税務訴訟資料第２７１号－１００（順号１３６０２）
東京地方裁判所令和●●年（○○）第●●号法人税及び地方法人税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（西川口税務署長事務承継者新宿税務署長）
令和３年９月９日棄却・控訴
判決
原告Ａ株式会社訴訟承継人
Ｂ株式会社
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士結城大輔
同野村裕
同訴訟復代理人弁護士白水裕基
同補佐人税理士山下貴
被告国
同代表者法務大臣上川陽子
処分行政庁西川口税務署長事務承継者新宿税務署長
井手政紀
指定代理人別紙１指定代理人目録のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 西川口税務署長が平成３０年８月２８日付けでＡ株式会社（以下「Ａ社」という。）に対してした平成２７年４月１日から平成２８年３月３１日までの事業年度に係る法人税の更正処分のうち納付すべき税額１億４２８４万４９００円を超える部分及び同更正処分に伴う過少申告加算税賦課決定処分のうち税額２４万６０００円を超える部分をいずれも取り消す。
２ 西川口税務署長が平成３０年８月２８日付けでＡ社に対してした平成２７年４月１日から平成２８年３月３１日までの課税事業年度に係る地方法人税の更正処分のうち納付すべき税額６２８万５７００円を超える部分及び同更正処分に伴う過少申告加算税賦課決定処分のうち税額１万円を超える部分をいずれも取り消す。
３ 西川口税務署長が平成３０年８月２８日付けでＡ社に対してした平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの事業年度に係る法人税の更正処分のうち納付すべき税額１億７３０３万５０００円を超える部分及び同更正処分に伴う過少申告加算税賦課決定処分のうち税額５６万１０００円を超える部分をいずれも取り消す。
４ 西川口税務署長が平成３０年８月２８日付けでＡ社に対してした平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの課税事業年度に係る地方法人税の更正処分のうち納付すべき税額７６２万０５００円を超える部分及び同更正処分に伴う過少申告加算税賦課決定処分のうち税額２万４０００円を超える部分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
Ａ社と原告（原告については、後記分割前の法人を、現在の法人と区別するため、以下「本件分割法人」ということがある。）は、平成２７年１１月６日付けで原告を分割法人としＡ社を分割承継法人とする吸収分割契約を締結し、同年１２月１１日、原告（本件分割法人）のレーザースキャンユニット関連事業（以下「本件移転事業」という。）がＡ社に承継された（以下「本件分割」という。）。
Ａ社は、平成２８年３月期（平成２７年４月１日から平成２８年３月３１日までの事業年度。以下、他の事業年度及び地方法人税に係る課税事業年度についても同様に表記する。）及び平成２９年３月期（以下、平成２８年３月期と併せて「本件各事業年度」という。）の法人税及び地方法人税（以下「法人税等」という。）の確定申告（以下「本件確定申告」という。）において、租税特別措置法（平成２９年法律第４号による改正前のもの。以下「法」という。）４２条の４に規定する試験研究費に関する法人税額の特別控除（以下「本件特別控除」という。）の額の計算に際し、本件分割法人の売上金額及び試験研究費の額を加算することなく本件特別控除の額を算出して申告した。
これに対し、西川口税務署長は、Ａ社の本件各事業年度における本件特別控除の額の計算は、租税特別措置法施行令（平成２９年政令第１１４号による改正前のもの。以下「施行令」という。）２７条の４第９項、１４項及び１８項の規定に従い、本件分割法人の売上金額及び試験研究費の額を全額加算して行う必要があるなどとして、本件各事業年度に係る法人税等の更正処分（以下「本件各更正処分」という。）及びこれらの更正処分に伴う過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件各賦課決定処分」といい、本件各更正処分と併せて「本件各処分」という。）をした。
本件は、その後にＡ社を吸収合併して訴訟承継人となった原告が、被告を相手に、本件各処分（請求の趣旨記載の各税額を超える部分）の取消しを求める事案である。
１ 関係法令等の定め
（１）本件に関係する法の定めは別紙２－１、施行令の定めは別紙２－２、租税特別措置法施行規則（平成２９年省令第２４号による改正前のもの。以下「施行規則」という。）の定めは別紙２－３にそれぞれ記載したとおりである。
（２）会社分割があった場合における本件特別控除の制度の概要は、次のとおりである。
ア 総額型特別控除と増加型特別控除
法４２条の４第１項は、青色申告書を提出する法人について、当該事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額がある場合には、当該法人の当該事業年度の所得に対する調整前法人税額（同条６項２号参照）から、当該事業年度の当該試験研究費の額の１００分の１０に相当する金額（試験研究費割合〔同項３号参照〕が１０％未満であるときは別途の割合による。）を控除する旨規定する（以下、この規定による本件特別控除を「総額型特別控除」という。また、後記の増加型特別控除を通じて、上記のように本件特別控除によって控除される金額を、以下「税額控除限度額」という。）。法４２条の４第４項は、青色申告書を提出する法人が平成２０年４月１日から平成２９年３月３１日までの間に開始する各事業年度において同項各号に該当する場合には、当該各号に掲げる場合の区分に応じ、所定の金額（ただし、調整前法人税額の１００分の１０を限度とする。）を控除するものとし、同項１号は、増加試験研究費の額（損金の額に算入される試験研究費の額から比較試験研究費の額〔同条６項８号参照〕を控除した残額）が所定の計算による金額を超える場合について、当該試験研究費の額に１００分の３０（増加試験研究費割合〔同条４項１号〕が３０％未満であるときはその割合）を乗じて計算した金額を控除する旨規定している（以下、この規定による本件特別控除を「増加型特別控除」という。）。
イ 政令への委任
法４２条の４第９項は、同条６項から８項までに定めるもののほか、同条４項の規定の適用を受けようとする法人が合併法人、分割法人又は分割承継法人等である場合における各事業年度（適用年度〔同条６項８号参照〕の開始の日前３年以内に開始したもの。）の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額の計算その他同条１項から５項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める旨規定している。
ウ 全額加算方式
施行令２７条の４第９項は、増加型特別控除の適用を受ける法人が同項各号に掲げる合併法人、分割承継法人、被現物出資法人等（以下「合併法人等」という。）に該当する場合の適用年度における比較試験研究費の額の計算については、当該法人の各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額は同項各号に定めるところによるものとし、同項１号及び２号は、①調整対象年度（同項柱書き参照）に係る合併法人等の試験研究費の額と、②該当期間に係る被合併法人、分割法人、現物出資法人等（以下「被合併法人等」という。）の試験研究費の額を合計した金額とする旨規定している。また、施行令２７条の４第１８項は、総額型特別控除又は増加型特別控除の適用を受ける法人が同項各号に掲げる合併法人等に該当する場合の当該総額方式等適用年度（同条１７項参照）における当該法人の平均売上金額（法４２条の４第６項１０号、施行令２７条の４第１７項参照）の計算について、当該法人の売上調整年度（同項参照）の売上金額は同項各号に定めるところによるものとし、同条１８項１号及び２号は、①合併法人等の当該売上調整年度に係る売上金額と、②該当期間に係る被合併法人等の売上金額を合計した金額とする旨規定している（以下、上記の同条９項の定めによる比較試験研究費の額の計算方法と併せて「全額加算方式」という。）。
エ 移転分加算方式
上記ウの全額加算方式に対し、施行令２７条の４第１１項は、増加型特別控除の適用を受ける法人が分割法人等（分割法人又は現物出資法人。以下同じ）又は分割承継法人等（分割承継法人又は被現物出資法人。以下同じ）である場合の比較試験研究費の額の計算について、分割法人等が財務省令で定めるところにより納税地の所轄税務署長（以下、単に「所轄税務署長」という。）の認定（以下、後記の同条２０項に係る認定と併せて「移転試験研究費等に係る認定」という。）を受けた合理的な方法に従って当該分割法人等の各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額を移転事業（分割法人から分割承継法人に移転する事業。以下同じ）に係る試験研究費の額（以下「移転試験研究費の額」という。）とそれ以外の事業に係る試験研究費の額とに区分しているときは、当該分割等に係る分割法人等及び分割承継法人等の全てが財務省令で定めるところによりそれぞれの所轄税務署長に同条１１項の適用を受ける旨の届出（以下、後記の同条２０項に係る届出と併せて「移転分加算の適用に係る届出」という。）をしたときに限り、分割法人等及び分割承継法人等の同条１１項各号に規定する調整対象年度に係る試験研究費の額は同項各号に定める金額とするものとし、同項２号は、当該法人が分割承継法人等である場合について、①分割承継法人の調整対象年度に係る試験研究費の額と、②該当期間に係る分割法人の移転試験研究費の額との合計額を試験研究費の額とする旨規定している。
また、施行令２７条の４第２０項は、総額型特別控除又は増加型特別控除の適用を受ける法人が分割法人等又は分割承継法人等である場合の平均売上金額の計算について、分割法人等が財務省令で定めるところにより所轄税務署長の認定（移転試験研究費等に係る認定）を受けた合理的な方法に従って当該分割法人等の各事業年度の売上額を移転事業に係る売上額（以下「移転売上金額」という。）とそれ以外の事業に係る売上金額とに区分しているときは、当該分割等に係る分割法人等及び分割承継法人等の全てが財務省令で定めるところによりそれぞれの所轄税務署長に同項の適用を受ける旨の届出（移転分加算の適用に係る届出）をしたときに限り、当該分割法人等及び当該分割承継法人等の売上調整年度に係る売上金額は同項各号に定める金額とするものとし、同項２号は、当該法人が分割承継法人等である場合について、①分割承継法人の売上調整年度に係る売上金額と、②該当期間に係る分割法人等の売上金額を合計した金額とする旨規定している（以下、上記の同条１１項の定めによる比較試験研究費の額の計算方法と併せて「移転分加算方式」という。）。
オ 移転分加算方式の適用を受けるための手続
施行規則２０条１２項及び１９項は、移転試験研究費等に係る認定（上記エ）を受けようとする分割法人等は、分割等の日以後２月以内に、認定を受けようとする合理的な方法など所定の事項を記載した申請書に分割計画書又は分割契約書等の写しを添付して、所轄税務署長に提出しなければならない旨規定している（以下、上記申請書の提出による申請を「移転試験研究費等に係る認定申請」又は単に「認定申請」といい、同申請について上記のとおり定められた期限を「２月の期限」又は「本件期限」といい、この期限を定めた上記各規定を「本件期限規定」という。）。
また、施行規則２０条１７項及び２４項は、移転分加算の適用に係る届出（上記エ）は、分割等の日以後２月以内に、同条１１項及び２０項の規定の適用を受ける旨並びに移転試験研究費の額及び移転売上金額など所定の事項を記載した届出書により行わなければならない旨規定している（以下、移転試験研究費等に係る認定申請と移転分加算の適用に係る届出を併せて「認定申請・届出」ということがある。）。
２ 前提事実（争いのない事実、顕著な事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
（１）当事者等
ア 原告（本件分割法人）は、昭和１９年に設立され、各種ガラス及びセラミック製品、各種化学材料・製品、エレクトロニクス関連素材・部品・機器、電子光学関連素材・部品・機器等の製造販売等を目的とする株式会社である。
イ Ａ社は、昭和６３年に設立され、光ファイバー関連素材・部品・機器等の製造販売等を目的とする株式会社であり（甲１）、原告に発行済株式の全部を保有されている完全子会社であったが、本件各処分を受けて本件訴訟を提起した後の令和２年１月●日、原告に吸収合併された。
なお、Ａ社の事業は、規模としては親会社である原告に比べて小さい（売上金額で約２９分の１）が、売上金額に占める試験研究費の額の割合は高く、平成２８年３月期において、原告の上記割合が約２．５６％であったのに対し、Ａ社の上記割合は約８．８０％であった。このように、Ａ社においては、毎年高額の試験研究費を支出しているため、従前から試験研究費に関する法人税額の特別控除（本件特別控除）の適用を受けてきた。
（２）本件分割に至る経緯等
ア 原告は、平成２０年にＣ株式会社（以下「Ｃ」という。）と合併し、３つの事業から成るオプトデバイス事業を承継したところ、そのうち１つは廃止され、もう１つは原告の既存の事業と統合されることとなり、残る１つであるレーザースキャンユニット関連事業（レーザープリンターやデジタル複写機等の情報入出力機器、検査機器及び測定機器に利用される製品に係るもの）については、従前から光学機器製品を取り扱ってきたＡ社の事業と統合されることになった。
そのため、Ａ社と原告（本件分割法人）は、平成２７年１１月６日付けで吸収分割契約を締結し、原告を分割法人、Ａ社を分割承継法人として、レーザースキャンユニット関連事業（本件移転事業）を吸収分割の方法によりＡ社に承継させる旨の合意をした。同契約に基づき、約定の効力発生日である平成２７年１２月１１日に、本件移転事業は本件分割法人からＡ社に承継された（本件分割）。（甲２）
イ ところが、本件分割法人は、本件分割のあった日から２月以内に、施行令２７条の４第１１項及び第２０項に定める認定（移転試験研究費等に係る認定）を受けるための申請書を所轄税務署長に提出しておらず、また、Ａ社及び本件分割法人は、本件分割のあった日から２月以内に、上記各項に定める届出（移転分加算の適用に係る届出）に係る届出書を所轄税務署長に提出していなかった。
（３） 本件移転事業の内容等
ア 本件分割前における本件移転事業の内容は、本件分割法人がグループ会社であるＤ（以下「Ｄ」という。）からレーザースキャニングユニット製品の販売営業業務及び技術開発業務（以下「本件委託業務」という。）の委託を受け、これらの業務を行う対価として委託料の支払を受けるというものであった。このように、本件分割法人が本件移転事業において行っていた技術開発業務については委託料が支払われていたことから、その業務に係る費用は、本件特別控除の額の計算において所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額（法４２条の４第１項）に該当せず、本件移転事業には移転試験研究費の額（関係法令等（２）エ）が存在しない。
イ Ａ社は、本件分割の効力発生日である平成２７年１２月１１日付けで、Ｄとの間で本件委託業務の委託に関する覚書を締結した。これにより、Ａ社を受託者、Ｄを委託者として、本件分割前と同様の事業が継続されることとなった。（乙７）
（４）本件確定申告
Ａ社は、本件各事業年度の法人税等について、それぞれ別表１及び２の各「確定申告」欄のとおり、いずれも法定申告期限までに申告した（乙３及び４、本件確定申告）。Ａ社は、本件確定申告における本件特別控除の額の計算を行うに当たり、本件分割法人の試験研究費の額や売上金額を加算することなく、Ａ社における試験研究費の額及び売上金額のみに基づいて、比較試験研究費の額等や平均売上金額を算出していた。
なお、仮に、本件各事業年度の法人税等に係る本件特別控除の額の計算において本件分割法人の試験研究費の額及び売上金額を加算することとした場合には、全額加算方式よりも移転分加算方式による方が、本件分割法人の事業全体の規模と売上金額に占める試験研究費の額の割合（上記（１）イ）、本件移転事業の規模等に照らし、増加型特別控除における税額控除限度額の計算の基礎となる増加試験研究費割合（関係法令等（２）ア）の計算において納税者（Ａ社）に有利になるが、同社は、この時点においては移転分加算方式の適用を受けるのに必要な認定申請・届出（関係法令等（２）エ）をしていなかった。
（５）本件各処分に至る経緯等
ア 関東信越国税局調査査察部の職員は、平成３０年３月１５日以降、Ａ社の税務調査（以下「本件調査」という。）を行った。
イ 西川口税務署長は、本件調査の結果に基づいて、Ａ社が本件特別控除の額の計算に際し、本件分割法人の試験研究費の額や売上金額を加算することなく比較試験研究費の額等や平均売上金額を算出したことなどを理由に、平成３０年８月２８日付けで、別表１及び２の各「更正処分等」欄のとおり本件各更正処分及びこれに伴う本件各賦課決定処分をした（甲９の１～４。なお、本件各更正処分においては、Ａ社がⅮから受領した委託料を試験研究費の額から控除していなかったことも理由の一つとされているが、この点については原告は争っていない。）。
ウ なお、本件分割法人は、本件各処分に先立つ平成３０年６月１１日、所轄税務署長に対し、本件分割に関する移転試験研究費等に係る認定申請をした（甲３、４。以下「本件認定申請」という。）。しかし、所轄税務署長は、これに対する認定をせず、東京国税局の職員において、同年１１月５日、本件分割法人に対し、本件認定申請は本件期限規定（関係法令等（２）オ）に定める２月の期限を過ぎて提出されたものであるから無効であり、書面による認定又は却下は行わない旨の電話連絡をした。
（６）本件訴訟に至る経緯等
Ａ社は、平成３０年１１月２６日、本件各処分の取消しを求め、国税不服審判所長に審査請求をし、その裁決がされる前の令和元年７月１０日に本件訴訟を提起した。なお、上記審査請求は、同年９月５日に取り下げられた（乙１）。
（７）原告による訴訟承継
原告は、令和２年１月●日、Ａ社を吸収合併し、本件訴訟を承継した。
３ 税額等に関する当事者の主張
本件各処分における課税の計算に係る被告の主張は別紙３のとおりであり、原告は、後記４の争点に関する部分を除き、その計算の根拠となる金額及び計算方法を明らかに争わない。
４ 争点及び当事者の主張
本件の争点は本件各処分の適法性であり、被告が施行令２７条の４第９項及び１８項に規定する全額加算方式の適用を主張するのに対し、原告は、①本件分割のように移転試験研究費の額が存在しない場合（前提事実（３）ア参照）は上記各項にいう「合併等」に当たらないから、全額加算方式を適用することはできない、②仮にそうでないとしても、法は、移転事業に係る試験研究費の額及び売上金額を客観的に区分できる場合について移転分加算方式を適用することを原則としているものと解すべきであるから、施行令２７条の４の規定のうち、これに反して全額加算方式を原則とし、移転試験研究費等に係る認定及び移転分加算の適用に係る届出を経なければ移転分加算方式の適用を受けられないとしている部分については、法の委任の範囲を逸脱し無効である、③また、仮にそうでないとしても、移転試験研究費等に係る認定申請について２月の期限（本件期限）を定める施行規則２０条１２項及び１９項の規定（本件期限規定）は、これが手続的な課税要件を定めるものであるとすれば法律の有効な委任がないものとして無効となるから、行政手続の便宜のために手続要件を定めたものに過ぎないものというべきであって、原告が本件期限後にした本件認定申請（前提事実（５）ウ）に対し所轄税務署長の認定がないままにされた本件各処分は違法である、などと主張している。したがって、本件の争点は、具体的には次の（１）から（３）までのとおりであり、これらに関する当事者の主張の要旨は、別紙４記載のとおりである。
（１）本件分割は、施行令２７条の４第９項及び１８項の「合併等」に該当するか否か。
（２）施行令２７条の４の規定は、法４２条の４による委任の範囲を逸脱しているか否か。
（３）本件期限規定（施行規則２０条１２項及び１９項）は、有効に課税要件を定めたものであるか否か。
第３ 当裁判所の判断
当裁判所は、争点に係る原告の主張はいずれも採用することができず、西川口税務署長がＡ社の本件各事業年度における本件特別控除について全額加算方式を適用したことに違法はないから、本件各処分はいずれも適法であり、原告の請求は理由がなく棄却すべきものと判断する。その理由の詳細は以下のとおりである。
１ 争点（１）（本件分割は「合併等」に該当するか）について
（１）租税法規の解釈の方法について
憲法は、国民は、法律の定めるところにより納税の義務を負うことを定め（３０条）、新たに課税を課し又は現行の租税を変更するには、法律又は法律の定める条件によることを必要としており（８４条）、それゆえ課税要件及び租税の賦課徴収の手続は、法律で明確に定めることが必要である。このような租税法律主義の原則に照らすと、租税法規はみだりに規定の文言を離れて解釈すべきものではないというべきである。これは、法的安定性が強く要請される租税法規の性質や課税庁による恣意的な運用を防ぐという観点から、租税法規を納税者の有利に解釈する場合についても同様である。
（２）施行令２７条の４第９項及び１８項の「合併等」の意義について
ア 法４２条の４第９項は、同条４項に定める増加型特別控除の適用を受けようとする法人が合併法人、分割法人若しくは分割承継法人、現物出資法人若しくは被現物出資法人又は現物分配法人若しくは被現物分配法人である場合における各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額の計算その他同条１項から５項までの規定の適用に関し必要な事項は政令で定めるものとしている。これを受けた施行令２７条の４第９項及び１８項は、その適用対象となる「合併等」の意義につき、同各項の各１号において、合併、分割、現物出資又は現物分配とする旨規定しており、これは、上記のとおり委任規定である法４２条の４第９項が、「合併法人、分割法人若しくは分割承継法人、現物出資法人若しくは被現物出資法人又は現物分配法人若しくは被現物分配法人」が対象法人である場合の規律について政令に委任したことに呼応するものと解される。そして、上記各項の文理上、「合併等」の範囲を限定し、あるいは、上記各項が適用されるための要件を付加するような定めはなく、およそ分割である以上は「合併等」に該当し上記各項が適用されると解するのが素直な解釈である。
イ これに対し、原告は、本件分割のように移転事業に移転試験研究費の額が存在しない場合には施行令２７条の４第９項及び１８項の「合併等」に該当しないと解すべきである旨主張する。
しかしながら、上記各項に関しては、分割の対象となる移転事業に移転試験研究費の額が存在しない場合に「合併等」に当たらず上記各項が適用されないとする規定はなく、原告の上記主張は、法令の明文にない要件を付加するものといわざるを得ない。
（３）原告のその余の主張について
ア 原告は、文理上も、移転事業に移転試験研究費の額が存在することを前提としている規定（施行令２７条の４第１１項等）が存在している旨主張する。
しかしながら、原告が指摘する施行令２７条の４第１１項は、同条９項の「合併等」に該当する場合であっても、分割又は現物出資においては分割法人又は現物出資法人（分割法人等）の事業の一部が移転対象となるため、分割法人等に生じる試験研究費が移転事業に係るもの（移転試験研究費の額）とそれ以外の事業に係るものに合理的に区分し得る場合があることから、その区分の合理性が認められること（所轄税務署長の認定を受けること）を条件に移転分加算方式を適用するというものである。かかる規定が存在することが、同条９項の「合併等」の範囲が限定され、あるいは同項が適用されるための要件が付加されていると解すべき根拠となるものとは、致底いうことができない。
イ 原告は、施行令２７条の４第９項及び１８項の「合併等」について、分割に係る移転事業に移転試験研究費の額が存在しない場合が含まれるとすれば、試験研究への支出を増加させるインセンティブを失い、企業が試験研究に投じる費用の割合の拡大や増額を税制面から支援することにより、試験研究への支出を後押しし、技術革新等を促そうとする法４２条の４第１項の趣旨に反するなどと主張する。
しかしながら、原告の上記主張は、試験研究への支出を増加させるインセンティブを増大させるためには全額加算方式を適用すべきでない旨をいうものにすぎず、上記「合併等」について、その範囲が限定され、あるいは上記各項が適用されるための要件が付加されていると解すべき根拠となるものではなく、立法政策の当否を論ずるに帰するものというべきである。また、この点を措くとしても、原告が主張するような問題点は、所定の手続を経て移転分加算方式の適用を受けることにより回避し得るものであり（移転試験研究費の額が０円であることは、移転試験研究費等に係る認定を受けることの妨げとなるものではない。）、この点においても原告の主張は採用することができない。
２ 争点（２）（施行令２７条の４の規定は法による委任の範囲を逸脱しているか）について（１）法４２条の４の趣旨と施行令における移転分加算方式の導入について
法４２条の４に定める本件特別控除は、我が国における技術開発の促進のため、民間企業の試験研究活動に対して税制面からも積極的な助成措置を講ずることを目的として、昭和４２年法律第２４号により創設されたものである。その後、平成１２年の商法改正により会社分割制度（平成１３年４月１日施行）が導入されたことに伴い、平成１３年度税制改正において、政令への委任規定である法４２条の４第６項（当時）が改正され、本件特別控除の適用を受けようとする法人が分割法人又は分割承継法人等である場合にも、当該法人が合併法人である場合と同様に、その適用に関し必要な事項は政令で定めることとされた（乙１０の１、１１の１）。
そして、平成１３年度税制改正前の施行令２７条の４においては、全額加算方式のみが定められていた（乙１０の２）のに対し、同改正後の同条においては、移転分加算方式が導入された（乙１１の２）。これは、分割の場合には、合併と異なり、分割法人に生じた試験研究費の額が移転事業と無関係な場合もあり得ることから、納税者において移転分加算方式を選択し得るものとしたものであり、法が本件特別控除の制度を定めた趣旨に合致するものということができる。
（２）施行令の規定の合理性について
施行令２７条の４は、増加型特別控除の適用を受けようとする法人が分割承継法人である場合に、移転分加算方式の適用を受けるためには、移転試験研究費等に係る認定と移転分加算の適用に係る届出を要するものとし、これらを欠く場合には全額加算方式が適用されるものとしている。原告は、このような同条の規定が不合理で法の委任の趣旨に反し、その委任の範囲を逸脱していると主張するので、以下、この点について検討する。
分割法人に生じた試験研究費の額のうち、移転事業における移転試験研究費の額とそれ以外の事業に係る試験研究費の額との区分は、分割法人でなければ適切に行えないところ、分割法人による区分が恣意的に行われないようにするためには、所轄税務署長によってその区分が合理的な方法に従って行われたものであるか否かを認定する必要がある。また、本件特別控除の額の算定は、分割法人及び分割承継法人において相互に矛盾しないように行う必要があるから、分割法人及び分割承継法人の全てがそれぞれ所轄税務署長に対して届出を要するものとしているものである。
以上によれば、施行令２７条の４が、移転分加算方式の適用を受けるために上記の認定及び届出を要するものとし、これらを欠く場合には全額加算方式が適用されることとしたことは、合理的なものであるというべきであって、かかる規定が法の趣旨に反するものでないことは明らかであるから、法による委任の範囲の逸脱をいう原告の主張は採用することができない。
（３）原告のその余の主張について
原告は、企業が行う試験研究を税制面から支援するために本件特別控除を定めた法４２条の４の趣旨に照らすと、同条は、移転試験研究費の額を客観的に区分することができる場合については移転分加算方式を適用することを原則としていると解すべきものであり、施行令２７条の４の規定はこの原則と例外を逆転させている点で委任の範囲を逸脱していると主張する。
しかしながら、そもそも法４２条の４の文言や趣旨から、同条が分割の場合について移転分加算方式の適用を原則としているとは、直ちに読み取り難い。また、上記のとおり、施行令２７条の４は、分割の場合について移転分加算方式を設け、所定の手続を経ることによってその適用を受けることができるとしているのであって、このことは、原告が指摘する法の趣旨に合致するものである。そして、移転分加算方式の適用を受けるための手続として、移転試験研究費等に係る認定及び移転分加算の適用に係る届出を定めたことが合理的であることは、上記（２）に説示したとおりである。
なお、施行令２７条の４がこれらの手続を定めていることは、分割法人又は分割承継法人に過重な負担を課すものとはいえず、同条１１項及び２０項の委任を受けた施行規則２０条１２項、１７項、１９項及び２４項が移転試験研究費等に係る認定申請及び移転分加算の適用に係る届出について２月の期限を設けていることを考慮に入れたとしても、当該期限内に認定申請及び届出をすることは通常困難であるとはいえないから、かかる手続の定めにより移転分加算方式の適用が不当に狭められているということはできない。
以上によれば、原告の上記主張は採用することができない。
３ 争点（３）（本件期限規定は有効に課税要件を定めたものであるか）について（１）本件期限規定は課税要件を定めたものか
ア 施行規則２０条１２項及び１９項（本件期限規定）は、施行令２７条の４第１１項及び２０項の委任を受け、移転試験研究費等に係る認定を受けるための申請書を分割等の日以後２月（本件期限）以内に提出しなければならない旨規定している。
イ 本件期限規定への委任規定である施行令２７条の４第１１項及び２０項は、上記２のとおり、法４２条の４第９項の委任を受け、増加型特別控除の適用を受ける法人が分割承継法人である場合に全額加算方式又は移転分加算方式が適用されるべきこと及びその適用の要件を定め、移転分加算方式の適用を受けるためには移転試験研究費等に係る認定を要するものとしている。そして、施行令２７条の４第１１項及び２０項の文言において「分割法人等が財務省令で定めるところにより納税地の所轄税務署長の認定を受けた合理的な方法」と規定されていることからすると、上記各項は、移転分加算方式が適用されるための要件である上記認定に係る手続について財務省令に委任したと解されるのであって、かかる委任を受けて施行規則２０条１２項及び１９項（本件期限規定）が認定申請を２月の期限内にすべきことを定めたのは、移転分加算方式が適用されるための要件（すなわち課税要件）であると解するのが相当である。
（２）本件期限規定が課税要件として本件期限を定めたことは租税法律主義に反するか
ア 原告は、法４２条の４第９項及び施行令２７条の４第１１項及び１８項の委任文言はいずれも包括的・抽象的であり、法において定められるべき手続的な課税要件を施行規則において定めているに等しいから、本件期限規定が課税要件として本件期限を定めているとすれば法律の有効な委任がないものとして無効である旨主張する。
イ 租税法律主義を規定する憲法８４条の下においては、納税義務者、課税標準及び税率などの課税要件並びに租税の賦課徴収の手続が法律で明確に定められるべきものであるところ（最高裁昭和●●年（〇〇）第●●号同３０年３月２３日大法廷判決・民集９巻３号３３６頁、最高裁平成●●年（〇〇）第●●号同１８年３月１日大法廷判決・民集６０巻２号５８７頁参照）、租税の優遇措置を定める場合や、課税要件として手続的な事項を定める場合も、これを法律により定めることを要するものである。
一方、多分に専門的・技術的かつ細目的な事項が存在する租税法においては、社会経済活動の多様化・複雑化やこれに伴い関連法令の制定が複雑多岐に及ぶ事態に有効かつ適切に対処するために、一定の範囲で課税要件及び租税の賦課徴収の手続を政令等の行政立法に委任することも許容されるというべきであり、憲法もそのこと自体を排除する趣旨ではないと解される。
もっとも、租税法律主義に照らせば、上記のような行政立法への委任は具体的・個別的な委任に限り許容され、概括的・白紙的な委任は許されないというべきであり、委任する法律の規定において委任の目的・内容・範囲等が明確にされていることが必要である。また、行政立法への委任が許容される趣旨に照らすと、委任の対象は専門的・技術的かつ細目的な事項であることを要するものというべきである。
ウ 上記イの観点から、法４２条の４の規定を見ると、同条１項から５項までは本件特別控除の内容・種類及びこれらが適用されるための実体要件を、６項は各規定の適用に関する用語の定義を、７項は月数の計算方法を、８項は本件特別控除の適用を受けるために必要な確定申告書等への書類の添付等を定めている。そして、これらに続いて規定されている同条９項は、同条４項（増加型特別控除）の適用を受けようとする法人が合併法人、分割法人若しくは分割承継法人、現物出資法人若しくは被現物出資法人又は現物分配法人若しくは被現物分配法人である場合における適用年度の開始の日前３年以内に開始した各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額の計算その他同条１項から５項までの規定の適用に関し必要な事項（同条６項から８項までに定めるものを除く。）の定めを政令に委任している。
このような条文の構造や内容に照らすと、委任規定である法４２条の４第９項は、これら合併や分割等の場合においては、所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額の計算に関し、それぞれの法形態に適した定めが必要となることや、これらの定めは専門的・技術的かつ細目的な事項にわたるものとなることから、これらの定めを政令に委任することとしたものと解される。そして、これを受けて定められた施行令２７条の４は、合併や分割等の場合における上記試験研究費の計算に当たり、相手法人の試験研究費の額や売上金額の加算をいかにして行うか（全額加算方式、移転分加算方式）、それぞれの加算方式を適用するのにいかなる要件をもって行うか等を定めているのであるから、上記の委任の趣旨に沿って、求められた専門的・技術的かつ細目的な事項を定めているものといえる（なお、施行令２７条の４が法４２条の４による委任の範囲を逸脱するものでないことは、前記２に説示したとおりである。）。
エ 次に、施行令２７条の４第１１項及び２０項による委任について見ると、移転試験研究費等に係る認定に関しては、上記各項において「分割法人等が財務省令で定めるところにより納税地の所轄税務署長の認定を受けた合理的な方法」と規定されており、上記認定に係る手続について財務省令に委任したものと解されるところ、分割があった場合の移転試験研究費の額と移転事業以外の事業に係る試験研究費の額との区分については、分割法人による認定申請がなければ所轄税務署長において適時適切に把握することができないのであるから、上記の委任の範囲には認定申請及びその実施に係る手続の定めが含まれることが、上記委任規定から明らかである。そして、認定申請が、法人税の確定申告について本件特別控除の適用を受けようとする法人との関係で、分割法人による移転試験研究費の額に係る上記区分を所轄税務署長に把握させ、その区分が合理的な方法によるものであるか否かの判断を適時適切に行わせるためのものであることを踏まえると、分割法人による認定申請が一定の合理的な期間内に行われるべきことは当然であるから、認定申請に係る期限を設けることについても、委任の範囲に含まれるものとして上記委任規定が予定しているものというべきである。
オ 以上によれば、法４２条の４第９項から政令への委任、施行令２７条の４第１１項及び２０項から財務省令への委任は、いずれも、委任規定において委任の目的・内容・範囲等が明確にされており、個別的かつ具体的な委任であるといえ、また、委任の対象は専門的・技術的かつ細目的な事項であるといえるから、租税法律主義に反するものということはできず、本件期限規定は課税要件として有効に定められたものである。
（３）原告のその余の主張について
ア 原告は、本件期限を徒過した場合の宥恕規定がないことを根拠に、本件期限規定が課税要件を定めたものではない旨主張する。
しかしながら、租税手続上の期限を定める規定それ自体に原告の主張するような宥恕規定が設けられていない場合であっても、国税通則法１１条、国税通則法施行令３条により、災害など納税者の責めに帰さないやむを得ない理由により、国税に関する法律に基づく申告、申請、請求、届出その他書類の提出又は納付等の期限までにこれらの行為をすることができないと認められるときは、その理由がやんだ日から２月以内に限り、その期限が延長されるのであるから、原告が主張するような個別の宥恕規定がないことは当該期限規定が課税要件を定めるものでないことの根拠となるものではない。
イ 原告は、本件期限規定が定める２月の期限は更正請求の期限と比べて短期に過ぎる旨主張する。
しかしながら、そもそも本件期限の長短が、本件期限規定の有効性を左右するものとは直ちに解し難いところ、この点を措くとしても、分割法人において移転事業における試験研究費の額や売上金額を把握することが困難であるとはいい難く、租税法令における他の立法例との比較においても特にこれが短い期間を定めたものとも認め難いから、本件期限規定が分割の日以後２月以内に認定申請をすべきことと定めていることが不合理であるということもできない。
ウ したがって、原告の上記主張はいずれも採用することができない。
４ 本件各処分の適法性
以上によれば、移転試験研究費等に係る認定申請について２月の期限を定めた本件期限規定は課税要件として有効であり、本件期限を２年以上経過してされた本件分割法人による本件認定申請に対する所轄税務署長の認定がされないまま、西川口税務署長がＡ社の本件特別控除について全額加算方式を適用したことに、何ら違法はない。これによると、Ａ社の本件各事業年度における法人税等の額は別紙３に記載するとおりであるから、本件各更正処分は適法であり、本件各更正処分に伴ってされた本件各賦課決定処分も適法である。なお、以上の判断に反する原告のその余の主張は、上記説示に照らし、いずれも採用することができない。
第４ 結論
以上によれば、原告の請求はいずれも理由がないから棄却することとし、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第５１部
裁判長裁判官清水知恵子
裁判官横地大輔
裁判官定森俊昌
（別紙１）
指定代理人目録
髙橋紀子、角木渉、若狭圭悟、東雲健司、野村智子、徳永大輔
以上
（別紙２－１）
○措置特別措置法（平成二十九年法律第四号による改正前のもの）
（試験研究を行つた場合の法人税額の特別控除）
第四十二条の四青色申告書を提出する法人（人格のない社団等を含む。以下この章において同じ。）の各事業年度（解散（合併による解散を除く。）の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度を除く。）において、当該事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額（その試験研究費に充てるため他の者（当該法人との間に連結完全支配関係がある他の連結法人及び当該法人が外国法人である場合の法人税法第百三十八条第一項第一号に規定する本店等を含む。）から支払を受ける金額がある場合には、当該金額を控除した金額。以下この条において同じ。）がある場合には、当該法人の当該事業年度の所得に対する調整前法人税額から、当該事業年度の当該試験研究費の額の百分の十（試験研究費割合が百分の十未満であるときは、当該試験研究費割合に〇・二を乗じて計算した割合に百分の八を加算した割合（当該割合に小数点以下三位未満の端数があるときは、これを切り捨てた割合）とする。）に相当する金額（以下この項において「税額控除限度額」という。）を控除する。この場合において、当該税額控除限度額が、当該法人の当該事業年度の所得に対する調整前法人税額の百分の二十五に相当する金額を超えるときは、その控除を受ける金額は、当該百分の二十五に相当する金額を限度とする。
２ 中小企業者又は農業協同組合等で、青色申告書を提出するもの（以下この項において「中小企業者等」という。）の各事業年度（前項の規定の適用を受ける事業年度、解散（合併による解散を除く。）の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度を除く。）において、当該事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額がある場合には、当該中小企業者等の当該事業年度の所得に対する調整前法人税額から、当該事業年度の当該試験研究費の額の百分の十二に相当する金額（以下この項において「中小企業者等税額控除限度額」という。）を控除する。この場合において、当該中小企業者等税額控除限度額が、当該中小企業者等の当該事業年度の所得に対する調整前法人税額の百分の二十五に相当する金額を超えるときは、その控除を受ける金額は、当該百分の二十五に相当する金額を限度とする。
３ 青色申告書を提出する法人の各事業年度（解散（合併による解散を除く。）の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度を除く。）において、当該事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される特別試験研究費の額（当該事業年度において前二項の規定の適用を受ける場合には、これらの規定により当該事業年度の所得に対する調整前法人税額から控除する金額の計算の基礎となつた特別試験研究費の額を除く。以下この項において同じ。）がある場合には、当該法人の当該事業年度の所得に対する調整前法人税額から、次に掲げる金額の合計額（以下この項において「特別研究税額控除限度額」という。）を控除する。この場合において、当該特別研究税額控除限度額が、当該法人の当該事業年度の所得に対する調整前法人税額の百分の五に相当する金額を超えるときは、その控除を受ける金額は、当該百分の五に相当する金額を限度とする。一当該事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される特別試験研究費の額のうち国の試験研究機関、大学その他これらに準ずる者（以下この号において「特別試験研究機関等」という。）と共同して行う試験研究又は特別試験研究機関等に委託する試験研究に係る試験研究費の額として政令で定める金額の百分の三十に相当する金額
二当該事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される特別試験研究費の額のうち前号に規定する政令で定める金額以外の金額の百分の二十に相当する金額
４ 青色申告書を提出する法人が、平成二十年四月一日から平成二十九年三月三十一日までの間に開始する各事業年度（解散（合併による解散を除く。）の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度を除く。）において、次の各号に掲げる場合に該当する場合には、当該法人の当該事業年度の所得に対する調整前法人税額から、当該各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額を控除する。この場合において、当該各号に定める金額が、当該法人の当該事業年度の所得に対する調整前法人税額の百分の十に相当する金額を超えるときは、その控除を受ける金額は、当該百分の十に相当する金額を限度とする。
一増加試験研究費の額（当該法人の当該事業年度（設立事業年度を除く。）の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額から当該法人の比較試験研究費の額を控除した残額をいう。以下この号において同じ。）が当該比較試験研究費の額の百分の五に相当する金額を超え、かつ、当該試験研究費の額が基準試験研究費の額を超える場合当該増加試験研究費の額に百分の三十（増加試験研究費割合（当該増加試験研究費の額の当該比較試験研究費の額に対する割合をいう。以下この号において同じ。）が百分の三十未満である場合には、当該増加試験研究費割合）を乗じて計算した金額
二当該法人の当該事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額が当該事業年度の平均売上金額の百分の十に相当する金額を超える場合当該超える部分の金額に超過税額控除割合（当該事業年度の試験研究費割合から百分の十を控除した割合に〇・二を乗じて計算した割合をいう。）を乗じて計算した金額
５ 前項各号に定める金額を計算する場合において、当該法人が当該各号に掲げる場合のいずれにも該当するときは、いずれか一の場合のみに該当するものとして、同項の規定を適用する。
６ この条において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。一試験研究費製品の製造又は技術の改良、考案若しくは発明に係る試験研究のために要する費用で政令で定めるものをいう。
二調整前法人税額次に掲げる規定を適用しないで計算した場合の法人税の額（国税通則法第二条第四号に規定する附帯税の額を除く。）をいう。
イ この条、次条第二項及び第三項、第四十二条の六第三項から第五項まで、第四十二条の九第一項及び第二項、第四十二条の十第二項、第四十二条の十一第二項、第四十二条の十一の二第二項、第四十二条の十二、第四十二条の十二の二、第四十二条の十二の三第二項及び第三項、第四十二条の十二の四並びに第四十二条の十二の五第七項及び第八項の規定
ロ イに掲げるもののほか、法人税の額の計算に関する特例を定めている規定として政令で定める規定
ハ 第六十二条第一項、第六十二条の三第一項及び第八項並びに第六十三条第一項の規定
ニ 法人税法第六十七条から第七十条の二まで、第百四十四条及び第百四十四条の二の規定三試験研究費割合当該事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額の平均売上金額に対する割合をいう。
四中小企業者中小企業者に該当する法人として政令で定めるものをいう。
五農業協同組合等農業協同組合、農業協同組合連合会、中小企業等協同組合、出資組合である商工組合及び商工組合連合会、内航海運組合、内航海運組合連合会、出資組合である生活衛生同業組合、漁業協同組合、漁業協同組合連合会、水産加工業協同組合、水産加工業協同組合連合会、森林組合並びに森林組合連合会をいう。
六特別試験研究費の額試験研究費の額のうち国の試験研究機関、大学その他の者と共同して行う試験研究、国の試験研究機関、大学又は中小企業者に委託する試験研究、中小企業者からその有する知的財産権（知的財産基本法第二条第二項に規定する知的財産権及び外国におけるこれに相当するものをいう。）の設定又は許諾を受けて行う試験研究、その用途に係る対象者が少数である医薬品に関する試験研究その他の政令で定める試験研究に係る試験研究費の額として政令で定めるものをいう。
七設立事業年度設立（合併による設立を除く。）の日（法人税法第二条第四号に規定する外国法人にあつては恒久的施設を有することとなつた日とし、同条第六号に規定する公益法人等（以下この号において「公益法人等」という。）及び人格のない社団等にあつては新たに同条第十三号に規定する収益事業（以下この号において「収益事業」という。）を開始した日とし、公益法人等（収益事業を行つていないものに限る。）に該当していた同条第九号に規定する普通法人又は同条第七号に規定する協同組合等にあつては当該普通法人又は協同組合等に該当することとなつた日とする。）を含む事業年度（政令で定める事業年度を除く。）をいう。八比較試験研究費の額第四項に規定する事業年度（以下この条において「適用年度」という。）開始の日前三年以内に開始した各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額（当該適用年度開始の日前三年以内に開始した連結事業年度（以下この号において「三年以内連結事業年度」という。）にあつては当該三年以内連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額とし、当該各事業年度の月数（三年以内連結事業年度にあつては、当該法人の当該三年以内連結事業年度の月数。以下この号において同じ。）と当該適用年度の月数とが異なる場合には当該試験研究費の額に当該適用年度の月数を乗じてこれを当該各事業年度の月数で除して計算した金額とする。）の合計額を当該三年以内に開始した各事業年度の数（三年以内連結事業年度の数を含む。）で除して計算した金額をいう。
九基準試験研究費の額適用年度開始の日前二年以内に開始した各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額（当該適用年度開始の日前二年以内に開始した連結事業年度（以下この号において「二年以内連結事業年度」という。）にあつては当該二年以内連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額とし、当該各事業年度の月数（二年以内連結事業年度にあつては、当該法人の当該二年以内連結事業年度の月数。以下この号において同じ。）と当該適用年度の月数とが異なる場合には当該試験研究費の額に当該適用年度の月数を乗じてこれを当該各事業年度の月数で除して計算した金額とする。）のうち最も多い額をいう。
十平均売上金額第一項又は第四項に規定する事業年度及び当該事業年度開始の日前三年以内に開始した各事業年度（その事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度）の売上金額（棚卸資産の販売による収益の額その他の政令で定める金額をいう。）の平均額として政令で定めるところにより計算した金額をいう。
７ 前項の月数は、暦に従つて計算し、一月に満たない端数を生じたときは、これを一月とする。
８ 第一項から第四項までの規定は、確定申告書等、修正申告書又は更正請求書にこれらの規定による控除の対象となる試験研究費の額又は特別試験研究費の額、控除を受ける金額及び当該金額の計算に関する明細を記載した書類の添付がある場合に限り、適用する。この場合において、これらの規定により控除される金額は、当該確定申告書等に添付された書類に記載された試験研究費の額又は特別試験研究費の額を基礎として計算した金額に限るものとする。
９ 前三項に定めるもののほか、第四項の規定の適用を受けようとする法人が合併法人、分割法人若しくは分割承継法人、現物出資法人若しくは被現物出資法人又は現物分配法人若しくは被現物分配法人である場合における適用年度の開始の日前三年以内に開始した各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額の計算その他第一項から第五項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
１０ 略
（別紙２―２）
○租税特別措置法施行令（平成二十九年政令第百十四号による改正前のもの）
（試験研究を行つた場合の法人税額の特別控除）
第二十七条の四
１～８略
９ 法第四十二条の四第四項（第一号に係る部分に限る。第十一項、第十三項及び第十四項において同じ。）の規定の適用を受ける法人が次の各号に掲げる合併法人、分割承継法人、被現物出資法人又は被現物分配法人に該当する場合の同条第六項第八号に規定する適用年度（以下この項及び第十一項において「適用年度」という。）における当該法人の同号に規定する比較試験研究費の額（第十一項において「比較試験研究費の額」という。）の計算については、当該法人の各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される同条第一項に規定する試験研究費の額（当該法人の事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入される法第六十八条の九第一項に規定する試験研究費の額。以下この項及び次項において「試験研究費の額」という。）は、当該各号に定めるところによる。一適用年度において行われた合併等（合併、分割、現物出資又は法人税法第二条第十二号の六に規定する現物分配（以下この条において「現物分配」という。）をいい、現物分配が残余財産の全部の分配である場合には当該適用年度開始の日の前日から当該適用年度終了の日の前日までの期間内においてその残余財産が確定したものに限る。以下この号において同じ。）に係る合併法人（合併により設立したものを除く。以下この号において同じ。）、分割承継法人（分割により設立したものを除く。以下この号において同じ。）、被現物出資法人（現物出資により設立したものを除く。以下この号において同じ。）又は被現物分配法人当該合併法人、分割承継法人、被現物出資法人又は被現物分配法人（以下この号及び次号において「合併法人等」という。）の基準日（適用年度の開始の日前三年以内に開始した各事業年度（当該開始の日前三年以内に開始した事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度）のうち最も古い事業年度又は連結事業年度開始の日をいう。以下この項及び第十一項において同じ。）から当該適用年度開始の日の前日までの期間内の日を含む各事業年度（その事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度。以下この号において「調整対象年度」という。）については、当該各調整対象年度ごとに次に掲げる金額を合計した金額をもつて当該各調整対象年度に係る試験研究費の額とする。
イ 当該各調整対象年度に係る試験研究費の額
ロ 当該合併法人等の当該各調整対象年度ごとに当該各調整対象年度に含まれる月の当該合併等に係る被合併法人等（被合併法人、分割法人、現物出資法人又は現物分配法人をいう。以下この項及び次項において同じ。）の月別試験研究費の額を合計した金額に当該合併等の日（当該合併等が残余財産の全部の分配である場合には、その残余財産の確定の日の翌日）から当該適用年度終了の日までの期間の月数を乗じてこれを当該適用年度の月数で除して計算した金額
二基準日から適用年度開始の日の前日までの期間内において行われた合併等（合併、分割、現物出資又は現物分配をいい、現物分配が残余財産の全部の分配である場合には基準日の前日から当該適用年度の前事業年度終了の日の前日までの期間内においてその残余財産が確定したものに限る。以下この号において同じ。）に係る合併法人等当該合併法人等の基準日から当該合併等の日の前日までの期間内の日を含む各事業年度（その事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度。以下この号において「調整対象年度」という。）については、当該各調整対象年度ごとに次に掲げる金額を合計した金額をもつて当該各調整対象年度に係る試験研究費の額とする。
イ 当該各調整対象年度に係る試験研究費の額
ロ 当該合併法人等の当該各調整対象年度ごとに当該各調整対象年度に含まれる月（分割、現物出資又は現物分配の日（現物分配が残余財産の全部の分配である場合には、その残余財産の確定の日の翌日。以下この号及び次項において「分割等の日」という。）を含む調整対象年度にあつては、当該分割等の日を含む調整対象年度開始の日から当該分割等の日の前日までの期間に含まれる月）の当該合併等に係る被合併法人等の月別試験研究費の額を合計した金額
三略
１０ 略
１１ 法第四十二条の四第四項の規定の適用を受ける法人が分割法人等（分割法人又は現物出資法人をいう。以下この項、次項及び第十五項において同じ。）又は分割承継法人等（分割承継法人又は被現物出資法人をいう。以下この項及び第十五項において同じ。）である場合において、当該適用年度の当該法人の比較試験研究費の額の計算については、分割法人等が財務省令で定めるところにより納税地の所轄税務署長の認定を受けた合理的な方法（当該分割法人等の分割又は現物出資（以下この項及び次項において「分割等」という。）の日を含む事業年度が連結事業年度に該当する場合には、第三十九条の三十九第十二項の認定を受けた合理的な方法を含む。）に従つて当該分割法人等の各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される法第四十二条の四第一項に規定する試験研究費の額（連結事業年度に該当する事業年度にあつては、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入される法第六十八条の九第一項に規定する試験研究費の額。以下この項において「試験研究費の額」という。）を移転事業（その分割等により分割承継法人等に移転する事業をいう。）に係る試験研究費の額（以下この項及び次項において「移転試験研究費の額」という。）と当該移転事業以外の事業に係る試験研究費の額とに区分しているときは、当該分割等に係る分割法人等及び分割承継法人等の全てが財務省令で定めるところによりそれぞれの納税地の所轄税務署長にこの項の規定の適用を受ける旨の届出をしたとき（当該分割法人等又は分割承継法人等の当該分割等の日を含む事業年度が連結事業年度に該当する場合には、第三十九条の三十九第十二項の届出をしたときを含む。）に限り、当該分割法人等及び分割承継法人等の次の各号に規定する調整対象年度に係る試験研究費の額は、当該各号に掲げる法人の区分に応じ当該各号に定める金額とする。
一分割法人等当該分割法人等のイ及びロに規定する各調整対象年度ごとに当該分割法人等の当該各調整対象年度に係る試験研究費の額から次に掲げる分割法人等の区分に応じそれぞれ次に定める金額を控除した金額
イ 適用年度において行われた分割等に係る分割法人等当該分割法人等の基準日から当該適用年度開始の日の前日までの期間内の日を含む各事業年度（その事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度。イにおいて「調整対象年度」という。）については、当該分割法人等の当該各調整対象年度に係る移転試験研究費の額に当該分割等の日から当該適用年度終了の日までの期間の月数を乗じてこれを当該適用年度の月数で除して計算した金額
ロ 基準日から適用年度開始の日の前日までの期間内において行われた分割等に係る分割法人等当該分割法人等の基準日から当該分割等の日の前日までの期間内の日を含む各事業年度（その事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度。ロにおいて「調整対象年度」という。）については、当該分割法人等の当該各調整対象年度に係る移転試験研究費の額
二分割承継法人等（次号に掲げる分割承継法人等を除く。以下この号において同じ。）当該分割承継法人等のイ及びロに規定する各調整対象年度ごとに当該分割承継法人等の当該各調整対象年度に係る試験研究費の額と次に掲げる分割承継法人等の区分に応じそれぞれ次に定める金額との合計額
イ 適用年度において行われた分割等に係る分割承継法人等当該分割承継法人等の基準日から当該適用年度開始の日の前日までの期間内の日を含む各事業年度（その事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度。イにおいて「調整対象年度」という。）については、当該分割承継法人等の当該各調整対象年度ごとに当該各調整対象年度に含まれる月の当該分割等に係る分割法人等の月別移転試験研究費の額を合計した金額に当該分割等の日から当該適用年度終了の日までの期間の月数を乗じてこれを当該適用年度の月数で除して計算した金額。
ロ 基準日から適用年度開始の日の前日までの期間内において行われた分割等に係る分割承継法人等当該分割承継法人等の基準日から当該分割等の日の前日までの期間内の日を含む各事業年度（その事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度。ロにおいて「調整対象年度」という。）については、当該分割承継法人等の当該各調整対象年度ごとに当該各調整対象年度に含まれる月の当該分割等に係る分割法人等の月別移転試験研究費の額を合計した金額
三分割等により設立した分割承継法人等当該分割等に係る分割法人等のうち当該分割等の直前の時における資本金の額又は出資金の額が最も多いもの（以下この号において「基準分割法人等」という。）の当該分割等の日を含む事業年度（当該分割等の日を含む事業年度が連結事業年度に該当する場合には当該連結事業年度とし、当該分割等の日が当該基準分割法人等の事業年度開始の日である場合（当該分割等の日が当該基準分割法人等の連結事業年度開始の日である場合を含む。）にあつては当該分割等の日の前日を含む事業年度（当該分割等の日の前日を含む事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度）とする。）までの各事業年度（当該基準分割法人等の当該分割等の日を含む事業年度までの事業年度が連結事業年度に該当する場合には当該連結事業年度とし、当該分割等の日を含む事業年度（当該分割等の日を含む事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度）にあつては当該事業年度開始の日から当該分割等の日の前日までの期間とする。）を当該分割承継法人等の当該分割等の日前の各事業年度とみなした場合における基準日から当該分割等の日の前日までの期間内の日を含む各事業年度（以下この号において「調整対象年度」という。）については、当該各調整対象年度ごとに、当該分割承継法人等の各調整対象年度に対応する基準分割法人等の当該各事業年度に係る移転試験研究費の額と当該各調整対象年度ごとに当該各調整対象年度に含まれる月の当該分割等に係る分割法人等のうち当該基準分割法人等以外のものの月別移転試験研究費の額を合計した金額との合計額
１２・１３略
１４ 第九項の規定は、法第四十二条の四第四項の規定の適用を受ける法人が第九項各号に掲げる法人に該当する場合における同条第六項第九号に規定する基準試験研究費の額（次項において「基準試験研究費の額」という。）の計算について準用する。この場合において、第九項第一号中「三年」とあるのは、「二年」と読み替えるものとする。
１５ 第十一項の規定は、前項の規定にかかわらず、第十一項の規定の適用を受ける分割法人等及び分割承継法人等の基準試験研究費の額の計算について準用する。この場合において、同項第一号イ中「基準日」とあるのは、「基準日（適用年度の開始の日前二年以内に開始した各事業年度（当該開始の日前二年以内に開始した事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度）のうち最も古い事業年度又は連結事業年度開始の日をいう。以下この項において同じ。）」と読み替えるものとする。
１６ 略
１７ 法第四十二条の四第六項第十号に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同条第一項又は第四項（第二号に係る部分に限る。次項、第二十項及び第二十二項において同じ。）の規定の適用を受けようとする事業年度（以下この項、次項及び第二十項において「総額方式等適用年度」という。）の売上金額（同条第六項第十号に規定する売上金額をいう。以下第二十項までにおいて同じ。）及び当該総額方式等適用年度開始の日前三年以内に開始した各事業年度（その事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度。以下この項、次項及び第二十項において「売上調整年度」という。）の売上金額（当該売上調整年度が連結事業年度に該当する場合には、法第六十八条の九第六項第九号に規定する売上金額とし、総額方式等適用年度の月数と売上調整年度の月数とが異なる場合には、その異なる売上調整年度の売上金額に当該総額方式等適用年度の月数を乗じてこれを当該売上調整年度の月数で除して計算した金額とする。）の合計額を当該総額方式等適用年度及び当該各売上調整年度の数で除して計算した金額とする。
１８ 法第四十二条の四第一項又は第四項の規定の適用を受ける法人が次の各号に掲げる合併法人、分割承継法人、被現物出資法人又は被現物分配法人に該当する場合の当該総額方式等適用年度における当該法人の前項の金額の計算については、当該法人の当該各号に規定する各売上調整年度の売上金額（その売上調整年度が連結事業年度に該当する場合には、法第六十八条の九第六項第九号に規定する売上金額。以下第二十項までにおいて同じ。）は、当該各号に定めるところによる。
一総額方式等適用年度において行われた合併等（合併、分割、現物出資又は現物分配をいい、現物分配が残余財産の全部の分配である場合には当該総額方式等適用年度開始の日の前日から当該総額方式等適用年度終了の日の前日までの期間内においてその残余財産が確定したものに限る。以下この号において同じ。）に係る合併法人（合併により設立したものを除く。以下この号において同じ。）、分割承継法人（分割により設立したものを除く。以下この号において同じ。）、被現物出資法人（現物出資により設立したものを除く。以下この号において同じ。）又は被現物分配法人当該合併法人、分割承継法人、被現物出資法人又は被現物分配法人（以下この号及び次号において「合併法人等」という。）の各売上調整年度について、各売上調整年度ごとに次に掲げる金額を合計した金額をもつて当該売上調整年度に係る売上金額とする。
イ 当該合併法人等の当該売上調整年度に係る売上金額
ロ 当該合併法人等の当該各売上調整年度ごとに当該売上調整年度に含まれる月の当該合併等に係る被合併法人等（被合併法人、分割法人、現物出資法人又は現物分配法人をいう。以下この項及び次項において同じ。）の月別売上金額を合計した金額に当該合併等の日（当該合併等が残余財産の全部の分配である場合には、その残余財産の確定の日の翌日）から当該総額方式等適用年度終了の日までの期間の月数を乗じてこれを当該総額方式等適用年度の月数で除して計算した金額
二売上調整年度において行われた合併等（合併、分割、現物出資又は現物分配をいい、現物分配が残余財産の全部の分配である場合には当該売上調整年度のうち最も古い売上調整年度開始の日の前日から当該総額方式等適用年度の前事業年度終了の日の前日までの期間内においてその残余財産が確定したものに限る。以下この号において同じ。）に係る合併法人等当該合併法人等の各売上調整年度のうち最も古い売上調整年度から当該合併等の日の前日を含む売上調整年度までの各売上調整年度（以下この号において「合併前売上調整年度」という。）について、各合併前売上調整年度ごとに次に掲げる金額を合計した金額をもつて当該合併前売上調整年度に係る売上金額とする。
イ 当該合併法人等の当該合併前売上調整年度に係る売上金額
ロ 当該合併法人等の当該各合併前売上調整年度ごとに当該合併前売上調整年度に含まれる月（分割、現物出資又は現物分配の日（現物分配が残余財産の全部の分配である場合には、その残余財産の確定の日の翌日。以下この号及び次項において「分割等の日」という。）を含む合併前売上調整年度にあつては、当該分割等の日を含む合併前売上調整年度開始の日から当該分割等の日の前日までの期間に含まれる月）の当該合併等に係る被合併法人等の月別売上金額を合計した金額
三略
１９ 略
２０ 法第四十二条の四第一項又は第四項の規定の適用を受ける法人が分割法人等（分割法人又は現物出資法人をいう。以下この項及び次項において同じ。）又は分割承継法人等（分割承継法人又は被現物出資法人をいう。以下この項において同じ。）である場合において、当該総額方式等適用年度の当該法人の第十七項の金額の計算については、分割法人等が財務省令で定めるところにより納税地の所轄税務署長の認定を受けた合理的な方法（当該分割法人等の分割又は現物出資（以下この項及び次項において「分割等」という。）の日を含む事業年度が連結事業年度に該当する場合には、第三十九条の三十九第十九項の認定を受けた合理的な方法）に従つて当該分割法人等の各事業年度（当該分割法人等の事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度）の売上金額を移転事業（その分割等により分割承継法人等に移転する事業をいう。）に係る売上金額（以下この項及び次項において「移転売上金額」という。）と当該移転事業以外の事業に係る売上金額とに区分しているときは、当該分割等に係る分割法人等及び分割承継法人等の全てが財務省令で定めるところによりそれぞれの納税地の所轄税務署長にこの項の規定の適用を受ける旨の届出をしたとき（当該分割法人等又は分割承継法人等の当該分割等の日を含む事業年度が連結事業年度に該当する場合には、第三十九条の三十九第十九項の届出をしたとき）に限り、当該分割法人等及び分割承継法人等の次の各号に規定する各売上調整年度に係る売上金額は、当該各号に掲げる分割法人等又は分割承継法人等の区分に応じ当該各号に定める金額とする。一分割法人等当該分割法人等のイ又はロに規定する各売上調整年度ごとに当該分割法人等の当該売上調整年度に係る売上金額から次に掲げる分割法人等の区分に応じそれぞれ次に定める金額を控除した金額
イ 総額方式等適用年度において行われた分割等に係る分割法人等当該分割法人等の各売上調整年度について、当該分割法人等の当該売上調整年度に係る移転売上金額に当該分割等の日から当該総額方式等適用年度終了の日までの期間の月数を乗じてこれを当該総額方式等適用年度の月数で除して計算した金額
ロ 売上調整年度において行われた分割等に係る分割法人等当該分割法人等の各売上調整年度のうち最も古い売上調整年度から当該分割等の日の前日を含む売上調整年度までの各売上調整年度について、当該分割法人等の当該売上調整年度に係る移転売上金額
二分割承継法人等（次号に掲げる分割承継法人等を除く。以下この号において同じ。）当該分割承継法人等のイ又はロに規定する各売上調整年度ごとに当該分割承継法人等の当該売上調整年度に係る売上金額と次に掲げる分割承継法人等の区分に応じそれぞれ次に定める金額との合計額
イ 総額方式等適用年度において行われた分割等に係る分割承継法人等当該分割承継法人等の各売上調整年度について、当該分割承継法人等の当該売上調整年度に含まれる月の当該分割等に係る分割法人等の月別移転売上金額を合計した金額に当該分割等の日から当該総額方式等適用年度終了の日までの期間の月数を乗じてこれを当該総額方式等適用年度の月数で除して計算した金額
ロ 売上調整年度において行われた分割等に係る分割承継法人等当該分割承継法人等の各売上調整年度のうち最も古い売上調整年度から当該分割等の日の前日を含む売上調整年度までの各売上調整年度について、当該分割承継法人等の当該売上調整年度に含まれる月の当該分割等に係る分割法人等の月別移転売上金額を合計した金額
三略
２１以下略
（別紙２―３）
○租税特別措置法施行規則（平成二十九年省令第二十四号による改正前のもの）（試験研究を行つた場合の法人税額の特別控除）
第二十条
１～１１略
１２ 施行令第二十七条の四第十一項の税務署長の認定を受けようとする分割法人等（同項に規定する分割法人等をいう。第一号及び第十七項において同じ。）は、同条第十一項（各号列記以外の部分に限る。）に規定する分割等（以下この項及び第十七項において「分割等」という。）の日以後二月以内に、次に掲げる事項を記載した申請書に分割計画書又は分割契約書その他のこれらに類する書類の写しを添付して、これを納税地の所轄税務署長に提出しなければならない。一申請をする分割法人等の名称、納税地及び法人番号（行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律第二条第十五項に規定する法人番号をいう。以下この章において同じ。）並びに代表者（外国法人にあつては、代表者及び法人税法第百四十一条各号に定める国内源泉所得に係る事業又は資産の経営又は管理の責任者。以下この章において同じ。）の氏名
二分割承継法人等（施行令第二十七条の四第十一項に規定する分割承継法人等をいう。以下この項及び第十七項第二号において同じ。）の名称及び納税地（当該分割承継法人等が連結子法人である場合には、当該分割承継法人等の本店又は主たる事務所の所在地）並びに代表者の氏名
三分割等の年月日
四施行令第二十七条の四第十一項に規定する移転事業及び当該移転事業に係る試験研究並びに当該移転事業と当該試験研究とが関連する理由
五分割承継法人等が前号に規定する試験研究を行うために当該分割等により移転する資産及び人員
六その認定を受けようとする合理的な方法
七その他参考となるべき事項
１３ 税務署長は前項の申請書の提出があつた場合には、遅滞なく、これを審査し、その申請に係る合理的な方法を認定するものとする。
１４～１６略
１７ 施行令第二十七条の四第十一項の届出は、分割等の日以後二月以内に、同項の規定の適用を受ける旨及び次に掲げる事項を記載した届出書により行わなければならない。
一届出をする法人の名称、納税地及び法人番号並びに代表者の氏名
二相手先（分割承継法人等にあつては分割法人等を、分割法人等にあつては分割承継法人等をいう。）の名称及び納税地（当該相手先が連結子法人である場合には、当該相手先の本店又は主たる事務所の所在地）並びに代表者の氏名
三分割等の年月日
四分割法人等の分割等の日を含む事業年度開始の日前三年以内に開始した各事業年度（当該開始の日前三年以内に開始した事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度）の施行令第二十七条の四第十一項に規定する試験研究費の額及び移転試験研究費の額五その他参考となるべき事項
１８ 略
１９ 施行令第二十七条の四第二十項の税務署長の認定を受けようとする分割法人等（同項に規定する分割法人等をいう。第一号及び第二十四項において同じ。）は、同条第二十項（各号列記以外の部分に限る。）に規定する分割等（以下この項及び第二十四項において「分割等」という。）の日以後二月以内に、次に掲げる事項を記載した申請書に分割計画書又は分割契約書その他のこれらに類する書類の写しを添付して、これを納税地の所轄税務署長に提出しなければならない。
一申請をする分割法人等の名称、納税地及び法人番号並びに代表者の氏名
二分割承継法人等（施行令第二十七条の四第二十項に規定する分割承継法人等をいう。以下この項及び第二十四項第二号において同じ。）の名称及び納税地（当該分割承継法人等が連結子法人である場合には、当該分割承継法人等の本店又は主たる事務所の所在地）並びに代表者の氏名
三分割等の年月日
四施行令第二十七条の四第二十項に規定する移転事業及び当該移転事業に係る売上金額（法第四十二条の四第六項第十号に規定する売上金額をいう。）
五分割承継法人等が前号に規定する移転事業を行うために当該分割等により移転する資産及び人員
六その認定を受けようとする合理的な方法
七その他参考となるべき事項
２０ 税務署長は前項の申請書の提出があつた場合には、遅滞なく、これを審査し、その申請に係る合理的な方法を認定するものとする。
２１～２３略
２４ 施行令第二十七条の四第二十項の届出は、分割等の日以後二月以内に、同項の規定の適用を受ける旨及び次に掲げる事項を記載した届出書により行わなければならない。
一届出をする法人の名称、納税地及び法人番号並びに代表者の氏名
二相手先（分割承継法人等にあつては分割法人等を、分割法人等にあつては分割承継法人等をいう。）の名称及び納税地（当該相手先が連結子法人である場合には、当該相手先の本店又は主たる事務所の所在地）並びに代表者の氏名
三分割等の年月日
四分割法人等の分割等の日を含む事業年度開始の日前三年以内に開始した各事業年度（当該開始の日前三年以内に開始した事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度）の施行令第二十七条の四第二十項に規定する売上金額及び移転売上金額
五その他参考となるべき事項
２５ 略
（別紙３）
課税の根拠及び計算（被告の主張）
第１ 本件各更正処分の根拠及び適法性
１ 本件法人税各更正処分の根拠
被告が本訴において主張するＡ社の本件各事業年度の法人税に係る所得金額及び差引納付すべき法人税額は、次のとおりである（以下においては、法人税に係る更正処分につき個別に指す場合には「平成２８年３月期法人税更正処分」などと表記し、これらを総称する場合には「本件法人税各更正処分」と表記し、法人税に係る過少申告加算税賦課決定処分については「本件法人税各賦課決定処分」と表記する。なお、地方法人税に係る更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分についても同様に表記する。）。
（１）平成２８年３月期法人税更正処分
ア 所得金額（別表３・順号①）８億９８３７万５５９５円
上記金額は、Ａ社の平成２８年３月期の法人税等の確定申告書（以下「平成２８年３月期法人税等確定申告書」といい、平成２９年３月期についても同様に表記する。）に記載された所得金額と同額である。
イ 所得金額に対する法人税額（別表３・順号②）２億１４７１万１６２５円
上記金額は、前記アの所得金額（ただし、国税通則法（以下「通則法」という。）１１８条１項の規定により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に法人税法６６条（平成２８年法律第１５号による改正前のもの）１項の規定に基づき、１００分の２３．９の税率を乗じて計算した金額である。
ウ 法人税額の特別控除額（別表３・順号③）４３１７万２４３８円
上記金額は、法４２条の４第１項の規定により法人税の額から控除される特別控除額（本件特別控除の金額）である。
エ 差引法人税額（別表３・順号④）１億７１５３万９１８７円
上記金額は、前記イの金額からウの金額を差し引いた金額である。
オ 控除所得税額等（別表３・順号⑤）１万３５２９円
上記金額は、法人税法６８条（平成２９年法律第４号による改正前のもの。以下同じ）１項の規定により法人税の額から控除される所得税の額と東日本大震災からの復興のための施策を実際するために必要な財源の確保に関する特別措置法（以下「復興財源確保法」という。）３３条２項により法人税法６８条１項に規定する所得税の額とみなされる復興特別所得税の額との合計額であり、平成２８年３月期法人税等確定申告書に記載された金額と同額である。
カ 納付すべき法人税額（別表３・順号⑥）１億７１５２万５６００円
上記金額は、前記エの金額からオの金額を差し引いた金額（ただし、通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
キ 既に納付の確定した法人税額（別表３・順号⑦）１億４０３７万６１００円上記金額は、平成２８年３月期法人税等確定申告書において算出された法人税額であり、同申告書に記載された金額と同額である。
ク 差引納付すべき法人税額（別表３・順号⑧）３１１４万９５００円
上記金額は、前記カの金額からキの金額を差し引いた金額であり、Ａ社（合併後は原告）が新たに納付すべき法人税額である。
（２）平成２９年３月期法人税更正処分
ア 所得金額（別表３・順号①）１１億０１７７万５２２４円
上記金額は、平成２９年３月期法人税等確定申告書に記載された所得金額と同額である。
イ 所得金額に対する法人税額（別表３・順号②）２億５７８１万５３５０円
上記金額は、前記アの所得金額（ただし、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）に所得税法等の一部を改正する法律（平成２８年法律第１５号）附則２６条の規定に基づき、１００分の２３．４の税率を乗じて計算した金額である。
ウ 法人税額の特別控除額（別表３・順号③）４８０３万１２６９円
上記金額は、法４２条の４第１項の規定により法人税の額から控除される特別控除額（本件特別控除の金額）である。
エ 差引法人税額（別表３・順号④）２億０９７８万４０８１円
上記金額は、前記イの金額からウの金額を差し引いた金額である。
オ 控除所得税額等（別表３・順号⑤）１６万０４５０円
上記金額は、法人税法６８条１項の規定により法人税の額から控除される所得税の額と復興財源確保法３３条２項により法人税法６８条１項の所得税の額とみなされる復興特別所得税の額との合計額であり、平成２９年３月期法人税等確定申告書に記載された金額と同額である。
カ 納付すべき法人税額（別表３・順号⑥）２億０９６２万３６００円
上記金額は、前記エの金額からオの金額を差し引いた金額（ただし、通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
キ 既に納付の確定した法人税額（別表３・順号⑦）１億６７４１号９５００円上記金額は、平成２９年３月期法人税等確定申告書において算出された法人税額であり、同申告書に記載された金額と同額である。
ク 差引納付すべき法人税額（別表３・順号⑧）４２２０万４１００円
上記金額は、前記カの金額からキの金額を差し引いた金額であり、Ａ社（合併後は原告）が新たに納付すべき法人税額である。
２ 本件地方法人税各更正処分の根拠
被告が本訴において主張するＡ社の本件各事業年度の地方法人税に係る課税標準法人税額及び差引納付すべき地方法人税額は、次のとおりである。
（１）平成２８年３月期地方法人税更正処分
ア 課税標準法人税額（別表４・順号①）１億７１５３万９０００円
上記金額は、地方法人税法９条に基づく金額であり、下記（ア）の金額に（イ）の金額を加算した金額（ただし、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
（ア）確定申告における基準法人税額（別表４・順号②）１億４０３８万９７０３円上記金額は、平成２８年３月期法人税等確定申告書に記載された基準法人税額と同額である。
（イ）基準法人税額に加算すべき金額（別表４・順号③）３１１４万９５００円上記金額は、前記１（１）クの金額と同額であり、平成２８年３月期の基準法人税額の増加額として、課税標準法人税額に加算すべき金額である。
イ 差引地方法人税額（別表４・順号⑤）７５４万７７００円
上記金額は、地方法人税法１０条１項の規定に基づき、前記アの金額に１００分の４．４の税率を乗じて計算した金額（ただし、通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
ウ 既に納付の確定した地方法人税額（別表４・順号⑥）６１７万７１００円
上記金額は、平成２８年３月期法人税等確定申告書において算出された地方法人税額であり、同申告書に記載された金額と同額である。
エ 差引納付すべき地方法人税額（別表４・順号⑦）１３７万０６００円
上記金額は、前記イの金額からウの金額を差し引いた金額であり、Ａ社（合併後は原告）が新たに納付すべき地方法人税額である。
（２）平成２９年３月期地方法人税更正処分
ア 課税標準法人税額（別表４・順号①）２億０９７８万４０００円
上記金額は、地方法人税法９条に基づく金額であり、下記（ア）の金額に（イ）の金額を加算した金額（ただし、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
（ア）確定申告における基準法人税額（別表４・順号②）１億６７５７万９９７８円上記金額は、平成２９年３月期法人税等確定申告書に記載された基準法人税額と同額である。
（イ）基準法人税額に加算すべき金額（別表４・順号③）４２２０円４１００円上記金額は、前記１（２）クの金額と同額であり、平成２９年３月期の基準法人税額の増加額として、原告の課税標準法人税額に加算すべき金額である。
イ 差引地方法人税額（別表４・順号⑤）９２３万０４００円
上記金額は、地方法人税法１０条１項の規定に基づき、前記アの金額に１００分の４．４の税率を乗じて計算した金額（ただし、通則法１１９条１項の規定により１００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの）である。
ウ 既に納付の確定した地方法人税額（別表４・順号⑥）７３７万３４００円
上記金額は、平成２９年３月期法人税等確定申告書において算出された地方法人税額であり、同申告書に記載された金額と同額である。
エ 差引納付すべき地方法人税額（別表４・順号⑦）１８５万７０００円
上記金額は、前記イの金額からウの金額を差し引いた金額であり、А社（合併後は原告）が新たに納付すべき地方法人税額である。
３ 本件各更正処分の適法性
（１）本件法人税各更正処分の適法性
被告が本訴において主張するＡ社の本件各事業年度の法人税に係る所得金額及び納付すべき法人税額は、前記１のとおりであるところ、これらの金額は、いずれも本件法人税各更正処分における所得金額及び納付すべき法人税額と同額であるから、本件法人税各更正処分は適法である。
（２）本件地方法人税各更正処分の適法性
被告が本訴において主張するＡ社の本件各事業年度の地方法人税に係る課税標準法人税額及び納付すべき地方法人税額は、前記２のとおりであるところ、これらの金額は、本件地方法人税各更正処分における課税標準法人税額及び納付すべき地方法人税額と同額であるから、本件地方法人税各更正処分は適法である。
第２ 本件各賦課決定処分の根拠及び適法性
通則法６５条１項は、期限内申告書が提出された場合において、更正等があったときは、当該納税者に対し、その更正等に基づき新たに納付すべき税額に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額に相当する過少申告加算税を課する旨規定しているところ、原告が本件各更正処分により新たに納付すべき税額の計算の基礎となった事実につき、これらが本件各更正処分前における税額の計算の基礎とされていなかったことについて、同条４項に規定する「正当な理由」があるとは認められない。
そして、被告が本訴において主張する過少申告加算税の額は、次のとおりである。
１ 本件法人税各賦課決定処分の根拠
（１）平成２８年３月期過少申告加算税の額３１１万４０００円
上記金額は、通則法６５条１項の規定に基づき、平成２８年３月期法人税更正処分により新たに納付すべき法人税額３１１４万９５００円（ただし、通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）に１００分の１０を乗じて算出した金額である。
（２）平成２９年３月期過少申告加算税の額４２２万円
上記金額は、通則法６５条１項の規定に基づき、平成２９年３月期法人税更正処分により新たに納付すべき法人税額４２２０万４１００円（ただし、通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）に１００分の１０を乗じて算出した金額である。
２ 本件地方法人税各賦課決定処分の根拠
（１）平成２８年３月期過少申告加算税の額１３万７０００円
上記金額は、通則法６５条１項の規定に基づき、平成２８年３月期地方法人税更正処分により新たに納付すべき法人税額１３７万０６００円（ただし、通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）に１００分の１０を乗じて算出した金額である。
（２）平成２９年３月期過少申告加算税の額１８万５０００円
上記金額は、通則法６５条１項の規定に基づき、平成２９年３月期地方法人税更正処分により新たに納付すべき法人税額１８５万７０００円（ただし、通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。）に１００分の１０を乗じて算出した金額である。
３ 本件各賦課決定処分の適法性
（１）本件法人税各賦課決定処分の適法性
被告が本訴において主張する本件法人税各更正処分に伴って課されるべき過少申告加算税の額は、前記１のとおりであるところ、これらの金額は、いずれも本件法人税各賦課決定処分における過少申告加算税の額と同額であるから、本件法人税各賦課決定処分は適法である。
（２）本件地方法人税各賦課決定処分の適法性
被告が本訴において主張する本件地方法人税各更正処分に伴って課されるべき過少申告加算税の額は、前記２のとおりであるところ、これらの金額は、いずれも本件地方法人税各賦課決定処分における過少申告加算税の額と同額であるから、本件法人税各賦課決定処分は適法である。
以上
（別紙４）
当事者の主張の要旨
１ 争点（１）（本件分割は「合併等」に該当するか）について
（原告の主張の要旨）
租税特別措置に関する規定については、原則として文理解釈によるべきであるとしても、制度趣旨又は政策目的を考慮する必要がある。
法４２条の４第１項の趣旨は、企業が試験研究に投じる費用について、売上額に占める割合の拡大や従来からの金額の増額を税制面から支援することにより、試験研究への支出を後押しし、技術革新等を促すものである。税制は企業の経済活動に対して中立的であることが大原則であり、この原則は、試験研究の促進という政策目的を有する法においても、当該政策目的以外の側面、すなわち組織再編の意思決定の関係では貫徹される必要があるから、組織再編税制は、企業における組織再編の意思決定に対して中立的でなければならず、組織再編に関連する税法の解釈に当たっては、行われている事業の内容に変更がない限り、組織再編の前後を通じてできる限り課税上の有利又は不利がないように解釈されるべきである。
そして、施行令２７条の４第９項及び１８項に規定する「合併等」について、移転試験研究費の額が存在しない場合が含まれると解するとすれば、事業の移転先の法人は、自らが関与することができない移転元法人による「合理的な方法」の認定申請がされない限り、全額加算方式の適用を余儀なくされ、事業内容や規模等が全く異なる移転元法人の売上金額や試験研究費の額に基づいて自らの法人税額の控除額を算定することを強いられることとなるところ、そのような結論が上記の趣旨等に反することは明らかである。また、試験研究に励んでいる法人が試験研究を全く行っていない法人から事業の一部を承継した場合、全額加算方式によるときは、移転先法人の控除額の計算に当たって移転元法人の売上金額全額が加算されることになり、その結果、移転先法人は、自らが試験研究への支出を増加させても控除額が増加しないこととなり、試験研究への支出を増加させるインセンティブを失うことになるが、このような結果も、上記の趣旨に反することが明らかである。
また、文理上も、試験研究費や試験研究と関連する事業が存在することを前提としている規定（施行令２７条の４第１１項、施行規則２０条１２項４号、１７項４号）が存在している。そうすると、施行令２７条の４第９項及び１８項に規定する「合併等」は、移転試験研究費の額が存在する事業を移転させる場合を意味しており、移転試験研究費の額が存在しない事業を移転させる場合は含まないものと解釈すべきであるから、移転試験研究費の額が存在しない本件移転事業を移転させる本件分割は、上記「合併等」に該当しないと解すべきである。（被告の主張の趣旨）
租税法は侵害規範であり、法的安定性の要請が強く働くから、その解釈は原則として文理解釈によるべきであり、みだりに拡張解釈や類推解釈を行うことは許されない。そして、一般に租税特別措置とは租税負担の公平原則を多少なりとも犠牲にするものであり、特に、租税優遇措置は、他の納税者と同様の担税力を有するにもかかわらず、租税負担の上で特定の納税者に特別の利益を与える、いわば恩恵的なものであるから、法の規定の解釈態度は厳格でなければならない。
しかるところ、施行令２７条の４第９項及び１８項は、「合併等」の意義につき、文理上、移転試験研究費の額や移転売上金額の有無により「合併等」の範囲を限定していないのであるから、「移転試験研究費の額がない『合併等』については、施行令２７条の４第９項及び１８項の『合併等』から除く」とするような解釈をすることはできない。
したがって、移転試験研究費の額がない本件移転事業を承継した本件分割も当然「合併等」に該当し、施行令２７条の４第９項及び第１８項の適用があることは明らかである。
２ 争点（２）（施行令２７条の４は法による委任の範囲を逸脱しているか）について（原告の主張の要旨）
以下のとおり、施行令及び施行規則の規定は、法に定める原則と例外を逆転し、かつ、必要性・合理性を欠く規定であるから、同法の委任の範囲を逸脱し一部無効である。
（１）本来、会社分割が行われた場合については、移転事業に係る試験研究費の額や移転事業に係る売上金額に基づいて分割法人と分割承継法人との間の調整計算を行うこと（移転分加算方式）が、実態に即した合理的かつ公平な方法であって、法が予定している原則的な計算方法と考えられる。他方、移転事業か否かに関わらず分割法人における試験研究費の額や売上金額の全額を分割承継法人の計算に用いること（全額加算方式）は、移転事業を客観的に区分することができないような例外的な場合に限って認められるべきである。
しかしながら、施行令２７条の４第９項、１１項、１８項及び２０項並びに施行規則２０条１２項及び１９項によれば、全額加算方式を原則として定めており、しかも本件期限内に認定申請・届出をしなければ移転分加算方式の適用を受けることができないこととなる。そうすると、施行令２７条の４の規定のうち全額加算方式が原則とされ、しかも認定申請・届出を行わなければ移転分加算方式の適用を受けることができない旨を定める部分は、法の委任の範囲を逸脱し、無効である。
（２）申告納税制度の下においては、納税者が行った確定申告の内容に基づいて課税がされ、その後税務調査が行われた場合に申告内容が実態と異なっていたことが判明したときは、修正申告を促し又は更正処分を行うという仕組みが採用されている。本件特別控除においても、通常の確定申告の場合と同様に、特別の手続を設けずに納税者からの申告を受け付けた上で、調査において申告内容とは異なる実態が判明した場合には、修正申告や更正を行えば足りるのであるから、本件期限における認定申請・届出がない限り移転分加算方式を採用しないという仕組みをとる必然性はないし、仮に課税庁が会社分割の存在及び内容の仕組みを把握したいのであればそのような課税要件を法に規定すべきである。
（３）施行規則２０条１２項及び１９項に定める認定を受けるための申請は本件特別控除を受ける分割承継法人とは別主体の分割法人が行わなければならないところ、分割法人がそのような手続を失念した場合に、分割承継法人が移転分加算方式の適用を受けることができない制度となっており不合理である。
（４）発生主義会計の原則のもと、会社分割が行われた時点で、すでに経理処理の方針は定まっており、事後的に経理上の恣意的な操作が行われることはないし、仮に行われるとしても会社分割前を含め分割後２月の間に実行可能であるから、恣意的な操作を防止するための本件期限の定めは合理性がない。
（被告の主張の要旨）
（１）法４２条の４には、原則として移転分加算方式を用いる旨の規定も、法が当然そのように予定していると読み取れるような規定もないから、法が原則として移転分加算方式を予定しているという原告の主張は独自の解釈にすぎない。そして、移転分加算方式を原則とすると租税優遇措置の制度設計として著しく不合理となる一方、客観的に明白な金額を基礎とする全額加算方式を原則とすることには合理性があるから、全額加算方式を原則とする施行令の規定は、法の委任の範囲内であるといえる。
（２）課税庁においては、分割があった場合において、移転試験研究費の額があるかどうか、当該移転試験研究費の額が存在したとしてその金額が合理的な方法に従って区分されたものかは、認定申請・届出なしには把握できないのであるから、この点からしても、移転分加算方式を用いる場合には、認定申請・届出を適用要件としていることは、本件特別控除の適用に当たって、必要性かつ合理性があるものと認められる。
（３）試験研究費は、その性格として、一の事業に直接的に要するものと複数の事業に共通するものとが混在するというべきところ、会社分割が行われた際に移転分加算方式を用いる場合には、複数の事業に共通に要する試験研究費について、移転する事業とそうでない事業ごとに按分する必要があるが、その按分方法は一通りではなく、仮に本件期限を設けなかった場合、分割法人又は分割承継法人が、分割後における各金額を含めたそれぞれの期末の状況や試験研究費の支出状況などを見た上で、事後的に有利な方法を選択することが可能になるなど、恣意的な経理処理が可能となってしまう。
また、分割承継法人が移転分加算方式を用いる場合は移転試験研究費の額及び移転売上金額の算出が必要となるところ、これらは分割前の分割法人において生じた金額であるから、分割承継法人のみで算出しうるものではなく、これらの金額を算出しうる分割法人が申請を行い、かつ分割法人及び分割承継法人の双方が届出を行う必要がある。
（４）本件期限は、確定申告書の提出期限について法人税法７４条１項で各事業年度終了の日の翌日から２月以内と定められていることを踏まえたものであり合理性があり、他の法令にも分割の日から２月以内に期限が定められているものが多数存在するから（法人税法３１条３項、同法３２条３項、同法４２条７項等）、本件期限が極めて短期間であるとはいえない。
（５）申告納税制度は納税者の適正な申告があって健全に維持されるものであるところ、納税者の恣意的な経理処理を防止するなどの目的を含む措置は、申告納税制度を健全に維持するための未然防止策であって、不正な経理が確認された場合に対応すれば足りるというのは、申告納税制度の趣旨を没却するものである。
３ 争点（３）（本件期限規定は有効に課税要件を定めたものか）について
（原告の主張の要旨）
（１）租税法律主義の下で租税法規を解釈する場合には、ある事項を課税要件として追加するか否かについて法律に明文の規定がない場合、通常はその事項は課税要件ではないと解釈すべきである。それにもかかわらず、政令への抽象的な委任文言があることを根拠として、解釈によりある事項を課税要件として追加し、政令以下の法令においてその細目を規定することは、租税関係法規の解釈としては許されるべきものではない。
法４２条の４第９項の規定からは課税額の計算方法やその要件については何ら明らかではなく、委任文言としては包括的かつ抽象的といわざるを得ないし、同項の委任を受けた施行令２７条の４第１１項及び１８項も、移転分加算方式の適用を受けるための認定手続及び届出の手続について、包括的かつ抽象的に施行規則へ再委任している。
法律による委任は、その規定自体から委任の内容が一義的に明確でなければならないが、法４２条の４第８項は、１項から５項までの規定の適用に関する委任規定であるから、９項で手続要件を委任する根拠規定とはいえない。また、同委任を受けた施行令及び施行規則の規定は、原則と例外を逆転させるとともに２月の期限での申請・届出を求めるなど技術的細目的事項の範囲内の規定とはいえず、手続的効果を超えた手続的要件を定めるものとして許されない。
これらの規定に照らすと、法４２条の４第９項の規定が、移転分加算方式の適用を受けるための手続に期限を設けるなど、手続的な事項を課税要件とする趣旨であると解することはできず、また、このような解釈が可能であるとすれば、立法府の判断を経ずに、政令等によって税の軽減又は加重の要件を自由に定めることができることになるから、租税法律主義を定める憲法８４条に違反することは明らかである。
（２）仮に、施行規則の本件期限規定が定める「合理的な方法」の認定申請期限（本件期限）が課税要件であるとすれば、やむを得ない事由によって申請を行うことができなかった場合についての宥恕規定が定められていて然るべきであるが、施行規則にはそのような規定は存在しない。これは、本件期限規定が課税要件ではなく単なる手続要件であって、事後的な追完を認める趣旨であるからにほかならない。実際の運用としても、認定申請の期限は手続の便宜に合わせて柔軟に変更されているのであって、このことからも、本件期限規定の定めは、手続の便宜を考慮した手続要件にとどまるものであって、「分割等の日以後２月以内」という期限を過ぎた場合に申請書の提出を一切認めず、移転分加算方式の適用を完全に排除するという厳格な効果を有するものではないと解すべきである。また、法人税については、期限後申告の提出、一定の要件の下で確定申告書の提出期限の延長及び申告期限から５年以内であれば更正の請求をすることが認められているところ、これらと比較した場合、分割承継法人自らが行う手続でない「合理的な方法」の認定申請について、分割等の日以後２月以内という短い期限を定め、当該期限後は追完や更正を一切認めないことに合理性を見出すことはできない。
（３）したがって、本件期限規定が規定する２月の期限後にされた認定申請について「合理的な方法」を認定せずにされた本件各処分は違法である。
（被告の主張の趣旨）
（１）租税法律主義（憲法８４条）から導かれる課税要件法定主義の要請からして、法律の根拠なしに政令・省令等で新たに課税要件に関する規定を設けることはできず、法律の定めに違反する政令・省令等が効力を持つこともないものの、憲法は、行政権による立法を全面的に排除する趣旨ではなく、一定の範囲でそれを認めていると解される（憲法７３条６号、７４条参照）。また、租税法においては多分に専門的・技術的かつ細目的な事項が存在し、それぞれ諸条件等が異なる個々の課税客体について、公平に課税するとともに、課税標準算出の手続等を明確にするためには、専門的で複雑な規定を要するものであることは明らかであって、租税法については、課税の公平化、課税要件の明確化を期する観点からも、個々の事案ごとに税額を決する基準を詳細に定めることが要請されるところ、これらの課税要件の全てを法律で規定することを求めることは実際上困難であることからすれば、憲法は、租税法においても、複雑多岐にわたり急速に推移変遷する経済状況に有効適切に対処し、課税の公平を達成するため、一定の範囲で課税要件及び租税の賦課徴収に関する手続を法律から下位の法形式に委任することも許容しているというべきである。
もっとも、委任が認められるといっても、それは具体的個別的な委任に限られ、概括的白地的な委任は許されないと解されるところ、法４２条の４は、１項から５項までが本件特別控除に係る各計算方法について定め、６項から８項までが１項から５項までの各計算及びこれらの適用に関し必要な事項について定めた上で、９項は「前３項に定めるもののほか、第４項の規定の適用を受けようとする法人が（中略）分割法人若しくは分割承継法人（中略）である場合における適用年度の開始の日前３年以内に開始した各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される試験研究費の額の計算その他第１項から第５項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。」というものであって、このような規定の文言からすれば、９項が分割法人及び分割承継法人が試験研究を行った場合の法人税額の特別控除額の計算に関して、技術的細目的事項としての手続に関する事項を委任したものであることは明らかである。そして、当該委任を受けた施行令２７条の４第１１項及び２０項が「分割法人等が財務省令で定めるところにより納税地の所轄税務署長の認定を受けた合理的な方法（括弧内略）に従つて」、「財務省令で定めるところによりそれぞれの納税地の所轄税務署長にこの項の規定の適用を受ける旨の届出をしたとき」とそれぞれ規定していることからすれば、施行令２７条の４第１１項及び２０項の「所轄税務署長の認定」を受けようとする分割法人等における手続に関して、細目的な事項を施行規則２０条に委任したものであることは明らかである。
このように、法及び施行令は、施行規則に概括的白地的な委任をしたものではなく、具体的個別的な委任をしたものといえるから、施行規則２０条１２項及び１９項の本件期限規定を、施行令２７条の４第１１項及び第２０項に規定する移転分加算方式の課税（適用）要件であると解することは、租税法律主義に反するものではない。
（２）また、本件特別控除は、税負担の公平・中立・簡素という税制の基本理念の例外措置として、租税負担の上で特定の納税者に特別の利益を与えるものとして設けられているものであるから、このような租税優遇措置においては、原則として、「やむを得ない事情」などの宥恕規定を設ける必要はないというべきである。また、個別の規則にそのような規定がなかったとしても、国税通則法により、災害など納税者の責めに帰さないやむを得ない理由により、国税に関する法律に基づく申告、申請、請求、届出その他書類の提出又は納付等の期限までに、これらの行為をすることができないと認められるときは、その理由がやんだ日から２月以内に限り、その期限が延長されることがある。
なお、本件において移転分加算方式の適用要件である認定申請・届出がなされなかったのは、Ａ社及び本件分割法人の税法の不知によるものと認められるから、上記「やむを得ない理由」は存在しない。
（３）以上のとおり、施行規則２０条１２項及び１９項における本件期限規定は施行令２７条の４第１１項及び２０項に規定する移転分加算方式の適用に係る課税要件であり、移転分加算方式の適用に当たっては、同各項に規定するとおり、施行規則２０条１２項及び１９項に定める申請書を分割等の日以後２月以内に所轄税務署長に提出しなければならないから、分割等の日以後２月を超えて同各項に定める申請書を提出したとしても、移転分加算方式の適用を認める余地はない。
以上
別表１
法人税の課税処分等の経緯
（単位：円）
事業年
度
区分
確定申告
更正処分等
審査請求
審査裁決
年月日等
（期限内）
平成30年8月28日
平成30年11月26日
令和元年9月5日
平成28
年3月期
所得金額
898,375,595
898,375,595
全部取消し
取下げ
（3月経過につき提訴）
法人税額
214,711,625
214,711,625
法人税の特別控除額
74,321,922
43,172,438
控除税額
13,529
13,529
納付すべき税額
140,376,100
171,525,600
過少申告加算税の額
-
3,114,000
平成29
年3月期
所得金額
1,101,775,224
1,101,775,224
法人税額
257,815,350
257,815,350
法人税の特別控除額
90,235,372
48,031,269
控除税額
160,450
160,450
納付すべき税額
167,419,500
209,623,600
過少申告加算税の額
-
4,220,000
別表２
地方法人税の課税処分等の経緯
（単位：円）
課税事業
年度
区分
確定申告
更正処分等
審査請求
審査裁決
年月日等
（期限内）
平成30年8月28日
平成30年11月26日
令和元年9月5日
平成28年
3月課税
事業年度
課税標準法人税額
140,389,000
171,539,000
全部取消し
取下げ
（3月経過につき提訴）
納付すべき税額
6,177,100
7,547,700
過少申告加算税の
額
-
137,000
平成29年
3月課税
事業年度
課税標準法人税額
167,579,000
209,784,000
納付すべき税額
7,373,400
9,230,400
過少申告加算税の
額
-
185,000
別表３
原告の法人税の所得金額及び納付すべき税額等
（単位：円）
区分
順号
平成28年３月期
平成29年３月期
所得金額
①
898,375,595
1,101,775,224
所得金額に対する法人税額
②
214,711,625
257,815,350
法人税額の特別控除額
③
43,172,438
48,031,269
差引法人税額（②－③）
④
171,539,187
209,784,081
控除所得税額等
⑤
13,529
160,450
納付すべき法人税額（④－⑤）
⑥
171,525,600
209,623,600
既に納付の確定した法人税額
⑦
140,376,100
167,419,500
差引納付すべき法人税額
（⑥－⑦）
⑧
31,149,500
42,204,100
別表４
原告の地方法人税の納付すべき税額等
（単位：円）
区分
順号
平成28年3月
課税事業年度
平成29年3月
課税事業年度
課税標準法人税額
①
171,539,000
209,784,000
内訳
確定申告における基準法人税額
②
140,389,703
167,579,978
基準法人税額に加算すべき金額
③
31,149,500
42,204,100
所得地方法人税額
④
7,547,716
9,230,496
差引地方法人税額
⑤
7,547,700
9,230,400
既に納付の確定した地方法人税額
⑥
6,177,100
7,373,400
差引納付すべき地方法人税額（⑤－⑥）
⑦
1,370,600
1,857,000
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2021/pdf/13602.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。