税務訴訟資料第２７１号－１１１（順号１３６１３）
東京地方裁判所令和●●年（○○）第●●号法人税および消費税等更正処分取消請求事件
国側当事者・国（長野税務署長）
令和３年１０月６日棄却・控訴
判決
原告株式会社Ａ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士遠藤幸子
同中田好泰
被告国
同代表者法務大臣上川陽子
処分行政庁長野税務署長
後藤繁夫
同指定代理人別紙１指定代理人目録のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 長野税務署長が平成３０年１２月１７日付けで原告に対してした平成２９年５月１日から平成３０年４月３０日までの事業年度分の法人税の更正処分のうち、欠損金額６９５万２２００円、翌期に繰り越すべき欠損金又は災害損失金３００１万５９８１円を超える部分を取り消す。
２ 長野税務署長が平成３０年１２月１７日付けで原告に対してした平成２９年５月１日から平成３０年４月３０日までの課税期間分の消費税及び地方消費税の更正処分のうち、消費税について課税標準額８１１８万４０００円、納付すべき消費税額９５万２００円、地方消費税について地方消費税の課税標準となる消費税額９５万２００円、譲渡割額納税額２５万６５００円を超える部分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要等
１ 本件は、折箱類一式の製造・販売等を目的とする法人である原告が、長野税務署長により国税通則法（以下「通則法」という。）７４条の１０に基づく無予告調査を受けた結果、長野税務署長から、平成２９年５月１日から平成３０年４月３０日までの事業年度（以下「平成３０年４月期」といい、他の事業年度についても同様の表現とする。）に係る法人税の更正処分並びに平成２９年５月１日から平成３０年４月３０日までの課税期間（以下「平成３０年４月課税期間」をいう。）に係る消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）の更正処分（以下、これらの更正処分を併せて「本件各更正処分」という。）をそれぞれ受けたところ、本件各更正処分はいずれも通則法７４条の１０に反する違法な手続に基づくものであるなどとして、本件各更正処分の取消しを求める事案である。
２ 関係法令等の定め
（１）通則法７４条の９第１項（平成３０年法律第１６号による改正前のもの。以下、同条について同じ。）及び国税通則法施行令３０条の４は、税務署長等（国税庁長官、国税局長若しくは税務署長又は税関長をいう。以下同じ。）が、実地の調査として、税務署等職員（国税庁、国税局若しくは税務署又は税関の職員をいう。）により、納税義務者に対し質問し、当該納税義務者の事業に関する帳簿書類その他の物を検査し、又は当該物件（その写しを含む。）の提示若しくは提出の要求を行わせる場合には、納税義務者に対し、その旨、調査を開始する日時、調査を行う場所、調査の目的、調査の対象となる税目、調査の対象となる期間、調査の対象となる帳簿書類その他の物件、調査の相手方である納税義務者の氏名及び住所又は居所、調査を行う当該職員の氏名及び所属官署等について、原則として、事前に通知すること（以下「事前通知」という。）とする旨を定めている。
（２）通則法７４条の１０は、通則法７４条の９の例外として、税務署長等が調査の相手方である納税義務者の申告若しくは過去の調査結果の内容又はその営む事業内容に関する情報その他課税庁側が保有する情報（以下「課税庁保有情報」という。）に鑑み、違法又は不当な行為を容易にし、正確な課税標準等又は税額等の把握を困難にするおそれその他国税に関する調査の適正な遂行に支障を及ぼすおそれがあると認める場合（以下「無予告要件」という。）には、事前通知を要しない旨を定めている（以下、通則法７４条の１０に基づき事前通知をしないで行われた実地の調査を「無予告調査」という。）。
（３）国税庁長官の発する「国税通則法第７章の２（国税の調査）関係通達の制定について（法令解釈通達）」（令和元年１２月５日改正前のもの）（以下「手続通達」という。）は、以下のとおり定めている（乙１１）。
ア 手続通達４－７は、通則法７４条の１０に規定する「その営む事業内容に関する情報」の範囲等について、事業の規模又は取引内容若しくは決済手段などの具体的な営業形態も含まれるが、単に不特定多数の取引先との間において現金決済による取引をしているということのみをもって事前通知を要しない場合に該当するとはいえないことに留意すべきである旨を定める。
イ 手続通達４－９は、通則法７４条の１０に規定する「違法又は不当な行為を容易にし、正確な課税標準等又は税額等の把握を困難にするおそれ」がある場合の例示として、事前通知をすることにより、納税義務者において、調査に必要な帳簿書類その他の物件を破棄し、移動し、隠匿し、改ざんし、変造し、又は偽造することが合理的に推認される場合を挙げる。
（４）通則法７４条の９、７４条の１０を含む通則法第７章の２（国税の調査）は、平成２３年法律第１１４号による改正によって通則法に新設された章であるところ、同改正後の通則法が施行される以前においても、国税庁長官の発する事務運営指針（乙１２。以下「旧事務運営指針」という。）は、税務調査に際し、原則として、納税者に対し調査日時をあらかじめ通知することとしつつ、業種・業態、資料情報及び過去の調査状況等からみて、帳簿書類等による申告内容等の適否の確認が困難であると想定されるため、調査日時の事前通知を行わない調査により在りのままの事業実態等を確認しなければ、申告内容に係る事実の把握が困難であると想定される場合、調査日時の事前通知をすることにより、調査に対する忌避・妨害、あるいは帳簿書類等の破棄・隠ぺい等が予想される場合のように、調査日時の事前通知を行うことが適当でないと認められる場合には、例外的に調査日時の事前通知を行わないものとしていた。
３ 前提事実（争いのない事実、後掲各証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
（１）原告の概要
原告は、昭和３１年５月●日に設立された、折箱類一式の製造及び販売等を目的とする株式会社であり、長野市●●を本店所在地とする法人である。原告の役員及び株主は、いずれも原告代表者と親族関係にある者であって、原告は、いわゆる家族経営の中小企業である。（甲９、乙１）
（２）課税の経緯等について
ア 確定申告
（ア）原告は、平成３０年４月期の法人税について、法定申告期限までに、別表１の「確定申告」欄のとおり、確定申告をした（乙２の１）。
（イ）原告は、平成３０年４月課税期間の消費税等について、法定申告期限までに、別表２の「確定申告」欄のとおり、確定申告をした（乙３）。
イ 原告の平成３０年４月期の法人税及び平成３０年４月課税期間の消費税等を調査対象とする税務調査（以下「本件税務調査」という。）の中で行われた後記ウの無予告調査に際し、長野税務署長が原告について保有していた情報
（ア）原告は、取引先から売上代金の一部を原告代表者名義のＢ銀行長野支店の普通預金口座（口座番号●●●●。以下「本件預金口座」という。甲７の５）で受け入れていた。
（イ）平成２８年４月期から平成３０年４月期までの原告の法人税の確定申告書（乙２の１ないし２の３）の「預貯金等の内訳書」の欄外には、いずれも、注書き「３」として、「預貯金等の名義人が代表者になっているなど法人名と異なる場合には、『摘要』欄に「名義人〇〇〇〇」のようにその名義人を記入してください。」との記載があるが、いずれの事業年度の「預貯金等の内訳書」にも、本件預金口座は記載されていなかった。
（ウ）平成２８年４月期から平成３０年４月期までの原告の法人税の確定申告書（乙２の１ないし２の３）の「借入金及び支払利子の内訳書」によると、原告には原告代表者からの借入金があり、その残高は、平成２８年４月期末においては４３１３万３２３４円、平成２９年４月期末においては４７３９万５４０１円、平成３０年４月期においては５０１８万６３０８円であり、平成２９年４月期末の同借入金残高の前年度末からの増加額は、４２６万２１６７円、平成３０年４月期末の同借入金残高の前年度末からの増加額は、２７９万９０７円であった。
（エ）平成２７年分から平成２９年分までの原告代表者の所得税及び復興特別所得税の確定申告書（乙４の１ないし４の３）によると、原告代表者には、給与収入と公的年金等による収入があり、平成２７年分から平成２９年分に至るまで、給与収入はいずれも６０万円であり、公的年金等による収入はいずれも約１９０万円であった。
ウ 本件において原告に対してされた無予告調査
（ア）長野税務署の法人課税第●部門に所属していた乙上席国税調査官及び丙国税調査官（以下、両名を併せて「本件担当職員」という。）は、平成３０年７月２４日、原告に対する事前通知をすることなく、長野市●●所在の原告の本店事務所に臨場し、原告代表者に対し、同所において実地の調査を実施する旨を通知して同人の了承を得た上で、同日から翌２５日にかけて、原告の平成３０年４月期の法人税及び平成３０年４月課税期間の消費税等を対象とする実地の調査（以下「本件無予告調査」という。）を行った（甲６の３、乙５）。
（イ）原告の顧問税理士である丁税理士（以下「本件税理士」という。）は、本件無予告調査の開始日において、調査の実施自体は了承したものの、本件担当職員に対し、本件無予告調査が無予告要件を満たしているか否か及び満たしていると判断した理由（以下「無予告理由」という。）について説明を求めた。これに対し、本件担当職員は、本件税理士に対し、無予告要件を満たしている旨の回答をする一方で、無予告理由については説明することができないと回答した（甲６の３、乙５）。
（ウ）本件担当職員は、本件無予告調査により、原告には、平成３０年４月期及び平成３０年４月課税期間において計上されるべき売上げについて、合計１５万７２９７円（消費税等相当額を含まない金額）の計上漏れ（以下「本件計上漏れ」という。甲１、２、乙６の１ないし７の２）があることを発見したため、原告及び本件税理士にその旨を通知した（甲６の３、乙５）。
（エ）本件担当職員は、平成３０年９月３日、本件税理士と面談し、本件税理士に対し、税務署長等が把握している資料、申告状況及び過去の調査の事績等を基に、事前通知を行って実地の調査をした場合には書類の破棄や隠匿等のおそれがあると判断されるときは、無予告調査を行う場合があることを説明したが、本件税理士は、同説明では納得せず、本件無予告調査は違法な調査であるから、本件計上漏れに基づく修正申告はしない旨述べ（甲６の４、乙８）、同年１１月２６日に長野税務署職員から本件税務調査の結果説明及び終了報告を受けた後も、原告のために同修正申告の手続をしなかった（甲６の３、６の５、乙５）。
エ 本件各更正処分
（ア）長野税務署長は、本件計上漏れがあったことに基づき、平成３０年１２月１７日付けで、原告の平成３０年４月期の法人税について、別表１の「更正処分」欄のとおり、更正処分をした（甲１）。
（イ）長野税務署長は、本件計上漏れがあったことに基づき、平成３０年１２月１７日付けで、原告の平成３０年４月課税期間の消費税等について、別表２の「更正処分」欄のとおり、更正処分をした（甲２）。
オ 審査請求
原告は、平成３０年１２月１９日付けで、本件各更正処分に不服があるとして、国税不服審判所長に対し、審査請求をしたところ（甲３）、国税不服審判所長は、令和元年１２月４日付けで、同審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした（甲４）。
カ 本件訴えの提起
原告は、令和２年５月１１日、本件各更正処分の取消しを求めて、本件訴えを提起した（顕著な事実）。
４ 本件各更正処分の根拠
被告が主張する本件各更正処分の根拠及び適法性は、別紙２のとおりであり、原告は、後記５の争点に関する部分を除き、その計算の基礎となる金額及び計算方法を明らかに争わない。
５ 争点及び当事者の主張
本件の争点は、本件各更正処分の適法性であり、具体的には、①本件各更正処分の前提としてされた本件無予告調査は無予告要件を満たすか（以下「争点１」という。）、②本件税務調査において、長野税務署長が本件無予告調査につき無予告理由を原告に説明しなかったことには通則法７４の１０に反する違法があるか（以下「争点２」という。）及び③仮に争点１又は争点２が肯定された場合には、それらの違法が本件各更正処分の取消事由になるか（以下「争点３」という。）である。
（１）争点１について
（被告の主張）
ア 課税庁保有情報に鑑み、事前通知をすることにより、納税義務者において、調査に必要な帳簿書類その他の物件を破棄し、移動し、隠匿し、改ざんし、変造し、又は偽造することが合理的に推認される場合には、無予告要件を満たすというべきである。
イ 以下の事情に照らし、本件無予告調査の着手前の時点では、原告において、売上金の一部を現金で回収し、これを売上げから除外して確定申告をし（以下「売上除外」という。）、売上除外に係る売上金（以下「除外売上金」という。）を本件預金口座等に受け入れ、その後、原告代表者による原告への貸付けという形で、原告代表者から原告に除外売上金と同額の金員を還流させていること（以下「除外売上金の還流」という。）が想定された。
（ア）原告は、昭和３１年５月●日に設立された法人であり、設立から相当期間が経過していたのであるから、原告において、本件預金口座を原告の取引のために使用することに合理的な理由は想定することができない。それにもかかわらず、原告は本件預金口座を原告の取引のために使用していたのであるから、本件預金口座は、売上除外等に使用されていることがうかがわれた。
（イ）平成２８年４月期から平成３０年４月期までの原告の法人税の確定申告書（乙２の１ないし２の３）並びに平成２７年分から平成２９年分までの原告代表者の所得税及び復興特別所得税の確定申告書Ｂ（乙４の１ないし４の３）によれば、原告の原告代表者に対する平成２９年４月期の借入金残高が平成２８年４月期のそれより増加しており、しかも、その増加額が原告代表者の平成２７年分から平成２９年分までのいずれの年の給与収入及び年金収入の年額の合計よりも多いこと、原告の原告代表者に対する平成３０年４月期の借入金残高が平成２９年４月期のそれより増加しており、しかも、その増加額が原告代表者の平成２７年分から平成２９年分までのいずれの年の給与収入及び年金収入の年額の合計よりも多いことがそれぞれ認められたところ、こうした資金の流れは不自然なものといえる。
ウ 長野税務署長は、上記イで想定された取引の全容を解明するためには、原告に対する調査開始時に、本件預金口座に係る預金通帳や本件預金口座の入出金に係る取引に関する帳簿書類等を確実に収集することが必要であると考えたが、本件預金口座が簿外口座である可能性が高いことなどからすると、原告に事前通知をすることにより、原告において、調査に必要な帳簿書類その他の物件の破棄、隠匿等をするおそれがあると判断した。長野税務署長のかかる判断は合理的なものである。
エ この点につき、原告は、本件税務調査では、売上除外や除外売上金の還流は発見されず、結果的に調査の実効性は全くなかったとか、そもそも本件税務調査で見込んでいた課税標準２７９万円余（平成３０年４月期における原告の原告代表者に対する借入金残高が平成２９年４月期におけるそれよりも増加した額）の計上漏れというのも、約３０００万円の繰越欠損金のある原告においては僅少な額であるなどと主張し、これらの事情からも、無予告要件は認められないと主張する。
しかし、無予告要件の有無は調査の着手前の事情によって判断されるべきであって、その後の事情である調査結果によって左右されるものではないし、課税の公平性の観点からすれば、本件で見込まれていた計上漏れの額を僅少であるとしてあえて不問に付すべき理由はないから、原告の主張は失当である。
オ 以上より、本件無予告調査は、無予告要件を満たすといえる。
（原告の主張）
ア 通則法７４条の１０は、平成２３年法律第１１４号による通則法の改正により新設された税務調査に関する手続規定であるところ、同改正の趣旨は、租税法律主義の要請する手続保障原則に基づき、調査手続の透明性と納税者の予測可能性を高めることにある。この観点からは、通則法７４条の９に定める事前通知制度は重要な意義を有するから、その例外に当たる通則法７４条の１０に規定する無予告要件の解釈は、当然に厳格であることが要請される。
イ 被告の主張する事情からは、本件無予告調査が無予告要件を満たすものということはできない。
（ア）まず、被告は、本件預金口座が原告の取引に使用されていたことをもって、本件預金口座が原告による売上除外に使用されていることがうかがわれると主張する（被告の主張イ（ア））。
しかし、原告が本件預金口座を原告の取引に使用しているのは、以前、原告が本件預金口座の預入先であるＢ銀行において、法人名義での預金口座を開設することができなかったため、便宜上、本件預金口座を使用し続けているだけのことである。同行は、小切手の換金の取扱手数料が無料であり、入金時期も他行より一、二日早く、同行の支店が原告の本店事務所の近隣であるため、原告としては、本件預金口座を取引に使用し続ける必要があったものである。
なお、原告の取引に用いている原告代表者名義の預金口座は本件預金口座だけであり、原告では、毎月１０日に小切手で回収した売掛金を取立てに回し、毎月１３日から同月１５日頃までに取り立てられた売掛金を本件預金口座で受け入れ、これを原資として、本件預金口座から原告の事業のための種々の経費等を支出しているため、本件預金口座の月末残高は二、三万円であった。また、本件預金口座を用いた売掛金の回収については正しく経理されているし、代表者の個人名義の預金口座を取引に使用することは中小企業においては珍しくないことである。
これらのことからすると、被告の指摘する事情をもって、本件預金口座が原告による売上除外に使用されていることがうかがわれるということはできない。
（イ）次に、被告は、原告の原告代表者に対する平成２８年４月期から平成３０年４月期までの借入金残高の増加額が原告代表者の給与収入等の年額よりも多額であったことをもって、原告の資金の流れが不自然なものであると主張する（被告の主張イ（イ））。しかし、これは、単に、近年の原告の売上げが逓減しているため、原告代表者が自己の収入や貯蓄を原告に対する貸付けという形で原告の事業に投じてきたことによるものであって、同様のことは金融機関の融資を受けにくい中小企業では頻繁に行われていることであるから、何ら不自然な資金の流れではない。
なお、原告代表者は、現在、原告から受ける役員給与を年６０万円に引き下げているものの、最近までその約３倍の役員給与を得ていたし、毎年１９０万円以上の年金収入を得ているから、原告に貸付けを行う原資を十分に有している。
（ウ）したがって、被告の主張する事情からは、本件無予告調査が無予告要件を満たすものとはいうことはできない。
ウ なお、本件税務調査の結果、本件預金口座を用いた売上除外も除外売上金の還流もないことが明らかになり、本件計上漏れも、額、件数ともに僅かな単純な計上漏れにすぎなかった。また、課税庁の想定を前提としても、平成３０年４月期の売上げの計上漏れは２７９万円余（平成３０年４月期における原告の原告代表者に対する借入金残高が平成２９年４月期におけるそれよりも増加した額）であり、これは繰越欠損金が約３０００万円ある原告の規模に照らし、僅少な額といえる。
こうしたことからしても、本件無予告調査が無予告要件を満たすものではなかったことが裏付けられる。
（２）争点２について
（原告の主張）
平成２３年法律第１１４号による通則法の改正は、租税法律主義の要請する手続保障に由来するものであり、税務調査における透明性の向上と予測可能性の充足を目的としており、同改正後の事務運営指針においても、課税庁の説明責任を強化する観点から同改正が行われたものと説明されているのであるから、同改正により新設された通則法７４条の１０の解釈として、無予告調査を行った税務署長等は、税務調査の過程において、無予告理由について、調査の相手方である納税義務者に対して説明する義務を負うものというべきである。しかるに、長野税務署長は、本件税務調査において、本件無予告調査に係る無予告理由について、原告に対して十分な説明をしなかった。
したがって、長野税務署長が本件税務調査の過程で本件無予告調査につき無予告理由を原告に説明しなかったことには、通則法７４条の１０に反する違法がある。
（被告の主張）
通則法７４条の１０は、無予告要件を満たす場合には、通則法７４条の９第１項の事前通知を要しない旨を規定しているのみであり、税務署長等が無予告理由を無予告調査の相手方である納税義務者に説明しなければならないとする旨の法律の規定はない。
また、通則法７４条の１０は、平成２３年法律第１１４号による通則法の改正により新設された税務調査の手続に関する規定であるところ、これらの規定が新設された趣旨は、税務調査に先立ち、課税庁が原則として事前通知を行うという従来の運用上の取扱いを法律上明確化するとともに、悪質な納税者の課税逃れを助長するなど調査の適正な遂行に支障を及ぼすことのないよう、課税の衡平確保の観点を踏まえ、一定の場合には事前通知を行わないとする従来に運用上の取扱いについても、法律上明確化するというものであって、かかる趣旨に照らしても、同条に基づき、税務署長等が無予告調査の相手方である納税義務者に無予告理由を説明する義務を負うことになるとは解されない。
したがって、長野税務署長が本件税務調査の過程で本件無予告調査につき無予告理由を原告に説明しなかったことについて、通則法７４条の１０に反する違法はない。
（３）争点３について
（被告の主張）
調査手続の単なる瑕疵は更正処分に影響を及ぼさないものと解すべきであり、調査の手続が刑罰法規に触れ、公序良俗に反し又は社会通念上相当の限度を超えて濫用にわたるなど重大な違法を帯び、何らの調査なしに更正処分をしたに等しいものとの評価を受ける場合に限り、その処分に取消原因があるものと解すべきである。仮に、本件無予告調査が無予告要件を満たしていなかったり、本件税務調査の過程において原告の主張するような説明義務違反があったりしたとしても、そうした手続的瑕疵は、上記の重大な違法とはいえないから、これらが本件各更正処分の取消事由になることはない。
（原告の主張）
更正処分は税務調査に基づき行われるところ、税務調査は適法なものでなければならず、税務調査の過程において看過することができない重大な手続的瑕疵がある場合には、そのような手続瑕疵も更正処分の取消事由になるというべきである。
この点につき、事前通知制度は納税者の予測可能性の毀損の防止、質問検査権行使による幸福追求権の侵害の防止のために重要な意義を有する制度であるから、その例外に当たる無予告調査が通則法７４条の１０所定の要件を満たさずに行われたり、無予告調査が行われたにもかかわらず、税務調査の過程で無予告理由が調査の相手方である納税義務者に十分に説明されなかったりした場合には、事前通知制度に係る看過することができない重大な手続的瑕疵があるというべきである。
そうすると、本件では、前記（１）（２）の（原告の主張）で述べたように、事前通知制度に係る看過することができない重大な手続的瑕疵があるから、これらは本件各更正処分の取消事由となる。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１について
（１）通則法７４条の１０に規定する無予告要件は、税務署長等が課税庁保有情報に鑑み、調査の相手方である納税義務者による違法又は不当な行為を容易にし、正確な課税標準等又は税額等の把握を困難にするおそれその他国税に関する調査の適正な遂行に支障を及ぼすおそれがあると認める場合を指すところ、課税庁保有情報に鑑み、事前通知をすることにより、納税義務者において、調査に必要な帳簿書類その他の物件を破棄し、移動し、隠匿し、改ざんし、変造し、又は偽造することが合理的に推認される場合には、無予告要件を満たすものというべきである。
（２）そこで検討するに、長野税務署長が本件無予告調査に際して保有していた情報（以下「本件課税庁保有情報」という。）によれば、原告は、取引先からの売上代金の一部を原告代表者名義の本件預金口座で受け入れていながら（前記第２の３（２）イ（ア））、平成２８年４月期から平成３０年４月期までの原告の法人税の確定申告書（乙２の１ないし２の３）の「預貯金等の内訳書」において、本件預金口座を記載していなかったこと（前記第２の３（２）イ（イ））が認められるところ、一般に、設立から相当期間が経過した法人において、法人の売上代金を、法人名義の預金口座ではなく、あえて代表者個人名義の預金口座により受け入れなければならない事情があるとはいえない。
また、本件課税庁保有情報によれば、平成２８年４月期から平成３０年４月期までの原告の法人税の確定申告書（乙２の１ないし２の３）の「借入金及び支払利子の内訳書」に計上されている原告の原告代表者に対する借入金残高が、平成２８年４月期末においては４３１３万３２３４円、平成２９年４月期末においては４７３９万５４０１円、平成３０年４月期においては５０１８万６３０８円に上っており、平成２９年４月期末の同借入金残高の前年度末からの増加額は、４２６万２１６７円、平成３０年４月期末の同借入金残高の前年度末からの増加額は、２７９万９０７円になるのに対し（前記第２の３（２）イ（ウ））、平成２７年分から平成２９年分までの原告代表者の所得税及び復興特別所得税の確定申告書（乙４の１ないし４の３）上の同人の収入合計は約２５０万円にとどまること（前記第２の３（２）イ（エ））が認められる。このような原告及び原告代表者の申告内容を前提とすると、平成２９年４月期及び平成３０年４月期において、原告代表者から原告に対し、原告代表者の年収を超える額の資金が移動していることになるところ、法人の代表者の年収を超える額の資金が複数年にわたり継続して法人の代表者から法人に流入しているというのは法人の経営上の資金の流れとして、一般的に不自然なものといえる。
（３）上記（２）の諸事情は中小企業一般に広くみられるものとはいえないところ、仮に、原告において、原告の売上げの一部を申告せずに本件預金口座で受け入れ、これを原告代表者からの借入れという形で原告に還流させていたのであれば、いずれの事情も合理的に説明することができる一方で、この点に関する原告の反論（前記第２の５（１））において指摘されている事情は必ずしも外部からは明らかではないことなどからすると、長野税務署長において、上記（２）の諸事情から、原告が本件預金口座を利用した売上除外及び除外売上金の還流を行っていることを想定したことは不合理なものということはできない。
そして、長野税務署長において、上記のような売上除外や除外売上金の還流の有無・内容を把握するには、実地の調査を行い、原告から売上取引や売上金の流れに関する帳簿類その他の物件の提出を受けて、これを仔細に検討するなどしなければならないといえるところ、一般に、原告のような家族経営の中小企業では、帳簿類等の改ざんを防ぐための内部統制が不十分であることが多いことなども踏まえると、仮に、実地の調査に当たり、事前通知をした場合には、原告において、調査に必要な帳簿書類その他の物件を破棄し、移動し、隠匿し、改ざんし、変造し、又は偽造することが合理的に推認されるといえるから、本件無予告調査に際しては、本件課税庁保有情報に鑑み、調査の相手方である納税義務者による違法又は不当な行為を容易にし、正確な課税標準等又は税額等の把握を困難にするおそれその他国税に関する調査の適正な遂行に支障を及ぼすおそれがあると認める場合にあったといえる。
（４）したがって、本件無予告調査は無予告要件を満たしており、本件無予告調査を行ったことに通則法７４条の１０に反する違法はない。
（５）なお、原告は、本件無予告調査では、結果として、本件預金口座を用いた売上除外も、原告代表者の原告に対する貸付けを用いた売上除外金の還流もないことが明らかになったのであるから、調査の実効性は全くなかったとか、本件無予告調査に際しては長野税務署長としても課税標準２７９万円余の計上漏れ程度しか想定されていないところ、これは約３０００万円の繰越欠損金のある原告においてはそもそも僅少な額であるなどと主張し、これらの事情からも、本件無予告調査が無予告要件を満たしてなかったことが裏付けられるなどと主張する。
しかし、無予告要件の有無は無予告調査に際して税務署長等が保有している情報に鑑みて判断されるべきものであるから、結果として本件無予告調査の際に想定されていた売上除外や除外売上金の還流が認められなかったとしても、そのことは無予告要件を満たすか否かの判断を左右しないというべきである。また、長野税務署長は、本件無予告調査に際して、原告の法人税の確定申告書上、平成３０年４月期における原告の原告代表者に対する借入金残高が平成２９年４月期のそれよりも２７９万円余増額している事実に着目してはいるものの、そうであるからといって、調査対象とする税目、期間において、売上除外や除外売上金の還流が同額を超えて発見されることをおよそ想定していなかったということにはならないし、仮に同額程度の売上除外又は除外売上金の還流しか想定していなかったとしても、そのことによって調査の必要性がなくなるわけでもないから、この点も無予告要件を満たすか否かの判断を左右しないというべきである。
したがって、原告の上記主張はいずれも採用することができない。
２ 争点２について
（１）原告は、平成２３年法律第１１４号による通則法の改正により通則法７４条の１０が新設された趣旨等からすれば、同条の解釈として、無予告調査を行った税務署長等は、税務調査の過程において、調査の相手方である納税義務者に無予告理由を説明すべき義務を負うことになる旨主張する。
（２）しかし、通則法７４条の１０は、通則法７４条の９の例外として、無予告要件を満たす場合には、実地の調査に当たり、事前通知を要しない旨を規定するのみであり、その文言上、無予告調査がされた場合に、税務署長等に対し、税務調査の過程で、無予告理由を調査の相手方である納税義務者に説明すべき義務を負わせるものとは解されない。
また、旧事務運営指針においても、税務調査に際し、原則として、納税者に対し調査日時をあらかじめ通知することとされており、例外的に、業種・業態、資料情報及び過去の調査状況等からみて、帳簿書類等による申告内容等の適否の確認が困難であると想定されるため、調査日時の事前通知を行わない調査により在りのままの事業実態等を確認しなければ、申告内容に係る事実の把握が困難であると想定される場合、調査日時を事前に通知することにより、調査に対する忌避・妨害、あるいは帳簿書類等の破棄・隠ぺい等が予想される場合のように、調査日時を事前に通知することが適当でないと認められる場合には、調査日時を事前に通知しないものとしていたことからすると、平成２３年法律第１１４号による通則法の改正により通則法７４条の１０が新設された趣旨は、基本的に、従来の運用上の取扱いを法律上明確化することによって調査手続の透明性と納税者の予見可能性を高めることにあったというべきである。かかる趣旨に照らせば、同条について、無予告調査を行った税務署長等に対し、税務調査の過程で調査の相手方である納税義務者に無予告理由を説明する義務を新たに負わせるものと解釈することはできない。
（３）したがって、無予告調査を行った税務署長等が原告の主張するような説明義務を負うことはないから、長野税務署長が本件税務調査の過程で本件無予告調査に係る無予告理由を原告に説明しなかったことについて、通則法７４条の１０に反する違法はない。
３ 結論
以上によれば、争点３について判断するまでもなく、本件各更正処分を取り消すべき手続上の違法はなく、原告の平成３０年４月期の法人税及び平成３０年４月課税期間の消費税等の金額は、いずれも本件各更正処分における金額と同額となるから、本件各更正処分はいずれも適法である。
よって、原告の請求はいずれも理由がないから、これを棄却することとして、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官市原義孝
裁判官依田吉人
裁判官伊藤嘉恵
（別紙１）
指定代理人目録
神永暁、今西貴洋、伊藤芳樹、小林淳子、宮坂聡朗、多田泰之
以上
（別紙２）
被告の主張する本件各更正処分の根拠及び適法性
１ 本件各更正処分の根拠
被告が本訴において主張する、本件各更正処分に係る金額は、以下のとおりである。なお、「△」を付した金額は、還付金額を表す。
（１）平成３０年４月期に係る法人税
ア 欠損金額（別表３・順号④）６７９万４９２０円
上記金額は、下記（ア）の金額（別表３・順号①）に同（イ）の金額（別表３・順号②）を加算し、同（ウ）の金額（別表３・順号③）を減算した金額である。
（ア）確定申告における欠損金額（別表３・順号①）６９５万２２００円
上記金額は、平成３０年４月期の法人税の確定申告書に記載された欠損金額と同額である（乙２の１・１枚目「１」欄）。
（イ）益金の額に算入される売上げの額（別表３・順号②）１５万７２９７円上記金額は、原告の売上げに計上が漏れていた金額（前記第２の３（２）ウ（ウ））であり、所得金額に加算すべき金額である。
（ウ）損金の額に算入される雑損失の額（別表３・順号③）１７円
上記金額は、前記（イ）の売上げに係る仮受消費税額等と更正処分により納付すべき消費税額等との差額であり、所得金額から減算すべき金額である。
イ 還付所得税額等（別表３・順号⑥）△７５４円
上記金額は、平成３０年４月期の法人税の確定申告書に記載された所得税額等の還付金額と同額である（乙２の１・１枚目「２５」欄）。
ウ 翌期へ繰り越す欠損金（別表３・順号⑩）２９８５万８７０１円
上記金額は、法人税法５７条１項の規定により、翌期以降の事業年度に繰り越す欠損金額である。
（２）平成３０年４月課税期間に係る消費税等
ア 課税標準額（別表４・順号①）８１３４万２０００円
上記金額は、下記（ア）及び（イ）の金額の合計額（ただし、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。以下同じ。）である。
（ア）確定申告における課税売上額（別表４・順号②）８１１８万４８６０円上記金額は、平成３０年４月課税期間の消費税等の確定申告書に記載された課税売上額と同額である（乙３・３枚目「①」欄）。
（イ）課税売上額に加算すべき売上げの額（別表４・順号③）１５万７２９７円上記金額は、原告の売上げに計上が漏れていた金額（前記第２の３（２）ウ（ウ））であり、課税標準額に加算すべき金額である。
イ 課税標準額に対する消費税額（別表４・順号④）５１２万４５４６円
上記金額は、前記アの課税標準額に消費税法２９条（平成３１年（令和元年）１０月１日を施行日とする平成２４年法律第６８号による改正前のもの）の規定に基づき、１００分の６．３の税率を乗じて計算した金額である。
ウ 控除対象仕入税額（別表４・順号⑤）４１６万４３５６円
上記金額は、下記（ア）及び（イ）の金額の合計額である。
（ア）税率４パーセント適用分に対する控除対象仕入税額７０４０円
上記金額は、平成３０年４月課税期間の消費税等の確定申告書に「税率４％適用分」として記載された仕入税額控除税額と同額である（乙３・２枚目「税率４％適用分Ｂ」欄の「⑦」欄）。
（イ）税率６．３パーセント適用分に対する控除対象仕入税額４１５万７３１６円上記金額は、平成３０年４月課税期間の消費税等の確定申告書に「税率６．３％適用分」として記載された仕入税額控除税額と同額である（乙３・２枚目「税率６．３％適用分Ｃ」欄の「⑦」欄）。
エ 差引金額（別表４・順号⑥）９６万０１９０円
上記金額は、下記（ア）及び（イ）の金額の合計額である。
（ア）税率４パーセント適用分に対する差引消費税額△７０４０円
上記金額は、平成３０年４月課税期間の消費税等の確定申告書に「税率４％適用分」として記載された差引消費税額と同額である（乙３・２枚目「税率４％適用分Ｂ」欄の「⑪」欄）。
（イ）税率６．３パーセント適用分に対する差引消費税額９６万７２３０円
上記金額は、前記イの金額から同ウ（イ）の金額を差し引いた金額である。
オ 納付すべき消費税額（別表４・順号⑦）９６万０１００円
上記金額は、通則法１１９条１項の規定に基づき、前記エの金額の１００円未満の端数を切り捨てた後の金額である。
カ 既に納付の確定した消費税額（別表４・順号⑧）９５万０２００円
上記金額は、平成３０年４月課税期間の消費税等の確定申告書に記載された納付すべき消費税額と同額である（乙３・１枚目「⑨」欄）。
キ 差引納付すべき消費税額（別表４・順号⑨）９９００円
上記金額は、前記オの金額から同カの金額を差し引いた金額である。
ク 地方消費税の課税標準となる消費税額（別表４・順号⑩）９６万０１９０円上記金額は、下記（ア）及び（イ）の金額の合計額で、前記エの金額と同額であり、地方税法７２条の８２の規定に基づく譲渡割額の課税標準額である。
（ア）税率４パーセント適用分に対する譲渡割額の課税標準となる消費税額△７０４０円上記金額は、前記エ（ア）の金額と同額である。
（イ）税率６．３パーセント適用分に対する譲渡割額の課税標準となる消費税額９６万７２３０円
上記金額は、前記エ（イ）の金額と同額である。
ケ 譲渡割額（別表４・順号⑪）２５万９２３８円
上記金額は、下記（ア）及び（イ）の金額の合計額である。
（ア）税率４パーセント適用分に対する譲渡割額△１７６０円
上記金額は、前記ク（ア）の課税標準額に地方税法７２条の８３（平成３１年（令和元年）１０月１日を施行日とする平成２４年法律第６９号による改正前のもの。以下同じ。）の規定に基づき、１００分の２５の税率を乗じて計算した金額である。
（イ）税率６．３パーセント適用分に対する譲渡割額２６万０９９８円
上記金額は、前記ク（イ）に地方税法７２条の８３の規定に基づき、６３分の１７の税率を乗じて計算した金額である。
コ 納付すべき譲渡割額（別表４・順号⑫）２５万９２００円
上記金額は、通則法１１９条１項の規定に基づき、前記ケの金額の１００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額である。
サ 既に納付の確定した譲渡割額（別表４・順号⑬）２５万６５００円
上記金額は、平成３０年４月課税期間の消費税等の確定申告書に記載された納付すべき譲渡割額と同額である（乙３・１枚目「⑳」欄）。
シ 差引納付すべき譲渡割額（別表４・順号⑭）２７００円
上記金額は、前記コの金額から前記サの金額を差し引いた金額である。
ス 差引納付すべき消費税等の合計額（別表４・順号⑮）１万２６００円
上記金額は、前記キ及びシの金額の合計額であり、新たに納付すべき消費税等の額である。
２ 本件各更正処分の適法性
被告が本訴において主張する原告の平成３０年４月期の法人税及び平成３０年４月課税期間の消費税等は、上記１のとおりであるところ、これらの金額は、いずれも本件各更正処分におけると金額と同額であるから（別表１の「更正処分」欄の「欠損金額」欄、「還付金の額に相当する税額」欄及び「翌期へ繰り越す欠損金」欄参照並びに別表２の「更正処分」欄の「課税標準額」欄、「控除対象仕入税額」欄、「納付すべき消費税額」欄及び「納付すべき地方消費税額」欄参照）、本件各更正処分は適法である。
以上
別表１
法人税に係る課税処分等の経緯
（単位：円）
事業年度
区分
確定申告
更正処分
審査請求
審査裁決
年月日等
（法定申告期限内）
平成30 年12 月17 日平成30 年12 月19 日
令和元年12 月4 日
平成30 年
4 月期
欠損金額
6,952,200
6,794,920
全部取消し
棄却
還付金の額に
相当する税額
翌期へ繰り越す
欠損金
30,015,981
29,858,701
別表２
消費税等に係る課税処分等の経緯
（単位：円）
課税期間
区分
確定申告
更正処分
審査請求
審査裁決
年月日等
（法定申告期限内）
平成30 年12 月17 日
平成30 年12 月19 日
令和元年12 月4 日
平成30 年4 月
課税期間
課税標準額
81,184,000
81,342,000
全部取消し
棄却
控除対象仕入税額
4,164,356
4,164,356
納付すべき消費税額
950,200
960,100
納付すべき
地方消費税額
256,500
259,200
別表３
原告の法人税の所得金額及び納付すべき税額等
（単位：円）
区分
順号
平成30 年4 月期
所得金額
①
△6,952,200
加算
売上げの計上漏れ金額
②
157,297
減算
雑損失（消費税等の納付
差額）の損金算入額
③
所得金額（①＋②－③）
④
△6,794,920
所得金額に対する法人税額
⑤
控除所得税額等
⑥
納付すべき法人税額（⑤－⑥）
⑦
△754
既に納付の確定した法人税額
⑧
△754
差引納付すべき法人税額（⑦－⑧）
⑨
翌期へ繰り越す欠損金又は災害損失金
⑩
29,858,701
注1．「所得金額」欄の△印は欠損金額を示す。
注2．「既に納付の確定した法人税額」欄の△印は所得税額等の還付金額を示す。別表４
原告の消費税等に係る納付すべき税額等
（単位：円）
区分
順号
平成30 年4 月課税期間
税率4％適用分
税率6.3％適用分
合計
消費税
課税標準額
①
81,342,000
81,342,000
内訳
確定申告における課税売上額
②
81,184,860
81,184,860
売上げの計上漏れにかかる課税売上額
③
157,297
157,297
課税標準額に対する消費税額
④
5,124,546
5,124,546
控除税額
⑤
7,040
4,157,316
4,164,356
差引税額
⑥
△7,040
967,230
960,190
納付すべき消費税額
⑦
960,100
既に納付の確定した消費税額
⑧
950,200
差引納付すべき消費税額
（⑦－⑧）
⑨
9,900
地方消費税
地方消費税の課税標準となる消費税額
⑩
△7,040
967,230
960,190
譲渡割額
⑪
△1,760
260,998
259,238
納付すべき譲渡割額
⑫
259,200
既に納付の確定した譲渡割額
⑬
256,500
差引納付すべき譲渡割額
（⑫－⑬）
⑭
2,700
差引納付すべき消費税等の合計額
（⑨＋⑭）
⑮
12,600
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2021/pdf/13613.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。