税務訴訟資料第２７１号－９２（順号１３５９４）
東京高等裁判所令和●●年（○○）第●●号消費税及び地方消費税更正処分等取消請求控訴事件
国側当事者・国（麹町税務署長）
令和３年７月２９日棄却・上告受理申立て
（第一審・東京地方裁判所、平成●●年（○○）第●●号、令和２年９月３日判決、本資料２７０号－８８・順号１３４４８）
判決
控訴人（１審被告）国
同代表者法務大臣上川陽子
処分行政庁麹町税務署長
青木幸弘
同指定代理人能登谷宣仁
同山元智晶
同猪股翔太
同東雲健司
同野村智子
同徳永大輔
被控訴人（１審原告）株式会社Ⅾ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士大石篤史
同栗原宏幸
同安部慶彦
同平川雄士
同石井裕樹
同補佐人税理士村上博隆
主文
１ 原判決を取り消す。
２ 被控訴人の請求をいずれも棄却する。
３ 訴訟費用は第１、２審とも被控訴人の負担とする。
事実及び理由
第１ 控訴の趣旨
主文同旨
第２ 事案の概要（略語は、特に断りのない限り、原判決の例による。以下同じ。）
１ 本件は、被控訴人が、平成２７年３月期（平成２６年４月１日から平成２７年３月３１日までの課税期間をいい、他の課税期間についても同様に表記する。）から平成２９年３月期までの各課税期間（以下「本件各課税期間」という。）における各確定申告（以下「本件各確定申告」という。）において、将来の転売を目的として購入したマンション８４棟（以下「本件各マンション」という）に係る課税仕入れ（以下「本件各課税仕入れ」という。）を消費税法（平成３１年法律第６号による改正前のもの。特に断りのない限り、以下同じ。）３０条２項１号にいう「課税資産の譲渡等にのみ要するもの」（以下「課税対応課税仕入れ」という。）に区分されるものとし、本件各課税仕入れに係る消費税額の全額を本件各課税期間に係る課税標準額に対する消費税額から控除して申告をしたところ、麹町税務署長（処分行政庁）から、本件各課税仕入れは同号にいう「課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要するもの」（以下「共通対応課税仕入れ」という。）に区分されるべきであるから、本件各課税仕入れに係る消費税額の一部しか控除することができないとして、平成３０年７月３０日付けで本件各課税期間に係る消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）の各更正処分（以下「本件各更正処分」という。）並びにこれらに伴う過少申告加算税の各賦課決定処分（以下「本件各賦課決定処分」といい、本件各更正処分と併せて「本件各処分」ともいう。）を受けたことから、本件各課税仕入れは課税対応課税仕入れに区分すべきものであると主張して、本件各更正処分のうち申告額を超える部分及び本件各賦課決定処分の取消しを求める事案である。原審は、本件各課税仕入れは課税資産の譲渡等にのみ要するものとして課税対応課税仕入れに区分するのが相当であるから、本件各課税仕入れに係る消費税額の全額が控除対象仕入税額になるとして、被控訴人の請求を全部認容したところ、控訴人がこれを不服として控訴した。
２ 関係法令の定め、前提事実、争点及び争点に関する当事者の主張は、以下のとおり原判決を補正し、後記３のとおり当審における当事者の主張を付加するほかは、原判決の「事実及び理由」中の第２（以下「原判決第２」という。）の２ないし５（同２及び５の引用の係る原判決別紙２ないし４を含む。）に記載のとおりであるから、これを引用する（以下、補正後の原判決第２の３（１）以下の前提事実を「前提事実（１）」のようにいう。）。
（１）原判決５頁１３行目末尾の次に改行して次のとおり加える。
「（３）消費税法基本通達等について
ア 消費税法基本通達（平成７年１２月２５日付け課消２－２５（例規））１１－２－１２は、消費税法３０条２項１号に規定する「課税資産の譲渡等にのみ要するもの」とは、「課税資産の譲渡等を行うためにのみ必要な課税仕入れ等をいい、例えば、次に掲げるものの課税仕入れ等がこれに該当する」として、「（１）そのまま他に譲渡される課税資産（２）課税資産の製造用にのみ消費し、又は使用される原材料、容器、包紙、機械及び装置、工具、器具、備品等（３）課税資産に係る倉庫料、運送費、広告宣伝費、支払手数料又は支払加工賃等」を掲げており、同通達に係る消費税法基本通達逐条解説は、「個別対応方式により仕入控除税額を計算する場合の課税資産の譲渡等にのみ要するものとは、文字どおり課税資産の譲渡等を行うためにのみ必要な課税仕入れ等であって、課税資産の譲渡等を行うために要したものではない。」と解説している（乙２）。
また、消費税法基本通達１１－２－２０は、「個別対応方式により仕入れに係る消費税額を計算する場合において、課税仕入れ及び保税地域から引き取った課税貨物を課税資産の譲渡等にのみ要するもの、その他の資産の譲渡等にのみ要するもの及び課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要するものに区分する場合の当該区分は、課税仕入れを行った日又は課税貨物を引き取った日の状況により行うこととなるのであるが、課税仕入れを行った日又は課税貨物を引き取った日において、当該区分が明らかにされていない場合で、その日の属する課税期間の末日までに、当該区分が明らかにされたときは、その明らかにされた区分によって法第３０条第２項第１号《個別対応方式による仕入税額控除》の規定を適用することとして差し支えない。」としており、同通達に係る消費税法基本通達逐条解説は、課税仕入れ等についての用途区分は、その課税仕入れ等を行った日の状況により行うことが原則となり、同通達の前段ではそのことを明らかにしているが、課税仕入れ等の時においては、その用途区分が明らかでない場合もままあるところ、課税仕入れ等に係る用途区分が消費税の課税関係に影響するのは、仕入税額控除の計算の結果としての確定申告によってであるから、その課税仕入れ等を行った日の属する課税期間の末日までにその区分が明らかにされた場合には、その区分されたところによって個別対応方式による仕入控除税額の計算を行っても差し支えないとしたものであると解説している（乙２）。
イ 消費税法３０条３項の趣旨について、同法の逐条解説書（ＤＨＣコンメンタール消費税法。乙２４）は、「その課税期間における課税仕入れ等のうち個別対応方式における共通用の課税仕入れ等に係る仕入税額控除の計算において、事業者における事業状況が、その課税仕入れ等のあった課税期間の課税売上割合に必ずしも反映していない場合の存することが考えられるところから、かかる事例に対処するため、課税売上割合よりもより合理的な割合を適用することがその事業者にとって適切であるならば、その合理的な割合を認めることを妥当とする趣旨によるものである。具体的には、個別対応方式を適用する場合において、共通用の課税仕入れ等に係る消費税の控除額の計算をする場合、課税売上割合に準ずる割合（その割合がその事業者の営む事業の種類の異なるごと又はその事業に係る販売費、一般管理費その他の費用の異なるごとに区分して算出したものである場合には、その区分して算出したそれぞれの割合）で、①その割合がその事業者の営む事業の種類又はその事業に係る販売費、一般管理費その他の費用の種類に応じ合理的に算定されるものであること及び②その割合を用いて共通用の課税仕入れ等に係る消費税の額を計算することにつき納税地の所轄税務署長の承認を受けたものであることの要件の全てに該当するものであるときは、その事業者の承認を受けた日の属する課税期間以後の課税期間については、課税売上割合に代えてその承認を受けた割合により仕入税額控除の計算ができるとするものである。」と解説している。
そして、この課税売上割合に準ずる割合について、消費税法基本通達１１－５－７は、「使用人の数又は従事日数の割合、消費又は使用する資産の価額、使用数量、使用面積の割合その他課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要するものの性質に応ずる合理的な基準により算出した割合をいう」ものとし、同１１－５－８は、「課税売上割合に準ずる割合の適用に当たっては、その事業者が行う事業の全部について同一の割合を適用する必要はなく、例えば、次の方法によることもできるのであるから留意する」として、「（１）当該事業者の営む事業の種類の異なるごとにそれぞれ異なる課税売上割合に準ずる割合を適用する方法」、「（２）当該事業者の事業に係る販売費、一般管理費その他の費用の種類の異なるごとにそれぞれ異なる課税売上割合に準ずる割合を適用する方法」及び「（３）当該事業者の事業に係る事業場の単位ごとにそれぞれ異なる課税売上割合に準ずる割合を適用する方法」を掲げている（甲７２、乙２４）。
ウ 平成２４年３月に公表された国税庁消費税室作成の「－平成２３年６月の消費税法の一部改正関係－「９５％ルール」の適用要件の見直しを踏まえた仕入控除税額の計算方法等に関するＱ＆Ａ〔Ⅰ〕【基本的な考え方編】（甲７４）は、「たまたま土地の譲渡があった場合の課税売上割合に準ずる割合の適用」に関し、たまたま土地の譲渡があった場合の課税売上割合に準ずる割合の承認については、土地の譲渡が単発のものであり、かつ、当該土地の譲渡がなかったとした場合には事業の実態に変動がないと認められる場合には（たまたま（偶発的に）発生した土地の譲渡が、消費税法３０条３項で規定する課税売上割合に準ずる割合の算出方法を採り得ない事情にあることを前提として）、便宜的に当該土地の譲渡があった課税期間の前３年に含まれる課税期間の通算課税売上割合と前課税期間の課税売上割合とのいずれか低い割合を課税売上割合に準ずる割合として承認しても差し支えないものとしており、その理由につき、①土地の販売を事業としていない事業者において、譲渡することを予定していなかった本社用地や工場用地など事業者が事業の用に供するために取得していた土地の譲渡が経営上の事情等によりたまたま発生し、その結果、課税売上割合が急激に減少したような場合には、当該土地の譲渡は本来の事業として予定されていなかったものであるから、このような取引まで取り込んで課税売上割合により仕入控除税額の計算を行うことは事業の実態を反映したものといえず、不合理であると考えられること、②たまたま土地の譲渡があった場合には、（ａ）事業者は土地の販売を事業としていないため、事業の種類の異なるごとの割合は採り得ないこと、（ｂ）土地の譲渡がたまたま行われたものであるため、事業に係る販売費、一般管理費その他の費用の種類の異なるごとの割合も採り得ないから、これらの区分により算出することができないと考えられることによるものとしている。」
（２）原判決６頁１行目の「ということがある。）。」の次に「被控訴人のウェブサイト（甲４）によれば、被控訴人グループの収益は、「収益不動産販売事業」（本件事業）と、同社の特徴である個人富裕層に特化した不動産運用のためのサービス提供から発生する「ストック型フィービジネス」の二つから成り立っており、「収益不動産販売事業」では、個人富裕層の投資に適した５億円以下の住居系物件を主に取り扱い、独自の情報ルートを駆使して、首都圏１都３県から物件をピックアップし、これまでの経験をいかして、優れた目利き力でポテンシャルのある物件だけを厳選し、バリューアップを行って個人富裕層に販売すると説明し、「ストック型フィービジネス」では、オーナーに代わって、リーシングやビルマネジメント、賃料回収などの不動産経営管理をトータルで提供するほか、不動産鑑定・デューデリジェンス、不動産活用コンサルティングなど多角的なアセット・コンサルティングを提供すると説明し、更に「ストック型フィービジネス」の収益の中には、被控訴人が中古物件を仕入れた後、販売するまでの間に確保できる賃料収入も含まれており、収益不動産残高の拡充を進め、賃料収入を増加させることで、安定した収益モデルへの転換を図っているとしている。」を加える。
（３）原判決８頁１３行目末尾の次に改行して次のとおり加える。
「（８）ア株式会社Ｆ（以下「Ｆ社」という。）は、平成２８年１１月１５日付けで、日本橋税務署長に対し、居住契約が存在する物件で取得時に棚卸資産に計上する物件の建物取得費用を適用範囲とし、居住契約付物件の建物から生じた課税売上高及び非課税売上高の合計額に占める当該課税売上高の占める割合を課税売上割合に準ずる割合として、課税売上割合に準ずる割合の適用承認申請を行ったところ、同年１２月２７日、日本橋税務署長から、①当該準ずる割合を適用する範囲について、同一の種類の費用のうち、適用しようとする課税期間内に譲渡した居住契約付物件の建物に係る費用のみを対象としていること、②当該準ずる割合を適用する範囲について、各営業部において営む不動産販売等の業務のうち、居住契約付物件に係る業務のみを対象としていること、③当該準ずる割合は、適用しようとする課税期間における居住契約付物件の建物から生じた課税売上高及び非課税売上高により計算されるものではないこと、④当該準ずる割合は、居住契約付物件の建物の売却価額が一定ではなく、また、継続反復して売却されるものではないため、消費税法３０条６項に規定する課税売上割合よりも合理的なものであるとは認められないとして、当該承認申請を却下された（以下「Ｆ社当初承認申請却下処分」という。甲７７）。
イ また、Ｆ社以外の同業者（以下「別同業他社」という。）は、平成２６年７月２３日付けで、芝税務署長に対し、居住契約が存在する物件又は居住契約が予定されている物件で取得時に棚卸資産に計上する物件の建物に係る取得費用及び当該建物に係る改修費等を適用範囲とし、居住契約付物件の建物から生じた直近３か年分通算の課税売上高及び非課税売上高の合計額のうち、当該課税売上高の占める割合を課税売上割合に準ずる割合として、課税売上割合に準ずる割合の適用承認申請を行ったところ、同年１１月２６日、芝税務署長から、①当該準ずる割合を適用する範囲について、同一の種類の費用のうち、居住契約付物件の建物に係る費用のみを対象としていること、②当該準ずる割合を適用する範囲について、各事業部において営む居住契約付物件に係る業務及び不動産販売等の業務のうち、居住契約付物件に係る業務のみを対象としていること、③当該準ずる割合は、適用しようとする課税期間における居住契約付物件の建物から生ずる課税売上高及び非課税売上高により計算されるものではないこと、④当該準ずる割合は、居住契約付物件の建物の売却価額が一定ではなく、また、継続反復して売却されるものではないため、大きく変動することから、消費税法３０条６項に規定する課税売上割合より合理的なものであるとは認められないとして、当該承認申請を却下された（甲７８）。
ウ 一方、オフィスビル及び居住契約付マンション（住宅用）の物件を購入してバリューアップ後に転売する業者が平成２６年５月１９日付けで作成したとされる資料（甲７９）には、居住契約のある建物（まだ居住契約はないが将来居住契約を締結する予定のものも含む。）の課税仕入れについては、将来売却予定（課税収入）であるが、一部賃貸の用に供している（非課税収入）ため、課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要する課税仕入れ（共通対応課税仕入れ）として消費税法上処理しているところ、上記の共通対応課税仕入れに乗ずる課税売上割合が、実際の事業内容等の課税売上割合と著しくかい離している状況になっているとして、課税売上割合に代えて課税売上割合に準ずる割合の適用を検討することにより、事業内容等の実態を反映した合理的な割合による仕入れに係る消費税の算定を検討しており、具体的には、販売目的資産である居住契約付物件ごとの収入を一定の基準を基にグルーピングすることにより事業内容に即した課税売上割合（課税売上割合に準ずる割合）を算定することが可能であり、直近３か年の実績を通算することにより著しい変動を回避し、恣意性の介入を除外することもできると記載されている。
エ Ｆ社は、平成２９年１２月２７日、平成２５年１２月期ないし平成２７年１２月期の各課税期間について消費税等の更正処分及び加算税の賦課決定処分を受けたことを不服として、東京地方裁判所に上記各処分の取消しを求める訴えを提起する一方（以下「別件訴訟」という。）、その訴訟係属中の平成３０年１１月１９日、日本橋税務署長に対し、平成２８年に申請した課税売上割合に準ずる割合の算定方法とは異なる算定方法の承認を申請したところ、同年１２月２６日、同署長から同申請を承認する旨の通知を受けた。Ｆ社は、同日、関係者に対し、これらの経緯を告知するとともに、同年１２月期以降の消費税の仕入控除税額の計算においては、課税売上割合に代えて、承認を受けた算定方法により算定される課税売上割合に準ずる割合を適用することとなり、その結果、納付すべき消費税等の額は減少する見込みである旨を告知した。（甲８８）
オ 被控訴人は、平成３０年１２月１４日に本件訴訟を提起した後の平成３１年２月２７日、麹町税務署長に対し、消費税法３０条３項２号に規定する課税売上割合に準ずる割合の適用の承認を受けたいとして、課税売上割合に準ずる割合の適用承認申請書を提出した（乙２６の１）。被控訴人は、同申請書において、採用しようとする計算方法（課税期間中の住宅用賃貸部分を含む販売用建物に関する全売上高に基づき算出する方法）により算出した平成３０年３月期の課税売上割合に準ずる割合を９２．２９パーセントとしていたが、同年３月１８日に改めて提出した訂正後の適用承認申請書においては、上記の計算方法上、住宅用賃貸部分を含まないオフィスビル等に係る売上高については集計から除外すべきであったがこれを集計に含めてしまっていたとして、上記の準ずる割合を９１．５８パーセントに訂正した（乙２６の１）。この９１．５８パーセントの割合は、①平成２９年度（平成３０年３月期）における建物売上高及び②同年度における課税売上げ（賃料収入）の合計額を上記①及び②並びに③同年度における非課税売上げ（賃料収入）の合計額で除するという算定方法により算出されたものであった（以下、上記の割合を「本件準ずる割合」という。）。
麹町税務署長は、同月２８日、適用開始日を平成３０年４月１日として、被控訴人の申請（平成３０年３月期の課税売上割合に準ずる割合を本件準ずる割合とするもの及びその算定方法）を承認した（乙２６の２）。
（９）令和２年度の税制改正において、居住用賃貸建物の取得等に係る仕入税額控除制度等の適正化を図るための消費税法の改正が行われ、令和２年法律第８号による改正後の消費税法においては、居住用賃貸建物（住宅の貸付けの用に供しないことが明らかな建物以外の建物であって、高額特定資産（１２条の４第１項）又は調整対象自己建設高額資産（同条２項）に該当する建物）に係る課税仕入れ等の税額については、仕入税額控除制度の適用を認めないこととされ（３０条１０項）、その結果、課税仕入れの時点で住宅の貸付けの用に供するか否かが不明な建物についても、住宅の貸付けの用に供する可能性のあるものについては、原則として居住用賃貸建物に該当することとなり、①事業者が、仕入税額控除制度を適用しないこととされた居住用賃貸建物について、居住用賃貸建物の仕入れ等の日から同日の属する課税期間の初日以降３年を経過する日の属する課税期間の末日までの間（以下「調整期間」という。）に、その居住用賃貸建物を住宅の貸付け以外の貸付けの用に供した場合であって、その居住用賃貸建物を第３年度の課税期間の末日に有している場合には、当該居住用賃貸建物に係る課税仕入れ等の税額に課税賃貸割合（調整期間内に行った当該居住用賃貸建物の課税賃貸用の貸付けの額の合計額／調整期間内に行った当該居住用賃貸建物の貸付けの額の合計額）を乗じて計算した金額に相当する消費税額を、第３年度の課税仕入れ期間の仕入れに係る消費税額に加算することとされ、②事業者が、仕入税額控除制度を適用しないこととされた居住用賃貸建物について、その全部又は一部を居住用賃貸建物の仕入れ等の日から同日の属する課税期間の初日以降３年を経過する日の属する課税期間の末日までの間に、他の者に譲渡した場合には、その譲渡をした居住用賃貸建物に係る課税仕入れ等の税額に課税譲渡等割合（（譲渡した日までに行った当該居住用賃貸建物の課税賃貸用の貸付けの額の合計額＋当該居住用賃貸建物の譲渡の額）／（譲渡した日までに行った当該居住用賃貸建物の貸付けの額の合計額＋当該居住用賃貸建物の譲渡の額））を乗じて計算した金額に相当する消費税額を、譲渡をした日の属する課税期間の仕入れに係る消費税額に加算することとされた（甲１０５）。」
（４）原判決８頁２０行目の「国税通則法６５条４項」の次に「（平成２８年法律第１５号による改正後は同項１号。以下、同改正の前後を通じて「国税通則法６５条４項」という。）」を加える。
３ 当審における当事者の主張
争点（１）（本件各課税仕入れの用途区分）について
（控訴人の主張）
（１）用途区分の判定基準について
消費税に係る税負担の累積をいかに実現するかについては立法政策に委ねられているところ、消費税法３０条が規定する仕入税額控除制度の仕組みは、納税者である事業者が同条１項ないし３項の規定する各算出方法を適切に使い分けることにより、その事務負担にも配慮しつつ、具体的な事業状況に即した税負担の累積の排除を適正・公平に実現することを可能とする合理的なものといえる。
特に、個別対応方式における共通対応課税仕入れに係る消費税額に課税売上割合を乗じて計算した金額（以下「共通対応課税仕入控除税額」という。）の計算方法については、課税売上割合という合理的な割合を用いる方法（消費税法３０条２項１号ロ）と、事業者における事業状況に照らして課税売上割合よりも合理的な割合がある場合には、その割合を課税売上割合に準ずる割合として事業者の申請と所轄税務署長の承認に基づき用いる方法（同条３項）とを設けており、事業者がその事業の状況に即して税負担の累積の排除を適正・公平に実現することを可能とする合理的な仕組みが設けられている。個別対応方式における共通対応課税仕入控除税額の計算方法の仕組みの下では、同条２項１号ロの課税売上割合を用いて計算する場合とは、事業者が課税売上割合に準ずる割合を用いる旨の申請をしない場合、又は事業者が申請した割合が課税売上割合よりも事業状況に即した合理的なものとは認められない場合ということになり、いずれの場合についても、課税売上割合を用いて計算することに合理性があるということができる。
また、個別対応方式による控除対象仕入税額を計算する場合には、課税仕入れを課税対応課税仕入れ、非課税対応課税仕入れ又は共通対応課税仕入れのいずれかに区分する必要があるところ、消費税法３０条２項１号が各区分についていずれも「要するもの」と規定し、「要したもの」と規定していないこと、また、課税仕入れに係る消費税額は、当該課税仕入れを行った日の属する課税期間の課税標準額に対する消費税額から控除することとされていることからすれば、個別対応方式による用途区分の判定は、その後に実際に行われた資産の譲渡等の内容に応じて行われるものではなく、飽くまで課税仕入れを行った日の状況に基づいて行われるべきものである。そして、①仕入税額控除の趣旨からすれば、本来控除対象とされるべき仕入税額は、課税資産の譲渡等に対応するもの又は部分であり、控除対象とされるべきでない仕入税額は、その他の資産の譲渡に対応するもの又は部分であること、②消費税法３０条２項１号が、課税対応課税仕入れにつき「課税資産の譲渡等にのみ要するもの」、非課税対応課税仕入れにつき「課税資産の譲渡等以外の資産の譲渡等（以下この号において「その他の資産の譲渡等」という。）にのみ要するもの」とそれぞれ限定的に規定し、これと並列して、共通対応課税仕入れにつき「課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要するもの」と規定していること、③税負担の累積の排除をいかに実現するかについては立法政策に委ねられているところ、消費税法３０条の定める仕入税額控除制度の仕組みは、事業者の事業状況に即し、共通仕入税額控除額についても課税売上割合又は課税売上割合に準ずる割合を用いることによって課税資産の譲渡等に対応する部分の金額がいずれにしても合理的に算出され、税負担の累積の排除を適正・公平に実現する内容となっていることからすると、同条２項１号の定める課税対応課税仕入れとは、同号の文言に即し、当該課税仕入れにつき将来課税売上げを生ずる取引のみが客観的に見込まれている課税仕入れのみを、非課税対応課税仕入れとは、当該課税仕入れにつき将来非課税売上げを生ずる取引のみが客観的に見込まれる課税仕入れのみをいい、当該課税仕入れにつき将来課税売上げを生ずる取引と非課税売上げを生ずる取引の双方が客観的に見込まれる課税仕入れについては、全て共通対応課税仕入れに区分されると解するのが相当である。
消費税法３０条２項１号の文言を離れて、殊更に共通対応課税仕入れを限定的に解釈し、課税対応課税仕入れを拡大的に解釈した上で、本件各課税仕入れが課税対応課税仕入れに該当すると判断することは、税負担の累積排除の適正・公平な実現を図る同条の趣旨及び構造に反し許されない。消費税法は、課税仕入れに係る消費税額について税負担の累積を招くものとそうでないものとに適正に配分するという観点につき、用途区分の解釈適用によって担保するのではなく、その割合を課税売上割合又は課税売上割合よりも事業状況に即して合理的と認められる課税売上割合に準ずる割合のいずれかを用いることによって担保する仕組みを採用していることは明らかである。課税期間中の共通対応課税仕入れに対応する資産の譲渡等による売上げ全体のうち課税資産の譲渡等による売上げの占める割合（後記第３の３（１）アの共通対応課税仕入れ課税売上割合）と比して課税売上割合が低い場合など、事業者による事業状況が当該課税期間の課税売上割合に反映されていない場合には、仕入税額控除制度の仕組み上、消費税法３０条３項に定める課税売上割合に準ずる割合を選択することで解消することが想定されているのであり、それにより税負担の累積排除の適正・公平な実現を図ることができる。
控訴人は、個別対応方式による場合の用途区分の判定基準について、単に課税売上割合に準ずる割合の制度があることをのみを根拠として主張するのではなく、仕入税額控除の制度趣旨、消費税法３０条２項１号の文理、消費税法の定める仕入税額控除制度の仕組み等を踏まえて主張している。被控訴人は、本件各課税期間を通じて課税売上割合に準ずる割合の適用承認申請すらすることなく、本件各課税仕入れを課税対応課税仕入れに区分し、平成２９年３月期の末日から約２年後の平成３１年２月２６日に至って初めて課税売上割合に準ずる割合の適用承認申請をしたものであるから、本件各課税期間において、あるべき消費税額に係る控除対象仕入税額と被控訴人の低い各課税売上割合に起因する低い控除対象仕入税額との間のギャップ（以下「本件ギャップ」という。）の問題が解消されていなかったとしても、申告納税方式の下で、課税売上割合に準ずる割合を用いることを選択せず、その適用承認申請をしなかった結果にすぎない。その間において、被控訴人が、課税売上割合に準ずる割合の適用承認申請を仮に行ったとしても却下されるという判断にしかおよそなり得ないと考えていたことを裏付ける客観的な資料は存せず、本件各課税期間中、課税売上割合に準ずる割合の適用承認申請をすることを検討することなく、本件各課税仕入れを課税対応課税仕入れに区分していたことがうかがわれる。Ｆ社及び別同業他社に対する各承認申請却下処分は、各申請当時に認められた種々の事実関係や事情を踏まえ、所轄行政庁において当該各申請に係る割合（計算方法）が当該事業者の営む事業の種類又は費用の種類に応じて合理的に算定されるものであるかを総合考慮して個別に判断されたものであるから、Ｆ社及び別同業他社に対する各承認申請却下処分の存在から直ちに本件各課税期間の当時に課税庁において組織的に被控訴人の主張する解釈及びその執行が採用されたとの結論が導かれるものではない。仮に、本件各課税期間の当時、被控訴人の主張する課税庁の解釈及びのその執行が存在していたとしても、被控訴人としては、本件各課税期間中に、所轄税務署長に対し、平成３１年３月１３日に承認された申請と同内容の申請を行い、消費税法３０条３項の解釈適用を誤った承認却下処分がされた場合には、当該却下処分の取消訴訟を提起することによって、当該処分の是正を求めることができたものであり、特定の時期における課税庁の法律の解釈適用の誤りをもって、その当時の消費税法が課税売上割合に準ずる割合の承認により本件ギャップの問題を解決することを予定していなかったとの結論が導かれるものではない。さらに、令和２年度の税制改正後（令和２年法律第８号による改正後）の消費税法の規定は、本件各課税期間に適用されるものではない上、課税対応課税仕入れに当たるか否かの解釈を変えるものではないから、その存在は本件の争点に関する判断に影響を及ぼすものではない。
（２）本件各課税仕入れの用途区分について
被控訴人の本件事業におけるビジネスモデル（本件ビジネスモデル）の下では、本件各課税仕入れについては、本件各仕入日において、将来、住宅の貸付けによる賃料収入という非課税売上げが見込まれるとともに、本件各マンションの売却により課税売上げも見込まれることから、消費税３０条２項１号に規定する「課税資産の譲渡等にのみ要するもの」（課税対応課税仕入れ）及び「課税資産の譲渡等以外の資産の譲渡等（以下この号において「その他の資産の譲渡等」という。）にのみ要するもの」（非課税対応課税仕入れ）のいずれにも該当せず、「課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通するもの」（共通対応課税仕入れ）に該当することが明らかである。そして、被控訴人は、本件各課税仕入れにつき、本件各課税期間において課税売上割合に代えて課税売上割合に準ずる割合を用いて共通対応課税仕入控除税額を計算することの承認申請をせず、所轄税務署長から消費税法３０条３項２号の承認を受けていないことから、本件各課税仕入れに係る共通対応課税仕入控除額の計算に当たっては、同条２項１号ロにより被控訴人の本件各課税期間における課税売上割合を用いることになる。
（被控訴人の主張）
（１）用途区分の判定基準について
消費税法３０条の文言及び課税売上割合に準ずる割合の趣旨並びに最高裁判例（最高裁平成●●年（〇〇）第●●号同２９年１０月２４日第三小法廷判決・民集７１巻８号１５２２頁（以下「平成２９年最高裁判決」という。）は、租税法の分野において、先決問題と後続問題の関係につき、先決問題の解釈が後続問題に係る規定の存在によって影響されることがない旨を判示している。）に照らせば、消費税法３０条３項の規定があるからといって、用途区分の判定は将来課税又は売上げを生ずる取引が客観的に見込まれているか否かのみを基準として行うのが消費税法の仕組みであるとはいえない。
Ｆ社及び別同業他社に対する承認申請却下処分の事例等（甲７７ないし７９）に表れた本件各課税期間の当時における課税庁の解釈及びその執行並びに課税庁が公表していた課税売上割合に準ずる割合に関する解釈等に照らして検討しても、本件各課税期間の当時において、本件準ずる割合及びその算定方法をもってしては、被控訴人が消費税法３０条３項に基づく課税庁の承認を得ることはおよそ不可能であった。すなわち、本件各課税期間の当時に課税庁が公表していた解釈等についてみると、（ａ）消費税法基本通達１１－５－８（１）は、「当該事業者の営む事業の種類の異なるごとにそれぞれ異なる課税売上割合に準ずる割合を適用する方法」が認められることを示しているが、収益不動産の販売に関する被控訴人の事業の種類としては、収益不動産販売事業という一つの事業しか存せず、また、同通達には「当該事業者の営む事業の種類の異なるごと」にいう事業の種類を更に販売される資産の内容に応じて細分化することが許される旨の定めはなく、同（２）は、「当該事業者の事業に係る販売費、一般管理費その他の費用の種類の異なるごとにそれぞれ異なる課税売上割合に準ずる割合を適用する方法」を認めているが、被控訴人には、棚卸資産である収益不動産物件の購入費用という一つの種類の費用しかなく、その中に「居住用収益不動産物件の購入費用」や「事業用収益不動産物件の購入費用」という種類の費用は存せず、また、売上原価である棚卸資産の購入費用が課税売上割合に準ずる割合との関係で「費用」に含まれる旨を述べた課税庁による解釈は、本件各課税期間の当時において存在しない。また、（ｂ）消費税法基本通達１１－５－７において、課税売上割合に準ずる割合の計算に用いることのできる具体的な要素としては、課税売上割合の計算式に係る消費税法上の数値（課税売上げ及び非課税売上げ）とは全く無関係に、従業員の数又は従事日数、床面積や取引件数といった外形的事実から恣意を挟む余地がなく事前に区分することが可能となる事業状況を示す要素のみが想定されているところ、本件準ずる割合の算定方法は、居住用物件についての課税売上割合の計算式に係る消費税法上の数値（課税売上げ及び非課税売上げ）それ自体から、土地の売上げ（非課税売上げ）のみを分母から除外しただけに等しいもので、このような計算方法は、本件各課税期間の当時において課税庁が公表していた通達等から読み取れる課税売上割合に準ずる割合の指標とは異質なものである。そして、（ｃ）課税庁は「たまたま土地の譲渡があった場合」、土地の譲渡がなかった過去の課税期間の課税売上割合を代替的に用いることで、その土地の譲渡があった課税期間内における課税売上割合の計算において、非課税売上げである土地の譲渡の対価を課税売上割合の計算上の分母から除外することと実質的に等しい扱いをすることを認めているが（甲７４）、これは飽くまでも便宜的に差し支えないとする取扱いであるとしており、課税売上割合に準ずる割合に関する課税庁の解釈及びその執行に照らせば、本来承認される場合に該当しないにもかかわらず、これを承認するという意味と解されるところ、本件準ずる割合及びその算定方法は、たまたま土地の譲渡があった場合でさえ便宜的に差し支えないとして認められるにすぎない取扱いを恒常的に得ようとするものにほかならないから、被控訴人が本件各課税期間の当時において承認申請をするということはおよそ考えられない。さらに、（ｄ）Ｆ社当初承認申請却下処分を受けて、税務実務の専門出版物である「Ｇ」は、平成３０年１１月１３日付けで「この却下理由を見る限り、土地を除いて計算した「課税売上割合に準ずる割合」の適用承認申請を行っても、これが課税当局に承認される可能性は極めて低いと言えそうだ。」とし（甲８２、８３）、「Ｈ」も、同年１２月３日付け７６５号において、「課税売上割合に準ずる割合」は同一種類の費用のうち特定の費用のみに適用することは認められず、居住契約付物件の建物から生じた課税売上高及び非課税売上高のみから「課税売上割合に準ずる割合」を計算することも、さらに売買価額が変動すること等により変動するものを「課税売上割合に準ずる割合」の計算に組み込むことも認められないとされたとし（甲８４）、収益不動産販売事業の税務に精通した税理士も、同様の見解を明らかにしている（甲８５）。
さらにいえば、本件ギャップのような問題を課税売上割合に準ずる割合の適用の承認によって解決することはおよそ不可能である。本件ギャップの問題のように、課税売上割合に準ずる割合の適用の承認によって解決することがおよそ不可能であってそのような解決がおよそ消費税法上も予定されていない問題が存在すること自体、消費税法が税負担の累積排除の不全の解消を専ら課税売上割合に準ずる割合の適用に依拠していないことの証左といえる。被控訴人が本件準ずる割合の適用承認申請を行ったのは、飽くまで本件訴訟における被控訴人の立場を主位的には維持しつつ、被控訴人にとって無用な税負担に係る経済的損失を最小限に食い止めるための他の有効な選択肢が存在しない中での予備的なものであり、課税庁がこれを承認したのは、本件各課税期間のはるか後において突如として立場を変遷させたことによるもので、Ｆ社に係る別件訴訟及び本件訴訟の訴訟追行上の政策的考慮以外にはおよそ想定できないものである。
税負担の累積の排除は、消費税の計算の基本であり、本質的な要素であるから（甲１０１、１０２）、消費税制度の立法趣旨を踏まえた法解釈が求められるところ、仮に控訴人が主張する用途区分の判定基準に基づいて本件各課税仕入れの用途区分を共通対応課税仕入れに区分するとすれば、本件各課税仕入れは、本件各マンションの建物部分の販売に必要なものはもとより、その本件各マンションの賃料収入にも必要であるとともに、（本件各課税売上割合の算出に当たって土地部分の販売価格が分母に含まれることを通じて）本件各マンションの土地部分の販売にも必要であると判断することに結果として等しく、本件各課税仕入れの６４％ないし６６％を無視することになる。その結果、被控訴人の下で創出された付加価値を超えて消費税が課税されることになり、税負担の累積を考慮する必要があることが明らかな部分についてまで控除を否認する点で、仕入税額控除の原則的な考え方に反するものである。このような事態が生ずるのは、消費税の計算の基本であり本質的な要素でもある税負担の累積の排除という消費税法の目的や適正配分の観点を無視し、用途区分について、客観的に見込まれているか否かという極めて形式的かつ画一的ないし一般的かつ抽象的な判断基準で判断し、本件各課税仕入れの用途区分を共通対応課税仕入れに区分するからである。控訴人は、本件各課税仕入れにおいて、非課税売上げを生ずる取引すなわち本件各マンションの賃料収入が生ずることが客観的に見込まれているか否かのみを基準に判断しており、これは、消費税法３０条２項１号にいう課税資産の譲渡等又は非課税資産の譲渡等「に要する」課税仕入れとの文言を、課税資産の譲渡等又は非課税資産の譲渡等「が客観的に見込まれている」場合の課税仕入れをいうと解釈していることになるが、消費税法基本通達１１－２－１２によれば、「課税資産の譲渡等にのみ要するもの」は「課税資産の譲渡等を行うためにのみ必要な課税仕入れ等」をいうものとされており、「行うために」との表現を素直に解すれば、行為の目的を意味すると解するほかない。そして、課税仕入れの目的というものを忠実に解釈しようとすれば、①他の収入の得られる過程や位置付け、②他の収入が得られることが課税仕入れ等やこれに対応する取引にどのような影響を及ぼしているか、③全体の収入のうちに他の収入の見込額が占める割合などの事業者の経済活動に関する個別事情を踏まえて判断するのが相当である。また、消費税法３０条２項１号の文言は、「課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要するもの」であり、課税仕入れが「課税資産の譲渡等」のみならず「その他の資産の譲渡等」にも要すると積極的に認められることが要件とされており、課税対応仕入れに該当しない課税仕入れがすべからく共通対応課税仕入れに該当するとは規定されていない。
さらに、令和２年度の税制改正により、販売用の居住用収益不動産の取得に係る消費税額の仕入税額控除の仕組みが改正され（甲１０５）、本件訴訟の争点は既に消滅したので、本件訴訟における判断が今後の課税実務に影響を与えることはないから、本件の事案については個別事案に応じた適正・妥当な解決が図られるべきである。
（２）本件各課税仕入れの用途区分について
本件各課税仕入れは、本件各マンションの販売を専ら主眼として行われたものであって、本件各マンションの賃貸は、専らその販売の手段（つまりバリューアップ）として行われたものと評価すべきことは、通常の合理的な経験則をもって事実を認定評価すれば明らかというべきである。そうすると、消費税法上の税負担の累積の排除という趣旨から被控訴人に課されるべき消費税額は、本件各マンションの建物部分の販売の対価と仕入れの対価の差額、すなわち被控訴人の下で創出された付加価値に相当する額に対する消費税額であるべきことは明らかというべきである。
第３ 当裁判所の判断
１ 当裁判所は、①本件各課税仕入れは共通対応課税仕入れに区分されるべきものであり（争点（１））、②本件各更正処分は平等取扱原則に違反するものではなく（争点（２））、③本件各確定申告において消費税の申告額が過少であったことにつき、国税通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるとはいえない（争点（３））から、本件各更正処分及び本件各賦課決定処分はいずれも適法であって、被控訴人の請求はいずれも理由がないと判断するものであり、その理由は、以下のとおりである。
２ 認定事実
被控訴人の事業の内容等並びに平成２４年３月期から平成２６年３月期までの各課税期間（直近３課税期間）及び本件各課税期間における本件事業の展開状況は、以下のとおり原判決を補正するほかは、原判決の「事実及び理由」中の第３（以下「原判決第３」という。）の１（３）アないしウに記載のとおりであるから、これを引用する（以下、補正後の同１（２）アないしウの認定事実を「認定事実ア」のようにいう。）。
（１）原判決１４頁１７行目を次のとおり改める。
「（１）前記前提事実及び後掲各証拠並びに弁論の全趣旨を総合すると、後記（２）アないしウの各事実が認められる。
（２）認定事実」
（２）原判決１６頁１８行目の「甲７０」を「甲１０６」に改める。
（３）原判決１７頁８行目以下の表のうち平成２４年３月期の販売収入の金額欄の「２７０百万」を「２２３百万」に、同頁１５行目の「２．１７％」を「２．６２％」に、同頁１７行目の「４．４１％」を「４．５６％」に、同頁１９行目の「６．９０％」を「８．２３％」に、同頁２０行目の１３．０２％」を「１３．４６％」にそれぞれ改める。
３ 争点（１）（本件各課税仕入れの用途区分）について
（１）用途区分の判定基準について
ア 消費税は、消費一般に広く公平に税負担を求めるという観点から、土地の譲渡及び貸付けや住宅の貸付けなどの一部の取引を除き、ほとんど全ての国内における取引を課税の対象とするものであるが、課税対象となる取引はいわゆる最終消費者に物品やサービスが購入される前の生産や流通等の各段階に及ぶため、消費税の納税義務者は、これらの各段階において取引を行う各事業者とされ（消費税法５条）、最終消費者は、これらの事業者が生産や流通等の各段階で物品やサービスの価格に順次転嫁されていった消費税等の額を最終的に負担することになる。そこで、消費税額については、納税義務者である事業者が国内において課税仕入れを行った場合、生産や流通等の各段階で二重、三重に税が課されて税負担が累積することのないように、当該課税仕入れを行った日の属する課税期間の課税標準額に対する消費税額から、当該課税期間中に行った課税仕入れに係る消費税額を控除することとされている（同法３０条１項）。
上記の仕入税額控除の趣旨からすれば、税負担の累積が生じない課税仕入れに係る消費税額は控除の必要がないことになるが、課税期間における売上高が５億円以下で、かつ、当該課税期間における課税売上割合が９５パーセント以上である場合には、課税仕入れに対応する売上げに係る取引がその他の資産の譲渡等に当たるか否かを問うことなく、当該課税期間中の課税仕入れに係る消費税額の全額の控除が認められており（同条２項、６項）、その理由は、納税義務者である事業者の納税上の事務負担への配慮等の観点に基づくものとされている（乙９、１０）。
他方、当該課税期間における課税売上高が５億円を超える場合又は当該課税期間における課税売上割合が９５パーセントに満たない場合には、同条２項１号に規定する個別対応方式又は同項２号に規定する一括比例配分方式のいずれかの方法により控除対象仕入税額を計算するものとされている。これは、課税売上高が５億円を超える大規模な事業者であって高い事務処理能力が期待できる場合には、事業者の納税上の事務負担に配慮した特例を認める必要がなく、また、売上げに係る取引の大部分が課税資産の譲渡等に当たるといえない場合には、多額の益税が生じて納税義務者間の公平を害することがあり得るから、これらの場合には課税資産の譲渡等に対応する課税仕入れの税額だけが仕入税額控除の対象となり、その他の資産の譲渡等に要する課税仕入れに係る消費税額は控除の対象とならないという仕入税額控除の原則的な考え方に従って控除対象仕入税額を計算することとされたものと解される。
そして、個別対応方式は、事業者が当該課税期間中に国内おいて行った課税仕入れを、①課税資産の譲渡等にのみ要するもの（課税対応課税仕入れ）、②その他の資産の譲渡等にのみ要するもの（非課税対応課税仕入れ）、③課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要するもの（共通対応課税仕入れ）の３つに区分し、そのうち、①の課税対応課税仕入れに係る消費税額の全額と、③の共通対応課税仕入れに係る消費税額に課税売上割合を乗じて計算した金額の合計額を控除対象仕入税額とする方式である（同条２項１号）。上記にいう課税売上割合とは、事業者が当該課税期間中に国内において行った資産の譲渡等の対価の額の合計額のうちに当該事業者が当該課税期間中に国内において行った課税資産の譲渡等の対価の額の合計額の占める割合として政令で定めるところにより計算した割合をいうとされているところ（同条６項）、当該課税期間中の共通対応課税仕入れに対応する資産の譲渡等による売上げ全体のうち課税資産の譲渡等による売上げの占める割合（以下「共通対応課税仕入課税売上割合」という。）は、当該事業者の当該課税期間中の資産の譲渡等の対価の額全体のうちに課税資産の譲渡等の対価の額全体の占める割合（課税売上割合）に近似するのが通例と考えられ、しかも、共通対応課税仕入れに係る消費税額の合計額に課税売上割合を乗ずるという簡便な方法により共通対応課税仕入控除税額の計算をすることができる点で、事業者の事務処理上の負担を軽減することが可能となるものということができ、また、当該課税仕入れの行われた課税期間の課税売上割合に事業者の事業状況が適切に反映されず、共通対応課税仕入課税売上割合が課税売上割合に近似していない場合も想定して、当該事業について課税売上割合よりも合理的な割合の算出が可能である場合には所轄税務署長の承認を得た上でその割合を適用することが認められており（同条３項）、具体的には、個別対応方式による場合において、共通対応課税仕入控除税額の計算の基礎となる課税売上割合に準ずる割合（当該割合がその事業者の営む事業の種類の異なるごと又は当該事業に係る販売費、一般管理費その他の費用の種類の異なるごとに区分して算出したものである場合には、当該区分して算出したそれぞれの割合）で、①当該割合が当該事業者の営む事業の種類又は当該事業に係る販売費、一般管理費その他の費用の種類に応じ合理的に算定されるものであること（同項１号）及び②当該割合を用いて共通対応課税仕入控除税額を計算することにつき、その納税地を所轄する税務署長の承認を受けたものであること（同項２号）の要件の全てに該当するものがあるときは、当該事業者の上記②の承認を受けた日の属する課税期間以後の課税期間については、共通対応課税仕入控除税額は、課税売上割合に代えてその承認を受けた課税売上割合に準ずる割合を用いて計算した金額とするものとされている（同項柱書き）。上記②の承認を受けて課税売上割合に準ずる割合の適用を受けるためには、事業者による申請が必要であり、申請をするか否かは事業者の意思に委ねられており、同条２項１号ロ所定の課税売上割合よりも合理的な割合の算出が可能な場合であっても同条３項の申請をせず、同条２項１号ロ所定の課税売上割合を用いて計算することを選択することもできるものとされている。消費税に係る税負担の累積の排除をどのように実現するかについては立法政策に委ねられているところ、消費税法３０条の定める仕入税額控除制度の仕組みは、以上のような同制度の具体的な構造や内容等に照らせば、納税義務者である事業者が同条１項ないし３項の規定する各算出方法を個別の事案に即して適切に使い分けることにより、その事務負担にも配慮しつつ、具体的な事業状況に即した税負担の累積の排除を適正かつ公正に実現することを可能にする合理的なものであるということができる。
イ そして、上記アのとおり、個別対応方式により控除対象仕入税額を計算する場合には、課税仕入れを課税対応課税仕入れ、非課税対応課税仕入れ又は共通対応課税仕入れのいずれかに区分する必要があるところ、①このような個別対応方式の計算方法は、前示のとおり、課税資産の譲渡等に対応する課税仕入れの税額だけが仕入税額控除の対象となり、その他の資産の譲渡等に要する課税仕入れに係る消費税額は控除の対象とならないという仕入税額控除の原則的な考え方に従って控除対象仕入税額を計算することとされたものと解されること、②消費税法３０条２項１号が、課税対応課税仕入れを「課税資産の譲渡等にのみ要するもの」、非課税対応課税仕入れを「課税資産の譲渡等以外の資産の譲渡等（以下この号において「その他の資産の譲渡等」という。）にのみ要するもの」、共通対応課税仕入れを「課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要するもの」と規定し、いずれも「要したもの」ではなく「要するもの」と規定され、かつ、前二者は「にのみ」と限定的に規定されており、当該課税仕入れを行った日の属する課税期間が仕入税額控除の対象期間とされていることなどからすると、当該課税仕入れが行われた日の状況に基づいてその取引が事業者において行う将来の多様な取引のうちのどのような取引に要するものであるかを客観的に判断するのが相当と解されること、③共通対応課税仕入控除税額においても、課税売上割合自体、共通対応課税仕入課税売上割合に近似するのが通例のものとして採用されたものであり、当該課税仕入れの行われた課税期間の課税売上割合に事業者の事業状況が適切に反映されず、共通対応課税仕入課税売上割合が課税売上割合に近似していない場合も想定して、当該事業者について課税売上割合よりも合理的な割合の算出が可能である場合には所轄税務署長の承認を得た上でその割合を適用することが認められており、これらによって税負担の累積の排除を適正かつ公平に実現できる仕組みが設けられていることなどに照らすと、同条２項１号の定める各課税仕入れについては、同号の文言及び趣旨等に即して、課税対応課税仕入れとは、当該課税仕入れにつき将来課税売上げを生ずる取引のみが客観的に見込まれている課税仕入れのみをいい、非課税対応課税仕入れとは、当該課税仕入れにつき将来非課税売上げを生ずる取引のみが客観的に見込まれている課税仕入れのみをいい、当該課税仕入れにつき将来課税売上を生ずる取引と非課税売上げを生ずる取引の双方が客観的に見込まれる課税仕入れについては、全て共通対応課税仕入れに区分されるものと解するのが相当である。
ウ これに対し、被控訴人は、消費税法３０条２項１号の課税対応課税仕入れ及び非課税対応課税仕入れに共通して用いられている「にのみ要するもの」という文言は、「その資産の譲渡等を行わないのであればそもそも事業者はその課税仕入れ等を行わなかった」という条件関係を意味するものと解され、そうすると、用途区分の判定については、その対象となる課税仕入れ等が、課税資産の譲渡等との間でのみ条件関係を満たす場合には課税対応課税仕入れに、その他の資産の譲渡等との間でのみ条件関係を満たす場合には非課税対応課税仕入れに、その双方と条件関係を満たす場合には共通対応課税仕入れに、それぞれ区分されるものと解するのが相当である旨を主張する（前記第２の２の引用に係る原判決別紙３の１（原告の主張の要旨）（１）及び（２））。
しかしながら、単に「その資産の譲渡等を行わないのであればそもそも事業者はその課税仕入れ等を行わなかった」という条件関係があれば同条２項１号の定める課税対応課税仕入れに該当するという法文の文言と異なる解釈を認めるとすると、将来一部に非課税対応課税仕入れを生ずる取引が客観的に見込まれる場合も課税対応課税仕入れに区分されることになり、課税対応課税仕入れに区分される取引が相当広汎に認められることになるが、前記イのとおり、①個別対応方式の計算方法が、課税資産の譲渡等に対応する課税仕入れの税額だけが仕入税額控除の対象となり、その他の資産の譲渡等に要する課税仕入れに係る消費税額は控除の対象とならないという仕入税額控除の原則的な考えに従って控除対象仕入税額を計算することとされたものであること、②消費税法３０条２項１号が、課税対応課税仕入れを「課税資産の譲渡等にのみ要するもの」と規定していること、③共通対応課税仕入控除税額において用いられる課税売上割合自体が共通対応課税仕入課税売上割合に近似するのが通例のものとして採用されたものであり、当該課税仕入れの行われた課税期間の課税売上割合に事業者の事業状況が適切に反映されず共通対応課税仕入課税売上割合と近似しない場合も想定して、当該事業者について課税売上割合よりも合理的な割合として課税売上割合に準ずる割合の算出が可能である場合には所轄税務署長の承認を得た上でその割合を適用することが認められており、これらによって税負担の累積の排除を適正かつ公平に実現できる仕組みが設けられていること等に照らすと、被控訴人の主張に係る解釈及びその適用の結果は以上のような消費税法３０条２項の規定の文言及び趣旨並びに同条所定の仕入税額控除制度の仕組みと整合しないものであって相当とは解し難いものといわざるを得ない。
したがって、被控訴人の上記主張は採用することができない。
エ また、被控訴人は、（ア）①消費税法３０条の文言及び課税売上割合に準ずる割合の趣旨並びに平成２９年最高裁判決に照らせば、消費税法３０条３項の規定があるからといって、用途区分の判定は将来課税又は売上げを生ずる取引が客観的に見込まれているか否かのみを基準として行うのが消費税の仕組みであるとはいえず、②Ｆ社及び別同業他社に対する承認申請却下処分の事例等に表れた本件各課税期間の当時における課税庁の解釈及びその執行並びに課税庁が公表していた課税売上割合に準ずる割合に関する解釈等（（ａ）消費税法基本通達１１－５－８（１）の定めの内容、（ｂ）消費税法基本通達１１－５－７から読み取れる指標、（ｃ）「たまたま土地の譲渡があった場合」の取扱い、（ｄ）Ｆ社当初承認申請却下処分に関する税務専門の出版物等の解説）に照らせば、本件各課税期間の当時において、本件準ずる割合及びその算定方法をもってしては、被控訴人が消費税法３０条３項に基づく課税庁の承認を得ることはおよそ不可能であった、③本件ギャップのような問題を課税売上割合に準ずる割合の適用の承認によって解決することはおよそ不可能であり、このように課税売上割合に準ずる割合の適用の承認によって解決することがおよそ不可能であってそのような解決がおよそ消費税法上も予定されていない問題が存在すること自体、消費税法が税負担の累積排除の不全の解消を専ら課税売上割合に準ずる割合の適用に依拠していないことの証左であり、また、被控訴人が本件準ずる割合の申請を行ったのは、飽くまで本件訴訟における被控訴人の立場を主位的には維持しつつ、被控訴人にとって無用な租税負担に係る経済的損失を最小限に食い止めるための他の有効な選択肢が存在しない中での予備的なものであり、課税庁がこれを承認したのは、本件各課税期間のはるか後において突如として立場を変遷させたことによるもので、Ｆ社に係る別件訴訟及び本件訴訟の訴訟追行上の政策的考慮以外にはおよそ想定できないものである、（イ）税負担の累積の排除は、消費税の計算の基本であり本質的な要素であるから、消費税制度の立法趣旨を踏まえた法解釈が求められるところ、仮に控訴人が主張する用途区分の判定基準に基づいて本件各課税仕入れの用途区分を共通対応課税仕入れに区分するとすれば、本件各課税仕入れの６４％ないし６６％を無視することになり、被控訴人の下で創出された付加価値を超えて消費税が課税され、税負担の累積を考慮する必要があることが明らかな部分についてまで控除を否認する点で、仕入税額控除の原則的な考え方に反するものであり、このような事態が生ずるのは、消費税の計算の基本であり本質的な要素でもある税負担の累積の排除という消費税法の目的や適正配分の観点を無視し、用途区分について、客観的に見込まれているか否かという極めて形式的かつ画一的ないし一般的かつ抽象的な判断基準で判断し、本件各課税仕入れの用途区分を共通対応課税仕入れに区分するからである、（ウ）①消費税法基本通達１１－１－１２によれば、「課税資産の譲渡等にのみ要するもの」は「課税資産の譲渡等を行うためにのみ必要な課税仕入れ等」をいうものとされており、「行うために」との表現を素直に解すれば、行為の目的を意味すると解するほかなく、課税仕入れの目的というものを忠実に解釈しようとすれば、他の収入の得られる過程や位置付け、他の収入が得られることが課税仕入れ等やこれに対応する取引に及ぼす影響、全体の収入のうちに他の収入の見込額が占める割合などの事業者の経済活動に関する個別事情を踏まえて判断するのが相当である、②消費税法３０条２項１号の文言は、「課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要するもの」であり、課税仕入れが「課税資産の譲渡等」のみならず「その他の資産の譲渡等」にも要すると積極的に認められることが要件とされており、課税対応仕入れに該当しない課税仕入れがすべからく共通対応課税仕入れに該当するとは規定されていない、（エ）令和２年度の税制改正により、販売用の居住用収益不動産の取得に係る消費税額の仕入税額控除の仕組みが改正され、本件訴訟の争点は既に消滅したので、本件訴訟における判断が今後の課税実務に影響を与えることはないから、本件の事案については個別事案に応じた適正・妥当な解決が図られるべきである旨を主張する（前記第２の３（被控訴人の主張）（１））。
オ しかしながら、前記エ（ア）の点に関しては、①消費税法３０条２項の規定の文言及び趣旨並びに同条所定の仕入税額控除制度の仕組みを総合すれば、消費税法３０条２項１号の定める課税仕入れについては、同号の文言及び趣旨等に即して、課税対応課税仕入れとは、当該課税仕入れにつき将来課税売上げを生ずる取引のみが客観的に見込まれている課税仕入れのみをいい、非課税対応課税仕入れとは、当該課税仕入れにつき将来非課税売上げを生ずる取引のみが客観的に見込まれている課税仕入れのみをいい、当該課税仕入れにつき将来課税売上を生ずる取引と非課税売上げを生ずる取引の双方が客観的に見込まれる課税仕入れについては、全て共通対応課税仕入れに区分されると解するのが相当であり、上記の解釈は消費税法３０条３項に課税売上割合に代えて課税売上割合に準ずる割合を用いて計算することを認める旨の規定があることのみを根拠とするものではないことは、前記イにおいて説示したとおりであり（上記の解釈は、所論のように後続問題と位置付ける後者の割合の存在のみから先決問題と位置付ける用途区分に係る特定の解釈を当然に導き出しているものではないから、平成２９年最高裁判決との抵触の問題を生ずる余地はなく、また、内国法人に係る特定外国子会社等の行う地域統括業務の租税特別措置法（平成２１年法律第１３号による改正前のもの）６６条の６第３項及び４項所定の事業該当性に関する平成２９年最高裁判決は、本件とは事案及び適用法令や法理の内容等を異にするものであり、控訴人の主張の根拠となり得るものではない。）。また、②Ｆ社及び別同業他社に対する承認申請却下処分の事例等に表れた本件各課税期間の当時における課税庁の解釈及びその執行並びに課税庁が公表していた課税売上割合に準ずる割合に関する解釈等は、消費税法３０条２項１号の定める課税対応課税仕入れにつき同号の文言及び趣旨等に即して当該課税仕入れにつき将来課税売上げを生ずる取引のみが客観的に見込まれている課税仕入れのみを意味すると解することの妨げとなり得るものではなく（Ｆ社が、平成２８年に申請した課税売上割合に準ずる割合の算定方法とは異なる算定方法の承認を平成３０年に改めて申請したところ、所轄税務署長から当該申請を承認されたことは、前記（前提事実（８）エ）のとおりであり、また、（ａ）消費税法基本通達１１－５－８は、課税売上割合に準ずる割合の適用に当たって、その事業者が行う事業の全部について同一の割合を適用する必要はないとし、その例示として同（１）ないし（３）の方法を掲げているにとどまり（乙２４）、収益不動産の販売に関する事業の種類が収益不動産販売事業しかなく当該事業に係る費用も棚卸資産である収益不動産物件の購入費用しかない場合に、課税売上割合に準ずる割合の適用が認められないとする趣旨のものとは解されず、（ｂ）消費税法基本通達１１－５－７も、「課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要するものの性質に応ずる合理的な基準」による課税売上割合に準ずる割合の算定要素の例示として、「使用人の数又は従事日数の割合、消費又は使用する資産の価額、使用数量、使用面積の割合」といった客観的な指標の要素を「その他」の留保を付して列挙したものにとどまり、現に被控訴人が平成３１年３月２８日に承認申請した建物売上高と賃料収入を算定要素とする９１．５８パーセントの本件準ずる割合及びその算定方法が麹町税務署長によって承認されていること（前提事実（８）オ）からもうかがわれるように、本件事業につき上記の例示以外の指標を算定要素とする合理的な基準により課税売上割合に準ずる割合を算出することを否定する趣旨のものとは解されず（上記の算定方法が同通達に反するとはいえず、上記の承認が消費税法３０条３項に違反するものと認めるに足りる証拠もない。）、（ｃ）課税庁は、「たまたま土地の譲渡があった場合」につき、土地の譲渡が単発的なものであり、かつ、当該土地の譲渡がなかったとした場合には事業の実態に変動がないと認められる場合には（たまたま（偶発的に）発生した土地の譲渡が、消費税法３０条３項で規定する課税売上割合に準ずる割合の算出方法を採り得ない事情にあることを前提として）、便宜的に当該土地の譲渡があった課税期間の前３年に含まれる課税期間の通算課税売上割合と前課税期間の課税売上割合とのいずれか低い割合を課税売上割合に準ずる割合として承認しても差し支えないとしているところ（甲７４）、その理由として、上記のような場合は「課税売上割合により仕入控除税額の計算を行うことは事業の実態を反映したものと言えず、不合理であると考えられること」が掲げられていることに照らすと、上記の「たまたま土地の譲渡があった場合」の便宜的な取扱いに関する課税庁の運用も、当該課税期間において課税売上割合により仕入控除税額の計算を行うことが本件事業の実態を反映したものにならない場合に、本件事業につき課税売上割合に準ずる割合を合理的な基準により算出することを否定する趣旨のものとは解されず、（ｄ）Ｆ社当初承認申請却下処分を受けて公表された出版物等（甲８２ないし８５）において、土地を除いて計算した「課税売上割合に準ずる割合」の適用承認申請を行っても課税当局に承認される可能性は極めて低いとなどとする見解や、課税売上割合に準ずる割合は同一種類の費用のうち特定の費用にのみ適用することは認められないなどとする見解が示されたとしても、前者の見解は課税庁の関与に係るものとは認められず、これをもって、前示のとおり消費税法３０条２項１号の定める課税対応課税仕入れが同号の文言及び趣旨等に即して当該課税仕入れにつき将来課税売上げを生じる取引のみが客観的に見込まれている課税仕入れのみを意味すると解すべきであることが否定されるものではなく、また、後者の見解も、これをもって、上記（ａ）のとおり収益不動産の販売に関する事業の種類が収益不動産販売事業しかなく当該事業に係る費用も棚卸資産である収益不動産物件の購入費用しかない場合に課税売上割合に準ずる割合の適用が認められることが否定されるものではない。）、③前記イ及び上記②において説示したところによれば、被控訴人が主張する本件ギャップの問題が課税売上割合に準ずる割合の適用によって解決することがおよそ不可能なものであるとはいえず（前示のとおり、被控訴人は、本件各課税期間において課税売上割合に準ずる割合の適用の承認申請を行っておらず、後記４及び５において説示するところも併せ鑑みれば、被控訴人が本件各課税期間に係る本件事業につき課税売上割合に準ずる割合を合理的な基準により算出した上で課税売上割合に準ずる割合の適用の承認申請を行った場合に、それが承認される余地がなかったと断ずることはできないというべきである。）、本件全証拠によっても、課税庁がＦ社や被控訴人の申請に係る課税売上割合に準ずる割合を承認したことが、消費税基本通達に反し消費税法３０条３項に違反する違法なものであってＦ社に係る別件訴訟及び本件訴訟の訴訟追行上の政策的考慮によるものであるとは認められないというべきである。
次に、前記エ（イ）の点に関しては、税負担の累積の排除は消費税の計算の基本的かつ本質的な要素であり、消費税法の規定の解釈に当たっては税負担の累積の排除を含む消費税制度の立法趣旨を踏まえた解釈が求められるものといえるが、本件各課税仕入れの用途区分を共通対応課税仕入れに区分し、課税仕入れ等の税額の合計額に課税売上割合を乗じて計算した額を本件各課税仕入れに係る消費税額とする結果（被控訴人の主張によれば本件各課税仕入れの６割以上が仕入税額控除の対象から除外される結果）、被控訴人の下で創出された付加価値を超えて消費税が課税されることになるのは、本件事業についてより合理的な消費税額の算定を可能とする制度として消費税法自体が設けている課税売上割合に準ずる割合（同法３０条３項）の適用に必要な申請の手続を被控訴人が執らなかったことに起因するものであって（現に、被控訴人の申請に係る平成２９年度における本件準ずる割合（９５パーセントに満たない９１．５８パーセント）については、課税売上割合よりも合理的な割合として、その算定方法を含めて所轄税務署長の承認が得られている（前提事実（８）オ）。）、このような場合について消費税法は納税義務者の選択に従って課税売上割合に準ずる割合の適用によって対応することを予定しているものといえるから、消費税法が制度的に予定する手続を納税義務者が執らない場合に、将来課税売上げを生ずる取引に加えて非課税売上げを生ずる取引も客観的に見込まれる課税仕入れについて、同法３０条２項の文言及び趣旨等並びに同条所定の仕入税額控除制度の仕組みにおいて予定されている範囲を超えて、これを殊更に課税対応課税仕入れに区分するという所論の解釈は、税負担の累積の排除の観点を踏まえても、消費税制度の立法趣旨に沿った消費税法の規定の解釈として相当とは解し難いものといわざるを得ない。
また、前記エ（ウ）の点に関しては、①消費税法基本通達１１－１－１２は、「課税資産の譲渡等にのみ要するもの」とは、「課税資産の譲渡等を行うためにのみ必要な課税仕入れ等」をいうものと定めているところ、「行うためにのみ」との表現に加え、同通達の例示の内容（（１）そのまま他に譲渡される課税資産、（２）家財資産の製造用にのみ消費し、又は使用される原材料、容器、包紙、機械及び装置、工具、器具、備品等、（３）課税資産に係る倉庫料、運送費、広告宣伝費、支払手数料又は支払加工賃等）に照らすと、課税仕入れの目的が将来課税売上げを生ずる取引のためであれば同時に非課税売上げを生ずる取引も客観的に見込まれても「課税資産の譲渡等を行うためにのみ必要な課税仕入れ等」に当たるとの解釈を許容するものとは解し難く、所論のように、（ａ）他の収入の得られる過程や位置付け、（ｂ）他の収入が得られることが課税仕入れ等やこれに対応する取引に及ぼす影響、（ｃ）全体の収入のうちに他の収入の見込額が占める割合などの事業者の経済活動に関する個別事情を踏まえて、当該課税仕入れが課税対応課税仕入れ、非課税対応課税仕入れ又は共通対応課税仕入れのいずれの区分に該当するかを判断するとしても（当該課税仕入れにつき将来課税売上げを生ずる取引のみが客観的に見込まれるか否かを判断するに当たっても、事業者の経済活動に関する諸要素を総合して判断すること自体は否定されない。）、事業者の取引の客観的な内容や性質等を捨象して専らその目的のみに依拠してこれらのいずれの区分に当たるかを判断するのは相当とは解されず、②被控訴人の指摘に係る消費税法３０条２項１号の文言に関しても、前記イのとおり、課税対応課税仕入れとは、同号の文言及び趣旨等に即して、当該課税仕入れにつき将来課税売上げを生ずる取引のみが客観的に見込まれている課税仕入れのみをいうものと解される以上、当該課税仕入れにつき将来課税売上げを生ずる取引に加えて非課税売上げを生ずる取引も客観的に見込まれる課税仕入れについては、共通対応課税仕入れに区分するのが相当である（課税対応課税仕入れと共通対応課税仕入れの区分について同項の文言及び趣旨等並びに同条所定の仕入税額控除制度の仕組みに即して上記の解釈を採ることが、本件を含む個別事案における経済実態とのかい離による税負担の累積により同法の目的を達成し得なくなるものとは解されないというべきである。）。
そして、前記エ（エ）の点に関しては、令和２年度の税制改正後（令和２年法律第８号による改正後）の消費税法の規定は、本件各課税期間に適用されるものではない上、その改正の内容が課税対応課税仕入れと共通対応課税仕入れの区分等に関する消費税法３０条２項及び３項の解釈に影響を与えるものとはいえないから、本件各課税期間の後に上記の改正がされたことによって前記イの判断が左右されるものとはいえない。
以上によれば、被控訴人の前記エ（ア）ないし（エ）の主張はいずれも採用することができない。
（２）本件各課税仕入れの用途区分について
ア 本件ビジネスモデルにおいては、本件各課税仕入れについて、本件各仕入日において、将来、住宅の貸付けによる賃料収入という非課税売上げが見込まれるとともに、本件各マンション売却による課税売上げも見込まれるから（前提事実（１）及び（２）、認定事実アないしウ）、本件各課税仕入れは、消費税法３０条２項１号に規定する課税対応課税仕入れ及び非課税対応課税仕入れのいずれにも該当せず、共通対応課税仕入れに該当するものと解するのが相当である。
イ これに対し、被控訴人は、本件各課税仕入れは、本件各マンションの販売を専らの主眼として行われたもので、本件各マンションの賃貸は、専らその販売の手段（つまりバリューアップ）として行われたものであり、そうすると、消費税法上の税負担の累積の排除という趣旨から被控訴人に課されるべき消費税額は、本件各マンションの建物部分の販売の対価と仕入れの対価の差額、すなわち被控訴人の下で創出された付加価値に相当する額に対する消費税額であるべきことは明らかである旨を主張する（前記第２の３（被控訴人の主張）（２））。
しかしながら、本件各課税仕入れは、仮に本件各マンションの販売を主眼として行われたもので、本件各マンションの賃貸はその販売の手段として行われたものであるとしても、現にその賃貸によって相当額の賃料収入が得られ、その中に非課税売上げに区分される賃料収入が相当程度において認められ、将来課税売上げを生ずる取引に加えて非課税売上げを生ずる取引も客観的に見込まれる課税仕入れであると認められる以上（本件準ずる割合の計算式によると、平成３０年３月期の建物売上高は５４億９４４３万１４８７円、賃料収入のうち課税売上げに当たる売上高は２億８５９１万２３２２円、賃料収入のうち非課税売上げに当たる売上高は５億３０９１万４４９７円になっていて、課税売上割合に準ずる割合は９１．５８パーセントになっており（乙２６の２）、仮にこれらの賃料収入に係るものも含めて本件各課税仕入れが全て課税対応課税仕入れに区分されるとすれば、前記（１）アのとおり、売上げに係る取引の大部分が課税資産の譲渡等に当たるといえない場合には多額の益税が生じて納税義務者間の公平を害することがあり得るとして、当該課税期間における課税売上割合が９５パーセントに満たない場合には同条２項１号に規定する個別対応方式又は同項２号に規定する一括比例配分方式のいずれかの方法により控除対象仕入税額を計算するものとされていること及びその趣旨に沿わない結果になるものというべきである。）、前示の個別対応方式が定められた趣旨（売上げに係る取引の大部分が課税資産の譲渡等に当たるといえない場合には、課税資産の譲渡等に対応する課税仕入れの税額だけが仕入税額控除の対象となり、その他の資産の譲渡等に要する課税仕入れに係る消費税額は控除の対象とならないという仕入税額控除の原則的な考え方に従って控除対象仕入税額を計算することとされたものと解されることは、前記（１）ア及びイのとおりである。）等に照らし、前記（１）において説示した用途区分の基準に従って、共通対応課税仕入れに区分するのが相当である。
したがって、被控訴人の上記主張は採用することができない。
４ 争点（２）（平等取扱原則違反の有無）について
（１）本件各課税仕入れが共通対応課税仕入れに該当することは、前記３のとおりであり、被控訴人は、本件各課税仕入れにつき、本件各課税期間において課税売上割合に代えて課税売上割合に準ずる割合を用いて共通対応課税仕入控除税額を計算することの承認申請を行わず、所轄税務署長から消費税法３０条３項２号の承認を受けていないから、本件各課税仕入れに係る共通対応課税仕入控除税額の計算に当たっては、同条２項１号ロに基づいて被控訴人の本件各課税期間における課税売上割合を用いて消費税額の算定がされることになる。そして、本件各更正処分は、上記の算定方法に従って消費税法３０条２項１号に基づいて共通対応課税仕入控除税額を算出したものであり、原判決別紙４の課税の根拠及び計算の詳細を含め、消費税法所定の課税要件を充足するものであるから適法であり、当該各処分が平等取扱原則に反して違法となるものとは解されないというべきである。
（２）アこれに対し、被控訴人は、①税務当局の現在の対応は一貫性を欠いており（転売用マンションに係る課税仕入れを課税対応課税仕入れに区分して消費税等の申告をした納税者の中には、（ａ）被控訴人と同様に当該用途区分を一律に否認された者がいる一方、（ｂ）転売までの期間の長短等で否認の範囲が限定された者や、（ｃ）被控訴人とは逆に当該用途区分を一律に是認された者も存在する（甲６、２８等）ほか、②税務当局は、転売用マンションに係る課税仕入れの用途区分につき、従前は課税対応課税仕入れに区分するとの取扱いをしていたがこれを変更するなど、税務当局の対応は過去と比較しても一貫性を欠いており（（ａ）国税庁は、「買い取った分譲用マンションを分譲が完了するまで一時期賃貸した」との事例における用途区分につき、平成６年１１月に実施した「全国国税局消費税課長・統括国税調査官会議」における意見聴取を経た上で、平成７年２月１６日付けで、全国の国税局及び税務署に対し、課税対応課税仕入れに区分して差し支えない旨を通知し（平成７年分譲マンション事例）、（ｂ）東京国税局は、平成９年、「賃借人が居住しているマンションを転売目的でそのままの状態で購入した」との事例における用途区分につき、照会元の下級行政機関に対し、「本件の場合は…マンションを転売目的で取得したことが明らかである」から課税対応課税仕入れ等に区分される旨回答していた（平成９年賃貸マンション事例）が、（ｃ）平成１７年を境に取扱いを変更し、同年１１月５日、国税庁職員が執筆する「こんなときどうする消費税Ｑ＆Ａ」と題する加除式の文献に「現住建造物を転売目的で購入した場合の仕入税額控除」と題する設例（事実関係は平成９年賃貸マンション事例と同様である。）を追加し、同設例における課税仕入れは「建物の転売という課税売上と住宅の家賃という非課税売上げのための課税仕入れ」であるから共通対応課税仕入れに区分されるとの見解（従前と正反対の見解）を示し（甲３１、乙１２）、（ｄ）上記の設例が追加された僅か５日後（平成１７年１１月１０日）には、国税不服審判所においても、転売用マンションに係る課税仕入れは共通対応課税仕入れに区分するのが相当であるとの判断を初めて示し（乙１１の１）、その後も同種の裁決を引き続き行った。）、このように税務当局の対応が一貫性を欠く状況の下において、被控訴人を他の納税者よりも不利益に扱う本件各更正処分を行ったから、当該各処分は平等取扱原則に反して違法である旨を主張する（前記第２の２の引用に係る原判決別紙３の２（原告の主張の要旨））。
イ しかしながら、①Ｆ社及び別同業他社に対する各承認申請却下処分の事例（前提事実（８）ア及びイのとおり、上記各却下処分は、課税売上割合に準ずる割合の承認の可否によって処分が決せられている以上、本件各課税仕入れが共通対応課税仕入れに該当することを前提とするものでといえる。）に加え、オフィスビル及び居住契約付マンション（住宅用）の物件を購入してバリューアップ後に転売する業者が平成２６年５月１９日付けで作成したとされる資料（甲７９）には、被控訴人が本件各確定申告を行った当時において、居住契約のある建物の課税仕入れ（まだ居住契約はないが将来居住契約を締結する予定のものを含む。）につき、将来売却予定（課税収入）であるが一部賃貸の用に供している（非課税収入）ため、課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要する課税仕入れ（共通対応課税仕入れ）として消費税法上処理していたと記載されていること（前提事実（８）ウ）などに照らしても、税務当局は、本件各更正処分の当時において、本件ビジネスモデルと同様のビジネスモデルにつき、本件各課税仕入れと同様に共通対応課税仕入れに該当するとの立場を一貫して採っていたことが推認されるということができる。これに対し、被控訴人が指摘する税理士の陳述書（甲６）に記載されているセミナーの参加者等から得られた情報や、被控訴人代理人作成の令和元年５月１３日付け報告書（甲２８）で引用されている平成３１年３月１３日開催のセミナーのアンケート結果については、セミナー参加者等及びアンケート回答者の事業内容の詳細などが明らかでなく、これらの証拠をもって直ちに本件各更正処分が一貫性を欠くもので平等取扱原則に反し違法であると認めるには足りないというべきである。また、②（ａ）平成１７年１１月５日刊行の国税庁職員の執筆に係る「こんなときどうする消費税Ｑ＆Ａ」と題する文献（乙１２）中の「現住建造物を転売目的で購入した場合の仕入税額控除」と題する設例では、「事業者の最終的な目的は中古マンションの転売ということであっても、転売までの間非課税売上げである住宅家賃が発生することも事実であり、中古マンションの購入に係る消費税は、課税売上げと非課税売上げに共通して要するものに該当することになります。」との明確な見解が示されており、（ｂ）平成２３年１１月１日刊行の「東京税理士界」ＶｏｌｕｍｅＮｏ．６５８（乙１４）でも、上記「こんなときどうする消費税Ｑ＆Ａ」の記述を引用して、「派生的かつ附随的とはいえ、物件の取得により確実に発生する非課税収入は、たとえ販売目的による取得であったとしても、課税仕入れの区分上無視することはできない。」と記載され、（ｃ）同月１０日刊行の「消費税トラブルの傾向と対策〔税理士損害賠償事故対策版〕」（乙１５）にも、「賃貸中の中古マンションを転売目的で取得し、課税売上げ対応分に区分して個別対応方式を適用したケース」のトラブルの対策について、「販売用の建物を取得する場合の課税仕入れの用途区分であるが、本事例のように居住用の現住建造物を取得する場合には、原則として共通して要するものに区分することになる。」と記載され、（ｄ）平成２５年１１月５日刊行の「消費税〔個別対応方式・一括比例配分方式〕有利選択の実務」（乙１６）にも、入居者のいる賃貸マンションを転売目的で取得した場合の取得費の用途区分につき、直ちに転売できる場合はともかく、実際に転売するまで一定の期間を要する場合、転売までに入居者から賃貸料収入がもたらされることになるとして、「取得の意図が転売目的であっても、課税売上のみならず非課税売上をももたらすことから、取得費の用途区分については、課税売上と非課税売上の双方に共通して要するものに分類すべきということになるものと考えられる」と記載されていることに加え、（ｅ）上記①のとおり、被控訴人が本件各確定申告を行った当時において、オフィスビル及び居住契約付マンション（住宅用）の物件を購入してバリューアップ後に転売する業者が、既に居住契約のある建物の課税仕入れにつき、共通対応課税仕入れとして消費税法上処理していたことが認められることなどに照らすと、被控訴人が本件各確定申告を行った当時における税務当局の対応がその時点で通常参照の対象となる過去の相当期間の事例や公表された解釈等と比較して一貫性を欠いていたということはできない（なお、被控訴人の指摘に係る事例のうち、（ⅰ）平成７年分譲マンション事例（甲１８、１９）は、「譲渡用住宅を一時期賃貸用に供する場合の仕入税額控除」との照会事項に対し、「仮に一時的に賃貸用に供されるとしても、継続して棚卸資産として処理し（中略）、将来的には全て分譲することとしているものについては、法３０条２項１号イの課税資産の譲渡等にのみ要する課税仕入れに該当するものとして取り扱って差し支えない。」としたものであるが、「課税仕入れの時点では課税資産の譲渡等にのみ要するものに該当することは明らかである」とされており、課税仕入れの時点で当該マンションを賃貸の用に供することが予定されていたかどうかは明らかではなく、当該事例をもって直ちに被控訴人の主張する解釈に沿うものと解することは困難であり、（ⅱ）平成９年賃貸マンション事例（甲２１）は、当初から転売目的（１棟ごとに居抜きで転売するか又は賃貸借契約解除後に１戸ずつ転売する目的）でマンションを居抜きで買い取った場合の仕入税額控除の運用について、「法人の処理及び販売活動等から、マンションを転売目的で購入したことが明らかであることから、課税資産の譲渡等にのみ要する課税仕入れに該当し、仕入れ税額控除が認められる。」としたものであり、前記の平成１７年１１月５日刊行の国税庁職員の執筆に係る「こんなときどうする消費税Ｑ＆Ａ」と題する文献に記載された見解に必ずしも沿うものとはいえないことがうかがわれるものの、平成９年（平成１７年の上記文献の公刊の約１０年前）の当時におけるもので、その内容がその後において個々の事案における個別の事例判断の範囲を超えた一般的通用性を有する規範として課税庁において是認され、かつ、一般に周知されていたことを認めるに足りる的確な証拠はなく、かえって、上記（ａ）ないし（ｄ）のとおり平成１７年の上記文献の公刊以降に同文献の見解が一般的通用性を有する規範として課税庁において是認されたものとして一般に周知される中で、本件各確定申告が行われた当時に至るまでの十数年の間に、課税庁によってその見解が変更されたことをうかがわせる公刊の文献等が現れたことを認めるに足りる証拠は存しない。）。以上によれば、被控訴人の前記アの主張は採用することができない。
５ 争点（３）（国税通則法６５条４項にいう「正当な理由」の有無）について（１）ア過少申告加算税は、過少申告による納税義務違反の事実があれば、原則としてその違反者に対して課されるものであり、これによって、当初から適正に申告し納税した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに、過少申告による納税義務違反の発生を防止し、適正な申告納税の実現を図り、もって納税の実を挙げようとする行政上の措置であり、主観的責任の追及という意味での制裁的な要素は重加算税に比して少ないものである。
国税通則法６５条４項は、修正申告書の提出又は更正に基づく納付すべき税額に対して課される過少申告加算税につき、その納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうちにその修正申告又は更正前の税額の計算の基礎とされていなかったことについて正当な理由があると認められるものがある場合には、その事実に対応する部分についてはこれを課さないこととしているが、過少申告加算税の上記の趣旨に照らせば、同項にいう「正当な理由があると認められる」場合とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、上記のような過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解される（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１８年４月２０日第一小法廷判決・民集６０巻４号１６１１頁等参照）。
イ これを本件についてみると、被控訴人は、本件各課税期間の消費税等について、個別対応方式で控除対象仕入税額を計算することを選択した上で、本件各課税仕入れの用途区分につき、建物の販売（課税資産の譲渡等）のみならず、住宅の貸付け（その他の資産の譲渡等）をも目的とするものであるから、共通対応課税仕入れに区分すべきであるにもかかわらず、課税対応課税仕入れに区分すべきであるとして、本件各課税仕入れに係る消費税額の全額を課税標準額に対する消費税額から控除し、原判決別表１－１から１－３までの各「確定申告」欄記載のとおりの確定申告（本件各確定申告）を行ったものであるところ、①前記４（２）イ②（ａ）ないし（ｄ）のとおり、平成１７年１１月５日刊行の国税庁職員の執筆に係る「こんなときどうする消費税Ｑ＆Ａ」と題する文献及びこれを踏まえた平成２３年１１月１日刊行の「東京税理士界」のＶｏｌｕｍｅＮｏ．６５８や、同月１０日刊行の「消費税トラブルの傾向と対策〔税務士損害賠償事故対策版〕」及び平成２５年１１月５日刊行の「消費税〔個別対応方式・一括比例配分方式〕有利選択の実務」等の文献において、事業者の最終的な目的は中古マンションの販売ということであっても、転売までの間に非課税売上げである住宅家賃が発生する場合には、中古マンションの購入に係る消費税は課税売上げと非課税売上げに共通して要するものに該当する旨の見解が示されていること、②被控訴人が本件各確定申告を行った当時において、オフィスビル及び居住契約付マンション（住宅用）の物件を購入してバリューアップ後に転売する業者が、既に居住契約のある建物の課税仕入れにつき、共通対応課税仕入れとして消費税法上処理していたことが認められること（前記４（２）イ①）、③本件と同様に販売目的による居住用の建物の取得費についての課税仕入れの区分が争点となった平成１７年１１月１０日裁決、平成２２年１１月８日裁決及び平成２４年１月１９日裁決（乙１１の１ないし３。公刊の裁決事例集に掲載されているもの）並びに平成２５年６月２６日のさいたま地方裁判所の判決（甲１０。公刊の税務訴訟資料に掲載されているもの）の各事例において、当該各事案の所轄行政庁及び被控訴人が、当該各課税仕入れが共通対応課税仕入れに当たるとする本件処分と同旨の主張をし、その主張が採用されていたことが認められることなどに照らすと、被控訴人が本件課税仕入れを課税対応課税仕入れに区分した上で、本件各課税仕入れに係る消費税額の全額を本件各課税期間に係る課税標準額に対する消費税額から控除して本件各確定申告を行ったことについて、真に被控訴人の責めに帰することのできない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお被控訴人に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になるとは認め難いものというべきであり（前記４（２）イ②において説示したところに照らせば、被控訴人の指摘に係る平成９年賃貸マンション事例の存在を踏まえても、上記の判断が左右されるものとは解し難いといわざるを得ず、また、被控訴人の指摘に係る平成７年分譲マンション事例をもって直ちに被控訴人の主張する解釈に沿うものと解することは困難であることも、前記４（２）イ②において説示したとおりである。）、国税通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるとはいえないから、本件各賦課決定処分は適法である。
（２）アこれに対し、被控訴人は、税務当局は、転売用マンションに係る課税仕入れの用途区分という租税法規の解釈上微妙な点を含む問題について、平成１７年を境に課税上の取扱いを変更しているが、変更後の取扱いを国民の間に定着させるための措置は何ら講じていないから、被控訴人が従前の取扱いに従って本件各課税仕入れを課税対応課税仕入れに区分したことについて、その責めに帰することのできない客観的な事情があることは明らかであって、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお被控訴人に過少申告加算税を賦課することは不当又は酷になるというべきである旨を主張する（前記第２の２の引用に係る原判決別紙３の３（原告の主張の要旨））。
イ しかしながら、①上記（１）イ①及び前記４（２）イ②（ａ）ないし（ｄ）において摘示した各文献等の存在及び内容、②被控訴人が本件各確定申告を行った当時おいて、オフィスビル及び居住契約付マンション（住宅用）の物件を購入してバリューアップ後に転売する業者が、既に居住契約のある建物の課税仕入れにつき、共通対応課税仕入れとして消費税法上処理していたこと（前記（１）イ②、前記４（２）イ①）、③本件と同様に販売目的による居住用の建物の取得費について課税仕入れの区分が争点となった事案につき、公刊物に掲載された平成１７年、平成２２年及び平成２４年の各裁決例並びに平成２５年の裁判例において、当該各事案の所轄行政庁及び控訴人が、当該各課税仕入れが共通対応課税仕入れに当たるとする本件処分と同旨の主張をし、その主張が採用されていたこと（前記（１）イ③）などに照らすと、これらの文献や事例等に表れた平成１７年以降の課税庁の取扱いは、被控訴人が本件各確定申告を行った当時、被控訴人と同様に中古マンション等を購入してこれを転売する事業を行う業者の間において相当程度周知されていたものということができ（前記４（２）イ②において説示したところに照らせば、被控訴人の指摘に係る平成９年賃貸マンション事例の存在を踏まえても、その内容がその後において個々の事案における個別の事例判断の範囲を超えた一般的通用性を有する規範として課税庁において是認され一般に周知されていたことを認めるに足りる的確な証拠はない以上、被控訴人の主張に係る平成１７年の前後における課税庁の取扱いの差異の有無については、本件全証拠によっても明らかではないといわざるを得ない。また、被控訴人の指摘に係る平成７年分譲マンション事例をもって直ちに被控訴人の主張する解釈に沿うものと解することが困難であることも、前記４（２）イ②において説示したとおりである。）、平成１５年から不動産投資事業に本格的に参入し、平成２７年以降は東京証券取引市場第１部に上場している被控訴人（前提事実（１））も、上記の周知の対象とされた転売事業を行う業者に含まれるものというべきであるから、被控訴人の指摘に係る諸点を踏まえても、上記の課税庁の取扱いと異なり、被控訴人が本件各課税仕入れを課税対応課税仕入れに区分した上で、本件各課税仕入れに係る消費税額の全額を課税標準額に対する消費税額から控除して本件各確定申告を行ったことにつき、被控訴人に真に責めに帰することのできない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお被控訴人に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になるとは認め難いものといわざるを得ない。
以上によれば、被控訴人の前記アの主張は採用することができない。
６ 結論
以上によれば、本件各処分はいずれも適法であり、被控訴人の請求はいずれも理由がないから棄却すべきところ、これらをいずれも認容した原判決は取消しを免れず、本件控訴は理由があるから、原判決を取り消した上、被控訴人の請求をいずれも棄却することとして、主文のとおり判決する。
東京高等裁判所第１６民事部
裁判長裁判官 岩井伸晃
裁判官 西森政一
裁判官 糸井淳一
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2021/pdf/13594.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
出典：「訟務重要判例集データベース」（法務省）（https://shoumudatabasep.moj.go.jp/hanreiSearch/HanreiSearch）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。訟務月報68巻3号188頁。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。