬の額について、同建物及びその敷地である土地に係る売買契約の締結日が課税仕入れを行った日であるとして、その日の属する平成２５年１１月●日から同月３０日までの課税期間（以下「本件課税期間」という。）の課税仕入れに係る支払対価の額に含めて消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）の確定申告をしたところ、処分行政庁から、課税仕入れを行った日は、本件課税期間に属しない同土地及び同建物の引渡しがあった日であるとして、更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分を受けたことから、上記更正処分及び賦課決定処分が違法であるとして、これらの処分（平成２９年６月２７日付け更正又は賦課決定によりそれぞれ一部取り消す変更がされた後のもの）の取消し（ただし、更正処分については原告主張金額を超える部分）を求める事案である。
１ 関係法令等の定めは別紙２のとおりである。
２ 前提事実（証拠等を掲げていない事実は当事者間に争いがない。）
（１）合同会社Ｃの概要等
合同会社Ｃ（以下「Ｃ」という。）は、平成２４年６月●日、①不動産の賃貸、売買、管理、②それらに附帯関連する一切の業務を事業目的として設立された、決算日を６月３０日とする資本金１５万円の合同会社である（乙６、７）。
Ｃは、平成２４年６月１２日、Ｄ株式会社（以下「Ｄ」という。）から金地金２００グラムを８６万３３５０円で購入し、同月１３日、これをＤに対して８５万７４００円で売却した（乙８）。
Ｃは、平成２５年１１月●日、新設分割により原告を設立した上で、平成２６年６月●日に解散し、同年１２月●日に清算結了した（乙６）。なおＣが設立から清算結了までの約２年６か月の間に行った事業活動は、上記金地金の売買のみであった（乙７、９）。
（２）原告の概要
ア 原告は、平成２５年１１月●日、Ｃの消費税法１２条１項にいう新設分割子法人として、①不動産の賃貸借及び所有・管理・利用、②それらに附帯関連する一切の業務を事業目的として設立された、決算日を１１月３０日とする資本金１００万円の株式会社である。
イ 原告は、新設分割により設立された法人であるため、本件課税期間の消費税の納税義務の有無について、消費税法１２条１項にいう新設分割親法人であるＣの平成２４年６月●日から同月３０日までの事業年度の課税売上高を１年換算した金額により判定することとなる結果、これが１０００万円を超えることから、本件課税期間において消費税の納税義務者に該当することとなった（同法９条１項、１２条１項、同法施行令２３条１項）。
ウ 原告は、平成２５年１１月１４日、Ｄから金地金１０グラムを４万４５８０円で購入し、同月２０日、その全量をＤに対して４万２７５０円で売却した。なお、原告の本件課税期間における資産の譲渡等の対価の額は、課税資産の譲渡等の対価の額である当該金地金の売却に係る金額のみであることから、原告は、本件課税期間において課税売上割合が１００％となった。
エ 原告は、本件課税期間の課税売上高を１年換算した金額が１０００万円以下であることから、平成２６年１２月１日から平成２７年１１月３０日までの課税期間において、消費税等の納税義務が免除されることとなった（消費税法９条１項）。
（３）建物等の売買契約の概要
ア 原告は、平成２５年１１月１５日、乙（以下「本件売主」という。）との間で、福岡市博多区に所在する土地（以下「本件土地」という。）及び同土地上の建物（建物附属設備及び構築物に該当する部分を含む。以下「本件建物」といい、本件土地と併せて「本件不動産」という。）を代金９億７０００万円（消費税等相当額を含む。）で購入する旨の売買契約（以下「本件売買契約」という。）を締結した。
イ 本件売買契約に係る契約書（以下「本件売買契約書」という。）には、要旨、次のとおり定められている。
（ア）買主は、売主に売買代金を平成２５年１２月２日までに支払う（第５条）。
（イ）所有権は、売買代金の全額が支払われたときに買主へ移転する（第６条）。
（ウ）売主は、買主に本件不動産を売買代金全額の受領と同時に引き渡す（第７条）。
（オ）売主は、売買代金全額の受領と同時に所有権移転登記申請手続をしなければならない（第８条１項）。
（オ）本件不動産から発生する賃料・共益費の収益等に関しては、本件不動産の引渡日をもって区分し、引渡日以後は買主に帰属する（第１４条）。
（カ）売主は、本件不動産の引渡しと同時に、賃貸借契約書、その他の契約書、鍵一式、本件不動産に関する書類一式を買主へ引き渡す（特約条項５）。
（キ）売主及び買主は、現在、本件不動産につき売主と賃借人との間で賃貸借契約が締結されており、その賃借権の負担付で本件不動産を売買したことを互いに確認し、買主は、所有権移転と同時に、その賃貸借契約に関わる一切の地位を承継するものとする（特約条項６）。
（４）本件売買契約に係る経理処理
原告は、本件売買契約の締結日である平成２５年１１月１５日付けで、未払金勘定を相手科目として、本件不動産を土地、建物及び建物附属設備勘定に資産計上する経理処理を行った。
（５）本件売買契約締結後の経緯
ア 原告は、平成２５年１２月２日、本件売主との間で本件売買契約に基づく精算額について合意し、同日、本件売主に対し、本件不動産の売買代金の全額を支払った。
イ 本件売主は、同日、本件不動産に設定されていた本件売主の取引金融機関の根抵当権を抹消する旨の登記申請を行い、同日、当該登記がされた。
ウ 原告から委任を受けたＥ司法書士法人（以下「本件司法書士」という。）は、同日、本件不動産の取得に係る所有権移転登記申請を行い、本件不動産につき、本件売買契約を原因とする所有権移転登記がされた（乙２３から２５まで。ただし、原告が本件司法書士に上記登記申請を委任した日時については当事者間に争いがある。）。
エ 本件司法書士は、同日、原告の取引金融機関である株式会社Ｆ銀行（以下「Ｆ銀行」という。）の原告に対する債権を被担保債権とする抵当権を本件不動産に設定する旨の登記申請を行い、同日、当該登記がされた。
オ 原告は、同日、本件司法書士に対し、前記ウ及びエの各登記申請に係る司法書士報酬（登録免許税等の立替金を含む。）として、１１２６万２０９４円（以下「本件司法書士報酬」という。）を支払った。
カ 原告及び本件売主は、本件売買契約に基づき、本件不動産の固定資産税及び都市計画税に係る契約当事者間の負担割合について、平成２５年１２月２日を基準に按分計算を行い、同日の前日までの部分を本件売主が、同月２日以後の部分を原告が負担した。
キ 原告は、平成２５年１２月６日、Ｇ株式会社（以下「本件管理会社」という。）との間で、要旨、次の内容の賃貸借契約及び管理業務契約を締結した。
（ア）目的本件管理会社が原告から賃借を受ける本件建物を転借人に転貸すること（イ）契約期間平成２５年１２月２日から平成２７年１１月３０日まで
ク 本件管理会社は、平成２５年１２月、本件建物の各入居者に対し、本件建物の所有者が同月２日に本件売主から原告に変更になった旨を記載した通知書を発送した。
ケ 本件管理会社は、平成２６年１月２０日、原告に対し、平成２５年１２月２日から同月３１日までの賃料として、本件管理会社が本件建物の入居者から収受した１か月分の賃料等から、同月１日分の賃料等を控除した金額を支払った。
コ 本件売主は、本件不動産を平成２５年１２月２日に売却したとする経理処理を行った。また、本件管理会社から本件売主に対して、同月１日分の賃料等が支払われた。
（６）課税処分に至る経緯等（別表１）
ア 確定申告
（ア）原告は、本件課税期間の消費税等について、本件建物の取得対価の額、仲介手数料の額及び本件司法書士報酬の額合計７億９８１４万０８５６円（消費税等相当額を含む。）に係る消費税額を、控除対象仕入税額に算入し、法定申告期限までに申告した（以下「本件確定申告」という。）。
（イ）本件売主は、平成２５年分の所得税及び復興特別所得税の確定申告書の添付書類において、本件不動産の引渡しの日が平成２５年１２月２日である旨記載して、法定申告期限までに申告した。
イ 更正処分等
処分行政庁は、原告に対し、平成２７年５月２９日付けで本件課税期間の消費税等の更正処分（以下「本件更正処分」という。）を、同年７月２８日付けで本件課税期間の消費税等に係る過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分」といい、本件更正処分と併せて「本件更正処分等」という。）をそれぞれ行った。本件更正処分等に係る通知書（以下「本件更正通知書」という。）に記載された更正の理由は、別紙３のとおりである。
ウ 異議申立て及び異議決定
原告は、上記イの各処分を不服として、平成２７年７月１０日に本件更正処分について、また、同年８月５日に本件賦課決定処分について、それぞれ異議申立てをしたところ、異議審理庁である処分行政庁は、同年９月２８日付けで、各異議申立てについていずれも棄却する異議決定をした。
エ 審査請求及び裁決
原告は、平成２７年１０月２７日、国税不服審判所長に対し、審査請求を行ったところ、同所長は、平成２８年１０月２１日付けで、本件審査請求に対し、棄却裁決をした。
オ 本件訴訟の提起
原告は、平成２９年４月１日、本件更正処分等の全部の取消しを求めて本件訴訟を提起し、同月１３日、本件更正処分の取消しを求める範囲を本件確定申告に係る金額を超える部分に訂正する旨の訴状訂正申立書を提出した（顕著な事実）。
カ 減額更正処分等
処分行政庁は、本件建物の取得に係る支払対価、本件司法書士報酬及び本件不動産の取得に係る仲介手数料について、これらに係る消費税額を控除対象仕入税額に算入することはできないとして本件更正処分等を行ったが、平成２９年６月２７日付けで、上記仲介手数料に係る消費税額を控除対象仕入税額に算入することを認めて、本件更正処分の一部を取り消す更正処分を行うとともに、本件賦課決定処分につきその一部を取り消す変更決定処分を行った（以下、上記更正処分及び変更決定処分を併せて「平成２９年６月２７日付け更正処分等」という。）。
原告は、これを受けて、同年１０月２７日、本件更正処分等の各取消しの訴えにつき、前記第１のとおりとする一部取下げを行い、被告は、同年１１月８日、これに同意した（顕著な事実）。
第３ 本件更正処分等の根拠と適法性についての被告の主張
被告が本件訴訟において主張する本件更正処分等（平成２９年６月２７日付け更正処分等により一部取り消された後のもの）の適法性に係る主張（後記第５に摘示する被告の主張を除く。）は、別紙４のとおりである（同別紙において定義した略語は、本文においても用いることとする。）。なお、後記第５に摘示する被告の主張を前提にした場合に、消費税等及び過少申告加算税の額が被告の主張する金額になることは、当事者間に争いがない。
第４ 本件の争点
本件の争点は次のとおりである。
１ 本件建物の取得に係る「課税仕入れを行った日」（消費税法３０条１項１号）は、本件課税期間に属する日であるか否か
２ 本件司法書士報酬に係る「課税仕入れを行った日」（消費税法３０条１項１号）は、本件課税期間に属する日であるか否か
３ 本件更正処分等（平成２９年６月２７日付け更正処分等により一部取り消された後のもの）は、信義則に反し、違法であるか否か
４ 本件更正通知書における理由付記に不備があるか否か
５ 原告に通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるか否か
第５ 争点に関する当事者の主張
１ 争点１（本件建物の取得に係る「課税仕入れを行った日」（消費税法３０条１項１号）は、本件課税期間に属する日であるか否か）について
（被告の主張）
（１）「課税仕入れを行った日」（消費税法３０条１項１号）の意義について
ア 消費税法は、「課税仕入れを行った日」がいつであるかについての具体的な定めを設けていないが、同法２条１項１２号は、「課税仕入れ」の意義について、「事業者が、事業として他の者から資産を譲り受け〔中略〕ること」をいうとした上、その括弧書きにおいて、「当該他の者が事業として当該資産を譲り渡し〔中略〕たとした場合に課税資産の譲渡等に該当することとなるもの〔中略〕に限る。」との限定を付して規定している。すなわち、同法は、資産の譲渡人からみた場合の「課税資産の譲渡等」であるものをもって、当該資産の譲受人からみた場合の「課税仕入れ」であるとしているのであって、「課税資産の譲渡等」と「課税仕入れ」を正に表裏一体の関係にあるものとみている。
また、消費税法は、「課税資産の譲渡等」の日がいつであるのかについても具体的な定めを設けていないが、「課税資産の譲渡等〔中略〕をした時」が消費税等を納付する義務の成立時期であるとされていること（通則法１５条２項７号）と、消費税法が資産の譲渡等により譲渡人の下で生じた付加価値が移転するのを捉え、消費税の課税対象としていることを併せ考えると、「課税資産の譲渡等」の日とは、その資産につき、その同一性を保持しつつ他人に移転することにより譲渡人の下で生じた付加価値が移転した日をいうものと解すべきである。そして、当該資産が譲受人に引き渡されずに譲渡人の下にとどまっているのであれば、当該資産について生じた付加価値が譲渡人から譲受人に移転したとはいえないのであるから、「課税資産の譲渡等」の日とは、当該資産が譲渡人から譲受人に引き渡された日をいうものと解すべきである。
これを「課税資産の譲渡等」と表裏一体の関係にある「課税仕入れ」の側からいえば、譲受人が当該資産の引渡しを受けた日をもって「課税仕入れを行った日」であると解すべきこととなる。
イ 原告は、消費税法基本通達１１－３－１が準用する同通達９－１－１３（以下「本件通達」という。）ただし書において、納税者の選択により、譲渡に関する契約の効力発生の日を資産の譲渡の時期とすることが認められていると主張する。
しかしながら、本件通達ただし書は、土地、建物、構築物等については一般的にその引渡しの事実関係が外形上明らかでないことが多いところ、引渡しが明らかではない場合においても、付加価値の移転等に対する課税の必要性が否定されるものではないことから、契約締結日という特定日を課税の時期の徴表とし、引渡しに準じた取扱いとすることにしたものである。すなわち、本件通達ただし書は、飽くまで、引渡しを認識することが困難な場合を補完する趣旨で設けられたものであり、資産の引渡しに関する事実関係が客観的に明らかな場合には、本件通達ただし書の適用は認められないというべきである。
（２）権利確定主義からの検討
ア 原告は、「課税仕入れを行った日」の判断につき、権利確定主義を基準とするとしつつ、不動産の取引においては、契約の効力が発生した日についても合理的な基準として選択的に認められる旨主張する。
この点、消費税法２８条１項が「収受し、又は収受すべき一切の金銭」と規定していることからして、取引が完了していれば、対価が未収であっても課税の対象になると解すべきであり、その意味では、消費税においても、現実の収入の時点を基準とするいわゆる現金主義ではなく、現実の収入がなくても、その収入の原因となる権利が確定した時点を基準とするいわゆる権利確定主義が妥当する。もっとも、同法における「資産の譲渡」（４条１項）については、以下のとおり、少なくとも当該資産の所有権が譲渡人から譲受人に確定的に移転し、所有者としての現実の支配権の取得が認められることが必要というべきである。本件不動産の所有権の確定的な移転が認められない契約日をもって「資産の譲渡」が行われたということはできないから、原告の主張は失当である。
イ 権利確定主義にいう権利の確定とは、それが納税者に具体の所得税の納税義務を課する基因となる事由であることを考慮すると、単に権利の発生要件が満たされたというだけでは足りず、客観的にみて権利の実現が可能な状態になったことを要するというべきであり、権利の確定とは、権利の発生とは同一ではなく、権利発生後一定の事情が加わって権利実現の可能性を客観的に認識することができるようになることを意味するものと解される。したがって、権利の確定が認められるためには、権利の発生にとどまらず、当該権利の実現可能性を客観的に認識することができ、かつ、権利の実現（行使）が可能な状態となったことが必要であると解される。
以上からすると、消費税法における「資産の譲渡」についても、少なくとも、当該資産の所有権が譲渡人から譲受人に確定的に移転し、代金債権が成立することが必要と解される。
また、消費税法が資産の譲渡等により譲渡人の下で生じた付加価値が移転する時点を捉えて消費税の課税対象としていることからすれば、資産の譲渡等の際に、当該資産が譲受人に引き渡されずに譲渡人の下にとどまっているのであれば、当該資産の所有権が確定的に移転しているとはいえず、当該資産について生じた付加価値が譲渡人から譲受人に移転したとはいい難いから、消費税法における「資産の譲渡」の日とは、当該資産が譲渡人から譲受人に引き渡された日をいうと解するのが、消費税法の定める消費税の仕組みに整合的である。
ウ 本件通達を含む消費税法基本通達９章は、消費税法における資産の譲渡等の時期について、原則として所得税又は法人税における所得金額の計算上の資産の取得の時期又は費用の計上の時期と同じく、発生主義（権利確定主義）を採ることを確認的に定めたものといえる。そして、本件通達ただし書は、発生主義（権利確定主義）によらない選択を認める趣旨のものではなく、飽くまでも発生主義（権利確定主義）に基づく処理をすることを前提に、契約の効力発生の日を基準とすることができる場合があることを確認的に定めたものと解すべきである。
したがって、本件通達ただし書の「契約の効力発生の日を資産の譲渡の時期としているとき」とは、契約の効力発生の日を当該資産に係る所有権の確定的な移転の時期としている場合等、契約の効力発生の日を資産の譲渡の時期とすることが権利確定主義に反しない場合を意味するものと解すべきである。
なお、法人税法においても、不動産取引について当該不動産の引渡時期が明らかな場合には、当該引渡時期が収益計上の時期となるのであり、法人税基本通達においても、本件通達と同様に、納税者の自由な選択適用を認めるものでないことは明らかである。
（３）本件についての検討
ア 原告と本件売主は、本件売買契約において、①本件不動産の売買代金全額の支払と所有権移転登記及び本件不動産の引渡しを同時履行とすること、②本件不動産から発生する賃料・共益費の収益等に関しては、本件不動産の引渡日をもって区分し、引渡日以後は原告に帰属すること、③本件売主は本件不動産の引渡しと同時に賃貸借契約書、その他の契約書、鍵一式、本件不動産に関する書類一式を原告へ引き渡すこと、④本件売買契約締結時において、本件不動産につき本件売主と本件不動産の賃借人との間で賃貸借契約が締結されており、その賃借権の負担付で本件不動産を売買したことを互いに確認し、原告は所有権移転と同時に、その賃貸借契約に関わる一切の地位を承継するものとすることを約している。
そして、本件不動産については、平成２５年１２月２日に売買代金の支払、担保権の抹消、本件売買契約を原因とする所有権移転登記手続等、本件売買契約で約された内容が履行された上、同日、原告の取引金融機関であるＦ銀行のための抵当権の設定、賃貸人の変更通知及び賃料の収受等、原告による本件建物の使用収益が開始されている。
そうすると、本件不動産については、本件売買契約の内容のみならず、実際に行われた取引の内容からも、同日にその所有権が本件売主から原告に移転し、原告が本件不動産を使用収益することが可能となったことは明白であって、同日、本件不動産の引渡しがあったと認めるのが相当である。そして、本件においては資産の引渡しに関する事実関係が客観的に明らかであるから、本件通達ただし書の適用は認められない。
イ また、以上の事情からすれば、本件不動産に係る売買契約において権利行使が可能になった時点とは、本件売主において引渡し及び所有権移転登記申請手続の義務を、原告において売買代金全額の支払の義務をそれぞれ果たした時点であり、その時点で、本件売主と原告それぞれにつき反対給付を受ける権利が確定したものとみるべきであって、平成２５年１２月２日こそが権利の行使が可能になった時であり、本件建物に係る権利確定の日（本件不動産の取得に係る「課税仕入れを行った日」）であると認められる。なお、本件の契約の効力発生日は同日よりも前であるから、この日を資産の譲渡の時期とすることは権利確定主義に反するため、本件通達ただし書の適用は認められない。
ウ したがって、本件建物の売買代金に係る「課税仕入れを行った日」は、本件課税期間に属さない平成２５年１２月２日である。
（４）なお、本件において、原告は、本件課税期間において課税事業者となり、非課税売上げに対応する課税仕入れに該当するものとして、その大半が仕入税額控除の対象とならない本件建物を取得し、１か月に満たない期間である本件課税期間内において、原告の事業目的に関連しない少量の金地金１０グラムを売買することにより、本件課税期間の課税売上割合を１００％とする一方で、平成２５年１１月１５日に本件売買契約書を作成し、また、同日付けで未払金勘定を相手科目として本件建物を資産計上し、あたかも確定的に所有権が移転したとする経理処理をしたものである。かかる原告の一連の行為は、単に消費税等の還付を受けることのみを目的として、本件通達ただし書を適用して本件建物の取得に係る消費税の仕入税額控除を受けようとするものといえ、消費税法及び仕入税額控除の趣旨に反するものといわざるを得ないから、本件通達ただし書を適用する余地はないというべきである。（原告の主張）
（１）消費税法３０条１項１号の「課税仕入れを行った日」について
不動産等の固定資産の取引における「課税仕入れを行った日」として、譲渡契約に係る効力発生日をその仕入れを行った日とすることは、以下のとおり、消費税法３０条１項１号の解釈として許容される。本件通達ただし書は、上記の解釈を確認する趣旨の通達である。
ア 「課税仕入れ」が他の者における「課税資産の譲渡等」に該当するものであること、仕入税額控除が多段階取引における前段階までの消費税の課税部分を控除する税額控除の制度であることからすると、「課税仕入れを行った日」の判定は、「資産の譲渡等」の時期の判定と同様の基準により判断することとなる（消費税法基本通達１１－３－１）。
そして、消費税法は、課税の対象となる「資産の譲渡等」がいつ行われたのかの判断基準等について、明文の規定は設けていないものの、課税標準としての「対価の額」につき、「対価として収受し、又は収受すべき一切の金銭又は金銭以外の物若しくは権利その他経済的な利益の額」と定めている（２８条１項本文括弧書き）。これは、法人税法における益金や、所得税法における（総）収入金額と同様に、対価の流入の蓋然性の有無、すなわち権利確定主義を基準として、消費税法上の「資産の譲渡等」の時期を判断すべきことを定めているものと解すべきである。したがって、消費税法における「資産の譲渡等」の時期の判断は、権利確定主義に基づいて行うべきである。
イ（ア）所得税法において、建物の譲渡に関する課税は、一般に譲渡所得に対してされることとなるところ（３３条１項）、その時期（年度帰属）は、権利確定主義、すなわち収入すべき金額が確定した時期である（３６条１項）。そして、個人間の建物の譲渡については、その対価たる権利が確定するのは、契約により対価が確定的に発生した時期、すなわち契約の効力発生日となる。もちろん、双務契約においては、法的評価として、同時履行の抗弁の存在を考慮し、引渡しの日とすることも考えられるが、同時履行の抗弁は双務契約において双方が有するものであって、引渡しを拒むことが可能な状況も当然にありうることに鑑みると、本来的には契約の効力発生日を基準とすべきである。
所得税基本通達３６－１２においても、山林所得又は譲渡所得の総収入金額の収入すべき時期として、「引渡しがあった日」と「契約の効力発生の日」につき、納税者の選択した申告が認められている。
（イ）法人税法上の収益の計上時期（年度帰属）は、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従うものとされており（２２条４項）、損益計算書原則三Ｂでは、「売上高は、実現主義の原則に従い、商品等の販売又は役務の給付によって実現したものに限る。」と定められ、権利確定主義が採用されているといえる。そして、収入の原因たる権利が確定するのは、契約により対価たる権利が確定的に発生した時期、すなわち契約の効力発生日となる。
法人税基本通達２－１－１４においても、固定資産の譲渡による収益の帰属時期として、「引渡しがあった日」と「契約の効力発生の日」につき、納税者の選択による申告が認められている。
（ウ）消費税法においても、前記のとおり、課税資産の譲渡等の時期については、権利確定主義を基準として「資産の譲渡等」の時期を判断すべきことを定めているものと解すべきである。また、以上の所得税法及び法人税法上の建物の譲渡に関する年度帰属の判断基準との統一性を考慮すれば、課税資産である建物の譲渡の対価たる権利が確定するのは、契約により対価が確定的に発生した時期、すなわち契約の効力発生日となる。なお、双務契約においては、法的評価として、同時履行の抗弁の存在を考慮し、引渡しの日とすることも考えられる。
本件通達は、建物の譲渡に関し、引渡しがあった日と契約の効力発生の日にいずれの日を基準とするのかにつき、納税者の選択可能性を認めるものである。これは、我が国における取引慣行及び納税者の事務負担に配慮して定められたものであり、消費税法に係る上記解釈を確認する趣旨のものである。
ウ 以上のとおり、消費税法が、固定資産のうち建物の譲渡の時期につき、契約の効力発生日を排除していないといえることからすると、課税仕入れの時期についても、同様に、契約の効力発生日を排除していないことは明らかである。権利確定主義における権利が確定的に発生した場合とは、一義的に定まるものではなく、最高裁平成●●年（○○）第●●号同５年１１月２５日第一小法廷判決・民集４７巻９号５２７８頁においても、合理的なものとみられる複数の基準があり得ることが明確に認められている。そうであるからこそ、権利が確定的に発生した場合という権利確定主義の具体的な表れの一つとして、固定資産の譲渡のうち建物の取引においては、契約の効力発生日についても、取引の経済的実態からみて「資産の譲渡等」の時期の合理的な基準として、本件通達において確認されているのである。したがって、「課税仕入れを行った日」の判断において、不動産等について契約の効力発生日を基準とすることを認める本件通達ただし書の適用場面を、権利確定主義を理由として限定的に解釈すべき理由はない。
（２）被告の主張について
ア 被告は、「課税仕入れを行った日」は資産の引渡しを受けた日をいうと主張するが、仮に、契約の効力発生日を建物の譲受けに関する課税仕入れの時期に関する判断から除外するのであれば、建物の譲渡の時期についても、同様に契約の効力発生日とすることは許されないこととなる。
この場合、法人税法及び所得税法上当然に許されている、契約の効力発生日に基づく年度帰属の判断と矛盾し、税法全体の法体系の統一的な解釈を妨げることとなり、この問題に対応するために法人税法及び所得税法の解釈をも変更することとなるなど、納税者のみならず課税庁における混乱をもたらす点で、課税実務に極めて大きい影響を及ぼす。加えて、仮に異なる解釈を採るものとした場合にも、法人税法及び法人の経理処理における帳簿や所得税法上の処理とは異なる、消費税法独自の帳簿を作成の上経理処理を行わざるを得ないこととなり、納税者の便宜のため簡便性を確保するという同法が帳簿方式を採用した趣旨を没却するものとなる点でも、明らかに不都合性が高い。このように、被告主張の契約の効力発生日を排除する解釈を採用する場合の不都合性は非常に大きいものであり、解釈としての相当性を欠く。
また、そもそも土地、建物等の不動産に関しては、その性質上、引渡しの事実関係は外形上明らかではない。
さらに、被告は、本件通達ただし書は不動産取引について当該不動産の引渡日が明らかな場合には適用がない旨を主張するが、本件通達においては、引渡しの事実関係が客観的に明らかであるか否かで区別するということは全く示されておらず、被告の主張は失当である。
イ 被告は、所有権の確定的な移転が認められない契約日をもって、資産の譲渡が行われたということはできないなどとも主張する。
しかしながら、本件通達において、所有権の確定的な移転の有無を基準とすることについては全く言及されていないし、このような解釈が一般的に認識され、承認されているともいえない。
そもそも、本件通達ただし書が適用される場面を所有権の確定的な移転を契約の効力発生日としているような場合に限定するとなると、これが適用されるのは、契約締結日に全ての決済を行う場合に限定されることとなるが、この場合には、決済の事実から引渡しの事実を認定することができる（消費税法基本通達９－１－２）。そうすると、所有権の確定的な移転を基準とするのであれば、あえて本件通達において引渡しとともに契約の効力発生日を基準とするとした意味がない。
また、被告は、所有権の確定的な移転の要件として引渡しを挙げているが、本件通達ただし書が引渡しに係る事実関係が明らかでない場合に適用されるとの被告主張の解釈とは整合しない。
（３）本件建物の取得に係る「課税仕入れを行った日」について
本件更正処分は、本件建物の引渡日を平成２５年１２月２日と認定した上で、同日が「課税仕入れを行った日」であるとして本件確定申告を否認するものである。しかしながら、原告は、本件売買契約の効力発生日（本件売買契約の成立日）である同年１１月１５日を、本件建物の取得に係る「課税仕入れを行った日」として選択し、本件確定申告をしたものである。上記（２）で述べたところからすれば、本件確定申告における上記処理は、消費税法３０条１項１号に何ら違反するものではない。
したがって、本件更正処分のうち本件建物の取得に係る支払対価に関する部分は、誤った消費税法３０条１項１号の理解に基づいて、通則法２４条の要件を充足していないにもかかわらず行われたものであるから、違法である。
２ 争点２（本件司法書士報酬に係る「課税仕入れを行った日」（消費税法３０条１項１号）は、本件課税期間に属する日であるか否か）について
（被告の主張）
（１）ア「課税仕入れ」である「役務の提供」（消費税法２条１項１２号）とは、請負契約に代表される土木工事等のほか、興行その他種々のサービスを提供することをいい、弁護士等によるその専門的知識、技能等に基づく役務の提供もこれに含まれ、契約の種類が請負契約か委任契約であるかを問わないものと解するのが相当である。
そして、請負契約においては、その報酬請求権は、仕事の目的物の引渡しを要する請負にあってはその引渡しの時、目的物の引渡しを要しないときは仕事の完了の時に発生する（民法６３３条）。また、委任契約においては、期間によって報酬を定めた場合を除き、委任事務を履行した時に発生し（同法６４８条２項）、受任者の責めに帰することができない事由によって履行の中途で終了したときは、受任者は、既にした履行の割合に応じて報酬を請求することができるとされているが（同条３項）、これは、委任契約が仕事の完成を目的とせず、事務の処理そのものを目的とするから、既にした履行の割合に応じて報酬を請求できる旨を定めたものと解される。
消費税法は、前記のような役務の提供において生じた付加価値が付与されるのを捉えて消費税の課税の対象としていると解されることに加え、以上で述べた請負契約や委任契約における報酬請求権の発生時期の規定を考慮すると、このような役務の提供については、役務の提供の全部を完了した日を「課税仕入れを行ったと日」とするものと解される。
イ 原告は、消費税法基本通達９－１－１１（１）を根拠に、登記を行うべき不動産、登記手続の予定日及びその代金が確定した時点、すなわち準委任契約の効力発生日において、報酬の支払の蓋然性があるといえるとし、「支払うべき報酬の額が確定した日」をもって課税仕入れの時期とすることが相当であるなどと主張する。
しかしながら、そもそも、本件司法書士との委任契約が、平成２５年１２月２日より前に締結されたことをうかがわせる事情はない。原告が本件不動産の登記手続に係る事務を委任した日として客観的に明らかと認められる日は、同日である。
また、消費税法における資産の譲渡等の時期については、前記のとおり権利確定主義による判断が妥当するから、役務の提供の時期の判断についてもこれと整合的に捉え、当該役務の提供の全てが完了したときが課税仕入れを行った日と考えることが原則と解される。消費税法基本通達９－１－１１は、役務の提供において生じた付加価値の付与を捉え、これを消費税の課税の対象とする消費税法の趣旨を前提に、人的役務の提供に係る報酬の額が作業の段階ごとに区分され、それぞれの段階の作業が完了していることから報酬の額を確定させて支払を受けることができる場合には、委任契約（又は準委任契約）によって委託した役務の提供が部分的に完了したものとみて、資産の譲渡の時期とすることを定めたものである。すなわち、同通達は、原告が主張するように「支払うべき報酬の額が確定した日」に、その確定した額に係る役務の提供を行ったものと定めたものではないから、これを根拠とした原告の主張は理由がない。
（２）本件司法書士報酬は、原告が購入した本件不動産の登記申請等に係る役務の提供の対価であると認められる。そして、本件司法書士は、平成２５年１２月２日に本件不動産の売買による所有権移転登記の申請、本件不動産への抵当権の設定登記の申請をそれぞれ行い、同日、これらの登記がされたものである。そうすると、本件司法書士が原告から委任を受けた本件不動産の登記申請等に係る役務の提供の全部を完了した日は、同日（平成２５年１２月２日）であると認められる。
以上によれば、本件司法書士報酬に係る「課税仕入れを行った日」は、本件課税期間に属さない平成２５年１２月２日である。したがって、本件司法書士報酬に係る消費税額を、本件課税期間の控除対象仕入税額に算入することはできない。
（原告の主張）
（１）原告は、登記に必要な書類となる原告の印鑑証明書を平成２５年１１月１４日には取得しており、同日前後、遅くとも、本件売買契約が成立し効力を生じた日となる同月１５日には、原告と本件司法書士との間に、預け金の額や報酬金額が定まった準委任契約が成立していた。原告が本件司法書士に対して依頼した役務の内容は、①登記に関する手続について代理すること、②法務局又は地方法務局に提出し、又は提供する書類又は電磁的記録を作成すること、③上記各事務について相談に応じることというものであった。
（２）一般的な司法書士との準委任契約に関しては、消費税法基本通達は、１１章３節の課税仕入れの時期としても、９章の資産の譲渡等の時期としても、特に定めてはいない。もっとも、消費税法基本通達９－１－１１（１）は、設計等の技術に係る役務の提供に係る資産の譲渡の時期については、報酬の額が日数等により算定され、かつ、一定の期間ごとにその金額を確定させ、支払を受けるような場合、その支払を受けるべき報酬の額が確定した日にその確定した金額に係る役務の提供を行ったものとすると定めている。
本件司法書士報酬についても、司法書士報酬が手続ごとにその報酬が算出される契約ともいえる以上、報酬の額が確定した日である本件不動産の売買契約の締結日及び効力発生日となる平成２５年１１月１５日をもって課税仕入れのあった日とすることは、消費税法３０条１項１号に反するものではない。
本件司法書士に対する報酬支払義務は、①登記に関する手続について代理すること、②法務局又は地方法務局に提出し、又は提供する書類又は電磁的記録を作成すること、③上記各事務について相談に応ずることの対価として支払われるものであり、消費税法基本通達９－１－１１（１）のように、定型的な事柄によって報酬が支払われる蓋然性が高くなるものである。そうであるとすれば、登記を行うべき不動産、登記手続の予定日及びその代金が確定した時点、すなわち準委任契約の効力発生日において、課税仕入れの日を認定することに何ら疑義を差し挟むべき合理的な理由はなく、約した役務の全部の提供を完了した日でなければならないとする必然性はない。
したがって、消費税法基本通達９－１－１１にいう「支払うべき報酬の額が確定した日」をもって、課税仕入れの時期とすることが相当といえる。
３ 争点３（本件更正処分等（平成２９年６月２７日付け更正処分等により一部取り消された後のもの）は、信義則に反し、違法であるか否か）について
（原告の主張）
本件通達ただし書は、消費税法３０条１項１号の解釈として、同法制定当時から本件更正処分等まで四半世紀以上もの期間、明文で納税者の選択可能性を明確に認める旨公表され続けてきたものである。原告は、このように公的見解として長期間にわたって広く周知され、信頼されてきた解釈を信頼し、これに沿って本件確定申告を行ったにもかかわらず、同解釈を否定されて本件更正処分等を受け、予期せぬ損害を被った。
原告による本件建物の取得に係る課税仕入れを行った日の判断につき、上記解釈が認められないとは、本件通達の文言上、全く読み取ることができない。また、納税者の選択可能性を認める本件通達ただし書は、消費税法３０条１項１号の解釈として、公的見解として長期間にわたって広く周知され、信頼されてきたのであり、これと異なる実務上の運用があるとの事情もなく、原告が上記解釈と異なる解釈を行えば、かえって更正処分等の対象となり得る状況であった。このため、原告が、本件通達ただし書を信じて行動するにつき、何ら責めに帰すべき事情はなかった。
処分行政庁は、明確な解釈の変化や消費税法基本通達の解釈が消費税法３０条１項１号に適合しないことの理由も示さないまま、唐突に上記解釈を否定して本件更正処分等を行ったものであり、これにより納税を余儀なくされた原告の経済的負担は決して軽いものではない。本件更正処分等に係る課税を免れさせて原告の信頼を保護しなければ、今後、消費税法基本通達にとどまらず、国税庁長官による法令解釈通達一般につき、改訂されないままこれに反する課税処分が行われ、恣意的な課税処分が容認されることとなり、我が国の全ての納税者の信頼を破壊する結果となる点で、著しく正義に反する。
以上によれば、本件更正処分等（平成２９年６月２７日付け更正処分等により一部取り消された後のもの）は、信義則に反し、違法である（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同６２年１０月３０日第三小法廷判決・裁判集民事１５２号９３頁（以下「最高裁昭和６２年判決」という。）参照）。
被告は、原告に消費税等の還付を受ける目的があったというが、そのような目的の有無は、信頼の有無とは全く関連性のない事情であり、考慮されるべきでない。
（被告の主張）
（１）租税法は強行法規であり、課税要件が充足されている限り、法律の根拠に基づくことなしに租税を減免することは許されないのが原則であるから、租税法律関係における信義則の法理の適用に関しては、租税法規の適用における納税者間の平等、公平という要請を犠牲にしても、なお納税者の信頼を保護することが必要であると認められる場合に限られる。最高裁昭和６２年判決も、信義則の法理が適用される場面を限定的に解した上で、その適用の是非を検討すべき特別の事情の有無について、①税務官庁が納税者に対し信頼の対象となる公的見解を表示したこと、②これにより、納税者がその表示を信頼しその信頼に基づいて行動したこと、③後に上記表示に反する課税処分が行われ、そのために納税者が経済的不利益を受けることになったものであるかどうか、また、④納税者が税務官庁の上記表示を信頼しその信頼に基づいて行動したことについて、納税者の責めに帰すべき事由がないことといった事情全てが少なくとも必要であるとしている。
（２）本件通達ただし書は、原告が主張するように、固定資産の引渡しの時期が明らかな場合か否かを問わず、納税者において、資産の譲渡等の時期を引渡日とするか契約締結日とするかを自由に選択することを認めたものではないから、税務官庁においてその旨の公的見解を表示した（上記①）ものとはいえない。
次に、原告は、人の居住の用に供する賃貸マンションであって非課税売上げに対応する課税仕入れに該当するものとして、その大半が仕入税額控除の対象とならない本件建物を取得し、１か月に満たない本件課税期間内において、原告の事業目的に関連しない少量の金地金を売買して課税売上割合を１００％とする一方で、原告と本件売主との間で本件売買契約書を作成し、かつ、その作成日と同日付けで未払金勘定を相手方科目として資産を計上し、あたかも確定的に所有権が移転したとする経理処理をした上で本件確定申告をしたものである。これら一連の行為には、原告の新設分割親会社であるＣの唯一の業務執行社員兼代表社員であり、税務の専門家である税理士が関与していることがうかがわれる。以上の事情によれば、原告は、単に消費税等の還付を受ける目的で、上記一連の行為をしたものと認められる。すなわち、原告は、本件通達本文を適用したのでは多額の仕入税額控除ができず多額の消費税等の還付を受けることができないことを十分に承知した上で、本件通達ただし書が仕入税額控除に係る課税仕入れを行った日につき、固定資産の引渡日あるいは契約締結日のいずれとするかを納税者の自由な選択に委ねている旨、本件通達から何ら読み取ることのできない原告の独自の見解に基づき、あえて意図的に本件通達本文ではなくそのただし書を選択して本件確定申告をしたものである。そうすると、原告が税務官庁の表示を信頼しその信頼に基づいて行動した（上記②）ものとは到底いえない。
また、本件更正処分等（平成２９年６月２７日付け更正処分等により一部取り消された後のもの）は、いずれも適法な課税処分であり、適法な課税処分の結果、原告の納付すべき税額が増加したにすぎないから、原告は最高裁昭和６２年判決にいう経済的不利益（上記③）を受けることになったものに該当しないというべきである。
さらに、原告は、本件通達ただし書は納税者に自由な選択を認めるものであるとの独自の解釈に基づいて本件確定申告をしたのであり、かかる解釈を採ったことに原告の責めに帰すべき事由がない（上記④）ということはできない。
以上のとおり、原告には、最高裁昭和６２年判決で示された特別の事情は存在せず、本件において信義則の法理の適用がないことは明らかである。
４ 争点４（本件更正通知書における理由付記に不備があるか否か）について（被告の主張）
（１）行政手続法１４条１項が不利益処分をする場合に同時にその理由を名宛て人に示さなければならないとしているのは、名宛て人に直接に義務を課し又はその権利を制限するという不利益処分の性質に鑑み、行政庁の判断の慎重と合理性を担保してその恣意を抑制するとともに、処分の理由を名宛て人に知らせて不服の申立てに便宜を与える趣旨に出たものと解される（最高裁平成●●年（○○）第●●号同２３年６月７日第三小法廷判決・民集６５巻４号２０８１頁）。そして、不利益処分一般について、どの程度の理由を提示すべきかは、上記のような同項本文の趣旨に照らし、当該根拠法令の規定内容、当該処分に係る処分基準の存否及び内容並びに公表の有無、当該処分の性質及び内容、当該処分の原因となる事実関係の内容等を総合考慮してこれを決定すべきであると解される（同判決参照）。
（２）ア本件更正通知書は、「課税仕入れを行った日」が平成２５年１２月２日であると判断するに至った過程につき、当該課税期間中の仕入税額控除の範囲を示した消費税法３０条１項１号の記載とともに、本件建物の引渡時期を認定・判断するために考慮した事実関係等を具体的に摘示している。そして、本件課税期間の仕入税額控除の対象から除外する課税仕入れに係る支払対価の額の内訳を示した表には、控除対象から除外する支払対価の内容ごとに、その支払先及びその支払対価の額が具体的に記載されている。
このような本件更正通知書の記載内容からすれば、①本件課税期間の仕入税額控除の対象から除外される課税仕入れに係る支払対価の額である合計７億９８１４万０８５６円は、本件売買契約に基づく本件建物の取得に係る支払対価の額、仲介手数料及び本件司法書士報酬の額であること、②これらの課税仕入れを行った日は、本件売買契約の約定内容、代金の支払日、本件建物の賃料の収受開始日、所有権移転登記の日に照らして、本件建物の引渡しがされ、また、本件司法書士の役務の提供が完了した平成２５年１２月２日であり、上記金額は、本件課税期間における課税仕入れに係る支払対価の額として仕入税額控除することはできないことという本件更正処分に至る処分行政庁の判断過程が、具体的に示されているということができる。
以上の事情に鑑みると、本件更正通知書の上記記載は、行政手続法１４条１項の趣旨である処分行政庁の判断の慎重、合理性を確保する点について欠けるところはなく、原告においても、その記載自体から、本件売買契約の締結日が本件建物に係る「課税仕入れを行った日」でない旨を容易に読み取ることができるものといえる。すなわち、本件更正通知書における理由の記載は、処分行政庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由付記制度の趣旨・目的を充足する程度に具体的に明示したものということができ、法の要求する更正の理由付記として欠けるところはないものである。
更正の理由付記において、処分時における判断過程、判断理由等を全て記載しなければならないものではない。本件においては、権利確定主義を前提とした規定である消費税法３０条１項に基づいて処分されたことが明示されていれば足り、その確認的な定めである本件通達本文を重ねて記載する必要がないことはもとより、本件通達本文とそもそも適用の余地のない本件通達ただし書のいずれを適用するかについての判断過程を付記する必要はない。
したがって、本件更正通知書における理由付記に不備はない。
イ なお、本件更正通知書に付記された記載全体からすれば、本件更正通知書の「更正の理由」欄の表記載の「仲介手数料等」、「Ｈ株式会社ほか」に本件司法書士報酬が含まれていることは、当該取引の当事者としては容易に理解し得るところである。原告が作成した計算書類においても、司法書士報酬を「その他」の項目に分類し、欄外に司法書士報酬と記載されており、原告は、本件司法書士報酬について、相手勘定を未払金として土地、建物、建物附属設備及び構築物の取得価格として経理し、帳簿書類には、本件司法書士報酬の額をそれぞれに按分した金額を記載しているのである。そうすると、処分行政庁において、改めて課税取引ごと、すなわち司法書士報酬等の項目ごとに区分し直して更正通知書に記載しなければならない理由は見当たらない。
また、通常、司法書士に対する報酬は、所有権移転登記を行う際に発生するものであり、本件売買契約においては、引渡しを受けた日と同一の日である平成２５年１２月２日に移転登記がされているところ、本件更正通知書には、その旨「同日（引用者注：平成２５年１２月２日）、売買を原因として本件物件の所有権移転登記がなされていること」と明示されている。そうすると、これ以上に具体的に示さなければ付記理由として欠けることになるとはいえず、本件司法書士報酬に係る部分についても、更正の理由付記に不備はない。
ウ 仮に本件司法書士報酬に係る部分について、更正の理由付記に不備があるとしても、本件更正通知書の理由付記の程度からすると、その不備が本件更正処分全体の理由付記を不備ならしめる程度にまで至らないのは明らかである。したがって、本件司法書士報酬に係る部分については格別、本件更正処分全体が違法となるものではない。（原告の主張）
（１）ア本件更正処分は、本件確定申告について、帳簿記載事実又は帳簿記載において前提とする事実に基づいて、単にその評価のみを否認するものである。このような場合には、そのような評価判断に至った過程自体を、理由付記制度の趣旨に適う程度に具体的に説明し、又は摘示する必要があるというべきである。
特に、原告は、本件更正処分に先立つ税務調査の際に、本件建物の取得に係る課税仕入れの帰属時期につき、本件通達ただし書で示されている、契約の効力発生日を「課税仕入れを行った日」とする解釈に基づき申告を行った旨上申を行っていた。すなわち、争点となり得る法令及び納税者がいかなる解釈に基づき消費税及び地方消費税の申告を行っているかが明らかであって、かつ、納税者の解釈は国が予め公表する通達に従ったものであった。そうであれば、納税者の不服申立ての検討材料を欠かないようにするため、また、処分行政庁に特に慎重な判断を要求し、その判断の合理性を担保するために、本件建物の取得に係る支払対価に関する部分の理由付記においては、評価判断たる法令の解釈の過程につき説明し、又は摘示することが必要不可欠であったといえる。
イ 処分行政庁は、本件建物の取得に係る支払対価に関し、事実と結論のみを述べ、評価判断たる法令の解釈の過程につき、説明又は摘示を全く行わなかった。すなわち、公にされ、現実には法源と同様の機能を果たしている通達の適用関係（本件通達ただし書がなぜ適用されずに本件通達本文が適用されたのか）、消費税法３０条１項１号の「課税仕入れを行った日」の解釈を何ら示さなかったのである。かかる理由付記は、処分行政庁が採用したと思われる法解釈につき、その判断過程が明らかでないとの点で、明らかに行政手続法１４条１項に基づき求められる理由付記を欠いている。
（２）原告の本件司法書士との契約、課税取引は、本件建物の購入とは別個の課税仕入れである。しかしながら、本件司法書士報酬に関し、本件更正通知書には、「支払先」として何ら記載がないばかりか、本件司法書士との委任契約の日や本訴において被告が主張するような役務提供の日に関する言及は全く記載されていない。このように、本件更正通知書をみる限り、本件更正処分は、本件建物の取得に係る課税仕入れについて行われたものとしか評価できない。
したがって、本件更正処分は、本件司法書士報酬に係る部分に関する理由付記を欠くものであり、違法である。
５ 争点５（原告に通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるか否か）について（原告の主張）
（１）通則法６５条４項にいう「正当な理由」があると認められる場合とは、真に納税者の責に帰することのできない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお、納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいう。
（２）原告において、本件建物の取得につき消費税法３０条１項１号を適用するに当たり、本件売買契約の効力発生日を「課税仕入れを行った日」と解して申告したこと、具体的には、本件通達ただし書で示された解釈に基づいて同号の法令解釈をしたことは、単なる原告の税法の不知又は誤解によるものとはいえない。すなわち、本件通達ただし書は、土地、建物その他これに類する資産である場合につき、文言上限定を付すことなく、「事業者が当該固定資産の譲渡に関する契約の効力発生の日を資産の譲渡の時期としているときは、これを認める。」と定めているから、本件売買契約の効力発生日（契約日）を課税仕入れの日とすることに何ら制限はなかった。さらに、税務当局が編さんした著作物（大蔵省主税局税制第２課編「消費税法のすべて」（平成元年、大蔵省印刷局））においても、上記の解釈に沿う記述がされていた。
原告は、本件通達で客観的に示された消費税法３０条１項１号の解釈に忠実に従って本件確定申告をしたのであり、何ら帰責性はない。
そもそも、本件確定申告について、通則法６５条の過少申告加算税により是正されるべき状況である「当初から適法に申告し納税した納税者との間の客観的不公平」は実質的にはない。むしろ、課税当局が制定した本件通達ただし書を信頼した原告に対して過少申告加算税を制裁として課すことは、極めて酷といわざるを得ない。
したがって、本件賦課決定処分は、通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるものとして、取り消されるべきである。
（被告の主張）
原告は、消費税等の還付を受ける目的をもって、本件通達本文を適用したのでは多額の仕入税額控除ができず多額の消費税等の還付を受けることができないことを十分に承知した上で、本件通達ただし書が「課税仕入れを行った日」につき、固定資産の引渡日あるいは契約締結日のいずれとするかを納税者の自由な選択に委ねているという、本件通達から何ら読み取ることのできない原告独自の見解に基づき、あえて意図的に本件通達本文ではなくそのただし書を選択、適用して本件確定申告をしたものと認められる。
そうすると、原告が本件確定申告において適用した本件通達ただし書を本件更正処分において適用しなかったことについて、原告において、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があるとは認められないし、過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお原告に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷であるとも認められない。
したがって、原告に通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるとは認められない。
第６ 当裁判所の判断
１ 争点１（本件建物の取得に係る「課税仕入れを行った日」（消費税法３０条１項１号）は、本件課税期間に属する日であるか否か）について
（１）消費税法３０条１項１号は、事業者が、国内において課税仕入れを行った場合、当該「課税仕入れを行った日」が属する課税期間の課税標準額に対する消費税額から、当該課税期間中に国内において行った課税仕入れに係る消費税額を控除する旨規定している。被告は、本件建物につき、課税仕入れを行った日は平成２５年１２月２日であり、本件課税期間に属する日ではないと主張するので、以下、検討する。
（２）ア消費税法２条１２号は、課税仕入れの定義として、「事業者が、事業として他の者から資産を譲り受け〔中略〕ること」としつつ、「当該他の者が事業として当該資産を譲り渡し〔中略〕たとした場合に課税資産の譲渡等に該当することとなるもの〔中略〕に限る。」としており、「課税資産の譲渡等」（同条９号）と「課税仕入れ」を表裏一体のものとして捉えているものと解される。そうであるとすれば、同法３０条１項１号にいう（譲受人が）「課税仕入れを行った日」とは、譲渡人が課税資産の譲渡等を行った日と同義であると解するのが相当である。
この点について、通則法１５条２項７号が、課税資産の譲渡等をした時をもって消費税等を納付する義務の成立時期とするものと定めており、課税資産の譲渡等は、事業者に納税義務を課する基因となる事由であること、また、消費税法２８条１項本文括弧書きは、課税資産の譲渡等に係る消費税の課税標準額としての「対価の額」につき、「対価として収受し、又は収受すべき一切の金銭又は金銭以外の物若しくは権利その他経済的な利益の額」と定めていることからすると、同法は、課税資産の譲渡等の時期について、納税者の恣意を許さず、課税の公平を期すという観点から、対価を収受する権利が確定した時点でその収受すべき対価を取得したものとして、その時点の属する課税年度の課税対象とする立場に立つものということができる。したがって、課税資産の譲渡等による対価を収受する権利が確定した時点で、課税資産の譲渡があったとみるのが相当であり、同法３０条１項１号にいう「課税仕入れを行った日」についても、課税資産の譲渡等による対価を収受する権利が確定した日をいうものと解するのが相当である（この意味で、消費税においても、いわゆる権利確定主義が妥当する。）。
そして、消費税は、各取引段階において移転され、付与される付加価値に着目して課される付加価値税の性質を有しており、消費税法が資産の譲渡等により譲渡人の下で生じた付加価値の移転する時点を捉えて消費税の課税対象としていることからすれば、当該資産について生じた付加価値が譲受人に確定的に移転したといえる時点をもって、課税資産の譲渡等による対価を収受する権利が確定したものと捉えるのが相当である。そうすると、対価を収受する権利が発生したというだけでは、当該資産について生じた付加価値が譲受人に確定的に移転したとはいえないから、課税資産の譲渡等による対価を収受する権利が確定したというためには、権利が発生したというだけでは足りず、客観的にみて権利の実現が可能な状態になったことを要するというべきである。
イ 原告は、不動産等の固定資産の譲渡契約に係る契約の効力発生日を「課税仕入れを行った日」とすることが消費税法３０条１項１号の解釈として許容されており、本件通達ただし書はこの解釈を確認する趣旨である旨主張する。
しかしながら、消費税法３０条１項１号にいう「課税仕入れを行った日」とは、前記のとおり、課税資産の譲渡等による対価を収受する権利が確定した日をいうものと解するのが相当であるところ、固定資産の譲渡等については、引渡しという外形的事実があれば、通常その対価である権利の実現が客観的に可能な状態となり、権利が確定したということができるのであって、本件通達は、その趣旨を確認的に定めたものにすぎないものといえる。したがって、本件通達ただし書も、権利確定主義に反する取扱いを認めるものではなく、契約においてその効力発生日を当該資産の譲渡の日と定めている場合に、当該契約の効力発生日をもって権利が確定したと認められる事情があるときは、その日を「課税仕入れを行った日」とすることも同号に反しない旨を確認する趣旨のものにすぎないと解される。そうすると、本件通達ただし書は、権利の実現が未確定な場合についてまで、契約の効力発生の日をもって「課税仕入れを行った日」とすることを認めるものとは解されないから、原告の主張を採用することはできない。
（３）アそこで、本件売買契約について、課税資産の譲渡等による対価を収受する権利が確定した日がいつであるかを検討する。
前記前提事実（３）イのとおり、本件売買契約においては、①本件不動産の売買代金全額の支払と所有権移転登記及び本件不動産の引渡しを同時履行とすること、②本件不動産から発生する賃料・共益費の収益等に関しては、本件不動産の引渡日をもって区分し、引渡日以降は原告に帰属すること、③本件売主は、本件不動産の引渡しと同時に、賃貸借契約書、その他の契約書、鍵一式、本件不動産に関する書類一式を引き渡すこと、④原告は所有権移転と同時に、本件不動産の賃貸借契約に関わる一切の地位を承継するものとすることなどが合意されている。
そして、本件売買契約の履行状況についてみると、前記前提事実（５）のとおり、①原告及び本件売主は、平成２５年１２月２日、本件建物につき、本件売買契約を原因とする所有権移転登記を了したこと、②原告と本件管理会社との間で、同日を契約開始日とする本件建物に係る賃貸借契約及び管理業務契約が締結され、原告は同日から本件建物の賃料の収受を開始したことが、それぞれ認められる。
以上のとおり、平成２５年１２月２日に、本件売主が本件不動産につき原告への所有権移転登記手続をし、原告において本件不動産の使用収益が可能となり、本件不動産の引渡しがあったといえることからすると、本件売主は、同日に、本件売買契約における約定に従って、売主としての履行義務を果たしたということができるから、本件建物に係る売買代金請求権が客観的にみて実現可能な状態となった時点、すなわち、同請求権について権利が確定した時点は、同日であると認めるのが相当である。したがって、本件建物の取得に係る「課税仕入れを行った日」は、本件課税期間に属さない同日（平成２５年１２月２日）であると認められる。
イ これに対し、原告は、課税資産である建物の譲渡の対価である権利が確定するのは契約の効力発生日であるとして、本件売買契約の成立日が「課税仕入れを行った日」である旨主張する。しかしながら、上記のような本件売買契約の内容及び履行状況に照らすと、本件売買契約の成立日の時点では売買代金請求権が抽象的に発生していたにとどまり、客観的にみて権利の実現が可能な状態になったということはできないから、原告の上記主張を採用することはできない。
２ 争点２（本件司法書士報酬に係る「課税仕入れを行った日」（消費税法３０条１項１号）は、本件課税期間に属する日であるか否か）について
（１）原告と本件司法書士との間の本件司法書士報酬に係る契約は、本件司法書士において、本件不動産の登記申請等の事務を行い、原告において、その対価として、本件司法書士報酬を支払う旨の準委任契約であると認められる。そうすると、本件司法書士による上記事務の履行は、消費税法２条１項１２号にいう「役務の提供」に当たる。
（２）前記のとおり、消費税法３０条１項１号にいう「課税仕入れを行った日」とは、課税資産の譲渡等による対価を収受する権利が確定した時点をいうものと解される。したがって、本件司法書士報酬については、当該報酬の請求権の確定した日が「課税仕入れを行った日」となるというべきである。
そこで検討すると、前記前提事実（５）のとおり、①本件司法書士は、平成２５年１２月２日、本件不動産の取得に係る所有権移転登記申請を行い、本件不動産につき、本件売買契約を原因とする所有権移転登記がされたこと、②本件司法書士は、同日、Ｆ銀行の原告に対する債権を被担保債権とする抵当権を本件不動産に設定する旨の登記申請を行い、同日、当該登記がされたことが、それぞれ認められる。そうすると、本件司法書士が前記準委任契約に係る委任事務の履行を完了したのは、同日であるといえる。
そして、一般に、準委任契約においては、期間によって報酬を定めた場合を除き、委任事務の履行を完了したときに報酬請求権が発生するものであり（民法６５６条、６４８条２項）、本件においても、原告は、委任事務の履行が完了した同日に、本件司法書士に対し、上記の各登記申請という役務の提供に係る対価として、本件司法書士報酬を支払っている。このような事情に鑑みれば、本件司法書士報酬に係る請求権が客観的にみて実現可能な状態となった時点、すなわち権利の確定の時点は、上記の各登記申請という委任事務の履行が完了した日である平成２５年１２月２日と認めるのが相当である。
したがって、本件司法書士報酬に係る「課税仕入れを行った日」は、本件課税期間に属さない日であることとなる。
（３）ア原告は、遅くとも平成２５年１１月１５日に本件司法書士との間の準委任契約が成立していたとした上で、報酬の額が確定した日である同日が、本件司法書士報酬に係る「課税仕入れを行った日」である旨主張する。しかしながら、仮に同日が準委任契約の成立日であったとしても、上記（２）の事実関係に照らすと、同日の時点では報酬請求権が抽象的に発生していたにすぎないといえるから、原告の主張を採用することはできない。
イ 原告は、消費税法基本通達９－１－１１（１）を引用した上で、報酬の額が確定した日である平成２５年１１月１５日をもって課税仕入れのあった日とすることは、消費税法３０条１項１号に反することはなく、認められる旨主張する。しかしながら、同通達は、役務の提供が部分的に完了した都度、当該部分につき報酬の支払を受けるような事実関係にある場合に、全体の役務提供の完了を待たずに、その部分的に支払が確定した報酬に係る役務の提供について、その都度、資産の譲渡等があったものと認められる旨を定めたものにすぎず、権利の実現が未確定な段階で資産の譲渡等の時期とすることを認めるものではないから、原告の主張を採用することはできない。
３ 争点３（本件更正処分等（平成２９年６月２７日付け更正処分等により一部取り消された後のもの）は、信義則に反し、違法であるか否か）について
（１）租税法規に適合する課税処分について、法の一般原理である信義則の法理の適用により、当該課税処分を違法なものとして取り消すことができる場合があるとしても、法律による行政の原理とりわけ租税法律主義の原則が貫かれるべき租税法律関係においては、上記法理の適用については慎重でなければならず、租税法規の適用における納税者間の平等、公平という要請を犠牲にしてもなお当該課税処分に係る課税を免れさせて納税者の信頼を保護しなければ正義に反するといえるような特別の事情が存する場合に、初めて上記法理の適用の是非を考えるべきものである。そして、上記特別の事情が存するかどうかの判断に当たっては、少なくとも、税務官庁が納税者に対し信頼の対象となる公的見解を表示したことにより、納税者がその表示を信頼しその信頼に基づいて行動したところ、後に上記表示に反する課税処分が行われ、そのために納税者が経済的不利益を受けることになったものであるかどうか、また、納税者が税務官庁の上記表示を信頼しその信頼に基づいて行動したことについて納税者の責めに帰すべき事由がないかどうかという点の考慮は不可欠のものであるといわなければならない（最高裁昭和６２年判決参照）。
（２）原告は、本件通達ただし書が、土地、建物及びこれに類する資産について、納税者の選択により、当該固定資産の譲渡に関する契約の効力発生日を「資産の譲渡等」の時期とすることを認めているとした上で、本件更正処分は本件通達ただし書によって認められている処理を否定するものであり、信義則に反する旨主張する。
しかしながら、前記のとおり、本件通達ただし書は、権利の実現が未確定である場合にまで、契約の効力発生日をもって「資産の譲渡等」の時期とすることを認めるものとは解されない。また、本件通達は、その文言に照らしても、権利の実現が未確定の場合にまでただし書が適用されるとの誤解を納税者に抱かせるものともいい難い。そうすると、本件通達によって信頼の対象となる公的見解が表示され、後にその表示に反する課税処分が行われたという事情があるとはいえないから、本件更正処分が本件通達ただし書によって認められている処理を否定するものであるとの原告の主張は、前提を欠くものといわざるを得ない。
以上によれば、本件更正処分について、前記（１）にいう特別の事情が存するとは認められないから、信義則の法理の適用を検討する余地はない。
４ 争点４（本件更正通知書における理由付記に不備があるか否か）について（１）国税に関する法律に基づき行われる処分その他の公権力の行使に当たる行為（酒税法２章（酒類の製造免許及び酒類の販売業免許等）の規定に基づくものを除く。）については、行政手続法１４条１項本文に規定された不利益処分の理由の提示が義務付けられているところ、同項本文が不利益処分をする場合に同時にその理由を名宛て人に示さなければならないとしているのは、名宛て人に直接に義務を課し又はその権利を制限するという不利益処分の性質に鑑み、行政庁の判断の慎重と合理性を担保してその恣意を抑制するとともに、処分の理由を名宛て人に知らせて不服の申立てに便宜を与える趣旨に出たものと解される。そして、不利益処分一般について、どの程度の理由を提示すべきかは、上記のような同項本文の趣旨に照らし、当該根拠法令の規定内容、当該処分に係る処分基準の存否及び内容並びに公表の有無、当該処分の性質及び内容、当該処分の原因となる事実関係の内容等を総合考慮してこれを決定すべきであると解される（前掲最高裁平成２３年６月７日第三小法廷判決参照）。
（２）以下、本件について検討する。
ア 本件建物の取得に係る支払対価に関する部分について
本件更正通知書の「更正の理由」欄には、本件売買契約の合意内容、本件売買代金の支払状況、賃料収受の状況、所有権移転登記の状況に関する事実が記載された上、「課税仕入れを行った日は、本件物件（裁判所注：本件建物のこと）の引渡しを受けた日である平成２５年１２月２日と認められます」と記載されている。これらの記載によれば、処分行政庁が、消費税法３０条１項１号の「課税仕入れを行った日」は引渡しの日をいうものと解釈した上で、いかなる事実に基づいて本件建物の引渡しの日を認定したかは明確であるといえるし、本件売買契約の締結日が「課税仕入れを行った日」に当たらないと判断したことも、また明確であるといえる。そうすると、本件更正通知書の記載については、処分行政庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由付記制度の趣旨及び目的を充足する程度に具体的に理由が明示されたものということができる。
以上に照らすと、本件建物の取得に係る支払対価に関し、本件通達ただし書が適用される場合についての処分行政庁の解釈や、本件において本件通達ただし書が適用されなかった理由が記載されていなかったとしても、更正の理由付記として不備があるとはいえず、これに反する原告の主張を採用することはできない。
イ 本件司法書士報酬に関する部分について
本件更正通知書には、本件司法書士報酬についての明示はないものの、その「更正の理由」欄には、本件建物に係る所有権移転登記がなされた日が平成２５年１２月２日であることが記載され、これに続いて、「課税仕入れを行った日は、本件物件の引渡しを受けた日である平成２５年１２月２日と認められますので、本件物件の取得に係る支払対価の額７９８，１４０，８５６円（税込金額）は、当課税期間（裁判所注：本件課税期間のこと）の課税仕入れに係る支払対価の額に該当しません」と記載されている。そして、①上記金額は本件司法書士報酬額を含む金額であること、②同欄の表には、本件不動産の取得に係る取引のうち消費税法上の課税取引となる取引の全てが記載された上で、「内容」欄に「仲介手数料等（建物分）」、「支払先」欄に「Ｈ株式会社ほか」といった記載があることなど、本件更正通知書の記載の全体からすれば、処分行政庁が、本件司法書士報酬に係る「課税仕入れを行った日」を、本件売買契約の成立日ではなく、所有権移転登記を完了した日である平成２５年１２月２日であると認定し、本件更正処分を行ったことを了知することは可能であり、本件更正処分については、処分行政庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由付記制度の趣旨及び目的を充足する程度に具体的に理由が明示されたものということができる。したがって、本件司法書士報酬に係る部分についても、更正の理由付記として不備があるとはいえない。
５ 争点５（原告に通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるか否か）について（１）過少申告加算税は、過少申告による納税義務違反の事実があれば、原則としてその違反者に対して課されるものであり、これによって、当初から適正に申告し、納税した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに、過少申告による納税義務違反の発生を防止し、適正な申告納税の実現を図り、もって納税の実を挙げようとする行政上の措置である。この趣旨に照らせば、通則法６５条４項にいう「正当な理由があると認められる」場合とは、「真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、上記のような過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合」をいうものと解するのが相当である（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１８年４月２０日第一小法廷判決・民集６０巻４号１６１１頁）。
（２）原告は、「課税仕入れを行った日」は本件売買契約の効力発生の日である同契約の成立日（平成２５年１１月１５日）であると解して本件確定申告をしたことが、本件通達ただし書で客観的に示された消費税法３０条１項１号の解釈に忠実に従ったものであるなどと主張する。
しかしながら、前記のとおり、本件通達ただし書は、権利の実現の未確定である場合にまで、契約の効力発生日をもって「資産の譲渡等」の時期と認めるものとは解されないし、本件通達は、その文言に照らしても、権利の実現が未確定の場合にまでただし書が適用されるとの誤解を納税者に抱かせるものともいい難い。
以上によれば、原告が、本件売買契約成立日をもって「課税仕入れを行った日」とすることは本件通達ただし書によって認められると考えて本件確定申告をしたものであったとしても、この点について、上記「正当な理由」があるということはできない。
６ まとめ
以上によれば、原告の本件課税期間における消費税等の額及び原告に課される過少申告加算税の額は、別紙４のとおりであると認められ、本件更正処分等（平成２９年６月２７日付け更正処分等により一部取り消された後のもの）における消費税等の額及び過少申告加算税の額と同額であることが認められる。したがって、本件更正処分等（平成２９年６月２７日付け更正処分等により一部取り消された後のもの）は、適法である。
７ 結論
よって、原告の請求はいずれも理由がないから、これらを棄却することとして、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官森英明
裁判官三貫納有子
裁判官鈴鹿祥吾
（別紙１）
指定代理人目録
早川充、飯塚晴久、小澤信彦、小西博昭、平田宏幸、石津武志、神川和久、福田雅代、岩本竜一、黨秀幸、黒田哲弘
以上
（別紙２）
関係法令等の定め
１ 消費税法（平成２４年法律第６８号による改正前のもの）
（１）２条１項
この法律において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。〔１号から７号まで略〕
８号資産の譲渡等事業として対価を得て行われる資産の譲渡及び貸付け並びに役務の提供（〔括弧内略〕）をいう。
９号課税資産の譲渡等資産の譲渡等のうち、第６条第１項の規定により消費税を課さないこととされるもの以外のものをいう。
〔１０号、１１号略〕
１２号課税仕入れ事業者が、事業として他の者から資産を譲り受け、若しくは借り受け、又は役務の提供（〔括弧内略〕）を受けること（当該他の者が事
業として当該資産を譲り渡し、若しくは貸し付け、又は当該役務の提
供をしたとした場合に課税資産の譲渡等に該当することとなるもので、
第７条第１項各号に掲げる資産の譲渡等に該当するもの及び第８条第
１項その他の法律又は条約の規定により消費税が免除されるもの以外
のものに限る。）をいう。
〔１３号から２０号まで略〕
（２）２８条１項
課税資産の譲渡等に係る消費税の課税標準は、課税資産の譲渡等の対価の額（対価として収受し、又は収受すべき一切の金銭又は金銭以外の物若しくは権利その他経済的な利益の額とし、課税資産の譲渡等につき課されるべき消費税額及び当該消費税額を課税標準として課されるべき地方消費税額に相当する額を含まないものとする。以下この項及び次項において同じ。）とする。〔ただし書略〕
（３）３０条１項
事業者（〔括弧内略〕）が、国内において行う課税仕入れ又は保税地域から引き取る課税貨物については、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める日の属する課税期間の第４５条第１項第２号に掲げる課税標準額に対する消費税額（〔括弧内略〕）から、当該課税期間中に国内において行った課税仕入れに係る消費税額（〔括弧内略〕）及び当該課税期間における保税地域からの引取りに係る課税貨物（〔括弧内略〕）につき課された又は課されるべき消費税額（〔括弧内略〕）の合計額を控除する。
１号国内において課税仕入れを行った場合当該課税仕入れを行った日
〔２号、３号略〕
２ 消費税法基本通達（平成２７年５月２６日付け課消１－１７ほか５課共同「消費税法基本通達等の一部改正について（法令解釈通達）」による改正前のもの）
（１）９－１－２（棚卸資産の引渡しの日の判定）
棚卸資産の引渡しの日がいつであるかについては、例えば、出荷した日、相手方が検収した日、相手方において使用収益ができることとなった日、検針等により販売数量を確認した日等、当該棚卸資産の種類及び性質、その販売に係る契約の内容等に応じてその引渡しの日として合理的であると認められる日のうち、事業者が継続して棚卸資産の譲渡を行ったこととしている日によるものとする。この場合において、当該棚卸資産が土地又は土地の上に存する権利であり、その引渡しの日がいつであるかが明らかでないときは、次に掲げる日のうちいずれか早い日にその引渡しがあったものとすることができる。
（１）代金の相当部分（おおむね５０％以上）を収受するに至った日
（２）所有権移転登記の申請（その登記の申請に必要な書類の相手方への交付を含む。）をした日
（２）９－１－１１（技術役務の提供に係る資産の譲渡等の時期）
設計、作業の指揮監督、技術指導その他の技術に係る役務の提供に係る資産の譲渡等の時期は、原則として、その約した役務の全部の提供を完了した日であるが、その技術に係る役務の提供について次に掲げるような事実がある場合には、その支払を受けるべき報酬の額が確定した日にその確定した金額に係る役務の提供を行ったものとする。ただし、その支払を受けることが確定した金額のうち役務の全部の提供が完了するまで又は１年を超える相当の期間が経過するまで支払を受けることができないこととされている部分については、その完了する日とその支払を受ける日とのいずれか早い日を資産の譲渡等の時期とすることができる。
（１）報酬の額が現地に派遣する技術者等の数及び滞在期間の日数等により算定され、かつ、一定の期間ごとにその金額を確定させて支払を受けることとなっている場合（２）例えば、基本設計に係る報酬の額と部分設計に係る報酬の額が区分されている場合のように、報酬の額が作業の段階ごとに区分され、かつ、それぞれの段階の作業が完了する都度その金額を確定させて支払を受けることとなっている場合
〔（注）略〕
（３）９－１－１３（固定資産の譲渡の時期）
固定資産の譲渡の時期は、別に定めるものを除き、その引渡しがあった日とする。ただし、その固定資産が土地、建物その他これらに類する資産である場合において、事業者が当該固定資産の譲渡に関する契約の効力発生の日を資産の譲渡の時期としているときは、これを認める。
（注）本文の取扱いによる場合において、固定資産の引渡しの日がいつであるかについては、９－１－２の例による。
（４）１１－３－１（課税仕入れを行った日の意義）
法第３０条第１項第１号《仕入れに係る消費税額の控除》に規定する「課税仕入れを行った日」とは、課税仕入れに該当することとされる資産の譲受け若しくは借受けをした日又は役務の提供を受けた日をいうのであるが、これらの日がいつであるかについては、別に定めるものを除き、第９章《資産の譲渡等の時期》の取扱いに準ずる。
以上
・別紙３省略
・別表３省略
（別紙４）
本件更正処分等（平成２９年６月２７日付け更正処分等により一部取り消された後のもの）の適法性
１ 本件更正処分（平成２９年６月２７日付け更正処分により一部取り消された後のもの）の適法性（別表２）
（１）課税標準額（別表２④欄）
４万００００円
上記金額は、原告の本件確定申告書の「課税標準額①」欄に記載された金額である。
（２）課税標準額に対する消費税額（別表２⑤欄）
１６００円
上記金額は、原告の本件確定申告書の「消費税額②」欄に記載された金額である。
（３）差引課税仕入れに係る支払対価の額（別表２⑧欄）
１４５１万８６４２円
原告は、本件確定申告書において、課税仕入れに係る支払対価の額を７億９８６５万９４９８円としているが（別表２⑥欄）、当該金額のうち、本件建物の取得に係る支払対価の額及び本件司法書士報酬の額の合計額７億８４１４万０８５６円（別表２⑦欄）は、同課税期間の課税仕入れに係る支払対価の額に該当しないことから、その差額１４５１万８６４２円が同課税期間における課税仕入れに係る支払対価の額となる。
（４）課税仕入れに係る消費税額（別表２⑨欄）
５５万３０９１円
上記金額は、前記（３）の金額に１０５分の４を乗じて算出した額である。
（５）控除対象仕入税額（別表２⑩欄）
５５万３０９１円
上記金額は、原告の本件課税期間における課税売上高が５億円を超えるとき、又は同課税期間における課税売上割合が１００分の９５に満たないときのいずれにも該当しないことから、消費税法３０条２項の規定の適用はなく、前記（４）の金額と同額となる。
（６）納付すべき消費税額（別表２⑪欄）
△５５万１４９１円
上記金額は、前記（２）の金額から、前記（５）の金額を差し引いた後の金額である。
（７）既に納付の確定した消費税額（別表２⑫欄）
△３０４２万３５２３円
上記金額は、原告の本件確定申告書の「控除不足還付税額⑧」欄に記載された金額である。
（８）差引納付すべき消費税額（別表２⑬欄）
２９８７万２０００円
上記金額は、前記（６）の金額から前記（７）の金額を差し引いた後の金額（ただし、国税通則法（平成２８年法律第１５号による改正前のもの。以下「通則法」という。）１１９条１項の規定に基づき、１００円未満を切り捨てた後のもの）である。
（９）納付すべき譲渡割額（別表２⑭欄）
△１３万７８７２円
上記金額は、地方消費税の課税標準である前記（６）の金額に１００分の２５を乗じた金額である。
（10）既に納付の確定した譲渡割額（別表２⑮欄）
△７６０万５８８０円
上記金額は、原告の本件確定申告書の「還付額⑲」欄に記載された金額である。
（11）差引納付すべき譲渡割額（別表２⑯欄）
７４６万８０００円
上記金額は、前記（９）の金額から前記（１０）の金額を差し引いた後の金額（ただし、地方税法２０条の４の２第３項の規定に基づき、１００円未満を切り捨てた後のもの）である。
（12）差引納付すべき消費税等の合計額（別表２⑰欄）
３７３４万００００円
上記金額は、前記（８）の金額と前記（１１）の金額との合計金額である。
（13）小括
以上のとおり、原告の本件課税期間の消費税に係る控除対象仕入税額、納付すべき消費税額及び納付すべき地方消費税額（譲渡割額）は、本件更正処分（平成２９年６月２７日付け更正処分により一部取り消された後のもの）における控除対象仕入税額、納付すべき消費税額及び納付すべき地方消費税額（別表１の「減額更正処理」欄）と同額であるから、本件更正処分（平成２９年６月２７日付け更正処分により一部取り消された後のもの）は適法である。
２ 本件賦課決定処分（平成２９年６月２７日付け変更決定処分により一部取り消された後のもの）の適法性
（１）過少申告加算税の法令の規定
通則法６５条１項（過少申告加算税）は、期限内申告書が提出された場合において、修正申告書の提出又は更正があったときは、当該納税者に対し、その修正申告又は更正に基づき同法３５条２項の規定により納付すべき税額に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額に相当する過少申告加算税を課する旨規定している。
また、通則法６５条２項は、同条１項の規定に該当する場合において、同項に規定する納付すべき税額がその国税に係る期限内申告税額に相当する金額と５０万円とのいずれか多い金額を超えるときは、同項の過少申告加算税の額は、同項の規定にかかわらず、同項の規定により計算した金額に、当該超える部分に相当する税額に１００分の５の割合を乗じて計算した金額を加算した金額とする旨規定している。
そして、通則法６５条４項は、上記修正申告書の提出又は更正に基づき納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうちにその修正申告又は更正前の税額の計算の基礎とされていなかったことについて正当な理由があると認められるものがある場合には、納付すべき税額から一定の金額を控除して計算する旨規定している。
（２）本件賦課決定処分（平成２９年６月２７日付け変更決定処分により一部取り消された後のもの）（別表３）
本件更正処分（平成２９年６月２７日付け更正処分により一部取り消された後のもの）に伴って賦課される過少申告加算税の額は、同更正処分（平成２９年６月２７日付け更正処分により一部取り消された後のもの）により納付すべき消費税等の合計税額３７３４万００００円（ただし、通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。別表３②欄）に１００分の１０の割合を乗じて算出した３７３万４０００円（別表３⑥欄）に、当該納付すべき消費税等の合計税額３７３４万００００円から５０万円を差し引いた後の金額３６８４万００００円（ただし、通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。別表３③欄）に１００分の５の割合を乗じて算出した金額１８４万２０００円（別表３⑦欄）を加算した金額５５７万６０００円（別表３⑧欄）である。
（３）小括
以上のとおり、本件更正処分（平成２９年６月２７日付け更正処分により一部取り消された後のもの）に伴って原告に賦課されるべき過少申告加算税の金額は、本件賦課決定処分（平成２９年６月２７日付け変更決定処分により一部取り消された後のもの）により原告に賦課された過少申告加算税の金額（別表１「変更決定処分」欄）と同額であるから、本件賦課決定処分（平成２９年６月２７日付け変更決定処分により一部取り消された後のもの）は適法である。
以上
別表１
課税の経緯
（単位：円）
区分
項目
確定申告
更正処分
異議申立て
賦課決定処分
異議申立て
異議決定
審査請求
審査裁決
減額更正処分変更決定処分
年月日
平成26年1月22日平成27年5月29日平成27年7月10日平成27年7月28日平成27年8月5日
平成27年9月28日
平成27年10月27日平成28年10月21日平成29年6月27日平成29年6月27日消費税
課税標準額
40,000
40,000
全部取消し
棄却
全部取消し
棄却
40,000
消費税額
1,600
1,600
1,600
控除対象
仕入税額
30,425,123
19,757
553,091
納付すべき
消費税額
△ 30,423,523
△ 18,157
△ 551,491
地方消費税
課税標準となる
消費税額
△ 30,423,523
△ 18,157
△ 551,491
納付すべき
地方消費税額
△ 7,605,880
△ 4,539
△ 137,872
過少申告加算税の
額
5,675,000
全部取消し
棄却
5,576,000
(注)△印は、還付金の額に相当する税額を示す。
別表２
本件課税期間の消費税等の合計税額
（単位：円）
区分
項目
本件更正処分（平成29年６月27日付け
減額更正処分後のもの）
課税資産の譲渡等の対価の額
①
40,714
非課税売上額
②
資産の譲渡等の対価の額（①＋②）
③
40,714
課税標準額
（千円未満切捨て）
④
40,000
課税標準額に対する消費税額
（④×4/100）
⑤
1,600
課税仕入れに係る支払対価の額
（更正処分前・税込金額）
⑥
798,659,498
減算
本件不動産の所得に係る課税仕入れに
係る支払対価の額（税込金額）
⑦
784,140,856
差引課税仕入れに係る支払対価の額（⑥－⑦）
⑧
14,518,642
課税仕入れに係る消費税額
（⑧×4/105）
⑨
553,091
控除対象仕入税額
⑩
553,091
納付すべき消費税額（⑤－⑩）
⑪
△ 551,491
既に納付の確定した消費税額
⑫
△ 30,423,523
差引納付すべき消費税額（⑪－⑫）
（百円未満切捨て）
⑬
29,872,000
納付すべき譲渡割額（⑪×0.25）
⑭
△ 137,872
既に納付の確定した譲渡割額
⑮
△ 7,605,880
差引納付すべき譲渡割額（⑭－⑮）
（百円未満切捨て）
⑯
7,468,000
差引納付すべき消費税等の合計税額
（⑬＋⑯）
⑰
37,340,000
（注）△印は、還付金の額に相当する税額を示す。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2019/pdf/13251.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。