税務訴訟資料第２７１号－１１９（順号１３６２１）
和歌山地方裁判所令和●●年（○○）第●●号消費税・地方消費税の還付申告についての処分取消請求事件
国側当事者・国（粉河税務署長）
令和３年１０月２６日棄却・控訴
判決
当事者の表示別紙当事者目録のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
処分行政庁が令和２年３月３０日付けで原告に対してした、平成２７年６月１日から平成２８年５月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税の更正処分のうち、還付金の額に相当する消費税額１２０万６９５８円を超える部分及び還付金の額に相当する地方消費税額３２万５６８６円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、免税事業者であった原告が、購入した中古マンションの購入価格に消費税等が含まれていたとして、消費税法３０条１項に基づき仕入税額控除を行い、還付金を求めて、購入日が含まれる平成２７年６月１日から平成２８年５月３１日までの課税期間（以下「本件課税期間」という。）における確定申告書及び修正確定申告書を提出したところ、処分行政庁から、原告は免税事業者であるため、仕入税額控除を行えず、消費税等の還付を受けることができないとして、還付すべき税額はないことを内容とする更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件各処分」という。）を受けたところ、これらを不服として、本件各処分の取消しを求める事案である。
１ 関係する法令の定めは、別紙「関係法令」のとおりである。
２ 前提事実（争いがないか、後掲の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
（１）原告は、平成２６年７月●日に設立された、不動産の売買等を目的とする資本金１００万円の合同会社であり、同日から平成２８年５月３１日までの２課税期間において、処分行政庁に消費税課税事業者選択届出書（以下「課税事業者選択届出書」という。）を提出していなかった。（甲１）
（２）原告は、平成２８年３月３０日、株式会社Ａから、代金４３００万円で中古マンションを購入した。その代金には、消費税１７３万７６００円が含まれていた。（甲２、３）
（３）原告は、令和元年６月７日時点において、本件課税期間に係る消費税等の確定申告書を処分行政庁に提出しておらず、同日、本件課税期間の消費税等の還付申告の可否について、粉河税務署に問合せを行った。
処分行政庁は、原告に対し、原告は免税事業者であり、課税事業者選択届出書が提出されていないため、本件課税期間の消費税等の還付申告ができない旨回答した。
原告は、令和元年６月１２日、上記回答に対して審査請求を行ったところ、同年７月１日、上記回答は処分に該当しないとして審査請求は却下された。さらに、上記回答の取消しを求めて取消訴訟を提起したものの、その後、訴えを取り下げた。（乙１、２）
（４）原告は、令和元年１２月１８日、仕入税額控除を行った上で、本件課税期間分の消費税・地方消費税の還付を求める内容の確定申告を行い、令和２年３月１１日、その修正確定申告を行った。修正確定申告書（甲４）には、還付金の額に相当する税額につき消費税分を１２０万６９５８円、地方消費税分を３２万５６８６円とする旨記載されていた。
これに対し、処分行政庁は、同月３０日、原告は本件課税期間において消費税等の納税義務がないため、課税標準額、課税標準額に対する消費税額、控除対象仕入税額、控除不足還付税額及び譲渡割還付額はいずれも０円となり、本件課税期間における消費税等を再計算して１５３万２５００円と更正し、過少申告加算税を１５万３０００円として本件各処分を行った。
原告は、本件各処分に対し、審査請求を行ったものの、令和３年１月１８日、審査請求は棄却された。同年４月１０日、本件各処分の取消を求めて本件訴えを提起した。
（以上、甲４～７、乙３）
（６）処分行政庁は、令和３年６月２５日、過少申告加算税を計算し直し、国税通則法６５条２項の分も合わせて過少申告加算税の額を２０万４５００円と定め、変更決定後の賦課決定処分（以下「本件変更決定処分」という。）を行った。（乙４）
２ 本件の争点は、本件各処分の適法性、特に、原告が本件課税期間における消費税・地方消費税につき還付を受けることができるかであり、これに対する当事者の主張は以下のとおりである。
（１）被告の主張
ア 原告は、免税事業者であり、課税事業者選択届出書を提出していないから、仕入税額控除を行うことができないし、消費税等の還付を受けることもできない。また、消費税法９条９項は、課税期間の初日の前日までに課税事業者選択届出書が提出できなかったことにつきやむを得ない事情がある場合に特例を認める旨規定しているところ、原告が本件課税期間の初日の前日までに課税事業者選択届出書を提出できなかったやむを得ない事情はない。
イ 国税通則法７４条１項は、各税法の規定により還付請求できる場合において、５年間行使しないことにより時効消滅することを規定したものであり、本件のようにそもそも免税事業者に該当することにより消費税等の還付を受けられない場合に適用できるものではない。
ウ 過少申告加算税は、申告納税制度において、正確な申告の確保が必要であることに鑑み、適正な申告をしない納税者に対して一定の制裁を加え、その申告秩序の維持を図ることを目的としたものであるから、過大な還付金を申告した場合には、実際の還付の有無に関わらず過少申告加算税が賦課されるのは当然である。したがって、原告に過少申告加算税を課したことは違法ではない。
（２）原告の主張
原告は、国税通則法７４条１項に基づき、時効による消滅前であると考え、還付申告を行ったものの、本件各処分を受けた。消費税・地方消費税の還付を受けられない上、過少申告加算税を賦課されており、本件各処分は誠に不公平な決定である。
第３ 争点に対する判断
１ 消費税法３０条１項によれば、仕入代金に含まれる消費税につき、仕入税額控除をすることができるのは、同法９条１項本文に定める免税事業者以外の事業者であるから、免税事業者は仕入税額控除の不足額に相当する消費税の還付請求権を有しない。もっとも、同条４項によれば、課税事業者選択届出書を所轄の税務署長に提出した場合には翌課税期間以後は同条１項本文の適用が除外される。
原告は、消費税法９条１項本文に該当する者であるところ、本件課税期間の初日の前日までに課税事業者選択届出書を処分行政庁に提出していない（前提事実（１））から、同条４項により同条１項本文の適用が除外されることもない。したがって、原告は、同法９条１項本文に定める免税事業者に該当し、仕入税額控除の不足額に相当する消費税の還付請求権を有しない。この点、原告は、国税通則法７４条１項を根拠に還付請求権を有する旨主張するものの、同項は、還付請求権等の消滅時効期間を定める規定であり、この規定により還付請求権等が発生するものではないから、もともと還付請求権を有しない原告について、同項が還付を認める根拠にならないことは明らかであり、原告の主張は採用できない。
２ そして、過少申告加算税は、申告納税方式による国税の確定手続において、適正な申告をしない納税者に対して一定の制裁を加え、その申告秩序の維持を図ろうとするものであり、国税通則法６５条１項、３５条２項、１９条４項３号が還付金の減少の場合にも過少申告加算税を課す旨の規定であると解釈できること、同法６５条４項において還付金が減少する場合に正当な理由があれば過少申告加算税を課さない旨規定されていることに照らすと、過少な税額を申告する場合（納付申告）に限らず、過大な還付金（還付金の額に相当する税額）を申告する場合（還付申告）にも、過少申告加算税を賦課する趣旨であると解される。
原告は、上記１のとおり、消費税について、仕入税額控除不足額に相当する消費税の還付を受けられないにもかかわらず、還付金の額に相当する税額が存在するとして確定申告及び修正確定申告をしており（前提事実（４））、過少申告加算税が賦課されることとなる。
３ 以上を基に計算すると、原告は、仕入税額控除を行うことができず、したがって、控除不足還付税額は０円であるにもかかわらず、消費税分につき１２０万６９５８円とし、地方消費税分（譲渡割額）につき３２万５６８７円としており、この部分が過大である。国税通則法１１９条１項により１００円未満を切り捨て、差引納付すべき消費税額が１２０万６９００円、地方消費税額（譲渡割額）が３２万５６００円、合計１５３万２５００円となる。
そして、過少申告加算税は、上記合計１５３万円（国税通則法１１８条３項により１万円未満を切捨て）に、国税通則法６５条１項による分は１００分の１０を乗じて１５万３０００円、同条２項による分は１５３万円から５０万円を控除した後の金額１０３万円に１００分の５を乗じて５万１５００円となる。
４ その他に、本件各処分について不適法とする事情は見当たらない。
５ そうすると、本件各処分はいずれも適法である。
なお、処分行政庁は、本件訴え提起の後、国税通則法６５条２項による分を含めて過少申告加算税の額を決定し、本件変更決定処分を行っているところ（前提事実（６））、前記３のとおりこれも適法であると認められるものの、本件変更決定処分については、本訴において審理の対象とされていないから判断しない。
第４ 結論
以上のとおりであるから、原告の請求は理由がなく、これを棄却すべきである。よって、主文のとおり判決する。
和歌山地方裁判所民事部
裁判長裁判官伊丹恭
裁判官賀来哲哉
裁判官 英保博則
（別紙）
当事者目録
原告合同会社Ｂ
同代表者代表社員甲
被告国
同代表者法務大臣古川禎久
処分行政庁粉河税務署長
山本光三
被告指定代理人小野悠士
同石田隆邦
同小泉雄寛
同岡田健志
同岸宏
同植田拓弥
同初山勲
同無量井嘉治
以上
別紙
関係法令
１ 国税通則法
（１）国税通則法（通則法）２４条は、税務署長は、納税申告書の提出があった場合において、その納税申告書に記載された課税標準等又は税額等の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかったとき、その他当該課税標準等又は税額等がその調査したところと異なるときは、その調査により、当該申告書に係る課税標準等又は税額等を更正する旨規定している。
（２）通則法６５条１項は、期限内申告書（還付請求申告書を含む。）が提出された場合において、修正申告書の提出又は更正があったときは、当該納税者に対し、その修正申告又は更正に基づき、同法３５条２項の規定により納付すべき税額に１００分の１０の割合（…）を乗じて計算した金額に相当する過少申告加算税を課する旨規定している。
（３）通則法６５条２項は、同条１項の規定に該当する場合（第５項の規定の適用がある場合を除く。）において、同条１項に規定する納付すべき税額（同項の修正申告又は更正前に当該修正申告又は更正に係る国税について修正申告書の提出又は更正があったときは、その国税に係る累積増差税額を加算した金額）がその国税に係る期限内申告税額に相当する金額と５０万円とのいずれか多い金額を超えるときは、同項の過少申告加算税の額は、同項の規定にかかわらず、同項の規定により計算した金額に、その超える部分に相当する税額（同項に規定する納付すべき税額が当該超える部分に相当する税額に満たないときは、当該納付すべき税額）に１００分の５の割合を乗じて計算した金額を加算した金額とする旨規定している。
（４）通則法６５条４項は、納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうちにその修正申告又は更正前の税額（還付金の額に相当する税額を含む。）の計算の基礎とされていなかったことについて正当な理由があると認められるものがある場合、その正当な理由があると認められる事実に基づく税額には過少申告加算税を課さない旨規定している。
（５）通則法７４条１項は、還付金等に係る国に対する請求権は、その請求をすることができる日から５年間行使しないことによって、時効により消滅する旨規定している。
２ 消費税法
（１）消費税法（平成２７年法律第９号による改正前のもの。以下同じ。）２条１項１４号は、基準期間の定義について、法人についてはその事業年度の前々事業年度（当該前々事業年度が１年未満である法人については、その事業年度開始の日の２年前の日の前日以後１年を経過する日までの間に開始した各事業年度を合わせた期間）をいう旨規定している。
（２）消費税法９条１項は、事業者のうち、その課税期間に係る基準期間における課税売上高が１０００万円以下である者については、同法５条１項の規定にかかわらず、その課税期間中に国内において行った課税資産の譲渡等につき、消費税を納める義務を免除する旨規定しており、ただし書きで、消費税法に別段の定めがある場合は、この限りでない旨規定している。
（３）消費税法９条４項は、同条１項本文の規定により消費税を納める義務が免除されることとなる事業者が、その基準期間における課税売上高が１０００万円以下である課税期間につき、同項本文の規定の適用を受けない旨を記載した届出書をその納税地を所轄する税務署長に提出した場合には、当該提出をした事業者が当該提出をした日の属する課税期間の翌課税期間以後の課税期間中に国内において行う課税資産の譲渡等については、同項本文の規定は、適用しない旨規定している。
（４）消費税法９条９項は、やむを得ない事情があるため同条第４項の規定による届出書を同項の規定の適用を受けようとする課税期間の初日の前日までに提出できなかった場合における同項に規定する特例の適用については、政令で定める旨規定している。
（５）消費税法３０条１項１号は、事業者（同法９条１項本文の規定により消費税を納める義務が免除される事業者を除く。）が、国内において行う課税仕入れについては、当該課税仕入れを行った日の属する課税期間の課税標準額に対する消費税額から、当該課税仕入れに係る消費税額（当該課税仕入れに係る支払対価の額に１０８分の６．３を乗じて算出した金額をいう。）を控除する旨規定している。
（６）消費税法４５条１項は、事業者（同法９条１項本文の規定により消費税を納める義務が免除される事業者を除く。）は、課税期間ごとに、当該課税期間の末日の翌日から２か月以内に、同法４５条１項各号に掲げる事項を記載した申告書を税務署長に提出しなければならない旨規定しており、ただし書で、国内における課税資産の譲渡等（…）がなく、消費税額がない課税期間については、この限りでない旨規定している。
（７）消費税法４６条１項は、事業者（同法９条１項本文の規定により消費税を納める義務が免除される事業者を除く。）は、その課税期間分の消費税につき仕入れに係る消費税額の控除不足額がある場合には、同法４５条１項ただし書の規定により申告書を提出すべき義務がない場合においても、同法５２条１項又は５３条１項の規定による還付を受けるため、申告書を税務署長に提出することができる旨規定している。
（８）消費税法５２条１項は、課税事業者から還付を受けるための同法４５条１項又は４６条１項の規定による申告書の提出があった場合において、これらの申告書に仕入れに係る消費税額の控除不足額の記載があるときは、税務署長は、これらの申告書を提出した者に対し、当該不足額に相当する消費税を還付する旨規定している。
（９）消費税法施行令２０条の２第１項は、消費税法９条４項の規定の適用を受けようとする事業者が、やむを得ない事情があるため同項の規定による届出書を同項の規定の適用を受けようとする課税期間の初日の前日までに提出できなかった場合において、当該課税期間以後の課税期間につき同項の適用を受けることについてその納税地を所轄する税務署長の承認を受けたときは、当該事業者は同項の規定による届出書を当該適用を受けようとする課税期間の初日の前日に当該税務署長に提出したものとみなす旨規定している。
３ 地方税法
（１）地方税法７２条の８２は、地方消費税については、同法２０条の４の２第１項の規定にかかわらず、消費税額を課税標準とする旨規定している。
（２）地方税法７２条の８３（平成２５年法律第２号による改正前のもの）は、地方消費税の税率を６３分の１７とする旨規定している。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2021/pdf/13621.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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