税務訴訟資料第２７３号（順号１３８７３）
東京地方裁判所令和●●年（○○）第●●号消費税及び地方消費税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（芝税務署長）
令和５年８月２２日却下・棄却・確定
判決
原告株式会社Ｄ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士大石篤史
同栗原宏幸
同山川佳子
被告国
同代表者法務大臣齋藤健
処分行政庁芝税務署長
渡部高久
同指定代理人別紙１指定代理人目録のとおり
主文
１ 本件訴えのうち、芝税務署長が、令和３年１月２６日付けで原告に対してした、平成２７年４月１日から平成２８年３月３１日まで、平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日まで、平成２９年４月１日から平成３０年３月３１日まで及び平成３０年４月１日から平成３１年３月３１日までの各課税期間の消費税及び地方消費税に係る各更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の各通知処分の取消しを求める部分をいずれも却下する。
２ 原告のその余の請求をいずれも棄却する。
３ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 芝税務署長が、令和２年５月２９日付けで原告に対してした、平成２６年４月１日から平成２７年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税に係る更正処分のうち納付すべき消費税の額１億６０４１万３４００円を超える部分及び納付すべき地方消費税の譲渡割額４９４３万０８００円を超える部分並びに同更正処分に伴う過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
２ 芝税務署長が、令和２年５月２９日付けで原告に対してした、平成２７年４月１日から平成２８年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税に係る更正処分（ただし、令和４年３月２８日付けの同課税期間の消費税及び地方消費税に係る更正処分による一部取消後のもの）のうち納付すべき消費税の額マイナス５億４１９８万３０８０円及び納付すべき地方消費税の譲渡割額マイナス１億４６２４万６１０６円を超える部分並びに同更正処分に伴う過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
３ 芝税務署長が、令和２年５月２９日付けで原告に対してした、平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税に係る更正処分のうち納付すべき消費税の額３億３２４０万１０００円及び納付すべき地方消費税の譲渡割額８９６９万６３００円を超える部分並びに同更正処分に伴う過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
４ 芝税務署長が、令和２年５月２９日付けで原告に対してした、平成２９年４月１日から平成３０年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税に係る更正処分のうち納付すべき消費税の額マイナス８７３１万１９６９円及び納付すべき地方消費税の譲渡割額マイナス２３５５万９９９５円を超える部分並びに同更正処分に伴う過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
５ 芝税務署長が、令和２年５月２９日付けで原告に対してした、平成３０年４月１日から平成３１年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税に係る更正処分のうち、納付すべき消費税の額マイナス４億３３２２万９７８２円及び納付すべき地方消費税の譲渡割額マイナス１億１６９０万３２５６円を超える部分並びに同更正処分に伴う過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
６ 芝税務署長が、令和３年１月２６日付けで原告に対してした、平成２７年４月１日から平成２８年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税に係る更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分を取り消す。
７ 芝税務署長が、令和３年１月２６日付けで原告に対してした、平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税に係る更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分を取り消す。
８ 芝税務署長が、令和３年１月２６日付けで原告に対してした、平成２９年４月１日から平成３０年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税に係る更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分を取り消す。
９ 芝税務署長が、令和３年１月２６日付けで原告に対してした、平成３０年４月１日から平成３１年３月３１日までの課税期間の消費税及び地方消費税に係る更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分を取り消す。
第２ 事案の概要等
１ 事案の概要
本件は、不動産の売買等を目的とする株式会社である原告が、平成２７年３月課税期間（平成２６年４月１日から平成２７年３月３１日までの課税期間をいい、他の課税期間についても同様に表記する。）から平成３１年３月課税期間までの各課税期間（以下「本件各課税期間」という。）において、転売目的で、全部又は一部が住宅として賃貸されている建物の購入（以下「本件各課税仕入れ」という。）をし、本件各課税仕入れに係る消費税額の全額を当該課税期間の課税標準額に対する消費税額から控除して消費税及び地方消費税（以下併せて「消費税等」という。）の確定申告（以下「本件各確定申告」という。）をしたところ、処分行政庁（芝税務署長をいう。以下同じ。）から、その全額を控除することはできないとして更正処分（以下「本件各更正処分」といい、各課税期間に対応した本件各更正処分を「平成２７年３月課税期間更正処分」等という。）及びこれに伴う過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件各賦課決定処分」といい、本件各更正処分と併せて「本件各更正処分等」という。）を受け、また、平成２７年３月課税期間以外の本件各課税期間について原告が本件各課税処分のうち争う部分のみが取り消された場合の税額相当額を「更正の請求金額」とする更正の請求（以下「本件各更正の請求」という。）をしたところ、処分行政庁から、更正をすべき理由がない旨の通知処分（以下「本件各通知処分」という。）を受けたことから、被告を相手に、本件各更正処分（ただし、平成２８年３月課税期間更正処分については令和４年３月２８日付けの同課税期間の消費税等に係る更正処分による一部取消後のもの）のうち申告額を超える部分及び本件各賦課決定処分の取消しを求める（前記第１の１ないし５の各請求）とともに、本件各通知処分の取消しを求める（同６ないし９の各請求）事案である。
２ 関係法令の定め
（１）消費税法（昭和６３年法律第１０８号）
ア 消費税法３０条（平成２７年９月３０日以前に行った課税仕入れについては同年法律第９号による改正前のもの、同年１０月１日以後に行った課税仕入れについては平成２４年法律第６８号３条による改正前のもの。以下同じ。）１項１号は、事業者が国内において行う課税仕入れについては、当該課税仕入れを行った日の属する課税期間の課税標準額に対する消費税額から、当該課税期間中に国内において行った課税仕入れに係る消費税額を控除する旨を規定する。
イ 消費税法３０条２項１号は、当該課税期間における課税売上高が５億円を超える場合又は当該課税期間における課税売上割合（当該課税期間中に国内において行った資産の譲渡等の対価の額の合計額のうちに当該課税期間中に国内において行った課税資産の譲渡等の対価の額の合計額の占める割合として政令で定めるところにより計算した割合をいう〔同条６項〕。）が１００分の９５に満たない場合において、当該課税期間中に国内において行った課税仕入れにつき、課税資産の譲渡等にのみ要するもの（以下「課税対応課税仕入れ」という。）、課税資産の譲渡等以外の資産の譲渡等（以下「その他の資産の譲渡等」という。）にのみ要するもの（以下「非課税対応課税仕入れ」という。）及び課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要するもの（以下「共通対応課税仕入れ」という。）の区分（以下「用途区分」という。）が明らかにされているときは、控除する課税仕入れに係る消費税額（以下「控除対象仕入税額」という。）は、同条１項の規定にかかわらず、課税対応課税仕入れに係る消費税額に、共通対応課税仕入れに係る消費税額に課税売上割合を乗じて計算した金額を加算する方法（以下「個別対応方式」という。）により計算した金額とする旨を規定する。
ウ 消費税法３０条３項本文は、個別対応方式による場合において、課税売上割合に準ずる割合で、当該事業者の営む事業の種類等に応じ合理的に算定されるものであって、かつ、所轄の税務署長の承認を受けたものがあるときは、当該課税売上割合に代えて、当該割合（以下単に「課税売上割合に準ずる割合」という。）を用いて控除対象仕入税額を計算する旨を規定する。
（２）国税通則法（昭和３７年法律第６６号。以下「通則法」という。）
ア 通則法６５条（本件各課税期間のうち平成２８年３月課税期間以前については同年法律第１５号による改正前のもの、それ以外の課税期間については令和２年法律第８号による改正前のもの。以下同じ。）１項は、期限内申告書が提出された場合において、更正があったときは、当該納税者に対し、その更正に基づき納付すべき税額に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額に相当する過少申告加算税を課する旨を規定する。
イ 通則法６５条２項は、同条１項の規定に該当する場合において、同項に規定する納付すべき税額が、その国税に係る期限内申告税額に相当する金額と５０万円とのいずれか多い金額を超えるときは、同項の過少申告加算税の額は、同項の規定にかかわらず、同項の規定により計算した金額に、当該超える部分に相当する税額に１００分の５の割合を乗じて計算した金額を加算した金額とする旨を規定する。
ウ 通則法６５条４項（１号に係る部分に限る。ただし、本件各課税期間のうち平成２８年３月期課税期間以前については同年法律第１５号による改正前の同項。以下、同改正の前後を通じて「通則法６５条４項」という。）は、同条１項又は２項に規定する納付すべき税額の計算の基礎となった事実のうちに、その更正前の税額の計算の基礎とされていなかったことについて正当な理由があると認められるものがある場合には、これらの項に規定する納付すべき税額からその正当な理由があると認められる事実に基づく税額を控除して、これらの項の規定を適用する旨を規定する。
３ 前提事実（争いのない事実、顕著な事実並びに掲記の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
（１）原告の事業内容等
ア 原告は、昭和４４年６月●日に設立された、不動産の売買、賃貸借、仲介等を目的とする株式会社であり、Ｅ市場に上場している。（乙２）
イ 原告は、不動産に関する事業として、「レジデンシャル事業」（新築マンション、新築一戸建て、リノベーションマンションの販売等）及び「ソリューション事業」（投資用不動産の販売等）等（以下「本件各事業」という。）を行っているところ、前者においては、賃借人がいる中古マンションの居室（区分所有建物）を購入し、賃借人が退去した後に専有部の内装工事等を行って資産価値を高めた上で居住希望者に売却するというビジネスモデルが採用され、後者においては、中古マンション１棟を購入し、取得後に共用部の修繕工事及び専有部の内装工事等や賃貸募集活動等を行って稼働率や収益性を高めた上で投資家に売却するというビジネスモデルが採用されている。（甲７、８）
（２）本件各課税仕入れ
原告は、本件各課税期間において、上記の各ビジネスモデルに基づき、将来における転売を目的として、複数の中古マンション（１棟又はその一部を構成する区分所有建物。以下「本件各建物」という。）を購入した（本件各課税仕入れ）。
本件各建物は、いずれも、本件各課税仕入れが行われた日（以下「本件各仕入日」という。）の時点において、その一部又は全部が住宅として賃貸されていたものであり、原告は、本件各建物の購入によって賃貸人たる地位を承継し、本件各建物を転売するまでの間、賃借人から賃料を収受していた。（甲２の１ないし５、乙３ないし５）
（３）本件各確定申告
原告は、本件各課税期間の消費税等について、個別対応方式で控除対象仕入税額を計算することを選択した上で、本件各課税仕入れを課税対応課税仕入れに区分すべきであるとして、本件各課税仕入れに係る消費税額の全額を課税標準額に対する消費税額から控除して、別表３の「確定申告」欄記載のとおり、法定申告期限までに、本件各確定申告をした。（甲１の１ないし１０）
（４）本件各更正処分等
処分行政庁は、本件各課税仕入れは共通対応課税仕入れに区分すべきであるから、課税標準額に対する消費税額から控除することができるのは本件各課税仕入れに係る消費税額に本件各課税期間における課税売上割合を乗じた金額にとどまるなどとして、令和２年５月２９日付けで、原告に対し、別表３の「①更正処分」欄記載のとおり、本件各更正処分等をした。（甲２の１ないし５）
（５）審査請求
原告は、令和２年８月１８日付けで、本件各更正処分等を不服として、別表３の「①に対する審査請求」欄記載のとおり、国税不服審判所長に対して審査請求をした。（乙６）
（６）本件各更正の請求
原告は、令和２年１０月２８日、処分行政庁に対し、本件各課税期間のうち更正期限を経過した平成２７年３月課税期間を除く本件各課税期間について、本件各課税仕入れは共通対応課税仕入れではなく課税対応課税仕入れに区分されるとして、本件各更正の請求をした。（甲３の１ないし４）
（７）本件各通知処分
処分行政庁は、令和３年１月２６日付けで、本件各更正の請求に対し、その更正をすべき理由がない旨の本件各通知処分をした。（甲４の１ないし４）
（８）本件訴訟の提起等
国税不服審判所長は、上記（５）の審査請求がされた日の翌日から起算して３か月を経過しても裁決をせず、原告は、令和３年６月２５日、裁決を経ることなく本件訴訟を提起した。
（９）再更正処分
処分行政庁は、平成２８年３月課税期間に係る地方消費税の譲渡割額のうち還付額の金額に誤りがあったとして、令和４年３月２８日付けで、原告に対し、別表３の「本件再更正処分」欄記載のとおり、更正処分（以下「本件再更正処分」という。）をした。（乙１１）
なお、本件再更正処分は、除斥期間を経過した後に行われたものであるが、原告は、その効力を争わず、同処分の効力が生じていることを前提に請求の減縮をした（前記第１の２参照）。
また、以下、特に断らない限り、平成２８年３月課税期間更正処分は、本件再更正処分による一部取消し後のものをいい、これを含めたものを本件各更正処分又は本件各更正処分等という。
４ 争点
（１）本案前の争点
本件各通知処分の取消しを求める利益の有無（争点１）
（２）本案の争点
ア 本件各更正処分の適法性に関し
本件各課税仕入れの用途区分（争点２）
イ 本件各賦課決定処分の適法性に関し
通則法６５条４項にいう「正当な理由」の有無（争点３）
５ 争点に関する当事者の主張
争点に関する当事者の主張の要旨は、別紙２記載のとおりである。また、被告が主張する本件各更正処分等に係る課税の根拠及び計算は、別紙３記載のとおりであるところ、原告は、上記４において争点となっている点を除き、これを争うことを明らかにしていない。なお、別紙２で定義した略語は、本文においても用いる。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１（本件各通知処分の取消しを求める利益の有無）について
（１）原告は、本件訴えにおいて、本件各更正処分等の取消しを求める（前記第１の１ないし５の各請求）とともに、本件各通知処分の取消しをも求めている（同６ないし９の各請求）ところ、後者に係る訴えの利益について争いがある。
（２）そこで検討するに、本件各更正処分は、いわゆる増額更正処分であるところ、増額更正処分及び通知処分は、手続的には別個独立の処分ではあるものの、いずれも消費税等の納税義務の確定に関する処分である。そして、通知処分は、申告に係る税額の減額のみに関わるのに対し、増額更正処分は、課税の要件に係る事実を全体的に見直し、申告された税額を含めて納税者の納税額の総額を確定するものであり、実質的には申告に係る税額を減額しないという趣旨も含むものであるから、両処分が同一の消費税等の納税義務についてされた場合、増額更正処分の内容は、通知処分の内容を包摂する関係にあるということができる。
そうすると、同一課税期間の消費税等について両処分がされた場合において、その税額等を争おうとする納税者は、増額更正処分の取消訴訟において、通知処分の違法も併せて主張することにより、更正の請求に係る税額を超える部分の取消しを求めることが可能であると解される。
（３）以上によれば、本件各通知処分については、その取消しを求める利益はないから、本件訴えのうち本件各通知処分の取消しを求める部分は、訴えの利益を欠く不適法なものとして却下すべきである。原告は、種々の主張をするが、いずれも上記の結論を左右するものではない。
２ 争点２（本件各課税仕入れの用途区分）について
（１）消費税法は、生産、流通等の各段階で二重、三重に税が課されて税負担が累積することを防止し、経済に対する中立性を確保するため（税制改革法１０条２項）、課税期間中に行った課税仕入れに係る消費税額を当該課税期間の課税標準額に対する消費税額から控除するものとしている（消費税法３０条１項〔１号に係る部分に限る。〕）。もっとも、同法は、所定の場合において当該課税期間中に行った課税仕入れにつき用途区分が明らかにされていないときは、課税仕入れに係る消費税額に、課税売上割合、すなわち、課税期間中の所定の売上げの総額に占める課税資産の譲渡等に係る売上げの割合を乗じて計算する方法により控除対象仕入税額を計算するものとし（同条２項〔２号に係る部分に限る。〕）、また、帳簿及び請求書等の保存がない場合には原則として当該課税仕入れに係る消費税額の控除を認めないものとする（同条７項）など、課税の明確性の確保や適正な徴税の実現といった他の目的との調和を図るため、税負担の累積が生じても課税仕入れに係る消費税額の全部又は一部が控除されない場合があることを予定しているものということができる。
そして、個別対応方式により控除対象仕入税額を計算する場合において、税負担の累積が生ずる課税資産の譲渡等と累積が生じないその他の資産の譲渡等の双方に対応する課税仕入れにつき一律に課税売上割合を用いることは、課税の明確性の確保の観点から一般に合理的といえるのであり、課税売上割合を用いることが当該事業者の事業の状況に照らして合理的といえない場合には、課税売上割合に準ずる割合を適切に用いることにより個別に是正を図ることが予定されているものと解されることにも鑑みれば、課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等の双方に対応する課税仕入れは、当該事業に関する事情等を問うことなく、共通対応課税仕入れに該当すると解するのが消費税法の趣旨に沿うものというべきである。このように解することは、課税仕入れを課税資産の譲渡等「にのみ」要するもの（課税対応課税仕入れ）、その他の資産の譲渡等「にのみ」要するもの（非課税対応課税仕入れ）及び両者「に共通して」要するもの（共通対応課税仕入れ）に区分する同条２項１号の文理に照らしても自然であるということができる。
そうすると、課税対応課税仕入れとは、当該事業者の事業において課税資産の譲渡等にのみ対応する課税仕入れをいい、課税資産の譲渡等のみならずその他の資産の譲渡等にも対応する課税仕入れは、全て共通対応課税仕入れに該当するものと解するのが相当である（最高裁令和●●年（○○）第●●号同５年３月６日第一小法廷判決・裁判所時報１８１１号６頁参照）。
（２）前記第２の３の前提事実（２）によれば、本件各課税仕入れは原告が転売目的で本件各建物を購入したものであるが、本件各建物はその購入時から全部又は一部が住宅として賃貸されており、原告は、転売までの間、その賃料を収受したというのである。そうすると、原告の事業において、本件各課税仕入れは、課税資産の譲渡等である本件各建物の転売のみならず、その他の資産の譲渡等である本件各建物の住宅としての賃貸にも対応するものであるということができる。
よって、本件各課税仕入れは、その原告の事業における位置付けや原告の意図等にかかわらず、共通対応課税仕入れに該当するものというべきである。
（３）以上によれば、本件各課税仕入れに係る控除対象仕入税額は、本件各課税仕入れに係る消費税額の全額ではなく、これに課税売上割合を乗じて計算した金額となるものというべきである。原告は、種々の主張をするが、いずれも上記の結論を左右するものではない。
（４）以上を前提とすると、原告が本件各課税期間について納付すべき消費税額及び地方消費税の譲渡割額は、別紙３の１（１）記載のとおりであると認められるところ、前記第２の３の前提事実（４）及び（９）によれば、これらは本件各更正処分における納付すべき消費税額及び地方消費税の譲渡割額とそれぞれ同額であると認められるから、本件各更正処分は、いずれも適法というべきである。
３ 争点３（通則法６５条４項にいう「正当な理由」の有無）について
（１）認定事実
各文末に掲記した証拠及び弁論の全趣旨によれば、課税対応課税仕入れに係る見解等に関し、次の事実が認められる。
ア 税務当局による回答
（ア）国税庁は、買い取った分譲用マンションの分譲が完了するまでの間、その一部を一時期賃貸することとしている場合に、同マンションを購入する際に課される消費税額について、課税対応課税仕入れとして取り扱ってよいかとの照会に対し、平成７年２月１６日付けで、「仮に一時的に賃貸用に供されるとしても、継続して棚卸資産として処理し（中略）、将来的には全て分譲することとしているものについては、法３０条２項１号イの課税資産の譲渡等にのみ要する課税仕入れに該当するものとして取り扱って差し支えない。」と回答した（平成７年事例）。（甲５６、５７、６３）
（イ）東京国税局は、平成９年頃、当初から１棟ごとに居抜き（賃借人が居住している状態をいう。）で転売するか、賃貸契約解除後に１戸ごとに転売する目的でマンションを買い取った場合の仕入税額控除の運用について、「法人の処理及び販売活動等から、マンションを転売目的で購入したことが明らかであることから、課税資産の譲渡等にのみ要する課税仕入れに該当し、仕入れ税額控除が認められる。」と回答した（平成９年事例）。（甲５６、５７）
イ 平成１７年以降に作成又は発行された文献
（ア）平成１７年１１月５日に刊行された国税庁職員の執筆に係る「こんなときどうする消費税Ｑ＆Ａ」には、「現住建造物を転売目的で購入した場合の仕入税額控除」との説例において、「事業者の最終的な目的は中古マンションの転売ということであっても、転売までの間非課税売上げである住宅家賃が発生することも事実であり、中古マンションの購入に係る消費税は、課税売上げと非課税売上げに共通して要するものに該当することになります。」と記載されている。（甲６１、乙１６）
（イ）東京税理士会が平成２３年１１月１日に発行した「東京税理士界」（ＶｏｌｕｍｅＮｏ．６５８）には、上記（ア）の記載を引用した上で、「派生的かつ附随的とはいえ、物件の取得により確実に発生する非課税収入は、たとえ販売目的による取得であったとしても、課税仕入れの区分上無視することはできない。」と記載されている。（乙１７）
（ウ）平成２３年１１月１０日に刊行された「消費税トラブルの傾向と対策（税理士損害賠償事故対策版）」には、「賃貸中の中古マンションを転売目的で取得し、課税売上げ対応分に区分して個別対応方式を適用したケース」のトラブル対策について、「販売用の建物を取得する場合の課税仕入れの用途区分であるが、本事例のように居住用の現住建造物を取得する場合には、原則として共通して要するものに区分することになる。」と記載されている。（乙１８）
（エ）平成２５年１１月５日に刊行された「消費税（個別対応方式・一括比例配分方式）有利選択の実務」には、入居者のいる賃貸マンションを転売目的で取得した場合の取得費の用途区分につき、直ちに転売することができる場合（既に転売先が見つかっている状態で取得した場合）はともかく、実際に転売するまで一定の期間を要する場合、転売までに入居者から賃貸料収入がもたらされることになるとして、「取得の意図が転売目的であっても、課税売上のみならず非課税売上をももたらすことから、取得費の用途区分については、課税売上と非課税売上の双方に共通して要するものに分類すべきということになるものと考えられる」と記載されている。（乙１９）
ウ 国税不服審判所長の裁決例及び下級審の裁判例
本件と同様に販売目的による居住用の建物（当該建物を信託財産とする信託受益権の場合を含む。）の取得費についての課税仕入れの区分が争点となった平成１７年１１月１０日裁決、平成２２年１１月８日裁決、同年１２月８日裁決及び平成２４年１月１９日裁決（いずれも公刊の裁決事例集に掲載されているもの）並びに平成２５年６月２６日のさいたま地方裁判所の判決及び平成２６年１０月２３日の名古屋地方裁判所の判決（いずれも公刊の税務訴訟資料に掲載されているもの）の各事例において、当該各事案の所轄行政庁及び被告が、当該各課税仕入れが共通対応課税仕入れに当たるとする本件各更正処分と同旨の主張をし、その主張が採用されていた。（甲３７、乙１４の１ないし３、乙１５、２５）
（２）検討
ア 通則法６５条４項にいう「正当な理由があると認められる」場合とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、当初から適法に申告し納税した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに過少申告による納税義務違反の発生を防止して適正な申告納税の実現を図るという過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解するのが相当である（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１８年４月２０日第一小法廷判決・民集６０巻４号１６１１頁参照）。
イ 上記（１）の認定事実イ及びウによれば、税務当局は、遅くとも平成１７年以降、本件各課税仕入れと同様の課税仕入れを、当該建物が住宅として賃貸されること（その他の資産の譲渡等に対応すること）に着目して共通対応課税仕入れに区分すべきであるとの見解を採っており、そのことは、本件各確定申告当時、税務当局の職員が執筆した公刊物や、公表されている国税不服審判所の裁決例及び下級審の裁判例を通じて、一般の納税者も知り得たものということができる。他方、上記（１）の認定事実アによれば、税務当局が平成７年２月１６日付けでした関係機関からの照会に対する回答は、本件各課税仕入れと同様の課税仕入れを、事業者が当該建物の転売を目的とすることに着目して課税対応課税仕入れに区分したものとも理解し得るものの、前提となる事実関係が明らかでなく、必ずしも上記見解と矛盾するものとはいえない。また、税務当局は、平成９年頃、関係機関からの照会に対し、本件各課税仕入れと同様の課税仕入れを課税対応課税仕入れに区分すべき旨の回答をしているが、このことから直ちに、税務当局が一般的に当該課税仕入れを事業者の目的に着目して課税対応課税仕入れに区分する取扱いをしていたものということはできないし、上記回答が公表されるなどしたとの事情もうかがわれない。
そうすると、平成１７年以降、税務当局が、本件各課税仕入れと同様の課税仕入れを当該建物が住宅として賃貸されることに着目して共通対応課税仕入れに区分する取扱いを周知するなどの積極的な措置を講じていないとしても、事業者としては、上記取扱いがされる可能性を認識してしかるべきであったということができる。
そして、上記取扱いは消費税法３０条２項１号の文理等に照らして自然であるといえ、本件各確定申告当時、本件各課税仕入れと同様の課税仕入れを事業者の目的に着目して課税対応課税仕入れに区分すべきものとした裁判例等があったともうかがわれないこと等をも考慮すれば、原告が本件各確定申告において本件各課税仕入れを課税対応課税仕入れに区分して控除対象仕入税額の計算をしたことにつき、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になるということはできない。
ウ 以上によれば、本件各確定申告において、原告が本件各課税仕入れに係る消費税額の全額を当該課税期間の課税標準額に対する消費税額から控除したことにつき、通則法６５条４項にいう「正当な理由」があると認めることはできない。原告は、種々の主張をするが、いずれも上記の結論を左右するものではない。
エ 以上を前提とすると、本件各更正処分に伴って原告に課されるべき過少申告加算税の額は、別紙３の２（１）記載のとおりであると認められるところ、前記第２の３の前提事実（４）によれば、これらは本件各賦課決定処分における過少申告加算税の額といずれも同額であると認められるから、本件各賦課決定処分は、いずれも適法である。
第４ 結論
以上によれば、本件訴えのうち本件各通知処分の取消しを求める部分は、不適法であるからいずれも却下し、その余の原告の請求は、理由がないからいずれも棄却することとして、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第５１部
裁判長裁判官岡田幸人
裁判官都野道紀
裁判官曽我学
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（別紙２）
当事者の主張の要旨
１ 争点１（本件各通知処分の取消しを求める利益の有無）について
（被告の主張の要旨）
増額更正処分の内容は、通知処分の内容を包摂する関係にあると解されるところ、これを前提とすると、納税者の同一課税期間の消費税等について、増額更正処分と通知処分の両方の処分がされた場合において、その税額等を争う納税者は、増額更正処分に対する取消訴訟をもって争えば足り、これと別個に通知処分を争う訴えの利益や必要を有しないものと解すべきである。
したがって、本件各通知処分の取消しを求める訴えは、訴えの利益を欠く不適法なものであるから、却下されるべきである。
（原告の主張の要旨）
争う。
２ 争点２（本件各課税仕入れの用途区分）について
（被告の主張の要旨）
（１）個別対応方式における用途区分の判断基準について
仕入税額控除の制度趣旨、消費税法３０条２項１号の文理、消費税法の定める仕入税額控除制度の仕組み等を踏まえれば、個別対応方式による場合の用途区分について、同号の課税対応課税仕入れとは、同号の文言に即して、当該課税仕入れにつき将来課税売上げを生ずる取引のみが客観的に見込まれている課税仕入れのみを、非課税対応課税仕入れとは、当該課税仕入れにつき将来非課税売上げを生ずる取引のみが客観的に見込まれている課税仕入れのみをいい、当該課税仕入れについて将来課税売上げを生ずる取引と非課税売上げを生ずる取引の双方が客観的に見込まれる課税仕入れについては、全て共通対応課税仕入れに区分されると解するのが相当である。
（２）本件各課税仕入れは共通対応課税仕入れに該当するものであること
原告は、賃借人がいる区分所有建物の居室を購入して賃借人が退去した後に顧客に対して売却し、あるいはその全部又は一部の居室に賃借人がいる中古マンション１棟を購入してリノベーションや賃貸募集活動により稼働率や収益性を高めた上で売却するというビジネスモデルの下で本件各課税仕入れを行ったものであり、本件各仕入日の状況に基づき、将来、原告が本件各建物から生ずる各賃貸料を収受することが見込まれていた。他方、原告は本件各仕入日において本件各建物を販売用の不動産として管理しており、上記のビジネスモデルからして、将来本件各建物の販売を行うことも見込まれていた。
以上のとおり、本件各課税仕入れは、本件各仕入日の状況等に基づいて客観的に判断すれば、将来課税売上げを生ずる取引（課税資産〔建物〕の譲渡等）と非課税売上げを生ずる取引（その他の資産の譲渡等〔住宅の貸付け〕）の双方が客観的に見込まれていたものであるから、消費税法３０条２項１号ロに規定する共通対応課税仕入れに該当する。
（原告の主張の要旨）
（１）個別対応方式における用途区分の判断基準について
ア 消費税法３０条２項１号の規定の文理に加え、事業者間における税負担の累積を排除して最終消費者に適正に消費税額を転嫁するという仕入税額控除の趣旨に照らせば、「課税資産の譲渡等にのみ要するもの」とは、「課税資産の譲渡等を行う目的にのみ必要とする」課税仕入れ等をいうものと解すべきである。そして、その判断は、現実に行われた個々の課税仕入れ等を前提として、課税仕入れ等がされた日の時点において、様々な事情を考慮して個別具体的に客観的に行うべきである。
イ 消費税法の成立当時における国税庁の公権解釈においても、「課税資産の譲渡等にのみ要するもの」とは、「課税資産の譲渡等を行うためにのみ必要な課税仕入れ等をいう。すなわち、直接、間接を問わず、また、実際に使用する時期の前後を問わず、その対価の額が最終的に課税資産の譲渡等のコストに入るような課税仕入れ等である。」とされていたものであり、被告が主張するように、資産の譲渡等が「客観的に見込まれている」などとは解釈されていなかった。
ウ 消費税法３０条２項１号の規定の文理解釈を踏まえれば、「課税資産の譲渡等にのみ要するもの」とは、「事業者が、課税資産の譲渡等を行うために必要とするが、その他の資産の譲渡等を行うために必要としないものとして行った課税仕入れ」と意味すると解釈すべきである。そして、その「事業者が、課税資産の譲渡等（又はその他の資産の譲渡等）のために必要とするものとして課税仕入れを行った」という判断は、事業者が課税仕入れと資産の譲渡等を事業として行うものである以上、事業者がどのような収益（資産の譲渡等）に係る費用（コスト）として課税仕入れを行ったのかという事業者が行う事業の収益・費用の構造、その他当該事業者の経済活動に関する個別の事情に即して客観的に判断すべきであるから、事業者が行った課税仕入れが、当該事業者において、課税資産の譲渡等に係る費用（コスト）とはされているがその他の資産の譲渡等に係る費用（コスト）とはされていないとの事情がある場合には、当該課税仕入れは、「課税資産の譲渡等にのみ要するもの」に当たることが強く推認されると解すべきである。
エ 用途区分は消費税法３０条２項１号の解釈の問題であり、準ずる割合の適用は同条３項の問題であって、両者は適用法条を異にする上、同条２項１号には両者の関係を示唆するような文言は存しないことからすれば、同条３項の準ずる割合という仕組みが設けられていることを根拠に同条２項１号を解釈する被告の主張は誤りである。
（２）本件各課税仕入れの用途区分
ア 原告は、本件各事業において、中古マンション又はその居室を購入し、購入後に、その販売収益を高めるために当該物件のバリューアップを行い、顧客に物件を販売している。本件各課税仕入れも、このような本件各事業における事業活動の一環として行われており、原告は、購入した本件各建物が販売用資産であることから、当該各物件を棚卸資産として税務処理している。したがって、原告は、本件各建物の販売という課税資産の譲渡等を行う目的に必要とする課税仕入れ等として、本件各課税仕入れを行っているということができる。
イ 本件各建物は、原告による購入の時点で住宅用賃貸に供されているため、原告による保有期間中に非課税資産の譲渡等である住宅貸付けが行われ、原告が当該貸付けによる賃料を得ることになるものの、本件各課税仕入れの目的は本件各建物の販売であって、かかる住宅貸付けではないから、本件各課税仕入れは、本件各建物の販売という課税資産の譲渡等を行う目的にのみ必要とする課税仕入れ等であり、課税対応課税仕入れに該当するものというべきである。
ウ 原告は、本件各事業において、本件各課税仕入れを、本件各建物の販売収入に係る費用（コスト）として行っているといえるが、保有期間中の賃料収入に係る費用（コスト）として行っているとはいえない。そうすると、原告が本件各課税仕入れを行うことにより生み出そうとした付加価値は、正にバリューアップの結果として生ずる本件各建物の仕入価格（工事費を含む。）と販売価格の差額に尽きるのであって、保有期間中の賃料とは関係がないから、消費税の課税も、かかる付加価値である本件各建物の仕入価格と販売価格の差額に対してのみ行われるべきである。
したがって、本件各課税仕入れは、「事業者が、課税資産の譲渡等（将来の本件各建物の販売）を行うために必要とするが、その他の資産の譲渡等（保有期間中の賃料収入の発生）を行うためには必要としないものとして行った課税仕入れ」に当たり、「課税資産の譲渡等にのみ要するもの」に当たるというべきである。
３ 争点３（通則法６５条４項にいう「正当な理由」の有無）について
（原告の主張の要旨）
（１）用途区分に係る税務当局の解釈又は取扱いについて
国税庁は、「買い取った分譲用マンションを分譲が完了するまで一時期賃貸した」との事例における用途区分について、平成６年１１月に実施した「全国国税局消費税課長・統括国税調査官会議」における意見聴取を経た上で、平成７年２月１６日付けで、全国の国税局及び税務署に対し、課税対応課税仕入れに区分して差支えない旨通知している（以下「平成７年事例」という。）。
また、東京国税局は、平成９年、「賃借人が居住しているマンションを転売目的でそのままの状態で購入した」との事例における用途区分について、照会元の下級行政機関に対し、「本件の場合は・・・マンションを転売目的で取得したことが明らかである」から課税対応課税仕入れ等に区分される旨回答している（以下「平成９年事例」という。）。
このように、税務当局は、転売用マンションに係る課税仕入れを課税対応課税仕入れ等に区分する取扱いをしていたものであり、このような取扱いは、原告の主張に沿うものであった。しかしながら、その後に税務当局が賃貸不動産の仕入れは共通対応課税仕入れに該当すると解釈を変更したことについて、法令や通達の改正はおろか、質疑応答事例の公表等の対応は一切されていない。また、本件の論点は、租税法規の解釈上微妙な点を含む問題であることは明らかである。
（２）「正当な理由」の存在
通則法６５条４項の「正当な理由」が認められる場合とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解される。
しかるところ、上記のような経過からすれば、従来の解釈又は取扱いに従って、本件課税仕入れを課税対応課税仕入れであるとして消費税及び地方消費税の申告を行った原告について、かかる判断が納税者の主観的な事情に基づく単なる法律解釈の誤りにすぎないものということはできない。
よって、本件各更正処分により納付すべきこととなった税額の全額につき、原告には通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるというべきである。
（被告の主張の要旨）
（１）用途区分に係る税務当局の解釈又は取扱いについて
原告が指摘する平成７年事例は、やや判然としないが、分譲用マンション（住宅用）を買い取り、その後、当該分譲用マンションを分譲するまでの間、その一部を一時期賃貸することとした場合に、当該分譲用マンション（すなわち、いわゆる投資用の物件である本件各建物とは異なり、課税仕入れの日に住宅の賃貸の用に供されていない、又は、賃貸の用に供される見込みがない分譲用の物件）に係る控除対象仕入税額の計算における個別対応方式の用途区分について、課税資産の譲渡等にのみ要する課税仕入れに該当するものとして取り扱って差し支えないとしたものと考えられるのであって、本件とは事案が異なる。
また、平成９年事例は、東京国税局が更正の請求事案の処理を担当する部署からの質疑に対する回答を示したものであり、その性質上、当該部署が具体的な事案を処理するために、同局がその個別具体の事情を前提としてその見解を示したものにすぎない。その意味で、平成９年事例は、飽くまでも東京国税局が取り扱った個別事案に対する事例判断であり、個別対応方式の用途区分の判定に関する解釈を一般的に示したものとみることはできない。
加えて、原告が本件各確定申告において依拠した解釈は、平成７年事例の取扱内容が根拠となり得るものではないし、平成９年事例の「回答要旨」と必ずしも一致しないから、原告が平成７年事例又は平成９年事例に依拠して本件各確定申告をしたものでないことは明らかである。
また、本件各確定申告の当時において、原告が依拠する解釈の論拠となり得る裁判例は全く存在しない一方、これに反する課税庁の上記解釈に沿う公表裁決や裁判例が存在していた上、課税庁が監修した公刊物ではないものの、課税庁の上記解釈に沿う記述をした複数の公刊物が存在していたものであり、かかる事実からすると、遅くとも平成１７年以降、課税庁が、本件各課税仕入れに類する態様の課税仕入れが共通対応課税仕入れに該当するとの統一的取扱いをしていたことは明らかである。
（２）「正当な理由」の不存在
以上のとおり、原告が本件各確定申告において依拠した法令解釈には相応の論拠が客観的に存在したとはいえず、申告額が過少であったことは、消費税法３０条２項１号の個別対応方式における用途区分の判定に関する一般的な解釈とは異なる解釈に基づく単なる法令解釈の誤りによるものにすぎないから、本件は、通則法６５条４項に定める「正当な理由があると認められる」場合には当たらないというべきである。
以上
〔PDF 16～65頁は画像のため本文テキストなし〕
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2023/pdf/13873.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
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