税務訴訟資料第２７２号（順号１３７６３）
東京地方裁判所令和●●年（○○）第●●号消費税及び地方消費税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（川口税務署長）
令和４年１０月２６日棄却・確定
判決
原告株式会社Ｃ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士大石篤史
同栗原宏幸
同訴訟復代理人弁護士山川佳子
被告国
同代表者法務大臣葉梨康弘
処分行政庁川口税務署長
田村英文
同指定代理人別紙１指定代理人目録のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 川口税務署長が平成３１年４月１５日付けで原告に対してした原告の平成２５年３月１日から平成２６年２月２８日までの課税期間（以下「平成２６年２月課税期間」という。）分の消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）の更正処分（以下「平成２６年２月課税期間更正処分」という。）のうち、納付すべき消費税の額８６４万３９００円を超える部分及び納付すべき地方消費税の譲渡割額２１６万０９００円を超える部分並びに平成２６年２月課税期間更正処分に伴う過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
２ 川口税務署長が平成３１年４月１５日付けで原告に対してした原告の平成２６年３月１日から平成２７年２月２８日までの課税期間（以下「平成２７年２月課税期間」という。）分の消費税等の更正処分（以下「平成２７年２月課税期間更正処分」という。）のうち、納付すべき消費税の額１３７６万４５００円を超える部分及び納付すべき地方消費税の譲渡割額３７１万３５００円を超える部分並びに平成２７年２月課税期間更正処分に伴う過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
３ 川口税務署長が平成３１年４月１５日付けで原告に対してした原告の平成２７年３月１日から平成２８年２月２９日までの課税期間（以下「平成２８年２月課税期間」という。）分の消費税等の更正処分（ただし、令和３年３月２６日付けでされた平成２８年２月課税期間の消費税等の更正処分による一部取消し後のもの。以下「平成２８年２月課税期間更正処分」という。）のうち、納付すべき消費税の額マイナス５１９３万８８７７円を超える部分及び納付すべき地方消費税の譲渡割額マイナス１４０１万４６８５円を超える部分並びに平成２８年２月課税期間更正処分に伴う過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
４ 川口税務署長が平成３１年４月１５日付けで原告に対してした原告の平成２８年３月１日から平成２９年２月２８日までの課税期間（以下「平成２９年２月課税期間」という。）分の消費税等の更正処分（以下「平成２９年２月課税期間更正処分」という。）のうち、納付すべき消費税の額マイナス１１９万５１４６円を超える部分及び納付すべき地方消費税の譲渡割額マイナス３２万２１１７円を超える部分並びに平成２９年２月課税期間更正処分に伴う過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
５ 川口税務署長が平成３１年４月１５日付けで原告に対してした原告の平成２９年３月１日から平成３０年２月２８日までの課税期間（以下「平成３０年２月課税期間」といい、平成２６年２月課税期間、平成２７年２月課税期間、平成２８年２月課税期間及び平成２９年２月課税期間と併せて「本件各課税期間」という。）分の消費税等の更正処分（以下「平成３０年２月課税期間更正処分」といい、平成２６年２月課税期間更正処分、平成２７年２月課税期間更正処分、平成２８年２月課税期間更正処分及び平成２９年２月課税期間更正処分と併せて「本件各更正処分」という。）のうち、納付すべき消費税の額４４１５万４６００円を超える部分及び納付すべき地方消費税の譲渡割額１１９１万５０００円を超える部分並びに平成３０年２月課税期間更正処分に伴う過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要等
１ 事案の概要
不動産販売業を主たる事業とする原告は、同事業の一環として国内において取得した別表１記載の各建物（以下「本件各建物」という。）に関して本件各課税期間中に行った購入（以下「本件各購入」という。）や内装の修繕工事等（以下「本件各工事」という。）に係る各課税仕入れ（消費税法２条１項１２号。以下「本件各課税仕入れ」という。）が、いずれも同法３０条（本件各課税仕入れのうち、平成２６年３月３１日以前に行われた課税仕入れについては平成２４年法律第６８号２条による改正前のもの、平成２６年４月１日から平成２７年９月３０日までに行われた課税仕入れについては平成２７年法律第９号による改正前のもの、平成２７年１０月１日から平成２９年１０月７日までに行われた課税仕入れについては平成２８年法律第１６号による改正前のもの、平成２９年１０月８日から平成３０年２月２８日までに行われた課税仕入れについては平成３１年法律第６号による改正前のもの。以下、特段の断りのない限り同じ。）２項１号所定の計算（以下「個別対応方式」という。）において同号イ所定の「課税資産の譲渡等にのみ要する課税仕入れ」（以下「課税対応課税仕入れ」という。）に区分されるべきものであるとして、本件各課税仕入れに係る消費税等（以下、課税仕入れに係る消費税額を「仕入税額」という。）の全額を、課税標準額に対する消費税額（以下、課税標準額に対する消費税額を「課税標準税額」という。）から控除されるべき仕入税額（以下、課税標準税額から控除されるべき仕入税額を「控除対象仕入税額」という。）とする確定申告（以下「本件各確定申告」という。）をした。
これに対し、川口税務署長（処分行政庁）は、原告に対し、平成３１年４月１５日付けで、本件各課税仕入れはいずれも個別対応方式において消費税法３条２項１号ロ所定の「課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要する課税仕入れ」（以下「共通対応課税仕入れ」という。）に区分されるべきものであるから、本件各課税仕入れに係る仕入税額のうち仕入税額控除の対象とされるのは、本件仕入税額の全額ではなく、対応する課税期間における課税売上割合（同条６項）を本件各課税仕入れに係る仕入税額にそれぞれ乗じた額にとどまるとして、本件各更正処分及びこれらに伴う過少申告加算税の各賦課決定処分（以下「本件各賦課決定処分」といい、本件各更正処分と併せて「本件各処分」という。）をした。
本件は、原告が、本件各処分は課税対応課税仕入れに区分されるべき本件各課税仕入れを共通対応課税仕入れに区分した点で消費税法の解釈適用を誤った違法な処分であると主張して、本件各更正処分のうち申告額を超える部分及び本件各賦課決定処分の各取消しを求める事案である。
２ 関連法令等の定め
本件に関連する法令等の定めは、別紙２のとおりである。
なお、同別紙における略語は、以下の本文においても用いる。
３ 仕入税額控除制度（消費税法３０条）について
（１）仕入税額控除制度の概要
消費税は、最終的な税負担を消費者に求めつつ、生産や流通の各段階において取引を行う各事業者に納税義務を課す間接税であり、国内の生産や流通の各段階で消費税の納税義務を負う事業者により、消費税の負担が物品やサービスの価格に順次、転嫁されていくことにより、消費者がこれを最終的に負担することが想定されているところ、消費税法は、上記の各段階で税負担が累積していくことを避けるため、消費税の納付額の計算において、課税標準税額から当該課税期間中に行った課税仕入れに係る仕入税額を控除すること（仕入税額控除）としている（同法３０条）。
（２）課税期間における課税売上高が５億円以下で、かつ課税売上割合が９５％以上である場合における仕入税額控除
国内における生産や流通の各段階における税負担の累積の回避という仕入税額控除の趣旨からすれば、ある課税期間における課税仕入れの中に、課税資産の譲渡等（消費税法２条１項９号）に対応するものとその他の資産の譲渡等に対応するものとが混在する場合には、本来、消費税の課税対象とはならない後者に係る仕入税額を控除対象仕入税額に含める必要はないが、納税義務者である事業者の事務負担を軽減する観点から、その課税期間における課税売上高が５億円以下で、かつ当該課税期間における課税売上割合が９５％以上である場合には、課税仕入れにその他の資産の譲渡等に対応するものが含まれているか否かを問わず、当該課税期間中の仕入税額の全額をもって控除対象仕入税額とすることが認められている（同法３０条１項）。
（３）課税期間における課税売上高が５億円を超える場合、又は課税売上割合が９５％に満たない場合における仕入税額控除
これらの場合には、控除対象仕入税額の計算は、消費税法３０条２項１号に規定する個別対応方式又は同項２号に規定する一括比例配分方式のいずれかの方法により行うものとされている。
ア 個別対応方式（消費税法３０条２項１号）
（ア）課税資産の譲渡等の支払対価の額は、通常、当該課税資産の譲渡等に要した諸費用を回収することができるように設定されるものであるところ、当該課税資産の譲渡等にのみ要する課税仕入れの額は、その全額が上記の諸費用に含まれることからすれば、当該課税資産の譲渡等の支払対価の額を課税標準とする消費税額は、当該課税資産の譲渡等にのみ要する課税仕入れの額を課税標準とする消費税額（仕入税額）相当分を観念的に含むものといえる。そのため、消費税の納付額の計算において、課税対応課税仕入れに係る仕入税額（以下「課税対応仕入税額」という。）を課税標準税額から控除することができなければ、課税対応仕入税額相当分だけ、税負担の累積が生ずることになってしまう。
そこで、個別対応方式においては、このような税負担の累積を避けるため、課税対応仕入税額の全額を控除対象仕入税額とすることとしている（消費税法３０条２項１号イ）。
（イ）これに対し、その他の資産の譲渡等には消費税が課されないことから、その他の資産の譲渡等にのみ要する課税仕入れ（非課税対応課税仕入れ）については、これに係る仕入税額を課税標準税額から控除しなくても、上記（ア）のような仕入税額相当分の税負担の累積が生ずることはない。
そこで、個別対応方式においては、非課税対応課税仕入れに係る仕入税額を控除対象仕入税額としないこととしている。
（ウ）課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要する課税仕入れ（共通対応課税仕入れ）の額のうち、課税資産の譲渡等に要した額の割合、すなわち、その課税期間中の共通対応課税仕入れに対応する資産の譲渡等の対価の額のうちに課税資産の譲渡等の対価の額の占める割合（以下「共通対応課税売上割合」という。）に相当する部分については、前記（ア）の課税対応仕入税額と同じことが当てはまるところ、共通対応課税売上割合は、一般的には、その事業者の当該課税期間中の資産の譲渡等の対価の額のうちに課税資産の譲渡等の対価の額の占める割合（課税売上割合）に近似するものと考えられる（なお、近似しない場合については、後記（４）を参照）。
そこで、個別対応方式においては、共通対応課税仕入れに係る仕入税額にその課税期間の課税売上割合を乗ずることにより、同仕入税額中の課税資産の譲渡等に対応する部分の金額（共通対応控除仕入税額）を算出し、これを控除対象仕入税額とすることとしている（消費税法３０条２項１号ロ）。
イ 一括比例配分方式（消費税法３０条２項２号）
課税期間中に行われた課税仕入れにつき、課税対応課税仕入れ、非課税対応課税仕入れ及び共通対応課税仕入れの区分（用途区分）を明らかにすることができなければ、控除対象仕入税額の計算は、個別対応方式によることができない。
そこで、このような場合の控除対象仕入税額の計算の方式として、一括比例配分方式が定められているところ、一括比例配分方式は、当該課税期間における課税仕入れに係る仕入税額の合計額に課税売上割合を一括して乗じた額をもって控除対象仕入税額を計算する方式であり、一括比例配分方式の下では、当該課税期間における課税仕入れにつき、その用途区分を明らかにする必要がないため、経理上の事務を簡略化することができる。
（長文のため、ここでは本文の冒頭のみを掲載しています。全文はこのページの表示後に読み込まれます。原本は原本PDFをご覧ください。）
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2022/pdf/13763.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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