税務訴訟資料第２６９号－１２６（順号１３３４９）
和歌山地方裁判所平成●●年（○○）第●●号所得税及び復興特別所得税の更正及び加算税の賦課決定処分取消請求事件
国側当事者・国（和歌山税務署長）
令和元年１２月３日棄却・控訴
判決
原告甲
被告国
同代表者法務大臣三好雅子
処分行政庁和歌山税務署長
篠田篤司
同指定代理人鯰越敦子
同東正幸
同市谷諭史
同藤谷伊久夫
同岸和弘
同尾崎修克
同山端克明
同正木一紀
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 処分行政庁が原告に対して平成２９年６月３０日付けでした、原告の平成２７年分所得税及び復興特別所得税の更正処分のうち総所得金額０円、上場株式等に係る譲渡所得の金額１１６１万４９９７円及び上場株式等に係る配当所得の金額１０７万９８００円を超える部分、還付金の額に相当する税額（納付すべき税額のマイナス）１９４万４１９２円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
２ 被告は、原告に対し、２３２万６９２６円及びこれに対する平成２９年６月２４日から支払済みまで年７分３厘の割合による金員を支払え。
３ 被告は、原告に対し、５万５８７３円及びこれに対する平成２８年１１月３日から支払済みまで年５分の割合による金員を支払え。
第２ 事案の概要
本件は、原告が、平成２７年分の所得税及び復興特別所得税（以下、併せて「所得税等」という。）の確定申告（以下「本件確定申告」という。）をするに際して、平成２４年及び平成２５年に生じた上場株式等に係る譲渡損失の金額を、租税特別措置法（平成２５年法律第５号による改正前のもの。以下「措置法」という。）３７条の１２の２第６項所定の上場株式等に係る譲渡損失の控除に関する特例措置（以下「本件特例措置」という。）を適用して控除したところ、処分行政庁から、平成２５年分及び平成２６年分の所得税等の各確定申告書（以下併せて「本件両年分申告書」という。）がいずれも提出されていないため本件特例措置は適用できない等の理由によって、更正処分（以下「本件更正処分」という。）及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分」といい、本件更正処分と併せて「本件更正処分等」という。）を受けたことから、被告を相手方として、①本件更正処分のうち本件確定申告に係る申告額を超える部分及び本件賦課決定処分の各取消し、②主位的に不当利得に基づき、予備的に国家賠償法１条１項に基づき、本来納入する必要がなかった２３２万６９２６円及びこれに対する平成２９年６月２３日の翌日（同月２４日）から支払済みまで年７分３厘の割合による遅延損害金の支払、③民法７０９条に基づき、誤った本件更正処分等に対応するため休業を余儀なくされたことによる逸失利益５万５８７３円（予備的に慰謝料１億円のうち１万円の一部請求）及びこれに対する平成２８年１１月２日の翌日（同月３日）から支払済みまで民法所定の年５分の割合による遅延損害金の支払を、それぞれ求める事案である。
１ 法令の定め
（１）措置法の定め
ア 株式等に係る譲渡所得等の課税の特例
居住者が、平成１６年１月１日以後に株式等の譲渡をした場合には、当該株式等の譲渡による事業所得、譲渡所得及び雑所得については、所得税法２２条及び８９条並びに１６５条の規定にかかわらず、他の所得と区分し、その年中の当該株式等の譲渡に係る事業所得の金額、譲渡所得の金額及び雑所得の金額として政令で定めるところにより計算した金額（以下「株式等に係る譲渡所得等の金額」という。）に対し、その１００分の１５に相当する金額に相当する所得税を課する（措置法３７条の１０第１項前段）。この場合において、株式等に係る譲渡所得等の金額の計算上生じた損失の金額があるときは、所得税法その他所得税に関する法令の規定の適用については、当該損失の金額は生じなかったものとみなす（同項後段）。
イ 本件特例措置
（ア）確定申告書を提出する居住者が、その年の前年以前３年内の各年において生じた上場株式等に係る譲渡損失の金額（本件特例措置の適用を受けて前年以前において控除されたものを除く。）を有する場合には、上記アの規定にかかわらず、当該上場株式等に係る譲渡損失の金額に相当する金額は、政令で定めるところにより、当該確定申告書に係る年分の株式等に係る譲渡所得等の金額及び上場株式等に係る配当所得の金額（措置法８条の４第１項。なお、措置法３７条の１２の２第１項の規定の適用がある場合にはその適用後の金額。以下同じ。）を限度として、当該年分の当該株式等に係る譲渡所得等の金額及び上場株式等に係る配当所得の金額の計算上控除する（措置法３７条の１２の２第６項。本件特例措置）。
（イ）本件特例措置は、居住者が上場株式等に係る譲渡損失の金額が生じた年分の所得税につき当該上場株式等に係る譲渡損失の金額の計算に関する明細書その他の財務省令で定める書類の添付がある確定申告書を提出し、かつ、その後において連続して確定申告書を提出している場合であって、上記（ア）の確定申告書に本件特例措置による控除を受ける金額の計算に関する明細書その他の財務省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する（措置法３７条の１２の２第８項）。
（２）ｅ－Ｔａｘに関する定め
ア 行政機関等は、申請等のうち当該申請等に関する他の法令の規定により書面等により行うこととしているものについては、当該法令の規定にかかわらず、主務省令で定めるところにより、電子情報処理組織（行政機関等の使用に係る電子計算機（入出力装置を含む。以下同じ。）と申請等をする者の使用に係る電子計算機とを電気通信回線で接続した電子情報処理組織をいう。）を使用して行わせることができる（行政手続等における情報通信の技術の利用に関する法律３条１項）。
イ 所得税法の規定に基づき税務署長等（税務署長、国税局長、国税庁長官、徴収職員（国税徴収法２条１１号に規定する徴収職員をいう。）、国税不服審判所長、担当審判官又は国税審議会会長をいう。以下同じ。）に対して行われる申請等は、上記アの規定に基づき又は準じて、電子情報処理組織を使用して行わせることができる申請等に当たる（国税関係法令に係る行政手続等における情報通信の技術の利用に関する省令３条、別表１号）。
ウ 電子情報処理組織を使用して上記イの申請等を行う者は、税務署長の提供する申請等又は国税の納付手続に利用することができる入出力用プログラム又はこれと同様の機能を有するものを用いて、国税庁の使用に係る電子計算機と電気通信回線を通じて通信できる機能を備えた電子計算機から、当該申請等につき規定した法令の規定において書面等に記載すべきこととされている事項並びに税務署長から通知された識別符号及び暗証符号を入力して、当該申請等の情報に電子署名を行い、当該電子署名に係る電子証明書と併せてこれらを送信することにより、当該申請等を行わなければならない（国税関係法令に係る行政手続等における情報通信の技術の利用に関する省令５条１項本文、４条２項）。
２ 前提事実（証拠等を掲記した事実を除くほかは、当事者間に争いがない。枝番は省略することがある。）
（１）当事者等
原告は、所得税法２条１項３号の居住者であり、平成２７年には８９９万５５５９円の給与収入があった（乙１５）。
（２）確定申告及び本件更正処分等の経緯
ア 原告は、平成２５年３月１０日、処分行政庁に対し、ｅ－Ｔａｘの方法により、平成２４年分の所得税の確定申告をした。上記確定申告は、別紙「審査請求に至る経緯」の「確定申告」「平成２４年度分」欄記載のとおり、翌年以降に繰り越される上場株式等に係る譲渡損失の金額は１４６７万１９８９円（平成２３年において生じた額が５３４万３９９９円、平成２４年において生じた額が９３２万７９９０円）というものであった。（以上、乙１０、１１、１３、弁論の全趣旨）
イ 原告は、平成２８年２月２１日、処分行政庁に対し、国税庁ホームページの「確定申告書等作成コーナー」（後記（５）イ）を利用して作成した確定申告書を書面提出することによって、平成２７年分の所得税等の確定申告をした（ｅ－Ｔａｘは使用していない。本件確定申告）。本件確定申告は、別紙「審査請求に至る経緯」の「確定申告」「平成２７年度分」欄記載のとおり、平成２７年には上場株式等の譲渡所得１１６１万４９９７円及び上場株式等の配当所得１０７万９８００円が生じたものの、平成２４年に生じた上場株式等に係る譲渡損失９３２万７９９０円及び平成２５年に生じた上場株式等に係る譲渡損失４８９万９８６４円について本件特例措置を適用すると、平成２７年分の上記各所得金額の合計額は０円になるとして、還付されるべき税額は、源泉徴収税額と同額の１９４万４１９２円になるというものであった。本件確定申告には、上記（１）の給与収入は計上されていなかった。（以上、乙１）
ウ 処分行政庁は、平成２８年３月１７日、本件確定申告に従い１９４万４１９２円の還付決定をし、その頃、これを原告に送金した（以下「本件還付」という。）。
エ 処分行政庁は、平成２８年１０月２７日頃、原告に対し、「所得税（及び復興特別所得税）の確定申告書の見直し・確認について」と題する書面（以下「本件通知書」という。）を送付した。本件通知書には、①本件確定申告について計算誤り又は記載漏れ等があると考えられるため、同年１１月９日までに見直し・確認を依頼すること、②その結果納める税額が増加（還付税額が減少）する場合には修正申告書の提出手続が必要になること、③当該依頼は行政指導として行っているものであって、これに基づき提出された修正申告書については過少申告加算税が課されないこと、④税務署の調査に基づき申告内容を是正することとなったときは、過少申告加算税が課されることがあること等が記載されていた（乙２）。
オ 原告は、平成２８年１１月９日及び同月１５日に、和歌山税務署を訪れた（乙３）。
カ 処分行政庁の担当者は、平成２９年５月２２日、平成２７年分の所得税等の税務調査のため、原告宅を訪問した（乙１３。以下「本件調査」という。）。
キ 原告は、平成２９年６月２３日、被告に対し、平成２７年分所得税等の本税に関して、１９１万２７００円を納入した（甲５の１）。
ク 処分行政庁は、原告に対し、平成２９年６月３０日付けで本件更正処分等をした。本件更正処分等は、別紙「審査請求に至る経緯」の「更正処分等」欄記載のとおり、平成２７年分において生じた上場株式等の譲渡所得１１６１万４９９７円及び上場株式等の配当所得１０７万９８００円につき、本件特例措置が適用されないことを前提に、本件確定申告に計上されていなかった原告の給与所得と各種所得控除を追加で認定したところ、還付されるべき税額は、３万１４１２円にとどまるというものであった。（以上、甲１）
ケ 原告は、被告に対し、平成２９年７月１８日に過少申告加算税として２６万１５００円を（甲５の２）、同年８月２８日に延滞税として４万９９００円を（甲５の３）、それぞれ納入した。
また、原告は、平成２９年１０月１８日、和歌山市に対し、「配当割還付返金分（市税）」として、１０万２８２６円を納入した（甲５の４）。
（４）審査請求及び訴訟提起
ア 原告は、平成２９年７月１８日、本件更正処分等について審査請求をした（乙１４）。これに対し、国税不服審判所長は、平成３０年３月１３日、棄却裁決をした（甲１）。
イ 原告は、平成３０年９月１３日、本件訴えを提起した（当裁判所に顕著な事実）。
（５）ｅ－Ｔａｘの概要、操作方法等
ア 国税庁は、関係法令（前記１（２））に基づき、インターネットを通じて所得税等に係る確定申告書等を税務署長に提出するためのシステムとして、「ｅ－Ｔａｘ」を運営している。
イ 納税者が、ｅ－Ｔａｘを利用して申告手続を行う方法としては、「ｅ－Ｔａｘソフト」を利用する方法と、国税庁ホームページの「確定申告書等作成コーナー」（以下「国税庁作成コーナー」という。）を利用する方法があるところ、国税庁作成コーナーを利用した申告方法は、次のとおり設計されている（乙４、６、７）。
（ア）納税者は、あらかじめ、所轄の税務署に「電子申告等開始届出書」を提出し、利用者識別番号、暗証番号を取得した上で、電子証明書の初期登録を行う。この時、使用するパソコンにＩＣカードリードライタを用意した上、住民基本台帳カード又はマイナンバーカードをセットする必要がある。
（イ）納税者は、国税庁作成コーナーの画面に表示された案内に従って必要事項を入力することにより確定申告書のデータを作成する。納税者が、作成中の確定申告書のデータを保存する操作をすると、各自のパソコン内に、国税庁作成コーナーで編集可能なデータが保存される（拡張子は「ｄａｔａ」）。
（ウ）納税者が申告書データを送信する際には、使用するパソコンに住民基本台帳カード又はマイナンバーカードをセットしたＩＣカードリードライタを接続した上で、上記（ア）の電子証明書を使用して、電子署名をした上で、利用者識別番号及び暗証番号を入力し、画面に表示された「送信」ボタンをクリックする。
送信手続の完了後、送信した申告書に関する受付時間や受付番号等が記載された「即時通知」が画面に表示される。
さらに、納税者が「即時通知」内に表示された「受付通知確認」というボタンをクリックすると、受信通知が表示される。受信通知には、送信済みの申告書データをダウンロードするボタンが設けられている（ダウンロードしたファイルの拡張子は「ｘｔｘ」）。当該データを国税庁作成コーナーで編集することはできない。
（エ）ｅ－Ｔａｘには、納税者ごとに、メッセージボックスが設けられており、上記（ウ）の受信通知のほか、納付完了のお知らせ、申告期間のお知らせ等の情報が格納される仕組みになっている。
ウ 国税庁が、ｅ－Ｔａｘホームページの「過去のお知らせ一覧」において公表している平成１５年８月４日以降平成２９年分までのｅ－Ｔａｘのシステム障害は、平成２８年２月２２日から同月２３日までの間、ｅ－Ｔａｘにログインできない等の障害が発生した事案のみである（乙８）。
３ 本件の争点
（１）本件更正処分等の適法性（本件特例措置の適用の有無）（争点１）
（２）原告の不当利得返還請求の可否及び額（争点２）
（３）原告の国家賠償請求の可否及び額（争点３）
（４）原告の不法行為に基づく損害賠償請求の可否及び額（争点４）
４ 争点に関する当事者の主張
（１）争点１について
（被告の主張）
ア 本件特例措置の適用がないこと
（ア）平成２６年１月１日から平成２８年２月２１日までの間において、ｅ－Ｔａｘにシステム障害等は発生しておらず、正常に稼働していた。それにもかかわらず、税務署が管理するｅ－Ｔａｘの申告書データの処理を行うシステム（以下「ｅ－Ｔａｘ税務署システム」という。）には、原告が平成２５年分及び平成２６年分の各確定申告書のデータ（以下「本件両年分申告書データ」という。）をｅ－Ｔａｘを利用して送信し、ｅ－Ｔａｘ税務署システムがこれを受信した旨の記録は存在しない。
また、本件調査を実施した時点において、ｅ－Ｔａｘの原告のメッセージボックス内に、本件両年分申告書データに係る受信通知は保存されていなかった。
さらに、国税庁の国税総合管理システムのデータにも、原告の本件両年分の確定申告に係る記載はない。
以上によれば、原告が、処分行政庁に対して、本件両年分申告書を提出した事実はなく、措置法３７条の１２の２第８項の要件を満たさない。よって、本件確定申告に、本件特例措置の適用はない。
（イ）本件還付は、原告が本件両年分申告書を提出していないことを看過して行われたものであり、本件還付がなされたことは本件両年分申告書が提出されていたことを裏付けるものではない。原因としては、本件確定申告の審査を行ったのが、和歌山税務署職員にとって極めて繁忙な時期であったこと、本件確定申告には分離課税用の申告書（いわゆる第三表）があるため、個人課税部門所属の職員と資産課税部門所属の職員が共同して申告書の審査を行っていたことが、考えられる。
イ 本件更正処分等の根拠
平成２７年分の所得税等に係る所得金額及び納付すべき税額並びに過少申告加算税額は、別紙「本件更正処分等の根拠」記載のとおりであり、本件更正処分等はこれに沿う。そして、本件には、国税通則法６５条４項１号の正当な理由も、同条５項の事由もない。
したがって、本件更正処分等は、適法である。
（原告の主張）
ア 被告は、原告が本件両年分申告書を提出していないことを証明すべきであり、具体的には、原告の確定申告書データを改ざんないし消去していないこと、平成２６年３月及び平成２７年３月当時のｅ－Ｔａｘが工学的に１００％完全なシステムであったこと、サイバー攻撃等によりデータが喪失されていないこと、管理上の落ち度により喪失していないことを証明すべきである。
イ 原告は、平成２１年から平成２６年まで毎年、自宅にてｅ－Ｔａｘにより確定申告をしており、平成２１年から平成２４年までは問題なく確定申告がなされていた。そして、原告のパソコンには、平成２５年分と平成２６年分の各データが残っているところ、原告が２年連続して送信ボタンを押し忘れることはあり得ない。その確率（被告に有利に見積もっても、１％×１％＝０．０１％）に、被告が本件両年分申告書が提出されていないことを看過して本件還付をする確率を乗じると、宝くじの当選確率に等しい。
本件還付から、原告に対して還付金の返還請求をするまで７か月も要したのは、原告を不法徴収の対象として選定したためである。
（２）争点２について
（原告の主張）
被告は、原告に対し、原告が支払った合計２３２万６９２６円について、同額の不当利得返還義務を負う。
（被告の主張）
本件更正処分等は適法であるから、被告が原告が納付した所得税等を利得していることに、法律上の原因があることは明らかである。
また、和歌山市が納入を受けた１０万２８２６円は、被告が保有するものではない。
なお、還付加算金の法定利率は、平成２９年６月２３日から同年１２月３１日までについて年１．７％であり、平成３０年１月１日から同年１２月３１日までについて年１．６％である（国税通則法５８条１項、措置法９５条、９３条１項及び２項）。
（３）争点３について
（原告の主張）
ア 被告は、原告が本件両年分申告書を提出していないことを「看過して」本件還付をした過失を認めているから、被告に帰責性があることには争いがない。
イ 処分行政庁が、本件還付から還付金返還請求まで７か月も要さず、さらに早期に国税不服審判所や裁判所での係争制度を原告に説明していれば、過少申告加算税、延滞税、配当割返還分（市税）は少なく済み、提訴日も早められたから、事態を悪化させた責任は極めて重大である。
ウ 本件のようなトラブルを防止するため、確定申告が完了した後、確定申告をしたことを明らかにするファイルは一つにまとめるべきである。少なくともこれらを分割していた平成２５年及び平成２６年当時のｅ－Ｔａｘは欠陥システムである。
エ 以上によれば、被告は、原告に対し、２３２万６９２６円の国家賠償責任を負う。（被告の主張）
否認ないし争う。なお、還付加算金の法定利率は、前記（２）（被告の主張）のとおりである。
（４）争点４について
（原告の主張）
原告は、本件に関して、計３回半休を取得せざるを得なかった（和歌山税務署について２回、税務調査について１回）。原告の平成２９年分の年収は９１２万６０５３円であるところ、当時の勤務先の休暇日数は年間１２０日であったから、原告の逸失利益は５万５８７３円である（９１２万６０５３円÷（３６５－１２０）×（３×０．５））。
また、原告は、被告の不法行為により、計り知れない精神的苦痛を受けたものであり、慰謝料１億円の損害賠償義務を負う（予備的に１万円の一部請求をする。）。
以上について、被告に民法７０９条に基づく損害賠償責任があることは明らかである。（被告の主張）
否認ないし争う。本件に民法７０９条は適用されない。
なお、処分行政庁の担当者が行った行政指導及び税務調査は、その職務上の法的義務に違反するものではなく、国家賠償法１条１項の違法性もない。
第２ 当裁判所の判断
１ 認定事実
前記前提事実及び証拠（甲９、乙２、３、７、１１、１３）によれば、次の事実が認められる。
（１）処分行政庁の担当者（以下「本件担当者」という。）は、平成２８年１０月２５日、国税庁の内部システム（国税総合管理システム）によって、原告の平成２１年分以降の確定申告の状況を確認したところ、平成２１年分、平成２２年分、平成２４年分及び平成２７年分の所得税又は所得税等については、各申告期限（翌年３月１５日頃）までに申告がなされたものとされていたが、平成２３年分、平成２５年分及び平成２６年分については、申告がなされていないものとされていた。
（２）本件担当者は、平成２８年１０月２７日頃、原告に対して本件通知書を送付した後、平成２９年１月２３日までの間に、複数回にわたって、原告と、面談ないし電話等で連絡を取るなどしている。
この間、本件担当者は、原告に対し、①本件両年分申告書が提出されていない場合には、本件特例措置の適用はないこと、②ｅ－Ｔａｘで作成されたｄａｔａファイルが保存されていても、これは途中で一時保存した場合に作成されるファイルであるため、これをもって送信の有無を確認できるわけではないこと、③ｅ－Ｔａｘにおいて申告書の送信が完了したか否かは、原告において、メッセージボックスに格納される受信通知等のメッセージによって確認できることを説明しており、また、平成２８年１１月１７日頃、②及び③に関する説明資料を送付している。
（３）本件担当者は、上記イの間の平成２８年１１月１７日、ｅ－Ｔａｘ税務署システムを用い、検索期間を平成２６年１月１日から平成２８年１１月１６日まで、検索条件を原告の整理番号、旧利用者識別番号、新利用者識別番号として、平成２５年分及び平成２６年分の電子申告受信記録の検索をしているが、いずれも該当はなかった。
（４）本件担当者は、平成２９年１月２３日、原告に対し、税務調査の結果更正処分を受けるに至った場合には、加算税が賦課される等の不利益があることを説明して、本件確定申告について修正申告を促したが、原告は、これに応じなかった。
（５）本件担当者は、平成２９年５月２２日、原告宅に臨場し、本件調査を実施した。
原告が、本件担当者の指示の下、原告の使用しているパソコン（以下「原告パソコン」という。）を操作したところ、原告パソコンには、国税庁作成コーナーを利用して作成した「２５年所得申告データ．ｄａｔａ」及び「２６年所得申告データ．ｄａｔａ」が、それぞれ保存されていた。前者は、平成２５年分の所得税等の確定申告書に係る編集可能なデータであって、ウィンドウズのエクスプローラーの表示で確認できる更新日時は平成２６年３月９日であり、他方、後者は、平成２６年分の所得税等の確定申告書に係る編集可能なデータであって、上記更新日時は平成２７年３月８日とされていた。
原告が、上記の「２５年所得申告データ．ｄａｔａ」及び「２６年所得申告データ．ｄａｔａ」を、国税庁作成コーナーで読み込んだ上で印刷したところ、大半のページに、「まだ送信されていません。」又は「送信前の確認用です」とのメッセージが印字された。
また、原告が、ｅ－Ｔａｘにログインし、原告のメッセージボックスの内容を確認したところ、平成２５年３月１０日付けの所得税申告の受付完了メッセージが保存されていたが、これ以外には、所得税等申告の受付完了メッセージは保存されていなかった。
（６）原告は、理工学研究科の大学院を修了して約２０年間にわたって大規模計算を要する研究職に従事していた。
２ 争点（１）に対する判断
（１）主張立証責任
ア 原告は、被告が本件特例措置の適用がないと主張するためには、被告において、原告が本件両年分申告書を提出していないことを立証しなければならないと主張する（なお、原告の準備書面（訴状を含む。）には、原告が平成２５年分及び平成２６年分の所得税等について、ｅ－Ｔａｘによって確定申告書を提出した旨の明確な主張はなく、陳述書（甲９）の別表（時系列表）部分にその旨の記載があるにとどまる。）。
イ しかし、措置法は、所得税法等の定める一般原則に比し、特に政策的・恩恵的に租税を減免する趣旨で、本件特例措置を定めているものと解されるから、本件確定申告が本件特例措置の適用要件を充足していることについては、原告が立証責任を負うものと解される。これに反する原告の主張は採用できない。
（２）原告が本件両年分申告書を提出したか否か
ア 原告が本件両年分申告書を提出したと認められるか否かについて検討するに、前記前提事実のとおり、処分行政庁は、原告が平成２７年分の所得税等について納付すべき税額がマイナス１９４万４１９２円になるとの本件確定申告をしたことに従い、本件還付を実施したことが認められる。
しかし、①所得税等については、いわゆる申告納税制度が採用されており、納税義務者の納付すべき税額は、原則として納税義務者がする確定申告により確定するから、税務署長は、還付金がある旨の確定申告を受けたときには、原則として遅滞なく還付すべき義務を負うものと解されること（国税通則法５６条１項参照）、②原告が本件両年分申告書を提出していないことは、本件確定申告の内容から直ちに明らかになるわけではなかったこと、③本件確定申告は申告期限の直前である平成２８年３月１５日になされているにもかかわらず、本件還付は本件確定申告から１か月以内になされていることに照らし、処分行政庁において本件確定申告の内容に加えて他のデータとの照合のために掛けられる時間は多くないと推測されること、④本件還付に際し、原告が平成２７年分給与所得を計上していないことも看過されていることを総合すると、処分行政庁が本件還付をするに際して、本件特例措置の要件となる平成２４年分及び平成２５年分の所得税等の確定申告の有無を厳密に調査していなかったとしても、不自然とはいえない。
そして、本件調査の際において、原告のｅ－Ｔａｘのメッセージボックスには本件両年分申告書に係る受信通知のメッセージはいずれも確認されておらず、また、原告パソコンには本件両年分申告書に係る送信済みの申告書データ（ｘｔｘデータ）は保存されていない。このほか、ｅ－Ｔａｘ税務署システムには原告が本件両年分申告書を提出したことをうかがわせるデータが記録されていないこと、被告が公表しているｅ－Ｔａｘの障害情報からは、原告の平成２５年分及び平成２６年分の確定申告が受け付けられなかった原因の可能性になるシステム障害は見当たらないことも総合すると、前記認定のとおり、原告が、理工学研究科の大学院を修了して約２０年間にわたって大規模計算を要する研究職に従事しており、相当程度コンピューターの操作に精通しているものと推認できること、確定申告書のデータの作成が完了した後ｅ－Ｔａｘを用いてこれを提出するためには住民基本台帳カード又はマイナンバーカードをセットしたＩＣカードリードライタを接続した上で、一定の操作をすれば足りることを考慮してもなお、原告が、処分行政庁に対して本件両年分申告書を提出したものと認めることはできない。
以上によれば、本件確定申告につき、本件特例措置の適用があるとはいえない。
イ 本件確定申告の内容（乙１）に、証拠上認められる原告の給与所得及び各種控除（乙１２、１５）に関する補正をすると、原告の平成２８年分の所得税等の税額及び過少申告加算税額並びにその計算過程は、別紙「本件更正処分等の根拠」に記載したとおりになる。
そして、前記認定の税務調査の実施に至る経緯に照らせば、本件更正処分については、国税通則法６５条４項１号の正当な理由を認めることができず、同条５項にも該当しないことは明らかである。
よって、本件更正処分及び本件賦課決定処分は、いずれも適法であり、原告の取消請求には理由がない。
３ 争点（２）について
原告は、本件更正処分等の後、合計２３２万６９２６円を支払った旨主張するところ、前記前提事実のほか、証拠（甲５の１～５の４）及び弁論の全趣旨によれば、その内訳は、①本件更正処分等によって増加した所得税等１９１万２７００円（本件還付に係る１９４万４１９２円と本件更正処分に係る還付されるべき税額３万１４１２円との差額について、１００円未満の端数金額を切捨て。）、②過少申告加算税２６万１５００円、③延滞税４万９９００円、④本件更正処分を受けてなされた市民税の更正処分によって増加した市民税１０万２８２６円と認められる。
しかし、前記のとおり、本件更正処分等の取消請求には理由がなく、本件更正処分等は有効であるから、被告が、①ないし③を法律上の原因なく利得したものということはできない。また、④については、原告が和歌山市長に納付したものであり、被告に利得が生じたということはできない。
よって、その余の点について検討するまでもなく、原告の不当利得返還請求には理由がない。
４ 争点（３）について
（１）前記３のとおり、原告の主張する損害の内訳は、①本件更正処分等によって増加した所得税等、②過少申告加算税、③延滞税、④本件更正処分を受けてなされた市民税の更正処分によって増加した市民税と認められる。
もっとも、前記のとおり、本件更正処分は適法であるから、原告が追加納入した①本件更正処分等によって増加した所得税等及び④本件更正処分を受けてなされた市民税の更正処分によって増加した市民税を損害と評価することはできない。
そこで、原告が、②過少申告加算税及び③延滞税（国税通則法２条４号の附帯税）を課せられるに至ったことについて、被告が国家賠償責任を負うか否かを検討する。
（２）原告は、上記課税の原因に関し、処分行政庁が本来還付すべき金額を超えて本件還付をしたことに帰責性がある旨主張する。
そこで検討するに、所得税法及び東日本大震災からの復興のための施策を実施するために必要な財源の確保に関する特別措置法は、納税義務者が自ら納付すべき所得税の課税標準及び税額を計算し、自己の納税義務の具体的内容を確認した上、その結果を申告して、これを納税するという申告納税制度を採用し、納税義務者に課税標準である所得金額の基礎を正確に申告することを義務付けている（所得税法１２０条、東日本大震災からの復興のための施策を実施するために必要な財源の確保に関する特別措置法１７条参照。最高裁平成５年３月１１日第一小法廷判決・民集４７巻４号２８６３頁参照）。そして、上記納税申告は、納税者が所轄税務署長に納税申告書を提出することによって完了する行為であり（国税通則法１７条ないし２２条参照）、税務署長による申告書の受理及び申告税額の収納は、当該申告書の申告内容を是認することを何ら意味するものではない（同法２４条参照。最高裁昭和６２年１０月３０日第三小法廷判決・裁判集民事１５２号９３頁参照）。
そうすると、処分行政庁が、原告に対して本件確定申告に従ってした還付金の額が、本来還付されるべき額より高かったとしても、特段の事情がない限り、処分行政庁に還付に当たって尽くすべき注意義務違反があるとも、その後本件更正処分をすることが制限されるということはできない。そして、前記２（２）アのとおり、①原告が本件両年分申告書を提出していないことは、本件確定申告の内容から直ちに明らかになるわけではないこと、②本件確定申告は申告期限の直前である平成２８年３月１５日になされているにもかかわらず、本件還付は本件確定申告から１か月以内になされていることに照らし、処分行政庁において本件確定申告の内容に加えて他のデータとの照合のために掛けられる時間は多くなかったと推測されることを考慮すると、本件において、上記特段の事情を認めることはできない。
よって、処分行政庁が、本件確定申告が本件特例措置の要件を満たさず還付すべき税額が３万１４１２円にとどまるにもかかわらず、本件還付をしたことに、国家賠償法１条１項の違法があるとはいえない。
（３）原告は、処分行政庁が、本件還付から還付金返還請求（本件通知書の送付と理解できる。）まで７か月も要さず、さらに、早期に国税不服審判所や裁判所での係争制度を原告に説明していれば、損害額は少なく済んだと主張するところ、これは延滞税の点を主張するものと理解できる。
しかし、前記のとおり、所得税等については申告納税が採用されていることに照らすと、納税者が提出した確定申告書の内容に誤りがあるため、これに記載された還付金の額に相当する税額が過大であるときには、納税者は自発的に修正申告をすることが可能であり、かつ、これをすることが期待されているというべきである（国税通則法１９条１項３号）。
本件において、処分行政庁が不当に原告に対する本件通知書の送付を遅延させたことをうかがわせる事情は見当たらない。
他方、本件通知書の送付後についても、本件担当者は、原告に対して、適宜、①平成２５年分及び平成２６年分の確定申告が完了したかは、原告パソコンに本件両年分申告書データが保存されているか否かではなく、ｅ－Ｔａｘのメッセージボックスで確認すべきであること、②自発的に修正申告をしない場合には、過少申告加算税が課される等の不利益があることを説明しており、かつ、本件通知書にもこれに沿う記載があることに照らすと、原告が、過少申告加算税２６万１５００円及び延滞税４万９９００円を課されるに至ったのは、原告が自ら修正申告をするなどして本来納付すべき税額を納付しなかった結果にすぎない。
以上によれば、処分行政庁の対応に、国家賠償法１条１項の違法があるとはいえない。
（４）原告は、本件のようなトラブルを防止するため、確定申告が完了した後、確定申告をしたことを明らかにするファイルを一つにまとめるべきであると主張するところ、これは、ｅ－Ｔａｘが、作成中の申告書データ（拡張子はｄａｔａ）と送信済みの申告書データ（拡張子はｘｔｘ）を別ファイルで管理していることを論難するものとうかがえる。
しかし、原告が、本件確定申告をした時点において、原告パソコンに本件両年分申告書データが保存されていたために、本件両年分申告書を提出済みであると誤認したものとは認められない。したがって、ｅ－Ｔａｘが原告の指摘するような仕組みを採用していることが原因で、原告が誤った内容の本件確定申告をし、過少申告加算税を課されるに至ったということはできない。
加えて、本件担当者が、本件通知書の送付後に、原告に対し、平成２５年分及び平成２６年分の確定申告が完了したかは、原告パソコンに本件両年分申告書データが保存されているか否かではなく、ｅ－Ｔａｘのメッセージボックスで確認すべきであることを説明しているにもかかわらず、原告は、本件確定申告について、速やかに修正申告をしたわけではない。そうすると、ｅ－Ｔａｘが原告の指摘する仕組みを採用していることと、原告に課される延滞税の額が増大したこととの間に、相当因果関係はないものと推認できる。
そうすると、被告が、ｅ－Ｔａｘについて作成中の申告書データと送信済みの申告書データを別ファイルで管理する設計をしていたことが適切であるか否かを検討するまでもなく、原告の主張は採用できない。
（５）よって、その余の点について検討するまでもなく、原告の国家賠償請求には理由がない。
５ 争点（４）について
（１）国家賠償法１条１項の「公権力の行使」には、国又は地方公共団体の作用のうち、純然たる私経済上の作用及び同法２条の営造物の設置管理作用を除く一切の作用が含まれる。そして、国家賠償法は、不法行為法に対する特別法に位置づけられるから、国又は地方公共団体の「公権力の行使」について、民法７０９条の不法行為に対する損害賠償請求は認められない。
（２）処分行政庁が本件還付をしたこと、本件通知書を送付し、さらに、本件担当者において原告に対して本件確定申告に関する説明をして、修正申告を促し、さらに、税務調査を実施したこと、本件更正処分等をしたことが、純然たる私経済上の作用や営造物の設置管理作用に該当するとはいえないから、これらは、国家賠償法１条１項にいう「公権力の行使」に該当すると解するのが相当である。したがって、原告が、被告に対して、民法７０９条の不法行為責任を追及することはできない。
なお、上記４等に説示したところによれば、本件に関し、被告が原告に対して国家賠償法１条１項に基づき損害賠償責任を負うものと認めることもできない。
（３）よって、その余の点について検討するまでもなく、原告の５万５８７３円及びこれに対する遅延損害金の支払を求める請求には理由がない。
６ 結論
以上の次第で、原告の請求はいずれも理由がないから棄却することとして、主文のとおり判決する。
和歌山地方裁判所民事部
裁判長裁判官伊丹恭
裁判官五十部隆
裁判官石橋直幸
（別紙）
審査請求に至る経緯
（単位：円）
年分
区分
項目
確定申告
更正処分等
平成
年分
年月日
平成25年３月10日
分離課税
上場株式等に係る譲渡所得の金額
△ 9,327,990
本年分で差し引くことのできなかった
上場株式等に係る譲渡損失の金額
5,343,999
所得控除の合計額
380,000
納付すべき税額
翌年以後に繰り越される上場
株式等に係る譲渡損失の金額
14,671,989
平成
年分
年月日
平成28年２月21日
平成29年６月30日
総所得金額
（給与所得の金額）
－
6,896,003
分離課税
上場株式等に係る譲渡所得の金額
11,614,997
11,614,997
上場株式等に係る配当所得の金額
1,079,800
1,079,800
本年分で差し引く上場株式
等に係る譲渡損失の金額
12,694,797
所得控除の合計額
380,000
1,770,621
納付すべき税額
△ 1,944,192
△ 31,412
翌年以後に繰り越される上場
株式等に係る譲渡損失の金額
1,533,057
過少申告加算税の額
261,500
（注）「納付すべき税額」欄の△印は還付金の額に相当する税額を示す。
（別紙）
本件更正処分等の根拠
端数処理及び税額計算は関係法令の定めに従う。
１ 本件更正処分の根拠
（１）所得金額
ア 総所得金額
６８９万６００３円
イ 株式等に係る譲渡所得等の金額
１１６１万４９９７円
ウ 分離課税の上場株式等の配当所得の金額
１０７万９８００円
（２）所得控除
１７７万０６２１円
（内訳）
社会保険料控除１１８万４８６１円、生命保険料控除５万円、地震保険料控除２７６０円、寄付金控除１５万３０００円、基礎控除３８万円
（３）課税される所得金額
ア 課税される総所得金額
５１２万５０００円（（１）ア－（２））
イ 課税される株式等に係る譲渡所得等の金額
１１６１万４０００円（（１）イ）
ウ 課税される上場株式等の配当所得の金額
１０７万９０００円（（１）ウ）
（４）課税される所得金額に対する税額
２５０万１４５０円
（内訳）
総所得金額に対する税額５９万７５００円、株式等に係る譲渡所得等に対する税額１７４万２１００円、上場株式等の配当所得に対する税額１６万１８５０円
（５）復興特別所得税の金額
５万２５３０円
（６）源泉徴収税額
２５８万５３９２円
（７）還付すべき税額（納付すべき税額マイナス）
３万１４１２円
２ 本件賦課決定処分の根拠
（１）原告が本件更正処分により新たに納付すべき所得税の額（端数処理前）１９１万２７８０円（２）税額
２６万１５００円
以上
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2019/pdf/13349.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。