税務訴訟資料第２７３号（順号１３８３６）
東京地方裁判所令和●●年（○○）第●●号法人税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（東山税務署長）
令和５年３月２３日棄却・控訴
判決
原告有限会社Ｋ
同代表者取締役甲
同訴訟代理人弁護士山下清兵衛
同山下功一郎
同田代浩誠
同西潟理深
同山口雄也
被告国
同代表者法務大臣齋藤健
処分行政庁東山税務署長
宮田美都里
同指定代理人別紙１指定代理人目録記載のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 東山税務署長が原告に対して平成３０年７月２６日付けでした、平成２４年１０月１日から平成２５年９月３０日までの事業年度の法人税更正処分のうち、欠損金額５９６９万８１７３円、翌期へ繰り越す欠損金５９６９万８１７３円を超える部分及び同事業年度の法人税に係る過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
２ 東山税務署長が原告に対して平成３０年７月２６日付けでした、平成２４年１０月１日から平成２５年９月３０日までの課税事業年度の復興特別法人税更正処分のうち、課税標準法人税額０円、還付すべき税額８５９５円を超える部分及び同課税事業年度の復興特別法人税に係る過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
３ 東山税務署長が原告に対して平成３０年７月２６日付けでした、平成２５年１０月１日から平成２６年９月３０日までの事業年度の法人税更正処分のうち、欠損金額１億０３０８万３７５９円、翌期へ繰り越す欠損金１億６２７８万１９３２円を超える部分及び同事業年度の法人税に係る過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
４ 東山税務署長が原告に対して平成３０年７月２６日付けでした、平成２５年１０月１日から平成２６年９月３０日までの課税事業年度の復興特別法人税更正処分のうち、課税標準法人税額０円、還付すべき税額３４８８円を超える部分及び同課税事業年度の復興特別法人税に係る過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
５ 東山税務署長が原告に対して平成３０年７月２６日付けでした、平成２６年１０月１日から平成２７年９月３０日までの事業年度の法人税更正処分のうち、所得金額０円、翌期へ繰り越す欠損金９６２２万０２７８円を超える部分及び同事業年度の法人税に係る過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
６ 東山税務署長が原告に対して平成３０年７月２６日付けでした、平成２６年１０月１日から平成２７年９月３０日までの課税事業年度の地方法人税更正処分のうち、課税標準法人税額０円、納付すべき税額０円を超える部分及び同課税事業年度の地方法人税に係る過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
７ 東山税務署長が原告に対して平成３０年７月２６日付けでした、平成２７年１０月１日から平成２８年９月３０日までの事業年度の法人税更正処分のうち、欠損金額３億９６４６万４０４６円、翌期へ繰り越す欠損金４億９２６８万４３２４円を超える部分及び同事業年度の法人税に係る過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
８ 東山税務署長が原告に対して平成３０年７月２６日付けでした、平成２７年１０月１日から平成２８年９月３０日までの課税事業年度の地方法人税更正処分のうち、課税標準法人税額０円、納付すべき税額０円を超える部分及び同事業年度の地方法人税に係る過少申告加算税賦課決定処分を取り消す。
９ 東山税務署長が原告に対して平成３０年７月２６日付けでした、平成２８年１０月１日から同年１２月３１日までの事業年度の法人税更正処分のうち、所得金額０円、翌期へ繰り越す欠損金４億７３９８万４８７６円を超える部分を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、味噌等の製造、卸、販売等を目的とする内国法人である原告が、①平成２４年１０月１日から平成２５年９月３０日までの事業年度（以下「平成２５年９月期」といい、原告の他の事業年度もその終期に応じて同様に表記する。）、平成２６年９月期、平成２７年９月期、平成２８年９月期及び平成２８年１２月期（以下、併せて「本件各事業年度」という。）の法人税、②平成２４年１０月１日から平成２５年９月３０日までの課税事業年度（以下「平成２５年９月課税事業年度」といい、復興特別法人税に係る原告の他の課税事業年度もその終期に応じて同様に表記する。）及び平成２６年９月課税事業年度の復興特別法人税並びに③平成２６年１０月１日から平成２７年９月３０日までの課税事業年度（以下「平成２７年９月課税事業年度」といい、地方法人税に係る原告の他の課税事業年度もその終期に応じて同様に表記する。）及び平成２８年９月課税事業年度の地方法人税について、原告の役員に支給した当該年度に係る給与の全額を損金の額に算入して確定申告をしたところ、東山税務署長が、上記役員給与の額には法人税法３４条２項に規定する不相当に高額な部分があり、同給与の額全額を損金に算入することはできないなどとして、①本件各事業年度に係る法人税の各更正処分及びこれに伴う過少申告加算税の各賦課決定処分、②上記復興特別法人税各課税事業年度に係る復興特別法人税の各更正処分及びこれに伴う過少申告加算税の各賦課決定処分並びに③上記地方法人税各課税事業年度に係る地方法人税の各更正処分及びこれに伴う過少申告加算税の各賦課決定処分をしたことから、原告が、上記役員給与の額に不相当に高額な部分はないなどと主張して、上記各更正処分の一部取消し及び上記各賦課決定処分の全部取消しを求める事案である。
１ 関係法令等の定め
別紙２「関係法令等の定め」に記載のとおりである（なお、同別紙中で定義した略称等は、以下の本文においても同様に用いるものとする。）。
２ 前提事実（当事者間に争いがないか後掲各証拠及び弁論の全趣旨により認められる事実並びに当裁判所に顕著な事実）
（１）当事者等
ア 原告は、平成１４年１０月●日、京都市山科区●●を本店所在地、兵庫県明石市●●を支店所在地として、フランチャイズチェーン店への経営及び技術指導、パン、菓子、レトルト食品、冷凍食品等の製造、加工、味噌、漬物、酒類、醤油、調味料の製造、加工、卸、販売、仲介及び輸出入等を目的として設立された会社である（乙５～７、乙２６の１～６）。
イ 甲（以下「甲」という。）、乙（以下「乙」という。）及び丙（以下「丙」という。）はきょうだいであり、本件各事業年度中（ただし、乙については平成２８年３月３１日まで）、いずれも原告の取締役に就任していた（以下、上記３名を併せて「本件各役員」という。）。
原告は、定款の規定及び株主（社員）総会の決議により役員に対する給与として支給することができる金銭の額の限度額若しくは算定方法又は金銭以外の資産の内容等を定めていなかった。
平成２４年９月期及び本件各事業年度において、原告が本件各役員に支給した給与の金額（以下「本件各役員給与」という。）は、別表１記載のとおりである。
（乙１３～１５）
（２）確定申告
ア 原告は、平成２４年１１月３０日、東山税務署長に対し、平成２４年９月期に甲及び丙に給与として支給した合計８３００万円を損金に算入の上、平成２４年９月期の法人税の確定申告をした（乙１６の１）。
イ 原告は、平成２５年１１月２７日付けで、東山税務署長に対し、平成２５年９月期の法人税の確定申告及び平成２５年９月課税事業年度の復興特別法人税の申告をした。原告は、上記法人税の確定申告の際、平成２５年９月期に甲及び丙に給与として支給した合計２億３９００万円を損金に算入した。（乙１６の２、１７の１）
ウ 原告は、平成２６年９月３０日付けで、東山税務署長に対し、平成２６年９月期の法人税の確定申告及び平成２６年９月課税事業年度の復興特別法人税の申告をした。原告は、上記法人税の確定申告の際、平成２６年９月期に甲及び丙に給与として支給した合計２億４０００万円を損金に算入した。（乙１６の３、１７の２）
エ 原告は、平成２７年９月３０日付けで、東山税務署長に対し、平成２７年９月期の法人税の確定申告及び平成２７年９月課税事業年度の地方法人税の確定申告をした。原告は、上記法人税の確定申告の際、甲及び丙に給与として支給した合計１億９９００万円を損金に算入した。（乙１６の４）
オ 原告は、平成２８年９月３０日付けで、東山税務署長に対し、平成２８年９月期の法人税の確定申告及び平成２８年９月課税事業年度の地方法人税の確定申告をした。原告は、上記法人税の確定申告の際、平成２８年９月期に甲及び乙に給与として支給した合計１６億円を損金に算入した。（乙１６の５）
カ 原告は、平成２８年１２月３１日付けで、東山税務署長に対し、平成２８年１２月期の法人税の確定申告及び平成２８年１２月課税事業年度の地方法人税の確定申告をした。原告は、上記法人税の確定申告の際、平成２８年１２月期に甲に給与として支給した６００万円を損金に算入した。（乙１６の６）
（３）更正処分等
東山税務署長は、平成３０年７月２６日付けで、上記（２）イないしカの確定申告（平成２５年９月期分ないし平成２８年１２月期分）につき、調査の結果、本件各役員給与のうち、不相当に高額と認められる部分については、当該事業年度の損金の額に算入することはできないとして、原告に対して以下の各処分をした。東山税務署長が認定した、本件各役員の適正給与額は、別表６の原処分庁処理額欄記載のとおりである。（甲１の１、１の３、１の５、１の７、１の９）
なお、東山税務署長が、本件各事業年度のうち平成２５年９月期から平成２８年９月期まで（以下「本件各対象事業年度」という。）の以下の各法人税更正処分において、「その内国法人と同種の事業を営む法人でその事業規模が類似するもの」（法人税法施行令７０条１号イ。以下「同業類似法人」という。）を抽出する際に採用した基準は、いずれも、①その抽出対象地域につき原告の支店と所在地を同じくする兵庫県内の各税務署（計２１署）の管轄区域を対象とし、②事業の類似性を判断する業種につき、原告と同じＫＳＫシステム（国税総合管理システム。日本標準産業分類の業種目に基づいて業種分類整理番号が定められている。）の業種分類番号３１９０（その他の飲食料品卸売業）に属する業種目（日本標準産業分類における大分類「Ⅰ－卸売業、小売業」の中分類「５２－飲食料品卸売業」の小分類「５２２食料・飲料卸売業」の細分類「５２２１－砂糖・味そ・しょう油卸売業」、「５２２９－その他の食料・飲料卸売業」等）を基幹の事業とし、かつ、冷凍食品、インスタント食品、味噌、瓶詰・缶詰食品又は天かすのいずれかを取り扱っている法人とし、③事業規模の類似性を判断する要素を売上高倍半基準（当該各事業年度における売上高が、対応する原告の事業年度の０．５倍から２倍までの範囲内にあること）とし、④同業類似法人としての適格性の確保の観点から、法人税の確定申告を青色の申告書により提出していること等とするものであり、東山税務署長は、当該基準に基づき、別表２記載のＡからＪまでの会社を同業類似法人（以下「本件類似法人」という。ただし、本件各対象事業年度ごとに対象となる同業類似法人は異なり、例えば、平成２５年９月期の本件類似法人については、「平成２５年９月期類似法人」などと呼称することとする。）として選定した（乙２５）。
ア 更正処分
（ア）平成２５年９月期について
ａ 別表３の平成２５年９月期「更正処分等」欄記載の法人税更正処分（甲１の１。以下「平成２５年９月期法人税更正処分」という。）
なお、東山税務署長は、平成２５年９月期法人税更正処分において、甲の適正な役員給与額につき、別表２記載の平成２５年９月期類似法人の役員給与最高額の平均額に、①同類似法人の売上高、②改定営業利益（営業利益に役員給与の額を加算した額）及び③個人換算所得（所得金額、役員給与の額、役員に対して支払う賃借料その他の資産の借受けの対価の額及び役員に対して支払う負債の利子の額の合計額）を勘案すべき要素として、①～③の各要素の額の各比率につき等分の重みづけをして乗じて算出する方法により計算するのが相当であるとして、次の算式（以下「本件算式」という。）を用いて算出した。
原告の適正な役員給与額＝（当該年度の同業類似法人の役員給与最高額の平均値）×｛①（当該年度の原告の売上高）／（当該年度の同業類似法人における売上高の平均値）＋②（当該年度の原告の改定営業利益）／（当該年度の同業類似法人における改定営業利益の平均値）＋③（当該年度の原告の個人換算所得）／（当該年度の同業類似法人における個人換算所得の平均値）｝×１／３
東山税務署長は、本件算式を用いた算出の結果、平成２５年９月期の甲の適正給与額を３６８１万１９９４円とするのが相当であるとし、原告が過大に損金に算入した役員給与額を所得金額に加算する内容の更正をした。
ｂ 別表４の平成２５年９月課税事業年度「更正処分等」欄記載の復興特別法人税更正処分（甲１の２）
（イ）平成２６年９月期について
ａ 別表３の平成２６年９月期「更正処分等」欄記載の法人税更正処分（甲１の３。以下「平成２６年９月期法人税更正処分」という。）
なお、東山税務署長は、本件算式を用いた算出の結果、平成２６年９月期の甲の適正給与額を３０２５万６３８１円とするのが相当であるとし、原告が過大に損金に算入した役員給与額を所得金額に加算する内容の更正をした。
ｂ 別表４の平成２６年９月課税事業年度「更正処分等」欄記載の復興特別法人税更正処分（甲１の４。以下、上記（ア）ｂと併せて「本件各復興特別法人税更正処分」という。）
（ウ）平成２７年９月期について
ａ 別表３の平成２７年９月期「更正処分等」欄記載の法人税更正処分（甲１の５。以下「平成２７年９月期法人税更正処分」という。）
なお、東山税務署長は、本件算式を用いた算出の結果、平成２７年９月期の甲の適正給与額を３６１２万３１７８円とするのが相当であるとし、原告が過大に損金に算入した役員給与額を所得金額に加算する内容の更正をした。
ｂ 別表５の平成２７年９月課税事業年度「更正処分等」欄記載の地方法人税更正処分（甲１の６）
（エ）平成２８年９月期について
ａ 別表３の平成２８年９月期「更正処分等」欄記載の法人税更正処分（甲１の７。以下「平成２８年９月期法人税更正処分」という。）
なお、東山税務署長は、本件算式を用いた算出の結果、平成２８年９月期の甲の適正給与額を１億５８８８万１２３７円、乙の適正給与額を５２９６万０４１３円とするのが相当であるとし、原告が過大に損金に算入した役員給与額を所得金額に加算する内容の更正をした。
ｂ 別表５の平成２８年９月課税事業年度「更正処分等」欄記載の地方法人税更正処分（甲１の８。以下、上記（ウ）ｂと併せて「本件各地方法人税更正処分」という。）
（オ）平成２８年１２月期について
別表３の平成２８年１２月期「更正処分等」欄記載の法人税更正処分（甲１の９。以下「平成２８年１２月期法人税更正処分」といい、平成２５年９月期法人税更正処分ないし平成２８年９月期法人税更正処分と併せて「本件各法人税更正処分」といい、本件各法人税更正処分、本件各復興特別法人税更正処分及び本件各地方法人税更正処分を併せて「本件各更正処分」という。）
イ 賦課決定処分
東山税務署長は、本件各更正処分に基づき納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうちに、上記各更正処分前の税額の計算の基礎とされなかったことについて正当な理由があると認められるものはないとして、以下の賦課決定処分をした（以下、併せて「本件各賦課決定処分」といい、本件各更正処分と併せて「本件各処分」という。）。
（ア）平成２５年９月期について
ａ 別表３の平成２５年９月期「更正処分等」欄記載の平成２５年９月期法人税更正処分に基づく過少申告加算税の賦課決定処分（甲１の１）
ｂ 別表４の平成２５年９月課税事業年度「更正処分等」欄記載の平成２５年９月期復興特別法人税更正処分に基づく過少申告加算税の賦課決定処分
（イ）平成２６年９月期について
ａ 別表３の平成２６年９月期「更正処分等」欄記載の平成２６年９月期法人税更正処分に基づく過少申告加算税の賦課決定処分
ｂ 別表４の平成２６年９月課税事業年度「更正処分等」欄記載の平成２６年９月期復興特別法人税更正処分に基づく過少申告加算税の賦課決定処分
（ウ）平成２７年９月期について
ａ 別表３の平成２７年９月期「更正処分等」欄記載の平成２７年９月期法人税更正処分に基づく過少申告加算税の賦課決定処分
ｂ 別表５の平成２７年９月課税事業年度「更正処分等」欄記載の平成２７年９月期地方法人税更正処分に基づく過少申告加算税の賦課決定処分
（エ）平成２８年９月期について
ａ 別表３の平成２８年９月期「更正処分等」欄記載の平成２８年９月期法人税更正処分に基づく過少申告加算税の賦課決定処分
ｂ 別表５の平成２８年９月課税事業年度「更正処分等」欄記載の平成２８年９月期地方法人税更正処分に基づく過少申告加算税の賦課決定処分
（４）原告は、平成３０年１０月２３日付けで、東山税務署長に対し、本件各処分の取消しを求めて再調査の請求をした。東山税務署長は、令和元年５月２２日付けで、本件各役員の適正給与額を、別表６の原処分庁算定額欄のとおり認定の上、本件各法人税更正処分において適正給与額とした額（別表６の原処分庁処理額欄記載の額）をいずれも上回らないとして、上記再調査請求を棄却する旨の再調査決定をした。（甲２、乙１）
（５）原告は、令和元年６月２１日付けで、国税不服審判所長に対し、本件各更正処分の一部取消し及び本件各賦課決定処分の取消しを求めて審査請求をした。国税不服審判所長は、令和２年５月２９日付けで、本件各役員の適正給与額を、別表６の審判所認定額欄のとおり認定の上、本件各法人税更正処分において適正給与額とした額をいずれも上回らないとして、上記審査請求を棄却する旨の裁決（以下「本件裁決」という。）をした。（甲３、乙２）
（６）原告は、令和２年１１月３０日、本件訴訟を提起した（当裁判所に顕著な事実）。
（７）被告が、本件訴訟において主張する、本件各役員の適正給与額及び過大役員給与額は別表６の「本訴における被告の主張額」欄記載のとおりであり、本件各事業年度の納付すべき税額等は、別表７から９まで記載のとおりである（当裁判所に顕著な事実）。
３ 争点
（１）法人税法３４条２項の違憲性及び法人税法施行令７０条１号イの違法性（争点１）
（２）本件各法人税更正処分認定の適正給与額と本件訴訟における被告主張の適正給与額との相違に係る違法性の有無（争点２）
（３）本件各役員給与における不相当に高額な部分の金額の有無及びその額（争点３）
４ 争点に対する当事者の主張
（１）争点１（法人税法３４条２項の違憲性及び法人税法施行令７０条１号イの違法性）について
（原告の主張）
ア 法人税法３４条２項が課税要件明確主義（憲法８４条）に違反すること
憲法８４条の求める課税要件明確主義は、課税庁の行為規範として、各税法規定が課税庁にとっても一義的に明確なものとして機能することを当然要請しているとみるべきであり、租税法規が上記機能を失っている場合には、課税要件明確主義に反するものとして、当該規定は違憲・無効となるというべきである。
法人税法３４条２項が、課税庁にとっての一義的に明確な法規範として現実に機能しているのであれば、課税庁の考える「不相当に高額な部分の金額として政令で定める金額」（同項）の内容が処分時と裁判時で異なるという現象は起きないはずであるが、同現象は高頻度で生じている。したがって、同項は、課税庁にとっての一義的に明確な規範として現実には機能していない。
イ 法人税法施行令７０条１号イが法人税法３４条２項に違反すること
（ア）法人税法が、個々の事例に応じて「職務執行の対価としての相当額」を算出することは困難であることを前提としている以上、同法上の損金算入の可否を決する基準として算出困難な指標を採用するということはなく、同法３４条２項は、「不相当に高額な部分の金額」を政令で定めるに当たって、当該政令が職務執行の対価としての相当額以外の基準でもってこれを判定することを求めているというべきである。
しかし、法人税法施行令７０条１号イは、例示として４つの考慮要素を並べるものの、結局、不相当に高額な部分か否かの唯一の判定基準として、「職務に対する対価として相当であると認められる金額を超える場合におけるその超える部分」という法人税法が許容していない基準しか置いておらず、同法の委任内容に反している。
（イ）法人税法施行令７０条１号イは、税務署長や裁判所に対し、当該役員の職務内容が一般的な職務の範囲内か否か、一般的な職務の範囲内である場合に、その職務の水準が高いものであったか否かの判定を求める内容となっている。しかし、税務署長ないし裁判所が上記判定をするには、その前提として、役員の職務に関する一般的な範囲を把握し、かつ、役員の水準として通常要求される程度を把握している必要があるが、税務署長や裁判所は、日常的にビジネスの最前線で市場での戦いを行っているという存在ではなく、経営のプロでもないから、法人税法施行令７０条１号イ所定の基準は税務署長ないし裁判所の権能を超えるものである。税務署長や裁判所が行うことができるのは、役員給与の決定に至る判断過程や同決定に至った判断内容に明らかに不合理な点があるか否かの判定のみであるところ、法人税法施行令７０条１号イの内容は、税務署長ないし裁判所の権能を超える認定・判断を求めており、法人税法の委任の範囲を超えるものである。
（被告の主張）
ア 法人税法３４条２項が課税要件明確主義（憲法８４条）に違反しないこと憲法８４条は、課税要件及び租税の賦課徴収の手続が法律で明確に定められるべきことを規定しているが、他方で、納税者の実質に応じた課税の公平性を確保することも求められることを考慮すると、当該租税法規が憲法８４条の規定に反しないか否かについては、当該法規の趣旨、目的を合理的、客観的に解釈し、その法規が課税の根拠、要件を規定したものとして一般的に是認し得る程度に具体的で客観的なものであるか否かという観点から判断するのが相当である。
法人税法３４条２項は、同条１項の規定の適用があるものを除き、不相当に高額な部分の金額として政令で定める金額は、その内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない旨を定めているところ、これは、課税の公平性を確保する観点から、職務執行の対価としての相当性を確保し、役員給与の金額決定の背後にある恣意性の排除を図るという考え方によるものである。そして、その委任を受けた法人税法施行令７０条１号イは、法人の支給する役員給与につき、法人税の所得の金額の計算上、損金の額に算入することが認められるべき役員の職務執行の対価としての相当性を判断するための具体的基準であり、法人税法３４条２項の趣旨にも即したものである。したがって、同項が「不相当に高額な部分の金額として政令で定める金額」としてその具体的内容を法人税法施行令７０条に委任した上で同条が定めた内容は、課税の根拠、要件を規定したものとして一般的に是認し得る程度に具体的で客観的なものといえるから、法人税法３４条２項は課税要件明確主義に反するものではない。
仮に、更正処分時における認定額とは異なる額を、当該更正処分の適法性を主張するに当たって被告（国）が主張した事例があるとしても、それは法の趣旨から意義が明確でその判断基準も明らかになっている不確定概念について、その判断の基礎とした事実の認定又は評価に齟齬があるなどその判断基準の当てはめの違いによって結果として算出された金額に差異が生じたものにすぎず、法令自体が課税要件明確主義に反することを示す事情ではない。
イ 法人税法施行令７０条１号イが法人税法３４条２項に違反しないこと
法人税法３４条２項の趣旨目的は、同項の規定内容自体から容易にうかがい知ることができ、法人税法施行令７０条１号イは、「不相当に高額な部分の金額」についての考慮要素（当該役員の職務の内容、その内国法人の収益及びその使用人に対する給与の支給の状況、その内国法人と同種の事業を営む法人でその事業規模が類似するものの役員給与の支給状況等）を具体的に定めたものであって、法人税法３４条２項の趣旨目的に沿うものである。
（２）争点２（本件各法人税更正処分認定の適正給与額と本件訴訟における被告主張の適正給与額との相違に係る違法性の有無）について
（原告の主張）
本件各法人税更正処分において認定された適正給与額と、本件訴訟において被告が主張する適正給与額とが相違しているのは、理由の差し替えに該当する。理由の差し替えが適法といえるには、差し替え前に摘示していた課税要件事実と差し替え後に摘示した課税要件事実との間に同一性がある必要があるところ、当該理由の差し替えには、以下のとおり、課税要件事実の同一性がない。
ア 丙に係る理由の差し替えについて
被告は、本件各更正処分を行うに当たって、丙の役員給与が不相当に高額であるという点について、何らの課税要件事実も摘示していないから、同一性は存しない。
東山税務署長は、本件各更正処分を行うに当たって、丙に対しヒアリングを行うなど十分な調査をしており、調査結果の説明の際にも丙の役員給与額について過大性を指摘することはなく、調査結果を踏まえて、丙に対する役員給与額に不相当に高額な部分はないとの確定的な判断（本件各更正処分）を行ったが、再調査手続において原告がした、甲の適正給与額が丙の役員給与額より低いのは誤りである旨の指摘を受けて、再調査決定において、丙の役員給与額にも不相当に高額な部分があるとの理由の差し替えをしたものである。このような理由の差し替えは、納税者の権利を著しく害するものであり、許されない。
イ 甲及び乙に係る適正給与額に係る理由の差し替えについて
甲及び乙の適正給与額に係る理由の差し替えは、差し替え前と差し替え後で、具体的な金額が３倍から２５倍も異なっているところ、このような金額差が生じた理由は、差し替え前は適正給与額を算出するに当たって加重平均法を用いていたのに対し、差し替え後は平均額法を用いていることにある。被告がこのように算出方法を変えたのは、法人税法施行令７０条１号イで明示された考慮要素の一つである「収益の状況」の要素について、差し替え前は、原告と同業類似法人との間に、適正給与額の認定に影響し得る状況の差異が生じているとの事実を前提にしていたのに対し、差し替え後は、原告と同業類似法人との間に、適正給与額の認定に影響し得る収益の状況の差異が生じていないという正反対の事実を基にしたからである。このような差し替えにつき課税要件事実の同一性は認められないから、甲及び乙に係る適正給与額の差し替えは、違法な理由の差し替えとして許されない。
（被告の主張）
被告は、本件訴訟において、本件各役員の適正給与額につき、本件各法人税更正処分において認定された額とは異なる額を主張するものであるが、本件各法人税更正処分と異なる課税要件を主張するものではない。すなわち、被告は、本件各法人税更正処分においても本件訴訟においても、原告がその役員に対して支給した給与の額のうちに、法人税法３４条２項に規定する「不相当に高額な部分の金額」として、原告の各事業年度の法人税の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない金額があるとして、本件各法人税更正処分が適法である旨を主張しているものであって、異なる課税要件について主張しているものではない。
これを具体的にみると、まず、本件各法人税更正処分においては、原告の損金の額に算入されない金額である「不相当に高額な部分の金額」の計算の基礎に丙に係る額を含まず、また、適正給与額の計算過程において、原告と同業類似法人との間に適正給与額の認定に影響し得る一定の差異が生じていることを前提として、同業類似法人の役員給与最高額の平均値に当該差異を反映する数値を乗ずるという、いわゆる加重計算が行われたものである。これに対し、本件訴訟における被告の主張においては、丙の役員給与額が平成２５年９月期ないし平成２７年９月期における適正給与額を超えるものであることは甲と同様であるから、上記計算の基礎に丙に係る額を含まないとする合理的理由はなく、また、収益の状況に関する認定につき、原告の適正給与額を本件類似法人の数値に比してより高額に認定すべき差異は認められず、加重計算を行うべき理由もないと認めたことから、本件各法人税更正処分での認定額と本件訴訟における主張額とが異なることになったものである。
以上のとおり、被告は、原告に対して法人税法３４条２項を適用して行われた本件各法人税更正処分の適法性、具体的には、同項の適用により原告の損金の額に算入されない額である「不相当に高額な部分の金額」の適否につき、各条件下における適正給与額を攻撃防御の一つとして主張したものにすぎず、同じ課税要件の範囲内の主張であるから、理由の差し替えの場面に当たらない。
また、訴訟で新たな主張をした場合であっても、当該主張が原告に争訟上格別の不利益を与えるものでない場合には、そもそも理由の差し替えの枠外の問題として、当該新たな主張は許容される。本件訴訟における審判の対象は、本件各更正処分において認定された各税額の適否であって、これは、審査請求の対象である本件各更正処分において認定された各税額と同一であり、審判の範囲が審査請求時から拡張するものではないから、被告の本件訴訟における主張は、原告の防御に対して争訟上格別の不利益を生じさせるものではない。
（３）争点３（本件各役員給与における不相当に高額な部分の金額の有無及びその額）について法人税法３４条２項所定の「不相当に高額な部分の金額として政令で定める金額」は、同項の委任を受けた法人税法施行令７０条１号において、同号イに掲げる金額と同号ロに掲げる金額のいずれか多い金額とするものと規定されている。前提事実（１）イのとおり、原告は役員給与の限度規定を株主（社員）総会等の決議により定めておらず、同号ロに規定する基準は存在していないから、同号イに掲げる金額を超える部分の有無及びその金額が具体的争点となる。
（被告の主張）
ア 同業類似法人の抽出基準の合理性
（ア）原告の業種を卸売業とすることの合理性
原告の事業は、以下のとおり、日本標準産業分類上の卸売業に該当する。
ａ 法人税法及び法人税法施行令は、卸売業に関する定義規定を置いておらず、その解釈は一般の社会通念によるべきところ、日本標準産業分類における事業種目は、個々の法人を一定の基準で区分したものとして合理性があり、一般の社会通念にも合致する。日本標準産業分類では、「原則として、有体的商品を購入して販売する事業所」は、卸売業・小売業の大分類に属し、主として「小売業又は他の卸売業に商品を販売する」業務を行う事務所は卸売業と定義されている。
ｂ 原告は、本件各対象事業年度において、主に冷凍食品、インスタント味噌汁等のインスタント食品、味噌、瓶詰・缶詰食品及び天かすを製造業者又は卸売業者から購入した上で、卸売業を営む株式会社Ｌ（以下「Ｌ」という。）に販売する事業を主として営んでおり、実際、原告の売上げの１００％が商品の販売によるものであることからしても、原告の事業は日本標準産業分類上の卸売業に該当する。
（イ）対象地域の基準の合理性
原告は、支店として登記されている兵庫県明石市（以下「明石市」という。）において卸売業を営んでおり、本店所在地では同業務は一切行っていなかったのであるから、原告の上記支店と所在地を同じくする兵庫県内の各税務署の管轄区域に納税地を有する法人を対象に同業類似法人を抽出することは合理的である。
（ウ）売上金額等の基準の合理性
ａ 売上高倍半基準を用いたことの合理性
売上高倍半基準は、法人の事業規模を示す最も重要な指標の一つである売上金額に着目し、その多寡が当該納税者（法人）の事業規模を表象する蓋然性の高い価値尺度であるという経済上の経験則に基づくものであり、法人税法施行令７０条１号イの文言に沿った基準である。上記基準を用いることにより、同業類似法人の抽出に当たっての課税庁の恣意等を排除し、課税庁内部において統一的な取扱いをすることとなり、法人税法３４条２項の適用基準の明確化・客観化を図り、同業類似法人の抽出過程に係る透明性及びそれに対する納税者の信頼を確保することになるものであり、合理性を有する。
ｂ 売上高経常利益率と自己資本比率とを基準としないことの合理性
売上高経常利益率は、企業の収益力を示すものとはいえても同業類似法人の抽出基準となる「事業規模」（法人税法施行令７０条１号イ）を示すものではないから、売上高経常利益率が役員給与の額に与える影響は乏しい。本件においては、原告の平成２５年９月期ないし平成２７年９月期の改定経常利益については、本件類似法人の平均値に対して比較的高い水準となっているものの、一般的な資金運用により得た利益をその要因とするものであり、原告の本業である卸売業としての事業規模の指標になるものではない。
また、自己資本比率は、同じく上記「事業規模」を示すものではないから、同業類似法人の抽出基準の一つとして自己資本比率を用いるべき合理的理由はない。
ｃ 従業員数を基準としていないことが不合理でないこと
法人税法施行令７０条１号イは、同業類似法人の抽出基準として従業員数を採用することを義務付けているとはいえず、事業規模に係る抽出基準として従業員数を採用しなければその合理性を著しく損なうことになるような特別な事情もない。
イ 本件各役員の職務の内容
本件各役員給与の各支給期間において、本件各役員は、いずれも会社を代表する取締役であり、新規事業の計画及び遂行を含めた会社の業務執行全般を行う者として選任されているのであるから、期待される職務の内容は、会社の役員の中でも相対的に高い水準のものである。本件各対象事業年度において、①甲は、中華人民共和国（以下「中国」という。）香港特別行政区（以下「香港」という。）に居住して、商品開発、営業活動をはじめとする原告の業務全般に従事し、②丙は、兵庫県芦屋市に居住して、主として経理業務に従事したところ、このような職務の内容はいずれも、会社を代表する取締役の職務として一般に想定されるものである。また、③乙は、香港に居住して、平成２７年１２月から平成２８年３月までの間、ベトナムで米麹の製造工場を建設の上、同工場で製造した製品（麹）を原告が輸入し、日本国内で販売するという事業（以下「ベトナム新規事業」という。）に係る工場の設計等の準備行為等に従事したところ、ベトナム新規事業に係る準備行為という職務の内容も、一般的に取締役の職務として想定される新規事業の準備行為の域を出るものではなく、加えて、本件各対象事業年度においてベトナム新規事業に基づく収益は発生しておらず、上記職務の内容が原告の売上げや利益の増加に貢献したものでもないから、当該職務内容についても、会社を代表する取締役の職務として一般的に想定される範囲を超えるものではない。
ウ 原告の収益の状況
（ア）原告の売上高及び売上総利益は平成２４年９月期から平成２８年９月期にかけてほぼ減少傾向にあり、平成２８年９月期の売上高は平成２４年９月期と比較して約０．６２倍、売上総利益は平成２４年９月期と比較して約０．４２倍と大幅に落ち込んでいる。改定営業利益は、平成２５年９月期から平成２８年９月期にかけて、平成２４年９月期の約０．１倍となるなど大幅に減少している。
経常利益は、本件各対象事業年度のいずれの事業年度においても多額の損失を計上し、本件各役員給与による損失を挽回するには到底至っておらず、平成２８年９月期においては売上高の５倍近くにまで損失の額を増加させる結果となっている。改定経常利益でみても、平成２４年９月期ないし平成２７年９月期にかけて、おおむね横ばいないし減少した後、平成２８年９月期には、平成２４年９月期比でマイナス約１２．３６倍と大幅に減少している。
さらに、原告の平成２８年９月期の末日時点における純資産の額は約４億６０００万円であるところ、同事業年度の翌期にも上記と同水準の収益の状況が続いた場合、原告は早期に債務超過に陥りかねない状況であった。
以上のとおり、原告の基本的な収益の状況を表す各項目は、いずれも横ばいないし減少傾向にあり、特に、収益のうち最も重要な指標である売上高や売上総利益の減少が、原告の主たる営業活動の成果の縮小を顕著に表しているにもかかわらず、本件各役員に対する給与は、原告の収益や純資産の額の状況からすれば支給を継続することが困難というべき水準にまで増額され、原告の収益の状況の更なる圧迫要因になっていた。
上記事情に鑑みると、原告の適正給与額について、本件類似法人の数値に比してより高額に認定すべき差異は認められない。本件各役員給与の支給期間において、本件各役員がいずれも会社を代表する取締役であったことに鑑みると、本件各役員給与額については、本件類似法人が支給する役員給与の中でも最も多い額（役員給与最高額）の平均額を上回る部分の各金額の合計額が、「不相当に高額な部分の金額」の合計額として、本件各対象事業年度の法人税の所得の金額の計算上、損金の額に算入されない金額に当たるというべきである。
（イ）中長期的な業績を考慮する必要性がないこと
法人税法における所得計算は、単年度（事業年度）ごとに行うことが法定されており、同法３４条２項も「その内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない」とする額を定めるものであって、このような法人税法の構造からすれば、各事業年度ごとに収益の状況の各数値をもって「不相当に高額な部分」を算出することには合理性がある。
中長期的業績を考慮することとした場合、その選択する事業年度の範囲によって「不相当に高額な部分の金額」の存否ないし額の認定結果が異なることになるところ、「中長期的」の範囲選択に当たっての恣意性が排除できないことから、上記「不相当に高額な部分」の算出の際に中長期的な業績を考慮することは、明確性、公平性が要求される租税法規の解釈適用として許されるものではない。
（ウ）収益の状況の判断に予算計画値を用いるべきではないこと
仮に、原告において、「役員給与額決定時の予算計画値」なるものが作成されていたとしても、上記予算計画値は各法人において独自の目的をもって任意に作成されるものであり、直ちに収益の状況を示すものに該当するとはいえない。また、上記予算計画値は法人が任意に作成するものであり、当該法人が法人の役員給与の金額を決定する際における恣意性を排除することはできないことからも、これを収益の状況の判断において用いることは、課税の公平性を確保しようとした法人税法３４条２項の趣旨に反することになる。
（エ）加重計算について
ａ 加重計算を行う必要がないこと
原告と本件類似法人との収益の状況を比較すると、企業の主たる営業活動の成果として最も重要である売上高などの指標は、原告の数値の方がやや下回るため、原告の適正給与額の減額要因となり得る差異は認められるものの、少なくとも、原告の各適正給与額を本件類似法人の数値に比してより高額に認定すべき差異はなく、加重平均法を採用する理由もない。
ｂ Ｍの株式の売却による特別利益を考慮する必要がないこと
瞬時的に発生した利益（特別利益）は、会社の基本的な収益力等を示すものではなく、適正給与額の認定に当たり考慮すべき事由に当たらない。
本件各対象事業年度において特別利益に計上される投資有価証券売却益は、主に、原告がＬとＭ株式会社（以下「Ｍ」という。）の取引関係強化を図るために保有していたＭの株式を、ベトナム新規事業の資金捻出等のために平成２８年９月期までに全部売却したことによるものであって経常的な利益ではなく、瞬時的に発生した利益である。したがって、特別利益は原告の基本的な収益力や本件各役員の業務執行の巧拙を表したものではないから、適正給与額の認定に当たり考慮すべき事由に当たらない。
（原告の主張）
ア 同業類似法人の抽出基準の不合理性
（ア）原告の業種を卸売業とすることの不合理性
原告の業種を卸売業とするのは、以下のとおり誤りである。
ａ 原告は卸売業の業務を担っていないこと
卸売業の根幹は、物流業務を行うことであり、物流業務とは、具体的には、輸送、保管、荷役、包装及び物流管理の各業務である。
原告は、食品製造工程の中で高い付加価値を望める、市場調査、新商品の企画・開発、製造工場の選定、商品規格書（仕様書）の作成、食品製造の際の品質管理という業務、中でも特に付加価値の高い新商品の企画・開発業務を中心に行い、当該商品規格書に従った単純生産工程部分は社外協力会社に任せるという、食品製造に係るファブレス（製造設備（ｆａｂ＝ｆａｂｒｉｃａｔｉｏｎｆａｃｉｌｉｔｙ）がない（ｌｅｓｓ））事業を主たる事業として行ってきており、物流業務を担っておらず、卸売業の機能である①調達機能（仕入れ先から商品を確保する機能）、②販売機能（仕入れ先に代わって販路を開拓し商品を提供する機能）、③物流・保管機能（仕入れた商品を倉庫に一時的に保管・管理し、必要な時に販売先に配送する機能）、④金融・危険負担機能（仕入れ先や販売先の資金繰り支援として代金の支払を補う機能）、⑤情報提供・サポート機能（仕入れ先に売れ筋商品や市場動向などの情報提供、販売先に商品情報提供やリテールサポートを行う機能）のいずれも有していない。
本件各事業年度の各期の申告書の事業種目に卸売業との記載が存在するが、これは、原告が開業当初に卸売業で登録したが、２年目以降に原告の業態がファブレス事業へと大きく転換していったものの、当該申告書等の記載を修正しないまま放置してしまったものにすぎず、重視されるべきものではない。
ｂ ファブレス事業の特殊性について
本件各事業年度の原告の売上総利益の１００％を占めるのは全て、原告が企画・開発・設計した商品であるから（ただし、平成２５年９月期と平成２６年９月期のみ、既製品を購入し販売した実績が、全体の売上げの約１ないし２％程度存在する。）、原告の主たる経済活動は、商品の企画・開発・設計である。
現行の日本標準産業分類は、ファブレス事業に対して最適に対応できる基準ではなく、適用を慎重にする必要がある。「日本標準産業分類一般原則第６項」に立ち返ると、原告のファブレス事業は、その主たる経済活動が商品の企画・開発・設計であることから、「卸売業」ではなく「学術研究、専門・技術サービス業」に決定されるものである。
（ａ）原告の利益率は卸売業の利益率とは異なるものであること
経済産業省企業活動基本調査の平成１５年度から平成２８年度までの結果が
示すとおり、一般に、食品卸売業の売上高経常利益率は１％程度というのが相場であるが、原告の売上高経常利益率の実績は創業２年目以降ほぼ毎年１０％である。このことは、原告の事業内容が卸売業と利益構造が異なる別事業であることを示している。
（ｂ）原告は恒常的に在庫ゼロの企業であること
卸売業では、その業務の性質から、不可避的に在庫管理という業務が発生す
る。しかしながら、原告が企画・開発した加工食品の受発注や在庫管理は、専らＬが行っており、原告が製造委託先から仕入れ・輸入した日に、全て原告からＬに名義変更がされ、原告においては在庫ゼロが常態化している。
ｃ 被告の主張立証が不足していること
仮に、原告の業種を卸売業と認定することに合理性があるとしても、原告の事業は、「学術研究、専門・技術サービス業」と認定することにも合理性があり、製造業と認定することにも合理性があることから、被告が原告の役員給与を不相当に高額と判定するには、「学術研究、専門・技術サービス業」や製造業から見ても不相当に高額な部分があることを主張立証する必要がある。
すなわち、原告の事業は、加工食品の企画・開発を主たる事業とするものであるところ、日本銀行の採用している金融統計調査における業種分類によれば、原告の事業は、「学術研究、専門・技術サービス業」に分類されることとなる。本件各更正処分は、原告の役員給与額について、「学術研究、専門・技術サービス業」の同種事業規模法人の役員給与額と比較しても不相当に高額である旨の主張立証を欠く違法なものである。
また、証券コード協議会の行う業種分類によれば、原告は食料品製造業に分類されることとなるところ、本件各更正処分は、製造業の同種事業規模法人の役員給与額と比較しても原告の役員給与額が不相当に高額である旨の主張立証を欠く違法なものである。
（イ）対象地域の基準の不合理性
原告がその主たる事業である加工食品の企画・開発業務を行っている場所は、香港に所在する甲の自宅キッチン、生産工程部分を担う海外に所在する社外協力会社のキッチンや工場製造ライン、日本全国に所在する社外協力会社のキッチンや工場製造ライン、出張先のホテル等であり、本店所在地の京都市でも支店所在地の明石市でもない。
したがって、同業類似法人を抽出するに当たっての対象地域は、兵庫県とするのではなく、海外及び日本全国と広く捉えることが必要となる。
（ウ）売上金額等の基準の不合理性
ａ 売上高倍半基準の不合理性
売上高の高低と役員給与の高低との間には社会的事実として何らの関係性もないから、売上高倍半基準を用いたことは不合理である。
ｂ 売上高経常利益率及び自己資本比率を基準にするべきこと
平成２８年の中小企業白書において、中小企業の理想形である企業につき、売上高経常率が高く、かつ、自己資本比率が高い企業であると分類されたことからすると、適正役員給与支給額を認定するに当たっては、売上高経常利益率（本件では売上高改定経常利益率）と自己資本比率が類似している比較法人が抽出される必要がある。
ｃ 従業員数を基準にするべきこと
原告は、本件各事業年度において、従業員のいない、役員だけの法人であるが、被告が抽出した法人はいずれも相当数の従業員がいる法人であり、抽出基準が不合理である。
イ 本件各役員の職務の内容―ベトナム新規事業の職務対価の合理性
原告が平成２８年９月期に着手したベトナム新規事業は、初年度から３０億円の収益が見込まれ、５年後には年間１００億円の収益が見込まれる、卓越したビジネスプランであったのであり、同事業に係る職務は、取締役の職務として一般的に想定される範囲を優に超えるものである。
原告は、ベトナム新規事業に必要な主要な準備行為を全て完了させており、その業務内容は、質・量ともに、ベトナム新規事業そのものに係る職務と同等かそれ以上のものになっていた。また、乙は、累損５０００万円の会社を年商１５０億円まで成長させた腕利きの経営者であり、原告に招聘する前は月額４４００万円の報酬を得ていた人物である。以上を総合すると、平成２８年９月期における乙に対する月額２億５０００万円の支払は、役員給与として何ら過大ではない。
ウ 原告の収益の状況等
（ア）中長期的な業績についての考慮がされていないこと
本件各更正処分においては、原告の収益の状況等を考慮する際に、単年度の実績値でもって当該年度の他の同業類似法人の実績値と比較し、過大額を算出するという方法が採られているが、かかる方法は中長期的な業績についての考慮を一切捨象するものであり、不合理である。食品製造は、長期熟成が必要であったり、原料調達にシーズンがあったりする関係で、その収益については１０年単位で見る必要がある。
（イ）予算計画値が基準となるべきであること
仮に、中長期的な業績を考慮することが許されないとしても、単年度ごとの収益の状況の数値は、役員給与額決定時の予算計画値であるべきである。すなわち、期初に策定する予算計画は当該企業の当該事業年度の業務執行計画となっているため、経営者にとっては、当該予算計画の遂行が当該事業年度の職務の中枢となり、必然的に、役員給与の法的性格は、予算計画を遂行することの対価ということになる。したがって、職務執行の対価としての適正額か否かを判定するに当たっての「収益の状況」（法人税法施行令７０条１号イ）については、予算計画値が用いられなければならない。上記「収益の状況」を実績値とすると、実績が予算より悪化すれば、中小企業は常に法人税法３４条２項の適用を受ける危険にさらされることになってしまい、結果責任を課すことになるものである。また、法人税法が、中小企業の役員給与に関し、業績連動型給与の損金算入を全面的に否定している（同法３４条１項参照）。
エ 採用されるべき具体的な計算方法等
（ア）本件算式の誤り
本件算式において用いられている売上高の数値に基づく比率は、本件類似法人の抽出に当たって売上高倍半基準が採用されていることにより、改定営業利益に基づく比率や個人換算所得に基づく比率の基準よりも重く、また、売上高の比較結果は、改定営業利益の平均値にも、改定営業利益に基づく比率や個人換算所得に基づく比率にも反映されている。したがって、本件算式は、売上高の要素が何重にもカウントされる不合理な数式である。
（イ）加重平均法が採用されるべきであること
以下のとおり、本件各役員の適正給与額の認定に当たっては、特別利益を含む個人換算所得を考慮するべきであるから、加重平均法が採用されるべきである。
ａ 特別利益を含む個人換算所得を考慮するべきであること
会社役員は、本業だけではなく、特別損益を含む企業に関わる全ての経営活動に責任を負うべきであるから、適正給与額の認定に当たって特別損益を含めた個人換算所得の状況を検討することには合理性がある。
本件各対象事業年度の原告の特別利益は、主としてＭの株式を売却したことにより得られた利益であり、キャピタルゲインだけで総計３０億円を超える、数百％という超高利回りを実現した。
上記利回りは、本件各役員によるＭ株式への投資決定とＭ株価の大幅上昇によって実現されたものであり、これらはいずれも原告の経営の巧みさによるものである。すなわち、Ｍの株式が大幅に下落した際、今後のＭの著しい業績成長や、株価の大幅上昇を合理的に予測してした投資決定は、市場を的確に読み投資を行ったものであり、本件各役員の巧みな業務執行によるものである。また、本件各役員の業務執行により、安価、大量、高品質な加工食品の多数のレパートリーが実現され、その各商品が消費者の支持を受けたことにより、Ｍは業績を急上昇させ続けることができたものである。
したがって、本件各役員の適正給与額を認定する際に、上記特別利益を含む個人換算所得の状況を考慮するのは合理的である。
ｂ 原告と本件類似法人との収益の差異
原告と同業類似法人との個人換算所得には、５～６０倍もの差があり、適正給与額の認定に影響する収益の状況の差異が生じている。そのため、本件各役員の適正給与額を算出するに当たっては、同業類似法人の役員給与額に諸要素の加重平均した数値を乗じることに合理性が認められる。
（ウ）本件で採用されるべき加重平均法の具体的な内容
本件で採用されるべき加重平均法の具体的な内容は、①売上高改定経常利益率及び②個人換算所得につき等分の重みづけをして乗じて算出するというものであり、次の算式を用いるべきである。
（同業類似法人における役員給与最高額の平均値）×｛①（原告の売上高改定経常利益率）／（同業類似法人における売上高改定経常利益率の平均値）＋②（原告の個人換算所得）／（同業類似法人における個人換算所得の平均値）｝×１／２
（エ）本件類似法人を比較法人とする場合に要する加算額
本件類似法人には従業員が相当数いるのに対し、原告には従業員が一切いないことからすると、本件各役員は、本件類似法人の役員が行わずに従業員が行っている業務（以下「Ｘ業務」という。）の全てを役員の職務として執行している。
本件類似法人は、Ｘ業務につき、そのコスト（従業員給与）として、平成２５年は平均５４７６万８４３４円、平成２６年は平均４２８７万２８７５円、平成２７年は平均４１７５万５１３８円、平成２８年は平均３５４０万０６６４円を負担している。本件各役員は、比較法人の取締役の職務として一般的に想定される範囲を超えたＸ業務を行っているから、その適正給与額を本件類似法人から算出するに当たっては、比較法人の役員給与を基礎に導かれる給与額に対し、平成２５年度ないし平成２７年度については、上記平均額を原告の役員数２で除した金額（平成２５年２７３８万４２１７円、平成２６年２１４３万６４３８円、平成２７年２０８７万７５６９円）、平成２８年度については、上記平均額を原告の役員数３で除した金額（１１８０万０２２１円）を加算しなければならない。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１（法人税法３４条２項の違憲性及び法人税法施行令７０条１号イの違法性）について（１）法人税法３４条２項は、内国法人がその役員に対して支給する給与の額のうち不相当に高額な部分の金額として政令で定める金額は、その内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しないと規定している。同項の趣旨は、法人の役員に対する給与が法人の利益処分たる性質を有する場合があることから、法人所得の金額の計算上、一般に相当と認められる金額に限り必要経費として損金算入を認め、それを超える部分の金額については損金算入を認めないことによって、職務執行の対価としての相当性を確保し、役員給与の金額決定の背後にある恣意性の排除を図り、課税の公平性を確保することにあると解される。
そして、法人税法３４条２項の委任を受けた法人税法施行令７０条１号イは、法人税法３４条２項所定の「不相当に高額な部分の金額」を役員給与について算定するに当たり考慮すべき事項を、当該役員の職務の内容、その内国法人の収益及びその使用人に対する給与の支給の状況、その内国法人と同種の事業を営む法人でその事業規模が類似するものの役員に対する給与の支給の状況等に類型化して具体的に定めたものということができる。
（２）原告の主張について
ア 法人税法３４条２項が憲法８４条に違反する旨の主張について
法人税法３４条２項の委任を受けた法人税法施行令７０条１号イは、当該役員の職務に対する対価として相当であると認められる金額を算定するに当たり考慮すべき事項として、当該役員の職務の内容、その内国法人の収益及びその使用人に対する給与の支給の状況、その内国法人と同種の事業を営む法人でその事業規模が類似するものの役員に対する給与の支給の状況等を掲げる。憲法８４条は、課税要件及び租税の賦課徴収の手続が法律で明確に定められるべきことを規定するところ、課税要件等に関わる租税法規は、できるだけ明確に定められることが求められるというべきであるが、他方において、納税者の実質に応じた課税の公平性を確保することも求められることを考慮すると、当該租税法規が憲法８４条の規定に反しないか否かについては、当該法規の趣旨、目的とするところを合理的、客観的に解釈し、その法規が課税の根拠、要件を規定したものとして一般的に是認し得る程度に具体的で客観的なものであるか否かという観点から判断するのが相当である。
そこで検討するに、一般に、個々の法人における役員に対する給与の額について、「不相当に高額な部分の金額」の上限を確定的に定めることは、その性質上、極めて困難であり、かえって課税の公平性を害するおそれが高いものである。他方、法人税法３４条２項の委任を受けた法人税法施行令７０条１号イの掲げる考慮すべき事項のうち、当該役員の職務の内容、その内国法人の収益及びその使用人に対する給与の支給の状況については納税者において把握している事項であり、その内国法人と同種の事業を営む法人でその事業規模が類似するものの役員に対する給与の支給の状況等については、一般に公表された統計等、入手可能な資料等から一定程度の予測は可能であるというべきであって、これらの各事項を法人税法３４条２項の規定の趣旨に照らして考慮すれば、納税申告の時点において、「不相当に高額な部分の金額」について、必ずしも確定的な金額までは判明しないとしても、相応の予測は可能であるというべきである。したがって、法人税法３４条２項の委任を受けた法人税法施行令７０条１号イの規定は、法律により委任された課税要件を規定したものとして一般的に是認し得る程度に具体的で客観的なものであるというべきであるから、法人税法３４条２項は憲法８４条の規定に違反するものということはできない。
原告は、「不相当に高額な部分の金額として政令で定める金額」（法人税法３４条２項）の内容が処分時と裁判時とで異なるという例があることをもって、同項が課税庁にとっての一義的に明確な規範として機能していない旨を主張するが、前判示のとおり、「不相当に高額な部分の金額」の上限を確定的に定めることは、その性質上、極めて困難であり、かえって課税の公平性を害するおそれが高いことを踏まえ、法人税法施行令７０条１号イの規定は、一定程度の幅を含む内容となっているものである。そうすると、更正処分をした処分行政庁と、当該更正処分の適法性を主張する被告（国）とで、その判断の基礎とした事実の認定又は評価の相違等によって異なった算定額となること自体は、同令７０条１号イの規定に鑑み当然に想定されるものであり、このような現象の存在をもって憲法８４条の規定に違反するということはできない。
イ 法人税法施行令７０条１号イの基準が法人税法３４条２項の委任内容に反するとの主張について
上記アで判示したとおり、一般に個々の法人における役員に対する給与の額について、「不相当に高額な部分の金額」の上限を確定的に定めることは、その性質上、極めて困難であることから、その基準を定めることを政令に委ねたと解するのが相当であり、そうすると、法人税法施行令７０条１号イが職務執行の対価としての基準を定めたことは法人税法の委任の趣旨に沿うものといえる。原告は、法人税法３４条２項は職務執行の対価としての相当額の基準を定めることを政令に委任していない旨主張するが、同項の文言及び法人税法の趣旨に鑑みても、委任の対象から職務執行の対価としての相当性の基準を排除したと解することはできないから、原告の上記主張を採用することはできない。
ウ 法人税法施行令７０条１号イ所定の基準が法人税法の委任の範囲を超える旨の主張について
法人税法施行令７０条１号イは、当該役員の職務の内容、当該内国法人の収益及びその使用人に対する給与の支給の状況、同業類似法人の役員に対する給与の支給の状況等を基準として当該役員の職務に対する対価として相当であると認められる金額を算定することを定めるものであり、判断基準として客観性を有するものであるから、税務署長又は裁判所が第三者の立場から上記基準に基づく判断をすることは可能である。原告は、法人税法施行令７０条１号イ所定の基準は税務署長や裁判所の権能を超えるものであり、法人税法の委任の範囲を超える旨主張するが、上記のとおり、同基準に基づく判断をすることは税務署長や裁判所の権能を超えるものではないから、原告の上記主張には理由がない。
（３）以上によれば、法人税法３４条２項及び法人税法施行令７０条１号イの違憲性ないし違法性をいう原告の主張には理由がない。
２ 争点２（本件各法人税更正処分認定の適正給与額と本件訴訟における被告主張の適正給与額との相違に係る違法性の有無）について
原告は、本件各法人税更正処分認定の適正給与額と本件訴訟における被告主張の適正給与額との間に相違があることにつき、課税要件事実の同一性を欠く、許されない理由の差し替えである旨主張する。
前提事実（３）及び（７）のとおり、本件訴訟における被告主張の適正給与額（別表６の「本訴における被告の主張額」の「適正役員給与額」欄記載の金額）は、本件各対象事業年度に係る法人税更正処分において算定された適正給与額（別表６の「原処分庁処理額」の「適正役員給与額」欄記載の金額）を相当程度下回るものである。そして、前提事実（３）及び弁論の全趣旨によれば、本件訴訟において被告が主張する本件各役員の適正給与額は、本件類似法人における役員給与最高額の平均値の金額（ただし乙については４か月分として４／１２を乗じた金額）とするものであるのに対し、本件各法人税更正処分が前提とする甲及び乙の適正給与額は、本件類似法人における役員給与最高額の平均値の金額を基準とした上で、本件類似法人の売上高、改定営業利益及び個人換算所得を勘案して加重計算をしたもの（ただし乙については４か月分として４／１２を乗じた金額。なお、丙については、原告が支給した金額）であることが認められる。
そうすると、本件訴訟における被告の主張と本件各法人税更正処分とは、法人税法３４条２項の適用により原告の損金の額に算入されない額である「不相当に高額な部分の金額」の適否につき、同一の事実関係の下での評価を異にするものにすぎないものといえる。また、本件訴訟における審判の対象は、本件各法人税更正処分において認定された各税額の適否であることからすると、被告の上記主張は、本件各法人税更正処分が適法であるとの攻撃防御方法を追加する趣旨のものにすぎず、本件各法人税更正処分を争うにつき原告に格別の不利益を与えるものではないというべきである。以上によれば、本件各法人税更正処分認定の適正給与額と本件訴訟における被告主張の適正給与額と相違をもって違法であるということはできない。
したがって、原告の上記主張には理由がない。
３ 争点３（本件各役員給与における不相当に高額な部分の金額の有無及びその額）について（１）認定事実
前提事実、後掲各証拠及び弁論の全趣旨によれば、次の事実が認められる。
ア 原告について
（ア）原告の設立に至る経緯
甲の父は、「Ｎ」という名称の味噌製造事業者（以下「Ｎ」という。）を家業として受け継いで経営していた。甲は、昭和５５年（当時●歳）、甲の父の体調不良等を契機として、Ｎの実質的経営を引き継ぎ、昭和５７年以降は本格的にＮの経営に携わるようになった。
甲は、Ｎの経営状況及び将来的な展望を考慮し、平成元年、味噌製造業から多角化を図り、総菜製造への進出を考え、当時漬物製造業を営んでいたＬ（当時の商号はＯ）を買収した。
Ｎの経営状況は、Ｌを買収した後も好転せずにいたところ、甲は、取引先の一つであったＭによる中国の視察に同行し、現地での視察及び調査の結果を踏まえ、平成３年頃、原告において中国に進出することを決意し、中国遼寧省大連市にＰを設立した。同社の経営は、当初は厳しいものであったが、日本における味噌製造技術を同社の中国工場に移し、現地の原材料を使用しての味噌製造に成功するに至った。同社は、平成６年頃までに中国工場から日本国内への供給体制を整えて利益を獲得し、その結果、同社及びＮが安定的に成長するようになったことから、甲は、平成８年、更なる事業拡大と利益獲得を目指して、大連市にＱを設立し、二つ目の中国工場を新設した。
甲は、平成１４年１０月●日に「フランチャイズチェーン店への経営及び技術指導」、「味噌、漬物、酒類、醤油、調味料の製造、加工、卸、販売、仲介及び輸出入」、「食料品メーカーに対する新商品開発及び卸、小売業者に対する販売促進のためのコンサルタント業」等を目的として原告を設立した。原告は、平成１５年１月２４日、東山税務署長に対して法人設立届出書を提出したが、同届出書の「事業の目的」欄に、「定款等に記載しているもの」として「フランチャイズチェーン店への経営指導及び技術指導他」、「現に営んでいる又は営む予定のもの」として「食品卸」とそれぞれ記載した。
（前提事実（１）ア、甲３７、乙７、原告代表者）
（イ）原告の事業内容等について
ａ 原告の取扱商品、会計処理上の処理等について
原告の主な取扱商品は、冷凍食品、インスタント食品、味噌、瓶詰・缶詰、天かす等である（乙９の１～４）。
原告の本件各対象事業年度における売上高は、他社から仕入れた商品を別の他社に売却することにより生じているものであり、本件各対象事業年度の売上高及びＬに対する売上高並びに仕入高は別表１２記載のとおりである（乙８～乙１０の４、乙４２。枝番号を含む。）。
なお、原告が税務署長に提出した各種申告書、届出書等には、事業種目、事業内容等につき、平成１４年の設立時から令和３年１２月期の確定申告書まで一貫して「食品卸」と記載されている（乙１６の１～６、乙４５の１及び２）。
ｂ Ｌに対する売上の原因となる取引に係る販売経路・内容について
原告の、Ｌに対する売上の原因となる取引に係る販売経路・内容は、以下のとおりである。
すなわち、①甲及び丙が、Ｍで取り扱う商品を企画・開発し、甲が、当該商品の規格書案の作成、製造サンプル品の検証を経て、最終的な仕様を決定する、②甲が、国内外の製造委託先との打合せの上で製造指示の内容を確定させ、規格書を確定させる、③甲が、Ｍで当該商品を取り扱うことが確定した後、Ｌに当該商品の情報を提供し、同社を介してＭのシステムに当該商品の登録依頼を行い、原告が規格書において指定した当該商品の原材料を製造委託先に調達させる、④Ｌが、製造委託先に対して当該商品の発注作業を行い、製造委託先が、原告の作成した規格書どおりに、発注数分の当該商品を製造する、⑤上記④により製造された当該商品は、製造委託先から原告が購入（仕入れ・輸入）し、同日、Ｌに売却され、更にＬからＭの物流センターに売却されるが、製造委託先は、当該商品をＭの物流センターに直送する方法で納品し、原告やＬの事業所等には納品することはない。（甲９、１０、３７、原告代表者）
ｃ ベトナム新規事業について
原告は、平成２７年８月頃、ベトナム新規事業を計画した。甲は、ベトナム新規事業の稼働に向けての手続業務及び経営全般業務を担っており、同年１２月からは乙がベトナムに赴任の上で麹販売事業における業務全般を担う予定であったが、同年１１月、ベトナムにおいては全世界所得が課税対象となり、ベトナムで徴収された税金は他の国で控除ができないという情報を入手したため、ベトナム新規事業の実施を留保することとなった。
原告は、平成２７年１２月３日に開催された取締役会において、乙の給与を月額２億５０００万円とする旨議決し、同月から平成２８年３月までの４か月間に、乙に対して合計１０億円の給与を支払った。
（甲３７、乙１０の４、乙１８、原告代表者）。
（ウ）本件各役員の職務内容等について
ａ 甲について
甲は、本件各対象事業年度において、原告及びＬを含むＮの関連会社全体の業務として商品開発、営業活動等業務全般に従事し、原告及びＮに係る有価証券取引や資金調達業務も担っており、かつ、原告の経営方針についての決定権を有していた。また、甲は、ベトナム新規事業の計画後、同事業の稼働に向けての手続業務及び経営全般業務を担っていた。（乙１１の１及び２、乙１８）
ｂ 丙について
丙は、本件各対象事業年度において、明石市に所在するＮの事務所において、原告の経理事務・経費等の銀行支払業務に従事していた。
原告の取締役会は、平成２６年１２月以降、丙の担当している商品の売上高及び利益の金額が減少したことを理由に、丙の給与を、月額４５０万円から月額１００万円に変更する旨決議した。また、原告は、平成２７年１０月９日、丙からの役員給与の辞退の申出を受け、同月分から無給とする旨決議した。
なお、丙の業務内容は、上記の給与の変更前後で変更はなかった。
（乙１１の１及び２、乙１２）
ｃ 乙について
乙は、原告設立以来、原告の取締役であったが、主にＬやＮの業務に従事しており、平成２７年１１月以前は原告の業務を担っていなかった。乙は、同年１２月から、ベトナムに赴任した上で、ベトナム新規事業に係る販売事業業務全般を担うことになっていたが、赴任前に、ベトナムにおける課税の問題（上記（イ）ｃ）が浮上したことにより、赴任を拒んだ。乙は、同月から平成２８年３月までは、日本及び香港において、ベトナム新規事業における工場の設計・工場設備の配置に関する検討を行っており、また、甲とともに、上記課税の問題を合法的に回避するための方法を検討していた。
乙は、平成２８年３月３１日、上記課税問題につき対応策が見出せずベトナムで業務に従事する見込みが立たなかったこと、及び、原告から、乙の提案で始めたＦＸ取引により生じた損失の責任を追及されたことを理由として、原告の取締役を辞任した。
（乙１８、原告代表者）
イ 原告の収益等の概況
（ア）原告が平成２４年９月期から平成２８年９月期までの間に計上した売上高、売上総利益、営業利益、改定営業利益、経常利益、改定経常利益、所得金額及び個人換算所得は、別表１０記載のとおりである。本件類似法人の役員給与の最高額の平均額、平均売上高、平均改定営業利益及び平均個人換算所得は、別表１１記載のとおりである。
（イ）原告の売上高及び売上総利益は、平成２４年９月期をピークに減少している。すなわち、①売上高は、平成２４年９月期と比較して、平成２５年９月期は約０．９７倍、平成２６年９月期は約０．７倍、平成２７年９月期は約０．８２倍、平成２８年９月期は約０．６２倍となっており、②売上総利益は、平成２４年９月期と比較して、平成２５年９月期は約０．８７倍、平成２６年９月期は約０．５倍、平成２７年９月期は約０．４倍、平成２８年９月期は約０．４２倍となっている。
経常利益は、平成２４年９月期は約４６００万円であったが、平成２５年９月期にはマイナス約９５００万円、平成２６年９月期にはマイナス約１億９６００万円、平成２７年９月期にはマイナス約９７００万円、平成２８年９月期にはマイナス約３２億０５００万円となっている。改定経常利益は、平成２４年９月期は約１億３０００万円であり、平成２５年９月期は約１億４４００万円に微増したが、平成２６年９月期には約４４００万円（平成２４年９月期比で約０．３４倍）、平成２７年９月期には約１億０２００万円（平成２４年９月期比で約０．７８倍）、平成２８年９月期には約マイナス１６億０５００万円（平成２４年９月期比でマイナス約１２．３６倍）と減少した。
純資産の額は、平成２４年９月３０日時点においては約９億３０００万円、平成２５年９月３０日時点においては約８億７４００万円、平成２６年９月３０日時点においては約７億７２００万円、平成２７年９月３０日時点においては約８億４４００万円、平成２８年９月３０日時点においては約４億６０００万円であった。
（乙１６の１～５）
ウ 業種の分類について
（ア）日本標準産業分類上の分類
総務省は、統計調査の対象における産業の範囲の確定及び統計調査の結果の産業別の表章に用いるため、産業を体系的に配列し、大分類、中分類、小分類及び細分類の４段階で構成した日本標準産業分類を作成している。同大分類においては、「製造業」、「卸売業、小売業」、「学術研究、専門・技術サービス業」等の２０の項目がある。総務省は、事業所の分類に際しての産業の決定について、一事業所内で単一の分類項目に該当する経済活動が行われている場合はその経済活動によって決定し、複数の分類項目に該当する経済活動が行われている場合は主要な経済活動によって決定することとしており、主要な経済活動については、複数項目のうち、生産される財、取り扱われる商品又は提供されるサービスに帰属する付加価値によって決定されることとし、個々の付加価値の情報を入手するのが実際上困難な場合には、付加価値を代理する指標として生産される財の産出額、取り扱われる商品の販売額、提供されるサービスからの収入額等、又はそれらの活動に要した従業者数等を用い、最も大きな割合を占める活動によって産業を決定することとしている。
日本標準産業分類では、「原則として、有体的商品を購入して販売する事業所」は、卸売業・小売業の大分類に属し、主として「小売業又は他の卸売業に商品を販売する」業務を行う事務所は卸売業と定義されている。
（甲１３、乙２８、３７）
（イ）日本銀行調査統計局の分類（ただし、令和３年３月時点の基準による。）
日本銀行調査統計局は、「製造業」には、製品を製造加工し、これを卸売業者等に販売を行っている事業者が分類されるとし、製品の企画や設計のみを自社で行い、生産は外部に委託しているメーカー（いわゆるファブレスメーカー）については、企画・設計を主にしているものは「学術研究、専門・技術サービス業」に、卸売を主にしているものは「卸売業」にそれぞれ分類する旨定義している。
（甲１９）
（ウ）証券コード協議会の行う業種分類
証券コード協議会は、商品を購入して卸売りする事業を行っている対象者のうち、当該商品に関して研究、企画等を行い、商品の購入先と製造委託契約等を締結している場合には、主要業務につき、製品を製造し、これを卸売りする事業とみなして取り扱うこととしている（甲４０）。
（２）同業類似法人の抽出基準の合理性について
ア 原告の業種を卸売業とすることの合理性
（ア）認定事実ア（イ）からすると、原告の売上総利益の大部分は、Ｍが取り扱う商品を、原告が企画及び開発して製造委託先に製造させ、完成した製品を購入した上でＬに販売することによって生じており、Ｌはその後Ｍの小売店に当該製品を販売する卸売業者であったこと、Ｌ以外の取引先との関係においても、反復継続的に仕入れ・販売することによって売上総利益が生じていることからすると、原告の主たる事業は、日本標準産業分類上、有体的商品を購入して販売する事業所（認定事実ウ（ア））、すなわち「卸売業」に該当すると認めるのが相当である。そして、日本標準産業分類は、統計の正確性と客観性を保持し、統計の相互比較性と利用の向上を図ることを目的として設定された統計基準であり、全ての経済活動を産業別に分類したものであるから、同業類似法人の抽出に当たって同基準を用いることは合理的であるといえる。
したがって、本件各法人税更正処分において、日本標準産業分類に基づき原告の事業を卸売業としたことには合理性がある。
（イ）原告の主張について
ａ 原告の事業はファブレス事業であり、卸売業の機能を有していないとの原告の主張について
原告は、原告の事業は新商品の企画・開発業務を中心とするファブレス事業であり、卸売業の機能である調達機能、販売機能、物流・保管機能、金融・危険負担機能、情報提供・サポート機能のいずれも有していないとして、卸売業とすることは誤りである旨主張する。
（ａ）調達機能及び販売機能について
認定事実ア（イ）のとおり、原告の売上高総額は飲食料品の販売に係る売上
高と同額であり、その大部分は製造委託先から仕入れた商品をＬに販売することにより得られていたものであって、このことからすると、原告は調達機能及び販売機能を有していたといえる。甲は、原告代表者尋問において、企画開発料を直接もらうことも、企画開発料を卸売の利益に上乗せしていることもあった旨供述するが、証拠（乙８の１～４、乙１０の１～４、乙１６の２～５）によれば、原告の総勘定元帳等において、商品を反復継続的に仕入れ、販売した数量に従って仕訳され、それに基づき会計処理が行われていることが認められ、また、本件全証拠によっても、原告と取引先との間で具体的な企画開発料額を合意等したとは認められないことからすると、甲の上記供述を踏まえても、原告が調達機能及び販売機能を有していたことは否定されない。
（ｂ）情報提供・サポート機能について
認定事実ア（イ）ｂのとおり、原告が、Ｍで取り扱う商品を企画・開発し、
仕入れ先からＬに販売し、ＬからＭに販売していたことからすると、売れ筋商品や市場動向などの情報収集の上での情報提供やリテールサポートを行う機能を有していたといえる。
（ｃ）物流・保管機能について
認定事実ア（イ）ｂからすると、原告が製造委託先から商品を購入した後、
Ｌに販売し、更にＬがＭの小売店に販売することが販売経路として確立していることを前提に、原告と製造委託先との間では納品先をＭの物流センターとする旨が合意されていたと認めるのが相当である。そうすると、原告は、納品先を指定するという方法での物流・保管機能を有していたといえる。そのほか、原告が物流・保管機能を有しないことを認めるに足りる証拠ないし事情は見当たらない。
（ｄ）小括
以上からすると、原告の金融・危険負担機能については不明であるものの、
原告は卸売業の機能を有しないとする原告の主張を採用することはできない。
ｂ 売上高経常利益率に係る主張について
原告は、売上高経常利益率が一般的な食品卸売業のものからかけ離れているので業種を異にする旨の主張をするが、業種は具体的な経済活動や業務の内容により判断されるべきものであって、売上高経常利益率の数値により左右されるものではない。したがって、原告の上記主張は前提を欠き、採用することはできない。
ｃ 原告の業種を「卸売業」以外と認定することの合理性の存否
（ａ）原告の事業を「学術研究、専門・サービス業」と認定することの合理性について
前判示のとおり、原告の売上総利益の大部分は製造委託先等から仕入れた商
品をＬ等に売却することによって生じていること、原告と取引先との間で具体的な企画開発の内容・報酬に係る合意をしたと認めるに足りる証拠はないことからすると、原告の主たる業種については、これを卸売業と認定するのが相当である。
原告は、原告の事業が「学術研究、専門・サービス業」に該当する根拠とし
て日本銀行調査統計局の分類基準を挙げるが、上記のとおり、原告の売上総利益の大部分が卸売業により生じているものであることからすると、原告の事業は、日本銀行調査統計局の分類上も「卸売業」に該当すると認めるのが相当である。
したがって、原告の事業を「学術研究、専門・サービス業」と認定すること
に合理性はない。
（ｂ）原告の事業を「製造業」と認定することの合理性について
原告が新たな製品の製造加工を行っていないこと及び委託先企業に対し原告
が受発注をしていないことについて当事者間で争いはなく、その他原告の業種を「製造業」に分類することが合理的であると認めるに足りる証拠ないし事情は見当たらない。
原告は、原告の事業を「製造業」と認定することに合理性があることの根拠
として証券コード協議会の業種別分類（認定事実ウ（ウ））を挙げるが、原告が商品の購入先であるＬ等と製造委託契約等を締結したと認める証拠ないし事情は見当たらないから、同分類上も、原告の事業が「製造業」に該当することにはならない。
したがって、原告の事業を「製造業」と認定することに合理性はない。
（ｃ）日本標準産業分類が製造業のファブレス化非対応であるとの原告の主張について
原告は、日本標準産業分類は製造業のファブレス化に対応できていないとも
主張するが、認定事実ア（イ）及びイのとおりの原告の事業内容、販売経路等からすると、製造業のファブレス事業に該当するとはいえないものであるから、原告の主張は前提を異にするものであり、採用することはできない。
（ウ）小括
以上のとおり、原告の事業を卸売業と認定したことは合理的であり、この点に係る原告の主張には理由がない。
イ 対象地域の基準の合理性について
上記アで判示したとおり、原告の主たる事業は卸売業であり、証拠（乙１１の１及び２、乙１２）によれば、原告は上記事業を支店所在地である明石市で行っていたことが認められるから、本件各法人税更正処分において対象地域を兵庫県内としたことは合理的である。
原告は、原告の主たる事業は加工食品の企画・開発業務であるから海外及び日本全国が対象地域である旨主張するが、原告の主たる事業は卸売業であることは前判示のとおりであるから、原告の同主張は前提を異にするものであり、採用することはできない。
ウ 売上金額等の基準の合理性
（ア）売上高倍半基準の合理性について
「事業規模」（法人税法施行令７０条１号イ）を測るに当たっては、売上金額が一つの指標となると考えられ、また、売上金額が原告の売上金額の２分の１から２倍までの範囲にある法人を抽出の対象とすることは、対象の中から近似性を有するものを抽出する基準として合理的である。
（イ）売上高経常利益率を基準としていないことの不合理性の存否について
売上高経常利益率は、経常利益を売上高で除した比率を指し、企業の収益力を示す指標ではあるが、「事業規模」（法人税法施行令７０条１号イ）を示すものではない。また、経常利益（改定経常利益）には、本業としての事業規模の要素外の要素（営業外の収益）が含まれることになることから、同業類似法人の抽出基準の一つとしては相当ではない。したがって、本件類似法人の抽出に際して売上高経常利益率を用いていないことに不合理性はない。
（ウ）自己資本比率を基準としていないことの不合理性の存否について
自己資本比率は、純資産（自己資本）を資産で除した比率を指し、企業の中長期的な安定性を表す指標に該当するものであるが、「事業規模」（法人税法施行令７０条１号イ）を示すものには該当しない。したがって、同業類似法人の抽出基準の一つとして自己資本比率を用いていないことに不合理性はない。
（エ）従業員数を基準としていないことの不合理性の存否について
従業員数は、事業規模の類似性を判断する一要素となり得るものであるが、従業員数と事業規模とは必ずしも相関関係にあるものではないのに対し、売上高は事業規模を測るのに有用で明確な経済指標であり、これのみでも事業規模の類似性を判断するのに足りるものであるから、従業員数について重ねて考慮しなければならないものとはいえない。したがって、本件類似法人の抽出に当たって従業員数が考慮されていないことをもって不合理であるということはできない。
エ 小括
以上のとおり、本件各法人税更正処分が本件類似法人を抽出するに当たり用いた基準（前提事実（３））は、原告の同業類似法人を抽出するものとして合理的である。また、その抽出過程において、上記抽出基準への当てはめを誤ったり、何らかの恣意が介在したりしたと認めるに足りる証拠ないし事情は見当たらないから、本件類似法人は、上記基準に基づいて適正に抽出されたものと認められる。
（３）本件各役員の職務の内容について
認定事実ア（ウ）ａ及びｂのとおり、甲は、原告の取締役として、商品開発、営業活動、有価証券取引、資金調達業務等経営全般に携わり、原告の経営方針の決定権を有しており、平成２７年８月以降はベトナム新規事業の進出業務も担っていた者であって、丙は、原告の取締役として、商品開発や経理事務に携わっていた者であり、原告の業務は甲及び丙の二人で担っていたものである。
認定ア（ウ）ｃのとおり、乙は、平成２７年１１月までは原告の業務に従事しておらず、ベトナム新規事業に係るベトナムでの業務を全般的に担う予定であったが、月額２億５０００万円の給与の支給を受けていた平成２７年１２月から平成２８年３月までの間、ベトナムに赴任したことはなく、日本又は香港においてベトナム新規事業における工場の設計・工場設備の配置に関する検討やベトナムにおける課税の問題を合法的に回避するための方法の検討をしていたにすぎず、そのほか、ベトナム新規事業に貢献していた具体的内容を認めるに足りる証拠ないし事情は見当たらないのであって、また、実際にもベトナム新規事業による収益は生じていない。仮に、原告の主張するように乙が有能な人材であったとしても、乙のベトナム赴任が具体化せず、ベトナム新規事業再開のめどが立っていない状況において月額２億５０００万円もの給与の支給を決定し、それを見直しもしないまま４か月間にわたって続けるということは、企業の意思決定としておよそ合理的なものとはいい難い。
（４）原告の収益の状況等について
ア 認定事実イのとおり、売上金額及び売上総利益は、平成２４年９月期をピークに減少しており、特に平成２６年９月期から平成２８年９月期までの売上総利益は平成２４年９月期の売上総利益の半分以下となっており、その減少は顕著である。
イ 原告の主張について
（ア）中長期的な業績を考慮するべきとする原告の主張について
法人税法における所得計算は、事業年度ごとに行うことが法定されていることから、事業年度ごとの収益の状況の各数値をもって「不相当に高額な部分の金額」を算出することには合理性がある。
原告は、中長期的な業績を考慮するべきである旨主張するが、その範囲の選択の恣意性を排除することはできないから、明確性、公平性が要求される租税法規の解釈として相当ではなく、採用することはできない。また、原告は、食品製造は１０年単位で収益を評価する必要があるとも主張するが、原告の事業は製造業ではないことから、その前提を異にするものであり、同主張を採用することはできない。
（イ）収益の状況の判断に予算計画値を用いるべきであるとの原告の主張について法人が任意に作成する役員給与決定時の予算計画値は、一般的に作成時における恣意性が排除できず、課税の公平性を確保することができないから、「不相当に高額な部分の金額」の算定基準として相当ではない。
（５）本件各役員給与における不相当に高額な金額の有無及びその額について
ア 本件各役員給与における不相当に高額な金額の有無について
（ア）前判示のとおり、原告の売上高及び売上総利益が、本件各対象事業年度を通じて大幅に減少傾向にある中で、本件各役員給与は、平成２４年９月期は合計８３００万円（うち甲分は３０００万円）であったのが、平成２５年９月期には合計２億３９００万円（うち甲分は１億８５００万円）と約２．９倍（甲分については約６．２倍）に急増し、その３事業年度後である平成２８年９月期には１６億円（うち甲分は６億円）（平成２４年９月期と比較して約１９倍（甲分については２０倍））と大幅に増額しているところ、本件各役員給与は、本件各対象事業年度において各売上総利益の額を上回っており、また、原告の各改定営業利益の大部分を占めて原告の営業利益を大きく圧迫するに至っていることからすると、本件各役員給与の額の高さ及び増加率は著しく不自然である。
（イ）本件類似法人の役員給与最高額の支給状況は、別表２の「本件類似法人中の最高額」欄記載のとおりであり、甲の役員給与の支給状況と比較すると、平成２５年９月期から平成２７年９月期までの最高額と比較しても１２．５倍から１８倍、金額にして１億７０００万円以上高額となっており、平成２８年９月期の甲の役員給与額（６億円）は、本件類似法人の最高額の約６４倍、金額にして５億９０００万円以上高額となっている。このような役員給与の支給状況の格差は、認定事実ア（ウ）ａのような甲の職務内容や職責等を踏まえても、合理的な範囲を超えるものといわざるを得ない。
また、平成２８年９月期における乙の役員給与額は１０億円となっており、同月期の本件類似法人の最高額の約１０７倍、金額にして９億９０００万円以上高額となるに至っており、認定事実ア（ウ）ｃのような乙の職務内容や職責等を踏まえると、合理的な範囲を超えるものというほかない。
（ウ）上記（ア）及び（イ）のとおり、原告の売上高等からすると本件各役員給与の高さ及び増加率は不自然であり、本件類似法人の役員給与の最高額と比較しても、その較差は合理的な範囲を超えるものとなっている。そして、このように不自然に高額な本件各役員給与によって、原告が本件各対象事業年度において納付した法人税の額は、本来よりも大きく圧迫されることとなっているのであるから、原告が本件各役員給与の全額を損金の額に算入したことにより、課税の公平性は著しく害されているというほかない。
以上によれば、本件各役員給与に「不相当に高額な部分」があるといえる。
イ 本件各役員給与における不相当に高額な金額の額について
（ア）前提事実（３）アのとおり、東山税務署長は、平成２５年９月期法人税更正処分ないし平成２８年９月期更正処分において、甲及び乙の適正給与額を算定するに当たり、本件類似法人の役員給与最高額の平均額に、売上高、改定営業利益及び個人換算所得を勘案すべき要素として等分の重みづけをして乗じて算出する方法（本件算式）により適正な役員給与額を算定したものである。本件算式において本件類似法人の役員給与最高額の平均額が基準値とされたことについては、甲及び乙が原告の代表権を有する取締役であったこと、原告の事業内容（認定事実ア（イ））及び原告の収益状況（認定事実イ）に鑑みると、合理的といえる。そして、甲が原告の売上げを得るために果たした職責や達成した業績（認定事実ア及びイ）に鑑みると、東山税務署長が、本件類似法人の役員給与最高額の平均額に一定の加重をすることが相当であると判断して、原告と本件類似法人との間に存する偏差を調整するために、法人税法施行令７０条１号イにおいて適正給与額の判断要素として規定している「事業規模」の指標に当たるものとして売上高、「収益」に当たるものとして改定営業利益及び個人換算所得（同族会社における実質的な所得金額と解される。）を勘案要素として考慮した本件算式を用いて算出したことは合理的であり、丙が原告の売上げを得るために果たした職責や業績に鑑みると、丙についても、同様に、本件算式を用いるのが相当である。したがって、甲及び丙については、本件算式により算出される金額が適正給与額に該当し、それを超える金額が「不相当に高額な部分の金額」に該当すると認めるのが相当である。
これに対し、乙については、平成２７年１１月までは原告の業務を担っておらず、原告から給与の支給がされていた平成２７年１２月から平成２８年３月までの４か月間に果たした職務の内容等に鑑みても、本件類似法人の役員給与最高額の平均額に一定の加重をすることが相当とは認められない。したがって、本件類似法人の役員給与最高額の平均額の４か月分（３分の１を乗じた金額）が適正給与額に該当し、それを超える金額が、「不相当に高額な部分の金額」に該当すると認めるのが相当である。
（イ）本件算式を基に、別表１０及び１１記載の数値を当てはめて算定した本件各対象事業年度における甲及び丙の適正給与額は、別表６の「裁判所認定額」の「適正役員給与額」欄記載のとおり（本件裁決における認定額と同じ。ただし、平成２７年９月期の丙の適正給与額は、認定事実ア（ウ）ｂのとおり丙の担当している商品の売上高及び利益の金額が減少していることからすると、原告支給額の１９００万円が相当である。）であり、乙の適正給与額は、平成２８年９月期類似法人の役員給与最高額の平均額（８４４万６０００円）に３分の１を乗じた金額（２８１万５３３４円。小数点以下切り上げ。）（本訴における被告の主張額と同じ。）であり、法人税法３４条２項に規定する「不相当に高額な部分の金額」は、「裁判所認定額」の「過大役員給与額」欄記載のとおりである。そして、上記「過大役員給与額」欄記載の各金額は、平成２５年９月期ないし平成２８年９月期についていずれも別表６の「原処分庁処理額」の「過大役員給与額」欄記載の各金額以上となっている。
（ウ）原告の主張について
原告は、加重計算をするに当たり、収益及び個人換算所得のみを勘案要素とするべきであり、売上高を勘案要素とするべきではない旨の主張をするが、前判示のとおり、売上高は事業規模を測るのに有用で明確な経済指標であるから、原告と本件類似法人との間に存する偏差を調整するに当たり売上高を勘案するのは合理的といえる。
また、原告は、収益の判断要素として、改定営業利益ではなく改定経常利益の数値を用いるべきであると主張するが、前判示のとおり、改定経常利益は、営業外の利益を含むものであり、調整要素として、営業外の利益を含まない改定営業利益よりも適しているということはできない。
原告は、従業員がいないことについても考慮するべきであると主張するが、偏差を調整するに当たっては、上記の勘案要素を検討すれば十分であるといえるから、本件各役員の適正給与額の算定に際し、更に従業員がいないことを加算の考慮要素とする必要はない。
したがって、原告の主張にはいずれも理由がなく、上記（ア）の結論を左右しない。
（６）本件各更正処分の適法性について
ア 本件各法人税更正処分について
上記（５）の判断のとおり、当裁判所の認定する本件各役員の「不相当に高額な部分の金額」（法人税法３４条２項）はいずれも本件各法人税更正処分において認定された上記金額以上となっている。そうすると、本件各法人税更正処分に係る本件各対象事業年度における原告の所得金額及び納付すべき法人税額は、本件各対象事業年度における原告の所得金額及び納付すべき税額を下回るから、本件各法人税更正処分は、いずれも適法である。
イ 本件各復興特別法人税更正処分について
東日本大震災からの復興のための施策を実施するために必要な財源の確保に関する特別措置法４４条１項及び４７条は、復興特別法人税の課税標準は各課税事業年度の課税標準法人税額である旨定める。
上記アのとおり、本件各法人税更正処分がいずれも適法であることからすれば、平成２５年９月課税事業年度及び平成２６年９月課税事業年度における原告の課税標準法人税額及び納付すべき復興特別法人税額は、いずれも本件各復興特別法人税更正処分における金額と同額となるから、本件各復興特別法人税更正処分は、いずれも適法である。
ウ 本件各地方法人税更正処分について
地方法人税法９条によれば、地方法人税の課税標準は、各課税事業年度の課税標準法人税額であり、各課税事業年度の課税標準法人税額は、各課税事業年度の基準法人税額であるから、上記アのとおり、本件各法人税更正処分がいずれも適法であることからすれば、平成２７年９月課税事業年度及び平成２８年９月課税事業年度の課税標準法人税額及び納付すべき税額は、いずれも本件各地方法人税更正処分における金額と同額となるから、本件各地方法人税更正処分は適法である。
エ 本件各賦課決定処分について
上記アないしウのとおり、本件各更正処分がいずれも適法であることからすれば、これらに伴って原告に課される過少申告加算税の額は、いずれも本件各賦課決定処分における金額と同額となるから、本件各賦課決定処分は適法である。
第４ 結論
以上によれば、本件各更正処分の一部の取消し及び本件各賦課決定処分の全部の取消しを求める原告の請求はいずれも理由がないから、これらを棄却することとし、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官 品田幸男
裁判官 片瀬亮
裁判官 横井靖世
別表１、２、１０～１２省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2023/pdf/13836.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。