税務訴訟資料第２７２号（順号１３６９８）
東京地方裁判所令和●●年（○○）第●●号消費税及び地方消費税の更正並びに加算税の賦課決定処分の取消請求事件
国側当事者・国（新宿税務署長）
令和４年４月１２日棄却・控訴
判決
原告株式会社Ａ
同代表者代表取締役甲
被告国
同代表者法務大臣古川禎久
処分行政庁新宿税務署長
井出政紀
指定代理人別紙１指定代理人目録のとおり
主文
１ 原告の請求を棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
新宿税務署長が令和２年３月２７日付けで原告に対してした、平成２９年４月１日から平成３０年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税に係る更正処分のうち、納付すべき消費税額マイナス２０５９万８６７２円を超える部分及び納付すべき地方消費税額マイナス５５５万８３４８円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、清掃用品の製造販売及び不動産の賃貸等を業とする株式会社である原告が、平成２９年４月１日から平成３０年３月３１日までの課税期間（以下「本件課税期間」という。）の消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）について、控除すべき仕入れに係る消費税額の金額（以下「控除対象仕入税額」ということがある。）を消費税法３０条に規定する方法（以下「本則課税」という。）により計算して確定申告をしたところ、新宿税務署長（処分行政庁）から、原告は控除対象仕入税額の計算について同法３７条１項に規定する方法（以下「簡易課税」という。）の適用を受ける旨を記載した届出書（以下「本件簡易課税届出書」という。）を提出しており、かつ、本件基準期間（本件課税期間の前々課税期間をいう。以下同じ。）における課税売上高が５０００万円以下であることから、簡易課税により計算すべきであるとして更正処分（以下「本件更正処分」という。）及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分」といい、本件更正処分と併せて「本件更正処分等」という。）を受けたことから、本件更正処分等の取消しを求める事案である。
１ 関係法令等の定め
（１）本件に関係する消費税法（令和２年法律第８号による改正前のもの。以下、特に断らない限り同じ。）、消費税法施行令（令和２年政令第１１４号による改正前のもの。以下同じ。）の定めは別紙２－１及び２－２に記載したとおりである。
（２）消費税額の計算方法及び簡易課税に係る制度の概要等
ア 消費税額の計算方法の概要は次のとおりである。すなわち、事業者がその課税期間（法人についての課税期間は原則として事業年度である〔消費税法１９条１項２号〕。）中に国内において行った課税資産の譲渡等（同法２条１項９号）の対価の額が課税標準額となり（同法２８条１項）、これに同法２９条の税率を乗ずることによって、課税標準額に対する消費税額が算出される。そして、課税標準額に対する消費税額から控除対象仕入税額を控除して納付すべき消費税額を算出するところ、かかる控除の方法として、本則課税（同法３０条）と簡易課税（同法３７条）の二つの方法がある。
イ 本則課税の場合は、当該課税期間中に国内で行った仕入れ等の金額から課税仕入れ（消費税法２条１項１２号）に該当しない取引に係る金額を差し引いて、課税仕入れに係る支払対価の額を算出する。その上で、課税仕入れに係る支払対価の額に消費税法３０条１項所定の税率を乗ずることにより、控除対象仕入税額を算出することになる。
ウ 他方、簡易課税制度は、本則課税のように実際の仕入れに係る消費税額を計算することなく、売上げに係る消費税額（課税標準額に対する消費税額）を基礎として、控除対象仕入税額を簡易な方法により計算する制度である。
具体的には、事業者が、その納税地を所轄する税務署長にその基準期間（法人においては、その事業年度の前々事業年度をいう〔消費税法２条１４号〕。）における課税売上高が５０００万円以下である課税期間について、その課税標準額に対する消費税額（ただし、当該課税期間に係る同法３８条１項に規定する売上げに係る対価の返還等の金額に係る消費税額がある場合は、その合計額を控除した金額）に、事業者が営む事業の区分に応じ、一定の割合（以下「みなし仕入率」という。）を乗じて計算した金額を、控除対象仕入税額とみなす制度である（同法３７条１項）。みなし仕入率は、事業の区分を６つに分けた上で、最も高い第一種事業（卸売業）が１００分の９０であり、１つの区分ごとに１００分の１０ずつ減少していき、最も低い第六種事業（不動産業）が１００分の４０と定められている（消費税法３７条１項、消費税法施行令５７条１項及び５項）。その他、簡易課税に係る計算の詳細については、消費税法施行令５７条において定められている。
エ 地方消費税額（譲渡割額）の課税標準額は、納付すべき消費税額となる（地方税法７２条の８２）。そして、この課税標準額となる納付すべき消費税額に地方税法７２条の８３所定の税率を乗ずることによって、その課税期間の納付すべき地方消費税額（譲渡割額）が算出される。
オ 簡易課税の適用を受けるための手続きについて
消費税法３７条１項は、事業者が、その課税期間に係る基準期間の課税売上高が５０００万円以下（ただし、平成３年法律第７３号による改正前にあっては５億円以下、平成６年法律第１０９号による改正前にあっては４億円以下、平成１５年法律第８号による改正前にあっては２億円以下）である課税期間について、簡易課税の適用を受けるためには、その事業者の納税地を所轄する税務署長に対し、簡易課税の適用を受ける旨の届出書（以下「簡易課税届出書」という。）を提出しなければならず、その提出があったときは、提出した日の属する課税期間の翌課税期間以後の課税期間から、簡易課税が適用される旨規定している。
カ 簡易課税の選択不適用について
消費税法３７条５項は、簡易課税届出書を提出した事業者が、簡易課税の適用を受けることをやめようとするときは、簡易課税制度選択不適用届出書（以下、単に「不適用届出書」という。）を、その納税地を管轄する税務署長に提出しなければならない旨を規定し、同条７項は、不適用届出書を提出した日の属する課税期間の末日の翌日以後は、簡易課税届出書はその効力を失う旨を規定している。
キ 不適用届出書の不提出につきやむを得ない事情がある場合における税務署長の承認について
消費税法３７条８項は、やむを得ない事情があるため、不適用届出書を、簡易課税の適用を受けることをやめようとする課税期間の初日の前日（以下「提出期限」ということがある。）までに提出できなかった場合における適用の特例について、政令で定める旨規定する。これを受けて、消費税法施行令５７条の２第２項は、やむを得ない事情（以下、消費税法３７条８項及び消費税法施行令５７条の２所定のやむを得ない事情を、単に「やむを得ない事情」ということがある。）がある場合において、当該課税期間以後の課税期間につき簡易課税の適用を受けることをやめることについてその納税地を所轄する税務署長の承認（以下、単に「税務署長の承認」ということがある。）を受けたときは、当該事業者は、不適用届出書を提出期限までに当該税務署長に提出したものとみなす旨規定している。
また、消費税法施行令５７条の２第３項は、税務署長の承認を受けようとする事業者は、受けることをやめようとする課税期間の初日の年月日、不適用届出書を提出期間までに提出できなかった事情その他財務省令（消費税法施行規則１７条４項）に定める事項を記載した申請書（以下「不適用承認申請書」という。）を、当該事情がやんだ後相当の期間内に所轄税務署長に提出しなければならない旨規定している。
２ 前提事実（争いのない事実、顕著な事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
（１）原告について
ア 原告は、昭和３３年２月●日に設立された、清掃用品の製造販売及び不動産の賃貸、売買、管理等を目的とする株式会社である（乙１）。
イ 原告は、平成元年９月３０日、新宿税務署長に対して、適用開始課税期間を平成元年２月１日から平成２年１月３１日までとする簡易課税届出書（本件簡易課税届出書）を提出した（乙２）。
原告が本件簡易課税届出書を提出した平成元年９月当時、原告の代表取締役は乙であり、甲（現在の原告の代表取締役。以下「甲代表」という。）が原告に入社したのは平成４年４月である。甲代表は、遅くとも平成１５年３月頃には原告の代表取締役となり、以後現在までその職にある。（甲３、４の１、乙２）
（２）原告の事業年度及び本件基準期間の課税売上高について
原告の事業年度（課税期間）は、かつては２月１日から翌年の１月３１日までの期間であったが、平成２９年に変更され、４月１日から翌年の３月３１日までの期間となった。原告における上記変更前の最後の事業年度（課税期間）は、平成２８年２月１日から平成２９年１月３１日まで（以下「平成２９年１月課税期間」といい、他の課税期間についても同様に表記することがある。）であり、その次の事業年度（課税期間）が同年２月１日から同年３月３１日までであり、その次が本件課税期間（同年４月１日から平成３０年３月３１日まで）である。（甲６、７）
原告の平成２９年１月課税期間の課税売上高は、２７５２万１７１１円である（甲７）。
（３）本件課税期間前の原告の消費税等の申告状況等について
原告は、平成１７年１月課税期間について簡易課税を適用して消費税等の申告を行っているが、それ以降の本件課税期間の前までの各課税期間については、基準期間の課税売上高がいずれも５０００万円を超えていたため、本則課税を適用して消費税等を算出し、申告を行っている（弁論の全趣旨）。
原告においては、平成２０年頃に経理責任者が丙（以下「丙」という。）から甲代表に交代したが、その際、原告が本件簡易課税届出書を提出している事実については事務引継がされず、甲代表は、かかる事実を認識しなかった（甲４の１、弁論の全趣旨）。
（４）本件課税期間に係る確定申告について
原告は、本件課税期間の消費税等について、本則課税で消費税等を計算した上で、確定申告書（以下「本件確定申告書」という。）を法定申告期限内である平成３０年５月２９日に提出した。本件確定申告書においては、別表１の「確定申告」欄のとおり、課税標準額が１８５８万１０００円、控除対象仕入税額が２１３５万２１４９円、納付すべき消費税額がマイナス２０１８万１５４６円と記載されていた。（甲１）
（５）不適用届出書の提出について
原告は、本件課税期間の開始の日の前日（平成２９年３月３１日）までには不適用届出書を提出せず、平成３０年９月１０日に、新宿税務署長に対して不適用届出書（以下「本件不適用届出書」という。）を提出した（甲８）。
ただし、原告は、本件不適用届出書を提出するに当たり、不適用承認申請書を提出しておらず、税務署長の承認を受けていない（弁論の全趣旨）。
（６）本件更正処分等
新宿税務署長は、令和２年３月２７日付けで、原告が簡易課税届出書を提出していること及び原告の本件基準期間（平成２９年１月課税期間）の課税売上高が５０００万円以下（２７５２万１７１１円）であることを理由に、本件課税期間の消費税等について、簡易課税を適用して計算し、本件更正処分等を行った。本件更正処分等においては、別表１の「更正処分等」欄のとおり、課税標準額が１８８７万９０００円、控除対象仕入税額が５０万８１２９円、納付すべき消費税額が６８万１２００円とされた。（甲２）
（７）本件訴えに至る経緯
ア 原告は、本件更正処分等に不服があるとして、令和２年６月１１日付けで、その一部の取消しを求めて審査請求（以下「本件審査請求」という。本件審査請求において原告が主張した課税標準額等の金額は別表１の「審査請求」欄記載のとおりである。）をした。原告は、本件審査請求において、甲代表が原告に入社した平成４年４月より前に本件簡易課税届出書が提出されていたこと等から、甲代表は本件課税期間について簡易課税が適用されることを知らなかった旨主張していた。国税不服審判所長は、令和３年１月１８日付けで本件審査請求を棄却した。（甲３、４の１及び２）
イ 原告は、令和３年７月２１日、本件訴えを提起した（顕著な事実）。
３ 税額等に関する当事者の主張
本件更正処分等における課税の計算に係る被告の主張は別紙３のとおりであり、原告は、後記４の争点に関する部分を除き、その計算の基礎となる金額及び計算方法を明らかに争わない。
４ 争点
本件更正処分等の適法性（具体的には、本件課税期間の消費税等の計算につき、簡易課税が適用されるか否か）
５ 当事者の主張
争点に関する当事者の主張の要旨は、別紙４記載のとおりである。
第３ 当裁判所の判断
当裁判所は、本件課税期間の消費税等の計算については簡易課税が適用され、本件更正処分等は適法であるから、原告の請求は理由がないものと判断する。その理由の詳細は以下のとおりである。
１（１）ア前記関係法令等の定め（２）のとおり、事業者が簡易課税届出書を提出した場合において、提出の日の属する課税期間の翌課税期間以降、その課税期間の基準期間における課税売上高が５０００万円以下であるときは、簡易課税が適用される（消費税法３７条１項）。簡易課税の届出をした事業者が簡易課税の適用を受けることをやめようとするときは、所轄の税務署長に対し、適用をやめようとする課税期間の開始日の前日までに不適用届出書を提出しなければならず、同日までにこれを提出できなかった場合には、「やむを得ない事情」がやんだ後相当の期間内に不適用承認申請書を提出して、所轄税務署長の承認を受けなければならない（消費税法３７条５項ないし８項、消費税法施行令５７条の２第２項ないし５項）。
イ 簡易課税が適用される場合、控除対象仕入税額の金額については、本則課税のように実際の仕入れ等の金額を元に算出されるのではなく、みなし仕入率によって算出されることになる。その趣旨は、中小事業者にとって煩雑である控除対象仕入税額の計算を、事務負担軽減の観点から簡便にするものであると解される。
ただし、ある課税期間において実際に納付すべき消費税額が、本則課税及び簡易課税のいずれによる方が大きいかは課税期間終了後に計算しなければ正確には判断し難いにもかかわらず、上記アのとおり、簡易課税の適用を受けようとする場合とその適用を受けることをやめようとする場合のいずれについても、その届出は、当該課税期間の開始前にしなければならないこととされている。
これは、簡易課税の趣旨は飽くまで中小事業者の事務負担の軽減であって、課税期間終了後に簡易課税の適用の有無を任意に選択することによって租税負担の回避・軽減を図ることまで許容する趣旨ではないことを明確にするものであると解される。すなわち、事業者が事務負担の軽減を重視して簡易課税を選択し、やむを得ない事情がないのに提出期限までに不適用届出書を提出しなかった結果、ある課税期間の消費税額が、本則課税の場合に比べて予想以上に増加することが後に判明した場合であっても、遡って簡易課税の不適用を選択することができるわけではない。
ウ 以上のような簡易課税制度の内容及び趣旨を踏まえると、やむを得ない事情（消費税法３７条８項及び消費税法施行令５７条の２）とは、天災又は人的災害で自己の責任によらないものに基因する災害が発生したことにより不適用届出書の提出ができない状態になったと認められる場合その他これに準ずる場合をいうと解するのが相当であり、少なくとも、当該事業者の不注意や法の不知等により不適用届出書を提出しなかった場合はこれに含まれないものというべきである。
（２）これを本件についてみると、原告は、新宿税務署長に対して平成元年９月３０日に本件簡易課税届出書を提出しているところ、本件課税期間の開始の日の前日である平成２９年３月３１日までに不適用届出書の提出をしておらず、かつ、本件基準期間（平成２９年１月課税期間）の課税売上高が５０００万円を下回っている。そして、原告は、本件課税期間の消費税等の計算について不適用承認申請書を提出しておらず、所轄税務署長の承認を受けてもいない。（前提事実（１）イ、（２）、（４）、（５））
したがって、本件課税期間の消費税等の計算については、やむを得ない事情の有無にかかわらず、簡易課税が適用されることとなる。
この点をおいたとしても、前提事実（３）及び（７）によれば、原告が本件不適用届出書を提出期限までに提出しなかった主な理由は、平成２０年に原告の経理責任者が甲代表に交代した際に本件簡易課税届出書に関する事務引継が十分に行われず、甲代表が本件課税期間について簡易課税が適用されることに気付かず、その適用の有無について十分な確認がされなかったことであると認められ、原告の責めに帰することができない事情はうかがえないから、やむを得ない事情があったということはできない。
２ 原告の主張について
（１）アこの点、原告は、本則課税が原則であり、簡易課税は飽くまで事業者の事務負担の軽減を目的とする例外規定であるところ、平成１８年以降、原告は１０年以上にわたり本則課税により申告しており、事務負担の軽減という恩恵を受けていないから、簡易課税届出書を提出していない事業者として扱われるべきである旨主張する。
しかしながら、租税法規はみだりにその文言を離れて解釈すべきでないところ、消費税法３７条及び消費税法施行令５７条の２においては、実質的に事務負担の軽減が生じていたか否かによって簡易課税の適用の有無を決定するものとはされておらず、上記１の説示に照らしても、原告の上記主張は採用することができない。
イ なお、原告は、本件課税期間の消費税等の計算について、改めて日付を訂正した不適用届出書及び不適用承認申請書を提出したい旨主張する。
しかしながら、本件不適用届出書は提出期限後に提出されたものであるから、日付を訂正して出し直したとしても提出期限内に提出したことにはならない。また、消費税法施行令５７条の２第３項は、やむを得ない事情がある場合、不適用承認申請書を「当該事情がやんだ後相当の期間内」に所轄税務署長に提出しなければならない旨規定しているところ、原告が今後不適用承認申請書を提出したとしても、上記「相当の期間内」に提出したと認めるべきものといえるような事実の主張もない。
（２）ア原告は、提出期限までに本件不適用届出書の提出をしなかったことについて、①原告が簡易課税届出書を提出してから本件課税期間までに３０年近くが経過しており、また、原告が最後に簡易課税により申告を行ってから１０年以上にわたり本則課税により消費税等を計算して申告してきたこと、②原告においては、平成１０年以降、課税売上高が５億円や２億円を超えた期はなく、また、収益の多くを担っていた本社ビルの解体及び新築工事という特殊要因があった平成２９年１月課税期間（本件基準期間）から平成３０年３月課税期間（本件課税期間）までの間を除き、課税売上高が５０００万円を下回る期もなかったこと、③上記①及び②の状況から、平成２０年頃に原告の経理責任者が丙から甲代表に交代した際、丙がその後も原告の課税売上高が５０００万円を下回るとは考えず、簡易課税に関する事務引継等を行わなかったこと、④簡易課税に関する事務引継を受けなかった甲代表が、その後も原告が数年間にわたり本則課税により申告し続けてきた結果、本件簡易課税届出書が提出されていることに気付かなかったことからすれば、やむを得ない事情がある旨主張する。
イ しかしながら、本件課税期間の消費税等の計算について、原告が不適用承認申請書を提出せず、税務署長の承認を受けてもいない以上、やむを得ない事情の有無にかかわらず簡易課税が適用されるべきことは、前記1 及び上記（１）において説示したとおりである。
ウ 上記イの点をおいても、上記アの原告の主張は、丙から甲代表への事務引継の不足や、甲代表が本件簡易課税届出書提出の事実に気付かなかった理由について原告内部の事情を述べるものにすぎず、それが仮に事実であったとしても、これらはいずれも天災など原告の責めに帰することができない状態にあることにより不適用届出書の提出ができなかったものとはいえないのはもとより、これと同視すべき事情と評価することもできないから、やむを得ない事情があったとは認められない。
（３）そのほか、原告は、簡易課税に係る法令について、その適用基準となる課税売上高等の見直しに併せて簡易課税の適用を受けることをやめる際の手続についても見直しが行われるべきであった等と様々な意見を主張しているが、これらは立法論であって、前記１並びに上記（１）及び（２）の認定判断を左右するものではない。
３ 上記説示したところに加えて弁論の全趣旨を総合すれば、本件課税期間の消費税等の計算について簡易課税を適用した本件更正処分及びこれに伴ってされた本件賦課決定処分はいずれも適法であって、これに反する原告の主張は、いずれも採用することができない。
第４ 結論
以上によれば、原告の請求は理由がないから棄却することとして、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第５１部
裁判長裁判官岡田幸人
裁判官横地大輔
裁判官定森俊昌
（別紙３）
本件更正処分等における課税の計算に係る被告の主張
１ 本件更正処分の根拠及び適法性
（１）本件更正処分の根拠
ア 課税標準額（別表２の①欄）
１８８７万９０００円
上記金額は、次の（ア）及び（イ）の金額の合計額（国税通則法（以下「通則法」という。）１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後の金額。）である。
（ア）本件課税期間の消費税等の確定申告における課税資産の譲渡等の対価の額の合計金額１８５８万１１３６円
上記金額は、原告が平成３０年５月２９日に新宿税務署長に提出した本件課税期間の消費税等の確定申告書（甲１）の付表２「課税資産の譲渡等の対価の額（４）」欄の金額である。
（イ）本件更正処分において加算された課税資産の譲渡等の対価の額の合計金額２９万８８２４円
上記金額は、本件更正処分において、本件課税期間の課税標準額に加算又は減算された次のａないしｆの合計金額である。
ａ 非課税とされていたＢの駐車料
２６万４８１５円
上記金額は、原告が本件課税期間の非課税売上げに計上していた駐車場の貸付けに係る収入２８万６０００円の税抜き金額である。当該金額は駐車場の貸付けに係るものであって、消費税法６条に規定する非課税売上げ（以下「非課税売上げ」という。）には該当せず課税売上げであることから、本件課税期間の課税標準額に含まれる金額である。
ｂ 非課税とされていた不動産管理料
１９万４４４５円
上記金額は、原告が本件課税期間の非課税売上げに計上していた、甲代表から収受した不動産管理に係る収入２１万円の税抜き金額である。不動産管理料は、非課税売上げには該当せず課税売上げであることから、本件課税期間の課税標準額に含まれる金額である。
ｃ 太陽光発電による余剰電力売却に係る対価
△３１６０円
上記金額は、次の（ｂ）から（ａ）を差し引いた金額である。
（ａ）太陽光発電による余剰電力売却に係る対価のうち本件直前課税期間に計上すべき金額
１５万２３２０円
上記金額は、原告が本件課税期間の課税売上げに計上していた太陽光発電による余剰電力売却に係る対価の金額のうち、検針日が平成２９年３月２９日であることから本件課税期間の直前の課税期間（以下「本件直前課税期間」という。）の課税売上げに計上すべき金額であり、本件課税期間の課税標準額には含まれない金額である。
（ｂ）本件翌課税期間に計上されていた太陽光発電による余剰電力売却に係る対価のうち本件課税期間に計上すべき金額
１４万９１６０円
上記金額は、原告が本件課税期間の翌課税期間（以下「本件翌課税期間」という。）の課税売上げに計上していた太陽光発電による余剰電力売却に係る対価の金額のうち、検針日が平成３０年３月２９日であることから本件課税期間の課税売上げに計上すべき金額であり、本件課税期間の課税標準額に含まれる金額である。
ｄ 課税とされていたコイン精米機設置場所使用料収入
△６万４８１５円
上記金額は、原告が、本件課税期間の課税売上げに計上していた、コイン精米機設置場所使用料として収受した金額７万円の税抜き金額である。コイン精米機設置場所は、更地として貸し付けられたものであるから、土地の貸付けに該当し非課税売上げとなるため、本件課税期間の課税標準額には含まれない金額である。
ｅ 株式会社Ｃの倉庫使用料収入のうち本件翌課税期間に計上されるべき金額△９万２５９３円
上記金額は、原告が本件課税期間の課税売上げに計上していた平成３０年４月分の倉庫使用料収入１０万円の税抜き金額であり、本件翌課税期間の課税売上げに計上すべき金額であることから、本件課税期間の課税標準額には含まれない金額である。
ｆ Ｄ株式会社の倉庫使用料収入に係る対価
１３２円
上記金額は、次の（ａ）から（ｂ）を差し引いた金額である。
（ａ）本件直前課税期間に計上されていたＤ株式会社から収受した倉庫使用料収入のうち本件課税期間に計上すべき金額
４８万５９３１円
上記金額は、原告が本件直前課税期間の課税売上げに計上していたＤ株式会社から収受した倉庫使用料のうち、５２万４８０５円の税抜き金額である。当該金額は平成２９年４月分の倉庫使用料であることから、本件課税期間の課税売上げに計上すべき金額であるため、本件課税期間の課税標準額に含まれる金額である。
（ｂ）Ｄ株式会社から収受した倉庫使用料収入のうち本件翌課税期間に計上すべき金額４８万５７９９円
上記金額は、原告が本件課税期間の課税売上げに計上していたＤ株式会社から収受した倉庫使用料のうち、５２万４６６２円の税抜き金額である。当該金額は平成３０年４月分の倉庫使用料であることから、本件翌課税期間の課税売上げに計上すべき金額であるため、本件課税期間の課税標準額には含まれない金額である。
イ 課税標準額に対する消費税額（別表２の②欄）
１１８万９３７７円
上記金額は、前記アの金額１８８７万９０００円に消費税法２９条に定める税率１００分の６．３の税率を乗じて算出した金額である。
ウ 控除対象仕入税額計算の基礎となる消費税額（別表３の④欄）
１１８万９３７７円
上記金額は、前記イの金額と同額である。
エ 控除対象仕入税額（別表２の⑦欄、別表３の㉔欄）
５０万８１２９円
上記金額は、前記ウの金額１１８万９３７７円に、後記（エ）の率を乗じて算出した金額である。
原告は、平成元年９月３０日に新宿税務署長に対して簡易課税届出書を提出しており、また、本件基準期間の課税売上高は５０００万円以下（２７５２万１７１１円）であることから、簡易課税を適用して算出した金額が仕入れに係る消費税額等とみなされる。
したがって、本件課税期間においては控除対象仕入税額は簡易課税を適用して算出することとなるが、原告は２種類以上の事業を営んでいることから、本件課税期間に係るみなし仕入率は、課税売上げに係る消費税額の内、それぞれの事業の課税売上高に係る消費税額の合計額に、それぞれのみなし仕入率を乗じて算出した金額の合計額の占める割合となる。
なお、簡易課税の適用においては、原告の営む太陽光発電による余剰電力を売却する事業（以下「太陽光発電事業」という。）は電気業であるから第三種事業に、コインランドリー業はサービス業であるから第五種事業に、不動産賃貸業、駐車場賃貸業、不動産管理業及びＥ機器設置業は不動産業であるから第六種事業に、それぞれ該当することから、これらの事業に係るみなし仕入率は、１００分の７０、１００分の５０及び１００分の４０となる。
（ア）第三種事業に係る消費税額（別表３の⑯欄）
１０万７８７０円
上記金額は、原告が営む事業の内、第三種事業に該当する太陽光発電事業に係る課税資産の譲渡等の対価の額１７１万２２３０円に、１００分の６．３を乗じて算出した金額（１円未満の端数を切り捨てた後の金額。後記（イ）及び（ウ）において同じ。）である。
（イ）第五種事業に係る消費税額（別表３の⑱欄）
２０９円
上記金額は、原告が営む事業の内、第五種事業に該当するコインランドリー業に係る課税資産の譲渡等の対価の額３３３３円に、１００分の６．３を乗じて算出した金額である。
（ウ）第六種事業に係る消費税額（別表３の⑲欄）
１０８万１３５７円
上記金額は、原告が営む事業の内、第六種事業に該当する不動産賃貸業に係る課税資産の譲渡等の対価の額１６６８万９９３７円、駐車場賃貸業に係る課税資産の譲渡等の対価の額２６万４８１５円、不動産管理業に係る課税資産の譲渡等の対価の額１９万４４４５円及びＥ機器設置業に係る課税資産の譲渡等の対価の額１万５２００円の合計額１７１６万４３９７円（別表３の⑫欄）に、１００分の６．３を乗じて算出した金額である。
（エ）みなし仕入率
４２．７２２３４９０７９７３１９パーセント
上記の率は、前記（ア）ないし（ウ）にそれぞれのみなし仕入率を乗じて算出した金額の合計額５０万８１５５円を、前記（ア）ないし（ウ）の合計額１１８万９４３６円で除して算出した率である。
オ 合計差引税額（別表２の⑩欄）
６８万１２００円
上記金額は、納付すべき消費税額で、前記イの金額１１８万９３７７円から、前記エの金額５０万８１２９円の金額を控除した後の金額（通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数を切り捨てた後の金額。後記コにおいて同じ。）である。
カ 地方消費税の課税標準となる消費税額（別表２の⑭欄）
６８万１２００円
上記金額は、前記オの金額と同額であり、地方税法７２条の８２の規定に基づく地方消費税の課税標準額である。
キ 合計差引譲渡割額（別表２の⑱欄）
１８万３８００円
上記金額は、納付すべき譲渡割額で、前記カの金額６８万１２００円に、地方税法７２条の８３に定める地方消費税率６３分の１７を乗じて算出した金額（１００円未満の端数を切り捨てた後の金額）である。
ク 既に納付の確定した本税額（別表２の⑪欄）
△２０１８万１５４６円
上記金額は、本件課税期間の確定申告書（甲１）「控除不足還付税額（８）」欄に記載の金額である。
ケ 既に納付の確定した譲渡割額（別表２の⑲欄）
△５４４万５８１４円
上記金額は、本件課税期間の確定申告書（甲１）「譲渡割額還付額（１９）」欄に記載の金額である。
コ 消費税等の納付税額の合計額（別表２の㉑欄）
２６４９万２３００円
上記金額は、前記オ及びキの合計額からク及びケを差し引いた金額である。
（２）本件更正処分の適法性
被告が本件訴えにおいて主張する原告の本件課税期間の納付すべき消費税額及び地方消費税の譲渡割額の合計額は、２６４９万２３００円（前記（１）コ）であるところ、当該金額は、本件更正処分における納付すべき消費税額及び地方消費税の譲渡割額の合計額と同額であるから、本件更正処分は適法である。
２ 本件賦課決定処分の根拠及び適法性
（１）本件賦課決定処分の根拠
通則法６５条１項は、期限内申告書が提出された場合において、更正等がされ、当初の申告に係る税額よりも更正等後の税額が上回ることとなったときには、その更正等により納付すべき税額に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額に相当する過少申告加算税を課する旨規定し、同条２項は、更正等により納付すべき税額が期限内申告税額に相当する金額と５０万円とのいずれか多い金額を超えるときは、当該超える部分に相当する税額に１００分の５の割合を乗じて計算した金額を加算する旨規定している（なお、地方消費税に係る加算税は、消費税の例によることとなり（地方税法附則９条の４。ただし、令和２年法律第５号改正前のものをいう。地方税法附則９条の９についても同じ。）、その計算は消費税及び地方消費税の合算額によってされる（同附則９条の９）。
前記１（２）のとおり、本件更正処分は適法であるところ、本件更正処分によって原告が新たに納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうち、本件更正処分前における税額の計算の基礎とされていなかったことについて通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があるとは認められない。
したがって、本件更正処分に伴って原告に賦課されるべき本件課税期間の消費税等に係る過少申告加算税の額は、３９４万８５００円である。
上記金額は、通則法６５条１項及び２項の規定に基づき、本件更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額２６４９万円（ただし、通則法１１８条３項の規定により１万円未満の端数金額を切り捨てた後のもの。後記において同じ。）に１００分の１０の割合を乗じて算出した２６４万９０００円と、本件更正処分により新たに納付すべき税額２６４９万２３００円のうち５０万円を超える部分に相当する金額２５９９万円に１００分の５の割合を乗じて算出した１２９万９５００円との合計額である。
（２）本件賦課決定処分の適法性
被告が本件訴えにおいて主張する本件更正処分に伴って原告に課されるべき過少申告加算税の額は、前記（１）のとおり３９４万８５００円であるところ、上記金額は本件賦課決定処分における過少申告加算税の額と同額であるから、本件賦課決定処分は適法である。（別紙４）
当事者の主張の要旨
（被告の主張の要旨）
１ 原告は、新宿税務署長に対して、平成元年９月３０日に簡易課税届出書を提出しているところ、本件課税期間の開始の日の前日である平成２９年３月３１日までに不適用届出書を提出しておらず、かつ、本件基準期間（平成２９年１月課税期間）の課税売上高が５０００万円を下回っている。そして、原告は、不適用承認申請書を提出しておらず、税務署長の承認を受けていない。
したがって、原告の本件課税期間の消費税等の計算については、簡易課税が適用される。
２ 原告は、原告が本件不適用届出書を提出期限までに提出しなかったことにやむを得ない事情がある旨主張するが、不適用承認申請書を提出せず、税務署長の承認を受けていないのであるから、やむを得ない事情の有無にかかわらず、簡易課税の適用は排除されない。
この点をおくとしても、消費税法基本通達１３－１－５の２は、消費税法３７条８項に規定する「やむを得ない事情」の意義については消費税法基本通達１－４－１６によることとしており、消費税法基本通達１－４－１６は、やむを得ない事情とは、①震災、風水害、雪害、凍害、落雷、雪崩、がけ崩れ、地滑り、火山の噴火等の天災又は火災その他の人的災害で自己の責任によらないものに基因する災害が発生したことにより、不適用届出書の提出ができない状態になったと認められる場合、②上記①に規定する災害に準ずるような状況又は当該事業者の責めに帰することができない状態にあることにより、当該届出書の提出ができない状態になったと認められる場合、③その課税期間の末日前おおむね１月以内に相続があったことにより、当該相続に係る相続人が新たに消費税法９条４項の届出書を提出できる個人事業者となった場合、④上記①ないし③に準ずる事情がある場合で、税務署長がやむを得ないと認めた場合としている。
しかるところ、原告が不適用届出書を提出期限までに提出しなかった主な理由は、経理担当者が交代した際に十分な事務引継が行われなかったことや現在の経理担当者による確認不足等であるから、上記各通達にいうやむを得ない事情には該当しない。
（原告の主張の要旨）
１ 控除対象仕入税額の計算方法については、本則課税が原則であり、簡易課税は飽くまで事業者の事務負担の軽減を目的とする例外規定である。原告は、平成１８年以降、１０年以上にわたり本則課税により申告しており、その間、事務負担の軽減という恩恵を受けていないから、簡易課税届出書を提出していない事業者として扱われるべきである。
２ 原告は、本件不適用届出書を提出期限までに提出していないものの、本件確定申告後、税務署の指摘を受けて、速やかに本件不適用届出書を提出したものである。
この点、被告は、原告が、本件において不適用承認申請書を提出しておらず、税務署長の承認を受けていないことを指摘する。
しかしながら、原告は、本件審査請求において提出した反論書（令和２年１０月１４日付け）の中で、「本件処分の取消しが認められない場合、本件不適用届出書の日付を直して再提出するので、提出期限までに新宿税務署長に提出したものとみなして受理することを求める」旨記載していたが、担当官との面談を受けてかかる記載を削除した経緯がある。そこで、原告が簡易課税につき所定の不適用手続を経ていないことにより本則課税を受けることができないのであれば、今からでも日付を訂正した不適用届出書及び不適用承認申請書を提出したい。
３ 原告が本件不適用届出書を提出期限までに提出しなかったことについては、以下の事情により、やむを得ない事情があるというべきである。
すなわち、本件課税期間までに、原告が本件簡易課税届出書を提出してから３０年近く経過していた上、原告が簡易課税を適用して消費税等の申告をした最後の期（平成１７年１月課税期間）からも１０年以上経過している。
簡易課税が適用される課税売上高は、当初は５億円以下であったが、数次の改正を経て２億円以下とされていた時期があるほか、現在は５０００万円以下になっている。原告においては、平成１０年以降、課税売上高が５億円や２億円を超えた期はなく、また、収益の多くを担っていた本社ビルの解体及び新築工事という特殊要因があった平成２９年１月課税期間（本件基準期間）から平成３０年３月課税期間（本件課税期間）までの間を除き、課税売上高が５０００万円を下回る期もなかった。そうすると、仮に、簡易課税が適用される課税売上高が５億円以下又は２億円以下で据え置かれていれば、原告は一貫して簡易課税を適用して申告していたであろうし、逆に、平成元年当初から５０００万円以下と定められていれば原告が簡易課税届出書を出すこともなかったから、本件のような紛争は生じなかった。
原告においては、平成２０年頃に経理責任者が前任者から現在の原告代表者に交代したが、その時点で、平成１７年１月課税期間の後、一般事業者として本則課税により消費税等の申告をするようになってから４期目となっており、この間、課税売上高が５０００万円を下回った課税期間はなかった。こうした状況からすれば、上記前任者が、その後も原告の課税売上高が５０００万円を下回るとは考えず、簡易課税に関する事務引継を行わず、不適用届出書を提出しなかったことはやむを得ないことである。そして、かかる引継を受けなかった原告代表者が、その後も数年間にわたり本則課税により申告し続けてきた結果、原告が簡易課税届出書を提出していることに気付かなかったことも同様にやむを得ない。
４ そもそも、国は、簡易課税について、適用基準となる課税売上高の引き下げやみなし仕入率の変更等の法改正を数次にわたって行ってきたのであるから、簡易課税の適用を受けることをやめるための手続についても、事業者が不注意で不適用届出書の提出を忘れて不利益を被ることがないような見直しがされてしかるべきであった。国は、国税当局に不利な租税法規については速やかに改正するのに、国民にとって不利な租税法規については放置する傾向があり、簡易課税制度についても、税の公平性の観点から重大な問題がある。この点、平成１５年度税制改正の際には、簡易課税制度を原則として廃止すべきであるとする答申が出ていたにもかかわらず、抜本的な改正がされることなく今日に至っているのである。
被告は、簡易課税届出書を一度提出した以上、不適用届出書を提出しない限り、簡易課税届出書の効力が継続する旨主張するが、国税の徴収権や犯罪についても時効があることからすれば、簡易課税届出書に時効がないというのは異常である。
５ 原告が提出期限までに本件不適用届出書を提出しなかったことを理由に、本社ビルの建て替えによる一時的な売上の激減という極めて特殊な要因を切り取り、わざわざ簡易課税に係る規定を適用して、原告の資本金の２倍を超える高額な還付を妨げる本件各処分は、税の公平性の観点から絶対にあってはならない。
６ 以上によれば、本件課税期間の消費税等の計算について簡易課税を適用した本件更正処分は違法であり、これに伴ってされた本件賦課決定処分も違法となる。
以上
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別表3 本件課税期間に係る控除対象仕入税額等の計算表
（単位：円）
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項
・•
目順金額号肴
課税標準額に対する消費税額（別表2の②の金額）
①
1,189,377
貸倒回収に係る消費税額侶lj表2の⑥の金額）
②・
゜
対価の返還に係る消費税額
・
（別表2の⑤の金額）
③’゜控
（①
除＋対②象ー仕③入）れ．税．額·計算の基礎となる消費税額
.
.
④
1,189,377
1種類の事業の専業者の湯合．
（④x みなし仕入率）．
·⑤
区分
事業区分別の課税売上高（税抜き）左の鰈税売上高に係る消費税額
．
売上
'
\
課·
事業区分別の合計額·⑥
18;879,960
⑬.
1,189, 4切
税
割合
売
一一
上
第一種事業（卸売業）
⑦⑭高—
—--—•
二/--
に
第二種事業（小売業）
⑧⑮係
•'る
第二種
鉱婁
事・麹
業
誼婁
．・
..
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・消
（農婁・林集・畿纂.
.製造婁・⑨
l, 712,230
9.0%
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.
107. 870
亀知禦・加震·JM"“汲び水道婁）
.
'
．費
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税
第四種事業
⑩⑰
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呻．通信纂
第・
會It
五書種
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業
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算⑪
3,333 ,0.0%
・⑱
．億：貪店貴に該当するも，，は鰊<.)）
第六種事業（不動産業）．
⑫
·11, 164,397 90.9% ⑲
1,081,357
控除対象仕入税額の計算区分
算．出額
.
,
. .
．
（原則課税を適用する場合1
④xみなし仕入率
⑳•
508. 129
(（⑭X90%＋⑮x80%＋⑯X70%＋⑰xƦo%＋⑱X50%＋⑲X40%）／⑬）•特．
1種類の事業で75％以上
例⑪
475, 750.
tt
（④xみなし仕入率t40%))
，を
，，
遍
2種類の
⑨十⑫／⑥Ƨ75ƨ④x （⑯X70%+（⑬一⑯X40%))／⑬
⑫
508.109
．胃
令す
・事業で
75％以上⑪十⑫／⑥Ʃ76% ④x （⑮X50%＋（⑬ー⑬X40%))／⑬、：⑳編
475,770
合
（選択可能な計算方法
控に除よ対る象⑳仕～入⑬税の額
内から選択した金額）
⑳
. · 508, 129
.
'
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2022/pdf/13698.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。