税務訴訟資料第２７２号（順号１３６７４）
東京地方裁判所令和●●年（○○）第●●号所得税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（昭和税務署長）
令和４年２月２４日棄却・控訴
判決
原告甲
同訴訟代理人弁護士鳥飼重和
同橋本浩史
同小西功朗
同補佐人税理士佐野幸雄
被告国
同代表者法務大臣古川禎久
処分行政庁昭和税務署長
岡直人
同指定代理人別紙１指定代理人目録記載のとおり
主文
１ 原告の請求を棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
昭和税務署長が平成３１年３月１２日付けでした原告の平成２５年分所得税及び復興特別所得税の更正処分のうち上場株式等の譲渡所得の金額２０億９０２０万１９５４円、納付すべき税額１億４９４７万９６００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
第２ 事案の概要
原告は、同一銘柄の上場株式を、租税特別措置法（平成２５年法律第５号による改正前のもの。以下同じ。）３７条の１１の３第３項１号に規定する特定口座と特定口座以外の口座の双方において保有していたところ、平成２５年６月１３日から同月２４日までの間に、そのうち特定口座以外の口座において保有する株式のみを譲渡した。
本件は、原告が、上記譲渡に係る譲渡所得の計算上控除する資産の取得費に算入する金額は、特定口座以外の口座において保有する当該上場株式の取得価額だけでなく、特定口座において保有する当該上場株式の取得価額も含めて所得税法施行令１１８条１項に規定する総平均法に準ずる方法により算出した額であるとして、平成２５年分の所得税及び復興特別所得税の申告をしたところ、処分行政庁は、上記取得費に算入する金額は、特定口座において保有する当該上場株式の取得価額を含めずに算出すべきであるとして、平成２５年分の所得税及び復興特別所得税に係る更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分をしたことから、同更正処分のうち原告主張額を超える部分及び同賦課決定処分の取消しを求める事案である。
１ 関係法令の定め
本件に関する法令の定めは別紙２－１ないし２－６のとおりである。また、上場株式等の譲渡所得の計算に係る法令等の定めの概要は以下のとおりである。
（１）有価証券を譲渡した際の取得費の計算に関する所得税法等の定め
ア 譲渡所得について
所得税法３３条は、譲渡所得とは、資産の譲渡による所得をいい、その年中の譲渡所得に係る総収入金額から当該所得の基因となった資産の取得費及びその譲渡に要した費用の額の合計額を控除し、その残額の合計額から譲渡所得の特別控除額を控除した金額を譲渡所得の金額とする旨規定している。
イ 必要経費、譲渡所得の金額の計算上控除する取得費について
所得税法３７条１項は、その年分の事業所得の金額等の計算上必要経費に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、これらの所得の総収入金額に係る売上原価その他当該総収入金額を得るため直接に要した費用の額及びその年における販売費、一般管理費その他これらの所得を生ずべき業務について生じた費用の額とする旨規定している。
所得税法３８条１項は、譲渡所得の金額の計算上控除する資産の取得費は、別段の定めがあるものを除き、その資産の取得に要した金額並びに設備費及び改良費の額の合計額とする旨規定している。
ウ 有価証券の譲渡原価等の計算及びその評価の方法について
所得税法４８条１項は、居住者の有価証券につき同法３７条１項の規定によりその者の事業所得の金額の計算上必要経費に算入する金額を算定する場合におけるその算定の基礎となるその年１２月３１日において有する有価証券の価額は、その者が有価証券について選定した評価の方法により評価した金額（評価の方法を選定しなかった場合又は選定した評価の方法により評価しなかった場合には、評価の方法のうち政令で定める方法により評価した金額）とする旨規定している。所得税法施行令１０５条１項１号は、所得税法４８条１項の規定による有価証券の評価額の計算上選定をすることができる評価の方法として、総平均法を定めている。総平均法とは、有価証券をその種類及び銘柄（以下「種類等」という。）の異なるごとに区別し、その種類等の同じものについて、その年１月１日において有していた種類等を同じくする有価証券の取得価額の総額とその年中に取得した種類等を同じくする有価証券の取得価額の総額との合計額をこれらの有価証券の総数で除して計算した価額をその一単位当たりの取得価額とする方法をいう（所得税法施行令１０５条１項１号）。
所得税法４８条３項は、居住者が二回以上にわたって取得した同一銘柄の有価証券につき、同法３７条１項の規定によりその者の雑所得の金額の計算上必要経費に算入する金額又は同法３８条１項の規定によりその者の譲渡所得の金額の計算上取得費に算入する金額は、政令で定めるところにより、それぞれの取得に要した金額を基礎として、同法４８条１項の規定に準じて評価した金額とする旨規定している。所得税法施行令１１８条１項は、所得税法４８条３項に規定する、雑所得の金額の計算上必要経費に算入する金額又は譲渡所得の金額の計算上取得費に算入する金額は、当該有価証券を最初に取得した時（その後既に当該有価証券の譲渡をしている場合には、直前の譲渡の時。）から当該譲渡の時までの期間を基礎として、当該最初に取得した時において有していた当該有価証券及び当該期間内に取得した当該有価証券について、所得税法施行令１０５条１項１号に掲げる総平均法に準ずる方法（以下「総平均法に準ずる方法」という。）によって算出した１単位当たりの金額により計算した金額とする旨規定している。
（２）株式等に係る譲渡所得等の課税の特例
租税特別措置法（以下「措置法」という。）３７条の１０第１項及び租税特別措置法施行令（平成２５年政令第１１４号による改正前のもの。以下「措置法施行令」という。）２５条の８第１項は、居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者（以下「居住者等」という。）が、平成１６年１月１日以後に株式等の譲渡をした場合には、当該株式等の譲渡による事業所得、譲渡所得及び雑所得（以下「株式等に係る譲渡所得等」という。）については、他の所得と区分し、その年中の株式等に係る譲渡所得等の合計額に対し、株式等に係る課税譲渡所得等の金額の１００分の１５（ただし、平成２０年法律第２３号附則４３条２項所定の要件を満たす上場株式等の譲渡に係る譲渡所得については、１００分の７）に相当する金額に相当する所得税を課する旨規定している。
（３）特定口座内保管上場株式等の譲渡等に係る所得計算等の特例
措置法３７条の１１の３第１項は、居住者等が、金融商品取引業者等に特定口座を開設した場合に、その特定口座に係る振替口座簿に記載若しくは記録がされ、又は特定口座に保管の委託がされている上場株式等（以下「特定口座内保管上場株式等」という。）の譲渡をした場合には、政令で定めるところにより、当該特定口座内保管上場株式等の譲渡による事業所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額については、当該特定口座内保管上場株式等以外の株式等の譲渡による事業所得の金額、譲渡所得の金額及び雑所得の金額と区分して、これらの金額を計算する旨規定している。
そして、同項の委任を受けた措置法施行令２５条の１０の２第１項は、特定口座内保管上場株式等の譲渡による事業所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額の計算は、個々の特定口座ごとに、特定口座以外の株式等の譲渡による事業所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額と区分して、各所得を計算することにより行うとし、この場合において、特定口座内保管上場株式等の譲渡による譲渡所得の金額の計算上取得費に算入する金額の計算に係る所得税法４８条の規定等の適用については、措置法施行令２５条の１０の２第１項２号が、当該居住者等の有する同一銘柄の上場株式等のうちに特定口座内保管上場株式等とそれ以外の上場株式等とがある場合には、これらの上場株式等については、それぞれその銘柄が異なるものとして、所得税法施行令第二編第一章第四節第三款の規定（同施行令１０５条から１１９条まで。以下同じ。）を適用する旨規定している。
措置法施行令２５条の１０の２第２６項は、居住者等が、特定口座から特定口座内保管上場株式等の全部又は一部の払出し（一部例外を除く。）をした場合には、当該払出し後の当該払出しをした上場株式等と同一銘柄の上場株式等（特定口座内保管上場株式等であるものを除く。）の譲渡による所得の金額の計算上総収入金額から控除すべき売上原価又は取得費の額の計算については、同項１号で、所得税法施行令第二編第一章第四節三款及び１６７条の７第３項から第６項までの規定の適用については、当該払出しをした上場株式等は、当該払出しの時に、措置法施行令２５条の１０の２第１２項２号イに規定する取得費等の額として計算される金額（同号イに規定する費用がある場合には、同号イに規定する合計額）により取得されたものとする旨規定している。そして、同号イは、取得費等の額として計算される金額について、特定口座内保管上場株式等を銘柄ごとに区分し、当該移管をした時に当該移管をした特定口座内保管上場株式等の譲渡があったものとした場合に、所得税法施行令第二編第一章第四節三款及び１６７条の７第３項から第６項までの規定（同条１項後段の規定により適用される場合を含む。）により当該特定口座内保管上場株式等の売上原価の額又は取得費の額として計算される金額に相当する金額である旨規定している。
（４）概算取得費について
平成１４年６月２４日付け課資３－１ほか国税庁長官通達「租税特別措置法（株式等に係る譲渡所得等関係）の取扱いについて（法令解釈通達）」（平成２５年９月９日付け課資３－６ほかによる改正前のもの。乙２）３７の１０－１４（株式等の取得価額）は、株式等を譲渡した場合における事業所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額の計算上必要経費又は取得費に算入する金額について、譲渡をした同一銘柄の株式等につき、当該株式等の譲渡による収入金額の１００分の５に相当する金額を当該株式等の取得価額として譲渡所得の金額の計算上収入金額から控除する取得費として計算しているときは、これを認めて差し支えないものとする旨規定している（以下、当該計算により算出した取得費を「概算取得費」という。）。
２ 争いのない事実及び当裁判所に顕著な事実
（１）株式の譲渡に係る経緯
ア 原告は、昭和４８年から平成２２年までの間に、特定口座以外の口座（以下「一般口座」ということがある。）において、Ａ株式会社（現在の商号はＢ株式会社）の発行に係る株式（以下「本件法人株式」という。）の取得及び譲渡を繰り返し行っていた。
イ 原告は、平成２５年６月６日、Ｃ証券株式会社（以下「Ｃ証券」という。）名古屋支店に特定口座申込書を提出し、同店との間で上場株式等保管委託契約を締結した上で、特定口座を開設した。
ウ 原告は、保有する本件法人株式８５万株のうち、平成２５年６月１１日に７２万５０００株を総額２１億３５８５万円で、同月１２日に１万２０００株を総額３４０３万２０００円で、それぞれ譲渡した。
原告は、上記平成２５年６月１１日の譲渡の直前において、本件法人株式の全て（８５万株）をＣ証券名古屋支店の一般口座において保有していたところ、同株式について、総平均法に準ずる方法により算出した１株当たりの取得価額は５９円であった。
エ 原告は、平成２５年６月１２日、Ｃ証券名古屋支店の特定口座において、本件法人株式７２万５０００株を総額２１億３８２７万７９４６円（手数料及び消費税の合計２４２万７９４６円を含む。）で取得した。
オ 原告は、平成２５年６月１３日から同月２４日までの間に、一般口座において保有していた本件法人株式の残り１１万３０００株を、総額３億２０５２万２０００円で順次譲渡した（以下、これら本件法人株式１１万３０００株を併せて「本件譲渡株式」という。）。
（２）原告に対する更正処分等
ア 原告は、法定申告期限内である平成２６年３月１７日、処分行政庁に対し、平成２５年分の所得税及び復興特別所得税（以下「所得税等」という。）の確定申告書を提出した。同申告書において、原告は、平成２５年分の所得税等に係る株式等の譲渡所得の金額の計算上、取得費に算入する金額を、平成２５年６月１１日及び同月１２日に譲渡した本件法人株式（前記（１）ウ）については概算取得費とし、本件譲渡株式（前記（１）オ）については、特定口座で取得した本件法人株式の取得費（前記（１）エ）を含めて総平均法に準ずる方法により算出した。上記申告書における本件譲渡株式の取得費の具体的な計算方法は以下のとおりであった。
（ア）１単位当たりの金額の計算
（５９円／株×１１万３０００株＋２１億３８２７万７９４６円）÷（１１万３０００株＋７２万５０００株）
＝２５６０円／株（１円未満の端数は切り上げ）
（イ）本件譲渡株式の取得費の計算
２５６０円／株×１１万３０００株＝２億８９２８万円
イ 処分行政庁は、平成３１年３月１２日、原告に対し、本件譲渡株式の譲渡所得の金額の計算においては、措置法３７条の１１の３第１項及び措置法施行令２５条の１０の２第１項２号の規定により、特定口座内で保管する株式と当該特定口座以外で保管する株式が同一銘柄の株式であったとしても、それぞれの銘柄が異なるものとして区分して計算することとなるから、一般口座において譲渡した本件株式に係る１単位当たりの取得単価を算定するに当たって特定口座内の本件法人株式の取得費を含めるのは相当ではないとして、平成２５年分の所得税等に係る更正処分（以下「本件更正処分」という。）及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分」といい、本件更正処分と併せて「本件更正処分等」という。）をした。本件更正処分における本件譲渡株式の取得費の具体的な計算方法は以下のとおりであった。
（ア）１単位当たりの金額
５９円／株
（イ）本件譲渡株式の取得費の計算
５９円／株×１１万３０００株＝６６６万７０００円
（３）訴え提起に至る経緯
ア 原告は、令和元年５月２７日、国税不服審判所長に対し、本件更正処分等を不服として審査請求をしたが、国税不服審判所長は、令和２年４月１７日、原告に対し、原告の審査請求を棄却する旨の裁決をした。
イ 原告は、令和２年９月２３日、本件訴えを提起した。
３ 本件更正処分等の根拠及び適法性に関する被告の主張
本件更正処分等の根拠及び適法性に関する被告の主張は後記５（被告の主張）のほか別紙３「被告の主張を前提とした各課税の根拠及び適法性」記載のとおりである。なお、原告は、争点に関する部分を除き、その計算の基礎となる金額及び計算方法を争っていない。
４ 争点
本件の争点は、本件譲渡株式の取得費の計算方法及びその金額であり、具体的には、措置法３７条の１１の３の規定は、特定口座内保管上場株式等を譲渡した場合だけでなく、一般口座に保有する同一銘柄の上場株式等を譲渡した場合にも適用があり、それぞれの銘柄が異なるものとして取得費の計算を行うべきである（被告主張）か、特定口座内保管上場株式等が譲渡された場合にのみ適用され、一般口座内に保管されている上場株式等が譲渡された場合には適用がない（原告主張）かである。
５ 争点に関する当事者の主張
（被告の主張）
以下のとおり、措置法３７条の１１の３の規定は、特定口座内保管上場株式等の譲渡による所得と当該特定口座内保管上場株式等以外の株式等の譲渡による所得とを、常に区分して計算することを前提としており、特定口座内保管上場株式等を譲渡した場合だけでなく、一般口座に保有する同一銘柄の上場株式等を譲渡した場合であっても、それぞれの銘柄が異なるものとして取得費の計算を行うべきである。したがって、本件譲渡株式の取得費に算入する金額は、特定口座で取得した本件法人株式の取得費を含めずに総平均法に準ずる方法により算出した金額である６６６万７０００円（＝５９円／株×１１万３０００株）となる。
（１）措置法及び措置法施行令の規定上、株式等の譲渡に係る譲渡所得等の金額を算出するに当たっては、金融商品取引業者等が特定口座内保管上場株式等の譲渡による所得を計算し、居住者等が特定口座内保管上場株式等以外の株式等の譲渡による所得を計算し、居住者等がこれを合算する仕組みとなっており、この合算前に、居住者等が特定口座内保管上場株式等以外の株式等の譲渡による事業所得、譲渡所得及び雑所得の計算において、特定口座内保管上場株式等の取得費を含めて計算することは予定されていない。
また、特定口座内保管上場株式等は、措置法３７条の１１の３の適用を受けることを予定して特定口座において管理される上場株式等であり、同条の適用が予定されていない一般口座で保管されている上場株式等とは銘柄が異なるものとして区分して取り扱われる。そうすると、特定口座を利用している以上、将来的に同一銘柄の特定口座内保管上場株式等を譲渡したときには、それぞれの銘柄が異なるものとして、総平均法に準ずる方法によって取得費を計算することになるのであるから、同一銘柄の特定口座内保管上場株式等の譲渡がなくても、一般口座に係る同一銘柄の上場株式等を譲渡した場合の当該上場株式の取得費の計算については、それぞれの銘柄が異なるものとして取得費の計算を行うべきである。
（２）これに対して原告は、租税法の解釈は原則として文理解釈によるべきところ、措置法３７条の１１の３第１項は「特定口座内保管上場株式等…の譲渡をした場合には」と規定しているから、文理解釈上、一般口座に保管されている上場株式等を譲渡した場合には適用されないと主張する。
しかしながら、措置法３７条の１１の３第１項は、上記（１）の特定口座内保管上場株式等は一般口座で保管されている上場株式等とは銘柄が異なるものとして区分して取得費が計算されるという区分計算（以下、この意味で単に「区分計算」ということがある。）の趣旨を確認的に規定したものであって、特定口座内保管上場株式等の譲渡をした場合に限定して区分計算をすることを規定したものではない。
特定口座制度は、証券会社が特定口座に関する情報のみをもって取得費等の額を計算することを可能とする制度であることからすれば、特定口座内保管上場株式等の譲渡による所得と当該特定口座内保管上場株式等以外の株式等の譲渡による所得とは常に区分して計算することが法の趣旨及び目的とも合致する。他方で、仮に原告が主張する計算方式を用いた場合、取得費の計算において、特定口座で取得した株式の取得価額を、特定口座における計算と一般口座における計算とで二重に考慮することとなり、正確な取得費を算出できないこととなる。
また、措置法３７条の１１の３第１項は、特定口座内保管上場株式等を譲渡した場合に「限り」、区分計算するとは規定していないから、原告の主張は、措置法３７条の１１の３第１項の文理解釈によるものではなく、同項の反対解釈又はそれに類する解釈に基づく主張にすぎない。
（３）原告の主張する計算方式で取得費の計算をするためには、特定口座内保管上場株式等の取得に要した金額を継続的に記録していることを前提としなければならず、投資家の上場株式等の譲渡に係る譲渡所得等の金額の計算の負担を軽減するという特定口座制度の趣旨を没却するものである。また、総平均法に準ずる方法によれば、本来、保有する同一銘柄の株式等の一部を譲渡した場合には、譲渡の都度、１単位当たりの株式等の価額が、譲渡せずに引き続き保有している同一銘柄の株式等の取得価額に引き継がれるはずである。一方、原告の主張する計算方式は、算出した１単位当たりの株式等の取得価額が特定口座内保管上場株式の取得価額に引き継がれない結果を生じることからすれば、所得税法４８条３項及び所得税法施行令１１８条１項に規定する総平均法に準ずる方法とはいえない。
（４）譲渡所得に対する課税は、資産の値上がりによりその資産の所有者に帰属する増加益（キャピタル・ゲイン）を所得として、その資産が所有者の支配を離れて他に移転するのを機会にこれを清算して課税する趣旨のものであり、増加益の計算は、譲渡所得の起因となった資産の取得費を控除して算出するものであるから、総平均法に準ずる方法を用いる場合であっても、譲渡所得の起因となる資産の取得に要した金額と異なる金額を算出し、当該金額を取得費として控除することはできない。しかしながら、原告主張に係る計算方式によれば、本件のように、特定口座内保管上場株式等以外の上場株式等の取得単価が、特定口座内保管上場株式等の取得単価を下回る場合には、資産の取得に要した金額を超える取得費を控除した結果となる。原告は、本件譲渡所得について上記計算方式を採ることによって取得費を過大に計上して譲渡益を圧縮しており、同方式は譲渡所得の課税の趣旨に反するものである。
（原告の主張）
以下のとおり、措置法３７条の１１の３の規定は、特定口座内保管上場株式等が譲渡された場合にのみ適用され、一般口座内に保管されている上場株式等が譲渡された場合には適用されない。したがって、本件譲渡株式の取得費に算入する金額は、特定口座で取得した本件法人株式の取得費を含めて総平均法に準ずる方法により算出した金額である２億８９２８万円（＝２５６０円／株×１１万３０００株）となる。
（１）租税法は侵害規範であり、法的安定性の要請が強く働くから、その解釈は原則として文理解釈によるべきであり、みだりに拡張解釈や類推解釈をすることは許されない。措置法３７条の１１の３第１項は、「居住者…が…特定口座内保管上場株式等…の譲渡をした場合には」と規定し、措置法施行令２５条の１０の２第１項は、「法第３７条の１１の３第１項に規定する特定口座内保管上場株式等…の譲渡…による…譲渡所得の金額…の計算は」と規定しており、これらの条項が一般口座に保管されている上場株式等を譲渡した場合に適用されないことは、その文言から明らかである。措置法及び措置法施行令の規定は、個別租税法の規定に対する特例の性質を有しているところ、措置法３７条の１１の３第１項等は所得税法４８条３項等の特例であって、区分計算の趣旨を確認的に規定したものではない。したがって、措置法３７条の１１の３第１項等は、特定口座内保管上場株式等が譲渡された場合にのみ適用され、特定口座内保管上場株式等以外の株式等が譲渡された場合には適用されない。
（２）被告は、原告の主張する計算方式について、特定口座制度の趣旨を没却するものであると主張する。しかしながら、同制度の趣旨は、特定口座内に保管されていた上場株式等を譲渡した場合における譲渡所得の金額を計算する際の負担軽減にあるのであって、一般口座内に保管されている上場株式等の譲渡について原告の主張する計算方式を用いたとしても、上記趣旨を没却するものではない。
また、被告は、原告の主張する計算方式は、算出した１単位当たりの株式等の取得価額が特定口座内保管上場株式の取得価額に引き継がれない結果を生じるから、所得税法４８条３項及び所得税法施行令１１８条１項に規定する総平均法に準ずる方法とはいえないと主張する。しかしながら、特定口座内保管上場株式等は、その特定口座における同一銘柄の特定口座内保管上場株式等の中で、１単位当たりの株式等の取得価額の計算が連続しているから何ら不都合は生じないし、一般口座の株式を譲渡した場合に、算出された１単位当たりの株式等の取得価額が、引き続き保有している特定口座内保管上場株式等の取得費に引き継がれない結果を生じることは、法が特定口座制度を採用したことにより当然に予定されていることである。
（３）被告は、原告の主張する計算方式によれば、資産の取得に要した金額を超える取得費を控除することになると主張するが、原告の主張する計算方式も、譲渡所得の起因となる資産である本件譲渡株式の取得に要した金額に基づく計算である。原告の主張と被告の主張との違いは、総平均法に準ずる方法において取得価額が加算される有価証券の範囲が、一般口座内の有価証券に限られるのか、それのみではなく特定口座内の有価証券も含まれるかの違いであり、被告の主張は、自己の主張が正しいという前提の上で、原告の主張する計算方式による取得費と被告の主張する計算方式とに差異が生じることを捉えて、前者によれば資産の取得に要した金額を超える取得費を控除する結果になると主張するものにすぎない。
第３ 当裁判所の判断
１ 特定口座制度の内容及び趣旨等
（１）特定口座制度が創設された趣旨、経緯等
株式の譲渡による所得については、昭和２８年以降原則として非課税とされていたが、昭和６３年の税制改正において、原則として課税対象とすることに改められた。その際、課税方式については、申告分離課税方式（他の所得と分離して一定の税率により確定申告を通じて課税する方式）を原則としつつ源泉分離課税（株式等の譲渡価額の一定割合相当額を所得とみなし、他の所得と分離して一定の税率により源泉徴収を通じて課税する方式）の選択を認める源泉分離選択課税制度が採用された。その後、平成１３年の税制改正等により、上記源泉分離選択課税制度は廃止され、平成１５年１月１日以降は申告分離課税方式に一本化された。
このような申告分離課税方式への一本化に伴い、申告分離課税になじみのなかった個人投資家の申告事務の負担を軽減するために、金融商品取引業者等に開設した特定口座を通じて上場株式等の譲渡を行うなどの場合に限って、他の株式等の譲渡による所得と区別して所得計算をすることができることとした。特定口座は、居住者等が金融商品取引業者等との間で上場株式等保管委託契約（措置法３７条の１１の３第３項２号）等を締結して開設する口座であり（同項１号）、特定口座内保管上場株式等の譲渡による所得については、金融商品取引業者等が、居住者等に代わって、上場株式等の譲渡の対価及び取得費の額、当該譲渡に要した費用の額、当該譲渡に係る所得の金額を計算し、これらの金額を記載した年間取引報告書を１年に１回、所轄税務署長及び居住者等に送付するものとされている（同条７項）。
そして、措置法３７条の１１の３第１項及び措置法施行令２５条の１０の２第１項（以下「本件各規定」という。）は、特定口座内保管上場株式等の譲渡をした場合には、当該特定口座内保管上場株式等の譲渡による譲渡所得の金額の計算は、これと当該特定口座内保管上場株式等以外の株式等の譲渡による譲渡所得の金額とを区分して行い、この場合において、同一銘柄の上場株式等のうちに特定口座内保管上場株式等とそれ以外の上場株式等がある場合には、それぞれ銘柄が異なるものとして取得費の計算等を行う旨規定している。また、特定口座内の取引に係る所得については、納税者において、源泉徴収を選択することも可能であり（措置法３７条の１１の４第１項）、その場合には源泉徴収が選択された口座における取引から生じた所得を除外して確定申告をすることができるとされている（同法３７条の１１の５第１項）。
（２）特定口座への受入れと特定口座からの払出し
特定口座内保管上場株式等については、金融商品取引業者等が、居住者等に代わって一元的に取得費等を計算することが予定され、既に開設された特定口座に新たに受け入れることのできる上場株式等は、原則としてその特定口座において行われた取引により取得した上場株式等に限られるものとされたが、特定口座制度導入当初は、居住者等が特定口座外で保管している株式を特定口座へ受け入れることができるとする経過措置が定められた。しかし、同経過措置は、平成２１年５月３１日をもって廃止された（平成１７年政令第１０３号附則１１条１項、２項参照）。
他方、特定口座内保管上場株式等を特定口座外へ払い出すことは現在も可能であるところ、上記払出しがされた場合、当該払出し後の一般口座内の上場株式等に係る譲渡所得の計算上、当該払出しをした上場株式等は、当該払出しの時に特定口座内保管上場株式等の譲渡があったものとした場合に、総平均法に準ずる方法により取得費の額として計算される金額に相当する金額により取得されたものと扱われる（措置法施行令２５条の１０の２第２６項１号、同条１２項２号イ、所得税法施行令１１８条、１０５条１項１号）。すなわち、特定口座内保管上場株式等を一般口座に払い出した場合には、当該払出しの際に特定口座から譲渡されたと仮定した場合に算出される取得費の額が、当該払出しがされた上場株式等の取得費として、一般口座に引き継がれることとなる。そして、金融商品取引業者等は、特定口座から一般口座への払出しがされた場合、当該特定口座を開設している居住者等に対し、当該払出しがされた上場株式等について、上記の計算により算出された取得費の額等を通知するものとされている（措置法３７条の１１の３第３項２号、措置法施行令２５条の１０の２第１０項１号）。
（３）所得税法及び所得税法施行令の定める有価証券の評価の方法
所得税法４８条３項の委任を受けた所得税法施行令１１８条１項は、前記第２の１（１）のとおり、譲渡所得の計算上取得費に算入する金額に関し、２回以上にわたって取得した同一銘柄の有価証券の取得費については、総平均法に準ずる方法を用いて算出した１単位当たりの金額により計算をすることとしている。これは、総平均法が棚卸資産の評価方法として企業会計処理上の合理性が認められることを踏まえ、同一銘柄の有価証券が代替性を有し、各有価証券の取得価額が異なるとしても、一株ごとの株主の当該株式会社に対する社員としての地位は同一であることから、その価値を等価とみて単価を平均化することが合理的であること、また、これによって取得価額の変動を利用した利益操作の可能性を排除することができることから、取得費の算出方法として総平均法に準ずる方法を採用したものであると解される。
２ 本件各規定等の解釈について
（１）１において判示したとおり、措置法及び措置法施行令は、個人投資家である居住者等の申告事務の負担を軽減することを目的として、特定口座内保管上場株式等の譲渡に係る区分計算を定めた（本件各規定）。そして、既に開設された特定口座に新たに受け入れることのできる上場株式等は、原則としてその特定口座において行われた取引により取得した上場株式等に限られるものとされ、居住者等が特定口座外で保管している株式を特定口座へ受け入れることができるとする経過措置は廃止された。また、特定口座内保管上場株式等が一般口座に払い出された場合において一般口座に引き継がれる取得費の計算方法を定め、上記計算方法に従って算出された当該払出しに係る上場株式等の取得費の額を、居住者等に通知するものとしている。以上に判示した各規定の内容や経過措置の廃止等に照らせば、措置法及び措置法施行令は、特定口座内保管上場株式等と一般口座において保管されている上記株式等とを、譲渡、払出しの各処理において区分して取り扱うことを前提としているものと解される。そうすると、特定口座内保管上場株式等を譲渡した場合だけでなく、一般口座内に保管されている同一銘柄の上場株式等を譲渡した場合についても、それぞれの銘柄が異なるものとして取得費の計算をする被告主張に係る計算方法が、上記の各口座に保管された株式を区分して取り扱うという前提に沿うものといえる。
（２）他方、原告主張に係る計算方法は、以下のア及びイのとおり、２（１）において判示した特定口座内保管上場株式等と一般口座において保管されている上記株式等とを譲渡、払出しの各処理において区分して取り扱うという趣旨、内容と整合的であるということはできない。
ア １（２）において判示したとおり、特定口座内保管上場株式等を一般口座に払い出した場合には、当該払出しの際に特定口座から譲渡されたと仮定した場合に算出される取得費の額が、当該払出しがされた上場株式等の取得費として、一般口座に引き継がれることとなる。そうすると、一般口座内に保管されている上場株式等を譲渡した場合、原告主張に係る特定口座内保管上場株式等の取得価額も含めて総平均法に準ずる方法により１単位当たりの取得費の額を算出するという計算方法は、当該譲渡の直前に、特定口座内保管上場株式等を一旦全て一般口座に払い出した上で、当該一般口座から上場株式等を譲渡した場合の計算方法と全く同じものとなる。その結果、取得費の計算上、払出しの手続を経ずに、払出しがされた場合と同じ計算をすることを容認することになり、払出しがされた場合の取得費に関する定めが無意味なものとなる。法がこのような取得費に関する定めが無意味となるような原告主張に係る計算方法を前提としているとは解し難い。
イ また、原告主張に係る計算方法を用いた場合、総平均法に準ずる方法による１単位当たりの金額を算出するに当たって、特定口座内保管上場株式等の取得価額は、特定口座内保管上場株式等を譲渡した場合と、一般口座内に保管されている上場株式等を譲渡した場合のいずれについても、計算上考慮に入れることになる。他方、一般口座内に保管されている上場株式等の取得価額は、一般口座内に保管されている上場株式等を譲渡した場合にのみ考慮され、特定口座内保管上場株式等を譲渡した場合には考慮されないことになる。しかしながら、所得税法４８条３項等が、同一銘柄の有価証券について、総平均法に準ずる方法を採用した趣旨は、１（３）において判示したとおり、有価証券の性質上、取得費が異なるとしてもこれを等価とみて平均化することが合理的であるといえるからであって、同一銘柄の有価証券のうち、一般口座内に保管されている上場株式等を譲渡した場合には、一般口座内に保管されている上場株式等の取得価額及び特定口座内保管上場株式等の取得価額が考慮され、特定口座内保管上場株式等を譲渡した場合には、後者のみが考慮され前者が考慮されないという取扱いは、上記趣旨に反し、相当とはいい難い。
（３）もっとも、法令の文言を見ると、措置法３７条の１１の３第１項は、「居住者…が…特定口座内保管上場株式等…の譲渡をした場合には」と定め、また、措置法施行令２５条の１０の２第１項が、「法第３７条の１１の３第１項に規定する特定口座内保管上場株式等…の譲渡…による…譲渡所得の金額…の計算は」と定めていることからすれば、少なくとも文理上は、本件各規定が適用されるのは、特定口座内保管上場株式等の譲渡の場合のみであって、これと同一銘柄の一般口座内の上場株式等が譲渡された場合には、特定口座と一般口座との間の区分計算をすることなく、総平均法に準ずる方法により１単位当たりの株式の取得価額を算出するものと解するのが自然であるとも思われるところ、原告は、租税法は侵害規範であり、法的安定性の要請が強く働くから、その解釈は原則として文理解釈によるべきであり、みだりに拡張解釈や類推解釈をすることは許されないとして、上記文理解釈に従い、各条項は一般口座に保管されている上場株式等を譲渡した場合に適用されないと主張する。
確かに、租税法規は、みだりに規定の文言を離れて解釈すべきものではない。しかしながら、租税法規についても、規定の趣旨や目的等を勘案して解釈することが許されないとはいえないところ、上記のとおり、特定口座制度を設けた趣旨、措置法及び措置法施行令の規定内容、一般口座保管株式の特定口座内への受入れ不可、保管上場株式等の払出しの場合の取得費引継ぎと原告主張に係る計算方法との整合性等の前判示に係る諸事情を考慮すると、本件各規定の文言につき、原告主張に係る解釈ではなく、法の趣旨や目的等に沿って、一般口座に保管されている上場株式等を譲渡した場合にも適用されると解釈することも許されるというべきである。
（４）以上に判示したとおり、特定口座制度が創設された趣旨等、特定口座の受入れと払出しの規制等、取得費の算出方法として総平均法に準ずる方法が採用された趣旨等を総合考慮すると、一般口座内に保管されている上場株式等を譲渡した場合に所得税法４８条３項及び所得税法施行令１１８条１項を適用するに当たり、同一銘柄の特定口座内保管上場株式等については、その銘柄が異なるものとして、その取得価額は、一般口座内に保管されている上場株式等の取得費の計算において考慮されないものと解するのが相当である。
したがって、本件譲渡株式の取得費は、特定口座において取得した本件法人株式の取得費を含めずに総平均法に準ずる方法により算出した金額である６６６万７０００円（＝５９円／株×１１万３０００株）となる。
３ 本件各更正処分等の適法性について
以上に加え、証拠（甲１）及び弁論の全趣旨によれば、原告について課されるべき平成２５年分の所得税等の額及び過少申告加算税の額は、別紙３のとおりであって、本件更正処分における納付すべき税額及び本件賦課決定処分における過少申告加算税の額は、その金額の範囲内であるから、本件各更正処分等はいずれも適法である。
４ 結論
以上によれば、原告の請求はいずれも理由がないから棄却することとして、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官春名茂
裁判官横井靖世
裁判官廣瀬智彦
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（別紙1)
高橋紀子、淵政博、
指定代理人目録＇
宮脇智砂子、住田
、
和彦、鷹箸直矢ハ
ヽ．・
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以上
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（別紙2.- 1)．
（農所得の金額の計算上控除する取得
費）
第三十八条譲渡所得の金額の計算上控除ずる資産の取得費は、別段の
L
定めがあるものを除
き、•
•その資産の取得に要した金額並びに設備費及，び改良費の額のム
且m
額とす
る。
．．
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所得税法
、タ・ペ
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〔
略〕
．
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ヽ．．．．．
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..... .
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．．
（在証券の譲
渡原
価等の計算及びその評価の方
法）
、（譲渡所
得）
.、
第四十八条居住者の有価証
券に
つき第三十七条第一項（必要経費）口の第三十三条譲渡所得と
は、・
資産の譲猿（建物又は歴茫匹の所有を目的とする堆上権又は賃借権の設定その他契約により他人に土池を長期間規定によりその者の事業所得の金額の計算上必要経費に算入する金額使用させる行為で政令で定めるものを含む。以下この条に
おいて同を算定する場
合に
おけるその算定の基礎となるその年十二月三十一
H
、において有する有価証
券の
価額は、その者が有価証券について選定しじ。）による所得をいう。た評価の方法により評価した金額（評価の方法を選定しなかった場合・
り
2.
＼〔
略〕
又は選定した評価の方法により評価しなかった場合には、評価の方
法．
譲渡所得の金額は、次の各号に掲げる所得につ
き、
それぞれその年．のうち政令で定める方法により評価した金額）とす
る。
•中の当該所得に係る総収入金額から当該所得の基因となつだ資産の取〔
略〕
得費及びその資産の譲
渡に
要した費用の額の＾
且m
額を控除し、その残
，額の合計額（当該各号のうちいずれかの号に掲げる所得に係る総収入
居住者
が一
回以上にわたつて取得した同一銘柄の有価証券につき第三十七条第一項の
規定
によりその者の雑所得の金額の計算上必要経費．金額が当該所得の基因となった資産の取得費及びその資産の譲渡に要に算入する金額又は第三十八条第一
項＾（譲波所得の金額の計算上控除した費用の額の合計額に満たない場合には●その不足額に相当する金額を他の号に捲ける所得に係る残額から控除した金
額。
以下この条にする取
得費）
．の規定によりその者の譲渡所得の金額の計算上取得費
に・
算入する金額は、政令で定めるところにより、それぞれの取得に要しおいて
．「
譲渡益」とい
う。
）から譲渡所得の特別控除額を控除した金た金額を基礎として第
一•
項の規定に準じて評価した金額とする。．．額とす
る。
．・一資産の譲渡
'(
前項の規定に該当するものを除く。．次号において同
••
••以上．．
じ。）でその資産の取得の日以後五年以
内に
されたものによる所得・（政令で定めるものを除く。）．二資産の譲渡による所得で前号に掲げる所得以外のもの4、
.
〔
略〕
.
,'.
. •.，. ＾
，ヽ
·、
V
,
,.. , .
" （別紙2 2) -.·
所得税法施行令
.•
＂賣品入する金額又は法第三十八条第一項
・（
譲渡所得の金額の計算上”控除する取得費）の規定
t
よりその者の当該年分の譲渡所得の金額の＼計算上取得費に算入する金額
は、
当該有価証券を最初に取得した時（そ（有価証券の評価の方法）第百五条法第四十八条第一．
項（有価証券の譲渡原価等の計算及びそのの後既に当該有価証券の譲渡をしている場合には、直前の譲裟の時。評価の方法）の規定によるその年十二月三十一日（同項の居住者が年以下この項において同じ。｝から当該譲渡の時までの期間を基礎としの中途において死亡し又は出国をした場合には、その死亡又は出国の．て、当該最初に取得した時において有していた当該有価証券及び当該時。以下この条において同じ。）において有する有価証券（以
下この期間内に取得した当該有価証券につき第百五条第一項第一号（総平均項において「期末有価証券」
という。）の評価額の計算上選定をする法）に掲げる総平均法に準ずる方法によつて算出した一単位当だりのことができる評価の方法は●期末有価証券につき次に掲げる方法のう金額により計算した金額とする。ちいずれかの方法によってその取得価額を算出し、その算出した取得第百九条から前条までの規定は、前項に規定する所得の基因となる・有価証券について準用する。
．価額をもって当該期杢丑価証券の評価額とする方法とす
る。
・一総平均法（有価証券をその種類及び銘柄（以下この項において「種．．
．．＾類等」というこの異なるごとに区別し｀その種類等の同じものに
"
'
,
ついて、その年一月一日において有していた種類等を同じくする有価証券の取得価額の総額とその年中に取得した種類等を同じくす．．ーる有価証券の取得価額の総額との
品
m
額をこれらの有価証券の総，数で除して計算した価額をその一単位当たりの取得価額とする方．．‘
.
法をいう。）．＞二
[
〔竪．．
[
略〕
．．
一・（譲渡所得の基因となる有価証券の取得費等）第百十八条Ȱ居住者が法第四十八条第三項（醸渡所得の基因となる有価＾〔証券の取得費等の計算）に規定する二回以上にわたつて取得した同一・銘柄の有価証券で雑所得又は譲渡所得の基因となるものを譲渡した場合には｀その譲渡につき法第三十七条第一項．
（必要経費）の規定によ、りその者のその譲渡の日の属する年分の雑所得の金額の計算上必要経．●●,．
”•
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以上
（別紙2-3)
〇租税特爾措置法（平成二十五年法律第五号によるを受ける権利、新株予約楕及び新株予約権の割当てを受ける権利を含む)．
．改正前のもの）二＼六．．〔
略〕
．
t
．．
略〕
（控等に係る譲渡所得等の課税の特
例）
第三十七条の十居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者
が、
・平
．第一項の規定の適用がある場合に
は、
＇次に定めるところによ
る。
．〔
略〕
成士ハ年一月一日以後に株式等
の．
譲渡（金融商品取引法第二十八条第一、ニ八項第三号イに掲げる取引の方法により行うものを除べ以下この項‘
-i
一所得税法第三十三条第三項の規定の適用について
は、
同項
中．
「譲・渡所得の金額」とあるのは「
株式
等に係る譲渡所得の金
額」
と、「譲次条及び第三十七条の十二
の一
」において同じ
Q
)
をした場合には、当該株式等の譲猿による事業所得
{
譲渡所得及ぴ雑所得合
R
三士云雀
tん
渡に要した費用の額」とあるのは云霊
g
に要した費用の額並ぴにその年中に支払うぺきその資産を取得するために要した負債の利子」
二項の規定に該当する譲渡所得を除
く。
第三項及び第四項において「株式等に係る譲渡所得等」という
q
)
について
は、
所得税法第二十二条と、「し、その残額」とあるのは「した残額」と、
P
以下この条う。）から譲渡所得の特別控除額を控除し及び第八十九条並びに第百六十五条の規定にかかわらず、，
他の所得とにおいて「譲渡益」といた金額とする
」＇．
とあるのは
「）
とする」とす
る。
・区分し、その年中の当該株式等の譲渡に係る事業所得の金
額、．．
譲渡所て政冷で定めるところにより計算した四ー七〔
略〕
得の金額及び雑所得の金額とし金額（以下この項において「株式等に係る譲渡所得等の金額」
とい
う。
）．に対し、株式等に係る課税譲渡所得等の金額（株式等に係る譲渡所得＂（特定口座内保管上場株式等の譲渡等に係る所得計算等の特例）等の金額（第六項第五号の規定により読み替えられた同法第七十二条□第三十七条の十一の三居住者又は国内に恒久的施設を有す
る非居住者，から第八十七条までの規定の適用がある場合に
は、
その適用後の金額）が、上場株式等保管委託契約に基づき特定口座（その者が二以上の特をいう。
）の百分
の．
十玉に相当する金額に相当する所得税を課す
る。
定口座を有する場合に
は、．
それぞれの特定口
座。
•以下この項及び次
項・
この場合において、株式等に係る鶴渡所得等の金額の計算上生じた損において同じ。）に係る振替口座簿に記載若しくは記録がされ、又は失の金額があるときは、同法その他所得税に関する法令の規定の適用特定口座に、
保管の委託がされている次項に規定する上場株式等（以下、この条から第三十七条の十一の六までにおいて「特定口座内保管上場··
については、当該損失の金額は生じなかったものとみな
す。
前項に規定する株式等とは、次に掲げるも
の、
（外国法人に係るもの株式
等」
という。
）．
の譲渡をした場合には、政令で定めるところによを含むものと
t
、ゴルフ場その他の施設の利用に関する権利に類するり、当該特定口座内保管上場株式等の譲渡による事業所得の金額、譲ものとして政令で定める株式又は出資者の持分を除く。
）をい
う。
渡所得の金額又は雑所得の金額と当該特定口座内保管上場株式等以外一株式（株主又は投資主（投資信託及び投資法人に関する法律第二の株式等（第三十七条の十第二項に規定する株式等をいう。次項にお条第士ハ項に規定する投資主をいう。）となる権利、
株式の割当ていて同じ
。．
）の譲涙による事業所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所
．．．．．．．
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•.
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（別紙2.- 3)
得の金額とを区分して、これらの金額を計算するものとする。約に基づき設定された上場株式等の振替口座簿への記載若しくは記録若しくは保管の委託又は上場株式等の信用取引等に係る口座．〔
略〕
この条におい
て、
次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定め（当該口座においてこれらの契約及び第三十七条の十一の六第四＜q
項
第・
一号に規定する上場株式配当等受領委任契約に基づく取引以るところによ
る。
ーー特定口座居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者
が、
．前外の取引に関する事項を扱わないものに限
る●
）をい
う。
二項の規定の適用を受けるため、金融商品取引法第二条第九項に規．二．上場株式等保管委託契約第一項の規定の適用を受けるために定す孟冒品取引業者（同法第二十八条第一項に規定する第一種，同項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者沿金融商品｀金融商品取引業を行う者に限る。．
）、同法第二条第十一項に規定
す·
取引業者等と締結した上場株式等の振替口座簿への記載若しく
は．
る登録金融機関又は投資信託及び投資法人に関する法律第二条
第＇
．記録又は保管の委託に係る契
約．
（信用取引等に係るものを除
く。
）で、その契約書において、上場株式等の振替口座
簿．
への記載若しく十一項に規定する投資信託委託会社（以下この条＇次条及び第三十'
は記録又は保管の委託は当該記載若しくは記録又は保管の委託に｀七条の
十．
一の六において「金融商品取引業者
等」
という。）．．の営業係る口座に設けられた特定保管勘定
．（
当該契約に基づき当該口座に．所（国内にある営業所又は事務所をいう。以下この条、次条及び第三十七条の十一の六において同じ●
）＇
に、
政令で定めるところによ記載若しくは記録又は保管の委託がされる上湯株式等につき、当該り、その口座の名称、
当該金融瓶品取引業者等の営業所の名称及
び＇
記載若しくは記録又は保管の委託に関する記録を他の取引に関す・・所在地、その口座に設ける勘定の種類、その口座に係る振替口座簿る記録と区分して行うための勘定をいう。
）において行うこ
と、．
当に記載若しくは記録がさ
れ、
又はその口座に保管の委託がされてい．該特定保管勘定においては当該居住者又は国内に恒久的施設を有，．する非居住者の次に掲げる上場株式等い
（政令で定めるものを除
く。
）る上場株式等の譲渡及びその口座において処理された信用取引等に係る上場株式等の譲渡による事業所得の金額、譲渡所得の金額又＂のみを受け入れること、当該特定保管勘定において振替口座簿への-
、は雑所得の金額の計算につき第一項又は前項の規定の適用を受け記載若しくは記録又は保管の委託がされている上場株式等の譲猿る旨その他の財務省令で定める事項を記載した届出書（以下この条、
は当該金融商品取引業者等への売委託による万法、当該金融
商．
品取．次条第五項及び第三十七条の十一の六第二項におい
て．
「特定口座開引業者等に対してする方法その他政令で定める方法によりすることその他政令で定める事項が定められているものをいう。．．
＂設届出書」とい
う。．
）の提出（当該特定口座開設届出書の提出に代えて行う電子情報処理組織を使用する方法その他の情報通信の技．，
．イ
S
ノ．
〔
略〕
〔
賂〕
｛．
術を利用する方法による当該特定口座開設届出書に記載すべき事三項の提供を含む。以下この条、
次条第五項及び第三十七条の十一の
S
〔
賂〕
．＞．六第二項において同
じ。
）をとヽ当該金融商品枢臥杢盆吝の間
金融商品取引業者等
は、
その年において当該金融商品取引業者等に．で締結した上場株式等保管委託契約又は上場株式等信用取引等契
開設されていた特定口座がある場合には、財務省令で定めるところに＇
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（別紙2-3)
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以c•
J::
ょり、当該特定口座を開設した居住者又は国内に恒久的施設を有する｀喜住者の氏名及び住所、
その年中に当該
特定
口座において処理され，た上揚株式等の譲渡の対価の額、当該上場株式等の取得費の額、当該‘,
譲渡に要した費用の
額、
当該譲渡に係る所得の金額又は差益の金
額、
．当該特定口座に受け入れた第三十七条の十一の六第一項に規定する上場株式等の配当等（次項及び第十一項において「
上場株式等の配当
等」
という。）の額その他の財務省令で定める事項を記載した報告書二通を作成し、その年の翌年一月三十一日（年の中途で上場株式等保管委．羹約又は上場株式等信用取閾鷹の解による特定口座の廃止そ“の他政令で定める事由が生じた場合には、当該事由が生じた日の属す
る月の翌月末
日）、
までに、一涌を当該金融商品取引業者等の当該特定・口座を開設する
営業
所の所在地の所轄税務署長に提出
し、．．
他の一通を当該居
住者
又は国内に恒久的施設を有する非居住者に交付しなければ＇ならない。．
〔以下
賂〕
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（別紙2·-4)
,＇り
〇所得税法等の．
l．
部を改正する法律（平成二
年法
一．
．律第ニー
『一
号）附則＾（上場株式等を譲渡した場合の株式等に係る譲渡所得等の課税の特例に•関する経過措置）
第四十三条
．．
〔
略〕
．
居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、平成二十一年一月一日から平成二十五年十二月三＋日までの問に新租税特別措置法第二十七条の十
一．
の＿1-
第二項に規定する土場株式等
．（
以下この条及び．
..
.
•
,
．附則第四十五条において．「上場株式等」とい
う。
）．
の譲
渡・
・（
新租税特別措置法第三十七条の＋の二第二項に
規定す
る譲
渡を
いう。）．のうち．新租税特別措置法第三十七条の十二の二第二項各号に掲げる上楊株式等の譲渡をした場合には、当該上場株式等の譲渡による事業所得、譲＞渡酉得及び雑所得．（新租税特別措置法第三十二条第二項の規定に該当する譲渡所得を除く。）については、新租税特別措置法第三十七条の十第一項前段の規定により詞項前段に規定する株式等に係る譲渡所得等の金額のうち当該上場株式等の譲渡に係る事業所得の金額、
譲渡所＇得の金額及び雑所得の金額として政令で定めるところにより計算した金額（以下この項において「上場株式等に係る譲渡所得等の金額J
と．い
う。
）に対し課する所得税の額は●同条第一項訓段の規定にかかわ．ら
ず、
上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額（上湯株式等に係る譲渡所得等の金額（次項第一号の規定により読み替えられた所得税法第．七十二条から第八十七粂までの規定
の適用がある場合には、その適用後の金懇をいう。）の百分の七に相当する額とする。｀••
〔以下
略〕
．ヽ
a
.•.
•
．
．．
．
．．
．．
．
．．
．．
•••••••
．．
．．．
.,
.
•.
（別紙2-:-5)
, ．
.
、贔
'
•
祖税特別措置法施行令（平成
一．＿．
十五年政令第＿
l
四号による改正前のも
の）
．．
得の金
額、．．．
譲漉所得の金額又は雑所得の金額の計算は＾同項の居住者又は屑に恒久的施設を有する巷居佳有が有するそれぞれの特定口座.
（法第三十七粂の十一の三第三項第一号に規定する特
定．
口座をい
う。
一覧等に係る譲裟所得等の課税の特
例）
．以下この条から第二十五条の十の十一までにおいて同じ。）ごとに、．第二十五条の八法第三十七条の十第一項に規定する株式等の譲渡に係当該特定口座に係る特定口座内保管上場株式等の譲渡による事業所得、
る事業所得の金額、譲渡所得の金額及び雑所得の金額として政令で定譲渡所得又は雑所得と当該特定口座内保管上場株式等以外の株式等・めるところにより計算した金額は、．．
その年中の同項に規定する株式等．
U
猛
R
三十七条の十第二項に規定する株式等をい
う。•
以下この条から一の二において同じ。）第二十五条の＋の＋まで及び第二十五条の十.
｀の譲渡に係る事業所得の金額、譲渡所得の金額及び雑所得の金額の合、計額とする。この場合において、
．．これらの金額の計算上
生じ
た損失の
i
の譲渡による事業所得＞譲猿所得又は雑所得とを区分して、当該特定金額があるときは、
当該損失の金額
は、
次の各号に掲げる損失の金額口座内保管上場株式等の譲渡による事業所得の金額、譲渡所得の金額の区分に応じ
当該各号に定めるところにより控除す
る。
，又は雑所得の金額を計算することにより行うものとする
この場合において、屈坦安鯰
担―-
＋七条第
一．
項又は第三十八条第
一．
項の規定によ
―“
当該株式等の譲裟に係る事業所得の金額の計算上
生じ
た損失の．、金額当該損失の金額
は、
当該株式等の譲渡に係る譲渡所得の金額’りその者のその年分の当該特定口座内保管上湯株式等の譲渡による事：，
業所得の金
額●
誤渡所得の金額又は雑所得の金額の計算上必要経費又及び雑所得の金額から控除する。．．
．
二当該株式等の譲渡に係る譲渡所得の金額の計算上生じた損失
の．
．
は取得費に算入する金額の計算に係る同法第四十八条の規定並びに所．金額当該損失の金額は、
当該株式等の譲渡に係る事業所得の金額得税法施行令第二編第一章第四節第三款及び第百六十七条の七第三項¥・
、から第六項までの規定の適用について
は、．
次に定めると
-
•ろによる。．ー・及び雑所得の金額から控除す
る。
．
．．
三当該株式等の譲渡に係る維所得の金額の計算上
生じ
た損失の
金．
-·
l
l
回以上にわたって取得した同一銘柄の特定口座内保管上場株額当該損失の金額は、
当該株式等の譲
渡．
に係る事業所得の金額及．式等の譲渡による事業所得の金額の計算上必要経費に算入する売・
・上原価の額の計算については、所得税法第四十八条
第．一
項及び第二び譲渡所得の金額から控除する。項の規定にかかわら
ず｀．
同条第三項の規定及び所得税法施行令第百
〔以下
略〕
，・
十八条の規定を適用する。この場合における同項及び同条の規定の第二十五条の＋の二法第三十七条の十一の三第一項に規定する特定口適用については、
同項及び同条第一項中「雑所得の金額」とあるの座内堡官上場株式等（以下この条から第二十玉条の＋の十一まで及びは、
「事業所得の金額若しくは雑所得の金額」とす
る。
第二十五条の十の十三において「特定口座内保管上場株式等」という
。）
．二当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者の有する同の譲渡（同項に規定する譲渡をいう。以下この条から第i
-
＋五条の十
一．
銘柄の上場株式等（法第三十七条の十一の三第二項に規定する上の
＋．
一まで及び第二十五条の十の十三において
同じ
ー）による事業所場株式等をいう。以下この条から第二十五条の＋の十一までにおい.
.
.
.
.
．．
．．．
} （別紙2́
5 ）
て同じ。〉のうちに当該特定口座内保管上場株式等と当該特定口座内保管上場株式等以外の土場株式等とがある場合には、これらの上場株式等については、．
それぞれその銘柄が異なるものとして、所得税法施行
令第
二編第
一ぃ
章第四節第三款及び第百六十七条の七第三項から第六項までの規定を適用する。．三．
一の特定口座におい
て．一‘
の日に二回以上にわたつて同一銘柄の特定口座内堡官上場株式等の譲渡があった場合には、当該一のに．おけるこれらの譲渡については、これらの譲渡のうち最後の譲渡の・時にこれらの譲渡があったものとみなして、
所得税法施行令第百十
ハ条の規定を適用する。•‘
.
ー
.
.〔
略〕]●
・
.
法第三十七条の十一の三第三項第二号に規定する政令で定める事項·
．．
は、次に定める事項とする
。．
．＇
ー特定口座からの特定口座内保管上場株式等の至部又は一
部の払
．出し（振替によるものを含むものとし、法第三十七条の十一の三第
．．＿
二項
第一
号に規定する方法によ●行われる譲渡に係るもの及び当該特定口座以外の特定口座への移管に係るものを除く。）があった）場合には、当該特定口座を開設する金融商品取引業者等は、当該特定口座を開設している居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者に対し、当該払出しをした特定口座内保管上場株式等の第十二．．項第二号イに定めるところにより計算した金額、同号口に規定する取得E
及び当該取得日に係る数その他参考となるべき事項を書面により通知（その書面による通知に代えて行う電磁的方法による通知を含む。
同項において同じ。）をすること。二、三、〔
略〕
〔
略〕
．．．．
前項の場合において、同項の移管元の金融商品取引業者等の営業所
'
'
.
の長は、その移管の際、移管先の特定口座を開設する金融商品取引業．者等（以下この項において「移管先の金融商品取引業者等」という。）の営業
所の長に次の各号に掲げる書類の送付（当該書類の送付に代えて行う電磁的方法による当該書類に記載すぺき事項の提供を含む。以下この項において同じ。）をするとともに、前項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非届任者に第二号イ及び口に掲げる事項その他財[
務省令で定める事項を書面により通知をしなければならない
この場べ合において、当該移管先の金融商品取引業者等の営業所の長は、当
該．
．
各号に掲げる書類の送付がない場合には、同項の特定口座内保管上場株式等の移管を受けないものとする。一．〔略〕
．．
二当該移管に係る特定旦座内保管上場株式等につき当該移管元の，金融商品取引業者等の営業所の長の次に掲げる事項を証する書類．•し、当該移管をした時に当該移管をした特定口座内保管上場株式．等の譲渡があったものとした場合に、．
所得税浩施行令第二編第
一．
章第四節第三款及び第百六十七条の七第三項から第六項までの規定（第一•項後段の規定により適用される場合を含む。
．）により＂｀、当該特定口座内保管上場株式等の売上原価の額又は取得費の額（以下この項において．「
取
得費
等の額
I
という。）として計算さ．れる金額に相当する金額（当該移管に要する費用として財務省令で定めるものがある場合には、当該取得費等の額として計算され．る金額及び当該特定口座内保管上湯株式等の数に対応する当該費用の金額並びにこれらの金額のム品m
額）．．
・
ロ.
ー-
_
．〔
略〕
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〔
略]
,
●
•
居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、特定口座から特
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'（別紙2-5)
ーツ
‘，ヽ
、. ．9
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）
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. . . ,
. .
. ··.
定口座内保管上場株式等の全部又は一部の払出し．臼振替によるものを含むものとし、法第二十七条の十一の三第三項第二号に規定する方法により行われる譲渡に係るもの及び当該特定口座以外の特定口座へのヤヽ聾に係るものを除く。
．）をした場合には、当該払出し後の当該払出しをした上場株式等と同一銘柄の上場株式等．盆特定口座内保管上場株式等であるものを除く。）の譲渡による所得の金額の計算上総収入金｀
額から控除すべき売上原価又は取得費の額の計算及び当該同一銘柄の、．．
上場株式等の所有期間の判定について
は、
次に定めるところによ
る。
．一所得税法施行令第二編第一章第四節第三款及び第百六十七条の七第三項から第六項までの規定の適用については、．
当該
払出しをし
I
た上楊株式等は、当該払出しの時
に、．
第十二項第二号イに規定する暑費等の額とし玉械される金額爾号イに規定する費用がある場合には、
同号イに規定する合計
額）
により取得されたものとす
る。．
二゜〔略〕・し．以
上・
ゞ●．．
．．．
． ... .
．． . .. .
•••••、
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••••．．..
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I
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．．，．
（別紙2-6)
·. :
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‘
附．
則〇租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平
l
.
．．
成十七年政令第＿
o
三号）・
··
．．
合（翌
登＇
七年四月一日から平成二十一年五月三十
日までの間の‘＂特定口座への上場株式等の保管の委託に関する経過措置）、第十一条平序七年四月一日から平成二十一年五月三十一日まで＂の間は、
新法第三十七条の十一の三第三項第一号に規定する特定口座合斧この条において「特定口座」という。
）に係る同項第二号ハに規定する政令で定める上場株式等は新令第二十五条の＋のニ・第十五項各号に掲げるもののほか、
当該特定口座を開設する新法第，三十七条
の，
十一の三第一項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が有する新法第三十七条の＋の三第二項に規定する上揚株式等（新法第三十七条の十一の三第三項第一号に規定する金'
.
融商品取引業者等（以下この条において「金融商品取引業者等」と
．．
い
う。
）の営業所（新令第二十五条の十の二第六項に規定する営業・所をいう。以下この条において同じ。）に係る社債、株式等の振替＂に関する法律（平成士二年法律第七十五号）に規定する振替口座簿に記載又は記録がされているもの及び金融商品取引業者等の営業．
r
．＇所に開設されている当該居住者又は国内に恒久的施設を有する
非＇
．，居住者の有価証券の保管の委託に係る口座に保管の委託がされているものを除く。
以下この条において「特例上場株式
等」
とい
う。
）．とす
る。
．．．
平成十七年四月一日から平成二十一年五月三十一日までの間
に、
前項の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が同項の特・定口座に特例上場株式等の保管の委託をしようとする楊合には、当.
．•.
9:
.··
.
以•上該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者は、特例上場株式等を当該特定口座に保管の委託をする旨、保管の委託をする特例上墜株式等の種類、
銘
柄、
数その他財務省令で定める事項を記載した．鵞悶当該特定口座が開設されている釜融商品取引業者等の営業所の長に提出しなければならない。•
口》
.
〔以下
賂〕
‘＂
.,.
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.
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．．．
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．．
．
．．
．．
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．．
．．
＇
（別紙３）
被告の主張を前提とした各課税の根拠及び適法性
第１ 本件更正処分の根拠
被告が本訴において主張する原告の平成２５年分の所得税等に係る総所得金額及び納付すべき税額は、別表「課税処分等の経緯」の「被告主張額」欄に記載のとおりであり、これらの金額の計算根拠は、次のとおりである。
１ 総所得金額（別表「被告主張額」①欄の金額）
２４４万９３７２円
上記金額は、原告の平成２５年分の所得税等の確定申告書に記載された総所得金額（甲１・１及び３枚目の⑨欄の金額）と同額である。
２ 株式等の譲渡所得等の金額（上場分）（別表「被告主張額」②欄の金額）２３億７２８１万４９５４円
上記金額は、次の（１）の金額から（２）及び（３）の金額を差し引いた後の金額である。
（１）譲渡価額（別表「被告主張額」③欄の金額）
２４億９０４０万４０００円
上記金額は、原告が平成２５年中に本件法人株式を譲渡したことによる対価の額であり、原告の平成２５年分の所得税等の確定申告書に記載された金額（甲１・３枚目○ツ欄の金額）
と同額である。
（２）取得費（別表「被告主張額」④欄の金額）
１億１５１６万１１００円
上記金額は、平成２５年６月１１日及び同月１２日に譲渡した本件法人株式の概算取得費１億０８４９万４１００円（収入金額２１億６９８８万２０００円×５％）と本件譲渡株式の取得費６６６万７０００円（５９円／株×１１万３０００株）とを合計した金額である。
なお、本件更正処分では、本件譲渡株式に係る取得費についても概算取得費で所得金額を算出しているが、概算取得費に係る通達の取扱いは、納税者が申告に当たって、概算取得費で算出した額をその取得費として申告しているときに認めるものであって、本来は、課税当局において概算取得費を取得費として認定するものではない。このことから、本訴においては、本件譲渡株式について、実額である１株当たり５９円を基準に計算した金額を取得費として主張する。
（３）譲渡費用（別表「被告主張額」⑤欄の金額）
２４２万７９４６円
上記金額は、本件法人株式の譲渡に係る委託手数料の額であり、原告の平成２５年分の所得税等の確定申告書に添付された「株式等に係る譲渡所得等の金額の計算明細書」に記載された金額（甲１・１３枚目「１所得金額の計算」の⑤欄の金額）と同額である。
３ 分離課税の上場株式等に係る配当所得の金額（別表「被告主張額」⑥欄の金額）２６６９万２０７２円
上記金額は、原告の平成２５年分の所得税等の確定申告書に記載された分離課税の上場株式等に係る配当所得の金額（甲１・３枚目○
66 欄の金額）と同額である。
４ 所得控除の額の合計額（別表「被告主張額」⑦欄の金額）
５８万７００７円
上記金額は、原告の平成２５年分の所得税等の確定申告書に記載された所得金額から差し引かれる金額の合計額（甲１・１及び３枚目㉕欄の金額）と同額である。
５ 課税総所得金額（別表「被告主張額」⑧欄の金額）
１８６万２０００円
上記金額は、前記１の総所得金額２４４万９３７２円から前記４の所得控除の額の合計額５８万７００７円を控除して算出した金額（ただし、国税通則法〔平成２８年法律第１５号による改正前のもの。以下「通則法」という。〕１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの。）である。
６ 上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額（別表「被告主張額」⑨欄の金額）２３億７２８１万４０００円
上記金額は、前記２の上場株式等に係る譲渡所得等の金額２３億７２８１万４９５４円について、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後の金額である。
７ 上場株式等に係る課税配当所得等の金額（別表「被告主張額」⑩欄の金額）２６６９万２０００円
上記金額は、前記３の上場株式等に係る配当所得等の金額２６６９万２０７２円について、通則法１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後の金額である。
８ 算出税額（別表「被告主張額」⑭欄の金額）
１億６８０５万８５２０円
上記金額は、次の（１）ないし（３）の合計額である。
（１）前記５に対応する税額（別表「被告主張額」⑪欄の金額）
９万３１００円
上記金額は、原告の平成２５年分の所得税等の確定申告書に記載された課税総所得金額に対応する税額（甲１・３枚目○
78 欄の金額）と同額である。
（２）前記６に対応する税額（別表「被告主張額」⑫欄の金額）
１億６６０９万６９８０円
上記金額は、前記６の上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額２３億７２８１万４０００円に、平成２０年法律第２３号附則４３条２項に規定する１００分の７の税率を乗じて計算した金額である。
（３）前記７に対応する税額（別表「被告主張額」⑬欄の金額）
１８６万８４４０円
上記金額は、原告の平成２５年分の所得税等の確定申告書に記載された上場株式等に係る課税配当所得等の金額に対応する税額（甲１・３枚目○
82 欄の金額）と同額である。
９ 政党等寄附金等特別控除の金額（別表「被告主張額」⑮欄の金額）
１２００円
上記金額は、原告の平成２５年分の所得税等の確定申告書に記載された政党等寄附金等特別控除の金額（甲１・１枚目㉛～㉞欄の金額）と同額である。
10 差引所得税額（別表「被告主張額」⑯欄の金額）
１億６８０５万７３２０円
上記金額は、前記８の算出税額１億６８０５万８５２０円から前記９の政党等寄附金等特別控除の金額１２００円を差し引いた後の金額である。
11 復興特別所得税額（別表「被告主張額」⑰欄の金額）
３５２万９２０３円
上記金額は、前記１０の差引所得税額１億６８０５万７３２０円に、東日本大震災からの復興のための施策を実施するために必要な財源の確保に関する特別措置法（以下「復興財源確保法」という。）１３条に規定する１００分の２.１の税率を乗じて計算した金額である。
12 源泉徴収税額（別表「被告主張額」⑱欄の金額）
１９０万８５６５円
上記金額は、原告の平成２５年分の所得税等の確定申告書に記載された源泉徴収税額（甲１・１枚目㊹欄の金額）と同額である。
13 納付すべき税額（別表「被告主張額」⑲欄の金額）
１億６９６７万７９００円
上記金額は、前記１０の差引所得税額１億６８０５万７３２０円に前記１１の復興特別所得税額３５２万９２０３円を加算し、前記１２の源泉徴収税額１９０万８５６５円を控除して算出した金額に、復興財源確保法２４条２項の規定により１００円未満の端数を切り捨てた後の金額である。
第２ 本件更正処分の適法性
被告が主張する原告の平成２５年分の所得税等の納付すべき税額は、前記第１の１３のとおり、１億６９６７万７９００円であるところ、この金額は、本件更正処分における納付すべき税額１億６９００万９０００円（甲２・５枚目「○
Ｂ更正後の額」㊶欄の金額）を上回って
いるから、本件更正処分は適法である。
第３ 本件賦課決定処分の根拠及び適法性
前記第２のとおり、本件更正処分は適法であるところ、被告が主張する原告が新たに納付すべき税額２０１９万８３００円（前記第１の１３の納付すべき税額１億６９６７万７９００円から、原告の確定申告における納付すべき所得税等の税額１億４９４７万９６００円〔甲１・１枚目㊺欄の金額〕を控除した後の金額）については、その計算の基礎となった事実のうちに本件更正処分前の税額の計算の基礎とされていなかったことについて、通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があるとは認められない。
したがって、被告が主張する原告が新たに納付すべき税額２０１９万８３００円について賦課される過少申告加算税の額は、通則法６５条１項の規定に基づき、被告が主張する原告が新たに納付すべき税額２０１９万円（同法１１８条３項の規定により１万円未満の端数を切り捨てたもの）に１００分の１０の割合を乗じて計算した算出した金額２０１万９０００円である。
当該金額は、本件賦課決定処分における過少申告加算税の額１９５万２０００円（甲２・１枚目「過少申告加算税」欄の金額）を上回っているから、本件賦課決定処分は適法である。以上
叩員課税娼分零の経緯
区・
分総所
得金額l①
平成::：:17日1平：3二□竺-
2, 449, 372',,
株式等の繭裟所得等の金額
（上繊分）（③..,.ー。7⑤4}.Jl 2;090, ʑ01; 95.42,449;372
2A49,372
ふ．
I
2,363,455;854
2, 372,8i4, 954
ヽ譲渡価
額；：
). ·;
内取
費：④
訳．
:
』：
..
,
•.“
；ヽ•
ら：
譲．．漉．
費
用·⑤
•2, 490; 404, 000| • 2,-490, 4°、4,00o" 2.，490, 404,0001こ二；5こ,
397, 774, 100
‘
`．2,427•, 9鉛
2,427ʒ946
2A27，幽
-
分離課税の上楊株式等·
·1
. に係る配当所得の金額iI⑥
26, 692, 012[.
ャ、. ·26/692, 072'
ヽ•
..
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... 冒9·
26;692,072'
.
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.....,
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所得控除の額
ャ
の合計額l⑦.
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噺得金額
②対応分1⑨l ` -2, 090, 20l, 0oo|ʔ 2·, 363, 455, 000l .2, 372, 814,000；
⑥対応分
⑩
26,ʕ92,000
r
-93:,. 1001'
26,•692, ooo
2sʖ 692;_00.0l:
⑧！こ対する税額、
団l•⑪I'
93,.100
算出税額・
1-―-＿量＂
C
.
.
.
．．
．
．
．．
．
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•••••
．．．．
．
．．．． ..
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⑨に対する税額9||'⑫
146, 3.14,070.
••165, 441, 850
93,•100
9 9 9
l
l
l
. -、
166, 096, 980
⑩に対する税額・
.心’ぺ．
..
⑬
1;• 868, 4＾ 40
..
'•• I.
.
・・・小
計．
，
噌·;·
⑭
i 48, 275,- 610
（⑪+.⑫＋⑬）
1,ʗ68，細．
1,868,440
.167, 403, 390
168,• O58, 520
政党等寄附金等特別控除⑮
差·・引所得．税·額・9^
（⑭ー⑮）
ヘ・
：⑯'·
148, 274, 410
復興
ーー
特別所得税鬱i ・・
へ·
^
（⑯XO. 02l)
, ;｀⑰・K
3,:
3, 113) 762
ヽ
·-1, 200．．
1,200
1;20.0
167-, 402; 190
と—
168,．057·,320
3,616,445
`. ·▲· ) ： % ▲●& · : ； ' · ( ······• )”) *3,929, 20·3
諏泉·徴
＂収税額⑱．＾・1,9Q8,·565
納付す・ベ•
•．
．き税額
（⑯十⑰ー⑱）
⑬149;479,600
・
過少申告加算税の額
⑳—--//ン/-
．
'.1,908,565
1,908,565
169,009;0QO
16·9,•677, 900
l;952i000
2, 019,．000
（注）．1
⑧欄ないし⑩欄の各金額は、1000円未満の端数金額を切り捨てた後の金額である。．．
2 ⑲欄の金額は、100円未潰の端数金額を切り捨てた後の金額である。
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2022/pdf/13674.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。