税務訴訟資料第２７１号－１２４（順号１３６２６）
東京地方裁判所令和●●年（○○）第●●号法人税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（渋谷税務署長）
令和３年１０月２９日棄却・控訴
判決
原告株式会社Ａ
同代表者代表取締役Ｂ
同訴訟代理人弁護士水野信次
被告国
同代表者法務大臣古川禎久
処分行政庁渋谷税務署長
室谷幸一
同指定代理人別紙指定代理人目録のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 処分行政庁が原告に対して平成３０年７月２７日付けでした、原告の被合併法人である株式会社Ｃに係る平成２７年２月●日から同年１０月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額７２１７万００３９円を超える部分及び納付すべき税額１７７７万３１００円を超える部分並びにこれに伴う過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
２ 処分行政庁が原告に対して平成３０年７月２７日付けでした、原告の被合併法人である株式会社Ｃに係る平成２７年２月●日から同年１０月３１日までの課税事業年度の地方法人税の更正処分のうち、課税標準法人税額１７７７万３０００円を超える部分及び納付すべき税額７８万２０００円を超える部分並びにこれに伴う過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、平成２７年１１月●日付けで原告を合併法人として行った吸収合併の被合併法人である株式会社Ｃ（以下「Ｃ社」という。）が、原告の発行済株式の全部（以下「本件株式」という。）を保有していたⅮ（以下「Ⅾ社」という。）から本件株式を対価１２億１０００万円（以下「本件対価の額」という。）で譲り受けた（以下「本件株式譲受け」という。）ところ、処分行政庁が、本件対価の額は、本件株式譲受けの日における本件株式の適正な価額（時価。以下「本件株式の適正な価額」という。）に比して低額であることから、本件対価の額と本件株式の適正な価額との差額は、法人税法２２条２項（平成２７年法律第９号による改正前のもの。以下、特に断りのない限り同じ。）の収益の額となる受贈益の額（以下、単に「受贈益の額」という。）に当たり、これを同条１項の益金の額に算入すべきであるとして、平成３０年７月２７日付けで原告に対しＣ社の平成２７年２月●日から同年１０月３１日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）の法人税に係る更正処分（以下「本件法人税更正処分」という。）及びこれに伴う過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件法人税賦課決定処分」という。）並びにⅭ社の同年２月●日から同年１０月３１日までの課税事業年度（以下「本件課税事業年度」という。）の地方法人税に係る更正処分（以下「本件地方法人税更正処分」という。）及びこれに伴う過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件地方法人税賦課決定処分」という。）をしたところ（以下、処分行政庁が同年７月２７日付けでしたこれらの処分を「本件各更正処分等」という。）、原告が本件各更正処分等が違法であると主張して、その取消しを求める事案である。
１ 関係法令の定め
（１）法人税法２２条
ア 法人税法２２条１項は、内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とする旨を規定している。
イ 法人税法２２条２項は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額とする旨を規定している。
（２）法人税法２５条の２
ア 法人税法２５条の２第１項は、内国法人が各事業年度において当該内国法人との間に完全支配関係（法人による完全支配関係に限る。）がある他の内国法人から受けた受贈益の額は、当該内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入しない旨を規定している。
イ 法人税法２５条の２第２項は、同条１項に規定する受贈益の額は、寄附金、拠出金、見舞金その他いずれの名義をもってされるかを問わず、内国法人が金銭その他の資産又は経済的な利益の贈与又は無償の供与（広告宣伝及び見本品の費用その他これらに類する費用並びに交際費、接待費及び福利厚生費とされるべきものを除く。次項において同じ。）を受けた場合における当該金銭の額若しくは金銭以外の資産のその贈与の時における価額又は当該経済的な利益のその供与の時における価額によるものとする旨を規定している。
ウ 法人税法２５条の２第３項は、内国法人が資産の譲渡等を受けた場合において、その譲渡等の対価の額が当該資産のその譲渡等の時における価額に比して低いときは、当該対価の額と当該価額との差額のうち実質的に贈与又は無償の供与を受けたと認められる金額は、前項の受贈益の額に含まれるものとする旨を規定している。
（３）法人税法３７条
ア 法人税法３７条１項は、内国法人が各事業年度において支出した寄附金の額（次項の規定の適用を受ける寄附金の額を除く。）の合計額のうち、その内国法人の当該事業年度終了の時の資本金等の額又は当該事業年度の所得の金額を基礎として政令で定めるところにより計算した金額を超える部分の金額は、当該内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない旨を規定している。
イ 法人税法３７条２項は、内国法人が各事業年度において当該内国法人との間に完全支配関係（法人による完全支配関係に限る。）がある他の内国法人に対して支出した寄附金の額は、当該内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない旨を規定している。
ウ 法人税法３７条７項は、前各項に規定する寄附金の額は、寄附金、拠出金、見舞金その他いずれの名義をもつてするかを問わず、内国法人が金銭その他の資産又は経済的な利益の贈与又は無償の供与（広告宣伝及び見本品の費用その他これらに類する費用並びに交際費、接待費及び福利厚生費とされるべきものを除く。次項において同じ。）をした場合における当該金銭の額若しくは金銭以外の資産のその贈与の時における価額又は当該経済的な利益のその供与の時における価額によるものとする旨を規定している。
エ 法人税法３７条８項は、内国法人が資産の譲渡又は経済的な利益の供与をした場合において、その譲渡又は供与の対価の額が当該資産のその譲渡の時における価額又は当該経済的な利益のその供与の時における価額に比して低いときは、当該対価の額と当該価額との差額のうち実質的に贈与又は無償の供与をしたと認められる金額は、前項の寄附金の額に含まれるものとする旨を規定している。
（４）法人税法１３０条
ア 法人税法１３０条１項は、税務署長は、内国法人の提出した青色申告書等に係る法人税の課税標準又は欠損金額若しくは連結欠損金額の更正をする場合には、その内国法人の帳簿書類を調査し、その調査により当該青色申告書又は連結確定申告書等に係る法人税の課税標準又は欠損金額若しくは連結欠損金額の計算に誤りがあると認められる場合に限り、これをすることができる旨を規定している。
イ 法人税法１３０条２項は、税務署長は、内国法人の提出した青色申告書又は連結確定申告書等に係る法人税の課税標準又は欠損金額若しくは連結欠損金額の更正をする場合には、その更正に係る国税通則法第２８条第２項（更正通知書の記載事項）に規定する更正通知書にその更正の理由を付記しなければならない旨を規定している。
２ 前提事実（当事者間に争いがないか、掲記の証拠（証拠の表記は、枝番を含む場合がある。以下同じ。）及び弁論の全趣旨により容易に認定することのできる事実。証拠を挙げていない事実は、当事者間に争いがない。）
なお、後述する本件に関する取引経過の概略は、別紙【取引関係図】のとおりである。
（１）当事者等
ア 原告は、平成１８年８月●日に設立された、インターネット・携帯電話網等の情報処理通信網を利用したマーケティング・広告宣伝・商品の発注・物流・代金決済・管理等のサービス業務等を目的とする法人である。
なお、原告の設立当時の商号は、株式会社Ｅであり、平成２７年１１月●日に現在の商号に変更した（上記商号変更前の原告を「Ｅ社」ということがある。）。（甲１）
イ Ｄ社は、英領ヴァージン諸島を本店所在地として設立された法人税法２条４号に規定する外国法人である。Ｄ社は、本件株式譲受けがされるまで原告の発行済株式の全部（本件株式。なお、原告の発行済株式総数は４３７株である。）を保有していた。Ｄ社の発行済株式は、Ｆ（以下「Ｆ」という。）及びＧ（以下、Ｆと併せて「Ｆら」という。）が２分の１ずつ保有していた。（乙２・１３頁、乙５）
ウ Ｃ社は、平成２７年２月●日に設立された有価証券の取得及び保有等を目的とする株式会社である。Ｃ社の設立当時の発行済株式総数は２００株であり、原告の代表取締役であるＢ（以下「Ｂ」という。）がその全部を保有していたが、同月２１日に、Ｂは、上記発行済株式の全部をＦらに１００株ずつ譲渡した。（乙６、７）
なお、Ｃ社は、平成２７年１１月●日付けで原告に吸収合併され（以下「本件合併」という。）同日付けで消滅した。
エ 株式会社Ｈ（以下「Ｈ社」という。）は、平成１４年１０月●日に設立されたスマートフォン、タブレット向けのモバイルコンテンツの企画、開発及び運営並びにオンラインゲームの配信及び運営を目的とする株式会社である。
なお、Ｈ社は、平成２５年７月●日以降、株式会社ＩのＪ（以下「Ｊ市場」という。）に株式を上場している。
（２）本件覚書に係る合意
Ｆらは、Ｈ社との間で、平成２７年１月６日付けで「覚書」と題する書面（以下「本件覚書」という。）を作成し、Ｄ社が保有していた本件株式をＨ社が取得するに当たり、要旨、以下のとおり合意した。（乙８）
ア ２条
Ｈ社は、原告の企業価値を４０億円と評価するものとし、４０億円相当の現金等価物（うち現金は最低２０億円とするが、Ｈ社及びＦらは現金金額を最大になるように努力するものとする。）をＦらに本件株式の対価として引き渡すものとする。なお、現金部分は、Ｄ社を経由して引き渡すことをＦらは了承するものとする。
イ ３条
Ｈ社によるＤ社保有の本件株式の取得形態は、まず、Ｆらによって設立される特別目的会社（Ｃ社のこと。以下同じ。）が本件株式を３０億円で取得し、その後、Ｈ社は、当該特別目的会社の普通株式全株をＨ社の株式（１０億円相当額）と株式交換することにより、実質的に原告をＨ社の子会社とするものとする。
（３）確約書に係る合意
Ｆらは、Ｈ社代表者との間で、平成２７年２月２６日付けで確約書を作成し、Ｈ社が本件株式を取得するに当たり、本件覚書３条に記載の取引形態と異なる取引形態となる場合は、本件覚書２条及び３条を、要旨、以下のとおりとする旨の合意をした。（乙１）
ア ２条
Ｈ社は、原告の企業価値を３０億２０００万円と評価するものとし、３０億２０００万円相当の現金等価物（うち現金は最低１２億１０００万円とするが、Ｈ社及びＦらは現金金額を最大になるように努力するものとする。）をＦらに本件株式の対価として引き渡すものとする。なお、現金部分は、Ｄ社を経由して引き渡すことをＦらは了承するものとする。
イ ３条
Ｈ社によるＤ社保有の本件株式の取得形態は、まず、Ｆらによって設立又は所有される特別目的会社が本件株式を１２億１０００万円にて取得し、その後、Ｈ社は、当該特別目的会社の普通株式全株をＨ社の株式（１８億１０００万円相当額）と株式交換することにより、実質的に原告をＨ社の子会社にするものとする。
（４）本件基本合意書に係る合意
Ｈ社、Ｃ社、Ｄ社、原告及びＦらは、平成２７年３月２日付けで基本合意書（以下「本件基本合意書」という。）を作成し、Ｃ社の株式及び本件株式について、要旨、以下のとおり合意した（以下、本件基本合意書の各当事者を総称して「本件各合意当事者」という。）。（乙２）
ア １条（本件基本合意書締結の目的）
本件各合意当事者は、平成２７年４月２４日までをめどとして、株式譲渡及び株式交換を順次実施し、Ｃ社をＨ社の完全子会社とし、原告をＣ社の完全子会社とするものとする。
イ ２条（基本スキームの確認）
本件各合意当事者は、Ｃ社の株式及び本件株式をＨ社が直接・間接を問わず全て取得し、Ｃ社をＨ社の完全子会社とし、原告をＣ社の完全子会社とするスキーム（以下「本件スキーム」という。）が、以下のとおりであることを相互に確認する。
（ア）Ｈ社及びＣ社は、平成２７年３月２日又は別途本件各合意当事者で合意した日に、Ｈ社を株式交換完全親会社、Ｃ社を株式交換完全子会社とする株式交換契約を別途締結し、Ｈ社は、同契約に基づき、Ｃ社の株式の全部を取得する。
（イ）Ｄ社及びＣ社は、平成２７年３月３０日をめどとして、本件株式に関する株式譲渡契約を締結し、Ｄ社は、同契約に基づき、本件株式をＣ社に譲渡し、Ｃ社はこれを譲り受けるものとする。
ウ ３条（Ｃ社の株式及び本件株式の価値）
（ア）本件各合意当事者は、Ｃ社の株式及び本件株式の価値算定方法としては、収益還元方式によることを基本とし、その算定の基礎資料は、Ｃ社及び原告がＨ社に提出した事業計画及びその他の資料であることを相互に確認する。
（イ）本件各合意当事者は、上記（ア）の資料を前提に、収益還元方式によって得られたＣ社の株式及び本件株式の本件基本合意書締結日現在の価値につき、Ｃ社の株式は１株当たり１２４８万６２０３円から１６５８万３１３７円、本件株式は１株当たり８４３万７６２２円から１０３１万２６４９円であることを相互に確認する。
なお、上記各金額は、平成２７年２月２７日付けで第三者算定機関であるＫ株式会社により算定を受けた金額を基に算出されたものである。（乙９・７、８頁）
（ウ）本件各合意当事者は、上記（イ）の株式の価値を前提に、株式交換契約における株式交換比率及び株式譲渡契約における株式譲渡対価を定めるものする。
エ ４条（株式交換契約の締結）
Ｈ社及びＣ社は、９条に定める前提条件（Ｈ社が推薦する者をＣ社の役員に選任する手続が適法に履践される予定であることなど）を充足している場合において、平成２７年３月２日又は別途本件各合意当事者で合意した日に、概要、以下の内容の株式交換契約を締結するものとする。
（ア）当事者
ａ 株式交換完全親会社Ｈ社
ｂ 株式交換完全子会社Ｃ社
（イ）株式交換に係る割当ての内容
ａ Ｃ社の株式１株に対して、Ｈ社の普通株式４４１７株を割り当て交付する。
ｂ Ｈ社は、株式交換に際して、Ｈ社の普通株式８８万３４００株を新たに発行する。
（ウ）資本金及び準備金の額に関する事項
Ｈ社が別途法令等に従って定める金額とする。
（エ）株式交換効力発生日
平成２７年４月２４日
オ ５条（株式譲渡契約の締結）
（ア）Ｃ社及びＤ社は、平成２７年３月３０日をめどとして、株式譲渡契約を締結し、Ｃ社は本件株式の全部を、前記ウ（イ）の株式の価値を基に定めた譲渡対価金１２億１０００万円を上限としてＤ社から取得するものとする。
（イ）上記（ア）における株式譲渡の諸条件については、株式譲渡契約において定めるものとする。
（５）本件株式譲渡契約
Ｃ社は、Ｄ社との間で、平成２７年３月３０日付けで株式譲渡契約書（乙１０）を取り交わし、Ｃ社がＤ社から同日をもって本件株式を１２億１０００万円で譲り受ける旨の契約（以下「本件株式譲渡契約」という。）を締結し、本件株式譲渡契約に基づき、本件株式をＤ社から譲り受けた（本件株式譲受け）。
なお、本件株式譲受けが行われた日（平成２７年３月３０日。以下「本件株式譲受日」という。）におけるＨ社の株式のＪ市場の終値は、１株当たり１４８９円であった。（乙１１）
（６）本件株式交換
Ｈ社及びＣ社は、平成２７年３月２日付けで株式交換契約書（乙１２）を取り交わし、Ｈ社を株式交換完全親会社、Ｃ社を株式交換完全子会社、同年４月２４日を株式交換の効力発生日として株式交換（以下「本件株式交換」という。）をする旨の株式交換契約（以下「本件株式交換契約」という。）を締結した。Ｈ社は、本件株式交換契約に基づき、Ｃ社の全株式を取得するとともに、これに代わりＣ社の株主であるＦらに対し、Ｈ社の株式８８万３４００株（Ｆらが保有するＣ社の株式の数２００株に本件株式交換に係る株式交換比率４４１７を乗じて算出した株式の数）を割り当て、交付した。
（７）本件合併
原告及びＣ社は、平成２７年８月２６日付けで吸収合併契約書（乙１３）を取り交わし、原告が同年１１月●日付けでＣ社を吸収合併し、Ｃ社の権利義務の全部を承継する旨の吸収合併契約（以下「本件合併契約」という。）を締結した。原告は、同日、本件合併契約に基づき、Ｃ社を吸収合併し（本件合併）、Ｃ社の権利義務の全部を承継するとともに、原告の商号を「株式会社Ｅ」から「株式会社Ａ」に変更した。
（８）本件訴訟等
ア 原告は、渋谷税務署長（処分行政庁）に対し、平成２８年１月２４日、本件事業年度の法人税及び本件課税事業年度の地方法人税について青色の確定申告書にそれぞれ別表１及び２の各「確定申告」欄のとおり記載して、これを法定申告期限までに提出した。（乙４）
イ 処分行政庁は、原告に対し、平成３０年７月２７日付けで、別表１及び２の各「更正処分及び賦課決定処分」欄記載のとおり、本件各更正処分等を行った。（甲２の１・添付資料１、甲５、乙３）
ウ 原告は、東京国税局長に対し、平成３０年１０月２５日付けで、本件各更正処分等の取消しを求めて再調査の請求をした。これに対して、東京国税局長は、同年１２月１７日付けで、原告の上記再調査の請求をいずれも棄却する旨の決定をした。（乙１４）
エ 原告は、国税不服審判所長に対し、平成３１年１月１８日付けで、本件各更正処分等の取消しを求めて審査請求をした。これに対して、国税不服審判所長は、令和２年３月２日付けで、原告の上記審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした。（乙１５）
オ 原告は、令和２年９月１日、本件訴訟を提起した。（顕著な事実）
３ 被告の主張する法人税及び地方法人税の税額並びに過少申告加算税の額
被告が本件訴訟において主張する原告の本件事業年度の本件法人税更正処分及び過少申告加算税に係る本件法人税賦課決定処分並びに本件課税事業年度の本件地方法人税更正処分及び過少申告加算税に係る本件地方法人税賦課決定処分の根拠及び適法性は、別紙のとおりである。本件における争点は、本件対価の額と本件株式の適正な価額との差額を受贈益の額として益金の額に算入すべきかなどであり、この点に関連する部分を除き、原告は、その余の被告主張の課税及び計算関係を争うことを明らかにしていない。
なお、上記別紙で用いた略語は本文においても用いる。
４ 争点及び争点に関する当事者の主張
（１）争点（１）（本件対価の額と本件株式の適正な価額との差額を受贈益の額として益金の額に算入すべきか。）
（被告の主張）
ア 法人税法２２条２項は、当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資本等取引以外の取引に関わる収益の額であることを明らかにしているところ、同項にいう「資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受け」は資本等取引以外の取引の例示であり、それゆえに同項は、「資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のもの」に関わる収益の額を益金の額に算入すべきことを規定していると解される。
そして、適正な価額よりも低い対価をもってする資産の譲受け（低額譲受け）の場合であっても、譲受けの時点において、当該資産の適正な価額に相当する経済的価値の実現が認められることは、無償による資産の譲受けの場合と同様であることからすれば、資産の低額譲受けの場合であっても、当該資産の適正な価額に相当する経済的価値が収益の額として益金の額に算入されるというべきである。
本件においては、第三者算定機関の本件株式の評価は、３６億円を上回るとされていたものであり、この評価が不合理であるとする理由も見当たらないことに加えて、本件各合意当事者において、本件株式の価額が２５億２５３８万２６００円（本件対価の額１２億１０００万円＋Ｈ社株式８８万３４００株に１４８９円を乗じた金額である１３億１５３８万２６００円）と評価されていたことからすれば、本件株式の適正な価額は、少なくとも２５億２５３８万２６００円を下回るものではなく、同金額を本件株式の適正な価額とみることに合理性があった。
そして、前記のとおり資産の低額の譲受けの場合であっても、当該資産の適正な価額に相当する経済的価値を収益の額として益金の額に算入すべきであるところ、Ｃ社及びⅮ社は、本件基本合意書に基づき本件株式譲渡契約を締結し、Ｃ社は、平成２７年３月３０日付けで、Ⅾ社から本件株式を譲り受けているところ、本件対価の額（１２億１０００万円）は、本件株式の適正な価額（２５億２５３８万２６００円）に比して低額であるから、本件株式譲受けは資産の低額譲受けに当たる。
したがって、本件対価の額である１２億１０００万円と本件株式の適正な価額である２５億２５３８万２６００円との差額である１３億１５３８万２６００円は受贈益の額に当たり、本件事業年度の益金の額に算入されるべきである。
イ 原告は、本件スキームにおける本件株式譲受けと本件株式交換とは一体の取引であって、各取引において本件株式の時価相当額２５億２５３８万２６００円で取引されているのであるから、各取引において各当事者が贈与をしたり、贈与を受けたりすることはないと主張するようである。
しかしながら、本件株式譲受けと本件株式交換は、取引の当事者、取引の対象となる資産及び取引形態が異なる別々の取引である。仮に、本件株式譲受けと本件株式交換が本件スキームに基づいて一体の取引として行われたとしても、これらの各取引を一体として、各当事者の所得金額を計算すべきとする法的根拠はなく、原告の主張は法的根拠を欠いた独自の見解にすぎない。原告が指摘する法人税法２５条の２第１項は、内国法人が当該内国法人との間に完全支配関係がある他の内国法人から受けた受贈益の額について、益金の額に算入しない旨規定し、同条３項は資産の対価と適正な価額との差額のうち「実質的に贈与（中略）を受けたと認められる金額」のみが受贈益の額となることを根拠に上記主張をするが、同項は、飽くまで内国法人が他の内国法人との間に完全支配関係がある場合に、同条１項において不算入とされる受贈益についてその額を定めているにすぎない規定であって、同法２２条２項にいう「別段の定め」に該当するものである。このような特則の規定から翻って、益金算入一般に関する規定である同項の解釈を導き出すことは相当ではない。
そして、本件株式の適正な価額が２５億２５３８万２６００円であること、本件対価の額が１２億１０００万円であることは当事者間に争いがないのであるから、本件対価の額と本件株式の適正な価額との差額である１３億１５３８万２６００円が受贈益の額として益金の額に算入されることになる。
ウ また、原告は、法人税法２２条２項の解釈について、資産の低額譲受けがあった場合に、益金の額に算入すべき受贈益の額は「実質的に贈与を受けたと認められる金額」に限られる旨の主張をするが、そのような限定をする理由はない。仮に、原告が主張するように「実質的に贈与を受けたと認められる金額」に限られるとしても、上記のとおり本件株式譲受けにより１３億１５３８万２６００円の差額が生じている以上、当該差額が「実質的に贈与を受けたと認められる金額」に該当する。
エ したがって、本件事実関係の下においては、本件株式譲受けにおいて、本件対価の額と本件株式の適正な価額との差額１３億１５３８万２６００円は、受贈益の額に当たり益金の額に算入すべきことになるから、原告の主張には理由がない。
（原告の主張）
ア 本件対価の額と本件株式の適正な価額との差額１３億１５３８万２６００円は、Ｃ社の本件事業年度の所得金額の計算上益金の額に算入されるべき事実がないにもかかわらず、処分行政庁は、本件各更正処分等を行い、Ｃ社の本件事業年度の法人税額につき所得金額を１３億０２４８万８２３９円とし、納付すべき税額を３億３１５０万４２００円とし、過少申告加算税の額を４６１７万０５００円として、Ｃ社の本件課税事業年度の地方法人税につき、課税標準法人税額を３億３１５０万４０００円とし、納付すべき税額を１４５８万６１００円とし、過少申告加算税の額を２０３万１０００円と算定したものである。したがって、本件各更正処分等には、重大な事実誤認があるからいずれも違法である。
イ すなわち、本件基本合意書の１条に本件株式譲受け及び本件株式交換を順次実施し、もってＣ社をＨ社の完全子会社及び原告をＣ社の完全子会社とするとあることから分かるとおり、本件株式譲受けと本件株式交換は、本件スキームの中で一体的に行われているのであって、別個独立に行われているわけではない。
ＦらとＨ社は、ＦらがⅮ社を通じて保有していた本件株式を手放す対価について、本件株式の適正な価額を本件株式譲受けによって交付される現金１２億１０００万円と本件株式交換によって交付されるＨ社の株式８８万３４００株の本件株式譲受日の時価相当額との合計額とすると合意して本件株式譲受けと本件株式交換を行っている。このため、本件株式譲受けだけを根拠に、Ｃ社がⅮ社に対し、現金１２億１０００万円に加えてＨ社の株式８８万３４００株の本件株式譲受日の時価相当額である１３億１５３８万２６００円を支払わなければならない（当該金額をＣ社からⅮ社に支払わなければ、当該金額がＤ社からＣ社への贈与となる。）などということはあり得ず、本件株式譲受けによってＣ社がＤ社から１３億１５３８万２６００円の贈与を受けたとする本件法人税更正処分の事実認定は誤っている。
したがって、本件において受贈益の額として益金の額に算入されるべき金額がないにもかかわらずその旨事実認定をし、これを基礎とする本件各更正処分等には、重大な事実誤認があり違法である。
ウ 被告の主張は、法人税法２２条２項について、資産の低額譲受けの場合には、常に資産の対価と適正な価額との差額の全額がそのまま受贈益の額に当たり、これが益金の額に算入されるという解釈を前提としているが、このような解釈は誤っている。
受贈益の額は、資産の対価と適正な価額との差額のうちの「実質的に贈与を受けたと認められる金額」に限られると解される。このことは、①同項の立案過程から、資産の低額譲受けの場合、常に資産の対価と適正な価額との差額の全額が収益の額となる受贈益の額とされるのではなく、その差額のうち贈与を受けたと認められる金額があるときに限り、その金額が受贈益の額とされると解されていたことを確認することができ、②資産の低額譲渡等における寄附金の額について定めた法人税法３７条８項は、資産の対価と適正な価額との差額のうち、「実質的に贈与をしたと認められる金額」のみが寄附金の額となると規定し、③同様に、資産の低額譲受け等における受贈益の額について定めた同法２５条の２第３項も、資産の対価と適正な価額との差額のうち「実質的に贈与（中略）を受けたと認められる金額」のみが受贈益の額となるとされていることから裏付けられている。
エ そして、資産の低額譲受けの場合に、法人税法２２条２項の収益の額として益金の額に算入される受贈益の額となる資産の対価と適正な価額との差額のうち、「実質的に贈与を受けたと認められる金額」は、「全契約内容」に従って判断されるべきである。本件においては、本件スキーム及びそれに関する本件基本合意書並びにこれに基づく本件株式譲渡契約、本件株式交換契約及び本件合併契約の「全契約内容」に従って「実質的に贈与を受けたと認められる金額」のみを受贈益の額として益金の額に算入しなければならない。本件株式譲渡契約は本件スキームの一部であり、これに基づく本件株式譲受けは、本件スキーム上、その後に連なる本件株式交換及び本件合併と切り離して考えてはならないものである。そして、本件株式譲渡契約の内容はもとより、本件基本合意書、本件株式交換契約及び本件合併契約の内容まで子細に確認してみても、これらの契約の当事者間で贈与をしたり贈与を受けたりすることがあると解することはできない。
オ 以上によれば、「実質的に贈与を受けたと認められる金額」は、「全契約内容」に従って定めるべきであるという解釈の下、本件スキームに係る「全契約内容」に照らして本件株式譲受けに当てはめる限り、本件株式交換がされたから、「実質的に贈与を受けたと認められる金額」がどこにもなく、したがって、本件株式譲受けにおいて、Ｃ社には、受贈益の額はない。
（２）争点（２）（本件法人税更正処分の理由付記に不備があるか。）
（被告の主張）
本件法人税更正処分は、Ｃ社の帳簿書類に記載された本件株式譲受けを前提とした上で、本件株式の適正な価額を算定し、本件対価の額と本件株式の適正な価額との差額を受贈益の額として認定したものであることから、本件株式譲受けに関する帳簿書類の記載自体を否認するものではない。このため、本件法人税更正処分の理由付記の程度としては、本件法人税更正処分について帳簿記載以上に信ぴょう力のある資料を摘示するものではないとしても、理由付記制度の趣旨目的を充足するものである限り、法人税法１３０条２項の要求する更正の理由付記として欠けるところはない。
本件法人税更正処分及び本件法人税賦課決定処分に係る決定通知書（甲２の１・添付資料１。以下「本件更正通知書」という。）には、①Ｃ社がＤ社から本件株式を１２億１０００万円で譲り受けた事実、②処分行政庁が本件株式の適正な価額を算出するに当たって前提とした事実、③処分行政庁が本件株式の適正な価額として認定した２５億２５３８万２６００円の算出過程、及び④本件対価の額１２億１０００万円と本件株式の適正な価額と認定した２５億２５３８万２６００円との差額である１３億１５３８万２６００円が受贈益の額として益金の額に算入されることなど、処分行政庁がどのような事実関係に基づいて本件法人税更正処分をすることに至ったのかという判断過程が具体的に記載されている。処分行政庁としては、これらの記載をすることによって、本件法人税更正処分における自己の判断過程を逐一検証することができるのであるから、本件更正通知書記載の理由は、更正処分庁の判断の慎重、合理性を担保してその恣意を抑制するものであるということができるし、原告に不服申立ての便宜を与えるものということができる。
したがって、本件更正通知書記載の理由は、処分行政庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由付記制度の趣旨目的を充足する程度に具体的に記載されているものであり、法人税法１３０条２項の要求する更正の理由付記として欠けるところはなく不備はない。（原告の主張）
本件更正通知書の「更正の理由」の「受贈益の計上もれ額１，３１５，３８２，６００円」に関する部分の記述は、本件更正通知書１行目から５行目までにおいて、原告がＥ社の全株式である本件株式を１２億１０００万円で譲り受けたということを述べ、５行目から１８行目までにおいて、「当該譲渡時におけるＥ社全株式の適正な価額」を主語とし、当該金額が「当該株式譲渡の対価」として支払った１２億１０００万円に当該株式交換による取得するＨ社株の当該譲渡日である平成２７年３月３０日のＪ終値１４８９円に、当該株式交換により取得した８８万３４００株を乗じて算出した１３億１５３８万２６００円を加算した２５億２５３８万２６００円となるということを述べたものとなっている。そして、本件更正通知書の１８行目において、結論を述べる場合に用いる「よって」という接続詞を用いた上で、同１８行目から２０行目の最後までにおいて、「よって、Ｅ社全株式の適正な価額と、対価として支払った１，２１０，０００，０００円との差額１，３１５，３８２，６００円は実質的に贈与を受けたと認められますので、受贈益として当該事業年度の所得金額に加算しました。」と記載されている。
つまり、本件更正通知書の上記理由付記から明らかなとおり、本件法人税更正処分においては、法人税法２５条の２第３項の文言を用いて説明すると「その譲渡又は供与の対価の額が当該資産のその譲渡の時における価額又は当該経済的な利益のその供与の時における価額に比して低い」ということに関する記述のみを行い、その差額である１３億１５３８万２６００円が「当該対価の額と当該価額との差額のうち実質的に贈与又は無償の供与を受けたと認められる金額」であるという事実認定に関する記述を全く行わないまま、当該差額１３億１５３８万２６００円が実質的に贈与を受けたと認められる金額であると結論付けているにすぎない。
以上によれば、本件更正通知書には、本件株式の「適正な価額」について２５億２５３８万２６００円となると判断した判断過程及び理由は記載されているものの、当該「適正な価額」として支払った１２億１０００万円との差額１３億１５３８万２６００円について「実質的に贈与を受けたと認められる」と判断した判断過程及び理由は全く記載されていないから、その理由付記には法人税法１３０条２項に反する不備がある。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点（１）（本件対価の額と本件株式の適正な価額との差額を受贈益の額として益金の額に算入すべきか。）について
（１）法人税法２２条２項は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、無償による資産の譲受けも収益の発生原因となるものと規定しているところ、その趣旨は、法人が資産を無償で譲り受ける場合には、譲受時における資産の適正な価額（時価）に相当する収益があると認識すべきものであることを明らかにしたものと解される。
そして、譲受時における適正な価額より低い対価をもってする資産の低額譲受けの場合にも、当該資産には譲受時における適正な価額に相当する経済的価値が認められるところ、たまたまそのうちの一部のみについて対価が現実に支出されたからといって対価の額と適正な価額との差額部分の収益が認識され得ないものとすれば、無償譲受けの場合との間の公平を欠くことになるから、その趣旨からして、この場合に益金の額に算入すべき収益の額は、当該資産の譲受けの対価の額と同資産の譲受時における適正な価額との差額であると解される（資産の低額譲渡につき最高裁平成●●年（〇〇）第●●号同７年１２月１９日第三小法廷判決・民集４９巻１０号３１２１頁参照）。
（２）本件法人税更正処分は、平成２７年３月３０日付けで本件株式譲渡契約に基づき、Ｄ社からＣ社に対してされた本件株式譲受けに係る本件対価の額と本件株式の適正な価額との差額を受贈益の額と認定して、法人税法２２条２項に基づき本件事業年度の益金の額に算入したものであるところ、本件株式の適正な価額が２５億２５３８万２６００円であることについては当事者間に争いがなく、また、前記前提事実によれば、本件株式譲渡契約に係る本件株式の対価は１２億１０００万円（本件対価の額）と認められる。
上記のとおり本件対価の額は本件株式の適正な価額を下回る金額であることからすると、本件株式譲受けは、資産の低額譲受けに当たるものであるから、この場合に益金の額に算入すべき受贈益の額は、前記説示したところによれば、当該資産の譲受けの対価の額と当該資産の譲受時における適正な価額との差額であるというべきである。
そうすると、本件株式譲受けに係る受贈益の額は、本件対価の額である１２億１０００万円と本件株式の適正な価額である２５億２５３８万２６００円との差額である１３億１５３８万２６００円であるというべきであるから、これを本件株式譲受けに係る受贈益の額と認定して益金の額に算入するのが相当である。
（３）アこれに対し、原告は、受贈益の額は、資産の対価と適正な価額との差額のうちの「実質的に贈与を受けたと認められる金額」に限られる旨主張する。
しかしながら、前記説示したとおり、法人税法２２条２項によれば、資産の低額譲受けの場合にも、当該資産には譲受時における適正な価額に相当する経済的価値が認められるため、当該資産の譲受けの対価の額と譲受時における資産の適正な価額との差額に相当する収益があると認識すべきであるものと解されることからすれば、これを「実質的に贈与を受けたと認められる金額」に限定して解釈すべき理由はないというべきである。
イ この点について、原告は、法人税法２２条２項の立案過程から、資産の低額譲受けの場合、常に資産の対価と適正な価額との差額の全額が受贈益の額とされるのではなく、その差額のうち贈与を受けたと認められる金額があるときに限り、その金額が受贈益の額とされるということを確認する事ができる旨主張する。
しかしながら、昭和４０年度税制改正によって制定された現行の法人税法２２条２項について、その法案の国会への提出前の立案過程において、昭和３８年Ｂ案４２条として、著しく低い価格の対価により資産を譲渡した場合に、当該資産の時価と当該対価の額の差額に相当する金額のうちに贈与をしたものと認められる部分の金額があるときは、当該贈与をしたものと認められる部分の金額を益金の額に算入する旨の規定が検討されたことが認められるが（甲３・２～３、５頁）、同案は、飽くまで立案過程での一案にとどまり、実際には同案で検討された文言が現行法人税法２２条２項に反映されなかったのであるから、これをもって同項の解釈の根拠とすることはできない。
ウ また、原告は、法人税法３７条８項が、内国法人が資産の譲渡等をした場合において、その譲渡等の対価の額が当該資産のその譲渡の時における価額に比して低いときは、当該対価の額と当該価額との差額のうち実質的に贈与又は無償の供与をしたと認められる金額は、寄附金の額に含まれるものとする旨を規定していることをもって、資産の低額譲受けの場合にも、同法２２条２項の解釈として受贈益の額となるのが、資産の対価と適正な価額との差額のうちの「実質的に贈与を受けたと認められる金額」に限られる旨主張をする。
しかしながら、法人税法にいう寄附金の額の認定に関し、同法３７条７項は、寄附金、拠出金、見舞金その他いずれの名義をもってするかを問わず、内国法人が金銭その他の資産の贈与をした場合における当該金銭の額若しくは金銭以外の資産のその贈与時における価額によるものとするが、このうち広告宣伝費及び見本品の費用並びに交際費、接待費及び福利厚生費等とされるべきものを除くと規定しており、贈与をした側においては、金銭その他の資産の贈与であっても上記の交際費等とされるべきものは寄附金の額には含まれないのに対し、同法２２条２項の収益の額は、前記のとおり資産の譲受時の適正な価額をもって認識されるべきものであるから、贈与を受けた側においては、贈与をした側の費目が寄附金であっても交際費等であっても、収益の額となることに何ら変わりがないものとされている。
そうすると、法人税法における寄附金の額の認定の問題と、同法２２条２項に基づく収益の額の認定の問題は、基本的に別個のものというべきであるから、同法３７条８項を根拠とする原告の上記主張は採用することができない。
エ さらに、原告は、法人税法２５条の２第３項は、資産の対価とその適正な価額との差額のうち「実質的に贈与（中略）を受けたと認められる金額」のみが受贈益の額となると規定していることをもって、資産の低額譲受けの場合にも、同法２２条２項の解釈として受贈益の額となるのが資産の対価と適正な価額の差額のうちの「実質的に贈与（中略）を受けたと認められる金額」に限られる旨主張をする。
しかしながら、法人税法２５条の２第３項は、飽くまで内国法人が他の内国法人との間に完全支配関係がある場合に限定して、同条１項において益金不算入とされる受贈益についてその額を定めている規定であり、同条３項は、同法２２条２項にいう「別段の定め」に該当するものである。
そして、前記前提事実によれば、本件株式譲渡の時点において、Ｄ社とＣ社とは完全支配関係にはなかったと認められるのであるから、本件において法人税法２５条の２第３項が適用される余地はないというべきであるし、同項が同法２２条２項にいう「別段の定め」に該当する以上、このような特則の規定から遡って益金算入に関する一般的規定である同項を解釈する根拠とするのは妥当ではない。
したがって、法人税法２５条の２第３項を根拠とする原告の前記主張は採用することができない。
オ なお、証拠（乙２０の１～３、乙２１）によれば、Ｃ社は、本件株式を取得するに当たり、本件対価の額と同額の１２億１０００万円を借り入れていることが認められ、本件株式以外には資産がなく、その時点でのＣ社の純資産額は資本金と同額の１０００万円であったことが認められる。そして、前記前提事実のとおり、本件株式譲受後にされた本件株式交換契約において、Ｈ社の株式８８万３４００株（本件株式譲受日における時価相当額１３億１５３８万２６００円）がＣ社の全株式との交換の対価として、Ｃ社の株主であるＦらに対し交付されていることが認められるが、上記のとおりＣ社の純資産額は１０００万円しかなかったのであるから、Ｈ社の株式８８万３４００株がＦらへの本件株式交換の対価とされたことは、本件株式譲受けにおいて、Ｃ社が本件対価の額１２億１０００万円と本件株式の適正な価額２５億２５３８万２６００円との差額１３億１５３８万２６００円も含めてＤ社から実質的に贈与を受けたことを示しているというべきである。
そうすると、仮に、受贈益の額は、資産の対価と適正な価額との差額のうちの「実質的に贈与を受けたと認められる金額」に限られると解する余地があるとしても、上記事実関係からすれば、本件株式譲受けにより、Ｃ社は本件対価の額と本件株式の適正な価額との差額１３億１５３８万２６００円を「実質的に贈与を受けたと認められる」から、原告の前記主張はこの点からも採用することができない。
（４）ア次に、原告は、受贈益の額となる資産の対価と適正な価額との差額のうち「実質的に贈与を受けたと認められる金額」は、「全契約内容」に従って判断されるべきであるとし、本件スキームに係る「全契約内容」に照らして本件株式譲受けに当てはめる限り、本件株式交換がされたから「実質的に贈与を受けたと認められる金額」がどこにもなく、したがって、本件株式譲受けにおいて、Ｃ社には受贈益の額はない旨主張をする。原告の主張は、判然としない部分があるが、本件における法人税法２２条２項の収益の額の認定に当たっては、本件スキームに係る全契約内容に照らし、本件株式譲受けに係る対価には、本件対価の額である１２億１０００万円に限られず、その後行われた本件株式交換契約に基づきＦらに交付されたＨ社の株式８８万３４００株（本件株式譲受日における時価相当額１３億１５３８万２６００円）も含まれると主張するものと解される。
しかしながら、法人税法２２条２項の収益の額として、資産の対価と適正な価額との差額のうち「実質的に贈与を受けたと認められる金額」のみが受贈益の額となるものではないことは前記説示のとおりであり、原告の上記主張は、その前提を誤っているというべきである。
イ また、法人税法２２条２項の収益の額の認定に当たり、契約内容全体に照らして解釈すべきであるとしても、法人税の取扱いにおいては、資産の販売等に係る収益の額の認定は、同一の相手方又はこれとの間に支配関係等がある者との間で締結した複数の契約について、一定の場合に結合したものを一つの契約とみなし収益を認定する場合もあるが、このような場合を除き、個々の契約ごとに計上するのが原則であると解される（法人税基本通達２－１－１参照）。
前記前提事実によれば、本件株式譲渡契約と本件株式交換契約は、本件スキームの一環として行われたものであると認めることができるが、これらの契約が締結された時点では、本件各合意当事者は、いまだ支配関係にあるものではなかったと認められる。また、前記前提事実によれば、本件株式譲渡契約は、Ｄ社とＣ社を当事者として、本件株式を本件対価の額で譲渡するものであったのに対し、本件株式交換契約は、Ｃ社とＨ社を当事者として、Ｃ社の全株式とＨ社８８万３４００株とを交換するものであり、かつ、本件株式交換契約の対価であるＨ社の株式の交付を受けたのはＦらであったことが認められるところ、これによれば両契約は、取引の当事者、取引対象とする資産及び取引態様を異にする別個の取引であったといわざるを得ない。
そうすると、法人税法２２条２項の収益の額の認定に当たり、契約内容全体に照らして解釈すべきであるとしても、本件株式譲渡契約に係る対価として、本件対価の額のほかに、別個の契約である本件株式交換契約に係る対価であるＨ社の株式８８万３４００株を、本件株式譲受けの対価と認めることはできない。
したがって、原告の前記主張は採用することはできない。
（５）以上によれば、本件株式譲受けに係る受贈益の額には、本件対価の額である１２億１０００万円と本件株式の適正な価額である２５億２５３８万２６００円との差額である１３億１５３８万２６００円であるというべきであるから、これを本件株式譲受けに係る受贈益の額として益金の額に算入するのが相当である。
したがって、争点（１）についての原告の前記主張には理由がない。
２ 争点（２）（本件法人税更正処分の理由付記に不備があるか。）について（１）法人税法１３０条２項が青色申告に係る法人税について更正をする場合には更正通知書に更正の理由を付記すべきものとしているのは、法が、青色申告制度を採用し、青色申告に係る所得の計算については、それが法廷の帳簿組織による正当な記載に基づくものである以上、その帳簿の記載を無視して更正されることがないことを納税者に保障した趣旨に鑑み、更正処分庁の判断の慎重、合理性を担保してその恣意を抑制するとともに、更正の理由を相手方に知らせて不服申立ての便宜を与える趣旨に出たものというべきであり、したがって、帳簿書類の記載自体を否認して更正をする場合において更正通知書に付記すべき理由としては、単に更正に係る勘定科目とその金額を示すだけではなく、そのような更正をした根拠を帳簿記載以上に信ぴょう力のある資料を摘示することによって具体的に明示することを要するが（最高裁昭和●●年（○○）第●●号同３８年５月３１日第二小法廷判決・民集１７巻４号６１７頁、最高裁昭和●●年（〇○）第●●号同５４年４月１９日第一小法廷判決・民集３３巻３号３７９頁等）、帳簿書類の記載自体を否認することなしに更正をする場合においては、上記の更正は納税者による帳簿の記載を覆すものではないから、更正通知書記載の更正の理由が、そのような更正をした根拠について帳簿記載以上に信ぴょう力のある資料を摘示するものでないとしても、更正の根拠を前記の更正処分庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由付記制度の趣旨目的を充足する程度に具体的に明示するものである限り、法の要求する更正理由の付記として欠けるところはないと解するのが相当である（最高裁昭和●●年（〇○）第●●号同６０年４月２３日第三小法廷判決・民集３９巻３号８５０頁参照）。
（２）これを本件についてみると、本件更正通知書には、以下のとおりの記載があることが認められる（甲２の１・添付資料１）。
すなわち、本件更正通知書には、「更正の理由」として、「貴社（被合併法人である株式会社Ｃをいいます。以下同じです。）は、英領ヴァージン諸島所在法人であるＤ（中略）と平成２７年３月３０日に締結した『株式譲渡契約書』により、同日に株式会社Ｅ（平成２７年１１月●日に株式会社Ａに商号変更する前のもの。）（中略）の全株式４３７株を、１，２１０，０００，０００円で譲り受けています。しかしながら、貴社と株式会社Ｈ（中略）が平成２７年３月２日に締結した『株式交換契約書』により平成２７年４月２４日に貴社の株式交換完全親法人となるＨ社の代表取締役であるＬ及びＭ（以下『Ｈ代表者』といいます。）と、Ｄ社の株主であるＦ及びＧ（以下『オーナー』といいます。）が平成２７年２月２６日に締結した『確約書』第２条において、『甲（Ｈ社のこと。以下同じ。）は、丙（Ｅ社のこと。以下同じ。）の企業価値を３０．２億円と評価するものとし、３０．２億円相当の現金等価物（内、現金は最低１２．１億円とするが、甲及びオーナーは現金金額を最大になるよう努力するものとする。）を、オーナーに丙株式全株の対価として引き渡すものとする。』と規定し、また、同『確約書』第３条記１において『オーナーによって設立又は所有される特別目的会社（Ｃ社のこと。以下同じ。）が丙の全株式を１２．１億円にて取得し、その後、甲は、（中略）特別目的会社の普通株式全株を甲の株式（１８．１億円相当額）と株式交換することにより、実質的に丙を子会社にするものとする。』とも規定していること、おって、同『確約書』を基に平成２７年３月２日に『基本合意書』が締結され、当該株式譲渡と当該株式交換が行われていることから、当該譲渡時におけるＥ社全株式の適正な価額は、当該株式譲渡の対価として支払った１，２１０，０００，０００円に当該株式交換により取得するＨ社株の当該譲渡日である平成２７年３月３０日Ｊ終値１，４８９円に、交付される８８３，４００株を乗じた１，３１５，３８２，６００円を加算した２，５２５，３８２，６００円となります。よって、Ｅ社全株式の適正な価額と、対価として支払った１，２１０，０００，０００円との差額１，３１５，３８２，６００円は実質的に贈与を受けたと認められますので、受贈益として当事業年度の所得金額に加算しました」との記載がされている。
（３）前記説示のとおり、本件法人税更正処分は、Ｃ社の帳簿書類に記載された本件株式譲受けを前提とした上で、本件株式の適正な価額として２５億２５３８万２６００円を認定し、本件対価の額である１２億１０００万円と本件株式の適正な価額である２５億２５３８万２６００円との差額である１３億１５３８万２６００円を受贈益の額として認定したものであるから、本件株式譲受けに関する帳簿書類の記載自体を否認するものではない。そして、上記認定事実によれば、本件更正通知書記載の理由には、①Ｃ社がＤ社から本件株式を１２億１０００万円で譲り受けた事実、②処分行政庁が本件株式の適正な価額を算出するに当たって前提とした事実、③処分行政庁が本件株式の適正な価額として認定した２５億２５３８万２６００円の算出過程、及び④本件対価の額１２億１０００万円と本件株式の適正な価額と認定した２５億２５３８万２６００円との差額である１３億１５３８万２６００円が受贈益の額として益金の額に算入されることなどが、いずれも具体的に記載されているものである。
これら①から④までの記載内容からすれば、処分行政庁がどのような事実関係に基づいて本件法人税更正処分をすることに至ったのかという判断過程が具体的に記載されているということができるのであって、本件法人税更正処分の根拠について、処分行政庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由付記制度の趣旨目的を充足する程度に具体的に明示するものといえるから、理由付記として何らの不備はない。
したがって、本件法人税更正処分に係る本件更正通知書の理由付記に不備はなく適法である。
（４）これに対し、原告は、本件更正通知書の理由付記には、「適正な価額」について２５億２５３８万２６００円となると判断した判断過程及び理由は記載されているものの、「適正な価額」として支払った１２億１０００万円との差額１３億１５３８万２６００円について「実質的に贈与を受けたと認められる」と判断した判断過程及び理由は全く記載されていないから、その理由付記には法人税法１３０条２項に反する不備がある旨主張する。しかしながら、受贈益の額は、資産の対価と適正な価額との差額のうちの「実質的に贈与を受けたと認められる金額」に限られるものではないことは前記説示のとおりであるから、原告の主張はその前提を誤っている。
したがって原告の前記主張には理由がない。
３ 本件更正処分等の適法性
以上を前提に本件事業年度の法人税に係る納付すべき税額及び本件法人税更正処分に伴う過少申告加算税の額並びに本件課税事業年度の地方法人税に係る納付すべき税額及び本件地方法人税更正処分に伴う過少申告加算税の額を計算すると、納付すべき法人税額は３億３１５０万４２００円、本件法人税更正処分に伴う過少申告加算税の額は４６１７万０５００円であり、納付すべき地方法人税額は１４５８万６１００円、本件地方法人税更正処分に伴う過少申告加算税の額は２０３万１０００円であって、本件各更正処分等におけるこれらの金額（別表１及び２の各「更正処分及び賦課決定処分」欄の「納付すべき税額」及び「過少申告加算額」欄記載の各金額）と同額である。
したがって、本件各更正処分等は適法である。
第４ 結論
よって、原告の請求はいずれも理由がないから棄却することとして、主文のとおり判決する。東京地方裁判所民事部３部
裁判長裁判官市原義孝
裁判官小西圭一
裁判官和田崇寛
（別紙）
指定代理人目録
井坂直子、今西貴洋、猪股翔太、東雲健司、依田友和、徳永大輔
以上
別紙
１ 本件法人税更正処分について
（１）本件法人税更正処分の根拠
ア 所得金額（別表３④欄）１３億０２４８万８２３９円
上記金額は、次の（ア）の金額に（イ）の金額を加算し、（ウ）の金額を減算した金額である。
（ア）確定申告における所得金額（別表３①欄）７２１７万００３９円
上記金額は、原告が、平成２７年１２月２４日に処分行政庁に対し提出した本件事業年度の法人税の確定申告書（以下「本件法人税確定申告書」という。）別表一（一）に記載された金額（乙４・１枚目「１」欄）と同額である。
（イ）受贈益の計上漏れ額（別表３②欄）１３億１５３８万２６００円
上記金額は、本件対価の額である１２億１０００万円と本件株式の適正な価額である２５億２５３８万２６００円との差額であり、法人税法２２条２項に基づき、受贈益の額として本件事業年度の益金の額に算入すべき金額である。
（ウ）資産評価益として益金の額に算入されない額（別表３③欄）８５０６万４４００円上記金額は、法人税法６２条の９第１項に基づき、Ｃ社が、本件株式交換の直前において有していた本件株式を時価評価した金額である１２億９５０６万４４００円と本件株式の帳簿価額である１２億１０００万円との差額であり、本件法人税確定申告書別表四に記載された「資産評価益の益金算入額」（乙４・４枚目「１０」欄）と同額である。前記（イ）により本件株式の帳簿価額及び本件株式交換直前の時の価額は２５億２５３８万２６００円となり、資産の評価益は生じないことから、原告が益金の額に算入した８５０６万４４００円は本件事業年度の所得金額から減算すべき金額である。
イ 所得金額に対する法人税額（別表３⑤欄）３億３１５０万４４４０円
上記金額は、前記アの所得金額（ただし、国税通則法１１８条１項に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）に、法人税法６６条１項、同条２項及び租税特別措置法４２条の３の２第１項（平成２７年法律第９号による改正前のもの）に規定する税率（法人税法６６条４項に基づき、本件事業年度の所得金額のうち８００万円を１２で除し、これに本件事業年度の月数である９を乗じて計算した金額〔６００万円〕以下の金額については１００分の１５、それを超える金額については１００分の２５．５）を乗じて計算した金額である。
ウ 控除所得税額（別表３⑥欄）２２２円
上記金額は、本件法人税確定申告書別表一（一）に記載され所得税額の控除税額（乙４・１枚目「１２」欄）と同額である。
エ 納付すべき法人税額（別表３⑦欄）３億３１５０万４２００円
上記金額は、前記イの金額から前記ウの金額を差し引いた金額（ただし、国税通則法１１９条１項に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）である。
オ 既に納付の確定した法人税額（別表３⑧欄）１７７７万３１００円
上記金額は、本件法人税確定申告書別表一（一）の「差引所得に対する法人税額」欄（乙４の１枚目「１３」欄）に記載された金額と同額である。
カ 差引納付すべき法人税額（別表３⑨欄）３億１３７３万１１００円
上記金額は、前記エの金額から前記オの金額を差し引いた金額である。
（２）本件法人税更正処分の適法性
本件事業年度の法人税の所得金額及び納付すべき法人税額は、それぞれ前記（１）ア及びエのとおりであり、本件法人税更正処分における所得金額及び納付すべき法人税額（甲２の１・添付資料１・１枚目「更正又は決定の金額」欄の「１」及び「１８」欄）は、いずれも前記各金額と同額であるから、本件法人税更正処分は適法である。
２ 本件地方法人税更正処分について
（１）本件地方法人税更正処分の根拠
ア 課税標準法人税額（別表４④欄）３億３１５０万４０００円
上記金額は、次の（ア）の金額に（イ）の金額を加算した金額（ただし、国税通則法１１８条１項に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）である。
（ア）確定申告における基準法人税額（別表４①欄）１７７７万３３５０円
上記金額は、原告が平成２７年１２月２４日に処分行政庁に対して提出した本件課税事業年度の地方法人税の確定申告書（以下「本件地方法人税確定申告書」という。）別表一（一）に記載された基準法人税額（乙４・１枚目「３２」欄）と同額である。
（イ）基準法人税額の増加額（別表４②欄）３億１３７３万１０９０円
上記金額は、法人税の所得金額の増加額（前記１（１）ア（イ）の金額１３億１５３８万２６００円から同（ウ）の金額８５０６万４４００円を差し引いた金額である１２億３０３１万８０００円〔ただし、国税通則法１１８条１項に基づき１０００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額〕）に法人税法６６条１項に規定する税率（１００分の２５．５）を乗じて計算した金額であり、本件課税事業年度の地方法人税の基準法人税額に加算すべき金額である。
イ 納付すべき地方法人税額（別表４⑥欄）１４５８万６１００円
上記金額は、前記アの金額に地方法人税法１０条１項（平成２８年法律第１５号による改正前のもの）に規定する税率（１００分の４．４）を乗じて計算した金額（ただし、国税通則法１１９条１項に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）である。
ウ 既に納付の確定した地方法人税額（別表４⑦欄）７８万２０００円
上記金額は、本件地方法人税確定申告書別表一（一）の「差引地方法人税額」欄（乙４・１枚目「４０」欄）に記載された金額と同額である。
エ 差引納付すべき地方法人税額（別表４⑧欄）１３８０万４１００円
上記金額は、前記イの金額から上記ウの金額を差し引いた金額である。
（２）本件地方法人税更正処分の適法性
本件課税事業年度の地方法人税の課税標準法人税額及び納付すべき地方法人税額は、それぞれ前記（１）ア及びイのとおりであり、本件地方法人税更正処分における課税標準法人税額及び納付すべき地方法人税額（乙３・１枚目「更正又は決定の金額」の「３」及び「１２」欄）は、いずれも前記各金額と同額であるから、本件地方法人税更正処分は適法である。
３ 本件法人税賦課決定処分及び本件地方法人税賦課決定処分について
（１）本件法人税賦課決定処分及び本件地方法人税賦課決定処分の根拠
国税通則法６５条（平成２８年法律第１５号による改正前のもの。以下同じ。）１項は、期限内申告書が提出された場合において、更正があったときは、その納税者に対し、その更正に基づき納付すべき税額に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額に相当する過少申告加算税を課する旨規定し、同条２項は、同条１項に該当する場合において、更正により納付すべき税額が、その国税に係る同条３項２号に規定する期限内申告額（以下「期限内申告額」という。）に相当する金額と５０万円とのいずれか多い金額を超えるときは、同条１項の過少申告加算税の税額は、同項の規定にかかわらず、同項の規定により計算した金額に、その超える部分に相当する税額に１００分の５の割合を乗じて計算した金額を加算した金額とする旨規定している。
前記１及び２のとおり、本件法人税更正処分及び本件地方法人税更正処分は、いずれも適法であるところ、原告が本件法人税更正処分及び本件地方法人税更正処分により新たに納付すべき法人税額及び地方法人税額については、その計算の基礎となった事実について、原告がこれを本件法人税更正処分及び本件地方法人税更正処分前における税額の計算の基礎としていなかったことに、国税通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があるとは認められない。
したがって、本件法人税更正処分及び本件地方法人税更正処分に伴って原告に課されるべき過少申告加算税の額は、以下のア及びイのとおりである。
ア 本件法人税更正処分に伴う過少申告加算税の額４６１７万０５００円
上記金額は、国税通則法６５条２項に基づき、本件法人税更正処分に伴い原告が新たに納付すべきこととなった税額３億１３７３万円（前記１（１）カ。ただし、同法１１８条３項に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額３１３７万３０００円に、新たに納付すべき税額３億１３７３万１１００円（前記１（１）カ）のうち期限内申告税額に相当する金額１７７７万３３２２円（乙４・１枚目「１２」欄の金額と「１３」欄の金額を合計した金額）を超える部分に相当する税額２億９５９５万円（被告準備書面（１）には２９億５９５０万円とあるが誤記と認める。ただし、同法１１８条３項に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）に１００分の５の割合を乗じて計算した金額１４７９万７５００円を加算した金額である。
イ 本件地方法人税更正処分に伴う過少申告加算税の額２０３万１０００円
上記金額は、国税通則法６５条２項に基づき、本件地方法人税更正処分に伴い原告が新たに納付すべきこととなった税額１３８０万円（前記２（１）エ。ただし、同法１１８条３項に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額１３８万円に、新たに納付すべき税額１３８０万４１００円（前記２（１）エ）のうち期限内申告税額に相当する金額７８万２０００円（乙４・１枚目「４０」欄）を超える部分に相当する税額１３０２万円（ただし、同法１１８条３項に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後の金額）に１００分の５の割合を乗じて計算した金額６５万１０００円を加算した金額である。
（２）本件法人税賦課決定処分及び本件地方法人税賦課決定処分の適法性
被告が本件において主張する本件法人税更正処分及び本件地方法人税更正処分に伴って原告に課されるべき過少申告加算税の額は、前記（１）ア及びイのとおりであり、本件法人税賦課決定処分及び本件地方法人税賦課決定処分における過少申告加算税の額（甲２の１・添付資料１、乙３・各１枚目「賦課した加算税の額の計算明細」欄の「加算税の額」欄）は、いずれも前記各金額と同額であるから、本件法人税賦課決定処分及び本件地方法人税賦課決定処分はいずれも適法である。
以上
【取引関係図】別紙
①本件スキーム（平成27年3月30日）前
100％ 100％
100％（本件株式）
②本件株式譲受け（平成27年3月30日）
100％ 100％
100％
③本件株式交換（平成27年4月24日）
100％ 100％ 100％100％
④本件合併（平成27年11月●日）後
100％ 100％Ｈ社
原告
Ｄ社
Ｃ社
Ｆら
Ｈ社
原告
Ｄ社
Ｃ社
Ｆら
本件株式
１２．１億円
原告
Ｈ社
Ｄ社
Ｃ社
Ｆら
原告
Ｃ社全株式
Ｈ社 883,400株
株式交換
Ｃ社
原告
Ｈ社
Ｄ社
Ｆら
株主
原告
吸収合併
Ｃ社
別表１法人税に係る課税の経緯
（単位：円）
区分
年月日
所得金額
納付すべき税額
過少申告加算税
確定申告
法定申告期限内
72,170,039
17,773,100
－
更正処分及び
賦課決定処分
平成30年7月27日
1,302,488,239
331,504,200
46,170,500
再調査の請求
平成30年10月25日
更正処分及び賦課決定処分の取消し
再調査決定
平成30年12月17日
棄却
審査請求
平成31年1月18日
更正処分及び賦課決定処分の取消し
裁決
令和2年3月2日
棄却
別表２地方法人税に係る課税の経緯
（単位：円）
区分
年月日
課税標準法人税額
納付すべき税額
過少申告加算税
確定申告
法定申告期限内
17,773,000
782,000
－
更正処分及び
賦課決定処分
平成30年7月27日
331,504,000
14,586,100
2,031,000
再調査の請求
平成30年10月25日
更正処分及び賦課決定処分の取消し
再調査決定
平成30年12月17日
棄却
審査請求
平成31年1月18日
更正処分及び賦課決定処分の取消し
裁決
令和2年3月2日
棄却
別表３本件事業年度の法人税に係る所得金額及び納付すべき税額
（単位：円）
区分
№
金額
所得金額
確定申告における所得金額
①
72,170,039
加算額
受贈益の計上漏れ額
②
1,315,382,600
減算額
資産評価益として益金の額に算入されない額
③
85,064,400
所得金額
（①＋②－③）
④
1,302,488,239
所得金額に対する法人税額
⑤
331,504,440
控除所得税額
⑥
納付すべき法人税額
（⑤－⑥、100円未満の端数切捨て）
⑦
331,504,200
既に納付の確定した法人税額
⑧
17,773,100
差引納付すべき法人税額
（⑦－⑧）
⑨
313,731,100
別表４本件課税事業年度の地方法人税に係る課税標準法人税額及び納付すべき税額（単位：円）
区分
№
金額
課税標準法人税額の計算基準法人税額の計算
確定申告における基準法人税額
①
17,773,350
加算税
基準法人税額の増加額
②
313,731,090
基準法人税額
（①＋②）
③
331,504,440
課税標準法人税額
（③、1,000円未満の端数切捨て）
④
331,504,000
地方法人税額
⑤
14,586,176
納付すべき地方法人税額
（⑤、100円未満の端数切捨て）
⑥
14,586,100
既に納付の確定した地方法人税額
⑦
782,000
差引納付すべき地方法人税額
（⑥－⑦）
⑧
13,804,100
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2021/pdf/13626.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。