税務訴訟資料第２７０号－２２（順号１３３８２）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（真岡税務署長）
令和２年２月１９日棄却・控訴
判決
原告株式会社Ａ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士鳥飼重和
堀招子
瀧谷耕二
竹内亮
鵜飼剛充
同補助参加人Ｂ
同代表者代表理事乙
同訴訟代理人弁護士阪本清
阪本智宏
島田浩樹
高村充保
同補助参加人Ｃ農業協同組合
同代表者代表理事丙
同訴訟代理人弁護士中山博之
青木康之
黒坂頌胤
被告国
同代表者法務大臣三好雅子
処分行政庁真岡税務署長
高市智恵子
同指定代理人土屋大気
角木渉
菊地翔太
猪股翔太
荒井和憲
清野将史
西野剛史
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用のうち、原告補助参加人Ｂの参加によって生じた費用は同補助参加人の負担とし、原告補助参加人Ｃ農業協同組合の参加によって生じた費用は同補助参加人の負担とし、その余は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 真岡税務署長が原告に対し平成２７年３月１７日付けでした原告の平成１９年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度以後の法人税の青色申告の承認取消処分を取り消す。
２ 真岡税務署長が原告に対し平成２７年３月１７日付けでした原告の平成１９年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額７７５１万６４７８円、納付すべき税額３５２２万５４００円を超える部分及び同法人税に係る重加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
３ 真岡税務署長が原告に対し平成２７年３月１７日付けでした原告の平成２０年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額１億０６２４万０６３５円、納付すべき税額３０１３万３２００円を超える部分及び同法人税に係る重加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
４ 真岡税務署長が原告に対し平成２７年３月１７日付けでした原告の平成２１年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税に係る重加算税の賦課決定処分を取り消す。
５ 真岡税務署長が原告に対し平成２７年３月１７日付けでした原告の平成２２年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税に係る重加算税の賦課決定処分を取り消す。
６ 真岡税務署長が原告に対し平成２７年３月１７日付けでした原告の平成２３年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税に係る重加算税の賦課決定処分を取り消す。
７ 真岡税務署長が原告に対し平成２７年３月１７日付けでした原告の平成２４年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税に係る重加算税の賦課決定処分を取り消す。
８ 真岡税務署長が原告に対し平成２７年３月１７日付けでした原告の平成２５年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税に係る重加算税の賦課決定処分並びに平成２７年６月２９日付けでした同事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額１億０１９３万９６１１円、納付すべき税額１４８３万０９００円を超える部分及び同法人税に係る過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
９ 真岡税務署長が原告に対し平成２７年３月１７日付けでした原告の平成２５年１月１日から同年１２月３１日までの課税事業年度の復興特別法人税に係る重加算税の賦課決定処分並びに平成２７年６月２９日付けでした同課税事業年度の復興特別法人税の更正処分のうち課税標準法人税額２５１５万４０００円、納付すべき復興特別法人税額２２９万８９００円を超える部分及び同復興特別法人税に係る過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
原告は、平成１９年から平成２５年までの各１月１日から１２月３１日までの事業年度（以下、それぞれ「平成１９年１２月期」ないし「平成２５年１２月期」といい、併せて「本件各事業年度」という。）の法人税及び平成２５年１月１日から同年１２月３１日までの課税事業年度（以下、上記の事業年度と同様に「平成２５年１２月期」と表記する。）の復興特別法人税につき、租税特別措置法（以下「措置法」という。）６７条の３第１項２号に定める農業協同組合等に委託して行う肉用牛の売却に係る所得の課税の特例（以下「本件特例」という。）が適用されるとして、かつ、平成２５年１２月期の法人税及び復興特別法人税については更に原告を退職した元代表取締役丁（以下「原告元代表者」という。）への退職給与（以下「本件役員退職給与」という。）の支給額が損金の額に算入されるとして、それぞれ申告をしたところ、真岡税務署長から、原告が本件各事業年度において行った肉用牛の売却取引の中には、本件特例の適用が認められないにもかかわらず、原告補助参加人らに委託して行う売却であるように装われたものがあり、当該取引は、法人税法１２７条１項３号及び国税通則法６８条１項の「仮装」に該当し、かつ、国税通則法７０条５項（現４項）の「偽りその他不正の行為」に該当するなどとして、平成２７年３月１７日付けで、平成１９年１２月期以後の法人税の青色申告の承認取消処分（以下「本件青色承認取消処分」という。）、本件各事業年度の法人税及び平成２５年１２月期の復興特別法人税の各更正処分（以下、これらのうち法定申告期限から５年を経過した日以後にされた平成１９年１２月期及び平成２０年１２月期の法人税の各更正処分を「本件各更正処分」という。）並びに重加算税の各賦課決定処分（以下「本件各賦課決定処分」という。）を受け、また、本件役員退職給与の額には法人税法３４条２項の「不相当に高額な部分の金額」があるとして、平成２７年６月２９日付けで、平成２５年１２月期の法人税及び復興特別法人税の各再更正処分並びに過少申告加算税の各賦課決定処分（以下、これらの各処分を「本件各再更正処分等」といい、本件青色承認取消処分、本件各更正処分及び本件各賦課決定処分と併せて「本件各処分」という。）を受けた。
本件は、原告が、真岡税務署長指摘の各取引に本件特例の適用がないことは争わないが、「仮装」の事実はなく、「偽りその他不正の行為」にも該当しないと主張して、①本件青色承認取消処分、②本件各更正処分のうち申告額を超える部分及び③本件各賦課決定処分の各取消しを求め、また、本件役員退職給与の額には「不相当に高額な部分の金額」はないと主張して、④本件各再更正処分等（再更正処分については平成２７年３月１７日付け更正処分の額を超える部分）の各取消しを求める事案である。
１ 関係法令の定めの概要（本件当時のもの）
（１）本件特例についての定め
ア 措置法６７条の３第１項は、農業生産法人が、昭和５６年４月１日から平成２７年３月３１日までの期間内の日を含む各事業年度において、当該期間内に同項２号に掲げる「農業協同組合又は農業協同組合連合会のうち政令で定めるものに委託して行う売却」の方法により同号に定める当該農業生産法人が飼育した生産後１年未満の肉用牛を売却した場合等において、その売却した肉用牛のうちに免税対象飼育牛があるときは、当該農業生産法人の当該免税対象飼育牛の当該売却による利益の額に相当する金額は、当該売却をした日を含む事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する旨を定める。
イ 措置法６７条の３第３項前段は、同条１項の規定は、確定申告書等に同項の規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該確定申告書等にその損金の額に算入する金額の計算に関する明細書並びに免税対象飼育牛の売却が同項各号に掲げる売却の方法により行われたこと及びその売却価額その他財務省令で定める事項を証する書類（以下「肉用牛売却証明書」という。）の添付がある場合に限り、適用する旨を定める。
（２）青色申告承認の取消し、重加算税及び更正の期間制限についての定め
ア 法人税法１２７条１項の前段は、青色申告の承認を受けた内国法人につき同項３号の「その事業年度に係る帳簿書類に取引の全部又は一部を隠ぺいし又は仮装して記載し又は記録し、その他その記載又は記録をした事項の全体についてその真実性を疑うに足りる相当の理由があること」に該当する事実がある場合には、納税地の所轄税務署長は、当該事業年度まで遡って、その承認を取り消すことができる旨を定める。
イ 国税通則法６８条１項は、期限内申告書が提出され、更正があった場合において、納税者が「その国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠ぺいし、又は仮装し、その隠ぺいし、又は仮装したところに基づき納税申告書を提出していたとき」は、当該納税者に対し、過少申告加算税に代え、重加算税を課する旨を定める。
ウ 国税通則法７０条１項は、法人税に係る更正は、その更正に係る国税の法定申告期限から５年を経過した日以後においては、することができない旨を定め、同条５項は、「偽りその他不正の行為によりその全部若しくは一部の税額を免れ」た国税についての更正は、同条１項の規定にかかわらず、その更正に係る国税の法定申告期限から７年を経過する日まで、することができる旨を定める。
（３）役員に対する退職給与等の損金不算入についての定め
法人税法３４条２項は、内国法人がその役員に対して支給する退職給与の額のうち「不相当に高額な部分の金額」として政令で定める金額は、その内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない旨を定める。
これを受けて法人税法施行令７０条２号は、上記の政令で定める金額を、内国法人が各事業年度においてその退職した役員に対して支給した退職給与の額が、当該役員のその内国法人の業務に従事した期間、その退職の事情、その内国法人と同種の事業を営む法人でその事業規模が類似するものの役員に対する退職給与の支給の状況等に照らし、その退職した役員に対する退職給与として相当であると認められる金額を超える場合におけるその超える部分の金額と定める。
２ 前提事実（証拠等により認定した事実はその証拠等を掲記する。証拠等の掲記のない事実は、当事者間に争いがない。）
（１）当事者等
ア 原告は、昭和５４年８月●日に設立された、肉用牛の飼育、肥育及び販売等を目的とする株式会社であり、本店を栃木県芳賀郡●●に置く農業生産法人（本件各事業年度当時）である。
イ 原告元代表者は、原告の設立時に取締役に就任するとともに代表取締役に就任し、平成２４年１２月２５日、原告の代表取締役を退任するとともに取締役を退任した者である。
ウ 株式会社Ｄ（以下「Ｄ」という。）は、昭和６２年４月●日に設立された、肉用牛の飼育、肥育及び販売等を目的とする株式会社であり、原告と本店所在地を同じくする原告の関連会社である。
エ 株式会社Ｅ（以下「Ｅ」という。）は、平成１９年３月●月に設立された、飼料用農作物の栽培及び販売並びに肉牛の肥育及び販売等を目的とする株式会社であり、本店を北海道稚内市に置き、原告がその発行済株式の過半数を有する原告の関連会社である。
オ 原告補助参加人Ｂの栃木県本部（以下「Ｆ」という。）及び原告補助参加人Ｃ農業協同組合（以下「Ｃ農協」ともいう。）は、いずれも措置法６７条の３第１項２号にいう「農業協同組合又は農業協同組合連合会のうち政令で定めるもの」として農林水産大臣が指定したもの（以下「指定農協等」という。）に該当する農業協同組合等である。
（２）肉用牛の売却取引の実施
ア 原告は、本件各事業年度において、栃木県内の牧場で乳用牛から生まれ育成された肉用子牛を、交雑種（Ｆ１）については月齢７か月頃に、和牛については月齢１０か月頃に、Ｆを委託先としてＤに売却し、Ｆから肉用牛売却証明書の交付を受けていた（以下、この売却取引を「本件Ｆ取引」という。）。
イ 原告は、平成２１年１２月期ないし平成２４年１２月期において、Ｅに預託していた和牛雌牛から生まれた肉用子牛を月齢１０か月頃に、Ｃ農協を委託先としてＥに売却し、Ｃ農協から肉用牛売却証明書の交付を受けていた（以下、この売却取引を「本件Ｃ取引」といい、本件Ｆ取引と併せて「本件各取引」という。）。
（３）本件役員退職給与の支給の経緯
ア 原告は、平成２５年２月７日に開催した臨時株主総会において、原告元代表者の退職慰労金（本件役員退職給与）として２億９９２０万円を支給する旨を決議した。本件役員退職給与は、原告元代表者が原告を退職する直前まで役員報酬として支給を受けていた月額１１０万円を基礎とし、勤続年数を３４年及び功績倍率を８倍として、これらを乗じて算定されている。（乙４９）
イ 原告は、平成２５年３月１日、原告元代表者に対し、本件役員退職給与として２億９９２０万円を支給した。
（４）本件各処分等の経緯
ア 法人税について青色申告の承認を受けていた原告は、本件各事業年度の法人税について、法定申告期限以前の日（平成１９年１２月期については平成２０年３月２７日、平成２０年１２月期については平成２１年３月３０日）に、所得金額、納付すべき税額等を別表１の「確定申告」欄の各該当欄記載の金額とする確定申告（青色申告）を行い、平成２５年１２月期の復興特別法人税について、提出期限までに、別表２の「申告」欄記載のとおり申告した（甲２～９、乙５７、５８）。
上記確定申告において、原告は、本件各取引について、肉用牛売却証明書を添付の上、本件特例を適用した申告をし、また、平成２５年１２月期の所得の金額の計算上、本件役員退職給与の全額である２億９９２０万円を損金の額に算入していた。
イ 真岡税務署長は、平成２７年３月１７日付けで、原告に対し、本件各取引には本件特例の適用は認められず、原告の行為が法人税法１２７条１項３号及び国税通則法６８条１項の「仮装」に該当し、国税通則法７０条５項の「偽りその他不正の行為」に該当することなどを理由として、①本件青色承認取消処分をするとともに、②本件各事業年度の法人税及び平成２５年１２月期の復興特別法人税について、別表１及び２の「更正処分等」欄記載のとおり、各更正処分（本件各更正処分を含む。）及び重加算税の各賦課決定処分（本件各賦課決定処分）をした（甲２～９）。
ウ 原告は、平成２７年３月２５日付けで、関東信越国税局長に対し、上記イの各処分についての異議申立てをしたが、関東信越国税局長は、同年６月２日付けで、同異議申立てをいずれも棄却する旨の決定をした（甲１２、１３）。
エ 真岡税務署長は、平成２７年６月２９日付けで、原告に対し、原告が損金の額に算入した本件役員退職給与の額の一部が法人税法３４条２項の「不相当に高額な部分の金額」に当たり、損金の額に算入されないことを理由として、別表１及び２の「再更正処分等」欄記載のとおり、平成２５年１２月期の法人税及び復興特別法人税の各再更正処分及び過少申告加算税の各賦課決定処分（本件各再更正処分等）をした（甲１０、１１）。
オ 原告は、平成２７年７月３日付けで、国税不服審判所長に対し、上記イの各処分についての審査請求をし、同年８月２４日付けで、真岡税務署長に対し、本件各再更正処分等についての異議申立てをし、同異議申立ては、真岡税務署長が関係書類等を国税不服審判所長に送付したことから、国税不服審判所長に対する審査請求とみなされた（甲１４～１６）。
国税不服審判所長は、平成２８年６月２７日付けで、上記各審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした。
カ 原告は、平成２８年１２月２２日、本件訴えを提起した（顕著な事実）。
３ 争点及び当事者の主張の要旨
（１）本件各取引について法人税法１２７条１項３号及び国税通則法６８条１項の「仮装」があったか否か（争点（１））
（被告の主張）
ア 国税通則法６８条１項の「仮装」とは、架空仕入れ・架空契約書の作成・他人名義の利用等、存在しない課税要件事実が存在するように見せかけることをいい、法人税法１２７条１項３号の「仮装」もこれと同義である。そして、納税者（行為者）の行為が、客観的に仮装であると判断することができれば、特段の事情がない限り、納税者（行為者）が仮装することを認識していたものと推認できる。
イ 措置法６７条の３第１項２号に規定する「委託して行う売却」とは、売主と買主の当事者間において、単に委託又は受託という形態をもって売却を行ったのみでは足りず、受託者である指定農協等が主体的に売買及び価格形成に関与し、取引価格の公正かつ適正さが担保された売却であることを要するというべきである。
本件Ｆ取引においては、Ｄ以外の肥育農家等への売却を予定しておらず、委託者たる原告が主体的に売却価格を決定しており、Ｆは子牛の売却価格の形成に関与していなかった。また、本件Ｃ取引においても、Ｅ以外の肥育農家等への売却を予定しておらず、委託者たる原告が主体的に売却価格を決定していた。
以上のとおり、本件各取引は、グループ会社内での売買取引にすぎないものを、指定農協等に委託したように形式を整えたものにほかならず、指定農協等であるＦ及びＣ農協の役割等はあくまで形式的なものにとどまり、実態として、原告とＤ及び原告とＥが直接取引をしたものである。つまり、本件各取引は、売却に伴う業務コスト面（指定農協等に対する手数料、各種書類作成等の事務作業）以上に、本件特例の適用による多額な税制上の恩恵を受けることを目的として、形式的に、Ｆ及びＣ農協に委託したように装ったものである。
ウ このように、原告は、措置法６７条の３第１項２号に規定する「委託して行う売却」の方法によるものではないにもかかわらず、本件各取引について、委託売却に関連する一連の書類を作成し、Ｆ又はＣ農協から交付を受けた肉用牛売却証明書を本件各事業年度の各確定申告書に添付するなどにより、あたかも「委託して行う売却」であるかのように装っていたものであり、原告は、そのことを認識していたと認められるから、原告が行った本件各取引は、法人税法１２７条１項３号及び国税通則法６８条１項の「仮装」に該当する。
（原告の主張）
ア 法人税法１２７条１項３号及び国税通則法６８条１項の「仮装」に該当するためには、仮装することについての認識が必要である。措置法６７条の３第１項２号に規定する「委託して行う売却」のように、法的評価を含む事実については、納税者等の行為が客観的に見て事実と異なる外観を形成する行為であるという前提事実の存在のみで、仮装することを認識していたと推認することはできない。
イ Ｆは、子牛の個体や状態等の確認及び体重の測定をし、原告との協議により売却価格の算定方法を定め、売却価格の確認及び決済をするなど、子牛の売却価格の形成等に十分に関与しており、その役割等が形式的なものにとどまっていたものではないから、本件Ｆ取引は、原告がＤと直接取引したものには当たらない。
また、Ｃ農協は、原告が翌月販売する子牛の確認をし、売却価格の算定方法もＣ農協が定めた売却委託要領に準拠したものであり、その売却価格も確認しているなど、子牛の売却価格の形成等に関与しており、その役割等が形式的なものにとどまっていたものではないから、本件Ｃ取引は、原告とＥが直接取引したものとはいえない。
なお、売却先がＤ及びＥに限られていたのは、Ｄ及びＥ以外に原告が売却する頭数を安定的に購入できる買い手が存在しなかったためである。指定農協等が主体的に売却価格を決定していれば、売却先が特定の肥育農家等であったとしても、公正かつ適正な価格形成が行われることは担保されるから、措置法６７条の３第１項２号に規定する「委託して行う売却」に該当するために、指定農協等が売却先を決定することまでは必要ではないと解すべきである。
ウ 本件各取引においては、①上記のとおり、Ｆ及びＣ農協が子牛の売却価格の形成等に関与していたこと、②指定農協等であるＦ及びＣ農協も措置法６７条の３第１項２号の「委託して行う売却」に該当するものと認識し、肉用牛売却証明書を発行していたこと、③一般に「委託販売」と呼ばれる取引の法形式は様々であるところ、本件各取引も、そのような委託販売と呼ばれる取引には該当し得ることなどから、原告は、本件各取引が同号に規定する「委託して行う売却」に該当すると信じていたものである。このように、原告は、同号に規定する「委託して行う売却」に該当しないことを認識していなかったのであるから、原告が本件各取引を同号の「委託して行う売却」であるかのように装っていたということはあり得ない。
したがって、本件各取引について、法人税法１２７条１項３号及び国税通則法６８条１項の「仮装」があったとはいえない。
（原告補助参加人Ｂの主張）
Ｆは、本件Ｆ取引において、北海道内主要３市場における平均価格を基礎とした売却価格であることを確認するとともに、職員が売却対象牛について体重等を確認し、代金の回収等も行っていたことから、本件Ｆ取引が本件特例の要件を充足するものと認識していた。したがって、本件Ｆ取引が仮に本件特例の要件を充足するものではなかったとしても、少なくとも、原告が事実を仮装したと評価されるような悪質なものでなかった。（原告補助参加人Ｃ農業協同組合の主張）
農業協同組合においては、措置法６７条の３第１項２号に規定する「委託して行う売却」と農業協同組合が行う委託販売について明確に区別されておらず、Ｃ農協は、本件Ｃ取引も「委託して行う売却」に該当すると考えていた。このようにＣ農協においても、本件Ｃ取引が「委託して行う売却」に該当すると誤解していたものであり、本件は原告が「仮装」行為によって税額を免れたものではない。
（２）原告について国税通則法７０条５項の「偽りその他不正の行為」があったか否か（争点（２））
（被告の主張）
国税通則法６８条１項の「仮装」の事実が認められる場合には、当該事実は、同法７０条５項の「偽りその他不正の行為」に該当すると解される。
したがって、原告が措置法６７条の３第１項２号に規定する「委託して行う売却」であるかのように装った行為は、国税通則法６８条１項の「仮装」に該当すると同時に同法７０条５項の「偽りその他不正の行為」にも該当する。
（原告の主張）
国税通則法７０条５項の「偽りその他不正の行為」に該当するためには、税額を免れる意図が必要であり、その前提として、「偽りその他不正の行為」を行うことに対する認識も必要となる。
前記（１）のとおり、原告は、「委託して行う売却」に該当しないことを認識していなかったから、原告の行為は、国税通則法７０条５項の「偽りその他不正の行為」には該当しない。
（３）本件役員退職給与の額のうちに法人税法３４条２項の「不相当に高額な部分の金額」があるか否か（争点（３））
（被告の主張）
ア 本件役員退職給与の相当額の算定に当たっては、「平均功績倍率法」、すなわち、退職役員に退職給与を支給した当該法人と同種の事業を営む法人でその事業規模が類似するもの（以下「同業類似法人」という。）の役員退職給与の支給事例における功績倍率（同業類似法人の役員退職給与の額を、その退職役員の最終月額報酬額に勤続年数を乗じた額で除して得た倍率をいう。）の平均値（以下「平均功績倍率」という。）に、当該退職役員の最終月額報酬額及び勤続年数を乗じて算定する方法を用いることが合理的であり、相当である。
イ 被告は、本件における同業類似法人として、①原告の本店所在地である栃木県と経済事情が類似する地域である関東信越国税局及びその隣接局（仙台国税局、東京国税局、金沢国税局及び名古屋国税局）の各管内に納税地を有する法人を対象とし、②原告と同種の事業である日本標準産業分類の大分類「Ａ－農業、林業」の中分類「０１－農業」の小分類「０１２－畜産農業」を基幹の事業とし、③事業規模の類似性を判断する要素である売上金額が原告の平成２５年１２月期の売上金額の２分の１から２倍の範囲内（いわゆる倍半基準）である事業年度（平成２３年１０月１日から平成２６年９月３０日までの間に終了するもの）があり、かつ、所得金額が欠損でないこと、④当該事業年度において原告と同じく普通退職（死亡退職を除く。）した代表取締役に対して退職給与の支給があり、⑤当該事業年度について不服申立て又は訴訟が係属中でないという抽出基準の全てを満たす法人を機械的に抽出した。
ウ こうして抽出された原告の同業類似法人は別表３のとおりの３法人であり、平均功績倍率は１．０６である。
上記平均功績倍率に原告元代表者の最終月額報酬額１１０万円及び勤続年数３４年を乗じると、３９６４万４０００円となるから、本件役員退職給与の額（２億９９２０万円）のうち、これを超える２億５９５５万６０００円は、法人税法３４条２項の「不相当に高額な部分の金額」に該当し、損金の額に算入されない。
（原告の主張）
ア 抽出条件の不合理性
（ア）同業類似法人の抽出について
被告選定法人のうち、別表３の１及び２はいずれも養鶏業を営む法人、同３は実験動物の飼育販売業を営む法人と推認されるところ、肉用牛生産業と養鶏業では、総資産回転率に２倍以上の違いがあり、売掛債権回収期間、棚卸資産回転期間、仕入債務回転期間及びキャッシュ・コンバージョン・サイクルも大きく異なり、酪農業と養鶏業においても、総資産回転率、売上高に対する役員報酬率に大きな違いがある。このように、肉用牛生産業及び酪農業と養鶏場は、その事業の特質を全く異にし「同種の事業」とはいえないから、本件では、細分類「０１２２－肉用牛生産業」及び「０１２１－酪農業」を営む法人であることを抽出条件とすべきである。
（イ）事業規模の類似性について
ａ 肉用牛生産業や酪農業を営む法人は、その多くが、肉用牛の売却による利益の額に相当する金額を損金の額に算入することができるという本件特例の適用を受けることによって、所得金額が欠損となっているから、本件特例によって所得金額が欠損となる法人を同業類似法人の抽出から除外することは不合理である。
ｂ また、本件の抽出条件においては事業規模の類似性について売上金額のみを基準としているところ、別表３の１の法人の総資産額は１９億円程度、同２の法人の総資産額は１５億円程度であるのに対し、原告の総資産額は約６６億円であるから、その事業規模が類似するものには当たらず、総資産額を考慮しなかったのは不合理である。
（ウ）抽出対象地域について
原告の同業類似法人に該当する肉用牛及び乳用牛の飼養者は、その大半が札幌国税局管内及び熊本国税局管内の法人であると推認される。他方、仙台国税局、東京国税局、金沢国税局及び名古屋国税局の各管内の地域は広域に及んでおり、栃木県と経済事情が類似する地域であるとはいえないから、これらの管内に納税地がある法人に限定すべき合理的な理由はなく、むしろ、日本全国の法人を抽出の対象とすれば、肉用牛生産業及び酪農業を営む法人が抽出される蓋然性が高い。
（エ）以上のように、本件の抽出条件は不合理であるから、これに基づき抽出された法人の役員退職給与の支給事例を基にして算定した金額が、原告元代表者に対する退職給与として相当と認められる金額とはいえない。
イ 算定方法が適切ではないこと
（ア）最終月額報酬額が原告元代表者の功績の程度を反映したものではないこと一般に肉用牛生産業及び酪農業においては、事業規模が大きくなればなるほど利益率は下がる傾向にあるが、原告は、平成２５年１２月期以前の５事業年度の平均で２億７３８１万２０００円もの純利益（純利益率８．７３％）を上げており、平成２５年１２月期末において、４１億７９７４万２０００円もの利益剰余金（利益剰余金比率６２．４１％）を有する企業である。これは、原告元代表者が、乳肉複合経営という先駆的な経営手法と、徹底した経営の合理化と効率化によって、原告を成長させたことによるものである。このような原告元代表者の功績の程度、原告の役員の報酬額が同業他社と比べて相当に低い水準にあることも考慮すると、最終月額報酬額（１１０万円）は原告元代表者の原告に対する功績の程度を反映したものではないことが明らかである。
（イ）勤続年数１年当たりの役員退職給与額の最高額（又は最高功績倍率）を用いるべきこと
勤続年数１年当たりの役員退職給与額の平均額（又は平均功績倍率）により算定された金額は、あくまで同業類似法人における平均的な役員退職給与の額にすぎないから、それを越える部分を不相当に高額な部分であるとすることは、法人税法３４条２項の「不相当に高額な部分の金額」という文言や退職給与のうち隠れた利益処分としての性質を有する部分について損金算入を認めないこととした同項の趣旨に合致せず妥当でない。そして、ある役員の役務の対価として相当と認められる金額は一定額に限られるものではないから、法人税法施行令７０条２号に規定する「退職した役員に対する退職給与として相当であると認められる金額」とは、その性質上、相当と認められる金額のうち最高額を意味すると解すべきである。また、本件における原告元代表者の原告に対する功績の大きさからすれば、同業類似法人の功績倍率の最高値により算定すべきことはむしろ当然のことといえる。
ウ 以上によれば、被告選定法人における役員退職給与の支給事例を基にして算定した金額は、原告元代表者に対する「退職給与として相当であると認められる金額」とはなり得ず、本件役員退職給与の額のうちに「不相当に高額な部分の金額」があるとはいえない。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点（１）（本件各取引について法人税法１２７条１項３号及び国税通則法６８条１項の「仮装」があったか否か）について
（１）前提事実に加え、掲記の各証拠及び弁論の全趣旨によれば、次の事実が認められる。
ア 本件Ｆ取引の概要
（ア）原告グループ会社の業務内容
栃木県内に本店を有する原告グループ会社３社（原告、Ｄ及びＧ）は、デイリー部、堆肥管理部、飼料原料部、生産管理部、企画管理部、ビーフ部及びアグリサポートの各部に分かれて業務を行っており、これらの３社の従業員は、会社の区別なく、同じ事務所内で業務に従事している（甲１８、乙６８、６９、７５）。
原告グループは、乳肉複合経営を実施しており、乳牛から生まれた交雑種（７か月齢）をＤにおいて約２０か月間肥育して販売している（乙６、６９）。
（イ）原告とＦとの間の契約内容
ａ 平成１５年３月１日付けの原告とＦとの売買基本契約及び覚書
原告とＦは、平成１５年３月１日付けで、肉牛、素牛及び受精卵等の売買に関する基本契約を締結した。同契約には、その取引条件は同契約の条項によるほか覚書により別途定めること、覚書に定めのない事項については双方協議の上決定することなどが定められていた。原告とＦは、同日付けで、同契約に基づき、覚書を取り交わした。同覚書では、原告が肥育素牛の売却をＦに委託し、Ｆはそれに基づき肥育素牛を販売すること（２条）、受渡場所は、原告又はＦの指定する場所とし、素牛の受渡しは、Ｆの受領書の提出と同時に完了するものとすること（３条）、原告・Ｆ間の売買取引の、品名・規格・価格その他取引に必要な条件については、毎月の北海道の市況を参考に、協議の上決定すること（４条）、Ｆから原告への代金決済については、Ｆが委託された素牛を販売し、その販売代金の入金を確認した後４日以内に、販売価格の１．１％の販売手数料を差し引いた額を原告の口座に振り込むこと（５条）などが定められていた。（乙１０、１１）
ｂ 平成２０年１１月１０日付けの原告とＦとの売買基本契約、売却委託契約及び覚書原告とＦは、平成２０年１１月１０日付けで、新たに売買基本契約及び生後１年未満の肉用子牛の売却に関する委託契約を締結し、平成１５年３月１日付けの売買基本契約を合意解除した。同委託契約では、原告がＦに対し、売却を委託する肉用子牛の個体識別番号（種類、性別、体重、生年月日等）、頭数等を通知したときに個別契約が成立すること（３条）、Ｆは、肉用子牛の所有権が原告にあることを確認し、原告は、買主に肉用子牛を引き渡すまでの間、善良なる管理者の注意をもって管理すること（４条）、Ｆは、売却を受託した肉用子牛を原告の名において売却し、市場価格に準じた価格をもって買主との売買を成立させ、買主から売却代金を回収すること（５条１項）、Ｆは、買主との売買が成立したときは、遅滞なく売買の成立内容を原告に報告すること（同条２項）、取引条件は、この契約の各項によるほか覚書により別途定め、覚書にない事項については協議によって決定すること（同条４項）などが定められていた。原告とＦは、同委託契約と同日付けで、同委託契約に基づき、覚書（以下、平成１５年３月１日付けの覚書と併せて「本件各覚書」という。）を取り交わした。同覚書では、取引の内容として、原告は、取り扱う肉用子牛を継続的に売却委託し、Ｆは、売却を受託した肉用子牛を原告の名において売却し、買主から売却代金を回収すること（２条）、受渡場所・条件として、受渡場所は原告又はＦの指定する場所とし、原告がＦに対し売却を委託する肉用子牛の個体識別番号（種類、性別、体重、生年月日等）、頭数等を通知・確認したときに受渡しが完了すること（３条）、取引条件として、取引価格は前月の南北海道市場・十勝市場・北見市場の３市場の単純平均価格とし、その他取引に必要な条件等については原告とＦの協議により決定すること（４条）、Ｆから原告への代金決済については、Ｆが肉用子牛の売却を受託後、買主から売却代金が入金されたことを確認した後４日以内に、販売価格の１．１％の販売手数料を差し引いた額を原告の口座に振り込むこと（５条）などが定められていた。（乙１２～１５、丙イ４）
（イ）ＤとＦとの間の契約内容
ａ 平成１５年３月１日付けのＤとＦとの売買基本契約及び覚書
ＤとＦは、平成１５年３月１日付けで、肉牛、素牛及び飼料等の売買に関する基本契約を締結した。同契約には、その取引条件は同契約の条項によるほか覚書により別途定めること、覚書に定めのない事項については双方協議の上決定することなどが定められていた。ＤとＦは、同日付けで同契約に基づき、覚書を取り交わした。同覚書ではＦがＤの取り扱う素牛を売り渡し、Ｄがこれを買い受けることを約すること（２条）のほか、受渡場所、取引条件等について、原告・Ｆ間の覚書と同様の内容が定められていた。（乙１６、１７）
ｂ 平成２０年１１月１０日付けのＤとＦとの売買基本契約及び覚書
ＤとＦは、平成２０年１１月１０日付けで、新たに原告・Ｆ間と同様の売買基本契約を締結して覚書を取り交わし、平成１５年３月１日付けの売買基本契約を合意解除した。同覚書では、ＦがＤの取り扱う肉用子牛を売り渡し、Ｄがこれを買い受けることを約すること（２条）、受渡場所は、原告又はＦの指定する場所とし、素牛の受渡しは、Ｄの受領書の提出と同時に完了するものとすること（３条）のほか、取引条件について、原告・Ｆ間の覚書と同様の内容が定められていた。（乙１８、１９）
（ウ）本件Ｆ取引の流れ等
ａ 子牛の管理等
原告は、原告のＨ牧場の広さに限りがあるため、子牛が月齢４、５か月になると、ＤのＩ牧場に移動させ、売却日まで、Ｄに預託し、原告がその管理費用を負担していた（乙２６～２９）。
ｂ 子牛売却リストの作成等
原告は、月初めに全国肉牛事業協同組合から子牛売却の価格・単価の算定資料として、和牛及び交雑種（Ｆ１）の前月分の北海道内主要３市場の取引の動向をまとめた集計データ（以下「相場表」という。）をメールで受領し、原告及びＤの両社において子牛の個体管理と堆肥の管理から販売までの一連の業務を担当していたＤ所属の従業員が、和牛は月齢１０か月、交雑種（Ｆ１）は月齢７か月の子牛を抽出して、子牛の売却リストを作成していた（乙２０の１、２、乙２２、２６）。
ｃ 買受人及び売却日の決定
売却に当たって、Ｆが買受人を募集したことはなく、子牛の売却日については、原告とＤの全牧場の責任者であるＤ所属の従業員と、Ｆの担当職員が協議の上で、子牛の個体の確認等を行うための立会日を決定し、その日を売却日としていた（乙２２、２４、２５、２７）。
ｄ 売却日当日の流れ
（ａ）個体の確認
売却日当日、Ｆの担当者は、ＤのＩ牧場において、原告から子牛売却リスト及び相場表の交付を受け、原告及びＤの従業員と共に、売却する子牛の個体識別番号等の確認及び体重の測定をし、同子牛売却リストに測定した体重等を記入する（乙２０の３、乙２１、２３、２４、２６、３０）。
（ｂ）子牛の受渡しについて
上記子牛の個体確認等により、原告からＤへの受渡しが完了する。
ｅ 売却価格の決定
（ａ）交雑種（Ｆ１）
平成２０年１０月の取引までは、北海道内主要３市場の相場を基にしつつ、原告において増減を行って売却価格を決定していた。同年１１月以降は、原告の担当者が売却日の前月における北海道内主要３市場の平均価格を抽出し、同平均価格から月齢及び体重の差異に対する調整として、原告の生産コスト（子牛１頭当たり月額１万３０００円）の２か月分等を減算して算定していた。２５０ｋｇ以下の低体重の子牛については、北海道内主要３市場の相場がそのまま利用できないことが多く、原告において、前月と同額で算定するなど、独自に売却価格を決定することが多かった。（甲５５の１～３５、乙２０の１、４、乙２３、２５、３２、３８、７０、７８）
（ｂ）和牛
平成２３年４月以前は、原告の担当者が矢板家畜市場の市場価格に準じて、売却価格を決定していた。同年５月以降は、原告の担当者が、売却日の前月における北海道内主要３市場の黒毛和種の平均価格を抽出し、同平均価格から、原告の生産コスト（子牛１頭当たり月額１万３０００円）の３か月分等を減算することにより算定していた。（乙２０の１、４、乙２５、３０、３２、７８）
ｆ 原告からＦへの請求書の送付
原告は、上記ｅにより算定した子牛の売却価格をＦにメール連絡するとともに、子牛売却に係る請求書を作成し、Ｆに郵送する（乙２０の６、乙２１）。
ｇ 販売及び購入の稟議
本件Ｆ取引における原告の販売稟議書は、Ｄの子牛購入稟議書を兼ねており、原告において稟議書の決裁が終了することにより、売却価格が確定し、原告は、Ｆ宛てに、子牛売却価格の確定と併せて、ＤからＦ宛ての振込金額及び振込日を連絡する（乙２０の４、７、乙２１、２２、２６、３１）。
Ｆは、本件Ｆ取引に関して、原告に対し、Ｄとの契約の成立を報告したことはなかった（乙３１）。
ｈ Ｆによる売却代金の決済
Ｆは、Ｄ宛てに子牛売却に係る請求書を送付し、上記ｇの振込みによる入金を確認した後、売却代金から１．１％の販売手数料を控除した金額を、原告の指定口座に振り込んで支払う（乙２０の１０、乙２１、３１）。
ｉ 出荷明細書及び販売明細書の送付
原告は、上記ｈのＦからの入金を確認後、子牛の売主である原告宛ての肥育素牛出荷明細書と、子牛の買主であるＤ宛ての肥育素牛販売明細書をそれぞれ作成した上、売却の受託者であるＦに対し、当該データをメールにより送信する（乙２０の１２、乙２１）。
ｊ 肉用牛売却証明書の発行
Ｆは、受領した上記ｉのデータを基に作成した原告宛ての肥育素牛出荷明細書とＤ宛ての肥育素牛販売明細書に押印して各宛先に送付するとともに、肉用牛売却証明書を原告宛てに発行する（乙２０の１３～１５、乙２１、２５、３１）。
イ 本件Ｃ取引について
（ア）取引に至る経緯
原告は、平成２１年頃、乳牛の飼育数を増加させたため、それまで原告のＨ牧場で飼育していた繁殖用の和牛雌牛２５０頭について、より広大な牧草地を有するＥに預託し、Ｃ農協に対し、その組合員であるＥを通じて、肉用子牛の委託売却を依頼した（乙３４）。
Ｅは、Ｃ農協の組合員であり、Ｃ農協との間で農協取引約定書を取り交わしていたが、組合員ではない原告とＣ農協との間では、子牛売却に係る契約書等が取り交わされることはなかった（乙３５～３７）。
（イ）肉用子牛の売却委託要領の定め
Ｃ農協が組合員から肉用子牛の委託を受けて売却する際の手続等を定めた肉用子牛の売却委託要領には、組合員は、Ｃ農協に対し、売却を委託する肉用子牛の個体識別番号（種類、性別、生年月日等）、頭数等を通知すること（２条）、Ｃ農協は、売却委託を受けた肉用子牛について、肉用子牛が委託を受けた組合員の所有であること及び肉用子牛の個別識別番号（種類、性別、生年月日等）を確認すること（３条）、Ｃ農協は、組合員の名において肉用子牛の売却を行い、市場価格に準じた価格をもって売却し、買主と売主が成立したときは、遅滞なく、その内容を組合員に報告すること（４条）、Ｃ農協は、買主から売却代金を回収後、遅滞なく組合員の口座に振り込み、組合員の負担する経費については、売却代金振込時に組合員の口座より徴収すること（５条）などが定められていた（乙３６）。
（ウ）本件Ｃ取引の流れ等
ａ 子牛売却リストの作成
原告の担当者は、月初めに全国肉牛事業協同組合から相場表を受領後、Ｅで育成されている月齢９又は１０か月の和牛の子牛を抽出して、売却する子牛のリストを作成する（乙３９）。
ｂ 買受人及び売却日の決定
売却に当たって、Ｃ農協が買受人を募集したことはなく、原告からＥへの子牛の売却日は決まっていなかったため、原告の担当者は、本件Ｆ取引における子牛の売却日を本件Ｃ取引の売却日としていた（乙３６、３９）。
ｃ 個体の確認
原告の肉用子牛の売却当日に、Ｃ農協の職員が立ち会うことはなく、Ｃ農協は、売却する子牛の個体の確認、体重測定等を実施していなかった。Ｃ農協は、毎月、肉用子牛生産者補給金制度業務に係る作業をＥで実施する際、翌月販売する原告の肉用子牛を確認し、後日、原告から送付される和牛子牛販売明細書兼請求書を基に、売却された子牛の個体識別番号から、母牛、耳標、生年月日、品種、性別等を確認していた。（乙３６、４２、４３、丙ロ５）
ｄ 売却価格の算定
原告の担当者は、平成２１年１１月から同年１２月までの期間は矢板家畜市場における月齢１０か月の和牛子牛の平均取引相場価格、平成２２年１月から平成２３年４月までの期間は北海道内主要３市場の和牛子牛の体重２５１ｋｇ～３００ｋｇの平均取引相場価格、同年５月以降は同市場の和牛子牛の体重２５０ｋｇ以下及び２５１ｋｇ～３００ｋｇの取引相場価格の加重平均から３万円を引いた価格により、売却価格を算定しており、売却価格の決定に際し、売却対象となっている肉用子牛の体重を確認することはなかった（甲１９、乙３４、３８、３９、７８）。
これらの算定方法は、原告元代表者が決めたものであり、Ｃ農協に価格決定や値引き等をする権利はなかった（乙３９）。
ｅ 販売、購入の稟議、原告からＣ農協への請求書等の送付
原告は、上記算定方法に基づき売却価格を算定した上で、Ｄに対するものと一緒に販売稟議書を作成し、決裁を受け、当該子牛の個体識別番号、耳標、品種、性別、売却価格及び手数料等を記載した和牛子牛販売明細書兼請求書を作成し、Ｃ農協沼川支所及びＥ宛てにファックスで送信し、Ｃ農協に対し、同書面の正本を郵送する（乙３９、４２、４４）。
Ｃ農協は、本件Ｃ取引に関して、原告に対し、Ｅとの契約の成立を報告したことはなかった（乙３６、４３）。
ｆ 売却代金の決済
Ｃ農協沼川支所は、上記ｅの和牛子牛販売明細書兼請求書に基づき、Ｅへ売却した子牛の個体識別番号、売却価格及び販売手数料等を記載した農畜産物販売精算書を作成し、Ｃ農協本所にファックスで送信する（乙４２）。
Ｃ農協本所は、農畜産物販売精算書に基づき、売却価格から１頭当たり２０００円の販売手数料を控除した金額を、原告の指定口座に振り込んで支払う（乙３９、４６）。
ｇ 肉用牛売却証明書の作成及び発行
Ｃ農協本所は、上記ｆの農畜産物販売精算書に基づき、肉用牛売却証明書を作成し、原告に対し、当該証明書を発行する（乙４２、４７）。
ウ 肉用子牛の売却に係る取扱いについて
農林水産省生産局畜産部食肉鶏卵課長は、平成１８年５月２６日付けで、栃木県畜産主務部長宛てに「肉用牛売却所得の課税の特例措置に係る執務参考資料の周知について」を発出した。同書面の別紙「農林水産大臣の指定する農業協同組合又は農業協同組合連合会に委託して肉用牛を売却した場合の売却証明書の発行に関する『Ｑ＆Ａ』」には、肉用子牛の売却委託について、「受託者は、相当の裁量が与えられ、肉用子牛の売却に係る書類の作成、売却代金の支払等のみならず、販売先、売却価格の決定等を行います。」（問６の答）、「近年の肉用肥育農家戸数の減少等により、指定農協等が肉用子牛の委託売却を行ったとき、結果的に販売先が１ケ所しか確保できなかった場合であっても、家畜市場における取引価格に準じた売却価格を設定するなど、公正かつ適正な価格決定を行うことにより、売却証明書を発行することは可能です。」（問８の答２）、「農家等が指定農協等に肉用子牛の売却を委託した場合は、委託を受けた指定農協等が売却先の確保や売却価格の決定等を主体的に行うことが必要となります。」、「肉用子牛の売却価格が農家等と肥育農家との間で直接決められている場合は、販売先、売却価格の決定等が指定農協等により行われておらず、肉用子牛の売却に係る書類や売却代金が指定農協等を経由されていたとしても、実態として、庭先取引と何ら変わらないことから、売却委託にあたりません。」（問９の答）との記載がある。（乙２３別紙１）
（２）検討
ア 「仮装」の意義について
国税通則法６８条１項にいう課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の「仮装」とは、存在しない課税要件事実が存在するように見せかけることをいい、本件特例については、農業生産法人がしたその飼育した肉用牛の売却が措置法６７条の３第１項２号に規定する指定農協等に「委託して行う売却」の方法によるものではないにもかかわらず、そのようなものであるかのように故意に装った場合には、当該仮装に該当すると解するのが相当である。
そして、法人税法１２７条１項３号にいう帳簿書類に取引の全部又は一部を「仮装」して記載し又は記録する行為も、上記「仮装」の一態様であり、上記の「委託して行う売却」の方法による取引でないものをそのような取引であるかのように故意に帳簿書類に記載し又は記録した場合には、当該仮装に該当すると解するのが相当である。
イ 措置法６７条の３第１項２号の「委託して行う売却」
措置法６７条の３第１項２号に規定する「委託して行う売却」とは、本件特例の制度趣旨が国内の肉用牛の価格形成の合理化等を税制面から支えることにあると解されること、同号に規定する指定農協等に売却を委託する場合に限ってその適用を認めるとしていることなどからすれば、売主と買主の当事者間において、単に委託または受託という形態をもって売却を行ったのみでは足りず、受託者である指定農協等が主体的に売買及び価格形成に関与しており、取引価格の公正かつ適正さが担保された売却であることを要するというべきである。
この点は、当事者間においても争いがないものと解され、本件各取引が上記の「委託して行う売却」に該当せず、本件特例の適用を受けないものであることも当事者間に争いがないが、原告は本件各取引が「委託して行う売却」に該当しないことの認識がなかった旨主張するので、なお本件各取引について、具体的に検討する。
ウ 本件Ｆ取引について
（ア）上記認定事実によれば、原告グループ会社においては、乳肉複合経営を実施する一環として、同グループ内で生まれた子牛を出荷まで一貫して肥育して販売していたものであり、原告とＦとの間の肉用子牛売却に関する委託契約とＤとＦとの間の肉用子牛の売買基本契約が同日付けで締結されていること、実際の取引においても、原告からＤに売却される子牛は売却前に原告の牧場からＤの牧場に移動して、預託されている状況にあること、Ｆにおいて買主を募集したことはないこと、原告及びＤの全牧場の責任者とＦの職員との間で売却日を決定していたこと、Ｆが原告に売買の成立を報告したことはなかったことなどからすれば、本件Ｆ取引においては、Ｄ以外への売却は予定していなかったものである。
（イ）また、子牛の売却価格の決定については、Ｆの担当者が売却の対象となる子牛の体重測定には関与していたものの、原告において、北海道内主要３市場の相場からその売却価格を算定した上で、社内の稟議を経て売却価格を決定していたこと、その社内の稟議のために作成していた販売稟議書は、Ｄの購入稟議書とを兼用したものであったこと、Ｆの担当者はその後原告からのメール連絡によりその金額を確認していたにとどまり、原告宛ての出荷明細書及びＤ宛ての販売明細書のデータも原告において作成していたことからすれば、売却価格の形成について、Ｆが関与している状況になかったというべきである。さらに、実際の価格の決定においては、交雑種（Ｆ１）について、平成２０年１０月の取引までは、北海道内主要３市場の相場を基にしつつ、原告において増減を行っていたこと、同年１１月以降の取引においても、低体重の子牛については、北海道内主要３市場の相場がそのまま利用できないことが多く、原告において、前月と同額で算定するなど、独自に売却価格を決定することが多かったことからすれば、原告が主体的に子牛の売却価格を決定していたと認められる。
このように、本件Ｆ取引におけるＦの役割はあくまで形式的なものにとどまり、実態として、原告とＤが直接に取引をしたものと認めるのが相当である。
（ウ）これに対し、原告は、平成２１年４月１０日の売却取引の際に、Ｆとの間で売却価格の算定方法に関する協議が行われていたこと（甲５７）、少なくとも平成２３年以降においては、子牛の売却価格を基本的に市場価格から２か月ないし３か月分の育成コスト等を減算する方法によって算定していたこと、平成２２年以前においても、平成１９年１月１６日の売却取引の際には、Ｆから指摘を受け、売却価格を算定し直していること（甲５６）などの事情を挙げ、Ｆが売却価格の形成に関与していたから、本件Ｆ取引が「委託して行う売却」に該当しないことを原告は認識できなかった旨主張する。しかしながら、原告の主張を前提としても、７年間にわたる本件各事業年度において、Ｆとの売却価格の設定方法についての協議は上記の２回にとどまるのであって、上記のとおり、実際の取引における売却価格の形成において原告が主体的に売却価格を決定していたとの認定を覆すものではなく、原告の主張は採用できない。
エ 本件Ｃ取引について
上記認定事実によれば、本件Ｃ取引は、Ｃ農協の組合員ではない原告が、原告の関連会社であり、同農協の組合員であるＥに対し、原告所有の肉用子牛を売却することを目的として実施されたものであると認められ、原告とＣ農協間で契約書等が作成されておらず、Ｃ農協は子牛の買主の募集をしていないことからすれば、Ｅ以外の肥育農家等への売却を予定していなかったことが明らかである。また、売却価格については、Ｃ農協の売却委託要領においては市場価格に準じた価格とされているものの、原告においては市場価格を基礎としつつも、子牛の体重を測定することなく、原告において定めた算定方法により売却価格を決定していたこと、Ｃ農協は、売主である原告に売買の成立を報告したことはなく、むしろ原告から提出される和牛子牛販売明細書兼請求書によって、原告から売買成立の報告を受けていたにすぎないことからすれば、本件Ｃ取引については、Ｃ農協は、原告から売却の委託を受けたとされる子牛の売却先や売却価格の決定に関与しているとは認められないのであって、実態として、原告とＥが直接取引していたものと認めるのが相当である。
オ 以上のとおり、本件各取引においては、肉用子牛販売の受託者であるＦ又はＣ農協が主体的に売買及び価格形成に関与することなく、原告と買主との間で直接取引をしたものと認められるから、措置法６７条の３第１項２号に規定する「委託して行う売却」に該当しないことは明らかである。
そして、原告が本件Ｆ取引及び本件Ｃ取引において作成した契約書、請求書、販売稟議書等は、青色申告の承認を受けている法人が整理し、保存すべき書類に該当する（法人税法１２６条、法人税法施行規則５９条１項３号）と解されるところ、原告は、これらの委託売却に関連する一連の書類を作成し、Ｆ及びＣ農協から交付を受けた肉用牛売却証明書を本件各事業年度の各確定申告書に添付することにより、客観的にみれば、あたかも措置法６７条の３第１項２号に規定する「委託して行う売却」であるかのように装っていたものである。前記認定のとおりの本件各取引の態様からすれば、本件各取引は、原告と買主との間の直接取引と評するほかないものであって、原告としても、本件各取引の実質がそのようなものであることを、少なくとも未必的には認識していたものと解される。そうすると、原告は、上記のような装う行為を故意に行っていたと認めるのが相当であり、原告のこれらの行為は、法人税法１２７条１項３号及び国税通則法６８条１項の「仮装」に当たるというべきである。
カ これに対し、原告は、①本件各取引においては、前記のとおり、ＦおよびＣ農協が子牛の売却価格の形成等に関与していたこと、②これらの指定農協等も「委託して行う売却」に該当すると認識し、肉用牛売却証明書を発行していたこと、③本件各取引も、一般に委託販売と呼ばれる取引には該当し得ることからすれば、原告は、本件各取引が「委託して行う売却」に該当しないことを認識しておらず、故意がなかった旨主張する。しかしながら、上記のとおり、本件各取引は、実質的には、原告がその関連会社であるＤ及びＥに原告所有の肉用子牛を直接売却する取引であり、本件特例の適用を受けるため、形式的に、Ｆ及びＣ農協を関与させたという見方が妥当する取引であって、そのことは原告も少なくとも未必的には認識していたというほかなく、また、上記のような本件各取引が客観的にみて一般的な委託販売にも該当しないことは明らかであるから、原告の主張は採用できない。
２ 争点（２）（原告について国税通則法７０条５項の「偽りその他不正の行為」があったか否か）について
国税通則法６８条１項の「仮装」は、同法７０条５項の「偽りその他不正の行為」にも該当をすると解されるから、前記１のとおりの本件各取引に係る「仮装」は、原告による同項の「偽りその他不正の行為」にも該当するというべきである。
３ 争点（３）（本件役員退職給与の額のうちに法人税法３４条２項の「不相当に高額な部分の金額」があるか否か）について
（１）法人税法３４条２項の趣旨は、法人の役員に対する退職給与等が法人の利益処分たる性質を有する場合があることから、法人所得の金額の計算上、一般に相当と認められる金額に限り必要経費として損金算入を認め、それを超える部分の金額については損金算入を認めないことによって、実態に即した適正な課税を行うことにあると解される。
そして、法人税法３４条２項の委任を受けた法人税法施行令７０条２号は、法人税法３４条２項所定の「不相当に高額な部分の金額」を役員退職給与について算定するに当たり考慮すべき事項を類型化して具体的に定めたものということができる。
（２）ア被告は、本件役員退職給与のうち相当と認められる金額の算定方法として、平均功績倍率法を用いている。その算定要素のうち、まず、最終月額報酬額は、通常、当該退職役員の在任期間中における報酬の最高額を示すものであるとともに、当該退職役員の在任期間中における法人に対する功績の程度を最もよく反映しているものということができる。また、勤続年数は、法人税法施行令７０条２号が規定する「当該役員のその内国法人の業務に従事した期間」に相当する。さらに、功績倍率は、これらの要素以外の役員退職給与の額に影響を及ぼす一切の事情を総合評価した係数であり、同業類似法人における功績倍率の平均値（平均功績倍率）を算定することにより、同業類似法人間に通常存在する諸要素の差異やその個々の特殊性が捨象され、より平準化された数値が得られるものということができる。このような各算定要素を用いて役員退職給与の相当額を算定しようとする平均功績倍率法は、その同業類似法人の抽出が合理的に行われる限り、法人税法３４条２項及び法人税法施行令７０条２号の趣旨に合致する合理的な方法というべきである。
イ この点、原告は、ある役員の役務の対価として相当と認められる金額は一定額に限られるものではないから、法人税法施行令７０条２号に規定する「退職した役員に対する退職給与として相当であると認められる金額」とは、その性質上、相当と認められる金額のうち最高額を意味すると解すべきであり、本件においても、功績倍率の最高値又は勤続年数１年当たりの役員退職給与額の最高額を用いるべきである旨主張する。しかしながら、功績倍率の平均値（平均功績倍率）を算定することにより、同業類似法人間に通常存在する諸要素の差異やその個々の特殊性が捨象され、より平準化された数値が得られることは上記のとおりである一方、功績倍率の最高値や勤続年数１年当たりの役員退職給与額の最高額は、それらに係る法人の特殊性等に影響されるものであって、指標としての客観性が劣るといわざるを得ない。また、後記のとおり本件において合理的と認められる抽出基準により同業類似法人を抽出した結果、３法人という相当数の法人が抽出されている上、これらの法人の功績倍率には極端なばらつきがないのであって、本件において役員退職給与の相当額を算定するための指標として平均功績倍率を採用することが相当でないとか、最高功績倍率等がより適切であるとみるべき事情は見当たらない。したがって、原告の上記主張は採用できない。
（３）そこで次に、被告が原告の同業類似法人を抽出するために用いた抽出基準が合理的であると認められるか否かについて検討する。
ア 証拠（乙５３～５６の４）によれば、被告において、平成２９年４月６日付けの関東信越国税局長名による管内（茨城県、栃木県、群馬県、埼玉県、新潟県、長野県）の各税務署長宛ての指示文書並びに隣接局である仙台国税局（青森県、岩手県、宮城県、秋田県、山形県、福島県）、東京国税局（千葉県、東京都、神奈川県、山梨県）、金沢国税局（富山県、石川県、福井県）及び名古屋国税局（岐阜県、静岡県、愛知県、三重県）の各局長宛ての依頼文書により、次の①～⑤の抽出基準に該当する法人の調査を求めたところ、これに該当する法人は別表３のとおりの３法人（乙５５の３、５５の５９、５６の４）となったことが認められる。
① 各税務署及び各国税局の管内に納税地を有する法人であること
② 日本標準産業分類における、大分類「Ａ－農業、林業」の中分類「０１－農業」の小分類「０１２－畜産農業」を基幹の事業としていること
③ 平成２３年１０月１日から平成２６年９月３０日までの間に終了する事業年度において、売上金額が１５億７９０４万０１１７円（原告の平成２５年１２月期の売上金額３１億５８０８万０２３３円（乙２）の半額）以上６３億１６１６万０４６６円（同倍額）以下である事業年度があり、かつ、所得金額が欠損でないこと
④ 代表取締役の退職（死亡退職を除く。）があり、かつ、上記③に該当する事業年度において、当該退職した代表取締役に対して退職給与の支払があること
⑤ 上記③に該当する事業年度について、国税通則法又は行政事件訴訟法所定の不服申立て又は訴訟が係属中でないこと
イ 上記抽出基準のうち①の合理性について、原告は、原告の基幹事業である肉用牛生産業及び酪農業を営む法人が多数存在している札幌国税局の管内及び肉用牛生産業を営む法人が多数存在している熊本国税局の管内を調査対象地域とせず、調査対象地域を関東信越国税局及びその隣接局の管内に限定したことが不合理である旨を主張する。しかしながら、弁論の全趣旨によれば、被告は、原告の本店所在地である栃木県及びこれを含む関東信越国税局管内だけでは抽出条件を満たす法人が少ないと思料されたことから、同局管内と経済事情が類似すると思料される隣接局管内に納税地（本店又は主たる事務所の所在地。法人税法１６条）を有する法人をも対象としたものと認められるのであり、この方法は合理的ということができる。一方、証拠（甲４７）によれば、原告が主張するように、肉用牛生産業及び酪農業については、札幌国税局管内及び熊本国税局管内にそれらを基幹の事業とする法人の割合が高くなっていることが認められるものの、今回の抽出対象地域内にも肉用牛生産業及び酪農業を基幹の事業とする法人が相当な割合で存在していることが認められ、その結果、今回の抽出対象地域を対象とする調査において抽出基準に該当する法人が３法人抽出できたのであるから、それにもかかわらず、被告において、更に調査対象地域を広げる場合には、むしろ、被告における恣意を介入させる危険を増大させる結果となり、相当ではないというべきである。
ウ 次に、抽出基準②の合理性について、原告は、抽出された３法人が養鶏業又は実験動物の飼育販売業を営む法人であると推認されるとした上で、これらの事業が肉用牛生産業及び酪農業を基幹産業とする原告の実態とは異なるから、業種を肉用牛生産業又は酪農業に限定しなかったことが不合理である旨主張する。しかしながら、日本標準産業分類は総務省が設定した標準的な産業の分類であり、弁論の全趣旨によれば、本件では、原告の営む肉用牛生産業及び酪農業に限定すると、十分な数の同業類似法人を得られないと思料されたことから、日本標準産業分類の分類項目表の小分類「０１２－畜産農業」に基準を広げたものと認められるのであって、肉用牛生産業及び酪農業を基幹産業とする法人と養鶏業又は実験動物の飼育販売業を営む法人とで退職役員の功績倍率にどれ程の有意な差異が生じるのかについて十分な立証がされたとはいい難い本件においては、上記の基準が不合理であるということはできない。
エ さらに、抽出基準③の合理性について、原告は、売上金額のみを基準としたため、原告に比して総資産額が著しく少ない法人が同業類似法人として選定される結果となっており、合理的ではない旨主張する。しかしながら、法人税法施行令７０条２号が定める同業類似法人の属性である事業規模の類似性を示す指標として各法人の売上金額の類似性を抽出基準の一つとすることは合理的であり、また、類似性の具体的な基準として売上金額が原告の売上金額の半額から倍額までの金額の範囲内にあることを抽出基準としたことも合理的であるということができる。一方、総資産額等の他の指標においても上記のような倍半基準を満たす法人であることなどといった複数の要素での類似性を求めれば、それだけ同業類似法人の抽出の困難性が増すことを考慮すると、事業規模の類似性の指標を売上金額一本に絞ることにも相応の合理性があるというべきであり、その結果、総資産額等において類似性の劣る法人が抽出されたとしても、それだけで直ちに抽出基準として不合理であるということはできない。
また、原告は、肉用牛生産業や酪農業を営む法人は本件特例の適用により、所得金額が欠損となっていることが多いから、所得金額が欠損でない法人に限定することは不合理である旨主張する。しかしながら、所得金額が欠損である法人は、一般的に経営状態が良好な法人であるとはいえず、役員に対して退職給与を支給していたとしても、その額が低く抑えられている可能性が類型的に大きい法人であると解されることからすれば、所得金額が欠損である法人を除外することは合理的であり、むしろそれによって抽出される同業類似法人の退職給与額の水準が引き上げられる可能性が大きくなる分原告にとって有利であるということができる。
そして、調査対象年度を平成２３年１０月１日から平成２６年９月３０日までの３年の間に終了する事業年度としたことも、同期間に平成２５年１２月期が含まれることや、一定数の同業類似法人を抽出するには一定の期間を調査対象年度とする必要があると考えられることからすれば、合理的ということができる。
オ 以上のほか、抽出基準④及び⑤についても、原告の場合と同じ役職名の役員の同じ退任理由による退職給与の損金算入額が争いなく確定している法人を抽出する基準であり、支給事例としての適格性を担保するための基準として合理性があるということができる。
カ したがって、被告が採用した原告の同業類似法人の抽出基準はいずれも合理的であるということができる。
原告は、本件で抽出された３法人が原告の同業類似法人として合理的であるとするならば、Ｄが当事者となった別件訴訟で同業類似法人とされた法人（甲６９～７２）についても原告の同業類似法人であると認めるべきである旨主張する。しかしながら、本件は、できるだけ原告と類似する支給事例を抽出するため、死亡退職を除く代表取締役に対する退職給与の支給事例を抽出基準としたものであるところ、原告が挙げるのは代表取締役以外の取締役に対する退職給与の支給事例であり、類似する支給事例とはいえず、原告の主張は採用できない。
（４）そして、証拠（乙５５の３、５５の５９、５６の４）によれば、上記抽出基準に該当する原告の同業類似法人３法人の支給した役員退職給与に係る功績倍率は、別表３のとおり、１．１７、１．３４、０．６５であり、その平均功績倍率は１．０６であることが認められる。
（５）ア前期前提事実によれば、原告元代表者の最終月額報酬額は１１０万円、役員（代表取締役）としての勤続年数は３４年であり、上記平均功績倍率にこれらを乗じると、３９６４万４０００円となる。
イ これに対し、原告は、原告元代表者の功績からすれば、最終月額報酬額（１１０万円）は、原告元代表者の原告に対する功績の程度を反映したものではない旨を主張する。そこで検討すると、前記前提事実及び証拠（甲６１～６４）によれば、原告元代表者は、原告の設立当初から代表取締役に就任し、昭和６３年頃、原告の事業の本拠を北海道江別市から栃木県●●に進出させたこと、原告の経営の合理化、効率化を進め、原告の規模を大きくし、平成●●年頃には牛乳生産量が日本一となることに貢献したこと、同年には全国農業コンクールでグランプリ（毎日農業大賞）を受賞していることが認められる。
しかしながら、他方で、原告においては原告元代表者の役員報酬額が最も高額であったこと（乙５９～６４）、平成１０年頃からは現代表者が飼養管理部門、原告元代表者が財務、金融、人事等の管理部門を中心に担当しており、重要事項については２人で協議して決定していたこと（甲１８）、上記事実関係に関する原告元代表者の具体的な貢献の態様及び程度は必ずしも明らかではないことからすれば、通常当該役員の在職期間中における法人に対する功績の程度を反映していると解される最終月額報酬額が、原告元代表者についてそうではなかったと認めるには足りないというべきである。
（６）以上によれば、本件役員退職給与の額である２億９９２０万円のうち、上記３９６４万４０００円を超える２億５９５５万６０００円については、「不相当に高額な部分の金額」に該当すると認められる。
４ 本件各処分の適法性について
以上のとおりであるから、①本件青色承認取消処分は、法人税法１２７条１項３号の「仮装」の要件を満たし、適法である。
また、本件各取引に本件特例が適用されないこと及び本件青色承認取消処分がされたことを前提に原告の本件各事業年度の法人税等に係る所得金額、納付すべき税額等を計算し、さらに本件役員退職給与のうちに前記のとおりの「不相当に高額な部分の金額」があることを前提に原告の平成２５年１２月期の法人税等に係る所得金額、納付すべき税務等を再計算すると、別表４及び５記載のとおりとなることが認められる（弁論の全趣旨）。これらによれば、②原告は前記のとおりの国税通則法７０条５項の「偽りその他不正の行為」により平成１９年１２月期及び平成２０年１２月期の法人税の税額の一部を免れていた（同項は刑罰を定めたものではないから、同項を適用するのに納税者に税額を免れる意図があることまでを必要とするものではない。）といえるから、本件各更正処分は期間制限に違反しておらず、金額においても別表４の金額と同額であって、適法であり、③本件各賦課決定処分も、同法６８条１項の「仮装」の要件を満たし、金額においても別表４の金額と同額であるから、適法であり、④本件各再更正処分等も、その金額が別表４及び５の金額と同額か又はこれを下回るから、適法である。
５ 結論
よって、原告の請求はいずれも理由がないから棄却することとして、主文のとおり判決する。東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官古田孝夫
裁判官髙田公輝
裁判官中野晴行
別表１
法人税の課税処分等の経緯
（単位：円）
事業年度
区分
確定申告
更正処分等
異議申立て
異議決定
再更正処分等
更正処分等に
対する審査請求
再更正処分等
に対する
みなす審査請求
審査裁決
年月日等
（期限内）
平成27年3月17日
平成27年3月25日
平成27年6月2日
平成27年6月29日
平成27年7月3日
平成27年8月24日
平成28年6月27日
平成19年
12月期
所得金額
77,516,478
267,193,484
全部取消し
棄却
全部取消し
棄却
納付すべき税額
35,225,400
81,826,200
差引納付すべき
法人税額
21,313,400
46,600,800
重加算税の額
－
16,310,000
平成20年
12月期
所得金額
106,240,635
322,940,456
納付すべき税額
30,133,200
95,143,200
差引納付すべき
法人税額
12,520,500
65,010,000
重加算税の額
－
22,753,500
平成21年
12月期
所得金額
128,045,878
346,659,476
納付すべき税額
36,484,800
102,069,000
差引納付すべき
法人税額
21,418,200
65,584,200
重加算税の額
－
22,953,000
平成22年
12月期
所得金額
△41,426,962
221,853,462
納付すべき税額
△2,185,600
63,410,300
差引納付すべき
法人税額
△20,428,000
65,595,900
翌期へ繰り越す
欠損金額
41,426,962
重加算税の額
－
22,956,500
平成23年
12月期
所得金額
△54,672,921
163,381,116
納付すべき税額
△2,773,664
45,280,600
差引納付すべき
法人税額
△2,773,664
48,054,200
翌期へ繰り越す
欠損金額
96,099,883
重加算税の額
－
16,817,500
平成24年
12月期
所得金額
230,753,993
納付すべき税額
△10,519,984
57,745,900
差引納付すべき
法人税額
△10,519,984
68,265,800
繰越欠損金の
当期控除額
37,416,934
翌期へ繰り越す
欠損金額
58,682,949
過少申告
加算税の額
－
1,514,000
重加算税の額
－
20,300,000
平成25年
12月期
所得金額
△3,733,278
101,939,611
343,917,611
全部取消し
納付すべき税額
△10,323,530
14,830,900
76,535,300
差引納付すべき
法人税額
△10,323,530
25,154,400
61,704,400
翌期へ繰り越す
欠損金額
62,416,227
過少申告
加算税の額
－－
9,230,000
重加算税の額
－
8,802,500
－
（注）「所得金額」欄の△印は欠損金額を示し、「納付すべき税額」及び「差引納付すべき法人税額」欄の△印は所得税額等の還付金額を示す。別表２
復興特別法人税の課税処分等の経緯
（単位：円）
課税事業
年度
区分
申告
更正処分等
異議申立て
異議決定
再更正処分等
更正処分等に
対する審査請求
再更正処分等
に対する
みなす審査請求
審査裁決
年月日等
（期限内）
平成27年3月17日
平成27年3月25日
平成27年6月2日
平成27年6月29日
平成27年7月3日
平成27年8月24日
平成28年6月27日
平成25年
12月課税
事業年度
課税標準法人税額
25,154,000
全部取消し
棄却
86,858,000
全部取消し
全部取消し
棄却
納付すべき税額
△216,426
2,298,900
8,469,300
差引納付すべき
復興特別法人税額
△216,426
2,515,300
6,170,400
過少申告加算税
の額
－－
900,500
重加算税の額
－
878,500
－
（注）「納付すべき税額」及び「差引納付すべき復興特別法人税額」欄の△印は、復興特別所得税額等の還付金額を示す。別表３省略
別表４
原告の法人税の所得金額及び納付すべき税額等
（単位：円）
区分
順号
平成19年12月期
平成20年12月期
平成21年12月期
平成22年12月期
平成23年12月期
平成24年12月期
平成25年12月期
当初更正処分
再更正処分
申告所得（欠損）金額
①
77,516,478
106,240,635
128,045,878
△41,426,962
△54,672,921
△3,733,278
101,939,611
加算
農業生産法人の肉用牛の売却に係る
所得の課税の特例の損金不算入額
②
189,677,006
216,699,821
218,613,598
263,690,924
218,109,537
193,337,059
106,225,639
－
繰越欠損金の損金算入額の過大額
③－－－－－
37,416,934
－－
役員退職給与の損金不算入額
④－－－－－－－
259,556,000
加算計（②＋③＋④）
⑤
189,677,006
216,699,821
218,613,598
263,690,924
218,109,537
230,753,993
106,225,639
259,556,000
減算
寄付金の損金不算入額の減少額
⑥－－－
410,500
55,500
－
552,750
－
申告所得（欠損）金額（①＋⑤－⑥）
⑦
267,193,484
322,940,456
346,659,476
221,853,462
163,381,116
230,753,993
101,939,611
361,495,611
所得金額に対する法人税額
⑧
79,517,900
96,242,000
103,037,700
65,595,900
48,054,300
68,265,900
25,154,445
91,341,225
課税留保金額
⑨
30,108,000
－－－－－－－
課税留保金額に対する税額
⑩
3,016,200
－－－－－－－
控除所得税額等
⑪
707,834
1,098,718
968,676
2,185,600
2,773,664
10,519,984
10,323,530
10,323,530
納付すべき法人税額（⑧＋⑩－⑪）
⑫
81,826,200
95,143,200
102,069,000
63,410,300
45,280,600
57,745,900
14,830,900
81,017,600
既に納付の確定した法人税額
⑬
35,225,400
30,133,200
36,484,800
△2,185,600
△2,773,664
△10,519,984
△10,323,530
14,830,900
差引納付すべき法人税額（⑫－⑬）
⑭
46,600,800
65,010,000
65,584,200
65,595,900
48,054,200
68,265,800
25,154,400
66,186,700
過少申告加算税の額
⑮－－－－－
1,514,000
－
9,230,000
重加算税の額
⑯
16,310,000
22,753,500
22,953,000
22,956,500
16,817,500
20,300,000
8,802,500
－
別表５
原告の復興特別法人税の納付すべき税額等
（単位：円）
区分
順号
平成25年12月期
当初更正処分
再更正処分
法人税額
①
25,154,445
91,341,225
課税標準法人税額
②
25,154,000
91,341,000
復興特別法人税額
③
2,515,400
9,134,100
控除税額
④
216,426
216,426
納付すべき復興特別法人税額
（③－④）
⑤
2,298,900
8,917,600
既に納付の確定した復興特別法人税額
⑥
△216,426
2,298,900
差引納付すべき復興特別法人税額
（⑤－⑥）
⑦
2,515,300
6,618,700
過少申告加算税の額
⑧－
900,500
重加算税の額
⑨
878,500
－
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2020/pdf/13382.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。