税務訴訟資料第２７３号（順号１３８９０）
東京地方裁判所令和●●年（○○）第●●号消費税及び地方消費税更正処分等取消請求事件
国側当事者・国（本所税務署長）
令和５年９月２９日棄却・確定
判決
原告株式会社Ｄ
同代表者代表取締役甲
同訴訟代理人弁護士大島忠尚
被告国
同代表者法務大臣小泉龍司
処分行政庁本所税務署長
根本千代美
同指定代理人八屋敦子
青木雄弥
守田可奈子
岡村秀直
野村智子
今村亮
主文
１ 原告の請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 本所税務署長が令和元年７月５日付けで原告に対してした原告の平成２６年５月１日から平成２７年４月３０日までの課税期間（以下「平成２７年４月課税期間」という。）の消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）に係る更正処分のうち納付すべき消費税額１７３万３４００円及び地方消費税額４６万７９００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
２ 本所税務署長が令和元年７月５日付けで原告に対してした原告の平成２７年５月１日から平成２８年４月３０日までの課税期間（以下「平成２８年４月課税期間」という。）の消費税等に係る更正処分のうち納付すべき消費税額１９１万７７００円及び地方消費税額５１万７４００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
３ 本所税務署長が令和元年７月５日付けで原告に対してした原告の平成２８年５月１日から平成２９年４月３０日までの課税期間（以下「平成２９年４月課税期間」という。）の消費税等に係る更正処分のうち納付すべき消費税額１４３万２３００円及び地方消費税額３８万６４００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
４ 本所税務署長が令和元年７月５日付けで原告に対してした原告の平成２９年５月１日から平成３０年４月３０日までの課税期間（以下「平成３０年４月課税期間」という。）の消費税等に係る更正処分のうち納付すべき消費税額１７９万５０００円及び地方消費税額４８万４３００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
第２ 事案の概要
本件は、投資用不動産の販売等を主たる事業とする原告が、原告の平成２７年４月課税期間から平成３０年４月課税期間まで（以下「本件各課税期間」という。）の消費税等について、消費税法３０条１項の規定の適用上、同条２項１号に規定する方法（以下「個別対応方式」という。）を選択して、別紙１「建物目録」記載の各建物（以下「本件各建物」という。）につき、その譲受け（以下「本件各課税仕入れ」という。）を、同号にいう「課税資産の譲渡等にのみ要するもの」（以下「課税対応課税仕入れ」という。）に区分すべきであるとして、課税仕入れに係る消費税額（以下、同条１項の規定に基づき控除される消費税額を「控除対象仕入税額」という。）を算出して確定申告をした（以下「本件各確定申告」という。）ところ、本所税務署長から、本件各課税仕入れについては同条２項１号にいう「課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要するもの」（以下「共通対応課税仕入れ」という。）に該当するなどとして、本件各課税期間の消費税等に係る各更正処分（以下「本件各更正処分」といい、特定の年分についていう場合は「平成◯年４月課税期間更正処分」という。）及び本件各課税期間に係る過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件各賦課決定処分」といい、本件各更正処分と併せて「本件各更正処分等」という。）を受けたことから、それらの取消しを求めた事案である。
１ 関係法令等の定め
別紙２「関係法令等の定め」のとおりである。なお、同別紙で定めた略称等は以下でも用いることとする。
２ 前提事実（争いのない事実並びに後掲の証拠［枝番号が付された証拠でその記載がないものは全ての枝番を含む趣旨である。以下同じ。］及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
（１）当事者
ア 原告は、平成１９年５月に設立された不動産の売買、賃貸、管理及びその仲介等を目的とする株式会社である。（乙３）
イ 原告は、主として投資用不動産の販売事業（以下「本件事業」という。）を行っているところ、そのビジネスモデルは、特定の物件を購入し、それを投資家である顧客に売却することにより、その転売益を獲得するというものであった。対象物件の売主からの購入と顧客への売却は同一の日に行われることが多かったが、中には、売主から購入した後、顧客に売却するまでの間、原告が当該物件を所有することもあった。（甲１７、２０）
（２）本件各建物の譲受けと売却の経緯
ア 原告は、本件事業の一環として、本件各建物につき、各売主との間で、別紙１「建物目録」の「取得金額（税込）」欄記載の各金額で購入する旨の各売買契約（以下、当該各売主を「本件各売主」、当該各売買契約を「本件各売買契約」という。）を締結し、同目録の「取得年月日」欄記載の各年月日（以下「本件各課税仕入日」という。）に、本件各建物を譲り受けた。（乙４）
なお、本件各売買契約には、本件各売主から転売先である原告の顧客に対して直接所有権移転登記手続を行うことを可能とする旨の条項が付されるなど、原告がその顧客に対して本件各建物を転売することを予定していることがうかがわれる記載がされていた。（乙６）
イ 本件各建物については、本件各課税仕入日時点において、本件各売主と各居住者との間で、それぞれ居住目的の賃貸借契約が締結されていた（以下、当該各賃貸借契約に係る貸付けを「本件各建物貸付け」という。）ところ、原告は、本件各売買契約により本件各建物の所有権を取得すると同時に、本件各売主から本件各建物貸付けに係る賃貸人の地位を承継した。（乙５、７）
ウ 原告は、本件事業の一環として、本件各建物につき、転売先である各顧客との間で、これを売却する旨の各売買契約を締結し、別紙１「建物目録」の「売却年月日」欄記載の各年月日（以下「本件各建物売却日」という。）に、本件各建物を譲り渡した。（乙８）
エ 本件各建物貸付けに係る本件各課税仕入日から本件各建物売却日までの間の賃料（以下「本件各賃貸料」という。）は、原告に帰属するものとされており、原告は、本件各賃貸料を収受した。（乙９、１０）
（３）本件訴訟に至る経緯
ア 原告は、本件各課税期間の消費税等につき、個別対応方式により控除対象仕入税額を計算することを選択した上で、本件各課税仕入れを課税対応課税仕入れに区分すべきであるとして、本件各課税仕入れに係る消費税額の全額を課税標準額に対する消費税額から控除して、別表１－１から１－４までの各「確定申告」欄記載のとおり、法定申告期限までに本件各確定申告をした。（甲１～４）
イ 本所税務署長は、本件各課税仕入れは共通対応課税仕入れに区分すべきであるから、課税標準額に対する消費税額から控除することができるのは本件各課税仕入れに係る消費税額に本件各課税期間における課税売上割合を乗じた金額にとどまるなどとして、令和元年７月５日付けで、別表１－から１－４までの各「更正処分等」欄記載のとおり、本件各更正処分等をした。（甲５～８）
ウ 原告は、本件各更正処分等を不服として、本所税務署長に対し、令和元年９月２７日付けで、別表１－１から１－４までの各「再調査の請求」欄記載のとおり、再調査の請求をしたが、本所税務署長は、令和２年１月９日付けで、上記再調査の請求を棄却する旨の決定をした。（甲９、１０）
エ 原告は、本件各更正処分等を不服として、国税不服審判所長に対し、令和２年２月４日付けで、別表１－１から１－４までの各「審査請求」欄記載のとおり、審査請求をしたが、国税不服審判所長は、令和３年１月７日付けで、上記審査請求を棄却する旨の裁決をし、同裁決書謄本は、同月１４日、原告に送達された。（甲１１～１４）
オ 原告は、令和３年６月８日、本件各更正処分等の取消しを求め、本件訴えを提起した。（顕著な事実）
（４）本件各更正処分等の根拠及び適法性に係る被告の主張
本件各更正処分等の根拠及び適法性に係る被告の主張は、別紙３「本件各更正処分等の根拠及び適法性に係る被告の主張」記載のとおりである。なお、同別紙で定めた略称等は以下でも用いることとする。
３ 本件の争点
（１）個別対応方式により控除対象仕入税額を計算する場合において、本件各課税仕入れが消費税法３０条２項１号にいう課税対応課税仕入れと共通対応課税仕入れのいずれに区分されるか（争点１）。
（２）通則法６５条４項にいう「正当な理由」があると認められるか（争点２）。
４ 本件の争点に関する当事者の主張
（１）争点１（個別対応方式により控除対象仕入税額を計算する場合において、本件各課税仕入れが消費税法３０条２項１号にいう課税対応課税仕入れと共通対応課税仕入れのいずれに区分されるか）について
（被告の主張）
事業者がある課税期間にした将来の転売を目的とする賃貸用マンションの購入に係る課税仕入れが、課税対応課税仕入れと共通対応課税仕入れのいずれに当たるかという点について判断するに当たり、消費税法３０条２項１号所定の用途区分の判定について、課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等の双方に対応する課税仕入れは、当該事業者の事業に関する事情等を問うことなく、共通対応課税仕入れに該当すると解するのが同法の趣旨に沿うものというべきであるから、課税対応課税仕入れとは、当該事業者の事業において課税資産の譲渡等にのみ対応する課税仕入れをいい、課税資産の譲渡等のみならずその他の資産の譲渡等にも対応する課税仕入れは、全て共通対応課税仕入れに該当すると解するのが相当である（最高裁令和●●年（○○）第●●号同５年３月６日第一小法廷判決・裁判所時報１８１１号６頁［以下「最高裁令和５年判決」という。］参照）。
これを本件についてみると、本件各課税仕入れは、原告が将来の転売を目的として本件各建物を購入したものであるが、本件各建物は、全てその購入時から住宅として賃貸されており、原告は、本件各建物を転売するまでの間、その賃料（本件各賃貸料）を収受していたのであるから、本件各課税仕入れは、原告の事業において課税資産の譲渡等である本件各建物の転売のみならず、その他の資産の譲渡等である本件各建物の住宅としての賃貸にも対応するものといえる。よって、本件各課税仕入れは、課税対応課税仕入れには該当せず、共通対応課税仕入れに該当する。
（原告の主張）
課税仕入れ等の用途区分に係る判断は、当該課税仕入れ等がいかなる取引のために行われたものであるかを、その経済実態に即して行うべきである。すなわち、課税仕入れ等の用途区分に係る判断は、当該課税仕入れ等を行った日（仕入日）を基準に、事業者が将来におけるどのような取引のために当該課税仕入れ等を行ったのかを認定して行うべきであり、かかる認定に当たっては、当該事業者の事業内容や業務実態、当該事業者における過去の同種の課税仕入れ等及びこれに対応して行われた取引の内容や状況、当該課税仕入れ等と過去の課税仕入れ等との異同など、仕入日に存在した客観的な諸事情に基づき認定するのが相当である。
これを本件についてみると、原告は、平成１９年の設立以来、特定の物件を購入し、それを投資家である顧客に売却することにより、その転売益を獲得するという事業（本件事業）を行っており、自ら賃料収入を得ることを目的として物件を取得するわけではなく、本件各建物についても、投資家である顧客への転売を目的として取得したものであって、実際、原告が本件各建物を所有していた期間はごく短期間であった。また、原告は、期中に取得した本件各建物を棚卸資産（販売用不動産）として処理しており、減価償却も行っていない。そして、原告は、平成１９年の設立以来一貫して、転売用物件の取得価格に係る消費税額が課税対応課税仕入れに該当することを前提として消費税等の確定申告をしており、平成２３年には税務調査も実施されたが、本件各更正処分等がされるまでの間、税務当局から一度も共通対応課税仕入れに区分される旨の指摘や指導を受けることはなかった。
これらの事情に鑑みれば、本件各建物の取得（本件各課税仕入れ）は、「課税資産の譲渡等のみに要する課税仕入れ」（課税対応課税仕入れ）に該当するというべきである。
（２）争点２（通則法６５条４項にいう「正当な理由」があると認められるか）について（原告の主張）
通則法６５条４項にいう「正当な理由があると認められる場合」とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解されるところ、原告は、上記（１）の原告の主張のとおり、平成１９年の設立以来一貫して、転売用物件の取得価格に係る消費税額が課税対応課税仕入れに該当することを前提として消費税等の確定申告をしており、平成２３年には税務調査も実施されたが、本件各更正処分等がされるまでの間、税務当局から一度も共通対応課税仕入れに区分される旨の指摘や指導を受けることはなかった。
これらの事情に鑑みれば、本件各賦課決定処分については、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合であり、通則法６５条４項にいう「正当な理由があると認められる場合」に該当するというべきである。
（被告の主張）
税務当局は、遅くとも平成１７年以降、本件各課税仕入れと同様の課税仕入れにつき、当該建物が住宅として賃貸されること（その他の資産の譲渡等に対応すること）に着目して共通対応課税仕入れに区分すべきであるとの見解を採っており、このことは、本件各確定申告当時に公表されていた税務当局の職員が執筆した公刊物や、複数の国税不服審判所の裁決例及び下級審の裁判例を通じて、一般の納税者も知り得たものといえる。
そして、かかる取扱いは、消費税法３０条２項１号の文理等に照らして自然であり、本件各確定申告当時、本件各課税仕入れと同様の課税仕入れを事業者の目的に着目して課税対応課税仕入れに区分すべきものとした裁判例等はなかったことなども考慮すれば、原告が本件各確定申告において本件各課税仕入れを課税対応課税仕入れに区分して控除対象仕入税額の計算をしたことにつき、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になるとはいえない。
したがって、原告が本件各課税仕入れを課税対応課税仕入れに区分して本件各確定申告をしたことにつき、通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるとはいえない。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１（個別対応方式により控除対象仕入税額を計算する場合において、本件各課税仕入れが消費税法３０条２項１号にいう課税対応課税仕入れと共通対応課税仕入れのいずれに区分されるか）について
（１）消費税法は、生産、流通等の各段階で二重、三重に税が課されて税負担が累積することを防止し、経済に対する中立性を確保するため、課税期間中に行った課税仕入れに係る消費税額を当該課税期間の課税標準額に対する消費税額から控除するものとしている（同法３０条１項１号）。もっとも、同法は、所定の場合において当該課税期間中に行った課税仕入れにつき用途区分が明らかにされていないときは、課税仕入れに係る消費税額に、課税売上割合、すなわち、課税期間中の所定の売上げの総額に占める課税資産の譲渡等に係る売上げの割合を乗じて計算する方法により控除対象仕入税額を計算するものとし（同条２項２号）、また、帳簿及び請求書等の保存がない場合には原則として当該課税仕入れに係る消費税額の控除を認めないものとする（同条７項）など、課税の明確性の確保や適正な徴税の実現といった他の目的との調和を図るため、税負担の累積が生じても課税仕入れに係る消費税額の全部又は一部が控除されない場合があることを予定しているものということができる。
そして、個別対応方式により控除対象仕入税額を計算する場合において、税負担の累積が生ずる課税資産の譲渡等と累積が生じないその他の資産の譲渡等の双方に対応する課税仕入れにつき一律に課税売上割合を用いることは、課税の明確性の確保の観点から一般に合理的といえるのであり、課税売上割合を用いることが当該事業者の事業の状況に照らして合理的といえない場合には、課税売上割合に準ずる割合を適切に用いることにより個別に是正を図ることが予定されていると解されることにも鑑みれば、課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等の双方に対応する課税仕入れは、当該事業に関する事情等を問うことなく、共通対応課税仕入れに該当すると解するのが消費税法の趣旨に沿うものというべきである。このように解することは、課税仕入れを課税資産の譲渡等「にのみ」要するもの（課税対応課税仕入れ）、その他の資産の譲渡等「にのみ」要するもの（非課税対応課税仕入れ）及び両者「に共通して」要するもの（共通対応課税仕入れ）に区分する同法３０条２項１号の文理に照らしても自然であるということができる。
そうすると、課税対応課税仕入れとは、当該事業者の事業において課税資産の譲渡等にのみ対応する課税仕入れをいい、課税資産の譲渡等のみならずその他の資産の譲渡等にも対応する課税仕入れは、全て共通対応課税仕入れに該当すると解するのが相当である（最高裁令和５年判決参照）。
（２）これを本件についてみると、本件各課税仕入れは、原告が本件事業の一環として、転売目的で本件各建物を譲り受けたものである（前記前提事実（２）ア）が、本件各建物は、いずれも原告がこれを譲り受けた時点から住宅として賃貸されており（同イ）、原告は、本件各建物を転売するまでの間、その賃料（本件各賃貸料）を収受した（同エ）というのであるから、本件各課税仕入れは、原告の本件事業において、課税資産の譲渡等である本件各建物の転売のみならず、その他の資産の譲渡等である本件各建物の住宅としての賃貸（本件各建物貸付け）にも対応するものであるということができる。
そうすると、本件各課税仕入れは、原告の主観的な意図や本件各建物の所有期間の長短等の事情にかかわらず、共通対応課税仕入れに該当するというべきである。
（３）これに対し、原告は、課税仕入れ等の用途区分に係る判断は、当該課税仕入れ等を行った日（仕入日）を基準に、事業者が将来におけるどのような取引のために当該課税仕入れ等を行ったのかを、当該事業者の事業内容や事業実態等の仕入日に存在した客観的な諸事情に基づき認定すべきである旨主張するが、かかる主張は、最高裁令和５年判決の判示にも反するものであり、採用することができない。
（４）以上によれば、本件各課税仕入れは、課税対応課税仕入れには該当せず、共通対応課税仕入れに該当する。
２ 争点２（通則法６５条４項にいう「正当な理由」があると認められるか）について（１）通則法６５条４項にいう「正当な理由があると認められる」場合とは、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、当初から適法に申告し納税した納税者との間の客観的不公平の実質的な是正を図るとともに過少申告による納税義務違反の発生を防止して適正な申告納税の実現を図るという過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になる場合をいうものと解するのが相当である（最高裁平成●●年（○○）第●●号同１８年４月２０日第一小法廷判決・民集６０巻４号１６１１頁参照）。
（２）これを本件についてみると、後掲の証拠によれば、①税務当局は、平成７年頃、関係機関からの照会に対し、仮に一時的に賃貸用に供されるとしても、継続して棚卸資産として処理し、将来的には全て分譲することとしている住宅の購入については、課税対応課税仕入れに該当するものとして取り扱って差し支えない旨の回答をし、平成９年頃、関係機関からの照会に対し、賃借人が居住している状態でマンションを購入した場合でも、転売目的で購入したことが明らかであれば、課税対応課税仕入れに該当する旨の回答をしたこと（甲２２の２）、②他方、平成１７年以降、税務当局の職員が執筆した公刊物等において、事業者の最終的な目的は中古マンションの転売であっても、転売までの間に非課税売上げである家賃が発生する場合には、中古マンションの購入は共通対応課税仕入れに該当する旨の見解が示され、また、本件各確定申告当時に公表されていた複数の国税不服審判所の裁決例及び下級審の裁判例において、本件各課税仕入れと同様の建物の取得の用途区分につき、上記と同様の見解に基づく税務当局側の主張が採用されていたこと（乙１６～２０、２２、２４～２９）が認められる。
このような事実関係等によれば、税務当局は、遅くとも平成１７年以降、本件各課税仕入れと同様の課税仕入れを、当該建物が住宅として賃貸されること（その他の資産の譲渡等に対応すること）に着目して共通対応課税仕入れに区分すべきであるとの見解を採っており、そのことは、本件各確定申告当時、税務当局の職員が執筆した公刊物や、公表されている国税不服審判所の裁決例及び下級審の裁判例を通じて、一般の納税者も知り得たものということができる。他方、税務当局が平成７年頃にした関係機関からの照会に対する回答は、本件各課税仕入れと同様の課税仕入れを、事業者が当該建物の転売を目的とすることに着目して課税対応課税仕入れに区分したものとも理解し得るものの、前提となる事実関係が明らかでなく、必ずしも上記見解と矛盾するものとはいえない。また、税務当局は、平成９年頃、関係機関からの照会に対し、本件各課税仕入れと同様の課税仕入れを課税対応課税仕入れに区分すべき旨の回答をしているが、このことから、直ちに、税務当局が一般的に当該課税仕入れを事業者の目的に着目して課税対応課税仕入れに区分する取扱いをしていたものということはできないし、上記回答が公表されるなどしたとの事情もうかがわれない。
そうすると、平成１７年以降、税務当局が、本件各課税仕入れと同様の課税仕入れを当該建物が住宅として賃貸されることに着目して共通対応課税仕入れに区分する取扱いを周知するなどの積極的な措置を講じていないとしても、事業者としては、上記取扱いがされる可能性を認識してしかるべきであったということができる。
そして、上記取扱いは消費税法３０条２項１号の文理等に照らして自然であるといえ、本件各確定申告当時、本件各課税仕入れと同様の課税仕入れを事業者の目的に着目して課税対応課税仕入れに区分すべきものとした裁判例等があったともうかがわれないこと等をも考慮すれば、原告が本件各確定申告において本件各課税仕入れを課税対応課税仕入れに区分して控除対象仕入税額の計算をしたことにつき、真に納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があり、過少申告加算税の趣旨に照らしてもなお納税者に過少申告加算税を賦課することが不当又は酷になるということはできない（最高裁令和５年判決参照）。
（３）この点について、原告は、平成１９年の設立以来一貫して、転売用物件の取得価格に係る消費税額が課税対応課税仕入れに該当することを前提として消費税等の確定申告をしており、平成２３年には税務調査も実施されたが、本件各更正処分等がされるまでの間、税務当局から一度も共通対応課税仕入れに区分される旨の指摘や指導を受けることがなかった旨主張する。
しかし、仮に、そのような事実が認められるとしても、そのことから直ちに、税務当局が、原告の転売用物件の取得価格に係る消費税額が課税対応課税仕入れに区分されるものとしてその取扱いを是認してきたということはできないし、ましてやその旨の公的見解を示したことにもならないのであって、上記（２）の認定、判断を覆すに足りる事情とはいえない。
よって、この点に関する原告の主張は採用することができない。
（４）以上によれば、本件各確定申告において、原告が本件各課税仕入れに係る消費税額の全額を当該課税期間の課税標準額に対する消費税額から控除したことにつき、通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるとは認められない。
３ 本件各更正処分等の適法性
（１）本件各更正処分について
以上の検討の結果を前提として、原告の本件各課税期間の納付すべき消費税額及び地方消費税の譲渡割額を計算すると、別紙３「本件各更正処分等の根拠及び適法性に係る被告の主張」のとおりとなり（消費税額について別紙３の１（１）アからエまでの各（エ）「差引税額」欄、地方消費税の譲渡割額について同各（ク）「納付すべき譲渡割額」欄）、本件各更正処分における納付すべき消費税額（別表１－１から１－４までの各「更正処分等」欄の「納付すべき消費税額」欄）及び地方消費税の譲渡割額（別表１－１～１－４の各「更正処分等」欄の「納付すべき譲渡割額」欄）とそれぞれ同額であるから、本件各更正処分はいずれも適法である。
（２）本件各賦課決定処分について
上記（１）のとおり、本件各更正処分はいずれも適法であるところ、前記２のとおり、原告が本件各更正処分により新たに納付すべき税額の計算の基礎となった事実につき、本件各更正処分前における税額の計算の基礎とされていなかったことについて、通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があるとは認められない。
以上を前提として、本件各更正処分に伴って原告に課されるべき過少申告加算税の額を計算すると、別紙３「本件各更正処分等の根拠及び適法性に係る被告の主張」の２（１）アからエまでのとおりとなり、本件各賦課決定処分における過少申告加算税の額（別表１－１から１－４までの各「更正処分等」欄の「過少申告加算税の額」欄）とそれぞれ同額であるから、本件各賦課決定処分はいずれも適法である。
（３）したがって、本件各更正処分等はいずれも適法である。
第４ 結論
以上によれば、原告の請求はいずれも理由がないから棄却することとし、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３部
裁判長裁判官市原義孝
裁判官渡邉哲
裁判官鈴木真耶
〔PDF 10～13頁は画像のため本文テキストなし〕
別紙３
本件各更正処分等の根拠及び適法性に係る被告の主張
１ 本件各更正処分の根拠及び適法性
（１）本件各更正処分の根拠
被告が本訴において主張する原告の本件各課税期間に係る消費税等の各課税標準額及び納付すべき消費税等の額は、それぞれ次に述べるとおりである。
ア 平成２７年４月課税期間更正処分の根拠
（ア）課税標準額（別表２－１①Ｃ欄）
３億４９０６万９０００円
上記金額は、平成２７年４月課税期間確定申告書の①「課税標準額」欄（甲１・１枚目）に記載された金額と同額である。
（イ）課税標準額に対する消費税額（別表２－１②Ｃ欄）
２１９８万９０２４円
上記金額は、次のａの金額とｂの金額との合計額であり、平成２７年４月課税期間確定申告書の②「消費税額」欄（甲１・１枚目）に記載された金額と同額である。
ａ 課税標準額に対する消費税額・税率４％適用分（別表２－１②Ａ欄）４０４０円上記金額は、平成２６年３月３１日以前の課税資産の譲渡等について、消費税法２９条（平成２４年法律第６８号３条による改正前のもの。以下同じ。）の規定に基づき、前記（ア）の金額のうち、平成２４年法律第６８号附則５条の経過措置の適用を受ける課税資産の譲渡等に係る課税標準額１０万１０００円（別表２－１①Ａ欄）に税率１００分の４を乗じて算出した金額であり、平成２７年４月課税期間確定申告書に添付された「付表１旧・新税率別、消費税額計算表兼地方消費税の課税標準となる消費税額計算表」（以下「付表１」という。）の②「消費税額（税率４％適用分Ｂ）」欄（甲１・２枚目）に記載された金額と同額である。
ｂ 課税標準額に対する消費税額・税率６．３％適用分（別表２－１②Ｂ欄）２１９８万４９８４円
上記金額は、消費税法２９条の規定に基づき、前記（ア）の金額のうち、上記ａの金額を除いた課税資産の譲渡等に係る課税標準額３億４８９６万８０００円（別表２－１①Ｂ欄）に税率１００分の６．３を乗じて算出した金額であり、平成２７年４月課税期間確定申告書に添付された付表１の②「消費税額（税率６．３％適用分Ｃ）」欄（甲１・２枚目）に記載された金額と同額である。
（ウ）控除対象仕入税額（別表２－１④Ｃ欄・別表３－１⑰Ｃ欄）
１９６７万２１４９円
上記金額は、次のａの金額とｂの金額との合計額であり、消費税法３０条１項により、当該課税仕入れを行った日の属する課税期間の課税標準額に対する消費税額から控除する、課税仕入れに係る消費税額の合計額（控除対象仕入税額）である。
なお、控除対象仕入税額の計算に当たっては、本件各課税期間における課税売上割合がいずれも１００分の９５に満たないことから（後記ｃ、イ（ウ）ｃ、ウ（ウ）ｃ及びエ（ウ）ｃ）、原告が本件各課税期間を通じて選択した個別対応方式（本件各課税期間の消費税等の確定申告書に添付された各「付表２－（２）課税売上割合・控除対象仕入税額等の計算表」〔甲１～４・各３枚目。以下「付表２－（２）」という。〕参照）により計算する（後記イからエまでの「（ウ）控除対象仕入税額」において同じ。）。
ａ 控除対象仕入税額・税率４％適用分（別表２－１④Ａ欄・別表３－１⑰Ａ欄）１万６６８１円
上記金額は、次の（ａ）の金額に、（ｂ）の金額にｃの割合を乗じて計算した金額を加算した金額であり、平成２４年法律第６８号附則５条７項の経過措置の適用を受ける消費税法３０条１項所定の課税仕入れに係る消費税額の控除に関する金額である。
（ａ）課税対応課税仕入れの税額（別表３－１⑩Ａ欄）
０円
上記金額は、平成２４年法律第６８号附則５条の経過措置の適用を受ける課税資産の譲渡等について、消費税法２９条の規定に基づき算出される金額であるが、前記（イ）ａの金額に、当該課税資産の譲渡等に係る金額が含まれていないため生じないものであり、平成２７年４月課税期間確定申告書に添付された付表２－（２）の⑭「⑫のうち、課税売上げにのみ要するもの（税率４％適用分Ｂ）」欄（甲１・３枚目）には金額が記載されていない。
（ｂ）共通対応課税仕入れの税額（別表３－１⑬Ａ欄）
３万９７８５円
上記金額は、平成２７年４月課税期間確定申告書に添付された付表２－（２）の⑮「⑫のうち、課税売上げと非課税売上げに共通して要するもの（税率４％適用分Ｂ）」欄（甲１・３枚目）に記載された金額と同額である。
ｂ 控除対象仕入税額・税率６．３％適用分（別表２－１④Ｂ欄・別表３－１⑰Ｂ欄）１９６５万５４６８円
上記金額は、次の（ａ）の金額に、（ｂ）の金額にｃの割合を乗じて計算した金額を加算した金額であり、平成２６年４月１日以後の課税仕入れについての消費税法３０条１項所定の課税仕入れに係る消費税額の控除に関する金額である。
（ａ）課税対応課税仕入れの税額（別表３－１⑩Ｂ欄）
１８２９万５１２６円
上記金額は、次のｉの金額からⅱの金額を減算した金額である。
ｉ 申告による課税対応課税仕入れの税額（別表３－１⑪Ｂ欄）
１９２９万９７３８円
上記金額は、平成２７年４月課税期間確定申告書に添付された付表２－（２）の⑭「⑫のうち、課税売上げにのみ要するもの（税率６．３％適用分Ｃ）」欄（甲１・３枚目）に記載された金額と同額である。
ⅱ上記ｉの課税対応課税仕入れの税額から減算すべき金額（別表３－１⑫Ｂ欄）１００万４６１２円
上記金額は、上記ｉの金額に含まれる本件各課税仕入れに係る消費税額（平
成２７年４月課税期間更正処分等通知書の「１控除対象仕入税額」の「（２）」の表中、「取得金額（税込）」の「合計」欄金額１７２２万１９２３円〔甲５・３及び４枚目〕に、１０８分の６．３を乗じて算出した金額〔同表中の「消費税額」の「合計」欄〕）であり、本件各課税仕入れが、課税対応課税仕入れには区分されず、共通対応課税仕入れに区分されることから、上記ｉの課税対応課税仕入れの税額から減算すべき金額である。
（ｂ）共通対応課税仕入れの税額（別表３－１⑬Ｂ欄）
３２４万４３７８円
ｉ 申告による共通対応課税仕入れの税額（別表３－１⑭Ｂ欄）
２２３万９７６６円
上記金額は、平成２７年４月課税期間確定申告書に添付された付表２－（２）の⑮「⑫のうち、課税売上げと非課税売上げに共通して要するもの（税率６．３％適用分Ｃ）」欄（甲１・３枚目）に記載された金額と同額である。
ⅱ共通対応課税仕入れの税額に加算すべき金額（別表３－１⑮Ｂ欄）
１００万４６１２円
上記金額は、前記（ａ）ⅱの本件各課税仕入れに係る消費税額であり、本件
各課税仕入れが、共通対応課税仕入れに区分されることから、共通対応課税仕入れの税額に加算すべき金額である。
ｃ 課税売上割合（別表３－１⑦Ｃ欄）
４１．９２９２１１５５４（以下略）％
上記割合は、次の（ａ）の金額のうちにｂの金額の占める割合である。
（ａ）資産の譲渡等の対価の額の合計額（別表３－１⑥Ｃ欄）
８億３２５２万３０９８円
上記金額は、次のｉの金額とⅱの金額との合計額である。
ｉ 課税資産の譲渡等の対価の額の合計額（別表３－１②Ｃ欄）
３億４９０７万０３７１円
上記金額は、平成２７年４月課税期間確定申告書に添付された付表２－（２）の⑤「課税資産の譲渡等の対価の額（④の金額）」欄（甲１・３枚目）に記載された金額と同額である。
ⅱ非課税売上額（別表３－１③Ｃ欄）
４億８３４５万２７２７円
上記金額は、次の（ｉ）の金額に（ⅱ）の金額を加算した金額である。
（ｉ）申告による非課税売上額（別表３－１④Ｃ欄）
４億８３３７万５９６１円
上記金額は、平成２７年４月課税期間確定申告書に添付された付表２－
（２）の⑥「非課税売上額」欄（甲１・３枚目）に記載された金額と同額
である。
（ⅱ）非課税売上額に加算すべき金額（別表３－１⑤Ｃ欄）７万６７６６円
上記金額は、原告が所有する居住用の建物である「Ｅ」及び「Ｆ」の平
成２７年４月課税期間に係る賃貸料収入の合計額（甲５・３枚目「１控
除対象仕入税額」の「（１）」の表中、「賃貸料」の「合計」欄）である。
原告は、当該賃貸料を平成２７年４月課税期間における資産の譲渡等の対
価の額（非課税売上額）に含めていないが、当該賃貸料は、消費税法６条
１項及び同法別表第一１３号の規定により非課税となる住宅の貸付けの対
価であることから、上記金額は、平成２７年４月課税期間の非課税売上額
として、上記（ｉ）の金額に加算すべき金額である。
（ｂ）課税資産の譲渡等の対価の額の合計額（別表３－１①Ｃ欄）
３億４９０７万０３７１円
上記金額は、平成２７年４月課税期間確定申告書に添付された付表２－（２）の④「課税資産の譲渡等の対価の額（①＋②＋③）」欄（甲１・３枚目）に記載された金額と同額である。
（エ）差引税額（別表２－１⑩Ｃ欄）
２３１万６８００円
上記金額は、次のａの金額とｂの金額との合計額（ただし、通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額。後記イからエまでの「（エ）差引税額」において同じ。）である。
ａ 控除不足還付税額・税率４％適用分（別表２－１⑧Ａ欄）
△１万２６４１円
上記金額は、前記（イ）ａの金額から前記（ウ）ａの金額を減算した金額である。
ｂ 差引税額・税率６．３％適用分（別表２－１⑨Ｂ欄）
２３２万９５１６円
上記金額は、前記（イ）ｂの金額から前記（ウ）ｂの金額を減算した金額である。
（オ）既に納付の確定した本税額（別表２－１⑪Ｃ欄）
１７３万３４００円
上記金額は、平成２７年４月課税期間確定申告書の⑨「差引税額（②＋③－⑦）」欄（甲１・１枚目）に記載された金額と同額である。
（カ）差引納付すべき消費税額（別表２－１⑫Ｃ欄）
５８万３４００円
上記金額は、前記（エ）の金額から上記（オ）の金額を差し引いた金額である。
（キ）合計差引地方消費税の課税標準額（別表２－１⑮Ｃ欄）
２３１万６８００円
上記金額は、次のａの金額とｂの金額との合計額（ただし、通則法１１９条１項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額。後記イからエまでの「（キ）合計差引地方消費税の課税標準額」において同じ。）であり、地方税法７２条の８２の規定に基づく地方消費税の課税標準額である。
ａ 譲渡割額の還付額の基礎となる消費税額・税率４％適用分（別表２－１⑬Ａ欄）△１万２６４１円
上記金額は、前記（エ）ａの金額と同額である。
ｂ 地方消費税の課税標準額・税率６．３％適用分（別表２－１⑭Ｂ欄）
２３２万９５１６円
上記金額は、前記（エ）ｂの金額と同額である。
（ク）納付すべき譲渡割額（別表２－１⑱Ｃ欄）
６２万５４００円
上記金額は、次のａの金額とｂの金額との合計額（ただし、地方税法２０条の４の２第３項の規定に基づき１００円未満の端数金額を切り捨てた後の金額。後記イからエまでの「（ク）納付すべき譲渡割額」において同じ。）である。
ａ 還付すべき譲渡割額・税率４％適用分（別表２－１⑯Ａ欄）
△３１６０円
上記金額は、地方税法７２条の８３（平成２４年法律第６９号第１条による改正前のもの。）の規定に基づき、前記（キ）ａの金額に税率１００分の２５を乗じて算出した金額である。
ｂ 納付すべき譲渡割額・税率６．３％適用分（別表２－１⑰Ｂ欄）６２万８５９９円上記金額は、地方税法７２条の８３（平成２４年法律第６９条第２条による改正前のもの。以下同じ。）の規定に基づき、前記（キ）ｂの金額に税率６３分の１７を乗じて算出した金額である。
（ケ）既に納付の確定した譲渡割額（別表２－１⑲Ｃ欄）
４６万７９００円
上記金額は、平成２７年４月課税期間確定申告書の⑳「納税額」欄（甲１・１枚目）に記載された金額と同額である。
（コ）差引納付すべき譲渡割額（別表２－１⑳Ｃ欄）
１５万７５００円
上記金額は、前記（ク）の金額から前記（ケ）の金額を差し引いた金額である。
（サ）差引納付すべき消費税等の合計額（別表２－１㉑Ｃ欄）
７４万０９００円
上記金額は、前記（カ）の金額と上記（コ）の金額との合計額であり、原告が平成２７年４月課税期間更正処分により新たに納付すべき消費税等の額である。
イ 平成２８年４月課税期間更正処分の根拠
（ア）課税標準額（別表２－２①Ｃ欄）
３億７８０４万４０００円
上記金額は、原告の平成２８年４月課税期間確定申告書の①「課税標準額」欄（甲２・１枚目）に記載された金額と同額である。
（イ）課税標準額に対する消費税額（別表２－２②Ｃ欄）
２３８１万６７７２円
上記金額は、消費税法２９条の規定に基づき、上記（ア）の金額に税率１００分の６．３を乗じて算出した金額であり、平成２８年４月課税期間確定申告書の②「消費税額」欄（甲２・１枚目）に記載された金額と同額である。
（ウ）控除対象仕入税額（別表２－２④Ｃ欄・別表３－２⑰Ｃ欄）
２０６８万９２３６円
上記金額は、次のａの金額に、ｂの金額にｃの割合を乗じて計算した金額を加算した金額であり、平成２６年４月１日以後の課税仕入れについての消費税法３０条１項所定の課税仕入れに係る消費税額の控除に関する金額である。
ａ 課税対応課税仕入れの税額（別表３－２⑩Ｂ欄）
１８４９万８１８０円
上記金額は、次の（ａ）の金額から（ｂ）の金額を減算した金額である。
（ａ）申告による課税対応課税仕入れの税額（別表３－２⑪Ｂ欄）
２０４２万７８２５円
上記金額は、平成２８年４月課税期間確定申告書に添付された付表２－（２）の⑯「⑭のうち、課税売上げにのみ要するもの（税率６．３％適用分Ｃ）」欄（甲２・３枚目）に記載された金額と同額である。
（ｂ）上記（ａ）の課税対応課税仕入れの税額から減算すべき金額（別表３－２⑫Ｂ欄）
１９２万９６４５円
上記金額は、上記（ａ）の金額に含まれる本件各課税仕入れに係る消費税額
（平成２８年４月課税期間更正処分等通知書の「１控除対象仕入税額」の
「（２）」の表中、「取得金額（税込）」の「合計」欄の金額３３０７万９６４４円〔甲６・４及び５枚目〕に、１０８分の６．３を乗じて算出した金額〔同表中の「消費税額」の「合計」欄〕）であり、本件各課税仕入れが、課税対応課税仕入れには区分されず、共通対応課税仕入れに区分されることから、上記（ａ）の課税対応課税仕入れの税額から減算すべき金額である。
ｂ 共通対応課税仕入れの税額（別表３－２⑬Ｂ欄）
４８４万５９８２円
上記金額は、次の（ａ）の金額に（ｂ）の金額を加算した金額である。
（ａ）申告による共通対応課税仕入れの税額（別表３－２⑭Ｂ欄）
２９１万６３３７円
上記金額は、平成２８年４月課税期間確定申告書に添付された付表２－（２）の⑰「⑭のうち、課税売上げと非課税売上げに共通して要するもの（税率６．３％適用分Ｃ）」欄（甲２・３枚目）に記載された金額と同額である。
（ｂ）共通対応課税仕入れの税額に加算すべき金額（別表３－２⑮Ｂ欄）
１９２万９６４５円
上記金額は、前記ａ（ｂ）の本件各課税仕入れに係る消費税額であり、本件各課税仕入れが、共通対応課税仕入れに区分されることから、共通対応課税仕入れの税額に加算すべき金額である。
ｃ 課税売上割合（別表３－２⑦Ｃ欄）
４５．２１３８８４５３（以下略）％
上記割合は、次の（ａ）の金額のうちに（ｂ）の金額の占める割合である。
（ａ）資産の譲渡等の対価の額の合計額（別表３－２⑥Ｃ欄）
８億３６１２万４０２９円
上記金額は、次のｉの金額とⅱの金額との合計額である。
ｉ 課税資産の譲渡等の対価の額の合計額（別表３－２②Ｃ欄）
３億７８０４万４１５３円
上記金額は、平成２８年４月課税期間確定申告書に添付された付表２－（２）の⑤「課税資産の譲渡等の対価の額（④の金額）」欄（甲２・３枚目）に記載された金額と同額である。
ⅱ非課税売上額（別表３－２③Ｃ欄）
４億５８０７万９８７６円
上記金額は、次の（ｉ）の金額に（ⅱ）の金額を加算した金額である。
（ｉ）申告による非課税売上額（別表３－２④Ｃ欄）
３億７１３４万２８１４円
上記金額は、平成２８年４月課税期間確定申告書に添付された付表２－
（２）の⑥「非課税売上額」欄（甲２・３枚目）に記載された金額と同額
である。
（ⅱ）非課税売上額に加算すべき金額（別表３－２⑤Ｃ欄）
８６７３万７０６２円
上記金額は、次の①の金額と②の金額との合計額である。
① 賃貸料収入の合計額
１４０万４６５８円
上記金額は、原告が所有する居住用の建物である「Ｆ」、「Ｇ」、「Ｈ」、
「Ｉ」、「Ｊ」及び「Ｋ」の平成２８年４月課税期間に係る賃貸料収入のう
ち、原告が総勘定元帳の「預り金」勘定に計上した額の合計額（甲６・３
枚目「１控除対象仕入税額」の「（１）」「イ」の表中、「賃貸料」の「合
計」欄）である。原告は、当該賃貸料を平成２８年４月課税期間における
資産の譲渡等の対価の額（非課税売上額）に含めていないが、当該賃貸料
は、消費税法６条１項及び同法別表第一１３号の規定により非課税となる
住宅の貸付けの対価であることから、上記金額は、平成２８年４月課税期
間の非課税売上額として、前記（ｉ）の金額に加算すべき金額である。
② 保証賃料の合計額
８５３３万２４０４円
上記金額は、原告がサブリース契約に基づき賃貸人に対して支払った保
証賃料の合計額（甲６・３及び４枚目「１控除対象仕入税額」の「（１）」
「ロ」の表中、「計上額」の「合計」欄）である。原告は、当該合計額と
同額を資産の譲渡等の対価の額（非課税売上額）から減額したが、当該合
計額を非課税売上額から減額する理由はないから、上記金額は、前記（ｉ）
の金額に加算すべき金額である。
（ｂ）課税資産の譲渡等の対価の額の合計額（別表３－２①Ｃ欄）
３億７８０４万４１５３円
上記金額は、平成２８年４月課税期間確定申告書に添付された付表２－（２）の④「課税資産の譲渡等の対価の額（①＋②＋③）」欄（甲２・３枚目）に記載された金額と同額である。
（エ）差引税額（別表２－２⑩Ｃ欄）
３１２万７５００円
上記金額は、前記（イ）の金額から上記（ウ）の金額を差し引いた金額である。
（オ）既に納付の確定した本税額（別表２－２⑪Ｃ欄）
１９１万７７００円
上記金額は、平成２８年４月課税期間確定申告書の⑨「差引税額（②＋③－⑦）」欄（甲２・１枚目）に記載された金額と同額である。
（カ）差引納付すべき消費税額（別表２－２⑫Ｃ欄）
１２０万９８００円
上記金額は、前記（エ）の金額から上記（オ）の金額を差し引いた金額である。
（キ）合計差引地方消費税の課税標準額（別表２－２⑮Ｃ欄）
３１２万７５００円
上記金額は、前記（エ）の金額と同額であり、地方税法７２条の８２の規定に基づく地方消費税の課税標準額である。
（ク）納付すべき譲渡割額（別表２－２⑱Ｃ欄）
８４万３９００円
上記金額は、地方税法７２条の８３の規定に基づき、上記（キ）の金額に税率６３分の１７を乗じて算出した金額である。
（ケ）既に納付の確定した譲渡割額（別表２－２⑲Ｃ欄）
５１万７４００円
上記金額は、平成２８年４月課税期間確定申告書の⑳「納税額」欄（甲２・１枚目）に記載された金額と同額である。
（コ）差引納付すべき譲渡割額（別表２－２⑳Ｃ欄）
３２万６５００円
上記金額は、前記（ク）の金額から上記（ケ）の金額を差し引いた金額である。
（サ）差引納付すべき消費税等の合計額（別表２－２㉑Ｃ欄）
１５３万６３００円
上記金額は、前記（カ）の金額と上記（コ）の金額との合計額であり、原告が平成２８年４月課税期間更正処分により新たに納付すべき消費税等の額である。
ウ 平成２９年４月課税期間更正処分の根拠
（ア）課税標準額（別表２－３①Ｃ欄）
５億００９０万７０００円
上記金額は、原告の平成２９年４月課税期間確定申告書の①「課税標準額」欄（甲３・１枚目）に記載された金額と同額である。
（イ）課税標準額に対する消費税額（別表２－３②Ｃ欄）
３１５５万７１４１円
上記金額は、消費税法２９条の規定に基づき、上記（ア）の金額に税率１００分の６．３を乗じて算出した金額であり、平成２９年４月課税期間確定申告書の②「消費税額」欄（甲３・１枚目）に記載された金額と同額である。
（ウ）控除対象仕入税額（別表２－３④Ｃ欄・別表３－３⑰Ｃ欄）
２９１４万７３８７円
上記金額は、次のａの金額に、ｂの金額にｃの割合を乗じて計算した金額を加算した金額であり、平成２６年４月１日以後の課税仕入れについての消費税法３０条１項所定の課税仕入れに係る消費税額の控除に関する金額である。
ａ 課税対応課税仕入れの税額（別表３－３⑩Ｂ欄）
２７１２万６２８４円
上記金額は、次の（ａ）の金額から（ｂ）の金額を減算した金額である。
（ａ）申告による課税対応課税仕入れの税額（別表３－３⑪Ｂ欄）
２８９３万３３２８円
上記金額は、平成２９年４月課税期間確定申告書に添付された付表２－（２）の⑯「⑭のうち、課税売上げにのみ要するもの（税率６．３％適用分Ｃ）」欄（甲３・３枚目）に記載された金額と同額である。
（ｂ）上記（ａ）の課税対応課税仕入れの税額から減算すべき金額（別表３－３⑫Ｂ欄）
１８０万７０４４円
上記金額は、上記（ａ）の金額に含まれる本件各課税仕入れに係る消費税額
（平成２９年４月課税期間更正処分等通知書の「１控除対象仕入税額」の
「（２）」の表中、「取得金額（税込）」の「合計」欄金額３０９７万７９０５円〔甲７・４枚目〕に１０８分の６．３を乗じて算出した金額〔同表中の「消費税額」の「合計」欄〕）であり、本件各課税仕入れが、課税対応課税仕入れには区分されず、共通対応課税仕入れに区分されることから、上記（ａ）の課税対応課税仕入れの税額から減算すべき金額である。
ｂ 共通対応課税仕入れの税額（別表３－３⑬Ｂ欄）
４３９万９２３５円
上記金額は、次の（ａ）の金額に（ｂ）の金額を加算した金額である。
（ａ）申告による共通対応課税仕入れの税額（別表３－３⑭Ｂ欄）
２５９万２１９１円
上記金額は、平成２９年４月課税期間確定申告書に添付された付表２－（２）の⑰「⑭のうち、課税売上げと非課税売上げに共通して要するもの（税率６．３％適用分Ｃ）」欄（甲３・３枚目）に記載された金額と同額である。
（ｂ）共通対応課税仕入れの税額に加算すべき金額（別表３－３⑮Ｂ欄）
１８０万７０４４円
上記金額は、前記ａ（ｂ）の本件各課税仕入れに係る消費税額であり、本件各課税仕入れが、共通対応課税仕入れに区分されることから、共通対応課税仕入れの税額に加算すべき金額である。
ｃ 課税売上割合（別表３－３⑦Ｃ欄）
４５．９４２１６１８７６（以下略）％
上記割合は、次の（ａ）の金額のうちに（ｂ）の金額の占める割合である。
（ａ）資産の譲渡等の対価の額の合計額（別表３－３⑥Ｃ欄）
１０億９０３０万１１６９円
上記金額は、次のｉの金額とⅱの金額との合計額である。
ｉ 課税資産の譲渡等の対価の額の合計額（別表３－３②Ｃ欄）
５億００９０万７９２８円
上記金額は、平成２９年４月課税期間確定申告書に添付された付表２－（２）の⑤「課税資産の譲渡等の対価の額（④の金額）」欄（甲３・３枚目）に記載された金額と同額である。
ⅱ非課税売上額（別表３－３③Ｃ欄）
５億８９３９万３２４１円
上記金額は、次の（ｉ）の金額に（ⅱ）の金額を加算した金額である。
（ｉ）申告による非課税売上額（別表３－３④Ｃ欄）
５億８８８８万６２１５円
上記金額は、平成２９年４月課税期間確定申告書に添付された付表２－
（２）の⑥「非課税売上額」欄（甲３・３枚目）に記載された金額と同額
である。
（ⅱ）非課税売上額に加算すべき金額（別表３－３⑤Ｃ欄）５０万７０２６円上記金額は、原告が所有する居住用の建物である「Ｌ」、「Ｍ」及び「Ｎ」
の平成２９年４月課税期間に係る賃貸料収入のうち、原告が総勘定元帳の
「預り金」勘定に計上した額の合計額（甲７・３枚目「１控除対象仕入
税額」の「（１）」の表中、「賃貸料」の「合計」欄）である。原告は、当
該賃貸料を平成２９年４月課税期間における資産の譲渡等の対価の額（非
課税売上額）に含めていないが、当該賃貸料は、消費税法６条１項及び同
法別表第一１３号の規定により非課税となる住宅の貸付けの対価であるこ
とから、上記金額は、平成２９年４月課税期間の非課税売上額として、上
記（ｉ）の金額に加算すべき金額である。
（ｂ）課税資産の譲渡等の対価の額の合計額（別表３－３①Ｃ欄）
５億００９０万７９２８円
上記金額は、平成２９年４月課税期間確定申告書に添付された付表２－（２）の④「課税資産の譲渡等の対価の額（①＋②＋③）」欄（甲３・３枚目）に記載された金額と同額である。
（エ）差引税額（別表２－３⑩Ｃ欄）
２４０万９７００円
上記金額は、前記（イ）の金額から上記（ウ）の金額を差し引いた金額である。
（オ）既に納付の確定した本税額（別表２－３⑪Ｃ欄）
１４３万２３００円
上記金額は、平成２９年４月課税期間確定申告書の⑨「差引税額（②＋③－⑦）」欄（甲３・１枚目）に記載された金額と同額である。
（カ）差引納付すべき消費税額（別表２－３⑫Ｃ欄）
９７万７４００円
上記金額は、前記（エ）の金額から上記（オ）の金額を差し引いた金額である。
（キ）合計差引地方消費税の課税標準額（別表２－３⑮Ｃ欄）
２４０万９７００円
上記金額は、前記（エ）の金額と同額であり、地方税法７２条の８２の規定に基づく地方消費税の課税標準額である。
（ク）納付すべき譲渡割額（別表２－３⑱Ｃ欄）
６５万０２００円
上記金額は、地方税法７２条の８３の規定に基づき、上記（キ）の金額に税率６３分の１７を乗じて算出した金額である。
（ケ）既に納付の確定した譲渡割額（別表２－３⑲Ｃ欄）
３８万６４００円
上記金額は、平成２９年４月課税期間確定申告書の⑳「納税額」欄（甲３・１枚目）に記載された金額と同額である。
（コ）差引納付すべき譲渡割額（別表２－３⑳Ｃ欄）
２６万３８００円
上記金額は、前記（ク）の金額から上記（ケ）の金額を差し引いた金額である。
（サ）差引納付すべき消費税等の合計額（別表２－３㉑Ｃ欄）
１２４万１２００円
上記金額は、前記（カ）の金額と上記（コ）の金額との合計額であり、原告が平成２９年４月課税期間更正処分により新たに納付すべき消費税等の額である。
エ 平成３０年４月課税期間更正処分の根拠
（ア）課税標準額（別表２－４①Ｃ欄）
６億０９７６万円
上記金額は、原告の平成３０年４月課税期間確定申告書の①「課税標準額」欄（甲４・１枚目）に記載された金額と同額である。
（イ）課税標準額に対する消費税額（別表２－４②Ｃ欄）
３８４１万４８８０円
上記金額は、消費税法２９条の規定に基づき、上記（ア）の金額に税率１００分の６．３を乗じて算出した金額であり、平成３０年４月課税期間確定申告書の②「消費税額欄」（甲４・１枚目）に記載された金額と同額である。
（ウ）控除対象仕入税額（別表２－４④Ｃ欄・別表３－４⑰Ｃ欄）
３４６０万２３６６円
上記金額は、次のａの金額に、ｂの金額にｃの割合を乗じて計算した金額を加算した金額であり、平成２６年４月１日以後の課税仕入れについての消費税法３０条１項所定の課税仕入れに係る消費税額の控除に関する金額である。
ａ 課税対応課税仕入れの税額（別表３－４⑩Ｂ欄）
３１３８万８７０１円
上記金額は、次の（ａ）の金額から（ｂ）の金額を減算した金額である。
（ａ）申告による課税対応課税仕入れの税額（別表３－４⑪Ｂ欄）
３５２７万４４２２円
上記金額は、平成３０年４月課税期間確定申告書に添付された付表２－（２）の⑯「⑭のうち、課税売上げにのみ要するもの（税率６．３％適用分Ｃ）」欄（甲４・３枚目）に記載された金額と同額である。
（ｂ）前記（ａ）の課税対応課税仕入れの税額から減算すべき金額（別表３－４⑫Ｂ欄）
３８８万５７２１円
上記金額は、上記（ａ）の金額に含まれる本件各課税仕入れに係る消費税額
（平成３０年４月課税期間更正処分等通知書の「１控除対象仕入税額」の
「（２）」の表中、「取得金額（税込）」の「合計」欄金額６６６１万２３７４円〔甲８・４枚目〕に１０８分の６．３を乗じて算出した金額〔同表中の「消費税額」の「合計」欄〕）であり、本件各課税仕入れが、課税対応課税仕入れには区分されず、共通対応課税仕入れに区分されることから、上記（ａ）の課税対応課税仕入れの税額から減算すべき金額である。
ｂ 共通対応課税仕入れの税額（別表３－４⑬Ｂ欄）
６６７万９８３１円
上記金額は、次の（ａ）の金額に（ｂ）の金額を加算した金額である。
（ａ）申告による共通対応課税仕入れの税額（別表３－４⑭Ｂ欄）
２７９万４１１０円
上記金額は、平成３０年４月課税期間確定申告書に添付された付表２－（２）の⑰「⑭のうち、課税売上げと非課税売上げに共通して要するもの（税率６．３％適用分Ｃ）」欄（甲４・３枚目）に記載された金額と同額である。
（ｂ）共通対応課税仕入れの税額に加算すべき金額（別表３－４⑮Ｂ欄）
３８８万５７２１円
上記金額は、前記ａ（ｂ）の本件各課税仕入れに係る消費税額であり、本件各課税仕入れが、共通対応課税仕入れに区分されることから、共通対応課税仕入れの税額に加算すべき金額である。
ｃ 課税売上割合（別表３－４⑦Ｃ欄）
４８．１０９９８０２９（以下略）％
上記割合は、次の（ａ）の金額のうちに（ｂ）の金額の占める割合である。
（ａ）資産の譲渡等の対価の額の合計額（別表３－４⑥Ｃ欄）
１２億６７４３万０６１９円
上記金額は、次のｉの金額とⅱの金額との合計額である。
ｉ 課税資産の譲渡等の対価の額の合計額（別表３－４②Ｃ欄）
６億０９７６万０６２１円
上記金額は、平成３０年４月課税期間確定申告書に添付された付表２－（２）の⑤「課税資産の譲渡等の対価の額（④の金額）」欄（甲４・３枚目）に記載された金額と同額である。
ⅱ非課税売上額（別表３－４③Ｃ欄）
６億５７６６万９９９８円
上記金額は、次の（ｉ）の金額に（ⅱ）の金額を加算した金額である。
（ｉ）申告による非課税売上額（別表３－４④Ｃ欄）
６億５６５８万８７３１円
上記金額は、平成３０年４月課税期間確定申告書に添付された付表２－
（２）の⑥「非課税売上額」欄（甲４・３枚目）に記載された金額と同額
である。
（ⅱ）非課税売上額に加算すべき金額（別表３－４⑤Ｃ欄）
１０８万１２６７円
上記金額は、次の①の金額から②の金額を減算した金額である。
① 賃貸料収入の合計額
１２０万９４５７円
上記金額は、原告が所有する居住用の建物である「Ｏ」、「Ｐ」、「Ｑ」、
「Ｒ」及び「Ｓ」の平成３０年４月課税期間に係る賃貸料収入のうち、原
告が総勘定元帳の「預り金」勘定に計上した額の合計額（甲８・３枚目
「１控除対象仕入税額」の「（１）」「イ」の表中、「賃貸料」の「合計」
欄）である。原告は、当該賃貸料を平成３０年４月課税期間における資産
の譲渡等の対価の額（非課税売上額）に含めていないが、当該賃貸料は、
消費税法６条１項及び同法別表第一１３号の規定により非課税となる住宅
の貸付けの対価であることから、上記金額は、平成３０年４月課税期間の
非課税売上額として、上記（ｉ）の金額に加算すべき金額である。
② 賃貸料収入の過大計上額
１２万８１９０円
上記金額は、原告が所有していた居住用の建物である「Ｏ」、「Ｓ」及び
「Ｒ」に係る売却後の賃貸料収入相当額の合計額である。原告は、上記各
建物をいずれも平成３０年４月課税期間中に売却したが、当該売却後に係
る賃貸料収入に相当する上記金額（甲８・３及び４枚目「１控除対象仕
入税額」の「（１）」「ロ」の表中、「過大計上額」の「合計」欄）を資産の譲渡等の対価の額に含めていた。しかしながら、当該金額（合計額）は資
産の譲渡等の対価の額（非課税売上額）には含まれないものであるから、
上記金額は、前記（ｉ）の金額から減算すべき金額である。
（ｂ）課税資産の譲渡等の対価の額の合計額（別表３－４①Ｃ欄）
６億０９７６万０６２１円
上記金額は、平成３０年４月課税期間確定申告書に添付された付表２－（２）の④「課税資産の譲渡等の対価の額（①＋②＋③）」欄（甲４・３枚目）に記載された金額と同額である。
（エ）差引税額（別表２－４⑩Ｃ欄）
３８１万２５００円
上記金額は、前記（イ）の金額から上記（ウ）の金額を差し引いた金額である。
（オ）既に納付の確定した本税額（別表２－４⑪Ｃ欄）
１７９万５０００円
上記金額は、平成３０年４月課税期間確定申告書の⑨「差引税額（②＋③－⑦）」欄（甲４・１枚目）に記載された金額と同額である。
（カ）差引納付すべき消費税額（別表２－４⑫Ｃ欄）
２０１万７５００円
上記金額は、前記（エ）の金額から上記（オ）の金額を差し引いた金額である。
（キ）合計差引地方消費税の課税標準額（別表２－４⑮Ｃ欄）
３８１万２５００円
上記金額は、前記（エ）の金額と同額であり、地方税法７２条の８２の規定に基づく地方消費税の課税標準額である。
（ク）納付すべき譲渡割額（別表２－４⑱Ｃ欄）
１０２万８７００円
上記金額は、地方税法７２条の８３の規定に基づき、上記（キ）の金額に税率６３分の１７を乗じて算出した金額である。
（ケ）既に納付の確定した譲渡割額（別表２－４⑲Ｃ欄）
４８万４３００円
上記金額は、平成３０年４月課税期間確定申告書の⑳「納税額」欄（甲４・１枚目）に記載された金額と同額である。
（コ）差引納付すべき譲渡割額（別表２－４⑳Ｃ欄）
５４万４４００円
上記金額は、前記（ク）の金額から上記（ケ）の金額を差し引いた金額である。
（サ）差引納付すべき消費税等の合計額（別表２－４㉑Ｃ欄）
２５６万１９００円
上記金額は、前記（カ）の金額と上記（コ）の金額との合計額であり、原告が平成３０年４月課税期間更正処分により新たに納付すべき消費税等の額である。
（２）本件各更正処分の適法性
被告が本訴において主張する原告の本件各課税期間の納付すべき消費税額及び地方消費税の譲渡割額は、それぞれ上記（１）のとおりであり、本件各更正処分における納付すべき消費税額及び地方消費税の譲渡割額（甲５～８・各１枚目１１欄及び１７欄）とそれぞれ同額であるから、本件各更正処分はいずれも適法である。
２ 本件各賦課決定処分の根拠及び適法性
（１）本件各賦課決定処分の根拠
期限内申告書が提出された場合において、更正がされ、当初の申告に係る税額より更正後の税額が上回ることとなったときには、その更正により納付すべき税額に１００分の１０の割合を乗じて計算した金額に相当する過少申告加算税を課することとされている（通則法６５条１項）。そして、更正により納付すべき税額が、その国税に係る期限内申告税額に相当する金額と５０万円とのいずれか多い金額を超えるときは、当該超える部分に相当する税額に１００分の５の割合を乗じて計算した金額を加算することとされている（同条２項）。
上記１（２）で述べたとおり、本件各更正処分は適法であるところ、原告が本件各更正処分により新たに納付すべき税額の計算の基礎となった事実につき、本件各更正処分前における税額の計算の基礎とされていなかったことについて、通則法６５条４項に規定する「正当な理由」があるとは認められない。
したがって、本件各更正処分に伴って原告に課されるべき過少申告加算税の額は、それぞれ次に述べるとおりである。
ア 平成２７年４月課税期間
７万４０００円
上記金額は、通則法６５条１項の規定に基づき、平成２７年４月課税期間更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額７４万円（前記１（１）ア（サ）。ただし、通則法１１８条３項の規定に基づき１万円未満の端数金額を切り捨てた後の金額。後記イからエまでにおいて同じ。）に１００分の１０の割合を乗じて算出した金額である。
イ 平成２８年４月課税期間
１５万３０００円
上記金額は、通則法６５条１項の規定に基づき、平成２８年４月課税期間更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額１５３万円（前記１（１）イ（サ））に１００分の１０の割合を乗じて算出した金額である。
ウ 平成２９年４月課税期間
１２万４０００円
上記金額は、通則法６５条１項の規定に基づき、平成２９年４月課税期間更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額１２４万円（前記１（１）ウ（サ））に１００分の１０の割合を乗じて算出した金額である。
エ 平成３０年４月課税期間
２７万円
上記金額は、通則法６５条１項の規定に基づき、平成３０年４月課税期間更正処分により原告が新たに納付すべきこととなった税額２５６万円（前記１（１）エ（サ））に１００分の１０の割合を乗じて算出した２５万６０００円と、新たに納付すべき税額２５６万１９００円のうち期限内申告税額２２７万９３００円（平成３０年４月課税期間確定申告書の⑨「差引税額」欄の金額１７９万５０００円と⑳「納税額」欄の金額４８万４３００円〔甲４・１枚目〕の合計額）を超える部分に相当する金額である２８万円に１００分の５の割合を乗じて算出した１万４０００円との合計額である。
（２）本件各賦課決定処分の適法性
被告が本訴において主張する本件各更正処分に伴って原告に課されるべき過少申告加算税の額は、それぞれ前記（１）アからエまでのとおりであり、本件各賦課決定処分における過少申告加算税の額（甲５～８・各１枚目「賦課した加算税の額の計算明細」の「加算税の額」欄）といずれも同額であるから、本件各賦課決定処分はいずれも適法である。以上
〔PDF 27～35頁は画像のため本文テキストなし〕
別紙１省略
出典：国税庁ホームページ「税務訴訟資料」（https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/soshoshiryo/kazei/2023/pdf/13890.pdf）を加工して作成（加工：TaiLexi AI）。
本文は公表資料（PDF 等）から機械的に抽出・整形したもので、改行や記号に誤りを含むことがあります。正確な文言は原本でご確認ください。