税務訴訟資料第２７３号（順号１３８７４）
東京地方裁判所令和●●年（○○）第●●号消費税更正処分取消等請求事件
国側当事者・国（新潟税務署長）
令和５年８月２９日棄却・確定
判決
原告Ａ株式会社
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士北村豊
同訴訟復代理人弁護士大和屋力
被告国
同代表者法務大臣齋藤健
処分行政庁新潟税務署長
田中豊
被告指定代理人別紙指定代理人目録のとおり
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 新潟税務署長が令和元年７月５日付けで原告に対してした平成２６年４月１日から平成２７年３月３１日までの課税期間に係る消費税及び地方消費税の更正処分のうち、納付すべき消費税額マイナス５０６２万７４３９円を超える部分及び納付すべき地方消費税額マイナス１４１３万５６５８円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
２ 新潟税務署長が令和元年７月５日付けで原告に対してした平成２７年４月１日から平成２８年３月３１日までの課税期間に係る消費税及び地方消費税の更正処分のうち、納付すべき消費税額マイナス９３４４万１１７８円を超える部分及び納付すべき地方消費税額マイナス２５９１万８７７９円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分のうち、納付すべき過少申告加算税の額１１万４５００円を超える部分を取り消す。
３ 新潟税務署長が令和元年７月５日付けで原告に対してした平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの課税期間に係る消費税及び地方消費税の更正処分のうち、納付すべき消費税額マイナス８４９万９７８１円を超える部分及び納付すべき地方消費税額マイナス２２９万３５９１円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分のうち、納付すべき過少申告加算税の額４万５０００円を超える部分を取り消す。
４ 新潟税務署長が令和元年７月５日付けで原告に対してした平成２９年４月１日から平成３０年３月３１日までの課税期間に係る消費税及び地方消費税の更正処分のうち、納付すべき消費税額７３７万０５００円を超える部分及び納付すべき地方消費税額１９８万８８００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、原告が、平成２７年３月課税期間（平成２６年４月１日から平成２７年３月３１日までの課税期間をいう。以下、他の課税期間についても同様に表記する。）、平成２８年３月課税期間、平成２９年３月課税期間及び平成３０年３月課税期間（以下、併せて「本件各課税期間」という。）において、販売又は転売するために行った、建物の建設工事、購入又は改修工事に係る各課税仕入れ（以下「本件各課税仕入れ」という）につき、その消費税額の全額を本件各課税期間の課税標準額に対する消費税額から控除して消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）の確定申告（以下「本件各申告」という。）をしたところ、新潟税務署長から、その全額を控除することはできないとして更正処分（以下「本件各更正処分」という。）及び過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件各賦課決定処分」といい、本件各更正処分と併せて「本件各更正処分等」という。）を受けたことから、本件各更正処分等の取消し（ただし、前記第１の各金額を超える部分）を求める事案である。
１ 関係法令の定め
（１）消費税法（平成２７年９月３０日以前に行った課税仕入れについては同年法律第９号による改正前のもの、同年１０月１日以降に行った課税仕入れについては同２４年法律第６８号３条による改正前のもの。以下同じ。）４条１項は、国内において事業者が行った資産の譲渡等には、この法律により、消費税を課する旨を規定する。
（２）消費税法６条１項は、国内において行われる資産の譲渡等のうち、別表第一に掲げるものには、消費税を課さない旨を規定し、同法別表第一１３号は、住宅（人の居住の用に供する家屋又は家屋のうち人の居住の用に供する部分をいう。）の貸付け（当該貸付けに係る契約において人の居住の用に供することが明らかにされているものに限るものとし、一時的に使用させる場合その他の政令で定める場合を除く。）を掲げる。
（３）消費税法３０条１項１号は、事業者が国内において行う課税仕入れについては、当該課税仕入れを行った日の属する課税期間の課税標準額に対する消費税額から、当該課税期間中に国内において行った課税仕入れに係る消費税額を控除する旨を規定する。同条２項１号は、当該課税期間における課税売上高が５億円を超える場合又は当該課税期間における課税売上割合が１００分の９５に満たない場合において、当該課税期間中に国内において行った課税仕入れにつき、課税資産の譲渡等にのみ要するもの（以下「課税対応課税仕入れ」という。）、課税資産の譲渡等以外の資産の譲渡等（以下「その他の資産の譲渡等」という。）にのみ要するもの（以下「非課税対応課税仕入れ」という。）及び課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要するもの（以下「共通対応課税仕入れ」という。）の区分（以下「用途区分」という。）が明らかにされているときは、控除する課税仕入れに係る消費税額（以下「控除対象仕入税額」という。）は、同条１項の規定にかかわらず、課税対応課税仕入れに係る消費税額に、共通対応課税仕入れに係る消費税額に課税売上割合を乗じて計算した金額（以下「共通仕入控除税額」という。）を加算する方法（以下「個別対応方式」という。）により計算した金額とする旨を規定する。
（４）消費税法３０条３項本文は、個別対応方式による場合において、課税売上割合に準ずる割合で、当該事業者の営む事業の種類等に応じ合理的に算定されるものであって、かつ、所轄の税務署長の承認を受けたものがあるときは、当該課税売上割合に代えて、当該割合（以下、単に「課税売上割合に準ずる割合」という。）を用いて控除対象仕入税額を計算する旨を規定する。
２ 前提事実（争いのない事実並びに後掲証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実。以下、書証については、特に断らない限り枝番号を含む。）
（１）原告
ア 原告は、不動産の売買、仲介、あっせん、賃貸借及び管理等を目的とする株式会社である（乙５）。
イ 原告は、主要な事業として、投資用不動産の販売事業（以下「本件事業」という。）を行っているところ、本件事業は、個人投資家等の顧客に対して、新築の投資用マンションの賃貸経営を提案した上で、その販売等の受注と並行して請負業者に対しその建設工事を注文し、建設された投資用マンションを取得して顧客に引き渡すというものであり、その過程で、原告は、顧客に対するサポートとして、事業計画の立案からローンのあっせん、金融機関との交渉を行うほか、入居者が存在する状態で当該投資用マンションを顧客に引き渡すため、その引渡しに先立って、入居者の募集及び原告と入居者との間での賃貸借契約の締結を行っている。また、原告は、本件事業において、顧客に選択肢を提供する目的で、収益性の高い中古の投資用マンションを購入し、必要に応じて改修工事を行い、上記新築の投資用マンションと同様に、入居者の募集等を行った上で当該中古の投資用マンションを顧客に販売（転売）することも行っている（以下、このような本件事業の枠組みを「本件ビジネスモデル」ということがある。甲３、弁論の全趣旨）。
（２）本件各課税仕入れ等
ア 本件各新築建物（別表１－１ないし１－４のうち、「各課税仕入日」欄の「本件各新築建物の建設工事に係る課税仕入日」欄に日付の記載がある「名称」欄記載の各建物をいう。以下同じ。）
本件各新築建物は、原告が、本件ビジネスモデルに基づき、他の者から建設工事に係る役務の提供を受けて取得した建物であるところ（原告が当該建設工事に係る役務の提供を受けたことは、消費税法２条１項１２号所定の課税仕入れに該当する。）、原告は、その建設工事中から入居者の募集を行い、本件各新築建物を顧客に引き渡すまでの間に、本件各新築建物の居室の全部又は一部につき、原告を賃貸人とする居住目的の賃貸借契約を締結した（甲３、乙６～８、弁論の全趣旨）。
イ 本件各中古建物（別表１－１ないし１－４のうち、「各課税仕入日」欄の「本件各中古建物の購入に係る課税仕入日」欄に日付の記載がある「名称」欄記載の各建物を指す。以下同じ。）
本件各中古建物は、原告が、本件ビジネスモデルに基づいて、他の者から購入した建物であるところ（原告が本件各中古建物を購入したことは、消費税法２条１項１２号所定の課税仕入れに該当する。）、この購入時において、その居室の全部又は一部が居住目的で賃貸されており、原告はその賃貸借契約に係る賃貸人の地位を承継した（甲３、弁論の全趣旨）。
ウ 本件各工事建物（別表１－１ないし１－４のうち、「各課税仕入日」欄の「本件各工事建物の改修工事に係る課税仕入日」欄に日付の記載がある「名称」欄記載の各建物を指す。以下同じ。）
本件各工事建物は、原告が、他の者から購入した建物（本件各中古建物の一部も含まれる。）につき、本件ビジネスモデルに基づいて、他の者から改修工事に係る役務の提供を受けた建物であるところ（原告が当該改修工事に係る役務の提供を受けたことは、消費税法２条１項１２号所定の課税仕入れに該当する。）、その居室の全部又は一部につき、本件各工事建物の購入時において、原告を賃貸人として居住目的で賃貸され、あるいは、その改修工事中から賃借人の募集がされ、本件各工事建物が買主（顧客）に転売されるまでの間に、原告を賃貸人とする居住目的の賃貸借契約が締結された（乙１７、１８、弁論の全趣旨）。
エ 本件各新築建物、本件各中古建物及び本件各工事建物（以下「本件各建物」という。）に係る賃料の経理処理等
（ア）原告は、前記アないしウの本件各建物の居室の賃貸借契約に係る賃料（以下「本件各賃料」という。）のうち、本件各建物が顧客に引き渡されるまでに生じた賃料を収受しており、これを原告の総勘定元帳に「商品賃貸収入」として計上した（甲３、乙９～１６、１９、弁論の全趣旨）。
（イ）また、原告は、本件各建物につき、原告の総勘定元帳に「販売用建物」として計上した（甲３）。
（３）本件訴えに至る経緯
ア 原告は、本件各課税期間の消費税等について、個別対応方式で控除対象仕入税額を計算することを選択した上で、本件各課税仕入れが課税対応課税仕入れに区分されることを前提に、本件各課税仕入れに係る消費税額の全額を控除対象仕入税額として、別表２「消費税等に係る課税処分等の経緯」の「確定申告」欄に記載のとおり、法定申告期限までに確定申告をした（乙１の１～４）。
イ 新潟税務署長は、令和元年７月５日付けで、原告に対し、本件各課税仕入れは共通対応課税仕入れに区分されるべきであり、控除対象仕入税額は、本件各課税仕入れに係る消費税額の全額ではなく、これに課税売上割合を乗じて計算した金額（共通仕入控除税額）となるなどとして、別表２「消費税等に係る課税処分等の経緯」の「更正処分等」欄に記載のとおり、本件各更正処分等をした（甲１の１～４）。
ウ 原告は、令和元年９月１８日、国税不服審判所長に対し、本件各更正処分等を不服として審査請求をしたが、同所長は、令和２年８月２６日付けで、同審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした（甲２の２，乙２）。
エ 原告は、令和３年２月１６日、本件訴えを提起した。
第３ 争点及び争点に関する当事者の主張
１ 本件各課税仕入れの用途区分
（被告の主張）
（１）個別対応方式における用途区分の判定基準
ア 個別対応方式により控除対象仕入税額を計算する場合には、課税仕入れを、課税対応課税仕入れ、非課税対応課税仕入れ又は共通対応課税仕入れのいずれかに区分する必要があるところ、消費税法３０条２項１号は、用途区分について、「課税資産の譲渡等にのみ要するもの」、「課税資産の譲渡等以外の資産の譲渡等（中略）にのみ要するもの」及び「課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要するもの」と規定し、いずれも「要したもの」とは規定していないことなどに照らせば、個別対応方式における用途区分の判定は、その後に実際に行われた資産の譲渡等の内容に応じて行われるものではなく、飽くまで、当該課税仕入れを行った日の状況に基づき行われるべきものである。
また、課税仕入れの内容によっては、当該課税仕入れに関し、将来行われる取引ないし用途として多種多様な取引等が想定されるところ、税負担の判断が事業者の恣意に左右されることを防ぎ、課税の適正・公平を確保するためには、個別対応方式における用途区分の判定は、当該課税仕入れが行われた日の状況に基づき、当該課税仕入れが事業者において行う将来の多様な取引のうちどのような取引に要するものであるのか、すなわち、当該課税仕入れにつき将来どのような売上げを生ずる取引が見込まれるのかを客観的に判断する必要がある。
イ そして、①仕入税額控除の趣旨からすれば、本来、控除対象とされるべき仕入税額は、課税資産の譲渡等に対応するもの又は部分であり、控除対象とされるべきでない仕入税額は、その他の資産の譲渡等に対応するもの又は部分であること、②消費税法３０条２項１号が、課税対応課税仕入れにつき「課税資産の譲渡等にのみ要するもの」、非課税対応課税仕入れにつき「課税資産の譲渡等以外の資産の譲渡等（中略）にのみ要するもの」とそれぞれ限定的に規定し、これと並列して、共通対応課税仕入れにつき「課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要するもの」と規定していること、③税負担の累積の排除をいかに実現するかについては立法政策に委ねられているところ、同条の定める仕入税額控除制度の仕組みは、事業者の事業状況に即し、共通仕入控除税額についても、課税売上割合又は課税売上割合に準ずる割合を用いることによって、課税資産の譲渡等に対応する部分の金額がいずれにしても合理的に算出され、税負担の累積の排除を適正に実現する内容となっていることからすれば、同号の定める課税対応課税仕入れとは、同号の文言に即し、当該課税仕入れにつき将来課税売上げを生じる取引のみが客観的に見込まれている課税仕入れのみを、非課税対応課税仕入れとは、当該課税仕入れにつき将来非課税売上げを生じる取引のみが客観的に見込まれている課税仕入れのみをいい、当該課税仕入れにつき将来課税売上げを生じる取引と非課税売上げを生じる取引の双方が客観的に見込まれる課税仕入れについては、全て共通対応課税仕入れに区分されると解するのが相当である。また、客観的にどのような取引が見込まれるかという判断は、将来の事情を想定してせざるを得ないものであるから、当該判断に当たっては、当該課税仕入れを行った日における、事業者における過去の同種の課税仕入れの状況や事業内容、あるいは当該課税仕入れに係る一連の事情等から考察される当該課税仕入れの目的・意図等の事情を考慮することとなる。
（２）本件各課税仕入れが共通対応課税仕入れに該当すること
ア 原告は、本件ビジネスモデルに基づき、本件各新築建物の建設工事に係る役務の提供を受け、あるいは、本件各中古建物を購入し、その改修工事に係る役務の提供を受けたものである。
イ そして、本件各新築建物については、その建設工事中から入居者の募集が行われ、本件各新築建物の建設工事に係る役務の提供を受けた日（課税仕入日）において、本件各新築建物の居室の全部又は一部が居住用に賃貸されることが見込まれていたのであり、原告は、現に本件各新築建物を顧客に引き渡すまでの間、賃貸人として本件各新築建物を居住用に賃貸して賃料を収受していた。また、本件各中古建物については、それを譲り受けた日（課税仕入日）において、その居室の全部又は一部が既に居住用に賃貸されており、原告は本件各中古建物を購入したことにより賃貸人の地位を承継した。したがって、上記の各課税仕入日において、原告が本件各新築建物及び本件各中古建物から生じる各賃料を収受することが客観的に見込まれていた。さらに、本件各工事建物については、上記のとおり、本件各中古建物を譲り受けた日において、原告が賃料を収受することが客観的に見込まれていた上、原告は、本件ビジネスモデルの一環として、本件各工事建物の改修工事に係る役務の提供を受けたのであるから、当該役務の提供を受けた日（課税仕入日）においても、本件各工事建物が、現に賃貸され、あるいは、将来賃貸に供され、原告が本件各工事建物から生じる賃料を収受することが客観的に見込まれていた。
したがって、本件各課税仕入れについては、上記の各課税仕入日において、将来、原告が本件各建物から生じる賃料を収受すること、すなわち非課税売上げを生ずる取引が客観的に見込まれていたといえる。
ウ また、原告は、当初から本件各建物を販売することを意図して、本件各課税仕入れを行っていたものであるから、本件各建物の販売、すなわち課税売上げを生じる取引も客観的に見込まれていたものである。
エ 以上によれば、本件各課税仕入れについては、その課税仕入日の状況等に基づいて客観的に判断すれば、将来課税売上げを生じる取引（「課税資産の譲渡等」）と非課税売上げを生じる取引（「その他の資産の譲渡等」）の双方が客観的に見込まれていたのであるから、消費税法３０条２項１号ロに規定する「課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要する課税仕入れ」（共通対応課税仕入れ）に該当することになる。
（原告の主張）
（１）判断枠組み
ア 消費税法は、税負担の累積を避け、消費者に対する税負担の適正な転嫁を実現し、もって中立かつ公平な課税の確立を図るため、仕入税額控除の制度を採用し、当該課税期間の課税標準額に対する消費税額から、当該課税期間中に国内において行った課税仕入れ等の消費税額（控除対象仕入税額）を控除するものとしている（３０条１項）。
もっとも、控除対象仕入税額の算定に係る個別対応方式においては、課税資産の譲渡等に要するものであることが明らかな課税仕入れ等につき、課税対応課税仕入れと共通対応課税仕入れのいずれに区分されるかによって、控除対象仕入税額に当該課税仕入れ等に係る消費税額の全額を含めるのか、当該課税仕入れ等に係る消費税額に課税売上割合を乗じた額のみを含めるのかが異なることになるところ、特に、課税売上割合が低い事業形態の場合には、用途区分による控除対象仕入税額の差異は大きなものとなる。
以上に鑑みると、用途区分に係る判断は、税負担の累積排除という消費税法の目的に照らし、課税仕入れに係る消費税額について税負担の累積を招くものとそうでないものとに適正に配分するという観点から、当該課税仕入れがいかなる取引のために行われたものであるのかを、その経済実態に即して適切に行うべきである。
また、消費税法３０条２項１号が、用途区分につき、「要するもの」という文言を用いているのは、①課税仕入れ等に対応する取引（資産の譲渡等）が必ずしも当該課税期間中に行われるとは限らないことや、②課税仕入れ等が、事業者による経済活動の一環として行われるものである以上、将来における一定の取引を目指したものということができ、実際に当該課税仕入れ等に対応するどのような取引が行われ、あるいは、行われなかったかを見るまでもなく、当該課税仕入れ等がどのような取引を目指して行われたかを見れば、用途区分を判定するのに十分であることによるものと解される。
このような消費税法３０条２項１号の文言及び趣旨に鑑みると、用途区分に係る判断は、当該課税仕入れ等を行った日を基準に、事業者が将来におけるどのような取引のために当該課税仕入れ等を行ったのかを認定して行うべきであり、かかる認定に当たっては、税負担の判断が事業者の恣意に左右されることのないよう、①当該事業者の事業内容・業務実態、②当該事業者における過去の同種の課税仕入れ等及びこれに対応して行われた取引の内容・状況、③当該課税仕入れ等と過去の同種の課税仕入れ等との異同など、仕入日に存在した客観的な諸事情に基づき認定するのが相当である。
イ ところで、本件ビジネスモデルの下では、課税仕入れの目的が建物の販売又は建設工事の請負にあることが明らかであるのに、本件事業における賃料収入の位置付けや賃料収入が売上げ全体に占める割合等の事情を一切考慮せず、将来の賃料収入が確実に見込まれるというだけで、本件各課税仕入れを常に共通対応課税仕入れに区分すべきものと解すれば、経済実態と著しくかい離するおそれがあるほか、当該事業者の課税売上割合と当該賃料収入が売上げ全体に占める割合とのギャップによって、建物の取得価格に対する消費税額のうち相当部分に税負担の累積が生じてしまうこととなり、税負担の累積の排除という消費税法の目的を十分に達成し得ないこととなる（なお、課税売上割合に準ずる割合については、合理的な計算方法を定めて事前に所轄税務署長の承認を受けておかなければならないことに照らせば、その制度の利用によって、上記ギャップの問題を解消し得るものではない。）。
ウ 以上を踏まえると、一般に、事業者が課税仕入れ等を行う場合に、当該活動が本来得ることを目的としている収入（課税資産の譲渡等）のほかに、当該活動の過程で生じる他の収入（その他の資産の譲渡等）が見込まれることにより、当該課税仕入れ等が共通対応課税仕入れに区分されることとなるのか否かについては、一義的に解するのではなく、①他の収入が当該事業者の経済活動におけるどのような過程で得られ、その活動全体の中でどのように位置付けられているのか、②他の収入が見込まれることが、課税仕入れ等やこれに対応する取引にどのように影響を及ぼしているのか、③全体の収入の見込額のうちに他の収入の見込額が占める割合など、当該事業者が行う経済活動に関する個別の事情を踏まえ、課税仕入れに係る消費税額について税負担の累積を招くものとそうでないものとに適正に配分するという観点に照らし、他の収入が見込まれることをもって当該課税仕入れ等につき「その他の資産の譲渡等」にも要するものと評価することが相当といえるか否かを考慮して判断すべきである。
（２）本件各課税仕入れの用途区分
ア 本件事業は、本件ビジネスモデルによる建物の販売又は建設工事の請負事業であり、仕入れた建物につき、顧客への引渡時までにできる限り満室に近くなるように入居者募集を行い、空室を減らすためのサポートをしているという実績を示すことによって、建物の販売又は建設工事の請負による収益を得ようとするものであって、原告が仕入れた建物を賃貸することは、販売又は建設工事の請負のための手段として位置付けられるものである。そして、原告が得る賃料収入は、仕入れた建物を賃貸することによって不可避的に発生するものであり、上記のとおり賃貸が建物の販売又は建設工事の請負のための手段であることに鑑みれば、建物の販売又は建設工事の請負による利益を得るという本件事業による副産物というべきものである。
上記のような賃料収入の位置付けについては、原告における会計処理、すなわち、当該賃料収入が営業外収益（商品賃貸収入）として計上されていることのほか、原告が本件事業において購入等した建物が棚卸資産（販売用建物）として計上されていることなどにも表れている。
また、原告は、建物の仕入れの判断に当たって、当該建物による原告の賃料収入がどの程度見込まれるかを考慮に入れていないし、建物の顧客への引渡時期の決定等に当たっても、原告が得られる賃料収入を考慮に入れることはなく、建物の取得後、速やかに当該建物を引き渡し、あるいは、販売できる状況が整い次第、速やかに当該建物を販売して引き渡している。そのため、平成２６年３月課税期間及び本件各課税期間における建物の引渡しまでの保有期間は概ね２．３か月ないし４．８か月となっており、販売収入と賃料収入との総和に占める賃料収入の割合も、平成２６年３月課税期間において１．０６％、本件各課税期間において２．７２％にとどまり、建物部分の販売収入と賃料収入との総和に占める賃料収入の割合も、平成２６年３月課税期間において１．８５％、本件各課税期間において４．３１％にとどまっている。
イ 以上のような事実関係に照らせば、本件各課税仕入れについては、その課税仕入日に上記のような賃料収入が見込まれることをもって、共通対応課税仕入れに区分することは、本件事業に係る経済実態から著しくかい離するばかりでなく、課税仕入れに係る消費税額について税負担の累積を招くものとそうでないものとに適正に配分するという観点に照らしても、相当性を欠くものといわざるを得ず、本件各課税仕入れは、課税資産の譲渡等にのみ要するものとして課税対応課税仕入れに区分するのが相当である。
２ 国税通則法（平成２７年３月課税期間及び平成２８年３月課税期間については平成２８年法律第１５号による改正前のもの。以下同じ。）６５条４項１号（同改正前は同項。以下、同改正の前後を通じて「国税通則法６５条４項」という。）の「正当な理由」の有無（原告の主張）
（１）国税通則法６５条４項にいう「正当な理由」が認められる場合とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解される。
（２）ア本件の問題は、転売用マンションに係る課税仕入れの用途区分という租税法規の解釈上微妙な点を含むものであるところ、この問題につき、税務当局は、平成９年頃、賃借人が居住するマンションの購入費用に関する事例において、「課税資産の譲渡等にのみ要するもの」との回答（以下「平成９年回答」という。）をしており、個別対応方式の用途区分において、主たる目的又は最終的な使用目的を考慮して用途区分を判定したとも理解し得るような事実が認められるが、その後、遅くとも平成１７年頃には、上記のような課税仕入れの用途区分を共通対応課税仕入れであると主張し、その見解を変更したことがうかがわれる。しかし、税務当局は、この見解の変更を納税者に周知するなど、これを定着させるための必要な措置を講じていない。
イ また、原告が本件各申告において依拠した法令解釈は、消費税法３０条２項１号にいう課税資産の譲渡等にのみ「要する」課税仕入れとは、「最終的に原価に費消される」課税仕入れをいうとするものであるところ、かかる解釈は、消費税法施行直後から現在に至るまで一貫して多数の課税庁関係者が執筆する公刊物や課税庁監修の公刊物において掲載され続けているものである（甲６、８、９）。
ウ 以上によれば、原告が、本件各申告において、本件各課税仕入れを課税対応課税仕入れに区分した上で控除対象仕入税額の計算をしたことについては、真に原告の責めに帰することができない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお、原告に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になるというべきであり、国税通則法６５条４項の「正当な理由」があると認められる。
（被告の主張）
（１）納税者が法令解釈を誤り、過少申告となった場合において国税通則法６５条４項の「正当な理由」があると認められるのは、納税者が申告において依拠した法令解釈について、①課税庁ないしその幹部職員が公刊物において示していた従来の統一的な法令解釈を改め、課税上の取扱いを変更したにもかかわらず、変更後の取扱いを納税者に周知させ、これを定着させるために必要な措置を講じていなかった場合、又は、②納税者が、租税法規の解釈に関し、確定申告当時に課税庁が通達により表示していた公的見解に依拠して確定申告し、当該申告後に課税庁の公的見解が変更された等の事情の下で、課税庁の従来又は確定申告当時の取扱いが正しいものと信じて申告をした場合に類するほどの相応の論拠が客観的に存在し、真に納税者の責めに帰することのできない客観的事情が認められ、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になると評価し得る場合に限られるというべきである。そして、納税者が申告において依拠した法令解釈に相応の論拠が客観的に存在するというためには、少なくとも、当該確定申告以前に、課税庁において当該問題に係る課税庁の公権的解釈ないし課税上の取扱いが統一的に採用されていたことを示す通達や課税庁監修の公刊物が存在するなどしてその公権的解釈ないし課税上の取扱いが一般の納税者に明らかにされていたことが必要であり、その上で、当該解釈に関連する裁判例の状況等の諸要素を総合的に考慮し、「正当な理由」の有無を判断するのが相当というべきである。
（２）ア原告は、税務当局は、転売用マンションに係る課税仕入れの用途区分という租税法規の解釈上微妙な点を含む問題について、平成９年回答をした後、平成１７年頃を境に課税上の取扱いを変更しているが、変更後の取扱いを国民の間に定着させるための措置は何ら講じていないことから、原告が従前の取扱いに従って、本件各課税仕入れを課税対応課税仕入れに区分したことについて、国税通則法６５条４項の「正当な理由」が認められる旨主張する。
（ア）しかし、課税庁が個別対応方式における用途区分の解釈を変更したことはないし、本件各課税仕入れと同様の課税仕入れが課税対応課税仕入れに該当する旨の見解を課税庁幹部が監修する解説本等で示したこともなく、原告の主張はその前提を欠くものである。
なお、平成９年回答は、東京国税局が、更正請求事案を担当する部署からの質疑に対して、その個別具体の事情を前提としてその見解を示したものにすぎず、飽くまで事例判断にとどまるものであり、かつ、同局内での使用を念頭に置いた非公表の内部資料にとどまるものであるから、これをもって個別対応方式の用途区分の判定に関する解釈を一般的に示したものとみることはできず、一般の納税者が確定申告をするに当たって法令を解釈する際の信頼形成の根拠となり得るものではないし、そもそも、原告が平成９年回答に依拠して本件各申告をしたと認めることもできない。
（イ）そして、本件各申告の当時、原告が依拠したとする解釈の論拠となり得る裁判例は存在しない一方、同解釈に反する課税庁の解釈に沿う公表裁決、裁判例及び複数の公刊物（乙２８～３５）が存在していたものであり、課税庁は、遅くとも、平成１７年以降、本件各課税仕入れ又はこれに類する態様の課税仕入れが共通対応課税仕入れに該当するとの統一的取扱いをしていたことは明らかである。
イ 原告は、本件各申告において依拠した法令解釈（課税資産の譲渡等にのみ要する課税仕入れとは、「最終的に原価に費消される」課税仕入れをいうとするもの）は、一貫して多数の課税庁関係者が執筆する公刊物等において掲載され続けていることから、原告の用途区分の解釈にも相応の論拠が存在する旨を主張する。
しかし、原告が指摘する各公刊物の記載は、直接経費のみならず間接経費であっても課税対応課税仕入れに含まれることなどを説明する趣旨のものにすぎず、これらの各公刊物の記載内容から直ちに、「最終的に原価に費消される」か否かという一事をもって用途区分の解釈適用が行われるべきという趣旨が読み取れるものではない。
（３）以上によれば、原告の本件各申告における過少申告は、単なる税法の不知又は誤解といった納税者の主観的事情に基づくものというべきで、過少申告について真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があるとは認められず、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお原告に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になるとはいえず、本件各申告における申告額が過少となったことにつき、国税通則法６５条４項の「正当な理由」があるとは認められない。
第４ 当裁判所の判断
１ 本件各課税仕入れの用途区分
（１）消費税法は、生産、流通等の各段階で二重、三重に税が課されて税負担が累積することを防止し、経済に対する中立性を確保するため（税制改革法１０条２項）、課税期間中に行った課税仕入れに係る消費税額を当該課税期間の課税標準額に対する消費税額から控除するものとしている（消費税法３０条１項１号）。もっとも、同法は、所定の場合において当該課税期間中に行った課税仕入れにつき用途区分が明らかにされていないときは、課税仕入れに係る消費税額に、課税売上割合、すなわち、課税期間中の所定の売上げの総額に占める課税資産の譲渡等に係る売上げの割合を乗じて計算する方法により控除対象仕入税額を計算するものとし（同条２項２号）、また、帳簿及び請求書等の保存がない場合には原則として当該課税仕入れに係る消費税額の控除を認めないものとする（同条７項）など、課税の明確性の確保や適正な徴税の実現といった他の目的との調和を図るため、税負担の累積が生じても課税仕入れに係る消費税額の全部又は一部が控除されない場合があることを予定しているものということができる。
そして、個別対応方式により控除対象仕入税額を計算する場合において、税負担の累積が生ずる課税資産の譲渡等と累積が生じないその他の資産の譲渡等の双方に対応する課税仕入れにつき一律に課税売上割合を用いることは、課税の明確性の確保の観点から一般に合理的といえるのであり、課税売上割合を用いることが当該事業者の事業の状況に照らして合理的といえない場合には、課税売上割合に準ずる割合を適切に用いることにより個別に是正を図ることが予定されていると解されることにも鑑みれば、課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等の双方に対応する課税仕入れは、当該事業に関する事情等を問うことなく、共通対応課税仕入れに該当すると解するのが消費税法の趣旨に沿うものというべきである。このように解することは、課税仕入れを課税資産の譲渡等「にのみ」要するもの（課税対応課税仕入れ）、その他の資産の譲渡等「にのみ」要するもの（非課税対応課税仕入れ）及び両者「に共通して」要するもの（共通対応課税仕入れ）に区分する同条２項１号の文理に照らしても自然であるということができる。
そうすると、課税対応課税仕入れとは、当該事業者の事業において課税資産の譲渡等にのみ対応する課税仕入れをいい、課税資産の譲渡等のみならずその他の資産の譲渡等にも対応する課税仕入れは、全て共通対応課税仕入れに該当すると解するのが相当である（最高裁令和●●年（○○）第●●号同５年３月６日第一小法廷判決・裁判所時報１８１１号６頁参照）。
以上と異なる原告の主張は採用することができない。
（２）本件各課税仕入れは、原告が、顧客への販売又は転売目的で、本件各中古建物を購入し、又は、本件各新築建物の建設工事若しくは本件各工事建物の改修工事に係る役務の提供を受けたというものであるが、本件各建物は、その居室の全部又は一部につき、購入時から既に住宅として賃貸され、あるいは、建設工事中又は改修工事中に入居者の募集がされた上で住宅として賃貸されており、原告は、本件各建物を顧客に引き渡すまでの間、その賃料を収受していたというのであるから、本件各課税仕入れは、課税資産の譲渡等である本件各建物の販売又は転売のみならず、その他の資産の譲渡等である本件各建物の住宅としての賃貸にも対応するものであるということができる。
したがって、本件各課税仕入れは、共通対応課税仕入れに該当するというべきである。
２ 国税通則法６５条４項の「正当な理由」の有無
（１）国税通則法６５条４項にいう「正当な理由があると認められる」場合とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、当初から適法に申告し納税した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに過少申告による納税義務違反の発生を防止して適正な申告納税の実現を図るという過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解するのが相当である（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１８年４月２０日第一小法廷判決・民集６０巻４号１６１１頁参照）。
（２）原告は、税務当局が、平成９年回答において、個別対応方式の用途区分につき、主たる目的又は最終的な使用目的を考慮して用途区分を判定したとも理解し得るような回答をする一方、平成１７年頃には、上記のような課税仕入れの用途区分を共通対応課税仕入れであると主張し、その見解を変更したことがうかがわれるが、税務当局において、この見解の変更を納税者に周知するなど、これを定着させるための必要な措置を講じていないとして、本件各申告に関して国税通則法６５条４項にいう「正当な理由」が認められる旨を主張する。
ア 証拠（甲１１、１３、乙２８～３５）及び弁論の全趣旨によれば、税務当局は、平成９年回答において、関係機関からの照会に対し、賃借人が居住している状態でマンションを購入した場合でも、転売目的で購入したことが明らかであれば、課税対応課税仕入れに該当する旨の回答をしているものの、平成１７年以降、税務当局の職員が執筆した公刊物等において、事業者の最終的な目的は中古マンションの転売であっても、転売までの間に非課税売上げである家賃が発生する場合には、中古マンションの購入は共通対応課税仕入れに該当する旨の見解が示され、また、本件各申告当時に公表されていた複数の国税不服審判所の裁決例及び下級審の裁判例において、本件と同様の建物の取得に係る課税仕入れの用途区分につき、上記と同様の見解に基づく税務当局側の主張が採用されていたことが認められる。
イ 以上のとおり、税務当局は、遅くとも平成１７年以降、本件と同様の建物の取得に係る課税仕入れを、当該建物が住宅として賃貸されること（その他の資産の譲渡等に対応すること）に着目して共通対応課税仕入れに区分すべきであるとの見解を採っており、そのことは、本件各申告当時、税務当局の職員が執筆した公刊物や、公表されている国税不服審判所の裁決例及び下級審の裁判例を通じて、一般の納税者も知り得たものということができる。他方、平成９年回答をもって、直ちに、税務当局が一般的に当該課税仕入れを事業者の目的に着目して課税対応課税仕入れに区分する取扱いをしていたものということはできないし、平成９年回答が公表されるなどしたとの事情もうかがわれない。
そうすると、平成１７年以降、税務当局が、本件と同様の建物の取得に係る課税仕入れを当該建物が住宅として賃貸されることに着目して共通対応課税仕入れに区分する取扱いを周知するなどの積極的な措置を講じていないとしても、事業者としては、上記取扱いがされる可能性を認識してしかるべきであったということができ、また、上記取扱いは消費税法３０条２項１号の文理等に照らして自然であるといえ、本件各申告当時、本件と同様の建物の取得に係る課税仕入れを事業者の目的に着目して課税対応課税仕入れに区分すべきものとした裁判例等があったともうかがわれない。
したがって、原告が主張する平成９年回答などを考慮したとしても、原告が本件各申告において本件各課税仕入れを課税対応課税仕入れに区分して控除対象仕入税額の計算をしたことにつき、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になるということはできない。
（３）また、原告は、消費税法３０条２項１号にいう課税資産の譲渡等にのみ「要する」課税仕入れとは、「最終的に原価に費消される」課税仕入れをいう旨の法令解釈に依拠して本件各申告をしたところ、かかる解釈は、多数の課税庁関係者が執筆する公刊物等において掲載され続けている一般的なものであるなどとして（甲６、８、９）、本件各申告に関して国税通則法６５条４項にいう「正当な理由」が認められる旨を主張する。
しかし、上記のような公刊物の記載をもってしても、本件と同様の建物の取得に係る課税仕入れが課税対応課税仕入れに該当する旨の解釈が直ちに読み取れるものではないし、前記（２）に説示したとおり、遅くとも平成１７年以降、上記のような課税仕入れは共通対応課税仕入れである旨の見解を示す公刊物、裁決例及び下級審の裁判例が存在していたことなどに照らせば、仮に、原告が、課税対応課税仕入れとは「最終的に原価に費消される」課税仕入れをいう旨の法令解釈に依拠して本件各申告をしたとしても、それをもって、原告が本件各申告において本件各課税仕入れを課税対応課税仕入れに区分して控除対象仕入税額の計算をしたことにつき、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になるということはできない。
（４）以上によれば、その余の原告の主張を踏まえても、本件各申告において、原告が本件各課税仕入れに係る消費税額の全額を当該課税期間の課税標準額に対する消費税額から控除したことにつき、国税通則法６５条４項にいう「正当な理由」があると認めることはできない。
３ 本件各更正処分等の適法性
（１）以上を前提にすると、原告の本件各課税期間において納付又は還付すべき消費税等の額は、別表２「消費税等に係る課税処分等の経緯」の「更正処分等」欄の「納付すべき消費税額」及び「納付すべき地方消費税額」欄記載の額と同額になると認められ、本件各更正処分は適法である。
（２）また、前記（１）のとおり、本件各更正処分はいずれも適法であるところ、本件各更正処分により原告が新たに納付すべき消費税等の税額について、その基礎となった事実につき、原告がこれを計算の基礎としなかったことに国税通則法６５条４項に規定する正当な理由があるとは認められないのは前記２に説示したとおりであるから、本件各更正処分に基づき納付すべき税額については、国税通則法６５条１項の規定により過少申告加算税が課されることになる。
そして、原告に課される上記過少申告加算税の額は、別表２「消費税等に係る課税処分等の経緯」の「更正処分等」欄の「過少申告加算税の額」欄記載の額と同額になると認められ、本件各賦課決定処分は適法である。
４ 結論
以上によれば、原告の請求はいずれも理由がないから、これらを棄却することとして、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３８部
裁判長裁判官 鎌野真敬
裁判官 中畑啓輔
裁判官 池田好英
〔PDF 14～15頁は画像のため本文テキストなし〕
別表１－１～１－４省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2023/pdf/13874.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。