税務訴訟資料第２７２号（順号１３６５８）
東京地方裁判所令和●●年（○○）第●●号法人税更正請求に対する更正すべき理由がない旨の通知処分取消等請求事件
国側当事者・国（鹿児島税務署長）
令和４年１月１４日却下・棄却・控訴
判決
原告一般財団法人Ａ
同代表者代表理事甲
同訴訟代理人弁護士石嵜信憲
同山中健児
同延増拓郎
同岸聖太郎
同訴訟復代理人弁護士松井健祐
被告国
同代表者法務大臣古川禎久
処分行政庁鹿児島税務署長
吉田芳浩
被告指定代理人別紙１指定代理人目録記載のとおり
主文
１ 本件訴えのうち、更正処分の義務付けを求める部分を却下する。
２ 原告のその余の請求を棄却する。
３ 訴訟費用は、原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 鹿児島税務署長が平成３１年２月１５日付けで原告に対してした原告の平成２９年４月１日から平成３０年３月３１日までの事業年度の法人税に係る更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分を取り消す。
２ 鹿児島税務署長は、原告の平成２９年４月１日から平成３０年３月３１日までの事業年度の法人税額について、還付金額を８３９５万７３９５円とする更正処分をせよ。
第２ 事案の概要
本件は、非営利型法人（法人税法２条９号の２）に該当する一般財団法人である原告が、平成２９年４月１日から平成３０年３月３１日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）の法人税について、収益事業以外の事業に属する資産から生じた利子及び配当等（所得税法１７４条各号に掲げる利子等、配当等、給付補填金、利息、利益、差益、利益の分配及び賞金をいう。以下同じ。また、以下、本件事業年度における原告の収益事業以外の事業に属する資産から生じた利子及び配当等を「本件預貯金利子等」という。）について源泉徴収された所得税の額に相当する８３４０万８５４５円を含む８３９５万７３９５円の還付を求める更正の請求（以下「本件更正の請求」という。）をしたところ、鹿児島税務署長から、更正をすべき理由がない旨の通知処分（以下「本件通知処分」という。）を受けたことから、非営利型法人である原告の利子及び配当等については非課税とされるべきであるなどとして、本件通知処分の取消しを求めるとともに、本件更正の請求のとおり更正処分をすることの義務付けを求める事案（以下、本件訴えのうち、原告に対して本件更正の請求のとおり更正処分をすることの義務付けを求める部分を「本件義務付けの訴え」という。）である。
１ 関係法令等
（１）関係法令は別紙２のとおりである。
（２）公益法人制度改革の概要（乙５）
ア 公益法人制度改革の趣旨及び経緯
民法（一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成１８年法律第５０号。以下「整備法」という。）による改正前のもの。以下「旧民法」という。）３４条は、主務官庁の許可を得て公益法人を設立することができる旨を定めていた（以下、旧民法３４条に基づき設立した公益法人を「旧公益法人」という。）。
その後、旧公益法人に係る法制度が見直されることとなり、平成１８年５月、一般社団法人及び一般財団法人に関する法律、公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律（以下「認定法」という。）及び整備法が成立し、平成２０年１２月１日から施行された。
上記公益法人制度改革の関連三法において、登記のみで設立することができる法人として、一般社団法人及び一般財団法人（以下「一般社団・財団法人」という。）が新たに設けられ、更にそのうち、民間有識者から成る委員会の答申に基づき、行政庁（内閣総理大臣又は都道府県知事）による公益性の認定を受けた法人として、公益社団法人及び公益財団法人（以下「公益法人」という。）が新たに設けられた。
イ 公益法人制度改革に伴う税制改正
（ア）法人税法の改正
旧公益法人については、その公益性に鑑み、基本的には非課税としつつ、利益を得ることを目的とする営利法人との課税のバランスを確保する観点から、営利法人と競合関係にある収益事業を営む場合に限り、収益事業から生じた所得に対して法人税を課する、いわゆる収益事業課税方式が適用されていた。
公益法人制度改革に伴う税制改正により、公益法人については収益事業課税方式が適用されたが（法人税法７条、２条６号、別表第２）、一方で、公益法人を除く一般社団・財団法人については、原則として、普通法人（同法２条９号）として全所得に課税することとされた。ただし、公益法人を除く一般社団・財団法人のうち、事業を行って利益を獲得したり、その利益を構成員等に分配したりすることを目的とせず、営利企業と異なる特性を有する非営利型法人（同法２条９号の２）については、同法２条６号の「公益法人等」に含まれるものとされ（同法別表第２）、公益法人と同様、収益事業課税方式を適用することとされた。
（イ）所得税法の改正
旧公益法人が支払を受ける利子及び配当等については、所得税を課さないこととされていた（所得税法１１条１項（平成２０年法律第２３号による改正前のもの）、所得税法施行令５０条の２（なお、同条は、平成２５年政令１６５号により削除された。））。公益法人制度改革に伴う税制改正により、公益法人については、その支払を受ける利子及び配当等について所得税が課税されないこととされたが（所得税法１１条１項、別表第１）、公益法人を除く一般社団・財団法人については、非営利型法人も含めて、上記別表第１には掲げられず、その支払を受ける利子及び配当等について所得税が課税されることとされた。
２ 前提事実
以下の事実は、当事者間に争いがないか、各項末尾に記載する証拠及び弁論の全趣旨により容易に認定することができる。
（１）当事者等
原告は、昭和５０年４月●日、民法３４条（平成１６年法律第１４７号による改正前のもの）の規定に基づき財団法人Ｂとして設立され、平成２０年１２月１日、整備法に規定された特例財団法人に移行した。その後、原告は、平成２４年１月●日に財団法人Ｃを吸収合併し、平成２６年４月１日に一般財団法人Ａに名称変更するなどした上で、同年５月１２日付けで、鹿児島税務署長に対し、同年４月１日に一般財団法人に法人区分を変更した旨の届出をし、この際、併せて、非営利型法人に該当する旨の届出をした。（甲１、乙２、３）
（２）課税処分の経緯等
ア 原告は、平成３０年７月２日、鹿児島税務署長に対し、別表「法人税に係る課税処分等の経緯」（以下「別表」という。）の「確定申告」欄記載のとおり、本件事業年度の法人税の確定申告書を提出するとともに、平成２９年４月１日から平成３０年３月３１日までの課税事業年度の地方法人税の確定申告書を提出した。
イ 原告は、平成３０年１１月２０日、鹿児島税務署長に対し、別表の「修正申告」欄のとおり、修正申告をした。
また、原告は、同日、鹿児島税務署長に対し、本件事業年度の法人税について、本件預貯金利子等について源泉徴収された所得税の額に相当する額の還付を求めて、別表の「更正の請求」欄のとおり更正の請求（本件更正の請求）をした。
ウ 鹿児島税務署長は、平成３１年２月１５日付けで、原告に対し、本件更正の請求について更正をすべき理由がない旨の通知処分（本件通知処分）をした。
エ 原告は、令和元年５月１０日付けで、国税不服審判所長に対し、本件通知処分について審査請求をしたが、国税不服審判所長は、令和２年３月１２日付けで、上記審査請求を棄却する旨の裁決をした。
（３）本件訴えの提起
原告は、令和２年９月２３日、本件訴えを提起した（当裁判所に顕著な事実）。
３ 争点
（１）本件義務付けの訴えの適法性（争点１）
（２）本件通知処分の適法性（争点２）
４ 争点に対する当事者の主張の要旨
（１）争点１（本件義務付けの訴えの適法性）について
（被告の主張）
本件義務付けの訴えは、行政事件訴訟法３条６項２号の申請型の義務付けの訴えと解されるところ、同号に基づく訴えについては、処分又は裁決の取消しの訴え又は無効等確認の訴えについての本案勝訴要件が満たされていることが、訴えを提起するに当たっての訴訟要件とされている（同法３７条の３第１項２号）。
本件については、下記（２）（被告の主張）のとおり、本件通知処分は適法であり、その取消請求は棄却されるべきものであるから、本件義務付けの訴えは、同法３７条の３第１項２号所定の訴訟要件を欠き、不適法であって却下されるべきである。
（原告の主張）
上記被告の主張は争う。
（２）争点２（本件通知処分の適法性）について
（原告の主張）
ア 原告が支払を受ける利子及び配当等に課税することは裁量権の逸脱又はその濫用であること
原告は、その目的や事業の公益性・公共性という点において公益法人と同等といえるのであるから、原告が支払を受ける利子及び配当等について源泉徴収された所得税については、非営利型法人の非収益所得を非課税とする法人税法の解釈を採用して、非課税とすべきであった。それにもかかわらず、法人としての法律上の位置付けが非営利型法人であるということのみをもって、原告が支払を受ける利子及び配当等について源泉徴収を行い、還付請求も否定してその取り切りの状態を招くことは、正に、公益性・公共性を根拠に非課税を定める所得税法１１条及び法人税法７条の趣旨に反するものであって、著しく不合理である。
したがって、所得税法別表第１の「公共法人等」に原告を含まないとする被告の解釈及び運用、並びに、原告の収益事業以外の事業に属する資産から生じた利子及び配当等について源泉徴収された所得税の額について法人税法６８条１項の適用がないとする被告の解釈及び運用は、法の解釈を誤り、裁量権の範囲を逸脱し、又はこれを濫用するものであって、本件通知処分は違法である。
イ 立法行為が違憲、無効であること
被告は、非営利型法人が支払を受ける利子及び配当等に所得税を課することとなるような不適切な所得税法の改正を行い、あるいは、法人税法６８条についての必要な改正を怠り、非営利型法人の収益事業以外の事業に属する資産から生じた利子及び配当等について源泉徴収された所得税を取り切りにするという不合理な立法行為（以下「本件立法行為」という。）を行ったものである。このような本件立法行為は、下記（ア）及び（イ）のとおり、憲法１４条、２９条に違反するものであって、違憲、無効であり、それに基づく本件通知処分は違法である。
（ア）公益法人制度改革に伴う税制改正により、非営利型法人は、公益法人と異なり、利子及び配当等に係る所得について所得税が課されることとなった。
しかしながら、非営利型法人となるためには、厳格な要件を満たす必要があり、実体としては、公益法人と同等の公益性を有しているのであって、それにもかかわらず、所得税法１１条１項、別表第１の「公共法人等」に公益法人を掲げる一方で、非営利型法人を掲げることをせず、非営利型法人についてのみ、その支払を受ける利子及び配当等に所得税を課することとした本件立法行為は、非営利型法人と公益法人との間で不合理な差別的行政処分を誘発するものというべきであり、憲法１４条に違反する。
（イ）被告は、所得税法１１条１項、別表第１を改正して、非営利型法人が支払を受ける利子及び配当等に所得税を課するのであれば、併せて法人税法６８条を改正し、非営利型法人が支払を受ける利子及び配当等について所得税が源泉徴収された場合には、その所得税の額を法人税の額から控除できるようにすべきであった。
原告を含む財団法人は、その所有する基本財産又は運用財産を運用して得られる運用益を財源として事業を行ってきたのであって、利子及び配当等は財団法人の存続にとって不可欠であり、これに課税することはその存続を不可能とする。一般財団法人が公益法人の認定を受けた場合には、所得税法１１条１項、別表第１により利子及び配当等に所得税は課税されないが、認定法５条６号は、公益認定の基準として、「その行う公益目的事業について、当該公益目的事業に係る収入がその実施に要する適正な費用を償う額を超えないと見込まれるものであること。」と定めている。大多数の財団法人は、事業を行うために然るべき有形固定資産を保有し、その維持、補修、改築等のためには多額の費用を要するのであって、認定法が公益法人に対して求める上記のような財団経営を行えば、必要な費用に係る財源を確保することができない。
結局、本件立法行為は、財団法人にとって必要不可欠である利子及び配当等への課税を免れるために公益法人を選択することを余儀なくさせ、一方で、公益法人に対しては永続的存続の可能性を危うくさせる基準を満たすことを求めるものといえる。このような本件立法行為は著しく合理性を欠き、原告の財産権（憲法２９条）を侵害するものであって違憲である。
（被告の主張）
ア 本件通知処分に裁量権の逸脱や濫用はないこと
（ア）原告は、非営利型法人に該当する一般財団法人であるから、法人税法２条６号及び別表第２の公益法人等に該当し、また、本件預貯金利子等は収益事業以外の事業に属する資産から生じたものであるから、本件預貯金利子等に係る所得税については、法人税法６８条２項により同条１項の適用が除外され、本件事業年度の法人税の確定申告において、法人税の額から本件預貯金利子等に係る所得税の額を控除することはできず、また、法人税の額から控除しきれなかった所得税の額の還付を求めることもできない。そうすると、本件事業年度の法人税額につき所得税の額を控除をしなかったことに法律の解釈適用の誤りや計算過程の誤りは認められないから、本件更正の請求は国税通則法２３条１項の要件を満たさない。したがって、本件更正の請求に理由がないとした本件通知処分は適法である。
（イ）租税法律主義（課税要件法定主義）の下、課税要件の全ては法定されており、課税要件が充足されている限り、法律で定められたとおりの税額を徴収しなければならないから、法律の根拠に基づくことなしに、租税の減免や徴収猶予を行うことは許されない。そして、法令上、法人税の確定申告に関し、利子及び配当等に係る所得税額に相当する金額の還付について定めた規定は、法人税法７８条１項、７４条１項３号及び６８条１項のみであり、課税要件法定主義の要請に照らせば、上記各規定が定めるもの以外に還付の例外を認めるべき根拠はない。上記（ア）のとおり、原告について、本件事業年度の法人税の確定申告において、法人税の額から本件預貯金利子等に係る所得税の額を控除することはできず、また、法人税の額から控除しきれなかった所得税の額の還付を求めることもできないから、税務署長に更正をする裁量はない。よって、本件通知処分が裁量権の範囲を逸脱し、又はこれを濫用するものでないことは明らかである。
イ 所得税法１１条１項及び別表第１は違憲、無効であるとする原告の主張は理由がないこと
（ア）所得税法１１条１項及び別表第１は憲法１４条１項に違反しないこと憲法１４条１項は、絶対的な平等を保障したものではない。そして、租税法の分野における取扱いの区別については、その立法目的が正当なものであり、かつ、当該立法において具体的に採用された区別の態様が上記目的との関連で著しく不合理であることが明らかでない限り、その合理性を否定することができず、これを憲法１４条１項違反ということはできない（最高裁昭和６０年３月２７日大法廷判決・民集３９巻２号２４７頁）。
公益法人制度改革の趣旨、とりわけ公益法人が行う公益目的事業に係る活動が果たす役割の重要性に鑑み、所得税法１１条１項は、高い公益性が認められる者について利子及び配当等に所得税を課さないこととしたものである。他方で、公益性が高いとはいえない者まで利子及び配当等に所得税を課さないこととすれば、適正な課税の確保が損なわれるばかりか、高い公益性が認められる者が行う公益目的事業に係る活動を阻害するおそれもあることから、所得税法別表第１は、同法１１条１項が適用される範囲を限定したものである。このように、同法１１条１項及び別表第１の趣旨は、一体として、対象者の活動が果たす公益的役割を促進する要請と、適正な課税の確保の要請の調整を図るところにあり、立法目的は正当である。
そして、公益法人については高い公益性が認められる（認定法５条各号、２９条２項１号及び２号）一方、非営利型法人については、一定の非営利性が要件として規定されているにすぎず（法人税法２条９号の２イ及びロ）、公益法人のように厳格な公益認定、存続の基準までは定められていないため、公益性は高いとまではいえず、公益認定機関である行政庁による審査も受けていないため、公益性の確保を担保する制度上の仕組みも有していない。このように、公益法人と非営利型法人には、公益性の程度に差異があるといえることから、両者の間で上記のような課税における区別をしたものであり、このような取扱いの区別は、上記所得税法１１条１項及び別表第１の目的との関連で合理的なものといえる。
したがって、所得税法１１条１項及び別表第１が憲法１４条１項に違反しないことは明らかである。
（イ）所得税法１１条１項及び別表第１は憲法２９条に違反しないこと
財産権に対して加えられる規制が憲法２９条２項にいう公共の福祉に適合するものとして是認されるべきものであるかどうかは、立法の規制目的が社会的理由ないし目的に出たとはいえないものとして公共の福祉に合致しないことが明らかであるか、又は規制目的が公共の福祉に合致するものであっても規制手段が同目的を達成するための手段として必要性若しくは合理性に欠けていることが明らかであって、そのため立法府の判断が合理的裁量の範囲を超えるものとなる場合に限り、当該規制立法が憲法２９条２項に違背するものとして、その効力を否定することができるものと解するのが相当である（最高裁昭和６２年４月２２日大法廷判決・民集４１巻３号４０８頁）。
これを所得税法１１条１項及び別表第１についてみるに、その立法目的は、公益目的事業に係る活動を促進しつつ、適正な課税の確保を図ることにあるから、その立法の規制目的が社会的理由ないし目的に出たものとして公共の福祉に合致するものである上、公益性が高いとまではいえない非営利型法人について、適正な課税の確保を優先させたことには必要性及び合理性が認められるため、立法府の判断が合理的裁量の範囲内であることは明らかである。
ウ 法人税法６８条を法改正しなかったことは財産権の侵害であり違憲である旨の原告の主張には理由がないこと
法人税法６８条１項は、非営利型法人を含む内国法人が支払を受ける利子及び配当等について所得税が源泉徴収された場合に、更に法人税として二重課税されることを排除する趣旨の規定であるところ、同条２項は、非営利型法人を含む公益法人等については、同法７条により非収益事業から生じた所得が法人税としては課税対象とされないため、非収益事業から生じた所得の一つである利子及び配当等についても、所得税と法人税の二重課税は生じないことから、同条１項の適用がないことを規定したにすぎない。そして、前記イのとおり、所得税法１１条１項及び別表第１において、非営利型法人を利子及び配当等が非課税となる公共法人等に含めなかったことについて憲法に違反する点はなく、したがって、所得税法２１２条３項の規定により、非営利型法人の非収益事業から生じた利子及び配当等が源泉徴収の対象となったことについて、何らそしりを受けるいわれはないから、法人税法６８条１項及び２項を改正する必要もない。
第３ 争点に対する判断
１ 争点１（本件義務付けの訴えの適法性）について
本件義務付けの訴えは、行政事件訴訟法３条６項２号の申請型の義務付けの訴えと解されるところ、同号に基づく訴えについては、これに併合提起された取消訴訟又は無効等確認の訴えについて、「当該処分又は裁決が取り消されるべきものであり、又は無効若しくは不存在である」と認められることが、訴えを提起するに当たっての訴訟要件とされている（同法３７条の３第１項２号、３項）。
これを本件についてみるに、下記２のとおり、本件通知処分は適法であり、その取消しを求める原告の請求は棄却されるべきものであるから、本件義務付けの訴えは、行政事件訴訟法３条６項２号所定の要件を欠き、不適法である。
２ 争点２（本件通知処分の適法性）について
（１）ア原告は、所得税法別表第１の「公共法人等」に原告が含まれず、あるいは、本件預貯金利子等に法人税法６８条１項の適用がないとの解釈及び運用に基づく本件通知処分は違法である旨の主張をする。
しかしながら、前記前提事実（１）のとおり、原告は、非営利型法人に該当する一般財団法人であって、公益法人ではないから、原告が所得税法別表第１に掲げる公共法人等として同法１１条１項の適用を受ける余地はなく、原告が支払を受ける本件預貯金利子等については、その支払の際、所得税が源泉徴収される（同法２１２条３項）。また、原告は、法人税法２条６号の公益法人等に該当し（同法別表第２）、収益事業から生じた所得以外の所得については法人税が課されず（同法７条）、本件預貯金利子等に係る所得税については二重課税の問題は生じないから、同法６８条１項の規定を適用する余地はなく、原告の法人税の額から本件預貯金利子等に係る所得税の額を控除することはできず、また、法人税の額から控除しきれなかった所得税の額の還付を求めることもできない（同条２項）。
以上によれば、本件事業年度の法人税額につき所得税の額を控除しなかったことに法律の解釈適用の誤りや計算過程の誤りは認められないから、本件更正の請求に理由がないとした本件通知処分は適法であり、原告の上記主張は採用することができない。
イ 原告は、その目的や事業の公益性・公共性という点において公益法人と同等といえる原告に対する本件通知処分は、裁量権の範囲を逸脱し、又はこれを濫用したものであって、違法であると主張する。
しかしながら、上記アのとおり、原告の法人税の額から本件預貯金利子等に係る所得税の額を控除することはできず、その点に裁量の余地はないから、原告の上記主張は失当である。
（２）原告は、①所得税法１１条１項、別表第１の「公共法人等」に、公益法人と同様、非営利型法人をも掲げることにより、その支払を受ける利子及び配当等につき所得税を課さない公共法人等に非営利型法人を含め、あるいは、②法人税法６８条を改正して、非営利型法人が支払を受ける利子及び配当等について源泉徴収された所得税の額を法人税の額から控除し、それでも控除しきれない部分についてはこれを還付する内容の改正をすべきであったのに、これと異なる不適切な法改正を行ったもので、このような本件立法行為は違憲、無効であり、それに基づく本件通知処分は違法である旨の主張をする。
しかしながら、仮に、原告の主張するような本件立法行為の違憲、無効が認められたとしても、そのことによって、直ちに、上記①又は②のような規定が創設されたことになるものとみるべき法的根拠はない。そして、利子及び配当等に対する所得税の課税は源泉徴収の方法によるところ（所得税法１８１条１項、２１２条３項）、このような源泉徴収等による国税の納付義務は、源泉徴収等の要件の充足と同時に自動的に確定し（国税通則法２条２号、１５条３項２号）、原告が利子及び配当等を受領したのと同時に、その支払者につき、所得税を徴収して国に納付する義務が生じるのであって（所得税法７条１項４号）、このように源泉徴収された利子及び配当等に対する所得税については、法人税法６８条、７８条１項、７４条１項３号による場合を除いて、これを利子及び配当等の受領者である内国法人に直接還付すべきことを定める法律上の規定は存在しない。
したがって、上記のような原告の主張を前提としたとしても、本件預貯金利子等に対する所得税の額を法人税の額から控除し、それでも控除しきれない部分について還付を受けることができることになる法律上の根拠はないというべきであって、本件立法行為の違憲、無効を理由として本件通知処分が違法となる旨の原告の主張は、その前提を欠くものといわざるを得ず、失当である。
（３）なお、以下に述べるとおり、本件立法行為が憲法１４条及び２９条に反して違憲、無効である旨の原告の主張は、理由がない。
ア 憲法は、国民がその総意を反映する租税立法に基づいて納税の義務を負うことを定め（３０条）、新たに租税を課し又は現行の租税を変更するには、法律又は法律の定める条件によることを必要とする（８４条）一方、課税要件及び租税の賦課徴収の手続の内容について特に定めることをせず、これを法律の定めるところに委ねているところ、租税は、今日では、国家の財政需要を充足するという本来の機能に加え、所得の再分配、資源の適正配分、景気の調整等の諸機能をも有しており、国民の租税負担を定めるについて、財政・経済・社会政策等の国政全般からの総合的な政策判断を必要とするばかりでなく、課税要件等を定めるについて、専門技術的な判断を必要とすることも明らかであって、租税法の定立については、国家財政、社会経済、国民所得、国民生活等の実態についての正確な資料を基礎とする立法府の政策的、技術的判断に委ねるほかはなく、裁判所は、基本的にはその裁量的判断を尊重せざるを得ないものというべきであるから、その租税法の立法目的が正当なものであり、かつ、当該立法において具体的に採用された課税要件等の定めが同目的との関連で著しく不合理であることが明らかでない限り、その合理性を否定することができず、これを憲法１４条１項、２９条等の規定に違反するものということはできないものと解するのが相当である（最高裁昭和６０年３月２７日大法廷判決・民集３９巻２号２４７頁参照）。
イ（ア）公益法人制度改革は、旧公益法人について、設立が簡便でない、公益性の高い法人から営利性の高い法人まで様々なものが存在し課税の公平性を害するなどといった批判があったことから、準則主義（登記）により簡便に設立できる一般社団・財団法人制度を創設して設立及び運営の自由度を高め、一方で、一般社団・財団法人のうち、法定の基準（認定法５条）を充足するものとして認定を受けた公益法人については、設立後も、認定法所定の監督を行うことにより（認定法第１章第２節、２９条２項１号、２号等）、高い公益性を保持させることとしたものである（乙５ないし８）。
（イ）公益法人制度改革に伴う税制改正により、原告を含む非営利型法人は、公益法人と異なり、その支払を受ける利子及び配当等について、それが、収益事業と非収益事業のいずれから生ずるものであるか、また、収益事業と非収益事業のいずれに属する資産から生ずるものであるかを問わず、所得税が課されることとされた。このような課税上の取扱いの区別を設けた目的は、前記（ア）のような公益法人とそれ以外の一般社団・財団法人との公益性の差異を踏まえ、公益目的事業の促進と、適正かつ公平な課税の実現との調整を図ることにあると解されるところ、このような目的は正当性を有するものといえる。
そして、前記(ア)に述べたとおり、公益法人については、それ以外の一般社団・財団法人に比して、その高い公益性の保持が制度的に担保されているといえることからすれば、上記のような公益法人と非営利型法人との間の課税上の取扱いの区別は、上記のような目的との関連で著しく不合理であることが明らかということはできない。また、非営利型法人が支払を受ける利子及び配当等について所得税を課することとする改正や、非営利型法人が支払を受ける利子及び配当等について源泉徴収された所得税の額を法人税の額から控除し、控除しきれなかった税額を還付するよう法人税法６８条を改正しなかったことが、上記目的との関係で必要性又は合理性を欠くことが明らかということもできない。
したがって、本件立法行為が憲法１４条１項、２９条に違反するものということはできない。
ウ 原告は、原告を含む財団法人にとって、利子及び配当等は事業の財源となる所得であり、これに課税することは、その存続を不可能とするものといえるのであって、原告が支払を受けた利子及び配当等について取り切りとなる結果を招く本件立法行為は、合理性を欠くとも主張する。
しかしながら、本件全証拠によっても、財団法人が支払を受ける利子及び配当等に所得税を課することにより、財団法人の存続がおよそ不可能になると認めることはできず、上記原告の主張は理由がない。
（４）以上からすれば、本件更正請求につき、更正をすべき理由がないとした本件通知処分は適法である。
第４ 結論
よって、本件義務付けの訴えは不適法であるから却下し、その余の訴えに係る原告の請求は理由がないから棄却することとして、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３８部
裁判長裁判官鎌野真敬
裁判官栗原志保
裁判官佐藤秀海
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（別紙1)
指定代理人目録
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高橋紀子，今西貴洋，今中暉，佐藤芳美，ー丸聖，寺本史郎，濱謙吾，嶋野友二，鈴木章義
上
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（別紙2)
関係法令
1 法人税法
9. ．
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(1)
.2条（定義）
この法律において，次の各号に掲げる用語の意義は，当該各号に定めると
ころによ
・る・
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6号
公益法人等
別表第2に掲げる法人をいう。
'9号
普通法人
第5号から第7号までに掲げる法人以外の法人をいい，
人格のない社団等を含まない。
9号の2非営利型法人
一般社団法人又は一般財団法人（公益社団法
人又は公益財団法人を除く。）のうち，次に掲げるものをいう。
イ
その行う事業により利益を得ること又はその得た利益を分配す
ることを目的としない法人であってその事業を運営するための組
織が適正であるものとして政令で定めるもの
ロ
その会員から受け入れる会費により当該会員に共通する利益を
図るための事業を行う法人であってその事業を運営するための組
織が適正であるものとして政令で定めるもの
その余の号
（略）
(2) ・
4条1 項
内国法人は，この結律により，法人税を納める義務がある。ただし，公益
法人等又は人格のない社団等については，収益事業を行う場合，法人課税信託の引受けを行う場合又は第8 4条第1項（退職年金等積立金の額の計算）に規定する退職年金業務等を行う場合に限る。
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(3)
7 条（内国公益法人等の非収益事業所得等の非課税）
·
内国法人である公益法人等又は人格のない社団等の各事業年度の所得の
うち収益事業から生じた所得以外の所得については，第5条（内国法人の課税所得の範囲）の規定にかかわらず，各事業年度の所得に対する法人税を課さない。
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(4). 6 8条（所得税額の控除）（平成30 年法律第7 号による改正前のもの。以下．．．
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·
同じ。）
ア1項
内国法人が各事業年度において所得税法第1 7 4 条各号（内国法人に係る所得税の課税標準）に規定する利子等，配当等，給付補填金，利息，利
益，差益，利益の分配又は賞金（利子及び配当等）の支払を受ける場合に
は，‘これらにつき同法の規定により課される所得税の額は，政令で定めるところにより，当該事業年度の所得に対する法人税の額から控除する。
イ2 項
・
前項の規定は，内国法人である公益法人等又は人格のない社団等が支払
を受ける利子及び配当等で収益事業以外の事業又はこれに属する資産か
ら生ずるものにつき課される同項の所得税の額については，適用しない。
(5)
別表第2（公益法人等の表（第2条，第3条，第3 7条，第6 6条関係））（平成3 1年法律第6号による改正前のもの）
称
拠法
（略）
．，
一般財団法人（非営利型法人に上般社団法人及び一般財団法人に関する法4該当するものに限る。）
．
．1 （平成1 8年法律第48号）
一般社団法人（非営利型法人に
該当するものに限る。）
（略）
（略）
公益財団法人
．．
公益社団法人
（略）
般社団法人及び一般財団法人に関する法名
I
び公益社団法人及び公益財団法人の認定等
・
に関する法律
（略）
所得税法
(1)
1項
所得税は，次の各号に掲げる者の区分に応じ当該各号に定める所得につい
7条（課税所得の範囲）
て課する。
4号
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内国法人
国内において支払われる第1 74条各号（内国法人に係
る所得税の課税標準）に掲げる利子等，配当等，給付補填金，利息，
利益，差益，利益の分配及び賞金
（略）
．．
1 1条（公共法人等及び公益信託等に係る非課税）1項
別表第1 に掲げる内国法人が支払を受ける第1 7 4 条各号（内国法人に係·る所得税の課税標準）に掲げる利子等，配当等，給付補填金，利息，利益，＇、差益及び利益の分配（貸付信託の受益権の収益の分配にあっては，当該内国、法人が当該受益権を引き続き所有していた期間に対応する部分の額として政令で定めるところにより計算した金額に相当する部分に限る。）については，所得税を課さない。
1 7 4条•（内国法人に係る所得税の課税標準）
第23条1項（利子所得）に規定する利子等
第24 条1 項（配当所得）に規定する配当等
その余の号
. (2)
．
・(3)
1号
2号
.
•·
、
その余の号
（略）
'(4)
1 8 1条（源泉徴収義務）1項
．．
居住者に対し国内において第23条第1項（利子所得）に規定する利子等
（以下この章において「利子等」という。）又は第24条第1項（配当所得）に規定する配当等（以下この章において「配当等」という。）の支払をする者は，その支払の際，その利子等又は配当等について所得税を徴収し，
その徴
収の日の属する月の翌月1 0 日までに，これを国に納付しなければならない。.
(5)
2 (2 条（源泉徴収義務）3項
内国法人に対し国内において第174条各号（内国法人に係る所得税の課
税標準）に掲げる利子等，配当等，給付補填金，利息，利益，差益，、利益の分配又は賞金（これらのうち第1 7 6条第1項又は第2項（信託財産に係る利子等の課税の特例）の規定に該当するものを除く。）の支払をする者は，その支払の際，当該利子等，配当等，給付補填金，利息，利益，差益，利益の分配又は賞金について所得税を徴収し，その徴収の日の属する月の翌月1 Q•••·•．・．
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日までに，これを国に納付しなければならない。
(6)
別表第1 （公共法人等の表（第4条，第1 1 条関係））（平成3 0 年法律第7号による改正前のもの）
名称
根拠法
（略）
（略）
／
公益財団法人.'
一般社団法人及び一般財団法人に関する法律
公益社団法人
（平成1 8年法律第48号）及び公益社団法
人及び公益財団法人の認定等に関する法律
（平成18年法律第49号）
（略）
（略）
公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律P
(1). 4条（公益認定）
公益目的事業を行う一般社団法人又は一般財団法人は，行政庁の認定を受
けることができる。
(2).
5条（公益認定の基準）
行政庁は，前条の認定（以下「公益認定」という。）の申請をした一般社団法人又は一般財団法人が次に掲げる基準に適合すると認めるときは，当該法人について公益認定をするものとする。
1号
公益目的事業を行うことを主たる目的とするものであること。
. 2 号
公益目的事業を行うのに必要な経理的基礎及び技術的能力を有す
るものであること。
3号
その事業を行うに当たり，社員，評議員，理事，監事，使用人その
他の政令で定める当該法人の関係者に対し特別の利益を与えないもの
10 、
であること。
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4号
その事業を行うに当たり，株式会社その他の営利事業を営む者又は
特定の個人若しくは団体の利益を図る活動を行うものとして政令で定
める者に対し，寄附その他の特別の利益を与える行為を行わないもの
であること。ただし，公益法人に対し，当該公益法人が行う公益目的
事業のために寄附その他の特別の利益を与える行為を行う場合は，こ
の限りでない。
5号
投機的な取引，高利の融資その他の事業であって，公益法人の社会
的信用を維持する上でふさわしくないものとして政令で定めるもの又
は公の秩序若しくは善良の風俗を害するおそれのある事業を行わない
ものであること。
6号
その行う公益目的事業について，当該公益目的事業に係る収入がそ
の実施に要する適正な費用を償う額を超えないと見込まれるものであ
ること。
1 7号
第2 9条1項若しくは2項の規定による公益認定の取消しの処分
を受けた場合又は合併により法人が消滅する場合（その権利義務を承
継する法人が公益法人であるときを除く。）において，公益目的取得財
産残額（第3 0条第2項に規定する公益目的取得財産残額をいう。）が
あるときは，
これに相当する額の財産を当該公益認定の取消しの日又
は当該合併の日から一箇月以内に類似の事業を目的とする他の公益法
人若しくは次に掲げる法人又は国若しくは地方公共団体に贈与する旨
を定款で定めているものであること。（以下略）
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I
.
その余の号
（略）
(3) • 2· 9条（公益認定の取消し）2 項
行政庁は，公益法人が次のいずれかに該当するときは，その公益認定を取
り消すことができる。
1号
第5条各号に掲げる基準のいずれかに適合しなくなったとき。
その余の号
（略）
.
．
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以上
，
(、．
法人税に係る課税処分等の経緯
区分
年月
日',
所得金額
納付すべき
法人利し額
確定申告
平成30年7月
•2日
·
3,659,902
△83, 408,.545
修正申告
平成30年11月
20日
3,659,902
548,800
更正の請求．平成30年11月
20日
3;659,902
△83,408,515
；通知処分
平成31年2月
15 日
更正をすべき理由がない旨の通知
審査請求
令和元年5月
10日
．＇全部取消し
. .
．
．裁
決
令和2年3月
12日
．．棄
却
:
：
別表
（単位：円）
※「納付すべき法人税額」欄の△印比還付金の額に相当する税額を意味する。•..
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出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2022/pdf/13658.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。