税務訴訟資料第２７０号－２７（順号１３３８７）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号、同第●●号処分取消請求事件（以下、順に「第１事件」、「第２事件」という。）
国側当事者・国(新宿税務署長事務承継者北税務署長)
令和２年２月２８日棄却・控訴
判決
第１事件原告兼第２事件原告医療法人社団Ａ
同代表者理事長甲
同訴訟代理人弁護士横井良
同齋藤成俊
同補佐人税理士松野一平
第１事件被告兼第２事件被告国
同代表者法務大臣三好雅子
処分行政庁新宿税務署長事務承継者
北税務署長
渡辺裕彦
同指定代理人別紙指定代理人目録のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 第１事件
（１）新宿税務署長が原告に対し平成２９年７月２８日にした原告の平成２３年７月１日から平成２４年６月３０日までの事業年度（以下「平成２４年６月期」という。）及び同年７月１日から平成２５年６月３０日までの事業年度（以下「平成２５年６月期」といい、平成２４年６月期と併せて「本件各事業年度」という。）の法人税の各更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の各通知処分をいずれも取り消す。
（２）新宿税務署長が原告に対し平成２９年７月２８日にした原告の平成２４年７月１日から平成２５年６月３０日までの課税事業年度（以下「平成２５年６月課税事業年度」という。）の復興特別法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分を取り消す。
２ 第２事件
新宿税務署長が原告に対し平成２９年７月２８日にした原告の平成２３年７月１日から平成２４年６月３０日までの課税期間（以下「平成２４年６月課税期間」という。）及び同年７月１日から平成２５年６月３０日までの課税期間（以下「平成２５年６月課税期間」といい、平成２４年６月課税期間と併せて「本件各課税期間」という。）の消費税及び地方消費税の各更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の各通知処分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要等
１ 事案の概要
本件は、医療社団法人である原告が、本件各事業年度の法人税及び平成２５年６月課税事業年度の復興特別法人税（以下、法人税と復興特別法人税を併せて「法人税等」という。）について各更正の請求をしたことに対し、新宿税務署長が、いずれも更正をすべき理由がない旨の通知処分をしたことから、これらの処分の取消しを求めるとともに（第１事件）、本件各課税期間の消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）について各更正の請求をしたことに対し、新宿税務署長が、いずれも更正をすべき理由がない旨の通知処分をしたことから、これらの処分の取消しを求める事案である（第２事件）。
２ 前提事実
以下の各事実については、掲記の各証拠又は弁論の全趣旨により、容易に認定できる。
（１）原告
原告は、診療所を経営し、科学的でかつ適正な医療を普及することを目的とする医療法人社団である（弁論の全趣旨）。
原告は、本件各事業年度ないし本件各課税期間の当時、東京都新宿区、名古屋市及び大阪市に病院及び診療所を開設し、薄毛治療の一つである自毛植毛治療を行うなどしていた（乙１・１８枚目、乙２・３～７枚目）。
（２）原告による申告等
ア 確定申告
原告は、平成２４年８月１５日及び平成２５年８月１４日、本件各事業年度の法人税について、別表１－１・２記載の「確定申告」欄のとおり確定申告をした（甲３の１・３、弁論の全趣旨。以下「本件各法人税確定申告」という。）。
また、原告は、平成２４年８月１５日及び平成２５年８月１４日、本件各課税期間の消費税等について、別表１－４・５記載の「確定申告」欄のとおり確定申告をした（甲３の２・４。以下「本件各消費税等確定申告」といい、本件各法人税確定申告と併せて「本件各確定申告」という。）。
イ 原告及び株式会社Ｂに対する税務調査
東京国税局査察部所属の担当職員は、原告に対し、国税犯則取締法（平成２９年法律第４号による廃止前のもの）に基づく調査（以下「本件査察調査」という。）を行い、その結果を受けて、新宿税務署所属の担当職員は、原告及びその関係法人である株式会社Ｂ（以下「Ｂ社」という。）に対し、税務調査を行った（弁論の全趣旨。以下、原告に対する税務調査を「本件税務調査」、Ｂ社に対する税務調査を「Ｂ社税務調査」という。）。
ウ 修正申告及び期限後申告
原告は、本件税務調査を受けて、平成２８年１月８日、次のとおり、修正申告又は期限後申告をした（弁論の全趣旨）。
（ア）本件各事業年度の法人税について、別表１－１・２記載の「修正申告」欄のとおり修正申告をした（甲４の１・３。以下「本件各法人税修正申告」という。）。本件各法人税修正申告では、本件各事業年度の所得金額について、別表２記載の加算及び減算がされており、平成２４年６月期につき「広告宣伝費」５億３５５７万９００５円、平成２５年６月期につき「業務委託費（Ｂ）」７億２０００万円がそれぞれ否認されて、これらの金額を所得金額に加算することとされ（以下、これらの各加算額を「本件各加算金額」という。）、その一方で、平成２４年６月期につき「広告宣伝費」２億０５９２万７９７８円、平成２５年６月期につき「広告宣伝費」３億８２７６万１３９２円がそれぞれ認容されて、これらの金額を所得金額から減算することとされた（甲３の１・３、甲４の１・３。以下、これらの各減算額を「本件各減算金額」という。）。
（イ）平成２５年６月課税事業年度の復興特別法人税について、別表１－３記載の「期限後申告」欄のとおり期限後申告をした（甲４の３。以下「本件期限後申告」という。）。
（ウ）本件各課税期間の消費税等について、別表１－４・５記載の「修正申告」欄のとおり修正申告をした（甲４の２・４。以下「本件各消費税等修正申告」といい、本件各法人税修正申告及び本件期限後申告と併せて「本件各修正申告等」という。）。
エ 本件各修正申告等に係る重加算税賦課決定処分
新宿税務署長は、平成２８年７月２９日、原告に対し、本件各修正申告等によって増加した税額について、別表１－１～５記載の「加算税賦課決定処分」欄のとおり重加算税賦課決定処分をした（弁論の全趣旨）。
（３）Ｂ社に対する更正処分
新宿税務署長は、Ｂ社税務調査を踏まえて、平成２８年３月２５日、Ｂ社に対し、平成２３年３月１日から平成２４年２月２９日までの事業年度（以下「平成２４年２月期」という。）及び同年３月１日から平成２５年２月２８日までの事業年度（以下「平成２５年２月期」といい、平成２４年２月期と併せて「Ｂ社各事業年度」という。）の法人税について、それぞれ更正処分をした（甲１の１・２、弁論の全趣旨。以下「Ｂ社各更正処分」という。）。
Ｂ社各更正処分の更正の理由には、「減算項目」の「売上高の過大計上額」の項において、平成２４年２月期につき、Ｂ社が売上高に計上した額（４億９１０５万５０００円）のうち原告及び医療法人社団Ｃ（以下「Ｃ」という。）に対する売上高の合計２億７５７２万９８７１円、平成２５年２月期につき、Ｂ社が売上高に計上した額（６億８２０５万７１１６円）のうち原告及びＣに対する売上高の合計３億３３４７万６８４２円については、いずれも、当該売上高に係る取引事実がないにもかかわらず、Ｂ社の代表取締役が原告及びＣから依頼を受け、虚偽の請求書を作成することにより計上した売上高と認められるとして、これらの金額を所得金額から減算した旨記載されていた（甲１の１・２）。
（４）原告による更正の請求及びこれに対する通知処分
原告は、平成２９年５月１７日、新宿税務署長に対し、本件各事業年度の法人税、平成２５年６月課税事業年度の復興特別法人税、本件各課税期間の消費税等について、別表１－１～５記載の「更正の請求」欄のとおり更正の請求をした（甲５の１～５、弁論の全趣旨。以下「本件各更正の請求」という。）。
新宿税務署長は、同年７月２８日、本件各更正の請求について、いずれも更正をすべき理由がない旨の通知処分をした（甲２の１～５。以下「本件各通知処分」という。）。
（５）本件訴訟に至る経緯
ア 原告は、平成２９年９月１日、本件各通知処分を不服として、国税不服審判所長に対し、審査請求をした（弁論の全趣旨）。
イ 原告は、平成３０年９月８日、本件訴訟を提起した（顕著な事実）。
３ 争点
本件の争点は、本件各通知処分の違法性である。
（原告の主張）
（１）原告は、課税処分を主体、名宛人、主文等によって特定し、それが違法である旨主張すれば、これによって審理の対象は特定され、請求原因に係る主張としては足りる。本件では、原告とＢ社との相対取引について、課税庁は、Ｂ社各更正処分では売上げと認めているにもかかわらず、本件各修正申告等では経費（又は課税仕入れに係る支払対価の額）とされていない。このような事態は、課税の公平を著しく害し、憲法８４条の租税法律主義に違反するものであって、この点を是正しない本件各通知処分は違法である。
（２）被告は、Ｂ社各更正処分について、Ｂ社税務調査で、①Ｂ社が総勘定元帳に計上していた原告との取引に係る売上高が架空のものと認められたこと、②Ｂ社が、原告及びＣに帰属する取引に係る広告宣伝費（仕入高）については外注先の各広告業者に支払っていると認められたこと、③Ｂ社が総勘定元帳に計上していた業務委託料（仕入高）のうち原告及びその関係法人からの仕入高について架空のものと認められたことを踏まえて、Ｂ社が計上していた仕入高のうち原告及びＣに帰属する取引に係る広告宣伝費（外注先の各広告業者に対する支出として計上したもの）については、損金の額として認容し、併せて、Ｂ社が計上していた売上高のうち原告及びＣに帰属する取引に係る広告宣伝費と同額について、益金の額として維持する方法を採用したと主張するところ、このような主張からすると、被告は、Ｂ社の原告に対する売上げはすべて架空であると認識しているようである。
しかしながら、Ｂ社各更正処分で認められたＢ社の売上げは、架空ではなく実体を有しているのであって、このことは、①課税庁が、Ｂ社各更正処分においてこのことを認識していたことに加え、②Ｂ社が平成２４年３月１日から平成２５年２月までの課税期間の消費税等について更正処分を受け、これを納付していること、③事業年度が１年である法人の場合、前々事業年度における課税売上高が１０００万円以下の事業者は消費税の納税義務が免除されるところ、Ｂ社は、同年３月から平成２６年２月まで、同年３月から平成２７年２月までの各課税期間の消費税等を納付しており、このことからＢ社各事業年度における課税売上高が架空ではないといえること、④Ｂ社各更正処分では、平成２４年２月期の欠損金が５０２９万８７８０円、平成２５年２月期の欠損金が２１５５万２２７２円とされており、Ｂ社に売上げが生じていなかったとは考えられないこと等からも認められる。このように、Ｂ社各更正処分で認められたＢ社の原告に対する売上げが実体を有することからすると、原告においても、これに対応する経費が認容されるべきであるところ、それにもかかわらず、本件各法人税修正申告では、原告からＢ社に対する送金のすべてについて、経費性が否定されているのであって、その内容に誤りがある。
原告のＢ社に対する送金のうち正当な経費として認められるべき金額は、被告において、Ｂ社各更正処分で認められたＢ社の売上げの詳細を基に明らかにされるべきであるところ、これが明らかにされない以上、原告としては、本件各法人税確定申告が正しかったものと主張せざるを得ず、したがって、本件各法人税確定申告のとおり、原告のＢ社に対する送金は、すべて経費として認められるべきである。また、このように考える以上、被告が本件各事業年度における経費と主張する後記本件各減算金額（Ｂ社分）（乙１９号証別添２）については、すべて否認するのが論理的であるが、原告にとっては、経費として認められるのは利益であることから、金額としてはこれを認める（ただし、原告のＢ社に対する送金がすべて架空であることを認める趣旨ではない。）。
（３）被告は、Ｂ社各更正処分では、本来認められないはずの経費を計上し、その代わりに同額を架空の売上げとして計上していると主張するようであるが、このような処理では、消費税や粉飾の問題をどのように扱うのか不明であり、これをもって、Ｂ社更正処分で認められたＢ社の売上げと本件各修正申告等における原告の経費とが一致しないことの説明にはならない。
また、被告は、原告のＢ社に対する送金については、原告の経費であることを否認しつつ、Ｂ社が支払った原告に帰属する取引に係る広告宣伝費について、原告及びＢの経費として認めているが、これについては、原告のＢ社に対する支払自体を原告の経費として認めるべきである。
（被告の主張）
（１）本件の主張立証責任は原告が負っていること
更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分（国税通則法２３条４項）の取消訴訟においては、納税者は、申告により確定した税額等を自己にとって有利に変更することを求めるのであるから、確定した申告書の記載が真実と異なることについて主張立証責任を負うと解するのが相当であり、納税者は、真実の所得が確定申告額を下回ることの立証責任を負う。原告は、本件各修正申告等における本件各加算金額が誤っているとして本件各通知処分の取消しを求めるようであるが、そうであれば、真実の所得金額について自ら主張立証すべきところ、真実の所得金額やその計算根拠を具体的に主張しておらず、これを裏付ける証拠も何ら提出していない。したがって、原告の請求はいずれも理由がない。
（２）本件各法人税修正申告における所得金額に誤りはないこと
本件各法人税修正申告では、本件各事業年度の所得金額について、本件各加算金額（平成２４年６月期につき「広告宣伝費」５億３５５７万９００５円、平成２５年６月期につき「業務委託費（Ｂ）」７億２０００万円）を加算し、本件各減算金額（平成２４年６月期につき「広告宣伝費」２億０５９２万７９７８円、平成２５年６月期につき「広告宣伝費」３億８２７６万１３９２円）を減算しており、本件各加算金額はいずれもＢ社との取引に係るもので、本件各減算金額のうちＢ社との取引に係るものは、平成２４年６月期につき広告宣伝費２億０５６９万１１１２円、平成２５年６月期につき広告宣伝費３億８１３６万６４１５円であるところ（以下「本件各減算金額（Ｂ社分）」という。）、本件各加算金額及び本件各減算金額（Ｂ社分）の額は、次のような考えに基づいて計算されたもので、本件各法人税修正申告における所得金額に誤りは認められない。
ア 本件各加算金額について
原告は、本件各法人税確定申告において、Ｂ社に対する広告宣伝費及び業務委託費として、本件各加算金額を計上していた（以下、このように原告において計上されていたＢ社に対する広告宣伝費及び業務委託費を「本件広告宣伝費等」という。）。これについて、本件査察調査において、原告を実質的に支配していた乙（以下「乙」という。）は、本件各事業年度において原告から私的費用に充てるための資金を受領していた旨供述し、原告の理事兼事務局長であった丙（以下「丙」という。）や、原告の関係法人である株式会社Ｄ（以下「Ｄ社」という。）や株式会社Ｅ（以下「Ｅ社」という。）の代表取締役を務めていた丁（以下「丁」という。）は、本件査察調査において、原告が乙、丙及び丁の私的な費用を捻出するためにＢ社を経由してＤ社又はＥ社に資金を流すことを企図し、架空の広告宣伝費及び業務委託費を計上した旨供述している。加えて、原告の仕訳履歴により、本件広告宣伝費等が決算末日以降に帳簿データを操作して入力されていたことが明らかとなっている。これらによると、本件広告宣伝費等は、そのすべてが架空の費用である。
これを受けて、原告は、本件各法人税修正申告において、本件広告宣伝費等を自己否認して、本件各事業年度の所得金額に本件各加算金額を加算しているのであり、本件各加算金額を加算したことに誤りは認められない。
イ 本件各減算金額（Ｂ社分）について
原告は、上記アのとおり、本件各法人税確定申告において、Ｂ社に対する架空の本件広告宣伝費等を計上していたが、他方で、丙が本件査察調査で供述したとおり、原告は、原告に帰属する取引に係る広告宣伝費について、Ｂ社を介して外注先の各広告業者に支払っていた（以下、このようにＢ社が外注先の各広告会社に支払った原告に帰属する取引に係る広告宣伝費を「原告帰属広告宣伝費」という。）。その外注先の各広告業者が作成したＢ社宛ての各請求書の記載内容等によると、Ｂ社が自己の名義において支出した広告宣伝費のうち、平成２４年６月期について２億０５６９万１１１２円、平成２５年６月期について３億８１３６万６４１５円が原告帰属広告宣伝費と認められるところ、これらは、本来、原告の経費として認められるものであることから、本件各事業年度において、原告の損金の額に算入され、所得金額から減算されるべきものである。これを受けて、原告は、本件各法人税修正申告において、原告帰属広告宣伝費を認容して、本件各事業年度の所得金額から本件各減算金額（Ｂ社分）を減算しているのであり、本件各減算金額を減算したことに誤りは認められない。
ウ 小括
以上のとおり、本件各加算金額及び本件各減算金額（Ｂ社分）に誤りは認められず、本件各法人税修正申告における所得金額に誤りは認められない。
（３）本件期限後申告に誤りはないこと
上記（２）のとおり、平成２５年６月期の法人税に係る修正申告における所得金額に誤りは認められないから、同修正申告における法人税額を基準法人税額として算出された本件期限後申告にも誤りは認められない。
（４）本件各消費税等修正申告における控除対象仕入税額に誤りはないこと
ア 上記（２）のとおり、本件各法人税確定申告における本件広告宣伝費等は架空の経費として否認され、所得金額に本件各加算金額が加算されるところ、消費税等の計算では、このような架空の経費は、控除対象仕入税額の計算過程における課税仕入れに係る支払対価の額として認められないこととなる。
原告における消費税等の経理処理では、税抜経理方式を採用していることから、本件各課税期間の消費税等の是正に当たっては、本件各消費税等確定申告における課税仕入れに係る支払対価の額から、本件各加算金額に個別の項目ごとの仮払消費税額の合計額（以下「仮払消費税合計額」という。）を加算した金額を減算することとなり、平成２４年６月課税期間においては、本件各加算金額である５億３５５７万９００５円に仮払消費税合計額である２６７７万８９４５円を加算した５億６２３５万７９５０円、平成２５年６月課税期間においては、本件各加算金額である７億２０００万円に仮払消費税合計額である３６００万円を加算した７億５６００万円を、それぞれ課税仕入れに係る支払対価の額から減算することになる。
原告は、本件各消費税修正申告において、別表３のとおり、平成２４年６月課税期間については５億６２３５万７９５０円、平成２５年６月課税期間においては７億５６００万円を、いずれも本件広告宣伝費等の否認に係る分として課税仕入れに係る支払対価の額から減算しているところ、本件各消費税等修正申告における課税仕入れに係る支払対価の額に誤りは認められず、本件各消費税等修正申告における控除対象仕入税額に誤りは認められない。
イ なお、本件各減算金額（Ｂ社分）の減算に関する消費税等の是正については、原告帰属広告宣伝費等に係る消費税法（平成２７年法律第９号による改正前のもの）３０条７項に規定する帳簿及び請求書等の保存がなかったことから、同条１項の規定は適用されず、課税標準額に対する消費税額から控除されない。
第３ 当裁判所の判断
当裁判所は、本件各通知処分について、いずれも違法な点があるとは認められないと判断する。その理由は次のとおりである。
１ 認定事実
掲記の各証拠及び弁論の全趣旨によると、以下の事実が認められる。
（１）Ｂ社及び関係法人について
ア Ｂ社は、平成２２年３月●日に設立された医院のコンサルティング事業等を目的とする株式会社であり、戊（以下「戊」という。）が代表取締役、丙が取締役を務めていた（乙５・７頁、乙８）。
Ｄ社及びＥ社は、平成２２年６月●日又は平成２３年２月●日に設立されたクリニック等の医療経営に関するコンサルティング業務等を目的とする株式会社であり、いずれも丁が代表取締役を務めていた（乙９、１０）。
なお、Ｂ社、Ｄ社及びＥ社の本店所在地は、いずれも東京都新宿区●●であった（乙８～１０）。
イ Ｃは、平成１９年４月●日に設立された診療所を経営することを目的とする医療法人社団である（乙１１）。
（２）本件査察調査における関係者供述
ア 丙の供述
丙は、平成２２年３月にＢ社の取締役となり、同年１０月に原告の事務局長兼顧問税理士、平成２３年７月に原告の理事兼事務局長となった者であるところ（乙５・２、７頁）、本件査察調査において、次のとおり供述していた。
（ア）原告からＢ社に支払われた広告宣伝費及び業務委託費は、事業実体のないＤ社及びＥ社の預金口座に流れ、そのお金を乙、丙及び丁が法人クレジットカードを利用して費消していたものであるから、原告がＢ社に支払った広告宣伝費及び業務委託費はすべて正しいものではなく、水増しした経費も含まれていたのであり、本件各法人税確定申告は正しくない（乙５・９、１０頁）。
（イ）原告がＢ社に支払った金額のうち、Ｂ社を通して事業実体のないＤ社及びＥ社の預金口座に送金された金額が、水増しした広告宣伝費及び業務委託費の金額といえる。もっとも、Ｄ社及びＥ社に流れたお金からは、原告の自毛植毛の海外展開や脱毛等の新規事業に関する費用など正当な経費の支払もされているため、その分は経費として認めてもらいたい（乙５・１０頁）。
（ウ）丙は、乙の指示に基づき、原告においてＢ社等に対する虚偽の広告宣伝費、支払手数料及び業務委託料の支払を計上し、これによって、原告の所得金額を少なくして、納税額を少なくしていた。また、丙は、虚偽の広告宣伝費等の支払を計上し、関係会社に資金を移すことによって、乙、丙及び丁が自由に使える資金を捻出したほか、本来は、原告に計上すべき経費を関係会社に計上していた（乙１４・１、２頁）。
（エ）原告の平成２４年６月期の総勘定元帳のうち「広告宣伝費」（ただし、摘要欄に「Ｂ」と記載されたもの）の記載に基づくと、平成２４年６月期にＢ社に対して計上した虚偽の広告宣伝費は、合計で５億３５５７万９００５円（本件各加算金額）である（乙１４・５～８頁、資料２）。
（オ）原告の平成２５年６月期の総勘定元帳のうち「業務委託費」（ただし、摘要欄に「Ｂ」と記載されたもの）の記載に基づくと、平成２５年６月期にＢ社に対して計上した虚偽の業務委託費は、合計で７億２０００万円（本件各加算金額）である（乙１４・１１、１２頁、資料５）。
イ 丁の供述
丁は、原告の法人税の確定申告書の作成に関与するなどし、平成２５年１１月に原告の理事となった者であるところ（乙１、乙６・１頁）、本件査察調査において、次のとおり供述していた。
（ア）原告からＢ社、そして、Ｄ社及びＥ社に資金を流し、その資金を個人的な支払に充てるという不正は、原告の会長であった乙が考え、実行したものである（乙６・４頁）。
（イ）原告が不正によって得た利益は、原告がＢ社に支払った広告費のうち水増しされた分、すなわち実際には広告業務には使用せず、Ｄ社及びＥ社の預金口座に流して、乙、丙及び丁の個人的なクレジットカード利用代金等に使用した分だと思うが、具体的な金額は分からない（乙６・４頁）。
（ウ）原告は、Ｂ社に対し、クリニックの広告業務を委託して広告費を支払っていたが、実際にＢ社が外注して行った広告業務の対価以外に、原告からＢ社、Ｂ社からＤ社及びＥ社に、実際の広告業務とは関係しない不正な資金を送金し、乙が自由に使えるお金を工面していたので、正しい取引ではなかった（乙６・９頁）。
（エ）Ｂ社が作成する原告宛ての請求書については、丁らが、戊に対し、原告のＢ社に対する送金額となるべくつじつまが合うように、メール又は口頭で請求総額を提示し、戊が後付けで作成していた。請求書の内訳の金額については、戊が、実際の広告業務に使った金額に適当に上乗せして、提示された請求総額に合うように割り振っていた（乙６・１０頁）。
ウ 乙の供述
乙は、原告の実際の経営を取り仕切っていたが、平成２５年１２月３日の理事会決議で原告の経営への関与を否定されるに至った者であるところ（乙４、乙５・３、５頁）、本件査察調査において、次のとおり供述していた。
（ア）丙は、自分でコントロールをすることができるＢ社と原告が取引をすることで原告からＢ社を通してＤ社に資金を流し、これによって乙、丙及び丁が自由にできる資金を捻出しようとして、Ｂ社を原告の委託先にしたのだと思う。乙は、平成２２年１０月頃の原告の民事再生の申立てから２、３か月後に、丙から、原告がＢ社を通してＤ社に資金を流していることについて事後報告を受けた（乙１５・５頁）。
（イ）乙は、自分の生活費等が、原告及びＣからＢ社を通してＤ社に流されていた資金で捻出されていることは、原告の民事再生を申し立てた２、３か月後に、丙から事後報告を受けて知ったが、正当な経理処理になると思っていた（乙１５・６頁）。
（３）原告の総勘定元帳及び仕訳履歴の記載について
ア 本件査察調査において原告の事務所で差し押さえられた外付けハードディスクに保存されていた原告の平成２４年６月期の総勘定元帳によると、「広告宣伝費」（ただし、摘要欄に「Ｂ」と記載されたもの）の金額の合計は５億３５５７万９００５円（本件各加算金額）である（乙１４資料２、乙２２）。
また、上記ハードディスクに保存されていた原告の平成２５年６月期の総勘定元帳によると、「業務委託費」（ただし、摘要欄に「Ｂ」と記載されたもの）の金額の合計は７億２０００万円（本件各加算金額）である（乙１４資料５、乙２３）。
イ 上記アのハードディスクに保存されていた原告の本件各事業年度の仕訳履歴によると、①平成２４年６月期のＢ社宛ての広告宣伝費は、いずれも決算末日（平成２４年６月３０日）後の同年７月２７日又は同年８月２日に新規入力されたものであること、②平成２５年６月期のＢ社宛ての業務委託費（毎月６３００万円〔税込〕）は、いずれも決算末日（平成２５年６月３０日）後の同年８月２日に一旦は広告宣伝費として各月４２０万円（税込）と新規入力された後、各月４２００万円（税込）と修正入力され、その後、当該広告宣伝費が削除された上で、同月１３日に業務委託費として各月６３０万円（税込）と新規入力された後、各月６３００万円（税込）と修正入力されたことが確認できる（乙１７）。
なお、これらの仕訳履歴に記載された広告宣伝費又は業務委託費の金額は、原告の本件各事業年度の総勘定元帳のうちＢ社に対する「広告宣伝費」又は「業務委託費」の金額（上記ア参照）の税込みの金額である（乙１７、２２、２３）。
（４）原告帰属広告宣伝費について
上記（２）ア（イ）（ウ）及びイ（ウ）のとおり、本件査察調査において、丙及び丁は、原告及びＣは、原告及びＣに帰属する取引に係る広告宣伝費について、Ｂ社を介して外注先の各広告業者に支払っていた旨供述しているところ、Ｂ社は、このうち原告に帰属する分（原告帰属広告宣伝費）について、原告から支払を受けた架空の広告宣伝費（平成２４年６月期）又は業務委託費（平成２５年６月期）（本件広告宣伝費等）に由来する資金を原資として、Ｂ社名義で、有限会社Ｆ、株式会社Ｇ等の外注先の各広告会社に対し、実際に送金していたものと認められる（乙１９、弁論の全趣旨）。
そして、外注先の各広告会社が作成したＢ社宛ての各請求書の記載内容等から、原告帰属広告宣伝費に係るものを抽出したところ、原告帰属広告宣伝費の額は、平成２４年６月期につき２億０５６９万１１１２円、平成２５年６月期につき３億８１３６万６４１５円（本件各減算金額〔Ｂ社分〕）と認められる（乙１９別添２、弁論の全趣旨）。
２ 本件各事業年度の法人税について
（１）原告は、本件各法人税確定申告では、原告のＢ社に対する送金がすべて経費であることを前提に申告していたところ、本件各事業年度の法人税は本件各法人税確定申告の所得金額に基づいて更正されるべきであると主張する。これに対し、被告は、原告のＢ社に対する送金をすべて経費として認めることはできず、本件各法人税確定申告の所得金額について、本件各加算金額を加算し、本件各減算金額（Ｂ社分）を減算すべきであって、これをした本件各法人税修正申告に誤りはないと主張する。
（２）そこで検討するに、前記１（３）アのとおり、原告の本件各事業年度の総勘定元帳には、「広告宣伝費」又は「業務委託費」としてＢ社に対する支払（本件広告宣伝費等）が記載されているものの、本件査察調査における関係者供述（前記１（２）参照）や原告の仕訳履歴の記載（前記１（３）イ参照）を踏まえると、本件各広告宣伝費等は、いずれも実体のない支払であったといえるのであって、本件各法人税確定申告の所得金額に本件各加算金額を加算したことに誤りがあるとはいえない。
また、前記１（４）のとおり、Ｂ社は、原告帰属広告宣伝費について、外注先の各広告業者に支払をしており、これは、Ｂ社が原告から支払われた本件広告宣伝費等に由来する資金を原資とするものであったと認められるところ、このような原告帰属広告宣伝費については、その金額が原告の経費（広告宣伝費）に当たるといえるのであって、本件各法人税確定申告の所得金額から本件各減算金額を減算したことについても誤りがあるとはいえない。
（３）原告の主張について
原告は、本件各法人税修正申告では本件広告宣伝費等の経費性が否定されているが、Ｂ社各更正処分を前提にすると、Ｂ社の原告に対する売上げには実体があることから、これに対応するものについてまで経費性を否定するのは誤りであると主張する。しかしながら、上記（２）のとおり、本件各法人税修正申告では、本件広告宣伝費等の経費性を否定して本件各加算金額を加算する一方で、原告帰属広告宣伝費については、これと同額を原告の経費と認めて本件各減算金額を減算しているところ、このことを踏まえて、原告は、Ｂ社における実体のある取引又は売上げとしていかなる主張をするのかが明らかではない。原告の主張は、Ｂ社各更正処分において認められたＢ社の原告に対する売上高（平成２４年２月期につき２億１５３２万５１２９円、平成２５年２月期につき３億４８５８万０２７４円）と、本件各法人税修正申告における本件各減算金額（Ｂ社分）（平成２４年６月期につき２億０５６９万１１１２円、平成２５年６月期につき３億８１３６万６４１５円）とが一致しないことを前提に、Ｂ社更正処分で認められたＢ社の実体のある売上げの詳細については、被告が明らかにすべきと主張するものとも解される。しかしながら、更正をすべき理由がない旨の通知処分の取消訴訟では、納税者の申告によって確定した税額等を納税者に有利に変更することを求めるものであることからすると、納税者において、確定申告書の記載が真実と異なる旨の主張立証責任を負うと解するのが相当であるところ、原告がこの点について具体的に主張立証をしているとはいえない。また、Ｂ社の原告に対する売上高と本件各減算金額（Ｂ社分）に上記のとおり不一致があるものの、以下の点が認められることを考慮すると、このような不一致があることをもって直ちに本件各減算金額に誤りがあるということもできないのであって、いずれにしても原告の主張には理由がないといえる（したがって、本件各通知処分が憲法８４条に違反するという主張についても理由がない。）。
① 原告の事業年度は、毎年７月１日から翌年の６月３０日であるのに対し（甲３の１～４）、Ｂ社の事業年度は毎年３月１日から翌年の２月末日であり（甲１の１・２）、それぞれ法人税の確定申告等に係る期間が異なっていること
② 原告は本件各事業年度で税抜経理方式を採用する一方、Ｂ社は平成２４年２月期について税込経理方式、平成２５年２月期について税抜経理方式を採用していること（乙１９、２２～２５）
③ 原告の総勘定元帳に計上されていた本件広告宣伝費等と、Ｂ社の総勘定元帳に計上されていた原告に対する売上高は、その計上日及び計上金額が一致していないこと（乙１９、２２～２５）
（４）以上によると、本件各法人税修正申告に誤りがあるということはできない。
３ 平成２５年６月期の復興特別法人税について
前記２のとおり、平成２５年６月期の法人税に係る修正申告における所得金額に誤りがあるということはできないことから、同修正申告における法人税額を基準法人税額として算出された本件期限後申告にも誤りがあるということはできない。
４ 本件各課税期間の消費税等について
（１）本件各課税期間の消費税等に係る原告の主張は必ずしも明らかではないが、原告は、本件各消費税等確定申告では、原告のＢ社に対する送金がすべて課税仕入れに係る支払対価の額（消費税法３０条１項参照）に含まれることを前提に申告していたところ、本件各課税期間の消費税等は本件各消費税等確定申告の課税仕入れに係る支払対価の額及び控除対象仕入税額に基づいて更正されるべきであると主張するものと解される。これに対し、被告は、本件各消費税等確定申告の課税仕入れに係る支払対価の額について、本件各加算金額に仮払消費税合計額を加算した金額を減算すべきであって、これをした本件各消費税等修正申告に誤りはないと主張する。
（２）そこで検討するに、前記２のとおり、本件広告宣伝費等はいずれも実体のない支払であったといえることからすると、本件各事業期間の消費税等については、本件各消費税等確定申告における課税仕入れに係る支払対価の額から、本件各加算金額に仮払消費税合計額を加算した金額を減算することとなるところ、本件各消費税等修正申告は、平成２４年６月課税期間においては、本件各加算金額である５億３５５７万９００５円に仮払消費税合計額である２６７７万８９４５円を加算した５億６２３５万７９５０円、平成２５年６月課税期間においては、本件各加算金額である７億２０００万円に仮払消費税合計額である３６００万円を加算した７億５６００万円を、それぞれ課税仕入れに係る支払対価の額から減算したものであって（弁論の全趣旨）、その内容に誤りがあるとはいえない。
なお、前記２のとおり、原告帰属広告宣伝費は原告の経費（広告宣伝費）に当たることからすると、本件各消費税等確定申告における課税仕入れに係る支払対価の額に、本件各減算金額に仮払消費税合計額を加算した金額を加算する余地があるといえるが、これについては、消費税法３０条７項（平成２７年法律第９号による改正前のもの）に規定する帳簿及び請求書等の保存がなかったというのであるから（弁論の全趣旨）、同条１項の規定は適用されず、当該加算は認められないといえる。
（３）以上によると、本件各消費税等修正申告に誤りがあるということはできない。
５ 小括
以上のとおり、本件各修正申告等に誤りがあるということはできず、本件各通知処分について、いずれも違法な点があるとは認められない。
第４ 結論
以上によれば、原告の請求はいずれも理由がないからこれらを棄却することとし、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３８部
裁判長裁判官鎌野真敬
裁判官網田圭亮
裁判官野村昌也
（別紙）
指定代理人目録
諸岡慎介、山元智晶、渋川佐紀子、福田美和、岡本和宏、松瀬明、平山峻次以上
別表１－１平成２４年６月期の法人税に係る経緯
（単位：円）
（注）所得金額欄の△は欠損金額を表し、納付すべき法人税額欄の△は還付金額を表す。別表１－２平成２５年６月期の法人税に係る経緯
（単位：円）
（注）所得金額欄の△は欠損金額を表し、納付すべき法人税額欄の△は還付金額を表す。別表１－３平成２５年６月課税事業年度の復興特別法人税に係る経緯
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき
法人税額
翌期へ繰り
越す欠損金
重加算税の額
確定申告
24・８・15
△15,004,475
△1,195
15,004,475
－
修正申告
28・１・８
120,468,010
35,179,100
－
加算税賦課
決定処分
28・７・29
－－－
12,313,000
更正の請求
29・５・17
△103,693,703
103,639,703
－
通知処分
29・７・28
更正をすべき理由がない旨の通知
－
審査請求
29・９・１
更正をすべき理由がない旨の通知の全部取消し
－
区分
年月日
所得金額
納付すべき
法人税額
翌期へ繰り
越す欠損金
重加算税の額
確定申告
25・８・14
△1,765
1,291,299
－
修正申告
28・１・８
111,671,189
27,634,000
－
加算税賦課
決定処分
28・７・29
－－－
9,670,500
更正の請求
29・５・17
△330,829,469
434,523,172
－
通知処分
29・７・28
更正をすべき理由がない旨の通知
－
審査請求
29・９・１
更正をすべき理由がない旨の通知の全部取消し
－
区分
年月日
課税標準
法人税額
納付すべき
復興特別法人税額
重加算税の額
期限後申告
28・１・８
27,636,000
2,763,500
－
加算税賦課
決定処分
28・７・29
－－
1,104,000
更正の請求
29・５・17
－
通知処分
29・７・28
更正をすべき理由がない旨の通知
－
審査請求
29・９・１
更正をすべき理由がない旨の通知の
全部取消し
－
別表１－４平成２４年６月課税期間の消費税等に係る経緯
(単位：円)
区分
年月日
課税標準額
消費税額
控除対象
仕入税額
納付すべき
消費税額
課税標準
となる
消費税額
納付すべき
地方消費税
額
重加算税
の額
確定申告
24・８・15
1,347,606,000
53,904,240
37,025,553
16,878,600
16,878,600
4,219,600
―
修正申告
28・１・８
1,347,606,000
53,904,240
13,922,393
39,981,800
39,981,800
9,995,400
―
加算税賦課
決定処分
28・７・29
――――――
10,104,500
更正の請求
29・５・17
1,347,606,000
53,904,240
22,888,861
31,015,300
31,015,300
7,753,800
―
通知処分
29・７・28
更正をすべき理由がない旨の通知
―
審査請求
29・９・１
更正をすべき理由がない旨の通知の全部取消し
―
別表１－５平成２５年６月課税期間の消費税等に係る経緯
(単位：円)
区分
年月日
課税標準額
消費税額
控除対象
仕入税額
納付すべき
消費税額
課税標準
となる
消費税額
納付すべき
地方消費税
額
重加算税
の額
確定申告
25・８・14
1,664,682,000
66,587,280
45,405,549
21,181,700
21,181,700
5,295,400
―
修正申告
28・１・８
1,664,722,000
66,588,880
14,803,113
51,785,700
51,785,700
12,946,400
―
加算税賦課
決定処分
28・７・29
――――――
13,387,500
更正の請求
29・５・17
1,644,722,000
66,588,880
32,503,139
34,085,700
34,085,700
8,521,400
―
通知処分
29・７・28
更正をすべき理由がない旨の通知
―
審査請求
29・９・１
更正をすべき理由がない旨の通知の全部取消し
―
別表２本件各法人税修正申告書における所得金額加減算額内訳
（単位：円）
事業年度
項目
平成24年６月期
平成25年６月期
加算
売上計上もれ
4,763,124
広告宣伝費否認
535,579,005
振込手数料否認
35,700
44,800
業務委託費否認
42,000,000
業務委託費（Ｂ）否認
720,000,000
業務委託費（Ｈ）否認
42,000,000
業務委託費（Ｉ）否認
3,060,916
受取利息計上漏れ
1,776
交際費損失不算入
292,811
交際費損金不算入
234,455
損金経理をした道府県民税利子割額
法人税額から控除される所得税額の控除
減算
薬剤仕入高認容
商品仕入高認容
1,965,028
消耗品費認容
364,878
11,186,690
給料手当認容
20,749,731
39,167,665
賞与認容
24,070,538
15,901,219
法定福利費認容
2,896,675
3,928,060
福利厚生費認容
1,373,319
1,873,406
荷造運賃発送費認容
124,726
164,395
広告宣伝費認容
205,927,978
382,761,392
交際費認容
2,928,106
2,344,546
会議費認容
6,055,372
2,087,248
旅費交通費認容
30,272,666
27,796,740
通信費認容
3,109,568
3,966,291
販売促進費認容
47,620
消耗品費認容（当期製品製造原価）
10,959,192
214,270
事務用消耗品費認容
1,018,474
1,464,309
修繕費認容
1,455,787
2,022,440
水道光熱費認容
506,691
852,101
新聞図書費認容
769,766
703,597
諸会費認容
81,959
531,600
支払手数料認容
13,586,060
9,208,123
リース料認容
97,400
204,000
保険料認容
3,816,011
5,471,855
支払報酬認容
1,775,580
10,663,122
地代家賃認容
25,917,178
31,729,230
租税公課認容
1,510,030
2,084,740
雑費認容
33,425,193
36,383,542
振込手数料認容
394,140
441,620
業務委託費認容
4,916,290
海外事業経費認容
30,083,614
30,403,921
支払利息認容
1,096,052
3,842,394
雑損失認容
18,021,155
26,095,612
事業税認定損
11,771,600
繰越欠損金の当期控除額
13,713,176
合計
135,472,485
111,671,189
（注）１別表中の網掛けは、Ｂ社との取引に係る修正額
２ 上記広告宣伝費認容額は、Ｂ社との取引に係る修正額及びその他との取引に係る修正額の合計金額を記載しているところ、このうち、Ｂ社との取引に係る修正額は次のとおりである。
平成24年６月期 205,691,112円
平成25年６月期 381,366,415円
別表３本件各消費税等修正申告書における課税仕入れに係る支払対価の額の減算額内訳(単位：円)
課税期間
項目
平成24年６月課税期間
平成25年６月課税期間
広告宣伝費否認（Ｂ社分）
562,357,950
業務委託費否認（Ｂ社分）
756,000,000
業務委託費否認（その他分）
44,100,000
47,313,960
合計
606,457,950
803,313,960
（注）金額は税込金額である。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2020/pdf/13387.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。