税務訴訟資料第２６９号－６４（順号１３２８７）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分等取消請求事件（第１事件）、平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分等取消請求事件（第２事件）、平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分等取消請求事件（第３事件）
国側当事者・国（鹿児島税務署長）
令和元年６月２７日棄却・確定
判決
第１事件原告Ａ株式会社
（以下「原告Ａ」という。）
同代表者代表取締役甲
第２事件原告株式会社Ｂ
（以下「原告Ｂ」という。）
同代表者代表取締役甲
第３事件原告株式会社Ｃ
（以下「原告Ｃ」という。）
同代表者代表取締役甲
上記３名訟代理人弁護士鳥飼重和
同橋本浩史
同瀧谷耕二
同末長祐
被告国
同代表者法務大臣山下貴司
処分行政庁鹿児島税務署長
古園久徳
指定代理人別紙１指定代理人目録のとおり
主文
１ 原告らの請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告らの負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
（第１事件）
鹿児島税務所長が原告Ａに対して平成２７年３月３０日付けでした平成２２年１０月１日から平成２３年９月３０日までの事業年度の法人税の更正処分のうち翌期へ繰り越す欠損金が１８億１１５５万０５３６円を下回る部分（ただし、平成２８年５月１９日付けの裁決により一部取り消された後のもの。）を取り消す。
（第２事件）
１ 鹿児島税務署長が原告Ｂに対して平成２７年３月３０日付けでした平成２３年３月１日から平成２４年２月２９日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得の金額が３８０４万２１７８円を超える部分及び納付すべき税額が１０４４万６１００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分（ただし、平成２８年５月１９日付けの裁決により一部取り消された後のもの。）をいずれも取り消す。
２ 鹿児島税務署長が原告Ｂに対して平成２７年３月３０日付けでした平成２４年３月１日から平成２５年２月２８日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得の金額が３９８３万９４４６円、納付すべき税額が１０９８万１９００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分（ただし、平成２８年５月１９日付けの裁決により一部取り消された後のもの。）をいずれも取り消す。
（第３事件）
１ 鹿児島税務署長が原告Ｃに対して平成２７年３月３０日付けでした平成２３年９月１日から平成２４年８月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得の金額が１７８万７９５４円を超える部分及び納付すべき税額が８１００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分（ただし、平成２８年５月１９日付けの裁決により一部取り消された後のもの。）をいずれも取り消す。
２ 鹿児島税務署長が原告Ｃに対して平成２７年３月３０日付けでした平成２４年９月１日から平成２５年８月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得の金額が４７０２万８９７１円、納付すべき税額が１０７９万９４００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分（ただし、平成２８年５月１９日付けの裁決により一部取り消された後のもの。）をいずれも取り消す。
３ 鹿児島税務署長が原告Ｃに対して平成２７年３月３０日付けでした平成２４年９月１日から平成２５年８月３１日までの課税事業年度の復興特別法人税の更正処分のうち課税標準法人税額が１１１５万２０００円、納付すべき税額が１１１万１４００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分（ただし、平成２８年５月１９日付けの裁決により一部取り消された後のもの。）をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
原告Ａは、平成２３年９月５日、原告Ｂから別紙２物件目録記載１及び２の各船舶（以下、それぞれ「本件船舶１」、「本件船舶２」という。）を、原告Ｃから同目録記載３の船舶（以下「本件船舶３」といい、本件船舶１、本件船舶２と併せて「本件各船舶」という。）を購入し、これらの引渡しを受けた。
第１事件は、鹿児島税務署長が、原告Ａの平成２３年９月期（平成２２年１０月１日から平成２３年９月３０日までの事業年度）の法人税について、同原告が本件各船舶をその譲受時における適正な価額よりも低廉な価格で譲り受けたもので、同原告に受贈益が生じるなどとして、更正処分（以下「原告Ａ平成２３年更正処分」という。）をしたため、同原告が同処分（ただし、裁決により一部取り消された後のもの。）の取消しを求める事案である。
第２事件は、鹿児島税務署長が、原告Ｂの平成２４年２月期（平成２３年３月１日から平成２４年２月２９日までの事業年度）及び平成２５年２月期（平成２４年３月１日から平成２５年２月２８日までの事業年度）の法人税について、同原告が本件船舶１及び２をその譲渡時における適正な価額よりも低廉な価格で譲り渡したもので、適正な価額との差額が寄附金に当たるなどとして、各更正処分（以下、それぞれ「原告Ｂ平成２４年更正処分」及び「原告Ｂ平成２５年更正処分」という。）及び各過少申告加算税賦課決定処分（以下、それぞれ「原告Ｂ平成２４年賦課決定処分」及び「原告Ｂ平成２５年賦課決定処分」という。）をしたため、同原告がこれらの処分（ただし、いずれも裁決により一部取り消された後のもの。）の取消しを求める事案である。
第３事件は、鹿児島税務署長が、原告Ｃの平成２４年８月期（平成２３年９月１日から平成２４年８月３１日までの事業年度）及び平成２５年８月期（平成２４年９月１日から平成２５年８月３１日までの事業年度）の法人税並びに平成２５年８月課税事業年度の復興特別法人税について、同原告が本件船舶３をその譲渡時における適正な価額よりも低廉な価格で譲り渡したもので、適正な価額との差額が寄附金に当たるなどとして、各更正処分（以下、法人税に関しそれぞれ「原告Ｃ平成２４年更正処分」及び「原告Ｃ平成２５年更正処分」、復興特別法人税に関し「原告Ｃ平成２５年課税事業年度更正処分」という。）及び各過少申告加算税賦課決定処分（以下、法人税の更正に伴ってされたものを「原告Ｃ平成２４年賦課決定処分」及び「原告Ｃ平成２５年賦課決定処分」といい、復興特別法人税の更正に伴ってされたものを「原告Ｃ平成２５年課税事業年度賦課決定処分」という。）をしたため、同原告がこれらの処分（ただし、いずれも裁決により一部取り消された後のもの。）の取消しを求める事案である。
１ 関係法令等の定め
（１）関係法令等の定めは別紙３－１～３に記載したとおりである（なお、以下、平成２９年法律第４号による改正前の法人税法を「法人税法」といい、法人税基本通達を「基本通達」という。）。
（２）前提となる税制度
ア 益金の額について
法人税法２２条２項は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡、無償による資産の譲受け等の取引に係る収益の額とされ、「無償による資産の譲渡」も収益の発生原因となるものとしている。そして、一般に、この規定の適用がある場合、資産の無償譲渡の場合はその適正価額（時価相当額）が益金に算入されるものとされている。
イ 寄附金について
内国法人が金銭その他の資産又は経済的な利益の贈与又は無償の供与をした場合における当該金銭の額若しくは金銭以外の資産のその贈与の時における価額又は当該経済的な利益のその供与の時における価額は、寄附金に該当する（法人税法３７条７項）。内国法人が各事業年度において支出した寄附金の額の合計額のうち、当該事業年度終了の時の資本金等の額等を基礎として政令で定めるところにより計算した金額（以下「損金算入限度額」という。）を超える部分の金額は、当該内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入されない（同条１項）。なお、内国法人が資産の譲渡をした場合において、その譲渡の対価の額が当該資産のその譲渡の時における価額に比して低いときは、当該対価の額と当該価額との差額のうち実質的に贈与をしたと認められる金額は、寄附金の額に含まれる（同条８項）。
ウ 完全支配関係のある法人間の資産譲渡に係る課税の繰延べ（以下「グループ法人税制」という。）
（ア）法人税法６１条の１３第１項は、内国法人がその有する譲渡損益調整資産（固定資産等）を完全支配関係（一の者が法人の発行済株式等の全部を直接若しくは間接に保有する関係、又は一の者との間に当事者間の完全支配の関係がある法人相互の関係。同法２条１２号の７の６）がある他の内国法人に譲渡した場合には、当該資産に係る譲渡利益相当額（譲渡に係る対価の額が原価の額を超える場合におけるその超える部分の金額〔譲渡利益額〕に相当する金額）は、その譲渡した事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する旨規定する。
また、法人税法６１条の１３第２項は、同条１項の適用を受けた場合、その譲渡を受けた法人（以下「譲受法人」という。）において「当該譲渡損益調整資産の譲渡、償却、評価換え、貸倒れ、除却その他の政令で定める事由が生じたとき」に、譲渡をした法人（以下「譲渡法人」という。）は、譲渡利益相当額を益金の額に算入する旨規定している。
上記各規定によるグループ法人税制は、直接・間接を含め、１００パーセントの持株関係のあるグループ法人が、一体的管理・運営のもとにあることにかんがみ、その間の一定の取引に係る課税を一定の時期まで繰り延べることとして、グループ法人間の資産の移転や資金の移動に対する税制による障害を取り除くことを目的とする。
すなわち、法人が固定資産等の譲渡損益調整資産を完全支配関係のある他の法人に譲渡した場合には、譲渡利益額が益金の額に算入されるとともに、これに相当する金額（譲渡利益相当額）を、その譲渡した事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入することにより、上記の益金が損金と相殺される結果、譲渡利益に対する課税が繰り延べられることになる。そして、譲受法人において当該資産につき譲渡等の事由が生じた場合には、この制度の適用を受けていた譲渡法人は、その事由が生じた事業年度の所得の金額の計算上、譲渡利益相当額を益金の額に算入することにより、繰り延べられた課税を受けることになる。
（イ）そして、法人税法６１条の１３第２項の委任を受けた法人税法施行令１２２条の１４第４項３号は、譲渡法人において生じる「その他の政令で定める事由」の一つとして、「当該譲渡損益調整資産が譲受法人において減価償却資産に該当し、その償却費が損金の額に算入されたこと」を掲げており、同算入があった場合、譲渡法人において、譲渡利益相当額に、譲受法人における当該資産の取得価額のうちに損金算入額の占める割合（以下「償却費算入割合」という。）を乗じて計算した金額（以下「戻入れ額」という。）を、益金の額に算入する旨規定している。
２ 前提事実（争いのない事実、顕著な事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
（１）原告らとその関係
ア 原告Ａ
原告Ａは、平成１５年１月●日に設立された海上運送事業等を目的とする株式会社であり、同年１０月１日から法人税の青色申告の承認を受けている（乙Ａ４、５）。
イ 原告Ｂ
原告Ｂは、昭和５３年７月●日に設立された遊技場の経営等を目的とする会社であり、設立当時の商号は有限会社Ｂであったが、平成２７年８月１０日に、商号を株式会社Ｂに変更した（乙Ｂ６）。
原告Ｂは、昭和５３年７月●日から法人税の青色申告の承認を受けている（乙Ｂ７）。
ウ 原告Ｃ
原告Ｃは、平成１３年３月●日に設立された遊技場の経営等を目的とする会社であり、設立当時の商号は有限会社Ｃであったが、平成２７年７月２９日に、商号を株式会社Ｃに変更した（乙Ｃ９）。
原告Ｃは、平成１３年９月１日から法人税の青色申告の承認を受けている（乙Ｃ１０）。
エ 原告らの関係
原告らの各発行済株式（自己株式を除く。）は、原告ら３社全ての代表取締役である甲、同人の親族及びこれらの者が出資する法人がその全部を保有しており、原告Ａと原告Ｂとの間、及び原告Ａと原告Ｃとの間には、法人税法２条１２号の７の６に規定する完全支配関係がある（乙共２・２枚目）。
（２）本件各船舶の取引
（長文のため、ここでは本文の冒頭のみを掲載しています。全文はこのページの表示後に読み込まれます。原本は原本PDFをご覧ください。）
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2019/pdf/13287.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。