税務訴訟資料第２７０号－１８（順号１３３７８）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号、平成●●年（○○）第●●号更正をすべき理由がない旨の通知処分取消請求事件
国側当事者・国（福岡税務署長）
令和２年１月３０日棄却・控訴
判決
原告医療法人社団Ａ
同代表者理事長甲
同訴訟代理人弁護士横井良
齋藤成俊
被告国
同代表者法務大臣三好雅子
処分行政庁福岡税務署長
田崎康文
同指定代理人別紙１指定代理人目録のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする
事実及び理由
第１ 請求
１ 平成●●年（〇〇）第●●号事件
処分行政庁が平成２９年７月２０日付けで原告に対してした、原告の平成２３年４月１日から平成２４年３月３１日までの事業年度の法人税に係る更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分を取り消す。
２ 平成●●年（〇〇）第●●号事件
処分行政庁が平成２９年７月２０日付けで原告に対してした、原告の平成２３年４月１日から平成２４年３月３１日まで及び平成２４年４月１日から平成２５年３月３１日までの各課税期間の消費税及び地方消費税に係る更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の各通知処分を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、原告が、処分行政庁に対して、平成２３年４月１日から平成２４年３月３１日までの事業年度（以下「平成２４年３月期」といい、他の事業年度についても同様に表記する。）の法人税に係る更正の請求並びに平成２３年４月１日から平成２４年３月３１日まで及び同年４月１日から平成２５年３月３１日までの課税期間（以下、順に「平成２４年３月課税期間」及び「平成２５年３月課税期間」といい、これらを併せて「本件各課税期間」という。）の消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）に係る各更正の請求をしたのに対し、処分行政庁から平成２９年７月２０日付けでいずれについても更正をすべき理由がない旨の通知処分を受けたことから、これらの各通知処分の取消しを求める事案である。
１ 関係法令の定め
本件に関係する法令の定めは、別紙２－１・２記載のとおりである（なお、同別紙中で改正前のものを掲げている条文は、以下の本文においても同別紙で掲げている改正前のものを指す。）。
２ 前提事実（証拠等を掲げていない事実は当事者間に争いがない。）
（１）原告及び関連法人について
ア 原告について
原告は、平成１９年４月２６日、福岡市内において診療所を経営することを目的として設立された法人である。
イ 関連法人について
（ア）Ｂ
医療法人社団Ｂ（以下「Ｂ」という。）は、平成１７年８月●日、東京都新宿区内において診療所等を経営することのほか、大阪市内、名古屋市内において診療所を経営すること等を目的として設立された法人である。
（イ）Ｃ社
株式会社Ｃ（以下「Ｃ社」という。）は、平成２２年３月●日、医院のコンサルティング事業、広告代理店業等を目的として設立された法人である。
（ウ）Ｄ社
株式会社Ｄ（以下「Ｄ社」という。）は、平成２２年６月●日、医療経営に関するコンサルティング業務等を目的として設立された法人であり、同社の代表取締役はＣ社の代表取締役と同一人物である（弁論の全趣旨）。
（エ）Ｅ社
株式会社Ｅ（以下「Ｅ社」という。）は、平成２３年２月●日、医療経営に関するコンサルティング業務等を目的として設立された法人である。
（オ）Ｆ社
株式会社Ｆ（以下「Ｆ社」という。）は、平成２３年７月●日、医療経営に関するコンサルティング業務等を目的として設立された法人であり、平成２７年３月●日、株主総会の決議により解散した。
（２）本件の訴訟提起に至る経緯等
ア 確定申告
（ア）法人税
原告は、平成２４年３月期及び平成２５年３月期の各法人税について、別紙３・表１－１・２の「確定申告」欄のとおり確定申告書に記載し、法定申告期限までに申告した。
（イ）消費税等
原告は、本件各課税期間の消費税等について、それぞれ別紙３・表２―１・２の「確定申告」欄のとおり確定申告書に記載し、いずれも法定申告期限までに申告した。
イ 税務調査及び修正申告書等
（ア）修正申告について
原告は、処分行政庁所属の担当職員による税務調査（以下「本件調査」という。）を受け、処分行政庁に対し、以下のとおり、修正申告書を提出した。
ａ 法人税
原告は、平成２８年１月１３日、平成２４年３月期及び平成２５年３月期の各法人税について、別紙３・表１－１・２の「修正申告」欄のとおり、各修正申告書（以下併せて「本件各法人税修正申告書」といい、これによる申告を「本件各法人税修正申告」という。）を提出した。
原告は、本件各法人税修正申告において、別紙３・表３のとおり、修正申告前の所得金額を加算及び減算し、所得金額、納付すべき法人税額、翌期に繰り越す欠損金（以下「所得金額等」という。）を算定した。このうち、平成２４年３月期の「業務委託費否認」４６５０万円とは、当初申告においてＣ社に支払ったとして経費に計上していた業務委託費を自己否認したものであり、平成２５年３月期の「広告宣伝費否認」８２１４万２８５８円とは、当初申告において同社に支払ったとして経費に計上していた広告宣伝費を自己否認したものであって（以下、上記平成２４年３月期の４６５０万円の業務委託費及び平成２５年３月期の８２１４万２８５８円を「本件広告宣伝費等」という。）、本件各法人税修正申告においては、これらと同額が平成２４年３月期及び平成２５年３月期（以下「本件各事業年度」という。）の所得金額にそれぞれ加算されている（同表「加算」欄。乙２の１・２〔各２枚目〕。以下、当該加算した金額を「本件各加算金額」という。）。また、平成２４年３月期においては１０８５万６４７６円を、平成２５年３月期においては１６６５万７２８０円（いずれも、Ｃ社が自己の名義において支出していた広告宣伝費）を原告の広告宣伝費の金額に算入することで、これらと同額が本件各事業年度の所得金額からそれぞれ減算されている（同表「減算」欄。乙２の１・２〔各２枚目〕。以下、当該減算した金額を「本件各減算金額」という。）。
ｂ 消費税等
原告は、平成２８年１月１３日、本件各課税期間の消費税等について、別紙３・表２－１・２の「修正申告」欄のとおり、各修正申告書（以下併せて「本件各消費税等修正申告書」という。）を提出した。
原告は、本件各消費税等修正申告書による各修正申告において、別紙３・表４のとおり、課税仕入れに係る支払対価の額（同表のうち、平成２４年３月課税期間の４８８２万５０００円及び平成２５年３月課税期間の８６２５万円は、税抜金額である本件各加算金額に仮払消費税額を加算した金額である。）を減算した（乙１４の３〔３枚目〕）。
（イ）重加算税の各賦課決定処分について
処分行政庁は、平成２８年４月１３日付けで、上記（ア）の各修正申告書（平成２４年３月期の法人税の修正申告書を除く。）の提出により増加する各税額について隠ぺい又は仮装があったとして、原告に対し、別紙３・表１－２から表２－２までの「重加算税の額」欄のとおり、重加算税の各賦課決定処分を行った。
ウ 更正の請求
原告は、平成２９年５月１８日付けで、別紙３・表１－１から表２－２までの「更正の請求」欄のとおり、本件各事業年度の法人税並びに本件各課税期間の消費税等に係る各更正の請求書を提出した。
エ 更正をすべき理由がない旨の通知処分
処分行政庁は、平成２９年７月２０日付けで、上記ウの各更正の請求に対してそれぞれ更正をすべき理由がない旨の通知処分（このうち、平成２４年３月期の法人税に係る通知処分と、本件各課税期間の消費税等に係る各通知処分とを併せて「本件各通知処分」という。）をした。
オ 審査請求
原告は、平成２９年９月１日付けで、本件各通知処分及び平成２５年３月期の法人税に係る通知処分を不服として、国税不服審判所長に対して審査請求をしたが、平成３０年９月８日までに、処分行政庁は、これに対する裁決書の謄本を受領していない（乙１５、弁論の全趣旨）。
カ 本件訴えの提起
原告は、平成３０年９月８日、本件各通知処分及び平成２５年３月期の法人税に係る通知処分の取消しを求めて本件訴訟を提起した（当裁判所に顕著な事実）。
キ 訴え提起後の減額更正処分について
処分行政庁は、前記ウの各更正の請求のうち平成２５年３月期の法人税に係る更正の請求について、広告宣伝費３２万円の計上漏れがあったため（以下、当該広告宣伝費を「本件計上漏れ広告宣伝費」という。）、更正の請求の一部に更正をすべき理由があると認められるとして、平成３１年２月１４日付けで、前記エの各通知処分のうち平成２５年３月期の法人税に係る通知処分を取り消した。
これを受けて、原告は、平成２５年３月期の法人税に係る通知処分の取消しを求める訴えを取り下げた（当裁判所に顕著な事実）。
３ 争点
（１）更正をすべき理由がない旨の通知処分の取消訴訟において、納税者が確定した申告書の記載が真実と異なることについての主張立証責任を負うか
（２）本件各法人税修正申告書における所得金額等（本件計上漏れ広告宣伝費に係る部分を除く。）に誤りがあるか否か
（３）本件各消費税等修正申告書における控除対象仕入税額に誤りがあるか否か
４ 争点に関する当事者の主張
（１）争点（１）（更正をすべき理由がない旨の通知処分の取消訴訟において、納税者が確定した申告書の記載が真実と異なることについての主張立証責任を負うか）
（原告の主張）
被告は、更正をすべき理由がない旨の通知処分の取消訴訟において、原告が、確定した申告書の記載が真実と異なることについて主張立証責任を負うと主張する。しかしながら、被告は、後記のＣ社に対する各更正処分において、Ｃ社の売上高のうち架空取引であるとした部分とそのように判断しなかった部分の各詳細を明らかにしていないから、原告において真実の所得額を明らかにすることは不可能である（なお、原告は、当初の確定申告の内容が正しかったものと主張するものである。）。
（被告の主張）
更正をすべき理由がない旨の通知処分の取消訴訟においては、納税者は、申告により確定した税額等を自己にとって有利に変更することを求めるのであるから、確定した申告書の記載が真実と異なることについて主張立証責任を負うと解するのが相当であり、納税者は、真実の所得が確定申告額（本件においては修正申告額）を下回ることの立証責任を負う。
したがって、本件訴訟において、本件各加算金額が誤っているとして本件各通知処分の取消しを求める原告は、真実の所得額について自ら主張立証すべきである。
（２）争点（２）（本件各法人税修正申告書における所得金額等（本件計上漏れ広告宣伝費に係る部分を除く。）に誤りがあるか否か）
（原告の主張）
ア 新宿税務署長は、Ｃ社に対して、過大計上された売上高があるとして、平成２８年３月２５日付けで、平成２３年３月１日から平成２４年２月２９日までの事業年度の法人税の更正処分及び同年３月１日から平成２５年２月２８日までの事業年度の法人税の更正処分（以下、順に「Ｃ社平成２４年２月期更正処分」及び「Ｃ社平成２５年２月期更正処分」といい、これらを併せて「Ｃ社各更正処分」という。）をしたところ、これらの処分の中には、Ｃ社の原告に対する売上高が架空のものであることによる減額部分が含まれていた。したがって、本件各法人税修正申告書における本件各加算金額は、Ｃ社各更正処分におけるＣ社の原告に対する売上高に係る減額更正額と当然同額になるべきであるが、両金額は一致していない。
そうすると、Ｃ社に対する支払を経費として認めずにされた本件各法人税修正申告書における所得金額等の計算には誤りがある。
これに対して被告は、①原告とＣ社では法人税の確定申告等に係る期間が異なること、②両者の消費税等の経理方式も異なること、③原告の総勘定元帳に計上されていた業務委託費及び広告宣伝費とＣ社が総勘定元帳に計上していた売上金額の計上日及び計上金額が一致していないことから、本件各加算金額とＣ社各更正処分において認容された経費が必ずしも一致しない旨を主張するが、上記①～③では説明することができない金額の不一致がある。
イ 以下のとおり、Ｃ社各更正処分において過大計上であるとされた売上高は、架空の売上げによるものではなく、Ｃ社各更正処分当時、処分行政庁や新宿税務署長は、原告やＢに対するＣ社の売上げが全て架空のものではないことを認識していたというべきである。
（ア）被告は、本件各法人税修正申告書における本件各加算金額は、Ｃ社に対する架空の業務委託費又は広告宣伝費であると主張し、Ｃ社各更正処分においてもこれを前提とした取扱いがされている旨主張する。
しかしながら、Ｃ社各更正処分の更正の理由欄の記載は、売上高として計上したものの一部について取引事実がないので減算するという記載がされているのみで、全て架空の売上げであるとの取扱いがされたという趣旨には読めないし、本件訴訟において被告が主張するような、全て架空の売上げであるが経費を認容した金額と同額を売上げとして計上する方法を採るという趣旨に読むこともできない。
また、少なくともＣ社各更正処分において減算されていない原告に対する売上高については、真実売上げがあったことが認められているといえる。
（イ）Ｃ社は、同社の平成２４年３月１日から平成２５年２月２８日までの課税期間（以下「Ｃ社平成２５年２月課税期間」といい、他の課税期間についても同様に表記する。）、Ｃ社平成２６年２月課税期間及びＣ社平成２７年２月課税期間のいずれの課税期間においても消費税等を納付している。
Ｃ社各更正処分とＣ社平成２５年２月課税期間に係る消費税等の更正処分は、いずれも同じ平成２８年３月２５日付けで新宿税務署長が行っているところ、Ｃ社各更正処分において過大計上とした原告又はＢに対する売上高が架空の売上げによるものであることを認識しながら、それを明示せずに消費税を課したと考えることは合理的ではない。なお、原告及びＢとＣ社との関係は、平成２３年４月から同年６月までと、同年７月以降とで何も変化がないから、前者の時期の業務委託料については実際の売上げがあり、後者の時期のものは架空であると考えることは合理的でない。
仮に、Ｃ社各更正処分において過大計上であるとされた売上高が架空の売上げによるものであるとすれば、Ｃ社平成２４年２月課税期間及びＣ社平成２５年２月課税期間の課税売上高は０円となるはずであるから、Ｃ社平成２６年２月課税期間及びＣ社平成２７年２月課税期間は消費税の納税義務が免除されるはずであるが、Ｃ社は、上記のとおり消費税等の納税をしており、Ｃ社各更正処分を受けて消費税等が還付されたという事実もない。なお、被告は、Ｃ社平成２７年２月課税期間の特定期間（平成２５年３月１日から同年８月３１日までの期間）における課税売上高及び給与等支払額が１０００万円を超える場合には消費税法（平成２７年法律第９号による改正前のもの。以下同じ。）９条の２の規定により同法９条１項の規定が適用されないと主張するが、時期によって売上げが架空であるか否かが異なるとみることは合理的でないし、役員報酬の支払がされたか否かの調査が行われた形跡もない。
これらのことからすれば、Ｃ社各更正処分を行った新宿税務署長は、これらの各処分当時、各処分において減算されていない原告に対する売上高については真実売上げがあったものと認識していたといえる。
（ウ）Ｃ社各更正処分の結果、Ｃ社には欠損金額が増加しているところ、被告が主張するようにＣ社は売上げがない会社であるとすれば、収入がないにもかかわらず支出があるということとなり、不自然といえるし、Ｃ社が計上した欠損金は原告やＢに帰属する経費となるはずであることからすれば、処分行政庁や新宿税務署長は、Ｃ社の原告やＢに対する売上げが全て架空のものではないことを認識していたというべきである。なお、被告は、売上げがなくとも欠損金額が生じることがあると主張するが、Ｃ社は原告及びＢ以外からの売上げが予定されていない会社であって、そのような会社において欠損金額のみが生じることは不合理である。
（エ）さらに、課税庁が架空の売上げを売上げとして認定することは、粉飾を是認することにほかならず、また、課税庁が１０００万円を超える架空の課税売上げを計上することにより、消費税課税事業者を恣意的に作り出すことができることになりかねないから、このようなことがあってはならないというべきである。
（オ）以上によれば、Ｃ社各更正処分において過大計上であるとされた原告に対する売上高は、架空のものではなく、本件広告宣伝費等は経費として認容されるべきであるから、これを経費としなかった本件各法人税修正申告書における所得金額等の計算には誤りがある。
なお、原告関係者が本件各法人税修正申告に当たり、本件広告宣伝費等を自己否認し、これに沿う供述をしたのは、原告として不満はあったものの、処分行政庁所属の担当職員による税務調査において処分行政庁がＣ社への送金全額を否認する立場を明確にした以上、その認定に従うことはやむを得ないと考え、これに従ったものにすぎない。（被告の主張）
ア 本件各加算金額に誤りは認められないこと
（ア）原告は、平成２４年３月期及び平成２５年３月期の各法人税の確定申告書において、平成２４年３月期においては４６５０万円、平成２５年３月期においては８２１４万２８５８円のＣ社に対する業務委託費又は広告宣伝費（本件広告宣伝費等）を経費として計上していたところ、本件広告宣伝費等はいずれも架空のものであり、原告は法人税に係る所得金額を過少に算出していたものである。
本件各法人税修正申告書は、上記各金額を自己否認して、これらと同額（本件各加算金額）を本件各事業年度の所得金額にそれぞれ加算するものであるから、本件各加算金額に誤りはない。
（イ）ａこれに対し、原告は、本件各法人税修正申告書における本件各加算金額は、Ｃ社各更正処分におけるＣ社の原告に対する売上高に係る減額更正額と当然同額になるべきであるが、両金額は一致しておらず、本件各法人税修正申告書におけるＣ社に対する支払を経費として認めずにした所得金額等の計算は誤りであるから、更正をすべき理由がないとした本件各通知処分は違法である旨主張する。
ｂ しかしながら、原告とＣ社とでは法人税の確定申告等に係る期間が異なり、消費税等の経理方式も異なる上、別紙４のとおり、原告の総勘定元帳に計上されていた架空の業務委託費及び広告宣伝費と、Ｃ社がその総勘定元帳に計上していた原告との架空取引に係る売上金額（業務受託料）は、その計上日及び計上金額が一致していないことなどから、原告の法人税の確定申告における所得金額に加算すべき金額（広告宣伝費の過大計上額）と、Ｃ社各更正処分で所得金額から減算された金額（売上高の過大計上額）とを比較しても、両金額が当然に一致するものでない。
ｃ 加えて、原告の本件各法人税修正申告書とＣ社各更正処分では異なる計算方法で所得金額が算定されていることからも、前者における加算項目の金額が後者における減算項目の金額と当然に一致するものではない。
すなわち、原告は、Ｃ社に対する架空の業務委託費及び広告宣伝費（架空経費）を支払い、その資金をもって、Ｃ社名義で外注先の各広告業者に対して原告に帰属する取引に係る広告宣伝費（以下「原告帰属広告宣伝費」という。）を支出し、その額をＣ社の損金に計上していたところ、原告は、本件各法人税修正申告書において、上記架空経費（本件広告宣伝費等）の全額を自己否認し、所得金額に加算するとともに、原告帰属広告宣伝費の額を所得金額から減算した。
他方、新宿税務署所属の担当職員によるＣ社に対する税務調査においては、Ｃ社がその総勘定元帳に計上していた原告との取引に係る売上金額（業務受託料）は架空のものであること、及び、Ｂ及び原告に帰属する取引に係る広告宣伝費（業務委託料）をＣ社が外注先の各広告業者に支払っていることが認められた。さらに、Ｃ社の総勘定元帳の業務委託料のうち、平成２４年２月期（平成２３年６月までの取引は含めない。）のＤ社、Ｅ社及びＢに対する各取引２億１６１７万００９７円、平成２５年２月期のＥ社に対する取引３億円が、架空取引であったことが認められた。
Ｃ社各更正処分に当たっては、①上記のとおり、Ｃ社が計上した架空の本件広告宣伝費等の額に相当する金額の業務受託料（売上げ）、外注先の各広告業者に対する原告帰属広告宣伝費の額に相当する金額の業務委託料（経費）及びＢ、Ｂの関連法人であるＤ社及びＥ社に対する架空の業務委託料のいずれについても、架空計上されたものとして全て否認することで、正当な所得金額を算出する方法と、②Ｃ社の計上した架空の業務委託料（経費）のうち、広告業者に対する支出として計上した原告及びＢに帰属する広告宣伝費をＣ社の損金の額として認容し、併せて、架空の業務受託料のうち原告及びＢに帰属する広告宣伝費と同額の業務受託料（売上げ）をもＣ社の益金の額として維持するという方法の２通りの処理が考えられるところ、上記②の方法が採用されている（具体的な計算方法は別紙５のとおりである。このような処理は、利益操作によって利益を過大に計上する、いわゆる会計上の粉飾決算を認めるものではない。）。なお、上記①と上記②のいずれの方法を採用したとしても、これによって算出される所得金額は同額となる。
このように、原告の本件各法人税修正申告とＣ社各更正処分では異なる計算方法で所得金額が算定されているから、前者における加算項目の金額が後者における減算項目の金額と当然に一致するものではない。
ｄ 前記ｂのとおり、本件各法人税修正申告において所得金額に加算すべき金額とＣ社各更正処分において所得金額から減算された金額は当然に一致するものではなく、また、上記ｃのとおり、本件各法人税修正申告等における処理とＣ社各更正処分における処理はその方法も異なるが、いずれも所得金額の算定に誤りはなく、その内容において整合するものであるから、前記ａの原告の主張は理由がない。
（ウ）原告は、Ｃ社各更正処分当時、処分行政庁や新宿税務署長は、原告やＢに対するＣ社の売上げが全て架空のものではないことを認識していたなどとして、Ｃ社各更正処分において過大計上であるとされた原告に対する売上高は架空の売上げによるものではなく、本件広告宣伝費等は経費として認容されるべきであるから、本件各法人税修正申告書における所得金額等の計算は誤りである旨主張するが、以下のとおり、原告の主張は理由がない。
ａ（ａ）原告は、Ｃ社が、Ｃ社平成２５年２月課税期間からＣ社平成２７年２月課税期間までのいずれの課税期間においても消費税等を納付していることから、Ｃ社各更正処分において認定された売上げは架空のものではなく、本件広告宣伝費等は経費として認容されるべきである旨主張する。
（ｂ）Ｃ社平成２５年２月課税期間の消費税等について
Ｃ社平成２５年２月期更正処分において、架空計上された売上高及び仕入高のいずれも否認する方法で課税処分が行われ、これと同様の考え方により、Ｃ社平成２５年２月課税期間において課税資産の譲渡等は行われていなかったということになれば、Ｃ社平成２５年２月課税期間の消費税等の課税売上高は０円となり、消費税等が生じることはなかったことになる。
しかしながら、この点は、Ｃ社に対する平成２５年２月課税期間の消費税等に係る更正処分において問題とされることは別としても、これを理由に本件広告宣伝費等の一部について原告の経費として認容されなければならないことの理由となるものではない。
（ｃ）Ｃ社平成２６年２月課税期間の消費税等について
Ｃ社は、Ｃ社平成２６年２月課税期間の基準期間であるＣ社平成２４年２月期について、業務受託料として４億９１０５万５０００円を計上していた。そうすると、Ｃ社平成２４年２月期更正処分においては、その処理の方法として、前記（イ）ｃの①及び②の２通りの方法が考えられるところ、いずれの方法によっても、少なくとも７３７５万円が計上されていることとなる。
したがって、Ｃ社平成２４年２月課税期間は、業務受託料の額、すなわち課税資産の譲渡等の対価の額である広告宣伝の対価の額が１０００万円を超えるため、同課税期間を基準期間とするＣ社平成２６年２月課税期間の消費税等については、消費税法９条１項の規定が適用されず、Ｃ社は課税事業者となることから、消費税等の納税義務は免除されない。
（ｄ）Ｃ社平成２７年２月課税期間の消費税等について
Ｃ社平成２７年２月課税期間については、仮に、その基準期間であるＣ社平成２５年２月課税期間の課税売上高が１０００万円以下（０円）であったとしても、Ｃ社平成２７年２月課税期間の特定期間（平成２５年３月１日から同年８月３１日までの期間）における課税売上高及び給与等支払額が１０００万円を超える場合には、消費税法９条の２の規定により、同法９条１項の規定が適用されないこととなる。
したがって、Ｃ社平成２５年２月課税期間の課税売上高が１０００万円以下（０円）であることをもって、直ちにＣ社平成２７年２月課税期間においてＣ社の消費税等の納税義務が免除されることとはならない。
ｂ 原告は、仮にＣ社が売上げのない会社であるとすれば、欠損金が生じること自体不自然であるし、その欠損金は原告又はＢに帰属する経費となるはずであるところ、Ｃ社各更正処分において、Ｃ社の法人税の繰越欠損金が生じ、更に増加している以上は、Ｃ社の売上げ全てが架空のものではない旨主張する。
しかしながら、「欠損金額」とは、「各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額が当該事業年度の益金の額を超える場合におけるその超える部分の金額をいう」（法人税法２条１９号）のであり、「損金の額」に算入すべき金額には「当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用」が含まれる（同法２２条３項２号）ところ、Ｃ社の各事業年度において、「販売費、一般管理費その他の費用」である役員報酬等の支払があれば、当該各事業年度の売上げ（益金の額）がゼロであっても、「当該事業年度の損金の額が当該事業年度の益金の額を超える」ため、欠損金額は当然に生じることとなる。
したがって、Ｃ社の売上げがゼロであったとしても、欠損金額が生じることは何ら不自然ではない上、当該欠損金額が原告又はＢに帰属する経費となるなどとはいえない。
イ 本件各減算金額（本件計上漏れ広告宣伝費に係る部分を除く。）に誤りが認められないこと
原告は、上記アのとおり、本件各事業年度の法人税の各確定申告書において、Ｃ社に対する架空の本件広告宣伝費等を計上し、Ｂも、原告と同様に、法人税の確定申告書において、Ｃ社に対する架空の広告宣伝費及び業務委託費を計上していた。一方、Ｂ及び原告は、Ｂ及び原告に帰属する取引に係る広告宣伝費(業務委託料)を、Ｃ社を介して外注先の各広告業者に支払っていた。
そうすると、Ｃ社が自己の名義において支出していた広告宣伝費のうち、原告に帰属する平成２４年３月期に係る１０８５万６４７６円及び平成２５年３月期に係る１６６５万７２８０円は、本来、原告の費用として認められるものであるといえる。そして、原告は、本件各法人税修正申告書において、別紙３・表３の「減算」欄のとおり、平成２４年３月期においては１０８５万６４７６円を、平成２５年３月期においては１６６５万７２８０円を原告の広告宣伝費の金額に算入することで、これらと同額（本件各減算金額）を本件各事業年度の所得金額からそれぞれ減算している（なお、その後、処分行政庁は、上記以外にも、原告の平成２５年３月期の法人税の所得金額の計算上、損金の額に算入すべき広告宣伝費の額３２万円があるとして、平成３１年２月１４日付けで法人税の所得金額を３２万円減算する減額更正処分を行った。これにより、平成２５年３月期において原告の広告宣伝費として所得金額から減算した金額は、上記の１６６５万７２８０円に上記３２万円を加えた１６９７万７２８０円となった。）。したがって、本件各法人税修正申告書において原告の広告宣伝費として所得金額から減算した金額（本件各減算金額。ただし、本件計上漏れ広告宣伝費に係る部分を除く。）に誤りは認められない。
（３）争点（３）（本件各消費税等修正申告書における控除対象仕入税額に誤りがあるか否か）（原告の主張）
前記（２）（原告の主張）のとおり、本件各法人税修正申告書における所得金額等（本件計上漏れ広告宣伝費に係る部分を除く。）には誤りがあるから、本件各消費税等修正申告書における控除対象仕入税額には誤りがある。
（被告の主張）
前記（２）（被告の主張）のとおり、原告が本件各事業年度の法人税の各確定申告書において計上していたＣ社に対する本件広告宣伝費等は、架空の経費であったところ、消費税等の計算においては、当該架空の経費は、本件各課税期間の課税仕入れに係る支払対価の額とは認められない。そして、本件各消費税等修正申告書における控除対象仕入税額は、これを前提に計算を行っているから、適正なものである（なお、本件各減算金額に係る消費税等については、消費税法３０条７項に規定する帳簿及び請求書等の保存がなかったため、同条１項の規定は適用されず、課税標準額に対する消費税額から控除されない。）。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点（１）（更正をすべき理由がない旨の通知処分の取消訴訟において、納税者が確定した申告書の記載が真実と異なることについての主張立証責任を負うか）について（１）国税通則法（平成２７年法律第９号による改正前のもの）２３条１項に基づく更正の請求は、納税者の提出した納税申告書に記載した課税標準等若しくは税額等の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかったこと又は当該計算に誤りがあったことにより、当該申告書の提出により納付すべき税額が過大である場合等に、納税者が、税務署長に対し、当該申告書に係る国税の法定申告期限から５年以内に限ってすることができる申立てである。そして、申告納税方式による国税に係る税額は、その後に更正がされない限り、納税者の納税申告のとおり確定するものであること、納税申告の前提となった事実関係及びそれを誤りであるとする事実関係は更正の請求をする納税者が熟知していること等に照らせば、更正をすべき理由がない旨の通知処分の取消訴訟においては、更正の請求に係る事実関係は納税者たる原告において主張、立証すべきものと解するのが相当である。
（２）したがって、本件においては、原告の真実の翌期へ繰り越す欠損金の額が平成２４年３月期法人税修正申告書における翌期へ繰り越す欠損金の額を上回ること、また真実の控除対象仕入税額が本件各消費税等修正申告書における控除対象仕入税額を上回ることを、原告が立証すべきこととなる。
２ 争点（２）(本件各法人税修正申告書における所得金額等（本件計上漏れ広告宣伝費に係る部分を除く。）に誤りがあるか否か）について
（１）ア証拠（乙１２の１～１３の２、１４の１〔２枚目〕、１９〔６～２１枚目〕）及び弁論の全趣旨によれば、本件調査に先立ち、原告の関係法人であるＢが法人税法違反、民事再生法違反で起訴される前に行われた、東京国税局査察部所属の担当職員による国税犯則取締法（平成２９年法律第４号による廃止前のもの）に基づく調査（以下「本件査察調査」という。）において、原告の理事であり確定申告書に税理士として記名押印のある乙は、要旨、以下のとおり供述したことが認められる。
（ア）乙は、原告の実質経営者の指示により、原告の関係会社であるＣ社及びＦ社に対する「嘘の業務支援費」、「嘘の業務委託費」及び「嘘の広告宣伝費」を計上し、原告の所得金額を少なくした。
（イ）また、嘘の本件広告宣伝費等を計上し、関係会社に資金を移した上で、乙や原告の実質経営者、Ｅ社の代表取締役が自由に使える資金を捻出したほか、本来は原告に計上すべき経費を関係会社に計上していた。
（ウ）本件各事業年度の総勘定元帳の業務委託費科目について、「摘要」欄に「Ｃ」又は「Ｆ」と記載された業務委託費は、全て嘘の業務委託費を計上したものであり、平成２４年３月期にＣ社に対して計上した嘘の業務委託費は合計４６５０万円、平成２５年３月期にＦ社に対して計上した嘘の業務委託費は合計４５０万円である。
（エ）平成２５年３月期の総勘定元帳の広告宣伝費科目について、「摘要」欄に「Ｃ」と記載された広告宣伝費は、全て嘘の広告宣伝費を計上したものであり、平成２５年３月期にＣ社に対して計上した嘘の広告宣伝費は、合計８２１４万２８５８円である。
イ 原告は、上記アの乙の供述につき、本件調査において処分行政庁がＣ社への送金全額を否認する立場を明確にした以上、その認定に従うことはやむを得ないと考え、これに従った供述をしたにすぎないと主張する。
しかしながら、乙は、上記アの供述内容が記載された質問てん末書の記載内容について、内容に相違ない旨を申し述べて署名押印を行っている上（乙１９〔１３枚目〕）、上記アの供述内容は原告の総勘定元帳の記載内容を合理的に説明するものであるといえる。そして、乙が本件査察調査の担当者に対して虚偽内容の説明を行ったことを裏付けるに足りる証拠はない。
したがって、原告の主張は採用することができず、上記アの乙による供述内容は信用することができる。
ウ 前記アによれば、原告は、本件各事業年度の法人税の各確定申告書において、平成２４年３月期においては４６５０万円、平成２５年３月期においては８２１４万２８５８円のＣ社に対する架空の業務委託費又は広告宣伝費（本件広告宣伝費等）を計上して、法人税の所得金額を過少に算出していたと認められる。
そして、原告は、本件各法人税修正申告書において、平成２４年３月期においては業務委託費４６５０万円を自己否認し（乙２の１〔２枚目〕）、平成２５年３月期においては広告宣伝費８２１４万２８５８円を自己否認して（乙２の２〔２枚目〕）、これらと同額（本件各加算金額）を本件各事業年度の所得金額にそれぞれ加算している（前記前提事実（２）イ（ア）ａ、別紙３・表３)。これは、上記の法人税の所得金額の過少算出を是正するものであるから、適正な処理であるといえる。
（２）ア原告は、上記（１）ウのとおり、平成２４年３月期及び平成２５年３月期の法人税の各確定申告書において、Ｃ社に対する架空の本件広告宣伝費等を計上していたところ、証拠（乙１９〔７、２３、３１、３５枚目〕）及び弁論の全趣旨によれば、Ｂも、原告と同様に、法人税の確定申告書において、Ｃ社に対する架空の広告宣伝費及び業務委託費を計上し、原告及びＢは、原告及びＢにそれぞれ帰属する取引に係る広告宣伝費（業務委託料）を、Ｃ社を介して外注先の各広告業者に支払っていたことが認められる。また、証拠（乙１９〔３～５、３７～５５枚目〕）によれば、原告帰属広告宣伝費のうち、平成２４年３月期に係る額は１０８５万６４７６円であり、平成２５年３月期に係る額は１６６５万７２８０円であると認められる。
イ 上記アからすれば、Ｃ社が自己の名義において支出していた広告宣伝費のうち、原告に帰属する部分については、原告の費用として認められるものであるところ、原告は、本件各法人税修正申告書において、別紙５のとおり、平成２４年３月期においては１０８５万６４７６円を、平成２５年３月期においては１６６５万７２８０円を原告の広告宣伝費の金額に算入することで、これらと同額を本件各事業年度の所得金額からそれぞれ減算している（なお、その後、処分行政庁は、上記以外にも、原告の平成２５年３月期の法人税の所得金額の計算上、損金の額に算入すべき広告宣伝費の額３２万円（本件計上漏れ広告宣伝費）があるとして、平成３１年２月１４日付けで法人税の所得金額を３２万円減算する減額更正処分を行った。乙１７の１）。
したがって、本件各法人税修正申告書において原告の広告宣伝費として所得金額から減算した金額（本件各減算金額。ただし、本件計上漏れ広告宣伝費に係る部分を除く。）に誤りがあるとは認められない。
（３）アこれに対し、原告は、本件各法人税修正申告書における本件各加算金額は、Ｃ社各更正処分におけるＣ社の原告に対する売上高に係る減額更正額と同額でなければならないところ、これが一致していないと主張する。
イ しかしながら、原告の事業年度は毎年４月１日から翌年の３月３１日であるのに対し、Ｃ社の事業年度は毎年３月１日から翌年の２月末日であり（甲１の１・２）、それぞれ法人税の確定申告等に係る期間が異なっている。また、原告の総勘定元帳（乙１９〔１７及び２１枚目〕）に計上されていた架空の業務委託費及び広告宣伝費（本件広告宣伝費等）と、Ｃ社がその総勘定元帳（乙１９〔７６～７９枚目〕）に計上していた原告との架空取引に係る売上金額（業務受託料）は、その計上日及び計上金額が一致していない。これらの事情からすれば、原告の法人税の確定申告における所得金額に加算すべき金額（広告宣伝費の過大計上額）と、Ｃ社各更正処分で所得金額から減算された金額（売上高の過大計上額）が当然に一致するものである旨をいう原告の主張を採用することはできない。
ウ（ア）また、証拠（甲１の１・２〔各３、４枚目〕）及び弁論の全趣旨によれば、新宿税務署長は、Ｃ社に対する税務調査において、①Ｃ社がその総勘定元帳に計上していた原告との取引に係る売上金額（業務受託料）は架空のものであり、②原告及びＢに帰属する取引に係る広告宣伝費（業務委託料）をＣ社が外注先の各広告業者に支払っており、③Ｃ社の総勘定元帳の業務委託料のうち、平成２４年２月期（本件査察調査の対象期前である平成２３年６月までの取引は含めない。）のＤ社、Ｅ社及びＢに対する各取引２億１６１７万００９７円、平成２５年２月期のＥ社に対する取引３億円が架空取引であったと判断したことが認められる。
その上で、証拠（甲１の１〔３枚目〕、１の２〔３枚目〕、乙１９〔２３～２６、６６、７５、７７、８０枚目〕）によれば、新宿税務署長は、Ｃ社各更正処分において、Ｃ社の計上した架空の業務委託料（経費）のうち広告業者に対する支出として計上した原告及びＢに帰属する広告宣伝費をＣ社の損金の額として認容し、併せて、架空の業務受託料のうち原告及びＢに帰属する広告宣伝費と同額の業務受託料（売上げ）をもＣ社の益金の額として維持するという方法を採用し、別紙５のとおり所得金額の算定を行ったことが認められる。
このように、Ｃ社各更正処分における所得金額の算定方法は、原告の本件各法人税修正申告書における所得金額の算定方法と異なる方法が採用されているから、この点においても、原告の法人税の確定申告における所得金額に加算すべき金額（広告宣伝費の過大計上額）と、Ｃ社各更正処分で所得金額から減算された金額（売上高の過大計上額）が当然に一致するものである旨をいう原告の主張を採用することはできない。
（イ）なお、原告は、Ｃ社各更正処分の更正の理由欄の記載から上記（ア）の算定方法を採ったとの趣旨を読み取ることができないと主張するところ、確かに、上記更正の理由欄においては、別紙５の「架空計上額」及び「売上高過大計上額」がそれぞれ加算項目、減算項目として説明されているものの、「認容する業務委託料」についての説明はない（甲１の１・２〔各３、４枚目〕）。しかしながら、上記更正の理由欄の記載事項は、Ｃ社各更正処分において、新宿税務署長が申告書に記載された所得金額に加算、減算して更正した内容を記載するものであるところ（甲１の１・２〔各３枚目〕）、別紙５のとおり、「認容する業務委託料」は、申告書に記載された所得金額に加算、減算する項目のいずれにも当たらないことからすれば、更正の理由欄に「認容する業務委託料」の記載がないことが、上記（ア）のとおり算定したことを否定するものということはできない。
（４）ア原告は、Ｃ社各更正処分において、全て架空の売上げであるとの取扱いがされたとは認められない、少なくともＣ社各更正処分において減算されていない原告に対する売上高は真実売上げがあったことが認められているとして、Ｃ社に対する支払を経費として認めずにした本件各法人税修正申告書における所得金額等の計算に誤りがある旨主張する。
しかしながら、前記（３）ウ（ア）のとおり、Ｃ社各更正処分において、原告に対する売上高のうち架空ではないと認められている部分があったということはできない。原告は、Ｃ社各更正処分において減算されていない原告に対する売上高について、真実売上げがあったものと認められていないとすれば、粉飾決算を是認するものとなるとも主張するが、前記（３）ウ（ア）、別紙５のとおり、新宿税務署長がＣ社各更正処分において行った処理は、原告及びＢに帰属する取引に係る広告宣伝費の支出額と同額の売上げを残すことによって、Ｃ社の上記取引に係る各事業年度の所得金額を０円とする課税処分を行ったものであるから、いわゆる粉飾決算（経営者の意図によって行われる利益操作であって、利益を過大に計上すること。乙２０）を是認したものとはいえない。したがって、原告の主張は採用することができない。
イ（ア）また、原告は、Ｃ社がＣ社平成２５年２月課税期間から平成２７年２月課税期間までのいずれの課税期間においても消費税等を納付していることから、Ｃ社各更正処分において、新宿税務署長は、原告からの売上げは架空のものではなく、真実の売上げがあったと認識していた旨主張する。
（イ）平成２５年２月課税期間の消費税等について
確かに、Ｃ社平成２５年２月課税期間分の消費税等の更正通知書に記載された更正後の課税標準額（３億４８５８万円。甲３）は、別紙５・図２の「認容する業務受託料」（３億４８５８万０２７４円）に対応するものとうかがわれ、Ｃ社平成２５年２月期更正処分においてはこの認容する業務受託料の計上が是認されている。しかしながら、上記処分は、これと同日に更正処分がされた法人税とは所得金額等の計算に係る処理が明らかに異なっているところ、本件広告宣伝費等について真実取引の裏付けがあったことを認めるに足りる証拠はないことからすれば、原告主張の点を踏まえてもなお、本件広告宣伝費等の全部について実際の取引に裏付けられたものであるということはできず、原告の経費として認容されなければならないことの理由となるものとはいえない。
（ウ）平成２６年２月課税期間の消費税等について
Ｃ社は、Ｃ社平成２６年２月課税期間の基準期間（事業年度の前々年度）であるＣ社平成２４年２月期について、業務受託料として４億９１０５万５０００円を計上していた（前記（３）ウ（ア）、別紙５・図１）。
そして、被告は、新宿税務署長が、Ｃ社平成２４年２月期更正処分を踏まえても、Ｃ社平成２４年２月課税期間は、業務受託料の額、すなわち課税資産の譲渡等の対価の額である広告宣伝の対価の額が少なくとも７３７５万円（別紙５・図１⑥Ｂ調査対象前分）であって、１０００万円を超えるため、Ｃ社平成２４年２月課税期間を基準期間とするＣ社平成２６年２月課税期間の消費税等については、消費税法９条１項の規定が適用されず、Ｃ社は課税事業者となることから、消費税等の納税義務は免除されないと判断したと主張するところ、以上の事実関係を前提とすれば、被告の上記判断は合理性を有するものということができる。
これに対し、原告は、ＢとＣ社との関係が、平成２３年７月の前後で変化したことはない、また、架空の売上げを売上げとして認定することが認められれば、税務署長の恣意により消費税課税事業者を作り出せることになりかねないなどと主張するが、税務署長において客観的な裏付けのある範囲で更正処分を行うことには合理性が認められる上、Ｃ社各更正処分において、新宿税務署長が恣意的に架空の売上げを認定したと認めるに足りる証拠はなく、原告の主張を採用することはできない。したがって、上記被告の主張は適切であり、Ｃ社がＣ社平成２６年２月課税期間の消費税等の納税義務が免除されなかったことをもって、Ｃ社各更正処分において新宿税務署長は原告に対するＣ社の売上げが架空のものではないと認識していたということはできない。
（エ）平成２７年２月課税期間の消費税等について
Ｃ社平成２７年２月課税期間については、仮に、その基準期間であるＣ社平成２５年２月課税期間の課税売上高が１０００万円以下（０円）であったとしても、Ｃ社平成２７年２月課税期間の特定期間（平成２５年３月１日から同年８月３１日までの期間）における課税売上高及び給与等支払額が１０００万円を超える場合には、消費税法９条の２の規定により、同法９条１項の規定が適用されないこととなる。そうすると、Ｃ社平成２５年２月課税期間の課税売上高が１０００万円以下（０円）であることをもって、直ちにＣ社平成２７年２月課税期間においてＣ社の消費税等の納税義務が免除されることとはならない。なお、原告は、計上されていた取引の時期により売上げが架空であるか否かが異なると考えることは合理的ではないと主張するが、客観的な裏付けのある部分に限って更正処分を行うことに合理性が認められることは上記（ウ）のとおりである。また、原告は、役員報酬の支払が未支給であるかについて調査が行われた形跡がないと主張するが、これらが真に未支給であり、そのことを新宿税務署長が認識していた事実を認めるに足りる証拠はない。
したがって、Ｃ社がＣ社平成２６年２月課税期間の消費税の納税義務が免除されなかったことをもって、Ｃ社各更正処分において新宿税務署長はＣ社の売上げが架空のものではないと認識していたということはできない。
（オ）以上によれば、原告の前記（ア）の主張は採用することができず、Ｃ社に対する支払を経費として認めなかった本件各法人税修正申告書における所得金額等の計算に誤りがあるということはできない。
ウ 原告は、Ｃ社各更正処分の結果、Ｃ社には欠損金額が増加しているところ、原告及びＢ以外からの収入が予定されていないＣ社において、収入がないにもかかわらず支出があることは不自然であるから、新宿税務署長は原告やＢに対する売上げが全て架空のものではないことを認識していた旨主張する。
しかしながら、「欠損金額」とは、「各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額が当該事業年度の益金の額を超える場合におけるその超える部分の金額」（法人税法２条１９号）をいい、損金の額に算入すべき金額には「当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用」が含まれる（同法２２条３項２号）。Ｃ社の各事業年度において、販売費、一般管理費その他の費用の支払があれば、当該各事業年度の売上げがなくても、当該事業年度の損金の額が当該事業年度の益金の額を超えることから、欠損金額は当然に生じることとなり、この理は会社ごとによって変わるものではない。したがって、Ｃ社の売上げがなかったとしても、欠損金額が生じることは不自然とはいえないから、Ｃ社に欠損金額が生じたことをもって、新宿税務署長が原告主張のとおり認識していたということはできず、本件各法人税修正申告書における所得金額等の計算に所論の誤りがあるということはできない。
３ 争点（３）（本件各消費税等修正申告書における控除対象仕入税額に誤りがあるか否か）について
前記２（１）ウのとおり、原告が平成２４年３月期及び平成２５年３月期の法人税の各確定申告書において計上していたＣ社に対する本件広告宣伝費等は、架空の経費であったところ、消費税等の計算においては、当該架空の経費は、本件各課税期間の課税仕入れに係る支払対価の額とは認められない。そして、原告の消費税等の経理処理は、税抜経理方式を採用していることから（弁論の全趣旨）、本件各課税期間の消費税等の計算に当たっては、税抜金額である本件各加算金額に仮払消費税を加算した金額、すなわち平成２４年３月課税期間においては４８８２万５０００円（前記２（１）ウの平成２４年３月期の所得金額に加算した金額〔４６５０万円〕に仮払消費税の金額〔２３２万５０００円〕を加算した金額）を、平成２５年３月課税期間においては８６２５万円（前記２（１）ウの平成２５年３月期の所得金額に加算した金額〔８２１４万２８５８円〕に仮払消費税の金額〔４１０万７１４２円〕を加算した金額）を、それぞれ課税仕入れに係る支払対価の額から減算することになる。
そして、前記前提事実（２）イ（ア）ｂのとおり、原告は、本件各消費税等修正申告書において、別紙３・表４のとおり、平成２４年３月課税期間については４８８２万５０００円を、平成２５年３月課税期間については８６２５万円を、それぞれ課税仕入れに係る支払対価の額から減算していることが認められるから、本件各消費税等修正申告書における控除対象仕入税額に誤りがあるとは認められない。
４ 結論
以上のとおり、原告は確定した申告書（修正申告書）に記載された事実が真実と異なることを主張立証すべきところ、本件各法人税修正申告書における所得金額等（本件計上漏れ広告宣伝費に係る部分を除く。）、本件各消費税等修正申告書における控除対象仕入税額には、いずれも誤りがあるとは認められず、ほかに上記各修正申告書記載の事実が真実と異なることをうかがわせる具体的な事情があるともいえないから、本件各通知処分に違法な点はないというべきである。
よって、原告の請求はいずれも理由がないから、これを棄却することとし、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官森英明
裁判官三貫納有子
裁判官鈴鹿祥吾
（別紙１）
指定代理人目録
諸岡慎介、山元智晶、渋川佐紀子、平田宏幸、神川和久、仁位和久、吉武雅之、宮嵜智範、三宮慶太、黨秀幸
以上
（別紙２－１）
〇国税通則法（平成２７年法律第９号による改正前のもの）
（更正の請求）
第二十三条納税申告書を提出した者は、次の各号のいずれかに該当する場合には、当該申告書に係る国税の法定申告期限から五年（第二号に掲げる場合のうち法人税に係る場合については、九年）以内に限り、税務署長に対し、その申告に係る課税標準等又は税額等（当該課税標準等又は税額等に関し次条又は第二十六条（再更正）の規定による更正（以下この条において「更正」という。）があつた場合には、当該更正後の課税標準等又は税額等）につき更正をすべき旨の請求をすることができる。
一当該申告書に記載した課税標準等若しくは税額等の計算が国税に関する法律の規定に従つていなかつたこと又は当該計算に誤りがあつたことにより、当該申告書の提出により納付すべき税額（当該税額に関し更正があつた場合には、当該更正後の税額）が過大であるとき。二前号に規定する理由により、当該申告書に記載した純損失等の金額（当該金額に関し更正があつた場合には、当該更正後の金額）が過少であるとき、又は当該申告書（当該申告書に関し更正があつた場合には、更正通知書）に純損失等の金額の記載がなかつたとき。三第一号に規定する理由により、当該申告書に記載した還付金の額に相当する税額（当該税額に関し更正があつた場合には、当該更正後の税額）が過少であるとき、又は当該申告書（当該申告書に関し更正があつた場合には、更正通知書）に還付金の額に相当する税額の記載がなかつたとき。
２、３〔略〕
４ 税務署長は、更正の請求があつた場合には、その請求に係る課税標準等又は税額等について調査し、更正をし、又は更正をすべき理由がない旨をその請求をした者に通知する。５～７〔略〕
（更正）
第二十四条税務署長は、納税申告書の提出があつた場合において、その納税申告書に記載された課税標準等又は税額等の計算が国税に関する法律の規定に従つていなかったとき、その他当該課税標準等又は税額等がその調査したところと異なるときは、その調査により、当該申告書に係る課税標準等又は税額等を更正する。
以上
（別紙２－２）
〇消費税法（平成２７年法律第９号による改正前のもの）
（課税の対象）
第四条国内において事業者が行つた資産の譲渡等には、この法律により、消費税を課する。２～７〔略〕
（納税義務者）
第五条事業者は、国内において行つた課税資産の譲渡等につき、この法律により、消費税を納める義務がある。
２ 〔略〕
（小規模事業者に係る納税義務の免除）
第九条事業者のうち、その課税期間に係る基準期間における課税売上高が千万円以下である者については、第五条第一項の規定にかかわらず、その課税期間中に国内において行つた課税資産の譲渡等につき、消費税納める義務を免除する。ただし、この法律に別段の定めがある場合は、この限りでない。
２～９〔略〕
（前年又は前事業年度等における課税売上高による納税義務の免除の特例）第九条の二個人事業者のその年又は法人のその事業年度の基準期間における課税売上高が千万円以下である場合において、当該個人事業者又は法人（前条第四項の規定による届出書の提出により消費税を納める義務が免除されないものを除く。）のうち、当該個人事業者のその年又は法人のその事業年度に係る特定期間における課税売上高が千万円を超えるときは、当該個人事業者のその年又は法人のその事業年度における課税資産の譲渡等については、同条第一項本文の規定は、適用しない。
２ 〔略〕
３ 第一項の規定を適用する場合においては、前項の規定にかかわらず、第一項の個人事業者又は法人が同項の特定期間中に支払つた所得税法第二百三十一条第一項（給与等、退職手当等又は公的年金等の支払明細書）に規定する支払明細書に記載すべき同項の給与等の金額に相当するものとして財務省令で定めるものの合計額をもつて、第一項の特定期間における課税売上高とすることができる。
４ 前三項に規定する特定期間とは、次の各号に掲げる事業者の区分に応じ当該各号に定める期間をいう。
一〔略〕
二その事業年度の前事業年度（七月以下であるものその他の政令で定めるもの〔括弧内略〕を除く。）がある法人当該前事業年度開始の日以後六月の期間
三〔略〕
５ 〔略〕
（別紙３）
表１－１平成２４年３月期の法人税に係る経緯
(単位：円)
区分
年月日
所得金額
納付すべき
法人税額
翌期へ繰り
越す欠損金
過少申告
加算税の額
重加算税の額
確定申告
24・５・30
▲188
225,332,493
――
修正申告
28・１・13
▲188
141,889,794
――
加算税賦課
決定処分
――――――
更正の請求
29・５・18
▲188
161,077,813
――
通知処分
29・７・20
更正をすべき理由がない旨の通知
――
審査請求
29・９・４
更正をすべき理由がない旨の通知の全部取消し
――
表１－２平成25年3月期の法人税に係る経緯
(単位：円)
区分
年月日
所得金額
納付すべき
法人税額
翌期へ繰り
越す欠損金
過少申告
加算税の額
重加算税の額
確定申告
25・５・28
▲405
20,033,586
――
修正申告
28・１・13
129,979,055
32,304,200
―――
加算税賦課
決定処分
28・４・13
――――
11,305,000
更正の請求
29・５・18
69,697,522
16,932,300
―――
通知処分
29・７・20
更正をすべき理由がない旨の通知
――
審査請求
29・９・４
更正をすべき理由がない旨の通知の全部取消し
――
通知処分
の取消
31・２・14
更正をすべき理由がない旨の通知の全部取消し
――
減額更正
処分等
31・２・14
更正の請求に対してその一部に更正をすべき
理由がない旨の通知
――
31・２・14
129,643,055
32,218,500
――
11,273,500
表２－１平成２３年４月１日から平成２４年３月３１日までの課税期間の消費税等に係る経緯(単位:円)
区分
年月日
課税標準額
消費税額
控除対象
仕入税額
納付すべき
消費税額
課税標準
となる
消費税額
納付すべき
地方消費税額
過少申告
加算税の額
重加算税の
額
確定申告
24・５・30
189,591,000
7,583,640
12,518,908
▲4,935,268
▲4,935,268
▲1,233,817
――
修正申告
28・１・13
189,591,000
7,583,640
10,658,908
▲3,075,268
▲3,075,268
▲768,817
――
加算税賦課
決定処分
28・４・13
―――――――
▲812,000
更正の請求
29・５・18
189,591,000
7,583,640
11,426,428
▲3,842,788
▲3,842,788
▲960,697
――
通知処分
29・７・20
更正をすべき理由がない旨の通知
――
審査請求
29・９・４
更正をすべき理由がない旨の通知の全部取消し
――
表２－２平成２４年４月１日から平成２５年３月３１日までの課税期間の消費税等に係る経緯(単位:円)
区分
年月日
課税標準額
消費税額
控除対象
仕入税額
納付すべき
消費税額
課税標準
となる
消費税額
納付すべき
地方消費税額
過少申告
加算税の額
重加算税の
額
確定申告
25・５・28
266,172,000
10,646,880
6,273,952
4,372,900
4,372,900
1,093,200
――
修正申告
28・１・13
266,172,000
10,646,880
2,808,237
7,838,600
7,838,600
1,959,600
――
加算税賦課
決定処分
28・４・13
―――――――
1,515,500
更正の請求
29・５・18
266,172,000
10,646,880
4,451,977
6,194,900
6,194,900
1,548,700
――
通知処分
29・７・20
更正をすべき理由がない旨の通知
――
審査請求
29・９・４
更正をすべき理由がない旨の通知の全部取消し
――
表３本件各法人税修正申告書における所得金額加減算額内訳
(単位:円)
事業年度
項目
平成24年３月期
平成25年３月期
加算
公告宣伝費否認
―
82,142,858
業務委託費否認
46,500,000
※注２ 4,500,000
業務支援費否認
――
雑収入
―
支払手数料否認
10,500
21,000
繰越欠損金の当期控除額
―
63,409,113
減算
商品仕入高認容
78,628
―
消耗品費（当期製造原価）認容
―
294,432
賞与認容
2,869,921
2,119,061
広告宣伝費認容
10,856,476
16,657,280
通信費認容
119,523
121,537
賃借料認容
4,400
―
雑費認容
170,426
45,703
雑損失認容
557,099
855,945
繰越欠損金の当期控除額
31,854,027
―
合計
129,979,055
※注１別表中の網掛けは、Ｃ社との取引に係る修正額
※注２Ｆ社に対する架空取引
表４本件各消費税等修正申告書における課税仕入れに係る支払対価の額の減算額内訳(単位:円)
課税期間
項目
平成24年３月課税期間
平成25年３月課税期間
広告宣伝費認容
―
86,250,000
業務委託費否認
48,825,000
※注３ 4,725,000
業務支援費否認
――
合計
48,825,000
90,975,000
※注１金額は税込金額
※注２別表中の網掛けは、Ｃ社との取引に係る修正額
※注３Ｆ社に対する架空取引
（別紙４）
（単位:円）
原告からＣ社に対する支出の計上額
（原告の総勘定元帳の計上金額）
〔乙第１９号証１５、１７及び２１枚目〕
Ｃ社の収入計上額
（Ｃ社の総勘定元帳の計上金額）
〔乙第１９号証７６ないし７９枚目〕
年月
勘定科目
金額
決算期合計
年月
勘定科目
金額(原告)
金額(Ｂ)
決算期合計
22/4
22/4
Ｂ調査対象期前
(Ａ分のみ)
37,800,000
22/5
22/5
22/6
22/6
22/7
業務支援費
1,000,000
22/7
22/8
業務支援費
5,000,000
22/8
業務支援料
150,000
22/9
業務支援費
5,000,000
22/9
業務支援料
350,000
22/10
業務支援費
6,000,000
22/10
業務支援料
6,300,000
22/11
業務支援費
9,500,000
22/11
業務支援料
5,250,000
22/12
業務支援費
10,000,000
22/12
業務支援料
15,250,000
23/1
業務支援費
6,200,000
23/1
業務支援料
5,250,000
23/2
業務支援費
5,666,667
23/2
業務支援料
5,250,000
23/3
業務支援費
5,000,000
53,366,667
23/3
23/4
業務委託費
3,500,000
46,500,000
23/4
業務受託料
1,575,000
43,050,000
Ｂ調査
23/5
業務委託費
3,500,000
23/5
業務受託料
4,200,000
23,100,000
対象期前
23/6
業務委託費
3,500,000
23/6
業務受託料
1,000,000
7,600,000
7375万
23/7
業務委託費
4,000,000
23/7
業務受託料
1,000,000
14,500,000
23/8
業務委託費
4,000,000
23/8
業務受託料
4,130,000
57,340,000
23/9
業務委託費
4,000,000
23/9
業務受託料
2,000,000
27,900,000
23/10
業務委託費
4,000,000
23/10
業務受託料
4,200,000
39,900,000
23/11
業務委託費
4,000,000
23/11
業務受託料
4,200,000
41,475,000
23/12
業務委託費
4,000,000
23/12
業務受託料
4,200,000
53,550,000
24/1
業務委託費
4,000,000
24/1
業務受託料
17,850,000
59,250,000
Ｅ社の150万含む
24/2
業務委託費
4,000,000
24/2
業務受託料
3,435,000
75,600,000
491,055,000
24/3
業務委託費
4,000,000
24/3
業務受託料
6,925,000
48,393,000
24/4
広告宣伝費
4,000,000
82,142,858
24/4
業務受託料
6,925,000
48,393,000
24/5
広告宣伝費
4,000,000
24/5
業務受託料
6,925,000
48,393,000
24/6
広告宣伝費
12,142,858
24/6
業務受託料
6,925,000
48,393,000
24/7
広告宣伝費
4,000,000
24/7
業務受託料
6,925,000
48,393,000
24/8
広告宣伝費
3,500,000
24/8
業務受託料
11,541,194
48,393,000
24/9
広告宣伝費
8,500,000
24/9
業務受託料
6,925,000
48,393,000
24/10
広告宣伝費
8,500,000
24/10
業務受託料
6,925,000
48,393,000
24/11
広告宣伝費
18,500,000
24/11
業務受託料
6,925,000
48,393,000
24/12
広告宣伝費
8,500,000
24/12
業務受託料
6,925,000
62,017,922
25/1
広告宣伝費
3,500,000
25/1
業務受託料
6,925,000
48,393,000
25/2
広告宣伝費
3,500,000
25/2
業務受託料
6,925,000
48,393,000
682,057,116
25/3
広告宣伝費
3,500,000
Ａ分３期合計 173,306,194
３期合計
182,009,525
※原告は税抜経理方式※Ｃ社は、24年2月期まで税込経理方式
22/7～23/2
48,366,667
税込金額
50,785,000
記帳誤り
誤:Ｂ記
正:Ａ
訴訟対象外決算期
（別紙５）
Ｃ社各更正処分における計算方法
１ 平成２４年２月期について
（１）Ｃ社平成２４年２月期更正処分の概要
Ｃ社平成２４年２月期更正処分のうち、売上高過大計上額に関する部分は、概要、下記の図１のとおりである。
【図１】
Ｃ社の「売上高過大計上額」の計算（平成２４年２月期）
①総額 505,797,918円
業務委託料勘定
（経費）
③Ｂ調査対象前分
148,052,692円
②架空計上額
216,170,097円
④認容する業務委託料
141,575,129円
①－(②＋③)
同額
業務受託料勘定
（売上げ）
⑥Ｂ調査
対象前分
73,750,000円
⑦売上高過大計上額
275,729,871円
⑤－(④＋⑥)
④認容する業務受託料
141,575,129円
⑤総額 491,055,000円
そして、図１の「⑦売上高過大計上額」が、Ｃ社平成２４年２月期更正処分において、所得金額から減算された金額である。
（２）「④認容する業務委託料」について
「④認容する業務委託料」とは、Ｃ社が外注先の各広告業者に対して支出したものとして計上したものの、実際は、原告又はＢに帰属する取引に係る広告宣伝費であり、原告又はＢがＣ社を通じて外注先の各広告業者に支払ったものである。
この「④認容する業務委託料」は、Ｃ社の総勘定元帳に計上された各広告業者に対する「業務委託料」勘定の総額（図１①、乙１９〔６６枚目〕）から、Ｃ社がＤ社、Ｅ社及びＢに対する業務委託料として計上したものの、取引事実がない架空の経費としてＣ社の所得金額に加算された金額（図１②、甲１の１〔３枚目〕）及び本件査察調査の対象期間より前の期間における計上金額（図１③）を差し引いた金額（図１④〔①－（②＋③）〕）である。
（３）「⑦売上高過大計上額」について
「⑦売上高過大計上額」とは、Ｃ社が、原告及びＢからの業務受託料（売上げ）として計上したものの、取引事実がなく、虚偽の請求書を作成することにより計上した架空の売上げであるとしてＣ社の所得金額から減算（売上高の減算）された金額である。この「⑦売上高過大計上額」は、Ｃ社の総勘定元帳の「業務受託料」勘定に計上された金額の総額（図１⑤、乙１９〔７７枚目〕）から、前記（２）の「④認容する業務委託料」に相当する金額（図１④認容する業務受託料）及び本件査察調査の対象期間より前の期間における計上金額（図１⑥）を差し引いた金額（図１⑦〔⑤－（④＋⑥）〕）である。すなわち、Ｃ社は、原告及びＢからの架空の業務受託料（売上げ）を計上するとともに、実際は原告及びＢに帰属する業務委託料（経費）を計上していたところ、Ｃ社平成２４年２月期更正処分においては、上記業務委託料（経費・④認容する業務委託料）の計上を維持するとともに、これと同額の業務受託料（売上げ・④認容する業務受託料）の計上も認容することによって、上記業務受託料及び業務委託料に係る損益を発生させない処理を行っていた。
２ 平成２５年２月期について
（１）Ｃ社平成２５年２月期更正処分の概要
Ｃ社平成２５年２月期更正処分のうち、売上高過大計上額に関する部分は、概要、下記の図２のとおりである。
【図２】
Ｃ社の「売上高過大計上額」の計算（平成２５年２月期）
①総額 648,580,274円
業務委託料勘定
（経費）
②架空計上額
300,000,000円
③認容する業務委託料
348,580,274円
①－②
同額
業務受託料勘定
（売上げ）
⑤売上高過大計上額
333,476,842円
④－③
③認容する業務受託料
348,580,274円
④総額 682,057,116円
そして、図２の「⑤売上高過大計上額」が、Ｃ社平成２５年２月期更正処分において、所得金額から減算された金額である。
（２）「③認容する業務委託料」について
「③認容する業務委託料」とは、Ｃ社が外注先の各広告業者に対して支出したものの、実際は、原告又はＢに帰属する取引に係る広告宣伝費であり、原告及びＢがＣ社を介して各広告業者に支払ったものである。
この「③認容する業務委託料」は、Ｃ社の総勘定元帳に計上された各広告業者に対する「業務委託料」勘定の総額（図２①、乙１９〔７５枚目〕）から、Ｃ社がＥ社に対する業務委託料として計上したものの、取引事実がない架空の経費としてＣ社の所得金額に加算された金額（図２②、甲１の２〔３枚目〕）を差し引いた金額（図２③〔①－②〕）である。
（３）「⑤売上高過大計上額」について
「⑤売上高過大計上額」とは、Ｃ社が原告及びＢからの業務受託料（売上げ）として計上したものの、取引事実がなく、虚偽の請求書を作成することにより計上した架空の売上げであるとしてＣ社の所得金額から減算（売上高の減算）された金額である。この「⑤売上高過大計上額」は、Ｃ社の総勘定元帳の「業務受託料」勘定の総額（図２④、乙１９〔８０枚目〕）から、前記（２）の「③認容する業務委託料」に相当する金額（図２③認容する業務受託料）を差し引いた金額（図２⑤〔④－③〕）である。すなわち、Ｃ社は、原告及びＢからの架空の業務受託料（売上げ）を計上するとともに、実際は原告及びＢに帰属する業務委託料（経費）を計上していたところ、Ｃ社平成２５年２月期更正処分においては、上記業務委託料（経費・③認容する業務委託料）の計上を維持するとともに、これと同額の業務受託料（売上げ・③認容する業務受託料）の計上も認容することによって、上記業務受託料及び業務委託料に係る損益を発生させない処理を行っていた。
以上
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2020/pdf/13378.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。