税務訴訟資料第２７０号－３３（順号１３３９３）
大阪地方裁判所平成●●年（○○）第●●号消費税等更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（芦屋税務署長）
令和２年３月１１日棄却・控訴
判決
原告株式会社Ａ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士松井淑子
同補佐人税理士叶温
被告国
同代表者法務大臣三好雅子
処分行政庁芦屋税務署長
番匠勇
指定代理人別紙１指定代理人目録のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 芦屋税務署長が平成２８年９月２８日付けで原告に対してした平成２４年１１月●日から同月３０日までの課税期間（以下「本件課税期間」という。）分の消費税及び地方消費税（以下、消費税と地方消費税を併せて「消費税等」という。）の更正処分（以下「本件消費税等更正処分」という。）のうち、消費税の還付すべき税額５３０万９５７０円を下回る部分及び地方消費税の還付すべき譲渡割額１３２万７３９２円を下回る部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分」といい、本件消費税等更正処分と併せて「本件消費税等更正処分等」という。）を取り消す。
２ 芦屋税務署長が平成２８年９月２８日付けで原告に対してした平成２４年１１月●日から同月３０日までの事業年度（以下「平成２４年１１月期」という。）の法人税の更正処分（以下「本件平成２４年法人税更正処分」という。）のうち、欠損金額４５万７１９５円、翌期へ繰り越す欠損金４５万７１９５円を下回る部分を取り消す。
３ 芦屋税務署長が平成２８年９月２８日付けで原告に対してした平成２４年１２月１日から平成２５年１１月３０日までの事業年度（以下「平成２５年１１月期」という。）の法人税の更正処分（以下、「本件平成２５年法人税更正処分」といい、本件平成２４年法人税更正処分と併せて「本件各法人税更正処分」という。また、本件消費税等更正処分等と本件各法人税更正処分とを併せて「本件各処分」という。）のうち、所得金額５１万３５２５円を超える部分を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、不動産賃貸業を営む原告が、別紙２物件目録記載１の建物（以下「本件建物」という。）の取得に係る支払対価の額について、本件建物及びその敷地である同目録記載２の土地（以下、本件建物と併せて「本件不動産」という。）の売買契約の締結日である平成２４年１１月３０日が課税仕入れを行った日であることを前提として、本件課税期間の課税仕入れに係る支払対価の額に含めて消費税等の確定申告をし、また、平成２４年１１月期及び平成２５年１１月期の法人税の各確定申告をしたところ、芦屋税務署長から、本件建物の取得に係る支払対価の額に係る課税仕入れを行った日は、本件建物の引渡しがあった平成２４年１２月２１日である等として、本件課税期間について本件消費税等更正処分等、平成２４年１１月期及び平成２５年１１月期について本件各法人税更正処分を受けたことから、本件各処分が違法であるとして各取消しを求める事案である。
１ 関係法令等の定め
（１）消費税法（平成２４年法律第６８号による改正前のもの。以下同じ。）
ア 課税の対象
国内において事業者が行った資産の譲渡等（事業として対価を得て行われる資産の譲渡及び貸付け並びに役務の提供。２条１項８号）には、消費税を課する（４条１項）。国内において行われる資産の譲渡等のうち、消費税法別表第一に掲げるもの（土地（土地の上に存する権利を含む。）の譲渡及び貸付け（一定のものを除く。１号）、住宅（人の居住の用に供する家屋又は家屋のうち人の居住の用に供する部分をいう。）の貸付け（一定のものに限る。１３号）等）には、消費税を課さない（６条１項）。
イ 納税義務者
事業者は、国内において行った課税資産の譲渡等（資産の譲渡等のうち、６条１項の規定により消費税を課さないこととされるもの以外のもの。２条１項９号）につき、消費税を納める義務がある（５条１項）。ただし、事業者のうち、その課税期間に係る基準期間（法人については、その事業年度の前々事業年度（当該前々事業年度が１年未満である法人については、その事業年度開始の日の２年前の日の前日から同日以後１年を経過する日までの間に開始した各事業年度を合わせた期間。２条１項１４号）における課税売上高が１０００万円以下である者については、その課税期間中に国内において行った課税資産の譲渡等につき、消費税を納める義務が免除される（９条１項本文）。分割等があった場合において、当該分割等を行った法人（以下「新設分割親法人」という。）の当該分割等により設立された法人（以下「新設分割子法人」という。）の分割等があった日の属する事業年度の基準期間に対応する期間における課税売上高として政令で定めるところにより計算した金額が１０００万円を超えるときは、当該新設分割子法人の当該分割等があった日から同日の属する事業年度終了の日までの間における課税資産の譲渡等については、９条１項本文の規定は適用しない（１２条１項）。ここにいう「政令で定めるところにより計算した金額」は、新設分割子法人の前記事業年度開始の日の２年前の日の前日から同日以後１年を経過する日までの間に終了した新設分割親法人の各事業年度における課税売上高の合計額を当該各事業年度の月数の合計数で除し、これに１２を乗じて計算した金額とする（消費税法施行令２３条１項）。
ウ 課税標準
課税資産の譲渡等に係る消費税の課税標準は、課税資産の譲渡等の対価の額とする（２８条１項本文）。
エ 仕入れに係る消費税額の控除
（ア）仕入れに係る消費税額の控除
事業者（９条１項本文の規定により消費税を納める義務が免除される事業者を除く。）が、国内において行う課税仕入れ（事業者が、事業として他の者から資産を譲り受け、若しくは借り受け、又は役務の提供を受けること（当該他の者が事業として当該資産を譲り渡し、若しくは貸し付け、又は当該役務の提供をしたとした場合に課税資産の譲渡等に該当することとなるものに限る。）。２条１項１２号）については、当該課税仕入れを行った日の属する課税期間の課税標準額に対する消費税額から、当該課税期間中に国内において行った課税仕入れに係る消費税額（当該課税仕入れに係る支払対価の額に１０５分の４を乗じて算出した金額をいう。）を控除する（３０条１項１号。以下、この規定による控除を「仕入税額控除」という。）。
ただし、当該課税期間における課税売上割合（当該事業者が当該課税期間中に国内において行った資産の譲渡等（一定のものを除く。）の対価の額の合計額のうちに当該事業者が同期間中に国内において行った課税資産の譲渡等の対価の額の合計額の占める割合として政令で定めるところにより計算した割合。３０条６項）が９５％に満たないときは、課税仕入れに係る消費税額を全額控除することはできない（同条２項）。
（イ）調整対象固定資産に関する仕入れに係る消費税額の調整
①事業者（９条１項本文の規定により消費税を納める義務が免除される事業者を除く。）が国内において調整対象固定資産の課税仕入れを行い、かつ、②当該課税仕入れの税額につき比例配分法により仕入れに係る消費税額を計算した場合（３０条１項の規定により当該課税仕入れの税額の全額が控除された場合を含む。）において、③当該事業者が仕入れ等の課税期間（当該調整対象固定資産の課税仕入れの日の属する課税期間）の開始の日から３年を経過する日の属する課税期間（第三年度の課税期間）の末日において当該調整対象固定資産を有しており、かつ、④第三年度の課税期間における通算課税売上割合（仕入れ等の課税期間から第三年度の課税期間までの各課税期間において適用されるべき課税売上割合を政令で定めるところにより通算したもの）が仕入れ等の課税期間における課税売上割合に対して著しく増加（又は減少）した場合として政令で定める場合に該当するときは、再計算した金額と仕入れ等の課税期間において控除した金額との差額を当該第三年度の課税期間の仕入れに係る消費税額に加算（又は控除）する（３３条）。ここにいう「調整対象固定資産」は、建物等の資産で、課税仕入れに係る支払対価の額が、一の取引単位につき１００万円以上のものをいう（２条１項１６号、消費税法施行令５条）。
（ウ）中小事業者の仕入れに係る消費税額の控除の特例
事業者（９条１項本文の規定により消費税を納める義務が免除される事業者を除く。）が、その納税地を所轄する税務署長にその基準期間における課税売上高が５０００万円以下である課税期間について、３７条１項の規定の適用を受ける旨を記載した届出書を提出した場合には、当該届出書を提出した日の属する課税期間の翌課税期間（当該届出書を提出した日の属する課税期間が事業を開始した日の属する課税期間である場合には、当該課税期間）以後の課税期間（その基準期間における課税売上高が５０００万円を超える課税期間等を除く。）については、課税仕入れの税額の計算に当たって、３０条から３６条までの規定が適用されない（３７条１項）。
（２）消費税法基本通達（平成２７年５月２６日付け課消１－１７ほか５課共同「消費税法基本通達等の一部改正について（法令解釈通達）」による改正前のもの。以下同じ。）
ア １１－３－１（課税仕入れを行った日の意義）
消費税法３０条１項１号に規定する「課税仕入れを行った日」とは、課税仕入れに該当することとされる資産の譲受け若しくは借受けをした日又は役務の提供を受けた日をいうのであるが、これらの日がいつであるかについては、別に定めるものを除き、消費税法基本通達第９章（資産の譲渡等の時期）の取扱いに準ずる。
イ ９－１－１３（固定資産の譲渡の時期）（以下「本件通達」という。）
固定資産の譲渡の時期は、別に定めるものを除き、その引渡しがあった日とする（この取扱いによる場合において、固定資産の引渡しの日がいつであるかについては、消費税法基本通達９－１－２の例による。）。ただし、その固定資産が土地、建物その他これらに類する資産である場合において、事業者が当該固定資産の譲渡に関する契約の効力発生の日を資産の譲渡の時期としているときは、これを認める。
ウ ９－１－２（棚卸資産の引渡しの日の判定）
棚卸資産の引渡しの日がいつであるかについては、例えば、出荷した日、相手方が検収した日、相手方において使用収益ができることとなった日、検針等により販売数量を確認した日等、当該棚卸資産の種類及び性質、その販売に係る契約の内容等に応じてその引渡しの日として合理的であると認められる日のうち、事業者が継続して棚卸資産の譲渡を行ったこととしている日によるものとする。この場合において、当該棚卸資産が土地又は土地の上に存する権利であり、その引渡しの日がいつであるか明らかでないときは、①代金の相当部分（おおむね５０％以上）を収受するに至った日、②所有権移転登記の申請（その登記の申請に必要な書類の相手方への交付を含む。）をした日のうちいずれか早い日にその引渡しがあったものとすることができる。
２ 前提事実（争いのない事実、顕著な事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
（１）合同会社Ｂ（以下「Ｂ社」という。）の概要
ア Ｂ社は、平成２３年７月●日に、①不動産の賃貸、売買、管理、②株式の保有、売買、③商品先物取引業等を目的として設立された、決算日を７月３１日とする合同会社であった。（乙２）
イ Ｂ社は、平成２３年７月２１日、Ｃ株式会社（以下「Ｃ」という。）から金地金を１０７万６２５０円で購入し、同月２５日、その全量をＣに対して１０５万７２５０円で売却した。Ｂ社の同月１日から同月３１日までの課税期間における課税資産の譲渡等の対価の額は、前記金地金の売却による１０５万７２５０円のみであった。（甲７の３）
ウ Ｂ社は、平成２３年８月１日以降、事業活動を休止し、平成２４年１１月●日、新設分割により原告を設立した。そして、Ｂ社は、平成２５年７月●日に解散し、平成２６年１月●日に清算結了した。
Ｂ社が設立から清算結了までの約２年７箇月の間に行った事業活動は、前記イの金地金の売買のみであった。
（甲７の３、乙２、１３の１・２）
（２）原告の概要
ア 原告は、平成２４年１１月●日、Ｂ社からの新設分割により、不動産賃貸借及び所有・管理・利用並びにこれらに附帯する一切の業務等を事業目的として設立された、決算日を１１月３０日とする資本金１００万円の株式会社である。（甲１、５）
イ 原告は、平成２４年１１月２１日、Ｃから金地金を２万５０５５円で購入し、同月２８日、その全量をＣに対して２万３７６５円で売却した。（乙１４の１・２）
ウ 原告の本件課税期間に係る基準期間における課税売上高は１０００万円以下であったが、原告は新設分割により設立された法人であり、新設分割親法人であるＢ社の消費税法施行令２３条１項所定の金額（平成２３年７月１日から同月３１日までの事業年度における課税売上高１０５万７２５０円（前記（１）イ）×１２＝１２６８万７０００円）が１０００万円を超えることから、原告は、本件課税期間において、消費税の納税義務者となった（消費税法１２条１項）。
また、原告が本件課税期間において行った課税資産の譲渡等の対価の額は、前記金地金の売却に係る金額のみであったことから、原告の本件課税期間における課税売上割合は１００％となり、課税仕入れに係る消費税額を全額控除することができることとなった（消費税法３０条２項参照）。（甲４）
エ 原告は、平成２４年１１月２７日、芦屋税務署長に対し、同年１２月１日から平成２５年１１月３０日までの課税期間から、消費税法３７条１項に規定する制度の適用を受ける旨を記載した届出書を提出した。これにより、原告は、同課税期間以降、消費税の非課税取引である住宅の貸付け等を行うことにより通算課税売上割合が本件不動産の課税仕入れの日の属する課税期間における課税売上割合（１００％）に対して著しく減少したとしても、第三年度の課税期間の仕入れに係る消費税額が減額されることがなくなった（消費税法３３条、３７条１項参照）。（乙１５）
（３）本件売買契約
原告は、平成２４年１１月３０日、株式会社Ｄ（以下「本件売主」という。）との間で、本件不動産を、代金２億円で購入する旨の契約（以下「本件売買契約」という。）を締結した。
本件売買契約には、要旨、次のような定めがある。（甲２）
ア 原告は、本件売主に対し、手付金３００万円を契約締結時に、残代金１億９７００万円を所有権移転・引渡し予定日である平成２４年１２月２８日までに支払う（３条１項、４条）。
イ 手付金は、残代金支払のときに売買代金の一部に充当する。手付金には利息を付さず、本件売主及び原告は、相手方が契約の履行に着手するまで、本件契約を解除することができる。本件売主がこの条項により契約を解除する場合には、本件売主は、受領した手付金を原告に返還するとともに、これと同額の金員を支払わなければならず、原告がこの条項によって契約を解除する場合には、本件売主に支払った手付金を放棄しなければならない（３条２項～４項）。
ウ 本件売主は、売買代金全額の受領と同時に、本件不動産を原告又は原告の指定する者に引き渡す（５条）。
エ 本件不動産の所有権は、原告が本件売主に売買代金全額を支払ったときに、本件売主から原告に移転する（６条）。
オ 本件売主は、売買代金全額の受領と同時に、本件不動産について、所有権移転登記の申請手続をしなければならない（７条）。
カ 本件不動産に対して賦課される公租公課は、引渡日の前日までの分を本件売主、引渡日以降の分を原告の負担とし、引渡日において精算する（９条）。
キ 本件不動産から生ずる収益の帰属及び各種負担金の分担については、前記カを準用する（１０条）。
ク 本件売主及び原告は、本件建物につき、賃借人との間に建物賃貸借契約が締結されており、その賃借権の負担付きで売買することを確認し、原告は所有権の取得と同時に前記賃貸借契約における賃貸人の地位を継承するものとする（その他特約事項）。
（４）本件売買契約締結後の経緯
ア 原告は、平成２４年１１月３０日、本件売主に対し、本件不動産の売買代金のうち手付金３００万円を支払った。（乙１６）
イ 原告は、本件売買契約の締結日である平成２４年１１月３０日付けで、本件建物につき、いずれも建設仮勘定を相手科目として、建物勘定（取引金額１億１１２０万５５４１円。うち消費税額等５２９万５５０２円）、建物付属設備勘定（取引金額２７８０万１３８５円。うち消費税額等１３２万３８７５円）を計上する旨を仕訳帳に記帳した。原告は、本件不動産の購入費用を会計上費用として計上しなかった。（乙１、２２、２６）原告は、平成２５年１１月期（平成２４年１２月１日から平成２５年１１月３０日までの事業年度）の減価償却資産の明細において、本件建物につき、「取得年月日」を平成２４年１１月３０日、「事業供用日」を同年１２月２１日と記載し、平成２５年１１月期から減価償却費の計上を開始した（平成２４年１１月期（同月１５日から同月３０日までの事業年度）においては、減価償却費を計上しなかった）。（甲３、乙２２、２３、２６、弁論の全趣旨）
ウ 原告は、本件売主に対し、平成２４年１２月２１日、売買代金のうち手付金を除く１億９７００万円を支払った。（乙１７）
エ 本件不動産について、平成２４年１２月２１日、同日売買を原因とする本件売主から原告への所有権移転登記及び原告を債務者とする同日金銭消費貸借契約（債権額２億１５００万円）に係る抵当権設定登記がされた。（乙１８の１・２）
オ 原告及び本件売主は、本件不動産の固定資産税及び都市計画税に係る契約当事者間の負担割合について、平成２４年１２月２１日を基準に按分計算を行い、同月２０日までの部分を本件売主が、同月２１日以後の部分を原告が負担することとし、原告は、同日、原告の負担分である５１万４９６２円を本件売主に支払った。（乙１９）
カ 原告は、平成２４年１２月２１日、本件建物の管理会社であるＥ株式会社との間で、契約期間を平成２５年１月１日から同年１２月末日までとする本件建物に係る管理委託契約を締結し、賃料等の徴収や日常清掃等を委託した。（乙２０）
また、原告は、平成２４年１２月１日から同月３１日までの本件建物の賃料として８１万８２５８円を受領した（なお、平成２５年１月１日から同月３１日までの賃料として受領したのは２３０万６０００円であった。）。（乙２１）
（５）本件各処分の経緯等
ア 原告は、平成２４年１１月期及び平成２５年１１月期の法人税について、法定申告期限までに、別表１－１の「確定申告」欄のとおり申告した。また、原告は、本件課税期間における消費税等について、法廷申告期限までに、別表１－２の「確定申告」欄のとおり、課税仕入れに係る支払対価の額に本件建物の価格を算入することで、本件建物の取得に係る支払対価の額に係る消費税全部を仕入税額控除の対象とする旨の確定申告をした（以下「本件確定申告」という。）。（甲４、５、乙２３）
イ（ア）芦屋税務署長は、平成２８年９月２４日付けで、原告に対し、平成２４年１１月期及び平成２５年１１月期の法人税について、別表１－１の「更正処分等」欄のとおり、本件各法人税更正処分をした。また、芦屋税務署長は、同日付けで、原告に対し、本件課税期間の消費税等について別表１－２の「更正処分等」欄のとおり、本件消費税等更正処分等をした。（甲６の１）
（イ）本件消費税等更正処分は、本件建物の取得に係る支払対価の額を否認し控除対象仕入額を減額したものであり、その通知書（以下「本件更正通知書」という。甲６の１）には、概要、次のとおりの記載があった。
原告は、本件建物の取得に係る課税仕入れについて、平成２４年１１月３０日を課税仕入れの日として１億３９００万６９２６円（建物１億１１２０万５５４１円と建物付属設備２７８０万１３８５円の合計）を本件課税期間の課税仕入れに係る支払対価の額に含めて控除対象仕入税額の計算をした。しかし、原告が本件売主と締結した同日付けの「不動産売買契約書」には、本件建物は原告が売買代金の全額を同年１２月２８日までに支払う旨、売買代金の全額の支払と同時に引渡しを行う旨が定められているところ、原告は同月２１日に売買代金の全額を支払ったこと、原告は同日以降の本件建物から生じる賃料収入を収受していること及び同日に売買を原因として本件建物の所有権移転登記がされていることからすると、消費税法３０条１項１号の課税仕入れを行った日は、本件建物の引渡日である同日（平成２４年１２月２１日）であると認められるので、前記１億３９００万６９２６円は本件課税期間の課税仕入れに係る支払対価の額に該当しない。したがって、本件課税期間における正当な課税対象仕入れ税額を再計算した結果、控除対象仕入税額５２９万５５０２円が減少した。これにより本件課税期間の消費税額及び地方消費税額を再計算した結果、納付すべき消費税額及び地方消費税額が新たに６６１万９３００円算出された。
ウ 原告は、平成２８年１２月１９日、芦屋税務署長に対し、本件各処分の全部の取消しを求めて再調査の請求をしたところ、平成２９年５月２３日付けで、同請求を棄却する旨の決定を受けた。（甲７の１、乙２４）
エ 原告は、平成２９年６月９日、国税不服審判所長に対し、本件各処分の全部の取消しを求めて審査請求をしたところ、平成３０年３月２７日付で、同審査請求をいずれも棄却する旨の裁決を受けた。（甲７の３、乙２５）
（６）本件訴訟提起
原告は、平成３０年１０月１１日、本件訴訟を提起した。（顕著な事実）
３ 本件各処分の根拠及び適法性に関する被告の主張
後記５に掲げるもののほか、別紙３「本件各処分の根拠及び適法性に関する被告の主張」に記載するとおりである。
なお、原告は、後記４及び５の争点に関する部分を除き、その計算の基礎となる金額及び計算方法を争わない。
４ 争点
（１）本件建物の取得に係る「課税仕入れを行った日」（消費税法３０条１項１号）が本件課税期間に属する日であるか否か
（２）本件更正通知書における理由付記に違法があるか否か
（３）国税通則法６５条４項の「正当な理由」の有無
５ 争点に関する当事者の主張の要旨
（１）争点（１）（本件建物の取得に係る「課税仕入れを行った日」が本件課税期間に属する日であるか否か）について
（原告の主張の要旨）
ア 消費税法３０条１項１号にいう「課税仕入れを行った日」の定義規定はないが、課税仕入れが他の者における「課税資産の譲渡等」に該当するものであること（同法２条１項１２号）、仕入税額控除が多段階取引における前段階までの消費税の課税部分を控除する税額控除の制度であることなどからすると、「課税仕入れを行った日」は、「資産の譲渡等」（同法２条１項８号）の時期と同様の基準により判断すべきである（消費税法基本通達１１－３－１参照）。
イ 「資産の譲渡等」の時期の判断基準について、消費税法に明文の規定はない。同法が、課税標準としての「対価の額」につき、「対価として収受し、又は収受すべき一切の金銭又は金銭以外の物若しくは権利その他経済的な利益の額」（２８条１項本文）と定めていること、消費税法が帳簿方式を採用し、かつ、その帳簿は法人税や所得税における帳簿でも差し支えないこと、その他消費税法の立法過程等に照らすと、「資産の譲渡等」の時期は、法人税法における益金や所得税法における（総）収入金額の計上時期と同様の基準により判断すべきである。そして、原告は法人であるから、本件においては、法人税法２２条２項の「資産の譲渡」に係る収益の額を益金の額に算入すべき時期と同様の基準により判断すべきである。
ウ 収益の認識の基準については、注文において個別具体的な取引形態等に応じて詳細に規定することは困難であるから、法人税基本通達においてその解釈が明らかにされており、法人税法２２条２項及び４項の具体的な運用は、事実上同通達によってきたものであるところ、建物の譲渡による収益の計上時期について、法人税基本通達２－１－１４（固定資産の譲渡による収益の帰属時期）は、引渡しがあった日と契約の効力発生の日（ただし、契約日をもって帳簿処理がされている場合）のいずれとするか選択することを認めている。
同通達の改正経緯をみても、昭和４４年までは、原則として、「売買契約の効力発生の日」をもって益金の額への算入の時期とすることが一般に公正妥当と認められる会計処理の基準（法人税法２２条４項）に該当するとされていたところ（昭和２５年に制定された同年直法１－１００の２４９）、昭和４０年の同法の全面改正を受けた同４４年の同通達の改正により、原則はいわゆる引渡基準によるものと変更されつつも、現在に至るまでなお、土地、建物等の固定資産の譲渡については、契約の効力の発生の日をもって収益計上日とすることを「認める」とされており（法人税基本通達２－１－１４（昭和５５年直法２－８により２－１－３から通達番号変更））、消費税法が制定された昭和６３年当時も同様であった。
エ 以上によれば、建物等の固定資産の「課税仕入れを行った日」については、引渡しがあった日と、契約の効力発生の日すなわち契約書作成日のいずれとするか選択することが認められているものであり、消費税法基本通達９－１－１３もこの解釈に沿うものである。
オ 本件において、原告は、本件売買契約の締結日である平成２４年１１月３０日付けで、未払金勘定及び長期役員借入金勘定を相手科目として、本件不動産を土地、建物及び建物付属設備勘定に資産計上する経理処理をしたのであるから、原告は、「契約の効力発生の日において収益計上を行っ」た（法人税基本通達２－１－１４ただし書）（甲３、乙１）。
そして、原告は、本件課税期間に係る消費税等につき、契約の効力発生の日である本件売買の締結日を本件建物の取得に係る「課税仕入れを行った日」として申告したのであるから、本件建物の取得に係る「課税仕入れを行った日」は、原告の選択により、本件課税期間に属する平成２４年１１月３０日となるものである。
（被告の主張の要旨）
ア（ア）消費税法は、「課税仕入れを行った日」（３０条１項１号）がいつであるかについて具体的な規定を設けていないものの、資産の譲渡人からみた場合に「課税資産の譲渡等」であるものをもって、当該資産の譲渡人からみた場合の「課税仕入れ」であるとしており、「課税資産の譲渡等」（資産の譲渡等のうち、消費税法６条１項の規定により消費税を課さないこととされるもの以外のもの。同法２条１項９号）と「課税仕入れ」を正に表裏一体の関係にあるものとみている。
また、消費税の課税標準である課税資産の譲渡等の対価の額が、課税資産の譲渡等の「対価として収受し、又は収受すべき一切の金銭」等の額（消費税法２８条１項）とされていることからすると、課税資産の譲渡等の対価を収受していなくても、当該課税資産の譲渡等は課税の対象となると解される。ただし、課税資産の譲渡等の対価を収受する権利が確定していない時点において、その対価を課税標準として認識し、具体的な課税をするのは相当でないから、「課税資産の譲渡等」がされたものとしてこれを課税の対象とするためには、単にその対価を収受する権利が発生するのみでは足りず、当該権利が確定すること、すなわち、当該権利の実現可能性を客観的に認識することができ、かつ、権利の実現（行使）が可能な状態となることを要するものと解すべきである（権利確定主義）。そして、消費税が各取引段階において移転、付与される付加価値に着目して課される付加価値税の性質を有することに鑑みれば、課税資産の譲渡等の対価を収受する権利が確定した時とは、当該課税資産の譲渡等による付加価値が譲受人に確定的に移転した時、これを資産の譲渡についてみれば、当該資産の所有権が譲受人に確定的に移転した時、すなわち当該資産が譲受人に引き渡された時をいうものと解される。
したがって、課税資産の譲渡等があった日と表裏の関係にある「課税仕入れを行った日」とは、当該課税仕入れによる付加価値が譲受人に確定的に移転した時をいい、当該課税仕入れが資産の譲受けである場合には、当該資産の所有権が譲受人に確定的に移転した時、すなわち当該資産が譲受人に引き渡された時をいうものと解される。
（イ）取引の対象となった資産の引渡しがあった日がいつであるかについては、当該資産の内容、性質、当該契約や取引の内容等に応じて個別具体的に検討すべきであり、固定資産の譲渡に関しては、代金の支払の有無、対抗要件である所有権移転登記の具備、当該資産の譲渡に係る契約内容の履行状況等から、引渡しの日として合理的であると認められる日をいうと解するのが相当である。
本件売買契約については、いずれも平成２４年１２月２１日、手付金を除いた代金残額の原告による支払及びこれによる本件不動産の所有権の移転がされ、また、同日、原告は本件不動産へ債権金額２億１５００万円の抵当権を設定し、本件建物の公租公課については同日を基準に按分計算された。さらに、原告は、同日、管理会社と本件建物に係る管理委託契約を締結し、同月分以降の賃料（同月分については、同日以降分の日割り賃料額と考えられる。）を収受した。このように、原告が所有権を取得した日、原告のために本件不動産が用いられるようになった日、収益物件である本件建物について賃料等を収受し始めた日はいずれも同日であるから、本件建物が本件売主から原告に対して引き渡され、その所有権が確定的に原告の移転した日は、本件売買代金の残額が支払われた同日（同月２１日）であることが明らかである。
したがって、本件建物の取得に係る「課税仕入れを行った日」は、本件課税期間に属さない。
イ 原告は、本件通達ただし書は、固定資産が土地、建物これらに類する資産である場合は、「契約の効力の発生の日」を「資産の譲渡」及び課税仕入れの日として選択できる趣旨である旨主張し、本件売買の締結日を「課税仕入れを行った日」として選択できる旨主張する。
しかし、本件通達本文は、消費税法の解釈においては、前記アのとおり「課税仕入れを行った日」とは譲受人が資産の引渡しを受けた日であると解されることを確認的に定め、同ただし書は、この本文を受け、引渡しの事実関係が外形上明らかでない場合も想定される土地、建物等について、引渡しを認識することが困難な場合を補完する趣旨で設けられたものにすぎない。
したがって、本件通達ただし書が定めるように、契約締結日が「課税仕入れを行った日」であると解する余地があるのは、引渡しを認識することが困難な場合に限られるところ、本件売買がこれに当たらないのは前記ア（イ）のとおりである。
（２）争点（２）（本件更正通知書における理由付記に違法があるか否か）について（原告の主張の要旨）
行政手続法１４条１項によれば、処分行政庁は、原告に対して消費税に係る不利益処分をする場合、同時に、当該不利益処分の理由を示さなければならない。そして、最高裁平成●●年（〇〇）第●●号同２３年６月７日第三小法廷判決・民集６５巻４号２０８１頁（以下「最高裁平成２３年判決」という。）によれば、理由提示においては当該処分に至る判断過程を示すべきであって、処分の理由となる事実及び根拠法令の記載のみでは不十分であり、違法となる可能性があるものであるところ、その程度としては、当該処分の根拠法令の規定内容、当該処分に係る処分基準の存否及び内容並びに公表の有無、当該処分の性質及び内容、当該処分の原因となる事実関係の内容等を総合考慮して判断すべきである（最高裁平成２３年判決参照）。租税に係る更正処分に関する理由付記としては、更正の原因となる事実、法の適用及び結論を記載すべきであるが、法の適用については、結論のみでなく、法の解釈の問題や収入・支出の法的評価ないし法的判断の問題について、結論に到達した理由ないし根拠を納税者に理解し得る程度に示す必要があると解するべきである。本件消費税等更正処分は、法令の解釈・適用に関する法的評価に関する事項について否認するものであるにもかかわらず、本件更正通知書には、その理由について、更正の原因となった事実（本件売買契約の売買契約書の定めや、代金の支払、賃料収入の受領等の事実）及び根拠法令しか記載しておらず、消費税法３０条１項１号における課税仕入れを行った日の解釈として「引渡しの日」が導き出され、いかなる場合に「契約の効力発生日」が排除されるかについての解釈及びその理由は一切記載されていない。
課税仕入れを行った日については、消費税法３０条１項１号には具体的な定めがなく、基準として消費税法基本通達１１－３－１及び本件通達が公表されていたところ、これらの通達は、最高裁平成２３年判決で問題とされた行政手続法１２条に基づく処分基準と同等の効果を有するものである。
したがって、本件消費税等更正処分においては、本件通達ただし書の適用が否定された理由、同本文が適用される理由及び判断過程が示されるべきであったにもかかわらず、これらが記載されていないから、違法である。
（被告の主張の要旨）
ア 国税に関する法律に基づき行われる処分その他の公権力の行使に当たる行為（酒税法２章（酒類の製造免許及び酒類の販売業免許等）の規定に基づくものを除く。）については、行政手続法１４条１項本文に規定された不利益処分の理由の提示が義務付けられているところ、同項本文が不利益処分をする場合に同時にその理由を名宛人に示さなければならないとしているのは、名宛人に直接に義務を課し又はその権利を制限するという不利益処分の性質に鑑み、行政庁の判断の慎重と合理性を担保してその恣意を抑制するとともに、処分の理由を名宛て人に知らせて不服の申立てに便宜を与える趣旨に出たものと解される。そして、不利益処分一般について、どの程度の理由を提示すべきかは、上記のような同項本文の趣旨に照らし、当該根拠法令の規定内容、当該処分に係る処分基準の存否及び内容並びに公表の有無、当該処分の性質及び内容、当該処分の原因となる事実関係の内容等を総合考慮してこれを決定すべきであると解される（最高裁平成２３年判決参照）。
イ 本件更正通知書は、本件消費税等更正処分の理由として、「課税仕入れを行った日」が平成２４年１２月２１日であると判断するに至った過程につき、当該課税期間中の仕入税額控除の範囲を示した消費税法３０条１項１号の記載とともに、本件売買契約における代金支払と引渡しに係る約定の内容や、売買代金の支払状況、本件建物に係る果実（賃料）の収受の開始、所有権移転登記の時期等、本件建物の引渡時期を認定・判断するために考慮した事実関係等を具体的に摘示している。
このような本件更正通知書の記載内容からすれば、本件課税期間の仕入税額控除の対象から除外される課税仕入れに係る支払対価の額である合計１億３９００万６９２６円は、本件売買契約に基づく本件建物の取得に係る支払対価の額であること、この課税仕入れを行った日は、本件売買契約の約定内容、代金の支払日、本件建物の賃料の収受開始日、所有権移転登記の日に照らして、本件建物の引渡しがされた平成２４年１２月２１日であり、本件課税期間に属しないため、前記金額は、本件課税期間における課税仕入れに係る支払対価の額として仕入税額控除することはできないことという本件消費税等更正処分に至る処分行政庁の判断過程が、具体的に示されているということができる。以上の事情からすると、本件更正通知書の記載は、行政手続法１４条１項の趣旨である処分行政庁の判断の慎重、合理性を確保する点について欠けるところはなく、原告においても、その記載自体から、本件売買契約の締結日が本件建物に係る「課税仕入れを行った日」でない旨を容易に読み取ることができるものといえる。すなわち、本件更正通知書における理由の記載は、処分行政庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由付記制度の趣旨・目的を充足する程度に具体的に明示したものということができ、法の要求する更正の理由付記として欠けるところはないものである。
本件通達は行政手続法１２条の処分基準ではないし、行政庁が不利益処分に当たって裁量権を羈束される処分基準とも性質が異なるのであり、本件通達本文とそもそも適用の余地のない本件通達ただし書のいずれを適用するかについての判断過程を付記する必要はない。
したがって、本件更正通知書における理由付記に不備はない。
（３）争点（３）（国税通則法６５条４項の「正当な理由」の有無）について（原告の主張の要旨）
国税通則法６５条４項の定める「正当な理由」とは、真に納税者の責に帰することができない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお、納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものである。
原告において、本件建物の取得につき消費税法３０条１項１号を適用するに当たり、本件売買契約の効力発生日を「課税仕入れを行った日」と解して申告したこと、具体的には、本件通達ただし書で示された解釈に基づいて同号の法令解釈をしたことは、単なる原告の税法の不知又は誤解によるものとはいえない。すなわち、本件通達ただし書は、土地、建物その他これに類する資産である場合につき、文言上限定を付すことなく、「事業者が当該固定資産の譲渡に関する契約の効力発生の日を資産の譲渡の時期としているときは、これを認める。」と定めているから、本件売買契約の効力発生日（契約日）を課税仕入れの日とすることに何ら制限はなかったのであり、原告は、本件通達で客観的に示された消費税法３０条１項１号の解釈に忠実に従って本件確定申告をしたのであるから、何ら帰責性はない。
また、本件と同様の争点について判断した東京地方裁判所の判決（甲８の１～３、乙４４の１～３）も、「課税仕入れを行った日」について三者三様の解釈を行っているのであり、条文の解釈や解釈通達の規定形式から一義的な解釈を行うことができない状態であったのであり、原告が、法令を独自かつ恣意的に解釈したものでもない。
そもそも、確定申告について、国税通則法６５条の過少申告加算税により是正されるべき状況である「当初から適法に申告し納税した納税者との間の客観的不公平」は実質的にはない。むしろ、課税当局が制定した本件通達ただし書を信頼した原告に対して過少申告加算税を制裁として課すことは、極めて酷といわざるを得ない。
したがって、本件賦課決定処分は、国税通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるものとして、取り消されるべきである。
（被告の主張の要旨）
原告は、本件建物の取得に係る消費税等の還付を受けることのみを目的として、本件確定申告に至るまでの一連の行為を行い、本件通達ただし書が、「課税仕入れを行った日」につき、固定資産の引渡日あるいは契約締結日のいずれとするかを納税者の自由な選択を認める旨の解釈を示したものであるという、独自かつ恣意的な見解に基づいて、本件確定申告を行ったものである。
このように、消費税額の還付を受けることのみを目的とし、法令を独自かつ恣意的に解釈して本件確定申告を行った原告について、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があるとはいえないし、過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお原告に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷であるとも認められない。
したがって、原告に国税通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるとは認められない。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点（１）（本件建物の取得に係る「課税仕入れを行った日」が本件課税期間に属する日であるか否か）について
（１）ア消費税は、物品やサービスの消費に担税力を認めて課される租税であるところ、最終的な消費行為よりも前の段階で物品やサービスに対する課税が行われ、税負担が物品やサービスのコストに含められて最終的に消費者に転嫁することが予定されており、また、原則として、小売段階等の一つの取引段階でのみ課税するのではなく、国内において事業者が行った資産の譲渡等を広く課税対象とすることにより、複数の取引段階で、各段階の売上金額（課税資産の譲渡等の対価の額。消費税法２８条１項本文）を課税標準として課税することとされている。そのため、前記の原則を貫くと、税負担が累積されて価格に転嫁され、最終的に消費者がその累積した税を負担することとなってしまう。そこで、消費税法３０条１項は、仕入れの段階で転嫁された税額を売上げに係る税額から控除して、税負担の累計を防止するために、事業者が、国内において行う課税仕入れについて、当該「課税仕入れを行った日」の属する課税期間の課税標準額に対する消費税額から、当該課税期間中に国内において行った課税仕入れに係る消費税額を控除する旨（仕入税額控除）を規定している。
以上のような、税負担の累積の防止という仕入税額控除（消費税法３０条１項）の趣旨に鑑みると、「課税仕入れを行った日」は、当該事業者が仕入れの段階で価格に上乗せされる税額を負担することが確定的になったのはどの時点かという観点から定めるべきものであると解される。そして、資産の譲受けに係る課税仕入れについては、当該資産の所有権が当該課税仕入れを行った事業者に対して確定的に移転すれば、当該事業者が価格に上乗せされる消費税を負担することも確定的になったということができるから、当該資産の所有権が当該事業者に確定的に移転した日が「課税仕入れを行った日」に当たるものと解するのが相当である。
イ これに対して、原告は、「課税仕入れを行った日」は、「資産の譲渡等」（消費税法２条１項８号）の時期と同様の基準により判断すべきである旨主張する。
しかしながら、「資産の譲渡等」の時期の問題は、消費税の課税対象となる「資産の譲渡等」について、譲渡人との関係で、どの課税期間に行われたものとして課税するかという問題であるのに対して、「課税仕入れを行った日」の時期の問題は、前記アで説示したとおり、税負担の累積の防止という観点から、譲受人との関係で、どの課税期間において消費税額の負担が確定的になったものとして仕入税額控除をするかという問題であるから、両者の時期が当然に同様の基準により判断されるべきものとは解されない。そして、「課税仕入れを行った日」は、前記アで説示したとおり、税負担の累積の防止という仕入税額控除の趣旨に照らして判断すべきものであり、「資産の譲渡等」の時期と必然的に一致するものということはできないのであって、原告の前記主張は採用することができない。
ウ なお、消費税法基本通達１１－３－１は、消費税法３０条１項１号に規定する「課税仕入れを行った日」とは、課税仕入れに該当することとされる資産の譲受け若しくは借受けをした日又は役務の提供を受けた日をいう旨及び、これらの日がいつであるかについては、別に定めるものを除き、消費税法基本通達第９章（資産の譲渡等の時期）の取扱いに準ずる旨を定める。ここに「準ずる」というのは「準用する」というのと同旨であるものと解され、「準用」とは、ある事項に関する規定を、それに類似するが異なる事項について、必要な変更を加えた上で当てはめることであるから、前記の通達の定めをもって「課税仕入れを行った日」と「資産の譲渡等」の時期とを当然に同様の基準により判断されるべきものと解する根拠とすることはできないものというべきである。
（２）ア前記（１）アの観点から、本件建物の取得に係る「課税仕入れを行った日」について検討する。
本件売買契約においては、代金２億円のうち契約締結日（平成２４年１１月３０日）に支払われるのは手付金３００万円のみであり、その余の１億９７００万円は、契約締結日の約１箇月後である同年１２月２８日までに支払われることとされ、本件不動産の所有権が本件売主から原告に移転するのは、代金金額が支払われた時点とされ、本件売主は、これと同時に本件不動産の引渡し及び所有権移転登記手続をすることとされていた（前記前提事実（３）ア、ウからオまで）。また、本件売主及び原告は、手付金によって留保された約定解除権を行使することができることとされていた（同イ）。そして、原告は、同月２１日、本件売買契約に基づく代金全額を支払い、本件不動産について引渡しを受け、所有権移転登記を経由したものである（同（４）ア、ウ、エ）。そうすると、本件建物の所有権が原告に確定的に移転したのは、本件売買契約の締結日（平成２４年１１月３０日）ではなく、原告が本件売買契約に基づく代金を全額支払って本件建物の所有権を取得し、その引渡しを受けた日（同年１２月２１日）であり、同日が、本件建物の取得に係る「課税仕入れを行った日」に当たるものというべきである。
イ これに対して、原告は、建物等の固定資産の「課税仕入れを行った日」については、引渡しがあった日と、契約の効力発生の日のいずれかとするか選択することが認められており、本件通達ただし書きはこれを確認する趣旨の定めである旨主張する。しかしながら、本件通達は「資産の譲渡等」の時期に係る定めであるところ、原告の前記主張は、「課税仕入れを行った日」を「資産の譲渡等」の時期と同様の基準により判断すべきであることを前提とするものであるが、前記（１）イで説示したとおり、この前提を採用することができない。
この点を措くとして、消費税法基本通達１１－１－３において準用する本件通達の意義について検討する。前記（１）アで説示したとおり、消費税法３０条１項１号にいう「課税仕入れを行った日」とは、資産の譲受けに係る課税仕入れについてみると、当該資産の所有権が当該課税仕入れを行った事業者に確定的に移転した日をいうものと解すべきであるところ、当該資産の引渡しがあった場合には、一般に、当該資産の所有権が当該事業者に確定的に移転したものということができる。そこで、消費税法基本通達１１－１－３において準用する本件通達本文は、固定資産の課税仕入れを行った日は、別に定めるものを除き、その引渡しがあった日とする旨を定めたものと解するのが相当である。
他方、引渡しが未了である場合や、引渡しがあった日が判然としない場合においても、課税仕入れに係る資産の所有権が当該課税仕入れを行った事業者に確定的に移転したものと認められる場合があり得ることから、消費税法基本通達１１－１－３において準用する本件通達ただし書は、課税仕入れを行った事業者が、「当該固定資産の譲渡に関する契約の効力発生の日」、すなわち、当該契約の本質的効力である当該固定資産の所有権の確定的な移転が発生した日をもって「課税仕入れを行った日」としているときは、これを認めることとする旨を定めたものと解するのが相当である（このように解する限度において、消費税法基本通達１１－１－３において準用する本件通達ただし書は、消費税法３０条１項１号の趣旨に沿う合理的なものと考えられる。）。これを本件についてみると、原告が、本件建物の所有権の確定的な移転が発生した日すなわち平成２４年１２月２１日をもって「課税仕入れを行った日」としているときは、これを認めることになる。
以上の次第であるから、本件通達ただし書を根拠として、本件建物の引渡しがあった日でも本件建物の所有権の確定的な移転が発生した日でもない本件売買契約の締結日をもって課税仕入れを行った日とすることができる旨の原告の前記主張は採用することができない。
ウ（ア）また、原告は、法人税基本通達２－１－１４は、引渡しがあった日と契約の効力発生の日（ただし、契約日をもって帳簿処理がされている場合）のいずれとするか選択することを認めている旨や昭和４４年頃からの法人税基本通達の改正経緯を主張しつつ、法人税上の取扱いとの均衡を根拠に挙げて、本件売買契約の締結日が「課税仕入れを行った日」に当たる旨主張する。
（イ）しかしながら、法人税基本通達２－１－１４は、法人税法上、固定資産の譲渡に係る収益を計上すべき時期に関する定めであるから、これと「課税仕入れを行った日」を同様に扱うべきであるという原告の前記（ア）の主張は、「課税仕入れを行った日」（消費税法３０条１項１号）を「資産の譲渡等」の時期と同様の基準により判断すべきであることを前提とするものであるが、前記（１）イで説示したとおり、この前提を採用することができない。
したがって、原告の指摘する法人税基本通達の改正経緯を踏まえても、「課税仕入れを行った日」（消費税法３０条１項１号）を法人税法上の収益の計上時期と同様に扱うべきことが裏付けられるものではないから、原告の前記（ア）の主張は採用することができない。
（ウ）また、原告の前記（ア）の主張は、仮に本件不動産の購入費用が会計上費用として計上され、法人税上損金に算入されるべきものであるとした場合、その損金算入の時期と「課税仕入れを行った日」とを一致させるべきである旨をいうものと善解する余地がある。
しかしながら、前記前提事実（４）イのとおり、原告は、本件不動産の購入費用を会計上費用として計上しておらず、法人税上損金に算入していない。これは、本件不動産が商品（販売の目的をもって所有する不動産。会社計算規則７４条３項１号ト参照。法人税法及び消費税法上は棚卸資産（法人税法２条２０号、同法施行令１０条１号、消費税法２条１項１５号））ではなく（商品であれば、売上原価として費用が計上される余地がある。）、法人税法上の固定資産（２条２２号、法人税法施行令１２条１号、２号、１３条１号）であるからであると考えられる（自己が所有する間は減価償却費を計上し、売却時に固定資産売却益又は固定資産売却損を計上する。）。
そうすると、法人税上の取扱いとの均衡を考慮しても、本件売買契約の締結日が「課税仕入れを行った日」に当たると解する余地はない。この点からも、原告の前記主張は採用することができない。
（３）以上の次第であるから、本件建物の取得に係る「課税仕入れを行った日」は、平成２４年１２月２１日であり、本件課税期間に属しない。
２ 争点（２）（本件更正通知書における理由付記に違法があるか否か）について（１）国税に関する法律に基づき行われる処分その他の公権力の行使に当たる行為（酒税法２章（酒類の製造免許及び酒類の販売業免許等）の規定に基づくものを除く。）については、行政手続法１４条１項本文に規定された不利益処分の理由の提示が義務付けられているところ（国税通則法７４条の１４第１項）、行政手続法１４条１項本文が不利益処分をする場合に同時にその理由を名宛人に示さなければならないとしているのは、名宛人に直接に義務を課し又はその権利を制限するという不利益処分の性質に鑑み、行政庁の判断の慎重と合理性を担保してその恣意を抑制するとともに、処分の理由を名宛人に知らせて不服の申立てに便宜を与える趣旨に出たものと解される。そして、不利益処分一般について、どの程度の理由を提示すべきかは、このような同項本文の趣旨に照らし、当該根拠法令の規定内容、当該処分に係る処分基準の存否及び内容並びに公表の有無、当該処分の性質及び内容、当該処分の原因となる事実関係の内容等を総合考慮してこれを決定すべきであると解される（最高裁平成２３年判決参照）。
（２）そこで検討すると、前記前提事実（５）イ（イ）のとおり、本件更正通知書の「更正の理由」欄には、本件売買契約における所有権移転時期等の合意内容、本件売買代金の支払状況、賃料収受の状況、所有権移転登記の状況に関する事実が記載された上、課税仕入れを行った日は、本件建物の引渡しを受けた日である平成２４年１２月２１日と認められる旨が記載されている。これらの記載によれば、処分行政庁が、消費税法３０条１項１号の「課税仕入れを行った日」は引渡しの日をいうものと解釈したこと及び本件建物の引渡しの日を認定する根拠とした事実は明確であるし、本件売買契約の締結日が「課税仕入れを行った日」に当たらないと判断したことも、また明確であるといえる。
そうすると、本件消費税等更正処分の性質及び内容を総合考慮しても、本件更正通知書の記載については、処分行政庁の恣意を抑制し、不服申立ての便宜を図るという理由付記制度の趣旨及び目的を充足する程度に具体的に理由が明示されたものということができるから、本件消費税等更正処分において、行政手続法１４条１項の理由付記に違法があるとは認められない。
３ 争点（３）（国税通則法６５条４項の「正当な理由」の有無）について
（１）過少申告加算税は、過少申告による納税義務違反の事実があれば、原則としてその違反者に対し課されるものであり、これによって、当初から適法に申告し納税した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに、過少申告による納税義務違反の発生を防止し、適正な申告納税の実現を図り、もって納税の実を挙げようとする行政上の措置であり、主観的責任の追及という意味での制裁的な要素は重加算税に比して少ないものである。国税通則法６５条４項は、修正申告書の提出又は更正に基づき納付すべき税額に対して課される過少申告加算税につき、その納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうちにその修正申告又は更正前の税額の計算の基礎とされていなかったことについて正当な理由があると認められるものがある場合には、その事実に対応する部分についてはこれを課さないこととしているが、過少申告加算税の前記の趣旨に照らせば、同項にいう「正当な理由があると認められる」場合とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、前記のような過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお、納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解するのが相当である（最高裁平成●●年（〇〇）第●●号同１８年４月２０日第一小法廷判決・民集６０巻４号１６１１頁参照）。
（２）原告は、①本件通達ただし書の文言によれば、本件売買契約の効力発生日（契約日）を課税仕入れの日とすることに何ら制限はなかったことからすると、本件通達で客観的に示された消費税法３０条１項１号の解釈に忠実に従って本件確定申告をしたのであり、帰責性がない旨、②本件と同様の争点について判断した下級審裁判例において、「課税仕入れを行った日」を様々に解釈しているから、一義的な解釈を行うことができなかったのであり、原告の解釈は独自かつ恣意的なものではない旨主張する。
しかしながら、前記①については、本件通達は固定資産の譲渡の時期に関するものであって、「課税仕入れを行った日」の意義についての定めではない。確かに、「課税仕入れを行った日」の意義についての定めである消費税法基本通達１１－３－１は、「課税仕入れを行った日」がいつであるかについては、別に定めるものを除き、消費税法基本通達第９章（資産の譲渡等の時期）の取扱いに「準ずる」旨を定めているが、前記１（１）ウで説示したとおり、この定めをもって「課税仕入れを行った日」と「資産の譲渡等」の時期とを当然に同様の基準により判断されるべきものと解する根拠とすることはできないものというべきであるから、この定めのみでは、契約締結日が「課税仕入れを行った日」に当たることが直ちに明らかであるとはいえない。また、本件通達ただし書は、その文言に照らしても、本件売買契約のように売買契約締結日と別の時期に所有権が移転する旨の特段の合意がある場合についても、売買契約締結日を契約の効力発生日として課税仕入れの日とすることが認められるとの誤解を納税者に抱かせるものともいい難いから、原告の前記①の主張は採用することができない。
前記②についてみると、証拠（甲３１、乙４４の１～３、乙４５の１・２）によれば、本件訴訟と類似の事案が問題となった下級審判決において、「課税仕入れを行った日」（消費税法３０条１項１号）をどのように解釈するかについては必ずしも一致していないことが認められるものの、前記の各判決に照らすと、少なくとも、本件売買契約のように、建物の売買契約において、契約締結日と異なる時期に、手付金を除く売買代金全額の支払、所有権の移転及び所有権移転登記手続が行われ、同時に買主が建物に係る果実（賃料）を受領し始めること等が合意されている場合には、契約締結日をもって「課税仕入れを行った日」とすることは認められないという点では一致しているというべきであるから、原告の前記②の主張は、原告が本件建物の取得に係る「課税仕入れを行った日」を平成２４年１１月３０日として本件確定申告をしたことにつき、帰責性がないことの裏付けとはならないものである。
以上によれば、原告が、本件売買契約締結日をもって「課税仕入れを行った日」とすることは本件通達ただし書によって認められるものと考えて本件確定申告を行ったことについて、真に原告の責めに帰することのできない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしても、なお、納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になるということはできない。
（３）したがって、原告について、国税通則法６５条４項の「正当な理由」があるとは認められない。
４ まとめ
以上によれば、原告の本件課税期間の消費税等に係る控除対象仕入税額、納付すべき消費税額及び納付すべき譲渡割額は、本件消費税等更正処分における控除対象仕入税額、納付すべき消費税額及び納付すべき譲渡割額（別表１－２「更正処分等」欄）と同額であり、本件消費税等更正処分に伴って原告に賦課されるべき過少申告加算税の額は、本件賦課決定処分における過少申告加算税の額（同欄）と同額であると認められる（弁論の全趣旨）から、本件消費税等更正処分及び本件賦課決定処分は適法である。
また、原告の平成２４年１１月期及び平成２５年１１月期の法人税に係る所得金額及び納付すべき法人税額並びに平成２４年１１月期の法人税に係る翌期へ繰り越すべき欠損金額は、本件各法人税更正処分における所得金額、納付すべき法人税額及び翌期へ繰り越すべき欠損金額（別表１－１の「更正処分」欄）と同額であると認められる（弁論の全趣旨）から、本件各法人税更正処分はいずれも適法である。
第４ 結論
よって、原告の請求はいずれも理由がないからこれらを棄却することとして、主文のとおり判決する。
大阪地方裁判所第２民事部
裁判長裁判官三輪方大
裁判官齋藤毅
裁判官内藤陽子
（別紙１）
指定代理人目録
溝口優、市谷諭史、東正幸、岡田浩士、福田美和、桑原昌志、橋本和也、平山峻次以上
（別紙２）
物件目録
１ 建物
所在神戸市西区●●
家屋番号●●
種類共同住宅・作業場
構造鉄筋コンクリート造スレート葺４階建て
床面積１階７８５．４０㎡
２階６３４．９２㎡
３階６３４．９２㎡
４階３４１．８８㎡
２ 土地
所在神戸市西区●●
地番●●
地目宅地
地積１３３５．７１㎡
以上
（別紙３）
本件各処分の根拠及び適法性に関する被告の主張
１ 本件消費税等更正処分の根拠及び適法性（別表２－２）
納付すべき消費税額、納付すべき譲渡割額及び消費税等の合計税額の△印は、それぞれ、消費税、地方消費税及び消費税等の還付金の額に相当する税額を示す。
（１）課税標準額（別表２－２④欄）
２万２０００円
前記金額は、原告の本件課税期間の消費税等に係る確定申告書記載の金額である。
（２）課税標準額に対する消費税額（別表２－２⑤欄）
８８０円
前記金額は、原告の本件課税期間の消費税等に係る確定申告書記載の金額である。
（３）課税仕入れに係る支払対価の額（別表２－２⑧欄）
３９万２３９５円
原告は、本件課税期間の消費税等に係る確定申告において、課税仕入れに係る支払対価の額を１億３９３９万９３２１円としているが、当該金額のうち、本件建物の取得に係る支払対価の額１億３９００万６９２６円（乙１・伝番２８及び２９）は同課税期間の課税仕入れに係る支払対価の額に該当しないことから、その差額３９万２３９５円が同課税期間における課税仕入れに係る支払対価の額となる。
（４）課税仕入れに係る消費税額（別表２－２⑨欄）
１万４９４８円
前記金額は、前記（３）の金額に１０５分の４を乗じて算出した金額である（消費税法３０条１項）。
（５）控除対象仕入税額（別表２－２⑩欄）
１万４９４８円
前記金額は、原告について消費税法３０条２項の適用がないことから、前記（４）の金額と同額である。
（６）納付すべき消費税額（別表２－２⑪欄）
△１万４０６８円
前記金額は、前記（２）の金額から前記（５）の金額を控除した金額である。
（７）納付すべき譲渡割額（別表２－２⑫欄）
△３５１７円
前記金額は、地方消費税の課税標準である前記（６）の金額に１００分の２５（地方税法７２条の８３）を乗じた金額である（平成２４年法律第６９号による改正前の地方税法７２条の８２及び同８３）。
（８）納付すべき消費税等の額（別表２－２⑬欄）
△１万７５７８円
前記金額は、前記（６）の金額と前記（７）の金額との合計額である。
（９）小括
以上のとおり、原告の本件課税期間の消費税等に係る控除対象仕入れ税額、納付すべき消費税額及び納付すべき譲渡割額は、本件消費税等更正処分における控除対象仕入れ税額、納付すべき消費税額及び納付すべき譲渡割額（別表１－２）と同額であるから、本件消費税等更正処分は適法である。
２ 本件各法人税更正処分の根拠及び適法性
（１）本件平成２４年法人税更正処分（別表２－１「平成２４年１１月期」）
ア 所得金額（別表２－１「平成２４年１１月期」④欄）
△４５万７１１８円
前記金額は、次の（ア）の金額に（イ）の金額を加算した金額である。
（ア）申告所得金額（別表２－１「平成２４年１１月期」①欄）
△４５万７１９５円
前記金額は、原告の平成２４年１１月期の法人税に係る確定申告書の「所得金額又は欠損金額」欄に記載された金額である。
（イ）雑収入の計上漏れ（別表２－１「平成２４年１１月期」②欄）
７７円
原告は、平成２４年１１月期において、消費税の経理処理について税抜処理方式を選択適用していることから（乙４２）、本件課税期間に係る未払消費税額について、同課税期間に係る実際に納付すべき消費税等の額又は還付を受ける消費税等の額と清算を行い、その際に生じる差額については、平成２４年１１月期の益金の額又は損金の額に算入することとなる。
前記金額は、平成２４年１１月期の法人税の更正処分による未払消費税額等の増加額６６１万９３７７円（前記１（３）において否認された１億３９００万６９２６円×５／１０５）から本件消費税等更正処分による消費税等の納付税額６６１万９３００円（別表１－２「確定申告」欄記載の消費税等の合計納付税額△６６３万６９６２円と、納付すべき消費税額（前記１（８）記載の△１万７５７８円）の差額）を差し引いた金額である。
イ 所得金額に対する法人税額（別表２－１「平成２４年１１月期」⑥欄）
０円
前記金額は、前記アの所得税額に対する法人税額であるが、所得金額がマイナスであるため、０円となる。
ウ 控除所得税額等（別表２－１「平成２４年１１月期」⑦欄）
０円
前記金額は、原告の平成２４年１１月期の法人税に係る確定申告書の「控除税額」欄に記載された金額である。
エ 納付すべき法人税額（別表２－１「平成２４年１１月期」⑧欄）
０円
前記金額は、前記イの金額から前記ウの金額を差し引いた金額である。
オ 翌期へ繰り越す欠損金（別表２－１「平成２４年１１月期」⑨欄）
４５万７１１８円
平成２４年１１月期の法人税の更正処分に伴い、翌期へ繰り越す欠損金額は７７円減少し、４５万７１１８円となる。
（２）本件平成２５年法人税更正処分（別表２－１「平成２５年１１月期」）
ア 所得金額（別表２－１「平成２５年１１月期」④欄）
５１万３６０２円
前記金額は、次の（ア）の金額に（イ）の金額を加算した金額である。
（ア）申告所得金額（別表２－１「平成２５年１１月期」①欄）
△４５万７１９５円
前記金額は、原告の平成２５年１１月期の法人税に係る確定申告書の「所得金額又は欠損金額」欄に記載された金額である。
（イ）繰越欠損金の損金算入額の過大額（別表２－１「平成２５年１１月期」③欄）７７円原告は、平成２５年１１月期の法人税に係る確定申告において、欠損金の当期控除額を４５万７１９５円としているところ、前記（１）オのとおり、平成２４年１１月期から繰り越される欠損金額は７７円減少するため、繰越欠損金の損金算入額が前記金額分だけ過大となる。
イ 所得金額に対する法人税額（別表２－１「平成２５年１１月期」⑥欄）７万６９５０円前記金額は、前記アの所得税額（ただし、国税通則法１１８条１項の規定により１０００円未満のものを切り捨てた後のもの）に対し、法人税法６６条２項及び租税特別措置法（平成２７年法律第９号による改正前のもの）４２条の３の２第１項の各規定に基づき、年８００万円相当額以下の金額として税率１００分の１５を乗じて計算した金額である。
ウ 控除所得税額等（別表２－１「平成２５年１１月期」⑦欄）
２１４円
前記金額は、原告の平成２５年１１月期の法人税に係る確定申告書の「控除税額」欄に記載された金額である。
エ 納付すべき法人税額（別表２－１「平成２５年１１月期」⑧欄）
７万６７００円
前記金額は、前記イの金額から前記ウの金額を差し引いた金額（ただし、国税通則法１１９条１項の規定に基づき、１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
（３）以上のとおり、原告の平成２４年１１月期及び平成２５年１１月期の法人税に係る所得金額及び納付すべき法人税額並びに平成２４年１１月期の法人税に係る翌期へ繰り越すべき欠損金額は、本件各法人税更正処分における所得金額、納付すべき法人税額及び翌期へ繰り越すべき欠損金額（別表１－１の「更正処分」欄）と同額であるから、本件各法人税更正処分はいずれも適法である。
３ 本件賦課決定処分の根拠及び適法性
前記１のとおり、本件消費税等更正処分は適法であるところ、本件消費税等更正処分により新たに納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうち、本件各更正処分前における税額の計算の基礎とされなかったことについて、国税通則法６５条４項に規定する正当な理由はいずれも存在しない。
そのため、原告に課されるべき過少申告加算税の額は、①本件消費税等更正処分における納付すべき消費税等の額△１万７５８５円（別表３①欄）から、本件確定申告における消費税等の額△６６３万６９６２円を控除した金額６６１万円（ただし、国税通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に１００分の１０の割合を乗じて算出した金額６６万１０００円に、②同更正処分による納付すべき消費税等の合計額６６１万９３００円（別表３③欄）から５０万円を差し引いた後の金額６１１万円（ただし、国税通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てた後のもの。）に１００分の５の割合を乗じて算出した金額３０万５５００円（別表３⑨欄）を加算した金額９６万６５００円（別表３⑩）である。
したがって、本件消費税等更正処分に伴って原告に賦課されるべき過少申告加算税の額は、本件賦課決定処分により原告に賦課された過少申告加算税の額（別表１－２「更正処分等」欄）と同額であるから、本件賦課決定処分は適法である。
以上
別表１－１
課税の経緯（法人税）
【単位:円】
区分
項目
確定申告
更正処分
再調査の請求
再調査決定
審査請求
裁決
平成
年
月期
年月日
平成25年1月21日
平成28年9月28日
平成28年12月19日
平成29年5月23日
平成29年6月9日
平成30年3月27日
所得金額
△457,195
△457,118
全部取消し
棄却
全部取消し
棄却
法人税額
控除所得税額等
差引所得に対する
法人税額
翌期へ繰り越す
欠損金
457,195
457,118
平成
年
月期
年月日
平成25年12月19日
平成28年9月28日
平成28年12月19日
平成29年5月23日
平成29年6月9日
平成30年3月27日
所得金額
513,525
513,602
全部取消し
棄却
全部取消し
棄却
法人税額
76,950
76,950
控除所得税額等
差引所得に対する
法人税額
76,700
76,700
翌期へ繰り越す
欠損金
（注）△印は、欠損金額を示す。
別表１－２
課税の経緯（消費税等）
【単位:円】
区分
項目
確定申告
更正処分等
再調査の請求
再調査決定
審査請求
裁決
平成
年
月課税期間
年月日
平成25年1月21日
平成28年9月28日
平成28年12月19日
平成29年5月23日
平成29年6月9日
平成30年3月27日
消費税
課税標準額
22,000
22,000
全部取消し
棄却
全部取消し
棄却
消費税額
控除対象
仕入税額
5,310,450
14,948
差引税額
△5,309,570
△14,068
地方消費税
課税標準
となる
消費税額
△5,309,570
△14,068
譲渡割額
△1,327,392
△3,517
消費税等の
合計納付税額
△6,636,962
△17,585
過少申告加算税の額
－
966,500
（注）△印は、還付金の額に相当する税額を示す。
別紙２－１
各事業年度の法人税の所得金額及び納付すべき税額
【単位：円】
区分
項目
平成24年11月期
平成25年11月期
申告所得金額
①
△457,195
513,525
加算
雑収入の計上漏れ
②
―
繰越欠損金の損金算入額の過大額
③―
所得金額
（①＋②＋③）
④
△457,118
513,602
課税所得金額
（千円未満の端数切捨て）
⑤
513,000
法人税額
⑥
76,950
控除所得税額等
⑦
納付すべき法人税額（⑥－⑦）
（百円未満の端数切捨て）
⑧
76,700
翌期へ繰り越す欠損金
⑨
457,118
（注）「申告所得金額」欄及び「所得金額」欄の△印は、欠損金額を示す。
別紙２－２
平成24年11月課税期間の消費税等の合計税額
【単位：円】
区分
項目
平成24年11月課税期間
課税資産の譲渡等の対価の額
①
22,633
非課税売上額
②
資産の譲渡等の対価の額（①＋②）
③
22,633
課税標準額
（千円未満切捨て）
④
22,000
課税標準に対する消費税額
（④×4/100）
⑤
課税仕入れに係る支払対価の額
（更正処分前・税込金額）
⑥
139,399,321
減算
本件建物の取得に係る課税仕入れに係る
支払対価の額（税込金額）
⑦
139,006,926
差引課税仕入れに係る支払対価の額（⑥－⑦）
⑧
392,395
課税仕入れに係る消費税額
（⑧×4/105）
⑨
14,948
控除対象仕入税額
⑩
14,948
納付すべき消費税額（⑤－⑩）
⑪
△14,068
納付すべき譲渡割額（⑪×25/100）
⑫
△3,517
納付すべき消費税等の合計税額
（⑪＋⑫）
⑬
△17,585
（注）△印は、還付金の額に相当する税額を示す。
別表３
本件賦課決定処分に係る加算税の金額
【単位:円】
区分
項目
平成24年11月課税期間
納付すべき消費税等の額（別表２－２⑬欄）
①
△17,585
確定申告における消費税等の額
②
△6,636,962
差引納付すべき税額（①－②）
（100円未満切捨て）
③
6,619,300
③のうち、過少申告加算税の基礎となる税額
（①－②）（１万円未満切捨て）
④
6,610,000
③のうち、通則法65条２項の規定による
加算税の基礎となる税額（③－500,000円）
（１万円未満切捨て）
⑤
6,110,000
④に対する過少申告加算税の場合
⑥
１０％
⑤に対する過少申告加算税の場合
⑦
５％
過少申告加算税の額（通常分）
（④×⑥）
⑧
661,000
過少申告加算税の額（加重分）
（⑤×⑦）
⑨
305,500
過少申告加算税の額（⑧＋⑨）
⑩
966,500
（注）△印は、還付金の額に相当する税額を示す。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2020/pdf/13393.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。