税務訴訟資料第２７０号－１１３（順号１３４７３）
東京地方裁判所平成●●年（○○）第●●号所得税更正処分等取消請求事件（甲事件）、平成●●年（○○）第●●号相続税更正処分等取消請求事件（乙事件）、平成●●年（○○）第●●号法人税更正処分等取消請求事件（丙事件）
国側当事者・国（飯田税務署長）
令和２年１０月２３日一部認容・棄却・控訴
判決
甲・乙事件原告Ａ
（以下「原告Ａ」という。）
甲・乙事件原告Ｂ
（以下「原告Ｂ」という。）
丙事件原告有限会社Ｃ
（以下「原告会社」という。）
同代表者代表取締役Ｂ
上記３名訴訟代理人弁護士森本哲也
同補佐人税理士Ｒ
全事件被告国
同代表者法務大臣上川陽子
処分行政庁飯田税務署長
遠山秀治
同指定代理人君塚知弥子
小澤信彦
淵政博
若狭圭悟
角山常夫
菊池豊
大谷和志
主文
１ 別紙取消処分目録記載の処分をいずれも取り消す。
２ 原告らのその余の請求をいずれも棄却する。
３ 訴訟費用はこれを４分し、その３を被告の負担とし、その余を原告らの負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
（甲事件）
１ 飯田税務署長が平成２８年２月８日付けでした、被相続人Ｄ（以下「亡Ｄ」という。）相続人原告Ａ及び同原告Ｂに対する被相続人亡Ｄの平成２４年分の所得税の更正処分のうち分離課税の長期譲渡所得の金額１億１３９２万円及び納付すべき税額１６４３万５０００円を超える部分、並びに原告Ａ及び原告Ｂに対する同所得税に係る同原告らの過少申告加算税の各賦課決定処分を取り消す。
（乙事件）
２ 飯田税務署長が平成２８年２月８日付けでした、平成２４年１０月●日相続開始に係る相続税についての原告Ａに対する相続税の更正処分のうち課税価格１億６２７４万９０００円及び納付すべき税額１７５５万９７００円を超える部分並びに同相続税に係る過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
３ 飯田税務署長が平成２８年２月８日付けでした、平成２４年１０月●日相続開始に係る相続税についての原告Ｂに対する相続税の更正処分のうち課税価格１億６２９６万７０００円及び納付すべき税額１７５８万３２００円を超える部分並びに同相続税に係る過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
（丙事件）
４ 飯田税務署長が平成２８年２月８日付けでした、原告会社に対する平成２４年７月１日から平成２５年６月３０日までの事業年度の法人税の更正処分のうち所得金額０円を超える部分、納付すべき税額０円を超える部分及び翌期へ繰り越す欠損金額３６００万５６９６円を超える部分並びに同法人税に係る過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
５ 飯田税務署長が平成２８年２月８日付けでした、原告会社に対する平成２４年７月１日から平成２５年６月３０日までの課税事業年度の復興特別法人税の更正処分のうち課税標準法人税額０円を超える部分及び納付すべき税額０円を超える部分並びに同復興特別法人税に係る過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
第２ 事案の概要
１ 本件は、亡Ｄの相続人である原告Ａ及び原告Ｂ並びに亡Ｄから不動産の譲渡を受けた原告会社が、当該譲渡は低額譲渡であったとして、飯田税務署長から、所得税、相続税、法人税及び復興特別法人税につきそれぞれ更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分を受けたことから、これらの処分（各更正処分については各申告額を超える部分）の取消しを求めた事案である。
２ 前提事実（証拠等の掲記のない事実は、当事者間に争いがない。）
（１）当事者等
亡Ｄは、Ｅ（平成１６年５月●日死亡。以下「亡Ｅ」という。）の子であり、平成２４年１０月●日に死亡した男性である。
原告Ａは、亡ＤとＦ（平成７年３月●日死亡。以下「亡Ｆ」という。）の養子である。原告Ｂは、亡Ｄと亡Ｆの子であり、原告Ａの妻である。
原告会社は、平成５年４月●日に有限会社として設立され、会社法の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律２条により、平成１８年５月１日以降、発行済株式総数１００株の特例有限会社として存続することとなった株式会社であり、平成２４年９月１５日までは亡Ｄが、同日以降は原告Ｂが代表取締役を務めていた（乙１）。原告会社の株式（以下「本件株式」という。）は、同年１０月６日当時、亡Ｄが６０株、原告Ｂが４０株をそれぞれ保有していた（乙１、乙１１の１）。
（２）本件譲渡
亡Ｄは、原告会社に対し、平成２４年１０月６日、亡Ｄが所有する別表１の順号１～３３の不動産（以下、それぞれ「本件不動産１」のようにいい、本件不動産１～３３を併せて「本件各不動産」という。）を、代金１億２０００万円で売り渡した（以下「本件譲渡」という。）。
（３）亡Ｄから原告会社への賃貸に関する本件譲渡前の事情
ア 平成６年契約
原告会社は、亡Ｄ及び亡Ｅとの間で、平成６年１月１日付けで、亡Ｄから本件不動産１、４、５、８～１１、１３～１５、１８及び２２を、亡Ｅから本件不動産６を、平成５年４月●日から満２０年間賃借する旨の賃貸借契約を締結した（以下、併せて「平成６年契約」といい、平成６年契約の対象地から、後に分筆されて本件譲渡の対象地となっていない部分及び後に分筆されて本件不動産１８となった部分を除いた部分を「本件甲部分」という。）。
平成６年契約には、亡Ｄ及び亡Ｅが平成６年契約に基づき将来無償で原告会社から本件甲部分の返還を受ける旨の条項があった（甲７の１～３）。
イ 本件無償返還届出書
亡Ｄ、亡Ｅ及び原告会社は、飯田税務署長に対し、平成６年５月１３日、本件甲部分に関し、「土地の無償返還に関する届出書」（乙１２の２～４。以下、併せて「本件無償返還届出書」という。）を提出した。
ウ 亡Ｅは、平成１６年５月●日死亡し、亡Ｄが本件不動産６を相続により取得し、平成６年契約に係る亡Ｅの賃貸人の地位を承継した（甲３の６）。
エ 平成２３年契約
原告会社は、亡Ｄとの間で、平成２３年３月１７日付けで、本件不動産１０ほかの土地を、同年１月１日から５年間賃借する旨の賃貸借契約を締結した（以下「平成２３年契約」という。対象地の範囲には争いがある。）。
（４）原告会社からＧへの転貸に関する本件譲渡前の事情
ア 原告会社は、平成５年１０月１３日、本件不動産８～１１、１５、本件不動産５に分筆される前の長野県飯田市●●Ｈ番１の土地（以下、特に断らない限り、長野県飯田市●●の土地は地番のみで表記する。）及びＩ番４を分筆する前のＩ番１を敷地として、家屋番号Ｊ番１の建物（以下「本件旧店舗」という。）を建築した（甲５の１・２、甲６）。
イ 原告会社は、平成５年６月３日付け土地建物賃貸借契約に基づき、本件旧店舗及び本件不動産１～６、８～１２、１４～１６、２１、２２及びＩ番１（本件不動産５、６、２１、２２及びＩ番１は分筆前のもの）を、同年１１月１日から１５年間、有限会社Ｋ（後に株式会社Ｋ。以下、商号変更の前後を問わず「Ｋ」という。）に賃貸し（甲３７の１）、Ｋは、本件旧店舗でスーパーマーケット「Ｌ」を営んでいた（乙１３）。
原告会社は、平成２０年１０月２１日付け土地建物賃貸借契約に基づき、Ｋに対する賃貸期間を同年１１月１日から平成２１年１０月３１日までの１年間として、上記土地建物賃貸借契約を更新した（甲３７の２）。
その後、本件旧店舗は平成２２年６月３０日に取り壊され（甲６）、原告会社とＫとの間の賃貸借契約もその頃終了した（弁論の全趣旨）。
ウ 原告会社は、株式会社Ｇ（以下「Ｇ」という。）との間で、平成２１年１１月３０日、本件不動産１～１７、２６、２７、Ｉ番１、Ｍ番７（後に本件不動産２１が分筆される土地。甲３の２１）、Ｎ番（後に本件不動産２２が分筆される土地。甲３の２２）及び店舗（合意時点で未建築。構造、床面積についてはＧの設計により原告会社の承諾を得て本契約時までに決定する。）を、本契約開始日（Ｇの店舗の開店日）から３０年間賃貸することを合意する旨の土地建物賃貸借基本合意を締結した（乙１３別添１）。
エ 亡Ｄは、原告会社に対し、平成２２年５月２５日、原告会社が亡Ｄから賃借している本件不動産１～１７、２１、２２（本件不動産２１及び２２については、うち７５．０６㎡の部分）（以下、これらを併せて「本件スーパー部分」といい、本件スーパー部分から本件甲部分を除いた部分を「本件乙部分」という。）、２６及び２７（以下、この２筆を併せて「本件南側駐車場」という。）をＧに転貸することを承諾した（乙１４別添１。以下、この承諾に係る乙１４別添１の書面を「本件承諾書」という。）。
オ 原告会社は、Ｇとの間で、平成２２年５月２７日、本件スーパー部分及び本件南側駐車場につき、Ｇの店舗開店日から３０年間の事業用借地権を設定する旨の事業用借地権設定契約に関する覚書（甲８の１。以下「平成２２年覚書」という。）を取り交わした。
カ 原告会社は、Ｇとの間で、平成２３年３月３０日、公正証書により、本件スーパー部分及び本件南側駐車場につき、同年４月２１日から平成５３年４月２０日までの３０年間の事業用定期借地権を設定する旨の事業用定期借地権設定契約（以下「本件事業用定期借地権設定契約」という。）を締結した（甲１０）。
キ Ｇは、平成２３年４月１３日、本件不動産８、１０～１３を敷地とする家屋番号Ｊ番１の建物（以下「本件新店舗」という。）を建築した（甲１１）。
（５）本件譲渡当時の本件各不動産の利用状況
ア 本件スーパー部分は、亡Ｄが転貸目的で原告会社に賃貸した上で、原告会社が本件事業用定期借地権設定契約に基づきＧに事業用定期借地権を設定し、Ｇが本件新店舗で営むスーパーマーケット「Ｇ飯田店」の敷地及びその駐車場として利用していた。
イ 本件不動産１８～２０（以下「本件駐車場部分」という。）並びに本件不動産２１及び２２のうち６３．８９㎡の部分（以下「本件緑地帯部分」という。）は、亡Ｄが、平成２２年５月２７日付け賃貸借契約（以下「本件駐車場等用地契約」という。）に基づき、直接Ｇに駐車場用地及び緑地帯として賃貸していた。
イ 本件不動産２３（以下「本件隣人貸付地」という。）は、亡Ｄが、隣接する会社の関係者に対し、駐車場として賃貸していた。
ウ 本件不動産２４（以下、「本件用悪水路部分」といい、本件スーパー部分、本件駐車場部分、本件緑地帯部分、本件隣人貸付地及び本件用悪水路部分を併せて「本件スーパー敷地等」という。）は、本件譲渡の対象となっていないＯ番５の周囲に位置する廃止された用悪水路であり、亡Ｄの自宅の敷地の一部として利用され、賃借権等は設定されていなかった（甲３２の１・２頁、甲４４の１・２）。
エ 本件不動産２５（以下「本件北側駐車場」という。）は、亡Ｄが、平成２３年５月２０日付け賃貸借契約（以下「本件北側駐車場契約」という。）に基づき、直接Ｇに駐車場用地として賃貸していた。
オ 本件不動産２６及び２７（本件南側駐車場）は、亡Ｄが転貸目的で原告会社に賃貸した上で、原告会社が本件事業用定期借地権設定契約に基づきＧに事業用定期借地権を設定し、Ｇが大規模店舗の駐車場用地として利用していた。
カ 本件不動産２８～３０（以下「本件アパート敷地」という。）は、本件不動産３１～３３（以下「本件アパート」という。）の敷地として利用されていた。
キ 本件不動産３１～３３（本件アパート）は、貸家として利用されていた。
（６）本件相続
亡Ｄは、平成２４年１０月●日死亡し、遺言により、原告Ａ及び原告Ｂが２分の１ずつ、原告会社の株式６０株を含む亡Ｄの権利義務を承継した（以下「本件相続」という。）。
（７）本件所得税更正処分等
ア 亡Ｄの法定相続人である原告Ａほか４名は、飯田税務署長に対し、平成２５年２月１２日、亡Ｄに係る平成２４年分所得税の準確定申告書（乙２。以下「本件所得税申告書」という。）により、亡Ｄに係る平成２４年分の所得税につき、本件譲渡による収入金額は１億２０００万円、分離課税の長期譲渡所得の金額（以下「分離長期譲渡所得金額」という。）は１億１３９２万円、申告納税額は１８０２万７８００円、亡Ｄによる予定納税額を控除した納付すべき税額は１６４３万５０００円である旨の準確定申告をした。
イ 飯田税務署長は、原告Ａ及び原告Ｂに対し、平成２８年２月８日、飯田税務署長の依頼による不動産鑑定評価書（甲３２の１～４。以下「処分行政庁鑑定」という。）によれば、本件各不動産の本件譲渡時における価額は４億０８４０万円であるから、所得税法５９条１項により同額での譲渡があったものとみなし、本件譲渡による収入金額は４億０８４０万円、分離長期譲渡所得金額は３億８７９０万円、申告納税額は５９１２万４８００円、納付すべき税額は５７５３万２０００円（追加納付すべき税額４１０９万７０００円）、原告Ａ及び原告Ｂが納付すべき税額は各２８７６万６０００円（追加納付すべき税額各２０５４万８５００円）である旨の更正処分をし、併せて、各２６２万７０００円の過少申告加算税賦課決定処分をした（甲１７の１・２、乙１０。以下、原告Ａ及び原告Ｂに対する各更正処分を併せて「本件所得税更正処分」、各賦課決定処分を併せて「本件所得税賦課決定処分」といい、これらを併せて「本件所得税更正処分等」という。）。
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出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2020/pdf/13473.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。