税務訴訟資料第２７３号（順号１３８５８）
熊本地方裁判所令和●●年（○○）第●●号、同第●●号所得税等更正処分の一部取消請求事件（以下、順に「第１事件」、「第２事件」という。）
国側当事者・国（熊本西税務署長）
令和５年６月９日棄却・控訴
判決
原告甲
被告国
同代表者法務大臣齋藤健
処分行政庁熊本西税務署長
城森和弘
同指定代理人田中義一
同一丸聖
同黒田哲弘
同山本知恵
同山神暁恵
同田中潤
同野田翔吾
同宮城光
同馬場智暉
同寺本史郎
同福田和哉
同橋本健一
同嶋野友二
同鈴木章義
同尾野泰洋
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は、原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 第１事件
（１）処分行政庁が令和３年１０月２５日付けでした原告の平成３０年分所得税及び復興特別所得税の更正処分（以下「平成３０年分更正処分」という。）のうち、分離短期譲渡所得０円、分離長期譲渡所得０円、納付すべき税額９３００円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分（以下「平成３０年分賦課決定処分」といい、平成３０年分更正処分と併せて「平成３０年分更正決定等」という。）を取り消す。
（２）被告は、原告に対し、３２万７８００円及びこれに対する納付日から支払済みまで年５分の割合による金員を支払え。
２ 第２事件
（１）処分行政庁が令和３年１０月２５日付けでした原告の令和元年分所得税及び復興特別所得税の更正処分（以下「令和元年分更正処分」といい、平成３０年更正処分と併せて「本件各更正処分」という。）のうち、上場株式等の課税所得０円、納付すべき税額マイナス３万２９６３円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分（以下「令和元年分賦課決定処分」といい、本件令和元年分更正処分と併せて「令和元年分更正決定等」という。また、平成３０年分賦課決定処分と令和元年分賦課決定処分を併せて「本件各賦課決定処分」という。）を取り消す。
（２）被告は、原告に対し、９万４１９３円及びこれに対する納付日から支払済みまで年５分の割合による金員を支払え。
第２ 事案の概要
１ 原告は、平成３１年２月７日、熊本市西区●●所在の土地及び建物（以下、同土地を「本件土地」、同建物を「本件建物」という。）の各共有持分（以下「本件各持分」という。）の譲渡による譲渡所得を分離課税の譲渡所得として、平成３０年分の所得税及び復興特別所得税（以下「所得税等」という。）の確定申告書を処分行政庁に提出した（以下「平成３０年分確定申告」という。）。また、原告は、令和２年３月１６日、Ａ株式会社の株式（以下「本件株式」という。）の譲渡による譲渡所得を総合課税の長期譲渡所得として、令和元年分の所得税等の確定申告書を処分行政庁に提出した（以下「令和元年分確定申告」という。）。
第１事件は、原告が、平成３０年分確定申告の後に、本件各持分の譲渡による譲渡所得は、総合課税の譲渡所得として所得税等の額の計算をすべきとして更正の請求（以下「平成３０年分更正の請求」という。）をしたところ、処分行政庁が、更正をすべき理由がない旨の通知処分（以下「平成３０年分通知処分」という。）をするとともに、譲渡所得の金額に誤りがあるとして平成３０年分更正決定等をしたことから、平成３０年分更正決定等について、本件各持分の譲渡による譲渡所得を総合課税の譲渡所得として所得税等の額を計算すべきであり、また、原告が本件土地の共有持分の贈与を受けた際に納付した贈与税の額の１４万５９００円及び原告の母が本件土地の共有持分の贈与を受けた際に納付した贈与税の額のうち原告が相続により取得した割合を乗じた額である７万２９５０円（以下「本件贈与税」という。）が本件土地の譲渡による譲渡所得の取得費に該当するのに譲渡所得の金額を算定するに当たって本件贈与税相当額を控除しなかったことは違法である旨を主張して、その取消しを求めるとともに、処分行政庁による平成３０年分更正決定等により、納付済みの所得税の額から原告が納付すべきであると考える税額の差額に相当する損害を受けたとして、国家賠償法１条１項に基づき、３２万７８００円及びこれに対する納付日から支払済みまで民法（平成２９年法律第４４号による改正前のもの。以下同じ。）所定年５分の割合による遅延損害金の支払を求める事案である。
第２事件は、原告が、令和元年分確定申告の後に、源泉徴収税額の計上漏れにより納付すべき税額が過大であるとして更正の請求（以下「令和元年分更正の請求」という。）をしたところ、処分行政庁が、令和元年分更正の請求について、源泉徴収額の計上漏れには理由があるものの、分離課税の譲渡株式等の譲渡所得に該当するものを総合課税の長期譲渡所得に当たるとしたこと等に誤りがあるとして、校正すべき理由がない旨の通知処分（以下「令和元年分通知処分」といい、平成３０年分通知処分と併せて「本件各通知処分」という。また、本件各更正処分、本件各通知処分及び本件各賦課決定処分をまとめて、「本件各更正決定等」という。）をするとともに、令和元年分更正決定等をしたことから、令和元年分更正決定等について、上場株式の譲渡による譲渡所得を総合課税の譲渡所得として所得税等の額の計算をすべきであるため違法である旨を主張して、令和元年分更正決定等の取消しを求めるほか、処分行政庁による令和元年分更正決定等により、納付済みの所得税の額から原告が納付すべきであると考える税額の差額に相当する損害を受けたとして、国家賠償法１条１項に基づき、９万４１９３円及びこれに対する納付日から支払済みまで民法所定の年５分の割合による遅延損害金の支払を求める事案である。
２ 関係法令等の定め
別紙のとおり（なお、別紙における表題で定義を付けたものは、以下の本文中でも用いる。）。
３ 前提事実
証拠及び弁論の全趣旨によれば、以下の各事実（以下「前提事実」という。）が認められる。
（１）原告による本件各持分の取得の経緯及び譲渡
ア 原告は、以下のとおり、本件土地の共有持分１８分の３を取得した（乙１の２）。
（ア）平成４年９月４日付けで、共有持分２７分の２を贈与により取得
（イ）平成５年２月２２日付けで、共有持分２７分の１を贈与により取得
（ウ）平成２５年４月２６日付けで、共有持分１８分の１を相続により取得
イ 原告は、平成２６年９月５日付けで本件建物の共有持分２分の１を売買により取得した（乙１の３）。
ウ 原告は、平成３０年２月１４日付けで本件土地を他の共有者とともに、原告の共有持分１８分の３に応じた譲渡価額２９７万円で譲渡した。原告の共有持分に応じた取得費は、１４万８５００円であり、原告の共有持分に応じた譲渡費用は、９１４０円であった（乙１の２）。
また、原告は、同日付けで、本件建物を、他の共有者とともに、原告の共有持分２分の１に応じた譲渡価額４６万２９６２円で譲渡した（乙１の３）。原告の共有持分に応じた取得費は、４１万２３３５円であり、原告の共有持分に応じた譲渡費用は、８６００円であった（乙１の２）。
（２）本件株式の取得の経緯及び譲渡等
ア 原告は、本件株式を１株当たり●●円の平均買付価格で取得した。
イ 原告は、令和元年１２月２５日付けで、本件株式１０４５株を１株当たり２６７０円で売却し、約定金額及び精算金額として２７９万０１５０円を取得した（乙２）。
（３）課税処分等の経緯
平成３０年分確定申告、平成３０年分更正の請求、平成３０年分通知処分、平成３０年分更正決定等、平成３０年分通知処分に対する原告の審査請求、平成３０年分更正決定等についての原告の審査請求及びこの審査請求に対する国税不服審判所長の裁決の経緯は、別表１「所得税等に係る課税処分等の経緯」の平成３０年分欄に記載のとおりである。
令和元年分確定申告、令和元年分更正の請求、令和元年分通知処分、令和元年分更正決定等、令和元年分更正決定等についての原告の審査請求及びこの審査請求に対する国税不服審判所長の裁決の経緯は、別表１「所得税等に係る課税処分等の経緯」の令和元年分欄に記載のとおりである。
（４）本件訴えの提起
原告は、令和４年８月１日、本件訴え（第１事件、第２事件）を提起した（顕著な事実）。
４ 本件各更正決定等の根拠及び適法性に関する被告の主張
本件各更正決定等の根拠及び適法性に関する被告の主張は、後記５における主張のほか、別紙「本件各更正決定等の根拠及び適法性に関する被告の主張」に記載のとおりである。
５ 争点及びこれに関する当事者の主張
本件における争点は、第１事件及び第２事件について、（１）本件各持分及び本件株式の譲渡による各譲渡所得について、措置法が適用されて分離課税の対象となるか、所得税法が適用されて総合課税の対象となるか、第１事件について、（２）本件贈与税が本件土地の譲渡による譲渡所得の取得費に該当するか、である。
（１）争点（１）（本件各持分及び本件株式の譲渡による各譲渡所得について、措置法が適用されて分離課税の対象となるか、所得税法が適用されて総合課税の対象となるか）について（原告の主張）
所得税法３３条１項及び２項並びに所得税基本通達３３－１が譲渡所得の起因となる資産の範囲から土地、建物及び上場株式等の資産を除外していないこと、措置法の上場株式等に係る配当所得等（措置法８条の４）と上場株式等に係る譲渡所得（措置法３７条の１１）に関する各規定はほぼ同様であり、前者については申告分離課税が選択できるとされていることから、後者についてもこれと同様に解すべきであること、措置法１条が所得税の軽減のため税額の計算につき所得税法の特例を設ける旨規定していることに照らせば、譲渡所得への分離課税に関する措置法の規定は、所得税法を適用する場合と比べて所得税が軽減される場合に限って適用されると解釈すべきであるから、本件各持分及び本件株式の譲渡による譲渡所得は、措置法の規定による分離課税ではなく、所得税法の規定による総合課税の対象とすべきである。
（被告の主張）
措置法３１条１項、３２条１項及び３７条の１１第１項は、土地及び建物又は上場株式等の譲渡による譲渡所得につき、いずれも所得税法２２条及び８９条並びに１６５条の規定にかかわらず、他の所得と区別し、分離課税の対象とする旨規定しているところ、文理上、措置法３１条１項、３２条１項及び３７条の１１第１項の規定に該当するものについては、所得税法２２条（課税標準）、８９条（税率）及び１６５条（総合課税に係る所得税の課税標準、税額等の計算）の各規定の適用が排除され、措置法の上記各規定が適用されて、分離課税の対象となることは明らかである。したがって、本件各持分の譲渡による譲渡所得については、土地ないし建物の譲渡による譲渡所得として措置法３１条又は３２条が適用され、本件株式の譲渡による譲渡所得については、措置法３７条の１１第１項が適用され、いずれも分離課税の対象となる。
（２）争点（２）（本件贈与税が本件土地の譲渡による譲渡所得の取得費に該当するか）について
（原告の主張）
相続税法２１条の２、所得税基本通達６０－２及び措置法３９条の各規定や、贈与税は不動産取得税と同じく不動産の贈与を受けた際に支出するものであることからすると、相続税は、資産を取得するために通常必要と認められる費用といえる。
（被告の主張）
所得税法３８条１項に基づき、譲渡所得の計算において控除される「資産の取得費」や、これに含まれる「資産の取得に要した費用」については、当該譲渡の対象とされた個別の資産ごとに定まることが必要と解されるところ、贈与税は、財産の価額に相当する経済的価値を課税対象とするものであって、個々の贈与財産に着目し、その財産ごとに課税するものではないから、「資産の取得に要した金額」には該当せず、「資産の取得費」には含まれない。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点（１）（本件各持分及び本件株式の譲渡による各譲渡所得について、措置法が適用されて分離課税の対象となるか、所得税法が適用されて総合課税の対象となるか）について（１）措置法１条は、所得税法の特例を設けることについて規定する旨を定めているところ、措置法３１条１項、３２条１項及び３７条の１１第１項は、土地及び建物又は上場株式等の譲渡による譲渡所得について、所得税法２２条及び８９条並びに１６５条の規定にかかわらず、他の所得と区別し、分離課税の対象とされる旨を明確に定め、その文理上、課税標準（所得税法２２条）、税率（同８９条）、総合課税にかかる計算（同１６５条）についての所得税法の規定の適用を排除しているから、措置法の上記各規定に該当する譲渡所得は、いずれも所得税法に基づく総合課税によらず、分離課税の対象としていることが明らかである。
（２）原告は、①所得税法３３条１項及び２項並びに所得税基本通達３３－１が譲渡所得の起因となる資産の範囲から土地、建物及び上場株式等の資産を除外していないことや、②措置法の上場株式等に係る配当所得等（措置法８条の４）と上場株式等に係る譲渡所得（措置法３７条の１１）に関する各規定はほぼ同様であり、前者については申告分離課税が選択できるとされており、後者についてもこれと同様に解すべきであることから、本件各持分及び本件株式の譲渡による譲渡所得について、措置法の規定に基づく分離課税ではなく、所得税法に基づく総合課税によって所得税等の額を計算すべきことを選択できる旨主張する。しかしながら、前記（１）で述べたところに加え、措置法１条の定めを踏まえると、上記各規定と所得税法の総合課税に関する規定は、特別法と一般法の関係にあると解される以上、所得税法３３条１項及び２項並びに所得税基本通達３３－１が譲渡所得の基因となる資産の範囲から土地、建物及び上場株式等の資産を除外していないからといって、納税申告者に総合課税によるか分離課税によるかの選択権を与えているわけではないのは明らかであるから、①の主張は採用できない。また、措置法８条の４第２項は、特定上場株式等の配当等に係る配当所得について申告分離課税の対象とされる旨の同条１項の適用を受けるのは、同項の規定の適用を受けようとする旨の記載のある確定申告書を提出した場合に限られるとするところ、上場株式等の譲渡による譲渡所得については、これに対応する規定がないから（措置法３７条の１１参照）、措置法３７条の１１第１項が、上場株式等の譲渡による譲渡所得について、分離課税とするか、総合課税とするかの選択権を納税者に与えているものとは解されず、②の主張は採用できない。
さらに、原告は、措置法１条が所得税の軽減のため税額の計算につき所得税法の特例を設ける旨規定していることに照らせば、譲渡所得への分離課税に関する措置法の規定は、所得税法を適用する場合と比べて所得税が軽減される場合に限って適用されると解釈すべきである旨主張するが、措置法１条が、「所得税（中略）を軽減し、若しくは免除し、若しくは還付し、又はこれらの税に係る納税義務、課税標準若しくは税額の計算、申告書の提出期限若しくは徴収」について特例を設けることを規定しており、所得税の軽減等のみでなく、「又は」として納税義務や課税標準若しくは税額の計算等の特例であることも同法の趣旨として掲げていることからすると、措置法の適用が所得税の軽減される場合に限られないことは明らかであるから、上記主張は採用できない。
（３）以上を前提に本件の適用法令を検討する。
ア 本件各持分の譲渡は、土地ないし建物の譲渡であるから、措置法３１条１項又は３２条１項が適用される。このうち本件土地の共有持分については、前提事実のとおり、原告は、平成４年９月４日付け、平成５年２月２２日付け及び平成２５年４月２６日付けで、それぞれ贈与又は相続により取得し、平成３０年２月１４日付けで譲渡しており、原告が本件土地の共有持分を譲渡した年の１月１日における原告の所有期間は５年を超えているから（なお、原告が、平成２５年４月２６日付で相続により取得した共有持分については、被相続人が保有していた期間を引き続き原告が所有していたものとみなされる（所得税法６０条１項１号）。）、本件土地の共有持分の譲渡による譲渡所得は、措置法３１条１項に基づく分離課税の対象となる。
また、本件建物の共有持分については、前提事実のとおり、原告は、平成２６年９月５日付けで売買により取得し、平成３０年２月１４日付けで譲渡しており、原告が本件建物の共有持分を譲渡した年の１月１日における原告の所有期間が５年を超えないことから、本件建物の共有持分の譲渡による譲渡所得は措置法３２条１項に基づく分離課税の対象となる。
イ 前提事実のとおり、原告は、令和元年１２月２５日付けで本件株式を売却しているところ、本件株式は上場株式であると認められ（乙２）、「株式等で金融商品取引所に上場されているものその他これに類するものとして政令で定めるもの」（措置法３７条の１１第２項１号）に当たるから、本件株式の譲渡による譲渡所得は措置法３７条の１１第１項に基づく分離課税の対象となる。
ウ 以上によれば、本件各持分及び本件株式の譲渡による譲渡所得は、措置法３１条１項、３２条１項及び３７条の１１第１項に基づく分離課税の対象となるところ、本件各更正決定等は、いずれもこれを前提として所得税等を算定の上でされたものであるから、その適法性に問題はなく、原告の主張は採用できない。
２ 争点（２）（本件贈与税が本件土地の譲渡による譲渡所得の取得費に該当するか）について（１）所得税法は、譲渡所得の金額について、総収入金額から資産の取得費及び譲渡に要した費用を控除するものとし（所得税法３３条３項）、資産の取得費は、別段の定めがあるものを除き、当該資産の取得に要した金額並びに設備費及び改良費の額の合計額としている（同法３８条１項）。ここで、譲渡所得に対する課税は、資産の値上がりによりその資産の所有者に帰属する増加益を所得として、その資産が所有者の支配を離れて他に移転するのを機会にこれを清算して課税する趣旨のものであるところ、所得税法３８条１項にいう「資産の取得に要した金額」には、当該資産の客観的価格を構成すべき取得代金の額のほか、登録免許税、仲介手数料等当該資産を取得するための付随費用の額も含まれると解される（最高裁平成４年７月１４日第三小法廷判決・最高裁判所民事判例集４６巻５号４９２頁）。また、所得税基本通達６０－２は、所得税法６０条１項１号に掲げる贈与等により譲渡所得の基因となる資産を取得した場合において、当該贈与等に係る受贈者等が当該資産を取得するために通常必要と認められる費用を支出しているときには、当該費用のうち当該資産に対応する金額については、当該資産の取得費に算入できる旨を定めている。
（２）そこで、本件贈与税が「資産の取得に要した金額」に該当するか検討すると、贈与税の納税義務者は、贈与により財産を取得した個人であり（相続税法１条の４第１項１号）、贈与税の納税義務は、贈与により財産を取得した時に成立するところ（国税通則法１５条２項５号）、贈与税の課税標準である課税価格は、贈与により財産を取得した個人で当該財産を取得した時において日本に住所を有するものにあっては、その者がその年中において贈与により取得した財産の価額の合計額である（相続税法２１条の２第１項）。このことからすると、贈与税は、財産の価額に相当する経済的価値を課税対象とするものであり、特定の不動産の取得等を課税対象とするものではないから、当該贈与等に係る受贈者等が当該資産を取得するために通常必要と認められる費用には当たらない。したがって、本件贈与税についても、本件土地の受贈者である原告が同土地を取得するために通常必要と認められる費用とはいえず、「資産の取得に要した金額」に該当し「資産の取得費」に含まれるとしてこれを控除することはできない。
なお、所得税法９条１項１６号が、相続や個人からの贈与により所得するものにつき、所得税を課さないとしている趣旨が、財産を取得した場合、当該相続人等において、当該財産の価額に相当する新たに取得した経済的利得が本来、当該相続人等の所得として所得税の課税対象となるべきものであるにもかかわらず、他方で、当該相続人等が取得した財産の当該相続等の時点における価額（時価）は、当該相続人等に対する相続税又は贈与税の課税対象となり、二重課税を排除する趣旨であるものと解し得ることに照らして、本件贈与税について「資産の取得に要した金額」に該当するかも問題となり得るが、一般に、相続等の時点では資産の増加益が具体的に顕在化しないため、その時点における譲渡所得課税について納税者の納得を得難いことに鑑み、その時点における課税を留保して繰り延べ、その後、相続人等が資産を譲渡することによってその増加益が具体的に顕在化した時点において、被相続人等の下で実現しなかった増加益も含めてこれを清算して課税することとした所得税法６０条１項１号の趣旨に照らすと、所得税法９条１項１６号に抵触するものとはいえない。
また、原告は、本件贈与税が「資産の取得費」に含まれることの根拠として措置法３９条１項が存在することも主張するが、同規定は相続税額の取得費への算入を一定の要件のもとに認めたものであり、贈与税を取得費に算入するべきとする主張の根拠としては失当であるから、かかる主張は採用できない。
（３）したがって、本件贈与税を取得費に該当するものとして譲渡所得の金額を算定しなかったことは、平成３０年分更正決定等の適法性に影響を及ぼすものではない。
３ 本件各更正決定等の適法性及び国家賠償請求の適否について
弁論の全趣旨によれば、争点１及び争点２に関する部分を除き、計算の基礎となる金額及び計算方法については当事者間に争いがなく、その算定過程に違法、不合理な点はないところ、上記のとおり争点１及び争点２に関して違法性は認められず、平成３０年分の納付すべき所得税の額等、令和元年の納付すべき所得税の額等は別紙２「本件更正処分等の根拠及び適法性に関する被告の主張」のとおりであるから、本件各更正処分は適法であり、本件各更正決定等におけるそれらと同額と認められるから、本件各更正決定等は、いずれも適法である。また、本件各賦課決定処分及び本件各通知処分についても、同別紙に記載のとおり、いずれも適法である。
そうすると、第１事件及び第２事件の国家賠償法１条１項に基づく各請求は、本件各更正決定等により原告が納付することになった所得税等の返還を求めるものと解されるところ、上記のとおり本件各更正決定等が適法である以上、その前提を欠くものであり、処分行政庁においてこれらの処分をしたことについて違法性が認められないことは明らかである。
第４ 結論
以上によれば、原告の請求はいずれも理由がないから、これらを棄却することとして、主文のとおり判決する。
熊本地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官 品川英基
裁判官 塚田久美子
裁判官 若松亮太
〔PDF 9～31頁は画像のため本文テキストなし〕
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2023/pdf/13858.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。