税務訴訟資料第２７１号－５５（順号１３５５７）
東京地方裁判所令和●●年（○○）第●●号二重課税された納付済源泉所得税の還付請求事件
国側当事者・国
令和３年４月２７日棄却・控訴
判決
原告合同会社Ａ
同代表者代表社員甲
被告国
同代表者法務大臣上川陽子
指定代理人別紙１指定代理人目録のとおり
主文
１ 原告の請求を棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
被告は、原告に対し、１８８９万７１８４円及びこれに対する平成２７年分から平成２９年分までの源泉徴収に係る所得税及び復興特別所得税の納付日から支払済みまで年１４．６％の割合による金員を支払え。
第２ 事案の概要
本件は、建築に関する設計、施工及びコンサルティング等を目的とする合同会社である原告が、原告代表者等の社員に対する平成２７年分から平成２９年分（以下「本件各年分」という。）の報酬について、源泉徴収に係る所得税及び復興特別所得税（以下「源泉所得税等」という。）として合計１８８９万７１８４円（以下「本件金員」という。）を納付していたところ、令和元年に受けた法人税等に係る更正処分において本件各年分の売上高が否認されたことなどから、売上がなければ報酬の支払もないはずであるとし、本件金員は本件各年分の源泉所得税等に係る納付義務がないのに納付されたものであって過誤納金に当たると主張して、国税通則法５６条１項に基づき、過誤納金１８８９万７１８４円及びこれに対する納付日から支払済みまで年１４．６％の割合による還付加算金の支払を求める事案である。
１ 関係法令の定め
本件に関する国税通則法及び所得税法の定めは別紙２－１及び２－２に記載したとおりである。
２ 前提事実（争いのない事実、顕著な事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
（１）原告は、平成２６年３月●日に、建築に関する設計、施工及びコンサルティング等を目的として設立された会社である。この設立以来、原告の代表社員は、現在の原告代表者（甲。以下「甲」という。）であり、そのほかの業務執行社員は、甲の妻である乙（以下「乙」という。）及び甲の子３名（以下、この３名と乙を併せて「乙ら」といい、さらに甲を併せて「本件各社員」ということがある。）である。（乙４、５）
（２）株式会社Ｂ（以下「Ｂ社」という。）は、平成１１年４月●日に、建築の設計及び監理業務等を目的として設立された会社である（なお、設立当初の商号は「株式会社Ａ」であったが、平成１２年４月１日に現在の商号に変更された。）。甲は、Ｂ社の設立以降、同社の代表取締役を務め、平成３０年２月５日に辞任したが、令和元年１０月７日に再度、同社の代表取締役に就任している。（乙６の１～３）
（３）Ｃ有限会社（以下「Ｃ社」という。）は、昭和６０年１１月●日に、建築工事業等を目的として設立された会社であり、平成７年１２月１６日に甲が取締役に就任した後、平成２５年４月１０日に同人が取締役を辞任して監査役に就任し、同日、乙が代表取締役に、３名の子が取締役にそれぞれ就任した。その後、甲は、平成２７年１２月３０日に監査役を辞任し、令和２年３月１日に取締役に就任した。（乙７の１及び２）
（４）原告の本件各社員等に対する給与等の支払（甲１の１６～１８）
原告は、平成２７年分の給与等として、甲に９６０万円、乙らにそれぞれ１２０万円を支払ったほか、丙（以下「丙」という。）に対して３８１万円を支払った。
原告は、平成２８年分の給与等として、甲に１９２０万円、乙らにそれぞれ１２０万円を支払った。
原告は、平成２９年分の給与等として、甲に１９２０万円、乙らにそれぞれ１２０万円を支払った（以下、本件各年分の給与等として支払われた上記合計６６２１万円のうち、丙以外の者〔本件各社員〕に対して支払われた６２４０万円の報酬を「本件各報酬」という。）。
（５）本件各報酬に係る源泉所得税等（甲１の１６～１８、乙１１）
ア 原告は、所得税法２１６条に規定する源泉徴収に係る所得税の納期の特例の承認を受けていたところ、本件各報酬に係る源泉所得税等１８８９万７１８４万円（本件金員）及び上記（４）の丙に対する給与等に係る源泉所得税等１１万７５００円との合計金額である１９０１万４６８４円を、次のとおり、法定納期限内に納付した（以下、次の各納付日を併せて「本件納付日」という。）。
平成２７年７月８日
１８５万６４５０円
平成２８年１月１９日
１７４万６６５０円
平成２８年７月８日
３８４万４２９６円
平成２９年１月１９日
３８４万４１７６円
平成２９年７月１０日
３８４万４２９６円
平成３０年１月２２日
３８７万８８１６円
イ 原告は、丙に対する給与等に係る源泉所得税等１１万７５００円について、給与の支払がないにもかかわらず誤って納付したものであるとして過誤納金の還付の請求をし、令和元年６月頃、その還付を受けた。これは、東京国税局査察部がＢ社について行った税務調査（以下「本件調査」という。）の結果、同社の従業員である丙に対する給与等を原告の経費として計上していたことが判明したことに伴うものである。（甲１の４、乙１２）
（６）本件訴訟に至る経緯
ア 京橋税務署長は、令和元年６月２６日付けで、原告の平成２７年から平成２９年までの各事業年度及び各課税事業年度（いずれも１月１日から１２月３１日まで。以下「本件各事業年度」といい、原告の事業年度を個別に示すときは「平成２７事業年度」などという。）の法人税及び地方法人税（以下「法人税等」という。）について、①本件各事業年度において計上されていた原告のＢ社に対する売上高（なお、これらの売上高は、原告が本件各事業年度において計上した売上高の全額となる。）は、取引事実のないものであると判断して、これらの売上高を所得金額から減算する一方、②本件各事業年度において計上されていた経費の一部につきＢ社に帰属するべき経費が計上されたものであるとしてその損金への算入を否認し、これを所得金額に加算する旨の更正処分（いずれも減額更正処分。以下「本件法人税更正処分」という。）をした（甲１の４～９、乙５、１３、１４）。
イ 原告は、令和元年７月１２日、売上げを全額否認されれば役員報酬を支払えるわけがないなどと主張して、本件金員を含む平成２６年分から平成２９年分までの本件各社員の報酬に係る源泉所得税等の納付義務がないことを理由とする過誤納金の還付を求め、国税不服審判所長に対して審査請求をした（甲１の２）。
これに対し、国税不服審判所長は、令和元年１０月１６日付けで、上記審査請求について、国税に関する法律に基づく処分についての不服申立てには当たらず、不適法なものであるとして却下した（甲２）。
ウ 原告は、令和２年４月２日、本件訴訟を提起した（顕著な事実）。
３ 争点
（１）本件金員が国税通則法５６条１項の過誤納金に当たるか（本件各報酬に係る源泉所得税等の納付義務の存否）
（２）本件金員が国税通則法５６条１項の過誤納金に該当する場合における、還付加算金額の計算
４ 当事者の主張
争点に関する当事者の主張の要旨は、別紙３記載のとおりである（なお、同別紙で定義する略語は、本文においても用いる。）。
第３ 当裁判所の判断
当裁判所は、原告は本件各報酬に係る源泉所得税等の納付義務を負っていたものであり、原告が納付した本件金員は国税通則法５６条１項の過誤納金に該当しないから、原告の請求は理由がなく棄却すべきものと判断する。その理由の詳細は以下のとおりである。
１ 認定事実
前記前提事実、掲記の各証拠及び弁論の全趣旨によれば、次の事実が認められる。
（１）原告の確定申告
原告は、本件各事業年度の法人税等について、いずれも法定申告期限までに申告するとともに、原告の平成２９年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間の消費税等について、法定申告期限までに申告した。
このうち、法人税等に係る各確定申告では、平成２７事業年度における所得金額は０円（売上高２９８９万８０００円）、平成２８事業年度における所得金額は８４８万１７７１円（売上高４５９０万円）、平成２９事業年度における所得金額は３５２７万６７８９円（売上高６６６９万５４００円）であり、本件各報酬は、いずれも、原告の本件各事業年度の経費（損金）として計上されていた。また、上記各確定申告において、貸借対照表上の「現金及び預金」の金額は、平成２７事業年度においては４７９１万５６７０円、平成２８事業年度においては８５０９万７８６２円、平成２９事業年度においては１億４０８１万５４９０円であった。（以上、甲１の１６～１８、乙５、８、９、１０、１３、１４）
（２）Ｂ社に対する税務調査
ア 東京国税局査察部の職員は、平成２９年６月２２日、Ｂ社を犯則嫌疑者、原告及びＣ社をＢ社の関係法人として、税務調査（本件調査）を開始した（甲１の３、弁論の全趣旨）。
イ 本件調査において、次の（ア）から（エ）までの事実が判明した（甲１の４～６、乙１５、１７～２１）。
（ア）Ｂ社は、本件各事業年度当時、取引実態のない、原告及びＣ社に対する外注加工費を計上して、Ｂ社の利益金額を原告及びＣ社に移転することにより、Ｂ社の法人税等を過少に申告していた。
（イ）Ｂ社が上記（ア）のような申告をしていたのは、①同社の本来納めるべき法人税等の額を減少させて、同社の運転資金を留保すること、②同社の利益を原告及びＣ社に移転することにより、これらの会社から甲及び乙ら（本件各社員等）が受ける報酬の金額を増やすこと、③Ｂ社の利益を原告（平成２６年３月に設立され、当初２年の課税期間は消費税等の納付義務がなかった。）及びＣ社（簡易課税制度の適用を受けていた。）に移転することにより、納付すべき消費税等の額を減少させることを目的としたものであった。
（ウ）原告及びＣ社は、Ｂ社が上記（ア）のとおり計上した架空の外注加工費に係る請求書を作成し、当該請求書に基づき、原告においては本件各事業年度に、Ｃ社においては平成２５年から平成２９年まで各事業年度（Ｃ社の事業年度は、１２月１日から翌年の１１月３０日までである。）に、それぞれ取引事実のない売上高を計上していた。
（エ）甲は、本件各事業年度当時、上記（ア）のとおり架空の外注加工費を計上してＢ社の利益金額を原告及びＣ社に移転させていたほか、①Ｂ社から原告に対する架空の外注加工費に係る金員の一部を原告の簿外口座に振り込み、原告において、当該振込金額に相当する金員を売上高から除外し、②Ｂ社が株式会社Ｄに対するものとして計上した取引実態のない外注加工費に係る金員を同社から原告及びＣ社に対し送金させることにより、Ｂ社においては当該外注加工費を経費として計上し、原告及びＣ社においては、入金された当該外注加工費に相当する金員を売上高から除外し、③Ｂ社で計上すべき接待交際費等の経費を、原告やＣ社の経費として重複して計上するなどして、Ｂ社の法人税等を過少に申告していた。
ウ 平成３０年６月１９日の時点では、本件調査の担当者は、Ｃ社及び原告の経費とされていた、両社から本件各社員等に対する報酬合計１億２７７０万円（本件各報酬を含む。）について否認し、これをＢ社の経費とした上で、損金に算入することができないもの（法人税法３４条等）として、同社の所得金額に１億２７７０万円を加算するとの方針の下、本件調査を進めていた。こうした方針は原告にも伝えられていたところ、原告は、本件各社員等に対する報酬が全額不算入になるのはおかしいと東京国税局に申し入れた。
平成３０年８月頃、本件調査の担当者は、検討の結果、原告やＣ社の法人格を否認できず、原告と本件各社員との間及びＣ社とその役員との間には委任ないし準委任の関係があるとして、上記方針を撤回することとし、上記１億２７７０万円をＢ社の経費として認定しないことにした。
（３）Ｂ社の修正申告
Ｂ社は、平成３０年１１月７日、江東西税務署長に対し、同社における平成２６年から平成２９年までの各事業年度（同社の事業年度は、４月１日から翌年の３月３１日までである。）の法人税等の修正申告をした。Ｂ社は、上記各修正申告において、同社が計上していた、上記（２）イの原告及びＣ社に対する外注加工費合計約４億１６１５万円を所得金額に加算した。Ｂ社は、上記各修正申告に伴い、法人税等及び消費税等として約１億２０９６万円を納付した。（乙２２～３０）
（４）本件法人税更正処分等
ア 京橋税務署長は、令和元年６月２６日付けで、原告に対し、本件法人税更正処分をした。これに伴い、原告には、本件各事業年度の法人税等として納付していた約１１２６万円が還付された。（前提事実（６）ア、甲１の１９）
イ 京橋税務署長は、本件法人税更正処分のうち、平成２７年事業年度の法人税等に対する更正処分において、原告が計上した丙の給与等はＢ社に帰属するものであるとして損金算入を否認した。そのため、原告が丙に対する給与等に係る源泉所得税等として納付した１１万７５００円は過誤納金となり、原告は、令和元年６月頃、その還付を受けた。（前提事実（５）イ、甲１の４及び２０、乙１２）
（５）本件社員総会における報酬返納の決議
令和元年７月６日、本件社員総会において、原告が本件各社員に対して平成２６事業年度及び本件各事業年度に支払った報酬合計７０４０万円（本件各報酬を含む。）を返納するとの提案がされ、全会一致で可決された。返納の理由は、本件法人税更正処分において、上記期間の原告の売上高が京橋税務長から否認されたためというものであった。（甲１の１０）
２ 争点（１）（本件金員が国税通則法５６条１項の過誤納金に当たるか〔本件各報酬に係る源泉所得税等の納付義務の存否〕）について
（１）前記前提事実（４）及び前記認定事実（２）～（４）によれば、原告は本件各事業年度において本件各社員に対する報酬（本件各報酬）として合計６２４０万円を支払っているところ、東京国税局査察部の職員による本件調査及びその結果を受けた京橋税務署長による本件法人税更正処分によっても、原告による給与等の支払については、丙に対するもののみがＢ社に帰属するものとして否認されたにとどまり、本件各報酬についてはその全額が否認されずに原告の本件各事業年度の法人税等の計算における損金算入が認められたというのである。そして、本件各報酬の支払を受けたことによる本件各社員の所得が所得税法２８条１項の給与所得に該当することは明らかであるから、同法６条等により、原告は、本件各報酬に係る源泉所得税等を納付する義務を負っていたというべきである。したがって、原告が本件各報酬に係る源泉所得税等として納付した本件金員は、国税通則法５６条１項の過誤納金に該当しない。
（２）原告の主張について
ア 原告は、原告に本件金員を還付しなければ、Ｂ社に対する課税との関係で二重課税に当たることとなるなどと主張する。
しかしながら、前記認定事実（１）、（２）ウ及び（３）によれば、本件調査の担当者は、平成３０年６月１９日の時点では、原告の法人税等の確定申告において経費として計上されていた本件各報酬につき、原告の経費とすることを否認し、Ｂ社の経費と認める旨の方針で調査を進めていたところ、その後の検討を経て、かかる否認はされないこととなったものであり、本件調査を踏まえたＢ社の法人税等に係る修正申告においても、本件各報酬が同社の経費として計上されないことを前提とした申告がされているものである。
したがって、Ｂ社が本件各報酬を自らの経費であるとしてこれに係る源泉所得税等を納付した事実は認められず、本件各報酬に係る源泉所得税等がＢ社との関係で二重に課税されているとの原告の上記主張は採用することができない。
イ 原告は、本件法人税更正処分において本件各事業年度の原告の売上高が否認された以上、本件各報酬も支払うことができなくなったとして、本件各報酬に係る源泉所得税等の納付義務はない旨を主張する。
しかしながら、本件法人税更正処分における本件各事業年度の売上高に対する否認は、Ｂ社から原告に対する外注加工費の支払が取引実態のないものであったとして、原告の法人税等の税額の計算上、当該売上高を否認し、原告の本件各事業年度における所得金額から当該売上高に相当する金額を減算したものにすぎない。前記認定事実（１）及び（２）のとおり、本件各事業年度において、Ｂ社から原告に対して現に一定の金員が移動している上、原告の法人税等の確定申告において、数千万円以上の現金ないし預金があったとして申告されているのであって、本件法人税更正処分は、これらの事実や原告が本件各報酬を支払った事実を何ら否定するものではない。
したがって、本件法人税更正処分において原告の売上高が否認されたことにより、本件各報酬の支払ができなくなるものではないから、上記否認を根拠に本件各報酬に係る源泉所得税等の納付義務の不存在（消滅）をいう原告の主張は採用することができない。
ウ 原告は、令和元年７月６日に開催された本件社員総会において本件各報酬の返納が可決されたこと（前記認定事業（５））を根拠に、本件各報酬に係る源泉所得税等の納付義務の不存在（消滅）を主張する。
しかしながら、前記前提事実（４）のとおり、本件各報酬は既に支払われているところ、その支払につき当初から瑕疵があったことは全くうかがわれない（前記認定事実（５）のとおり、上記返納の理由は本件法人税更正処分において原告の売上高が否認されたことによるとされており、このような事実自体が、本件各報酬の支払そのものは有効に行われたことを前提にしているといわざるを得ない。）。
そうすると、当初の支払について何ら瑕疵のない本件各報酬については、これらに係る債権が確定した日（遅くとも平成２７年から平成２９年までの各年末）の時点で、本件各社員の本件各年分に係る給与所得を構成するから、原告が源泉所得税等を納付する義務が同時点において確定的に発生することになる。
そうである以上、上記発生後である令和元年７月に本件各社員が本件各報酬を原告に自主返納する旨の意思表示をしたとしても、本件各社員と原告との間で、贈与等の新たな法律行為を行ったと評価され得る可能性があることは別段、いったん確定した本件各報酬に係る源泉所得税等の納付義務に対しては何ら影響を及ぼすものではない。
したがって、本件社員総会における自主返納の決議を根拠に本件各報酬に係る源泉所得税等の納付義務の不存在（消滅）をいう原告の主張は採用することができない。
（３）小括
以上によれば、原告は本件各報酬に係る源泉所得税等の納付義務を負っていたものであり、原告が納付した本件金員は、国税通則法５６条１項の過誤納金に該当しないから、本件金員の還付を求める原告の請求は理由がない。
第４ 結論
以上によれば、その余の点について判断するまでもなく、原告の請求は理由がないからこれを棄却することとし、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第５１部
裁判長裁判官清水知恵子
裁判官横地大輔
裁判官定森俊昌
（別紙１）
指定代理人目録
江原謙一、角木渉、伊藤芳樹、庵原哲也、吉田正、青木雄弥
以上
（別紙２－１）
○国税通則法
（還付）
第五十六条国税局長、税務署長又は税関長は、還付金又は国税に係る過誤納金（以下「還付金等」という。）があるときは、遅滞なく、金銭で還付しなければならない。
２ （略）
（還付加算金）
第五十八条国税局長、税務署長又は税関長は、還付金等を還付し、又は充当する場合には、次の各号に掲げる還付金等の区分に従い当該各号に定める日の翌日からその還付のための支払決定の日又はその充当の日（同日前に充当をするのに適することとなつた日がある場合には、その適することとなつた日）までの期間（他の国税に関する法律に別段の定めがある場合には、その定める期間）の日数に応じ、その金額に年七・三パーセントの割合を乗じて計算した金額（以下「還付加算金」という。）をその還付し、又は充当すべき金額に加算しなければならない。一還付金及び次に掲げる過納金当該還付金又は過納金に係る国税の納付があつた日（その日が当該国税の法定納期限前である場合には、当該法定納期限）
イ 更正若しくは第二十五条（決定）の規定による決定又は賦課決定（以下「更正決定等」という。）により納付すべき税額が確定した国税（当該国税に係る延滞税及び利子税を含む。）に係る過納金（次号に掲げるものを除く。）
ロ 納税義務の成立と同時に特別の手続を要しないで納付すべき税額が確定する国税で納税の告知があつたもの（当該国税に係る延滞税を含む。）に係る過納金
ハ イ又はロに掲げる過納金に類する国税に係る過納金として政令で定めるもの
二更正の請求に基づく更正（当該請求に対する処分に係る不服申立て又は訴えについての決定若しくは裁決又は判決を含む。）により納付すべき税額が減少した国税（当該国税に係る延滞税及び利子税を含む。）に係る過納金その更正の請求があつた日の翌日から起算して三月を経過する日と当該更正があつた日の翌日から起算して一月を経過する日とのいずれか早い日（その日が当該国税の法定納期限前である場合には、当該法定納期限）
三前二号に掲げる過納金以外の国税に係る過誤納金その過誤納となつた日として政令で定める日の翌日から起算して一月を経過する日
２ 前項の場合において、次の各号のいずれかに該当するときは、当該各号に定める期間を同項に規定する期間から控除する。
一還付金等の請求権につき民事執行法（昭和五十四年法律第四号）の規定による差押命令又は差押処分が発せられたとき。その差押命令又は差押処分の送達を受けた日の翌日から七日を経過した日までの期間
二還付金等の請求権につき仮差押えがされたとき。その仮差押えがされている期間
３ 二回以上の分割納付に係る国税につき過誤納が生じた場合には、その過誤納金については、その過誤納の金額に達するまで、納付の日の順序に従い最後に納付された金額から順次遡つて求めた金額の過誤納からなるものとみなして、第一項の規定を適用する。
４ 適法に納付された国税が、その適法な納付に影響を及ぼすことなくその納付すべき額を変更する法律の規定に基づき過納となつたときは、その過納金については、これを第一項第三号に掲げ（別紙２－１）
る過誤納金と、その過納となつた日を同号に掲げる日とそれぞれみなして、同項の規定を適用する。
５ 申告納税方式による国税の納付があつた場合において、その課税標準の計算の基礎となつた事実のうちに含まれていた無効な行為により生じた経済的成果がその行為の無効であることに基因して失われたこと、当該事実のうちに含まれていた取り消しうべき行為が取り消されたことその他これらに準ずる政令で定める理由に基づきその国税について更正（更正の請求に基づく更正を除く。）が行なわれたときは、その更正により過納となつた金額に相当する国税（その附帯税で当該更正に伴い過納となつたものを含む。）については、その更正があつた日の翌日から起算して一月を経過する日を第一項各号に掲げる日とみなして、同項の規定を適用する。
（別紙２－２）
〇所得税法
（納税義務者）
第五条居住者は、この法律により、所得税を納める義務がある。
２～４（略）
（源泉徴収義務者）
第六条第二十八条第一項（給与所得）に規定する給与等の支払をする者その他第四編第一章から第六章まで（源泉徴収）に規定する支払をする者は、この法律により、その支払に係る金額につき源泉徴収をする義務がある。
（給与所得）
第二十八条給与所得とは、俸給、給料、賃金、歳費及び賞与並びにこれらの性質を有する給与（以下この条において「給与等」という。）に係る所得をいう。
２～４（略）
（収入金額）
第三十六条その年分の各種所得の金額の計算上収入金額とすべき金額又は総収入金額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、その年において収入すべき金額（金銭以外の物又は権利その他経済的な利益をもつて収入する場合には、その金銭以外の物又は権利その他経済的な利益の価額）とする。
２、３（略）
（源泉徴収義務）
第百八十三条居住者に対し国内において第二十八条第一項（給与所得）に規定する給与等（以下この章において「給与等」という。）の支払をする者は、その支払の際、その給与等について所得税を徴収し、その徴収の日の属する月の翌月十日までに、これを国に納付しなければならない。２（略）
（源泉徴収に係る所得税の納期の特例）
第二百十六条居住者に対し国内において第二十八条第一項（給与所得）に規定する給与等（以下この章において「給与等」という。）又は第三十条第一項（退職所得）に規定する退職手当等（以下この章において「退職手当等」という。）の支払をする者（第百八十四条（源泉徴収を要しない給与等の支払者）に規定する者を除く。）は、当該支払をする者の事務所、事業所その他これらに準ずるものでその支払事務を取り扱うもの（給与等の支払を受ける者が常時十人未満であるものに限る。以下この章において「事務所等」という。）につき、当該事務所等の所在地の所轄税務署長の承認を受けた場合には、一月から六月まで及び七月から十二月までの各期間（当該各期間のうちその承認を受けた日の属する期間については、その日の属する月から当該期間の最終月までの期間とする。以下この条において同じ。）に当該事務所等において支払つた給与等及び退職手当等（非居住者に対して支払つた給与等及び退職手当等並びに第二百四条第一項第二（別紙２－２）
号（源泉徴収をされる報酬又は料金）に掲げる報酬又は料金を含む。以下この条において同じ。）について第二章から前章まで（給与所得等に係る源泉徴収）の規定により徴収した所得税の額を、これらの規定にかかわらず、一月から六月までの期間に係る給与等及び退職手当等について徴収した所得税の額にあつては当該期間の属する年の七月十日までに、七月から十二月までの期間に係る給与等及び退職手当等について徴収した所得税の額にあつては当該期間の属する年の翌年一月二十日までに国に納付することができる。
（別紙３)
当事者の主張の要旨
１ 争点（１）（本件金員が国税通則法５６条１項の過誤納金に当たるか〔本件各報酬に係る源泉所得税等の納付義務の存否〕）について
（原告の主張の要旨）
（１）以下の（２）～（４）の事情によれば、原告に本件金員が還付されないことは二重課税であり、あるいは、二重課税とまでいえないとしても本件各報酬に係る源泉所得税等の納付義務は存しないから、本件金員は過誤納金であるというべきである。
（２）東京国税局の担当者は、本件調査の途中、Ｂ社等に納税指導をするに当たり、原告及びＣ社の役員報酬をＢ社の経費とした上で損金不算入とする方針を原告側に伝えてきていた（この時点では、原告及びＣ社の本件各年分の源泉所得税等に係る納付金額が過誤納金として還付される予定であった。）。従来、甲は、Ｂ社において納税額を圧縮しても原告及びＣ社において相応の法人税等及び源泉所得税等を納めていればよいと考えていたものであり、上記のように損金不算入とすることには明確な根拠がなく、東京国税局の上記指導は不当なものであった。
甲が損金不算入の方針につき東京国税局に抗議したところ、上記役員報酬は原告及びＣ社の経費という扱いに戻されたが、今度は、この２社の源泉所得税等に係る納付金の還付がされなくなったものである。このような処理は、嘘の塗り重ねといわざるを得ない。東京国税局がＢ社に対して過大な納税指導をしているにもかかわらず、原告に対して本件金員を還付しないことは二重課税である。あるいは、東京国税局の調査及び指導を踏まえて行われたＢ社の修正申告と、原告に対する本件法人税更正処分が二重課税となっているというべきである。
なお、本件調査を経て、Ｂ社が修正申告に伴い納付した税額は、法人税８６８３万６１００円、地方法人税２９０万３４００円、復興特別法人税１５３万３２００円、消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）２９６９万０９００円である。Ｃ社が納付していた源泉所得税等は、平成２５年４月１日より計算すると３５８４万５９６４円であり、本税は１２４０万１８１８円であった。原告が納付していた源泉所得税等は、平成２６年１月１日より計算すると１９１４万８００４円であり、本税は９２８万８９００円であった。Ｂ社、Ｃ社及び原告の３社の納税金額を見ても、本件金員は過誤納金といってよいと考えられる。
（３）原告については、本件各更正処分において、本件各事業年度における売上高が全額否認された上、平成２９年分で翌期へ繰り越す欠損金が７８１２万４７２３円もあるとされた。したがって、本件各事業年度において、原告が本件各社員に対して報酬を支払えるわけがない。
（４）さらに、令和元年７月６日に招集された原告の社員総会（以下「本件社員総会」という。）において、平成２６年から平成２９年までに原告が本件各社員に支払った報酬７０４０万円について、返納することが決定された。
（被告の主張の要旨）
（１）本件各報酬は所得税法２８条１項に規定する給与等に該当し、原告が本件金員を納付したことに瑕疵はなく、原告に対する本件法人税更正処分において本件各報酬を否認した事実もないのであるから、本件各報酬に係る源泉所得税等として納付された本件金員について、国税通則法５６条１項の過誤納金であるとして原告に対し還付する理由は認められない。
（２）また、原告の前記１（２）の主張については、Ｂ社の法人税等の各修正申告において、本件各報酬を同社の経費として損金算入した事実は認められない。
そして、Ｂ社が、上記各修正申告の結果、本件各報酬に係る源泉所得税等を納付した事実はなく、また、京橋税務署長等が、本件各報酬がＢ社に帰属することを前提に、同社に対し告知処分をし、本件各報酬に係る源泉所得税等を徴収した事実もない。さらに、同署長が、原告に対する本件法人税更正処分の結果、原告に対し本件金員の納付に加えて、更に本件各報酬に係る源泉所得税等を告知処分によって徴収した事実もない。
したがって、原告が本件金員を二重に納付した事実や、Ｂ社の各修正申告及び原告に対する本件法人税更正処分の結果、本件金員が「二重に課税」された事実は、いずれも存しない。
（３）原告の前記１（３）の主張について、京橋税務署長は、原告に対する本件法人税更正処分において、原告の本件各事業年度の売上高の全額を否認しているところ、これはＢ社から原告に対する外注加工費の支払が取引実態のないものであったことから、税務上当該売上高を否認したに過ぎず、原告が売上代金として金員を受領したこと自体を否認したものではないし、原告は現に本件各報酬を本件各社員に支払っているのである。したがって、原告の同主張は当を得ない。
（４）原告の前記１（４）の主張について、所得税法は、一暦年を単位としてその期間ごとに課税所得を計算し、課税を行うこととしているところ、同法３６条１項は、その年分の各種所得の金額の計算上収入金額とすべき金額又は総収入金額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、その年において収入すべき金額である旨定めており、このように同項が、上記期間中の収入金額又は総収入金額の計算について「収入すべき金額」とする旨定め、「収入した金額」としていないことから考えると、同法は、現実の収入がなくても、その収入の原因となる権利が確定した場合には、その時点で所得の実現があったものとして、同権利確定の時期の属する年分の課税所得を計算するという建前（いわゆる権利確定主義）を採用しているものと解されており、給与等に係る債権については、法律上当該債権を行使することができるようになる時期、すなわち、その履行期が到来すれば、特段の事情のない限り、収入実現の可能性が高度であると認められるから、所得税法３６条１項にいう「収入すべき金額」に当たるものとして、課税の対象となるべき所得を構成すると解されている。本件において、本件各社員に対する本件各報酬は、既に支払われており、その支払に何らの瑕疵も認められないから、権利確定主義のもと、所得税法３６条１項にいう「収入すべき金額」として、課税の対象となる所得を構成している。そうすると、本件各社員が本件各報酬を自主返納したとしても、当該自主返納は、原告と本件各社員との間で新たな法律行為（贈与）を行ったものにすぎず、いったん確定した本件各社員の本件各報酬に係る所得税の納付義務を消滅させるものではない。
したがって、当該自主返納は、本件各報酬に係る源泉所得税等の納付義務に何ら影響を及ぼすものではない。なお、本件社員総会の議事録からは、本件社員総会において、本件各社員が、本件各報酬を含む報酬金額（７０４０万円）を自主返納することを決定したことしか認められず、原告が提出したその余の証拠を踏まえても、実際に本件各社員が原告に対し本件各報酬を返納したとは認められない。
（５）よって、原告の主張はいずれも理由がなく、本件各報酬に係る源泉所得税等の納付義務は存するから、本件金員が過誤納金に当たるとは認められない。
２ 争点（２）（本件金員が国税通則法５６条１項の過誤納金に該当する場合の還付加算金の計算）について
（原告の主張の要旨）
本件金員が過誤納金に該当する場合の還付加算金は、本件納付日から支払い済みまで年１４．６％の割合により計算すべきである。
（被告の主張の要旨）
（１）本件金員は、いずれも原告が自主的に納付したものであるから、仮に本件金員が過誤納金に該当する場合、国税通則法５８条に規定する還付加算金の計算期間は、同条１項３号及び国税通則法施行令２４条２項２号の各規定に基づき計算することになる。そして、この場合の還付加算金の計算期間は、上記各規定によって、税務署長がその過誤納の事実の確認をした日の翌日から起算して１月を経過する日の翌日からその還付のための支払決定の日又はその充当の日までの期間と定められている。
（２）また、還付加算金の割合は、国税通則法５８条１項の規定によって年７．３％と定められているところ、その割合については、各年の特例基準割合（租税特別措置法９３条２項）が年７．３％の割合に満たない場合には、特例基準割合とされることになる（同法９５条）。
（３）したがって、仮に本件金員が過誤納金である旨の原告の主張が認められ、被告において過誤納金を還付する場合には、その計算期間は、税務署長がその過誤納の事実の確認をした日の翌日から起算して１月を経過する日（本件では、京橋税務署長がその過誤納の事実を確認した日である、本件金員が過誤納であると認める本件訴訟の判決確定の日の翌日から起算して１月を経過する日）の翌日からその還付のための支払決定の日又はその充当の日までとなり、還付加算金の割合については、年７．３％又は租税特別措置法９３条２項に規定する特例基準割合のいずれか低い割合となる。
（４）したがって、還付加算金の計算等につき、本件納付日から支払済みまで年１４．６％の割合によるとする原告の主張は理由がない。
以上
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2021/pdf/13557.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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