税務訴訟資料第２７２号（順号１３７５０）
東京高等裁判所令和●●年（○○）第●●号所得税更正処分等取消請求控訴事件
国側当事者・国（昭和税務署長）
令和４年９月１日棄却・上告受理申立て
（第一審・東京地方裁判所、令和●●年（○○）第●●号、令和４年２月２４日判決、本資料２７２号・順号１３６７４）
判決
控訴人甲
同訴訟代理人弁護士鳥飼重和
橋本浩史
小西功朗
同補佐人税理士佐野幸雄
被控訴人国
同代表者法務大臣葉梨康弘
処分行政庁昭和税務署長
松井保之
同指定代理人髙橋紀子
小池裕行
井坂景子
住田和彦
鷹箸直矢
主文
１ 本件控訴を棄却する。
２ 控訴費用は控訴人の負担とする。
事実及び理由
第１ 控訴の趣旨
１ 原判決を取り消す。
２ 昭和税務署長が平成３１年３月１２日付けでした控訴人の平成２５年分所得税及び復興特別所得税の更正処分のうち上場株式等の譲渡所得の金額２０億９０２０万１９５４円、納付すべき税額１億４９４７万９６００円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
３ 訴訟費用は、第１、２審とも被控訴人の負担とする。
第２ 事案の概要（以下、略語は、新たに定義しない限り原判決の例による。）
１ 控訴人は、同一銘柄の上場株式を、租税特別措置法（平成２５年法律第５号による改正前のもの。以下同じ。）３７条の１１の３第３項１号に規定する特定口座と特定口座以外の口座の双方において保有していたところ、平成２５年６月１３日から同月２４日までの間に、そのうち特定口座以外の口座において保有する株式（本件譲渡株式）のみを譲渡した。本件は、控訴人が、上記譲渡に係る譲渡所得の計算上控除する資産の取得費に算入する金額は、特定口座以外の口座において保有する当該上場株式の取得価額だけでなく、特定口座において保有する当該上場株式の取得価額も含めて所得税法施行令１１８条１項に規定する総平均法に準ずる方法により算出した額であるとして、平成２５年分の所得税及び復興特別所得税の申告をしたところ、処分行政庁は、上記取得費に算入する金額は、特定口座において保有する当該上場株式の取得価額を含めずに算出すべきであるとして、平成２５年分の所得税及び復興特別所得税に係る更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分をしたことから、同更正処分のうち控訴人主張額を超える部分及び同賦課決定処分の取消しを求める事案である。
原審は、控訴人の請求を棄却したところ、控訴人がこれを不服として本件控訴を提起した。
２ 関係法令の定め、争いのない事実及び裁判所に顕著な事実、本件更正処分等の根拠及び適法性に関する被控訴人の主張並びに争点及び争点に関する当事者の主張は、次のとおり補正し、後記第３の２のとおり当審における控訴人の主張を加えるほかは、原判決「事実及び理由」欄の「第２事案の概要」１ないし５（同２頁１６行目から同１４頁７行目まで）のとおりであるから、これを引用する。
（原判決の補正）
（１）原判決２頁１７行目及び同９頁７行目の各「別紙」の前にいずれも「原判決」を加える。
（２）同５頁２６行目及び同６頁８行目の各「三款」の前にいずれも「第」を加える。
（３）同８頁１７行目の「更正処分」の次に「（納付すべき本税額は１億６９００万９０００円（当初の確定申告時との差額は１９５２万９４００円））」を、同１８行目の「加算税」の次に「（税額１９５万２０００円）」をそれぞれ加える。
第３ 当裁判所の判断
１ 当裁判所も、原審と同様、控訴人の請求は理由がないものと判断する。その理由は、次のとおり原判決を補正し、後記２のとおり当審における控訴人の主張に対する判断を加えるほかは、原判決「事実及び理由」欄の「第３当裁判所の判断」１ないし３（原判決１４頁９行目から同２０頁１３行目まで）のとおりであるから、これを引用する。
（原判決の補正）
（１）原判決１７頁１行目の「１」の前、同２３行目の「１（２）」の前にいずれも「前記」を加え、同１９行目の「２（１）」を「上記（１）」に改める。
（２）同１８頁１９行目の「１（３）」の前に「前記」を加える。
（３）同１９頁１２行目の「各条項」を「本件各規定」に改め、同１９行目の「保管上場」の前に「特定口座内」を加える。
（４）同２０頁８行目及び同１２行目の「本件各更正処分」をいずれも「本件更正処分」に改め、同１０行目の「別紙」の前に「原判決」を加える。
２ 当審における控訴人の主張に対する判断
控訴人は、①原判決の判断は、措置法３７条の１１の３第１項、措置法施行令２５条の１０の２第１項（本件各規定）の文理及び趣旨に反している旨、②控訴人主張の計算方法が、本件各規定の趣旨・目的に整合しない旨の原判決の判示は失当である旨、③原審の判断は、東京地方裁判所平成２３年１月２６日判決（同裁判所平成●●年（○○）第●●号。以下「本件東京地裁判決」という。）に反している旨を主張する。
まず、上記①及び②の点について検討すると、確かに、措置法３７条の１１の３第１項は、「居住者…が…特定口座内保管上場株式等…の譲渡をした場合」には、当該特定口座内保管上場株式等の譲渡による譲渡所得の金額の計算は、これと当該特定口座内保管上場株式等以外の株式等の譲渡による譲渡所得の金額とを区分して行うことを定め、措置法施行令２５条の１０の２第１項は「法第３７条の１１の３第１項に規定する特定口座内保管上場株式等…の譲渡…による…譲渡所得の金額…の計算は」と定めていることからすれば、少なくとも文理上は、本件各規定が適用されるのは、特定口座内保管上場株式等の譲渡の場合のみであると解することが可能であるようにも思われる。しかし、引用に係る補正後の原判決（同１７頁１行目から同２０頁７行目まで）が説示するとおり、租税法規は、みだりに規定の文言を離れて解釈すべきものではないとしても、租税法規についても、規定の趣旨や目的等を勘案して解釈することが許容されるものというべきである。そして、措置法及び措置法施行令は、個人投資家である居住者等の申告事務の負担を軽減することを目的として、特定口座内保管上場株式等の譲渡に係る区分計算を定めたこと（本件各規定）、既に開設された特定口座に新たに受け入れることのできる上場株式等は原則としてその特定口座において行われた取引により取得した上場株式等に限られるものとされ、居住者等が特定口座外で保管している株式を特定口座へ受け入れることができるとする経過措置が廃止されたこと、特定口座内保管上場株式等が一般口座に払い出された場合において一般口座に引き継がれる取得費の計算方法を定め、上記計算方法に従って算出された当該払出しに係る上場株式等の取得費の額を居住者等に通知するものとしていることなど、本件各規定の内容や経過措置の廃止の経緯等に照らせば、措置法及び措置法施行令は、特定口座内保管上場株式等と一般口座において保管されている同一銘柄の上場株式等とを、譲渡、払出しの各処理において区分して取り扱うことを前提としているものと解され、そうであるとすれば、特定口座内保管上場株式等を譲渡した場合だけでなく、一般口座内に保管されている同一銘柄の上場株式等を譲渡した場合についても、それぞれの銘柄が異なるものとして取得費の計算をすることが、特定口座と一般口座に保管された各上場株式等を区分して取り扱うという前提に沿うものといえる。また、控訴人主張に係る計算方法を用いた場合、総平均法に準ずる方法による株式１単位当たりの金額を算出するに当たって、特定口座内保管上場株式等の取得価額は、特定口座内保管上場株式等を譲渡した場合と、一般口座内に保管されている上場株式等を譲渡した場合のいずれについても、計算上考慮に入れることになるが、一般口座内に保管されている上場株式等の取得価額は、一般口座内に保管されている上場株式等を譲渡した場合にのみ考慮され、特定口座内保管上場株式等を譲渡した場合には考慮されないことになるところ、かかる帰結は、所得税法４８条３項等が同一銘柄の有価証券について総平均法に準ずる方法を採用した趣旨、すなわち、有価証券の性質上、取得費が異なるとしてもこれを等価とみて平均化することが合理的であるといえるとの趣旨に反し、相当とはいい難いというべきである。
以上のとおり、特定口座制度が創設された趣旨等、特定口座の受入れと払出しの規制等、取得費の算出方法として総平均法に準ずる方法が採用された趣旨等を総合考慮すると、一般口座内に保管されている上場株式等を譲渡した場合に所得税法４８条３項及び所得税法施行令１１８条１項を適用するに当たり、同一銘柄の特定口座内保管上場株式等については、その銘柄が異なるものとして、その取得価額は、一般口座内に保管されている上場株式等の取得費の計算において考慮されないものと解するのが相当であるから、これと異なる控訴人の上記主張は採用することができない。
また、上記③の点については、本件東京地裁判決は、当該事件の原告らの被相続人がその保有する上場株式と同一銘柄の株式を取得し、その後当該取得株式と同数の株式（以下「本件売却株式」という。）を譲渡したことによる譲渡所得の金額の計算において、当該取得株式の購入費用相当額及び購入に要した経費相当額の合計が株式の取得費であるとして所得税の確定申告を行ったところ、処分行政庁から株式の取得費の算定に当たっては、従前から保有している株式（以下「既存株式」という。）も含め、所得税法４８条３項等に定める総平均法に準ずる方法によって算出した株式１単位当たりの金額を基礎として計算すべきであるとして更正処分等を受けたことについて、原告らが同更正処分等の取消しを求めた事案であるところ、同事案において、本件売却株式及び既存株式はいずれも特定口座内保管上場株式等ではなく一般口座内に保有する上場株式等であって、本件のように、特定口座と一般口座の双方に同一銘柄の上場株式を保有する場合において、一般口座に保有する同一銘柄の上場株式等を譲渡した場合における本件各規定の適用の有無が問題となる事案ではないから、本件東京地裁判決は、そもそも本件とは事案及び争点を全く異にする事件であって、本件争点の判断の参考とはならないことが明らかである。したがって、この点に関する控訴人の主張も採用することができない。
その他控訴人が種々述べる点は、いずれも前記判断を左右するものとはいえず、失当である。
３ 結論
以上によれば、原判決は相当であり、本件控訴は理由がないからこれを棄却することとして、主文のとおり判決する。
東京高等裁判所第８民事部
裁判長裁判官 三角比呂
裁判官 作原れい子
裁判官 川淵健司
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2022/pdf/13750.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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