税務訴訟資料第２７０号－７６（順号１３４３６）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号更正しないとの通知処分取消請求事件
国側当事者・国（函館税務署長）
令和２年８月６日棄却・控訴
判決
原告株式会社Ａ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士渥美陽子
同松永成高
同宮西啓介
同訴訟復代理人弁護士宮本祥平
被告国
同代表者法務大臣三好雅子
処分行政庁函館税務署長
永杉茂巳
同指定代理人別紙１指定代理人目録のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
処分行政庁が平成２８年１１月１６日付けで原告に対してした、平成２５年３月１日から平成２６年２月２８日までの事業年度における法人税及び平成２５年３月１日から平成２６年２月２８日までの課税事業年度における復興特別法人税に係る各更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、原告が、その所有する土地に送電線路の架設等を目的とする地役権を設定し、その対価として補償金を受領したところ、上記土地が租税特別措置法（平成２７年法律第９号による改正前のもの）６４条１項の資産に該当することにより、上記補償金が同法６５条の２による所得の特別控除の対象となり、平成２５年３月１日から平成２６年２月２８日までの事業年度（以下「平成２６年２月期」という。）の所得の金額の計算上損金の額への算入がされるべきであったのに、これがされていなかったとして、処分行政庁に対し、平成２６年２月期における法人税及び平成２５年３月１日から平成２６年２月２８日までの課税事業年度（以下「平成２６年２月期課税事業年度」という。）における復興特別法人税に係る更正の請求をしたのに対し、処分行政庁がそれぞれ更正をすべき理由がない旨の通知処分をしたことから、上記各通知処分の取消しを求める事案である。
１ 関係法令等の定め
関係法令等の定めは、別紙２－１から２－５までに記載のとおりである（なお、これらの別紙において定義した略称等は、以下の本文においても同様に用いるものとする。）。
２ 前提事実（証拠等を掲げていない事実は当事者間に争いがない。）
（１）原告は、不動産の売買、賃貸、管理及びその仲介等の事業を目的とする法人である（乙３）。
（２）原告は、平成２５年２月１２日、担保不動産競売により、落札価格３９１６万円で（乙１０[２枚目]）、別表１記載の川崎市麻生区●●Ｂ、Ｃ及びＤの各土地（以下、同区●●所在の各土地につき、地番を用いて「Ｂの土地」などという。）を取得した。
原告は、同年６月１４日付けで、Ｂの土地にＣ及びＤの各土地を合筆するとともに、同日付けで、合筆後のＢの土地を別表２記載のＢ、Ｅ及びＦの各土地に分筆した（甲２。以下、特に断りのない限り、上記合筆前のＢ、Ｃ及びＤの各土地を併せた土地についても、上記分筆後のＢ、Ｅ及びＦの各土地を併せた土地についても、いずれも「本件Ｇ土地」といい、このうちＥの土地を「本件土地」という。）。
（３）地役権設定契約の経緯、内容等
ア 原告は、Ｈ株式会社（平成２８年４月１日に「Ｉ株式会社」と商号変更。以下「Ｉ」という。）との間で、平成２５年６月●日、本件土地を承役地、横浜市港北区の土地を要役地とし、Ｉが本件土地に送電線路を架設すること等を目的とする地役権設定契約（以下「本件地役権設定契約」という。）を締結した（甲１）。
本件地役権設定契約に係る契約書には、①Ｉは、現況における地役権設定の補償として、原告に２０００万円を支払うこと（４条１項）、②原告は、地役権設定登記以降に本件土地全体を宅地造成することとし、原告が都市計画法２９条所定の開発許可を受けた場合、Ｉは、開発許可書を確認後、追加補償として４２００万円を原告に支払うこと（４条２項）などを内容とする条項があり（甲１）、原告は、その頃、Ｉから、上記①に係る２０００万円の補償金（以下「本件補償金」という。）の支払を受けた。
イ 本件地役権設定契約に係る契約書には、原告の依頼によりＪ株式会社（以下「Ｊ」という。）が作成した本件Ｇ土地を宅地造成した場合の図面（以下「本件Ｊ図面」という。）が添付されていた（甲１〔４枚目〕、乙４〔３枚目〕、原告代表者〔１６、１７頁〕）。
（４）本件Ｇ土地の売却までの経緯等
ア 原告は、平成２５年９月２日付けで、Ｊとの間で、原告がＪに本件Ｇ土地における土地の開発・宅地造成工事に関する設計及び設計監理業務を委託する旨の開発行為・宅地造成設計業務等委託契約（以下「本件委託契約」という。）を締結した（乙５〔７～９枚目〕）。
本件委託契約においては、原告がＪに対して報酬として契約時に１６８万円、開発許可取得時に２３１万円、検査済証取得時に１０５万円を支払うことが合意され、原告は、同月３日、Ｊに対し、上記１６８万円を支払った（甲２２、２３、乙５〔７枚目〕、９〔５枚目〕、弁論の全趣旨）。
イ 原告は、株式会社Ｋ（以下「Ｋ」という。）から仲介の依頼を受けた株式会社Ｌ（以下「Ｌ」という。）の申出を受け、平成２５年９月２７日付けで、Ｋとの間で、本件Ｇ土地を総額８１６８万円で売り渡す旨の売買契約（以下「本件売買契約」という。）を締結し、本件地役権設定契約及び本件委託契約における原告の地位は、Ｋに承継された（乙５〔１０枚目〕、６〔２～１１枚目〕）。
（５）本件Ｇ土地の取得及び売却に係る経理処理等について
ア 原告は、本件Ｇ土地について、担保不動産競売により取得してからＫに売却するまでの間、総勘定元帳の販売土地勘定に計上し、また、本件Ｇ土地に係る草刈り伐採の費用、地質コンサルタント料、Ｊに支払った前記（４）アの本件委託契約に係る報酬１６８万円、Ｌに支払った本件売買契約に係る仲介料等も、総勘定元帳の販売土地勘定に計上していた（乙８〔２枚目〕、９〔２～６枚目〕）。
原告は、本件売買契約により本件Ｇ土地をＫに売却したことに伴い、平成２６年１月３１日付けで、本件Ｇ土地及び上記費用等について、総勘定元帳の販売土地勘定から土地原価勘定に振り替える処理をした（乙９〔６枚目〕）。
イ 原告は、平成２５年９月２７日付けで本件売買契約に係る本件Ｇ土地の売却代金を、平成２６年２月２８日付けで本件地役権設定契約に係る前記（３）ア①の補償金（本件補償金）を、それぞれ総勘定元帳の土地売上勘定に計上した（乙９〔９、１０枚目〕）。
ウ 原告は、本件Ｇ土地について、担保不動産競売により取得してからＫに対して売却するまでの間（平成２４年３月１日から平成２５年２月２８日までの事業年度に係る決算期末を含む。）、固定資産へ振り替える経理処理を行うことはなかった（乙８〔２～５枚目〕、９〔２～６枚目〕、１１、１２）。
（６）本件訴えに至る経緯等
ア 原告は、平成２６年２月期の法人税確定申告書（以下「本件申告書」という。）及び平成２６年２月期課税事業年度の復興特別法人税の確定申告書に別表３の「確定申告」欄のとおり記載して、いずれも法定申告期限前の平成２６年４月３０日に各申告をした（甲４）。
なお、本件申告書には、措置法６５条の２第４項所定の損金算入に関する申告の記載はなく、同項所定の添付書類も添付されていなかった（甲４）。
イ 原告は、平成２８年１月２９日、処分行政庁に対し、措置法６５条の２に規定する収用換地等の場合の所得の特別控除（以下「本件特別控除」という。）の適用漏れがあるとして、平成２６年２月期の法人税及び平成２６年２月期課税事業年度の復興特別法人税につき、それぞれ別表３の「更正の請求」欄のとおりとすべき旨の更正の請求（以下、併せて「本件各更正請求」という。）を行った（乙１、２）。
原告は、上記法人税の更正の請求に係る請求書には、措置法６５条の２第４項所定の添付書類である、収用換地等及び特定事業の用地買収等の場合の所得の特別控除等に関する明細書、並びにＩ発行の公共事業用資産の買取り等の申出証明書、公共事業用資産の買取り等の証明書及び収用証明書（以下、Ｉ発行の上記３通の書類を併せて「本件証明書類」という。）を添付していた（乙１〔３、４、６枚目〕）。
ウ 処分行政庁は、平成２８年１１月１６日付けで、原告に対し、本件各更正請求に対して更正すべき理由がない旨の各通知処分（以下「本件各通知処分」という。）をした（甲５の１・２）。
エ 原告は、平成２９年２月１０日、処分行政庁に対し、本件各通知処分を不服として再調査の請求をしたところ、処分行政庁は、同年４月２４日付けで、上記再調査の請求をいずれも棄却する旨の決定をした（甲７）。
オ 原告は、平成２９年５月２３日、国税不服審判所長に対し、本件各通知処分を不服として審査請求をしたところ、国税不服審判所長は、平成２９年１２月６日付けで、上記審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした（甲８の１、９）。
カ 原告は、平成３０年６月１日、本件訴えを提起した（顕著な事実）。
３ 争点
（１）本件土地が本件特別控除の適用の対象となる資産に該当するか否か
（２）本件申告書に措置法６５条の２第４項所定の損金算入に関する申告の記載をしなかったこと及び添付書類を添付しなかったことにつき、同条５項の「やむを得ない事情」があるか否か
４ 争点（１）（本件土地が本件特別控除の適用の対象となる資産に該当するか否か）に関する当事者の主張
（原告の主張）
（１）立証責任について
措置法６４条１項の文言上、「法人〔中略〕の有する資産（棚卸資産を除く。〔以下略〕）」とされていることからすれば、法人の有する資産に該当することが、本件特別控除の適用を受けるという法的効果を発生させる事実であり、棚卸資産（法人税法２条２０号に規定する棚卸資産をいう（措置法２条２項２３号）。以下同じ。）に該当することは、上記法的効果の発生を妨げる事実とみるのが相当である。そうすると、更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分の取消訴訟においては、納税者において確定申告書の記載が真実と異なることについての立証責任を負うものであるが、本件特別控除の適用を求める納税者は、収用等により資産を譲渡したことにつき立証責任を負うとしても、当該資産が棚卸資産に該当しないことについてまで立証責任を負うものではない。したがって、本件において、原告は、平成２６年２月期の所得金額が、真実は本件申告書記載の金額ではなく、同金額から本件補償金２０００万円を控除し、本件地役権の価額を加えた金額であることを立証すれば足りるのであり、本件土地が棚卸資産に該当しないことの立証責任まで負うものではない。本件土地が棚卸資産に該当することについては、被告である国が立証責任を負うものである。
（２）本件土地が棚卸資産に該当せず、本件特別控除の適用の対象となる資産に該当することア（ア）原告は、本件土地を含む本件Ｇ土地について、駐車場として使用した場合の図面を作成したり、５、６社の事業者との間で、本件Ｇ土地上に原告が老人ホームを建設するので、これを賃借して運用してもらえないかについて交渉をしたりするなど、駐車場や老人ホームの敷地として利用することを検討していた。また、原告は、平成２５年５、６月頃にＬから本件Ｇ土地の買取りを打診された際、その申出を断っており、Ｌの代表者は、原告には本件Ｇ土地を売却する意向は見受けられなかった旨供述している。
以上によれば、原告が、本件地役権設定契約を締結した当時、本件土地を含む本件Ｇ土地を宅地として造成する意思を有していなかったことは明らかである。
仮に、原告が、本件地役権設定契約を締結した時点において、本件土地を含む本件Ｇ土地を宅地造成して第三者に販売するつもりであれば、駐車場として利用した場合の図面等を作成したり、老人ホームとして運用するための営業活動を行ったりしたはずはないし、Ｊとの間の本件委託契約の内容も、宅地造成工事に関する設計及び設計監理業務の委託ではなく、宅地造成工事の委託となっていたはずである。
（イ）Ｉは、後記５（原告の主張）（１）のとおり、平成２６年２月以降本件証明書類の交付を拒み続けていたものの、最終的に平成２７年１２月９日に本件証明書類を発行しており、これは、Ｉが、約２年間の熟考の末、本件土地が棚卸資産に該当しない旨判断したことを示すものである。
（ウ）原告の再調査請求に対する棄却決定の段階までは、本件土地の棚卸資産該当性は問題とされていなかったことからみても、課税庁は、本件土地が棚卸資産に該当しないことを前提としていたのであり、少なくとも、棚卸資産に該当することについて疑義を持っていたといえる。
イ 被告が指摘する事情等について
（ア）原告は、平成２５年９月に本件Ｇ土地をＫに売却しているが、同年５、６月頃に買取りを打診された際にはこれを断っているのであり、その後売却を決めたのは、取得価格の２倍以上という破格の代金額の提示を受けたからである。したがって、原告が本件Ｇ土地を売却したことは、本件地役権設定契約を締結した時点において原告が本件Ｇ土地を自ら運用する予定であったことと何ら矛盾するものではない。
（イ）本件地役権設定契約に係る契約書に本件土地を宅地造成した場合の図面（本件Ｊ図面）が添付されていたのは、Ｉの担当者である乙（以下「乙」という。）から、宅地造成をすることにしてくれれば原告に補償金を多く支払うことができるなどと言われていたからにすぎず、原告が本件土地を含む本件Ｇ土地を宅地造成し、第三者に販売する意思を有していたわけではない。
（ウ）原告は、極めて多数の競売入札を行っており、入札の際に取得目的を１件ずつ定めているわけではなく、競落後に不動産の保有目的を定めていた。原告は、競売によって取得した全ての不動産を機械的に販売用の台帳に振り分けているにすぎず、本件Ｇ土地に係るこのような振り分けが実態に沿ったものではないことは明らかである。
（エ）原告は、本件委託契約において、設計及び設計監理業務の対価としてＪに総額５０４万円を支払うことを予定していたが、これは、宅地造成の開発許可が得られた場合には、上記金額を遥かに上回る４２００万円もの追加補償金がＩから交付される予定であったからである。原告には、実際に宅地造成を行う予定がなかったとしても、５０４万円をＪに支払い、宅地造成の開発許可を取得する十分な動機が存在したのであるから、Ｊとの間で本件委託契約を締結したことは、原告が、本件土地を含む本件Ｇ土地を宅地造成し、第三者に販売する意思を有していたことを示すものではない。
ウ 以上のとおり、原告は、本件土地を含む本件Ｇ土地を自ら運用する目的で保有していたものであるから、本件土地は、措置法６４条１項にいう棚卸資産に該当しない。したがって、本件土地は、本件特別控除適用の対象となる資産に該当するから、本件地役権の設定及び本件補償金の受領については本件特別控除が適用され、本件地役権設定契約に係る地役権の設定により原告が取得した対価（本件補償金２０００万円）と上記地役権の価額（１２万５０００円）との差額として生じた所得１９８７万５０００円は、その全額が平成２６年２月期の損金の額に算入され、所得から控除されるべきものである。
エ なお、被告は、本件地役権設定契約が締結された時点において土地の利用目的が未確定であったとしても販売目的で所有していたことが否定されるものではないなどと主張するが、前記（１）のとおり、棚卸資産該当性についての立証責任は被告にあるから、被告は、原告が確定的に本件土地を販売する目的を有していたか、少なくとも本件土地を自ら利用する目的を有していなかったことを立証しなければ、本件特別控除の適用を否定することはできないというべきである。仮定的、抽象的な販売の意向の存在をもって棚卸資産該当性を認めるとすれば、措置法の規定があるにもかかわらず、本件特別控除が適用される場合はほとんど想定することができなくなり、上記規定を制定した趣旨が没却されることになりかねない。
（被告の主張）
（１）立証責任について
ア 措置法６５条の２第１項、６４条１項によれば、法人の有する資産であっても、当該資産が棚卸資産に該当する場合には、本件特別控除は適用されないこととなる。そして、更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分の取消訴訟は、申告により確定した税額等を納税者に有利に変更することを求めるものであるから、納税者において、確定申告書の記載が真実と異なる旨の立証責任を負う。本件においては、原告が、「更正をすべき理由」として本件土地が措置法６４条１項の「資産」に該当し、本件特別控除の適用がある旨主張し、これによって税額を有利に変更することを求めているのであるから、本件土地が棚卸資産に該当するか否かについては、原告に立証責任がある。
イ また、措置法６４条及び６５条の２が法人税法に対する特別規定であることに照らしても、当該規定の要件に係る立証責任は、その適用を求める原告が負うべきものといえる。
すなわち、内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とされ（法人税法２２条１項）、当該益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡等に係る当該事業年度の収益の額とするとされている（同条２項）ところ、措置法６４条等の規定は、資産の収用のような強制的な譲渡に伴い生じた益金の額に課税することは、その譲渡が法人の自由な意思に反するものであることや、その課税により企業経営維持のための再投資を阻害する結果となることなどから適当でないとする趣旨により、その譲渡益について課税の特別措置を講じたものであり、同法６５条の２も、当該課税の特別措置として、一定の要件に該当する場合に５０００万円を上限として所得の金額の計算上損金の額に算入するとする本件特別控除の制度を規定したものである。このように、措置法６４条及び６５条の２は、法人税法の一般原則に対し、特に恩恵的、政策的に租税を減免しているものであることから、法人税法に対する特別規定であり、その立法趣旨からしても、特別控除を受ける側である原告が立証責任を負うと解すべきである。
（２）本件土地が棚卸資産に該当し、本件特別控除の適用の対象となる資産に該当しないこと
ア 原告は、不動産の売買等を事業の一部とする不動産業者であり、Ｉに対し、本件Ｇ土地を戸建の宅地として開発した場合の図面である本件Ｊ図面を示し、原告が開発許可を受けた場合には追加補償が受けられる旨の本件地役権設定契約を締結していたのであるから、本件地役権設定契約を締結した時点において、本件Ｇ土地を戸建の宅地として開発することを前提としていたことは明らかである。
また、原告は、Ｌからの仲介を受けて、短期間のうちにＫに本件Ｇ土地を売却している上、本件Ｇ土地について、取得してから上記売却までの間、自ら使用したこともなく、第三者に貸し付けたこともない。
加えて、原告は、本件Ｇ土地の取得費用や、本件Ｇ土地の開発行為・宅地造成設計業務等委託契約に係る費用等を販売土地勘定に計上するなどしており、本件Ｇ土地を取得してから売却するまでの間、一貫して販売用の土地として認識し、経理処理を行っていたものというべきである。
以上によれば、原告は、本件地役権設定契約を締結した時点において、本件土地を含む本件Ｇ土地を、販売する目的をもって所有していたものと認められる。
イ なお、原告代表者の供述を前提にしても、原告代表者は、Ｌから問い合わせがあった平成２５年５月頃の時点で、本件売買契約と同等の売却金額の提示があれば、本件Ｇ土地を売却した可能性があったのであるから、本件地役権設定契約を締結した時点においても、同様に、条件次第では本件土地を含む本件Ｇ土地の売却を考えていたものといえる。
仮に、本件地役権設定契約を締結した時点で、原告において本件Ｇ土地を駐車場等として賃貸する可能性があるなど、その利用目的が未確定であったとしても、原告がこれを販売目的で所有していたことが否定されるものではない。前記（１）イのとおり、本件特別控除は、資産の収用のような強制的な譲渡に伴い生じた益金の額に課税することは適当でないとする趣旨により、その譲渡益について課税の特別措置を講じたものであるところ、上記のとおり、販売用の資産につき利益を上げるための方法を模索している段階で賃貸の可能性も視野に入れていたというのみでは、本件特別控除を適用する基礎を欠くものというべきである。
ウ 以上によれば、本件Ｇ土地の一部である本件土地は、本件地役権設定契約が締結された時点において、原告の棚卸資産に該当していたというべきである。
（３）したがって、本件土地は、本件特別控除の適用の対象となる資産に該当しないから、本件各通知処分は適法である。
５ 争点（２）（本件申告書に措置法６５条の２第４項所定の損金算入に関する申告の記載をしなかったこと及び添付書類を添付しなかったことにつき、同条５項の「やむを得ない事情」があるか否か）に関する当事者の主張
（原告の主張）
（１）原告代表者は、Ｉから平成２６年２月に本件補償金に関する支払調書のみが送られてきたことから、乙に対し、本件特別控除の適用を受けるため、本件証明書類を送付するよう連絡した。ところが、Ｉからは再び支払調書のみが送付されたため、原告代表者は、乙に対し、同月から同年４月にかけて、何度も本件証明書類の送付を求めた。しかしながら、Ｉは、本件補償金は本件特別控除の適用対象にはならないとして本件証明書類を送付しなかったことから、原告は、やむなく、措置法６５条の２第４項所定の損金算入に関する申告の記載をせず、また同項所定の添付書類を添付せずに、本件申告書を提出したものである。なお、その後、原告が弁護士を通じて送付を求めたところ、Ｉは、平成２７年１２月９日頃、ようやく本件証明書類を送付した。
このように、原告が本件申告書に措置法６５条の２第４項所定の添付書類を添付することができなかったのは、再三本件証明書類の送付を求めたにもかかわらず、Ｉが合理的な理由なく応じなかったためであるから、上記添付書類の添付を欠いたことについて、原告の責めに帰すべき事情はない。
（２）原告が本件申告書に措置法６５条の２第４項所定の損金算入に関する申告の記載を行わなかったのは、同項所定の添付書類を添付しないまま本件特別控除の適用があることを前提とした申告を行えば、増額更正処分を受けることが想定され、また、延滞税や過少申告加算税を課されたり、滞納処分を受けたり、犯則事件として立件されたりするなどの重大な不利益を被るおそれもあったためであるから、上記記載を行わなかったことについて、原告の責めに帰すべき事情はない。
（３）以上によれば、本件申告書に措置法６５条の２第４項所定の損金算入に関する申告の記載をしなかったこと及び添付書類を添付しなかったことについては、同条５項の「やむを得ない事情」があるというべきである。
（被告の主張）
（１）措置法６５条の２第５項にいう「やむを得ない事情」とは、自然的災害、人為的災害、交通途絶等の客観的に見て本人の責めに帰すことのできない事情をいうものと解され、個人的な事情はこれに該当しないものというべきである。
（２）ア原告が、Ｉとの間で、本件Ｇ土地を戸建の宅地として開発した場合の図面（本件Ｊ図面）を示し、原告が開発許可を受けた場合には追加補償が受けられる旨の本件地役権設定契約を締結したこと等からすれば、Ｉにおいて、本件土地を原告の棚卸資産と判断して本件証明書類の交付を行わなかったとしても、それは原告の上記のような行動によるものであって、そのこと自体が客観的に見て原告の責めに帰すことのできない事情に当たるということはできない。
加えて、Ｉを分社化して設立されたＭ株式会社（以下「Ｍ」という。）に勤務する丙の供述によれば、原告は、平成２５年６月●日付けで本件地役権設定契約を締結してから、平成２６年２月期の法人税に係る確定申告書の法定申告期限後である平成２６年６月２４日までの約１年間、Ｉに対して本件証明書類の発行を依頼していなかったことになる。そうすると、原告が上記確定申告書の提出期限前に本件特別控除の適用を受けるために必要となる本件証明書類の交付を受けるべく何らかの行動をしていたとは認められず、このことからしても、Ｉが本件証明書類の交付を行わなかったことが、客観的に見て原告の責めに帰すことのできない事情に当たるとはいえない。
原告は、平成２６年２月に本件証明書類を発行するよう依頼したのに、支払調書が届いた旨主張し、その証拠として甲●●号証を提出する。しかしながら、上記書証は支払調書の原本の写しですらなく、また、手書きの「Ｈ２６．２頃着」「Ｈ２６．１０月頃２回目着」との記載も、誰が記載したのか、何の書類を指すのか、本当に受領時期を示すものなのか、判然としない。加えて、Ｍの戊は、原告との契約に関する記録表に支払調書を発送又は交付した履歴等がないことから、原告に支払調書の発送、交付はしていないものと考えられる旨述べている。したがって、上記書証には証拠としての信用性がない。
イ 原告は、更正処分等がされることを想定した上で、自らの意思で本件申告書に措置法６５条の２第４項所定の損金算入に関する申告の記載をしなかったのであり、上記記載がないことは原告の主観的又は個人的事情によるものであるから、原告の責めに帰すことのできない事情には該当しない。
（３）以上によれば、仮に本件土地が本件特別控除の適用の対象となる資産に該当するとしても、原告が本件申告書に措置法６５条の２第４項所定の損金算入に関する申告の記載をしなかったこと及び添付書類を添付しなかったことについて、「やむを得ない事情」があるとはいえない。
したがって、いずれにしても本件各通知処分は適法である。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点（１）（本件土地が本件特別控除の適用の対象となる資産に該当するか否か）について（１）立証責任等について
措置法６５条の２第１項の定める収用換地等の場合の所得の特別控除（本件特別控除）は、対象となる資産が棚卸資産に当たる場合には適用されないところ（措置法６５条の２第１項、６４条１項）、法人税法２条２０号、法人税法施行令１０条１号は、「商品」を棚卸資産の一つとして規定している。そして、不動産の売買等を業とする法人が販売の目的をもって所有する土地は、当該法人にとって商品の性質を有するものであるから、棚卸資産に該当するというべきであり、他方、当該法人が自身で使用したり第三者に賃貸したりする目的を持って所有している土地は、棚卸資産には該当しないというべきである。そして、資産の収用のような強制的な方法で行われる譲渡によって法人が補償金等を得た場合、これに課税することは、その譲渡が当該法人の自由な意思によらないものであることや、その課税により企業を経営し、維持するための再投資を阻害する結果となること等により適当でないところ、本件特別控除は、このような場合に、法人税法の一般原則に対する特例として、政策的に租税の減免措置を講じるものであることからすると、本件特別控除の適用要件については、その適用を受けようとする納税者において、これを充足していることにつき立証責任を負うものと解するのが相当である。したがって、本件特別控除の適用を受けようとする法人は、その有する資産が本件特別控除の適用対象となる資産であることについて、当該資産が措置法６４条１項にいう棚卸資産に該当しないことも含めて、立証責任を負うものと解される。
原告は、措置法６４条１項が「資産（棚卸資産を除く。〔以下略〕）と定めていることを根拠に、被告において棚卸資産に該当することを立証すべきである旨主張するが、上記の本件特別控除の趣旨に照らしても、措置法が「棚卸資産を除く。」という文言によって、立証責任の分配についての特段の定めを設けたものとは解されないから、原告の主張を採用することはできない。
（２）そこで、以下、本件土地が棚卸資産に該当しないかについて検討する。
ア 原告は、本件土地を含む本件Ｇ土地上に老人ホームを建設し、事業者に賃貸してこれを運営してもらう形で本件土地を利用すること、あるいは駐車場として本件土地を利用することを検討していた旨主張するところ、原告代表者は本人尋問等において同趣旨の供述をするほか、同趣旨を述べる原告社員作成の陳述書（甲２０）が存在する。そして、原告は、株式会社Ｎに本件Ｇ土地を測量させた上、駐車場として利用した場合の図面を作成させたり、「Ｇ駐車場プロジェクト」と題する書面を作成し、本件土地を駐車場として利用する場合の試算を行ったりしていたことが認められる（甲１０、乙１０〔４、２１枚目〕、原告代表者〔６、７頁〕）。
しかしながら、本件Ｇ土地を駐車場として利用する旨の計画については、株式会社Ｎによる上記測量が行われたのは平成２５年２月、駐車場として利用した場合の図面が作成されたのは同年３月であり（甲１０〔３枚目〕）、いずれも本件地役権設定契約の締結前の時点のものであるところ、上記計画が同月以降も引き続き原告において検討されていたことを示す客観的証拠はないことからすると、本件地役権設定契約が締結された時点において、上記計画がなお維持されていたものとは直ちには認められない。
また、老人ホームの敷地として利用する計画に関しては、原告において計画が検討されていた時期が不明である上、計画がされていたことをうかがわせる客観的証拠もないことからすると、本件地役権設定契約が締結された時点において、そのような計画が検討されていたとは直ちには認められない。
イ かえって、原告は、不動産の売買を事業の目的の一つとしているところ（前記前提事実（１））、平成２５年３月頃にＪに対して本件Ｇ土地の開発計画の話を持ち込み（乙５〔３枚目〕）、本件地役権設定契約の締結前に本件Ｇ土地を宅地として造成した場合の図面（本件Ｊ図面）を作成させた上で、Ｉとの間で、原告が地役権設定登記以降に本件土地全体を宅地造成することとし、都市計画法２９条の開発許可を受けた場合にはＩが原告に追加補償として４２００万円を支払うことを内容とする条項のある本件地役権設定契約に係る契約書を作成し、これに本件Ｊ図面を添付している（前記前提事実（３）ア、イ）。
また、本件地役権設定契約締結後の状況をみても、原告は、平成２５年９月２日にＪとの間で本件委託契約を締結し、Ｊに対し、①本件Ｇ土地の宅地開発に関する提案を行うこと、②設計図面を作成して開発許可の申請書類を作成し、役所への許可申請の代行をすること、③開発行為を行った後に役所からの検査確認を受ける際に必要な書類を作成すること等の業務を委託し（前記前提事実（４）ア、乙５〔３枚目〕）、Ｊに対しその報酬の一部として１６８万円を支払っている（前記前提事実（４）ア）。加えて、原告は、Ｌからの仲介を受け、同月２７日に、Ｋとの間で本件売買契約を締結し、本件土地を含む本件Ｇ土地を売却している（前記前提事実（４）イ）。
以上のような本件地役権設定契約に係る契約書の内容及び体裁、契約締結前後の状況に加え、原告が、本件Ｇ土地を取得してから本件売買契約によりＫに売却するまでの間、本件Ｇ土地を自ら使用したり第三者に貸し付けたりしたことはなかったこと（弁論の全趣旨）、この間、一貫して本件Ｇ土地が販売用の土地であることを前提とした経理処理を行ってきたこと（前記前提事実（５））を考慮すると、少なくとも本件地役権設定契約を締結した時点では、原告は、宅地造成するなどして第三者に販売する目的で本件Ｇ土地を所有していたものとみるのが自然である。
ウ（ア）これに対し、原告は、本件Ｇ土地を宅地造成する意思を有していなかったが、Ｉの担当者である乙から補償金を多く支払うためのものであると言われたために、本件地役権設定契約に係る契約書に本件Ｊ図面が添付され、本件土地を宅地造成することを前提とした条項が置かれた旨主張する。そして、原告代表者も、乙から、追加補償を支払うためには開発許可さえ取得すればよく、開発をすることまでは必要はないと聞かされており、実際に原告は開発するつもりもなく、そもそも本件Ｇ土地の造成工事には多額の費用を要することから、戸建の土地として開発することは無理であると考えていた旨供述する（原告代表者〔７頁〕）。
しかしながら、原告において本件Ｇ土地を宅地として造成し、販売することを想定していないにもかかわらず、本件地役権設定契約に係る契約書に宅地造成した場合の追加補償として４２００万円の支払を約する条項を設けることは不自然といわざるを得ず、同条項が設けられた経緯に関する原告代表者の上記供述の内容を裏付ける証拠もない。また、Ｋの従業員が、函館税務署の調査の際に、本件Ｇ土地について、眺望が良く駅も近くにあることから傾斜を利用してうまく開発すれば必ず人気の物件になると考えていた旨供述していること（乙６〔２枚目〕）、Ｊの代表者も、本件Ｇ土地は傾斜地であり、有効利用の観点から戸建の宅地造成が最も適していると判断し、そのように原告に提案した旨供述していること（乙５〔５、６枚目〕）に照らすと、本件Ｇ土地を宅地造成して販売することが経営判断としておよそ不合理なものであったとは考え難い。そうすると、原告代表者の上記供述を直ちに採用することはできず、他に原告の上記主張を認めるに足りる証拠はない。
（イ）原告は、平成２５年５、６月頃にＬから本件Ｇ土地の買取りを打診された際に申出を断っているとも主張するところ、確かに、同月頃、Ｌからの打診に対し、原告が今のところ本件Ｇ土地を売るつもりはない旨回答した事実が認められる（乙７〔４枚目〕）。
しかしながら、上記申出があった際には買取り金額の提示がなかったこと（原告代表者〔１９頁〕）、後に原告が各種条件面での交渉を経て上記回答の僅か３、４か月後に本件Ｇ土地の売却を決定したこと（乙７〔４枚目〕）などからみても、原告が上記回答をしたという事実のみをもって、原告が本件土地を販売の目的をもって所有していたことを否定するのは相当でない。
エ 以上によれば、本件地役権設定契約を締結した時点において、原告は、本件土地を含む本件Ｇ土地を販売の目的をもって所有していたとみるのが自然であり、少なくとも自身で使用したり第三者に賃貸したりする目的をもって所有していたとは認められないというべきである。したがって、本件土地について、措置法６４条１項の棚卸資産に該当しないものということはできない。
なお、原告は、Ｉが本件証明書類を発行したことからみても、本件土地は棚卸資産に該当しない旨主張するものの、以上に説示したことに加えて、Ｍの戊が、札幌国税局の質問に対し、棚卸資産該当性についての判断を税務署に任せるしかないと判断して本件証明書類を発行した旨供述していること（乙２０〔４、５枚目〕）に照らすと、本件証明書類が発行された事実は、上記認定を左右するものではない。
（３）したがって、本件土地は、本件特別控除の適用の対象となる資産に該当しない。
２ 結論
以上によれば、争点（２）について判断するまでもなく、本件各通知処分は適法である。よって、原告の請求はいずれも理由がないから、これらを棄却することとして、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官森英明
裁判官三貫納有子
裁判官鈴鹿祥吾
（別紙１）
指定代理人目録
松本亮一、角木渉、佐藤隆樹、大堀修一、捧浩之、西山智、石澤守、坂田祐輔
以上
（別紙２－１）
〇租税特別措置法（平成２７年法律第９号による改正前のもの。以下「措置法」という。）（用語の意義）
第二条〔１項略〕
２ 第三章において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。二十三棚卸資産法人税法第二条第二十号に規定する棚卸資産をいう。
３～４略
（収用等に伴い代替資産を取得した場合の課税の特例）
第六十四条法人（〔括弧内略〕）の有する資産（棚卸資産を除く。以下この条、次条、第六十五条第三項及び第六十五条の二において同じ。）で次の各号に規定するものが当該各号に掲げる場合に該当することとなつた場合（第六十五条第一項の規定に該当する場合を除く。）において、当該法人が当該各号に規定する補償金、対価又は清算金の額（当該資産の譲渡（〔括弧内略〕）に要した経費がある場合には、当該補償金、対価又は清算金の額のうちから支出したものとして政令で定める金額を控除した金額。以下この条及び次条において同じ。）の全部又は一部に相当する金額をもつて当該各号に規定する収用、買取り、換地処分、権利変換、買収又は消滅（以下この款において「収用等」という。）のあつた日を含む事業年度において当該収用等により譲渡した資産と同種の資産その他のこれに代わるべき資産として政令で定めるもの（以下第六十五条までにおいて「代替資産」という。）の取得（〔括弧内略〕）をし、当該代替資産につき、その取得価額（〔括弧内略〕）に、補償金、対価若しくは清算金の額から当該譲渡した資産の譲渡直前の帳簿価額を控除した残額の当該補償金、対価若しくは清算金の額に対する割合（〔括弧内略〕）を乗じて計算した金額（以下この項及び第八項において「圧縮限度額」という。）の範囲内でその帳簿価額を損金経理により減額し、又はその帳簿価額を減額することに代えてその圧縮限度額以下の金額を当該事業年度の確定した決算において積立金として積み立てる方法（〔括弧内略〕）により経理したときは、その減額し、又は経理した金額に相当する金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
一資産が土地収用法等（第三十三条第一項第一号に規定する土地収用法等をいう。以下この条及び第六十五条において同じ。）の規定に基づいて収用され、補償金を取得する場合（政令で定める場合に該当する場合を除く。）
二資産について買取りの申出を拒むときは土地収用法等の規定に基づいて収用されることとなる場合において、当該資産が買い取られ、対価を取得するとき（政令で定める場合に該当する場合を除く。）
三～八略
２ 法人の有する資産が次の各号に掲げる場合に該当することとなつた場合には、前項の規定の適用については、第一号の場合にあつては同号に規定する土地等、第二号の場合にあつては同号に規定する土地の上にある資産（〔括弧内略〕）について、収用等による譲渡があつたものとみなす。この場合においては、第一号又は第二号に規定する補償金又は対価の額をもつて、同項に規定する補償金、対価又は清算金の額とみなす。
一土地等が土地収用法等の規定に基づいて使用され、補償金を取得する場合（土地等について使用の申出を拒むときは土地収用法等の規定に基づいて使用されることとなる場合において、当該土地等が契約により使用され、対価を取得するときを含む。）において、当該使用に伴い当該土地等の価値が著しく減少する場合として政令で定める場合に該当するとき（〔括弧内略〕）。
二略
３～１２略
（収用換地等の場合の所得の特別控除）
第六十五条の二法人の有する資産で第六十四条第一項各号又は前条第一項第一号若しくは第二号に規定するものがこれらの規定に該当することとなつた場合（第六十四条第二項の規定により同項第一号に規定する土地等又は同項第二号に規定する土地の上にある資産につき収用等による譲渡があつたものとみなされた場合〔中略〕を含む。）において、当該法人が収用等又は換地処分等（以下この条において「収用換地等」という。）により取得したこれらの規定に規定する補償金、対価若しくは清算金（〔括弧内略〕）（以下この条において「補償金等」という。）の額又は資産（以下この条において「交換取得資産」という。）の価額（当該収用換地等により取得した交換取得資産の価額が当該収用換地等により譲渡した資産の価額を超える場合において、その差額に相当する金額を当該収用換地等に際して支出したときは、当該差額に相当する金額を控除した金額）が、当該譲渡した資産の譲渡直前の帳簿価額と当該譲渡した資産の譲渡に要した経費で当該補償金等又は交換取得資産に係るものとして政令で定めるところにより計算した金額との合計額を超え、かつ、当該法人が当該事業年度のうち同一の年に属する期間中に収用換地等により譲渡した資産（〔括弧内略〕）のいずれについても第六十四条から前条までの規定の適用を受けないときは、その超える部分の金額と五千万円（当該譲渡の日の属する年における収用換地等により取得した補償金等の額又は交換取得資産の価額につき、この項、次項又は第七項の規定により損金の額に算入した、又は損金の額に算入する金額（第六十八条の七十三第一項、第二項又は第七項の規定により損金の額に算入した金額を含む。）があるときは、当該金額を控除した金額）とのいずれか低い金額を当該譲渡の日を含む事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。２～３略
４ 第一項又は第二項の規定は、確定申告書等にこれらの規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該確定申告書等にその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書及びこれらの規定の適用を受けようとする資産につき公共事業施行者から交付を受けた前項の買取り等の申出があつたことを証する書類その他の財務省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。
５ 税務署長は、前項の記載又は添付がない確定申告書等の提出があつた場合においても、その記載又は添付がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類並びに同項の明細書及び財務省令で定める書類の提出があつた場合に限り、第一項又は第二項の規定を適用することができる。
６～１０略
（別紙２－２）
〇租税特別措置法施行令
（収用等に伴い代替資産を取得した場合等の課税の特例）
第三十九条
１５ 法第六十四条第二項第一号に規定する土地等の価値が著しく減少する場合として政令で定める場合は、法人税法施行令第百三十八条第一項の規定に該当する場合とする。
〇法人税法施行令１３８条１項（平成２７年政令１４２号による改正前のもの）内国法人が〔中略〕地役権（特別高圧架空電線の架設、特別高圧地中電線〔中略〕のために設定されたもので、建造物の設置を制限するものに限る。以下この条において同じ。）の設定（〔括弧内略〕。）により他人に土地を使用させる場合〔以下略〕
（別紙２－３）
〇租税特別措置法施行規則（平成２６年財務省令２８号による改正前のもの）
（収用等に伴い代替資産を取得した場合の課税の特例）
第十四条
１～４略
５ 法第三十三条第五項（〔括弧内略〕）に規定する財務省令で定める書類は、次の各号の区分に応じそれぞれ当該各号に定める書類（〔括弧内略〕）とする。
一～二略
三次に掲げる資産（〔括弧内略〕）当該資産の買取り（使用を含む。以下この号において同じ。）をする者の当該資産が次に掲げる資産に該当する旨を証する書類
イ 土地収用法第三条〔中略〕第十七号（〔中略〕送電施設〔中略〕に係る部分に限る。）〔中略〕の規定に該当するもの（これらのものに関する事業のために欠くことができない土地収用法第三条第三十五号に規定する施設を含む。）に関する事業に必要なものとして収用又は使用することができる資産
ロ～ハ略
四～十一略
６～７略
（収用等に伴い代替資産を取得した場合等の課税の特例）
第二十二条の二
１～３略
４ 法第六十四条第四項（法第六十四条の二第十三項及び第六十五条第四項において準用する場合を含む。）並びに施行令第三十九条第三十一項及び第三十九条の二第九項に規定する財務省令で定める書類は、次の各号の区分に応じ、当該各号に定める書類とする。
一第十四条第五項各号のうち第五号の六及び第五号の七以外の各号に該当する資産当該各号の区分に応じ、当該各号に定める書類
二～四略
５～１１略
（収用換地等の場合の所得の特別控除）
第二十二条の三
１～２略
３ 法第六十五条の二第四項に規定する財務省令で定める書類は、次に掲げる書類とする。一法第六十五条の二第三項第一号に規定する公共事業施行者（以下この条において「公共事業施行者」という。）の同号に規定する買取り等（以下この項及び第五項において「買取り等」という。）の最初の申出の年月日及び当該申出に係る資産の明細を記載した買取り等の申出があつたことを証する書類
二公共事業施行者の買取り等の年月日及び当該買取り等に係る資産の明細を記載した買取り等があつたことを証する書類並びに当該買取り等につき施行令第三十九条の三第五項各号に掲げる場合のいずれかに該当する場合には、その旨を証する書類
三買取り等に係る資産の前条第四項各号の区分に応じ、当該各号に掲げる書類
４～５略
（別紙２－４）
〇法人税法
（定義）
第二条この法律において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。二十棚卸資産商品製品半製品仕掛品、原材料その他の資産で棚卸しをすべきものとして政令で定めるもの（括弧内略）をいう。
（別紙２－５）
〇法人税法施行令
（棚卸資産の範囲）
第十条法第二条第二十号（棚卸資産の意義）に規定する政令で定める資産は、次に掲げる資産とする。
一商品又は製品（副産物及び作業くずを含む。）
二半製品
三仕掛品（半成工事を含む。）
四主要原材料
五補助原材料
六消耗品で貯蔵中のもの
七前各号に掲げる資産に準ずるもの
別表１合筆前の本件Ｇ土地の明細
所在
地番
地目
地積
川崎市麻生区●●
Ｂ
雑種地
660㎡
Ｃ
雑種地
744㎡
Ｄ
雑種地
668㎡
別表２合筆、分筆後の本件Ｇ土地の明細
所在
地番
地目
地積
川崎市麻生区●●
Ｂ
雑種地
660㎡
Ｅ
雑種地
754㎡
Ｆ
雑種地
659㎡
別表３本件各通知処分の経緯
（単位：円）
区
項目
順号
確定申告
更正の請求
更正の請求に
係る通知処分
再調査の
請求
再調査決定
審査請求
裁決
年月日
h26/4/30
h28/1/29
h28/11/16
h29/2/10
h29/4/24
h29/5/23
h29/12/6
法人税
所得金額
28,901,423
9,026,423
更正をすべき
理由がない旨
の通知処分
全部の
取消し
棄却
全部の
取消し
棄却
納付すべき
税額
6,490,600
1,422,500
復興特別法人税
課税標準
法人税額
6,529,000
1,461,000
更正をすべき
理由がない旨
の通知処分
全部の
取消し
棄却
全部の
取消し
棄却
納付すべき
税額
652,100
145,300
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2020/pdf/13436.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。