税務訴訟資料第２７１号－８６（順号１３５８８）
東京地方裁判所令和●●年（○○）第●●号二重課税された納付済源泉所得税の還付請求事件
国側当事者・国
令和３年７月１６日棄却・控訴
判決
原告Ａ有限会社
同代表者取締役甲
被告国
同代表者法務大臣上川陽子
同指定代理人江原謙一
角木渉
伊藤芳樹
庵原哲也
吉田正
青木雄弥
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
被告は、原告に対し、２０５０万６０５６円並びにうち６１万円、うち６１万円、うち２６万、うち２６万円、うち４４０万円、うち５５０万円、うち４４０万円及びうち４４３万円に対する市川税務署長が過誤納の事実を確認した日（本件の判決確定日）の翌日から起算して１月を経過する日の翌日からその還付のための支払決定の日又はその充当の日までの年７．３パーセントの割合（当該割合よりも租税特別措置法９３条２項に規定する特例基準割合の方が低いときは、その特例基準割合）による各金員（１００円未満の端数があるとき又はその全額が１０００円未満であるときは、その端数又はその全額を切り捨てた後のもの）を支払え。
第２ 事案の概要
本件は、原告が、甲（以下「本件代表者」という。）、乙（以下「本件妻」という。）、丙、丁（なお、現在の氏名は「戊」である。以下同じ。）及びＢ（なお、現在の氏名は「Ｃ」である。以下同じ。また、丙、丁及びＢを併せて「本件子ら」といい、本件代表者、本件妻及び本件子らを併せて「本件各役員」という。）に対する平成２６年１月分ないし平成２９年１２月分（以下「本件各月分」という。）に係る給与等合計７５９０万円（以下「本件各役員給与等」という。）について源泉所得税等（源泉徴収に係る所得税及び復興特別所得税をいう。以下同じ。）合計２０５０万６０５６円（以下、原告が本件各役員給与等について徴収して納付したこれらの源泉所得税等を「本件各源泉所得税等」という。）を徴収し、いずれも法定納期限までに納付していたところ、本件各源泉所得税等は国税通測法５６条１項に規定する過誤納金（以下、単に「過誤納金」という。）に該当するとして、被告に対し、これらに同法５８条１項に規定する還付加算金（以下、単に「還付加算金」という。）を加算した金額の支払を求めた事案である。
１ 関係法令
（１）ア国税通則法１５条（平成３０年法律第１６号による改正前のもの。以下同じ。）１項は、国税を納付する義務（源泉徴収による国税については、これを徴収して国に納付する業務。以下「納税義務」という。）が成立する場合には、その成立と同時に特別の手続を要しないで納付すべき税額が確定する国税を除き、国税に関する法律の定める手続きにより、その国税についての納付すべき税額が確定されるものとする旨を定めている。国税通則法１５条２項柱書きは、納税義務は、次の各号に掲げる国税（同項１号から１２号までにおいて、附帯税を除く。）については、当該各号に定める時（当該国税のうち政令で定めるものについては、政令で定める時）に成立する旨を定めている。そして同項２号は、源泉徴収による所得税については、利子、配当、給与、報酬、料金その他源泉徴収をすべきものとされている所得の支払の時とする旨を定めている。
国税通則法１５条３項柱書きは、納税義務の成立と同時に特別の手続を要しないで納付すべき税額が確定する国税は、次に掲げる国税とする旨を定めている。そして、同項２号は、源泉徴収による国税を掲げている。
イ 国税通則法５６条１項は、国税局長、税務署長又は税関長は、還付金又は国税に係る過誤納金（以下「還付金等」という。）があるときは、遅滞なく、金銭で還付しなければならない旨を定めている。
ウ 国税通則法５８条１項柱書きは、国税局長、税務署長又は税関長は、還付金等を還付し、又は充当する場合には、次の各号に掲げる還付金等の区分に従い当該各号に定める日の翌日からその還付のための支払決定の日又はその充当の日（同日前に充当をするのに適することとなった日がある場合には、その適することとなった日）までの期間（他の国税に関する法律に別段の定めがある場合には、その定める期間）の日数に応じ、その金額に年７．３パーセントの割合を乗じて計算した金額（還付加算金）をその還付し、又は充当すべき金額に加算しなければならない旨を定めている。そして、同項３号は、同項１号又は２号に掲げる過納金以外の国税に係る過誤納金については、その過誤納となった日として政令で定める日の翌日から起算して１月を経過する日とする旨を定めている。
（２）ア所得税法６条は、同法２８条１項に規定する給与等の支払をする者その他同法第４編第１章から第６章までに規定する支払をする者は、この法律により、その支払に係る金額につき源泉徴収をする義務がある旨を定めている。
イ 所得税法２８条１項は、給与所得とは、俸給、給料、賃金、歳費及び賞与並びにこれらの性質を有する給与（以下この条において「給与等」という。）に係る所得をいう旨を定めている。
ウ 所得税法１８３条１項は、居住者に対し国内において同法２８条１項に規定する給与等（以下この章において「給与等」という。）の支払をする者は、その支払の際、その給与等について所得税を徴収し、その徴収の日の属する月の翌月１０日までに、これを国に納付しなければならない旨を定めている。
エ 所得税法２１６条は、居住者に対し国内において同法２８条１項に規定する給与等（以下この章において「給与等」という。）又は同法３０条１項に規定する退職手当等（以下この章において「退職手当等」という。）の支払をする者（同法１８４条に規定する者を除く。）は、当該支払をする者の事務所、事業所その他これらに準ずるものでその支払事務を取り扱うもの（給与等の支払を受ける者が常時１０人未満であるものに限る。以下この章において「事務所等」という。）につき、当該事務所等の所在地の所轄税務署長の承認を受けた場合には、１月から６月まで及び７月から１２月までの各期間（当該各期間のうちその承認を受けた日の属する期間については、その日の属する月から当該期間の最終月までの期間とする。以下この条において同じ。）に当該事務所等において支払った給与等及び退職手当等（非居住者に対して支払った給与等及び退職手当等並びに同法２０４条１項２号に掲げる報酬又は料金を含む。以下この条において同じ。）について同法第４編第２章から第６章までの規定により徴収した所得税の額を、これらの規定にかかわらず、１月から６月までの期間に係る給与等及び退職手当等について徴収した所得税の額にあっては当該期間の属する年の７月１０日までに、７月から１２月までの期間に係る給与等及び退職手当等について徴収した所得税の額にあっては当該期間の属する年の翌年１月２０日までに国に納付することができる旨を定めている。
（３）東日本大震災からの復興のための施策を実施するために必要な財源の確保に関する特別措置法（以下「復興財源確保法」という。）２８条（平成３０年法律第７号による改正前のもの。ただし、本件各月分のうち、平成２６年１月１日から平成２７年６月３０日までに所得税法１８３条１項の規定により所得税を徴収すべきものについては、平成２７年法律第９号による改正前のものとし、同年７月１日から同年１２月３１日までに同項の規定により所得税を徴収すべきものについては、平成２５年法律第５号による改正前のものとし、平成２８年１月１日から同年３月３１日までに同項の規定により所得税を徴収すべきものについては、平成２６年法律第１０号による改正前のものとする。以下同じ。）１項は、所得税法第４編第１章から第６章までの規定により所得税を徴収して納付すべき者は、その徴収の際、復興特別所得税を併せて徴収し、当該所得税の法定納期限までに、当該復興特別所得税を当該所得税に併せて国に納付しなければならない旨を定めている。
２ 前提事実
次の事実は、当事者間に争いのない事実又は当裁判所に顕著な事実のほか、掲記の証拠（なお、以下、書証番号は、特記しない限り、枝番の記載を省略する。）又は弁論の全趣旨によって認めることができる事実である。
（１）当事者等
ア（ア）原告は、昭和６０年１１月●日、建築工事業等を目的として設立された特例有限会社である（乙４）。
（イ）本件代表者は、平成７年１２月１６日以降、原告の取締役に就任していたところ、平成２５年４月１０日に、その取締役を辞任してその監査役に就任し、平成２７年１２月３０日には、その監査役も辞任したが、令和２年３月１日以降は、再度その取締役に就任している（乙４）。
本件代表者の配偶者である本件妻は、平成２５年４月１０日以降、原告の代表取締役に就任していたが、令和２年３月１日に、その代表取締役を辞任した（乙４、６）。本件代表者の子である本件子らは、平成２５年４月１０日以降、いずれも原告の取締役に就任していたが、令和２年３月１日に、いずれもその取締役を辞任した（乙４、弁論の全趣旨）。
（ウ）本件代表者は、上記（イ）のとおり、原告の監査役を辞任してから再度その取締役に就任するまでの間も、原告の経理や申告業務等を取り仕切り、代表取締役に就任していた本件妻に対し、これらに係る指示をするなどしていた（乙４、６、弁論の全趣旨）。
イ（ア）株式会社Ｄ（なお、平成１２年４月１日に変更される前の商号は「株式会社Ｅ」であった。以下「本件関係法人１」という。）は、平成１１年４月●日、建築の設計及び監理業務等を目的として設立された株式会社である（乙７）。
（イ）本件代表者は、本件関係法人１の設立以降、その代表取締役に就任していたところ、平成３０年２月５日に、その代表取締役を辞任し、同月２０日には、その取締役も辞任したが、令和元年１０月７日以降は、再度その代表取締役に就任している（乙７）。
本件妻は、本件関係法人１の設立以降、その取締役に就任している（乙７）。
Ｂは、平成２５年３月２５日以降、本件関係法人１の取締役に就任していたが、平成３０年２月２０日に、その取締役を辞任した（乙７）。
ウ（ア）合同会社Ｆ（以下「本件関係法人２」という。）は、平成２６年３月●日、建築に関する設計、施工及びコンサルティング等を目的として設立された合同会社である（乙８）。
（イ）本件代表者は、本件関係法人２の設立以降、その代表社員に就任している（乙８）。
本件妻及び本件子らは、本件関係法人２の設立以降、いずれもその業務執行社員に就任している（乙８）。
（２）原告による法人税等（法人税、復興特別法人税及び地方法人税をいう。以下同じ。）及び消費税等（消費税及び地方消費税をいう。以下同じ。また、法人税等及び消費税等を併せて「本税」という。）の申告並びに本件各源泉所得税等の徴収及び納付等
ア 原告は、自らの①平成２５年１２月１日から平成２６年１１月３０日までの事業年度（以下「平成２６年１１月期」といい、他の原告の事業年度についても同様に表記する。）ないし平成２９年１１月期の法人税、②平成２５年１２月１日から平成２６年１１月３０日までの課税事業年度（以下「平成２６年１１月課税事業年度」といい、他の原告の課税事業年度についても同様に表記する。）の復興特別法人税、③平成２７年１１月課税事業年度ないし平成２９年１１月課税事業年度の地方法人税及び④平成２５年１２月１日から平成２６年１１月３０日までの課税期間（以下「平成２６年１１月課税期間」といい、他の原告の課税期間についても同様に表記する。）ないし平成２９年１１月課税期間の消費税等について、いずれも法定申告期限までに、別表１－１及び１－２の「申告」欄のとおりの申告をした（乙５、９ないし１６）。
なお、原告は、平成２６年１１月期ないし平成２９年１１月期において、売上高を合計１億８５０４万７２００円計上するとともに、給与等を合計９５４６万７０００円（本件各役員給与等のうちこれらの各事業年度に係るもの並びに原告がＧ及びＨに対して支払ったとする給与等合計２０７６万７０００円を含む。以下、Ｇ及びＨを「訴外各従業員」といい、これらの給与等を「訴外各従業員給与等」という。）計上しており、また、これらの各事業年度の末日現在における原告の貸借対照表上の現金及び預金は、約３４９５万円ないし約５８２２万円であった（甲１の２３ないし２６、乙５、９ないし１１、２３ないし２５、３５、３６）。
イ 原告は、所得税法２１６条に規定する承認を受けていたところ、別表２のとおり、本件各役員に対し、本件各月分に係る給与等として本件各役員給与等を支払った上で、本件各源泉所得税等（合計２０５０万６０５６円）を徴収し、これらに訴外各従業員給与等について徴収したとする源泉所得税等合計４７６万８２００円（以下「訴外各源泉所得税等」という。）を加算した合計２５２７万４２５６円を、いずれも法定納期限までに納付した（甲１の２３ないし２７、乙２３ないし２５、弁論の全趣旨）。
（３）東京国税局査察部所属の職員（以下「本件査察職員」という。）による調査（以下「本件調査」という。）等
ア 本件査察職員は、平成２９年６月２２日、本件関係法人１を犯則嫌疑者とし、原告及び本件関係法人２をその関係法人として、本件調査に着手したところ、次の事実が判明した（甲１の６ないし１６、乙１７ないし２２、２６ないし３４、４５、弁論の全趣旨）。
（ア）本件関係法人１は、原告及び本件関係法人２などに対する架空の外注加工費を計上するなどして、本件関係法人１の本税を過少に申告していた。これは、①本件関係法人１が納付すべき本税の額を減少させて運転資金を内部留保すること、②簡易課税制度を適用することができる原告及び設立直後で消費税等の納税義務が免除される本件関係法人２に対し、本件関係法人１の利益を移転して、納付すべき消費税等の額を全体として減少させることなどを目的とするものであった。
（イ）原告及び本件関係法人２は、本件関係法人１が計上していた上記（ア）の架空の外注加工費について、これらに係る請求書を作成して売上高を計上したり、あるいは、薄外口座への送金又は第三者を介した送金を受けた上で売上高から除外するなどしていた。また、原告及び本件関係法人２は、本件関係法人１に計上すべき経費（本件関係法人１において勤務しその業務に従事する従業員に対して支払われた給与等を含む。）を自らの経費として計上するなどもしていた。
イ 本件関係法人１は、本件調査を受け、自らの①平成２５年４月１日から平成２６年３月３１日までの事業年度（以下「平成２６年３月期」といい、他の本件関係法人１の事業年度についても同様に表記する。）ないし平成２９年３月期の法人税、②平成２５年４月１日から平成２６年３月３１日までの課税事業年度（以下「平成２６年３月課税事業年度」といい、他の本件関係法人１の課税事業年度についても同様に表記する。）の復興特別法人税、③平成２８年３月課税事業年度及び平成２９年３月課税事業年度の地方法人税並びに④平成２５年４月１日から平成２６年３月３１日までの課税期間（以下「平成２６年３月課税期間」といい、他の本件関係法人１の課税期間についても同様に表記する。）ないし平成２９年課税期間の消費税等について、自ら計上していた外注加工費合計４億１６１５万３４１５円は前記ア（ア）の架空の外注加工費に係るものであったから、これらを否認して所得金額に加算し、他方で、本件関係法人１に計上すべき経費（訴外各従業員給与等及び本件関係法人２が自らの従業員に対して支払ったとする給与等合計３８１万円を含む。）が計上されていなかったから、これらを本件関係法人１の経費として所得金額から減算するなどして、いずれも平成３０年１１月７日に、修正申告をした。そして、本件関係法人１は、これらの修正申告に伴い、これらの本税について、別表３のとおり、合計１億２０９６万９６００円を納付した（甲３、乙２６ないし３４、弁論の全趣旨）。
ウ（ア）市川税務署長は、本件調査の資料の一部を引き継いだ上で、原告の①平成２６年１１月期ないし平成２９年１１月期の法人税、②平成２７年１１月課税事業年度ないし平成２９年１１月課税事業年度の地方法人税及び③平成２６年１１月課税期間ないし平成２９年１１月課税期間の消費税等について、原告が計上していた前記（２）アの売上高合計１億８５０４万７２００円は前記ア（ア）の架空の外注加工費に係るものであったから、これらを否認して所得金額から減算し、他方で、本件関係法人１に計上すべき経費（訴外各従業員給与等の一部を含む。）が原告の経費として計上されていたから、これらを否認して所得金額に加算するなどして、いずれも令和元年５月２８日付けで、別表１－１及び１－２の「減額更正処分」欄のとおりの減額更正処分をした。そして、市川税務署長は、これらの減額更正処分に伴い、これらの本税について、別表１－３のとおり、合計１８１３万２０１８円を還付した（甲１の６ないし１６、２８、２９、弁論の全趣旨）。
（イ）市川税務署長は、本件調査の資料の一部を引き継いだ上で、訴外各源泉所得税等については、原告が納税義務を負うものではなかったとして、平成３１年１月２５日に、これらを還付した。これに対し、本件各源泉所得税等については、これらの還付がされることはなかった（甲１の２７、弁論の全趣旨）。
エ（ア）京橋税務署長は、本件関係法人２の①平成２７年１月１日から同年１２月３１日までの事業年度（以下「平成２７年１２月期」といい、他の本件関係法人２の事業年度についても同様に表記する。）ないし平成２９年１２月期の法人税、②平成２８年１月１日から同年１２月３１日までの課税事業年度（以下「平成２８年１２月課税事業年度」といい、他の本件関係法人２の課税事業年度についても同様に表記する。）及び平成２９年１２月課税事業年度の地方法人税に並びに③平成２９年１月１日から同年１２月３１日までの課税期間（以下「平成２９年１２月課税期間」といい、他の本件関係法人２の課税期間についても同様に表記する。）の消費税等について、本件関係法人２が計上していた売上高合計１億４２４９万３４００円は前記ア（ア）の架空の外注加工費に係るものであったから、これらを否認して所得金額から減算し、他方で、本件関係法人１に計上すべき経費（前記イの給与等合計３８１万円を含む。）が本件関係法人２の経費として計上されていたから、これらを否認して所得金額に加算するなどとして、いずれも令和元年５月２８日付けで、減額更正処分をした。そして、京橋税務署長は、これらの減額更正処分に伴い、これらの本税について、別表４のとおり、合計１１２６万５０００円を還付した（乙１９ないし２１、４５、弁論の全趣旨）。
（イ）京橋税務署長は、本件関係法人２が前記イの給与等合計３８１万円につき徴収して納付した源泉所得税等合計１１万７５００円については、本件関係法人２が納税義務を負うものではなかったとして、令和元年６月頃に、これらを還付した。これに対し、本件関係法人２が本件各役員に対する給与等合計６２４０万円につき徴収して納付した源泉所得税等合計１８８９万７１８４円については、これらの還付がされることはなかった（乙４５、弁論の全趣旨）。
（４）本件訴えの提起等
ア 原告は、令和元年７月７日、本件各源泉所得税等が過誤納金に該当するとして、これらの還付等を求め、国税不服審判所長に対する審査請求をしたが、国税不服審判所長は、同年１０月１６日付けで、同審査請求を却下する旨の裁決をした（甲２）。
イ そこで、原告は、令和２年４月２日、本件訴えを提起した。
３ 争点及び争点に関する当事者の主張
本件では、本件各源泉所得税等が過誤納金に該当するか否か等が争点になっており、この争点に関する当事者の主張は、次のとおりである。
（１）原告の主張
ア 本件調査における主な経緯等は、次のとおりであった。
（ア）本件代表者は、本件調査において、本件査察職員から、原告並びに本件関係法人１及び２の本税及び源泉所得税等に係る納税指導を受けていたところ、その中で、当初は、原告並びに本件関係法人１及び２を一つの法人とみなし、本件関係法人１の原告及び本件関係法人２に対する外注加工費を否認するとともに、これらに係る原告及び本件関係法人２の売上高を否認した上で、原告及び本件関係法人２が計上していた経費は本件関係法人１の経費とする旨の方針を伝えられていた。
（イ）本件代表者は、平成３０年６月１９日、本件査察職員から、増差額等が記載された書類（甲１の２０）を示された上で、平成２６年３月期ないし平成２９年３月期における原告及び本件関係法人２の本件各役員に対する給与等合計１億２７７０万円（本件各役員給与等及び前記２（３）エ（イ）の給与等合計６２４０万円のうちこれらの各事業年度に係るものを含む。）を本件関係法人１の経費として計上するが、所得金額の計算上は、これらを損金の額に算入しない旨の方針を伝えられた。これによると、本件各源泉所得税等及び本件関係法人２が前記２（３）エ（イ）の給与等合計６２４０万円につき徴収して納付した源泉所得税等合計１８８９万７１８４円については、これらの還付が認められることになるが、以上のような損金不算入をすべき根拠がなかったため、本件代表者は、その点を抗議した。しかしながら、その点に係る説明がされることはなかった。
なお、当該書類（甲１の２０）によれば、原告並びに本件関係法人１及び２が納付すべき本税に係る増差額は合計１億０２９０万４４８２円であり、源泉所得税等に係る増差額は合計マイナス２１３万１４９３円であるところ、これらを合計すると、１億００７７万２９８９円になる。
（ウ）その後も、本件代表者は、上記（イ）の損金不算入に納得することができないでいたところ、平成３０年８月２４日、本件査察職員から、増差額等が記載された書類（甲１の１９）を示された上で、上記（イ）の損金不算入はしないものの、そもそも平成２６年３月期ないし平成２９年３月期における原告及び本件関係法人２の本件各役員に対する給与等合計１億２７７０万円（本件各役員給与等及び前記２（３）エ（イ）の給与等合計６２４０万円のうちこれらの各事業年度に係るものを含む。）を本件関係法人１の経費とせず、また、本件各源泉所得税等及び本件関係法人２が前記２（３）エ（イ）の給与等合計６２４０万円につき徴収して納付した源泉所得税等合計１８８９万７１８４円についても、いずれも還付しない旨の方針を伝えられた。これを受けて、本件代表者は、これらの還付がされなければ、二重課税になるのではないかなどと抗議したが、これらの還付がされることはなかった。
なお、当該書類（甲１の１９）によれば、原告並びに本件関係法人１及び２が納付すべき本税に係る増差額は合計９８０７万０２８２円であり、源泉所得税等に係る増差額は合計マイナス６７１万７２１７円であるところ、これらを合計すると、９１３５万３０６５円になる。
イ 前記アのとおり、過大な納税指導がされ、やむを得ず、前記２（３）イの本件関係法人１の修正申告がされたにもかかわらず、本件各源泉所得税等が過誤納金に該当しないとして、これらの還付がされなければ、原告に過大な税負担を強いることになる。なお、上記ア（ウ）の９１３５万３０６５円に還付されていない本件各源泉所得税等（合計２０５０万６０５６円）及び本件関係法人２が前記２（３）エ（イ）の給与等合計６２４０万円につき徴収して納付した源泉所得税等合計１８８９万７１８４円を加算すると、１億３０７５万６３０５円になり、これと前記ア（イ）の１億００７７万２９８９円とを比較すると、前者の金額が後者の金額よりも大幅に上回ることになるし、原告並びに本件関係法人１及び２が納付すべき本税及び源泉所得税等をみても、過大な税負担であることは明らかであるから、本件各源泉所得税等は過誤納金に該当すると考えてよいと思われる。
加えて、前記２（３）ウ（ア）の原告に対する減額更正処分において、原告が計上していた前記２（２）アの売上高合計１億８５０４万７２００円が全て否認された以上、原告が本件各役員給与等を支払うことはできず、本件各役員給与等は本件関係法人１の経費とすべきであること、令和元年６月５日に開催された原告の取締役会において、本件各役員給与等を全て自主返納する旨の決議がされたことなども考慮すれば、本件各源泉所得税等は過誤納金に該当するというべきである。
ウ なお、被告は、後記（２）ウのとおり、本件各源泉所得税等のうち平成２６年１月分ないし同年１２月分に係るものについては、これらに係る還付請求権が既に時効消滅したものといえる旨を主張する。
しかしながら、前記２（３）アの本件調査の着手又は前記２（４）アの審査請求により、これらに係る時効の進行は停止したものと考えられる。
したがって、この点に関する被告の主張は理由がない。
（２）被告の主張
ア 本件各役員給与等は、雇用契約又はこれに類する原因に基づき提供された非独立的な労務の対価としての給付であるから、所得税法２８条１項に規定する給与等に該当する。そして、前記２（２）イのとおり、原告は、その本件各役員給与等を現に支払っていたのであるから、同法１８３条１項及び復興財源確保法２８条１項の規定により、原告が、これらの支払の際、本件各役員給与等について本件各源泉所得税等を徴収し、国に納付すべき納税義務を負っていたことは明らかである。そのため、原告が本件各源泉所得税等を徴収して納付したことには、何らの瑕疵もないし、その他に、本件各役員給与等を否認する更正処分等に伴って超過納付になったことなどをうかがわせる事情も見当たらないから、本件各源泉所得税等は過誤納金に該当しない。
イ これに対し、原告は、前記（１）イのとおり、①前記２（３）イの本件関係法人１の修正申告がされたにもかかわらず、本件各源泉所得税等が過誤納金に該当しないとして、これらの還付がされなければ、原告に過大な税負担を強いることになること、②前記２（３）ウ（ア）の原告に対する減額更正処分において、原告が計上していた前記２（２）アの売上高合計１億８５０４万７２００円が全て否認された以上、原告が本件各役員給与等を支払うことはできず、本件各役員給与等は本件関係法人１の経費とすべきであること、③令和元年６月５日に開催された原告の取締役会において、本件各役員給与等を全て自主返納する旨の決議がされたことなどをもって、本件各役員給与等が過誤納金に該当する旨を主張する。
しかしながら、本件関係法人１は、前記２（３）イの本件関係法人１の修正申告において、所得金額の計算上、本件各役員給与等を損金の額に算入しておらず、その後に自ら本件各役員給与等について源泉所得税等を徴収して納付したこともその告知処分がされたこともないから、本件各源泉所得税等が過誤納金に該当しないとして、これらの還付がされなかったとしても、それをもって、本件各源泉所得税等について二重課税がされたとか原告に過大な税負担を強いることになるなどということはできない。
また、市川税務署長は、前記２（３）ウ（ア）の原告に対する減額更正処分において、所得金額の計算上、原告が計上していた前記２（２）アの売上高合計１億８５０４万７２００円を否認しただけで、原告がこれらに係る金員を受領していたこと自体を否認したものではないし、前記２（２）イのとおり、原告は、本件各役員給与等を現に支払っていたことが認められる。
加えて、原告の主張するような取締役会の決議がされたとしても、それをもって本件各役員給与等の支払自体に当初から瑕疵があったということはできないし、その後に本件各役員が本件各役員給与等を自主返納したからといって、既に確定している本件各源泉所得税等の納税義務が消滅することにもならない。
したがって、この点に関する原告の主張はいずれも理由がない。
ウ なお、仮に本件各源泉所得税等が過誤納金に該当することがあるとしても、平成２６年１月分ないし同年１２月分に係るものについては、これらの納付日の翌日（平成２６年１月分ないし同年６月分に係るものについては、同年７月１０日、同月分ないし同年１２月分に係るものについては、平成２７年１月２０日）から起算しても５年が経過しているから、これらの還付請求権は、既に時効消滅したものといえる。
第３ 当裁判所の判断
１ 前記第２の２（１）ア（イ）及び（ウ）のとおり、本件妻及び本件子らは、本件各月分において、原告の代表取締役又は取締役に就任していた者であるし、本件代表者も、当初は、その監査役に就任しており、その監査役を辞任してからも、形式的には役員の地位になかったとはいえ、原告の経理や申告業務等を取り仕切り、代表取締役に就任していた本件妻に対し、これらに係る指示をするなどしていた者であることが認められる。そして、前記第２の２（２）イのとおり、原告が、このような本件各役員に対し、本件各月分に係る給与等として本件各役員給与等を現に支払っていたことなどに照らすと、本件各役員給与等は、所得税法２８条１項に規定する給与等に該当するものというべきであるし、原告も、この点については具体的に争っていない。
このように、原告は、本件各月分において、所得税法２８条１項に規定する給与等に該当する本件各役員給与等を現に支払っていたのであるから、同法１８３条１項及び復興財源確保法２８条１項の規定により、原告が、これらの支払の際、本件各役員給与等について本件各源泉所得税等を徴収し、国に納付すべき納税義務を負っていたことは明らかである。そのため、当該納税義務を負う原告が本件各源泉所得税等を徴収して納付したことには、何らの瑕疵もないし、その他に、本件全証拠を精査しても、本件各役員給与等を否認する更正処分等に伴って超過納付となったことなどをうかがわせる事情は見当たらないから、本件各源泉所得税等は過誤納金に該当しないものといえる。
２ これに対し、原告は、前記第２の３（１）イのとおり、①前記第２の２（３）イの本件関係法人１の修正申告がされたにもかかわらず、本件各源泉所得税等が過誤納金に該当しないとして、これらの還付がされなければ、原告に過大な税負担を強いることになること、②前記第２の２（３）ウ（ア）の原告に対する減額更正処分において、原告が計上していた前記第２の２（２）アの売上高合計１億８５０４万７２００円が全て否認された以上、原告が本件各役員給与等を支払うことはできず、本件各役員給与等は本件関係法人１の経費とすべきであること、③令和元年６月５日に開催された原告の取締役会において、本件各役員給与等を全て自主返納する旨の決議がされたことなどをもって、本件各役員給与等が過誤納金に該当する旨を主張する。
しかしながら、原告が本件各源泉所得税等の納税義務を負っていたことは、上記１で述べたとおりであるから、本件において、本件各源泉所得税等が過誤納金に該当しないとして、これらの還付がされなかったとしても、それは、原告が当該納税義務を負っていたからにほかならず、それをもって、原告に過大な税負担を強いることになるなどということはできない。加えて、証拠（甲１の６ないし９、乙２６ないし２９、４５）及び弁論の全趣旨によれば、本件関係法人１は、前記第２の２（３）イの本件関係法人１の修正申告において、所得金額の計算上、本件各役員給与等を損金の額に算入しておらず、その後に本件関係法人１が自ら本件各役員給与等について源泉所得税等を徴収して納付したこともその告知処分がされたこともないことが認められる上、原告も、前記第２の２（３）ウ（ア）の原告に対する減額更正処分において、訴外各従業員給与等の一部が否認されたにとどまり、本件各役員給与等は否認されておらず、その後に本件各役員給与等を否認する更正処分等がされたこともないことが認められるから、本件各役員給与等又は本件各源泉所得税等について矛盾した更正処分等がされて過大な税負担があるなどということもできない。
また、市川税務署長は、前記第２の２（３）ウ（ア）の原告に対する減額更正処分において、所得金額の計算上、原告が計上していた前記第２の２（２）アの売上高合計１億８５０４万７２００円を否認しただけで、原告がこれらに係る金員を受領していたこと自体を否認したものではないし、前記第２の２（２）のとおり、平成２６年１１月期ないし平成２９年１１月期の末日現在における原告の貸借対照表上の現金及び預金は、約３４９５万円ないし約５８２２万円もあり、原告は、本件各役員給与等を現に支払っていたことが認められる。そのため、前記第２の２（３）ウ（ア）の原告に対する減額更正処分において、原告が計上していた前記第２の２（２）アの売上高合計１億８５０４万７２００円が全て否認されたとしても、それをもって、直ちに原告が本件各役員給与等を支払うことができなかったなどということはできない。加えて、原告が提出した取締役会議事録（甲１の１７）には、令和元年６月５日に開催された原告の取締役会において、「市川税務署より令和１年５月３０日更正通知書が届き平成２５年１２月１日～平成２９年１１月３０日までの４年間にわたりＡの売上が全額否認されたため４年間にわたり支払った役員報酬７５，９００，０００円の全額を自主返納すること」が提案され、全員一致をもって可決された旨が記載されている。この記載によれば、原告の主張する本件各役員給与等を自主返納する旨の決議は、本件各役員給与等の支払自体に当初から瑕疵があったことを理由としてされたものではないし、その他に、本件全証拠を精査しても、本件各役員給与等の支払自体に当初から瑕疵があったことなどをうかがわせる事情は見当たらない。そして、原告が本件各月分において支払っていた本件各役員給与等が所得税法２８条１項に規定する給与等に該当するものであったことは、上記１で述べたとおりであるから、同法１８３条１項及び復興財源確保法２８条１項の規定により、原告が、これらの支払の際、本件各役員給与等について本件各源泉所得税等を徴収し、国に納付すべき納税義務を負っていたことは明らかであるし、国税通則法１５条２項２号及び同条３項２号の規定により、当該納税義務は、これらの支払の時に成立し、かつ、その成立と同時に確定したものと認められる。そのため、その後に原告の主張する当該決議がされたとしても、既に確定している当該納税義務に影響を及ぼすものとはいえないし、それをもって、本件各源泉所得税等が過誤納金に該当することになるなどということもできない。
その他にも、原告は、るる主張しているが、いずれも原告が本件各源泉所得税等の納税義務を負っていたか否かなどの判断に直接関わるものではないし、その主張する点をもって、本件各源泉所得税等が過誤納金に該当しないとする当裁判所の判断が左右されることはない。したがって、この点に関する原告の主張はいずれも理由がない。
第４ 結論
以上によれば、その余の点について判断するまでもなく、原告の請求はいずれも理由がないから、これらを棄却することとして、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官市原義孝
裁判官小西圭一
裁判官和田崇寛
別表１－１原告の法人税等の申告等
申告
減額更正処分
平成
年
月期等
所得金額
△2,025,426 円
△20,486,715 円
減額更正処分における加算金額
―
13,417,411 円
うち給与等の過大計上額
―
6,600,000 円
減額更正処分における減算金額
―
△31,878,700 円
うち売上高の過大計上額
―
△29,235,000 円
納付すべき法人税額
△1,136 円
△1,136 円
翌期へ繰り越す欠損金
2,025,426 円
20,486,715 円
課税標準法人税額
0 円
―
納付すべき復興特別法人税額
△24 円
―平成
年
月期等
所得金額
94,094 円
△10,818,037 円
減額更正処分における加算金額
―
18,955,869 円
うち給与等の過大計上額
―
10,340,000 円
減額更正処分における減算金額
―
△29,868,000 円
うち売上高の過大計上額
―
△29,868,000 円
納付すべき法人税額
13,000 円
△1,037 円
翌期へ繰り越す欠損金
―
31,304,752 円
課税標準法人税額
14,000 円
0 円
納付すべき地方法人税額
600 円
0 円
平成
年
月期等
所得金額
9,036,163 円
△30,193,424 円
減額更正処分における加算金額
―
8,884,413 円
うち給与等の過大計上額
―
866,000 円
減額更正処分における減算金額
―
△48,114,000 円
うち売上高の過大計上額
―
△48,114,000 円
納付すべき法人税額
1,447,000 円
△578 円
翌期へ繰り越す欠損金
―
61,498,176 円
課税標準法人税額
1,447,000 円
0 円
納付すべき地方法人税額
63,600 円
0 円
平成
年
月期等
所得金額
44,964,377 円
△31,538,712 円
減額更正処分における加算金額
―
1,667,071 円
うち給与等の過大計上額
―
0円
減額更正処分における減算金額
―
△78,170,160 円
うち売上高の過大計上額
―
△77,830,200 円
納付すべき法人税額
9,849,400 円
△103 円
翌期へ繰り越す欠損金
―
93,036,888 円
課税標準法人税額
9,849,000 円
0 円
納付すべき地方法人税額
433,300 円
0 円
（注）１この表においては、平成26年11月期及び平成26年11月課税事業年度を「平成26年11月期等」と表記し、他の原告の事業年度及び課税事業年度についても同様に表記する。
２ 「所得金額」欄の「△」は、欠損金額を表し、「減額更正処分における減算金額」欄の「△」は、所得金額から減算することを表し、「納付すべき法人税額」欄及び「納付すべき復興特別法人税」欄の「△」は、還付金額を表す。
３ なお、「うち給与等の過大計上額」欄の金額は、いずれも訴外各従業員給与等に係るものであるが、同欄の金額を合計すると、1780万6000円であり、訴外各従業員給与等の合計2076万7000円と一致しない。これは、平成26年11月期の法人税の減額更正処分に係る更正の理由（甲1の6）を前提とすると、訴外各従業員給与等のうち平成26年6月分に係る賞与296万1000円（乙23）も否認して所得金額に加算すべきであったのに、その否認が漏れてしまったことによるものと考えられる。別表１－２原告の消費税等の申告等
申告
減額更正処分
Ｈ
・
課税期間
課税標準額
27,391,000円
0円
消費税額
1,458,833円
0円
控除対象仕入税額
365,972円
0円
納付すべき消費税額
1,092,800円
0円
課税標準となる消費税額
1,092,800円
0円
納付すべき地方消費税額
287,800円
0円
Ｈ
・
課税期間
課税標準額
27,655,000円
0円
消費税額
1,742,265円
0円
控除対象仕入税額
507,542円
0円
納付すべき消費税額
1,234,700円
0円
課税標準となる消費税額
1,234,700円
0円
納付すべき地方消費税額
333,100円
0円
Ｈ
・
課税期間
課税標準額
44,550,000円
0円
消費税額
2,806,650円
0円
控除対象仕入税額
1,964,655円
0円
納付すべき消費税額
841,900円
0円
課税標準となる消費税額
841,900円
0円
納付すべき地方消費税額
227,100円
0円
Ｈ
・
課税期間
課税標準額
72,065,000円
0円
消費税額
4,540,095円
0円
控除対象仕入税額
2,724,057円
0円
納付すべき消費税額
1,816,000円
0円
課税標準となる消費税額
1,816,000円
0円
納付すべき地方消費税額
490,000円
0円
（注）この表においては、平成26年11月課税期間を「H26・11課税期間」と表記し、他の原告の課税期間についても同様に表記する。
別表１－３原告に対する減額更正処分に伴う還付額
番号
事業年度等
法人税
復興特別法人税
地方法人税
消費税等
合計
平成26 年11 月期等
-
-
-
1,380,600円
1,380,600円
平成27 年11 月期等
14,037 円
-
600円
1,567,800円
1,582,437円
平成28 年11 月期等
1,447,578 円
-
63,600円
1,069,000円
2,580,178円
平成29 年11 月期等
9,849,503 円
-
433,300円
2,306,000円
12,588,803円
合計
11,311,118 円
-
497,500円
6,323,400円
18,132,018円
（注）１この表においては、平成26年11月期、平成26年11月課税事業年度及び平成26年11月課税期間を「平成26年11月期等」と表記し、他の原告の事業年度、課税事業年度及び課税期間についても同様に表記する。
２ これらの金額は、甲１の28及び29の各国税還付金振込通知書の「支払金額」欄の金額（「内還付加算金」）欄の金額があるときは、それを控除した後のもの）である。
別表２本件各役員給与等及び本件各源泉所得税等
番号
支給期間等
①給与等の計上額②うち訴外各従業
員給与等
③本件各役員給与
等（①－②）
④納付した源泉所
得税等
⑤うち訴外各源泉
所得税等
⑥本件各源泉所得
税等（③－④）
H26.1 分
-H26.6 分
15,561,000 円
9,561,000 円
6,000,000 円
2,525,160 円
1,912,200 円
612,960 円
H26.7 分
-H26.12 分
5,700,000 円
-
5,700,000 円
612,840 円
-
612,960 円
H27.1 分
-H27.6 分
9,840,000 円
5,640,000 円
4,200,000 円
1,712,160 円
1,448,400 円
263,760 円
H27.7 分
-H27.12 分
9,766,000 円
5,566,000 円
4,200,000 円
1,671,240 円
1,407,600 円
263,640 円
H28.1 分
-H28.6 分
13,200,000 円
-
13,200,000 円
4,404,360 円
-
4,404,360 円
H28.7 分
-H28.12 分
16,200,000 円
-
16,200,000 円
5,506,920 円
-
5,506,920 円
H29.1 分
-H29.6 分
13,200,000 円
-
13,200,000 円
4,404,960 円
-
4,404,960 円
H29.7 分
-H29.12 分
13,200,000 円
-
13,200,000 円
4,436,616 円
-
4,436,616 円
合計
96,667,000 円
20,767,000 円
75,900,000 円
25,274,256 円
4,768,200 円
20,506,056 円
（注）１この表においては、平成26年1月分のことを「Ｈ26．1分」と表記し、他の月分についても同様に表記する。
２ 「①給与等の計上額」欄の金額は、甲1の23ないし26（甲1全体の127頁、140頁、153頁、166頁）の各領収証書の「俸給・給料等」欄中の「支給額」欄の金額（「賞与（役員賞与を除く。）」欄中の「支給額」欄の金額があるときは、その合計金額）である。
３ 「②うち訴外各従業員給与等」欄の金額のうち、番号1の金額は、乙23の給与手当及び賞与に係る総勘定元帳の「当期累計」欄の金額を合計したものであり、番号３の金額は、乙24の給与手当に係る総勘定元帳の「1月度合計」欄ないし「6月度合計」欄の金額を合計したものであり、番号4の金額は、乙24の給与手当に係る総勘定元帳の「7月度合計」欄ないし「11月度合計」欄の金額並びに乙25の給与手当に係る総勘定元帳の「12月度合計」欄の金額を合計したものである。
４ 「④納付した源泉所得税等」欄の金額は、甲1の23ないし26（甲1全体の127頁、140頁、153頁、166頁）の各領収証書の「俸給・給料等」欄中の「税額」欄の金額（「賞与（役員賞与を除く。）」欄中の「税額」欄の金額があるときは、その合計金額。ただし、「年末調整による超過税額」欄の金額がある場合には、それを控除した後のものとする。）である。
５ 「⑤うち訴外各源泉所得税等」欄の金額は、甲1の27の各国税還付金振込通知書の「支払金額」欄の金額（「内還付加算金」欄の金額があるときは、それを控除した後のもの）である。
別表３本件関係法人１の修正申告に伴う納付額
番号
事業年度等
法人税
復興特別法人税
地方法人税
消費税等
合計
平成26 年3 月期等
15,332,300 円
1,533,200円
-
3,276,400円
20,141,900円
平成27 年3 月期等
5,517,600 円
-
-
3,263,400円
8,781,000円
平成28 年3 月期等
21,868,600 円
-
962,200円
8,150,100円
30,980,900円
平成29 年3 月期等
44,117,600 円
-
1,941,200円
15,007,000円
61,065,800円
合計
86,836,100 円
1,533,200円
2,903,400円
29,696,900円
120,969,600円
（注）１この表においては、平成26年3月期、平成26年3月課税事業年度及び平成26年3月課税期間を「平成26年3月期等」と表記し、他の本件関係法人1の事業年度、課税事業年度及び課税期間についても同様に表記する。
２ これらの金額は、甲3の各領収証書の「本税」欄の金額である。
別表４本件関係法人２に対する減額更正処分に伴う還付額
番号
事業年度等
法人税
復興特別法人税
地方法人税
消費税等
合計
平成27 年12 月期等
-
-
-
-
-
平成28 年12 月期等
1,314,952 円
-
57,800円
-
1,372,752円
平成29 年12 月期等
7,582,548 円
-
333,600円
1,976,100円
9,892,248円
合計
8,897,500 円
-
391,400円
1,976,100円
11,265,000円
（注）１この表においては、平成２７年１２月期、平成２７年１２月課税事業年度及び平成２７年１２月課税期間を「平成２７年１２月期等」と表記し、他の本件関係法人２の事業年度、課税事業年度及び課税期間についても同様に表記する。
２ これらの金額は、訴状表－１４の「還付される法人税」欄、「還付される地方法人税」欄及び「還付される消費税及び地方法人税」欄の金額である。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2021/pdf/13588.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。